Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "A", "41-year-old", "woman", "from", "Venezuela", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "4-day", "history", "of", "fever", "with", "general", "malaise", ",", "myalgia", "and", "central", "thoracic", "pain", "with", "pleuro-pericardial", "characteristics", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "he", "presented", "with", "fair", "general", "condition", "and", "haemodynamic", "instability", "with", "hypotension", "(", "BP", "87", "/", "59", "mmHg", ")", ",", "tachycardia", "(", "100lpm", ")", ",", "fever", "(", "38", ".", "3oC", ")", ",", "poor", "distal", "perfusion", ",", "as", "well", "as", "hyperlactacidemia", "(", "4", ".", "2", "mmol", "/", "l", ")", ".", "The", "examination", "revealed", "muffled", "cardiac", "tones", ",", "the", "rest", "being", "normal", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "low", "voltages", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "NT-proBNP", "(", "up", "to", "18528", "pg", "/", "ml", ")", "and", "troponin", "(", "plateau", "around", "300", "ng", "/", "l", ")", "with", "no", "other", "abnormalities", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "an", "urgent", "echocardiogram", "was", "performed", "showing", "global", "hypokinesia", "and", "systolic", "dysfunction", "of", "both", "ventricles", "with", "minimal", "pericardial", "effusion", ".", "Blood", "cultures", "and", "nasopharyngeal", "exudate", "were", "taken", "for", "influenza", "(", "given", "that", "he", "consulted", "during", "the", "epidemic", "season", ")", "and", "he", "was", "admitted", "to", "the", "coronary", "unit", "with", "a", "diagnosis", "of", "cardiogenic", "shock", "due", "to", "probable", "fulminant", "myocarditis", ".", "Cardiac", "magnetic", "resonance", "imaging", "was", "performed", "given", "its", "high", "yield", "for", "the", "diagnosis", "of", "myocarditis", "and", "its", "lower", "invasiveness", "compared", "to", "endomyocardial", "biopsy", ",", "which", "showed", "signs", "of", "oedema", "and", "inflammatory", "changes", "in", "the", "left", "ventricle", "with", "a", "diffuse", "distribution", "compatible", "with", "the", "diagnosis", "of", "myocarditis", ".", "Regarding", "the", "aetiological", "diagnosis", ",", "we", "must", "consider", "infections", "(", "viral", "infections", "being", "the", "most", "frequent", ")", ",", "drugs", ",", "toxins", ",", "systemic", "autoimmune", "diseases", "(", "SAE", ")", "and", "metabolic", "diseases", "mainly", ".", "Since", "the", "patient", "was", "not", "taking", "any", "drugs", "or", "toxins", ",", "this", "possibility", "was", "ruled", "out", ".", "With", "regard", "to", "SAE", ",", "suspicion", "was", "low", "given", "the", "acute", "onset", "and", "the", "lack", "of", "extracardiac", "manifestations", "both", "previously", "and", "at", "the", "present", "time", ",", "also", "presenting", "a", "negative", "autoimmunity", "panel", "(", "ANA", ",", "ENA", ",", "antiDNA", "and", "RF", ")", ".", "Screening", "for", "the", "most", "common", "endocrine-metabolic", "diseases", "was", "performed", ",", "which", "was", "also", "negative", ".", "With", "regard", "to", "viral", "infections", ",", "the", "most", "frequently", "described", "were", "enterovirus", ",", "adenovirus", ",", "parvovirus", "B19", "and", "some", "viruses", "of", "the", "herpesvirus", "family", "(", "HHV6", ",", "CMV", "and", "EBV", ")", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "origin", ",", "screening", "for", "tropical", "infections", "such", "as", "T", ".", "cruzi", "was", "also", "performed", "and", "was", "negative", ".", "The", "PCR", "was", "positive", "for", "influenza", "A", "virus", "and", "the", "definitive", "diagnosis", "was", "fulminant", "myocarditis", "due", "to", "influenza", "A", "(", "H1N1", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1629, "end": 1636 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1495, "end": 1500 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 1483, "end": 1493 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 1501, "end": 1511 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2181, "end": 2184 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2192 }, { "text": "HHV6", "label": "SPECIES", "start": 2175, "end": 2179 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2104, "end": 2114 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2091, "end": 2102 } ]

[ "Anamnesis", "A", "42-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ",", "attended", "the", "dermatology", "emergency", "department", "for", "an", "insect", "bite", "on", "the", "right", "hand", "5", "days", "earlier", ".", "She", "reported", "that", ",", "while", "cleaning", "the", "storeroom", "at", "home", ",", "she", "noticed", "a", "bite", "on", "the", "back", "of", "her", "hand", "and", "then", ",", "when", "she", "shook", "it", ",", "she", "saw", "an", "insect", "fall", "to", "the", "ground", "which", "she", "described", "as", "a", "small", "brown", "spider", "with", "a", "darker", "area", "on", "the", "back", ".", "A", "few", "hours", "after", "the", "bite", ",", "she", "began", "to", "experience", "pain", ",", "oedema", "and", "erythema", "of", "the", "right", "hand", "and", "forearm", "with", "difficulty", "in", "flexing", "her", "fingers", "due", "to", "the", "intense", "pain", ",", "and", "24", "hours", "later", "she", "developed", "a", "pruritic", "centrifugal", "rash", ",", "general", "malaise", "and", "generalised", "arthralgias", ",", "without", "fever", "and", "without", "associated", "respiratory", "or", "digestive", "symptoms", ".", "Her", "primary", "care", "physician", "prescribed", "treatment", "with", "a", "dose", "of", "parenteral", "methylprednisolone", ",", "analgesics", "and", "oral", "antihistamines", ".", "After", "3", "days", ",", "the", "symptoms", "persisted", "and", "she", "was", "referred", "to", "our", "department", ".", "Physical", "examination", "On", "physical", "examination", ",", "she", "was", "afebrile", ",", "eupneic", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "On", "the", "dorsum", "of", "the", "right", "hand", "there", "was", "an", "erythematous", "macule", "with", "poorly", "defined", "purplish", "borders", "and", "a", "whitish-yellowish", "centre", ",", "with", "faint", "erythema", "and", "minimal", "oedema", "in", "the", "perilesional", "area", ",", "with", "no", "increase", "in", "local", "temperature", ".", "There", "was", "some", "reduction", "in", "the", "mobility", "of", "the", "fingers", "due", "to", "the", "intense", "pain", ",", "with", "no", "associated", "loss", "of", "strength", "or", "sensation", ".", "There", "was", "no", "joint", "swelling", "or", "subcutaneous", "crepitus", ".", "He", "also", "had", "generalised", "macular", "rash", "with", "involvement", "of", "the", "face", ",", "trunk", ",", "extremities", "and", "palms", "of", "both", "hands", ",", "without", "petechiae", "or", "ecchymosis", ".", "There", "was", "no", "involvement", "of", "oral", "or", "genital", "mucosa", "and", "no", "palpable", "lymph", "nodes", "in", "accessible", "lymph", "node", "chains", ".", "Complementary", "tests", "Samples", "were", "taken", "for", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "blood", "coagulation", "and", "serology", ",", "as", "well", "as", "an", "X-ray", "of", "the", "right", "hand", ",", "indicated", "by", "traumatology", ".", "The", "haemogram", "showed", "minimal", "leukocytosis", "with", "a", "predominance", "of", "neutrophils", "and", "slight", "lymphopenia", ",", "with", "no", "alterations", "in", "the", "eosinophil", "count", ".", "Haemoglobin", ",", "red", "blood", "cell", "count", ",", "haemostasis", "and", "coagulation", "were", "unaltered", ".", "CRP", "slightly", "increased", ".", "Biochemistry", ",", "hepatorenal", "profile", "and", "ions", "were", "normal", ".", "HIV", ",", "syphilis", ",", "Borrellia", "burgdoferi", ",", "Rickettsia", "and", "Leishmania", "serologies", "were", "negative", ".", "The", "right", "hand", "X-ray", "showed", "no", "space-occupying", "lesions", "or", "radiological", "evidence", "of", "osteomyelitis", ".", "Diagnosis", "Arachnid", "bite", ",", "probably", "by", "brown", "recluse", "spider", "with", "associated", "systemic", "symptoms", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "prescribed", "with", "a", "descending", "dose", "of", "oral", "prednisone", ",", "analgesics", "and", "antihistamines", "on", "demand", "and", "periodic", "treatment", "of", "the", "lesion", "with", "disinfection", "and", "application", "of", "a", "topical", "corticosteroid", "and", "antibiotic", "preparation", ".", "It", "was", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "home", "with", "clinical", "and", "analytical", "control", "at", "72", "hours", ",", "indicating", "symptoms", "and", "warning", "signs", "for", "which", "to", "return", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Evolution", "At", "subsequent", "visits", ",", "at", "72", "hours", "and", "7", "days", ",", "a", "progressive", "and", "sustained", "improvement", "in", "both", "local", "and", "systemic", "symptoms", "was", "observed", ",", "with", "no", "notable", "analytical", "alterations", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "spider", "label": "SPECIES", "start": 381, "end": 387 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 57 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 132, "end": 138 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 318, "end": 324 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 775, "end": 797 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "Borrellia burgdoferi", "label": "SPECIES", "start": 2248, "end": 2268 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2285, "end": 2295 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 2270, "end": 2280 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2233, "end": 2236 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2238, "end": 2246 }, { "text": "spider", "label": "SPECIES", "start": 2472, "end": 2478 }, { "text": "brown recluse spider", "label": "SPECIES", "start": 2458, "end": 2478 }, { "text": "Arachnid", "label": "SPECIES", "start": 2431, "end": 2439 } ]

[ "History", ",", "current", "disease", "and", "physical", "examination", "A", "48-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "obesity", "and", "ex-smoker", ".", "After", "fumigating", "for", "approximately", "3", "continuous", "hours", "with", "organophosphates", "without", "any", "protection", ",", "he", "suddenly", "presented", "with", "intense", "dyspnoea", ",", "diaphoresis", "and", "intense", "oppressive", "central", "thoracic", "pain", "radiating", "to", "both", "upper", "limbs", ";", "his", "family", "described", "that", "he", "went", "home", "after", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", "with", "twitching", "in", "the", "upper", "limbs", ",", "trembling", "in", "both", "hands", "and", "inability", "to", "speak", "due", "to", "abundant", "salivation", "and", "bronchorrhoea", ".", "His", "family", "took", "him", "to", "the", "local", "hospital", ".", "On", "arrival", "he", "presented", "cardiorespiratory", "arrest", "in", "VF", "rhythm", ",", "resuscitation", "manoeuvres", "were", "started", ",", "and", "after", "5", "shocks", "the", "rhythm", "was", "reversed", ",", "but", "the", "patient", "was", "still", "haemodynamically", "unstable", "with", "significant", "respiratory", "insufficiency", ",", "so", "vasoactive", "support", "and", "orotracheal", "intubation", "were", "started", ".", "After", "45", "minutes", "of", "resuscitation", "manoeuvres", ",", "ECG", "showed", "complete", "AV", "block", "with", "escape", "rhythm", "at", "45", "bpm", "and", "ST", "elevation", "in", "II-III-aVF", ",", "from", "V3", "to", "V6", "and", "V3R-V4R", ",", "and", "specular", "decrease", "in", "I-aVL-V1-V2", ".", "Fibrinolysis", "was", "decided", "as", "there", "was", "no", "Haemodynamics", "Unit", "at", "the", "centre", "and", "CORECAM", "(", "Castilla", "la", "Mancha", "Infarction", "Code", ")", "was", "activated", ".", "Despite", "NKT", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "ST", "elevation", "and", "was", "referred", "for", "rescue", "PTCA", ".", "Physical", "examination", ":", "relaxed", "sedentary", "patient", ",", "mechanically", "ventilated", "and", "requiring", "high", "doses", "of", "vasoactive", "drugs", ".", "BP", "70", "/", "40", ",", "HR", "30", "bpm", ",", "RR", "20", ",", "afebrile", ",", "SaO2", "100", "%", "MV", ".", "Head", "and", "neck", ":", "miosis", "and", "abundant", "sialorrhoea", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "bradycardic", ",", "rhythmic", "and", "regular", ".", "Lung", "fields", "with", "inspiratory", "and", "expiratory", "wheezing", ",", "crackling", "rales", "in", "both", "bases", "and", "abundant", "mobilisation", "of", "secretions", ".", "Abdomen", "globular", ",", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "assessable", ".", "Extremities", "with", "fasciculations", "and", "generalised", "myoclonus", ".", "Complementary", "tests", "CBC", ":", "leukocytes", "22", ",", "300", "with", "adequate", "differential", "count", ",", "Hb", "14", ".", "3", ",", "haematocrit", "43", "%", ",", "platelets", "221", ",", "000", ",", "Act", ".", "PT", "83", "%", ",", "fibrinogen", "258", ",", "glucose", "513", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "43", ",", "creatinine", "1", ".", "6", ",", "total", "protein", ":", "6", ".", "7", ",", "GOT", "832", ",", "GPT", "578", ",", "LDH", "1257", ",", "amylase", "117", ".", "ʟʟ", "Ions", ":", "Na", "134", ",", "K", "2", ".", "8", ",", "Cl", "101", ",", "Ca", "7", ".", "7", ",", "P", "12", ".", "8", ",", "Mg", "1", ".", "3", ".", "ʟʟʟ", "Myocardial", "injury", "markers", "at", "8", "hours", "after", "onset", "CPK", "2813", ",", "CK", "MB", "264", "and", "TnI", "43", ".", "4", ".", "Peak", "enzyme", "at", "24", "hours", "CPK", "6586", ",", "CK", "MB", ">", "304", "and", "TnI", ">", "76", ".", "ʟʟʟ", "Blood", "gases", ":", "PH", "7", ".", "01", ",", "PCO2", "38", ",", "PO2", "261", ",", "HCO3", "12", ".", "6", ",", "lactic", "acid", "92", ".", "Electrocardiogram", "before", "entering", "the", "haemodynamics", "room", ":", "unchanged", "with", "respect", "to", "that", "described", "prior", "to", "fibrinolysis", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiothoracic", "index", "at", "the", "high", "limit", "of", "normality", ".", "Interstitial", "infiltrate", "in", "both", "lower", "fields", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", "(", "vasoactive", "support", "and", "mechanical", "ventilation", ")", ":", "non-dilated", "LV", ",", "with", "inferoposterior", "akinesia", "and", "mid-apical", "septal", ",", "without", "signs", "of", "valvulopathy", "or", "mechanical", "complications", ",", "with", "LVEF", "of", "42", "%", ".", "Clinical", "course", "The", "patient", "was", "admitted", "directly", "to", "the", "haemodynamics", "ward", ".", "Prior", "to", "coronary", "angiography", ",", "a", "transient", "intravenous", "pacemaker", "was", "implanted", "via", "the", "right", "femoral", "vein", "and", "balloon", "counterpulsation", "via", "the", "left", "femoral", "artery", ".", "Coronary", "angiography", "showed", "right", "dominance", ",", "LMCA", "without", "lesions", ",", "LAD", "with", "parietal", "irregularities", "without", "significant", "stenosis", ",", "hypodeveloped", "Cx", "without", "stenosis", "and", "DC", "with", "complicated", "plaque", "and", "associated", "thrombus", "in", "the", "proximal", "region", ",", "distal", "vessel", "permeable", "with", "distal", "flow", "Timi", "2-3", "(", "video", "1", ")", ".", "Angioplasty", "guide", "wire", "is", "passed", "to", "distal", "DC", "and", "direct", "stent", "implantation", "in", "proximal", "DC", "up", "to", "the", "ostium", ";", "after", "which", "she", "presents", "no-reflow", "phenomenon", "that", "remits", "after", "intracoronary", "vasodilators", ".", "In", "ECG", "after", "rescue", "PTCA", "sinus", "rhythm", "at", "105", "bpm", ",", "QS", "in", "II-III-aVF", ",", "transition", "from", "QRS", "V1", "to", "V2", "with", "high", "R", "in", "V2", "and", "V3", ",", "persistent", "ST", "alterations", "(", "ST", "elevation", "in", "II-III-aVF", "and", "decrease", "in", "I-aVL-V1-V2", ")", ",", "AV", "block", "grade", "I", "with", "PR", "220", "msec", ".", "In", "view", "of", "the", "fact", "that", "his", "acute", "coronary", "symptoms", "had", "resolved", "and", "that", "the", "patient", "had", "symptoms", "(", "dyspnoea", ",", "abundant", "salivation", ",", "bronchorrhoea", ",", "fasciculations", ",", "hand", "tremor", ")", ",", "signs", "(", "miosis", ",", "sialorrhoea", ",", "bronchospasm", ",", "bronchorrhoea", ",", "bradycardia", ",", "AV", "block", ",", "myoclonias", ")", "and", "analytical", "findings", "(", "leukocytosis", ",", "hyperglycaemia", ",", "renal", "failure", ",", "hypokalaemia", ",", "hyperphosphataemia", ",", "hypomagnesaemia", ",", "metabolic", "acidosis", ")", "suggestive", "of", "organophosphate", "poisoning", ";", "Given", "the", "duration", "of", "cardiorespiratory", "arrest", ",", "it", "was", "decided", "to", "initiate", "hypothermia", ",", "atropinisation", ",", "sodium", "bicarbonate", ",", "magnesium", "sulphate", ",", "as", "well", "as", "haemodynamic", "and", "ventilatory", "support", ".", "Despite", "maintaining", "adequate", "haemodynamic", "and", "ventilatory", "support", "and", "achieving", "correction", "of", "metabolic", "acidosis", ",", "the", "patient", "progressed", "to", "progressive", "deterioration", ",", "renal", "failure", "requiring", "continuous", "haemodiafiltration", ",", "signs", "of", "hepatotoxicity", "and", "systemic", "inflammatory", "response", "syndrome", "in", "the", "first", "48", "hours", ".", "ECG", "after", "48", "hours", "of", "evolution", "in", "sinus", "rhythm", "at", "74", "bpm", ",", "QS", "in", "II-III-aVF", ",", "high", "R", "in", "V2", "and", "V3", ",", "slight", "ST", "elevation", "in", "II-III-aVF", "and", "slight", "decrease", "in", "I-aVLV1", "-", "V2", ")", ",", "AV", "block", "grade", "I", "with", "PR", "220", "msec", ".", "Two", "weeks", "after", "being", "in", "the", "ICU", ",", "he", "presented", "even", "more", "neurological", "deterioration", ",", "becoming", "spastic", ",", "with", "hyper-reactivity", "of", "tendon", "reflexes", ",", "signs", "of", "dysautonomia", "and", "coldness", "of", "the", "extremities", ".", "After", "a", "torpid", "evolution", "and", "presenting", ",", "among", "other", "complications", "typical", "of", "prolonged", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "respiratory", "distress", "syndrome", "and", "septic", "shock", "due", "to", "Pseudomona", ",", "the", "patient", "died", "after", "48", "days", "in", "the", "ICU", ".", "Diagnosis", "Cardiorespiratory", "arrest", "witnessed", "in", "ventricular", "fibrillation", ".", "Prolonged", "advanced", "cardiopulmonary", "resuscitation", ".", "Severe", "organophosphate", "poisoning", ".", "Acute", "coronary", "syndrome", "with", "ST-elevation", "of", "the", "inferior", "ST", "and", "RV", ".", "Fibrinolysis", "without", "reperfusion", "criteria", "+", "rescue", "PTCA", "in", "proximal", "DC", ".", "Acute", "renal", "failure", ".", "Continuous", "venovenous", "haemodiafiltration", ".", "Acute", "hepatitis", "of", "probable", "mixed", "toxic", "/", "ischaemic", "origin", ".", "Adult", "respiratory", "distress", "syndrome", ".", "Septic", "shock", "due", "to", "Pseudomona", "aeruginosa", ".", "Exitus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 76 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 384, "end": 390 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 583, "end": 589 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 69, "end": 76 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 776, "end": 783 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1283, "end": 1290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1394, "end": 1401 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2876, "end": 2883 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3923, "end": 3930 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4606, "end": 4613 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5385, "end": 5392 }, { "text": "Pseudomona", "label": "SPECIES", "start": 5369, "end": 5379 }, { "text": "Adult", "label": "HUMAN", "start": 5845, "end": 5850 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 5902, "end": 5923 }, { "text": "Pseudomona", "label": "SPECIES", "start": 5902, "end": 5912 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "10-year-old", "female", "patient", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "48h", ",", "vomiting", ",", "headache", "and", "right", "orbital", "swelling", "with", "palpebral", "ptosis", "and", "proptosis", ".", "CT", "scan", "showed", "right", "pansinusitis", "and", "superolateral", "intraorbital", "abscess", ",", "so", "IV", "antibiotics", "were", "administered", "and", "Maxillofacial", "Surgery", "performed", "external", "orbital", "drainage", ".", "S", ".", "intermedius", "and", "Moraxella", "osloensis", "were", "isolated", "in", "the", "abscess", "culture", ".", "The", "evolution", "was", "not", "good", "and", "the", "patient", "continued", "to", "present", "orbital", "inflammation", ",", "fever", "and", "vomiting", ".", "A", "new", "CT", "scan", "showed", "persistent", "pansinusitis", ",", "a", "new", "superomedial", "orbital", "abscess", "and", "frontoparietotemporal", "subdural", "empyema", ".", "Endoscopic", "drainage", "of", "the", "paranasal", "sinuses", "and", "medial", "orbit", "was", "performed", ",", "and", "neurosurgery", "carried", "out", "open", "drainage", "of", "the", "empyema", ".", "Despite", "these", "interventions", ",", "12", "hours", "later", ",", "a", "medial", "orbital", "abscess", "was", "seen", "again", "on", "CT", "scan", "and", "the", "patient", "underwent", "another", "operation", "by", "Maxillofacial", "Surgery", ".", "A", "culture", "of", "the", "subdural", "empyema", "isolated", "Parvimonas", "micra", ",", "an", "anaerobic", "commensal", "of", "the", "oral", "cavity", ".", "The", "evolution", "was", "slow", "during", "50", "days", "of", "hospitalisation", ",", "during", "which", "he", "presented", "candidemia", ",", "leukopenia", "and", "hypocomplementemia", ".", "Numerous", "follow-up", "MRI", "scans", "were", "performed", "until", "complete", "resolution", "was", "observed", ".", "Subsequent", "examinations", "ruled", "out", "persistent", "immune", "disorders", ".", "Six", "months", "later", ",", "the", "patient", "presented", "mild", "eyelid", "ptosis", "as", "a", "sequela", ".", "Our", "patient", "was", "immunocompetent", "and", "healthy", ",", "and", "from", "a", "very", "early", "stage", "presented", "with", "headache", "and", "vomiting", ".", "Cultures", "showed", "a", "polymicrobial", "infection", ",", "present", "in", "more", "than", "half", "of", "these", "patients", ",", "and", "with", "the", "usual", "combination", "of", "Gram", "+", "such", "as", "staphylococci", "and", "streptococci", "together", "with", "anaerobic", "bacteria", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Parvimonas micra", "label": "SPECIES", "start": 1017, "end": 1033 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 476, "end": 483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 912, "end": 919 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1378, "end": 1385 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "25-year-old", "male", "from", "Equatorial", "Guinea", "who", "had", "been", "a", "student", "in", "Spain", "for", "5", "months", ".", "He", "had", "no", "drug", "allergies", "and", "was", "an", "occasional", "cocaine", "user", "and", "sporadic", "tobacco", "smoker", ".", "His", "past", "history", "included", "childhood", "episodes", "of", "malaria", "and", "typhoid", "fever", ",", "and", "sexual", "practices", "at", "risk", "for", "sexually", "transmitted", "infections", ".", "The", "patient", "had", "undergone", "regular", "check-ups", "in", "his", "country", ",", "having", "been", "tested", "for", "HBV", ",", "HCV", ",", "lues", "and", "HIV", ",", "being", "negative", "in", "his", "last", "check-up", "prior", "to", "travelling", "to", "Spain", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "because", "he", "presented", "with", "a", "non-thermometric", "fever", "and", "progressive", "weight", "loss", ",", "and", "was", "diagnosed", "with", "mild", "anaemia", "and", "lymphocytosis", ",", "for", "which", "he", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "influenza", "syndrome", "and", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", ".", "On", "examination", "at", "the", "outpatient", "clinic", ",", "fever", ",", "weight", "loss", "and", "anaemia", "persisted", ",", "so", "laboratory", "tests", "were", "requested", ",", "including", "serology", "for", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "lues", ",", "thick", "gout", "and", "Plasmodium", "antigen", ",", "as", "well", "as", "an", "abdominal", "ultrasound", "and", "a", "coeliac", "disease", "study", ".", "He", "was", "reviewed", "in", "consultations", "after", "the", "results", "of", "the", "tests", "requested", ",", "with", "persistent", "fever", "and", "positive", "serology", "for", "HIV", ",", "and", "was", "therefore", "admitted", "for", "further", "study", ".", "On", "examination", "on", "admission", ",", "the", "patient", "was", "febrile", "(", "38", ".", "5oC", ")", ",", "with", "a", "blood", "pressure", "of", "125", "/", "100", "mmHg", ",", "without", "cutaneous-mucosal", "lesions", "or", "adenopathies", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "rhythmic", "heart", "sounds", "without", "audible", "murmurs", "and", "a", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "On", "abdominal", "palpation", ",", "there", "was", "discomfort", "in", "the", "right", "hypochondrium", "without", "defence", "and", "no", "visceromegaly", "was", "observed", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "other", "notable", "alterations", ".", "In", "the", "imaging", "tests", "requested", "from", "consultations", "prior", "to", "admission", ",", "both", "the", "chest", "X-ray", "and", "the", "abdominal", "ultrasound", "showed", "no", "alterations", ".", "The", "haemogram", "showed", "normocytic", "and", "normochromatic", "anaemia", "with", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "of", "10", ".", "3", "g", "/", "dL", ",", "4", ",", "460", "leukocytes", "/", "μL", "(", "neutrophils", ":", "62", ".", "2", "%", ",", "lymphocytes", ":", "1", ".", "2", "%", ",", "eosinophils", ":", "0", ".", "2", "%", ")", "and", "312", ",", "000", "platelets", "/", "μL", ".", "Biochemistry", "showed", "hypertransaminasemia", "(", "GOT", ":", "139", "U", "/", "L", ",", "GPT", ":", "146", "U", "/", "L", ")", ",", "with", "CPK", "of", "678", "mg", "/", "dL", ",", "ferritin", "of", "1", ",", "540", "ng", "/", "mL", "and", "C-reactive", "protein", "of", "47", ".", "34", "mg", "/", "L", ".", "Renal", "function", "and", "ions", "were", "in", "the", "normal", "range", ",", "although", "there", "was", "proteinuria", "in", "the", "non-nephrotic", "range", "with", "hypoalbuminaemia", ".", "Coagulation", "times", "were", "prolonged", "compared", "to", "control", "(", "PT", ":", "1", ".", "18-fold", ";", "aPTT", ":", "1", ".", "25-fold", ")", ".", "HIV", "plasma", "viral", "load", "was", "over", "2", ",", "000", ",", "000", "copies", "/", "ml", "and", "CD4", "count", "showed", "65", "cells", "/", "μL", ".", "He", "was", "HBV", "surface", "antigen", "positive", "with", "1", ",", "278", "viral", "DNA", "copies", "/", "mL", ".", "The", "following", "tests", "were", "negative", ":", "HCV", "and", "syphilis", "serology", ",", "cryptococcal", "blood", "antigen", ",", "Plasmodium", "study", "(", "thick", "blood", "smear", "and", "antigen", ")", ",", "blood", "cultures", ",", "CSF", "analysis", "and", "culture", ",", "sputum", "smear", "(", "two", "samples", ")", "and", "tuberculin", "test", ".", "Given", "the", "diagnosis", "of", "HIV", "infection", ",", "antiretroviral", "treatment", "with", "HBV", "coverage", "was", "started", "with", "raltegravir", ",", "emtricitabine", "and", "tenofovir", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "constitutional", "symptoms", ",", "blood", "cultures", "for", "mycobacteria", "were", "taken", "and", "fibrobronchoscopy", ",", "fundus", "visualisation", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "were", "requested", ".", "The", "sputum", "smears", "of", "the", "fibrobronchoscopy", "specimens", "were", "negative", ",", "and", "no", "choroidal", "tubercles", "were", "seen", "in", "the", "ocular", "fundus", ".", "The", "patient", "remained", "afebrile", ",", "with", "palpable", "laterocervical", "and", "submandibular", "lymphadenopathy", "and", "abdominal", "pain", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "showed", "mild", "splenomegaly", "with", "multiple", "poorly", "defined", "non-cystic", "hypodense", "lesions", "scattered", "throughout", "the", "splenic", "parenchyma", ",", "compatible", "with", "microabscesses", ".", "In", "the", "thorax", ",", "multiple", "necrotic", "adenopathies", "of", "pathological", "size", "were", "seen", ",", "mainly", "at", "the", "right", "supraclavicular", ",", "hilar", "and", "mediastinal", "levels", ",", "in", "addition", "to", "a", "tree-shaped", "pattern", "in", "the", "lung", "parenchyma", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "are", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "a", "recent", "diagnosis", "of", "HIV", "infection", "who", "presented", "with", "fever", "and", "weight", "loss", ",", "together", "with", "splenomegaly", "with", "splenic", "microabscesses", ",", "as", "well", "as", "disseminated", "lymphadenopathy", "and", "a", "tree-like", "pattern", "in", "the", "pulmonary", "parenchyma", ".", "Given", "the", "clinical", "presentation", "of", "our", "patient", "and", "the", "findings", "on", "imaging", "tests", ",", "the", "following", "differential", "diagnoses", "should", "be", "considered", ":", "Solid", "neoplasms", ".", "Despite", "the", "persistent", "fever", ",", "the", "possibility", "of", "a", "solid", "neoplasm", "could", "not", "be", "ruled", "out", "at", "the", "outset", "in", "this", "patient", ",", "given", "the", "constitutional", "symptoms", "he", "presented", ".", "However", ",", "after", "performing", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", ",", "this", "entity", "was", "ruled", "out", ".", "The", "presence", "of", "multiple", "pathological", "lymphadenopathies", ",", "together", "with", "the", "existence", "of", "B", "symptoms", "(", "fever", "and", "weight", "loss", ")", ",", "made", "it", "necessary", "to", "consider", "the", "presence", "of", "lymphoma", ",", "which", "can", "give", "rise", "to", "splenic", "lesions", "that", "simulate", "microabscesses", ",", "although", "the", "necrotic", "lymphadenopathies", "observed", "in", "our", "patient", "are", "more", "typical", "of", "other", "entities", ".", "Among", "the", "lymphoproliferative", "disorders", ",", "the", "possibility", "of", "Castleman", "'", "s", "disease", "should", "be", "considered", ",", "a", "rare", "entity", "characterised", "by", "systemic", "symptoms", "including", "fever", ",", "weakness", ",", "severe", "weight", "loss", ",", "generalised", "lymphadenopathy", "and", "hepatosplenomegaly", ".", "Pathological", "examination", "of", "lymph", "nodes", "reveals", "angiofollicular", "hyperplasia", ",", "atrophic", "germinal", "centres", "surrounded", "by", "concentric", "layers", "of", "small", "B", "cells", ",", "with", "a", "typical", "onion", "skin", "appearance", ",", "and", "intense", "interfollicular", "plasma", "cell", "hyperplasia", ".", "In", "HIV-infected", "patients", "it", "appears", "mainly", "in", "the", "presence", "of", "active", "human", "herpesvirus", "type", "8", "(", "HHV-8", ")", "infection", ".", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "which", "may", "cause", "splenic", "lesions", "that", "can", "be", "mistaken", "for", "microabscesses", "on", "imaging", "tests", ",", "may", "also", "be", "considered", "as", "a", "neoplasm", ".", "The", "absence", "of", "typical", "skin", "lesions", "would", "militate", "against", "this", "entity", ".", "Infections", ".", "In", "the", "presence", "of", "fever", ",", "lymphadenopathy", "and", "splenic", "microabscesses", "in", "a", "patient", "with", "HIV", "infection", ",", "a", "number", "of", "infectious", "agents", "should", "be", "considered", "as", "the", "cause", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "For", "example", ",", "disseminated", "Pneumocystis", "jirovecii", "infection", "can", "cause", "splenic", "abscesses", ",", "but", "these", "occur", "in", "the", "context", "of", "severe", "Pneumocystis", "pneumonia", "or", "in", "patients", "on", "inhaled", "pentamidine", "prophylaxis", ",", "which", "protects", "only", "the", "lungs", ".", "Another", "entity", "to", "consider", "is", "disseminated", "Aspergillus", "spp", ".", "infection", ",", "which", "can", "cause", "splenic", "lesions", "in", "HIV-infected", "patients", ".", "In", "addition", "to", "a", "low", "CD4", "count", ",", "as", "in", "our", "patient", ",", "other", "predisposing", "factors", "such", "as", "treatment", "with", "corticosteroids", "or", "the", "presence", "of", "severe", "neutropenia", "are", "common", ",", "and", "it", "would", "be", "expected", "to", "find", "greater", "pulmonary", "involvement", "than", "that", "seen", "in", "our", "case", ".", "Hepatosplenic", "candidiasis", "presents", "with", "microabscesses", "in", "the", "liver", "and", "spleen", "and", "is", "associated", "with", "fever", ",", "but", "it", "is", "a", "typical", "entity", "in", "haematological", "patients", "when", "they", "recover", "from", "neutropenia", ",", "so", "it", "would", "be", "very", "unlikely", "in", "the", "case", "we", "present", ".", "Another", "entity", "to", "be", "taken", "into", "account", "is", "bacillary", "angiomatosis", "due", "to", "Bartonella", "henselae", ",", "which", "can", "affect", "the", "spleen", ",", "but", "our", "patient", "did", "not", "have", "the", "typical", "skin", "lesions", ".", "Finally", ",", "within", "the", "infectious", "aetiology", ",", "the", "micro-organism", "most", "frequently", "associated", "with", "splenic", "microabscesses", "in", "patients", "with", "HIV", "infection", "is", "Mycobacterium", "tuberculosis", ".", "Disseminated", "tuberculosis", "presents", "with", "fever", "and", "lymphadenopathy", "in", "multiple", "territories", ",", "often", "necrotic", ",", "and", "can", "cause", "hepatosplenomegaly", "and", ",", "sometimes", ",", "images", "suggestive", "of", "microabscesses", "at", "the", "hepatic", "and", "splenic", "level", ",", "making", "it", "the", "most", "likely", "entity", "in", "our", "patient", ".", "Regardless", "of", "the", "cause", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "given", "the", "persistence", "of", "fever", ",", "elevated", "ferritin", "and", "splenomegaly", ",", "the", "presence", "of", "haemophagocytic", "syndrome", "should", "be", "taken", "into", "account", ",", "which", "may", "be", "idiopathic", "or", "associated", "with", "tumours", "or", "infections", ".", "For", "diagnosis", ",", "five", "of", "the", "following", "eight", "criteria", "must", "be", "met", ":", "high", "fever", "(", "greater", "than", "38", ".", "3", "oC", ")", ";", "elevated", "ferritin", "(", "greater", "than", "500", "ng", "/", "mL", ")", ";", "splenomegaly", ";", "at", "least", "two", "cytopenias", "(", "Hb", "less", "than", "9", "g", "/", "dL", ",", "platelet", "count", "less", "than", "100", ",", "000", "/", "μL", ",", "less", "than", "1", ".", "000", "neutrophils", "/", "μL", ")", ";", "hypertriglyceridaemia", "(", "greater", "than", "265", "mg", "/", "dL", ")", "or", "hypofibrinogenemia", "(", "less", "than", "1", ".", "5", "g", "/", "dL", ")", ";", "haemophagocytosis", "(", "in", "bone", "marrow", ",", "spleen", "or", "lymph", "nodes", ")", ";", "low", "or", "absent", "natural", "killer", "(", "NK", ")", "cell", "activity", ";", "and", "elevated", "soluble", "interleukin-2", "receptor", "alpha", "(", "soluble", "CD25", ")", "(", "greater", "than", "2", ",", "400", "U", "/", "mL", ")", ".", "Evolution", "It", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "tuberculostatic", "treatment", "with", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", ",", "ethambutol", "and", "isonised", ",", "and", "a", "fine", "needle", "aspiration", "puncture", "(", "FNA", ")", "of", "a", "left", "submandibular", "adenopathy", "was", "performed", ",", "with", "a", "negative", "smear", "test", ",", "so", "a", "surgical", "biopsy", "was", "performed", "at", "a", "later", "stage", ".", "The", "patient", "initially", "remained", "febrile", "and", "ferritin", "levels", "rose", "to", "a", "maximum", "of", "7", ",", "146", "ng", "/", "mL", ".", "Analysis", "of", "NK", "cell", "activity", "was", "normal", ",", "but", "soluble", "interleukin-2", "receptor", "alpha", "was", "elevated", "with", "a", "value", "of", "3", ",", "135", "U", "/", "mL", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "was", "not", "performed", "to", "confirm", "or", "rule", "out", "haemophagocytosis", "because", "the", "patient", "started", "to", "improve", "clinically", "and", "analytically", ".", "Finally", ",", "blood", "cultures", "for", "mycobacteria", "grew", "M", ".", "tuberculosis", ",", "sensitive", "to", "streptomycin", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", ",", "isoniazid", "and", "ethambutol", ".", "Pathological", "examination", "of", "the", "lymph", "node", "biopsy", "revealed", "necrotising", "granulomatous", "lymphadenitis", ",", "with", "negative", "Ziehl-Neelsen", "stain", ",", "PAS", "and", "Grocott", "stain", ",", "without", "findings", "suggestive", "of", "lymphoma", "or", "Castleman", "'", "s", "disease", ".", "Polymerase", "chain", "reaction", "for", "HHV-8", "was", "positive", "in", "blood", ".", "Final", "diagnosis", "Disseminated", "tuberculosis", "with", "splenic", ",", "pulmonary", "and", "lymph", "node", "involvement", "in", "a", "patient", "with", "HIV", "infection", ".", "HBV", "and", "HHV-8", "co-infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 424, "end": 427 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 953, "end": 956 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 429, "end": 432 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 958, "end": 961 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 443, "end": 446 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 948, "end": 951 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1194, "end": 1197 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2825, "end": 2828 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2840, "end": 2854 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 2634, "end": 2646 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 2785, "end": 2795 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2430, "end": 2435 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2551, "end": 2556 }, { "text": "Plasmodium", "label": "SPECIES", "start": 2662, "end": 2672 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3021, "end": 3033 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3290, "end": 3297 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 3740, "end": 3744 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3865, "end": 3868 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3830, "end": 3837 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4109, "end": 4116 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 4023, "end": 4027 }, { "text": "HHV-8", "label": "SPECIES", "start": 5423, "end": 5428 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5331, "end": 5334 }, { "text": "onion", "label": "SPECIES", "start": 5252, "end": 5257 }, { "text": "human herpesvirus type 8", "label": "SPECIES", "start": 5397, "end": 5421 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4339, "end": 4346 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4790, "end": 4797 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5344, "end": 5352 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 6139, "end": 6154 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 5888, "end": 5910 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5758, "end": 5761 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6202, "end": 6205 }, { "text": "infectious agents", "label": "SPECIES", "start": 5785, "end": 5802 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5745, "end": 5752 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6267, "end": 6274 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6020, "end": 6028 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6215, "end": 6223 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6637, "end": 6645 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 6808, "end": 6827 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 7063, "end": 7089 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7046, "end": 7049 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 6959, "end": 6973 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6866, "end": 6873 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7357, "end": 7364 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7032, "end": 7040 }, { "text": "HHV-8", "label": "SPECIES", "start": 9245, "end": 9250 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "female", "patient", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "Crohn", "'", "s", "disease", "being", "treated", "with", "mesalazine", ",", "who", "was", "followed", "up", "in", "the", "urology", "department", "for", "a", "history", "of", "left", "chorioriform", "lithiasis", ",", "for", "which", "she", "underwent", "open", "pyelolithotomy", "in", "2002", "and", "at", "least", "six", "sessions", "of", "ESWL", "in", "another", "centre", ",", "who", "underwent", "percutaneous", "left", "nephrolithotomy", "in", "February", "2012", "due", "to", "the", "presence", "of", "lithiasis", "in", "the", "left", "lower", "caliceal", "group", "measuring", "1", ".", "8", "x", "1", ".", "7", "cm", ".", "An", "attempt", "at", "percutaneous", "nephrolithotomy", "(", "PNL", ")", "was", "performed", "in", "the", "prone", "position", ",", "but", "failed", "because", "the", "urinary", "tract", "could", "not", "be", "approached", "after", "multiple", "attempts", ".", "A", "catheter", "was", "left", "as", "retroperitoneal", "drainage", "and", "a", "double", "J", "catheter", "was", "placed", "retrograde", ".", "The", "postoperative", "abdominal", "X-ray", "shows", "the", "correct", "placement", "of", "the", "double", "J", "catheter", "and", "also", "reveals", "the", "presence", "of", "a", "metal", "dense", "material", "superimposed", "on", "the", "left", "flank", ".", "Given", "that", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "an", "expectant", "attitude", "to", "the", "presence", "of", "a", "foreign", "body", ".", "The", "procedure", "was", "repeated", "in", "April", "2012", ",", "successfully", "performing", "left", "LNL", ",", "achieving", "total", "extraction", "of", "the", "lithiasic", "fragments", ",", "and", "placing", "a", "new", "double", "J", "catheter", ",", "which", "was", "removed", "in", "the", "consultation", "room", "21", "days", "later", ".", "The", "patient", "visited", "the", "clinic", "for", "a", "check-up", "3", "months", "after", "the", "operation", ",", "reporting", "palpable", "induration", "at", "abdominal", "level", ".", "The", "follow-up", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "the", "presence", "of", "a", "metallic", "foreign", "body", "in", "the", "left", "paraumbilical", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ".", "Physical", "examination", "Abdominal", "examination", "revealed", "a", "superficial", "linear", "induration", "in", "the", "left", "paraumbilical", "region", ".", "Complementary", "tests", "-", "Postoperative", "postoperative", "abdominal", "X-ray", "failed", "left", "PNL", ":", "left", "double", "J", "catheter", "in", "apparently", "adequate", "location", ".", "Drainage", "superimposed", "on", "the", "left", "renal", "silhouette", ".", "Metal", "density", "material", "superimposed", "on", "the", "left", "flank", ".", "Surgical", "technique", "to", "be", "assessed", ".", "Left", "renal", "lithiasis", "without", "significant", "changes", ".", "-", "Abdominal", "CT", "scan", ":", "changes", "in", "relation", "to", "the", "left", "percutaneous", "nephrolithotomy", ",", "identifying", "a", "lithiasis", "in", "relation", "to", "the", "lower", "calcific", "group", "of", "approximately", "5-6", "mm", ".", "Small", "lithiasis", "in", "the", "middle", "caliceal", "group", ",", "millimetric", ".", "Metallic", "foreign", "body", "in", "relation", "to", "the", "fat", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "in", "the", "left", "paraumbilical", "region", ".", "Diagnosis", "Metallic", "foreign", "body", "in", "the", "left", "paraumbilical", "subcutaneous", "tissue", ",", "in", "a", "woman", "with", "a", "history", "of", "left", "LNPL", ",", "with", "presence", "of", "metallic", "material", "superimposed", "on", "the", "left", "flank", "in", "the", "immediate", "postoperative", "period", ".", "Treatment", "In", "September", "2012", ",", "under", "local", "anaesthesia", ",", "a", "left", "paraumbilical", "foreign", "body", "compatible", "with", "a", "sensor", "guide", ",", "about", "4", "cm", "long", ",", "in", "two", "segments", ",", "was", "removed", "with", "a", "mosquito", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "discharged", "the", "same", "day", "as", "the", "operation", ".", "Follow-up", "in", "consultation", "one", "month", "later", ",", "she", "is", "asymptomatic", ".", "She", "is", "awaiting", "a", "follow-up", "abdominal", "CT", "scan", "and", "urine", "culture", "to", "monitor", "her", "lithiasic", "pathology", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 38 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 30 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 939, "end": 946 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1284, "end": 1291 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 2435, "end": 2440 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2774, "end": 2781 } ]

[ "A", "70-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "pathological", "interest", "including", "AHT", ",", "type", "II", "DM", "with", "poor", "control", ",", "ischaemic-hypertensive", "heart", "disease", "with", "involvement", "of", "the", "anterior", "descending", "coronary", "artery", "which", "had", "been", "revascularised", "7", "years", "earlier", "with", "two", "drug-eluting", "stents", ",", "a", "traffic", "accident", "10", "months", "earlier", "with", "fracture", "of", "L1", ",", "severe", "aortic", "valve", "stenosis", "pending", "intervention", "at", "the", "time", "of", "admission", ".", "Neoplasia", "of", "the", "middle", "rectum", "operated", "on", "at", "another", "centre", "three", "months", "earlier", ",", "with", "colostomy", ".", "During", "admission", "he", "suffered", "severe", "sepsis", ",", "requiring", "admission", "to", "intensive", "care", "and", "placement", "of", "a", "central", "catheter", ".", "Since", "then", ",", "several", "admissions", "to", "the", "local", "regional", "hospital", "for", "decompensation", "of", "heart", "failure", ",", "with", "dyspnoea", "and", "fever", "attributed", "to", "respiratory", "and", "urinary", "infections", "that", "resolved", "satisfactorily", "with", "empirical", "treatment", ".", "Current", "treatment", ":", "omeprazole", ",", "bisoprolol", ",", "simvastatin", ",", "glibenclamide", ",", "metformin", "/", "sitagliptin", ",", "ASA", ",", "zolpidem", ",", "candesartan", "/", "hydrochlorothiazide", ".", "He", "was", "transferred", "to", "our", "centre", "from", "his", "referral", "hospital", ",", "where", "he", "was", "admitted", "for", "acute", "pulmonary", "oedema", ",", "for", "surgical", "repair", "of", "severe", "aortic", "stenosis", ".", "Five", "days", "after", "admission", "he", "presented", "a", "fever", "peak", "of", "38oC", "with", "no", "other", "symptoms", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "acute", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "with", "creatinine", "1", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "105", "mg", "/", "dl", "and", "estimated", "creatinine", "clearance", "of", "47", "ml", "/", "min", ",", "21600", "leukocytes", "with", "95", "%", "neutrophils", ",", "procalcitonin", "6", ".", "9", "ng", "/", "ml", ",", "C-reactive", "protein", "152", "mg", "/", "L", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "a", "normal", "cardiothoracic", "index", ",", "calcification", "of", "the", "aortic", "annulus", "and", "prominence", "of", "the", "aortic", "arch", ",", "without", "pulmonary", "interstitial", "involvement", ",", "condensation", ",", "effacement", "of", "costophrenic", "sinuses", "or", "other", "alterations", ".", "The", "microbiology", "laboratory", "reported", "the", "growth", "of", "Gram-positive", "cocci", "in", "blood", "cultures", ",", "identified", "as", "Staphylococcus", "aureus", "by", "MALDI-TOF", ".", "With", "this", "information", ",", "the", "patient", "was", "clinically", "assessed", "by", "the", "PROA", "team", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "found", "a", "male", "patient", "with", "severe", "aortic", "stenosis", ",", "pending", "surgery", ",", "presenting", "fever", "and", "positive", "blood", "cultures", "for", "S", ".", "aureus", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "The", "differential", "diagnoses", "to", "consider", "in", "this", "patient", "with", "S", ".", "aureus", "bacteraemia", "are", ":", "-", "Infective", "endocarditis", ".", "In", "favour", "of", "this", "diagnosis", "are", "the", "presence", "of", "S", ".", "aureus", "in", "2", "separate", "blood", "cultures", ",", "fever", "over", "38oC", ",", "aortic", "valve", "involvement", "(", "predisposing", "cardiac", "anomaly", ")", ".", "However", ",", "it", "has", "only", "1", "major", "and", "2", "minor", "criteria", "of", "the", "modified", "Duke", "criteria", ".", "-", "Catheter", "infection", ".", "The", "patient", "has", "a", "cannulated", "peripheral", "line", "at", "the", "time", "of", "the", "febrile", "peak", ",", "with", "no", "erythema", ",", "oedema", ",", "palpable", "cord", "or", "induration", ",", "making", "this", "diagnosis", "very", "unlikely", ".", "-", "Infectious", "or", "pyogenic", "spondylodiscitis", ".", "Diagnosis", "to", "be", "considered", "when", "S", ".", "aureus", "is", "isolated", "in", "blood", "cultures", ".", "The", "patient", "is", "diabetic", "and", "has", "a", "neoplasm", ",", "both", "being", "predisposing", "factors", ".", "However", ",", "he", "does", "not", "present", "dorsal", "or", "lumbar", "pain", "and", "the", "clinical", "presentation", "is", "acute", ",", "which", "makes", "this", "diagnosis", "less", "likely", ".", "Evolution", "To", "clarify", "the", "differential", "diagnosis", ",", "echocardiography", "was", "performed", "due", "to", "the", "high", "clinical", "suspicion", "of", "endocarditis", ",", "informing", "us", "of", "the", "presence", "of", "a", "mobile", ",", "rounded", ",", "calcified", "image", "measuring", "1", ".", "32", "x", "1", ".", "1", "cm", "in", "the", "mitral", "valve", ".", "Transesophageal", "echocardiography", "was", "requested", ",", "which", "confirmed", "the", "existence", "of", "a", "mitral", "valve", "wart", ",", "with", "severe", "mitral", "valve", "insufficiency", "and", "a", "severely", "calcified", "aortic", "valve", "with", "reduced", "opening", ".", "TTE", ":", "mitral", "valve", "vegetation", ".", "The", "result", "of", "the", "echocardiography", "together", "with", "the", "blood", "cultures", "establishes", "the", "diagnosis", "of", "endocarditis", ",", "defined", "as", "meeting", "2", "major", "Duke", "criteria", ".", "Due", "to", "the", "absence", "of", "key", "symptoms", "and", "the", "clinical", "examination", ",", "other", "diagnoses", "are", "ruled", "out", ".", "Given", "the", "risk", "of", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", ",", "as", "it", "was", "a", "nosocomial", "infection", "and", "the", "patient", "'", "s", "renal", "deterioration", ",", "with", "a", "glomerular", "filtration", "rate", "<", "50", "ml", "/", "min", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "daptomycin", "at", "a", "dose", "of", "10", "mg", "/", "kg", ",", "ruling", "out", "the", "use", "of", "gentamicin", "in", "association", "with", "cloxacillin", "or", "vancomycin", ".", "The", "following", "day", "the", "antibiogram", "results", "confirmed", "the", "presence", "of", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", ",", "sensitive", "to", "vancomycin", "(", "MIC", "of", "1", "mcg", "/", "mL", ")", "and", "daptomycin", "(", "MIC", "0", ".", "25", "mcg", "/", "mL", ")", ".", "Control", "blood", "cultures", "were", "taken", "every", "48-72", "hours", "due", "to", "persistent", "fever", ",", "and", "the", "first", "two", "rounds", "were", "positive", ".", "In", "the", "second", "round", ",", "six", "days", "after", "treatment", ",", "a", "new", "resistance", "study", "was", "requested", ",", "associating", "cloxacillin", "to", "the", "treatment", "until", "the", "results", "of", "the", "antibiogram", "were", "available", ".", "We", "were", "informed", "of", "the", "appearance", "of", "resistance", "to", "daptomycin", "with", "an", "MIC", "of", "2", "mcg", "/", "mL", ".", "On", "reviewing", "the", "analytical", "analysis", ",", "the", "patient", "'", "s", "renal", "function", "improved", "(", "creatinine", "0", ".", "9", "mg", "/", "dl", ")", ",", "which", "is", "why", "we", "changed", "to", "vancomycin", ",", "with", "an", "MIC", "of", "1", "mcg", "/", "mL", ".", "During", "treatment", ",", "the", "patient", "again", "suffered", "acute", "pulmonary", "oedema", ",", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "and", "underwent", "urgent", "valve", "replacement", ".", "The", "surgeon", "described", "the", "presence", "of", "endocarditis", "of", "the", "posterior", "mitral", "leaflet", "and", "part", "of", "the", "anteroposterior", "commissure", ",", "with", "an", "abscess", "at", "the", "level", "of", "the", "posterior", "annulus", "and", "involvement", "of", "the", "atrioventricular", "groove", ".", "After", "cleaning", "and", "excision", "of", "devitalised", "and", "infected", "tissues", ",", "the", "AV", "groove", "was", "repaired", "with", "Teflon", "band", "and", "the", "mitral", "and", "aortic", "valves", "were", "replaced", "with", "bioprostheses", ".", "The", "valve", "was", "sent", "for", "culture", "and", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", "grew", ",", "but", "was", "again", "sensitive", "to", "daptomycin", ".", "Treatment", "was", "maintained", "with", "vancomycin", "and", "she", "was", "transferred", "to", "the", "ward", "for", "continuity", "of", "care", ".", "He", "had", "a", "new", "febrile", "peak", ",", "S", ".", "aureus", "sensitive", "to", "daptomycin", "and", "vancomycin", "was", "isolated", "again", "and", "vancomycin", "was", "maintained", "for", "six", "weeks", "after", "the", "last", "positive", "blood", "culture", "adjusted", "to", "trough", "levels", "in", "blood", "(", "15-20", "mcg", "/", "ml", ")", "and", "gentamicin", "(", "240", "mg", "/", "day", ")", "for", "two", "weeks", "and", "rifampicin", "(", "600", "mg", "/", "12", "hours", ")", "for", "six", "weeks", "were", "associated", ",", "resolving", "the", "persistent", "bacteraemia", "and", "with", "good", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "without", "renal", "or", "hepatic", "deterioration", ".", "Final", "diagnosisInfective", "endocarditis", "on", "native", "mitral", "valve", "caused", "by", "MRSA", ",", "complicated", "by", "perivalvular", "abscess", ",", "acute", "renal", "failure", "and", "development", "of", "resistance", "to", "daptomycin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1862, "end": 1883 }, { "text": "Gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 1809, "end": 1828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1925, "end": 1932 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 2010, "end": 2014 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2015, "end": 2022 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2118, "end": 2127 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2236, "end": 2247 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2213, "end": 2220 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3856, "end": 3863 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3804, "end": 3813 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4176, "end": 4185 }, { "text": "methicillin-resistant S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3782, "end": 3813 }, { "text": "methicillin-resistant S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4154, "end": 4185 }, { "text": "surgeon", "label": "HUMAN", "start": 4949, "end": 4956 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4690, "end": 4697 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4834, "end": 4841 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5922, "end": 5933 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5965, "end": 5972 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 5408, "end": 5417 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 5591, "end": 5600 }, { "text": "methicillin-resistant S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 5386, "end": 5417 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 6086, "end": 6090 } ]

[ "Personal", "history", "Male", ",", "47", "years", "old", ",", "moderate", "drinker", "with", "no", "medical", "history", "of", "interest", ",", "except", "for", "frequent", "trips", "(", "1-2", "per", "year", ")", "to", "the", "Dominican", "Republic", "for", "the", "last", "twenty", "years", ".", "Present", "illness", "During", "the", "last", "trip", "to", "the", "Dominican", "Republic", ",", "he", "presented", "an", "episode", "of", "diarrhoea", "without", "pathological", "products", "that", "was", "treated", "empirically", "with", "metronidazole", ",", "with", "a", "good", "response", ".", "On", "his", "return", ",", "he", "consulted", "for", "a", "month-long", "episode", "of", "diarrhoea", "(", "10-15", "stools", "/", "day", ")", ",", "with", "steatorrhoeic", "stools", ",", "without", "pathological", "products", "and", "accompanied", "by", "a", "weight", "loss", "of", "about", "fourteen", "kilos", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "not", "jaundiced", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "The", "abdominal", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "palpation", "of", "masses", "or", "organomegaly", ",", "and", "no", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemogram", "and", "biochemical", "analysis", ",", "including", "ESR", ",", "CRP", ",", "LDH", ",", "iron", "metabolism", ",", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", "were", "normal", ".", "Quantification", "of", "fat", "in", "24-hour", "stool", "was", "pathological", ",", "the", "result", "being", "33", "g", "(", "normal", "value", "<", "6", "g", ")", ".", "Stool", "microbiology", "(", "stool", "culture", ",", "parasites", ",", "mycobacteria", ",", "Clostridium", "difficile", "toxin", "and", "Giardia", "lamblia", "antigen", ")", "was", "negative", ".", "Entamoeba", "histolytica", "serology", "was", "positive", "at", "a", "titre", "of", "1", "/", "32", "by", "IFA", "(", "IgG", ")", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "Anti-gliadin", "and", "anti-endomysial", "antibodies", "were", "negative", ".", "Barium", "intestinal", "transit", "showed", "discrete", "dilatation", "of", "the", "loops", "with", "dilution", "of", "the", "loops", "and", "multiple", "repletion", "defects", "with", "fragmentation", "and", "segmentation", "of", "the", "contrast", "medium", "suggestive", "of", "malabsorption", ".", "Diagnostic", "test", "Upper", "endoscopy", "with", "duodenal", "biopsy", "showed", "partial", "villous", "atrophy", ",", "cryptic", "hyperplasia", ",", "intraepithelial", "lymphocytosis", "(", "immunophenotype", "CD3", "+", "and", "CD8", "+", ")", "and", "negative", "microbiology", ".", "Clinical", "judgement", "Tropical", "sprue", ".", "Evolution", "Empirical", "treatment", "with", "metronidazole", "was", "started", "on", "suspicion", "of", "G", ".", "lamblia", "infection", "without", "clinical", "improvement", ".", "Subsequently", ",", "after", "diagnosis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "tetracycline", "hydrochloride", "250", "mg", "/", "6", "hours", "and", "folic", "acid", "10", "mg", "/", "day", "with", "disappearance", "of", "symptoms", "in", "48", "hours", "and", "weight", "gain", ".", "After", "one", "year", "of", "follow-up", "there", "have", "been", "no", "recurrences", "." ]

[ 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 615, "end": 622 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 1133, "end": 1154 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 1204, "end": 1225 }, { "text": "Giardia lamblia", "label": "SPECIES", "start": 1165, "end": 1180 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1281, "end": 1284 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1119, "end": 1131 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1108, "end": 1117 }, { "text": "G. lamblia", "label": "SPECIES", "start": 1889, "end": 1899 } ]

[ "Anamnesis", "65-year-old", "woman", ",", "allergic", "to", "colchicine", "derivatives", "and", "diclofenac", ".", "No", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "chronic", "medication", ".", "Her", "only", "history", "was", "severe", "kyphoscoliosis", "and", "she", "had", "undergone", "hysterectomy", "with", "double", "adnexectomy", "and", "removal", "of", "a", "neurofibroma", ".", "Oncological", "history", ":", "in", "July", "2017", ",", "she", "was", "diagnosed", "with", "stage", "IV", "left-sided", "clear", "cell", "renal", "cell", "carcinoma", "with", "lung", "and", "lymph", "node", "involvement", ".", "In", "August", "of", "the", "same", "year", ",", "she", "started", "treatment", "with", "sunitinib", "50", "mg", "/", "24", "h", "(", "4", "/", "6", "schedule", ")", "as", "first", "line", "for", "metastatic", "disease", ".", "One", "month", "after", "starting", "treatment", ",", "he", "visited", "the", "emergency", "department", "for", "the", "last", "four", "days", "with", "frank", "haematuria", ".", "She", "did", "not", "report", "voiding", "syndrome", "or", "fever", ".", "She", "only", "associated", "isolated", "episodes", "of", "vomiting", "with", "food", "content", ",", "without", "abdominal", "pain", "or", "altered", "gastrointestinal", "transit", ".", "Physical", "examination", "Afebrile", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Karnofsky", "index", "70", "%", ".", "Mucocutaneous", "pallor", ".", "No", "haematomas", "or", "palpable", "adenopathies", "were", "observed", ".", "Cardiopulmonary", "and", "abdominal", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "showed", "leukocytes", "3", ",", "400", "/", "mcl", ",", "haemoglobin", "10", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "with", "normal", "mean", "corpuscular", "volume", "and", "mean", "corpuscular", "haemoglobin", ",", "platelets", "31", ",", "000", "/", "mcl", ",", "urea", "43", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "89", "mg", "/", "dl", "and", "C-reactive", "protein", "77", "mg", "/", "l", ".", "The", "urine", "system", "on", "admission", "showed", "negative", "nitrites", "and", "in", "the", "sediment", "25-50", "red", "blood", "cells", "/", "field", "and", "2-5", "leukocytes", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "the", "known", "pulmonary", "nodules", "with", "no", "other", "relevant", "findings", ".", "Diagnosis", "\"", "Stage", "IV", "renal", "carcinoma", "treated", "with", "sunitinib", ".", "\"", "Grade", "4", "thrombocytopenia", "secondary", "to", "antiangiogenic", "therapy", ".", "\"", "Haematuria", "secondary", "to", "thrombocytopenia", ".", "Treatment", "Given", "the", "frank", "haematuria", ",", "a", "bladder", "catheter", "was", "placed", "for", "continuous", "bladder", "lavage", ",", "tranexamic", "acid", "0", ".", "5g", "/", "8", "h", "was", "prescribed", "and", "a", "platelet", "concentrate", "was", "transfused", ",", "with", "slight", "clinical", "and", "laboratory", "improvement", ".", "During", "admission", ",", "daily", "haemograms", "were", "performed", ",", "showing", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "platelet", "count", ",", "for", "which", "reason", "low-dose", "corticotherapy", "was", "added", "(", "methylprednisolone", "20", "mg", "/", "12", "h", ")", ",", "without", "achieving", "an", "increase", "in", "this", "analytical", "parameter", ".", "Despite", "the", "prescribed", "treatment", ",", "the", "patient", "continued", "to", "have", "haematuria", "and", "a", "platelet", "count", "of", "6", ",", "000", "/", "mcl", ",", "so", "a", "peripheral", "smear", "was", "requested", ";", "this", "figure", "was", "confirmed", "and", "schistocytes", "or", "other", "morphological", "alterations", "were", "ruled", "out", ".", "In", "agreement", "with", "haematology", ",", "corticosteroids", "were", "increased", "to", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "and", "intravenous", "immunoglobulin", "was", "prescribed", "(", "1", "g", "/", "kg", "for", "48", "hours", ")", ".", "After", "this", "treatment", ",", "platelet", "counts", "progressively", "increased", "until", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "platelet", "count", "of", "41", ",", "000", "/", "mcl", ".", "Throughout", "the", "hospital", "stay", ",", "six", "platelet", "concentrates", "had", "to", "be", "transfused", ".", "In", "addition", ",", "complications", "included", "bilateral", "epistaxis", "that", "required", "nasal", "packing", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "and", "urinary", "tract", "infection", "secondary", "to", "bladder", "catheterisation", ".", "Urine", "culture", "isolated", "more", "than", "100", ",", "000", "CFU", "/", "ml", "of", "Enterococcus", "faecalis", "and", "Escherichia", "coli", "sensitive", "to", "nitrofurantoin", ",", "so", "treatment", "with", "this", "antibiotic", "and", "bladder", "catheter", "replacement", "was", "performed", ".", "Evolution", "On", "discharge", "from", "hospital", ",", "it", "was", "decided", "to", "definitively", "withdraw", "Sunitinib", "and", "treatment", "was", "started", "with", "nivolumab", "3", "mg", "/", "kg", "/", "every", "15", "days", ",", "as", "a", "second", "line", "for", "metastatic", "disease", ".", "She", "is", "currently", "in", "partial", "response", "(", "PR", ")", "after", "13", "cycles", "of", "anti", "PD-1", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2204, "end": 2211 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2635, "end": 2642 }, { "text": "Enterococcus faecalis and Escherichia coli sensitive to nitrofurantoin", "label": "SPECIES", "start": 2998, "end": 3068 } ]

[ "Woman", "46", "years", "old", ".", "Teacher", ".", "Allergy", "to", "PNC", ".", "Frequent", "trips", "to", "the", "USA", ".", "Holidays", "to", "Southern", "California", "3", "weeks", "and", "Israel", ".", "Irritative", "cough", "1", "month", "persistent", ",", "exacerbated", "at", "night", ",", "without", "fever", "or", "rhinorrhoea", ",", "occasional", "night", "sweats", ".", "Last", "week", "coughing", "pain", "without", "inspiratory", "stop", ".", "Weight", "loss", "3", "kg", ".", "Laboratory", "tests", ":", "-", "HCTO", ":", "37", "%", ".", "-", "Leucocytes", ":", "7", ",", "900", "-", "Eosinophils", ";", "22", "%", ".", "-", "Lymphocytes", ":", "7", ".", "5", "%", ".", "-", "CRP", "3", ".", "5", "Condensation", "LSI", "anterior", "segment", ",", "upper", "segment", "LII", "Foci", "of", "condensation", "predominantly", "subpleural", "and", "peribronchovascular", ",", "some", "of", "which", "have", "central", "ground-glass", "areas", ",", "distributed", "predominantly", "in", "LSI", ",", "upper", "segment", "of", "LII", ".", "Multiple", "other", "smaller", ",", "similar", "small", "foci", "of", "condensation", "are", "seen", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "LSD", ",", "LM", "and", "upper", "and", "basal", "lateral", "segments", "of", "LID", ".", "Multiple", "other", "small", "foci", "of", "condensation", "of", "similar", "characteristics", "and", "smaller", "size", "are", "observed", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "the", "LSD", ",", "LM", "and", "superior", "and", "basal", "lateral", "segments", "of", "the", "LID", ".", "Radiological", "sign", ":", "Inverse", "halo", "Examination", "of", "the", "patient", ":", "-", "PCR", "TBC", "(", "-", ")", "-", "GRAM", "FREE", "OF", "BACTERIA", "-", "FilmArray", "panel", "(", "-", ")", "-", "TRANSBRONCHIAL", "BIOPSY", ":", "Eosinophilic", "Pneumonia", "Clinical", "picture", "+", "Travel", "history", "-", "LBA", "sample", "Mayo", "Clinic", "-", "IgMCoccidioides", "by", "ELISA", "positive", "-", "Diagnosis", ":", "Pulmonary", "Coccidioidomycosis", "-", "Treatment", "with", "fluconazole", "450", "mg", "/", "day", "(", "2", "months", "1", "week", ")", ".", "-", "Control", "chest", "CT", "scan", ".", "Minip", "better", "demonstrates", "ground", "glass", "areas", ".", "Diagnosis", ":", "PULMONARY", "COCCIDIOIDOMYCOSIS" ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Woman", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 5 }, { "text": "Teacher", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1028, "end": 1035 }, { "text": "BACTERIA", "label": "SPECIES", "start": 1066, "end": 1074 } ]

[ "A", "35-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "interest", "including", "active", "smoking", "of", "more", "than", "20", "cigarettes", "a", "day", "for", "the", "last", "20", "years", ",", "herpes", "zoster", "in", "2009", ",", "thrush", "in", "2015", "and", "diagnosis", "of", "Human", "Immunodeficiency", "Virus", "infection", "in", "2006", ".", "Current", "history", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "35-year-old", "female", "patient", "whose", "history", "of", "interest", "includes", "active", "smoking", "of", "more", "than", "20", "cigarettes", "a", "day", "for", "the", "last", "20", "years", ",", "herpes-zoster", "in", "2009", ",", "thrush", "in", "2015", "and", "diagnosis", "of", "Human", "Immunodeficiency", "Virus", "infection", "in", "2006", ".", "The", "patient", "started", "antiretroviral", "treatment", "that", "same", "year", "with", "zidovudine", "+", "lamivudine", "+", "saquinavir", "/", "ritonavir", ",", "although", "adherence", "was", "erratic", "and", "she", "stopped", "treatment", "completely", "in", "2017", ".", "She", "now", "presents", "with", "asthenia", ",", "a", "loss", "of", "eleven", "kilograms", "in", "the", "last", "few", "months", "and", "oral", "bleeding", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "marked", "thinness", ",", "fair", "general", "condition", ",", "rhythmic", "tachycardia", "and", "haemorrhagic", "gingivostomatitis", "compatible", "with", "thrush", ".", "Complementary", "tests", "The", "results", "were", "negative", "for", "hepatotropic", "viruses", "(", "A", ",", "B", "and", "C", ")", "and", "syphilis", ",", "and", "positive", "for", "HIV", ",", "with", "a", "detectable", "viral", "load", "of", "over", "seven", "million", "copies", "and", "a", "CD4", "lymphocyte", "count", "of", "16", "(", "2", "%", ")", ".", "In", "addition", ",", "an", "electrocardiogram", "is", "requested", "and", "shown", "below", "(", "electrocardiogram", "1", ")", ".", "Evolution", "Treatment", "of", "the", "thrush", "was", "started", "with", "fluconazole", ",", "which", "soon", "improved", "and", "the", "patient", "'", "s", "pancytopenia", "(", "which", "progressively", "worsened", ")", "began", "to", "be", "studied", ",", "as", "well", "as", "screening", "for", "the", "main", "opportunistic", "infections", "and", "the", "various", "causes", "of", "the", "additional", "constitutional", "symptoms", ".", "On", "the", "one", "hand", ",", "infections", "by", "microorganisms", "such", "as", "Mycobacterium", "tuberculosis", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Pneumocystis", "jirovecii", ",", "Leishmania", ",", "Toxoplasma", "and", "Cryptococcus", "are", "ruled", "out", ",", "and", "on", "the", "other", "hand", ",", "the", "main", "tumour", "and", "immunological", "causes", "are", "ruled", "out", ",", "leaving", "HIV", "infection", "itself", ",", "reactivation", "of", "Epstein-Barr", "Virus", "and", "Parvovirus", "B19", "infection", "as", "the", "main", "causes", "of", "the", "whole", "picture", ".", "In", "view", "of", "this", "and", "the", "progressive", "worsening", "of", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "and", "laboratory", "findings", "(", "even", "requiring", "red", "blood", "cell", "and", "platelet", "transfusions", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "antiretroviral", "treatment", "with", "darunavir", "/", "cobicistat", "+", "emtricitabine", "+", "alafenamide", "on", "7", "/", "10", ",", "after", "consultation", "with", "the", "hospital", "HIV", "Unit", ".", "A", "few", "days", "after", "starting", "antiretroviral", "therapy", ",", "the", "patient", "experienced", "improvement", "in", "asthenia", "and", "general", "malaise", ",", "as", "well", "as", "recovery", "of", "analytical", "parameters", ".", "However", ",", "with", "particular", "emphasis", "on", "the", "anamnesis", "and", "physical", "examination", ",", "she", "reports", "a", "predominance", "of", "dyspnoea", "(", "with", "inability", "to", "walk", "more", "than", "100", "metres", "on", "level", "ground", "asymptomatically", ")", "over", "the", "asthenia", "and", "\"", "dizziness", "\"", "that", "she", "had", "experienced", "at", "the", "beginning", ",", "and", "a", "third-tone", "gallop", "on", "cardiac", "auscultation", ".", "A", "new", "electrocardiogram", "was", "repeated", "(", "electrocardiogram", "2", ")", "and", "blood", "tests", "were", "requested", "with", "troponin", "(", "normal", ")", "and", "NT-proBNP", "(", "2", ",", "522", "pg", "/", "m", ")", ".", "Due", "to", "these", "findings", ",", "the", "patient", "consulted", "the", "Cardiology", "Department", "specialists", ",", "who", "recommended", "a", "transthoracic", "echocardiogram", ",", "which", "revealed", "a", "dilated", "and", "hypertrophic", "right", "ventricle", ",", "with", "moderate", "systolic", "dysfunction", ",", "paradoxical", "septal", "movement", "and", "increased", "eccentricity", "index", "of", "the", "right", "ventricle", "over", "the", "left", ",", "as", "well", "as", "mild", "pericardial", "effusion", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "right", "heart", "catheterisation", "that", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "moderate", "precapillary", "pulmonary", "hypertension", "and", "to", "consult", "the", "Pulmonary", "Hypertension", "Unit", ".", "With", "the", "presumptive", "diagnosis", "of", "pulmonary", "hypertension", "secondary", "to", "HIV", ",", "treatment", "was", "started", "with", "tadalafil", "at", "a", "dose", "of", "20", "mg", "/", "day", ".", "With", "the", "start", "of", "this", "therapy", "and", "antiretroviral", "treatment", ",", "in", "less", "than", "3", "weeks", "the", "patient", "experienced", "substantial", "clinical", "improvement", ",", "initially", "allowing", "her", "to", "ambulate", "and", "carry", "out", "daily", "activities", "without", "dyspnoea", ".", "Furthermore", ",", "there", "was", "an", "improvement", "in", "NT-proBNP", "levels", "and", "in", "the", "echocardiographic", "study", ",", "which", "showed", "normalisation", "of", "right", "ventricular", "size", ",", "less", "paradoxical", "septal", "motion", ",", "and", "normalisation", "of", "the", "RV", "/", "LV", "eccentricity", "index", ".", "A", "control", "electrocardiogram", "is", "also", "attached", "(", "electrocardiogram", "3", ")", ".", "Once", "the", "study", "of", "pulmonary", "hypertension", "has", "been", "completed", ",", "having", "ruled", "out", "other", "causes", "such", "as", "rapeseed", "oil", "intoxication", ",", "left", "heart", "disease", ",", "pneumopathy", "or", "thromboembolic", "disease", ",", "the", "diagnosis", "of", "HIV-associated", "pulmonary", "hypertension", "is", "confirmed", ".", "Diagnosis", "Pancytopenia", "secondary", "to", "infection", "with", "Human", "Immunodeficiency", "Virus", ",", "Epstein-Barr", "Virus", "and", "Parvovirus", "B19", ".", "HIV-associated", "pulmonary", "hypertension", ".", "QT", "prolongation", "in", "the", "context", "of", "HIV", "infection", ",", "pulmonary", "hypertension", "and", "drug", "toxicity", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Human Immunodeficiency Virus", "label": "SPECIES", "start": 183, "end": 211 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 285, "end": 291 }, { "text": "Human Immunodeficiency Virus", "label": "SPECIES", "start": 461, "end": 489 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 529, "end": 543 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 292, "end": 299 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 513, "end": 520 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1089, "end": 1092 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1062, "end": 1070 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1112, "end": 1117 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1024, "end": 1044 }, { "text": "hepatotropic viruses (A", "label": "SPECIES", "start": 1024, "end": 1047 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1370, "end": 1377 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1652, "end": 1667 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1720, "end": 1732 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1693, "end": 1703 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1624, "end": 1650 } ]

[ "Anamnesis", "46-year-old", "woman", ",", "with", "no", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "under", "treatment", "with", "escitalopram", "for", "dysthymia", ".", "Eight", "years", "ago", "she", "was", "diagnosed", "with", "multiple", "sclerosis", "(", "MS", ")", "due", "to", "tingling", "paraesthesias", "in", "both", "upper", "limbs", "with", "demyelinating", "lesions", "in", "the", "cervical", "spinal", "cord", "as", "a", "finding", "on", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ".", "During", "the", "5", "years", "following", "the", "diagnosis", "of", "the", "disease", "the", "patient", "suffered", "several", "sensory", "flares", "and", "in", "the", "following", "2", "years", "three", "motor", "flares", "with", "a", "progressive", "worsening", "of", "disability", "(", "increase", "of", "two", "points", "on", "the", "EDSS", "scale", "in", "6", "months", ")", ".", "With", "a", "diagnosis", "of", "secondarily", "progressive", "relapsing-remitting", "MS", "and", "an", "Expanded", "Disability", "Status", "Scale", "(", "EDSS", ")", "score", "of", "4", ",", "treatment", "with", "intravenous", "natalizumab", ",", "300", "mg", "monthly", ",", "was", "started", "with", "good", "clinical", "response", ".", "After", "27", "sessions", "of", "treatment", "with", "the", "monoclonal", "antibody", "and", "with", "a", "disability", "of", "3", "on", "the", "EDSS", "scale", ",", "the", "patient", "began", "with", "a", "month", "of", "progressive", "symptoms", "of", "impaired", "speech", "with", "preserved", "comprehension", "of", "variable", "course", "throughout", "the", "day", ",", "with", "sudden", "worsening", "in", "the", "24", "hours", "prior", "to", "attending", "the", "neurology", "clinic", ",", "with", "total", "inability", "to", "utter", "words", ",", "without", "a", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "Physical", "examination", "Normotensive", ",", "afebrile", "and", "with", "normal", "somatic", "examination", ".", "Neurological", "examination", "showed", "a", "normal", "level", "of", "consciousness", ",", "with", "slight", "bradyphrenia", "and", "severe", "dysnomia", ".", "She", "does", "not", "understand", "commands", ".", "Able", "to", "utter", "words", "and", "short", "sentences", "of", "no", "more", "than", "three", "words", ".", "Parathespastic", "gait", "of", "right", "predominance", "with", "circumduction", "of", "the", "right", "lower", "limb", ".", "Impossible", "variants", "and", "tandem", ".", "Romberg", "unstable", ".", "Strength", "in", "the", "distal", "lower", "limbs", "3", "/", "5", "and", "proximal", "4", "/", "5", "and", "in", "the", "upper", "limbs", "4", "/", "5", ".", "Spasticity", "grade", "II", "of", "Ashworth", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Exalted", "muscle", "stretch", "reflexes", "with", "increased", "reflexogenic", "area", "predominantly", "in", "the", "right", "limbs", ".", "Bilateral", "extensor", "cutaneous-plantar", "reflexes", "with", "inexhaustible", "Achilles", "clonus", "and", "bilateral", "Hoffmann", "'", "s", "reflexes", ".", "Eye", "movements", "in", "the", "form", "of", "saccades", ".", "Right", "homonymous", "hemianopsia", "(", "difficult", "to", "assess", "due", "to", "linguistic", "alteration", ")", ".", "Fundus", ":", "bilateral", "papillary", "pallor", ".", "Rest", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "biochemistry", "(", "including", "calcium", "and", "phosphorus", ")", ",", "coagulation", "and", "proteinogram", ":", "normal", ".", "-", "Serum", "albumin", "40", ".", "20", "mg", "/", "dl", ",", "serum", "IgG", "1", ".", "46", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Autoimmunity", ":", "antinuclear", "antibodies", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "negative", "for", "syphilis", ".", "Hepatitis", "B", "and", "C", "viruses", "negative", ".", "Human", "immunodeficiency", "virus", "negative", ".", "-", "Serology", "for", "JC", "virus", "in", "blood", "positive", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "clear", ".", "Leukocytes", "0", "/", "mm3", ",", "red", "blood", "cells", "0", "/", "mm3", ".", "Glucose", "67", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "21", "mg", "/", "dl", ",", "lactic", "acid", "1", ".", "4", "mmol", "/", "l", ",", "albumin", "10", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "IgG", "1", ".", "46", "mg", "/", "dl", ".", "Culture", ":", "negative", ".", "-", "Link", "index", ":", "0", ".", "68", "(", "CSF", "IgG", "x", "serum", "albumin", "/", "serum", "IgG", "x", "CSF", "albumin", ")", ".", "-", "Electrocardiogram", "and", "chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "focus", "of", "slow", "activity", "in", "the", "left", "temporal", "region", ".", "-", "Encephalic", "MRI", ":", "lesions", "in", "the", "periventricular", "white", "matter", ",", "left", "internal", "capsule", "and", "subcortical", "white", "matter", "suggestive", "of", "demyelinating", "MS", "type", "disease", ",", "already", "known", ".", "Extensive", "signal", "intensity", "alterations", "were", "seen", "in", "the", "left", "parietooccipital", "subcortical", "white", "matter", "in", "T2", "and", "FLAIR", "sequences", ",", "without", "significant", "mass", "effect", "and", "without", "enhancement", "after", "intravenous", "contrast", ".", "MRI", "with", "hyperintense", "lesion", "in", "the", "left", "parietooccipital", "white", "matter", "compatible", "with", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "and", "digitating", "lesions", "perpendicular", "to", "the", "ventricular", "major", "axis", "compatible", "with", "multiple", "sclerosis", ".", "-", "Polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "in", "CSF", "for", "JC", "virus", "positive", "(", "234", "copies", "/", "ml", ")", ".", "Diagnosis", "-", "Progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", "due", "to", "JC", "virus", ",", "in", "a", "patient", "treated", "with", "natalizumab", ",", "with", "no", "history", "of", "immunosuppressive", "or", "immunomodulatory", "treatment", ".", "-", "MS", "R-R", "stage", "4", "on", "the", "Kurtzke", "EDSS", "scale", ".", "Treatment", "and", "evolution", "From", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", "of", "speech", "impairment", ",", "treatment", "with", "natalizumab", "was", "discontinued", ".", "Three", "plasmapheresis", "followed", "by", "a", "dose", "of", "625", "mg", "of", "oral", "6-methylprednisolone", "for", "3", "days", "with", "progressive", "tapering", "(", "prevention", "of", "immune", "reconstitution", "syndrome", ")", "was", "performed", ".", "This", "treatment", "was", "combined", "with", "250", "mg", "mefloquine", "daily", "for", "one", "week", ",", "followed", "by", "mefloquine", "once", "a", "week", ".", "She", "was", "also", "treated", "with", "45", "mg", "/", "day", "of", "mirtazapine", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "the", "patient", "suffered", "sudden", "episodes", "of", "clonic", "movements", "of", "the", "left", "hemiface", ",", "predominantly", "mandibular", ",", "with", "blinking", ",", "sialorrhoea", "and", "profuse", "sweating", "for", "2-3", "minutes", ",", "followed", "by", "a", "\"", "daze", "\"", "for", "a", "quarter", "of", "an", "hour", ".", "After", "the", "third", "episode", ",", "treatment", "with", "levetiracetam", "up", "to", "a", "dose", "of", "500", "mg", "/", "12", "h", "is", "started", ".", "The", "actual", "neurological", "examination", "showed", "worsening", "of", "strength", "in", "the", "right", "hemibody", "with", "increased", "difficulty", "in", "walking", ".", "Strength", "had", "worsened", "in", "the", "right", "extremities", "with", "distal", "plegia", "in", "the", "right", "upper", "limb", "and", "a", "grade", "2", "/", "5", "proximal", ".", "A", "second", "encephalic", "MRI", "was", "performed", ",", "where", "a", "progression", "of", "the", "lesions", "was", "observed", ",", "covering", "the", "parietal", ",", "occipital", "and", "temporal", "areas", "of", "the", "contralateral", "hemisphere", ".", "Extensive", "hyperintense", "lesion", "of", "the", "white", "matter", "in", "the", "temporo-parieto-occipital", "region", "in", "the", "left", "hemisphere", "and", "occipital", "in", "the", "right", "hemisphere", "compatible", "with", "progression", "of", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "cidofovir", "at", "a", "dose", "of", "5", "mg", "/", "kg", "with", "the", "hydration", "protocol", "and", "probenecid", "on", "a", "weekly", "basis", "for", "three", "weeks", "and", "then", "biweekly", "thereafter", ".", "At", "the", "last", "examination", ",", "the", "patient", "'", "s", "right", "lower", "limb", "paresis", "had", "improved", ",", "with", "adequate", "seizure", "control", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 395, "end": 402 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 915, "end": 922 }, { "text": "Human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2497, "end": 2525 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 2551, "end": 2559 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 3628, "end": 3636 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3747, "end": 3754 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 3732, "end": 3740 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4382, "end": 4389 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5523, "end": 5530 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "36", "years", "old", ",", "smoker", "of", "6", "cigarettes", "/", "day", ",", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "He", "has", "a", "family", "history", "of", "migraine", "without", "aura", ".", "He", "does", "not", "follow", "any", "treatment", "on", "a", "regular", "basis", "nor", "does", "he", "consume", "toxic", "substances", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "bilateral", "frontal", "oppressive", "headache", "of", "approximately", "6", "hours", "'", "duration", ",", "not", "triggered", "by", "physical", "effort", ",", "together", "with", "paraesthesia", "affecting", "the", "trunk", ",", "face", "and", "extremities", ".", "It", "is", "not", "associated", "with", "fever", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "photophobia", "or", "sonophobia", ".", "The", "pain", "worsens", "with", "cervical", "movements", "in", "any", "direction", ".", "From", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "he", "describes", "speech", "impairment", "consisting", "of", "difficulty", "finding", "words", "and", "writing", ".", "Approximately", "one", "hour", "after", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "headache", "and", "sensory", "symptoms", "partially", "improve", ".", "However", ",", "his", "language", "progressively", "worsens", "to", "the", "point", "of", "presenting", "impoverished", "language", "with", "monosyllables", "and", "short", "unfinished", "and", "repetitive", "sentences", ".", "His", "wife", "reports", "that", "in", "the", "last", "month", "she", "has", "had", "3-4", "episodes", "of", "headache", "of", "moderate", "intensity", "which", ",", "on", "at", "least", "one", "occasion", ",", "are", "accompanied", "by", "right", "hemicorporal", "numbness", ",", "without", "language", ",", "motor", "or", "visual", "disturbances", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", ".", "Significant", "restlessness", ".", "Normal", "cardiopulmonary", "auscultation", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ".", "No", "nuchal", "rigidity", ",", "Kerning", "and", "Brudzinski", "signs", "negative", ".", "Language", ":", "articulation", "and", "repetition", "preserved", ".", "Failures", "in", "naming", ".", "Difficulty", "in", "understanding", "some", "complex", "commands", ".", "Bradylyaly", ".", "Unfinished", ",", "repetitive", "sentences", ".", "Normoreactive", "isochoric", "pupils", ".", "Normal", "ocular", "motor", "nerves", ".", "Confrontational", "campimetry", "and", "other", "cranial", "nerves", "normal", ".", "No", "motor", "or", "sensory", "deficits", ",", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "are", "normal", "and", "symmetrical", ".", "The", "cutaneous-plantar", "reflex", "is", "bilateral", "flexor", "and", "gait", "is", "unaltered", ".", "Complementary", "tests", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", ".", "No", "repolarisation", "alterations", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", "cardiothoracic", "index", ",", "no", "infiltrates", ".", "Free", "costophrenic", "sinuses", ".", "-", "Blood", "count", ",", "coagulation", "and", "biochemistry", "within", "normal", "limits", ".", "-", "Urinalysis", ":", "no", "pathology", ".", "No", "toxins", "detected", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "parenchymal", "and", "ventricular", "structures", "without", "alterations", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "clear", "liquid", ",", "opening", "pressure", "22", "cm", "H2O", ",", "76", "leukocytes", "with", "96", "%", "mononuclear", ",", "glucose", "57", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "70", "mg", "/", "dl", ".", "Sterile", "fluid", ".", "Cryptococcus", ",", "lupus", ",", "Borrelia", ",", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", ")", "1", "and", "2", "negative", ".", "-", "Immunology", ":", "antiphospholipid", ",", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", ",", "anti-DNA", ",", "organ-specific", "and", "non-organ-specific", "antibodies", "negative", ".", "-", "Serum", "microbiological", "study", ":", "IgM", "for", "cytomegalovirus", "positive", ",", "IgG", "for", "varicella", "zoster", "virus", "and", "HSV", "positive", ".", "Serology", "for", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "lupus", ",", "Borrelia", ",", "Brucella", "negative", ".", "Negative", "cytomegalovirus", "antigenemia", ".", "-", "Biomarkers", "negative", ".", "-", "Electroencephalogram", "(", "EEG", ")", ":", "globally", "slow", ",", "fluctuating", "and", "with", "marked", "reactivity", "to", "stimuli", "suggestive", "of", "mild", "diffuse", "encephalopathy", ".", "-", "Doppler", "ultrasound", "of", "supra-aortic", "trunks", "(", "performed", "24", "hours", "after", "the", "resolution", "of", "symptoms", ")", ":", "permeable", "carotid", "axes", "without", "atheromatosis", ",", "permeable", "vertebral", "axes", "with", "left", "dominance", ".", "Transcranial", ":", "middle", "cerebral", "arteries", "(", "MCA", ")", "patent", "and", "symmetrical", ".", "Normal", "velocities", "and", "pulsatility", "indices", ".", "Apnoea", "test", ":", "reactivity", "above", "normal", "values", "in", "both", "MCA", ",", "greater", "in", "the", "left", "MCA", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", ":", "study", "within", "the", "normal", "range", ".", "-", "Brain", "SPECT", ":", "cerebellum", "and", "subcortical", "structures", "partially", "hypoperfused", ".", "At", "the", "cortical", "level", ",", "there", "was", "significant", "bilateral", "generalised", "hypoperfusion", ",", "with", "a", "predominance", "of", "large", "perfusion", "defects", "in", "the", "left", "hemisphere", ",", "mainly", "in", "the", "frontoparietal", "region", ".", "Brain", "SPECT", "on", "admission", ":", "severe", "global", "hypoperfusion", ",", "predominantly", "on", "the", "left", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "presented", "progression", "of", "the", "focal", "symptoms", "described", "in", "the", "hours", "following", "his", "arrival", "at", "the", "ED", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "detecting", "lymphocytic", "pleocytosis", "and", "hyperproteinorrachia", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "acyclovir", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Neurology", "ward", "on", "suspicion", "of", "viral", "encephalitis", ".", "Twelve", "hours", "later", ",", "complete", "remission", "of", "symptoms", "was", "observed", ",", "and", "the", "patient", "partially", "remembered", "what", "had", "happened", ".", "In", "view", "of", "the", "negative", "PCR", "for", "HSV", ",", "antiviral", "treatment", "was", "suspended", "and", "analgesia", "was", "maintained", "with", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", ".", "During", "admission", ",", "the", "patient", "had", "an", "episode", "of", "mild", "acute", "renal", "failure", "secondary", "to", "treatment", "with", "acyclovir", ",", "corrected", "with", "abundant", "hydration", ".", "During", "the", "following", "month", ",", "the", "patient", "had", "daily", "episodes", "of", "headaches", "of", "moderate", "intensity", "that", "subsided", "with", "regular", "analgesia", ",", "lasting", "several", "hours", ",", "and", "he", "remained", "asymptomatic", "between", "episodes", ".", "On", "one", "occasion", ",", "the", "headache", "was", "accompanied", "by", "altered", "speech", "and", "right", "hemicorporal", "hypoaesthesia", ",", "which", "resolved", "spontaneously", ".", "Since", "then", ",", "two", "months", "after", "the", "first", "episode", ",", "he", "remains", "asymptomatic", ".", "The", "SPECT", "scan", "was", "repeated", "two", "months", "after", "the", "first", "episode", "of", "neurological", "focality", ",", "with", "normalisation", "of", "cerebral", "perfusion", ".", "SPECT", "at", "2", "months", ":", "almost", "complete", "recovery", "of", "left", "hemicranial", "hypoperfusion", ".", "Diagnosis", "Headache", "syndrome", "and", "transient", "neurological", "deficits", "with", "cerebrospinal", "fluid", "pleocytosis", "(", "HaNDL", "syndrome", ")", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 116, "end": 122 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 251, "end": 258 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2491, "end": 2499 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2470, "end": 2482 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2559, "end": 2562 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2537, "end": 2557 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2901, "end": 2909 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2911, "end": 2919 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2812, "end": 2815 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2751, "end": 2766 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2939, "end": 2954 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2864, "end": 2892 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2785, "end": 2807 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 2839, "end": 2862 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 4434, "end": 4437 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 4439, "end": 4448 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3953, "end": 3960 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4202, "end": 4209 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4354, "end": 4361 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4568, "end": 4575 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4725, "end": 4732 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4261, "end": 4266 } ]

[ "Clinical", "data", ":", "A", "47-year-old", "man", "attended", "the", "Emergency", "Department", "of", "our", "hospital", "presenting", "oedema", "and", "pain", "in", "the", "face", ",", "MSD", "and", "right", "hemithorax", "for", "the", "last", "two", "weeks", ",", "with", "progressive", "evolution", ".", "His", "personal", "history", "included", "mixed", "liver", "cirrhosis", "(", "HCV", "+", "alcohol", ")", "and", "HCC", "undergoing", "chemoembolisation", "treatment", ".", "Description", "of", "findings", ":", "Urgent", "chest", "CT", "scan", "with", "iv", "contrast", "was", "performed", ",", "showing", "a", "repletion", "defect", "at", "the", "level", "of", "the", "superior", "vena", "cava", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 253, "end": 256 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 204, "end": 212 } ]

[ "Anamnesis", "70-year-old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "hypothyroidism", "on", "hormone", "replacement", "therapy", "with", "levothyroxine", "and", "latent", "tuberculosis", "infection", ",", "for", "which", "she", "had", "received", "chemoprophylactic", "treatment", "in", "2007", ".", "Urinary", "incontinence", "and", "habitual", "constipation", ".", "The", "patient", "came", "to", "her", "referral", "hospital", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "nausea", ",", "vomiting", "and", "abdominal", "pain", "that", "had", "been", "going", "on", "for", "hours", ".", "On", "the", "same", "day", "of", "her", "admission", ",", "the", "patient", "woke", "up", "asymptomatic", ",", "went", "for", "a", "walk", "as", "usual", "and", ",", "on", "returning", "home", ",", "told", "her", "relatives", "that", "she", "was", "very", "sleepy", ".", "Subsequently", ",", "she", "presented", "with", "abdominal", "pain", "in", "the", "epigastrium", "with", "nausea", "and", "vomiting", ",", "for", "which", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "Digestive", "System", "Department", "with", "a", "diagnosis", "of", "epigastralgia", "to", "be", "studied", ".", "During", "her", "stay", "on", "the", "ward", "she", "showed", "a", "tendency", "towards", "somnolence", "and", "bradypsychia", ",", "with", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "of", "14", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "admission", "she", "presented", "a", "generalised", "seizure", "with", "post-critical", "left", "hemiparesis", ".", "An", "urgent", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", "and", ",", "in", "view", "of", "the", "findings", ",", "she", "was", "referred", "to", "our", "centre", "by", "the", "Neurology", "Department", "to", "continue", "the", "aetiological", "study", ".", "Physical", "examination", "Afebrile", ".", "Blood", "pressure", "135", "/", "78", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "76", "bpm", ".", "Oxygen", "saturation", "99", "%", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "tones", ",", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "no", "extra", "sounds", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "peristalsis", "present", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ",", "with", "pain", "on", "palpation", "at", "the", "epigastric", "level", "but", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Neurological", "examination", ":", "tendency", "to", "somnolence", ",", "with", "response", "to", "intense", "verbal", "stimuli", ".", "Significant", "bradypsychia", ".", "Moderate", "dysarthria", ",", "diminished", "verbal", "fluency", ",", "obeys", "two", "simple", "commands", ",", "then", "becomes", "intoxicated", ".", "Mild", "left", "facial-brachial", "haemiparesis", ":", "left", "upper", "limb", "4", "+", "/", "5", ".", "Left", "extensor", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "normal", "haemogram", ".", "Coagulation", ":", "D-dimer", "3", ",", "482", ".", "97", "ng", "/", "ml", ".", "Biochemistry", ":", "sodium", "128", "mmol", "/", "l", ",", "potassium", "3", ".", "2", "mmol", "/", "l", ",", "calcium", "7", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "the", "rest", "normal", ",", "including", "liver", "profile", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "significant", "pleuroparenchymal", "alterations", ".", "-", "Thoracic", "CT", "angiography", ":", "bilateral", "subsegmental", "pulmonary", "thromboembolism", "(", "PTE", ")", ".", "-", "Urgent", "cranial", "CT", "scan", "(", "without", "/", "with", "contrast", ")", ":", "effacement", "of", "the", "cortical", "sulci", "and", "the", "right", "sylvian", "fissure", ".", "Poor", "cortico-subcortical", "differentiation", "with", "presence", "of", "extensive", "hypodense", "area", "in", "the", "territory", "of", "the", "right", "middle", "cerebral", "artery", "(", "MCA", ")", ".", "Contrast", "uptake", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "sulci", ".", "All", "of", "the", "above", "was", "suspected", "as", "a", "possible", "subacute", "ischaemic", "infarction", "with", "signs", "of", "haemorrhagic", "transformation", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", "at", "24", "hours", ":", "cortical", "hyperintensity", "in", "T2", "and", "FLAIR", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "temporal", "lobe", ",", "associated", "with", "effacement", "of", "sulci", "and", "fissures", "and", "marked", "cortical", "thickening", ",", "very", "evident", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "parahippocampal", "region", ",", "with", "total", "collapse", "of", "the", "temporal", "horn", "and", "partial", "collapse", "of", "the", "lateral", "ventricle", ".", "Diffusion", "restriction", ".", "After", "contrast", "administration", ",", "gyriform", "leptomeningeal", "and", "right", "insular", "enhancement", "is", "observed", ".", "Urgent", "MRI", ".", "T2", "sequence", "showing", "hyperintensity", "in", "the", "right", "mesial", "temporal", "region", ",", "with", "involvement", "of", "the", "hippocampus", ",", "parahippocampal", "structures", ",", "lateral", "temporal", "gyri", "and", "right", "insula", ".", "Diffusion", "sequence", "with", "diffusion", "restriction", ".", "-", "Brain", "MRI", "(", "at", "20", "days", ")", ":", "leptomeningeal", "and", "intraparenchymal", "gyriform", "uptake", "is", "still", "present", ".", "Improvement", "of", "cortical", "oedema", ",", "with", "absence", "of", "clear", "diffusion", "restriction", ".", "-", "Brain", "MRI", "(", "at", "33", "days", ")", ":", "hyperintense", "lesion", "in", "T2", "and", "FLAIR", ",", "located", "at", "the", "right", "fronto-temporo-parietal", "level", ",", "predominantly", "insular", ",", "with", "multiple", "cystic", "areas", "and", "necrohaemorrhagic", "transformation", ".", "After", "contrast", "administration", ",", "gyriform", "uptake", "persisted", "at", "the", "right", "insular", "level", ",", "with", "large", "intraparenchymal", "nodules", "with", "peripheral", "enhancement", ".", "Control", "MRI", ".", "Hyperintense", "lesion", "in", "T2", "with", "multiple", "cystic", "areas", "and", "areas", "of", "bleeding", ".", "Peripheral", "enhancement", "after", "contrast", "administration", ".", "-", "Urgent", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", ":", "almost", "continuous", "epileptiform", "activity", "at", "the", "right", "temporal", "level", "in", "the", "form", "of", "hypervolved", "sharp", "waves", ",", "sometimes", "discharging", "pseudoperiodically", ",", "sometimes", "completely", "chaotically", ".", "They", "often", "diffuse", "to", "the", "ipsilateral", "centroparietal", "region", ".", "Periods", "of", "few", "seconds", "of", "electrical", "silencing", ".", "Tracing", "compatible", "with", "status", "epilepticus", ".", "-", "EEG", "(", "at", "28", "days", ")", ":", "diffuse", "cerebral", "slowing", "with", "clear", "signs", "of", "damage", "at", "left", "temporal", "level", ".", "-", "Urgent", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "normal", "biochemistry", ",", "normal", "adenosine", "deaminase", "(", "ADA", ")", ",", "negative", "herpes", "virus", "group", "genome", "amplification", ",", "negative", "culture", "of", "bacteria", ",", "mycobacteria", "(", "Lowenstein", ")", "and", "viruses", ".", "-", "CSF", "(", "at", "13", "days", ")", ":", "normal", "biochemistry", ",", "normal", "ADA", ",", "cytology", "negative", "for", "malignancy", ",", "antineuronal", "and", "anti-N-methyl-Daspartate", "receptor", "antibodies", "(", "anti-rNMDA", ")", "negative", ",", "protein", "14", ".", "3", ".", "3", "negative", ".", "-", "Mantoux", "negative", ".", "-", "Thyroid", "hormones", ":", "normal", ".", "-", "Antithyroid", "antibodies", ":", "negative", ".", "-", "Tumour", "markers", ":", "negative", ".", "-", "Thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "no", "mass", "suggestive", "of", "neoplasia", ".", "Diagnosis", "-", "Refractory", "non-convulsive", "status", "epilepticus", ".", "-", "Right", "temporal", "cortical", "signal", "alteration", "secondary", "to", "status", "epilepticus", ".", "-", "Intracranial", "space-occupying", "lesion", "of", "uncertain", "origin", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "our", "centre", "with", "a", "diagnosis", "of", "ischaemic", "stroke", "in", "the", "territory", "of", "the", "LMCA", "according", "to", "the", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "report", ".", "After", "the", "initial", "evaluation", "of", "the", "patient", ",", "we", "considered", "a", "wider", "range", "of", "diagnostic", "possibilities", ".", "An", "urgent", "EEG", "was", "performed", ",", "which", "was", "compatible", "with", "non-convulsive", "status", "and", "intravenous", "treatment", "with", "antiepileptic", "drugs", "was", "started", ".", "Given", "the", "refractoriness", "to", "the", "fourth", "line", "of", "treatment", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "for", "barbiturate", "coma", ",", "which", "was", "maintained", "for", "a", "week", "until", "the", "status", "was", "electrically", "controlled", ".", "After", "withdrawal", "of", "sedative", "drugs", "and", "once", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "maintained", "a", "low", "level", "of", "consciousness", ",", "evolved", "into", "a", "deep", "coma", "and", "died", "3", "months", "after", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "condition", ".", "Due", "to", "institutional", "problems", "we", "were", "unable", "to", "perform", "a", "necropsy", ".", "What", "were", "our", "main", "diagnostic", "hypotheses", "?", "Initially", ",", "the", "possibility", "of", "herpetic", "encephalitis", "was", "considered", "and", "treatment", "with", "acyclovir", "was", "started", ".", "Due", "to", "the", "negative", "microbiological", "study", ",", "it", "was", "subsequently", "withdrawn", ".", "The", "possibility", "of", "pneumococcal", "or", "tuberculous", "meningitis", "was", "also", "ruled", "out", "given", "the", "patient", "'", "s", "history", ".", "A", "diagnosis", "of", "paraneoplastic", "limbic", "encephalitis", "of", "the", "autoimmune", "type", "due", "to", "anti-NMDA", "antibodies", "was", "also", "considered", ",", "given", "that", "it", "is", "associated", "with", "a", "rapid", "deterioration", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "refractory", "epilepsy", "requiring", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "but", "this", "was", "ruled", "out", "after", "the", "negative", "bioimmunological", "study", "in", "CSF", ".", "In", "addition", ",", "we", "had", "against", "us", "the", "poor", "clinical", "evolution", "despite", "having", "received", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "the", "absence", "of", "systemic", "neoplasia", "(", "related", "in", "these", "cases", "more", "frequently", "to", "ovarian", "teratoma", ")", ".", "Due", "to", "her", "history", "of", "hypothyroidism", ",", "thyroid", "hormones", "and", "antithyroid", "antibodies", "were", "requested", "in", "blood", ",", "which", "were", "negative", ",", "so", "Hashimoto", "'", "s", "encephalopathy", "was", "excluded", "as", "the", "cause", "of", "the", "neurological", "deterioration", ".", "CSF", "14", ".", "3", ".", "3", "protein", "was", "also", "requested", "to", "rule", "out", "prion", "disease", ",", "which", "was", "negative", ".", "Finally", ",", "after", "analysing", "the", "clinical", "and", "radiological", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "our", "diagnostic", "impression", "to", "date", ",", "despite", "not", "having", "histological", "confirmation", ",", "is", "that", "her", "coma", "was", "the", "clinical", "expression", "of", "a", "non-convulsive", "status", "caused", "by", "underlying", "brain", "damage", "that", "initially", "manifested", "as", "a", "lesion", "with", "an", "inflammatory", "appearance", "at", "the", "right", "cortical", "level", "attributable", "to", "the", "status", ",", "with", "a", "tendency", "towards", "resolution", "after", "control", "of", "the", "same", "and", ",", "subsequently", ",", "progression", "of", "a", "space-occupying", "lesion", "with", "a", "tumour-like", "appearance", "at", "the", "right", "insular", "level", ",", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "We", "think", "that", "the", "PTE", "could", "be", "related", "to", "a", "prothrombotic", "state", ",", "of", "paraneoplastic", "origin", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 524, "end": 533 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 263, "end": 270 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 436, "end": 443 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4725, "end": 4733 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 4664, "end": 4676 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 4735, "end": 4747 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4671, "end": 4676 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5377, "end": 5384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5565, "end": 5572 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6040, "end": 6047 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6555, "end": 6562 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7517, "end": 7524 } ]

[ "A", "76-year-old", "man", ",", "hypertensive", ",", "dyslipidaemic", ",", "with", "low", "alcohol", "consumption", ",", "mild", "splenomegaly", "of", "non-filial", "origin", ",", "and", "a", "history", "of", "acute", "cholangitis", "with", "secondary", "bacteraemia", "due", "to", "Klebsiella", "oxytoca", "in", "2013", ".", "He", "underwent", "surgery", "for", "adenocarcinoma", "of", "the", "prostate", "in", "2013", ",", "without", "tumour", "recurrence", ".", "Admitted", "for", "asthenia", "and", "febrile", "syndrome", "with", "no", "other", "accompanying", "infectious", "focality", ".", "He", "denied", "recent", "trips", "abroad", ",", "animals", "at", "home", "or", "contact", "with", "the", "countryside", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "pancytopenia", "(", "Hb", "8", ".", "8", ",", "platelets", "64", ",", "000", ",", "leukocytes", "1100", ",", "neutrophils", "600", ")", ",", "CRP", "84", ".", "8", "and", "coagulopathy", ",", "with", "no", "interesting", "findings", "on", "chest", "X-ray", "or", "urine", "sediment", ".", "An", "abdominopelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "splenomegaly", "measuring", "19", "cm", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", "and", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "(", "Meropenem", ")", "was", "started", ".", "It", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "of", "lymphocyte", "populations", ",", "with", "no", "notable", "alterations", ",", "and", "a", "bone", "marrow", "aspirate", "puncture", "showed", "hyperplasia", "of", "red", "blood", "cells", "with", "no", "evidence", "of", "dysplasia", ",", "with", "a", "medulogram", "compatible", "with", "a", "reactive", "process", ".", "The", "detection", "of", "antibodies", "to", "HIV", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "Rickettsia", ",", "Leishmania", "was", "negative", ",", "but", "given", "the", "high", "clinical", "suspicion", ",", "the", "study", "was", "extended", "with", "PCR", "for", "Leishmania", "in", "peripheral", "blood", ",", "which", "was", "positive", ".", "With", "the", "result", "of", "probable", "visceral", "Leishmaniasis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "3", "mg", "/", "kg", "/", "day", "on", "days", "1-5", ",", "14", "and", "21", ",", "with", "good", "evolution", "and", "negative", "PCR", "for", "Leishmania", "on", "day", "+", "5", ".", "As", "an", "adverse", "effect", "of", "the", "treatment", ",", "renal", "function", "deteriorated", "with", "a", "peak", "creatinine", "level", "of", "2", ".", "1", ".", "After", "discharge", "from", "hospital", ",", "the", "patient", "was", "followed", "up", "in", "our", "consulting", "rooms", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "with", "normal", "renal", "function", "and", "a", "positive", "serology", "for", "Leishmania", "at", "1", "/", "320", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "a", "review", "of", "the", "bone", "marrow", "aspirate", "was", "performed", "by", "Microbiology", ",", "which", ",", "on", "applying", "Giemsa", "stain", ",", "observed", "Leishmania", "amastigotes", "and", "promastigotes", ".", "This", "is", "an", "acute", "infection", "by", "Leishmania", "in", "a", "patient", "with", "no", "clear", "epidemiological", "history", ",", "a", "rare", "disease", "in", "our", "environment", "because", "it", "does", "not", "correspond", "to", "an", "endemic", "area", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Klebsiella oxytoca", "label": "SPECIES", "start": 187, "end": 205 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 168, "end": 179 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1154, "end": 1157 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1176, "end": 1186 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1276, "end": 1286 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1522, "end": 1532 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1164, "end": 1174 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1159, "end": 1162 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1127, "end": 1130 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 429, "end": 436 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1132, "end": 1152 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1816, "end": 1826 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1683, "end": 1690 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1736, "end": 1743 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1966, "end": 1976 }, { "text": "Leishmania amastigotes and promastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1966, "end": 2006 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2038, "end": 2048 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2054, "end": 2061 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "40-year-old", "female", "patient", "who", "came", "to", "the", "dermatology", "clinic", "for", "painful", "lesions", "on", "the", "first", "toe", "of", "the", "right", "foot", ",", "which", "had", "been", "inflamed", "on", "several", "occasions", ",", "for", "2", "months", ".", "Her", "personal", "history", "of", "interest", "included", "systemic", "lupus", "erythematosus", "and", "iron", "deficiency", "anaemia", ".", "He", "had", "previously", "received", "topical", "and", "oral", "treatment", "with", "several", "courses", "of", "antibiotics", ",", "including", "Cloxacillin", "and", "Levofloxacin", ",", "for", "less", "than", "two", "weeks", ",", "with", "practically", "no", "improvement", ".", "She", "had", "not", "presented", "fever", "or", "dysthermic", "sensation", "since", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ",", "and", "denied", "any", "other", "symptoms", "of", "interest", ".", "The", "patient", "reported", "no", "similar", "previous", "episodes", "and", "related", "her", "symptoms", "to", "a", "trauma", "with", "an", "iron", "during", "her", "stay", "at", "a", "water", "park", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Physical", "examination", "revealed", "small", "erythematous-violaceous", "papules", "on", "the", "upper", "and", "lower", "surface", "of", "the", "first", "toe", "of", "the", "right", "foot", ",", "one", "of", "which", "was", "larger", "and", "drained", "purulent", "material", "on", "puncture", ".", "There", "were", "no", "lesions", "on", "other", "toes", "or", "on", "the", "contralateral", "foot", ",", "and", "no", "nail", "involvement", ".", "Complementary", "examinations", "In", "the", "mycological", "study", ",", "the", "direct", "examination", "was", "negative", "and", "in", "the", "culture", "5", "colonies", "of", "Candida", "lusitaniae", "were", "isolated", ",", "with", "no", "clinical", "relevance", ".", "Microbiological", "culture", "of", "the", "pus", "swab", "was", "negative", ".", "A", "skin", "biopsy", "of", "the", "lesion", "was", "performed", "for", "histological", "and", "microbiological", "study", ".", "Histopathology", "showed", "discrete", "hyperplasia", "in", "the", "epidermis", "accompanied", "by", "hyperkeratosis", "and", "parakeratosis", ",", "with", "occasional", "pustules", "in", "the", "horny", "layer", ".", "In", "the", "superficial", "dermis", ",", "a", "granulomatous", "inflammatory", "infiltrate", "was", "identified", "with", "multinucleated", "giant", "cells", "occasionally", "forming", "granulomas", ",", "with", "isolated", "foci", "of", "suppurative", "necrosis", ".", "Microbiological", "culture", "of", "the", "biopsy", "in", "liquid", "medium", "(", "at", "37oC", ")", "was", "negative", "after", "45", "days", ".", "Two", "colony-forming", "units", "(", "CFU", ")", "of", "a", "photochromogenic", "atypical", "mycobacterium", "were", "isolated", "from", "the", "solid", "medium", "culture", "(", "coletus", ")", "at", "room", "temperature", ".", "Subsequently", ",", "a", "chromogenic", "yellow", "colony", "was", "subjected", "to", "molecular", "genetic", "analysis", "using", "the", "GenoType", "Mycobacterium", "method", ",", "which", "includes", "27", "different", "mycobacterial", "species", ".", "The", "procedure", "is", "divided", "into", "three", "steps", ":", "isolation", "of", "DNA", "from", "the", "culture", ",", "amplification", "with", "biotin-labelled", "primers", "(", "not", "including", "thermostable", "DNA", "polymerase", ")", "and", "reverse", "hybridisation", ".", "The", "system", "is", "based", "on", "the", "amplification", "of", "a", "specific", "gene", "region", "with", "subsequent", "hybridisation", "of", "the", "amplification", "product", "to", "the", "different", "probes", "arranged", "on", "a", "nitrocellulose", "strip", ".", "A", "template", "ensures", "simple", "and", "quick", "interpretation", "of", "the", "banding", "scheme", "obtained", ".", "According", "to", "this", "scheme", ",", "in", "our", "case", ",", "the", "non-tuberculous", "mycobacterium", "(", "NTM", ")", "Mycobacterium", "marinum", "was", "isolated", ".", "Obtaining", "a", "sample", "suitable", "for", "culture", "makes", "it", "easier", "to", "isolate", "the", "germ", ",", "as", "the", "purulent", "material", "contains", "the", "highest", "concentration", "of", "the", "germ", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "temperature", "of", "the", "culture", "is", "also", "fundamental", ",", "as", "Mycobacterium", "marinum", "has", "an", "optimal", "growth", "temperature", "between", "30", "and", "33oC", ".", "The", "patient", "abandoned", "treatment", "18", "days", "after", "starting", "treatment", "due", "to", "diarrhoea", "secondary", "to", "antibiotics", ",", "so", "a", "probiotic", "was", "added", "and", "the", "regimen", "was", "changed", "to", "a", "capsule", "of", "Doxycycline", "100", "mg", "every", "24", "hours", "for", "a", "minimum", "of", "4", "months", "once", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", ".", "Conventional", "drug", "susceptibility", "testing", "is", "not", "recommended", "for", "most", "non-tuberculous", "mycobacteria", ",", "except", "in", "certain", "species", "or", "in", "the", "event", "of", "treatment", "failure", ".", "Such", "tests", "are", "not", "recommended", "in", "this", "species", ",", "which", "is", "normally", "sensitive", "to", "clarithromycin", ",", "rifampicin", ",", "ethambutol", ",", "tetracyclines", ",", "sulphonamides", "and", "co-trimoxazole", ".", "Some", "isolates", "are", "resistant", "to", "ciprofloxacin", ",", "and", "monotherapy", "with", "fluoroquinolones", "may", "facilitate", "the", "development", "of", "resistance", ",", "so", "it", "is", "not", "advisable", "to", "use", "these", "drugs", "in", "monotherapy", "in", "initial", "treatment", ".", "Evolution", "After", "a", "month", "and", "a", "half", "with", "probiotics", "and", "Doxycycline", "100", "mg", "every", "24", "hours", "with", "good", "tolerance", ",", "the", "lesions", "had", "markedly", "returned", ",", "presenting", "at", "that", "time", "flat", "violaceous", "lesions", "of", "residual", "appearance", ",", "with", "no", "evidence", "of", "pustules", ",", "but", "some", "myelic", "crusting", ".", "Treatment", "of", "this", "type", "of", "infection", "should", "be", "maintained", "for", "a", "minimum", "of", "four", "months", ".", "Diagnosis", "Mycobacterium", "marinum", "infection", "or", "pool", "granuloma", ".", "Treatment", "Before", "the", "culture", "result", "is", "available", "and", "given", "the", "high", "diagnostic", "suspicion", ",", "treatment", "is", "started", "with", "one", "tablet", "of", "Doxycycline", "100", "mg", "every", "12", "hours", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 54, "end": 61 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 217, "end": 225 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 634, "end": 641 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 789, "end": 796 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1270, "end": 1278 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 1194, "end": 1205 }, { "text": "Candida lusitaniae", "label": "SPECIES", "start": 1282, "end": 1300 }, { "text": "Mycobacterium marinum", "label": "SPECIES", "start": 2791, "end": 2812 }, { "text": "chromogenic yellow colony", "label": "SPECIES", "start": 2089, "end": 2114 }, { "text": "colony", "label": "SPECIES", "start": 1926, "end": 1932 }, { "text": "colony", "label": "SPECIES", "start": 2108, "end": 2114 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2242, "end": 2249 }, { "text": "mycobacterial species", "label": "SPECIES", "start": 2228, "end": 2249 }, { "text": "Mycobacterium marinum", "label": "SPECIES", "start": 3051, "end": 3072 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 2898, "end": 2902 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 2971, "end": 2975 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3132, "end": 3139 }, { "text": "probiotic", "label": "SPECIES", "start": 3241, "end": 3250 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3516, "end": 3523 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3601, "end": 3608 }, { "text": "non-tuberculous mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3468, "end": 3496 }, { "text": "probiotics", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 3991 }, { "text": "Mycobacterium marinum", "label": "SPECIES", "start": 4312, "end": 4333 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "40-year-old", "man", "who", "consulted", "the", "urology", "outpatient", "department", "for", "pain", "in", "the", "left", "renal", "fossa", ".", "A", "smoker", ",", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", ",", "the", "patient", "reported", "colicky", "pain", "without", "fever", ",", "of", "several", "weeks", "'", "evolution", ".", "It", "was", "not", "accompanied", "by", "frank", "haematuria", "or", "urinary", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ",", "with", "only", "bimanual", "palpation", "pain", "in", "the", "left", "renal", "fossa", ".", "No", "abdominal", "masses", "were", "observed", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "renal", "function", "and", "haemogram", "were", "normal", ".", "-", "Urine", "and", "urine", "sediment", ":", "urine", "pH", "was", "6", "and", "the", "urine", "sediment", "showed", "leukocyturia", "and", "microhaematuria", "without", "bacteriuria", ".", "-", "Ultrasound", "of", "the", "urinary", "system", ":", "left", "renal", "pyelocaliceal", "ectasia", "and", "possible", "lithiasic", "image", "in", "the", "ipsilateral", "renal", "pelvis", ".", "-", "Intravenous", "urography", ":", "pyelocaliceal", "dilatation", "with", "alteration", "of", "the", "morphology", "of", "the", "calyces", "and", "lithiasis", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", ".", "Ipsilateral", "ureter", "dilated", "up", "to", "the", "distal", "third", ",", "where", "there", "is", "sharp", "passage", "of", "contrast", "to", "the", "bladder", ",", "in", "relation", "to", "a", "stenotic", "process", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "diagnostic", "suspicion", "of", "an", "upper", "urinary", "tract", "tumour", "in", "the", "face", "of", "a", "chronic", "inflammatory", "process", ",", "a", "computed", "tomography", "with", "contrast", "urinary", "excretion", "time", "(", "URO-CT", ")", "was", "performed", ",", "where", "left", "ureterohydronephrosis", "was", "observed", "in", "relation", "to", "a", "concentric", "parietal", "thickening", "along", "the", "left", "ureter", ",", "especially", "at", "the", "level", "of", "the", "renal", "pelvis", "and", "distal", "ureter", ",", "associated", "with", "tumouring", "at", "the", "left", "ureterovesical", "junction", "extending", "towards", "the", "bladder", ",", "with", "trabeculation", "of", "the", "periureteral", "fat", "and", "retroperitoneal", "adenopathies", "larger", "than", "10", "mm", ".", "Given", "all", "the", "data", "from", "the", "imaging", "tests", ",", "the", "patient", "underwent", "exploration", "of", "the", "bladder", "under", "anaesthesia", "and", "no", "intravesical", "lesions", "were", "demonstrated", ",", "except", "for", "a", "protruding", "mass", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "ureteral", "orifice", ",", "which", "was", "resected", "to", "obtain", "an", "anatomopathological", "sample", ".", "The", "result", "of", "the", "biopsy", "was", "a", "diagnosis", "of", "a", "chronic", "inflammatory", "process", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "diagnostic", "doubts", ",", "retrograde", "pyelography", "and", "ureteroscopy", "were", "performed", "with", "biopsies", "of", "suspicious", "areas", ",", "and", "a", "selective", "urine", "sample", "was", "obtained", "from", "the", "left", "urinary", "tract", "for", "cytology", "and", "culture", ".", "Pathology", "showed", "the", "presence", "of", "an", "inflammatory", "reaction", "with", "formation", "of", "epithelioid", "granulomas", "without", "findings", "of", "a", "neoformative", "process", ".", "Urinary", "cytology", "showed", "inflammatory", "cells", "and", "urine", "culture", "was", "positive", "for", "urinary", "tract", "infection", ",", "finding", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "chronic", "inflammatory", "process", "in", "relation", "to", "tuberculous", "pyeloureteral", "disease", ".", "Treatment", "Once", "the", "definitive", "diagnosis", "was", "obtained", ",", "treatment", "was", "started", "with", "antituberculosis", "drugs", "(", "complete", "regimen", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "for", "6", "months", ")", ".", "In", "addition", ",", "a", "ureteral", "JJ", "catheter", "was", "placed", ",", "which", "was", "removed", "after", "completion", "of", "anti-infective", "medical", "treatment", ".", "Evolution", "At", "present", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", ",", "without", "a", "JJ", "ureteral", "catheter", "and", "control", "imaging", "tests", "9", "months", "after", "the", "end", "of", "tuberculostatic", "treatment", "show", "significant", "resolution", "of", "the", "left", "obstructive", "uropathy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 182, "end": 189 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 667, "end": 678 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1725, "end": 1732 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 2527, "end": 2561 }, { "text": "anti-infective", "label": "SPECIES", "start": 2950, "end": 2964 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3011, "end": 3018 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 3119, "end": 3134 } ]

[ "A", "40-year-old", "man", ",", "with", "no", "past", "medical", "history", "of", "interest", ",", "healthy", "and", "a", "regular", "sports", "enthusiast", ",", "who", "came", "to", "the", "outpatient", "dermatology", "clinic", "for", "a", "couple", "of", "months", "with", "erythematous", ",", "scaly", "and", "very", "pruritic", "lesions", "on", "both", "groins", ",", "extending", "to", "the", "inner", "thighs", "and", "pubis", ".", "These", "lesions", "initially", "began", "as", "follicular", "papules", "with", "centrifugal", "growth", "and", "later", "evolved", "to", "form", "large", "plaques", "with", "raised", "edges", "and", "more", "intense", "colouring", ".", "They", "were", "initially", "treated", "with", "corticoids", "and", "seemed", "to", "improve", ",", "but", "after", "a", "few", "weeks", "they", "worsened", "and", "for", "this", "reason", "a", "sample", "of", "scales", "was", "taken", "from", "the", "patient", "for", "bacteriological", "and", "mycological", "culture", ",", "with", "the", "possibility", "of", "a", "bacterial", "or", "fungal", "cause", "in", "mind", ".", "The", "sample", "under", "study", "was", "sown", "on", "the", "usual", "media", "for", "bacteria", ",", "on", "Sabouraud", "agar", "with", "chloramphenicol", "and", "on", "Sabouraud", "agar", "with", "chloramphenicol", "and", "actidione", ".", "After", "ten", "days", "of", "incubation", ",", "colonies", "of", "a", "filamentous", "fungus", "with", "the", "appearance", "of", "a", "dermatophyte", "grew", ".", "On", "microscopic", "examination", ",", "septate", "hyphae", ",", "chlamydoconidia", ",", "abundant", "racquet-shaped", "macroconidia", "in", "clusters", ",", "and", "no", "microconidia", "were", "observed", ".", "The", "clinical", "picture", "presented", "by", "the", "patient", ",", "both", "from", "the", "description", "of", "the", "lesions", "and", "their", "evolution", ",", "appears", "to", "be", "dermatophytosis", ".", "The", "scales", "from", "the", "scraping", "of", "the", "lesions", "were", "cultured", "on", "media", "suitable", "for", "the", "growth", "of", "dermatophytes", "such", "as", "Sabouraud", "agar", ",", "Sabouraud", "agar", "with", "chloramphenicol", "+", "/", "-", "actidione", ",", "PDA", "(", "Potato", "Dextrose", "Agar", ")", ",", "DTM", "(", "Dermatophyte", "Test", "Medium", ")", ",", "etc", ".", ",", "resulting", "in", "the", "growth", "of", "a", "filamentous", "fungus", "which", "was", "subsequently", "identified", "by", "microscopic", "examination", "with", "lactophenol", "blue", "or", "KOH", ".", "The", "aetiological", "agent", "causing", "this", "dermatosis", "is", "the", "dermatophyte", "Epidermophyton", "floccosum", ",", "the", "main", "cause", "of", "tinea", "cruris", ",", "the", "dermatosis", "suffered", "by", "the", "patient", "in", "this", "case", ".", "The", "ideal", "antifungal", "for", "dermatophytosis", "is", "terbinafine", ",", "a", "fungicide", "drug", "that", "binds", "strongly", "to", "keratin", "and", "fatty", "tissue", "and", "remains", "in", "high", "concentrations", "once", "treatment", "has", "ceased", ",", "so", "in", "this", "case", ",", "where", "there", "is", "an", "inflammatory", "component", ",", "250", "mg", "/", "day", "for", "2-4", "weeks", "would", "be", "appropriate", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 681, "end": 690 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 771, "end": 779 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 614, "end": 629 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 694, "end": 700 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 634, "end": 645 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 602, "end": 609 }, { "text": "colonies of a filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 908, "end": 940 }, { "text": "dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 966, "end": 978 }, { "text": "septate hyphae", "label": "SPECIES", "start": 1013, "end": 1027 }, { "text": "filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 922, "end": 940 }, { "text": "chlamydoconidia", "label": "SPECIES", "start": 1029, "end": 1044 }, { "text": "macroconidia", "label": "SPECIES", "start": 1070, "end": 1082 }, { "text": "microconidia", "label": "SPECIES", "start": 1103, "end": 1115 }, { "text": "Dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 1488, "end": 1500 }, { "text": "dermatophytes", "label": "SPECIES", "start": 1366, "end": 1379 }, { "text": "filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 1550, "end": 1568 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1170, "end": 1177 }, { "text": "Potato", "label": "SPECIES", "start": 1460, "end": 1466 }, { "text": "dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 1714, "end": 1726 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1816, "end": 1823 }, { "text": "Epidermophyton floccosum", "label": "SPECIES", "start": 1727, "end": 1751 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 1849, "end": 1859 }, { "text": "fungicide", "label": "SPECIES", "start": 1898, "end": 1907 } ]

[ "69-year-old", "man", ".", "History", "of", "biological", "AVR", "9", "months", "earlier", ".", "Native", "of", "CABA", ",", "with", "no", "relevant", "epidemiological", "history", ".", "Evaluated", "for", "intermittent", "fever", "and", "chills", "of", "2", "months", "'", "evolution", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "HC", "which", "were", "repeatedly", "negative", ";", "TEE", ":", "anechoic", "image", "compatible", "with", "drained", "abscess", "in", "mitroaortic", "fibrosa", "territory", ";", "PET-CT", ":", "hypercaptation", "at", "perivalvular", "level", ".", "He", "underwent", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "Daptomycin", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", "+", "Ceftriaxone", "2", "g", "/", "day", "for", "6", "weeks", "with", "a", "diagnosis", "of", "probable", "early", "Ao", "IVPVD", "with", "negative", "HC", ".", "As", "the", "patient", "progressed", "favourably", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "perform", "surgery", "during", "the", "hospitalisation", ".", "Two", "months", "after", "completion", "of", "ATB", "treatment", ",", "she", "returned", "with", "fever", "and", "chills", ".", "HC", "again", "negative", "and", "TEE", "with", "progression", "of", "the", "perivalvular", "lesion", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "surgery", ".", "Perivalvular", "specimen", "was", "sent", "for", "culture", ",", "AP", "and", "PCR", "in", "which", "C", ".", "burnetti", "was", "detected", "by", "16S", "DNA", "sequencing", ".", "Serology", "by", "IFA", "for", "Coxiella", "IgG", "1", "/", "256", ".", "Treatment", "with", "Doxycycline", "200", "mg", "/", "day", "+", "Hydroxychloroquine", "400", "mg", "/", "day", "was", "started", ".", "During", "his", "evolution", "and", "without", "ever", "being", "able", "to", "go", "outside", ",", "he", "suffers", "multiple", "complications", "associated", "with", "health", "care", ",", "which", "lead", "to", "his", "death", "5", "months", "after", "surgery", ".", "Coxiella", "burnetti", "is", "a", "rare", "cause", "of", "IE", ".", "It", "should", "be", "suspected", "especially", "in", "patients", "with", "negative", "HC", "and", "specific", "epidemiological", "factors", "such", "as", "contact", "with", "cattle", ",", "sheep", "and", "goats", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 15 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 553, "end": 560 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 970, "end": 978 }, { "text": "C. burnetti", "label": "SPECIES", "start": 902, "end": 913 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1256 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1265 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 1418, "end": 1423 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1326, "end": 1334 }, { "text": "goats", "label": "SPECIES", "start": 1428, "end": 1433 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 1410, "end": 1416 } ]

[ "A", "9-year-old", "girl", "diagnosed", "with", "allergic", "rhinoconjunctivitis", "due", "to", "cat", "epithelium", "since", "3", "years", "ago", ".", "She", "started", "in", "03", "/", "2017", "with", "orofacial", "itching", "and", "laryngeal", "cough", "without", "other", "symptoms", "immediately", "after", "ingestion", "of", "olives", "and", "olive", "oil", ",", "which", "she", "repeated", "on", "several", "occasions", ".", "In", "May", "he", "presented", "with", "mild", "rhinoconjunctivitis", ".", "No", "history", "of", "food", "allergy", ".", "The", "Prick-Test", "was", "positive", "for", "Olea", ",", "Salsola", ",", "Cynodon", ",", "Artemisia", ",", "Alternaria", "and", "cat", "'", "s", "claw", ".", "Also", "to", "LTP", "and", "polcalcin", ".", "Olive", "prick", "by", "prick", "was", "positive", ".", "ImmunoCAP", "was", "positive", "to", "nOle", "e1", ";", "nSal", "k1", ";", "rAlt", "a1", "and", "rPru", "p3", "(", "LTP", ")", "and", "negative", "to", "rPhl", "p1", ";", "5b", ";", "7", "(", "Polcalcin", ")", "and", "12", "(", "Profilin", ")", ".", "No", "other", "olive", "recombinants", "are", "available", "in", "our", "area", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 17 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 69, "end": 72 }, { "text": "olive", "label": "SPECIES", "start": 234, "end": 239 }, { "text": "olives", "label": "SPECIES", "start": 223, "end": 229 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 433, "end": 443 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 448, "end": 451 }, { "text": "Salsola", "label": "SPECIES", "start": 404, "end": 411 }, { "text": "Cynodon", "label": "SPECIES", "start": 413, "end": 420 }, { "text": "Olea", "label": "SPECIES", "start": 398, "end": 402 }, { "text": "Olive", "label": "SPECIES", "start": 488, "end": 493 }, { "text": "olive", "label": "SPECIES", "start": 665, "end": 670 } ]

[ "Anamnesis", "A", "53-year-old", "man", ",", "with", "no", "drug", "allergies", "and", "no", "personal", "history", "of", "interest", ".", "He", "consulted", "for", "a", "rapidly", "growing", "plaque", "on", "the", "right", "forearm", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ".", "He", "works", "as", "a", "seasonal", "worker", "harvesting", "olives", ".", "He", "reported", "no", "previous", "trauma", "to", "the", "area", ",", "nor", "had", "he", "ever", "shaved", "his", "forearms", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "a", "large", "(", "11", "cm", "x", "6", "cm", ")", "keloid-like", "scaly", "plaque", "on", "the", "middle", "third", "of", "the", "right", "forearm", "with", "well-defined", "borders", "and", "a", "warty", "surface", ".", "Complementary", "examinations", "The", "exudate", "from", "the", "plaque", "was", "cultured", "and", "investigated", "for", "fungi", ",", "with", "negative", "results", ".", "A", "punch", "biopsy", "and", "culture", "of", "the", "deep", "aspirate", "were", "also", "performed", ".", "The", "pathology", "study", "showed", "a", "granulomatous", "response", "in", "the", "pilosebaceous", "follicle", "and", "dermal", "abscesses", ".", "Gomori", "methenamine-arginine", "staining", "of", "the", "specimen", "showed", "oval", "arthrospores", "within", "the", "hair", "shaft", ",", "with", "an", "endothrix", "capillary", "invasion", "pattern", ".", "A", "deep", "aspiration", "sample", "identified", "the", "fungus", "Tricophyton", "rubrum", ".", "Complementary", "analytical", "tests", "to", "assess", "the", "immunological", "status", "(", "HIV", "serology", ",", "T-helper", "/", "T-suppressor", "ratio", ",", "T-lymphocytes", "/", "T-suppressor", "ratio", ")", "were", "performed", ".", "T-helpers", "/", "T-suppressors", "and", "chest", "X-ray", ")", "were", "normal", ".", "Diagnosis", "Majocchi", "granuloma", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "is", "treated", "with", "itraconazole", "400", "mg", "every", "12", "hours", ",", "with", "excellent", "response", "at", "8", "weeks", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 59, "end": 67 }, { "text": "olives", "label": "SPECIES", "start": 216, "end": 222 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 583, "end": 588 }, { "text": "arthrospores", "label": "SPECIES", "start": 851, "end": 863 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 973, "end": 979 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1067, "end": 1070 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1274, "end": 1281 } ]

[ "", "75-year-old", "Caucasian", "male", ",", "non-smoker", ",", "retired", "IT", "contracting", "manager", ",", "with", "a", "history", "of", "ischaemic", "heart", "disease", "and", "surgical", "revascularisation", "in", "2011", ",", "chronic", "renal", "failure", ",", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", ".", "On", "25", "March", ",", "he", "was", "admitted", "to", "a", "regional", "hospital", "with", "one", "week", "of", "dyspnoea", ".", "On", "admission", ",", "he", "presented", "respiratory", "failure", "and", "acute", "renal", "injury", "(", "superimposed", "on", "the", "chronic", "one", ")", "and", ",", "within", "a", "few", "hours", ",", "he", "required", "mechanical", "ventilation", "and", "was", "administered", "IV", "antibiotics", "for", "a", "consolidation", "in", "the", "lower", "left", "area", ".", "Due", "to", "the", "lack", "of", "ICU", "beds", ",", "two", "days", "later", "he", "was", "transferred", "to", "our", "hospital", "(", "specialised", "care", "centre", ")", ".", "He", "recovered", "well", "from", "the", "respiratory", "problem", "and", "ventilation", "and", "oxygen", "were", "withdrawn", "for", "the", "next", "48", "hours", ",", "although", "he", "was", "maintained", "on", "36", "hours", "of", "continuous", "venovenous", "haemofiltration", "(", "CVHV", ")", ".", "In", "addition", ",", "with", "high", "D-dimer", "values", "on", "admission", ",", "he", "was", "maintained", "on", "i", ".", "v", ".", "unfractionated", "heparin", ";", "a", "CTA", "showed", "multiple", "segmental", "and", "sub-segmental", "lacunar", "images", ",", "with", "extensive", "ground-glass", "opacities", "and", "areas", "of", "consolidation", "/", "atelectasis", ".", "Subsequently", ",", "he", "was", "switched", "to", "a", "new", "oral", "anticoagulant", ".", "Over", "the", "next", "7", "days", ",", "despite", "routine", "physiotherapy", ",", "the", "patient", "failed", "to", "fully", "recover", ",", "with", "weakness", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "Neurological", "examination", "of", "the", "lower", "extremities", "revealed", "hypertonia", "and", "decreased", "strength", "bilaterally", ",", "although", "more", "marked", "on", "the", "left", ".", "There", "was", "no", "loss", "of", "pulse", "or", "other", "sensory", "findings", "in", "the", "lower", "extremities", ";", "Babinski", "'", "s", "sign", "was", "negative", ",", "coordination", "and", "gait", "were", "difficult", "to", "assess", "as", "the", "patient", "needed", "support", "to", "stand", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "showed", "no", "acute", "intracranial", "abnormalities", ".", "Persistent", "bilateral", "lower", "extremity", "weakness", "and", "stiffness", "prompted", "a", "brain", "MRI", ",", "which", "revealed", "microangiopathy", "and", "infarcts", "in", "the", "parietal", "and", "occipital", "lobes", "as", "well", "as", "in", "the", "midbrain", "and", "basal", "ganglia", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "neurorehabilitation", "centre", "on", "27", "April", "for", "convalescence", "and", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "retired", "label": "HUMAN", "start": 41, "end": 48 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1201, "end": 1208 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1577, "end": 1584 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1884, "end": 1891 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 27 } ]

[ "", "An", "otherwise", "healthy", "11-year-old", "boy", "presented", "with", "status", "epilepticus", "requiring", "anticonvulsants", ";", "cerebrospinal", "fluid", "showed", "evidence", "of", "encephalitis", "(", "921", "erythrocytes", ",", "16", "leukocytes", ",", "8", "%", "neutrophils", "[", "normal", "0-6", "%", "]", ",", "with", "protein", "97", "[", "normal", ":", "40-170", "mg", "/", "dL", "]", "and", "glucose", "92", "[", "normal", ":", "20-100", "mg", "/", "dL", "]", ")", ".", "He", "presented", "with", "two", "days", "of", "generalised", "weakness", "with", "no", "respiratory", "symptoms", "and", "no", "fever", ";", "ED", "temperature", "was", "39", ".", "3oC", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "unremarkable", ".", "An", "electroencephalogram", "revealed", "intermittent", "frontal", "delta", "activity", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "positive", "for", "COVID-19", "and", "rhinovirus", "/", "enterovirus", ",", "but", "the", "latter", "were", "not", "found", "on", "cerebrospinal", "fluid", "PCR", ".", "The", "patient", "recovered", "completely", "without", "treatment", "after", "six", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 584, "end": 595 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 659, "end": 666 }, { "text": "rhinovirus", "label": "SPECIES", "start": 573, "end": 583 } ]

[ "Scope", "of", "the", "case", "We", "present", "a", "case", "of", "herpes", "zoster", "with", "involvement", "of", "the", "two", "branches", "of", "the", "facial", "nerve", "that", "evolves", "in", "a", "torpid", "manner", ".", "It", "is", "diagnosed", "and", "treated", "by", "Primary", "Care", ",", "Neurology", ",", "Otorhinolaryngology", ",", "Physiotherapy", "and", "Rehabilitation", ".", "Images", "of", "the", "case", "are", "attached", ",", "with", "the", "patient", "'", "s", "consent", ".", "Reason", "for", "consultation", "Deviation", "of", "the", "mouth", ",", "left", "hypoacusis", "and", "sensation", "of", "corkiness", "of", "the", "left", "hemiface", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "71-year-old", "man", "who", "attended", "a", "primary", "care", "clinic", "for", "vesicular-crusted", "lesions", "on", "the", "left", "hemiface", "(", "from", "the", "chin", "to", "the", "external", "auditory", "canal", ")", "of", "five", "days", "'", "evolution", ",", "associated", "with", "deviation", "of", "the", "corner", "of", "the", "mouth", "to", "the", "right", ",", "a", "sensation", "of", "corkiness", "of", "the", "left", "hemiface", ",", "left", "hypoacusis", ",", "alteration", "of", "taste", "sensitivity", "and", "difficulty", "in", "closing", "the", "left", "eye", "of", "48", "hours", "'", "evolution", ".", "He", "started", "treatment", "with", "Valacyclovir", "1", "gram", "every", "8", "hours", "as", "prescribed", "in", "the", "emergency", "department", ".", "No", "fever", "or", "other", "systemic", "symptoms", ".", "On", "consultation", ",", "clinical", "diagnosis", "of", "left", "peripheral", "facial", "paralysis", "due", "to", "herpes", "zoster", "virus", ".", "Personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "obesity", ",", "psoriasis", "and", "ischaemic", "heart", "disease", "with", "non-revascularised", "angina", ".", "No", "known", "adverse", "drug", "reactions", ".", "She", "had", "never", "had", "herpetic", "lesions", "before", ".", "His", "usual", "treatment", "was", "simvastatin", "40mg", ",", "nevibolol", "5mg", ",", "acetylsalicylic", "acid", "100mg", ",", "metformin", "850mg", ",", "tamsulosin", "400mcg", ",", "allopurinol", "100mg", ",", "omeprazole", "20mg", "and", "calcipotriol", "50mcg", "/", "betamethasone", "500mcg", "skin", "foam", ".", "In", "consultation", ",", "he", "was", "prescribed", "Deflazacort", "30mg", "every", "24", "hours", "with", "a", "descending", "pattern", ",", "eye", "patches", ",", "artificial", "tears", ".", "After", "the", "consultation", ",", "the", "patient", "decided", "to", "go", "to", "the", "neurology", "department", "of", "a", "private", "hospital", "after", "3", "days", "with", "no", "significant", "improvement", "in", "the", "paralysis", "and", "the", "onset", "of", "postherpetic", "neuralgia", ".", "After", "successive", "consultations", "at", "a", "private", "hospital", ",", "a", "brain", "MRI", "scan", "without", "contrast", "and", "a", "neurophysiological", "study", "of", "the", "facial", "nerve", ",", "clinical", "judgement", "concordant", "with", "that", "previously", "established", ":", "Ransay-Hunt", "syndrome", ".", "Examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Normal", "colour", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "No", "signs", "of", "meningismus", ".", "Cortical", "functions", "preserved", ".", "Coherent", "language", ".", "No", "aphasia", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "Preserved", "extrinsic", "ocular", "mobility", ".", "No", "campimetric", "alterations", "by", "confrontation", ".", "Deviation", "of", "the", "corner", "of", "the", "mouth", ",", "mild", "dysarthria", ",", "difficulty", "in", "closing", "the", "left", "eyelids", ",", "epiphora", ",", "diminished", "sensitivity", "in", "the", "left", "hemiface", ".", "Erythematous", ",", "crusted", "plaques", "extending", "from", "the", "midline", "of", "the", "labial", "region", "and", "chin", "to", "the", "left", "external", "auditory", "canal", ".", "Complementary", "tests", "*", "*", "Brain", "MRI", "without", "contrast", ":", "signs", "of", "cerebral", "ageing", "with", "cortico-subcortical", "atrophy", "and", "images", "compatible", "with", "small", "vessel", "ischaemic", "leukoencephalopathy", ",", "possibly", "secondary", "to", "atherosclerosis", ".", "*", "*", "Neurophysiological", "study", "of", "the", "facial", "nerve", ":", "study", "compatible", "with", "advanced", "neuropathy", "of", "the", "left", "facial", "nerve", "with", "loss", "of", "axonal", "volume", "and", "signs", "of", "degeneration", ".", "*", "*", "Laboratory", "tests", ":", "no", "relevant", "findings", ".", "Family", "and", "community", "approach", "71-year-old", "man", ",", "independent", "for", "all", "ABVD", ".", "With", "good", "family", "support", ".", "With", "private", "health", "resources", ".", "Retired", "and", "in", "full", "family", "contraction", "phase", ",", "mature", "family", ".", "Action", "plan", "In", "successive", "consultations", ",", "the", "patient", "'", "s", "postherpetic", "neuralgia", "partially", "improved", ",", "allowing", "the", "analgesic", "treatment", "prescribed", "(", "paracetamol", ",", "metamizole", ",", "lidocaine", "patches", ",", "chloracepatodipotassium", ",", "tegretol", "200", "mg", "every", "8", "hours", "and", "amitriptyline", "25", "mg", "every", "24", "hours", ")", "to", "be", "reduced", ".", "This", "is", "not", "the", "case", "with", "peripheral", "facial", "paralysis", ".", "The", "patient", "provides", "reports", "of", "the", "therapy", "carried", "out", "in", "a", "private", "hospital", ":", "physiotherapy", "and", "rehabilitation", ",", "acupuncture", "and", "facial", "nerve", "stimulation", ".", "Finally", ",", "the", "possibility", "of", "surgical", "treatment", "is", "proposed", ",", "which", "he", "rejects", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Ramsay-Hunt", "syndrome", ",", "idiopathic", "or", "Bell", "'", "s", "palsy", ",", "paralysis", "after", "otic", "surgery", ",", "acute", "otitis", ",", "chronic", "otitis", "(", "cholesteatoma", ",", "osteitis", ")", ",", "acoustic", "neurinoma", "(", "more", "rare", ",", "with", "progressive", "paralysis", ")", ",", "involvement", "of", "the", "geniculate", "ganglion", "in", "the", "context", "of", "infection", ".", "Evolution", "The", "patient", "started", "with", "a", "clinical", "diagnosis", "of", "facial", "herpes", "zoster", "vs", ".", "dermatological", "lesions", ".", "Over", "the", "days", ",", "the", "process", "had", "a", "torpid", "evolution", ",", "associating", "hypoacusis", "and", "paralysis", ",", "requiring", "assessment", "by", "different", "specialities", ".", "Severe", "refractory", "Ramsay-Hunt", "syndrome", "was", "confirmed", ".", "The", "patient", "currently", "suffers", "from", "different", "post-herpetic", "sequelae", "such", "as", "peripheral", "facial", "paralysis", ",", "reduced", "taste", "sensitivity", "and", "hypoacusis", "in", "the", "left", "ear", ",", "which", "have", "improved", "slightly", "after", "multiple", "treatments", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 296, "end": 303 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 519, "end": 522 }, { "text": "herpes zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 1126, "end": 1145 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 1324, "end": 1332 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 1148, "end": 1156 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1715, "end": 1722 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3713, "end": 3720 }, { "text": "postherpetic", "label": "SPECIES", "start": 3412, "end": 3424 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4284, "end": 4291 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 4619, "end": 4627 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4573, "end": 4580 } ]

[ "A", "46-year-old", "man", "with", "diabetes", "mellitus", "since", "the", "age", "of", "26", ",", "treated", "with", "metformin", "850mg", "/", "vildagliptin", "50mg", "every", "12", "hours", "and", "glicazide", "60mg", "every", "12", "hours", ",", "monitored", "by", "his", "primary", "care", "doctor", ".", "Four", "days", "ago", "he", "was", "admitted", "to", "the", "observation", "area", "for", "diabetic", "ketoacidosis", "decompensated", "by", "sinusitis", ",", "discharged", "with", "insulin", "glargine", "18UI", "and", "moxifloxacin", ".", "Today", "he", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "decompensated", "diabetic", "ketoacidosis", "due", "to", "pansinusitis", "predominantly", "ethmoidal", "with", "visual", "impairment", ".", "Examination", "showed", "Glasgow", "15", ",", "preserved", "strength", "and", "sensitivity", ",", "with", "paralysis", "of", "the", "left", "oculo-motor", "muscles", ".", "Blood", "tests", ":", "leukocytosis", "(", "20", ",", "500", ")", "with", "left", "deviation", "(", "88", "%", "neutrophils", ")", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ".", "Venous", "blood", "gas", "analysis", ":", "pH", ":", "6", ".", "99", ",", "PCO2", ":", "24", ",", "HCO3", ":", "6", ".", "1", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "showed", "occupation", "of", "the", "frontal", "sinuses", "and", "ethmoid", "cells", "by", "soft", "tissue", "density", "material", ",", "and", "thickening", "of", "the", "mucosa", "of", "the", "sphenoid", "sinus", "and", "left", "maxilla", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "insulin", "perfusion", ",", "serotherapy", "and", "antibiotherapy", ",", "and", "after", "stabilisation", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Otorhinolaryngology", "Department", ".", "We", "were", "consulted", "on", "the", "ward", "for", "assessment", "of", "insulin", "treatment", "due", "to", "hypoglycaemia", "and", "ionic", "readjustment", "(", "moderate", "hypokalaemia", ")", ".", "We", "reduced", "basal", "insulin", ",", "increased", "potassium", "levels", "in", "serum", "and", "requested", "a", "blood", "test", "for", "diabetes", "mellitus", ".", "On", "examination", "on", "the", "ward", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "he", "presented", "with", "infiltration", "of", "the", "hard", "palate", "by", "blackish", "material", "and", "endoscopic", "nasosinusal", "surgery", "was", "performed", "with", "sampling", ".", "He", "was", "assessed", "by", "Neurology", ",", "which", "requested", "a", "cranial", "MRI", "scan", "showing", ":", "findings", "suggestive", "of", "rhinosinusitis", "with", "associated", "encephalitis", "and", "cavernous", "sinus", "thrombosis", ",", "with", "a", "fungal", "aetiology", "to", "be", "assessed", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "treatment", "was", "started", "with", "amphotericin", "B", "and", "caspofungin", "and", "surgery", "was", "performed", "(", "frontobasal", "craniotomy", ",", "cranialisation", "of", "the", "frontal", "sinus", "and", "cerebritis", "excision", ")", ".", "In", "AP", ",", "non-septate", "hyphae", "with", "branching", "between", "45-90", "degrees", "were", "observed", ",", "compatible", "with", "mucor", "spp", ".", "The", "patient", "was", "on", "parenteral", "nutrition", "plus", "insulin", "adjustment", ".", "On", "the", "eleventh", "day", "of", "admission", "the", "patient", "'", "s", "blood", "tests", "showed", "a", "natraemia", "of", "156", ",", "with", "decreased", "urinary", "osmolarity", ",", "presenting", "diuresis", "in", "24", "hours", "of", "5600cc", ",", "leading", "to", "the", "diagnosis", "of", "diabetes", "insipidus", "with", "a", "central", "component", "(", "infiltration", ")", "and", "nephrogenic", "(", "amphotericin", "B", ")", ".", "Desmopressin", "1mcg", "was", "prescribed", "conditional", "to", "diuresis", "greater", "than", "1400cc", "every", "8", "hours", ",", "decreasing", "diuresis", "to", "3700cc", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "the", "patient", "suffered", "adult", "respiratory", "distress", "with", "bilateral", "pulmonary", "infiltration", ",", "with", "desaturation", "and", "cardiorespiratory", "arrest", "that", "ended", "in", "exitus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1080, "end": 1087 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1755, "end": 1761 }, { "text": "mucor spp", "label": "SPECIES", "start": 2082, "end": 2091 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2098, "end": 2105 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2196, "end": 2203 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 2607, "end": 2612 } ]

[ "A", "45-year-old", "man", ",", "of", "Nigerian", "origin", ",", "was", "admitted", "for", "weakness", "and", "lumbar", "pain", "radiating", "to", "the", "lower", "back", "in", "the", "form", "of", "cramps", "and", "bladder", "involvement", "due", "to", "RAO", "which", "required", "catheterisation", ".", "He", "had", "associated", "pruritic", "lesions", "of", "2", "months", "'", "evolution", "on", "the", "chest", ".", "No", "other", "associated", "symptoms", ".", "He", "had", "been", "diagnosed", "with", "HIV", "20", "days", "earlier", "at", "a", "nearby", "centre", "without", "starting", "ART", "or", "prophylaxis", "for", "opportunistic", "infections", ".", "He", "denied", "risky", "relationships", ",", "parenteral", "drug", "addiction", "and", "previous", "transfusions", ".", "Clinical", "examination", "revealed", "hyperpigmented", "papulonodular", "lesions", "with", "a", "cicatricial", "appearance", "on", "the", "chest", "and", "neurological", "deficit", "in", "MID", "(", "BM", "0", "/", "5", "in", "right", "tibialis", "anterior", ",", "0", "/", "5", "right", "plantar", "flexion", ",", "L5-S4", "hypoaesthesia", ")", ",", "symmetrical", "areflexia", "in", "MMII", "and", "inability", "to", "stand", "upright", ".", "An", "MRI", "revealed", "an", "intramedullary", "ring-reinforced", "lesion", "located", "at", "T12", "level", "and", "brain", "CT", "did", "not", "show", "LOES", ".", "HIV", "was", "confirmed", ",", "and", "CD4", "and", "CV", "cell", "counts", "were", "performed", "(", "CD4", "41", "and", "CV", "54", ",", "653", ")", ".", "Serology", "was", "extended", "to", "rule", "out", "opportunistic", "diseases", "of", "the", "nervous", "system", "including", "CMV", ",", "HTLV", ",", "HSV", ",", "Lúes", ",", "Taenia", "Solium", "and", "Strongyloides", ",", "with", "negative", "results", "except", "for", "IgG", "for", "toxoplasma", ".", "CSF", "tests", "confirmed", "a", "positive", "PCR", "for", "toxoplasma", "and", "a", "CV", "of", "3025", "copies", "/", "ml", "of", "Epstein", "Barr", "virus", ".", "CSF", "cytology", "and", "flow", "cytometry", "were", "performed", "to", "rule", "out", "lymphoma", ",", "which", "was", "negative", ",", "concluding", "intramedullary", "toxoplasmosis", "in", "an", "HIV-positive", "patient", ".", "The", "skin", "lesions", "on", "the", "trunk", "were", "biopsied", "and", "found", "to", "be", "perforating", "folliculitis", ".", "Evolution", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "anti-toxoplasma", "treatment", "was", "started", "together", "with", "antiretroviral", "therapy", ".", "After", "one", "week", "of", "treatment", "and", "initiation", "of", "RHB", ",", "the", "patient", "had", "significant", "improvement", "with", "partial", "recovery", "of", "motor", "balance", "and", "withdrawal", "of", "catheterisation", "without", "incident", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1089, "end": 1092 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1295 }, { "text": "HTLV", "label": "SPECIES", "start": 1094, "end": 1098 }, { "text": "Lúes", "label": "SPECIES", "start": 1105, "end": 1109 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 1129, "end": 1142 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 383, "end": 386 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1100, "end": 1103 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 327, "end": 330 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 915, "end": 918 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1432, "end": 1435 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1445, "end": 1452 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1185, "end": 1195 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1236, "end": 1246 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 1627, "end": 1641 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1706, "end": 1713 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1580, "end": 1590 } ]

[ "Patient", "aged", "58", "years", ",", "with", "a", "history", "of", "chronic", "otitis", "media", "of", "the", "left", "ear", "of", "more", "than", "30", "years", "of", "evolution", ",", "poorly", "controlled", ".", "She", "consulted", "for", "left", "otorrhoea", "initially", "treated", "with", "topical", "antibiotics", "with", "poor", "evolution", "and", "grade", "III", "facial", "paralysis", "(", "HB", "scale", ")", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "nasal", "concha", "showed", "aggressive", "left", "mastoiditis", "with", "lysis", "of", "the", "cells", "in", "contact", "with", "the", "facial", "outlet", ",", "the", "wall", "of", "the", "adjacent", "jugular", "foramen", "and", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "CAE", ",", "as", "well", "as", "occupation", "of", "the", "middle", "ear", ".", "ENG", "showed", "peripheral", "involvement", "of", "the", "facial", "nerve", "with", "increased", "involvement", "of", "the", "mandibular", "branch", ",", "active", "denervation", "and", "reinervative", "potentials", ".", "A", "culture", "was", "taken", "from", "the", "otorrhoea", "in", "which", "S", ".", "aureus", "sensitive", "to", "gentamicin", "was", "isolated", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "radical", "mastoidectomy", "to", "decompress", "the", "facial", "nerve", ".", "Results", "Cervical", "dissection", "with", "subtotal", "petrosectomy", ",", "closure", "of", "the", "left", "CAE", "and", "Eustachian", "tube", ",", "and", "intravenous", "treatment", "with", "clindamycin", "were", "performed", ".", "The", "immediate", "postoperative", "period", "was", "uneventful", "and", "he", "was", "discharged", ".", "Grade", "III", "facial", "paralysis", "persisted", "after", "the", "operation", ".", "Two", "weeks", "later", "he", "was", "readmitted", "for", "a", "mastoid", "abscess", "as", "a", "consequence", "of", "surgical", "wound", "superinfection", ".", "A", "culture", "was", "taken", "and", "Peptoniphilus", "harei", "was", "isolated", ".", "He", "was", "treated", "with", "IV", "antibiotics", "without", "further", "complications", ".", "The", "patient", "continues", "to", "be", "followed", "up", "and", "rehabilitated", "for", "facial", "paralysis", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "S. aureus sensitive to gentamicin", "label": "SPECIES", "start": 716, "end": 749 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1373, "end": 1380 }, { "text": "Peptoniphilus harei", "label": "SPECIES", "start": 1269, "end": 1288 } ]

[ "Anamnesis", "A", "girl", "aged", "three", "years", "and", "eight", "months", ",", "with", "a", "history", "of", "atopic", "dermatitis", ",", "correctly", "vaccinated", "according", "to", "the", "vaccination", "schedule", ",", "except", "for", "Varicella", "Zoster", "Virus", "(", "VZV", ")", ",", "who", "consulted", "for", "the", "appearance", "of", "a", "very", "pruritic", ",", "non-painful", "lesion", "on", "the", "left", "cheek", "five", "days", "later", ",", "together", "with", "an", "ipsilateral", "preauricular", "tumour", ".", "He", "started", "treatment", "with", "topical", "mupirocin", "and", "topical", "prednicarbate", "prescribed", "by", "the", "paediatrician", "in", "the", "area", "without", "improvement", ".", "She", "reported", "no", "accompanying", "systemic", "symptoms", ".", "She", "had", "presented", "two", "similar", "episodes", "in", "the", "last", "two", "years", ",", "both", "in", "December", ",", "with", "partial", "response", "to", "previous", "treatments", ".", "Physical", "examination", "On", "inspection", "there", "was", "an", "erythematous", "plaque", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "papules", "and", "nodules", "centred", "on", "follicles", ",", "overlying", "crusts", "and", "facial", "asymmetry", "with", "increased", "contour", "of", "the", "left", "hemiface", "at", "the", "expense", "of", "the", "preauricular", "region", ".", "He", "also", "had", "mobile", "and", "non-painful", "lymphadenopathies", ",", "two", "of", "them", "in", "the", "left", "laterocervical", "region", "and", "one", "in", "the", "submandibular", "region", ".", "There", "were", "no", "lesions", "in", "any", "other", "location", ".", "Complementary", "examinations", "A", "blood", "test", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "significant", "alterations", ",", "and", "a", "cutaneous", "ultrasound", "was", "performed", "to", "identify", "the", "preauricular", "tumour", ",", "which", "revealed", "two", "satellite", "adenopathies", "measuring", "6", ".", "5", "mm", "laterocervical", "and", "a", "left", "submandibular", "adenopathy", "measuring", "20", "x", "10", "mm", "in", "diameter", "associated", "with", "an", "increase", "in", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "cheek", ",", "compatible", "with", "oedema", ",", "and", "a", "discrete", "increase", "in", "the", "left", "parotid", "gland", ".", "The", "bacterial", "culture", "was", "negative", "but", ",", "given", "the", "recurrence", "of", "the", "symptoms", "and", "the", "findings", "of", "the", "physical", "examination", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "PCR", "for", "herpes", "virus", ",", "obtaining", "a", "positive", "result", "for", "herpes", "simplex", "virus", "type", "I", "(", "HSV", "I", ")", ".", "No", "biopsy", "of", "the", "lesion", "was", "performed", "due", "to", "the", "family", "'", "s", "refusal", ".", "Diagnosis", "Herpes", "simplex", "virus", "type", "1", "folliculitis", ".", "Treatment", "Acyclovir", "in", "oral", "suspension", "80mg", "/", "ml", "adjusted", "to", "weight", "for", "seven", "days", ",", "associated", "with", "topical", "antibiotic", "treatment", "(", "fusidic", "acid", "twice", "a", "day", "for", "7", "days", ")", "and", "oral", "(", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "100", "mg", "/", "ml", "every", "8", "h", "in", "oral", "suspension", "for", "one", "week", ")", ",", "together", "with", "ibuprofen", "20", "mg", "/", "ml", "every", "8", "h", "for", "three", "days", ".", "Evolution", "After", "one", "week", "of", "treatment", ",", "the", "skin", "lesions", "and", "reactive", "adenopathies", "resolved", "completely", ".", "Since", "then", ",", "the", "patient", "has", "been", "followed", "up", "in", "the", "paediatric", "dermatology", "department", ",", "with", "no", "new", "recurrences", "after", "six", "months", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 184, "end": 187 }, { "text": "Varicella Zoster Virus", "label": "SPECIES", "start": 160, "end": 182 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 435, "end": 448 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 99, "end": 109 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 127, "end": 138 }, { "text": "HSV I", "label": "SPECIES", "start": 1816, "end": 1821 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1873, "end": 1879 }, { "text": "herpes simplex virus type I", "label": "SPECIES", "start": 1787, "end": 1814 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 1741, "end": 1753 }, { "text": "Herpes simplex virus type 1", "label": "SPECIES", "start": 1902, "end": 1929 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", ":", "74-year-old", "man", ",", "without", "AFC", ",", "who", "consulted", "for", "colicky", "abdominal", "pain", ",", "epigastric", ",", "of", "24", "hours", "'", "evolution", ",", "radiating", "to", "the", "left", "flank", ",", "with", "the", "appearance", "of", "fever", "and", "chills", ",", "without", "micturition", "syndrome", ".", "Pathological", "history", ":", "Ex-smoker", ",", "AHT", ",", "DM-II", "(", "poorly", "controlled", "and", "with", "secondary", "retinopathy", ")", "and", "LBP", ".", "Severe", "multifactorial", "vasculopathy", "with", "renal", "involvement", "(", "stage", "III", ",", "under", "treatment", "with", "erythropoietin", ")", ".", "HIV", "/", "AIDS", "infection", "(", "sexually", "transmitted", "infection", ")", "of", "18", "years", "of", "evolution", ";", "multiple", "lines", "of", "treatment", "due", "to", "failures", "and", "poor", "tolerance", ";", "currently", "treated", "with", "EFV", "+", "ATV", ",", "with", "undetectable", "viral", "load", "and", "CD4", "of", "147", "(", "21", "%", ")", ";", "'", "non-repopulating", "'", "profile", ".", "TB", "in", "adolescence", ".", "ACxFA", "treated", "with", "anticoagulation", "and", "beta-blocker", ".", "Multiple", "repeat", "TIAs", ".", "Carrier", "of", "bicameral", "pacemaker", "due", "to", "complete", "AVB", ".", "Chronic", "ischaemic", "heart", "disease", "of", "long", "evolution", ";", "double", "aorto-coronary", "bypass", "(", "1993", ")", ";", "PTCA", "on", "3", "occasions", "with", "6", "stents", ";", "EF", "of", "25", "%", "with", "dilated", "cardiomyopathy", "and", "infero-posterior", "akinesia", ";", "secondary", "heart", "failure", "NYHA-II", "/", "III", "functional", "class", ".", "EF", ".", "TA", "152", "/", "55", ";", "FC", "88x", "\"", ";", "FR", "20X", "\"", ";", "Ta", "38", ".", "4oC", ";", "basal", "O2", "Sat", "93", "%", ";", "GCS", "15", "/", "15", ".", "AC", ":", "CRT", ",", "no", "murmurs", "/", "rhythmias", ";", "no", "signs", "of", "CHF", ",", "well", "perfused", ".", "AR", ":", "VCM", ",", "no", "added", "sounds", ".", "NRL", ":", "conscious", "and", "oriented", ",", "no", "acute", "focality", ".", "ABD", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "defence", "in", "the", "left", "hypochondrium", ",", "without", "ascites", ".", "Skin", ":", "general", "condition", ":", "fair", ",", "normal", "colour", "and", "normal", "hydration", ".", "Complementary", "tests", ".", "CBC", ":", "Hb", "12", ".", "9", ",", "Ht", ".", "37", "%", ".", "136", ",", "000", "platelets", ".", "15", ",", "410", "leukocytes", "(", "10", "%", "bands", ")", ".", "PCR", "195", ";", "pro-calcitonin", "15", ".", "1", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "388", ",", "Cr", "1", ".", "7", ";", "ionogram", ",", "normal", ";", "total", "bilirubin", "1", ".", "3", "(", "direct", "0", ".", "4", ")", ",", "AST", "25", ".", "8", ",", "ALT", "12", ".", "6", ",", "GGT", "81", ",", "FA", "127", ",", "amylase", "195", ",", "lipase", "60", ",", "CK", "17", ".", "4", ".", "INR", "2", ".", "8", ",", "Quick", "28", "%", ".", "Troponin-T", "0", ".", "01", ".", "ECG", ":", "ACxFA", "with", "FVM", "of", "90x", "\"", ",", "without", "signs", "of", "acute", "myocardial", "ischaemia", ".", "Urine", "study", ":", "0", "leucocytes", "/", "field", ",", "0", "haemocytes", "/", "field", ";", "amylasuria", "618", ".", "Abdominal", "CT", "(", "sc", ")", ":", "biliary", "tract", "normal", ";", "pancreas", "within", "normality", ";", "image", "suggestive", "of", "splenic", "infarction", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "spleen", "with", "a", "geographical", "hypoechoic", "involvement", "of", "about", "5", "cm", "in", "the", "lower", "pole", "with", "absence", "of", "vascularisation", ",", "compatible", "with", "infarction", ";", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "no", "images", "suggestive", "of", "endocarditis", "were", "observed", "in", "valves", "or", "in", "the", "pacemaker", "implantation", "electrode", ".", "Blood", "cultures", "(", "2", ",", "pre-antibiotic", "treatment", ")", ":", "at", "72", "h", ",", "Klebsiella", "oxytoca", "was", "isolated", "in", "2", "/", "2", "bottles", ",", "with", "sensitivity", "<", "0", ".", "25", "to", "ciprofloxacin", ".", "Evolution", ":", "Under", "initial", "diagnostic", "guidance", "of", "possible", "acute", "pancreatitis", "(", "not", "related", "to", "antiretrovirals", ")", ",", "after", "extraction", "of", "2", "blood", "cultures", ",", "antibiotic", "coverage", "with", "parenteral", "imipenem", "was", "initiated", ".", "A", "differential", "diagnosis", "with", "mesenteric", "ischaemia", "and", "biliary", "tract", "pathology", "was", "also", "considered", ".", "Subsequently", ",", "imaging", "tests", "showed", "splenic", "infarction", "and", "given", "the", "blood", "culture", "result", "(", "positive", "for", "Klebsiella", "oxytoca", "in", "a", "patient", "with", "HIV", "/", "AIDS", ")", ",", "it", "was", "attributed", "to", "infectious", "aetiology", "(", "and", "not", "emboligenic", "due", "to", "atrial", "fibrillation", ")", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "ward", ",", "ruling", "out", "the", "biliary", "tract", ",", "colon", "and", "endocarditis", "as", "the", "infectious", "focus", ",", "completing", "antibiotic", "treatment", "for", "15", "days", "(", "initially", "with", "carbapenemics", "and", "later", "with", "quinolones", ")", ".", "Diagnostic", "hypothesis", ".", "Splenic", "infarction", "of", "probable", "septic", "origin", "(", "unfiliated", "focus", ")", "in", "a", "patient", "who", "was", "immobile", "due", "to", "HIV", "/", "AIDS", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Klebsiella oxytoca", "label": "SPECIES", "start": 2415, "end": 2433 }, { "text": "Klebsiella oxytoca", "label": "SPECIES", "start": 2916, "end": 2934 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 445, "end": 448 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2953, "end": 2956 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3389, "end": 3392 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 704, "end": 715 }, { "text": "antiretrovirals", "label": "SPECIES", "start": 2597, "end": 2612 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2940, "end": 2947 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3357, "end": 3364 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 637, "end": 642 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "47-year-old", "man", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", ",", "cough", ",", "dysthermic", "sensation", ",", "expectoration", "and", "scanty", "haemoptotic", "sputum", "of", "3", "days", "'", "duration", ".", "No", "drug", "allergies", ".", "Hepatitis", "C", ".", "Smoker", "of", "6-8", "cigarettes", "a", "day", "until", "8", "years", "ago", ".", "Heroin", "and", "inhaled", "cocaine", "user", ",", "later", "methadone", ".", "Currently", "denies", "use", "for", "5", "years", ".", "Asthmatic", "for", "20", "years", ".", "Usual", "treatment", ":", "Tranxilium", "50", ",", "Rilast", ",", "Spiriva", ",", "Terbasmin", ".", "Physical", "examination", ":", "Good", "general", "condition", ".", "Eupneic", "at", "rest", "without", "oxygen", ".", "Basal", "oxygen", "saturation", ":", "94", "%", ".", "BP", "110", "/", "70", ".", "Ta", "36", ".", "Head", "and", "neck", ":", "No", "jugular", "engorgement", ".", "No", "goitre", "or", "adenopathy", ".", "No", "carotid", "bruits", ".", "AC", ":", "Rhythmic", "at", "80", "bpm", "with", "no", "murmurs", ".", "AP", ":", "scattered", "rhonchi", "and", "some", "crackles", "in", "the", "right", "lung", "base", ".", "Abdomen", "and", "extremities", "without", "alterations", ".", "Results", ":", "Complete", "blood", "count", ":", "Hb", "16", ".", "8", ";", "Ht", "49", ".", "3", ";", "MCV", "97", ";", "leukocytes", "14", ",", "100", "(", "5", "%", "of", "keys", ";", "84", "%", "segmented", ")", ";", "platelets", "139", ",", "000", ".", "Coagulation", ":", "PT", "83", "%", ";", "INR", "1", ".", "12", ".", "Biochemistry", ":", "Glu", "88", ";", "urea", "38", ",", "5", ";", "creat", "0", ",", "63", ";", "AST", "46", ";", "ALT", "72", ";", "total", "Bi", "0", ",", "32", ";", "sodium", "142", ";", "potassium", "4", ",", "36", ".", "Chest", "X-ray", ":", "nodules", "of", "different", "sizes", "around", "1", "cm", "scattered", "in", "both", "lung", "fields", ".", "ECG", ":", "Sinus", "rhythm", "at", "80", "bpm", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "With", "initial", "suspicion", "of", "metastatic", "neoplasia", "and", "unable", "to", "rule", "out", "a", "disseminated", "bacterial", "infection", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "pulmonology", ",", "completing", "the", "study", ":", "thoracoabdominal", "CT", "scan", ":", "3", "cm", "mass", "in", "LSI", "and", "2", ".", "1", "cm", "nodule", "in", "LII", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "Bilateral", "pulmonary", "metastases", ".", "Small", "homolateral", "hilar", "and", "mediastinal", "adenopathies", ".", "Control", "haemogram", ":", "Hb", "13", ".", "8", ";", "Ht", "40", ";", "MCV", "95", ".", "8", ";", "leukocytes", "8", ",", "800", "(", "N", "83", ".", "8", "%", ")", ";", "platelets", "159", ",", "000", ".", "Biochemistry", ":", "uric", "acid", "3", ".", "7", ";", "FA", "120", ";", "GGT", "51", ";", "total", "proteins", "6", ".", "1", ".", "Proteinogram", "normal", ".", "Serology", ":", "HBs", "Ag", "negative", ";", "Anti", "HBs", "negative", ";", "Anti", "HBc", "positive", ";", "hepatitis", "C", "markers", "positive", ";", "HIV", "serology", "negative", ".", "Autoimmunity", ":", "antinuclear", "antibodies", ",", "neutrophil", "cytoplasm", "antibodies", "and", "native", "DNA", "antibodies", "negative", ";", "ENAS", "negative", ".", "Tumour", "markers", ":", "CEA", "6", ".", "49", ";", "PSA", "0", ".", "21", ";", "alpha", "fetoprotein", "2", ".", "6", ";", "non-specific", "enolase", "21", ".", "2", ".", "Urine", "S", "/", "S", ":", "normal", ".", "Blood", "culture", ":", "negative", ".", "Echocardiogram", ":", "normal", ".", "Pneumococcal", "and", "Legionella", "antigens", "in", "urine", ":", "negative", ".", "Sputum", "culture", ":", "gram", "stain", ".", "Mixed", "flora", ".", "Auramine", "stain", ":", "negative", ".", "Mantoux", "test", ":", "negative", ".", "Bronchoaspirate", ":", "auramine", "stain", "negative", ".", "Sputum", "cytology", ":", "positive", "for", "malignancy", ".", "Cytological", "findings", "compatible", "with", "adenocarcinoma", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "cytology", ":", "negative", "for", "malignancy", ".", "Bronchoaspirate", "cytology", ":", "negative", "for", "malignancy", ".", "Bronchoscopy", ":", "normal", ".", "Cranial", "CT", "scan", ":", "normal", ".", "Bone", "scan", ":", "normal", ".", "Main", "diagnosis", ":", "lung", "adenocarcinoma", "T4", "N2", "M1b", "(", "stage", "IV", ")", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mixed flora", "label": "SPECIES", "start": 2198, "end": 2209 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 1771, "end": 1774 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 1730, "end": 1733 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 1752, "end": 1755 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2130, "end": 2140 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1815, "end": 1818 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1303, "end": 1310 }, { "text": "Hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 199, "end": 210 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 1785, "end": 1796 } ]

[ "", "A", "69-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "status", "epilepticus", "requiring", "endotracheal", "intubation", ",", "with", "5", "days", "of", "evolution", "and", "fever", ",", "cough", "and", "anosmia", ".", "Tracheal", "aspirate", "detected", "SARS-CoV-2", "by", "RT-PCR", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", "and", "a", "crisis", "that", "had", "occurred", "a", "year", "earlier", ",", "associated", "with", "hyperglycaemia", "and", "uncontrolled", "diabetes", ".", "On", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "levetiracetam", ".", "A", "brain", "CT", "scan", "showed", "no", "relevant", "findings", ";", "an", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "showed", "repetitive", "rhythmic", "paroxysms", "at", "1", "Hz", "in", "the", "right", "frontal", "region", ",", "indicative", "of", "non-convulsive", "status", "epilepticus", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "analysis", "was", "unremarkable", ",", "with", "1", "leukocyte", "per", "cubic", "millimetre", ",", "18", "erythrocytes", "per", "cubic", "millimetre", ",", "and", "protein", "and", "glucose", "values", "of", "0", ".", "66", "g", "/", "L", "and", "10", ".", "5", "mml", "/", "L", "respectively", "(", "glycaemia", "20", "mmol", "/", "L", ")", ".", "An", "RT-PCR", "assay", "of", "CSF", "was", "negative", "for", "SARS-CoV-2", ".", "All", "other", "tests", "for", "infectious", "agents", "and", "autoimmune", "diseases", "were", "negative", "in", "serum", "and", "CSF", ".", "A", "brain", "MRI", "revealed", "hyperintensity", "of", "the", "right", "orbital", "prefrontal", "cortex", "adjacent", "to", "the", "olfactory", "bulb", ",", "which", "appeared", "to", "extend", "into", "the", "right", "medial", "prefrontal", "cortex", "and", "right", "caudate", "nucleus", ".", "No", "gadolinium", "enhancement", "was", "observed", ".", "After", "a", "multidisciplinary", "analysis", ",", "treatment", "with", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulins", "at", "a", "dose", "of", "2", "g", "/", "kg", "was", "administered", ".", "On", "day", "2", ",", "EEG", "showed", "persistent", "lateralised", "periodic", "discharges", "at", "short", "intervals", "(", "0", ".", "7-1", ".", "2", "s", ")", "in", "the", "right", "frontal", "lobe", ".", "The", "patient", "improved", "after", "one", "week", ",", "allowing", "removal", "of", "mechanical", "ventilation", ",", "but", "showed", "signs", "of", "frontal", "lobe", "syndrome", "such", "as", "verbal", "perseveration", "and", "imitative", "behaviour", "and", "was", "somnolent", "for", "several", "days", "after", "extubation", ".", "MRI", "on", "day", "15", "showed", "persistence", "of", "clear", "hyperintensity", "in", "the", "right", "caudate", "nucleus", "and", "a", "significant", "decrease", "in", "hyperintensity", "in", "the", "prefrontal", "cortex", ".", "The", "MRI", "performed", "on", "day", "30", "was", "normal", ".", "The", "conclusion", "was", "that", "the", "initial", "hyperintensities", "on", "MRI", "were", "due", "in", "part", "to", "pericritical", "diffusion", "abnormalities", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 183, "end": 193 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 907, "end": 917 }, { "text": "infectious agents", "label": "SPECIES", "start": 939, "end": 956 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 209, "end": 216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 400, "end": 407 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1488, "end": 1495 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "The", "patient", "'", "s", "mother", "came", "to", "the", "health", "centre", "with", "a", "closed", "container", "containing", "remains", "of", "faeces", ",", "among", "which", "there", "was", "an", "elongated", "foreign", "body", "of", "about", "21", "cm", ",", "whitish", ",", "unsegmented", ",", "with", "a", "flat", ",", "slippery", "surface", ",", "which", "looked", "like", "a", "worm", ".", "The", "foreign", "body", "has", "been", "expelled", "by", "the", "patient", "during", "defecation", ",", "following", "an", "enema", ",", "and", "a", "sphere", "composed", "of", "smaller", ",", "whitish", ",", "elongated", "bodies", ",", "which", "his", "mother", "calls", "a", "\"", "snake", "'", "s", "nest", "\"", "*", "sic", ".", "+", ",", "has", "been", "expelled", "beforehand", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Personal", "history", ":", "cerebral", "palsy", "since", "childhood", ".", "Living", "in", "a", "bed-chair", ",", "totally", "dependent", ",", "cared", "for", "by", "his", "88-year-old", "mother", ".", "Approval", "of", "the", "Dependency", "Law", ".", "Usual", "treatment", ":", "clorazepate", "5mg", "/", "12h", ",", "clonazepam", "2mg", "/", "12h", ",", "mirtazapine", "15mg", "/", "24h", ",", "levodopa", "/", "carbidopa", "25mg", "/", "8h", ".", "Present", "illness", ":", "59-year-old", "male", ",", "who", "consulted", "his", "MAP", "for", "pathological", "products", "in", "his", "stools", ".", "He", "is", "constipated", "and", "requires", "regular", "cleansing", "enemas", ".", "Physical", "examination", ":", "afebrile", ".", "Clinically", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Good", "hydration", "and", "perfusion", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "No", "jugular", "ingurgitation", ".", "Symmetrical", "pulses", ".", "No", "oedema", "in", "lower", "limbs", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "no", "masses", "or", "palpable", "megaliths", ".", "No", "pain", "on", "palpation", ".", "No", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Negative", "bilateral", "fist", "percussion", ".", "CBC", ":", "haemoglobin", "12", ".", "1", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "37", ".", "6", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "97", ".", "7", "fL", ",", "leucocytes", "3960", "/", "mm3", "(", "PMN", "2360", "/", "mm", ",", "lymphocytes", "970", "/", "mm3", ")", ",", "platelets", "153000", "/", "mm3", ";", "biochemistry", "with", "glycaemia", "82", "mg", "/", "dL", ",", "normal", "renal", "function", "with", "creatinine", "0", ".", "6", "mg", "/", "dL", ",", "uric", "acid", "4", ".", "9", "mg", "/", "dL", ",", "albumin", "3", ".", "1", "g", "/", "dL", ",", "total", "protein", "5", ".", "5", "g", "/", "dL", ",", "cholesterol", "in", "normal", "range", ",", "triglycerides", "in", "normal", "range", ",", "abdominal", "profile", "without", "findings", "of", "interest", ",", "including", "liver", "enzymes", ",", "bilirubin", "and", "pancreatic", "enzymes", ";", "proteinogram", "without", "data", "of", "interest", ";", "thyroid", "function", "normal", ".", "Stool", "culture", ":", "the", "suspected", "parasite", "was", "sent", "to", "Microbiology", ",", "and", "finally", "filtered", "as", "\"", "intestinal", "mucosal", "debris", "associated", "with", "plant", "debris", "\"", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Mebendazole", "is", "administered", "to", "the", "patient", "and", "family", "members", "at", "100", "mg", ",", "single", "dose", ",", "to", "be", "repeated", "in", "2", "weeks", ",", "on", "a", "provisional", "basis", "and", "pending", "definitive", "diagnosis", "by", "Microbiology", ".", "Measures", "are", "taken", "to", "clean", "the", "environment", "and", "the", "home", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Parasitosis", "(", "trichuriasis", ",", "tapeworm", ")", "vs", ".", "mucosal", "and", "vegetable", "debris", "(", "false", "tapeworm", ")", ".", "Pancreatic", "or", "hepatic", "insufficiency", ":", "steatorrheic", "faeces", "with", "intact", "muscle", "fibres", ".", "Food", "intolerances", ":", "gluten", ",", "coeliac", "disease", ".", "Non-parasitic", "digestive", "infections", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "He", "was", "given", "mebendazole", "100", "mg", ",", "single", "dose", ",", "as", "empirical", "treatment", ",", "thinking", "of", "trichuriasis", ",", "although", "morphologically", "it", "could", "be", "more", "similar", "to", "tapeworm", ".", "We", "waited", "for", "a", "microbiological", "diagnosis", "to", "add", "or", "not", "eradicatory", "treatment", "against", "the", "nematode", "vs", ".", "flatworm", ",", "and", "finally", "ruling", "out", "parasitosis", ",", "as", "we", "were", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "reduced", "intestinal", "transit", "due", "to", "an", "underlying", "neurological", "disease", ",", "it", "was", "not", "necessary", "to", "administer", "it", ".", "Evolution", ":", "the", "patient", "evolved", "without", "incident", ",", "with", "no", "abdominal", "pain", "or", "new", "stools", "reported", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 262, "end": 266 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 44 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 428, "end": 434 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 35 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 310, "end": 317 }, { "text": "snake", "label": "SPECIES", "start": 444, "end": 449 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 602, "end": 611 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 684, "end": 690 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 563, "end": 571 }, { "text": "MAP", "label": "HUMAN", "start": 886, "end": 889 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 862, "end": 866 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1932, "end": 1940 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2050, "end": 2056 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2127, "end": 2133 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2115, "end": 2122 }, { "text": "tapeworm", "label": "SPECIES", "start": 2414, "end": 2422 }, { "text": "tapeworm", "label": "SPECIES", "start": 2464, "end": 2472 }, { "text": "vegetable", "label": "SPECIES", "start": 2440, "end": 2449 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 2607, "end": 2616 }, { "text": "nematode", "label": "SPECIES", "start": 2915, "end": 2923 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3000, "end": 3007 }, { "text": "tapeworm", "label": "SPECIES", "start": 2815, "end": 2823 }, { "text": "flatworm", "label": "SPECIES", "start": 2928, "end": 2936 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3138, "end": 3145 } ]

[ "On", "12", "February", "2020", ",", "days", "before", "this", "outbreak", "was", "identified", ",", "an", "80-year-old", "woman", "with", "a", "three-year", "history", "of", "left", "ulcerative", "colitis", "and", "maintenance", "treatment", "with", "mesalamine", "came", "to", "our", "clinic", "with", "fever", "and", "haemorrhagic", "diarrhoea", "of", "7", "days", "'", "evolution", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "reported", "four", "bloody", "stools", "per", "day", "and", "fever", "up", "to", "38", ".", "5", "°", "C", ".", "Laboratory", "tests", "indicated", "severe", "anaemia", "(", "haemoglobin", "7", "g", "/", "dL", ")", "and", "high", "C-reactive", "protein", "values", "(", "6", "mg", "/", "dL", ")", ".", "A", "sigmoidoscopy", "showed", "large", ",", "deep", "ulcers", "in", "the", "sigmoid", "colon", "and", "rectum", ".", "Stool", "cultures", "were", "negative", ",", "including", "tests", "for", "Clostridum", "difficile", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "recurrence", "of", "ulcerative", "colitis", "and", "was", "started", "on", "i", ".", "v", ".", "corticosteroids", "(", "methylprednisolone", ")", ".", "(", "methylprednisolone", "40", "mg", "/", "day", ")", "was", "started", ".", "Over", "the", "next", "three", "days", ",", "the", "frequency", "of", "bowel", "movements", "decreased", ",", "fever", "subsided", "and", "C-reactive", "protein", "values", "returned", "to", "the", "normal", "range", ".", "On", "the", "fourth", "day", "he", "developed", "a", "fever", "of", "up", "to", "39", "°", "C", "with", "a", "dry", "cough", ".", "Based", "on", "the", "evolving", "data", "on", "the", "SARS-CoV-2", "outbreak", ",", "including", "information", "on", "nosocomial", "infections", ",", "a", "case", "of", "COVID-19", "was", "suspected", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "pneumonia", ",", "confirmed", "by", "chest", "CT", ".", "Nasopharyngeal", "swabs", "confirmed", "the", "presence", "of", "SARS-CoV-2", "and", "the", "diagnosis", "of", "COVID-19", "pneumonia", "was", "established", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "non-invasive", "ventilation", "and", "a", "combination", "of", "lopinavir", "/", "ritonavir", "and", "hydroxychloroquine", ".", "I", ".", "v", ".", "corticosteroids", "were", "rapidly", "replaced", "by", "oral", "prednisone", "and", "a", "progressive", "tapering", "of", "the", "dose", "was", "initiated", ".", "Despite", "an", "initial", "improvement", ",", "the", "patient", "'", "s", "condition", "worsened", "and", "she", "died", "after", "14", "days", "of", "hospitalisation", ".", "At", "the", "time", "of", "death", "the", "prednisone", "dose", "was", "25", "mg", "per", "day", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 78, "end": 83 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 276, "end": 283 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 605, "end": 612 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1308, "end": 1315 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1575, "end": 1582 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1031 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1236, "end": 1246 }, { "text": "Clostridum difficile", "label": "SPECIES", "start": 579, "end": 599 } ]

[ "Anamnesis", "21-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "congenital", "jejuno-ileum", "atresia", "and", "lentiginous", "melanocytic", "nevus", "on", "his", "back", "at", "the", "age", "of", "16", ".", "Left", "hydrocele", "in", "childhood", ",", "which", "resolved", "without", "treatment", ".", "No", "drug", "allergies", "or", "other", "history", "of", "interest", ".", "No", "family", "history", "of", "cancer", ".", "Oncological", "history", ":", "initially", ",", "the", "patient", "consulted", "the", "urology", "department", "for", "a", "slowly", "growing", "mass", "in", "the", "left", "testicle", ",", "which", "had", "evolved", "over", "2", "years", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "at", "the", "time", "revealed", "a", "mass", "in", "the", "anterosuperior", "pole", "of", "the", "left", "testicle", ".", "ECOG", "0", ".", "Rest", "without", "alterations", "of", "interest", ".", "Complementary", "tests", "\"", "A", "testicular", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "showed", "two", "areas", ",", "a", "more", "peripheral", "one", "in", "the", "upper", "pole", ",", "which", "was", "the", "largest", ",", "with", "an", "average", "diameter", "of", "about", "2", "cm", ",", "together", "with", "another", "in", "the", "area", "closest", "to", "the", "centre", "of", "the", "testicle", "measuring", "about", "8", "mm", "in", "diameter", ".", "\"", "A", "complete", "blood", "test", "showed", ":", "haemoglobin", "20", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "59", ".", "9", "%", ",", "red", "blood", "cells", "6", ",", "550", ",", "000", ".", "Alpha-fetoprotein", "77", ".", "2", "ng", "/", "ml", ",", "beta-HCG", "100", ".", "4", "mU", "/", "ml", ",", "LDH", "392", "IU", "/", "l", ".", "\"", "The", "patient", "was", "referred", "to", "haematology", "for", "polyglobulia", "and", "scheduled", "for", "radical", "orchiectomy", ",", "after", "cryopreservation", "of", "sperm", ".", "\"", "A", "thoracoabdomino-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "and", "no", "lymph", "node", "involvement", "or", "metastases", "were", "detected", "(", "N0M0", ")", ".", "Diagnosis", "Non-seminomatous", "germinal", "testicular", "carcinoma", "pT1N0M0", ",", "S0", ",", "stage", "IA", ",", "good", "prognosis", "subgroup", ".", "Treatment", "Radical", "orchiectomy", "via", "the", "inguinal", "route", "is", "performed", ";", "pathology", "is", "reported", "as", "mixed", "malignant", "teratoma", "with", "areas", "of", "embryonal", "carcinoma", ",", "yolk-sac", ",", "choriocarcinoma", "and", "intratubular", "germinal", "neoplasm", "pT1", ".", "Evolution", "Initially", ",", "as", "the", "prognosis", "was", "good", ",", "follow-up", "was", "proposed", ".", "Postoperative", "blood", "tests", "showed", "haemoglobin", "18", "g", "/", "dl", ",", "with", "negative", "tumour", "markers", ",", "so", "the", "patient", "was", "S0", ".", "At", "14", "months", ",", "a", "control", "CT", "scan", "showed", "at", "least", "two", "retroperitoneal", "lymphadenopathies", "measuring", "between", "2", "and", "3", "cm", ".", "Beta-HCG", "16", "mIU", "/", "ml", "and", "alpha-fetoprotein", "8", "ng", "/", "ml", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "recurrence", ",", "treatment", "with", "four", "cycles", "of", "BEP", "(", "bleomycin", ",", "etoposide", "and", "cisplatin", ")", "was", "proposed", ".", "She", "received", "all", "four", "cycles", "of", "treatment", ",", "presenting", "very", "good", "tolerance", "(", "grade", "I", "nausea", ",", "grade", "II", "asthenia", ",", "grade", "II", "neutropenia", "and", "grade", "II", "thrombopenia", ")", ".", "Two", "weeks", "after", "receiving", "the", "last", "cycle", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "after", "an", "episode", "of", "coma", "and", "cardiorespiratory", "arrest", ".", "An", "urgent", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "apparently", "single", "lesion", "in", "the", "posterior", "fossa", ",", "highly", "vascularised", ",", "suggestive", "of", "metastasis", ".", "Other", "possibilities", "could", "not", "be", "ruled", "out", ".", "In", "addition", "to", "tetraventicular", "hydrocephalus", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "CSF", "biochemistry", "showed", "elevated", "proteins", "118", "mg", "/", "dl", "and", "glycaemia", "154", "mg", "/", "dl", ",", "the", "rest", "of", "the", "parameters", "being", "within", "normal", "limits", ".", "A", "CSF", "sample", "was", "sent", "for", "cytology", ",", "with", "negative", "results", ".", "A", "differential", "diagnosis", "of", "metastasis", "versus", "second", "primary", "tumour", "was", "suggested", ".", "After", "discussion", "with", "Radiation", "Oncology", "and", "Neurosurgery", ",", "it", "was", "decided", "to", "wait", "for", "the", "results", "of", "the", "MRI", "to", "decide", "on", "the", "therapeutic", "approach", ".", "The", "MRI", "showed", "a", "heterogeneous", "lesion", "measuring", "approximately", "28", "x", "32", "x", "37", "mm", "in", "the", "AP", ",", "T", "and", "CC", "axes", ",", "respectively", ",", "located", "in", "the", "midline", ",", "inferior", "to", "the", "fourth", "ventricle", ",", "with", "an", "appearance", "similar", "to", "mixed", "germ", "lineage", "tumours", "(", "consider", "the", "possibility", "of", "metastasis", "of", "the", "testicular", "tumour", ",", "or", "of", "a", "second", "primary", "tumour", "of", "germ", "lineage", "origin", "in", "this", "situation", ")", ".", "There", "were", "no", "other", "images", "suggestive", "of", "metastasis", "in", "the", "rest", "of", "the", "study", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "truncal", "oedema", ",", "tetraventricular", "hydrocephalus", "and", "cervical", "syringomyelia", ",", "secondary", "to", "the", "mass", "effect", "lesion", ".", "Laboratory", "tests", "and", "tumour", "markers", "on", "admission", "were", "normal", ".", "A", "first", "operation", "was", "performed", ",", "which", "was", "incomplete", ",", "according", "to", "the", "MRI", ",", "leaving", "tumoural", "remains", ",", "with", "haematic", "foci", "inside", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "second", "operation", "a", "week", "later", ",", "after", "which", "the", "hydrocephalus", "improved", ",", "but", "pseudonodular", "persistence", "was", "observed", "on", "the", "lower", "slope", "of", "the", "fourth", "ventricle", ",", "which", "intensely", "enhanced", "after", "the", "administration", "of", "intravenous", "contrast", ",", "measuring", "6", "x", "11", "x", "10", "mm", "in", "AP", ",", "TR", "and", "Cc", "diameters", ",", "respectively", ",", "suggestive", "of", "another", "tumour", "remnant", ".", "On", "day", "+", "10", "of", "the", "first", "surgery", ",", "he", "was", "readmitted", "to", "the", "ICU", "in", "coma", "with", "a", "Glasgow", "scale", "score", "of", "4", ".", "An", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "identified", "hydrocephalus", "and", "signs", "of", "trans-stentorial", "herniation", ",", "due", "to", "tumour", "haemorrhage", ",", "so", "urgent", "surgery", "was", "performed", "by", "means", "of", "a", "ventriculo-peritoneal", "shunt", "(", "Mitronic", "variable", "pressure", ")", ".", "After", "a", "month", "in", "the", "ICU", ",", "the", "patient", "was", "taken", "to", "the", "ward", "stabilised", "with", "a", "GCS", "of", "15", "/", "15", ".", "Complications", "during", "his", "stay", "in", "the", "ICU", "included", "colonisation", "by", "Acinetobacter", "baumanii", "and", "dysphagia", "secondary", "to", "complete", "paralysis", "of", "the", "right", "vocal", "cord", ",", "requiring", "placement", "of", "a", "nasogastric", "tube", ".", "The", "definitive", "pathological", "anatomy", "was", ":", "mesenchymal", "tissue", "with", "prominent", "vascularisation", "compatible", "with", "cerebellar", "haemangioblastoma", ".", "During", "the", "following", "months", "the", "patient", "improved", "progressively", ",", "he", "walked", "with", "a", "walker", "and", "the", "nasogastric", "tube", "was", "removed", "and", "he", "was", "able", "to", "feed", "himself", ".", "The", "testicular", "tumour", "continues", "to", "be", "monitored", ",", "and", "the", "last", "CT", "scan", "showed", "a", "growing", "teratoma", "(", "25", "months", "after", "the", "orchiectomy", ")", ",", "which", "will", "be", "referred", "for", "surgery", ".", "He", "was", "referred", "for", "genetic", "counselling", "for", "suspected", "Von", "Hippel-Lindau", "syndrome", ",", "the", "results", "of", "which", "are", "pending", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 255, "end": 261 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 159, "end": 168 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 317, "end": 324 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1070, "end": 1077 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1798, "end": 1805 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4600, "end": 4607 }, { "text": "Acinetobacter baumanii", "label": "SPECIES", "start": 4728, "end": 4750 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5034, "end": 5041 } ]

[ "A", "19-year-old", "male", ",", "previously", "healthy", ",", "consulted", "20", "days", "after", "returning", "from", "a", "tourist", "trip", "to", "Paraguay", ",", "for", "skin", "lesions", "of", "yellow-greenish", "papules", ",", "circular", "in", "shape", ",", "6-7", "mm", "in", "diameter", ",", "with", "a", "blackish", "centre", ",", "well-defined", "and", "hyperpigmented", "edges", ",", "located", "on", "a", "slightly", "erythematous", "base", "in", "the", "subungual", "area", "of", "the", "first", "ortholeum", "and", "sole", "of", "the", "right", "foot", ".", "Yellow-greenish", "papule", ",", "circular", "in", "shape", ",", "7", "mm", "in", "diameter", ",", "with", "a", "blackish", "centre", ",", "well-defined", ",", "hyperpigmented", "borders", ",", "located", "on", "a", "slightly", "erythematous", "base", "on", "the", "sole", "of", "the", "right", "foot", ".", "The", "plantar", "lesion", "caused", "discomfort", "when", "walking", ".", "Complete", "surgical", "removal", "of", "the", "lesion", "was", "performed", ".", "Removal", "of", "the", "parasite", "located", "in", "the", "ball", "of", "the", "first", "ball", "of", "the", "right", "foot", ".", "On", "compression", "it", "secreted", "a", "thick", "yellowish", "substance", ".", "Antimicrobial", "prophylaxis", "and", "two", "doses", "of", "ivermectin", "were", "administered", "one", "week", "apart", ".", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "satisfactory", ".", "Diagnosis", "Tungiasis", "is", "a", "cutaneous", "ectoparasitosis", "caused", "by", "the", "penetration", "of", "the", "haematophagous", "flea", "Tunga", "penetrans", "into", "the", "epidermis", "of", "a", "host", ",", "producing", "characteristic", "pruritic", "lesions", ".", "This", "causative", "agent", "is", "characterised", "by", "being", "the", "smallest", "known", "flea", "species", ",", "measuring", "1", "mm", "in", "length", "and", "having", "the", "ability", "to", "jump", "up", "to", "35", "cm", "off", "the", "ground", ".", "Other", "names", "by", "which", "it", "is", "known", "are", ":", "\"", "sand", "flea", "\"", "in", "South", "America", ",", "\"", "nigua", "\"", "in", "Central", "America", "and", "\"", "sand", "flea", "\"", "in", "English-speaking", "American", "countries", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 904 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 683, "end": 691 }, { "text": "flea species", "label": "SPECIES", "start": 1195, "end": 1207 }, { "text": "haematophagous flea", "label": "SPECIES", "start": 1020, "end": 1039 }, { "text": "Tunga penetrans", "label": "SPECIES", "start": 1040, "end": 1055 }, { "text": "sand flea", "label": "SPECIES", "start": 1332, "end": 1341 }, { "text": "sand flea", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1402 }, { "text": "nigua", "label": "SPECIES", "start": 1362, "end": 1367 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 1080, "end": 1084 } ]

[ "Anamnesis", "In", "the", "anamnesis", "carried", "out", "on", "the", "eighth", "day", ",", "made", "difficult", "by", "language", "alteration", ",", "the", "patient", "manifested", "pain", "in", "the", "right", "iliac", "wing", "and", "ipsilateral", "limb", ",", "and", "decreased", "mobility", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "a", "tendency", "to", "somnolence", ".", "The", "previous", "day", "she", "had", "required", "bladder", "catheterisation", "for", "acute", "urinary", "retention", ".", "The", "joint", "anamnesis", "with", "the", "relatives", "revealed", "apathy", "and", "the", "presence", "of", "impoverished", "language", ".", "She", "categorically", "denies", "having", "eaten", ",", "in", "the", "previous", "days", "or", "weeks", ",", "unprocessed", "dairy", "products", "and", "other", "suspicious", "foods", ".", "There", "are", "no", "relatives", "with", "a", "similar", "clinical", "picture", ".", "Physical", "examination", "Temperature", "36", ".", "2oC", ",", "blood", "pressure", "130", "mm", "Hg", "systolic", "and", "80", "mm", "Hg", "systolic", ",", "heart", "rate", "75", "bpm", ",", "respiratory", "rate", "14", "breaths", "per", "minute", ",", "room", "air", "saturation", "97", "%", ".", "The", "neurological", "examination", "on", "the", "eighth", "day", "revealed", "fluctuations", "in", "attention", "and", "inability", "to", "process", "successive", "orders", ".", "He", "also", "had", "mixed", "dysphasia", "with", "altered", "fluency", ",", "abundant", "paraphasia", "and", "naming", "difficulties", ".", "The", "motor", "examination", "revealed", "paresis", "of", "the", "left", "lower", "limb", "with", "muscle", "balance", "of", "two", "out", "of", "five", "and", "an", "increase", "in", "the", "ipsilateral", "reflexogenic", "area", ".", "In", "the", "examination", "performed", "four", "days", "later", ",", "a", "low", "level", "of", "consciousness", "was", "observed", "with", "a", "Glasgow", "Glasgow", "score", "of", "13", "out", "of", "15", ",", "nuchal", "rigidity", "and", "the", "presence", "of", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "No", "significant", "alterations", "were", "observed", "in", "the", "tests", "on", "admission", "or", "during", "the", "first", "days", "on", "the", "ward", ".", "As", "part", "of", "the", "outpatient", "assessment", "of", "the", "patient", ",", "a", "complete", "spinal", "MRI", "scan", "was", "performed", "on", "the", "third", "day", ",", "which", "showed", "metastasis", "in", "several", "bodies", ",", "ruling", "out", "spinal", "cord", "involvement", ".", "Differential", "blood", "cultures", "taken", "during", "the", "fever", "peak", "were", "negative", ".", "On", "the", "eighth", "day", ",", "coinciding", "with", "the", "onset", "of", "clinical", "deterioration", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "neurology", "department", "and", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "dubious", "meningeal", "enhancement", "in", "the", "tentorium", "and", "basal", "cisterns", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "meningeal", "carcinomatosis", "vs", ".", "metabolic", "encephalopathy", ",", "and", "to", "rule", "out", "convulsive", "status", ",", "an", "urgent", "electroencephalogram", "was", "performed", ",", "which", "showed", "slow", "waves", "indicative", "of", "moderate", "encephalopathy", ".", "In", "view", "of", "the", "above", "findings", "and", "the", "persistence", "of", "neurological", "deterioration", ",", "an", "urgent", "brain", "MRI", "was", "performed", "on", "the", "tenth", "day", ",", "which", "ruled", "out", "meningeal", "carcinomatosis", ",", "the", "presence", "of", "other", "lesions", "and", "indirect", "signs", "of", "cranial", "hypertension", ",", "so", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "on", "suspicion", "of", "meningitis", ".", "Laboratory", "examination", "of", "cerebrospinal", "fluid", "showed", "clear", "fluid", ",", "with", "glucose", "23", "mg", "/", "dl", ",", "total", "protein", "198", ".", "2", "mg", "/", "dl", "ADA", "<", "8", "U", "/", "l", ".", "Initial", "visualisation", "of", "Gram-positive", "bacilli", "with", "the", "presence", "of", "ampicillin-sensitive", "Listeria", "monocytogenes", "several", "days", "later", ".", "Diagnosis", "\"", "Acute", "community-acquired", "meningitis", "due", "to", "ampicillin-sensitive", "Listeria", "monocytogenes", ".", "\"", "Right", "lower", "limb", "paresis", ",", "mixed", "dysphasia", "and", "apraxia", "secondary", "to", "acute", "meningitis", ".", "\"", "Poor", "pain", "control", "related", "to", "metastatic", "bone", "involvement", ".", "\"", "Stage", "IV", "adenocarcinoma", "of", "sigma", ".", "Treatment", "Given", "the", "presence", "of", "self-limited", "and", "asymptomatic", "febrile", "syndrome", "on", "the", "fourth", "day", "of", "admission", ",", "and", "taking", "into", "account", "the", "observation", "of", "the", "patient", "on", "the", "ward", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "start", "antibiotic", "treatment", "at", "that", "time", ".", "However", ",", "given", "the", "presence", "of", "clinical", "deterioration", "on", "day", "eight", "and", "the", "suspicion", "of", "subacute", "meningitis", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "every", "12", "hours", ",", "vancomycin", "1", "g", "every", "8", "hours", "and", "ampicillin", "4", "g", "every", "4", "hours", "associated", "with", "dexamethasone", "4", "mg", "every", "12", "hours", ".", "Subsequently", ",", "targeted", "treatment", "with", "the", "Gram", "stain", "result", "was", "performed", "using", "ampicillin", "associated", "with", "intravenous", "gentamicin", "for", "7", "days", ",", "with", "progressive", "reduction", "of", "corticosteroids", "until", "discontinuation", ".", "Later", ",", "gentamicin", "was", "replaced", "by", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "for", "10", "days", ",", "maintaining", "ampicillin", ",", "before", "switching", "to", "oral", "antibiotic", "treatment", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "monotherapy", ".", "Finally", ",", "taking", "into", "account", "the", "toxicity", "profile", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "on", "ampicillin", "monotherapy", "until", "at", "least", "8", "weeks", "of", "treatment", ".", "Progressive", "adjustment", "of", "the", "third", "step", "analgesia", "associated", "with", "adjuvants", "was", "also", "carried", "out", "during", "her", "admission", "to", "the", "ward", ".", "Evolution", "During", "admission", ",", "the", "patient", "was", "assessed", "jointly", "by", "the", "Medical", "Oncology", ",", "Radiation", "Oncology", ",", "Psycho-Oncology", ",", "Neurology", ",", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ",", "Nutrition", ",", "Palliative", "Care", ",", "Digestive", ",", "General", "Surgery", "and", "Rehabilitation", "teams", "to", "address", "the", "meningitis", "in", "a", "multidisciplinary", "manner", ",", "pain", "secondary", "to", "bone", "metastases", ",", "cancer-associated", "malnutrition", "and", "decreased", "intake", "due", "to", "low", "level", "of", "consciousness", ",", "loss", "of", "functional", "capacity", "and", "low", "reactive", "mood", "as", "well", "as", "other", "complications", "occurring", "during", "admission", ".", "Regarding", "meningitis", ",", "there", "was", "an", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "ad", "integrum", "after", "four", "days", "of", "targeted", "antibiotic", "treatment", ",", "with", "complete", "disappearance", "of", "meningeal", "signs", "and", "nuchal", "rigidity", "on", "the", "sixth", "day", "of", "antibiotic", "therapy", ".", "A", "new", "brain", "MRI", "was", "performed", "on", "the", "thirtieth", "day", "of", "admission", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "brain", "abscesses", "indicating", "the", "need", "for", "prolonged", "treatment", ".", "With", "regard", "to", "pain", "treatment", ",", "analgesic", "radiotherapy", "was", "performed", "on", "the", "lesion", "located", "in", "the", "right", "iliac", "wing", ",", "reducing", "the", "dose", "of", "morphine", "for", "pain", "control", "and", "thus", "improving", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "the", "tendency", "to", "drowsiness", ",", "symptoms", "that", "conditioned", "the", "patient", "'", "s", "quality", "of", "life", ".", "As", "complications", "during", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "a", "self-limited", "lower", "gastrointestinal", "haemorrhage", ",", "probably", "secondary", "to", "intestinal", "ischaemia", "of", "haemodynamic", "origin", ",", "which", "was", "managed", "conservatively", "after", "evaluation", "by", "the", "gastrointestinal", "and", "general", "surgery", "departments", ".", "She", "also", "developed", "haematological", "toxicity", "secondary", "to", "prolonged", "treatment", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "with", "the", "presence", "of", "bicytopenia", "(", "G2", "anaemia", "and", "G1", "leukopenia", ")", "that", "forced", "a", "change", "of", "treatment", "to", "oral", "ampicillin", "until", "at", "least", "8", "weeks", "of", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "after", "40", "days", "of", "hospitalisation", ",", "maintaining", "treatment", "with", "oral", "ampicillin", ".", "An", "appointment", "was", "made", "with", "the", "oncology", "department", "to", "evaluate", "the", "withdrawal", "of", "antibiotic", "therapy", "and", "to", "continue", "oncological", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 101, "end": 108 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 361, "end": 370 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 568, "end": 577 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1527, "end": 1534 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1821, "end": 1828 }, { "text": "Gram-positive bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2674, "end": 2695 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3220, "end": 3227 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4065, "end": 4072 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4316, "end": 4323 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5490, "end": 5497 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5556, "end": 5563 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6068, "end": 6075 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "is", "a", "78-year-old", "married", "man", "with", "four", "children", ".", "He", "has", "a", "medical", "history", "of", "type", "II", "diabetes", "mellitus", "which", "he", "controls", "with", "diet", ".", "He", "underwent", "surgery", "for", "bilateral", "inguinal", "hernia", "in", "2005", ".", "He", "is", "a", "non-smoker", "and", "non-drinker", ".", "He", "has", "no", "history", "of", "previous", "transfusions", ".", "He", "has", "no", "family", "history", "of", "interest", ".", "He", "does", "not", "take", "regular", "medication", ".", "Following", "diffuse", "abdominal", "discomfort", "and", "constitutional", "syndrome", "with", "weight", "loss", "(", "12-14", "kg", "in", "3-4", "months", ")", ",", "with", "hyporexia", "and", "asthenia", "of", "three", "months", "'", "evolution", ",", "he", "came", "to", "the", "emergency", "department", "referred", "by", "his", "primary", "care", "physician", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "scan", "showed", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "liver", "parenchyma", ",", "with", "bilobar", "distribution", ",", "compatible", "with", "metastasis", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "for", "further", "study", ".", "A", "thoracoabdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "showing", ",", "in", "addition", "to", "the", "hepatic", "lesions", ",", "a", "stenosis", "in", "the", "splenic", "angle", "of", "the", "colon", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "colonoscopy", ",", "where", "a", "vegetative", ",", "stenotic", ",", "impassable", "lesion", "was", "visualised", "40", "cm", "from", "the", "anal", "margin", ",", "and", "a", "metallic", "prosthesis", "was", "placed", "in", "this", "location", ".", "The", "tumour", "lesion", "was", "biopsied", ",", "with", "histology", "of", "well-differentiated", "adenocarcinoma", ",", "with", "normal", "microsatellite", "instability", "proteins", ",", "native", "RAS", "/", "BRAF", ".", "Tumour", "markers", "were", "Ca", "19", ".", "9", "4", ",", "740", "U", "/", "ml", "(", "normal", "value", "[", "VN", "]", "0-37", ")", ",", "carcinoembryonic", "antigen", "(", "CEA", ")", "9", ",", "375", "ng", "/", "ml", "(", "VN", "0-5", ")", ".", "The", "patient", "was", "evaluated", "by", "Medical", "Oncology", "and", "started", "systemic", "treatment", "with", "XELOX", "(", "capecitabine", "1", ",", "000", "mg", "/", "m2", "/", "12", "h", "days", "1-14", ",", "oxaliplatin", "130", "mg", "/", "m2", "d1", ",", "every", "21", "days", ")", ".", "Tolerance", "to", "treatment", "is", "acceptable", ",", "with", "grade", "1", "asthenia", "during", "the", "first", "two", "days", ",", "grade", "1", "diarrhoea", "controlled", "with", "loperamide", ",", "and", "grade", "1", "neurotoxicity", "in", "the", "fingers", ".", "After", "receiving", "a", "total", "of", "4", "cycles", "of", "treatment", ",", "pending", "a", "new", "CT", "scan", "for", "re-evaluation", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "because", "he", "reported", "an", "increase", "in", "abdominal", "perimeter", "and", "the", "appearance", "of", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "which", "had", "been", "evolving", "for", "15", "days", ".", "Physical", "examination", "During", "the", "physical", "examination", ",", "the", "increase", "in", "abdominal", "perimeter", ",", "changeable", "dullness", "compatible", "with", "the", "presence", "of", "ascites", ",", "and", "the", "presence", "of", "ascitic", "swelling", "are", "noteworthy", ".", "She", "also", "presented", "oedema", "with", "fovea", "in", "the", "ankles", "down", "to", "the", "roots", "of", "the", "lower", "limbs", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "jugular", "ingurgitation", ",", "cardiopulmonary", "auscultation", "was", "normal", ",", "no", "collateral", "circulation", "was", "observed", "in", "the", "abdomen", "and", "there", "were", "no", "cutaneous", "stigmata", "of", "chronic", "liver", "disease", ".", "With", "the", "clinical", "orientation", "of", "ascites", "to", "be", "studied", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "Medical", "Oncology", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "haemoglobin", "13", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "89", ".", "000", "x", "109", "/", "l", "(", "VN", "150-200", ")", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "3", "mg", "/", "dl", "(", "VN", "0", ".", "2-1", ".", "2", ")", ",", "with", "esterified", "bilirubin", "0", ".", "9", "mg", "/", "dl", "(", "VN", "0-0", ".", "5", ")", ",", "aspartate", "transferase", "(", "AST", ")", "63", "U", "/", "l", "(", "VN", "5-34", ")", ",", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "176", "U", "/", "l", "(", "VN", "40-150", ")", ",", "with", "normal", "ALANINE", "TRANSFERASE", "(", "ALT", ")", "and", "gamma", "glutamyl", "transferase", "(", "GGT", ")", ".", "Diagnostic", "paracentesis", "was", "performed", ",", "with", "clear", "fluid", "output", ",", "with", "protein", "<", "0", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "albumin", "<", "0", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "with", "a", "calculated", "serum", "albumin-ascitic", "albumin", "gradient", "(", "GASA", ")", "of", "2", ",", "and", "134", "/", "mm3", "leukocytes", ".", "The", "fluid", "was", "compatible", "with", "a", "transudate", ",", "with", "no", "evidence", "of", "infection", ",", "and", "with", "GASA", ">", "1", ".", "1", ",", "orienting", "the", "differential", "diagnosis", "to", "processes", "involving", "portal", "hypertension", "(", "PHT", ")", ".", "In", "the", "following", "days", ",", "various", "tests", "were", "performed", ",", "which", "brought", "the", "final", "diagnosis", "closer", ":", "\"", "Hepatitis", "B", "and", "C", "virus", "serologies", ",", "which", "were", "negative", ",", "ruling", "out", "viral", "liver", "disease", ".", "A", "complete", "iron", "profile", "and", "ceruloplasmin", "measurement", "were", "also", "requested", ",", "which", "were", "normal", ",", "ruling", "out", "haemochromatosis", "and", "Wilson", "'", "s", "disease", "respectively", ".", "Hepatic", "Doppler", "ultrasound", ":", "permeability", "and", "sharpening", "of", "the", "suprahepatic", "veins", "was", "observed", ",", "with", "a", "tendency", "to", "flattening", "of", "the", "flow", "wave", ",", "and", "permeability", "of", "the", "portal", "vein", "with", "hepatopetal", "flow", ",", "with", "flow", "velocity", "towards", "the", "lower", "limit", "of", "normality", ",", "with", "splenomegaly", "of", "15", "cm", ",", "all", "compatible", "with", "indirect", "signs", "of", "PHT", ".", "\"", "Thoracic-abdominal", "CT", "scan", ",", "which", "also", "showed", "no", "evidence", "of", "thrombosis", "of", "the", "suprahepatic", "veins", ",", "and", "also", "showed", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "liver", "lesions", "compared", "to", "the", "initial", "CT", "scan", ".", "\"", "Echocardiogram", ":", "an", "ejection", "fraction", "was", "found", "to", "be", "within", "normal", "range", ",", "with", "no", "evidence", "of", "heart", "failure", ",", "and", "the", "venous", "collectors", "were", "not", "dilated", ".", "\"", "Measurement", "of", "TSH", "(", "thyrotropin", ")", "and", "T4", "(", "thyroxine", ")", "blood", "levels", "to", "rule", "out", "hypothyroidism", ",", "which", "were", "normal", ".", "\"", "Measurement", "of", "urine", "proteins", ",", "which", "were", "normal", ",", "so", "it", "was", "not", "a", "nephrotic", "syndrome", "either", ".", "\"", "Ascitic", "fluid", "cytology", "was", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "\"", "Ascitic", "fluid", "culture", "was", "also", "negative", ".", "From", "an", "oncological", "point", "of", "view", ",", "the", "patient", "showed", "a", "decrease", "in", "liver", "lesions", "and", "a", "decrease", "in", "tumour", "markers", ":", "Ca", "19", ".", "9", "979", "U", "/", "ml", "(", "previous", "4", ",", "740", ")", "and", "CEA", "3", ",", "019", "ng", "/", "ml", "(", "previous", "9", ",", "375", ")", ".", "Therefore", ",", "with", "ascites", "of", "recent", "onset", ",", "with", "data", "of", "PHT", ",", "negative", "results", "for", "the", "main", "causes", "of", "PHT", ",", "and", "no", "previous", "history", "of", "alcohol", "consumption", ",", "a", "toxic", "origin", "of", "the", "chemotherapy", ",", "specifically", "oxaliplatin", ",", "was", "suspected", ".", "A", "liver", "biopsy", "of", "liver", "parenchyma", "unaffected", "by", "the", "tumour", "was", "performed", ",", "highlighting", "the", "presence", "of", "diffusely", "distributed", "sinusoidal", "dilatation", ".", "The", "Masson", "technique", "showed", "pericellular", "reticular", "fibrosis", "and", "the", "reticulin", "technique", "showed", "the", "presence", "of", "some", "trabeculae", "of", "collapsed", "hepatocytes", ",", "with", "disproportion", "of", "the", "nucleus-cytoplasm", "that", "contrasted", "with", "hypertrophic", "hepatocytes", "located", "in", "close", "proximity", ",", "all", "compatible", "with", "SOS", "and", "HNR", ".", "Diagnosis", "After", "excluding", "other", "causes", "of", "ascites", ",", "it", "was", "concluded", "that", "the", "patient", "had", "presented", "with", "edemoascitic", "decompensation", "secondary", "to", "oxaliplatin", "toxicity", "in", "the", "form", "of", "SOS", "and", "HNR", ",", "with", "the", "consequent", "development", "of", "PHT", ",", "splenomegaly", "and", "ascites", ".", "Treatment", "An", "evacuating", "paracentesis", "of", "8", "litres", "was", "performed", ",", "and", "in", "parallel", "to", "the", "diagnostic", "study", ",", "a", "diet", "with", "sodium", "and", "water", "restriction", "of", "1", "litre", "per", "day", "and", "diuretic", "treatment", "with", "oral", "furosemide", "40", "mg", "/", "24", "h", "and", "oral", "spironolactone", "100", "mg", "/", "24", "h", "were", "prescribed", ".", "Evolution", "The", "evolution", "during", "admission", "was", "favourable", ",", "with", "good", "evolution", "of", "the", "ascites", "with", "oral", "diuretics", "and", "saline", "and", "water", "restriction", ".", "The", "patient", "did", "not", "require", "further", "evacuation", "paracentesis", "and", "was", "discharged", "after", "9", "days", "of", "hospitalisation", ".", "Given", "the", "complication", "developed", "by", "oxaliplatin", ",", "and", "despite", "the", "tumour", "response", "of", "the", "liver", "lesions", ",", "treatment", "with", "this", "drug", "was", "suspended", ",", "maintaining", "capecitabine", ".", "He", "has", "not", "required", "further", "admissions", ",", "nor", "has", "he", "required", "other", "evacuating", "paracentesis", ".", "She", "has", "received", "a", "total", "of", "8", "cycles", "since", "the", "start", "of", "treatment", ",", "with", "acceptable", "tolerance", ",", "and", "is", "awaiting", "re-evaluation", "with", "CT", "scan", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 304, "end": 310 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 61, "end": 69 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 587, "end": 609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1420, "end": 1427 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1858, "end": 1865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2601, "end": 2608 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3559, "end": 3564 }, { "text": "Hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 3491, "end": 3514 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4774, "end": 4781 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5683, "end": 5690 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6291, "end": 6298 } ]

[ "A", "13-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "rhinoconjunctivitis", "due", "to", "pollens", ".", "He", "presented", "4", "episodes", "of", "rhinoconjunctivitis", "with", "respiratory", "difficulty", "and", "urticaria", "which", "subsided", "after", "bronchodilator", "and", "antihistamine", ".", "They", "occurred", "after", "a", "family", "meal", "with", "different", "foods", ",", "home-made", "pizza", ",", "sausage", "and", "another", "with", "cake", "with", "some", "mould", ".", "Positive", "intraepidermal", "pneumoallergen", "tests", "for", "alternaria", ",", "aspergillus", ",", "penicillium", ",", "mites", "(", "Dp", ",", "Df", ",", "Ld", ")", ",", "grasses", ",", "olive", ",", "cypress", ",", "shade", "plantain", ",", "dog", "and", "cat", ".", "Prick-prick", "with", "sausage", "negative", ",", "with", "sausage", "skin", "positive", ".", "They", "follow", "a", "diet", "free", "of", "mushroom", "foods", "without", "new", "episodes", "of", "anaphylaxis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "alternaria", "label": "SPECIES", "start": 386, "end": 396 }, { "text": "aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 398, "end": 409 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 239, "end": 245 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 493, "end": 496 }, { "text": "mould", "label": "SPECIES", "start": 330, "end": 335 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 485, "end": 488 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 424, "end": 429 }, { "text": "penicillium", "label": "SPECIES", "start": 411, "end": 422 }, { "text": "cypress", "label": "SPECIES", "start": 460, "end": 467 } ]

[ "Anamnesis", "A", "38-year-old", "male", "patient", "recently", "operated", "on", "for", "testicular", "neoplasia", "by", "means", "of", "left", "orchiectomy", "with", "findings", "compatible", "with", "intratubular", "germ", "cell", "neoplasia", "with", "extratubular", "extension", ".", "The", "extension", "study", "highlighted", "the", "existence", "of", "an", "image", "of", "balloon", "loosening", "and", "extensive", "retroperitoneal", "lymph", "node", "involvement", ";", "elevated", "tumour", "markers", ";", "α-fetoprotein", ",", "human", "gonadotropin", "(", "ß-HCG", ")", "and", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ":", "all", "compatible", "with", "a", "stage", "III", "non-seminoma", "testicular", "tumour", ".", "After", "being", "assessed", "by", "Medical", "Oncology", ",", "it", "was", "proposed", "to", "start", "treatment", "with", "first-line", "chemotherapy", "(", "QT", ")", "according", "to", "the", "BEP", "x", "4", "cycles", "scheme", "(", "bleomycin", ",", "etoposide", "and", "cisplatin", ")", ".", "The", "treatment", "was", "scheduled", "to", "begin", "after", "cryopreservation", "of", "the", "sperm", ".", "The", "patient", ",", "5", "days", "after", "being", "assessed", ",", "the", "day", "before", "the", "scheduled", "start", "of", "treatment", ",", "went", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "sudden", "onset", "respiratory", "failure", "and", "fever", ".", "Physical", "examination", "Poor", "general", "condition", "with", "profuse", "sweating", ".", "Tachypnoea", "at", "rest", "with", "basal", "oxygen", "saturation", "of", "88", "%", ".", "Temperature", "38", ".", "5", "oC", ".", "Complementary", "tests", "Urgent", "chest", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "rule", "out", "pulmonary", "thromboembolism", ".", "The", "CT", "scan", "revealed", "multiple", "nodular", "images", "of", "up", "to", "3", "cm", ",", "widely", "distributed", "in", "the", "lung", "parenchyma", "of", "both", "lungs", "(", "known", "metastases", ")", ".", "Interspersed", "with", "the", "nodular", "images", "are", "areas", "in", "ground-glass", ",", "with", "unspecific", "characteristics", ",", "to", "assess", "their", "origin", "(", "inflammatory", ",", "infectious", ",", "etc", ".", ")", ".", "Analysis", "showed", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "and", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "A", "new", "determination", "of", "tumour", "markers", "was", "performed", ";", "LDH", "810", "U", "/", "l", "(", "normal", "range", "135-250", ")", ",", "α-fetoprotein", "42", ".", "73", "ng", "/", "ml", "(", "normal", "range", "0-10", ")", "and", "ß-HCG", "140-471", "mIU", "/", "ml", "(", "normal", "range", "0-5", ")", ".", "Prior", "to", "the", "initiation", "of", "empirical", "antibiotic", "therapy", ",", "peripheral", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "Diagnosis", "Respiratory", "failure", "secondary", "to", "oncological", "disease", "and", "respiratory", "infection", ".", "Treatment", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "piperacillin-tazobactam", ",", "corticotherapy", "and", "fluid", "therapy", "was", "started", ",", "as", "well", "as", "respiratory", "support", "with", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "Evolution", "Given", "the", "severity", "of", "the", "patient", ",", "being", "a", "potentially", "curable", "oncological", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "ICU", ",", "where", "treatment", "was", "started", "with", "QT", "with", "etoposide", "and", "cisplatin", ";", "bleomycin", "was", "not", "prescribed", "so", "as", "not", "to", "interfere", "with", "ventilation", ".", "After", "administration", "of", "the", "first", "cycle", "of", "QT", ",", "the", "evolution", "from", "the", "respiratory", "point", "of", "view", "was", "torpid", "with", "bronchial", "secretions", "that", "were", "cultured", "and", "two", "bacteria", "were", "isolated", ";", "Enterobacter", "aerogenes", "and", "Proteus", "mirabilis", ";", "both", "sensitive", "to", "carbapenems", ",", "adding", "complications", "such", "as", "pancytopenia", "secondary", "to", "treatment", "with", "QT", ".", "Targeted", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "meropenem", "2", "g", "every", "8", "hours", ",", "support", "treatment", "with", "colony", "stimulating", "factor", "(", "G-CSF", ")", ",", "transfusion", "of", "two", "red", "blood", "cell", "concentrates", "and", "orotracheal", "intubation", ".", "The", "patient", "gradually", ",", "albeit", "slowly", ",", "began", "to", "improve", "in", "terms", "of", "breathing", ",", "allowing", "extubation", "after", "10", "days", ".", "A", "decrease", "in", "tumour", "marker", "levels", "was", "also", "observed", ".", "In", "view", "of", "the", "stable", "clinical", "situation", ",", "he", "was", "discharged", "from", "the", "ICU", "to", "the", "oncology", "ward", ",", "where", "the", "second", "cycle", "of", "QT", "was", "administered", ".", "Finally", ",", "due", "to", "significant", "clinical", "improvement", ",", "without", "the", "need", "for", "respiratory", "support", "with", "oxygen", "therapy", ",", "he", "was", "discharged", "home", "to", "continue", "treatment", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "Subsequently", ",", "he", "received", "4", "more", "cycles", "of", "QT", "according", "to", "the", "BEP", "scheme", "with", "a", "high", "partial", "response", "of", "the", "pulmonary", "nodules", "and", "retroperitoneal", "mass", "(", "re-evaluation", "CT", ")", ",", "so", "he", "underwent", "surgical", "rescue", "of", "the", "residual", "retroperitoneal", "mass", ",", "with", "a", "complete", "partial", "response", "according", "to", "Response", "Evaluation", "Criteria", "In", "Solid", "Tumours", "(", "RECIST", ")", "criteria", ".", "Currently", ",", "after", "three", "years", "of", "follow-up", ",", "the", "patient", "has", "no", "evidence", "of", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 767, "end": 774 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2143, "end": 2150 }, { "text": "Proteus mirabilis", "label": "SPECIES", "start": 2588, "end": 2605 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2537, "end": 2545 }, { "text": "Enterobacter aerogenes", "label": "SPECIES", "start": 2561, "end": 2583 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2919, "end": 2926 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3806, "end": 3813 } ]

[ "A", "75", "year", "old", "male", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", ",", "chronic", "renal", "failure", "on", "haemodialysis", "and", "a", "prosthesis", "for", "abdominal", "aortic", "aneurysm", ".", "Six", "years", "after", "implantation", ",", "he", "had", "episodes", "of", "digestive", "haemorrhage", "associated", "with", "prosthetic-duodenal", "fistula", ".", "An", "18F-FDG", "PET", "/", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "rule", "out", "prosthetic", "infection", ",", "showing", "increased", "periprosthetic", "uptake", "in", "the", "portion", "of", "the", "abdominal", "aorta", "located", "between", "L2-L3", ".", "The", "tract", "measures", "about", "4", "cm", "and", "has", "a", "SUVmax", "of", "6", ".", "7", "in", "the", "anterior", "wall", ",", "which", "is", "thickened", "(", "normal", "aortic", "SUV", ":", "2", ".", "6", ")", ",", "probably", "related", "to", "an", "infectious", "/", "inflammatory", "process", "at", "that", "level", ".", "Subsequent", "CT", "angiography", "showed", "an", "aneurysmal", "aorta", "of", "4", "cm", "in", "diameter", "with", "a", "penetrating", "subrenal", "ulcer", "7", ".", "7", "mm", "high", "and", "5", ".", "5", "mm", "deep", ",", "as", "well", "as", "aneurysmal", "engulfment", "of", "both", "iliac", "territories", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "vascular", "bypass", "by", "means", "of", "a", "left", "axillo-bifemoral", "bypass", ".", "In", "the", "immediate", "postoperative", "period", "he", "presented", "episodes", "of", "haematemesis", "and", "syncope", ".", "Emergency", "surgery", "was", "performed", "with", "removal", "of", "the", "prosthesis", "and", "section", "of", "the", "aortoduodenal", "fistula", ".", "Pathological", "anatomy", "showed", "a", "tubular", "segment", "of", "prosthetic", "material", "measuring", "9", "×", "3", "cm", ",", "with", "coagulated", "haematic", "material", "inside", "and", "fibrinoid", "debris", "adhering", "to", "it", ",", "where", "ampicillin-sensitive", "Enterococcus", "avium", "was", "isolated", ".", "Therefore", ",", "18F-FDG", "PET", "/", "CT", "has", "proven", "to", "be", "a", "sensitive", "and", "useful", "technique", "in", "the", "diagnostic", "orientation", "of", "infectious", "processes", "in", "vascular", "prostheses", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 34, "end": 42 } ]

[ "A", "70-year-old", "woman", ",", "whose", "personal", "history", "included", "a", "breast", "cancer", "operation", "14", "years", "earlier", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "another", "hospital", "because", "of", "severe", "pain", "in", "the", "lower", "lip", "accompanied", "by", "swelling", "and", "oedema", "in", "the", "lip", ",", "chin", "and", "submandibular", "area", "that", "had", "awakened", "her", "suddenly", "at", "night", ".", "She", "was", "initially", "treated", "with", "iv", "corticosteroids", "and", "analgesia", ",", "and", "referred", "home", ".", "Four", "days", "later", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", "describing", "that", "the", "lesion", "had", "become", "\"", "blackish", "and", "yellowish", "\"", ".", "The", "lesion", "was", "not", "painful", "and", "there", "was", "no", "fever", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "On", "questioning", ",", "the", "patient", "reported", "having", "recently", "seen", "spiders", "in", "her", "home", ".", "This", "was", "in", "the", "context", "of", "an", "epidemic", "of", "bites", "by", "the", "Loxosceles", "reclusa", "spider", "in", "the", "same", "geographical", "area", ".", "In", "the", "previous", "15", "days", ",", "7", "cases", "of", "upper", "and", "lower", "limb", "bites", "had", "been", "diagnosed", "in", "the", "emergency", "department", ".", "Examination", "revealed", "a", "single", "lesion", "of", "about", "2", "cm", ",", "necrotic", "in", "appearance", "and", "well", "demarcated", ",", "occupying", "the", "lateral", "third", "of", "the", "skin", ",", "vermilion", "and", "commissure", "of", "the", "left", "lower", "hemilabium", ",", "surrounded", "by", "a", "white", "and", "purplish", "halo", ".", "Intraorally", ",", "a", "pale", "mucosal", "lesion", "with", "signs", "of", "necrosis", "and", "fibrinous", "exudate", "was", "observed", "in", "continuity", "and", "did", "not", "dislodge", "on", "scraping", ".", "Laboratory", "tests", "were", "ordered", ",", "a", "biopsy", "was", "taken", "and", "treatment", "with", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "by", "mouth", "was", "started", ".", "The", "infectious", "diseases", "department", "was", "consulted", "on", "suspicion", "of", "a", "spider", "bite", ".", "The", "differential", "diagnosis", "was", "made", "with", "necrotic", "cutaneous-mucosal", "lesions", ",", "such", "as", "cellulitis", ",", "vasculitis", ",", "diabetic", "ulcers", ",", "vascular", "insufficiency", ",", "drug", "reactions", ",", "thermal", "or", "chemical", "burns", ",", "infectious", "or", "traumatic", ",", "all", "of", "which", "were", "ruled", "out", ".", "After", "7", "days", ",", "the", "necrotic", "tissue", "was", "debrided", "under", "local", "anaesthesia", ".", "The", "suggestive", "clinical", "and", "epidemiological", "context", ",", "together", "with", "the", "laboratory", "and", "pathological", "anatomy", "results", "and", "the", "differential", "diagnosis", ",", "led", "to", "the", "probable", "diagnosis", ".", "At", "2", "months", ",", "given", "the", "low", "aesthetic", "and", "functional", "impact", "of", "the", "scar", "defect", ",", "lip", "reconstruction", "was", "not", "necessary", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 411, "end": 418 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 634, "end": 641 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 35 }, { "text": "spiders", "label": "SPECIES", "start": 672, "end": 679 }, { "text": "spider", "label": "SPECIES", "start": 767, "end": 773 }, { "text": "Loxosceles reclusa", "label": "SPECIES", "start": 748, "end": 766 }, { "text": "spider", "label": "SPECIES", "start": 1476, "end": 1482 } ]

[ "A", "34-year-old", "man", "diagnosed", "two", "months", "earlier", "with", "HIV", "infection", "who", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", "had", "a", "CD4", "+", "lymphocyte", "count", "of", "3", "cells", "/", "μL", "and", "a", "plasma", "viral", "load", "(", "PVL", ")", "of", "31", ",", "000", "copies", "/", "ml", ".", "He", "started", "antiretroviral", "therapy", "(", "ART", ")", "with", "efavirenz", "600", "mg", "/", "24", "h", "o", ".", "v", ".", ",", "emtricitabine", "200", "mg", "/", "24", "h", "o", ".", "v", ".", "and", "tenofovir", "200", "mg", "/", "24", "h", "o", ".", "v", ".", ",", "One", "and", "a", "half", "months", "after", "starting", "ART", ",", "he", "was", "admitted", "for", "fever", "(", "38-39", "°", "C", ")", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "with", "chills", ",", "sweating", ",", "asthenia", ",", "severe", "wasting", "and", "general", "malaise", "of", "three", "weeks", "'", "duration", ".", "Physical", "examination", "revealed", "extreme", "thinness", "(", "BMI", ":", "17", ".", "6", ")", ",", "several", "reddish-pinkish", ",", "slightly", "raised", "skin-mucous", "lesions", "on", "the", "palate", ",", "left", "shoulder", "and", "dorsal", "region", "of", "the", "foot", "suggestive", "of", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "which", "the", "patient", "refused", "to", "biopsy", ".", "His", "temperature", "was", "38", ".", "7o", "C", "and", "he", "was", "mildly", "tachypneic", "at", "rest", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "96", "%", "while", "breathing", "room", "air", ".", "A", "6-centimetre", "splenomegaly", "was", "palpable", ",", "painless", "and", "of", "a", "soft", "consistency", ",", "small", "lymphadenopathies", ",", "round", "and", "painless", ",", "in", "both", "inguinal", "regions", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "left", "supraclavicular", "and", "right", "submandibular", "regions", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "pancytopenia", "(", "Hb", "9", ".", "1", "mg", "/", "dL", ",", "leukocytes", "2", ",", "100", "cells", "/", "μl", "and", "platelets", "106", ",", "000", "cells", "/", "ul", ")", ",", "hypoproteinaemia", "(", "6", ".", "1", "mg", "/", "dL", ")", ",", "LDH", ":", "384", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", ":", "856", "U", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", ":", "73", "mg", "/", "L", ".", "CD4", "+", "lymphocyte", "count", "was", "156", "CD4", "+", "cells", "/", "μL", "and", "CVP", "456", "copies", "/", "ml", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Mantoux", "test", "was", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "bilateral", "reticulonodular", "infiltrate", "with", "right", "apical", "predominance", ".", "Thoracic-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "showed", "multiple", "mediastinal", ",", "hilar", ",", "supraclavicular", "and", "infradiaphragmatic", "adenopathies", "and", "a", "large", "spleen", "with", "abundant", "focal", "lesions", ",", "those", "larger", "than", "three", "centimetres", "in", "diameter", ",", "of", "liquid", "or", "slightly", "higher", "density", ".", "Differential", "diagnosis", "As", "this", "was", "a", "profoundly", "immunosuppressed", "patient", "with", "generalised", "lymphadenopathy", "and", "cystic", "splenic", "lesions", ",", "who", "had", "recently", "started", "ART", ",", "immune", "reconstitution", "inflammatory", "syndrome", "(", "IRIS", ")", "was", "suspected", "and", "a", "broad", "differential", "diagnosis", "was", "considered", ",", "including", "opportunistic", "infections", "and", "neoplasms", "as", "the", "most", "likely", "aetiologies", ".", "Evolution", "Treatment", "with", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "corticosteroids", "(", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "was", "started", "for", "10", "days", "and", "ART", "was", "maintained", ",", "resulting", "in", "partial", "remission", "of", "fever", ".", "Corticosteroids", "were", "administered", "due", "to", "the", "clinical", "situation", "despite", "being", "contraindicated", "because", "of", "lesions", "suggestive", "of", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ".", "Following", "the", "CT", "findings", ",", "a", "laparotomy", "with", "splenectomy", "and", "intraoperative", "liver", "and", "splenic", "biopsies", "were", "performed", ".", "Macroscopically", ",", "the", "spleen", "measured", "22x16x6", "centimetres", ",", "weighed", "1", ",", "026", "g", ",", "had", "a", "violaceous", "polylobulated", "surface", "and", "on", "serial", "sections", "showed", "nodular", "lesions", "of", "cystic", "appearance", "with", "areas", "of", "whitish", "colouring", "and", "a", "lumpy", "appearance", ",", "measuring", "2", "to", "4", "centimetres", ".", "In", "a", "spleen", "sample", "sent", "from", "the", "operating", "theatre", "and", "in", "another", "sputum", "sample", "collected", "five", "days", "earlier", ",", "acid-fast", "bacilli", "were", "visualised", "by", "Ziehl-Nielsen", "staining", ".", "In", "the", "sputum", "sample", ",", "mycobacterial", "culture", "in", "Lowenstein", "'", "s", "medium", "was", "positive", "and", "nucleic", "acid", "amplification", "(", "PCR", ")", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "negative", ".", "Pathological", "examination", "of", "spleen", "and", "liver", "specimens", "showed", "extensive", "areas", "of", "necrosis", "with", "calcifications", "and", "diffuse", "granulomatous", "inflammation", ".", "Pneumocystis", "jirovecii", "was", "also", "visualised", "by", "Grocott", "'", "s", "methenamine", "silver", "stain", "and", "acid-fast", "bacilli", "by", "Ziehl-Nielsen", "stain", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "a", "disseminated", "infection", "by", "a", "non-tuberculous", "mycobacterium", ",", "it", "was", "decided", "to", "treat", "as", "Mycobacterium", "avium", "complex", "(", "MAC", ")", ",", "being", "the", "most", "frequent", "and", "the", "one", "with", "the", "highest", "morbidity", "and", "mortality", "in", "HIV-infected", "patients", ",", "and", "rifabutin", ",", "300", "mg", "/", "24", "h", "v", ".", "o", ".", ",", "was", "administered", ",", "azithromycin", ",", "500", "mg", "/", "24", "h", "o", ".", "v", ".", ",", "(", "clarithromycin", "was", "not", "administered", "because", "it", "interacts", "with", "efavirenz", ")", "and", "ethambutol", ",", "1200", "mg", "/", "24", "h", "o", ".", "v", ".", "Days", "later", "MAC", "was", "identified", "by", "MAC", "nucleic", "acid", "hybridisation", "in", "sputum", "and", "spleen", "samples", ".", "Simultaneously", ",", "treatment", "of", "hepatosplenic", "P", ".", "jirovecii", "infection", "was", "started", "with", "sulfamethoxazole-trimethoprim", ",", "800", "/", "160", "mg", "/", "12", "h", "i", ".", "v", ".", "for", "21", "days", ",", "followed", "by", "prophylactic", "treatment", "with", "160", "/", "800", "mg", "3", "times", "a", "week", "i", ".", "v", ".", "The", "patient", "progressed", "favourably", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "improvement", "of", "general", "condition", ".", "Final", "diagnosis", "Extrapulmonary", "pneumocystosis", "(", "hepatosplenic", ")", ".", "Disseminated", "infection", "by", "Mycobacterium", "avium", "complex", ".", "Immune", "reconstitution", "syndrome", "(", "IRRS", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 223, "end": 226 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 361, "end": 364 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 52, "end": 55 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 199, "end": 213 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 749, "end": 756 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 150, "end": 155 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 1981, "end": 1984 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1887, "end": 1894 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3216, "end": 3242 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3407, "end": 3429 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 2333, "end": 2336 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3765, "end": 3768 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3034, "end": 3051 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3492, "end": 3509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4296, "end": 4303 }, { "text": "Mycobacterium avium complex", "label": "SPECIES", "start": 3650, "end": 3677 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 4116, "end": 4128 }, { "text": "MAC", "label": "SPECIES", "start": 3679, "end": 3682 }, { "text": "MAC", "label": "SPECIES", "start": 3990, "end": 3993 }, { "text": "MAC", "label": "SPECIES", "start": 4012, "end": 4015 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3778, "end": 3786 }, { "text": "Mycobacterium avium complex", "label": "SPECIES", "start": 4482, "end": 4509 } ]

[ "We", "present", "a", "clinical", "case", "that", "we", "consider", "of", "special", "interest", "in", "clinical", "practice", ",", "due", "to", "the", "characteristics", "of", "the", "patient", ",", "the", "associated", "poor", "prognostic", "factors", "and", "the", "torpid", "evolution", "despite", "achieving", "good", "control", "in", "the", "treatment", "of", "HIV", "infection", ".", "The", "patient", "is", "a", "28-year-old", "male", ",", "diagnosed", "in", "September", "2012", "with", "HIV", "infection", "following", "acute", "pharyngotonsillitis", "and", "skin", "lesions", "predominantly", "on", "the", "face", ".", "His", "immunological", "status", "at", "that", "time", "was", "334", "CD4", "/", "mm3", "(", "24", "%", ")", "and", "viral", "load", "(", "VL", ")", "of", "115", ",", "000", "copies", "/", "mL", ".", "Simultaneously", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "secondary", "syphilis", ",", "receiving", "treatment", "with", "penicillin", ",", "but", "without", "any", "treatment", "for", "HIV", "infection", "and", "sporadically", "having", "unprotected", "sex", "(", "man", "who", "has", "sex", "with", "men", ")", ".", "In", "January", "2015", ",", "he", "progressively", "began", "to", "experience", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", ",", "cough", "and", "expectoration", "with", "occasional", "haematic", "debris", "and", "weight", "loss", ",", "and", "attended", "an", "internal", "medicine", "outpatient", "clinic", "in", "May", "2015", ",", "where", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "hospital", "for", "further", "investigation", ".", "During", "admission", ",", "she", "recognised", "the", "appearance", "of", "skin", "lesions", "in", "2013", ",", "which", "had", "not", "completely", "disappeared", ".", "Physical", "examination", "revealed", "multiple", "raised", ",", "purplish", "lesions", "scattered", "over", "the", "trunk", ",", "upper", "and", "lower", "limbs", ",", "neck", ",", "right", "palatal", "and", "retropharyngeal", "region", "and", "inguinal", "region", ",", "forming", "an", "indurated", "conglomerate", "that", "was", "painful", "on", "palpation", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "other", "millimetric", "lesions", "on", "the", "torso", ",", "left", "intercostal", "region", "and", "back", ",", "which", "initially", "simulated", "folliculitis", ",", "but", "which", "on", "close", "examination", "suggested", "metameric", "Herpes", "Zoster", ".", "In", "the", "anal-perianal", "region", ",", "there", "were", "nonspecific", "superficial", "ulcerated", "lesions", ",", "predominantly", "in", "the", "intergluteal", "region", ".", "Mucosal", "examination", "revealed", "oropharyngeal", "candidiasis", ".", "With", "a", "diagnosis", "of", "untreated", "stage", "C", "HIV", "infection", ",", "skin", "lesions", "compatible", "with", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "clinical", "signs", "of", "visceral", "(", "pulmonary", ")", "involvement", "and", "oropharyngeal", "candidiasis", ",", "additional", "diagnostic", "tests", "were", "requested", ".", "The", "CD4", "count", "was", "268", "CD4", "/", "mm3", ",", "CV", "of", "809", ",", "978", "copies", "/", "ml", ",", "HLA", "B", "5701", "negative", "and", "genotypic", "resistance", "test", "without", "mutations", "for", "reverse", "transcriptase", "inhibitors", "or", "protease", "inhibitors", ".", "Antiretroviral", "therapy", "(", "ART", ")", "was", "started", "with", "tenofovir", "/", "emtricitabine", ",", "raltegravir", "and", "ritonavir-boosted", "darunavir", ".", "In", "addition", ",", "fluconazole", ",", "cotrimoxazole", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "for", "community-acquired", "pneumonia", "(", "CAP", ")", "with", "cefotaxime", "and", "clarithromycin", "were", "added", ".", "Chest", "X-ray", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "and", "histopathological", "study", "of", "skin", ",", "lung", "and", "lymph", "node", "samples", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ".", "All", "cultures", "were", "negative", ".", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "for", "CAP", "was", "suspended", ",", "maintaining", "only", "cotrimoxazole", "as", "secondary", "prophylaxis", "against", "P", ".", "jirovecii", "infection", ".", "During", "the", "first", "days", "of", "admission", ",", "the", "patient", "worsened", ",", "requiring", "admission", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", "and", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "Simultaneously", ",", "the", "first", "line", "of", "oncological", "treatment", "with", "liposomal", "doxorubicin", "was", "started", ",", "with", "good", "tolerance", "and", "initial", "clinical", "response", ",", "and", "was", "maintained", "until", "completing", "a", "total", "of", "6", "cycles", ",", "with", "the", "maximum", "radiological", "response", "being", "stabilisation", "of", "the", "disease", "at", "pulmonary", "level", ".", "During", "chemotherapy", "treatment", ",", "he", "required", "hospital", "admission", "on", "two", "occasions", "due", "to", "anasarca", ".", "One", "month", "after", "completing", "treatment", "(", "October", "2015", ")", ",", "she", "presented", "worsening", "respiratory", "function", "and", "an", "increase", "in", "the", "number", "of", "violaceous", "lesions", "on", "the", "limbs", ".", "A", "follow-up", "chest", "CT", "scan", "confirmed", "the", "progression", "of", "the", "disease", "in", "the", "lungs", ",", "secondary", "to", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "skin", ".", "A", "second", "line", "of", "treatment", "with", "paclitaxel", "(", "100mg", "/", "m2", "biweekly", ")", "was", "proposed", ",", "readjusting", "ART", "(", "darunavir", "/", "ritonavir", "was", "suspended", "and", "tenofovir", "/", "emtricitabine", "and", "raltegravir", "were", "maintained", ")", ".", "After", "the", "first", "two", "cycles", ",", "he", "started", "with", "clinical", "improvement", ".", "He", "has", "currently", "received", "6", "cycles", "with", "good", "tolerance", "and", "progression", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 244, "end": 247 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 327, "end": 330 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 648, "end": 651 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 703, "end": 706 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 288, "end": 292 }, { "text": "men", "label": "HUMAN", "start": 724, "end": 727 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 120, "end": 127 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 263, "end": 270 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 485, "end": 490 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 2199, "end": 2202 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 3708, "end": 3711 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1802, "end": 1805 }, { "text": "Antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2175, "end": 2189 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2813, "end": 2820 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2749, "end": 2761 } ]

[ "Anamnesis", "A", "54-year-old", "male", ",", "ex-smoker", ",", "hypertensive", "and", "dyslipidaemic", ",", "with", "no", "other", "relevant", "history", ",", "presented", "with", "an", "abrupt", "onset", "of", "binocular", "diplopia", "and", "a", "few", "days", "later", "began", "with", "intense", "lumbar", "pain", "radiating", "to", "the", "lower", "limbs", "(", "lower", "limbs", ")", "and", "a", "sensation", "of", "corkiness", "on", "the", "back", "of", "the", "thighs", "and", "soles", ".", "Subsequently", ",", "there", "was", "a", "loss", "of", "strength", "in", "the", "lower", "limbs", "that", "progressed", "over", "a", "month", "to", "the", "point", "of", "preventing", "ambulation", ".", "He", "was", "admitted", "to", "hospital", "and", "48", "hours", "later", "presented", "with", "paralysis", "of", "the", "right", "hemifacial", "muscles", ".", "The", "patient", "reported", "progressive", "enlargement", "of", "the", "right", "hemiscrotal", "muscles", "in", "recent", "weeks", ".", "No", "sphincter", "alteration", ".", "No", "constitutional", "syndrome", "or", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Systemic", "examination", ":", "increase", "in", "size", "and", "consistency", "of", "the", "right", "testicle", ",", "with", "redness", "and", "pain", "on", "palpation", ".", "Neurological", "examination", ":", "left", "ptosis", ".", "Pupils", "symmetrical", "and", "normoreactive", ".", "Paresis", "of", "the", "medial", "and", "inferior", "rectus", "of", "the", "left", "eye", ".", "Compatible", "with", "incomplete", "paresis", "of", "the", "left", "third", "cranial", "nerve", ".", "Peripheral", "right", "facial", "paresis", ".", "Paresis", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "balance", "3-4", "/", "5", "both", "proximally", "and", "distally", ",", "with", "greater", "weakness", "of", "the", "right", "lower", "limb", ".", "Hypotonia", "and", "areflexia", "of", "the", "lower", "limbs", ".", "Bilateral", "cutaneous-plantar", "flexor", "reflex", ".", "Tactoalgesic", "hypoaesthesia", "on", "the", "posterior", "aspect", "of", "the", "right", "thigh", ",", "leg", "and", "sole", ".", "Decreased", "positional", "and", "vibratory", "sensitivity", "in", "the", "MMII", ",", "the", "latter", "at", "L2", "level", ".", "Rest", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "CRP", "1", ".", "58", ",", "LDH", "690", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "96", "U", "/", "l", ".", "Chorionic", "gonadotropin", "beta-2", "subunit", ",", "alpha-fetoprotein", ",", "CEA", ",", "PSA", "and", "urine", "test", "normal", ".", "Other", "findings", "were", "normal", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "study", ":", "red", "blood", "cells", "1", "/", "mcl", ";", "leukocytes", "10", "/", "mcl", ";", "protein", "160", "mg", "/", "dl", ";", "glucose", "55", "mg", "/", "dl", ";", "LDH", "50", "IU", "/", "l", ";", "ADA", "4", ".", "8", "IU", "/", "l", ".", "Cytology", "first", "puncture", "negative", ".", "Second", "puncture", ":", "leucocytes", "52", "/", "mcl", "(", "7", ".", "2", "%", "of", "B", "lambda", "+", "lymphocytes", ")", ".", "-", "Immunological", "study", "(", "including", "antionconeuronal", ")", ":", "negative", ".", "-", "Microbiological", "study", ":", "HIV", ",", "syphilis", ",", "hepatotropic", "virus", ",", "Brucella", "negative", ".", "-", "Mantoux", "positive", "(", "18", "mm", ")", ".", "-", "EMG", ":", "mild", "axonal", "motor", "polyradiculoneuropathy", "in", "the", "upper", "limbs", "and", "moderate-severe", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "greater", "involvement", "and", "neurophysiological", "signs", "of", "evolution", "at", "L5-S1", "levels", ",", "bilateral", ",", "predominantly", "on", "the", "left", ".", "Cranial", "nerve", "involvement", ".", "-", "MRI", "of", "the", "brain", "and", "complete", "spine", "with", "gadolinium", ":", "thickening", "and", "enhancement", "of", "nerve", "roots", ",", "predominantly", "sacral", ";", "lesions", "in", "the", "D10", ",", "D11", "and", "S2", "vertebral", "bodies", ".", "Right", "facial", "nerve", "enhancement", ".", "-", "Testicular", "ultrasound", ":", "enlargement", "and", "diffuse", "heterogeneous", "echogenicity", "of", "both", "testicles", "and", "epididymides", ",", "more", "marked", "on", "the", "right", "side", ".", "-", "Testicular", "biopsy", ":", "lymphoid", "neoplastic", "proliferation", "composed", "of", "large", "cells", "with", "karyocytoplasmic", "atypia", "and", "frequent", "mitoses", ".", "IHQ", ":", "CD20", "+", ",", "CD10", "-", ",", "MUM1", "+", ",", "BCL2", "+", ",", "BCL6", "+", ",", "CD30", "-", ".", "Proliferative", "index", "(", "Ki-67", ")", "98", "%", ".", "Molecular", "study", ":", "clonal", "rearrangement", "of", "the", "IgH", "gene", ".", "-", "PET", "/", "CT", ":", "hypercapillary", "lesions", "in", "the", "root", "of", "the", "pulmonary", "artery", ",", "kidneys", ",", "adrenals", ",", "testes", ",", "D11", "and", "S2", "vertebrae", "and", "sacral", "roots", "of", "the", "cauda", "equina", ".", "Diagnosis", "A", "54-year-old", "man", "presented", "with", "low", "back", "pain", "and", "progressive", "subacute", "paraparesis", ",", "sequential", "involvement", "of", "several", "cranial", "nerves", "and", "enlargement", "of", "the", "right", "hemiscrotal", ".", "The", "topographical", "distribution", "of", "the", "paresis", "and", "the", "prominence", "of", "the", "pain", "suggest", "subacute", "lumbosacral", "polyradiculoneuropathy", "as", "a", "syndromic", "diagnosis", ".", "The", "following", "options", "are", "considered", "as", "the", "aetiological", "diagnosis", ":", "1", ")", "tumour", "infiltration", "by", "haematological", "neoplasm", "(", "e", ".", "g", ".", "lymphoma", ")", "or", "less", "likely", ",", "solid", "tumour", ";", "2", ")", "granulomatous", "infiltration", "(", "tuberculosis", "or", "sarcoidosis", ")", ";", "3", ")", "vasculitis", ",", "primarily", "panarteritis", "nodosa", ";", "and", "4", ")", "Guillain-Barré", "syndrome", "and", "variants", "(", "e", ".", "g", ".", "acute", "sensory-motor", "axonal", "neuropathy", ")", ".", "Spinal", "MRI", "showed", "striking", "thickening", "and", "enhancement", "of", "the", "sacral", "spinal", "roots", "suggestive", "of", "infiltrative", "pathology", ".", "Coronal", "section", "of", "the", "spinal", "MRI", "after", "gadolinium", ".", "Diffuse", "thickening", "and", "enhancement", "of", "the", "lumbosacral", "roots", ".", "Axial", "section", "of", "the", "spinal", "MRI", "after", "gadolinium", ".", "Diffuse", "thickening", "and", "enhancement", "of", "the", "lumbosacral", "roots", ".", "Testicular", "ultrasound", "showed", "diffuse", "infiltration", "of", "both", "testicles", ",", "predominantly", "the", "right", "one", ".", "Testicular", "biopsy", "confirmed", "primary", "testicular", "large", "cell", "B", "non-Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", "(", "NHL", ")", ".", "Despite", "the", "negative", "first", "cytology", ",", "a", "second", "lumbar", "puncture", "showed", "the", "presence", "of", "neoplastic", "B-lymphocytes", "in", "CSF", ".", "PET", "/", "CT", "showed", "renal", ",", "adrenal", "and", "bone", "extension", "and", "hyperenhancement", "of", "sacral", "roots", "and", "both", "testicles", ":", "1", ")", "lumbosacral", "polyradiculoneuropathy", "and", "cranial", "multineuropathy", "due", "to", "lymphomatous", "invasion", "(", "neurolymphomatosis", ")", ".", "2", ")", "Stage", "IV", "A", "large", "cell", "non-Hodgkin", "'", "s", "B", "lymphoma", ".", "Treatment", "Polychemotherapy", "with", "intravenous", "cyclophosphamide", ",", "adriamycin", ",", "vincristine", ",", "prednisone", "and", "rituximab", "(", "CHOP-R", ")", "and", "intrathecal", "chemotherapy", "(", "cytosine", "arabinoside", "and", "corticosteroids", ")", "was", "started", ".", "Evolution", "He", "received", "6", "cycles", "of", "CHOP-R", ",", "with", "decreased", "testicular", "volume", ",", "negative", "CSF", "cytology", "and", "improved", "MMII", "strength", ".", "Subsequently", ",", "he", "received", "additional", "cycles", ",", "bone", "marrow", "autotransplantation", "and", "testicular", "radiotherapy", ".", "Currently", ",", "he", "remains", "clinically", "stable", "with", "no", "evidence", "of", "leptomeningeal", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 558, "end": 565 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2035, "end": 2043 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2000, "end": 2003 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2005, "end": 2013 }, { "text": "hepatotropic virus", "label": "SPECIES", "start": 2015, "end": 2033 } ]

[ "", "On", "25", "April", "2020", ",", "a", "52-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "of", "a", "nearby", "hospital", "with", "a", "fever", "of", "40", "°", "C", ",", "cough", "and", "dyspnoea", ".", "His", "condition", "deteriorated", "rapidly", ",", "and", "he", "required", "endotracheal", "intubation", ".", "Tracheal", "aspirate", "detected", "SARS-CoV-2", ".", "In", "addition", ",", "bronchial", "aspirate", "samples", "showed", "growth", "of", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Pseudomonas", "aeruginosa", "and", "Acinetobacter", "dijkshoorniae", ".", "Blood", "cultures", "showed", "growth", "of", "vancomycin-resistant", "Enterococcus", "faecium", "and", "Staphylococcus", "epidermidis", ".", "Accordingly", ",", "a", "broad-spectrum", "antibiotic", "regimen", "with", "meropenem", "and", "linezolid", "was", "started", ",", "but", "the", "patient", "continued", "with", "daily", "fever", "up", "to", "40", "°", "C", ",", "with", "no", "response", "to", "antipyretics", "or", "antibiotics", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "worsened", "further", ",", "despite", "a", "pressure-controlled", "invasive", "ventilation", "setting", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "our", "ICU", "on", "13", "May", "2020", ",", "for", "possible", "application", "of", "extracorporeal", "membrane", "oxygenation", "(", "ECMO", ")", ".", "For", "evaluation", "of", "pulmonary", "manifestations", "of", "COVID-19", "and", "in", "preparation", "for", "possible", "ECMO", ",", "a", "CT", "scan", "was", "performed", "on", "13", "and", "14", "May", ".", "Chest", "CT", "showed", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ",", "consolidations", "and", "cobblestone", "pattern", "typical", "of", "COVID-19", ".", "As", "a", "potential", "sign", "of", "subacute", "manifestation", ",", "airway", "changes", ",", "pleural", "changes", ",", "fibrosis", "and", "nodules", "were", "observed", ".", "Careful", "modifications", "of", "ventilation", "settings", "made", "ECMO", "unnecessary", ".", "Differential", "cytology", "revealed", "a", "severe", "decrease", "in", "CD4", "+", "cells", "(", "12", "per", "μL", ",", "equivalent", "to", "2", "%", ",", "CD4", "+", "/", "CD8", "+", "ratio", "of", "0", ".", "08", ")", ".", "The", "lack", "of", "CD4", "+", "cells", "together", "with", "the", "fact", "that", "the", "patient", "is", "a", "male", "with", "same-sex", "relationships", ",", "led", "to", "the", "suspicion", "of", "possible", "late-onset", "HIV", "carrier", ".", "RT-PCR", "for", "HIV-1", "was", "positive", ",", "with", "a", "viral", "load", "of", "360", ",", "000", "copies", "HIV-1", "RNA", "per", "mL", ".", "The", "presence", "of", "fine", "reticular", "changes", "on", "his", "chest", "CT", ",", "together", "with", "an", "increased", "LDH", ",", "also", "raised", "the", "possibility", "of", "Pneumocystis", "jirovecii", "pneumonia", "as", "an", "additional", "diagnosis", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "was", "positive", "for", "P", ".", "jirovecii", "and", "the", "patient", "was", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "(", "20", "mg", "trimethoprim", "component", "per", "kg", "body", "weight", "per", "day", ",", "four", "times", "daily", ")", "along", "with", "50", "mg", "prednisone", "daily", "to", "avoid", "adverse", "immune", "reactions", "in", "pneumocystis", "pneumonia", "and", "immune", "reconstitution", "inflammatory", "syndrome", "(", "IRIS", ")", ".", "Following", "AIDS", "diagnosis", ",", "ART", "consisting", "of", "darunavir", "(", "600", "mg", "twice", "daily", ")", ",", "ritonavir", "(", "100", "mg", "twice", "daily", ")", "and", "tenofovir", "/", "emtricitabine", "(", "450", "/", "400", "mg", "once", "daily", ")", ",", "orally", ",", "was", "rapidly", "initiated", ".", "A", "concurrent", "CMV", "infection", "(", "170", ",", "000", "U", "/", "ml", "blood", ")", "was", "treated", "with", "ganciclovir", "at", "5", "mg", "/", "kg", "body", "weight", ".", "Antibacterial", "treatment", "with", "meronepem", "and", "linezolid", "was", "maintained", "for", "7", "days", ".", "Superinfections", "with", "hepatitis", "B", ",", "C", "and", "syphilis", "were", "ruled", "out", ".", "On", "15", ",", "18", "and", "20", "May", ",", "the", "patient", "tested", "negative", "for", "SARS-CoV-2", "from", "bronchial", "aspirates", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "tests", "showed", "5", ",", "600", "copies", "/", "mL", "HIV-1", ",", "but", "no", "evidence", "of", "JC", "virus", ",", "bacterial", "meningitis", "or", "encephalitis", ".", "Over", "the", "next", "two", "weeks", ",", "his", "condition", "improved", "considerably", ".", "Noradrenaline", "administration", "could", "be", "terminated", "three", "days", "after", "the", "start", "of", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "treatment", ".", "The", "antiviral", "therapy", "had", "no", "apparent", "side", "effects", ";", "in", "particular", ",", "creatinine", "clearance", "and", "liver", "activity", "remained", "stable", "during", "the", "following", "weeks", ".", "CMV", "copies", "dropped", "below", "450", "U", "/", "mL", "two", "weeks", "after", "starting", "ganciclovir", "treatment", "on", "14", "May", ".", "With", "ART", ",", "viral", "load", "decreased", "to", "2", ",", "800", "copies", "/", "mL", "(", "equivalent", "to", "a", "2", ".", "11", "decrease", "on", "a", "logarithmic", "scale", ")", "on", "25", "May", "2020", ".", "HIV-1", "genotyping", "showed", "no", "relevant", "drug", "resistance", ".", "After", "convalescence", "and", "with", "the", "ability", "to", "swallow", "adequately", ",", "ART", "was", "switched", "to", "a", "single-tablet", "regimen", "to", "maintain", "patient", "compliance", "and", "reduce", "the", "number", "of", "pills", "per", "day", ".", "The", "patient", "continues", "to", "improve", ".", "He", "no", "longer", "requires", "mechanical", "ventilation", "and", "was", "discharged", "from", "ICU", "with", "2", "L", "/", "min", "of", "oxygen", "therapy", "on", "4", "June", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 334, "end": 356 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 242, "end": 252 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 311, "end": 332 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 468, "end": 494 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 595, "end": 602 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 695, "end": 702 }, { "text": "Acinetobacter dijkshoorniae", "label": "SPECIES", "start": 361, "end": 388 }, { "text": "vancomycin-resistant Enterococcus faecium", "label": "SPECIES", "start": 422, "end": 463 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 1837, "end": 1859 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1620, "end": 1623 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1644, "end": 1647 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1700, "end": 1703 }, { "text": "HIV-1", "label": "SPECIES", "start": 1644, "end": 1649 }, { "text": "HIV-1", "label": "SPECIES", "start": 1700, "end": 1705 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1542, "end": 1546 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1529, "end": 1536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1959, "end": 1966 }, { "text": "HIV carrier", "label": "HUMAN", "start": 1620, "end": 1631 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1671, "end": 1676 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 1938, "end": 1950 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2450, "end": 2453 }, { "text": "Antibacterial", "label": "SPECIES", "start": 2538, "end": 2551 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 2272, "end": 2275 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2738, "end": 2748 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2824, "end": 2827 }, { "text": "HIV-1", "label": "SPECIES", "start": 2824, "end": 2829 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2860, "end": 2869 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2710, "end": 2717 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 2850, "end": 2858 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2640, "end": 2651 }, { "text": "hepatitis B, C", "label": "SPECIES", "start": 2640, "end": 2654 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2659, "end": 2667 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3232, "end": 3235 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3445, "end": 3448 }, { "text": "HIV-1", "label": "SPECIES", "start": 3445, "end": 3450 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 3085, "end": 3094 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3618, "end": 3625 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3681, "end": 3688 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3334, "end": 3339 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 3329, "end": 3332 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 3562, "end": 3565 } ]

[ "A", "47-year-old", "male", "patient", ",", "ex-smoker", "and", "ex-consumer", "of", "inhaled", "toxic", "substances", ",", "who", "had", "been", "diagnosed", "with", "acute", "HIV", "infection", "in", "2015", "after", "unsafe", "sexual", "intercourse", ",", "with", "a", "viral", "load", "of", "450", ",", "654", "copies", "/", "ml", "and", "566", "CD4", "/", "μl", "at", "diagnosis", ".", "He", "was", "started", "on", "antiretroviral", "treatment", "and", "follow-up", ",", "abandoning", "both", "on", "his", "own", "initiative", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "several", "weeks", "of", "frontal", "headache", ",", "difficulty", "in", "articulating", "language", "and", "gait", "instability", ".", "The", "relatives", "also", "commented", "that", "he", "was", "bradypsychic", ",", "with", "generalised", "slowness", ",", "frequent", "memory", "lapses", ",", "difficulty", "in", "relating", "to", "others", "and", "behavioural", "alterations", ".", "He", "had", "not", "presented", "thermometric", "fever", "at", "home", "and", "had", "no", "clear", "constitutional", "symptoms", ".", "On", "examination", "the", "patient", "was", "conscious", ",", "disoriented", "in", "time", "and", "space", "and", "bradypsychic", ";", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "and", "eupneic", "at", "rest", ".", "Vital", "signs", "were", ":", "BP", ":", "100", "/", "80", "mmHg", ",", "90", "bpm", ",", "18", "rpm", ",", "SatO2", "96", "%", "and", "axillary", "temperature", "38", ".", "5", "oC", ".", "On", "inspection", "he", "had", "lesions", "on", "the", "right", "lateral", "edge", "of", "the", "tongue", "suggestive", "of", "oral", "hairy", "leukoplakia", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "rhythmic", "cardiac", "tones", "without", "audible", "murmurs", "or", "friction", "rubs", ",", "with", "good", "bilateral", "vesicular", "murmur", "and", "no", "pathological", "noises", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "with", "no", "visceromegaly", ".", "There", "was", "nothing", "remarkable", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "The", "neurological", "examination", "showed", "dysarthria", ",", "inattention", ",", "and", "slight", "lateralisation", "of", "the", "gait", "to", "the", "left", "with", "negative", "Romberg", ".", "The", "cranial", "nerves", "showed", "no", "alterations", "and", "strength", "and", "sensitivity", "were", "preserved", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "were", "present", "and", "symmetrical", "and", "the", "plantar", "cutaneous", "reflex", "was", "bilateral", "flexor", ".", "There", "was", "no", "dysmetria", "and", "no", "meningeal", "signs", ".", "Laboratory", "tests", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "renal", "function", "and", "ions", "within", "normal", "limits", "and", "mild", "anaemia", "with", "a", "normocytic", "normochromic", "profile", "with", "haemoglobin", "of", "11", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "no", "lymphopenia", "and", "normal", "platelets", ".", "The", "coagulation", "study", "was", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "showed", "no", "relevant", "alterations", ".", "The", "non-contrast", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "multiple", "hypodense", "lesions", "in", "both", "frontal", "lobes", ",", "right", "parietal", ",", "right", "temporal", ",", "left", "fronto-parietal", "region", "and", "left", "basal", "ganglia", ",", "which", "caused", "a", "mass", "effect", "with", "a", "6", "mm", "midline", "shift", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "basic", "biochemistry", "and", "liver", "tests", "were", "requested", "and", "showed", "no", "alterations", ".", "Acute", "phase", "reactants", "were", "elevated", "with", "ESR", "of", "60", "mm", "/", "h", "and", "CRP", "of", "40", "mg", "/", "dl", ".", "Microbiological", "studies", "were", "requested", "and", "confirmed", "the", "known", "HIV", "infection", "with", "a", "viral", "load", "of", "719", ",", "341", "copies", "/", "ml", "and", "a", "very", "low", "CD4", "count", "(", "1", "cell", "/", "μl", ")", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "evaluation", "of", "brain", "lesions", "in", "the", "HIV-infected", "patient", ",", "it", "is", "essential", "to", "know", "the", "degree", "of", "immunosuppression", "of", "the", "patient", ".", "These", "lesions", "are", "more", "frequent", "in", "severely", "immunosuppressed", "patients", ",", "with", "CD4", "counts", "below", "200", "cells", "/", "μl", ".", "In", "our", "case", ",", "being", "a", "patient", "with", "HIV", "infection", "with", "very", "severe", "immunosuppression", ",", "the", "main", "entities", "to", "consider", "in", "the", "differential", "diagnosis", "were", ":", "Toxoplasma", "encephalitis", ",", "primary", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "lymphoma", ",", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", ",", "HIV", "encephalopathy", "and", "cytomegalovirus", "encephalitis", ".", "We", "must", "fundamentally", "differentiate", "between", "two", "types", "of", "lesions", ":", "lesions", "that", "do", "not", "enhance", "after", "contrast", "administration", "and", "those", "that", "enhance", "in", "a", "ring", "after", "contrast", "administration", ".", "Diffuse", "CNS", "lesions", "or", "lesions", "that", "do", "not", "enhance", "after", "contrast", "administration", "include", "PML", "and", "HIV-associated", "encephalopathy", ".", "These", "two", "entities", "have", "well-characterised", "and", "well-defined", "imaging", "patterns", ",", "but", "in", "early", "stages", ",", "it", "is", "difficult", "to", "differentiate", "between", "them", "and", "they", "can", "sometimes", "coexist", "in", "the", "same", "patient", "with", "severe", "immunosuppression", ".", "These", "lesions", "usually", "do", "not", "present", "oedema", "or", "mass", "effect", ".", "PML", "is", "a", "demyelinating", "disease", "of", "the", "CNS", ",", "with", "a", "progressive", "course", ",", "caused", "by", "reactivation", "of", "the", "JC", "virus", "in", "situations", "of", "severe", "immunosuppression", "(", "CD4", "below", "150", "cells", "/", "μl", ")", ".", "Patients", "characteristically", "present", "with", "rapidly", "progressive", "focal", "neurological", "deficits", "including", "hemiparesis", ",", "ataxia", ",", "aphasia", "and", "cognitive", "impairment", ".", "CSF", "examination", "is", "normal", "or", "nonspecifically", "altered", ",", "and", "the", "diagnosis", "is", "confirmed", "by", "polymerase", "chain", "reaction", ".", "It", "is", "characterised", "by", "bilateral", ",", "asymmetric", ",", "multifocal", "areas", "of", "demyelination", ",", "preferentially", "located", "in", "periventricular", "areas", "and", "subcortical", "white", "matter", ".", "HIV", "encephalopathy", "is", "a", "diagnosis", "of", "exclusion", ".", "It", "typically", "presents", "with", "the", "classic", "triad", "of", "subacute", "dementia", ",", "depressive", "symptoms", "and", "gait", "disturbance", ".", "On", "neuroimaging", ",", "lesions", "are", "usually", "bilateral", "and", "mainly", "involve", "the", "deep", "and", "subcortical", "white", "matter", "and", "may", "also", "involve", "the", "basal", "ganglia", ".", "CNS", "cytomegalovirus", "infection", "may", "present", "as", "a", "progressive", "encephalopathy", "or", ",", "more", "commonly", ",", "as", "meningoencephalitis", ",", "and", "usually", "occurs", "in", "very", "severe", "immunosuppression", "(", "CD4", "less", "than", "50", "cells", "/", "μl", ")", ".", "It", "may", "present", "with", "delirium", ",", "confusion", "and", "neurological", "focality", ".", "Radiologically", ",", "it", "is", "similar", "to", "HIV", "encephalopathy", ",", "with", "patchy", "white", "matter", "involvement", ".", "A", "very", "characteristic", "subependymal", "enhancement", "may", "occur", ",", "although", "this", "is", "rare", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "bilateral", "distribution", "of", "the", "lesions", "is", "in", "favour", "of", "one", "of", "these", "entities", ",", "but", "the", "location", "of", "the", "lesions", ",", "the", "radiological", "pattern", "and", "the", "clinical", "presentation", "are", "against", ".", "Focal", "brain", "lesions", "that", "enhance", "into", "a", "ring", "after", "contrast", "administration", "include", "CNS", "lymphoma", "and", "Toxoplasma", "encephalitis", ",", "and", "the", "possibility", "of", "tuberculomas", "or", "other", "aetiologies", "of", "brain", "abscesses", "should", "also", "be", "considered", ".", "These", "lesions", "are", "characterised", "by", "mass", "effect", "and", "associated", "oedema", ".", "CNS", "lymphoma", "is", "the", "second", "most", "common", "cause", "of", "focal", "brain", "disease", "in", "HIV-infected", "patients", ".", "It", "may", "present", "as", "confusion", ",", "altered", "level", "of", "consciousness", ",", "cognitive", "impairment", ",", "motor", "focality", ",", "aphasia", "and", "/", "or", "seizures", ".", "In", "addition", ",", "it", "is", "frequently", "associated", "with", "general", "symptoms", "such", "as", "fever", ",", "sweating", "and", "weight", "loss", ",", "which", "occur", "in", "about", "80", "%", "of", "patients", ".", "Lesions", "are", "larger", ",", "deep", ",", "typically", "periventricular", "and", "usually", "single", ".", "They", "may", "be", "necrotic", "and", "haemorrhagic", ",", "with", "a", "thick", ",", "heterogeneous", "and", "irregular", "ring", "wall", "enhancement", "after", "contrast", "administration", ".", "Taking", "these", "characteristics", "into", "account", ",", "the", "clinical", "presentation", "of", "CNS", "lymphoma", "is", "in", "favour", "of", "the", "diagnosis", ",", "while", "the", "number", "of", "lesions", ",", "their", "location", ",", "their", "size", ",", "the", "radiological", "pattern", "and", "the", "absence", "of", "general", "symptoms", ",", "which", "make", "this", "diagnosis", "unlikely", ",", "are", "against", "it", ".", "Another", "possibility", "to", "consider", "in", "the", "differential", "diagnosis", "is", "brain", "abscesses", ".", "Bacterial", "intracranial", "abscesses", "are", "rare", "in", "HIV-infected", "patients", "with", "severe", "immunosuppression", ".", "In", "patients", "with", "Listeria", "monocytogenes", "CNS", "infection", ",", "although", "meningitis", "is", "the", "most", "common", "form", "of", "presentation", ",", "brain", "abscesses", "with", "or", "without", "encephalitis", "or", "rhomboencephalitis", "have", "also", "been", "described", ".", "The", "immunosuppressed", "state", "and", "the", "number", "of", "lesions", "(", "it", "can", "present", "as", "multiple", "focal", "lesions", ")", "would", "favour", "the", "diagnosis", ",", "but", "the", "age", "(", "it", "usually", "appears", "in", "patients", "older", "than", "60", "years", ")", ",", "the", "absence", "of", "fever", ",", "the", "location", "of", "the", "lesions", "(", "basal", "ganglia", "and", "brainstem", "involvement", "is", "common", ")", "are", "against", "it", ".", "Nocardia", "is", "also", "prone", "to", "produce", "CNS", "infection", "in", "the", "form", "of", "abscesses", ",", "with", "the", "condition", "usually", "preceded", "by", "pulmonary", "infection", ".", "Abscesses", "may", "be", "loculated", ",", "single", "or", "multiple", ".", "Against", "this", "diagnosis", "would", "be", "the", "absence", "of", "fever", "and", "previous", "respiratory", "symptoms", ",", "as", "well", "as", "the", "radiological", "pattern", "of", "the", "lesions", ".", "As", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "infection", "of", "the", "CNS", ",", "the", "usual", "form", "of", "presentation", "is", "tuberculous", "meningitis", ",", "with", "tuberculomas", "and", "tuberculous", "abscesses", "being", "rare", ".", "Tuberculous", "abscesses", "may", "arise", "from", "parenchymal", "tuberculomas", "or", "by", "dissemination", "of", "mycobacteria", "from", "meningeal", "foci", ".", "They", "may", "be", "single", "or", "multiple", ".", "Tuberculomas", "usually", "present", "as", "granulomatous", "lesions", ",", "usually", "multiple", ",", "located", "at", "the", "junction", "of", "the", "white", "and", "grey", "matter", ".", "They", "may", "be", "accompanied", "by", "hyperenhancement", "in", "the", "meninges", "and", "enhancement", "of", "the", "lesions", "with", "radiological", "contrast", ".", "The", "pattern", "of", "enhancement", "is", "variable", ":", "nodular", ",", "ring-shaped", "or", "irregular", ".", "Diagnosis", "is", "based", "on", "CSF", "analysis", "and", "culture", ".", "In", "favour", "of", "this", "entity", "is", "the", "immunosuppressed", "state", "of", "our", "patient", ",", "and", "against", ",", "the", "clinical", "features", "(", "usually", "presenting", "with", "the", "typical", "clinical", "triad", "of", "fever", ",", "headache", "and", "altered", "level", "of", "consciousness", ")", ",", "the", "number", ",", "distribution", "and", "radiological", "pattern", "of", "the", "lesions", ".", "Aspergillus", "brain", "abscesses", "usually", "present", "with", "concurrent", "pulmonary", "involvement", ".", "Clinically", ",", "patients", "present", "with", "very", "low", "CD4", "counts", "and", "develop", "altered", "level", "of", "consciousness", "with", "or", "without", "seizures", ".", "Lesions", "are", "usually", "multifocal", ",", "with", "a", "predilection", "for", "the", "junction", "between", "the", "white", "and", "grey", "matter", ".", "The", "radiological", "pattern", "of", "the", "lesions", "and", "the", "absence", "of", "neutropenia", "or", "previous", "corticosteroid", "treatment", ",", "co-factors", "normally", "necessary", "for", "their", "occurrence", ",", "militate", "against", "this", "diagnosis", ".", "Cryptococcus", "is", "the", "most", "common", "cause", "of", "meningitis", "in", "HIV-infected", "patients", ".", "Patients", "may", "also", "develop", "cryptococcomas", ",", "in", "the", "form", "of", "cystic", "lesions", "in", "the", "basal", "nuclei", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "location", "and", "radiological", "pattern", "of", "the", "lesions", "would", "argue", "against", "this", "diagnosis", ".", "Cerebral", "toxoplasmosis", "is", "the", "most", "prevalent", "neurological", "disease", "in", "patients", "in", "advanced", "stages", "of", "HIV", "infection", "(", "CD4", "less", "than", "100", "cells", "/", "μl", ")", ".", "It", "usually", "presents", "with", "fever", ",", "headache", ",", "confusion", ",", "altered", "level", "of", "consciousness", ",", "focal", "neurological", "deficit", "or", "seizures", ".", "On", "neuroimaging", "tests", ",", "lesions", "are", "usually", "multiple", ",", "located", "in", "the", "parietal", "or", "frontal", "lobes", ",", "basal", "ganglia", "and", "at", "the", "cortico-subcortical", "or", "periventricular", "level", ";", "and", "they", "enhance", "in", "a", "ring", "after", "contrast", "administration", ".", "They", "usually", "present", "oedema", "and", "moderate", "mass", "effect", ".", "In", "our", "case", ",", "given", "the", "severe", "immunosuppression", "of", "our", "patient", ",", "the", "location", "and", "radiological", "pattern", "of", "the", "lesions", "would", "be", "the", "first", "diagnosis", "to", "be", "considered", ",", "so", "it", "would", "be", "necessary", "to", "check", "the", "ring", "enhancement", "of", "the", "lesions", "with", "a", "new", "imaging", "test", "and", "to", "verify", "the", "existence", "of", "positive", "serology", "for", "Toxoplasma", ".", "Evolution", "On", "the", "ward", ",", "given", "the", "radiological", "findings", "and", "the", "high", "suspicion", "of", "cerebral", "toxoplasmosis", ",", "empirical", "oral", "treatment", "was", "started", "with", "sulfadiazine", "(", "1", ".", "5", "g", "every", "6", "hours", ")", "and", "pyrimethamine", "(", "100", "mg", "on", "the", "first", "day", ",", "followed", "by", "75", "mg", "per", "day", "thereafter", ")", ",", "in", "addition", "to", "folinic", "acid", "(", "10", "mg", "per", "day", ")", "and", "dexamethasone", "(", "4", "mg", "every", "8", "hours", ")", ".", "Among", "the", "microbiological", "studies", "requested", ",", "the", "presence", "of", "positive", "IgG", "for", "Toxoplasma", "stood", "out", ".", "Other", "studies", "performed", "were", "negative", "(", "serology", "for", "syphilis", "and", "cytomegalovirus", ",", "as", "well", "as", "determination", "of", "cryptococcal", "antigen", "in", "serum", ")", ".", "Blood", "cultures", "taken", "in", "the", "emergency", "department", "were", "also", "negative", ".", "Cranial", "MRI", "with", "contrast", "showed", "multiple", "lesions", "of", "different", "sizes", ",", "supratentorial", "in", "location", ",", "involving", "the", "basal", "ganglia", "and", "the", "cortico-subcortical", "junction", ",", "with", "low", "signal", "intensity", "in", "T2", ",", "peripheral", "oedema", ",", "restricted", "diffusion", "in", "the", "centre", "and", "ring-shaped", "uptake", "after", "administration", "of", "intravenous", "contrast", ",", "findings", "suggestive", "of", "cerebral", "toxoplasmosis", "as", "a", "first", "possibility", ".", "These", "lesions", "and", "the", "surrounding", "oedema", "caused", "a", "mass", "effect", "with", "a", "5", "mm", "midline", "shift", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "treatment", "with", "sulphadiazine", "and", "pyrimethamine", "was", "maintained", "and", "the", "dose", "of", "dexamethasone", "was", "progressively", "reduced", "until", "it", "was", "discontinued", ".", "Prior", "to", "discharge", ",", "antiretroviral", "treatment", "was", "started", "with", "abacavir", ",", "lamivudine", "and", "dolutegravir", ".", "The", "patient", "was", "reviewed", "in", "the", "outpatient", "infectious", "diseases", "department", "two", "weeks", "after", "discharge", ",", "showing", "clinical", "improvement", "and", "tolerating", "the", "medication", "well", ".", "Final", "diagnosis", "Cerebral", "toxoplasmosis", "in", "a", "patient", "with", "advanced", "HIV", "infection", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 117, "end": 120 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 258, "end": 272 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 179, "end": 184 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 476, "end": 485 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 750, "end": 757 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2579, "end": 2582 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2600, "end": 2605 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3087, "end": 3097 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2736, "end": 2739 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2971, "end": 2974 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3209, "end": 3212 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3232, "end": 3247 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2749, "end": 2756 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2821, "end": 2828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2958, "end": 2965 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2891, "end": 2899 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 5504, "end": 5514 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3547, "end": 3550 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4471, "end": 4474 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5070, "end": 5073 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5773, "end": 5776 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 4776, "end": 4791 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6695, "end": 6703 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6738, "end": 6746 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7103, "end": 7111 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 7252, "end": 7260 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 7581, "end": 7607 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7829, "end": 7841 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8326, "end": 8333 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8639, "end": 8647 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 8544, "end": 8555 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 9048, "end": 9060 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 9103, "end": 9106 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9116, "end": 9124 }, { "text": "Patients", "label": "HUMAN", "start": 9126, "end": 9134 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 10179, "end": 10189 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 9421, "end": 9424 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9923, "end": 9930 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9390, "end": 9398 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 10619, "end": 10629 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 10706, "end": 10721 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 10751, "end": 10763 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 11523, "end": 11537 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11608, "end": 11615 } ]

[ "Anamnesis", "A", "26-year-old", "woman", ",", "11", "weeks", "pregnant", ",", "consulted", "the", "dermatology", "emergency", "department", "because", "she", "had", "presented", ",", "for", "the", "last", "4", "days", ",", "painful", "punctate", "lesions", "of", "sudden", "onset", "on", "the", "tips", "of", "her", "fingers", ".", "The", "patient", "reports", "that", "the", "lesions", "started", "on", "the", "fingers", "and", "later", "spread", "to", "the", "toes", ".", "She", "also", "associates", "joint", "discomfort", ".", "Days", "before", "the", "appearance", "of", "the", "lesions", ",", "she", "had", "a", "fever", "that", "subsided", "within", "24", "hours", "with", "paracetamol", ".", "After", "the", "development", "of", "the", "skin", "symptoms", ",", "she", "has", "not", "presented", "fever", "again", ".", "She", "did", "not", "present", "any", "other", "associated", "symptoms", ".", "The", "only", "personal", "history", "of", "interest", "was", "frigore", "urticaria", ".", "She", "had", "no", "history", "of", "photosensitivity", ".", "Physical", "examination", "Erythematous", "punctate", "papules", ",", "some", "with", "purpuric", "areas", ",", "not", "palpable", ",", "which", "do", "not", "disappear", "on", "finger", "pressure", ",", "well", "demarcated", ",", "not", "infiltrated", ",", "located", "on", "the", "distal", "tips", "of", "20", "fingers", ".", "Nails", "without", "alterations", ".", "Hands", "and", "feet", "normal", "colour", "and", "normal", "depth", ".", "Complementary", "examinations", "At", "first", ",", "the", "case", "appeared", "to", "be", "vasculitis", ",", "so", "peripheral", "blood", "tests", "were", "drawn", ",", "with", "no", "alterations", "except", "for", "an", "elevated", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "22", "mm", ",", "reference", "values", "7-15", "mm", ")", ".", "Immunity", "markers", ",", "ANA", "and", "cryoagglutinins", ",", "were", "negative", ",", "and", "HBV", "serology", "only", "indicated", "vaccination", ".", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", "with", "a", "3-mm", "punch", "and", "the", "only", "findings", "were", "hyperkeratosis", ",", "parakeratosis", "and", "chronic", "perivascular", "inflammatory", "infiltrate", "in", "the", "superficial", "dermis", ".", "Based", "on", "these", "results", ",", "the", "diagnosis", "of", "vasculitis", "was", "ruled", "out", "and", ",", "given", "the", "suspected", "diagnosis", "of", "glove", "and", "sock", "rash", ",", "serology", "for", "Ebstein", "Barr", "virus", ",", "parvovirus", "B19", "and", "human", "enterovirus", "was", "performed", ".", "Parvovirus", "B19", "serology", "was", "IgM", "positive", "on", "two", "occasions", "one", "week", "apart", ".", "Diagnosis", "Glove", "and", "sock", "exanthema", "due", "to", "parvovirus", "B19", ".", "Treatment", "Symptomatic", ":", "paracetamol", "1", "g", "every", "8", "hours", ".", "The", "gynaecology", "team", "prescribed", "treatment", "with", "ASA", "100", "mg", "every", "24", "hours", ".", "Evolution", "Initially", "the", "lesions", "were", "compatible", "with", "the", "development", "of", "vasculitis", ".", "The", "analytical", "markers", ",", "negative", "for", "autoimmunity", "and", "cryoagglutinins", ",", "led", "to", "a", "diagnosis", "of", "an", "infectious", "exanthema", ":", "papulopurpuric", "rash", "on", "glove", "and", "sock", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "an", "infectious", "condition", "of", "these", "characteristics", ",", "serology", "was", "requested", "for", "EBV", ",", "enterovirus", "and", "parvovirus", "B19", ",", "with", "IgM", "positive", "for", "the", "latter", "on", "two", "occasions", ".", "As", "this", "was", "a", "pregnant", "patient", ",", "we", "contacted", "the", "gynaecology", "department", "and", "began", "gynaecological", "follow-up", "for", "high-risk", "patients", ".", "On", "successive", "gynaecological", "examinations", ",", "the", "patient", "had", "not", "developed", "anaemia", "or", "other", "clinical", "manifestations", "of", "acute", "Parvovirus", "infection", ".", "There", "were", "also", "no", "signs", "of", "foetal", "anaemia", "or", "its", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 48 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 218, "end": 225 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 588, "end": 596 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1249, "end": 1252 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1288 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1627, "end": 1637 }, { "text": "Parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1679, "end": 1689 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1652, "end": 1663 }, { "text": "human enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1646, "end": 1663 }, { "text": "Ebstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1607, "end": 1625 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1627, "end": 1641 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1679, "end": 1693 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1796, "end": 1806 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1796, "end": 1810 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 2304, "end": 2314 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2283, "end": 2286 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2288, "end": 2299 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 2304, "end": 2318 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2394, "end": 2401 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2492, "end": 2500 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 2385, "end": 2393 }, { "text": "Parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 2625, "end": 2635 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2549, "end": 2556 } ]

[ "The", "infectious", "diseases", "clinic", "of", "the", "University", "Hospital", "of", "Maracaibo", ",", "Zulia", "State", ",", "Venezuela", ",", "received", "a", "10-year-old", "male", "schoolboy", ".", "Venezuela", ",", "a", "10-year-old", "male", "schoolboy", "from", "Santa", "Cruz", "de", "Mara", ",", "a", "suburban", "area", "of", "the", "state", ".", "He", "is", "in", "a", "wheelchair", "due", "to", "cerebral", "palsy", "without", "mental", "retardation", ",", "who", ",", "according", "to", "his", "mother", ",", "15", "days", "after", "leaving", "hospital", "following", "surgery", ",", "presented", "severe", "intestinal", "cramps", "with", "abdominal", "distension", ",", "'", "expelling", "'", "a", "larva", "with", "subsequent", "disappearance", "of", "the", "symptoms", ".", "This", "larva", "was", "observed", "in", "the", "toilet", "water", "when", "the", "patient", "defecated", ".", "The", "larva", "was", "taken", "to", "the", "Parasitology", "Laboratory", "of", "the", "School", "of", "Bioanalysis", "of", "the", "University", "of", "Zulia", "and", ",", "based", "on", "its", "morphological", "characteristics", ",", "it", "was", "identified", "as", "a", "larva", "of", "Eristalis", "tenax", "(", "Linnaeus", ")", "(", "Diptera", ":", "Syrphidae", ")", ".", "Parasitological", "examination", "of", "faeces", "was", "ordered", ",", "where", "vacuolated", "forms", "of", "Blastocystis", "hominis", "were", "observed", "(", "no", "treatment", "was", "recommended", ")", ".", "One", "year", "later", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "clinic", "with", "severe", "abdominal", "cramps", "accompanied", "by", "bladder", "incontinence", "and", "increased", "appetite", "for", "5", "days", ",", "accompanied", "by", "headaches", "and", "pasty", "or", "diarrhoeic", "bowel", "movements", "with", "mucus", "in", "unspecified", "numbers", "for", "two", "days", "and", "accompanied", "by", "'", "expulsion", "'", "of", "larvae", "(", "again", "observed", "in", "the", "toilet", "water", ")", ".", "The", "larva", "was", "again", "identified", "as", "Eristalis", "tenax", ",", "but", "on", "this", "occasion", ",", "in", "addition", "to", "the", "coproparasitological", "examination", ",", "a", "stool", "culture", "was", "requested", ",", "and", "Mebendazole", "5cc", "bid", "for", "3", "days", "was", "prescribed", ".", "The", "stool", "examination", "showed", "no", "evolutionary", "forms", "of", "enteroparasites", "and", "the", "stool", "culture", "indicated", "Salmonella", "serological", "group", "E", ",", "for", "which", "antimicrobial", "treatment", "was", "administered", ".", "It", "was", "decided", "to", "extend", "the", "epidemiological", "survey", "carried", "out", "at", "the", "beginning", "on", "the", "patient", ",", "and", "for", "this", "reason", "the", "home", "and", "the", "characteristics", "of", "its", "surroundings", "were", "investigated", ".", "From", "the", "beginning", ",", "the", "mother", "always", "expressed", "the", "difficulty", "that", "the", "child", "could", "have", "ingested", "the", "eggs", "or", "larvae", "of", "the", "fly", ",", "as", "strict", "control", "is", "maintained", "over", "the", "preparation", "of", "the", "child", "'", "s", "food", ",", "precisely", "because", "of", "the", "motor", "difficulties", "he", "suffers", "from", ".", "In", "relation", "to", "water", ",", "she", "said", "that", "they", "usually", "drink", "it", "after", "it", "has", "been", "boiled", ".", "In", "the", "course", "of", "the", "survey", ",", "the", "child", "'", "s", "mother", "reported", "the", "proximity", "of", "a", "sewage", "tank", "near", "the", "toilet", "and", "the", "presence", "of", "some", "'", "little", "wasps", "'", "hanging", "around", "there", ".", "It", "was", "decided", "to", "open", "the", "manhole", "(", "the", "lid", "of", "which", "was", "broken", ")", "and", "a", "large", "number", "of", "adults", ",", "larvae", "and", "pupae", "of", "Eristalis", "tenax", "were", "collected", "from", "the", "site", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Blastocystis hominis", "label": "SPECIES", "start": 897, "end": 917 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 458, "end": 463 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 516, "end": 521 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 587, "end": 592 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 762, "end": 767 }, { "text": "larva of Eristalis tenax", "label": "SPECIES", "start": 762, "end": 786 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 324, "end": 330 }, { "text": "male schoolboy", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 133 }, { "text": "male schoolboy", "label": "HUMAN", "start": 160, "end": 174 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 564, "end": 571 }, { "text": "Diptera", "label": "SPECIES", "start": 799, "end": 806 }, { "text": "Syrphidae", "label": "SPECIES", "start": 808, "end": 817 }, { "text": "Eristalis tenax", "label": "SPECIES", "start": 771, "end": 786 }, { "text": "Parasitology", "label": "SPECIES", "start": 610, "end": 622 }, { "text": "Salmonella serological group E", "label": "SPECIES", "start": 1617, "end": 1647 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1316 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 985, "end": 992 }, { "text": "Eristalis tenax", "label": "SPECIES", "start": 2520, "end": 2535 }, { "text": "pupae of Eristalis tenax", "label": "SPECIES", "start": 2511, "end": 2535 }, { "text": "wasps", "label": "SPECIES", "start": 2376, "end": 2381 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Diplopia", "and", "headache", "after", "traumatic", "brain", "injury", "(", "TBI", ")", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "The", "patient", "is", "a", "41-year-old", "woman", "smoker", "with", "a", "history", "of", "thalassaemia", ",", "tension", "headache", ",", "overactive", "bladder", "unresponsive", "to", "anticholinergics", ",", "emotional", "instability", "of", "the", "personality", "and", "very", "demanding", "in", "consultation", ",", "who", "after", "suffering", "a", "traumatic", "brain", "injury", "at", "work", "presents", "headache", "associated", "with", "diplopia", ".", "At", "her", "employer", "'", "s", "health", "insurance", "company", "she", "underwent", "a", "cranial", "CT", "scan", ",", "in", "which", "they", "detected", "a", "paresis", "of", "the", "VI", "cranial", "nerve", "and", "reported", "that", "the", "symptoms", "were", "not", "related", "to", "the", "accident", "suffered", ",", "which", "is", "why", "she", "was", "referred", "to", "her", "family", "doctor", ".", "A", "neurological", "examination", "was", "performed", "with", "no", "alterations", ",", "and", "observation", "and", "analgesia", "were", "recommended", ".", "After", "several", "consultations", "and", "due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "symptoms", "after", "a", "month", "of", "evolution", ",", "it", "was", "decided", "to", "refer", "her", "to", "Neurology", ".", "On", "her", "first", "visit", "to", "the", "Neurology", "outpatient", "clinic", ",", "in", "addition", "to", "the", "headaches", "and", "diplopia", ",", "which", "persisted", "2", "months", "after", "the", "TBI", ",", "the", "patient", "reported", "a", "decrease", "in", "visual", "acuity", ".", "The", "neurological", "examination", "did", "not", "reveal", "any", "limitation", "of", "eye", "movements", ",", "nor", "any", "other", "alterations", "in", "cranial", "pairs", ",", "strength", "and", "sensitivity", "of", "the", "limbs", ".", "Gait", "and", "balance", "were", "not", "altered", "either", ".", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "was", "requested", ",", "as", "well", "as", "a", "referral", "to", "ophthalmology", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "if", "the", "complementary", "tests", "were", "normal", ".", "Diagnostic", "judgement", ":", "diplopia", "under", "study", "(", "post-traumatic", "diplopia", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "its", "functional", "origin", ")", ",", "chronic", "headache", "(", "tension", "headache", "+", "medication", "abuse", ")", ".", "Complementary", "tests", "and", "evolution", ":", "a", "cranial", "MRI", "was", "carried", "out", ",", "which", "revealed", "lesions", "in", "the", "supratentorial", "white", "matter", "with", "periventricular", "and", "juxtacortical", "demyelinating", "characteristics", "that", "suggest", ",", "as", "a", "first", "possibility", ",", "multiple", "sclerosis", "(", "MS", ")", "with", "acute", "activity", ".", "Angioresonance", "imaging", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "was", "also", "performed", "with", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Following", "the", "results", "of", "the", "imaging", "test", ",", "the", "patient", "was", "seen", "again", "to", "explain", "the", "findings", "and", "to", "propose", "a", "lumbar", "puncture", ".", "The", "patient", "persisted", "with", "headaches", ",", "associated", "with", "generalised", "asthenia", ",", "with", "no", "other", "new", "findings", ".", "Laboratory", "tests", "were", "also", "requested", ",", "including", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", "with", "renal", "and", "hepatic", "profile", ",", "TSH", ",", "ACE", ",", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", ",", "which", "was", "below", "normal", "limits", ",", "proteinogram", ",", "autoimmunity", "(", "ANA", ",", "ANCA", ",", "anticardiolipin", "/", "beta", "2", "microglobulin", "antibodies", ",", "anti-galnglioside", "antibodies", ")", "with", "no", "alterations", ",", "serology", "(", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", ",", "LUES", ")", "with", "no", "immunisation", "against", "HBV", ".", "Immunisation", "against", "measles", ",", "rubella", ",", "mumps", ",", "EBV", ",", "HSV", ",", "VZZ", ".", "She", "was", "assessed", "by", "ophthalmology", "who", "performed", "optical", "coherence", "tomography", "(", "OCT", ")", "with", "optic", "nerve", "involvement", "in", "2", "temporal", "sectors", "of", "the", "right", "eye", "and", "4", "temporal", "sectors", "in", "the", "left", "eye", ".", "Decreased", "macular", "ganglion", "cells", "in", "the", "left", "eye", ".", "After", "performing", "a", "lumbar", "puncture", ",", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "oligoclonal", "bands", "was", "confirmed", ",", "which", ",", "together", "with", "the", "findings", "described", "in", "the", "MRI", ",", "reinforced", "the", "diagnosis", "of", "MS", ",", "and", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Demyelinating", "Diseases", "Unit", "of", "our", "hospital", ".", "A", "genetic", "test", "was", "requested", "to", "rule", "out", "CADASIL", "(", "Cerebral", "Autosomal", "Dominant", "Artheriopathy", "with", "Subcortical", "Infarcts", "and", "Leukoencephalopathy", ")", ",", "which", "was", "negative", ",", "and", "a", "new", "cranial", "and", "spinal", "MRI", "was", "requested", ".", "The", "cranial", "MRI", "was", "unchanged", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ".", "The", "spinal", "MRI", "showed", "small", "focal", "spinal", "lesions", "at", "C3", "and", "C4", ",", "which", "could", "correspond", "to", "foci", "of", "demyelination", ".", "Amantadine", "was", "indicated", "and", "teriflunomide", "was", "planned", "to", "be", "started", "in", "March", "2020", "as", "a", "disease-modifying", "drug", ".", "At", "the", "time", "of", "this", "last", "visit", ",", "the", "patient", "had", "no", "diplopia", ",", "but", "the", "recurrent", "headaches", "persisted", ".", "A", "referral", "was", "made", "to", "the", "urology", "department", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "ongoing", "incontinence", ".", "During", "the", "diagnosis", "process", ",", "the", "patient", "attended", "our", "Primary", "Care", "consultation", "to", "renew", "her", "sick", "leave", ".", "During", "these", "consultations", ",", "we", "took", "the", "opportunity", "to", "support", "the", "patient", "in", "her", "diagnosis", "and", "to", "try", "to", "resolve", "any", "doubts", "that", "may", "have", "arisen", "after", "attending", "consultations", "with", "other", "specialists", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 179, "end": 184 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 713, "end": 726 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 154, "end": 161 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1122, "end": 1129 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1474, "end": 1481 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2141, "end": 2148 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2226, "end": 2233 }, { "text": "LUES", "label": "SPECIES", "start": 2677, "end": 2681 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2763, "end": 2766 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2672, "end": 2675 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2712, "end": 2715 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2667, "end": 2670 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2768, "end": 2771 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2662, "end": 2665 }, { "text": "VZZ", "label": "SPECIES", "start": 2773, "end": 2776 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3216, "end": 3223 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3826, "end": 3833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3947, "end": 3954 }, { "text": "specialists", "label": "HUMAN", "start": 4273, "end": 4284 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4014, "end": 4021 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4153, "end": 4160 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "42", "years", "old", ",", "originally", "from", "Pakistan", "(", "he", "has", "been", "living", "in", "Spain", "for", "15", "years", ")", ".", "He", "reported", "no", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "Three", "months", "ago", "he", "had", "suffered", "a", "right", "orbital", "fracture", "with", "subsequent", "trigeminal", "neuralgia", ".", "He", "consulted", "for", "a", "pruritic", "skin", "rash", "on", "the", "trunk", "and", "extremities", ",", "high", "fever", "and", "general", "malaise", "of", "15", "days", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "denied", "taking", "any", "drugs", "in", "the", "last", "two", "months", ",", "travelling", "abroad", "or", "risky", "sexual", "relations", ".", "The", "rest", "of", "the", "patient", "'", "s", "cohabitants", "had", "no", "skin", "lesions", "or", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "subfebrile", "(", "37", ".", "5c", "axillary", ")", ",", "there", "was", "marked", "oedema", "of", "the", "face", ",", "hands", "and", "feet", ",", "as", "well", "as", "a", "morbilliform", "rash", "on", "the", "trunk", "and", "extremities", ",", "with", "palmoplantar", "and", "mucosal", "involvement", ".", "In", "addition", ",", "cervical", ",", "axillary", "and", "inguinal", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "unaltered", ".", "Complementary", "examinations", "Blood", "tests", "showed", "leukocytosis", "(", "22", ".", "24", "x109", "/", "l", ")", "with", "35", "%", "atypical", "lymphocytes", ",", "15", "%", "eosinophilia", "(", "3", ".", "4", "x109", "/", "l", ")", "and", "elevated", "liver", "enzymes", "(", "AST", "77", "u", "/", "l", ",", "ALT", "179", "u", "/", "l", ",", "GGT", "414", "u", "/", "l", ")", ",", "alkaline", "phosphatase", "(", "221", "u", "/", "l", ")", "and", "LDH", "(", "1427", "u", "/", "l", ")", ".", "Bilirubinaemia", ",", "prothrombin", "time", "and", "creatininaemia", "were", "in", "normal", "ranges", ".", "Given", "the", "elevated", "transaminases", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "alliasic", "gallbladder", "with", "thickened", "walls", ",", "perivesicular", "oedema", "and", "two", "lymphadenopathies", "at", "the", "level", "of", "the", "hepatic", "hilum", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Serology", "for", "syphilis", ",", "hepatitis", "B", ",", "HIV", ",", "parvovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "measles", "and", "Herpes", "virus", "6", "were", "negative", ".", "Skin", "biopsy", "showed", "an", "epidermis", "with", "spongiosis", "changes", ".", "A", "perivascular", "lymphohistocytic", "inflammatory", "infiltrate", "and", "occasional", "eosinophils", "were", "observed", "in", "the", "dermis", ".", "Diagnosis", "Despite", "repeated", "denials", "of", "drug", "intake", ",", "the", "patient", "'", "s", "medical", "history", "revealed", "that", "he", "had", "taken", "carbamazepine", "for", "trigeminal", "neuritis", "three", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Based", "on", "the", "history", "of", "drug", "intake", ",", "clinical", "features", "and", "laboratory", "findings", ",", "we", "diagnosed", "DRESS", "syndrome", "secondary", "to", "carbamazepine", ".", "Treatment", "The", "patient", "had", "already", "discontinued", "carbamazepine", "two", "weeks", "earlier", ".", "Given", "the", "intense", "general", "compromise", "and", "hepatic", "alteration", ",", "we", "started", "prednisone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "orally", ",", "associated", "with", "potassium", "permanganate", "baths", "3", "/", "10", ",", "000", "and", "triamcinolone", "acetonide", "cream", "0", ".", "1", "%", ".", "Evolution", "Evolution", "was", "favourable", ",", "with", "resolution", "of", "fever", ",", "rash", "and", "facial", "and", "acral", "oedema", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "one", "week", "later", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "normalisation", "of", "transaminases", "over", "the", "following", "four", "weeks", ".", "The", "patient", "was", "on", "a", "tapering", "prednisone", "regimen", "for", "3", "months", "until", "it", "was", "discontinued", ".", "One", "year", "later", ",", "he", "remains", "asymptomatic", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 495, "end": 506 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 368, "end": 375 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 485, "end": 492 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 566, "end": 573 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1504, "end": 1507 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1509, "end": 1519 }, { "text": "measles", "label": "SPECIES", "start": 1541, "end": 1548 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1489 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1521, "end": 1539 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1491, "end": 1502 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1808, "end": 1815 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2104, "end": 2111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2472, "end": 2479 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2601, "end": 2608 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Dyspnoea", ",", "cough", "and", "fever", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Anamnesis", ":", "84", "year", "old", "man", "who", "came", "to", "our", "clinic", "reporting", "dyspnoea", "together", "with", "cough", ",", "increasing", "whitish", "expectoration", "and", "fever", "of", "37", ".", "1oC", "of", "48", "hours", "of", "evolution", ".", "The", "most", "relevant", "personal", "antecedents", "are", "COPD", "of", "long", "evolution", "in", "treatment", "with", "home", "oxygen", ",", "arterial", "hypertension", "with", "hypertensive", "heart", "disease", "and", "congestive", "heart", "failure", ",", "as", "well", "as", "benign", "prostatic", "hypertrophy", ".", "Currently", "anticoagulated", "with", "sintrom", ".", "Examination", ":", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "conscious", ",", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", "and", "cooperative", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "with", "rhonchi", "and", "scattered", "wheezing", "in", "both", "lung", "fields", "together", "with", "a", "SaO2", "of", "90", "%", "and", "marked", "respiratory", "work", "with", "tugging", "and", "tachypnoea", ".", "Temperature", "at", "consultation", "was", "38oC", ".", "The", "lower", "limbs", "were", "not", "oedematous", "and", "there", "were", "no", "signs", "suggestive", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", ":", "an", "outpatient", "chest", "X-ray", "was", "performed", "in", "postero-anterior", "and", "lateral", "projections", "at", "the", "health", "centre", ",", "showing", "right", "pulmonary", "condensation", "together", "with", "left", "pleural", "effusion", ".", "Thus", ",", "and", "given", "the", "examination", "presented", "by", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "refer", "him", "to", "the", "emergency", "department", "of", "the", "reference", "hospital", "for", "further", "analytical", "tests", ".", "A", "haemogram", "and", "blood", "biochemistry", "were", "requested", "together", "with", "serology", "for", "pneumococcus", "and", "legionella", "pneumophila", ".", "Serology", "for", "the", "aforementioned", "microorganisms", "was", "negative", ".", "The", "haemogram", "showed", "15", ",", "000", "leukocytes", "with", "the", "rest", "of", "the", "blood", "series", "normal", ".", "The", "biochemistry", "showed", "a", "CRP", "of", "20", ".", "45", ",", "with", "normal", "renal", "function", "and", "the", "rest", "of", "the", "other", "devices", ".", "Family", "and", "community", "approach", "He", "lives", "with", "his", "wife", "and", "is", "independent", "for", "ADLs", "and", "IADLs", ".", "He", "has", "good", "family", "support", ",", "with", "a", "medium-low", "socio-economic", "level", ".", "He", "has", "regular", "follow-up", "of", "his", "chronic", "pathology", "at", "the", "health", "centre", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Clinical", "judgement", "1", ":", "Community-acquired", "pneumonia", ".", "Clinical", "judgement", "2", ":", "Decompensated", "heart", "failure", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "is", "adjusted", "and", "the", "patient", "is", "referred", "to", "the", "reference", "hospital", ",", "where", "he", "is", "finally", "admitted", "after", "confirmation", "of", "COPD", "exacerbation", "secondary", "to", "community-acquired", "pneumonia", ",", "as", "well", "as", "decompensated", "heart", "failure", ".", "Evolution", ":", "after", "a", "hospital", "stay", "of", "11", "days", ",", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "evolved", "adequately", ",", "and", "he", "was", "discharged", "with", "adjustment", "of", "treatment", "and", "subsequent", "follow-up", "by", "the", "pulmonology", "department", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 307, "end": 315 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 568, "end": 575 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1248, "end": 1255 }, { "text": "legionella pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 1464, "end": 1486 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1520, "end": 1534 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 1447, "end": 1459 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1733, "end": 1739 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1837, "end": 1843 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2209, "end": 2216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2458, "end": 2465 } ]

[ "Anamnesis", "A", "43-year-old", "male", ",", "with", "no", "medical", "history", "of", "interest", "and", "with", "a", "single", "surgical", "history", "of", "appendectomy", "in", "adolescence", ".", "The", "patient", "reported", "that", "on", "the", "first", "day", "he", "started", "with", "low", "back", "pain", "in", "the", "context", "of", "overexertion", "at", "work", ".", "On", "the", "11th", "day", ",", "the", "previous", "low", "back", "pain", "was", "associated", "with", "an", "afternoon", "low-grade", "fever", ",", "so", "he", "decided", "to", "see", "his", "primary", "care", "doctor", ";", "after", "the", "examination", ",", "there", "was", "a", "single", "finding", "of", "low", "back", "pain", "with", "mechanical", "characteristics", "and", "a", "fever", "of", "37", ".", "5oC", ";", "a", "dorsal", "and", "lumbar", "spine", "X-ray", "was", "requested", "(", "which", "was", "reported", "as", "normal", ")", "and", "he", "started", "treatment", "with", "anti-inflammatory", "drugs", ".", "On", "the", "16th", "the", "patient", "attended", "the", "Emergency", "Department", "due", "to", "worsening", "febrile", "fever", "(", "he", "now", "had", "fever", "peaks", "of", "up", "to", "39oC", ")", "and", "also", "began", "to", "experience", "pain", "in", "the", "left", "hemiscrotal", "region", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "he", "had", "an", "axillary", "temperature", "of", "38", ".", "6oC", "and", "swelling", "of", "the", "left", "epididymis", "and", "testicle", ".", "Additional", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", "and", "elevated", "C-reactive", "protein", ".", "-", "Urine", "sediment", ":", "normal", ".", "-", "Scrotal", "ultrasound", ":", "ultrasound", "findings", "compatible", "with", "left", "orchiepididymitis", "with", "some", "focal", "hypoechoic", "area", "requiring", "evolutionary", "controls", "until", "complete", "resolution", ".", "-", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "requested", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "left", "orchiepididymitis", "and", "treatment", "was", "started", "with", "ciprofloxacin", "500", "mg", "/", "12", "hours", ",", "requesting", "an", "outpatient", "consultation", "with", "the", "Urology", "Department", ".", "On", "day", "20", ",", "due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "with", "no", "symptomatic", "improvement", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "Emergency", "Department", ",", "where", "the", "results", "of", "the", "cultures", "taken", "previously", "were", "consulted", ":", "-", "Blood", "culture", ":", "positive", "for", "Brucella", "melitensis", ".", "-", "Urine", "culture", ":", "negative", ".", "With", "suspicion", "of", "brucellosis", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", ",", "where", "he", "remained", "for", "10", "days", ":", "-", "Intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "gentamicin", "240", "mg", "/", "day", "+", "doxycycline", "200", "mg", "/", "day", "oral", "+", "rifampicin", "600", "mg", "/", "day", "oral", ".", "-", "The", "anamnesis", "was", "extended", ":", "the", "only", "possible", "source", "of", "contact", "was", "the", "ingestion", "of", "homemade", "curd", "in", "a", "restaurant", "in", "Navarra", "(", "last", "time", "a", "month", "ago", ")", ".", "-", "Blood", "cultures", "on", "two", "new", "occasions", ":", "positive", "for", "Brucella", "melitensis", ".", "-", "Serology", "for", "Brucella", ":", "positive", ".", "-", "Rose", "Bengal", ":", "positive", ".", "-", "New", "testicular", "ultrasound", ":", "progression", "of", "the", "imaging", "findings", "in", "relation", "to", "left", "orchiepididymitis", ",", "compared", "to", "the", "previous", "study", ".", "No", "images", "suggestive", "of", "abscess", "are", "seen", ".", "-", "Sacro-iliac", "MRI", ":", "radiological", "findings", "compatible", "with", "bilateral", "mild", "sacroiliitis", ".", "-", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "normal", ".", "Diagnosis", "Brucellosis", "with", "genital", "(", "orchiepididymitis", ")", "and", "bone", "(", "bilateral", "mild", "sacroiliitis", ")", "involvement", ".", "As", "he", "required", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "gentamicin", "for", "the", "first", "15", "days", "(", "in", "addition", "to", "oral", "treatment", "with", "doxycycline", "and", "rifampicin", "for", "2", "months", ")", ",", "he", "was", "referred", "to", "an", "intermediate", "care", "hospital", "to", "continue", "and", "complete", "the", "intravenous", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 120, "end": 131 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 137, "end": 144 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 656, "end": 663 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1329, "end": 1336 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1604, "end": 1611 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1747, "end": 1755 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 1747, "end": 1766 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1830, "end": 1837 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2266 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2277 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2294, "end": 2302 } ]

[ "", "81-year-old", "male", ",", "long-time", "resident", "of", "Yiyang", ".", "He", "has", "a", "history", "of", "prostate", "cancer", "and", "coronary", "heart", "disease", ".", "He", "has", "been", "living", "with", "his", "eldest", "daughter", "since", "returning", "from", "Wuhan", "and", "has", "not", "been", "out", "since", ".", "On", "21", "February", "he", "suffered", "from", "convulsive", "dry", "cough", "and", "anorexia", ".", "At", "first", ",", "no", "treatment", "was", "given", ".", "On", "25", "February", ",", "her", "symptoms", "worsened", "with", "fever", "(", "38", ".", "0", "°", "C", ")", "and", "dyspnoea", ".", "Tests", "for", "influenza", "A", "and", "B", "were", "negative", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "abnormalities", ",", "with", "ground-glass", "opacities", ".", "His", "symptoms", "did", "not", "improve", "even", "after", "treatment", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "(", "4", ".", "5", "g", "every", "48", "h", ")", ",", "ambroxol", ",", "ribavirin", "(", "500", "mg", "every", "12", "h", ")", "and", "oseltamivir", "(", "75", "mg", "twice", "daily", ")", ".", "On", "27", "February", ",", "the", "SARS-CoV-2", "nucleic", "acid", "test", "was", "positive", "from", "both", "nasopharyngeal", "swabs", "and", "sputum", ".", "His", "haemoglobin", "(", "83", "g", "/", "L", ")", "and", "lymphocytes", "(", "0", ".", "65", "*", "10", "^", "9", "/", "L", ")", "were", "below", "normal", "values", ",", "while", "D-dimer", "(", "5", ".", "46", "mg", "/", "mL", ")", ",", "C-reactive", "protein", "(", "134mg", "/", "L", ")", ",", "ESR", "(", "126", "mm", "/", "h", ")", "and", "IL-6", "(", "7", ".", "6", "pg", "/", "mL", ")", "showed", "above", "normal", "values", ".", "His", "arterial", "blood", "gases", "showed", "a", "PO2", "of", "67", "mmHg", "and", "a", "FiO2", "of", "33", "%", ".", "Consequently", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "severe", "COVID-19", "and", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "with", "oxygen", ",", "interferon", ",", "lopinavir", "/", "ritonavir", "and", "ribavirin", "as", "antiviral", "treatment", ",", "linezolid", ",", "meropenem", "and", "fluconazole", "as", "antibiotics", ",", "and", "albumin", ",", "gamma", "globulin", ",", "steroids", "(", "80", "mg", "/", "day", ")", "and", "plasma", "replacement", "(", "200", "mL", "*", "2", ")", "to", "improve", "his", "immune", "system", ".", "On", "2", "and", "4", "March", ",", "nucleic", "acid", "tests", "were", "repeated", "and", "both", "were", "negative", ".", "On", "3", "March", ",", "IgM", "and", "IgG", "antibody", "tests", "were", "positive", ".", "A", "repeat", "arterial", "blood", "gas", "on", "5", "March", "showed", "a", "PO2", "of", "114", "mmHg", "and", "a", "FiO2", "of", "33", "%", ".", "Lung", "CT", "showed", "that", "the", "inflammatory", "lesions", "had", "been", "absorbed", "and", "ground-glass", "opacities", "had", "improved", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 148, "end": 156 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 17 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 691, "end": 701 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 395, "end": 406 }, { "text": "influenza A and B", "label": "SPECIES", "start": 395, "end": 412 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1207, "end": 1216 } ]

[ "A", "58", "year", "old", "patient", "of", "sub-Saharan", "origin", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "sweating", "and", "fever", "with", "left", "lumbar", "pain", ",", "heaviness", "in", "the", "flank", "on", "that", "side", "and", "dysuria", "for", "about", "15", "days", ".", "His", "personal", "history", "did", "not", "include", "any", "significant", "pathology", ":", "No", "DM", ".", "No", "hypertension", ".", "No", "known", "allergies", ".", "Former", "smoker", "for", "8", "years", ".", "No", "haematuria", ".", "No", "colic", ".", "No", "UTIs", ".", "He", "reports", "that", "in", "the", "last", "two", "weeks", "he", "has", "had", "occasional", "fever", ",", "sweating", ",", "heaviness", "in", "the", "left", "flank", "with", "lumbar", "pain", "on", "the", "same", "side", "and", "voiding", "symptoms", "with", "an", "acceptable", "urinary", "stream", ",", "dysuria", ",", "not", "shortness", "of", "breath", ",", "no", "dribbling", ",", "no", "urgency", "with", "night-time", "voiding", "once", "and", "daytime", "voiding", "every", "3-4", "hours", "with", "a", "feeling", "of", "complete", "emptiness", ".", "Physical", "examination", "revealed", "an", "abdominal", "mass", "effect", "in", "the", "left", "flank", "on", "deep", "palpation", ".", "Rectal", "examination", "showed", "a", "grade", "I-II", "prostate", "without", "suspicious", "lesions", ".", "Complementary", "tests", "showed", ":", "normal", "haemogram", "with", "signs", "of", "eosinophilia", ".", "Normal", "biochemistry", ".", "Other", "normal", ",", "negative", "urine", "analysis", ".", "X-ray", "of", "the", "genito-urinary", "tract", "showed", "a", "mass", "effect", "in", "the", "left", "flank", "that", "blurred", "the", "psoas", "line", "on", "that", "side", ".", "Renal", "ultrasound", ":", "multiple", "cysts", "in", "the", "left", "kidney", ".", "Abdominopelvic", "CT", "scan", ":", "cystic", "lesions", "with", "daughter", "vesicles", ",", "compatible", "with", "renal", "hydatid", "disease", ".", "Echinococcus", "/", "Hemag", "antibody", "serology", "was", "requested", ",", "which", "was", "POSITIVE", "at", "figures", "above", "1", "/", "2", ".", "621", ".", "440", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "MRI", "to", "obtain", "a", "more", "complete", "iconography", "and", "to", "assess", "relations", "with", "adjacent", "structures", ".", "In", "view", "of", "the", "suspected", "diagnosis", ",", "surgery", "was", "decided", "on", "the", "affected", "renal", "unit", ",", "it", "being", "impossible", "to", "perform", "conservative", "surgery", "during", "the", "surgical", "procedure", "and", "the", "patient", "underwent", "a", "complete", "left", "nephroureterectomy", "due", "to", "suspicion", "of", "communication", "of", "the", "hydatid", "cyst", "with", "the", "duct", "due", "to", "the", "thickness", "of", "the", "duct", ".", "Prior", "to", "surgical", "treatment", ",", "the", "patient", "received", "a", "course", "of", "Albendazole", "and", "another", "after", "surgery", ".", "After", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "antibody", "titration", "figures", "fell", "and", "three", "years", "after", "the", "procedure", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "and", "analytically", "free", "of", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 195, "end": 203 }, { "text": "Echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 1289, "end": 1301 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1685, "end": 1692 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1873, "end": 1880 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1962, "end": 1969 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2044, "end": 2051 } ]

[ "A", "42-year-old", "female", "patient", "with", "a", "history", "of", "Sjögren", "'", "s", "syndrome", "and", "autoimmune", "thyroiditis", "was", "referred", "to", "the", "Uveitis", "Unit", "from", "the", "Neuroophthalmology", "Section", "due", "to", "the", "finding", "of", "foci", "of", "chorioretinitis", "and", "symptoms", "of", "temporal", "scotoma", "and", "photopsias", "in", "the", "left", "eye", "of", "three", "days", "'", "duration", ".", "The", "patient", "had", "presented", "two", "previous", "episodes", "of", "acute", "temporal", "scotoma", "in", "the", "left", "eye", "in", "the", "last", "five", "years", ",", "which", "had", "been", "controlled", "in", "the", "Neuroophthalmology", "Section", "and", "had", "been", "labelled", "as", "Toxoplasma", "optic", "neuritis", "due", "to", "the", "finding", "of", "positive", "IgG", "serology", "and", "weak", "positive", "IgM", "serology", "at", "the", "debut", "of", "the", "disease", ".", "These", "two", "episodes", "had", "been", "treated", "with", "co-trimoxazole", "and", "prednisone", "and", "the", "temporal", "scotoma", "resolved", "ad", "integrum", ".", "On", "examination", "at", "the", "Uveitis", "Unit", ",", "visual", "acuity", "(", "VA", ")", "was", "1", "in", "both", "eyes", ",", "no", "pupillary", "abnormalities", "were", "observed", ",", "the", "anterior", "segment", "was", "normal", "and", "intraocular", "pressure", "was", "12", "mmHg", "in", "both", "eyes", ".", "The", "fundus", "of", "the", "right", "eye", "was", "normal", "and", "the", "left", "eye", "showed", "a", "non-inflamed", "vitreous", ",", "the", "presence", "of", "two", "foci", "of", "chorioretinitis", "and", "a", "well-defined", "optic", "disc", "with", "normal", "colouring", ".", "A", "visual", "field", "examination", "showed", "a", "temporal", "and", "inferior", "arcuate", "scotoma", ".", "Fundus", "autofluorescence", "showed", "an", "area", "of", "hyperautofluorescence", "around", "the", "optic", "disc", "extending", "around", "the", "superior", "temporal", "arcade", ".", "Optical", "coherence", "tomography", "(", "OCT", ")", "showed", "significant", "thinning", "of", "the", "outer", "nuclear", "layer", "and", "disruption", "of", "the", "outer", "limiting", "membrane", "and", "ellipsoid", "zone", "in", "the", "area", "of", "hyperautofluorescence", ".", "At", "that", "time", "we", "ruled", "out", "the", "diagnosis", "of", "toxoplasmic", "optic", "neuritis", "and", ",", "given", "the", "history", ",", "the", "findings", "of", "temporal", "scotoma", "without", "optic", "nerve", "involvement", "and", "the", "evidence", "of", "outer", "retinal", "alterations", "according", "to", "OCT", "and", "autofluorescence", ",", "we", "established", "the", "diagnosis", "of", "acute", "idiopathic", "blind", "spot", "enlargement", "syndrome", "(", "AIBSE", ")", ",", "associated", "with", "chorioretinal", "manifestations", ".", "Treatment", "with", "prednisone", "30", "mg", "/", "day", "in", "decreasing", "doses", "was", "started", "and", "at", "the", "last", "follow-up", ",", "six", "months", "later", ",", "VA", "was", "1", "in", "both", "eyes", ",", "autofluorescence", "showed", "a", "smaller", "size", "of", "the", "hyperautofluorescence", "area", "and", "OCT", "showed", "a", "recovery", "of", "the", "outer", "retinal", "structure", ".", "The", "visual", "field", "had", "also", "improved", ",", "although", "there", "was", "still", "an", "increase", "in", "the", "blind", "spot", "and", "an", "inferior", "scotoma", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 301, "end": 308 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 496, "end": 506 } ]

[ "A", "47-year-old", "man", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", "arrived", "at", "the", "Emergency", "Department", "in", "medical", "transport", ",", "unaccompanied", ".", "He", "presented", "with", "acute", "confusional", "syndrome", "accompanied", "by", "a", "fever", "of", "38oC", ",", "and", "it", "was", "not", "possible", "to", "establish", "a", "chronology", "of", "symptoms", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "neurological", "condition", ".", "In", "the", "neurological", "examination", ",", "the", "patient", "'", "s", "gaze", "was", "notable", ",", "with", "nystagmus", "to", "the", "right", "and", "inability", "to", "look", "to", "the", "left", ",", "as", "well", "as", "mid", "mydriatic", ",", "hyper-reactive", "pupils", ",", "without", "meningismus", ",", "and", "without", "signs", "of", "intracranial", "hypertension", ",", "with", "indifferent", "cutaneous-plantar", "reflex", ",", "and", "without", "other", "alterations", "of", "interest", ".", "In", "the", "rest", "of", "the", "physical", "examination", ",", "cardiorespiratory", ",", "abdominal", "and", "limb", "examination", ",", "there", "were", "no", "significant", "alterations", "at", "the", "time", "of", "the", "initial", "assessment", ".", "In", "view", "of", "the", "suspected", "central", "nervous", "system", "infection", ",", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2g", "every", "24", "hours", "and", "acyclovir", "800", "mg", "every", "8", "hours", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "requested", "on", "the", "patient", "'", "s", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", "showed", "leukocytosis", "of", "21", ",", "650", "cells", "/", "μL", "with", "80", "%", "neutrophilia", ",", "with", "normality", "of", "the", "other", "two", "series", "of", "the", "haemogram", ".", "Biochemistry", "showed", "a", "random", "glycaemia", "of", "169", "mg", "/", "dL", ",", "with", "normal", "renal", "function", "and", "normal", "ions", ",", "as", "well", "as", "CRP", "2", ".", "5", "mg", "/", "dL", ".", "Coagulation", "without", "alterations", ".", "Venous", "blood", "gases", "showed", "pH", "7", ".", "31", ",", "pCO2", "36", "mmHg", ",", "pO2", "67", "mmHg", ",", "HCO3", "18", ".", "1", "mEq", "/", "L", ",", "and", "lactate", "5", ".", "2", "mmol", "/", "L", ".", "Blood", ",", "urine", "and", "gastric", "juice", "were", "negative", "for", "toxins", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "where", "no", "significant", "alterations", "were", "detected", ".", "With", "these", "results", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "with", "clear", "cerebrospinal", "fluid", ",", "normal", "pressure", ",", "with", "the", "following", "data", "in", "the", "cytochemistry", ":", "protein", "133", "mg", "/", "dL", ",", "glucose", "77", "mg", "/", "dL", ",", "leukocytes", "77", "with", "94", "%", "mononuclear", ",", "3", "red", "blood", "cells", ".", "While", "still", "in", "the", "ED", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "worsened", "abruptly", "and", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Critical", "Care", "Unit", ",", "where", "he", "suffered", "a", "partial", "tonic-clonic", "seizure", "in", "the", "left", "upper", "limb", "with", "secondary", "generalisation", ",", "which", "subsided", "after", "administration", "of", "10", "mg", "of", "intravenous", "diazepam", ".", "After", "the", "coma", "episode", ",", "in", "a", "coma", "with", "post-critical", "state", ",", "he", "presented", "6", "points", "on", "the", "Glasgow", "scale", "and", "it", "was", "decided", "to", "intubate", "him", "orotracheally", ",", "connect", "him", "to", "mechanical", "ventilation", "and", "admit", "him", "to", "the", "ICU", ",", "where", "he", "also", "required", "vasoactive", "drugs", "due", "to", "haemodynamic", "instability", "(", "systolic", "blood", "pressure", "80", "mmHg", ")", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "the", "patient", "regained", "haemodynamic", "stability", "with", "the", "use", "of", "noradrenaline", ",", "tolerating", "its", "progressive", "withdrawal", "until", "it", "was", "discontinued", ".", "Similarly", ",", "there", "was", "a", "progressive", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "which", "allowed", "mechanical", "ventilation", "to", "be", "withdrawn", "and", "extubation", ",", "with", "progressive", "improvement", "in", "cognitive", "level", "until", "Glasgow", "15", "was", "reached", ".", "The", "antibiotic", "regimen", "initiated", "in", "the", "ED", "was", "maintained", "and", "treatment", "with", "phenytoin", "was", "started", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "a", "patient", "with", "acute", "confusional", "syndrome", ",", "motor", "focality", "and", "fever", ",", "the", "first", "diagnosis", "to", "consider", ",", "due", "to", "its", "severity", "and", "prognostic", "implications", ",", "is", "the", "existence", "of", "a", "central", "nervous", "system", "infection", ",", "fundamentally", "of", "the", "encephalitis", "type", ".", "In", "our", "environment", ",", "in", "immunocompetent", "patients", ",", "viral", "encephalitis", "is", "the", "most", "frequent", "cause", ",", "being", "secondary", "to", "enterovirus", ",", "and", "the", "one", "with", "the", "highest", "morbidity", "and", "mortality", "rate", "is", "infection", "by", "herpes", "simplex", "virus", "type", "1", ",", "although", "other", "viral", "agents", "such", "as", "Toscana", "virus", ",", "varicella-zoster", "virus", ",", "etc", ".", "cannot", "be", "ruled", "out", ".", "There", "are", "other", "notable", "causes", "of", "meningoencephalitis", "with", "clear", "fluid", ",", "such", "as", "bacterial", "(", "Mycobacterium", "tuberculosis", ",", "Treponema", "pallidum", ",", "etc", ".", ")", "or", "fungal", "infections", ",", "or", "non-infectious", "causes", "such", "as", "paraneoplastic", ",", "secondary", "to", "drugs", ",", "venous", "thrombosis", "of", "subdural", "sinuses", ",", "or", "those", "associated", "with", "immune-mediated", "systemic", "diseases", "(", "systemic", "lupus", "erythematosus", ",", "Behçet", "'", "s", "disease", ",", "sarcoidosis", ",", "etc", ".", ")", "or", "vasculitis", ".", "Evolution", "Given", "the", "satisfactory", "evolution", "of", "the", "patient", "in", "the", "ICU", ",", "with", "no", "recurrence", "of", "seizure", "activity", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", "of", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ".", "The", "detailed", "neurological", "examination", "carried", "out", "at", "that", "time", "highlighted", "the", "existence", "of", "anisocoria", ",", "with", "mydriatic", "right", "pupil", ",", "scarcely", "reactive", "to", "light", "and", "moderately", "reactive", "to", "accommodation", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "cranial", "nerves", "normal", ";", "a", "certain", "2", "/", "5", "paresis", "of", "the", "extensor", "muscles", "of", "the", "right", "hand", "persisted", ",", "with", "the", "supinator", "of", "that", "side", "affected", "with", "preservation", "of", "the", "triceps", "and", "the", "right", "ulnar", "and", "median", "muscles", "being", "normal", ";", "osteotendinous", "reflexes", "alive", ";", "bilateral", "skin-plantar", "flexor", "reflex", ";", "somewhat", "diminished", "vibratory", "sensitivity", "in", "the", "ankles", ",", "moderate", "bilateral", "finger-nose", "dysmetry", ",", "as", "well", "as", "a", "moderately", "ataxic", "gait", ",", "with", "opening", "of", "the", "base", "of", "support", ",", "with", "tandem", "walking", "impossible", "without", "assistance", ";", "Romberg", "negative", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "alterations", "of", "interest", ".", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", ",", "transthoracic", "echocardiography", "was", "requested", ",", "with", "no", "significant", "structural", "alterations", "or", "signs", "of", "infective", "endocarditis", ".", "Venous", "blood", "cultures", "taken", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", "were", "negative", ".", "A", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "scan", "with", "leptomeningeal", "contrast", "uptake", "was", "also", "performed", ",", "without", "parenchymal", "alterations", ";", "the", "angio-resonance", "of", "the", "Willis", "polygon", "showed", "the", "existence", "of", "a", "3-mm", "saccular", "aneurysm", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "middle", "cerebral", "artery", ".", "The", "electroencephalographic", "study", "showed", "right", "temporal", "intermittent", "rhythmic", "theta", "focal", "activity", ".", "The", "microbiological", "study", "of", "cerebrospinal", "fluid", "requested", "in", "the", "emergency", "department", "was", "negative", ",", "both", "the", "usual", "culture", "and", "the", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", ")", "1", "and", "2", ",", "enterovirus", "and", "varicella-zoster", "virus", ".", "In", "addition", ",", "serology", "was", "requested", "for", "syphilis", "with", "the", "following", "result", ":", "RPR", "1", "/", "128", ",", "positive", "Ig", "G", "+", "Ig", "M", "syphilis", ",", "and", "positive", "FTAABS", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "a", "new", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "persistence", "of", "hyperproteinorrachia", "and", "pleocytosis", "with", "predominance", "of", "mononuclear", "cells", ",", "negativity", "of", "new", "HSV", "PCR", ",", "and", "positive", "RPR", "detection", "in", "cerebrospinal", "fluid", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "neurological", "disorders", ",", "given", "that", "the", "patient", "was", "allergic", "to", "penicillin", "and", "there", "was", "no", "option", "of", "desensitising", "therapy", ",", "treatment", "with", "ceftriaxone", "was", "maintained", "for", "14", "days", ",", "with", "marked", "clinical", "improvement", "in", "the", "patient", ",", "with", "pupillary", "normalisation", ",", "no", "residual", "paresis", "and", "no", "new", "seizures", ",", "which", "led", "to", "hospital", "discharge", "with", "close", "follow-up", "in", "the", "clinic", "to", "monitor", "the", "response", "to", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Neurological", ":", "syphilitic", "meningitis", "versus", "meningovascular", "syphilis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 278, "end": 285 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 349, "end": 356 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1027, "end": 1034 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1856, "end": 1863 }, { "text": "Critical", "label": "SPECIES", "start": 1932, "end": 1940 }, { "text": "critical", "label": "SPECIES", "start": 2169, "end": 2177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2481, "end": 2488 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3639, "end": 3665 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 3667, "end": 3685 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3628, "end": 3637 }, { "text": "herpes simplex virus type 1", "label": "SPECIES", "start": 3418, "end": 3445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4016, "end": 4023 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 5773, "end": 5776 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 5787, "end": 5798 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 5803, "end": 5825 }, { "text": "herpes simplex virus (HSV) 1", "label": "SPECIES", "start": 5751, "end": 5779 }, { "text": "herpes simplex virus (HSV) 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 5751, "end": 5785 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 6144, "end": 6147 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5867, "end": 5875 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5935, "end": 5943 }, { "text": "FTAABS", "label": "SPECIES", "start": 5958, "end": 5964 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6265, "end": 6272 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6445, "end": 6452 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 6706, "end": 6714 } ]

[ "Anamnesis", "A", "74-year-old", "woman", ",", "hypertensive", ",", "dyslipidaemic", "and", "with", "chronic", "heart", "failure", ",", "on", "treatment", "with", "amlodipine", ",", "enalapril", "and", "lovastatin", ";", "she", "came", "to", "the", "neurology", "department", "for", "a", "progressive", "clinical", "picture", "of", "two", "months", "'", "evolution", ",", "consisting", "of", "occasional", "episodes", "of", "disconnection", "from", "the", "environment", "with", "\"", "jerking", "\"", "movements", "in", "the", "left", "upper", "limb", "lasting", "seconds", ".", "Family", "members", "also", "reported", "memory", "lapses", ",", "delusions", "and", "visual", "and", "auditory", "hallucinations", ".", "There", "was", "no", "fever", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "In", "view", "of", "the", "rapid", "clinical", "evolution", ",", "hospital", "admission", "was", "scheduled", ".", "Physical", "examination", "The", "systemic", "examination", "was", "normal", ".", "Blood", "pressure", "and", "heart", "rate", "were", "good", ".", "Neurological", "examination", ":", "the", "patient", "was", "conscious", ",", "spatially", "disoriented", ".", "Inattentive", ".", "She", "had", "fixation", "and", "short-term", "memory", "deficits", ".", "She", "could", "name", "and", "repeat", "well", ",", "but", "failed", "to", "understand", "simple", "commands", ".", "Calculation", "was", "preserved", ".", "Isolated", "spontaneous", "left", "arm", "myoclonus", "at", "rest", ".", "Cranial", "nerves", ",", "strength", ",", "sensation", ",", "coordination", ",", "standing", "and", "walking", "were", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", "and", "coagulation", ":", "normal", ".", "Biochemistry", ":", "sodium", "123", ",", "osm", "243", ",", "ammonium", "normal", ",", "TSH", "7", ".", "42", ",", "T3", "and", "T4", "normal", ",", "all", "other", "parameters", "were", "normal", ".", "Antinuclear", "antibodies", ",", "RF", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "normal", ".", "Mirror", "oligoclonal", "bands", ",", "electrophoresis", ",", "B12", "and", "folic", "acid", "were", "normal", ".", "Serology", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "syphilis", "and", "Borrelia", "negative", ".", "-", "Electrocardiogram", "normal", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "vascular", "redistribution", "pattern", "compatible", "with", "chronic", "heart", "failure", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", ":", "25", "leucocytes", "(", "lymphocytes", ")", ",", "normal", "glucorrachia", "and", "proteinorrachia", ".", "No", "microorganisms", "were", "observed", "in", "the", "gram", ".", "Neurotropos", "virus", "PCR", "negative", ".", "ADA", "negative", ".", "Cytology", "showed", "chronic", "inflammation", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "pseudoperiodic", "polymorphic", "slow", "potential", "bursts", "accompanied", "by", "suppression", "of", "brain", "activity", "in", "the", "right", "hemisphere", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "(", "at", "baseline", ")", ":", "normal", ".", "Cranial", "MRI", "(", "one", "month", "after", "admission", ")", ":", "extensive", "hyperintense", "lesion", "in", "FLAIR", "and", "T2", ",", "affecting", "the", "right", "temporal", "and", "occipital", "lobe", "of", "cortical", "predominance", "with", "involvement", "of", "the", "hippocampus", ",", "which", "showed", "diffusion", "restriction", ".", "Cranial", "MRI", ",", "FLAIR", "sequence", ":", "extensive", "hyperintense", "lesion", "affecting", "the", "right", "temporal", "and", "occipital", "lobe", ",", "cortical", "predominance", ".", "Cranial", "MRI", ",", "diffusion", "sequence", "(", "DWI", ")", ":", "signal", "restriction", "in", "the", "right", "parietal", "lobe", ".", "-", "Body", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "thyroid", "nodule", ",", "with", "no", "other", "relevant", "findings", ".", "-", "Thyroid", "ultrasound", ":", "thyroid", "nodule", "of", "benign", "appearance", ".", "Fine-needle", "aspiration", "(", "FNA", ")", "of", "the", "thyroid", ":", "ruled", "out", "malignancy", ".", "She", "was", "assessed", "in", "the", "Endocrinology", "Department", "and", "started", "treatment", "with", "levothyroxine", "for", "subclinical", "hypothyroidism", ".", "-", "Negative", "antithyroid", "antibodies", ".", "Negative", "antineuronal", "antibodies", "(", "during", "admission", ")", ".", "Anti-LGI1", "positive", "(", "received", "one", "year", "after", "admission", ")", ".", "Diagnosis", "Limbic", "encephalitis", "due", "to", "anti-LGI1", "antibodies", ".", "Treatment", "and", "evolution", "On", "the", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "a", "picture", "of", "disconnection", "from", "the", "environment", "with", "ocular", "clonus", ",", "oral", "automatisms", ",", "cephalic", "and", "trunk", "version", "to", "the", "left", ",", "guttural", "noises", "and", "fluctuating", "paresis", "of", "the", "left", "upper", "limb", ",", "lasting", "about", "two", "minutes", ",", "compatible", "with", "a", "partial", "seizure", ",", "for", "which", "treatment", "with", "phenytoin", "was", "started", ".", "These", "epileptic", "seizures", "recurred", ",", "affecting", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "and", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "with", "a", "diagnosis", "of", "status", "epilepticus", ".", "After", "24", "hours", ",", "there", "was", "a", "partial", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "she", "was", "admitted", "to", "the", "neurology", "ward", ".", "With", "a", "suspected", "diagnosis", "of", "probable", "subacute-chronic", "encephalitis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "methylprednisolone", "1", "g", "/", "24", "h", "i", ".", "v", ".", ",", "which", "was", "maintained", "for", "five", "days", "and", "a", "subsequent", "tapering", "course", "of", "steroids", ".", "Acyclovir", "i", ".", "v", ".", "was", "added", "(", "80", "mg", "/", "8", "h", ")", ".", "(", "80", "mg", "/", "8", "h", ")", "and", "phenytoin", "100", "mg", "/", "8", "h", "was", "maintained", ".", "The", "second", "cranial", "MRI", "confirmed", "temporal", "lobe", "involvement", "suggestive", "of", "limbic", "encephalitis", ",", "which", "had", "not", "been", "seen", "in", "the", "MRI", "performed", "on", "admission", ",", "so", "screening", "was", "performed", "to", "rule", "out", "infectious", ",", "systemic", "or", "tumour", "disease", ",", "which", "was", "negative", ".", "The", "patient", "had", "a", "torpid", "evolution", "and", "remained", "in", "hospital", "for", "three", "months", ".", "She", "presented", "significant", "fluctuations", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "sensory", "motor", "deficit", "in", "the", "left", "hemibody", "and", "epileptic", "seizures", "that", "required", "adjustment", "of", "antiepileptic", "treatment", "on", "several", "occasions", "(", "levetiracetam", ",", "clonazepam", ",", "carbamazepine", ",", "phenytoin", ")", ".", "Hyponatraemia", "was", "also", "corrected", ".", "At", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "alert", ",", "oriented", "in", "time", "and", "space", ",", "with", "coherent", "and", "better", "structured", "speech", "than", "on", "admission", ",", "but", "recent", "memory", "lapses", "persisted", ",", "a", "left", "hemiparesis", "(", "4", "+", "/", "5", ")", ",", "with", "left", "hemihypoaesthesia", "and", "left", "homonymous", "hemianopsia", ".", "MMSE", "at", "discharge", "28", ".", "The", "patient", "has", "been", "attending", "Neurology", "consultations", "regularly", "since", "then", ".", "Approximately", "one", "year", "after", "admission", ",", "the", "results", "of", "the", "onconeuronal", "antibodies", "sent", "to", "the", "Centre", "of", "Paraneoplastic", "Disorders", "of", "the", "University", "of", "Pennsylvania", "(", "Philadelphia", ")", "were", "received", ",", "detecting", "positivity", "for", "anti-LGI1", "antibodies", "in", "our", "patient", "'", "s", "serum", ".", "Since", "then", ",", "two", "years", "have", "passed", ",", "during", "which", "time", "the", "patient", "has", "been", "seen", "in", "neurology", "consultations", ",", "has", "experienced", "progressive", "improvement", ",", "and", "has", "not", "presented", "epileptic", "seizures", "again", ",", "although", "the", "memory", "lapses", "and", "left", "hemiparesis", "persist", ".", "No", "tumour", "lesion", "has", "been", "detected", "to", "date", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 382, "end": 388 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 732, "end": 739 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1472, "end": 1480 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1459, "end": 1467 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1404, "end": 1432 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1434, "end": 1457 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1701, "end": 1715 }, { "text": "Neurotropos virus", "label": "SPECIES", "start": 1743, "end": 1760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3137, "end": 3144 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4297, "end": 4304 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4687, "end": 4694 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4947, "end": 4954 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5267, "end": 5274 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5341, "end": 5348 } ]

[ "A", "76-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "type", "II", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", ",", "hypercholesterolemia", "and", "chronic", "renal", "failure", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "with", "general", "malaise", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "episodes", "of", "profuse", "sweating", "without", "chest", "pain", ".", "Five", "days", "earlier", "he", "had", "been", "discharged", "from", "hospital", "after", "two", "stents", "had", "been", "placed", "for", "ischaemic", "heart", "disease", ".", "He", "was", "admitted", "with", "leukocytosis", "with", "left", "shift", ",", "acute", "renal", "failure", ",", "normochromic", "normocytic", "anaemia", "and", "a", "CRP", "of", "112mg", "/", "L", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "complete", "right", "bundle", "branch", "block", "and", "second-degree", "atrioventricular", "block", ".", "During", "the", "first", "days", "of", "admission", "to", "the", "ICU", "he", "was", "afebrile", ",", "with", "rising", "leukocytosis", "without", "clear", "focus", ",", "and", "showing", "some", "episodes", "of", "temporospatial", "disorientation", "with", "psychomotor", "agitation", ".", "Treatment", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "was", "started", "and", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "a", "small", "occipital", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "On", "the", "sixth", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "fever", "over", "38oC", ",", "with", "tachypnoea", "and", "increased", "respiratory", "work", "with", "severe", "metabolic", "acidosis", ",", "accompanied", "by", "a", "deterioration", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "Urine", ",", "bronchial", "aspirate", "and", "blood", "samples", "were", "collected", "for", "culture", ".", "The", "following", "day", "the", "microbiology", "laboratory", "reported", "that", "two", "blood", "cultures", "grew", "gram-positive", "cocci", "in", "clusters", "which", "were", "later", "identified", "as", "non-beta-lactamase-producing", "Staphylococcus", "lugdunensis", ".", "Following", "this", "result", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "adjusted", "according", "to", "the", "antibiogram", "to", "cloxacillin", "and", "gentamicin", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "showing", "two", "vegetations", "on", "the", "atrial", "side", "of", "the", "mitral", "valve", ",", "one", "in", "the", "septal", "leaflet", "measuring", "12", "x", "12", "mm", "and", "the", "other", "in", "the", "posterior", "leaflet", "measuring", "13", "x", "12", "mm", ",", "indicating", "moderate", "mitral", "insufficiency", ".", "Surgery", "for", "valve", "replacement", "was", "considered", ",", "but", "the", "patient", "died", "before", "surgery", "could", "be", "performed", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "mitral", "endocarditis", "on", "native", "valve", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "gram-positive cocci in clusters", "label": "SPECIES", "start": 1378, "end": 1409 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 129, "end": 136 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 995, "end": 1002 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1931, "end": 1938 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1983, "end": 1990 } ]

[ "Male", "patient", ",", "white", ",", "34", "years", "old", ",", "with", "positive", "serology", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "since", "2004", ",", "classified", "as", "AIDS", "in", "2006", "when", "he", "was", "diagnosed", "with", "pulmonary", "TB", "by", "smear", "microscopy", ".", "At", "the", "time", ",", "he", "was", "treated", "with", "the", "conventional", "treatment", "regimen", "(", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", ")", "according", "to", "the", "National", "Tuberculosis", "Control", "Programme", "in", "Cuba", ",", "with", "adequate", "adherence", ".", "Subsequently", ",", "once", "treatment", "was", "completed", ",", "he", "was", "discharged", ",", "asymptomatic", ",", "with", "a", "favourable", "evolution", "and", "total", "cure", ".", "Since", "that", "year", ",", "he", "started", "antiretroviral", "therapy", "with", "stavudine", "/", "lamivudine", "/", "abacavir", ",", "which", "he", "maintained", "until", "2012", ",", "when", "he", "switched", "to", "abacavir", "/", "lamivudine", "/", "lopinavir", "/", "ritonavir", "due", "to", "treatment", "failure", ".", "In", "June", "2014", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "IPK", "Hospital", ",", "reporting", "fever", "of", "about", "two", "months", "'", "duration", ",", "intermittent", ",", "in", "the", "evening", ",", "accompanied", "by", "profuse", "sweating", "and", "significant", "weight", "loss", ".", "In", "addition", ",", "from", "the", "onset", "of", "fever", ",", "the", "patient", "had", "dysuria", "and", "was", "given", "several", "antibiotics", "(", "sulfaprim", ",", "ciprofloxacin", ",", "gentamicin", ")", "with", "no", "response", "to", "treatment", ".", "One", "week", "prior", "to", "admission", ",", "the", "patient", "reported", "passing", "̈", "gas", "during", "urination", "̈", "and", "̈", "orin", "from", "the", "rectum", "̈", ".", "During", "his", "admission", ",", "the", "described", "features", "of", "fever", "were", "noted", ",", "in", "addition", "to", "the", "presence", "of", "a", "recto-vesical", "fistula", ".", "Physical", "examination", "of", "the", "skin", "revealed", "an", "ulcerated", "lesion", "on", "the", "anterior", "left", "hemithorax", ",", "3", "mm", "in", "size", ",", "with", "drainage", "of", "purulent", "discharge", "about", "two", "months", "earlier", ".", "The", "patient", "'", "s", "wife", "had", "been", "hospitalised", "at", "the", "IPK", "since", "the", "same", "date", "for", "gynaecological", "manifestations", ".", "The", "wife", "died", "of", "disseminated", "mycobacteriosis", "as", "the", "main", "cause", "of", "death", ".", "The", "patient", "underwent", "complementary", "studies", "on", "admission", ".", "Imaging", "Abdominal", "ultrasound", ":", "small", "periaortic", "and", "peripancreatic", "lymphadenopathies", "were", "observed", ",", "the", "largest", "measuring", "18", "x", "13", "mm", ".", "In", "addition", ",", "bladder", "with", "cellularity", "at", "the", "level", "of", "the", "bladder", "floor", ",", "irregular", "wall", "with", "thickening", "of", "8", ".", "7", "mm", "in", "an", "extension", "of", "40", "mm", ".", "Computed", "axial", "tomography", "of", "the", "abdomen", ":", "bladder", "with", "irregular", "lower", "contour", "with", "a", "defect", "of", "fullness", "with", "a", "vegetating", "aspect", ".", "X-ray", "of", "the", "pelvis", ":", "fracture", "line", "of", "the", "left", "lamina", "of", "L5", ".", "Chest", "X-ray", ":", "no", "pleuropulmonary", "alterations", ".", "Molecular", "testing", "Molecular", "detection", "of", "M", ".", "tuberculosis", "in", "urine", ":", "Deoxyribonucleic", "acid", "(", "DNA", ")", "was", "extracted", "from", "three", "morning", "urines", "of", "the", "patient", "according", "to", "the", "methodology", "described", "by", "Sechi", "et", "al", ".", "Subsequently", ",", "PCR", "was", "performed", "using", "the", "M", ".", "tuberculosis", "IS", "6110", "insertion", "sequence", ".", "6", "Bacteriological", "culture", "Culture", "of", "acid-fast", "bacilli", "from", "skin", "lesions", "in", "Lowenstein-Jensen", "medium", ":", "identification", "of", "M", ".", "tuberculosis", "with", "coding", ".", "With", "these", "elements", ",", "in", "July", "2014", ",", "treatment", "for", "extrapulmonary", "TB", "(", "TBGU", ")", "was", "initiated", ".", "In", "addition", ",", "a", "change", "of", "antiretroviral", "treatment", "with", "truvada", "/", "efavirenz", "was", "performed", ".", "In", "September", "2014", ",", "the", "patient", "was", "re-evaluated", "and", "found", "to", "be", "afebrile", ",", "denying", "urinary", "symptoms", ",", "no", "urine", "expulsion", "from", "the", "rectum", "or", "discharge", "from", "the", "skin", ",", "with", "weight", "gain", "and", "a", "favourable", "clinical", "course", ".", "He", "continues", "with", "the", "first", "phase", "of", "anti-TB", "treatment", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 92, "end": 95 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 558, "end": 572 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 179, "end": 195 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 62, "end": 90 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 967, "end": 974 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1124, "end": 1131 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 1511, "end": 1515 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 1608, "end": 1612 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1501, "end": 1508 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1683, "end": 1690 } ]

[ "Lactande", "of", "9", "months", ",", "with", "no", "PA", "of", "interest", "or", "previous", "admissions", ",", "was", "admitted", "after", "presenting", "with", "repeated", "persistent", "vomiting", ",", "with", "significant", "weakness", ",", "pallor", "and", "hypotonia", ".", "After", "admission", ",", "blood", "tests", "were", "performed", ",", "serum", "therapy", "and", "an", "absolute", "diet", "were", "administered", ",", "and", "the", "patient", "improved", "dramatically", "in", "the", "first", "few", "hours", ".", "The", "blood", "test", "showed", "metabolic", "acidosis", "with", "no", "signs", "of", "infection", ".", "Everything", "returned", "to", "normal", "in", "the", "first", "12", "hours", ",", "with", "no", "new", "symptoms", ".", "Three", "weeks", "later", ",", "she", "was", "admitted", "again", "for", "a", "similar", "condition", ",", "with", "the", "same", "evolution", ".", "In", "this", "second", "episode", ",", "the", "mother", "related", "the", "vomiting", "to", "food", ".", "On", "both", "occasions", "she", "had", "eaten", "panga", "uns", "2-3", "hours", "earlier", ".", "Specific", "IgE", "was", "performed", "for", "the", "most", "common", "food", "allergens", "at", "this", "age", ",", "and", "was", "negative", "for", "fish", "and", "positive", "for", "other", "foods", ".", "Months", "after", "the", "second", "admission", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "provocation", "test", "with", "panga", ",", "which", "was", "positive", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 608, "end": 614 }, { "text": "Lactande", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "panga", "label": "SPECIES", "start": 677, "end": 682 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 803, "end": 807 }, { "text": "panga", "label": "SPECIES", "start": 923, "end": 928 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "ILLNESS", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Male", ",", "53", "years", "old", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Family", "history", "Mother", "died", "suddenly", "at", "the", "age", "of", "72", ".", "Maternal", "uncle", "died", "in", "operating", "theatre", "during", "anaesthetic", "induction", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", "Smoker", "of", "about", "30", "pack-years", "Non-drinker", "No", "hypertension", ",", "DM", "or", "LD", "No", "known", "cardiological", "history", "Other", ":", "reactive", "depression", "Treatments", ":", "omeprazole", "and", "deprax", "Current", "illness", "53-year-old", "patient", "who", "consults", "for", "syncope", ".", "First", "syncope", "18", "months", "ago", ",", "when", "she", "consulted", "this", "centre", ",", "but", "requested", "voluntary", "discharge", "before", "the", "aetiology", "could", "be", "studied", ".", "Repeated", "another", "6", "times", ",", "with", "prodromes", "-", "loss", "of", "consciousness", "-", "rapid", "recovery", ".", "One", "of", "them", "at", "rest", ".", "Physical", "examination", "COC", ".", "Afebrile", ".", "A", ":", "100", "/", "60", ".", "HR", ":", "55", "bpm", ".", "BEG", ".", "NHNC", ".", "Normal", "PC", ".", "Arterial", "pulse", "bisferiens", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "RsCsRs", "with", "systolic", "murmur", "III", "/", "VI", "with", "preserved", "s2", "in", "aortic", "focus", "irradiated", "to", "the", "rest", "of", "foci", ".", "Decrease", "in", "murmur", "until", "it", "disappeared", "with", "squatting", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Soft", ",", "non-painful", "abdomen", "with", "no", "masses", "or", "megaliths", ".", "Positive", "radial", "and", "pedial", "arterial", "pulses", ",", "bilateral", "and", "symmetrical", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Blood", "count", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", ":", "no", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiothoracic", "index", "normal", ",", "without", "condensation", "or", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "with", "LV", "enlargement", "and", "signs", "of", "overload", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "LA", "moderately", "dilated", "(", "33", "cm2", "and", "4", ".", "5", "cm", ")", ".", "LV", "with", "severe", "hypertrophy", "of", "septal", "predominance", "(", "23", "mm", ")", ",", "not", "dilated", ",", "with", "preserved", "systolic", "function", ".", "Mitral", "SAM", ".", "LVOT", "obstruction", "with", "maximum", "gradient", "111", "mmHg", ",", "baseline", ".", "Severe", "eccentric", "MI", ".", "Telemetry", "during", "hospitalisation", ":", "no", "rhythm", "alterations", ".", "EVOLUTION", "Patient", "admitted", "to", "Cardiology", "for", "syncope", "under", "study", ".", "Auscultation", "revealed", "a", "murmur", "that", "decreased", "with", "manoeuvres", "that", "increased", "ventricular", "volume", "(", "increased", "afterload", "with", "squatting", ")", "and", "an", "ECG", "with", "criteria", "of", "left", "ventricular", "hypertrophy", "and", "a", "bisferiens", "arterial", "pulse", ",", "for", "which", "he", "was", "admitted", "with", "the", "suspicion", "of", "obstructive", "hypertrophic", "cardiomyopathy", ".", "This", "suspicion", "was", "confirmed", "by", "echocardiography", ",", "which", "revealed", "atrial", "dilatation", "and", "obstruction", "of", "the", "left", "ventricular", "outflow", "tract", ".", "The", "patient", "was", "monitored", "with", "telemetry", "from", "admission", ",", "and", "no", "arrhythmic", "events", "were", "observed", ".", "In", "accordance", "with", "the", "new", "guidelines", "on", "hypertrophic", "cardiomyopathy", ",", "the", "risk", "of", "sudden", "death", "at", "5", "years", "was", "calculated", ",", "with", "a", "result", "of", "more", "than", "6", "%", ",", "and", "therefore", "the", "implantation", "of", "a", "defibrillator", "was", "recommended", ".", "Consent", "was", "obtained", "both", "for", "ICD", "implantation", "and", "for", "blood", "extraction", "for", "genetic", "study", ",", "and", "a", "family", "study", "of", "the", "index", "case", "was", "begun", ".", "DIAGNOSIS", "Index", "case", "obstructive", "hypertrophic", "cardiomyopathy", ".", "Secondary", "syncope", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 50, "end": 54 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 96, "end": 102 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 111, "end": 117 }, { "text": "Maternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 150, "end": 164 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 439, "end": 446 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1748, "end": 1755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2258, "end": 2265 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2668, "end": 2674 }, { "text": "index case", "label": "HUMAN", "start": 2688, "end": 2698 }, { "text": "Index case", "label": "HUMAN", "start": 2721, "end": 2731 } ]

[ "Anamnesis", "A", "55-year-old", "man", "attended", "the", "Internal", "Medicine", "outpatient", "clinic", "in", "May", "2013", "for", "general", "malaise", "and", "a", "feeling", "of", "chest", "tightness", ".", "His", "personal", "history", "of", "interest", "included", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "being", "treated", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "hypertension", "and", "hypercholesterolemia", ",", "smoker", "of", "80", "packs", "/", "year", ".", "Independent", "in", "activities", "of", "daily", "living", ",", "working", "in", "a", "butcher", "'", "s", "shop", ".", "Physical", "examination", "He", "was", "in", "good", "general", "condition", "with", "PS-ECOG", "1", ",", "with", "an", "unremarkable", "physical", "examination", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "with", "deviation", "to", "the", "left", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "values", "being", "unremarkable", "and", "tumour", "markers", "within", "normal", "limits", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "upper", "mediastinal", "widening", "with", "increased", "density", "in", "the", "retrotracheal", "area", ",", "and", "a", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "a", "mass", "/", "lymphadenopathy", "with", "heterogeneous", "uptake", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "paramediastinum", "in", "the", "upper", "lobe", ",", "6cm", "in", "diameter", ",", "contacting", "the", "right", "posterolateral", "wall", "of", "the", "trachea", "and", "the", "lateral", "wall", "of", "the", "oesophagus", ",", "with", "probable", "infiltration", "of", "both", ".", "Subcentimetric", "right", "upper", "right", "paratracheal", "and", "retrotracheal", "subcentimetric", "adenopathies", ".", "Completing", "the", "study", "with", "PET-CT", ",", "malignant", "pulmonary", "neoformation", "was", "confirmed", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "with", "mediastinal", "infiltration", "without", "other", "signs", "of", "extension", ".", "The", "pathological", "anatomy", "was", "compatible", "with", "adenocarcinoma", "(", "EGFR", "-", ",", "ALK", "-", ")", ".", "Diagnosis", "It", "was", "a", "T4N1MO", ",", "EIIIA", ",", "EGFRwt", "and", "ALK-rearranged", "adenocarcinoma", "of", "the", "lung", ".", "Treatment", "Between", "June", "and", "September", "2013", "he", "received", "treatment", "with", "chemotherapy", "(", "CDDP", "75", "mg", "/", "m2", "iv", "d1", "+", "oral", "Navelbine", "60mg", "/", "m2", "vo", "d1", "and", "8", "every", "21", "days", ")", "and", "concomitant", "radiotherapy", ",", "with", "partial", "radiological", "response", ".", "In", "October", "2014", ",", "he", "presented", "with", "disease", "progression", "due", "to", "an", "increase", "in", "the", "size", "of", "the", "lung", "mass", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "(", "LSD", ")", ",", "treated", "with", "chemotherapy", "with", "Carboplatin", "AUC5", "iv", "d1", "+", "Paclitaxel", "175mg", "/", "m2", "iv", "d1", "every", "21", "days", "x", "3", "cycles", ",", "followed", "by", "re-irradiation", "of", "the", "primary", "tumour", ",", "which", "ended", "in", "January", "2015", "with", "disease", "stability", ".", "In", "May", "2015", ",", "disease", "progression", "was", "observed", "at", "the", "local", "and", "medistinal", "lymph", "node", "level", ",", "with", "an", "increase", "in", "the", "size", "of", "the", "lesions", "and", "hypermetabolism", "on", "PET-CT", ".", "The", "patient", "reported", "intense", "asthenia", "and", "generalised", "osteoarticular", "pain", "that", "limited", "his", "daily", "activity", ".", "He", "started", "third-line", "treatment", "with", "Nivolumab", "3mg", "/", "kg", "every", "14", "days", ".", "He", "showed", "rapid", "clinical", "improvement", "and", "radiological", "stability", "of", "the", "tumour", "lesions", ",", "with", "complete", "metabolic", "response", "on", "PET-CT", "after", "the", "5th", "cycle", "of", "treatment", ".", "Evolution", "In", "April", "2016", ",", "after", "18", "cycles", "of", "Nivolumab", ",", "the", "patient", "reported", "recurrence", "of", "asthenia", ",", "together", "with", "progressive", "dyspnoea", "of", "several", "days", "'", "evolution", "until", "it", "became", "moderate", "exertion", "and", "a", "dry", ",", "non-productive", "cough", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "A", "CT", "scan", "was", "performed", "which", "showed", "persistence", "of", "the", "lung", "mass", "in", "the", "LSD", ",", "with", "signs", "of", "mediastinal", "invasion", "and", "encasement", "of", "the", "right", "main", "bronchus", ".", "It", "was", "associated", "with", "peripheral", "subpleural", "and", "minimally", "peribronchial", "condensations", "limited", "by", "cystole", "plus", "the", "presence", "of", "multiple", "bilateral", "nodular", "images", "in", "ground", "glass", ",", "with", "inverse", "halo", "sign", "in", "the", "context", "of", "organising", "pneumonia", ".", "Significant", "hilar", "and", "mediastinal", "adenopathic", "growth", "was", "seen", ".", "Given", "the", "context", "of", "the", "patient", ",", "these", "findings", "could", "correspond", "to", "atypical", "presentation", "of", "mediastinal", "lung", "and", "lymph", "node", "disease", "vs", ".", "changes", "secondary", "to", "pulmonary", "toxicity", "due", "to", "QT", ".", "Assess", "the", "infectious", "environment", ".", "In", "addition", ",", "in", "view", "of", "the", "CT", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "fibrobronchoscopy", ",", "with", "a", "right", "tree", "with", "complete", "occlusion", "of", "the", "apical", "segment", "of", "the", "upper", "lobe", "bronchus", "and", "almost", "complete", "occlusion", "of", "the", "other", "segment", ",", "due", "to", "intense", "mucosal", "oedema", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "of", "the", "upper", "lobar", "bronchus", ",", "obtaining", "negative", "cytology", "results", "for", "malignant", "cells", ",", "negative", "PCR", "M", ".", "Tuberculosis", "and", "B", ".", "A", ".", "A", ".", "R", "and", "no", "growth", "in", "bacteriological", "culture", "and", "fungal", "culture", ".", "After", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "without", "finding", "an", "evident", "infectious", "process", "and", "with", "suspicion", "of", "anti-PD1", "as", "the", "cause", "of", "the", "pulmonary", "pathology", ",", "it", "was", "decided", "to", "suspend", "Nivolumab", "and", "start", "Dexamethasone", "12mg", "/", "day", ",", "in", "a", "descending", "pattern", ".", "Clinically", ",", "therefore", ",", "it", "was", "a", "grade", "2", "pneumonitis", ",", "and", "the", "patient", "was", "symptomatic", "and", "did", "not", "require", "oxygen", "therapy", ".", "The", "patient", "rapidly", "improved", "clinically", ",", "with", "a", "decrease", "in", "asthenia", "and", "disappearance", "of", "the", "respiratory", "symptoms", ",", "and", "remained", "asymptomatic", ".", "A", "re-evaluation", "CT", "scan", "was", "performed", "one", "month", "later", ",", "showing", "minimal", "residual", "subpleural", "and", "peribronchial", "condensation", "in", "LSD", "with", "significant", "reduction", "with", "respect", "to", "the", "previous", "study", ",", "plus", "disappearance", "of", "the", "nodular", "lesions", "in", "ground-glass", "appearance", "with", "inverse", "halo", "sign", ".", "No", "significant", "changes", "were", "seen", "in", "the", "lung", "mass", ".", "Significant", "radiological", "improvement", "due", "to", "complete", "disappearance", "of", "bilateral", "pseudonodular", "images", "and", "subtotal", "disappearance", "of", "subpleural", "and", "peribronchial", "condensations", "in", "LSD", ".", "Due", "to", "the", "fact", "that", "it", "was", "grade", "2", "pneumonitis", "with", "complete", "resolution", "after", "treatment", "and", "the", "good", "response", "of", "the", "tumour", "disease", "that", "was", "being", "obtained", "with", "Nivolumab", ",", "it", "was", "decided", "to", "reintroduce", "it", "again", ",", "thus", "scheduling", "the", "19th", "cycle", "of", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 147, "end": 155 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2234, "end": 2241 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2630, "end": 2637 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3324, "end": 3331 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 3979, "end": 3994 }, { "text": "B.A.A.R", "label": "SPECIES", "start": 3954, "end": 3961 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 3622, "end": 3626 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4343, "end": 4350 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4407, "end": 4414 } ]

[ "A", "73-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hyperuricaemia", "and", "depression", ",", "who", "in", "April", "2017", ",", "and", "without", "previous", "trauma", ",", "presented", "with", "coccygeal", "pain", "radiating", "to", "the", "lower", "limbs", "of", "progressive", "intensity", ",", "leading", "to", "several", "visits", "to", "the", "emergency", "department", ".", "She", "visited", "the", "internal", "medicine", "department", "in", "September", "2017", "due", "to", "a", "10kg", "weight", "loss", ",", "hyporexia", "and", "occasional", "profuse", "sweating", "associated", "with", "the", "described", "low", "back", "pain", ",", "with", "normal", "initial", "EF", ".", "Analytically", ",", "renal", "function", ",", "ionogram", ",", "liver", "and", "thyroid", "profile", ",", "proteinogram", ",", "haemogram", "and", "coagulation", "were", "normal", ",", "with", "negative", "tumour", "markers", "except", "for", "slightly", "elevated", "Cyfra", "21", ".", "1", "and", "negative", "serology", "for", "HIV", "and", "hepatotropic", "viruses", ".", "Basic", "radiological", "studies", "(", "chest", "and", "spine", ")", "were", "normal", ".", "The", "weight", "loss", "progressed", ",", "so", "the", "study", "was", "completed", "with", "MRI", "of", "the", "dorsal", "and", "lumbar", "spine", ",", "bone", "scintigraphy", "and", "abdominal", "thoracic", "CT", "scan", ",", "all", "of", "which", "were", "normal", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "worsened", ",", "reporting", "intense", "asthenia", "and", "difficulty", "standing", "upright", ",", "and", "a", "PET-CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "inflammatory", "uptake", "in", "the", "rectal-anal", "mucosa", ".", "Over", "the", "course", "of", "10", "days", "he", "developed", "an", "associated", "high", "fever", ".", "On", "ET", ",", "BP", "107", "/", "64", "mmHg", ",", "HR", "100", "bpm", "and", "Ta38", ".", "3o", ",", "requiring", "admission", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", "330", ".", "55", "mg", "/", "L", ",", "ESR", "61", "mm", "/", "h", ",", "leukocytosis", "23200", "/", "Ul", ")", ",", "macrocytic", "anaemia", ",", "hypolipidaemia", ",", "CK", "1090", "U", "/", "L", "and", "impaired", "renal", "function", ".", "The", "control", "chest-abdomen", "CT", "scan", "showed", "oedematisation", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "at", "perineal", "and", "scrotal", "level", ",", "peri-regional", "air", "dissection", "and", "inflammatory", "changes", "in", "the", "inguinal", "canal", ",", "extraperitoneal", "pelvis", "and", "gluteal", "region", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 671, "end": 674 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 679, "end": 699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 952, "end": 959 } ]

[ "", "A", "74-year-old", "man", "from", "Wuhan", "presented", "with", "fever", "(", "38", "C", ")", ",", "dry", "cough", "and", "fatigue", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "lungs", "showed", "ground-glass", "changes", ".", "A", "pharyngeal", "swab", "was", "positive", "for", "COVID-19", "nucleic", "acid", ".", "Treatment", "consisted", "of", "hydroxychloroquine", ",", "lopinavir", "/", "ritonavir", ",", "thymosin", "and", "methylprednisolone", ".", "On", "day", "12", "after", "admission", ",", "a", "rash", "appeared", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "showed", "diffuse", ",", "irregular", "and", "partially", "confluent", "wheals", "all", "over", "the", "body", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "COVID-19", "pneumonia", "and", "secondary", "urticaria", "of", "undetermined", "origin", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 362, "end": 369 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 450, "end": 457 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 } ]

[ "", "A", "53-year-old", "man", "with", "no", "medical", "or", "psychiatric", "history", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "following", "an", "apparent", "suicide", "attempt", "by", "ingesting", "an", "unknown", "amount", "of", "bleach", "from", "a", "bottle", ".", "On", "initial", "examination", ",", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "although", "uncooperative", "due", "to", "epigastric", "pain", ".", "He", "refused", "to", "answer", "most", "of", "the", "primary", "care", "team", "'", "s", "questions", ".", "Examination", "of", "the", "mouth", "revealed", "abrasion", "of", "the", "right", "lower", "lip", ",", "with", "no", "oropharyngeal", "lesions", ".", "The", "wife", ",", "who", "accompanied", "him", ",", "stated", "that", "she", "was", "puzzled", "by", "her", "husband", "'", "s", "action", ".", "The", "wife", "reported", "that", "her", "husband", "had", "been", "\"", "in", "good", "health", ",", "normal", ",", "happy", "and", "had", "never", "done", "anything", "like", "this", "before", "\"", ".", "She", "also", "stated", "that", "he", "had", "not", "complained", "of", "fever", ",", "cough", "or", "had", "any", "recent", "illness", ".", "She", "did", "not", "know", "why", "her", "husband", "might", "have", "ingested", "bleach", ".", "The", "patient", "was", "uncooperative", "during", "the", "psychiatric", "interview", "because", "of", "his", "apparent", "cultural", "stigma", ".", "He", "repeated", "that", "\"", "I", "don", "'", "t", "need", "any", "shrink", ";", "I", "am", "not", "crazy", "\"", ".", "The", "urine", "toxicology", "screen", "was", "negative", ".", "Our", "initial", "recommendation", "was", "psychiatric", "hospitalisation", "after", "medical", "clearance", ".", "While", "in", "the", "emergency", "room", ",", "he", "developed", "fever", "(", "temperature", ":", "38", ".", "7", "oC", ")", ",", "tachycardia", "(", "pulse", ":", "120", "bpm", ")", "and", "increased", "transaminases", "and", "urea", "nitrogen", ".", "Chest", "X-ray", "revealed", "an", "opacity", "in", "the", "upper", "lobe", "of", "the", "right", "lung", ",", "indicative", "of", "possible", "COVID-19", "pneumonia", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", "for", "treatment", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "1000", "mg", "ceftriaxone", "i", ".", "v", ".", "daily", ",", "250", "mg", "azithromycin", "orally", "daily", "and", "200", "mg", "hydroxychloroquine", "orally", "twice", "daily", ".", "For", "the", "next", "5", "days", "he", "remained", "uncooperative", ",", "refused", "meals", "and", "reported", "lack", "of", "appetite", ";", "he", "also", "refused", "i", ".", "v", ".", "medication", "on", "occasion", ".", "The", "nursing", "staff", "noted", "that", "the", "patient", "was", "\"", "singing", "to", "himself", "\"", "but", "could", "be", "given", "verbal", "cues", ".", "He", "denied", "planning", "or", "attempting", "suicide", ".", "Infection", "with", "coronavirus", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", "was", "confirmed", "by", "real-time", "RT-PCR", "from", "nasopharyngeal", "swab", ".", "There", "were", "no", "focal", "neurological", "deficits", "or", "apparent", "cognitive", "impairment", ".", "On", "day", "6", "of", "hospitalisation", "a", "Montreal", "Cognitive", "Assessment", "Test", "was", "performed", ".", "The", "patient", "scored", "26", "out", "of", "30", ";", "he", "lost", "one", "point", "on", "the", "visuospatial", "test", ",", "one", "point", "for", "not", "naming", "the", "rhinoceros", ",", "one", "point", "on", "the", "7", "by", "7", "subtraction", "and", "one", "point", "on", "the", "delayed", "recall", ".", "A", "total", "of", "3", "doses", "of", "5", "mg", "of", "intramuscular", "olanzapine", "were", "administered", "intermittently", ",", "to", "manage", "the", "patient", "'", "s", "nervousness", ",", "on", "days", "3", ",", "7", "and", "8", ".", "On", "day", "6", "of", "hospitalisation", ",", "he", "presented", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "due", "to", "COVID-19", ".", "He", "also", "presented", "chills", "and", "continued", "with", "hyperthermia", ".", "He", "began", "to", "improve", "on", "day", "10", "of", "hospitalisation", ",", "with", "less", "need", "for", "oxygen", "therapy", ",", "and", "was", "more", "cooperative", "during", "examinations", ".", "On", "the", "12th", "day", "of", "hospitalisation", ",", "a", "non-contrast", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "with", "irrelevant", "results", ".", "No", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ".", "On", "the", "12th", "day", "of", "hospitalisation", "he", "was", "able", "to", "discuss", "his", "auditory", "hallucinations", "in", "detail", ".", "He", "reported", "that", "his", "initial", "symptom", "was", "an", "auditory", "hallucination", "in", "the", "form", "of", "a", "repeated", "command", "by", "a", "single", "unrecognisable", "voice", ",", "which", "started", "one", "day", "before", "his", "bleach", "ingestion", ".", "He", "was", "unsure", "of", "the", "sex", "of", "the", "voice", ",", "but", "noted", "that", "it", "sounded", "\"", "demonic", "\"", "and", "that", "he", "heard", "it", "externally", ".", "The", "voice", "initially", "told", "him", "to", "\"", "jump", "off", "the", "bridge", "\"", "and", "then", "\"", "go", "to", "the", "kitchen", "and", "drink", "bleach", "\"", ".", "He", "reported", "feeling", "confused", "and", "terrified", ".", "He", "explained", "that", ",", "in", "the", "end", ",", "he", "ingested", "bleach", "not", "to", "commit", "suicide", ",", "but", "because", "\"", "the", "voice", "was", "getting", "louder", "and", "louder", "and", "more", "insistent", "\"", ".", "He", "denied", "having", "suffered", "from", "auditory", "hallucinations", "in", "the", "past", ",", "as", "well", "as", "the", "repetition", "of", "the", "hallucinations", "during", "hospitalisation", ".", "He", "also", "denied", "having", "used", "drugs", ",", "alcohol", "or", "tobacco", ".", "He", "denied", "having", "had", "suicidal", "thoughts", "or", "attempts", ",", "currently", "or", "in", "the", "past", ".", "He", "was", "aware", "of", "future", "goals", "and", "situations", "and", "was", "affectively", "reactive", ".", "He", "denied", "past", "or", "current", "symptoms", "of", "mood", "or", "anxiety", "disturbances", ".", "Since", "the", "implementation", "of", "the", "confinement", "directives", ",", "he", "reported", "that", "he", "had", "been", "able", "to", "continue", "his", "work", "as", "an", "office", "worker", ";", "his", "wife", ",", "a", "school", "teacher", ",", "and", "his", "21-year-old", "son", ",", "a", "web", "developer", ",", "also", "worked", "from", "home", ".", "Prior", "to", "hospitalisation", ",", "he", "had", "experienced", "some", "distress", "about", "COVID-19", ",", "but", "said", "he", "felt", "fortunate", "to", "be", "able", "to", "be", "at", "home", "and", "tried", "to", "\"", "keep", "his", "mind", "and", "body", "busy", "\"", ".", "He", "denied", "having", "acute", "stressors", "in", "his", "personal", "relationships", ",", "work", "or", "financial", "situation", ".", "The", "patient", "'", "s", "anamnesis", "and", "the", "absence", "of", "previous", "psychiatric", "illnesses", "was", "confirmed", "by", "information", "obtained", "from", "his", "wife", "and", "general", "practitioner", ".", "The", "psychiatric", "team", "authorised", "his", "discharge", "to", "a", "sub-acute", "rehabilitation", "centre", ".", "The", "diagnostic", "impression", "at", "discharge", "was", "psychotic", "disorder", "associated", "with", "another", "medical", "process", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1906, "end": 1916 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 458, "end": 462 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 542, "end": 546 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 4124, "end": 4128 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 4598, "end": 4602 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 4168, "end": 4171 } ]

[ "Anamnesis", "A", "70-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "metastatic", "adenocarcinoma", "of", "the", "rectum", ",", "on", "treatment", "with", "FOLFOX-cetuximab", "for", "3", "months", ".", "No", "known", "diabetic", "or", "other", "history", "of", "interest", ".", "He", "had", "been", "admitted", "for", "treatment", "of", "obstructive", "atelectasis", "of", "metastatic", "origin", "and", "had", "been", "receiving", "oral", "corticosteroids", "since", "admission", "to", "control", "dyspnoea", ".", "Physical", "examination", "During", "his", "stay", "the", "patient", "developed", "a", "blackish", "papule", "with", "erythematous-violaceous", "halo", "on", "the", "left", "lower", "limb", ",", "with", "no", "other", "skin", "lesions", ".", "The", "lesion", "rapidly", "progressed", "to", "a", "necrotic", "plaque", "4", "cm", "in", "diameter", ",", "very", "painful", ",", "with", "irregular", "borders", "and", "a", "large", "homogeneous", "purpuric", "halo", ".", "No", "clear", "cutaneous", "entry", "site", "was", "found", ".", "It", "could", "only", "be", "related", "to", "a", "urine", "collection", "bag", "that", "the", "patient", "had", "carried", "on", "the", "limb", ",", "close", "to", "the", "initial", "skin", "lesion", ".", "There", "were", "no", "systemic", "symptoms", "either", ".", "Complementary", "examinations", "Several", "laboratory", "tests", "were", "carried", "out", "and", "showed", "no", "significant", "alterations", ".", "A", "deep", "biopsy", "of", "the", "ulcer", "revealed", "foci", "of", "ischaemic", "necrosis", "and", "numerous", "fungal", "emboli", "invading", "the", "vascular", "walls", "and", "underlying", "tissue", ".", "The", "fungus", "was", "a", "fungus", "with", "unseptoriated", "hyphae", ",", "later", "identified", "as", "Rhizopus", "oryzae", ".", "Diagnosis", "Having", "ruled", "out", "distant", "involvement", ",", "the", "diagnosis", "of", "primary", "cutaneous", "mucormycosis", "was", "established", ".", "Treatment", "and", "course", "Treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "liposomal", "amphotericin", "B", ",", "with", "favourable", "evolution", "until", "hospital", "discharge", ",", "followed", "by", "oral", "Posaconazole", "until", "review", "in", "one", "month", ".", "Surgical", "debridement", "of", "the", "lesion", "with", "skin", "grafting", "was", "also", "necessary", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 390, "end": 397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 758, "end": 765 }, { "text": "Rhizopus oryzae", "label": "SPECIES", "start": 1186, "end": 1201 } ]

[ "10-year-old", "girl", "diagnosed", "in", "another", "centre", "with", "nut", "allergy", "after", "mild", "peanut", "anaphylaxis", ".", "She", "follows", "a", "diet", "free", "of", "all", "nuts", "with", "no", "reactions", ".", "March", "2017", ":", "eating", "chicken", "curry", ",", "she", "developed", "immediate", "severe", "anaphylaxis", ",", "requiring", "urgent", "transfer", "to", "hospital", ".", "Allergological", "study", "after", "the", "reaction", ":", "positive", "skin", "tests", "(", "CT", ")", "for", "nuts", ",", "legumes", "and", "spices", ",", "all", "of", "which", "were", "removed", "from", "the", "diet", ".", "January", "2018", ":", "Allergological", "study", "at", "our", "centre", "to", "determine", "the", "food", "involved", "(", "skin", "tests", ",", "determination", "of", "specific", "IgE", "and", "SDS-PAGE", ".", "Negative", "commercial", "spice", "battery", ",", "Prick", "by", "Prick", "peanut", "(", "13", "mm", ")", ",", "Curry", "powder", "(", "18", ".", "5", "mm", ")", ".", "Prick", "by", "prick", "with", "curry", "components", "less", "than", "histamine", "except", "fenugreek", "(", "23", "mm", ")", ".", "IgE", "Peanut", ">", "100", "kU", "/", "L", ",", "Curry", "35", ".", "2", "kU", "/", "L", ",", "Fenugreek", "45", "kU", "/", "L", ",", "Ara", "h", "1", ">", "100", "KU", "/", "L", ",", "Ara", "h", "2", ">", "100", "kU", "/", "L", ",", "Ara", "h", "3", "36", "KU", "/", "L", "SDS-PAGE", ":", "banding", "pattern", "according", "to", "that", "described", "in", "the", "different", "studies", "for", "peanut", ".", "Curry", "and", "fenugreek", "extracts", "(", "grain", "and", "ground", ")", "show", "similar", "bands", ":", "22", ",", "28", "and", "50", "kDa", "(", "coinciding", "with", "some", "of", "those", "observed", "in", "peanut", ")", ".", "Inhibition", "study", "with", "peanut", "and", "fenugreek", "extracts", "in", "solid", "phase", ":", "peanut", "completely", "inhibits", "IgE", "binding", "of", "curry", "and", "fenugreek", "extracts", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 73, "end": 79 }, { "text": "chicken", "label": "SPECIES", "start": 167, "end": 174 }, { "text": "curry", "label": "SPECIES", "start": 175, "end": 180 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 592, "end": 598 }, { "text": "Peanut", "label": "SPECIES", "start": 719, "end": 725 }, { "text": "Curry", "label": "SPECIES", "start": 608, "end": 613 }, { "text": "curry", "label": "SPECIES", "start": 652, "end": 657 }, { "text": "Curry", "label": "SPECIES", "start": 738, "end": 743 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 696, "end": 705 }, { "text": "Fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 755, "end": 764 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 912, "end": 918 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1048, "end": 1054 }, { "text": "Curry", "label": "SPECIES", "start": 920, "end": 925 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 930, "end": 939 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1080, "end": 1086 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1126, "end": 1132 }, { "text": "curry", "label": "SPECIES", "start": 1168, "end": 1173 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 1091, "end": 1100 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 1178, "end": 1187 } ]

[ "This", "is", "a", "Spanish", "patient", ",", "a", "doctor", "by", "profession", ",", "who", "consulted", "for", "fever", "after", "returning", "from", "a", "trip", "to", "Ethiopia", ".", "Her", "personal", "history", "included", "smoking", "10", "cigarettes", "/", "day", ",", "and", "two", "episodes", "of", "acute", "pyelonephritis", "several", "years", "earlier", ".", "Prior", "to", "this", "trip", ",", "she", "had", "been", "to", "Nepal", "on", "two", "occasions", "(", "2", "and", "3", "years", "earlier", ")", ",", "both", "of", "which", "had", "been", "uneventful", ".", "Forty", "days", "before", "the", "date", "of", "the", "first", "consultation", ",", "he", "had", "returned", "from", "a", "scheduled", "guided", "tour", "of", "Ethiopia", "with", "13", "other", "hikers", "of", "various", "nationalities", ".", "They", "visited", "mainly", "rural", "areas", ",", "hiking", "in", "the", "Simiens", "Mountains", "in", "the", "Gondar", "area", "in", "the", "north", "of", "the", "country", ".", "Risky", "activities", "during", "the", "trip", "included", "consumption", "of", "unbottled", "water", "and", "local", "dairy", "products", ",", "walking", "barefoot", "in", "the", "terrain", ",", "contact", "with", "animals", "(", "goats", ",", "cows", "and", "dogs", ")", "and", "bathing", "in", "local", "rivers", "and", "pools", ".", "The", "patient", "attended", "the", "International", "Vaccination", "consultation", "one", "month", "before", "the", "trip", ".", "She", "had", "undergone", "malaria", "chemoprophylaxis", "with", "atovaquone-proguanil", "and", "was", "already", "correctly", "vaccinated", "against", "HAV", ",", "HBV", ",", "tetanus", ",", "typhoid", "fever", "and", "yellow", "fever", "from", "previous", "trips", ".", "A", "week", "after", "returning", "from", "this", "trip", ",", "she", "began", "with", "a", "dry", "cough", ",", "fever", "up", "to", "39", ".", "5oC", ",", "chills", "and", "generalised", "arthromyalgia", ",", "which", "she", "treated", "with", "paracetamol", ",", "ibuprofen", "and", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "for", "6", "days", ",", "with", "temporary", "disappearance", "of", "the", "symptoms", ".", "Subsequently", ",", "she", "again", "presented", "with", "high", "fever", ",", "headache", "and", "intense", "asthenia", ".", "In", "the", "last", "few", "days", "he", "also", "began", "to", "experience", "crampy", "abdominal", "pain", "and", "pasty", "stools", "with", "no", "pathological", "products", ".", "Between", "the", "two", "febrile", "periods", "he", "presented", "pruritic", "papules", "on", "both", "lower", "limbs", "that", "disappeared", "spontaneously", "in", "a", "few", "days", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "good", "general", "condition", ",", "with", "BP", "110", "/", "60mmHg", ",", "normal", "colour", "and", "eupnoea", ".", "There", "were", "no", "palpable", "lymph", "nodes", "or", "skin", "lesions", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "was", "normal", ",", "and", "the", "abdomen", "showed", "mild", "generalised", "hypersensitivity", "to", "deep", "palpation", ",", "with", "no", "visceromegaly", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "strictly", "normal", ".", "On", "the", "first", "visit", ",", "the", "following", "complementary", "examinations", "were", "requested", ":", "-", "Haemogram", ":", "Leukocytes", "7", ",", "810", "(", "57", "%", "neutrophils", ",", "23", "%", "lymphocytes", ",", "16", "%", "eosinophils", "-", "1", ",", "250", "Eos", "/", "mm3", ")", ";", "Hb", "13", ".", "8", "mg", "/", "dL", ";", "Ht", "41", ".", "9", "%", ";", "MCH", "25", ".", "3", ";", "MCV", "77", ";", "Platelets", "200", ",", "000", "/", "mm3", ".", "-", "Biochemistry", ":", "ALT", "56", "IU", "/", "L", ",", "AST", "32", "Ul", "/", "L", ",", "GGT", "96", "Ul", "/", "L", ",", "FA", "116", "IU", "/", "L", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "14", ".", "1", "mg", "/", "dL", ",", "Ig", "E", "67", "mg", "/", "dL", ".", "-", "Coagulation", "and", "urine", "sediment", ":", "normal", ".", "-", "Blood", "smear", ",", "rapid", "diagnostic", "test", "and", "PCR", "for", "malaria", ":", "negative", ".", "-", "Study", "of", "parasites", "in", "urine", "and", "faeces", "with", "concentration", "techniques", ":", "negative", ".", "-", "Blood", "cultures", ":", "negative", ".", "-", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "no", "alterations", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "summary", ",", "the", "patient", "was", "a", "46-year-old", "woman", ",", "with", "no", "relevant", "previous", "illnesses", ",", "who", "consulted", "for", "a", "prolonged", "fever", ",", "dry", "cough", ",", "generalised", "arthromyalgia", "and", "abdominal", "pain", "one", "week", "after", "returning", "from", "a", "trip", "to", "Ethiopia", "where", "she", "had", "undertaken", "various", "risky", "activities", "(", "drinking", "unbottled", "water", ",", "bathing", "in", "local", "rivers", ",", "etc", ".", ")", ".", "She", "had", "taken", "antimalarial", "prophylaxis", "and", "had", "been", "correctly", "vaccinated", ".", "In", "the", "general", "laboratory", "tests", ",", "the", "only", "notable", "findings", "were", "the", "presence", "of", "peripheral", "eosinophilia", "and", "a", "slight", "elevation", "of", "liver", "tests", ".", "The", "differential", "diagnosis", "in", "this", "patient", "should", "be", "based", "on", "fever", "after", "returning", "from", "a", "tropical", "region", "and", "eosinophilia", ".", "Initial", "microbiological", "studies", "were", "negative", ",", "as", "were", "the", "imaging", "tests", "ordered", ".", "The", "clinical", "picture", "of", "this", "patient", "is", "rather", "unspecific", ",", "although", "it", "suggests", "an", "infectious", "aetiology", ".", "In", "this", "regard", ",", "her", "epidemiological", "history", "and", "eosinophilia", "suggest", "a", "parasitic", "infection", ".", "Fever", "is", "one", "of", "the", "main", "reasons", "for", "consultation", "after", "travelling", "to", "a", "tropical", "area", ".", "The", "origin", "of", "fever", "varies", "considerably", "depending", "on", "the", "geographical", "area", ".", "In", "patients", "returning", "from", "sub-Saharan", "Africa", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "the", "most", "frequent", "cause", "and", "the", "first", "entity", "to", "be", "ruled", "out", "due", "to", "its", "potential", "severity", "is", "malaria", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "tests", "performed", "(", "blood", "smears", ",", "rapid", "diagnostic", "test", "and", "malaria", "PCR", ")", "were", "negative", ".", "Table", "1", "describes", "the", "diseases", "most", "frequently", "acquired", "after", "travelling", "to", "this", "region", "according", "to", "the", "mechanism", "of", "transmission", ".", "However", ",", "it", "should", "always", "be", "borne", "in", "mind", "that", "travellers", "may", "acquire", "other", "infections", "that", "are", "globally", "distributed", ",", "such", "as", "influenza", ",", "infectious", "mononucleosis", ",", "HIV", "infection", ",", "viral", "hepatitis", ",", "tuberculosis", ",", "brucellosis", ",", "rickettsiosis", "or", "Q2", "fever", ".", "Eosinophilia", "is", "defined", "as", "the", "presence", "of", "more", "than", "500", "eosinophils", "/", "mm3", "in", "peripheral", "blood3", ".", "It", "may", "be", "due", "to", "pharmacological", "causes", ",", "hypersensitivity", "reactions", ",", "non-allergic", "immunological", "diseases", ",", "neoplasias", ",", "endocrine-metabolic", "diseases", ",", "parasitic", "and", "non-parasitic", "infections", "such", "as", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "infection", ",", "chronic", "forms", "of", "tuberculosis", "or", "leprosy", ",", "some", "protozoa", "such", "as", "Isospora", "belli", ",", "and", "certain", "mycoses", "such", "as", "aspergillosis4", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", "from", "a", "tropical", "region", ",", "helminth", "infection", "is", "the", "most", "frequent", "cause", "and", ",", "like", "imported", "fever", ",", "depends", "on", "the", "risky", "activities", "the", "patient", "undertakes", "during", "travel5", ".", "Walking", "barefoot", "in", "the", "field", "is", "a", "risk", "factor", "for", "the", "acquisition", "of", "strongylodiasis", "and", "uncinariasis", ";", "contact", "with", "fresh", "water", "for", "the", "acquisition", "of", "schistosomiasis", ";", "the", "bite", "of", "certain", "mosquito", "/", "fly", "species", "for", "filariasis", ";", "eating", "watercress", "for", "fascioliasis", ",", "etc", ".", "In", "helminthiases", ",", "eosinophilia", "is", "specifically", "associated", "with", "tissue", "invasion", "and", "migration", "of", "parasites", ",", "with", "the", "degree", "of", "peripheral", "eosinophilia", "being", "proportional", "to", "the", "extent", "of", "tissue", "invasion", ".", "Table", "2", "describes", "the", "main", "imported", "parasitic", "infections", "that", "can", "cause", "eosinophilia", ".", "Evolution", "In", "addition", "to", "the", "complementary", "tests", "described", "above", ",", "serologies", "for", "Brucella", ",", "rickettsiae", ",", "Strongyloides", ",", "Schistosoma", "and", "Dengue", "were", "requested", "and", "were", "negative", ".", "On", "the", "first", "visit", ",", "and", "after", "receiving", "the", "initial", "analytical", "results", "showing", "eosinophilia", ",", "compatible", "clinical", "manifestations", "and", "the", "epidemiological", "history", "of", "bathing", "in", "fresh", "water", "in", "an", "area", "endemic", "for", "schistosomiasis", ",", "a", "diagnosis", "of", "Katayama", "fever", "(", "acute", "schistosomiasis", ")", "was", "made", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "praziquantel", "40", "mg", "/", "kg", "for", "3", "days", "and", "simultaneously", "with", "prednisone", "30", "mg", "/", "day", "for", "5", "days", ".", "The", "patient", "contacted", "fellow", "travellers", ".", "Three", "of", "them", ",", "English", ",", "had", "similar", "clinical", "symptoms", "(", "fever", ",", "eosinophilia", ",", "dry", "cough", "and", "abdominal", "pain", ")", ",", "as", "did", "the", "Romanian", "guide", "who", "was", "admitted", "to", "a", "hospital", "in", "his", "country", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "our", "patient", "was", "informed", "that", "Schistosoma", "mansoni", "eggs", "had", "been", "isolated", "from", "faeces", "in", "the", "three", "English", "patients", ".", "A", "Spanish", "travelling", "companion", "contacted", "us", "and", ",", "although", "he", "was", "asymptomatic", ",", "he", "was", "called", "in", "for", "evaluation", ",", "with", "a", "negative", "initial", "study", "(", "laboratory", "tests", ",", "serology", ",", "parasites", "in", "faeces", "and", "urine", ")", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "with", "disappearance", "of", "fever", ",", "pulmonary", "and", "gastrointestinal", "symptoms", ",", "as", "well", "as", "analytically", ",", "with", "a", "decrease", "in", "CRP", "and", "normalisation", "of", "eosinophilia", "and", "liver", "enzymes", "in", "subsequent", "controls", "during", "her", "follow-up", ".", "At", "4", "weeks", ",", "a", "second", "dose", "of", "praziquantel", "(", "40", "mg", "/", "kg", "3", "days", ")", "was", "administered", ".", "Parasite", "controls", "in", "faeces", "and", "urine", "at", "successive", "visits", "were", "negative", ",", "and", "Schistosoma", "serology", "repeated", "on", "2", "further", "occasions", "was", "also", "negative", ".", "The", "Spanish", "travel", "companion", "presented", "a", "seroconversion", "of", "Schistosoma", "serology", "at", "4", "months", ",", "receiving", "treatment", "with", "praziquantel", "at", "that", "time", ".", "The", "patient", ",", "like", "all", "her", "companions", ",", "had", "bathed", "in", "rivers", "in", "the", "area", ",", "which", "is", "the", "mechanism", "of", "transmission", "of", "schistosomiasis", ",", "as", "the", "larvae", "or", "cercariae", "move", "freely", "through", "the", "water", "and", "penetrate", "through", "healthy", "skin", ".", "The", "clinical", "picture", "was", "similar", "to", "that", "described", "in", "other", "hikers", "in", "whom", "the", "parasite", "egg", "was", "isolated", "in", "faeces", ".", "Therefore", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "schistosomiasis", "or", "Katayama", "syndrome", "or", "fever", ".", "Final", "diagnosis", "Katayama", "fever", "(", "acute", "schistosomiasis", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 35 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 18, "end": 25 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 120, "end": 128 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1048, "end": 1051 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1053, "end": 1056 }, { "text": "Vaccination", "label": "SPECIES", "start": 882, "end": 893 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 773, "end": 780 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 847, "end": 854 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 798, "end": 802 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 1029, "end": 1039 }, { "text": "goats", "label": "SPECIES", "start": 782, "end": 787 }, { "text": "cows", "label": "SPECIES", "start": 789, "end": 793 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 2538, "end": 2547 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 2788, "end": 2793 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2762, "end": 2769 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3335, "end": 3342 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 3145, "end": 3155 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3537, "end": 3544 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 3684, "end": 3693 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3694, "end": 3703 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4433, "end": 4436 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5001, "end": 5008 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5141, "end": 5148 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 4764, "end": 4773 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 4782, "end": 4791 }, { "text": "protozoa", "label": "SPECIES", "start": 4904, "end": 4912 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 4811, "end": 4839 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 4792, "end": 4802 }, { "text": "Isospora belli", "label": "SPECIES", "start": 4921, "end": 4935 }, { "text": "mosquito/fly species", "label": "SPECIES", "start": 5365, "end": 5385 }, { "text": "watercress", "label": "SPECIES", "start": 5409, "end": 5419 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 5683, "end": 5692 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 5540, "end": 5549 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 5693, "end": 5703 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 5815, "end": 5823 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 5853, "end": 5864 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6204, "end": 6211 }, { "text": "rickettsiae", "label": "SPECIES", "start": 5825, "end": 5836 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 5838, "end": 5851 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 5869, "end": 5875 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 6589, "end": 6600 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6324, "end": 6331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6563, "end": 6570 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6665, "end": 6673 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 6846, "end": 6855 }, { "text": "Schistosoma mansoni eggs", "label": "SPECIES", "start": 6589, "end": 6613 }, { "text": "travellers", "label": "HUMAN", "start": 6349, "end": 6359 } ]

[ "", "A", "5-year-old", "boy", ",", "with", "no", "relevant", "history", ",", "presented", "with", "fever", ",", "cough", "and", "abdominal", "pain", "of", "several", "days", "'", "evolution", ".", "His", "condition", "worsened", "to", "cardiogenic", "shock", "and", "he", "was", "transferred", "to", "our", "institution", ",", "where", "he", "tested", "positive", "for", "COVID-19", "antibodies", "and", "had", "high", "IL-6", "values", ".", "He", "developed", "pulmonary", "failure", "requiring", "extracorporeal", "membrane", "oxygenation", "(", "ECMO", ")", ".", "After", "5", "days", "of", "ECMO", ",", "right", "arreactive", "mydriasis", "was", "noted", ".", "His", "heparin", "was", "urgently", "cancelled", "and", "the", "cannula", "removed", ";", "an", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "revealed", "right", "middle", "cerebral", "artery", "infarction", ",", "cerebral", "oedema", "and", "diffuse", "contralateral", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "Following", "the", "CT", "scan", ",", "he", "also", "presented", "with", "left", "arreactive", "mydriasis", ".", "Reversal", "of", "his", "paralysis", "revealed", "absence", "of", "movement", "and", "brainstem", "reflexes", ".", "Brain", "death", "was", "confirmed", "3", "days", "later", ",", "after", "normalisation", "of", "his", "electrolytes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[]

[ "Anamnesis", "A", "57-year-old", "woman", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ",", "who", ",", "as", "a", "non-oncological", "history", "of", "interest", ",", "presented", "obesity", "treated", "surgically", "with", "gastric", "bypass", "in", "June", "2001", "as", "well", "as", "a", "left", "breast", "cyst", "resection", "in", "2009", ".", "She", "had", "no", "family", "history", "of", "cancer", ".", "The", "origin", "of", "the", "patient", "'", "s", "oncological", "history", "dates", "back", "to", "February", "2014", ",", "presenting", "as", "the", "first", "symptom", "a", "self-palpable", "nodule", "on", "the", "right", "breast", "with", "ultrasound-BAG", "compatible", "with", "a", "heterogeneous", "image", "of", "50x23", "mm", "in", "the", "outer", "quadrant", "of", "the", "right", "breast", "and", "a", "pathological", "anatomy", "that", "was", "positive", "for", "breast", "neoplasia", "CDI", "histological", "grade", "III", ",", "RHE", "-", ",", "RP", "-", ",", "HER2", "-", ",", "Ki67", "of", "75", "%", ".", "The", "PET-CT", "scan", "showed", "lymphadenopathies", "in", "the", "axillary", ",", "internal", "mammary", "and", "ipsilateral", "supraclavicular", "territories", "without", "images", "suggestive", "of", "systemic", "metastases", ".", "Our", "patient", "started", "neoadjuvant", "treatment", "with", "CBDP", "/", "docetaxel", "for", "six", "cycles", "between", "March", "and", "July", "2014", "and", "underwent", "modified", "right", "radical", "mastectomy", "in", "August", "2014", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "surgical", "specimen", "was", "compatible", "with", "triple", "negative", "IDC", "with", "a", "total", "of", "eleven", "affected", "nodes", "out", "of", "the", "25", "examined", ".", "Assessed", "as", "pT1N3M0", ",", "after", "the", "operation", ",", "our", "patient", "continued", "with", "adjuvant", "treatment", "according", "to", "the", "FEC", "scheme", "(", "5-Fluorouracil", ",", "epirubicin", "and", "cyclophosphamide", ")", "for", "three", "cycles", ",", "radiotherapy", "on", "the", "surgical", "site", "with", "a", "total", "dose", "of", "50", "Gy", "and", "letrozole", ".", "In", "February", "2015", ",", "a", "control", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "showed", "liver", "progression", ",", "with", "the", "appearance", "of", "three", "liver", "metastases", ",", "and", "a", "first", "line", "of", "treatment", "of", "metastatic", "disease", "with", "Capecitabine", "/", "Gemcitabine", "was", "started", "for", "a", "total", "of", "two", "cycles", "between", "February", "and", "March", "2015", ".", "In", "April", "2015", ",", "our", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "a", "72-hour", "history", "of", "sudden", "dyspnoea", ",", "chest", "pain", "and", "dry", "cough", "not", "associated", "with", "fever", "or", "expectoration", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "was", "preserved", ",", "she", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", "and", "her", "saturation", "level", "was", "88", "%", "on", "room", "air", ".", "Physical", "examination", "showed", "no", "alterations", "in", "pulmonary", "auscultation", "or", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "Complementary", "tests", "Analyses", "showed", "plateletopenia", "of", "28", "x10E9", "/", "L", "(", "normal", "range", "147-386", "x10E9", "/", "L", ")", "and", "an", "elevated", "D-dimer", "with", "no", "other", "alterations", "of", "interest", ".", "As", "part", "of", "the", "initial", "studies", ",", "an", "electrocardiogram", "was", "requested", ",", "which", "showed", "right", "bundle", "branch", "block", "not", "present", "in", "previous", "cases", ",", "with", "no", "other", "pathological", "findings", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "no", "signs", "of", "heart", "failure", "or", "images", "suggestive", "of", "an", "infectious", "process", ".", "In", "addition", ",", "given", "that", "this", "was", "a", "patient", "with", "obesity", "and", "recent", "onset", "of", "chest", "pain", ",", "myocardial", "damage", "enzymes", "were", "requested", "for", "analysis", ",", "which", "were", "found", "to", "be", "in", "the", "normal", "range", ".", "Following", "the", "results", "of", "the", "initial", "tests", ",", "and", "under", "the", "suspicion", "of", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "a", "pulmonary", "CT", "angiography", "was", "performed", "which", "showed", "an", "increase", "in", "the", "calibre", "of", "the", "pulmonary", "artery", "trunk", "(", "31", "mm", ")", "as", "well", "as", "signs", "of", "right", "ventricular", "overload", "and", "small", "patchy", "opacities", "in", "ground", "glass", "of", "subpleural", "location", "not", "present", "in", "previous", "studies", ",", "ruling", "out", "the", "presence", "of", "repletion", "defects", "in", "pulmonary", "arteries", "or", "parenchymal", "condensations", "indicative", "of", "an", "infectious", "process", ".", "Blood", "cultures", "were", "requested", "at", "admission", ",", "which", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "induced", "sputum", "and", "PCR", "for", "respiratory", "viruses", ",", "with", "no", "microbiological", "isolations", "in", "any", "of", "the", "samples", ".", "Analytically", ",", "the", "CA-15-3", "antigen", "was", "152", ".", "4", "U", "/", "mL", "(", "normal", "range", "0", ".", "0", "-", "35", ".", "0", "U", "/", "mL", ")", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "images", "suggestive", "of", "right", "overload", "by", "Angio-CT", "and", "chest", "pain", "symptoms", ",", "the", "patient", "was", "evaluated", "by", "Cardiology", ".", "An", "echocardiogram", "was", "performed", "which", "showed", "signs", "of", "right", "overload", ",", "displacement", "of", "the", "ventricular", "septum", "and", "absence", "of", "collapse", "of", "the", "inferior", "vena", "cava", "on", "inspiration", ",", "ruling", "out", "segmental", "alterations", "in", "ventricular", "contractility", "indicative", "of", "ischaemic", "heart", "disease", ".", "None", "of", "these", "findings", "were", "present", "in", "the", "echocardiogram", "prior", "to", "the", "start", "of", "cancer", "treatment", ".", "All", "the", "images", "described", "above", "in", "relation", "to", "the", "CT", "angiography", "and", "echocardiogram", ",", "together", "with", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", ",", "were", "compatible", "with", "acute", "pulmonary", "hypertension", ".", "Treatment", "Since", "our", "patient", "was", "in", "rapidly", "progressive", "respiratory", "failure", ",", "and", "although", "the", "clinical", "picture", "was", "not", "very", "suggestive", "of", "an", "infectious", "process", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "piperaziline", "/", "tazobactam", "and", "azithromycin", ",", "as", "well", "as", "high-flow", "oxygen", "therapy", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "evolved", "in", "a", "torpid", "manner", "with", "progressively", "higher", "oxygen", "therapy", "requirements", "and", "hypotension", "refractory", "to", "serum", "therapy", ",", "finally", "requiring", "the", "initiation", "of", "vasoactive", "support", "and", "cardiac", "monitoring", "48", "hours", "after", "her", "arrival", "at", "the", "ED", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "a", "woman", "with", "triple-negative", "breast", "cancer", "who", "had", "recently", "started", "first-line", "treatment", "with", "gemcitabine", "/", "capecitabine", "and", "presented", "with", "acute", "dyspnoea", "secondary", "to", "acute", "pulmonary", "hypertension", "of", "unclear", "cause", ",", "with", "infectious", "and", "cardiological", "aetiology", "having", "been", "ruled", "out", ".", "At", "this", "point", ",", "the", "option", "of", "a", "pulmonary", "tumour", "thrombotic", "microangiopathy", "was", "considered", "as", "the", "cause", "of", "the", "acute", "pulmonary", "hypertension", ".", "To", "complete", "the", "diagnosis", ",", "a", "scintigraphy", "was", "requested", "which", "showed", "small", "patchy", "repletion", "defects", "and", "a", "presumptive", "diagnosis", "was", "made", ".", "Our", "patient", "progressively", "developed", "right", "heart", "failure", "despite", "supportive", "measures", ".", "Intubation", "and", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "was", "performed", ",", "but", "the", "patient", "died", "96", "hours", "after", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", ".", "The", "necropsy", "report", "described", ",", "a", "posteriori", ",", "findings", "of", "massive", "thrombotic", "microangiopathy", "with", "pulmonary", "oedema", "and", "haemorrhage", "with", "the", "presence", "of", "tumour", "cells", "in", "the", "pulmonary", "capillary", "lumen", "in", "the", "form", "of", "emboli", "as", "well", "as", "signs", "of", "heart", "failure", "with", "cor", "pulmonale", ",", "cardiomegaly", "and", "dilatation", "of", "the", "right", "ventricle", ".", "Images", "attached", "to", "the", "report", "are", "shown", "below", ".", "All", "microbiological", "cultures", "of", "lung", ",", "liver", "and", "splenic", "tissue", "were", "negative", ".", "The", "ascitic", "and", "pericardial", "fluid", "as", "well", "as", "the", "blood", "cultures", "that", "were", "initially", "taken", "showed", "no", "microbiological", "isolates", ".", "The", "diagnosis", "of", "pulmonary", "tumour", "thrombotic", "microangiopathy", "was", "therefore", "definitive", "as", "the", "fundamental", "cause", "of", "the", "acute", "pulmonary", "hypertension", "and", "death", "of", "our", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 253, "end": 259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 297, "end": 304 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 843, "end": 850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1206, "end": 1213 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1719, "end": 1726 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1921, "end": 1928 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2614, "end": 2621 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 3365, "end": 3384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3623, "end": 3630 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4138, "end": 4145 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4230, "end": 4237 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4513, "end": 4520 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 4792, "end": 4797 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4778, "end": 4785 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5353, "end": 5360 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5509, "end": 5516 }, { "text": "microbiological isolates", "label": "SPECIES", "start": 6126, "end": 6150 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6316, "end": 6323 } ]

[ "The", "index", "case", "was", "a", "six-year-old", "girl", "from", "Pozuzo", ",", "department", "of", "Pasco", "(", "central", "jungle", ")", ",", "admitted", "to", "a", "hospital", "in", "the", "city", "of", "Lima", "in", "August", "2006", "for", "a", "febrile", "illness", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ".", "She", "began", "with", "upper", "respiratory", "symptoms", ",", "followed", "by", "general", "malaise", ",", "hyporexia", "and", "irritability", ".", "He", "had", "received", "antibiotics", "for", "a", "urinary", "tract", "infection", "(", "pyelonephritis", ")", ",", "without", "improvement", ",", "in", "a", "hospital", "in", "his", "homeland", ".", "On", "examination", "he", "presented", "fever", "of", "38", ".", "8", "°", "C", ",", "tachycardia", "and", "tachypnoea", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "oedema", "or", "inoculation", "chagomas", ".", "He", "presented", "with", "cervical", "and", "inguinal", "polyadenitis", "of", "0", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "and", "significant", "non-painful", "hepatosplenomegaly", ".", "Vital", "signs", "showed", "that", "tachycardia", "was", "not", "associated", "with", "fever", ".", "The", "haemogram", "showed", "15", ",", "100", "leukocytes", "with", "3", "%", "abastinates", ",", "38", "%", "segmented", "and", "56", "%", "lymphocytes", ";", "haemoglobin", "was", "11", ".", "8", "%", ",", "glutamic", "pyruvic", "transaminase", "(", "GPT", ")", "was", "183", "U", "/", "L", ",", "bilirubins", "were", "normal", "and", "urine", "examination", "showed", "the", "presence", "of", "urobilinogen", "and", "bile", "pigments", ".", "Agglutination", "tests", "for", "salmonellosis", "and", "Brucellosis", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "mild", "cardiomegaly", ",", "and", "the", "electrocardiogram", "showed", "tachycardia", "with", "T-wave", "inversion", "from", "V1", "to", "V4", ".", "Suspicion", "of", "malaria", "led", "to", "a", "thick", "blood", "smear", "and", "peripheral", "blood", "smear", ",", "which", "detected", "abundant", "trypomastigote", "forms", "of", "T", ".", "cruzi", ",", "which", "was", "confirmed", "by", "the", "Leishmaniasis", "and", "Chagas", "Laboratory", "of", "the", "National", "Institute", "of", "Health", ".", "Serological", "evaluation", "for", "anti-Trypanosoma", "cruzi", "antibodies", "by", "ELISA", "and", "IFA", "was", "reactive", ".", "Subsequently", ",", "we", "performed", "blood", "culture", "and", "xenodiagnosis", "to", "isolate", "the", "parasite", "and", "characterise", "it", "molecularly", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "Chagas", "disease", "with", "mild", "chagasic", "myocarditis", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "benznidazole", "at", "a", "dose", "of", "5mg", "/", "kg", "/", "d", ",", "achieving", "remission", "of", "fever", "on", "the", "tenth", "day", "of", "treatment", ",", "after", "which", "the", "clinical", "course", "was", "favourable", ".", "The", "detection", "of", "this", "case", "prompted", "a", "clinical", "and", "epidemiological", "investigation", "in", "Pozuzo", ".", "We", "defined", "the", "patient", "as", "the", "index", "case", "and", "enrolled", "13", "people", "as", "possible", "collaterals", "who", "met", "two", "inclusion", "criteria", ":", "family", "members", "who", "shared", "the", "same", "house", "as", "the", "index", "case", "or", "people", "who", "lived", "next", "door", "to", "the", "index", "case", ",", "who", "were", "examined", "clinically", "(", "general", "examination", "and", "preferential", "examination", "of", "the", "pulmonary", "and", "cardiovascular", "systems", ")", "and", "serologically", "for", "anti-T", ".", "cruzi", "antibodies", "by", "ELISA", "and", "IFA", ".", "We", "also", "investigated", "the", "characteristics", "of", "the", "index", "case", "'", "s", "home", ",", "the", "presence", "of", "vectors", "and", "the", "keeping", "of", "domestic", "animals", ",", "data", "that", "were", "recorded", "in", "a", "clinical-epidemiological", "record", ".", "The", "search", "for", "triatomines", "was", "carried", "out", "using", "the", "man-hour", "method", "by", "manual", "search", "in", "the", "intra", "-", "and", "peridomicile", "during", "the", "day", "and", "night", ".", "The", "house", "where", "the", "index", "case", "lives", "is", "located", "in", "a", "secondary", "forest", "about", "one", "kilometre", "from", "the", "village", "centre", ",", "and", "has", "water", ",", "drainage", "(", "groundwater", "well", ")", ",", "telephone", "and", "electricity", "installations", ".", "The", "walls", "are", "made", "of", "noble", "plastered", "material", "and", "the", "roof", "is", "made", "of", "calamine", ",", "with", "different", "characteristics", "to", "the", "typical", "Chagasic", "house", "of", "rustic", "material", ";", "but", "they", "raise", "chickens", ",", "ducks", ",", "geese", "and", "two", "dogs", ",", "which", "were", "examined", "for", "T", ".", "cruzi", "by", "means", "of", "xenodiagnosis", ".", "All", "respondents", "reported", "having", "encountered", "triatomines", "in", "their", "bedrooms", ",", "62", "%", "(", "8", "/", "13", ")", "had", "a", "history", "of", "being", "bitten", "by", "\"", "chirimachas", "\"", ",", "as", "they", "are", "popularly", "known", ",", "15", "%", "(", "2", "/", "13", ")", "had", "no", "history", "of", "exposure", "to", "triatomines", "and", "23", "%", "(", "3", "/", "13", ")", "did", "not", "know", ".", "Xenodiagnosis", "of", "two", "dogs", "in", "the", "household", "was", "negative", "for", "Trypanosoma", "on", "examination", "of", "intestinal", "contents", "at", "30", "and", "60", "days", "after", "nymph", "feeding", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "adult", "triatomines", ",", "nymphs", ",", "eggs", ",", "moults", "or", "traces", "in", "any", "of", "the", "homes", "surveyed", ";", "however", ",", "during", "the", "night", "search", ",", "two", "adult", "specimens", "were", "captured", "in", "the", "index", "case", "home", ".", "In", "addition", ",", "ten", "houses", "belonging", "to", "the", "locality", "of", "La", "Esperanza", ",", "close", "to", "the", "case", "house", "in", "the", "locality", "of", "Pozuzo", ",", "were", "visited", ",", "where", "no", "evidence", "of", "house", "infestation", "was", "found", "either", ".", "Days", "after", "the", "investigation", ",", "the", "local", "health", "establishment", "sent", "nine", "adult", "triatomine", "specimens", ",", "which", "had", "been", "captured", "and", "reported", "by", "the", "community", ".", "All", "the", "captured", "triatomines", "were", "identified", "as", "Panstrongylus", "geniculatus", ",", "according", "to", "the", "dichotomous", "keys", "where", "this", "species", "is", "included11", ",", "12", ".", "On", "microscopic", "examination", "of", "the", "digestive", "contents", ",", "two", "of", "the", "11", "specimens", "collected", "showed", "metacyclic", "trypomastigote", "forms", "of", "Trypanosoma", ",", "one", "of", "them", "from", "the", "dwelling", "of", "the", "index", "case", ".", "These", "strains", "have", "been", "isolated", "for", "further", "genetic", "characterisation", "." ]

[ 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "index case", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 14 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 34, "end": 38 }, { "text": "Trypanosoma", "label": "SPECIES", "start": 1469, "end": 1480 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1469, "end": 1486 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1603, "end": 1611 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1327, "end": 1335 }, { "text": "trypomastigote forms of T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1335 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1650, "end": 1657 }, { "text": "vectors", "label": "SPECIES", "start": 2499, "end": 2506 }, { "text": "triatomines", "label": "SPECIES", "start": 2621, "end": 2632 }, { "text": "index case", "label": "HUMAN", "start": 2770, "end": 2780 }, { "text": "ducks", "label": "SPECIES", "start": 3137, "end": 3142 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 3158, "end": 3162 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 3188, "end": 3196 }, { "text": "geese", "label": "SPECIES", "start": 3144, "end": 3149 }, { "text": "triatomines", "label": "SPECIES", "start": 3269, "end": 3280 }, { "text": "triatomines", "label": "SPECIES", "start": 3429, "end": 3440 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "12-year-old", "male", "born", "at", "term", "with", "forceps", "for", "stationary", "dilatation", ".", "Apgar", "and", "other", "postpartum", "examinations", "were", "normal", ".", "Rest", "was", "indicated", "during", "the", "last", "trimester", "of", "pregnancy", "due", "to", "threatened", "labour", ".", "During", "the", "postnatal", "period", "she", "presented", "delayed", "psychomotor", "development", ".", "At", "3", "years", "of", "age", ",", "she", "presented", "with", "absence", "seizures", "without", "subsequent", "epileptic", "seizures", "or", "need", "for", "treatment", ".", "Currently", ",", "she", "presents", "moderate", "mental", "retardation", ",", "learning", "difficulties", ",", "severe", "behavioural", "alterations", "in", "the", "autism", "spectrum", ",", "sphincter", "control", "deficit", "and", "attention", "deficit", "hyperactivity", "disorder", ",", "treated", "first", "with", "methylphenidate", "without", "improvement", "and", ",", "subsequently", "and", "up", "to", "the", "present", ",", "with", "antioxidants", "and", "improvement", "of", "the", "disorder", ".", "He", "also", "has", "social", "anxiety", "and", "extreme", "phobias", "to", "noises", "and", "animals", ",", "hypersensitivity", "to", "sounds", ",", "textures", "and", "certain", "foods", ",", "as", "well", "as", "chewing", "difficulties", "and", "secondary", "vomiting", ",", "generalised", "hypotonia", ",", "lax", "joints", ",", "valgus", "feet", "that", "have", "required", "surgery", ",", "and", "a", "significant", "sleep", "disturbance", "treated", "with", "melatonin", ".", "He", "has", "no", "cardiological", "or", "dysautonomic", "alterations", "or", "characteristic", "facial", "features", ".", "The", "patient", "has", "an", "older", "healthy", "brother", ",", "but", "has", "a", "second", "cousin", "on", "the", "maternal", "side", ",", "aged", "33", "years", ",", "diagnosed", "at", "the", "age", "of", "13", "years", "with", "FXS", "after", "genetic", "testing", ".", "At", "that", "time", "the", "entire", "maternal", "side", "of", "the", "family", "was", "genetically", "tested", "and", "it", "was", "reported", "orally", ",", "without", "a", "written", "report", ",", "that", "both", "the", "patient", "'", "s", "mother", "and", "her", "sisters", "were", "healthy", "carriers", ".", "This", "condition", "was", "not", "sufficiently", "appreciated", "by", "the", "family", "in", "the", "face", "of", "successive", "healthy", "children", "of", "the", "case", "patient", "'", "s", "sisters", "and", "healthy", "brother", ".", "The", "case", "patient", "'", "s", "mother", "did", "not", "receive", "genetic", "counselling", "or", "prenatal", "diagnosis", "indications", "in", "either", "of", "her", "two", "pregnancies", ".", "Only", "at", "her", "request", "was", "genetic", "testing", "performed", "in", "the", "postnatal", "period", "in", "both", "cases", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 827, "end": 834 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 34 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1633, "end": 1641 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1491, "end": 1497 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1712, "end": 1718 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1174, "end": 1181 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1481, "end": 1488 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1654, "end": 1661 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1702, "end": 1709 }, { "text": "second cousin", "label": "HUMAN", "start": 1222, "end": 1235 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1506, "end": 1513 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1664, "end": 1671 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1383, "end": 1389 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1592, "end": 1598 } ]

[ "Anamnesis", "Female", "patient", "starting", "at", "52", "years", "of", "age", ",", "with", "a", "history", "of", "obesity", "and", ",", "as", "obstetric", "history", ",", "three", "pregnancies", ",", "one", "of", "them", "spontaneous", "abortion", ".", "No", "family", "history", "of", "interest", ".", "As", "usual", "medication", ",", "she", "only", "takes", "oral", "contraceptives", ".", "She", "has", "no", "known", "allergic", "reactions", "to", "medication", ".", "She", "began", "in", "August", "2018", "with", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", "that", "progressively", "worsened", "until", ",", "in", "October", "2018", ",", "she", "attended", "the", "emergency", "department", ",", "where", "a", "CT", "angiography", "was", "performed", "to", "rule", "out", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "in", "which", "areas", "of", "lung", "parenchyma", "in", "ground", "glass", "were", "detected", ",", "as", "well", "as", "bone", "lesions", "suggestive", "of", "secondary", "deposit", "and", "a", "nodule", "in", "the", "left", "breast", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "The", "study", "was", "completed", "on", "an", "outpatient", "basis", "with", "a", "thoracoabdominal-pelvic", "CT", "scan", "performed", "in", "October", "2018", ",", "in", "which", "pulmonary", "spiculated", "nodules", "suggestive", "of", "metastasis", "were", "also", "detected", ",", "as", "well", "as", "images", "compatible", "with", "carcinomatous", "lymphangitis", ".", "Mammography", "and", "ultrasound", "of", "the", "breast", "and", "axilla", "were", "then", "performed", "and", "three", "BIRADS5", "lesions", "were", "detected", ",", "two", "of", "them", "in", "the", "right", "breast", "and", "one", "of", "them", "in", "the", "left", "breast", ",", "as", "well", "as", "bilateral", "axillary", "lymph", "nodes", "with", "an", "unspecific", "appearance", ".", "On", "biopsy", ",", "all", "the", "lesions", "showed", "histology", "of", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "histological", "grade", "2", ",", "with", "highly", "positive", "hormone", "receptors", ",", "HER-2", "negative", "and", "Ki67", "of", "5", "%", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "bilateral", "luminal", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "A", "stage", "IV", "due", "to", "bilateral", "bone", "and", "lung", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "first-line", "systemic", "treatment", "with", "weekly", "paclitaxel", ",", "which", "began", "on", "20", "November", "2018", ".", "On", "21", "November", "2018", ",", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "for", "dyspnoea", "at", "rest", "that", "had", "worsened", "in", "the", "last", "few", "days", ",", "not", "associated", "with", "cough", "or", "expectoration", ",", "chest", "pain", ",", "fever", "or", "dysthermic", "sensation", ",", "or", "other", "symptoms", "in", "the", "anamnesis", "by", "apparatus", "and", "systems", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "a", "baseline", "oxygen", "saturation", "of", "89", "%", ",", "with", "haemodynamic", "stability", ".", "Pulmonary", "auscultation", "revealed", "bilateral", "hypoventilation", "and", "isolated", "wheezing", ",", "with", "no", "other", "significant", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "with", "12", ",", "100", "leukocytes", "with", "a", "predominance", "of", "neutrophils", ",", "without", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ",", "as", "well", "as", "partial", "respiratory", "failure", "with", "partial", "oxygen", "pressure", "of", "58", "mm", "Hg", ",", "with", "no", "other", "associated", "alterations", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "further", "investigation", ",", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "showed", "new", "pericardial", "effusion", ",", "as", "well", "as", "an", "increase", "in", "pleural", "effusion", "of", "small", "amount", "with", "irregular", "morphology", ",", "which", "did", "not", "allow", "the", "presence", "of", "pleural", "implants", "to", "be", "ruled", "out", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "ground-glass", "opacities", "and", "bilateral", "lamellar", "opacities", ",", "and", "atelectasis", "of", "the", "middle", "lobe", "and", "lingula", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "showing", "mild", "pericardial", "effusion", "that", "did", "not", "justify", "respiratory", "failure", ",", "with", "normal", "ejection", "fraction", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "symptoms", ",", "it", "was", "decided", "to", "continue", "the", "study", "with", "fibrobronchoscopy", ",", "in", "which", "hypervascularised", "whitish", "lesions", "were", "observed", "in", "the", "right", "upper", "bronchus", "and", "bronchus", "intermedius", ",", "which", "were", "biopsied", ",", "and", "a", "sample", "was", "also", "taken", "by", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "which", "was", "sent", "for", "cytology", ".", "Samples", "were", "sent", "to", "Microbiology", ",", "with", "negative", "results", "for", "aerobic", "cultures", ",", "mycobacteria", "and", "fungi", ",", "as", "well", "as", "the", "determination", "of", "Aspergillus", "and", "cytomegalovirus", ".", "The", "pathological", "anatomy", "confirmed", "bronchial", "infiltration", "by", "adenocarcinoma", "with", "positivity", "for", "oestrogen", "receptors", "and", "negative", "HER-2", ".", "Cytology", "also", "detected", "cells", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "Diagnosis", "The", "bronchial", "mucosa", "biopsy", "confirms", "the", "diagnosis", "of", "endobronchial", "metastases", "of", "mammary", "origin", ",", "which", "justifies", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "continue", "with", "the", "systemic", "treatment", "regimen", ",", "administering", "the", "second", "dose", "of", "the", "first", "cycle", "of", "paclitaxel", ",", "and", "symptomatic", "treatment", "was", "adjusted", "with", "oral", "morphine", "and", "corticotherapy", ",", "and", "home", "oxygen", "therapy", "was", "prescribed", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", ".", "Evolution", "The", "patient", "presented", "an", "allergic", "reaction", "to", "paclitaxel", ",", "which", ",", "added", "to", "the", "progressive", "worsening", "from", "the", "respiratory", "point", "of", "view", ",", "having", "required", "two", "admissions", "for", "acute", "episodes", "of", "bronchospasm", "with", "respiratory", "failure", ",", "led", "to", "a", "change", "in", "treatment", "to", "adriamycin", "at", "75", "mg", "/", "m2", "per", "month", "divided", "into", "3", "doses", ",", "which", "she", "started", "on", "28", "December", "2018", "and", "received", "until", "8", "February", "2019", ".", "He", "presented", "progressive", "improvement", "in", "dyspnoea", ",", "and", "oxygen", "therapy", "could", "be", "withdrawn", ",", "with", "radiological", "improvement", "in", "CT", "scan", "in", "February", "2019", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "switch", "to", "letrozole", "associated", "with", "palbociclib", ",", "treatment", "that", "continues", "at", "the", "present", "time", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Female patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 24 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 163, "end": 169 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 24 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2408, "end": 2415 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3413, "end": 3428 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3358, "end": 3363 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3341, "end": 3353 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3397, "end": 3408 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3749, "end": 3756 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4034, "end": 4041 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4073, "end": 4080 } ]

[ "A", "48-year-old", "diabetic", "woman", "from", "Bagua", ",", "Amazonas", "Region", ",", "Peru", ".", "She", "consulted", "for", "a", "lesion", "more", "than", "10", "years", "old", "that", "started", "in", "the", "middle", "area", "of", "the", "thumb", ".", "She", "presented", "with", "erythema", ",", "pruritus", ",", "desquamation", ",", "black", "spots", "and", "occasional", "pain", "in", "the", "distal", "region", "of", "the", "thumb", ".", "Chromoblastomycosis", "due", "to", "Fonsecaea", "sp", ":", "Erythematous-squamous", "lesion", ";", "muriform", "cells", "at", "400x", "magnification", ";", "dark", "green", "radiating", "colonies", "at", "10", "days", "incubation", "on", "Sabouraud", "agar", ";", "septate", "hyphae", "and", "elliptical", "conidia", "at", "400x", "magnification", ".", "Direct", "examination", "with", "10", "%", "potassium", "hydroxide", "revealed", "the", "presence", "of", "muriform", "cells", "suggestive", "of", "chromoblastomycosis", ".", "In", "culture", ",", "14", "mm", "dark", "green", "radiating", "colonies", "were", "observed", "after", "10", "days", "of", "incubation", "and", "Fonsecaea", "sp", ".", "was", "identified", "by", "microculture", "and", "microscopy", ".", "Complementary", "haematological", "studies", "showed", "a", "haematocrit", "43", ".", "2", "%", ",", "haemoglobin", "13", ".", "8", "g", "/", "dL", ",", "leucocytes", "7620", "cells", "/", "mm3", "and", "4", "%", "eosinophils", "(", "305", "cells", "/", "mm3", ")", ".", "Additionally", ",", "serologies", "for", "Chagas", ",", "HIV", "and", "HTLV", "were", "negative", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "itraconazole", "100", "mg", "every", "12", "h", "for", "two", "months", ".", "However", ",", "a", "control", "culture", "showed", "viability", "of", "the", "fungus", "in", "the", "lesion", ".", "The", "patient", "discontinued", "further", "treatment", "and", "subsequent", "controls", ",", "which", "is", "why", "the", "evolution", "of", "the", "disease", "could", "not", "be", "observed", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 28 }, { "text": "dark green radiating colonies", "label": "SPECIES", "start": 389, "end": 418 }, { "text": "elliptical conidia", "label": "SPECIES", "start": 479, "end": 497 }, { "text": "Fonsecaea sp", "label": "SPECIES", "start": 307, "end": 319 }, { "text": "muriform cells", "label": "SPECIES", "start": 351, "end": 365 }, { "text": "septate hyphae", "label": "SPECIES", "start": 460, "end": 474 }, { "text": "dark green radiating colonies", "label": "SPECIES", "start": 663, "end": 692 } ]

[ "Anamnesis", "Diagnosed", "in", "December", "2012", "with", "renal", "cell", "carcinoma", "after", "a", "chance", "finding", "on", "ultrasound", "examination", ".", "The", "case", "was", "presented", "to", "the", "Urological", "Tumour", "Committee", ",", "which", ",", "as", "it", "was", "a", "localised", "disease", ",", "without", "involvement", "at", "another", "level", "in", "the", "extension", "study", ",", "decided", "to", "perform", "a", "radical", "nephrectomy", "with", "curative", "intent", ".", "The", "pathological", "anatomy", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", "and", "staged", "as", "T3aN0M0", ".", "The", "patient", "continued", "to", "be", "monitored", "in", "the", "oncology", "department", "by", "means", "of", "imaging", "tests", "and", "remained", "in", "complete", "response", "until", "March", "2014", "when", ",", "in", "a", "re-evaluation", "CT", "scan", ",", "progression", "was", "identified", "in", "the", "lungs", "with", "multiple", "bilateral", "pulmonary", "nodules", "with", "a", "maximum", "size", "of", "11", "mm", ".", "The", "patient", "was", "classified", "as", "having", "a", "good", "prognosis", "according", "to", "Heng", "'", "s", "classification", ",", "and", "first-line", "antiangiogenic", "treatment", "was", "started", "with", "pazopanib", ":", "800", "mg", "/", "day", "orally", ".", "As", "toxicity", "secondary", "to", "pazopanib", ",", "he", "presented", "with", "skin", "pallor", "and", "white", "hair", ",", "grade", "3", "asthenia", ",", "grade", "2", "dysgeusia", "and", "grade", "2", "diarrhoea", "that", "required", "a", "dose", "reduction", "to", "600", "mg", "/", "day", "with", "good", "tolerance", ".", "She", "continued", "treatment", "with", "pazopanib", ",", "with", "a", "partial", "response", "during", "the", "first", "few", "months", "and", "subsequently", "stable", "disease", "with", "mediastinal", "adenopathy", "and", "a", "single", "visible", "lung", "lesion", "in", "the", "upper", "lobe", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "continue", "with", "pazopanib", ".", "After", "four", "years", "with", "stable", "disease", "maintained", "with", "pazopanib", ",", "in", "February", "2018", "she", "presented", "with", "new", "progression", "at", "the", "pulmonary", "level", "in", "CT", "scan", "with", "reappearance", "of", "the", "pulmonary", "lesions", "at", "diagnosis", ".", "She", "started", "second-line", "treatment", "with", "immunotherapy", "with", "nivolumab", ",", "achieving", "stabilisation", "of", "her", "oncological", "disease", "until", "June", "2018", "(", "five", "months", "after", "starting", "nivolumab", ")", ",", "when", "she", "was", "admitted", "to", "the", "oncology", "ward", "for", "severe", "thrombocytopenia", "(", "5", ",", "000", "platelets", ")", "and", "external", "bleeding", "consisting", "of", "epistaxis", "and", "petechiae", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "On", "suspicion", "of", "immune-mediated", "haematological", "toxicity", ",", "direct", "and", "indirect", "Coombs", "tests", "were", "requested", ",", "both", "of", "which", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "virus", "serology", ",", "detecting", "positivity", "for", "parvovirus", "B19", ".", "The", "possibility", "of", "grade", "4", "immune", "thrombocytopenic", "purpura", "secondary", "to", "nivolumab", "was", "assessed", ",", "and", "treatment", "was", "prescribed", "with", "corticotherapy", "with", "recovery", "of", "platelet", "counts", ".", "Given", "the", "doubt", "that", "the", "haematological", "symptoms", "were", "secondary", "to", "antibiotics", "that", "the", "patient", "had", "received", "in", "the", "previous", "month", "for", "a", "respiratory", "infection", "or", "were", "triggered", "by", "a", "viral", "infection", ",", "it", "was", "decided", "to", "restart", "treatment", "with", "nivolumab", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "39", "°", "C", ",", "increased", "cough", "without", "expectoration", ",", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", "for", "four", "days", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "1", ".", "Haemodynamically", "stable", ".", "Tachypnoea", "during", "conversation", ".", "During", "cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "tones", ",", "bibasal", "crackles", ".", "Lower", "extremities", ":", "increased", "oedema", "with", "discrete", "fovea", "without", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", "Haemogram", "and", "blood", "biochemistry", "including", "ionogram", ",", "renal", "function", "and", "liver", "function", "tests", "without", "alterations", ".", "Arterial", "blood", "gases", ":", "respiratory", "failure", ",", "respiratory", "alkalosis", ".", "Chest", "X-ray", ":", "pulmonary", "infiltrates", "predominantly", "on", "the", "right", ".", "Chest", "CT", "scan", ":", "extensive", "interstitial", "involvement", "predominantly", "in", "the", "right", "hemithorax", "with", "a", "predominantly", "reticular", "pattern", "secondary", "to", "immunotherapy", ".", "Areas", "of", "consolidation", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "related", "to", "superinfection", ".", "During", "admission", ",", "she", "reported", "persistent", "fatigue", ",", "generalised", "weakness", ",", "nausea", "and", "vomiting", ".", "A", "hormonal", "profile", "was", "requested", ",", "highlighting", "secondary", "hypothyroidism", "and", "adrenal", "insufficiency", "of", "new", "onset", ".", "It", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "with", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", "with", "gadolinium", "without", "finding", "pathological", "uptake", ",", "the", "pituitary", "gland", "was", "normal", "in", "size", ",", "morphology", "and", "situation", ".", "Diagnosis", "\"", "Grade", "3", "immune-mediated", "pneumonitis", "secondary", "to", "treatment", "with", "nivolumab", ".", "\"", "Panhypopituitarism", "secondary", "to", "grade", "2", "hypophysitis", "due", "to", "nivolumab", ".", "Treatment", "Regarding", "the", "management", "of", "the", "pneumonitis", ",", "collaboration", "with", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", "was", "requested", "to", "rule", "out", "the", "aetiology", "of", "atypical", "superinfection", ".", "Treatment", "with", "nivolumab", "was", "suspended", ".", "Intravenous", "methylprednisolone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "was", "administered", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "added", "and", "bronchoscopy", "was", "performed", "with", "negative", "microbiological", "results", ".", "For", "the", "management", "of", "panhypopituitarism", ",", "work", "was", "carried", "out", "in", "conjunction", "with", "endocrinology", "and", "corticoid", "treatment", "and", "hormone", "supplementation", "was", "prescribed", ".", "Evolution", "The", "patient", "presented", "a", "torpid", "evolution", "with", "a", "long", "admission", "complicated", "by", "decompensation", "of", "heart", "failure", "and", "the", "appearance", "of", "rapid", "de", "novo", "atrial", "fibrillation", "that", "required", "treatment", "adjustment", "by", "Cardiology", ".", "As", "complications", "secondary", "to", "high", "doses", "and", "prolonged", "use", "of", "corticotherapy", ",", "the", "patient", "developed", "iatrogenic", "Cushing", "'", "s", "syndrome", "and", "manic-depressive", "symptoms", "that", "required", "monitoring", "by", "Psychosomatics", ".", "After", "recovery", "from", "the", "clinical", "condition", "for", "which", "he", "required", "admission", ",", "and", "despite", "there", "being", "no", "progression", "of", "his", "oncological", "disease", "in", "imaging", "tests", ",", "given", "the", "impossibility", "of", "continuing", "with", "immunotherapy", "due", "to", "secondary", "toxicity", "(", "grade", "4", "immune", "thrombocytopenic", "purpura", "/", "grade", "3", "pneumonitis", "/", "grade", "2", "hypophysitis", ")", ",", "third", "line", "cabozantinib", "was", "started", "in", "October", "2018", "and", "the", "disease", "has", "remained", "stable", "until", "the", "present", "time", ".", "The", "clinical", "manifestations", "that", "have", "limited", "her", "quality", "of", "life", "during", "this", "time", "have", "been", "persistent", "grade", "3", "asthenia", "and", "exacerbation", "of", "her", "usual", "dyspnoea", ",", "for", "which", "reason", "she", "has", "required", "follow-up", "by", "Cardiology", ",", "with", "a", "control", "echocardiogram", "detecting", "a", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", "of", "around", "20", "%", ".", "Currently", ",", "the", "risk-benefit", "of", "maintaining", "treatment", "with", "cabozantinib", "must", "be", "assessed", ",", "even", "knowing", "that", "such", "treatment", "would", "worsen", "her", "dyspnoea", "and", "asthenia", ",", "and", "it", "has", "been", "decided", "to", "restart", "cabozantinib", "at", "a", "reduced", "dose", "(", "40", "mg", "/", "day", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 440, "end": 447 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 728, "end": 735 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2056, "end": 2061 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 2097, "end": 2111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2380, "end": 2387 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2564, "end": 2571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4591, "end": 4598 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4885, "end": 4892 } ]

[ "Anamnesis", "and", "physical", "examination", "A", "74-year-old", "man", "from", "a", "rural", "area", "of", "Italy", "who", "was", "on", "holiday", "in", "Spain", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "revascularised", "acute", "coronary", "syndrome", ".", "He", "consulted", "the", "general", "emergency", "department", "for", "a", "4-day", "history", "of", "myalgia", "predominantly", "in", "the", "lower", "extremities", "together", "with", "intermittent", "fever", "of", "up", "to", "39", "°", "C", "with", "bacteraemic", "symptoms", ",", "asthenia", "and", "hyporexia", ".", "In", "addition", ",", "he", "presented", "a", "maculopapular", "rash", "with", "non-pruritic", "palmoplantar", "involvement", ".", "A", "detailed", "physical", "examination", "revealed", "a", "crusted", "left", "pretibial", "lesion", "with", "perilesional", "erythema", ".", "No", "other", "associated", "symptoms", ".", "She", "denied", "risky", "sexual", "contact", ".", "After", "treatment", "with", "paracetamol", "he", "remained", "symptomatic", ".", "Complementary", "examinations", "Laboratory", "tests", "showed", "abnormal", "liver", "function", "tests", "AST", "88", "U", "/", "L", ",", "ALT", "74", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "99", "U", "/", "L", ",", "GGT", "95", "U", "/", "L", "with", "bilirubin", "of", "10", "μmol", "/", "L", "and", "CRP", "305", "mg", "/", "L", "without", "leukocytosis", ",", "but", "with", "plateletopenia", "of", "60x10", "E9", "/", "L", ".", "Coagulation", "within", "normal", "limits", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", "on", "two", "occasions", ".", "Given", "the", "epidemiological", "context", "and", "the", "findings", "on", "physical", "examination", ",", "given", "the", "suspicion", "of", "rickettsiasis", ",", "serology", "for", "Rickettsia", "conorii", "was", "requested", ",", "with", "a", "first", "determination", "that", "was", "negative", ".", "Serologies", "for", "brucellosis", ",", "coxiella", ",", "HIV-1", ",", "HIV-2", "and", "Treponema", "pallidum", "were", "negative", ".", "Subsequently", "seroconversion", "for", "Rickettsia", "conorii", "was", "confirmed", "with", "specific", "IgG", "1", "/", "2560", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "these", "findings", "a", "diagnosis", "of", "Mediterranean", "button", "fever", "(", "MBF", ")", "was", "made", ".", "Treatment", "and", "course", "Antibiotic", "treatment", "with", "doxycycline", "100", "mg", "/", "12", "h", "was", "started", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "follow-up", ".", "After", "48", "h", "the", "fever", "disappeared", "and", "the", "intensity", "of", "the", "rash", "decreased", ".", "The", "patient", "completed", "21", "days", "of", "treatment", "and", "his", "laboratory", "parameters", "returned", "to", "normal", ".", "He", "returned", "to", "Italy", "afebrile", ",", "with", "remission", "of", "the", "rash", "but", "persistence", "in", "the", "left", "lower", "extremity", "of", "the", "inoculation", "site", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "sexual contact", "label": "HUMAN", "start": 652, "end": 666 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 1186, "end": 1204 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 1387, "end": 1405 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1321, "end": 1339 }, { "text": "HIV-1", "label": "SPECIES", "start": 1304, "end": 1309 }, { "text": "HIV-2", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1316 }, { "text": "coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1294, "end": 1302 }, { "text": "brucellosis", "label": "SPECIES", "start": 1281, "end": 1292 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1631, "end": 1638 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1745, "end": 1752 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Fever", "for", "48", "hours", "and", "cough", "with", "odynophagia", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "18", "year", "old", "male", "with", "fever", "up", "to", "38", ".", "5", "°", "C", "with", "odynophagia", "and", "cough", "for", "48", "hours", ".", "No", "increased", "expectoration", ",", "dyspnoea", "or", "chest", "pain", ".", "No", "gastrointestinal", "alterations", "or", "urinary", "disturbances", ".", "Examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "normal", "colour", "and", "normohydrated", ".", "Eupneic", "at", "rest", "with", "oxygen", "saturation", "98", "%", "on", "room", "air", ".", "Heart", "rate", "77", "beats", "per", "minute", ".", "Temperature", "38", ".", "4", "°", "C", ".", "No", "rash", "or", "petechiae", ".", "In", "the", "dorsal", "area", "there", "was", "a", "1", ".", "5", "cm", "skin", "lesion", ",", "asymmetrical", "with", "irregular", "borders", "and", "variegated", "colouring", "with", "black", "areas", "and", "less", "pigmented", "areas", ".", "Hyperemic", "pharynx", "with", "bilateral", "inflammatory", "lymphadenopathy", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "pathological", "sounds", ",", "rhythmic", "tones", "without", "audible", "murmurs", ".", "Abdomen", "without", "alterations", ".", "Lower", "limbs", "without", "alterations", ".", "No", "complementary", "tests", "required", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Viral", "pharyngotonsillitis", ",", "upper", "tract", "infection", ".", "Cutaneous", "lesion", "with", "signs", "of", "malignancy", ".", "Patient", "with", "no", "pathology", "of", "interest", "or", "usual", "treatment", ".", "No", "known", "drug", "reactions", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Macroscopic", "and", "dermatoscopic", "dermatoscopic", "images", "are", "taken", "with", "dermatoscope", "and", "referred", "urgently", "to", "the", "Dermatology", "Department", ".", "Treatment", "with", "analgesics", "and", "antipyretics", "was", "prescribed", "for", "the", "infectious", "condition", ".", "Progress", ":", "a", "few", "days", "later", ",", "a", "punch", "biopsy", "was", "performed", "at", "the", "request", "of", "Dermatology", "and", "a", "sample", "was", "sent", "for", "analysis", ".", "Finally", ",", "a", "diagnosis", "of", "melanoma", "in", "situ", "was", "made", "and", "the", "patient", "was", "referred", "for", "surgical", "removal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 161, "end": 165 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1164, "end": 1171 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 1071, "end": 1076 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1675, "end": 1682 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "DISEASE", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "56-year-old", "male", ",", "no", "allergies", ",", "ex-smoker", "and", "paranoid", "schizophrenia", "treated", "in", "the", "past", "with", "ECT", "and", "multiple", "antipsychotics", ".", "He", "was", "found", "unconscious", "by", "his", "brother", ";", "on", "arrival", "of", "the", "ambulance", "he", "presented", "blood", "pressure", "of", "60", "/", "40", "mmHg", "with", "O2", "saturation", "of", "65", "%", ",", "temperature", "34", ".", "8", "°", "C", ".", "On", "auscultation", "he", "had", "crackles", "and", "rhonchi", "in", "both", "lung", "fields", ".", "Orotracheal", "intubation", "was", "performed", "and", "catecholamine", "perfusion", "(", "noradrenaline", "and", "adrenaline", ")", "was", "started", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "a", "cardiological", "assessment", "was", "requested", "for", "an", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "suggestive", "of", "inferolateral", "infarction", ".", "The", "ECG", "showed", "a", "nodal", "rhythm", "with", "QRS", "of", "120", "ms", "and", "rSR", "morphology", "of", "V2-V6", "with", "the", "last", "R", "tied", "to", "the", "ST", ".", "Echocardioscopy", "with", "preserved", "left", "ventricular", "(", "LV", ")", "function", "and", "no", "segmental", "alterations", ".", "Laboratory", "tests", "described", "in", "evidence", ".", "The", "chest", "X-ray", "was", "compatible", "with", "multilobar", "pneumonia", ".", "Cardiology", "maintained", "a", "wait-and-see", "attitude", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "for", "treatment", "of", "the", "respiratory", "infectious", "process", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Arrival", "ECG", ":", "nodal", "rhythm", "with", "QRS", "of", "120", "ms", "and", "rSR", "morphology", "of", "V2-V6", "with", "the", "last", "R", "tied", "to", "the", "ST", ".", "ECG", "after", "temperature", "correction", ":", "virtual", "disappearance", "of", "Osborn", "waves", ",", "returning", "to", "normal", "sinus", "rhythm", ".", "ANALYSIS", ":", "haemoglobin", "14", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "41", ".", "6", "%", ",", "leukocytes", "1700x10", "^", "3", "/", "μl", ",", "neutrophils", "93", ".", "3", "%", ",", "platelets", "133", ",", "000x10", "^", "3", "/", "μl", ".", "Coagulation", ":", "INR", "1", ".", "61", ",", "IQ", "52", "%", ",", "PT", "17", ".", "1", ",", "APTT", "42", ".", "9", ",", "D-dimer", "708", "ngr", "/", "ml", ".", "BIOCHEMISTRY", ":", "glucose", "163", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "57", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "39", "mg", "/", "dl", ",", "GFR", "MDRD4", ";", "60", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", ",", "sodium", "127", "mm", "/", "l", ",", "potassium", "4", ".", "4", "mm", "/", "l", ",", "magnesium", "2", ".", "2", "mm", "/", "l", ".", "Creatine", "kinase", "672", "U", "/", "L", ".", "Lactate", "2", ".", "37", "mm", "/", "l", ".", "Procalcitonin", "0", ".", "96", "ng", "/", "ml", ".", "Troponin", "I", "<", "0", ".", "01", "ng", "/", "dl", ".", "CK-MB", "mass", "139", ".", "93", "ng", "/", "ml", ".", "Arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "29", ".", "pCO2", "67", "mmHg", ".", "pO2", "42", "mmHg", ".", "HCO3", "32", ".", "2", "mm", "/", "l", ".", "Base", "excess", "3", ".", "36", "mm", "/", "l", ".", "THORAX", "RADIOGRAPHY", ":", "compatible", "with", "multilobar", "pneumonia", "(", "image", "2", ")", ".", "ECOCARDIOSCOPY", ":", "non-dilated", "left", "ventricle", "with", "preserved", "function", ".", "No", "segmental", "alterations", "of", "contractility", ".", "No", "aortic", "valvulopathy", ".", "Minimal", "mitral", "insufficiency", ".", "Right", "chambers", "with", "normal", "morphology", "and", "function", ".", "No", "intracardiac", "effusion", "or", "masses", ".", "CLINICAL", "EVOLUTION", "The", "team", "of", "intensivists", "requested", "a", "new", "assessment", "of", "the", "patient", "due", "to", "doubts", "about", "the", "decision", "taken", "by", "cardiology", ".", "After", "re-evaluating", "the", "electrocardiograms", ",", "a", "new", "patient", "temperature", "was", "requested", ",", "which", "was", "undetectable", "at", "the", "time", ".", "The", "patient", "was", "gradually", "warmed", "with", "thermal", "blankets", "and", "warm", "saline", ".", "At", "32", "°", "C", ",", "partial", "correction", "of", "the", "waves", "is", "observed", ",", "which", "disappear", "completely", "at", "36", "°", "C", ".", "A", "diagnosis", "of", "Osborn", "waves", "due", "to", "hypothermia", "and", "acidosis", "was", "made", ".", "The", "patient", "finally", "died", "of", "respiratory", "failure", ".", "DIAGNOSIS", "Community-acquired", "multilobar", "pneumonia", ".", "Acute", "respiratory", "failure", ".", "Hypothermia", "and", "acidosis", ",", "with", "Osborn", "waves", "on", "electrocardiogram", ".", "Preserved", "left", "ventricular", "function", ",", "no", "structural", "heart", "disease", ".", "Death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 66 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1015, "end": 1022 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2319, "end": 2326 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2431, "end": 2438 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2506, "end": 2513 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2740, "end": 2747 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Distal", "paraesthesias", "in", "both", "lower", "limbs", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "A", "55-year-old", "male", "patient", "came", "to", "his", "health", "centre", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "for", "5", "days", ",", "with", "no", "other", "associated", "symptoms", ".", "Examination", "revealed", "a", "hyperemic", "pharynx", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "acute", "pharyngitis", "and", "treated", "with", "azithromycin", ",", "acetylcysteine", "and", "paracetamol", ".", "After", "10", "days", "of", "evolution", "of", "the", "febrile", "symptoms", "and", "once", "resolved", ",", "he", "consulted", "again", "for", "distal", "paraesthesia", "in", "both", "lower", "limbs", "and", "in", "the", "3rd-4th", "finger", "of", "the", "right", "hand", "associated", "with", "weakness", "of", "the", "quadriceps", "and", "a", "dizzy", "sensation", ",", "while", "maintaining", "the", "ability", "to", "walk", ".", "She", "denies", "swallowing", ",", "phonatory", "and", "respiratory", "difficulties", ".", "No", "previous", "gastrointestinal", "symptoms", ".", "Examination", "revealed", "exhaustion", "and", "lack", "of", "strength", "when", "walking", "on", "tiptoe", "and", "heels", "and", "hypoactive", "osteotendinous", "reflexes", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", ",", "his", "doctor", "decided", "to", "refer", "him", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "for", "evaluation", "of", "complementary", "tests", "and", "to", "rule", "out", "possible", "Guillain-Barré", "Syndrome", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "with", "the", "result", "of", "a", "non-specific", "hyperdense", "lesion", "in", "the", "left", "frontal", "subcortical", "white", "matter", "measuring", "9x7mm", ",", "without", "mass", "effect", "or", "associated", "perilesional", "oedema", "that", "did", "not", "show", "enhancement", "with", "the", "administration", "of", "intravenous", "contrast", ".", "It", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "and", "during", "his", "stay", "in", "hospital", ",", "the", "following", "tests", "were", "performed", ":", "General", "laboratory", "tests", "including", ":", "blood", "count", ";", "biochemistry", "with", "renal", ",", "hepatic", "and", "ion", "function", ";", "thyrotropin", ";", "serology", "for", "hepatitis", "A", ",", "B", "and", "C", "viruses", ",", "parvovirus", "B19", ",", "Campylobacter", "jejuni", ",", "Treponema", "pallidum", ",", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Herpes", "simplex", ",", "HIV", ",", "rubella", "and", "varicella-zoster", ";", "ANA", ";", "anti-MOG", "antibodies", "and", "anti-ganglioside", "antibodies", ":", "all", "normal", "or", "negative", ".", "Lumbar", "puncture", ":", "protein", "87", ".", "9", ",", "leucocytes", "2", ",", "neurotropic", "virus", "PCR", "negative", ".", "Fluid", "culture", "negative", ".", "Cranial", "MRI", "for", "further", "study", "of", "the", "lesion", "detected", "in", "the", "CT", "scan", ":", "confirmed", "left", "frontal", "intraparenchymal", "space-occupying", "lesion", ",", "of", "heterogeneous", "intensity", ",", "with", "hyperintense", "centre", "and", "hypointense", "halo", ".", "Findings", "related", "to", "cavernoma", ".", "Electroneurophysiological", "study", ":", "normal", ".", "No", "significant", "alterations", "were", "observed", "in", "the", "sensory-motor", "conduction", "or", "in", "the", "reflex", "response", "F", "of", "the", "explored", "nerves", "of", "the", "four", "extremities", "(", "median", ",", "ulnar", ",", "peroneal", ",", "posterior", "tibial", ",", "sural", "and", "superficial", "peroneal", "nerves", ")", ".", "Family", "and", "community", "approach", "He", "works", "as", "a", "caretaker", "in", "two", "buildings", ".", "His", "wife", "does", "not", "work", ".", "He", "has", "a", "daughter", "with", "Down", "'", "s", "Syndrome", ".", "He", "has", "the", "full", "and", "complete", "support", "of", "his", "family", "during", "his", "stay", "in", "hospital", ".", "Clinical", "judgement", "(", "differential", "diagnosis", ")", "Clinical", "judgement", ":", "Guillain-Barré", "syndrome", ".", "Left", "frontal", "cavernoma", "as", "an", "incidental", "finding", ".", "Differential", "diagnoses", "that", "have", "been", "ruled", "out", "with", "complementary", "tests", "include", ":", "Myasthenia", "Gravis", ",", "Amyotrophic", "lateral", "sclerosis", ",", "Acute", "viral", "poliomyelitis", ",", "Botulism", ",", "Borreliosis", "(", "Lyme", "disease", ")", "and", "acute", "hypokalemic", "paralysis", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "During", "his", "admission", ",", "intravenous", "immunoglobulins", "were", "administered", "with", "a", "good", "and", "rapid", "clinical", "response", "of", "the", "proximal", "crural", "weakness", ".", "No", "treatment", "was", "required", "on", "discharge", ".", "He", "was", "reviewed", "in", "the", "Neurology", "Department", "two", "months", "later", ",", "and", "after", "a", "progressive", "improvement", "during", "his", "admission", "and", "in", "the", "following", "days", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ".", "He", "is", "scheduled", "to", "be", "seen", "in", "Neurology", "in", "a", "year", "'", "s", "time", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 146, "end": 158 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 158 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 979, "end": 985 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1468, "end": 1475 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 1759, "end": 1779 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 1717, "end": 1737 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1781, "end": 1796 }, { "text": "Herpes simplex", "label": "SPECIES", "start": 1798, "end": 1812 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1739, "end": 1757 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1814, "end": 1817 }, { "text": "varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 1831, "end": 1847 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1701, "end": 1715 }, { "text": "hepatitis A, B and C viruses", "label": "SPECIES", "start": 1671, "end": 1699 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3039, "end": 3044 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3489, "end": 3496 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "47-year-old", "male", "patient", "attended", "the", "Emergency", "Department", "of", "our", "Centre", "due", "to", "worsening", "mood", "with", "suicidal", "ideation", "of", "several", "weeks", "'", "evolution", ".", "Socio-familial", "history", "-", "He", "is", "the", "middle", "of", "three", "siblings", ".", "He", "studied", "until", "he", "was", "14", "years", "old", ".", "He", "finished", "primary", "school", ".", "He", "has", "been", "working", "as", "a", "cabinetmaker", "since", "the", "age", "of", "18", ".", "First", "marriage", "in", "1990", ".", "Divorced", "since", "2005", ".", "No", "current", "partner", ".", "Son", "aged", "18", ".", "Lives", "with", "his", "parents", "in", "Masquefa", ".", "Until", "the", "age", "of", "33", "he", "lived", "in", "Hospitalet", "de", "Llobregat", ".", "-", "Family", "history", "of", "Depressive", "Disorder", ":", "father", "and", "sister", ".", "-", "A", "paternal", "uncle", "committed", "suicide", ".", "Medical", "and", "surgical", "history", "-", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "-", "HIV", "+", "diagnosed", "in", "1987", ".", "No", "antiretroviral", "treatment", "initially", ".", "Began", "antiretroviral", "treatment", "in", "2005", "with", "a", "break", "of", "a", "few", "months", "\"", "because", "it", "made", "him", "feel", "sick", "\"", ".", "Regular", "follow-up", "since", "then", "at", "Hospital", "de", "Bellvitge", ".", "Medical-surgical", "history", "-", "2005", "-", "GEA", "due", "to", "Salmonella", ":", "CV", "of", "27175copies", "and", "CD4", "of", "50", ".", "He", "decided", "to", "start", "antiretroviral", "treatment", ".", "-", "2005", ":", "Cerebral", "toxoplasmosis", "with", "good", "evolution", "(", "sulphadiazine", "+", "pyrimethamine", ")", ".", "-", "2007", ":", "CMV", "retinopathy", "with", "loss", "of", "vision", "in", "the", "right", "eye", ".", "-", "No", "other", "medical", "history", "of", "interest", ".", "-", "Surgical", "interventions", ":", "appendectomy", ",", "tonsillectomy", "in", "childhood", ".", "Psychiatric", "history", "-", "First", "consultation", "in", "1987", "-", "admission", "to", "Terrassa", "Hospital", "for", "detoxification", "due", "to", "heroin", "dependence", ".", "He", "started", "taking", "drugs", "during", "his", "military", "service", ".", "Several", "relapses", "from", "1987", "to", "2008", ".", "-", "He", "reports", "having", "undergone", "private", "psychiatric", "follow-up", "in", "Barcelona", "for", "episodes", "of", "anxiety", "crises", "in", "the", "context", "of", "socio-family", "problems", "and", "relapses", "in", "drug", "use", ".", "She", "recalls", "having", "received", "anxiolytic", "treatment", "with", "partial", "improvement", "of", "her", "symptoms", ".", "-", "Two", "suicide", "attempts", ":", "-", "2005", "-", "\"", "one", "curve", "I", "made", "straight", "\"", "(", "no", "physical", "sequelae", ")", ";", "-", "2007", "-", "cocaine", "overdose", "which", "he", "\"", "considered", "lethal", "\"", ".", "-", "2007", "-", "went", "to", "the", "CSMA", "in", "Martorell", "referred", "by", "his", "GP", "with", "a", "diagnosis", "of", "major", "depressive", "disorder", ".", "He", "started", "treatment", "with", "escitalopram", "10", "mg", "with", "partial", "improvement", ".", "Stops", "taking", "the", "medication", "on", "his", "own", ".", "Irregular", "follow-up", ".", "-", "February", "2008", "-", "admitted", "to", "Hospital", "Sagrat", "Cor", "for", "major", "depressive", "episode", "with", "melancholic", "symptoms", "and", "discharged", "on", "treatment", "with", "escitalopram", "15", "mg", ".", "Irregular", "follow-up", "at", "CSMA", "in", "Martorell", "and", "a", "visit", "to", "the", "emergency", "department", "in", "2010", "for", "anxiety", "crisis", "and", "worsening", "of", "mood", ".", "-", "Use", "of", "cocaine", "with", "a", "pattern", "of", "abuse", "from", "2005", "to", "2008", ".", "She", "started", "using", "\"", "as", "a", "form", "of", "self-destruction", "\"", "after", "the", "separation", ".", "\"", "He", "didn", "'", "t", "care", "about", "anything", "\"", ".", "-", "Alcohol", "consumption", "with", "pattern", "of", "abuse", "for", "2", "years", "with", "worsening", "in", "recent", "months", ".", "Current", "illness", "The", "patient", "stopped", "taking", "medication", "4", "months", "ago", ",", "and", "subsequently", "presented", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "insidious", "onset", "characterised", "by", "sadness", ",", "loss", "of", "illusion", ",", "feelings", "of", "inability", "to", "carry", "out", "projects", "and", "of", "hopelessness", ",", "as", "reported", "in", "the", "context", "of", "socio-familial", "problems", ".", "He", "suffered", "a", "progressive", "abandonment", "of", "his", "hygienic-dietary", "care", "and", "notable", "social", "isolation", ",", "even", "considering", "death", "as", "something", "desirable", "\"", "he", "saw", "people", "die", "and", "thought", "that", "this", "was", "a", "way", "of", "resting", "\"", ".", "Urgent", "psychiatric", "admission", "on", "a", "voluntary", "basis", "for", "containment", "and", "treatment", "was", "carried", "out", "on", "20", "February", "2012", ".", "Psychopathological", "examination", "Conscious", ",", "self", "and", "psychically", "oriented", ".", "Neglected", "physical", "appearance", ".", "Avoids", "eye", "contact", ".", "Approachable", "and", "cooperative", ".", "Hypomimic", ".", "Slurred", "speech", "with", "low", "tone", "of", "voice", ".", "Depressed", "mood", "with", "feelings", "of", "sadness", ",", "presenting", "circadian", "rhythm", ",", "improvement", "in", "the", "evening", ".", "Existential", "emptiness", ".", "Anergia", ",", "apathy", ",", "anhedonia", ",", "abulia", ",", "difficulty", "in", "concentration", ".", "Loss", "of", "enthusiasm", "and", "interest", ".", "Tendency", "to", "social", "isolation", ".", "Ideas", "of", "handicap", "and", "guilt", ".", "Low", "tolerance", "to", "frustration", ".", "Impulsivity", ".", "Poorly", "structured", "suicidal", "ideation", ".", "No", "alteration", "in", "the", "course", "or", "content", "of", "delusional", "thinking", ".", "Denies", "sensory-perceptual", "alterations", ".", "Hyporexia", "with", "unquantified", "weight", "loss", ".", "Insomnia", "of", "conciliation", ".", "Early", "awakening", ".", "Awareness", "of", "illness", "and", "of", "needing", "help", ".", "Reality", "criteria", "preserved", ".", "Diagnostic", "orientation", "Recurrent", "major", "depressive", "disorder", "with", "melancholic", "symptoms", "according", "to", "DSM", "IV", "criteria", ".", "Laboratory", "tests", "-", "Leucocytes", "3", ",", "200", ";", "haemocytes", "3", ".", "8", ";", "platelets", ":", "134000", "-", "Hb", "117", ";", "Ht", "34", ",", "8", ";", "MCV", "91", ",", "3", ";", "-", "Glucose", "4", ",", "4", ";", "Creatinine", "78", ",", "Na", "143", ";", "K", "4", ",", "3", ";", "-", "AST", "0", ",", "49", ";", "GGT", "0", ",", "52", ";", "FA", "0", ",", "7", ";", "-", "Albumin", "33", ";", "Ca", "2", ",", "21", ";", "-", "TSH", "0", ".", "46", ";", "T4", "11", ".", "3", ";", "-", "Viral", "load", ":", "15", "copies", ",", "CD", "4", ":", "350", ";", "-", "Normal", "neurological", "tests", ".", "Clinical", "course", "During", "his", "hospitalisation", ",", "treatment", "with", "Escitalopram", "and", "Lorazepam", "was", "gradually", "started", ".", "There", "was", "a", "progressive", "improvement", "in", "her", "mood", ",", "with", "good", "adaptation", "to", "the", "dynamics", "of", "the", "unit", "and", "to", "home", "leave", ".", "The", "patient", "was", "totally", "critical", "of", "the", "suicidal", "ideation", ",", "verbalising", "coherent", ",", "realistic", "and", "adaptive", "plans", "for", "the", "short", "and", "medium", "term", ",", "centred", "on", "family", "life", "and", "work", ".", "She", "accepts", "the", "convenience", "of", "continuing", "treatment", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "Given", "the", "good", "evolution", ",", "hospital", "discharge", "was", "decided", "20", "days", "after", "admission", ",", "in", "agreement", "with", "the", "patient", "and", "his", "family", ".", "Follow-up", "at", "CSMA", "with", "good", "evolution", ".", "Treatment", "-", "Escitalopram", "20", "mg", "1-0-0", "-", "Lorazepam", "1", "mg", "1-0-1", "-", "Norvir", "(", "ritonavir", ")", "100", "mg", "1-0-1", "-", "Prezista", "(", "darunavir", ")", "600", "mg", "1-0-1", "-", "Intelence", "(", "etravirine", ")", "100", "mg", "2-0-2", "-", "Isentress", "(", "raltegravir", ")", "400", "mg", "1-0-1", "-", "Hydroxyl", "1-1-1" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 50 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 50 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 225, "end": 233 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 453, "end": 460 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 416, "end": 423 }, { "text": "cabinetmaker", "label": "HUMAN", "start": 326, "end": 338 }, { "text": "Son", "label": "HUMAN", "start": 425, "end": 428 }, { "text": "marriage", "label": "HUMAN", "start": 366, "end": 374 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 533, "end": 539 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 583, "end": 589 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 572, "end": 578 }, { "text": "paternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 595, "end": 609 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 688, "end": 691 }, { "text": "sick", "label": "HUMAN", "start": 845, "end": 849 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 715, "end": 729 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 757, "end": 771 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 953, "end": 963 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 1018, "end": 1032 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1136, "end": 1139 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 1287, "end": 1296 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1643, "end": 1649 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2719, "end": 2726 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 3153, "end": 3159 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 4483, "end": 4488 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4926, "end": 4932 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5144, "end": 5150 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4778, "end": 4785 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5128, "end": 5135 }, { "text": "medium", "label": "HUMAN", "start": 4902, "end": 4908 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "41-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "His", "personal", "history", "includes", "arterial", "hypertension", "and", "extrinsic", "asthma", ".", "He", "has", "been", "receiving", "regular", "treatment", "with", "enalapril", "/", "hydrochlorothiazide", "for", "3", "years", ".", "The", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "in", "October", "2014", "due", "to", "pain", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", "for", "the", "last", "4", "days", ".", "The", "pain", "was", "moderate", "in", "intensity", "and", "partially", "improved", "with", "the", "usual", "analgesia", ".", "It", "is", "not", "attenuated", "/", "exacerbated", "by", "food", "intake", "and", "/", "or", "postural", "movements", "and", "is", "not", "accompanied", "by", "other", "gastrointestinal", "symptoms", "(", "nausea", ",", "vomiting", ",", "diarrhoea", "and", "/", "or", "constipation", ")", "or", "systemic", "symptoms", "(", "fever", ",", "weight", "loss", ",", "asthenia", ",", "etc", ".", ")", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", "and", "eupnoeic", ",", "breathing", "room", "air", ".", "No", "signs", "of", "dehydration", "or", "cutaneous-mucosal", "lesions", "were", "observed", ".", "The", "neurological", "and", "cardiopulmonary", "examination", "was", "unremarkable", ".", "At", "the", "abdominal", "level", ",", "a", "non-painful", "mass", "was", "palpated", "in", "the", "right", "flank", "with", "a", "hard", "consistency", ",", "adhering", "to", "deep", "planes", ".", "Complementary", "tests", "revealed", "a", "leukocytosis", "of", "11930", "/", "μL", "with", "eosinophilia", "of", "1500", "/", "μL", "and", "CRP", "of", "37", ".", "41", "mg", "/", "l", ",", "as", "the", "only", "notable", "values", ".", "Abdominal", "CT", "reported", "a", "thickening", "at", "the", "level", "of", "the", "ascending", "colon", "that", "produced", "stenosis", "of", "the", "lumen", ",", "of", "probable", "neoplastic", "origin", ",", "with", "no", "evidence", "of", "pelvic", "or", "retroperitoneal", "lymphadenopathy", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "colonoscopy", ",", "visualising", "an", "intraluminal", "growth", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "ascending", "colon", ",", "ulcerated", "and", "bleeding", "to", "the", "touch", ".", "Biopsies", "were", "taken", "showing", "non-specific", "inflammatory", "changes", ",", "with", "no", "histological", "signs", "of", "malignancy", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "is", "a", "young", "patient", "with", "a", "recent", "abdominal", "mass", ".", "He", "has", "no", "relevant", "family", "history", "or", "predictors", "of", "colonic", "neoplastic", "disease", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "current", "picture", "is", "subacute", "and", "there", "are", "no", "clinical", "data", "suggestive", "of", "malignancy", "such", "as", "weight", "loss", "or", "altered", "bowel", "habit", ".", "Nevertheless", ",", "it", "seems", "reasonable", "to", "establish", "the", "suspicion", "of", "colon", "neoplasia", "as", "the", "first", "diagnostic", "possibility", ".", "Another", "pathology", "to", "be", "considered", "could", "be", "inflammatory", "bowel", "disease", ".", "From", "the", "point", "of", "view", "of", "infectious", "diseases", ",", "we", "should", "not", "forget", "intestinal", "actinomycosis", "as", "a", "cause", "of", "abdominal", "mass", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "in", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "the", "presence", "of", "eosinophilia", "in", "peripheral", "blood", ",", "which", ",", "although", "it", "could", "be", "attributed", "to", "a", "history", "of", "extrinsic", "asthma", ",", "forces", "us", "to", "rule", "out", "parasitosis", ".", "Lastly", ",", "although", "less", "likely", ",", "the", "possibility", "of", "intestinal", "tuberculosis", "could", "also", "be", "considered", ".", "Evolution", "Given", "the", "suspicion", "of", "a", "neoformative", "process", ",", "surgery", "was", "decided", ".", "Right", "hemicolectomy", "was", "performed", "without", "incident", ".", "The", "anatomopathological", "diagnosis", "was", "a", "focal", ",", "granulomatous", ",", "necrotising", ",", "palisading", ",", "granulomatous", "inflammatory", "process", "with", "intense", "eosinophilia", ",", "compatible", "with", "invasive", "colonic", "anisakiasis", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "infectious", "diseases", "department", ".", "On", "a", "directed", "anamnesis", ",", "he", "reported", "eating", "undercooked", "fish", "almost", "daily", ".", "Anisakis", "IgE", "serology", "was", "requested", "and", "was", "positive", "(", "3", ".", "59", "kUA", "/", "l", ")", "and", "treatment", "was", "started", "with", "albendazole", "400", "mg", "/", "12h", "for", "21", "days", ".", "On", "review", "after", "completion", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "and", "without", "eosinophilia", ".", "Final", "diagnosis", "Invasive", "colonic", "anikasiasis" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 77, "end": 85 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 240, "end": 247 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1781, "end": 1787 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1724, "end": 1731 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2342, "end": 2349 }, { "text": "Anisakis", "label": "SPECIES", "start": 3084, "end": 3092 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2938, "end": 2945 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3262, "end": 3269 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 3065, "end": 3069 } ]

[ "44-year-old", "male", "admitted", "for", "prolonged", "fever", ".", "(", "previous", "basic", "study", ":", "N", ")", "Background", "Native", "of", "Colombia", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "10", "years", ".", "Returned", "from", "a", "trip", "to", "his", "country", "5", "months", "ago", ".", "She", "reported", "mosquito", "and", "tick", "bites", "in", "an", "unhealthy", "environment", ".", "Toxic", "habits", ":", "ex-smoker", ".", "Denies", "alcohol", "and", "drugs", ".", "AP", ":", "Congenital", "monorrhoea", ".", "Right", "inguinal", "hernia", ".", "No", "usual", "treatment", ".", "Current", "examination", "The", "patient", "complains", "of", "fever", ">", "38o", "for", "the", "last", "1", "month", ",", "accompanied", "by", "generalised", "arthralgias", "and", "myalgias", ",", "with", "dry", "cough", "and", "odynophagia", ".", "No", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "BEG", ",", "C-O", "and", "cooperative", ",", "normohydrated", ",", "normal", "colour", ".", "Febrile", "(", "38", ".", "5o", ")", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Neck", ":", "no", "goitre", "or", "laterocervical", "adenopathies", ".", "Oropharynx", "congestive", ".", "Axillary", "microadenopathies", ".", "AC", ":", "regular", "tones", ",", "no", "murmurs", "or", "rubbing", ".", "PA", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "without", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "organomegaly", ".", "MMII", ":", "1-2", "cm", "erythematous", "macular", "lesions", "on", "the", "anterior", "aspect", "of", "both", "thighs", ",", "no", "inguinal", "lymphadenopathies", ".", "Rectal", "examination", ":", "N", ".", "Complementary", "examinations", "BIOCHEMISTRY", ":", "urea", ":", "28", "mg", "/", "dl", ".", "creatinine", ":", "0", ".", "75", "mg", "/", "dl", ".", "bilirubin", ":", "0", ".", "63", "mg", "/", "dl", ".", "GOT", ":", "56", "IU", "/", "l", ",", "GPT", ":", "78", "IU", "/", "l", ".", "GGT", ":", "18", "IU", "/", "l", ".", "FA", ":", "67", "IU", "/", "l", ".", "CRP", ":", "154", "mg", "/", "l", ".", "Procalcitonin", ":", "0", ".", "27ng", "/", "l", ",", "LDH", ":", "882", "IU", "/", "l", ",", "beta-2", "microglobulin", ":", "2", ".", "8", "mg", "/", "l", ",", "ferritin", ":", "580", "ng", "/", "ml", ".", "Immunoglobulins", ":", "N", ".", "The", "rest", "of", "the", "blood", "tests", "were", "null", ".", "Haemogram", ":", "leucocytes", ":", "18570", "/", "mm", ".", "neutrophils", ":", "86", ".", "1", "%", ",", "lymphocytes", ":", "8", ".", "2", "%", ",", "eosinophils", ":", "0", ".", "4", "%", ".", "Haemoglobin", ":", "12", ".", "5", "g", "/", "dl", ".", "Ht", ":", "34", ".", "6", "%", ",", "platelets", ":", "305000", "/", "μL", ".", "ESR", ":", "60", ".", "HAEMOSTASIS", ":", "I", ".", "Quick", ":", "62", ".", "8", "%", ".", "T", ".", "Prothrombin", ":", "14", ".", "8", "\"", ".", "Fibrinogen", ":", "403", ".", "7", "mg", "/", "dl", ".", "APTT", ":", "32", "\"", ".", "INR", "determination", ":", "1", ".", "22", ".", "Urine", ":", "negative", ".", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "84", "bpm", ",", "PR", "0", ".", "16", "sec", ",", "QRS", "0", ".", "08", ",", "QRS", "axis", "at", "60o", ".", "Chest", "X-ray", ":", "N", "MICROBIOLOGY", ":", "blood", "cultures", "(", "x6", ")", ":", "negative", ".", "Urine", "culture", ",", "stool", "culture", "and", "stool", "parasites", ":", "negative", ".", "Interferon", "gamma", "TB", "(", "IGRA", ")", ":", "negative", ".", "SEROLOGY", ":", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HEV", ",", "herpes", "group", ",", "toxoplasma", ",", "rickettsia", ",", "borrelia", ",", "mycoplasma", ",", "chlamydia", ",", "trypanosoma", ",", "salmonella", ",", "brucella", ",", "leishmania", ",", "lues", ",", "parvovirus", "B19", ",", "plasmodium", ",", "leptospirosis", ",", "chikungunya", ",", "dengue", "and", "Zika", "virus", ":", "negative", ".", "SELF-IMMUNITY", ":", "negative", ".", "RCT", "and", "RF", ":", "negative", ".", "Histocompatibility", "antigen", "HLA", "B-35", ".", "ECO-Cardio", ":", "normal", ".", "No", "signs", "of", "endocarditis", "or", "pericardial", "effusion", ".", "Abdominal", "and", "prostate", "ECHO", ":", "N", "Thoracic-abdominal", "CT", ":", "lymphadenopathies", "<", "1cm", "at", "axillary", "and", "retroperitoneal", "level", ".", "Rest", ":", "N", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "and", "frontal", "and", "maxillary", "sinuses", ":", "N" ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 213, "end": 217 }, { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 200, "end": 208 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 399, "end": 406 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1938, "end": 1941 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1943, "end": 1946 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1948, "end": 1951 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1933, "end": 1936 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1996, "end": 2004 }, { "text": "brucella", "label": "SPECIES", "start": 2054, "end": 2062 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1958, "end": 1964 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2064, "end": 2074 }, { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2006, "end": 2016 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1864, "end": 1873 }, { "text": "plasmodium", "label": "SPECIES", "start": 2098, "end": 2108 }, { "text": "rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1984, "end": 1994 }, { "text": "salmonella", "label": "SPECIES", "start": 2042, "end": 2052 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1972, "end": 1982 }, { "text": "Zika virus", "label": "SPECIES", "start": 2149, "end": 2159 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 2082, "end": 2096 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 2018, "end": 2027 }, { "text": "trypanosoma", "label": "SPECIES", "start": 2029, "end": 2040 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2076, "end": 2080 }, { "text": "leptospirosis", "label": "SPECIES", "start": 2110, "end": 2123 }, { "text": "chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 2125, "end": 2136 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 2138, "end": 2144 } ]

[ "Seven-year-old", "male", "patient", "from", "Calatayud", "(", "Zaragoza", ",", "Spain", ")", ",", "who", "came", "to", "the", "clinic", "with", "the", "presence", "of", "a", "foreign", "body", "on", "the", "scalp", ".", "The", "family", "reported", "having", "spent", "the", "previous", "week", "in", "a", "rural", "house", "in", "contact", "with", "animals", ",", "specifically", "sheep", "and", "horses", ".", "On", "physical", "examination", ",", "a", "tick", "(", "haematophagous", "arthropod", ")", "of", "the", "species", "Dermacentor", "marginatus", "was", "identified", "in", "the", "occipital", "region", ",", "which", "was", "removed", "without", "incident", ".", "After", "48", "hours", ",", "a", "papular", "lesion", "measuring", "1", "x", "1", "cm", "appeared", ",", "with", "minimal", "secretion", "and", "meliceric", "crusts", ",", "which", "was", "initially", "treated", "with", "topical", "mupirocin", ".", "5", "days", "after", "removal", "of", "the", "tick", ",", "the", "patient", "consulted", "again", "due", "to", "worsening", "of", "the", "lesion", "and", "the", "appearance", "of", "several", "retroauricular", ",", "cervical", "and", "occipital", "lymphadenopathies", ",", "fever", "and", "asthenia", ".", "Examination", "revealed", "a", "deep", ",", "ulcer-like", "lesion", "on", "the", "occipital", "scalp", ",", "measuring", "3", "x", "3", "cm", ",", "with", "erythematous", "borders", "and", "a", "necrotic", "centre", ".", "Ulcer", "on", "the", "scalp", "of", "our", "patient", ".", "Oral", "azithromycin", "was", "prescribed", "at", "a", "dose", "of", "8", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "5", "days", "and", "successive", "moist", "dressings", "with", "hydrogels", "and", "colloidal", "dressings", "were", "applied", "to", "the", "bedsore", ".", "The", "evolution", "was", "satisfactory", ",", "with", "complete", "healing", "after", "approximately", "2-3", "weeks", ".", "Rickettsial", "serology", "was", "negative", "and", "both", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "and", "culture", "of", "the", "lesion", "showed", "the", "presence", "of", "R", ".", "slovaca", ",", "confirming", "the", "origin", "of", "the", "clinical", "picture", "described", ".", "Spain", "is", "currently", "one", "of", "the", "countries", "with", "the", "highest", "number", "of", "reported", "cases", ".", "Other", "species", ",", "such", "as", "Rickettsia", "raoultii", "or", "Rickettsia", "rioja", ",", "could", "cause", "a", "similar", "clinical", "picture", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 219, "end": 226 }, { "text": "haematophagous arthropod", "label": "SPECIES", "start": 292, "end": 316 }, { "text": "horses", "label": "SPECIES", "start": 251, "end": 257 }, { "text": "species Dermacentor marginatus", "label": "SPECIES", "start": 325, "end": 355 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 325, "end": 332 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 139, "end": 145 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 286, "end": 290 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 619, "end": 623 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 241, "end": 246 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 629, "end": 636 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 958, "end": 965 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 27 }, { "text": "R. slovaca", "label": "SPECIES", "start": 1345, "end": 1355 }, { "text": "Rickettsia raoultii", "label": "SPECIES", "start": 1521, "end": 1540 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1521, "end": 1531 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1544, "end": 1554 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1504, "end": 1511 }, { "text": "Rickettsia rioja", "label": "SPECIES", "start": 1544, "end": 1560 } ]

[ "Background", "We", "report", "the", "clinical", "case", "of", "a", "74-year-old", "white", "female", "patient", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "chronic", "renal", "insufficiency", ",", "hypothyroidism", ",", "atrial", "fibrillation", "and", "coronary", "artery", "disease", ",", "for", "which", "she", "had", "undergone", "angioplasty", "and", "stenting", "of", "the", "anterior", "descending", "coronary", "artery", "in", "the", "year", "2000", ".", "In", "addition", ",", "he", "suffered", "from", "severe", "mitral", "insufficiency", ",", "for", "which", "he", "had", "undergone", "mitral", "valve", "replacement", "with", "a", "mechanical", "valve", "in", "2001", ".", "Subsequently", ",", "he", "developed", "heart", "failure", "with", "a", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", "(", "LVEF", ")", "of", "22", "%", "and", "New", "York", "Heart", "Association", "(", "NYHA", ")", "functional", "class", "(", "FC", ")", "III", "/", "IV", "despite", "optimal", "medical", "management", ",", "with", "a", "baseline", "electrocardiogram", "showing", "a", "QRS", "complex", ">", "120", "msec", ",", "leading", "to", "a", "decision", "to", "place", "a", "St", ".", "Jude", "cardiac", "resynchroniser", "programmed", "in", "VVT", "in", "April", "2004", ".", "During", "this", "procedure", ",", "2", "grams", "of", "cephalothin", "was", "administered", "prophylactically", ",", "with", "a", "good", "response", ".", "Clinical", "picture", "The", "patient", "consulted", "4", "years", "after", "resynchroniser", "implantation", "(", "2008", ")", "for", "3", "consecutive", "days", "of", "progressive", "dyspnoea", ",", "orthopnoea", ",", "paroxysmal", "nocturnal", "dyspnoea", "and", "fever", ".", "On", "admission", ",", "he", "presented", "with", "a", "blood", "pressure", "of", "120", "/", "70", "mm", "Hg", ",", "heart", "rate", "of", "78", "beats", "per", "minute", ",", "respiratory", "rate", "of", "18", "x", "\"", ",", "axillary", "temperature", "of", "38", ".", "5oC", ",", "oxygen", "saturation", "of", "78", "%", ",", "moderate", "dyspnoea", ",", "no", "jugular", "ingurgitation", "and", "generalised", "hypoventilation", "with", "bibasal", "rales", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "pulmonary", "congestion", "and", "blood", "tests", "showed", ":", "leucocytes", "=", "16", ",", "700", "x", "mm3", "with", "96", "%", "neutrophilia", ";", "haemoglobinemia", "of", "11", ".", "3", "g", "/", "dl", ";", "platelets", "=", "404", ",", "000", "x", "mm3", ";", "creatinine", "=", "1", ",", "000", "x", "mm3", ";", "haemoglobinemia", "of", "11", ".", "3", "g", "/", "dl", ";", "platelets", "=", "404", ",", "000", "x", "mm3", ";", "creatinine", "=", "1", ",", "000", "x", "mm3", ";", "and", "blood", "tests", "showed", ":", "leucocytes", "=", "16", ",", "700", "x", "mm3", "with", "96", "%", "neutrophilia", ";", "haemoglobinemia", "of", "11", ".", "3", "g", "/", "dl", ";", "platelets", "=", "404", ".", "000", "x", "mm3", ";", "creatininemia", "2", ".", "2", "mg", "/", "dl", ";", "blood", "sodium", "=", "150", "mmol", "/", "L", ";", "kalaemia", "=", "4", ".", "2", "mmol", "/", "L", ";", "INR", "=", "3", ".", "4", ";", "CRP", "=", "47", "mg", "/", "dl", ".", "Due", "to", "the", "clinical", "picture", ",", "intravenous", "vasodilators", "and", "diuretics", "and", "water", "restriction", "were", "started", ",", "with", "good", "response", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", "on", "suspicion", "of", "infective", "endocarditis", "as", "the", "patient", "persisted", "with", "fever", ",", "finding", "a", "mobile", "mass", "attached", "to", "the", "resynchroniser", "electrode", "(", "Figure", "1", ")", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "piperacillin", "and", "tazobactam", "2", ".", "25", "grams", "intravenous", "every", "6", "hours", "+", "vancomycin", "1", "gram", "intravenous", "initially", "and", "subsequent", "doses", "according", "to", "trough", "levels", ".", "Blood", "cultures", "were", "positive", "for", "multisensitive", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "administered", "for", "6", "weeks", "with", "a", "very", "good", "response", ",", "so", "it", "was", "decided", "not", "to", "remove", "the", "resynchroniser", "lead", "or", "the", "mitral", "valve", ".", "The", "control", "echocardiogram", "at", "6", "weeks", "showed", "resolution", "of", "the", "mass", "adherent", "to", "the", "electrode", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 69, "end": 76 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 961, "end": 968 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2150, "end": 2157 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2486, "end": 2507 } ]

[ "A", "25-year-old", "woman", "was", "referred", "to", "our", "department", "to", "confirm", "the", "presence", "of", "Susac", "syndrome", "due", "to", "bilateral", "visual", "loss", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "balance", "disturbances", ",", "ataxia", ",", "faecal", "and", "urinary", "incontinence", ",", "and", "left", "hearing", "loss", "for", "four", "years", ",", "and", "was", "receiving", "corticosteroids", ",", "nimodipine", "and", "anticoagulants", ".", "Neurological", "examination", "revealed", "spastic", "paraparesis", ",", "tendon", "hyperreflexia", "and", "genitourinary", "dysfunction", ".", "Blood", "tests", "including", "haemogram", ",", "general", "biochemistry", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "angiotensin", "converting", "enzyme", "and", "coagulation", "were", "unaltered", ".", "Serology", "for", "lues", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "herpes", "simplex", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", ",", "C-reactive", "protein", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "lupus", "anticoagulant", ",", "antinuclear", ",", "anticardiolipin", ",", "and", "antiphospholipid", "antibodies", "was", "negative", ".", "Chest", "X-ray", ",", "electrocardiogram", ",", "echocardiography", "and", "cranial", "computed", "axial", "tomography", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "was", "clear", "with", "normal", "opening", "pressure", ",", "slightly", "increased", "protein", ",", "and", "normal", "remaining", "formula", ".", "CSF", "serology", "for", "borrelia", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "cytomegalovirus", "and", "syphilis", ",", "in", "addition", "to", "the", "usual", "cultures", "were", "negative", ".", "Detection", "of", "oligoclonal", "bands", "in", "CSF", "was", "also", "negative", ".", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "showed", "multiple", "focal", "areas", "of", "hyperintensity", "in", "the", "periventricular", "and", "pericallosal", "white", "matter", "and", "in", "the", "semioval", "centre", "regions", ".", "Standard", "audiometric", "tests", "revealed", "asymmetrical", ",", "left-dominant", ",", "low-frequency", ",", "sensorineural", "hearing", "loss", ".", "On", "ophthalmological", "examination", ",", "his", "visual", "acuity", "was", "20", "/", "25", "in", "both", "eyes", ".", "Goldmann", "campimetry", "(", "Haag-Streit", ",", "Bern", ",", "Switzerland", ")", "showed", "bitemporal", "inferior", "quadrantanopsia", ".", "Biomicroscopy", "of", "the", "anterior", "segment", "showed", "no", "remarkable", "findings", ".", "Funduscopic", "examination", "revealed", "peripheral", "retinal", "microangiopathy", ",", "showing", "amputation", "of", "vessels", "with", "clusters", "of", "microaneurysms", "in", "both", "eyes", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "inflammation", "or", "cells", "in", "the", "vitreous", "and", "no", "sheathing", "of", "the", "retinal", "vessels", ".", "Fluorescein", "angiography", "(", "FFA", ")", "showed", "signs", "of", "ischaemia", "in", "the", "areas", "corresponding", "to", "the", "arteriolar", "occlusions", ".", "The", "diagnosis", "of", "Susac", "syndrome", "was", "based", "on", "the", "association", "of", "encephalopathy", "with", "typical", "MRI", "findings", ",", "retinal", "microangiopathy", "and", "sensorineural", "hearing", "loss", ".", "Due", "to", "the", "evident", "peripheral", "retinal", "ischaemia", "seen", "on", "FFA", ",", "retinal", "laser", "photocoagulation", "was", "performed", "prophylactically", "in", "the", "ischaemic", "areas", ",", "and", "the", "visual", "picture", "has", "remained", "stable", "ever", "since", ".", "After", "two", "years", ",", "there", "have", "been", "no", "significant", "changes", "in", "neurological", "or", "auditory", "status", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1048, "end": 1056 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1078, "end": 1093 }, { "text": "herpes simplex", "label": "SPECIES", "start": 624, "end": 638 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 127, "end": 134 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1058, "end": 1076 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 594, "end": 622 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 588, "end": 592 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 640, "end": 651 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 640, "end": 657 } ]

[ "", "An", "otherwise", "healthy", "16-year-old", "adolescent", "presented", "to", "our", "emergency", "department", "at", "a", "regional", "hospital", "with", "symptoms", "of", "hyperthermia", "and", "abdominal", "pain", ",", "fatigue", "and", "sore", "throat", ".", "It", "was", "relevant", "that", "he", "and", "several", "of", "his", "siblings", "shared", "a", "history", "of", "suspected", "exposure", "to", "a", "patient", "with", "coronavirus", "2019", "disease", "3", "weeks", "prior", "to", "presentation", ".", "On", "examination", ",", "he", "had", "signs", "of", "acute", "pharyngitis", ",", "non-purulent", "conjunctivitis", ",", "diffuse", "abdominal", "pain", "on", "palpation", "and", "extensive", "maculopapular", "rash", "(", "on", "the", "palms", "of", "the", "hands", ",", "knees", "and", "ankles", ")", ",", "without", "haemodynamic", "or", "respiratory", "involvement", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "ward", "with", "suspected", "scarlet", "fever", "and", "then", "presented", "with", "headache", "and", "nuchal", "rigidity", ".", "A", "CT", "scan", "showed", "normal", "results", ",", "and", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "showed", "mild", "pleocytosis", "and", "normal", "glycorrhachia", ",", "and", "was", "negative", "for", "bacterial", "and", "viral", "pathogens", ".", "It", "should", "be", "noted", "that", "2", "nasopharyngeal", "swabs", "for", "SARS-CoV-2", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "an", "extensive", "panel", "of", "tests", "for", "infectious", "diseases", ".", "On", "his", "third", "day", "of", "hospitalisation", ",", "he", "developed", "thermal", "shock", ",", "was", "transferred", "to", "the", "local", "paediatric", "ICU", "and", "required", "intubation", "and", "haemodynamic", "support", "with", "epinephrine", "and", "milrinone", ".", "Laboratory", "results", "were", "relevant", "for", "a", "high", "troponin-I", "value", "(", "922", "ng", "/", "L", ")", "and", "a", "disproportionately", "high", "pro-BNP", "value", "(", ">", "35", ",", "000", "pg", "/", "mL", ";", "analytical", "limit", ")", ".", "An", "echocardiogram", "showed", "mildly", "reduced", "systolic", "left", "ventricular", "function", "with", "ejection", "fraction", "of", "50", "%", "and", "mild", "mitral", "regurgitation", ".", "Coronary", "arteries", "were", "normal", ".", "As", "at", "this", "time", "the", "clinical", "picture", "was", "consistent", "with", "atypical", "nephropathy", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulin", "and", "high-dose", "aspirin", ",", "and", "transferred", "to", "the", "paediatric", "ICU", "of", "our", "tertiary", "centre", ".", "During", "his", "stay", ",", "he", "was", "intubated", "and", "subjected", "to", "mechanical", "ventilation", ",", "and", "required", "variable", "doses", "of", "inotropic", "and", "vasopressor", "support", ".", "Echocardiogram", "showed", "normal", "systolic", "left", "ventricular", "function", ",", "with", "moderate", "concentric", "mitral", "regurgitation", "and", "mild", "aortic", "regurgitation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "high", "C-reactive", "protein", "value", "(", "24", "mg", "/", "dL", ")", ",", "mild", "normocytic", "anaemia", ",", "borderline", "thrombocytopenia", ",", "mild", "coagulation", "disturbance", "(", "INR", "2", ".", "23", ")", "with", "normal", "fibrinogen", "values", "and", "high", "D-dimer", "value", "(", "3573", "ng", "/", "mL", ")", ".", "Blood", "cultures", "and", "respiratory", "viral", "panels", "were", "negative", "in", "sputum", "and", "blood", ",", "with", "a", "positive", "nasopharyngeal", "swab", "for", "SARS-CoV-2", "and", "serological", "confirmation", "of", "previous", "SARS-CoV-2", "infection", ",", "with", "positive", "IgG", "and", "IgA", "(", "tested", "in", "serum", "obtained", "before", "i", ".", "v", ".", "IG", "treatment", ")", ".", "Rheumatological", "examination", "revealed", "very", "low", "values", "of", "complement", "factors", "C3", "and", "C4", "(", "26", "and", "<", "1", ".", "68", "mg", "/", "dL", ",", "respectively", ")", ",", "as", "well", "as", "negative", "antinuclear", "antibodies", ".", "On", "the", "following", "day", ",", "the", "patient", "presented", "with", "clonus", ";", "an", "emergency", "brain", "MRI", "and", "MRA", "showed", "diffuse", "and", "small", "siderosis", "foci", "with", "low", "signal", "in", "the", "subcortical", "white", "matter", "of", "both", "hemispheres", "and", "the", "corpus", "callosum", ".", "In", "addition", "to", "haemodynamic", "involvement", ",", "the", "patient", "presented", "with", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "and", "small", "bilateral", "pleural", "effusions", ".", "With", "the", "provisional", "diagnosis", "of", "SARS-CoV-2", "associated", "resistant", "atypical", "Kawasaki", ",", "he", "was", "treated", "with", "an", "additional", "dose", "of", "i", ".", "v", ".", "IG", "and", "a", "5-day", "course", "of", "pulsed", "methylprednisolone", ".", "Given", "the", "signs", "of", "CNS", "microhaemorrhages", ",", "anticoagulant", "therapy", "was", "not", "initiated", ".", "During", "the", "following", "3", "days", ",", "the", "cardiovascular", "and", "pulmonary", "alterations", "resolved", "and", "the", "patient", "was", "successfully", "extubated", ".", "Neurologically", ",", "he", "regained", "full", "consciousness", "and", "general", "strength", "improved", "rapidly", ".", "As", "abdominal", "pain", "and", "vomiting", "persisted", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "and", "showed", "signs", "of", "mild", "pancreatitis", "and", "moderate", "ascites", ".", "Further", "analytical", "tests", "showed", "a", "gradual", "decrease", "in", "troponin", "I", ",", "pro-BNP", "and", "inflammation", "markers", ",", "as", "well", "as", "an", "increase", "in", "C3", "and", "C4", "to", "normal", "values", ".", "At", "a", "follow-up", "examination", "2", "weeks", "after", "discharge", ",", "the", "echocardiogram", "showed", "a", "mild", "coronary", "thickening", "of", "3", ".", "5", "mm", ",", "with", "a", "small", "coronary", "aneurysm", "in", "the", "right", "coronary", "artery", ".", "Mitral", "and", "aortic", "insufficiency", "had", "resolved", ",", "and", "cardiac", "activity", "was", "normal", ".", "Neurological", "examination", "was", "normal", "except", "for", "general", "muscle", "weakness", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "coronavirus 2019", "label": "SPECIES", "start": 290, "end": 306 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 224, "end": 232 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 277, "end": 284 }, { "text": "adolescent", "label": "HUMAN", "start": 34, "end": 44 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 957, "end": 967 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1639, "end": 1646 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2400, "end": 2410 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2452, "end": 2462 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3117, "end": 3127 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2745, "end": 2752 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2985, "end": 2992 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3441, "end": 3448 } ]

[ "Patient", "42", "years", "old", ",", "married", ",", "singleton", "(", "twins", ")", ",", "with", "a", "20-year", "history", "of", "repeated", "infections", "in", "the", "genital", "area", ".", "At", "the", "age", "of", "22", "she", "contracted", "HPV", ";", "for", "years", "she", "was", "treated", "with", "laser", ",", "without", "success", ".", "She", "suffered", "from", "Candida", "albicans", "infections", "at", "least", "once", "a", "month", ".", "At", "the", "age", "of", "34", "she", "developed", "genital", "herpes", ".", "Episodes", "of", "candidiasis", "worsened", ",", "alternating", "with", "herpes", ".", "Constant", "vaginal", "pain", "made", "it", "impossible", "for", "her", "to", "maintain", "regular", "sexual", "activity", ".", "At", "the", "age", "of", "36", "she", "underwent", "in", "vitro", "fertilisation", "(", "IVF", ")", "treatment", ",", "resulting", "in", "a", "twin", "pregnancy", "carried", "to", "term", ".", "At", "the", "age", "of", "38", ",", "she", "underwent", "a", "new", "vaginal", "laser", "cauterisation", ",", "which", "evolved", "with", "repeated", "ulcerations", ",", "mainly", "in", "two", "locations", ",", "always", "very", "difficult", "to", "heal", ".", "Her", "vagina", "was", "permanently", "dry", "and", "she", "could", "not", "wear", "trousers", "due", "to", "constant", "pain", ".", "Faced", "with", "the", "dissatisfaction", "caused", "by", "conventional", "and", "unsuccessful", "treatments", ",", "with", "her", "intimate", "life", "at", "an", "unacceptable", "level", ",", "the", "patient", "was", "looking", "for", "an", "alternative", ".", "Taking", "into", "account", "the", "knowledge", "acquired", "about", "wound", "treatment", "and", "the", "good", "evolution", "of", "chronic", "ulcers", "treated", "with", "lipoaspirate", "graft", "(", "which", "contains", "most", "of", "the", "VEFs", "and", "ADSCs", "(", "1", ")", ")", ",", "we", "proposed", "an", "innovative", "solution", "for", "her", "case", ".", "This", "proposal", "consisted", "of", ":", "1", ".", "resection", "of", "the", "vaginal", "areas", "with", "recurrent", "wounds", ",", "and", "coverage", "with", "local", "rotation", "flaps", ".", "2", ".", "Lipografting", "of", "the", "labia", "majora", "to", "increase", "their", "volume", "and", "thus", "close", "the", "vulvar", "orifice", "and", "retain", "the", "natural", "moisture", ".", "3", ".", "Lamellar", "lipograft", "placed", "under", "the", "vaginal", "mucosa", ",", "in", "its", "entire", "posterior", "hemisphere", ",", "in", "order", "to", "increase", "the", "inflammatory", "response", "capacity", ",", "improve", "the", "healing", "capacity", "and", "give", "resistance", "to", "the", "tissues", ".", "Once", "the", "proposal", "was", "accepted", "by", "the", "patient", ",", "the", "surgery", "was", "performed", "under", "general", "anaesthesia", ".", "Although", "the", "fat", "donor", "areas", "with", "the", "highest", "production", "of", "stem", "cells", "are", "those", "of", "the", "trunk", "of", "the", "body", "(", "3", ")", ",", "in", "this", "case", "we", "chose", "to", "aspirate", "from", "the", "hips", ",", "using", "tumescent", "technique", "with", "physiological", "saline", "and", "adrenaline", "at", "1", "/", "500", ",", "000", ",", "following", "the", "usual", "practice", "of", "our", "group", "(", "4", ")", ".", "We", "used", "4", "mm", "diameter", "cannulas", "for", "liposuction", "and", "3", "mm", "diameter", "cannulas", "for", "grafting", ".", "From", "the", "aspirate", "column", "(", "approximately", "400", "cc", ".", "Fig", ".", "1", ")", ",", "after", "waiting", "40", "minutes", "for", "sedimentation", ",", "we", "discarded", "the", "oil", "layer", "on", "the", "surface", ",", "resulting", "from", "the", "rupture", "of", "the", "adipocytes", ",", "and", "the", "residual", "liquid", "at", "the", "bottom", ",", "mostly", "the", "product", "of", "infiltration", ".", "We", "grafted", "10", "cc", "of", "fat", "in", "each", "labium", "majus", ",", "tunneled", "in", "layers", ",", "and", "4", "cc", "in", "the", "posterior", "submucosa", "of", "the", "vagina", "following", "the", "retroinjection", "technique", ",", "in", "a", "parallel", "and", "laminar", "fashion", ";", "we", "had", "previously", "performed", "resection", "of", "two", "vaginal", "ulcers", "and", "approximation", "of", "the", "superficial", "transverse", "muscle", "of", "the", "perineum", ",", "with", "a", "small", "posterior", "perineoplasty", "for", "closure", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "the", "day", "after", "the", "operation", ".", "She", "removed", "two", "internal", "stitches", "of", "polyglycolic", "acid", "suture", "thread", "at", "three", "and", "four", "weeks", ".", "As", "for", "recovery", ",", "she", "resumed", "her", "professional", "activities", "three", "days", "after", "surgery", ",", "her", "sporting", "activities", "after", "three", "weeks", "and", ",", "out", "of", "misgivings", ",", "did", "not", "resume", "sexual", "relations", "until", "two", "months", "after", "surgery", ".", "Due", "to", "restriction", "of", "the", "perineum", ",", "she", "presented", "a", "small", "fissure", "next", "to", "the", "posterior", "vaginal", "commissure", "after", "sexual", "intercourse", ",", "which", "healed", "quickly", ".", "So", "far", ",", "after", "9", "months", "of", "follow-up", ",", "there", "has", "been", "no", "recurrence", "of", "herpes", "or", "any", "other", "type", "of", "infection", ";", "the", "vagina", "is", "permanently", "moist", ",", "something", "she", "was", "unaware", "of", "as", "she", "had", "always", "lived", "with", "local", "dryness", ".", "The", "vaginal", "introitus", "remains", "closed", ",", "the", "labia", "have", "a", "youthful", "and", "turgid", "appearance", "and", "the", "patient", "can", "wear", "any", "type", "of", "clothing", ".", "Her", "only", "complaints", "are", "related", "to", "the", "occasional", "appearance", "of", "fissures", "in", "the", "posterior", "commissure", "after", "sexual", "intercourse", ",", "and", "a", "small", "wound", "of", "3", "x", "1", "cm", ",", "painful", ",", "which", "occasionally", "appears", "at", "the", "point", "where", "an", "irreabsorbable", "stitch", "was", "placed", "in", "depth", ",", "but", "which", "does", "not", "coincide", "with", "the", "area", "where", "the", "ulcers", "caused", "by", "the", "laser", "therapy", "were", "previously", "located", ".", "These", "problems", "are", "caused", "by", "mechanical", "action", "and", "can", "be", "corrected", ";", "They", "are", "due", "to", "a", "small", "excess", "in", "the", "closure", "of", "the", "perineum", "and", "a", "reaction", "to", "the", "suture", "thread", ",", "and", "not", "due", "to", "a", "lack", "of", "resistance", "of", "the", "tissues", ",", "which", "was", "the", "main", "objective", "of", "the", "treatment", "and", "which", "was", "fully", "successful", ",", "as", "we", "know", "from", "MRI", "carried", "out", "2", "months", "after", "the", "surgery", ",", "that", "the", "liposuctioned", "material", "had", "already", "stabilised", "in", "its", "new", "bed", "(", "2", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "angiogenesis", "induced", "by", "the", "EVF", ",", "which", "was", "already", "fully", "active", ",", "allowing", "an", "improvement", "in", "the", "resistance", "of", "the", "mucosa", "and", "restoring", "it", "to", "normality", ".", "After", "this", "period", ",", "the", "critical", "moment", "for", "this", "type", "of", "surgery", "is", "considered", "to", "have", "passed", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 227, "end": 243 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 973, "end": 980 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 149, "end": 152 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1754, "end": 1761 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2835, "end": 2842 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3673, "end": 3680 } ]

[ "", "A", "36-year-old", "man", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "suspected", "SARS-CoV-2", "infection", "and", "a", "history", "of", "dry", "cough", ",", "fever", "and", "dyspnoea", "of", "three", "weeks", "'", "evolution", ".", "He", "reported", "significant", "worsening", "of", "dyspnoea", "in", "the", "previous", "4", "hours", ",", "with", "left", "pleural", "chest", "pain", ".", "His", "medical", "history", "was", "relevant", "only", "for", "childhood", "asthma", "and", "for", "being", "a", "10", "pack-year", "smoker", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "recent", "trauma", "or", "previous", "pneumothorax", ".", "The", "patient", "worked", "as", "a", "courier", "and", "had", "previously", "performed", "domestic", "cleaning", "tasks", ".", "The", "patient", "was", "cared", "for", "in", "a", "resuscitation", "room", "and", "the", "staff", "wore", "full", "personal", "protective", "equipment", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "was", "clearly", "hypoxaemic", ",", "with", "an", "SpO2", "of", "88", "%", "-", "90", "%", "on", "a", "reservoir", "mask", "at", "15", "L", "/", "min", ",", "respiratory", "rate", "of", "50", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "using", "secondary", "respiratory", "muscles", ",", "and", "tachycardic", "with", "a", "regular", "pulse", "rate", "of", "150", "l", ".", "p", ".", "m", ".", "His", "trachea", "remained", "central", ",", "his", "trachea", "was", "still", "central", ",", "and", "his", "trachea", "was", "still", "central", ".", "His", "trachea", "remained", "central", ",", "with", "jugular", "venous", "pressure", "3", "cm", "above", "the", "costal", "angle", "and", "blood", "pressure", "110", "/", "65", "mmHg", ".", "On", "auscultation", ",", "there", "were", "no", "breath", "sounds", "throughout", "the", "left", "hemithorax", ",", "with", "reduced", "vocal", "vibrations", "and", "asymmetric", "chest", "expansion", ".", "An", "anteroposterior", "portable", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "revealing", "a", "large", "left", "pneumothorax", "with", "mediastinal", "shift", "and", "radiological", "signs", "of", "tension", ".", "The", "compressed", "right", "lung", "showed", "signs", "of", "severe", "COVID-19", ",", "i", ".", "e", ".", "patchy", "generalised", "consolidative", "changes", ".", "Complete", "blood", "count", "revealed", "increased", "leukocytes", "(", "13", ".", "64", "×", "109", "/", "L", ")", "with", "neutrophilia", "(", "8", ".", "91", "×", "109", "/", "L", ")", ",", "lymphocytes", "(", "3", ".", "81", "×", "109", "/", "L", ")", ",", "haemoglobin", "(", "146", "g", "/", "L", ")", "and", "thrombocytes", "(", "1051", "×", "109", "/", "L", ")", ";", "biochemical", "markers", "showed", "increased", "C-reactive", "protein", "(", "28", ".", "7", "mg", "/", "L", ")", "and", "alanine", "aminotransferase", "(", "107", "IU", "/", "L", ")", ".", "These", "results", "supported", "the", "possibility", "of", "bacterial", "infection", "superimposed", "on", "COVID-19", ".", "A", "12-lead", "ECG", "revealed", "sinus", "tachycardia", "at", "155", "bpm", ".", "A", "lung", "ultrasound", "after", "definitive", "treatment", "showed", "multiple", "confluent", "B", "lines", "with", "bilateral", "pleural", "thickening", ",", "consistent", "with", "the", "diagnosis", "of", "COVID-19", ".", "A", "new", "chest", "X-ray", "confirmed", "lung", "re-expansion", "with", "extensive", "bilateral", "consolidation", ".", "The", "patient", "underwent", "a", "chest", "CT", "scan", "the", "following", "day", ",", "which", "showed", "extensive", "areas", "of", "patchy", "consolidation", ",", "consistent", "with", "severe", "COVID-19", "infection", ",", "with", "associated", "bullae", ".", "After", "discussion", "of", "the", "radiological", "findings", ",", "the", "patient", "underwent", "urgent", "decompression", "of", "his", "pneumothorax", "with", "a", "14-gauge", "cannula", "inserted", "into", "the", "second", "intercostal", "space", "and", "the", "midclavicular", "line", ".", "After", "the", "initial", "decompression", ",", "a", "Seldinger", "chest", "drain", "with", "a", "12F-gauge", "tube", "was", "inserted", "in", "the", "left", "axilla", ".", "Treatment", "led", "to", "immediate", "improvement", "in", "respiratory", "and", "cardiovascular", "activity", ",", "with", "clinical", "and", "radiological", "evidence", "of", "lung", "re-expansion", ".", "One", "hour", "later", ",", "the", "patient", "'", "s", "oxygen", "requirement", "was", "reduced", "from", "15", "L", "/", "min", "with", "a", "reservoir", "mask", "to", "4", "L", "/", "min", "via", "nasal", "cannula", ",", "with", "normalisation", "of", "pulse", "and", "respiratory", "rate", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "a", "COVID-19", "ward", ",", "with", "complete", "lung", "re-expansion", "and", ",", "two", "days", "later", ",", "successful", "removal", "of", "the", "chest", "drain", ".", "His", "initial", "COVID-19", "smear", "was", "negative", ";", "however", ",", "after", "reviewing", "the", "evolution", "and", "imaging", "results", ",", "the", "infectious", "diseases", "team", "considered", "COVID-19", "infection", "highly", "probable", ",", "and", "that", "the", "delay", "in", "the", "initial", "clinical", "picture", "resulted", "in", "a", "negative", "test", ".", "She", "was", "discharged", "two", "days", "later", "and", "is", "awaiting", "outpatient", "follow-up", "with", "the", "pulmonology", "team", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 424, "end": 431 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 67, "end": 77 }, { "text": "courier", "label": "HUMAN", "start": 444, "end": 451 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 510, "end": 517 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 629, "end": 636 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 564, "end": 569 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2125, "end": 2132 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2350, "end": 2357 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2781, "end": 2788 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2942, "end": 2949 } ]

[ "An", "84-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "allergy", "to", "procaine", "and", "streptomycin", ",", "who", "had", "undergone", "surgery", "for", "a", "left", "hip", "prosthesis", "and", "bilateral", "inguinal", "hernia", ".", "In", "August", "2010", "he", "was", "diagnosed", "with", "RP", "and", "treatment", "with", "prednisone", "30", "mg", "/", "day", "was", "indicated", ".", "The", "patient", "was", "independent", "for", "activities", "of", "daily", "living", "and", "had", "no", "cognitive", "impairment", ".", "At", "the", "time", "of", "consulting", "the", "Nephrology", "Department", "(", "8", "months", "after", "the", "diagnosis", "of", "RP", ")", ",", "he", "was", "on", "therapy", "with", "prednisone", "5", "mg", ",", "omeprazole", "20", "mg", "/", "day", ",", "enalapril", "5", "mg", "every", "12", "hours", ",", "levothyroxine", "25", "mg", "/", "day", ",", "chlorthalidone", "12", ".", "5", "mg", "/", "day", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Nephrology", "Department", "for", "an", "increase", "in", "volume", "in", "the", "lower", "limbs", "and", "in", "the", "abdominal-scrotal", "region", "of", "four", "days", "'", "duration", ".", "On", "interrogation", ",", "he", "only", "reported", "a", "slight", "decrease", "in", "the", "diuresis", "rhythm", "and", "nocturia", "at", "one", "time", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "blood", "pressure", "of", "150", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "of", "80", "bpm", ",", "globular", "abdomen", "with", "dullness", "in", "the", "mesogastrium", "and", "oedema", "with", "fovea", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "the", "rest", "of", "the", "examination", "being", "unremarkable", ".", "Blood", "tests", "on", "admission", "showed", ":", "creatinine", ":", "0", ".", "8", "mg", "/", "dl", ";", "cholesterol", ":", "354", "mg", "/", "dl", ";", "triglycerides", ":", "104", "mg", "/", "dl", ";", "albumin", ":", "2", ".", "2", "g", "/", "dl", ";", "total", "protein", ":", "5", "mg", "/", "dl", ".", "Blood", "count", "and", "coagulation", "were", "normal", ".", "Serology", "for", "hepatitis", "B", ",", "C", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", ":", "negative", ".", "In", "the", "immunological", "study", ",", "antinuclear", "antibodies", "and", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", "antibodies", "were", "negative", ",", "and", "complement", "was", "normal", ".", "IgG", "was", "450", "mg", "/", "dl", "(", "normal", "range", ":", "751-1560", ")", "and", "IgM", "and", "IgA", "were", "normal", ".", "Blood", "electrophoresis", "showed", "a", "percentage", "decrease", "in", "albumin", "without", "monoclonal", "peaks", ".", "Tumour", "markers", "(", "carcinoembryonic", "antigen", "[", "CEA", "]", ",", "CA19-9", ",", "alpha-fetoprotein", "and", "prostate-specific", "antigen", "[", "PSA", "]", ")", "were", "within", "normal", "values", ".", "CA125", "was", "136", "IU", "/", "ml", "(", "normal", "value", ":", "0-35", ")", ".", "The", "24-hour", "urine", "protein", "quantification", "was", "9", ".", "51", "g", "/", "24h", ".", "Creatinine", "clearance", "was", "77", "ml", "/", "min", ".", "Urine", "electrophoresis", "also", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "monoclonal", "peaks", "and", "Bence-Jones", "proteinuria", "was", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "right", "pleural", "effusion", ".", "In", "the", "renal", "ultrasound", ",", "the", "kidneys", "were", "11", "cm", "in", "size", "and", "there", "was", "no", "lithiasis", "or", "dilatation", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "thickening", "of", "the", "gastric", "folds", ".", "For", "this", "reason", ",", "a", "gastroscopy", "was", "requested", ",", "which", "confirmed", "the", "existence", "of", "a", "thickened", "pyloric", "fold", ",", "but", "without", "evidence", "of", "malignancy", "in", "the", "anatomopathological", "study", ".", "In", "the", "presence", "of", "florid", "nephrotic", "syndrome", ",", "a", "percutaneous", "ultrasound-guided", "renal", "biopsy", "was", "performed", "with", "the", "following", "findings", ":", "\"", "5", "glomeruli", "per", "slice", "plane", ",", "all", "with", "the", "usual", "histological", "characteristics", ".", "Immunofluorescence", "was", "negative", "for", "the", "markers", "studied", "(", "IgG", ",", "IgA", ",", "IgM", "and", "C3", ")", ".", "The", "interstitium", ",", "tubules", "and", "vascular", "component", "were", "free", "of", "lesions", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "minimal", "change", "nephropathy", "(", "MCN", ")", ".", "Based", "on", "the", "biopsy", "findings", ",", "the", "prednisone", "dose", "was", "increased", "to", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "clinical", "and", "biochemical", "remission", "of", "the", "nephrotic", "syndrome", "was", "confirmed", "at", "the", "outpatient", "clinic", "and", "a", "tapering", "prednisone", "regimen", "was", "indicated", ".", "Seven", "months", "later", ",", "when", "the", "patient", "was", "on", "maintenance", "therapy", "with", "prednisone", "5", "mg", "/", "day", ",", "a", "relapse", "of", "the", "nephrotic", "syndrome", "was", "observed", ",", "which", "made", "it", "necessary", "to", "increase", "the", "prednisone", "dose", "to", "50", "mg", "/", "day", ".", "After", "the", "nephrotic", "syndrome", "disappeared", ",", "prednisone", "was", "tapered", "to", "a", "dose", "of", "2", ".", "5", "mg", "/", "day", ".", "One", "month", "after", "maintaining", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "2", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "the", "patient", "consulted", "his", "general", "practitioner", "for", "oedema", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "appearance", "of", "proteinuria", "of", "1", ".", "66", "g", "/", "day", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "increase", "the", "prednisone", "dose", "to", "10", "mg", "/", "day", ",", "and", "the", "proteinuria", "disappeared", ".", "At", "the", "last", "Nephrology", "review", ",", "on", "maintenance", "with", "prednisone", "10", "mg", "/", "day", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "and", "without", "proteinuria", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 266, "end": 273 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "streptomycin", "label": "SPECIES", "start": 70, "end": 82 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 594, "end": 601 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1299, "end": 1327 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3125, "end": 3132 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3463, "end": 3470 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3761, "end": 3768 }, { "text": "general practitioner", "label": "HUMAN", "start": 3485, "end": 3505 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "48-year-old", "male", "who", "began", "with", "symptoms", "of", "frontalisation", "and", "gait", "disorder", ",", "being", "referred", "to", "the", "Neurology", "Department", ",", "with", "progressive", "worsening", "requiring", "a", "wheelchair", ",", "and", "behavioural", "alteration", "consisting", "of", "disinhibition", ",", "irritability", ",", "loss", "of", "sphincter", "control", ",", "affective", "indifference", "and", "apathy", ".", "General", "blood", "tests", ",", "serology", ",", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", "and", "neutrophil", "anti-cytoplasmic", "antibodies", "(", "ANCA", ")", "and", "a", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ",", "with", "no", "abnormalities", ".", "A", "cervical", "and", "cranial", "Magnetic", "Resonance", "Imaging", "(", "MRI", ")", "was", "requested", ",", "showing", "diffuse", "atrophy", "at", "the", "spinal", "cord", "level", "without", "pathological", "significance", "and", "at", "the", "cranial", "level", "numerous", "hypointense", "lesions", "in", "T1", "and", "hyperintense", "in", "T2", ",", "affecting", "both", "cortico-spinal", "tracts", ",", "cerebellar", "dentate", "nuclei", "and", "superior", "cerebellar", "peduncles", ",", "together", "with", "a", "rupture", "of", "the", "Blood-Brain", "Barrier", "(", "BBB", ")", ".", "Electromyography", "(", "EMG", ")", "was", "performed", ",", "showing", "signs", "of", "mixed", "polyneuropathy", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "low", "sensory", "amplitude", "and", "reduced", "motor", "speeds", ".", "Given", "the", "symmetrical", "involvement", "of", "the", "white", "matter", ",", "a", "metabolic", "disorder", "was", "suspected", "and", "tests", "were", "requested", ",", "with", "no", "alterations", "in", "the", "quantification", "of", "amino", "acids", "or", "acylcarnitines", ",", "but", "elevation", "of", "Very", "Long", "Chain", "Fatty", "Acids", "(", "VLCFA", ")", "in", "the", "blood", ",", "specifically", "hexacosanoic", "acid", "(", "C26", ":", "0", ")", ",", "with", "a", "result", "of", "2", ".", "18", "micromol", "/", "litre", "(", "μmol", "/", "l", ")", ",", "the", "upper", "limit", "of", "the", "reference", "laboratory", "being", "0", ".", "17", "μmol", "/", "l", ",", "and", "of", "tetracosanoic", "acid", "(", "C24", ":", "0", ")", ",", "with", "levels", "of", "47", "μmol", "/", "l", ",", "the", "limit", "being", "14", "μmol", "/", "l", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "an", "inversion", "of", "the", "ratio", "of", "these", "VLCFA", "to", "C22", ":", "0", "behenic", "acid", "(", "C26", ":", "0", "/", "C22", ":", "0", "of", "0", ".", "071", "and", "C24", ":", "0", "/", "C22", ":", "0", "of", "1", ".", "54", ",", "with", "laboratory", "limits", "of", "0", ".", "77", "±", "0", ".", "12", "and", "0", ".", "012", "±", "0", ".", "004", "respectively", ")", ",", "making", "it", "possible", "to", "establish", "the", "diagnosis", "of", "X-ALD", ".", "To", "confirm", "the", "diagnosis", ",", "a", "genetic", "study", "of", "ABCD1", "was", "performed", ",", "observing", "a", "deletion", "in", "haemozygosis", "in", "position", "c", ".", "1415_1416delAG", ",", "giving", "a", "premature", "codon", "p", ".", "GLn472ArgfsX83", "and", "leading", "to", "a", "truncated", "protein", "with", "a", "loss", "of", "26", "%", "of", "its", "amino", "acids", ",", "compatible", "with", "the", "established", "diagnosis", ".", "The", "patient", "underwent", "dietary", "education", "and", "testosterone", "and", "cortisol", "blood", "levels", "were", "normal", ".", "The", "severity", "of", "this", "entity", "is", "more", "intense", "in", "haemozygous", "males", "and", "less", "in", "heterozygous", "females", ".", "There", "is", "a", "deficit", "of", "perixisomal", "beta-oxidation", "of", "VLCFA", ",", "leading", "secondarily", "to", "the", "accumulation", "of", "VLCFA", "(", "especially", "C26", ":", "0", "and", "C24", ":", "0", ")", "in", "the", "central", "nervous", "system", ",", "spinal", "cord", ",", "adrenal", "cortex", "and", "testicular", "tissue", ".", "This", "deficiency", "is", "due", "to", "mutations", "in", "the", "ABCD1", "gene", "(", "xq28", ")", "on", "the", "X", "chromosome", ",", "which", "cause", "dysfunction", "of", "the", "ALDp", "protein", "(", "lignoceryl-CoA", "synthetase", ")", ",", "which", "is", "essential", "in", "the", "transport", "of", "VLCFA", "from", "the", "cytoplasm", "to", "the", "lumen", "of", "the", "peroxisome", ".", "Phenotypic", "variability", "appears", ",", "depending", "on", "neurological", "involvement", "and", "age", "of", "onset", ":", "-", "Cerebral", ":", "most", "rapidly", "progressive", ".", "It", "affects", "between", "2", ".", "5", "and", "12", "years", "of", "age", ",", "being", "rare", "in", "adolescents", "(", "<", "7", "%", ")", "or", "adults", "(", "<", "5", "%", ")", ".", "Moderate", "cognitive", "deficit", ",", "sensorineural", "deafness", ",", "cerebellar", "ataxia", ",", "hemiplegia", ",", "subclinical", "primary", "adrenal", "insufficiency", ",", "seizures", "and", "dementia", "occur", ".", "-", "Adrenomyeloneuropathy", "(", "AMN", ")", ":", "second", "and", "fourth", "decade", ".", "There", "is", "spastic", "paraparesis", "with", "gait", "disturbance", ",", "sexual", "dysfunction", "and", "adrenal", "insufficiency", "in", "2", "/", "3", "of", "patients", ".", "-", "Addison", "'", "s", "disease", ":", "around", "10", "%", "of", "patients", "have", "adrenal", "insufficiency", ",", "without", "brain", "involvement", ",", "although", "there", "is", "a", "risk", "of", "developing", "it4", ".", "-", "Heterozygous", "females", ":", "50", "%", "have", "slowly", "progressive", "neurological", "involvement", ".", "Adrenal", "insufficiency", "is", "rare", ".", "Diagnosis", "is", "based", "on", "clinical", "findings", ",", "MRI", ",", "demonstration", "of", "accumulation", "of", "VLCFA", "in", "serum", ",", "specifically", "C26", ":", "0", "and", "C24", ":", "0", ",", "and", "inversion", "of", "the", "ratio", "with", "C22", ":", "0", ".", "The", "most", "sensitive", "imaging", "test", "is", "MRI", ",", "which", "shows", "bilateral", "and", "symmetrical", "involvement", "of", "the", "central", "white", "matter", ".", "T2", "hyperintensity", "is", "observed", ",", "especially", "in", "the", "temporo-occipital", "region", "and", "corpus", "callosum", ".", "Depending", "on", "the", "location", "of", "the", "lesion", ",", "it", "is", "classified", "as", "follows", ":", "1", ".", "Parieto-occipital", "lobe", "and", "splenium", "of", "the", "corpus", "callosum", ".", "2", ".", "Frontal", "lobe", "and", "knee", "of", "the", "corpus", "callosum", ".", "3", ".", "Frontopontine", "and", "corticospinal", ".", "4", ".", "Cerebellar", ".", "5", ".", "Combined", "frontal", "lobe", "and", "parietooccipital", ".", "The", "only", "useful", "treatment", "in", "the", "prevention", "of", "neurological", "progression", "is", "allogeneic", "haematopoietic", "stem", "cell", "transplantation", "(", "HSCT", ")", "from", "bone", "marrow", ",", "cord", "blood", "or", "peripheral", "blood", ".", "The", "main", "drawback", "lies", "in", "the", "morbidity", "and", "mortality", "of", "the", "procedure", ".", "Gene", "therapy", ",", "transferring", "the", "ABCD1", "gene", "into", "fibroblasts", "and", "haematopoietic", "cells", "using", "a", "lentiviral", "vector", "derived", "from", "the", "HIV", "virus", ",", "has", "therefore", "been", "proposed", ",", "although", "further", "studies", "are", "needed", "to", "spread", "its", "application", ".", "HSCT", "is", "indicated", "in", "the", "presence", "of", "new", "lesions", ",", "enhancement", "of", "existing", "lesions", "on", "MRI", ",", "or", "new", "neurological", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2098, "end": 2105 }, { "text": "adolescents", "label": "HUMAN", "start": 2945, "end": 2956 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 2966, "end": 2972 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3300, "end": 3308 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3346, "end": 3354 }, { "text": "lentiviral vector", "label": "SPECIES", "start": 4572, "end": 4589 }, { "text": "HIV virus", "label": "SPECIES", "start": 4607, "end": 4616 } ]

[ "This", "is", "a", "58-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "known", "allergies", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "chronic", "renal", "insufficiency", "known", "for", "a", "year", "and", "a", "herniated", "disc", "L5-S1", ".", "He", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "low-grade", "fever", "for", "five", "months", "of", "intermittent", "course", ",", "with", "no", "symptoms", "on", "examination", "except", "mild", "epigastralgia", "together", "with", "nausea", "and", "sporadic", "vomiting", ",", "denying", "intestinal", "transit", "alterations", ".", "No", "relevant", "epidemiological", "history", "except", "contact", "with", "a", "correctly", "vaccinated", "dog", ".", "On", "physical", "examination", ",", "he", "was", "febrile", "(", "37", ".", "5oC", ")", "and", "haemodynamically", "stable", "(", "BP", "125", "/", "68", "mmHg", ",", "HR", "65", "beats", "per", "minute", ",", "oxygen", "saturation", "at", "room", "air", "99", "%", ")", ".", "There", "was", "slight", "discomfort", "on", "palpation", "at", "the", "epigastric", "level", ",", "the", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", "with", "hydro-aerial", "sounds", "present", "with", "no", "signs", "of", "peritonism", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", "were", "palpable", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "by", "systems", "was", "completely", "unremarkable", ",", "including", "the", "absence", "of", "thyroid", "enlargement", ",", "skin", "lesions", "and", "/", "or", "peripheral", "adenopathies", ".", "As", "for", "complementary", "studies", ",", "the", "haemogram", "showed", "mild", "normocytic", "anaemia", "(", "haemoglobin", "11", "g", "/", "dl", ")", "and", "increased", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "59", "mm", "/", "h", ")", ".", "Leukocyte", "count", "with", "differential", "formula", ",", "platelet", "count", "and", "normal", "coagulation", "times", ".", "Biochemistry", ":", "creatinine", "1", ".", "23", "mg", "/", "dl", "with", "urea", "53", ".", "3", "mg", "/", "dl", "and", "C-reactive", "protein", "7", ".", "13", "mg", "/", "dl", ".", "The", "rest", "of", "the", "laboratory", "parameters", "were", "of", "no", "relevance", "(", "urine", "systemic", ",", "lipid", "profile", ",", "hepatic", ",", "bilio-pancreatic", ",", "iron", ",", "thyroid", ",", "immunoglobulins", ",", "proteinogram", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "ACE", ",", "tumour", "markers", ",", "autoimmunity", "and", "determination", "of", "faecal", "occult", "blood", ")", ".", "Serial", "blood", "cultures", "and", "smear", "microscopy", "were", "negative", ",", "and", "the", "wide", "range", "of", "serological", "tests", "requested", "were", "also", "negative", "(", "HIV", ",", "Rose", "Bengal", ",", "Toxoplasma", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "VZV", ",", "luetica", ",", "atypical", "mycobacteria", ",", "Bartonella", "henselae", ",", "Leishmania", ",", "Rickettsia", ".", ".", ".", ")", ".", "In", "the", "field", "of", "imaging", "tests", ",", "an", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "initially", "performed", ",", "showing", "probable", "hepatic", "steatosis", "with", "simple", "cysts", "(", "18x15", "mm", ")", "in", "segment", "II", ",", "III", "and", "IV", "of", "the", "hepatic", "parenchyma", ".", "Enlarged", "prostate", "with", "calcification", "in", "its", "thickness", "secondary", "to", "previous", "prostatitis", ".", "In", "the", "chest", "/", "abdomen", "CT", "scan", ",", "a", "noteworthy", "finding", "was", "the", "presence", "of", "supracardial", "mediastinal", "adenopathies", "(", "the", "largest", "at", "the", "pretracheal", "and", "retrocaval", "level", "with", "an", "axis", "of", "8", ".", "5", "mm", ",", "other", "smaller", "ones", "at", "the", "prevascular", "level", "and", "at", "the", "aortopulmonary", "window", ")", ".", "Bilateral", "hilar", "adenopathies", "(", "the", "largest", "on", "the", "left", ")", "with", "an", "axis", "of", "1", "cm", "without", "parenchymal", "alteration", ".", "At", "the", "abdominal", "level", ",", "small", "cystic", "liver", "formations", "compatible", "with", "biliary", "cysts", "and", "small", "retrocrural", ",", "mesenteric", "and", "retroperitoneal", "adenopathies", "of", "non-significant", "size", "were", "observed", ".", "Echocardiography", "showed", "no", "evidence", "of", "vegetations", ".", "A", "diagnostic", "test", "was", "performed", "during", "his", "hospital", "stay", ".", "Differential", "diagnosis", "For", "the", "differential", "diagnosis", "it", "is", "important", "to", "take", "a", "thorough", "clinical", "history", "and", "physical", "examination", ",", "in", "addition", "to", "assessing", "those", "processes", "that", "may", "cause", "fever", "and", "polyadenopathic", "symptoms", "of", "generalised", "distribution", ",", "including", "infections", ",", "systemic", "diseases", "and", "neoplasms", ",", "among", "the", "most", "common", "causes", ".", "The", "main", "causal", "microorganisms", "that", "can", "cause", "generalised", "lymphadenopathy", "are", ":", "1", ".", "Bacteria", ":", "Leptospira", ",", "Brucella", ",", "Ehrlichia", ",", "Listeria", ",", "Yersinia", ",", "Mycoplasma", "tuberculosis", ",", "Mycobacterium", "tuberculosis", ",", "Treponema", "pallidum", ",", "Francisella", "turalensis", ",", "Bartonella", ",", "Tropheryma", "whipplei", "and", "Anaplasma", "phagocytophilum", ".", "2", ".", "Viruses", ":", "Herpes", "viruses", "(", "EBV", ",", "CMV", ",", "VZV", ",", "VHH-6", ")", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "HAV", ",", "Parvovirus", "B19", ",", "Measles", ",", "Dengue", ",", "West", "Nile", "Fever", ".", "3", ".", "Fungi", ":", "Cryptococcus", ",", "Histoplasma", ",", "Coccidiodides", ",", "Toxoplasma", ",", "Leishmania", "(", "kala-azar", ")", ",", "Trypanosomes", "and", "Filarias", ".", "The", "differential", "diagnosis", "of", "fever", "and", "polyadenopathy", "should", "include", ",", "in", "acute", "forms", ",", "a", "reaction", "to", "drugs", "(", "hydantoins", ",", "allopurinol", ",", "isoniazid", ",", "carbamazepine", ",", "among", "others", ")", ",", "immune", "reconstitution", "inflammatory", "syndrome", "(", "IRIS", ")", "and", "Kawasaki", "disease", ",", "and", "in", "subacute", "or", "chronic", "forms", ",", "angioimmunoblastic", "lymphadenopathy", ",", "lymphoproliferative", "syndromes", ",", "mixed", "cryoglobulinaemia", ",", "systemic", "mastocytosis", ",", "lymphoid", "metaplasia", ",", "Kikuchi", ",", "Castleman", "and", "Rosai-Dorfman", "disease", ",", "sarcoidosis", ",", "some", "periodic", "fever", "syndromes", ",", "systemic", "lupus", "erythematosus", "(", "SLE", ")", ",", "Still", "'", "s", "disease", ",", "rheumatoid", "arthritis", ",", "serum", "sickness", ",", "hyperthyroidism", ",", "histiocytosis", "and", "amyloidosis", "among", "others", "less", "frequent", ".", "In", "our", "case", ",", "given", "the", "prolonged", "chronology", "of", "the", "clinical", "manifestations", "and", "the", "absence", "of", "use", "of", "the", "aforementioned", "drugs", ",", "it", "seems", "unlikely", "that", "the", "clinical", "manifestations", "are", "due", "to", "a", "pharmacological", "reaction", ".", "We", "also", "exclude", "from", "the", "differential", "diagnosis", "a", "possible", "episode", "of", "immune", "reconstitution", "or", "Kawasaki", "disease", "as", "the", "clinical", "picture", "is", "not", "considered", "to", "be", "of", "recent", "onset", ",", "so", "we", "will", "focus", "on", "chronic", "forms", "and", "infectious", "causes", ".", "In", "the", "case", "of", "chronic", "forms", ",", "the", "patient", "did", "not", "present", "typical", "symptoms", "of", "hyperthyroidism", "such", "as", "weight", "loss", ",", "tachycardia", "and", "the", "thyroid", "profile", "was", "strictly", "normal", ",", "so", "this", "option", "was", "rejected", ",", "as", "was", "the", "possibility", "of", "SLE", ",", "in", "favour", "of", "slight", "anaemia", "but", "with", "the", "rest", "of", "the", "series", "values", "within", "the", "normal", "range", "and", "autoimmunity", "was", "negative", "and", "the", "patient", "did", "not", "present", "typical", "diagnostic", "criteria", "such", "as", "serositis", ",", "arthralgia", ",", "photosensitivity", ".", "As", "described", "above", ",", "the", "patient", "did", "not", "present", "polyarticular", "symptoms", "or", "skin", "lesions", ",", "manifestations", "present", "in", "Still", "'", "s", "disease", "together", "with", "fever", ",", "so", "we", "do", "not", "consider", "this", "syndrome", "as", "a", "diagnosis", "of", "certainty", ".", "Kikuchi", "'", "s", "disease", "is", "a", "rare", "disease", "that", "tends", "to", "affect", "oriental", "women", "between", "the", "2nd", "and", "3rd", "decade", "of", "life", ",", "which", "is", "not", "the", "case", "here", ",", "as", "this", "is", "a", "58-year-old", "male", "patient", ".", "Among", "the", "granulomatous", "diseases", ",", "mention", "should", "be", "made", "of", "sarcoidosis", "characterised", "by", "polyadenopathic", "symptoms", "among", "other", "manifestations", "such", "as", "respiratory", "and", "visual", "symptoms", ",", "constitutional", "syndrome", ",", "although", "many", "patients", "may", "be", "asymptomatic", ",", "in", "the", "imaging", "tests", "the", "presence", "of", "bilateral", "hilar", "adenopathies", "is", "characteristic", ",", "so", "this", "entity", "cannot", "be", "ruled", "out", ",", "although", "the", "angiotensin", "converting", "enzyme", "(", "ACE", ")", "values", "were", "normal", ",", "but", "these", "values", "do", "not", "rule", "out", "the", "absence", "of", "disease", ".", "One", "of", "the", "causes", "that", "cannot", "be", "completely", "ruled", "out", "is", "the", "presence", "of", "a", "concomitant", "lymphoproliferative", "syndrome", ",", "although", "it", "is", "true", "that", "the", "patient", "has", "no", "B", "symptoms", "or", "previous", "constitutional", "symptoms", ",", "but", "this", "must", "be", "taken", "into", "account", "as", "one", "of", "the", "most", "plausible", "diagnoses", ".", "Among", "the", "infectious", "causes", ",", "first", "of", "all", ",", "mentioning", "pathologies", "caused", "by", "M", ".", "tuberculosis", "can", "simulate", "a", "wide", "range", "of", "pathologies", ";", "in", "our", "patient", "there", "was", "no", "epidemiological", "history", "or", "characteristic", "radiological", "pattern", ",", "and", "the", "tuberculin", "test", "and", "smear", "microscopy", "were", "negative", ".", "In", "the", "anamnesis", ",", "he", "denied", "risky", "relationships", ",", "consumption", "of", "parenteral", "toxic", "substances", "or", "previous", "transfusions", ",", "with", "negative", "serology", "tests", "for", "HIV", ",", "syphilis", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "HAV", ",", "ruling", "out", "these", "pathologies", "as", "being", "responsible", "for", "the", "clinical", "picture", ".", "Our", "patient", "had", "contact", "with", "a", "correctly", "vaccinated", "dog", "but", "denied", "having", "been", "bitten", "by", "a", "dog", "that", "could", "have", "caused", "skin", "lesions", ".", "We", "ruled", "out", "microorganisms", "that", "usually", "occur", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "other", "agents", "to", "be", "taken", "into", "account", "in", "this", "case", "being", "CMV", ",", "EBV", "and", "toxoplasma", ",", "whose", "serologies", "were", "negative", ".", "Finally", ",", "T", ".", "whipplei", "is", "a", "gram-positive", "bacterium", "that", "can", "cause", "a", "multisystemic", "disease", "with", "a", "wide", "range", "of", "clinical", "manifestations", ",", "including", "prolonged", "fever", "with", "no", "apparent", "focal", "point", ",", "abdominal", "pain", "and", "the", "presence", "of", "generalised", "lymphadenopathy", ",", "which", "is", "a", "rare", "disease", "and", "can", "go", "unnoticed", "if", "it", "is", "not", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Evolution", "In", "addition", "to", "the", "complementary", "tests", "described", "above", ",", "given", "the", "abdominal", "symptoms", ",", "an", "upper", "gastrointestinal", "endoscopy", "was", "performed", ",", "showing", "moderate", "oedema", "together", "with", "multiple", "whitish", "rice-grain", "deposits", "in", "the", "second", "portion", "of", "the", "duodenum", ",", "and", "biopsies", "were", "taken", ".", "During", "his", "admission", "to", "the", "ward", "he", "evolved", "favourably", ",", "presenting", "a", "fever", "peak", "of", "38oC", "on", "only", "one", "occasion", ",", "with", "negative", "blood", "cultures", "as", "mentioned", "above", ".", "On", "discharge", "he", "was", "asymptomatic", "and", "afebrile", ",", "and", "was", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "outpatient", "department", "for", "follow-up", ",", "pending", "histological", "results", "of", "the", "biopsy", ".", "At", "this", "point", ",", "we", "can", "make", "an", "initial", "clinical", "judgement", "of", "prolonged", "intermittent", "fever", "with", "no", "focal", "point", "and", "generalised", "lymphadenopathy", "pending", "completion", "of", "the", "study", ",", "with", "lesions", "of", "the", "duodenal", "mucosa", "pending", "anatomopathological", "diagnosis", ".", "Once", "the", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "were", "obtained", ",", "which", "showed", "histiocytes", "with", "foamy", "cytoplasm", "in", "the", "lamina", "propria", "showing", "PAS-positive", "bacilli", "(", "mucosal", "fragments", "compatible", "with", "Whipple", "'", "s", "disease", ")", "with", "positive", "PCR", "determination", "of", "the", "endoscopic", "sample", "for", "T", ".", "whipplei", ",", "the", "diagnosis", "being", "conclusive", ".", "Following", "the", "results", ",", "scheduled", "admission", "was", "decided", "to", "start", "intravenous", "treatment", "with", "Ceftriaxone", "(", "2", "g", "iv", "/", "day", ")", "for", "2", "weeks", ",", "followed", "by", "oral", "treatment", "with", "Trimetropin-Sulfamethoxazole", "(", "160", "/", "800", "mg", "2", "tablets", "/", "12", "hours", ")", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "The", "patient", "was", "reviewed", "at", "the", "last", "consultation", "14", "months", "after", "starting", "treatment", ",", "and", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "with", "remission", "of", "febrile", "syndrome", ".", "A", "control", "endoscopic", "study", "was", "performed", "with", "no", "evidence", "of", "alterations", "at", "the", "level", "of", "the", "second", "duodenal", "portion", ",", "with", "a", "new", "PCR", "test", "negative", "for", "T", ".", "whipplei", "and", "inflammatory", "parameters", "within", "normal", "limits", ".", "After", "the", "above", ",", "it", "was", "decided", "to", "end", "antibiotic", "treatment", "and", "the", "patient", "was", "discharged", ".", "Final", "diagnosis", "Whipple", "'", "s", "disease" ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 68, "end": 76 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 505, "end": 508 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 494, "end": 504 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 1824, "end": 1834 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 1824, "end": 1843 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1777, "end": 1780 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1845, "end": 1855 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1857, "end": 1867 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1765, "end": 1775 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1782, "end": 1785 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1747, "end": 1750 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1787, "end": 1790 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 1645, "end": 1661 }, { "text": "atypical mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1801, "end": 1822 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3197, "end": 3211 }, { "text": "Bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3263, "end": 3271 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 3423, "end": 3433 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3285, "end": 3293 }, { "text": "Leptospira", "label": "SPECIES", "start": 3273, "end": 3283 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 3306, "end": 3314 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3351, "end": 3377 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3326, "end": 3336 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 3379, "end": 3397 }, { "text": "Tropheryma whipplei", "label": "SPECIES", "start": 3435, "end": 3454 }, { "text": "Yersinia", "label": "SPECIES", "start": 3316, "end": 3324 }, { "text": "Ehrlichia", "label": "SPECIES", "start": 3295, "end": 3304 }, { "text": "Francisella turalensis", "label": "SPECIES", "start": 3399, "end": 3421 }, { "text": "Anaplasma phagocytophilum", "label": "SPECIES", "start": 3459, "end": 3484 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3337, "end": 3349 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3365, "end": 3377 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3519, "end": 3522 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3514, "end": 3517 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 3547, "end": 3550 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3542, "end": 3545 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3537, "end": 3540 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 3524, "end": 3527 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 3552, "end": 3566 }, { "text": "VHH-6", "label": "SPECIES", "start": 3529, "end": 3534 }, { "text": "Measles", "label": "SPECIES", "start": 3568, "end": 3575 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 3577, "end": 3583 }, { "text": "West Nile Fever", "label": "SPECIES", "start": 3585, "end": 3600 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3612, "end": 3624 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3626, "end": 3637 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 3605, "end": 3610 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 3666, "end": 3676 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3654, "end": 3664 }, { "text": "Coccidiodides", "label": "SPECIES", "start": 3639, "end": 3652 }, { "text": "Trypanosomes", "label": "SPECIES", "start": 3690, "end": 3702 }, { "text": "Filarias", "label": "SPECIES", "start": 3707, "end": 3715 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 5685, "end": 5689 }, { "text": "women", "label": "HUMAN", "start": 5586, "end": 5591 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4876, "end": 4883 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5203, "end": 5210 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5328, "end": 5335 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5690, "end": 5697 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5920, "end": 5928 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 6948, "end": 6951 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 6935, "end": 6938 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 6940, "end": 6943 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6920, "end": 6923 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 6737, "end": 6753 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6344, "end": 6351 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6624, "end": 6631 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7033, "end": 7040 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 7081, "end": 7084 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 7120, "end": 7123 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 6925, "end": 6933 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 6717, "end": 6727 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 7070, "end": 7080 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 6559, "end": 6574 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 6562, "end": 6574 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 7296, "end": 7299 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 7309, "end": 7319 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 7301, "end": 7304 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 7174, "end": 7188 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7229, "end": 7237 }, { "text": "T. whipplei", "label": "SPECIES", "start": 7362, "end": 7373 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 7911, "end": 7915 }, { "text": "bacilli", "label": "SPECIES", "start": 8724, "end": 8731 }, { "text": "T. whipplei", "label": "SPECIES", "start": 8847, "end": 8858 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9142, "end": 9149 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9232, "end": 9239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9586, "end": 9593 }, { "text": "T. whipplei", "label": "SPECIES", "start": 9456, "end": 9467 } ]

[ "We", "present", "the", "clinical", "case", "of", "a", "67-year-old", "man", ",", "with", "a", "history", "of", "moderate-severe", "enolism", ",", "arterial", "hypertension", "and", "ischaemic", "heart", "disease", ",", "who", "was", "transferred", "to", "the", "Emergency", "Department", "from", "another", "centre", "where", "he", "had", "come", "4", "hours", "after", "ingestion", "of", "an", "OP", "(", "Metasystox", "®", ":", "oxydemeton-methyl", ")", "in", "an", "attempt", "at", "autolysis", ".", "At", "the", "centre", "of", "origin", ",", "he", "underwent", "gastric", "lavage", "and", "was", "given", "a", "dose", "of", "activated", "charcoal", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "patient", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "hypotensive", "and", "bradycardic", ",", "with", "clear", "muscarinic", "manifestations", ":", "profuse", "sweating", ",", "sialorrhoea", ",", "abundant", "tear", "secretion", ",", "and", "diffuse", "colicky", "pain", "with", "nausea", "and", "vomiting", ".", "At", "the", "nicotinic", "level", ",", "there", "were", "no", "motor", "deficits", "but", "there", "was", "some", "perceptible", "fasciculation", "in", "both", "thighs", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "patient", "presented", "generalised", "myoclonus", ",", "miosis", "and", "desaturation", "with", "peripheral", "cyanosis", ",", "probably", "secondary", "to", "the", "fasciculations", "of", "the", "peripheral", "muscles", "and", "the", "diaphragm", ".", "In", "view", "of", "the", "symptoms", ",", "joint", "treatment", "with", "atropine", "and", "pralidoxime", "(", "1", "g", "over", "30", "minutes", ")", "was", "started", ",", "achieving", "an", "improvement", "in", "the", "peripheral", "symptoms", ",", "with", "a", "decrease", "in", "the", "number", "of", "fasciculations", "and", "disappearance", "of", "the", "abdominal", "cramps", ".", "A", "second", "dose", "of", "25", "g", "of", "activated", "charcoal", "and", "a", "bolus", "of", "intravenous", "diazepam", "were", "administered", "to", "control", "the", "convulsions", ".", "Given", "the", "refractory", "nature", "of", "the", "seizures", ",", "orotracheal", "intubation", "was", "performed", "to", "protect", "the", "airway", "and", "treatment", "was", "started", "with", "pralidoxime", "(", "12", "g", "/", "day", ")", "and", "atropine", "(", "20", "mg", "/", "day", ")", ",", "both", "in", "continuous", "infusion", ".", "Under", "these", "conditions", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ",", "where", "he", "remained", "for", "12", "days", ".", "During", "the", "first", "10", "days", "post-intoxication", ",", "he", "continued", "with", "the", "treatment", "given", "in", "the", "emergency", "department", ",", "according", "to", "the", "doses", "specified", "in", "table", "I", ".", "Until", "day", "6", "post-intoxication", ",", "the", "patient", "presented", "miosis", "and", "high", "peristalsis", ",", "and", "from", "this", "day", "onwards", "he", "manifested", "mydriasis", "and", "impaired", "tolerance", "to", "enteral", "nutrition", "as", "a", "consequence", "of", "the", "absence", "of", "peristalsis", ".", "This", "improves", "as", "the", "dose", "of", "atropine", "is", "reduced", ".", "However", ",", "reactive", "mydriasis", "persisted", "until", "discharge", "to", "the", "ward", ".", "Another", "symptomatology", "of", "the", "patient", ",", "characteristic", "of", "OP", "poisoning", ",", "is", "generalised", "myoclonus", "and", "thoracic", "muscle", "weakness", ".", "This", "weakness", "could", "also", "be", "a", "consequence", "of", "the", "sedation", "to", "which", "he", "is", "subjected", "due", "to", "his", "agitated", "state", ".", "By", "day", "5", "post-intoxication", ",", "isolated", "facial", "myoclonus", "is", "noticeable", ",", "still", "in", "the", "context", "of", "neurological", "symptoms", ".", "Progressive", "recovery", "of", "limb", "strength", "begins", "on", "day", "6", "post-intoxication", ",", "and", "is", "complete", "by", "day", "9", ".", "However", ",", "between", "these", "days", ",", "even", "under", "treatment", "with", "pralidoxime", "in", "continuous", "perfusion", ",", "the", "patient", "develops", "an", "IS", "with", "proximal", "and", "facial", "muscle", "weakness", ".", "This", "led", "to", "hypoventilation", "due", "to", "muscle", "fatigue", ".", "As", "for", "the", "respiratory", "symptoms", ",", "which", "are", "critical", "in", "patients", "with", "OP", "poisoning", ",", "there", "is", "an", "episode", "of", "initial", "respiratory", "failure", ",", "which", "is", "subsequently", "corrected", "by", "keeping", "the", "patient", "on", "mechanical", "ventilation", "(", "MV", ")", "until", "5", "days", "after", "the", "poisoning", ".", "From", "this", "day", "onwards", ",", "gradual", "disconnections", "from", "MV", "are", "initiated", ",", "with", "the", "patient", "tending", "to", "hypoventilate", "due", "to", "muscle", "fatigue", ".", "Improvement", "in", "respiratory", "function", ",", "although", "hampered", "by", "nosocomial", "tracheobronchiolitis", "due", "to", "H", ".", "influenzae", ",", "became", "apparent", "around", "day", "8", "post-intoxication", ".", "Despite", "psychomotor", "agitation", ",", "he", "tolerates", "MV", "disconnections", "allowing", "extubation", "one", "day", "after", "initiation", ".", "However", ",", "a", "tendency", "to", "hypoventilation", "persists", "throughout", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ".", "As", "a", "biomarker", "of", "exposure", "to", "the", "toxicant", ",", "plasma", "cholinesterase", "levels", "were", "assessed", ".", "The", "first", "measurement", ",", "carried", "out", "at", "16", "hours", "post-ingestion", ",", "showed", "a", "level", "of", "13", "ukat", "/", "L", "(", "reference", "range", ":", "89-215", "ukat", "/", "L", ")", ".", "Its", "evolution", "can", "be", "seen", "in", "figure", "1", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 448, "end": 455 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 821, "end": 828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1882, "end": 1889 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2218, "end": 2225 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2735, "end": 2742 }, { "text": "H. influenzae", "label": "SPECIES", "start": 3337, "end": 3350 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3033, "end": 3040 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3184, "end": 3191 } ]

[ "Anamnesis", "25-year-old", "woman", ",", "with", "no", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "for", "a", "year", ",", "with", "chronic", "iron", "deficiency", "anaemia", "of", "unknown", "cause", "diagnosed", "in", "2008", ",", "on", "treatment", "with", "oral", "iron", ",", "migraine", "since", "the", "age", "of", "17", "and", "admission", "in", "2010", "for", "infectious", "mononucleosis", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "for", "a", "week", "and", "left", "lumbar", "pain", "in", "the", "last", "48", "hours", ",", "accompanied", "by", "vomiting", "and", "diarrhoea", ",", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "study", "and", "follow-up", "of", "the", "fever", ".", "Physical", "examination", "General", "condition", "was", "fair", ".", "Normal", "colour", "and", "normal", "hydration", ".", "Temperature", "38", "oC", ",", "blood", "pressure", "110", "/", "60", ",", "heart", "rate", "99", "bpm", ".", "Cardiac", "auscultation", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "no", "crackles", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "defence", ",", "with", "preserved", "peristalsis", "and", "positive", "left", "renal", "fist", "percussion", ".", "No", "neurological", "focality", ".", "No", "significant", "adenopathies", ".", "No", "skin", "lesions", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", "showed", "absolute", "lymphopenia", "with", "activated", "lymphocytes", "(", "already", "known", "in", "the", "patient", ")", "in", "the", "blood", "test", "on", "admission", "and", "microhaematuria", "in", "urine", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "-", "Echocardiogram", ":", "endocarditis", "was", "ruled", "out", ".", "-", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "abdomen", ":", "oedematous", "appearance", "of", "the", "left", "kidney", "with", "the", "presence", "of", "inflammatory", "changes", "due", "to", "acute", "pyelonephritis", "complicated", "by", "ischaemia", "and", "the", "appearance", "of", "segmental", "renal", "infarcts", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "infarction", "in", "the", "upper", "and", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", ".", "-", "Blood", "and", "urine", "cultures", ":", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "IgM", "CMV", "positive", ",", "IgG", "EBV", "positive", ",", "IgM", "negative", ",", "HAV", "negative", ",", "HBV", "negative", ",", "HCV", "negative", ",", "HIV", "negative", ",", "CMV", "PCR", "in", "plasma", "negative", ".", "Diagnosis", "Renal", "infarction", "secondary", "to", "a", "clinical", "picture", "of", "complicated", "acute", "pyelonephritis", ".", "Pending", "ruling", "out", "primary", "immunodeficiency", ".", "Treatment", "Diet", "with", "plenty", "of", "fluids", "and", "antibiotherapy", "with", "piperacillin-tazobactam", "and", "amikacin", ".", "Evolution", "With", "a", "diagnosis", "of", "neutropenic", "fever", ",", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", "and", "amikacin", ",", "intravenously", ",", "and", "a", "dose", "of", "c-GSF", "was", "administered", "with", "an", "immediate", "good", "clinical", "response", ".", "Following", "radiological", "studies", "and", "confirmation", "of", "the", "presence", "of", "renal", "infarction", "secondary", "to", "acute", "complicated", "pyelonephritis", ",", "the", "Urology", "Department", "was", "notified", "and", "indicated", "follow-up", "with", "outpatient", "CT", "scanning", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "improvement", ".", "On", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "with", "good", "vital", "signs", "and", "stable", "clinical", "and", "laboratory", "tests", ",", "maintaining", "her", "known", "iron", "deficiency", "anaemia", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "3", "months", "after", "discharge", "in", "the", "outpatient", "urology", "department", ",", "with", "a", "control", "CT", "scan", "showing", "heterogeneous", "left", "renal", "perfusion", "with", "scarred", "areas", "in", "the", "upper", "and", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "normal", "renal", "function", ".", "The", "patient", "has", "not", "reported", "any", "symptoms", ".", "Pending", "further", "appointment", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 455, "end": 462 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1089, "end": 1096 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1615, "end": 1618 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1717, "end": 1720 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1633, "end": 1636 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1661, "end": 1664 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1675, "end": 1678 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1689, "end": 1692 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1703, "end": 1706 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2426, "end": 2433 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2476, "end": 2483 } ]

[ "A", "21-year-old", "woman", "consulted", "for", "a", "small", "lesion", "on", "the", "right", "upper", "eyelid", "(", "PSD", ")", ",", "with", "progressive", "growth", ",", "in", "the", "last", "four", "hours", ".", "She", "reported", "living", "in", "a", "rural", "house", "and", "had", "previously", "been", "cleaning", "several", "farm", "animals", ".", "He", "had", "no", "relevant", "personal", "or", "family", "history", ".", "Ophthalmological", "examination", "showed", "a", "2", "mm", "reddish", "insect", "attached", "to", "the", "free", "edge", "of", "the", "PSD", ".", "Arthropod", "attached", "to", "the", "right", "upper", "eyelid", ",", "reddish", "in", "appearance", ".", "Visual", "acuity", "was", "unity", "in", "both", "eyes", "(", "AO", ")", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "including", "fundus", "examination", "was", "normal", ".", "Treatment", "consisted", "of", "the", "application", "of", "a", "swab", "impregnated", "with", "lighter", "fluid", ".", "The", "progressive", "release", "of", "the", "jaws", "allowed", "complete", "removal", "with", "forceps", ".", "Eyelid", "with", "no", "remains", "of", "the", "arthropod", "incarcerated", ",", "once", "removed", "after", "local", "application", "of", "petrol", ".", "The", "specimen", "was", "sent", "to", "the", "Anatomical", "Pathology", "Service", "to", "verify", "its", "integrity", "and", "to", "the", "Faculty", "of", "Veterinary", "Medicine", "for", "identification", ",", "being", "reported", "as", "RS", "or", "common", "dog", "tick", ".", "Arthropod", "extracted", "and", "identified", "as", "Riphycephalus", "sanguineus", "or", "common", "dog", "tick", ".", "The", "patient", "underwent", "an", "examination", "to", "rule", "out", "the", "presence", "of", "other", "arthropods", "and", "a", "study", "of", "possible", "local", "or", "systemic", "complications", ".", "Serology", "for", "tick-borne", "zoonoses", "was", "performed", "for", "six", "months", "and", "was", "negative", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 215, "end": 222 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 255, "end": 261 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 243, "end": 251 }, { "text": "Arthropod", "label": "SPECIES", "start": 368, "end": 377 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 323, "end": 329 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 739, "end": 748 }, { "text": "Arthropod", "label": "SPECIES", "start": 997, "end": 1006 }, { "text": "RS", "label": "SPECIES", "start": 974, "end": 976 }, { "text": "common dog tick", "label": "SPECIES", "start": 980, "end": 995 }, { "text": "common dog tick", "label": "SPECIES", "start": 1063, "end": 1078 }, { "text": "specimen", "label": "SPECIES", "start": 816, "end": 824 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 987, "end": 990 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 1070, "end": 1073 }, { "text": "Riphycephalus sanguineus", "label": "SPECIES", "start": 1035, "end": 1059 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 991, "end": 995 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 1074, "end": 1078 }, { "text": "arthropods", "label": "SPECIES", "start": 1152, "end": 1162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1085, "end": 1092 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 1233, "end": 1237 } ]

[ "An", "85-year-old", "woman", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", ",", "sustained", "fever", "of", "39oC", "and", "purulent", "expectoration", "of", "two", "days", "'", "duration", ".", "Her", "medical", "history", "included", "arterial", "hypertension", ",", "polymyalgia", "rheumatica", ",", "osteoarthritis", "of", "the", "hip", "and", "bilateral", "phakectomy", ".", "Physical", "examination", "revealed", "multiple", "ecchymosis", "on", "the", "trunk", "and", "lower", "extremities", ",", "tachypnoea", "at", "rest", "and", "basal", "oxygen", "saturation", "89-90", "%", ".", "Pulmonary", "auscultation", "revealed", "rhonchi", "and", "generalised", "wheezing", "in", "both", "hemithorax", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", ",", "procalcitonin", "and", "leukocytes", ")", ",", "impaired", "renal", "function", "(", "Creatinine", "1", ".", "55mg", "/", "dL", ")", ",", "prolonged", "TTPa", "(", "74", "s", ")", "and", "partial", "respiratory", "failure", "(", "pO2", "55", "mmHg", ",", "pCO2", "36", "mmHg", ")", ".", "Chest", "X-ray", "with", "no", "radiological", "findings", "of", "interest", ".", "In", "addition", ",", "taking", "into", "account", "the", "time", "of", "year", ",", "a", "test", "for", "respiratory", "viruses", "was", "carried", "out", "and", "the", "results", "were", "positive", "for", "influenza", "A", ".", "Hospitalisation", "in", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "was", "decided", "and", "oseltamivir", "was", "started", ",", "adjusted", "to", "her", "renal", "function", ".", "Twelve", "hours", "after", "admission", ",", "he", "presented", "frank", "haematuria", "with", "haemocyte", "repercussions", ",", "requiring", "transfusion", "support", ".", "Control", "laboratory", "tests", "showed", "worsening", "of", "aPTT", "(", "94", "s", ")", ".", "Platelet", "count", ",", "PT", "and", "prothrombin", "activity", "within", "normal", "parameters", ".", "The", "presence", "of", "a", "circulating", "inhibitor", "was", "suspected", "and", "confirmed", "by", "a", "mixture", "study", ".", "Initial", "TTPa", "74", "s", ",", "Initial", "mixing", "32", "s", "and", "Mixing", "after", "1", "hour", "incubation", "42", "s", ".", "Additional", "studies", "confirmed", "the", "presence", "of", "FVIII", "inhibitor", ",", "FVIII", "activity", "of", "less", "than", "5", "%", "and", "Bethesda", "of", "29", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "recombinant", "Factor", "VII", "and", "methylprednisolone", "(", "0", ".", "5mg", "/", "kg", "IV", "every", "24", "hours", ")", ",", "dose", "adjusted", "for", "active", "infectious", "process", ".", "Extension", "studies", "were", "completed", ",", "ruling", "out", "active", "neoplasia", "with", "a", "thoraco-abdominal-pelvic", "CT", "scan", "and", "negative", "tumour", "markers", ".", "The", "autoimmunity", "profile", "was", "also", "negative", ".", "Microbiological", "studies", "and", "serology", "for", "hepatotropic", "viruses", "and", "human", "immunodeficiency", "were", "negative", ".", "During", "the", "course", "of", "the", "patient", "'", "s", "evolution", ",", "he", "presented", "urinary", "tract", "infection", "by", "E", ".", "coli", "with", "no", "resistance", "to", "antibiotics", ".", "Once", "the", "viral", "process", "was", "controlled", "and", "the", "oseltamivir", "regimen", "was", "completed", ",", "cyclophosphamide", "was", "added", "to", "the", "treatment", "for", "acquired", "haemophilia", ".", "Subsequently", ",", "Factor", "VIII", "levels", "recovered", "to", "59", "%", "and", "TTPa", "normalised", "with", "disappearance", "of", "the", "inhibitor", "(", "image", "1", ")", ".", "In", "view", "of", "this", "situation", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "initial", "symptoms", "resolved", "and", "no", "evidence", "of", "new", "haemorrhagic", "complications", ".", "He", "continued", "weekly", "outpatient", "controls", "and", "completed", "6", "weeks", "of", "immunosuppressive", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 839, "end": 858 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 909, "end": 920 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2029, "end": 2036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2432, "end": 2439 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2142, "end": 2147 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1941, "end": 1961 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 2090, "end": 2097 } ]

[ "", "A", "51-year-old", "man", "reported", "fever", ",", "arthromyalgia", ",", "dyspnoea", "and", "atypical", "chest", "pain", ",", "but", "without", "cough", "or", "anosmia", "/", "ageusia", ".", "Troponin", "I", "values", "were", "200", "ng", "/", "mL", ",", "N-terminal", "prohormone", "of", "brain", "natriuretic", "peptide", "900", "pg", "/", "mL", ",", "C-reactive", "protein", "270", "mg", "/", "L", "and", "fibrinogen", ">", "10", "g", "/", "L", ".", "ECG", "showed", "non-specific", "T-wave", "changes", ".", "Echocardiogram", "yielded", "no", "relevant", "findings", ".", "Acute", "myocarditis", "was", "suspected", ".", "Two", "PCR", "tests", "for", "COVID-19", "from", "nasopharyngeal", "swabs", "were", "performed", "at", "an", "interval", "of", "48", "hours", ",", "together", "with", "a", "chest", "CT", "scan", ",", "and", "in", "both", "cases", "the", "result", "was", "negative", "for", "COVID-19", ".", "Serological", "tests", "showed", "previous", "infections", "with", "parvovirus", "B19", "and", "Epstein-Barr", "virus", ".", "Other", "tests", "were", "negative", "(", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "Coxsackie", ",", "HSV1", ",", "HSV2", ",", "VZV", ",", "RSV", "and", "influenza", "virus", ")", ".", "Cardiac", "MRI", "8", "days", "after", "symptom", "onset", "showed", "subepicardial", "oedema", "in", "the", "lateral", "/", "inferior", "left", "ventricular", "(", "LV", ")", "wall", ",", "with", "late", "gadolinium", "enhancement", ",", "consistent", "with", "acute", "myocarditis", ".", "A", "radiocinematography", "showed", "maintenance", "of", "LVEF", "and", "volumes", ",", "no", "alterations", "in", "wall", "motion", "but", "a", "5", "mm", "thrombus", "was", "seen", "at", "the", "LV", "tip", ".", "The", "atypical", "finding", "of", "a", "thrombus", "despite", "an", "unaltered", "LVEF", "and", "clear", "biological", "signs", "of", "inflammation", "were", "assessed", "as", "rare", "and", "therefore", "serological", "testing", "for", "COVID-19", "was", "performed", ".", "The", "results", "were", "positive", "for", "SARS-CoV-2", "IgG", "and", "IgM", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "tocilizumab", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 703, "end": 706 }, { "text": "Coxsackie", "label": "SPECIES", "start": 708, "end": 717 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1304, "end": 1314 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 688, "end": 691 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 693, "end": 696 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 698, "end": 701 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 731, "end": 734 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1332, "end": 1339 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 641, "end": 659 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 622, "end": 636 }, { "text": "influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 744, "end": 759 }, { "text": "HSV1", "label": "SPECIES", "start": 719, "end": 723 }, { "text": "HSV2", "label": "SPECIES", "start": 725, "end": 729 } ]

[ "Personal", "history", "Patient", "from", "Senegal", "who", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "eight", "years", ".", "He", "travelled", "to", "Senegal", "several", "months", "before", "the", "consultation", ".", "No", "other", "history", "of", "interest", ".", "Present", "illness", "For", "the", "last", "four", "months", "the", "patient", "presented", "with", "an", "increase", "in", "the", "diameter", "of", "the", "left", "lower", "limb", ",", "with", "no", "other", "notable", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "lymphoedema", "in", "the", "left", "lower", "limb", ",", "grade", "II-III", ".", "There", "were", "no", "areas", "of", "lichenification", ",", "dermatitis", "or", "subcutaneous", "nodules", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemogram", "was", "normal", ",", "without", "eosinophilia", ".", "IgE", "levels", "were", "elevated", "(", "425", ".", "8", "IU", "/", "mL", ")", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "and", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "lower", "limbs", "were", "normal", "except", "for", "the", "finding", "of", "reactive", "inguinal", "lymphadenopathy", ".", "An", "abdominopelvic", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "inguinal", "adenopathies", ",", "mainly", "on", "the", "left", ",", "with", "dilated", "lymphatics", "at", "that", "level", ".", "Subcutaneous", "tubular", "structures", "compatible", "with", "lymphatics", "were", "visualised", "in", "the", "left", "flank", ".", "Clinical", "judgement", "Probable", "lymphatic", "filariasis", ".", "Evolution", "No", "haemoparasites", "were", "observed", "in", "the", "Knott", "tests", "performed", "(", "at", "12", ",", "22", ",", "24", "and", "2", "hours", ")", ".", "Serology", "for", "lymphatic", "filariasis", "IgG", "(", "G1-G2-G3-G4", ")", "and", "PCR", "for", "filariasis", "and", "Loa", "loa", "were", "negative", ".", "A", "lymphography", "was", "also", "performed", ",", "where", "no", "obstructions", ",", "dilatations", "or", "lymphatic", "collateral", "circulation", "were", "observed", ".", "The", "patient", "did", "not", "attend", "subsequent", "follow-up", "examinations", ",", "so", "his", "current", "status", "is", "unknown", ".", "Filariasis", "is", "caused", "by", "nematodes", "called", "filariae", "and", "transmitted", "by", "arthropod", "bites", ".", "Most", "typically", ",", "Wuchereria", "bancrofti", "causes", "perineal", "and", "genital", "lymphoedema", ",", "and", "Brugia", "malayi", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "In", "Onchocerca", "volvulus", "infections", ",", "keratitis", "and", "chorioretinitis", "-", "with", "risk", "of", "blindness", "-", "are", "associated", "with", "asymptomatic", "subcutaneous", "nodules", ",", "while", "Loa", "loa", "involvement", "is", "characterised", "by", "migratory", "oedema", "and", "conjunctivitis", "." ]

[ 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 24 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 224, "end": 231 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 373, "end": 380 }, { "text": "lymphatic filariasis", "label": "SPECIES", "start": 1023, "end": 1043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1373, "end": 1380 }, { "text": "haemoparasites", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1073 }, { "text": "Loa loa", "label": "SPECIES", "start": 1225, "end": 1232 }, { "text": "lymphatic filariasis", "label": "SPECIES", "start": 1159, "end": 1179 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 1535, "end": 1544 }, { "text": "nematodes", "label": "SPECIES", "start": 1490, "end": 1499 }, { "text": "Wuchereria bancrofti", "label": "SPECIES", "start": 1568, "end": 1588 }, { "text": "Brugia malayi", "label": "SPECIES", "start": 1634, "end": 1647 }, { "text": "Onchocerca volvulus", "label": "SPECIES", "start": 1671, "end": 1690 }, { "text": "Loa loa", "label": "SPECIES", "start": 1821, "end": 1828 } ]

[ "A", "41", "year", "old", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "4", "days", "presenting", "pain", "and", "progressive", "swelling", "on", "the", "outside", "of", "the", "left", "thigh", "after", "exercising", "on", "an", "exercise", "bike", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "a", "haematoma", "in", "the", "vastus", "quadriceps", "externus", "and", "treated", "with", "compressive", "bandaging", ",", "application", "of", "local", "cold", "and", "oral", "NSAID", "medication", ".", "Forty-eight", "hours", "later", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "reporting", "a", "progression", "of", "the", "swelling", "and", "pain", "in", "the", "thigh", ".", "He", "had", "no", "fever", ".", "He", "had", "a", "history", "of", "insulin-dependent", "diabetes", "mellitus", "of", "8", "years", "'", "duration", ".", "He", "also", "reports", "having", "suffered", "a", "pellet", "wound", "at", "the", "age", "of", "16", "in", "the", "affected", "area", ".", "Physical", "examination", "revealed", "swelling", ",", "redness", "and", "increased", "local", "temperature", "of", "the", "lateral", "aspect", "of", "the", "left", "thigh", "with", "a", "skin", "impasto", "over", "an", "area", "of", "approximately", "20", "x", "10", "cm", "and", "slight", "fluctuation", "in", "the", "distal", "part", "of", "this", "area", ".", "Mobility", "of", "the", "knee", "is", "severely", "limited", "by", "pain", ".", "The", "axillary", "temperature", "is", "37", ",", "2o", "C", ".", "The", "haemogram", "shows", "a", "leucocytosis", "of", "11", ".", "4", "x", "103", "/", "mm3", ",", "89", "%", "neutrophils", "and", "3", "%", "casts", ".", "Fibrinogen", "is", "1139", "mg", "/", "dL", "and", "ESR", "69", "mm", "/", "1", "hour", ".", "Blood", "glucose", "is", "329", "mg", "/", "dL", ".", "Plain", "X-ray", "shows", "a", "pellet", "lodged", "in", "the", "distal", "third", "of", "the", "thigh", ",", "about", "3", "cm", "from", "the", "lateral", "cortex", "of", "the", "femur", ".", "An", "ultrasound", "scan", "of", "the", "soft", "tissues", "showed", "a", "heterogeneous", "hypoechoic", "area", ",", "with", "no", "vascular", "component", ",", "oval", "in", "appearance", "(", "10x5", "cm", ")", ",", "located", "inside", "the", "vastus", "externus", "of", "the", "quadriceps", ",", "with", "a", "more", "subcutaneous", "location", "in", "its", "most", "distal", "part", ".", "With", "the", "provisional", "diagnosis", "of", "intramuscular", "abscess", "of", "the", "vastus", "externus", ",", "it", "was", "decided", "to", "drain", "it", "surgically", ".", "Two", "limited", "incisions", "were", "made", "on", "the", "lateral", "aspect", "of", "the", "thigh", "through", "which", "the", "fascia", "lata", "was", "incised", ",", "evacuating", "abundant", "purulent", "content", ".", "Intramuscular", "communication", "was", "established", "between", "the", "two", "incisions", ",", "leaving", "two", "Penrose", "drains", "along", "the", "lesion", "after", "thorough", "washing", ".", "Gram", "staining", "of", "the", "evacuated", "material", "showed", "abundant", "Gram-positive", "cocci", ",", "so", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "2", "grams", "every", "8", "hours", ".", "After", "48", "hours", ",", "Streptococcus", "intermedius", "was", "isolated", "in", "the", "culture", "of", "three", "different", "samples", "of", "the", "drained", "material", ",", "and", "the", "same", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "a", "clear", "improvement", "in", "pain", "in", "the", "first", "24", "hours", ".", "At", "48", "hours", "the", "patient", "was", "up", "and", "on", "the", "6th", "postoperative", "day", "he", "was", "able", "to", "walk", "unaided", ".", "The", "ESR", ",", "fibrinogen", "and", "CRP", "values", "progressively", "decreased", "until", "completely", "normalised", "in", "the", "4th", "week", ".", "The", "same", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", "during", "the", "4", "weeks", "of", "his", "hospital", "admission", ",", "with", "an", "additional", "15", "days", "of", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "orally", ".", "The", "patient", "required", "a", "short", "period", "of", "rehabilitation", "treatment", "that", "allowed", "him", "to", "regain", "full", "knee", "flexion", "at", "the", "end", "of", "the", "6th", "week", "after", "surgery", ".", "At", "check-ups", "at", "1", "month", ",", "3", "months", "and", "1", "year", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "with", "full", "functional", "recovery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 368, "end": 375 }, { "text": "Streptococcus intermedius", "label": "SPECIES", "start": 2111, "end": 2136 }, { "text": "Gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 1970, "end": 1989 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2370, "end": 2377 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2723, "end": 2730 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2919, "end": 2926 } ]

[ "A", "51-year-old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "unilateral", "adnexectomy", "for", "endometriosis", ",", "who", "after", "24", "hours", "of", "evolution", "presented", "with", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "and", "odynophagia", ",", "which", "partially", "subsided", "with", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "(", "NSAIDs", ")", ".", "Subsequently", ",", "vomiting", "and", "several", "diarrhoeal", "stools", "appeared", ",", "with", "persistence", "of", "the", "febrile", "syndrome", ",", "so", "she", "went", "to", "the", "health", "centre", ".", "After", "medical", "assessment", ",", "antipyretic", "treatment", "and", "home", "observation", "were", "prescribed", ".", "Hours", "later", ",", "his", "general", "condition", "worsened", ",", "with", "hypotension", ",", "and", "he", "also", "reported", "headache", "and", "dorsalgia", ",", "so", "the", "Emergency", "Department", "was", "notified", "and", "he", "was", "transferred", "to", "hospital", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "fair", "general", "state", ",", "tachypnoea", "at", "rest", "and", "tachycardia", ",", "and", "blood", "pressure", "could", "not", "be", "detected", ",", "nor", "was", "it", "possible", "to", "palpate", "the", "peripheral", "radial", "pulses", ".", "There", "was", "no", "nuchal", "rigidity", "or", "neurological", "focality", ".", "Laboratory", "tests", "and", "blood", "gas", "analysis", "revealed", "marked", "leukocytopenia", "(", "2", ",", "440", "/", "ml", ")", "and", "metabolic", "acidosis", "(", "pH", "7", ".", "21", ";", "HCO3", "14", "mmol", "/", "l", ";", "EB", "-", "11", ".", "1", "mmol", "/", "l", ")", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ",", "where", ",", "despite", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "intravenous", "antibiotic", "therapy", ",", "she", "worsened", "and", "died", "2", "hours", "later", ",", "after", "cardiopulmonary", "resuscitation", "manoeuvres", ".", "Due", "to", "the", "torpid", "evolution", "and", "the", "uncertain", "origin", "of", "the", "shock", ",", "death", "was", "not", "certified", ".", "Autopsy", "findings", "Significant", "findings", "on", "external", "examination", "included", "a", "generalised", "skin", "rash", ",", "more", "pronounced", "on", "the", "head", "and", "the", "anterior", "face", "of", "the", "upper", "third", "of", "the", "thorax", ",", "and", "petechiae", "on", "the", "tarsal", "conjunctivae", "of", "both", "lower", "eyelids", ".", "In", "the", "internal", "examination", ",", "macroscopically", "it", "is", "observed", ":", "-", "Moderate", "pulmonary", "congestion", "with", "significant", "pulmonary", "oedema", "of", "alveolar", "and", "interstitial", "characteristics", "with", "bronchial", "foam", ".", "-", "Right", "pleural", "effusion", ".", "Mild", "pericardial", "effusion", ".", "-", "Exudative", "fluid", "in", "retromammary", "subcutaneous", "tissue", "on", "both", "sides", ",", "purulent", "appearance", ".", "-", "Liver", "with", "steatotic", "appearance", "with", "haemorrhagic", "stippling", ".", "-", "Both", "adrenal", "glands", "with", "congestive-hemorrhagic", "marrow", ".", "-", "The", "brain", "had", "a", "generalised", "congestive", "and", "oedematous", "appearance", ",", "with", "a", "casual", "finding", "of", "a", "cyst", "in", "the", "left", "parietal", "lobe", ".", "Samples", "of", "the", "brain", ",", "lung", ",", "liver", ",", "liver", ",", "spleen", ",", "adrenal", "glands", ",", "heart", ",", "peripheral", "blood", ",", "vitreous", "humour", ",", "pericardial", "fluid", ",", "intestinal", "contents", ",", "bronchial", "smear", ",", "pleural", "effusion", "and", "swab", "impregnated", "with", "subcutaneous", "exudate", "from", "the", "right", "pectoral", "muscle", "were", "submitted", "for", "toxicological", ",", "microbiological", "and", "histopathological", "studies", ".", "The", "results", "of", "the", "microbiological", "study", "carried", "out", "using", "antigenic", "techniques", ",", "culture", "and", "real-time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "detect", "the", "presence", "of", "N", ".", "meningitidis", "serogroup", "C", "in", "peripheral", "blood", ",", "serum", "and", ",", "in", "small", "quantities", ",", "at", "the", "encephalic", "level", ".", "Epidemiological", "characterisation", "of", "the", "strain", "and", "the", "study", "of", "antibiotic", "resistance", "by", "minimum", "inhibitory", "concentration", "(", "MIC", ")", "were", "carried", "out", ".", "Histopathological", "findings", "in", "the", "brain", "included", "congestion", "and", "oedema", ",", "as", "well", "as", "the", "existence", "of", "a", "transitional-psammomatous", "meningioma", ".", "Both", "adrenals", "showed", "severe", "haemorrhage", ";", "the", "liver", "showed", "signs", "suggestive", "of", "shock", "in", "the", "initial", "phase", ",", "and", "at", "the", "renal", "level", "there", "were", "alterations", "compatible", "with", "DIC", ".", "In", "addition", ",", "splenomegaly", "and", "some", "neutrophilic", "myocarditis", "were", "diagnosed", ".", "The", "toxicology", "study", "showed", "only", "positive", "results", "for", "dipyrone", "or", "metamizole", ".", "Based", "on", "the", "findings", "described", "above", ",", "the", "causes", "of", "death", "were", "established", "as", ":", "multi-organ", "failure", "due", "to", "fulminant", "meningococcal", "septicaemia", "(", "N", ".", "meningitidis", "serogroup", "C", ")", "and", "Waterhouse-Friderichsen", "syndrome", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1052, "end": 1059 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 2842, "end": 2848 }, { "text": "N. meningitidis serogroup C", "label": "SPECIES", "start": 2696, "end": 2723 }, { "text": "N. meningitidis serogroup C", "label": "SPECIES", "start": 3559, "end": 3586 } ]