Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "A", "four-year-old", "girl", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "palpable", "purpuric", "rash", "on", "the", "lower", "limbs", "and", "buttocks", ",", "pain", "and", "swelling", "in", "the", "left", "ankle", "and", "on", "the", "second", "finger", "of", "the", "right", "hand", ".", "As", "a", "background", ",", "the", "week", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", "she", "had", "acute", "pharyngitis", ".", "Additional", "tests", ":", "Microbiology", ":", "rapid", "detection", "of", "group", "A", "β-hemolytic", "streptococcus", "negative", ",", "sterile", "urine", "culture", ",", "negative", "blood", "culture", ".", "Blood", "count", ":", "leukocytes", "8320", "/", "mm3", ",", "haemoglobin", "13", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "276", "000", "/", "mm3", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "in", "the", "first", "hour", "of", "18", "mm", "/", "h", ".", "Coagulation", "tests", ":", "prothrombin", "time", "13", ".", "9", "seconds", "(", "range", "10-14", ")", ",", "Quick", "'", "s", "index", "69", "%", "(", "range", "70-150", ")", ",", "international", "normalised", "ratio", "(", "INR", ")", "1", ".", "25", "(", "range", "0", ".", "85-1", ".", "15", ")", ",", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", "31", ".", "4", "seconds", "(", "range", "26-36", ")", ",", "fibrinogen", "429", "ng", "/", "ml", "(", "range", "200-400", ")", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "82", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "20", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "40", "mg", "/", "dl", ",", "total", "/", "direct", "bilirubin", "0", ".", "4", "/", "0", ".", "2", "mg", "/", "dl", ",", "total", "protein", "7", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "albumin", "3", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "total", "calcium", "8", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "/", "GPT", "23", "/", "15", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "15", "IU", "/", "l", ",", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "254", "IU", "/", "l", ",", "FA", "127", "IU", "/", "l", ".", "Ions", ":", "Na", "130", "mEq", "/", "l", ",", "K", "3", ".", "5", "mEq", "/", "l", ",", "Cl", "103", "mEq", "/", "l", ".", "C-reactive", "protein", "1", ".", "05", "mg", "/", "dl", ".", "Urine", "sediment", ":", "no", "significant", "proteinuria", "or", "haematuria", ".", "Due", "to", "the", "clinical", "characteristics", ",", "the", "case", "suggests", "Schönlein-Henoch", "purpura", "with", "joint", "involvement", "as", "a", "first", "possibility", ".", "The", "case", "evolved", "satisfactorily", "with", "oral", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "rest", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 20 }, { "text": "group A β-hemolytic streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 346, "end": 379 } ]

[ "A", "32-year-old", "woman", ",", "diagnosed", "with", "SLE", "and", "antiphospholipid", "syndrome", "6", "years", "ago", ",", "monitored", "in", "the", "outpatient", "rheumatology", "department", ",", "on", "treatment", "with", "prednisone", "(", "15", "mg", "a", "day", ")", ",", "ASA", "(", "100", "mg", "a", "day", ")", ",", "calcium", "(", "1", "g", ")", ",", "vitamin", "D", "(", "800", "u", ")", "and", "omeprazole", "(", "20", "mg", "a", "day", ")", ".", "He", "reported", "fever", "(", "40oC", ")", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ",", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "revealed", "only", "hepatosplenomegaly", ",", "with", "no", "palpable", "lymphadenopathy", ".", "Blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "mantoux", "were", "negative", ";", "echo-Dopler", "and", "chest", "X-ray", "were", "normal", ";", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "was", "normal", ",", "except", "for", "hepatosplenomegaly", "with", "no", "apparent", "focal", "lesions", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "Hb", "6", ".", "7", ",", "leukocytes", "1", ",", "000", "(", "400", "neutrophils", ",", "500", "lymphocytes", ")", ",", "platelets", "60", ",", "000", ",", "ANA", "1", "/", "1", ",", "280", ",", "anti-DNA", "42", ".", "3", ",", "rheumatoid", "factor", "176", ",", "CRP", "11", ".", "9", ",", "C3", "122", "/", "C4", "11", ".", "2", ",", "proteinogram", "(", "gamma", "globulin", "44", ".", "2", ")", "and", "normal", "serology", ".", "In", "view", "of", "the", "possible", "outbreak", "of", "SLE", ",", "it", "was", "decided", "to", "transfuse", "two", "red", "blood", "cell", "concentrates", ",", "daily", "injections", "of", "C-GSF", ",", "boluses", "of", "1", "g", "of", "methylprednisolone", "for", "three", "days", ",", "and", "amikazin", "and", "ceftazidime", "as", "empirical", "treatment", "for", "neutropenia", ".", "After", "four", "days", "with", "the", "treatment", "described", ",", "the", "fever", "remained", "at", "40", "°", "C", ",", "with", "similar", "laboratory", "values", ":", "in", "a", "new", "analysis", ",", "Hb", "8", ".", "5", ",", "leukocytes", "1", ",", "000", "(", "400", "neutrophils", ",", "500", "lymphocytes", ")", ",", "platelets", "32", ",", "000", ",", "thinking", "that", "the", "symptoms", "did", "not", "correspond", "to", "an", "outbreak", "of", "the", "disease", ".", "A", "sternal", "puncture", "was", "performed", "and", "abundant", "haemoparasites", "of", "the", "genus", "Leishmania", "were", "found", ",", "confirming", "the", "suspected", "diagnosis", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "200", "mg", "per", "day", "for", "5", "days", ",", "and", "the", "patient", "became", "afebrile", "on", "the", "second", "day", ".", "Control", "laboratory", "tests", "10", "days", "after", "treatment", ":", "Hb", "11", ",", "leucocytes", "2600", "(", "1700", "neutrophils", ")", "and", "platelets", "97", ",", "000", "at", "discharge", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1509, "end": 1519 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "haemoparasites", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1495 } ]

[ "Anamnesis", "A", "53-year-old", "male", "patient", "whose", "only", "history", "of", "interest", "was", "a", "traumatic", "brain", "injury", "(", "TBI", ")", "with", "a", "subdural", "haematoma", "(", "SDH", ")", "at", "the", "level", "of", "the", "cerebral", "sickle", ",", "mild", "vascular", "encephalopathy", "and", "anosmia", ".", "He", "was", "not", "taking", "any", "chronic", "medication", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "asthenia", ",", "a", "loss", "of", "10", "kilograms", "(", "kg", ")", "in", "two", "months", "and", "oppressive", "and", "intense", "abdominal", "pain", "at", "the", "epigastric", "level", "that", "worsened", "with", "ingestion", ".", "Due", "to", "these", "symptoms", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "further", "investigation", ".", "The", "tests", "performed", "showed", "AF", "(", "alkaline", "phosphatase", ")", ":", "516", ",", "GGT", "(", "Gamma", "glutamyl", "transferase", ")", ":", "282", ",", "Ca", "(", "carbohydrate", "antigen", ")", "19", ".", "9", ":", "3800", "with", "the", "rest", "of", "the", "determinations", "being", "normal", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "hepatomegaly", "with", "multiple", "lesions", ",", "which", "were", "later", "confirmed", "by", "computerised", "tomography", "(", "CT", ")", ",", "showing", "multiple", "hepatic", "lesions", "and", "a", "larger", "lesion", "measuring", "10", "cm", ".", "A", "colonoscopy", "was", "performed", "to", "rule", "out", "primary", "tumour", "pathology", "at", "this", "level", ",", "which", "was", "normal", ".", "Gross", "needle", "biopsy", "(", "GAB", ")", "of", "the", "liver", "lesion", "showed", "adenocarcinoma", "of", "probable", "pancreato-biliary", "origin", "with", "positive", "EMA", ",", "positive", "cytokeratin", "17", "and", "19", "and", "all", "other", "markers", "negative", ".", "With", "this", "diagnosis", "he", "was", "referred", "to", "Medical", "Oncology", "for", "assessment", ".", "The", "day", "before", "the", "medical", "oncology", "consultation", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "picture", "of", "confusion", "that", "had", "been", "present", "for", "12", "hours", "since", "waking", "up", ".", "The", "family", "reports", "that", "the", "patient", "does", "not", "seem", "to", "understand", "what", "is", "said", "to", "him", "and", "does", "not", "express", "words", "correctly", ".", "He", "was", "assessed", "by", "the", "on-call", "oncologist", "who", "corroborated", "the", "confusional", "picture", "and", "global", "aphasia", "and", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "Medical", "Oncology", "for", "study", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "Scale", "(", "Eastern", "Cooperative", "Oncology", "Group", ")", ":", "3", ".", "Karnofsky", "Scale", ":", "60", ".", "Disorientated", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Language", "poorly", "comprehensible", ".", "Unresponsive", "to", "verbal", "commands", ".", "Discrete", "deviation", "of", "gaze", "to", "the", "left", ".", "Difficult", "exploration", "of", "cranial", "nerves", "due", "to", "lack", "of", "cooperation", ".", "Good", "mobility", "of", "upper", "and", "lower", "limbs", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", "with", "hepatomegaly", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "CBC", ":", "Glucose", ":", "336", ",", "FA", ":", "346", ",", "CRP", "(", "C", "Reactive", "Protein", ")", ":", "26", ".", "04", ",", "Hb", ":", "9", ".", "3", ",", "Leukocytes", ":", "34330", ",", "Neutrophils", ":", "29760", ".", "All", "other", "tests", "were", "normal", ".", "Serology", ":", "VDRL", ",", "IgG", "(", "Immunoglobulin", "G", ")", "Borrelia", "burgdoferi", ",", "HSV", "(", "Herpes", "Simplex", "Virus", ")", ",", "VZV", "(", "Varicella", "Zoster", "Virus", ")", "and", "Enterovirus", ":", "Negative", ".", "Simple", "brain", "CT", "scan", ":", "No", "findings", "of", "acute", "brain", "pathology", ".", "Cerebral", "MRI", "(", "Magnetic", "Resonance", "Imaging", ")", ":", "No", "malignant", "lesions", "were", "observed", ".", "Dural", "fistula", "of", "the", "right", "sigmoid", "sinus", "with", "retrograde", "flow", "and", "venous", "congestion", "of", "the", "temporo-parietal", "cortical", "veins", "and", "deep", "system", ".", "CT", "TAP", "(", "Thorax", "abdomen", "pelvis", ")", ":", "Compared", "with", "the", "previous", "CT", "scan", ",", "larger", "liver", "lesions", "were", "observed", ".", "No", "pathological", "lesions", "were", "observed", "at", "other", "levels", ".", "Lumbar", "puncture", ":", "Biochemistry", ":", "CSF", "(", "cerebrospinal", "fluid", ")", "clear", "and", "transparent", ".", "Leukocytes", "22", "/", "field", "(", "77", "%", "PMN", ")", ",", "Red", "cells", "0", ",", "Glucose", "92", ",", "Proteins", "25", ".", "4", ".", "Autoinuminance", ":", "Anti-neuronal", "antibodies", "IFI", "(", "indirect", "immunofluorescence", ")", "(", "Amphiphysin", ",", "Ma2", "/", "Ta", ",", "Ri", ",", "Yo", ",", "Hu", ")", ":", "Negative", ".", "Pathology", ":", "No", "presence", "of", "tumour", "cells", ".", "Diagnosis", "PARANEOPLASTIC", "LIMBIC", "ENCEPHALITIS", "WITH", "FOCAL", "STATUS", "LIMITED", "TO", "LANGUAGE", ".", "Treatment", "Monotherapy", "was", "started", "with", "Gemcitabine", "1000", "mg", "/", "m2", ",", "days", "1", ",", "8", ",", "15", "every", "28", "days", ",", "with", "doses", "adjusted", "to", "80", "%", "for", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "situation", ".", "On", "the", "eighth", "day", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "marked", "worsening", "and", "developed", "bone", "marrow", "toxicity", "(", "Hb", ":", "7", ".", "6g", "/", "dL", ")", ".", "Due", "to", "this", "worsening", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "treatment", "and", "refer", "the", "patient", "to", "Palliative", "Home", "Care", ".", "Evolution", "The", "patient", "presented", "a", "torpid", "evolution", "with", "persistence", "of", "global", "aphasia", ".", "Initially", ",", "CT", "and", "MRI", "scans", "of", "the", "brain", "were", "performed", ",", "which", "ruled", "out", "brain", "metastases", "or", "leptomeningeal", "involvement", ".", "Lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "microbiological", "analysis", ",", "cytology", "and", "onconeuronal", "antibodies", ".", "Herpes", "Simplex", "Virus1", "(", "HSV1", ")", "infection", "was", "suspected", "as", "it", "can", "cause", "encephalitis", "with", "symptoms", "compatible", "with", "those", "of", "our", "patient", ",", "so", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "Acyclovir", ",", "which", "was", "suspended", "after", "obtaining", "a", "negative", "serology", "result", ".", "On", "the", "fourth", "day", "of", "admission", "he", "presented", "two", "focal", "tonic-clonic", "seizures", "with", "trismus", ",", "without", "sphincter", "relaxation", ".", "The", "urgent", "CT", "scan", "was", "normal", "and", "the", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "showed", "significant", "distress", "in", "temporal", "and", "diencephalic", "areas", ".", "Treatment", "with", "phenytoin", "and", "methylprednisolone", "was", "started", ",", "with", "progressive", "improvement", "of", "the", "confusional", "picture", "and", "aphasia", ".", "After", "11", "days", "of", "stay", ",", "the", "patient", "showed", "good", "expressive", "and", "compressive", "language", "and", "remained", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", "and", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "Three", "weeks", "after", "discharge", ",", "he", "attended", "the", "Oncology", "Outpatient", "Clinic", ",", "presented", "ECOG", ":", "2", "and", "chemotherapy", "treatment", "was", "started", "(", "QMT", ")", "in", "monotherapy", "with", "Gemcitabine", "1000", "mg", "/", "m2", ",", "days", "1", ",", "8", ",", "15", "every", "28", "days", ",", "with", "doses", "adjusted", "to", "80", "%", "for", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "situation", ".", "On", "the", "eighth", "day", "after", "the", "first", "cycle", ",", "he", "presented", "with", "great", "deterioration", "of", "general", "condition", "with", "an", "ECOG", ":", "3", ",", "jaundice", ",", "ascites", "and", "abdominal", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "with", "indurated", "and", "painful", "hepatomegaly", ".", "Analysis", "showed", "anaemia", "(", "Hb", ":", "7", ".", "6", "g", "/", "dL", ")", "not", "present", "at", "discharge", ".", "Due", "to", "the", "clinical", "deterioration", "and", "haematological", "toxicity", ",", "it", "was", "decided", "by", "consensus", "with", "the", "family", "to", "suspend", "chemotherapy", "and", "carry", "out", "symptomatic", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Palliative", "Home", "Care", "Unit", ".", "The", "patient", "died", "at", "home", "two", "months", "later", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 260, "end": 267 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 481, "end": 488 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1465, "end": 1471 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1340, "end": 1347 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1489, "end": 1496 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1710, "end": 1717 }, { "text": "oncologist", "label": "HUMAN", "start": 1614, "end": 1624 }, { "text": "Borrelia burgdoferi", "label": "SPECIES", "start": 2393, "end": 2412 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2475, "end": 2486 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2414, "end": 2417 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 2442, "end": 2445 }, { "text": "Herpes Simplex Virus", "label": "SPECIES", "start": 2419, "end": 2439 }, { "text": "Varicella Zoster Virus", "label": "SPECIES", "start": 2447, "end": 2469 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 2364, "end": 2368 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3460, "end": 3467 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3526, "end": 3533 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3689, "end": 3696 }, { "text": "Herpes Simplex Virus1", "label": "SPECIES", "start": 4030, "end": 4051 }, { "text": "HSV1", "label": "SPECIES", "start": 4053, "end": 4057 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3737, "end": 3744 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4155, "end": 4162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4685, "end": 4692 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5061, "end": 5068 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5477, "end": 5483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5549, "end": 5556 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5608, "end": 5615 } ]

[ "", "A", "37-year-old", "woman", "with", "confirmed", "COVID-19", "pneumonia", "presented", "with", "erythematous", "target", "lesions", "distributed", "on", "the", "dorsal", "and", "ventral", "sides", "of", "the", "hands", "and", "elbows", ".", "He", "also", "presented", "with", "painful", "ulcers", "on", "the", "lips", ",", "tongue", "and", "palate", ".", "Ocular", "and", "genital", "mucous", "membranes", "were", "normal", ".", "Lesions", "appeared", "on", "day", "5", "of", "treatment", "for", "COVID-19", ",", "which", "consisted", "of", "hydroxychloroquine", "(", "day", "1", ":", "2x400", "mg", ",", "days", "2-4", ":", "2x200", "mg", ")", ",", "azithromycin", "(", "day", "1", ":", "1x500", "mg", ",", "days", "2-4", ":", "1x250", "mg", ")", "and", "oseltamivir", "(", "2x75", "mg", "for", "5", "days", ")", ".", "Symptoms", "associated", "with", "COVID-19", "pneumonia", "appeared", "10", "days", "before", "the", "rash", ".", "The", "patient", "had", "no", "history", "of", "similar", "rashes", ".", "She", "also", "had", "no", "history", "of", "herpes", "infection", ".", "Complete", "blood", "count", ",", "biochemical", "parameters", "and", "serological", "tests", "for", "herpes", "simplex", "virus", "IgM", "and", "IgG", ",", "Epstein-Barr", "virus", "IgM", "and", "IgG", ",", "cytomegalovirus", "IgM", "and", "IgG", ",", "and", "HCV", "and", "Mycoplasma", "IgM", "and", "IgG", "were", "within", "normal", "limits", ".", "No", "biopsy", "was", "performed", "due", "to", "the", "risk", "of", "infection", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "erythema", "multiforme", "gravis", "and", "all", "medication", "was", "discontinued", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "40", "mg", "/", "day", "oral", "methylprednisolone", ",", "tapered", "to", "5", "mg", "per", "day", ".", "Antiseptic", "mouthwashes", "and", "topical", "anaesthetics", "were", "also", "applied", ".", "On", "day", "8", "of", "treatment", ",", "the", "pneumonia", "and", "skin", "lesions", "subsided", "significantly", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "without", "further", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 852, "end": 862 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 811, "end": 826 } ]

[ "A", "52-year-old", "diabetic", "woman", "with", "poor", "metabolic", "control", ".", "She", "presented", "with", "deterioration", "of", "general", "condition", ",", "fever", "and", "oligoanuria", ".", "Pain", "in", "the", "right", "renal", "fossa", "and", "iliac", "fossa", "with", "peritonism", ".", "Due", "to", "anuria", "and", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", ".", "Chest", "X-ray", ".", "Chest", "X-ray", ":", "left", "pleural", "effusion", "(", "chronic", ")", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "cholelithiasis", ".", "Cranial", "CAT", "scan", "s", "/", "c", ":", "No", "findings", ".", "Sepsis", "of", "probable", "urinary", "origin", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 28 } ]

[ "Background", "A", "37-year-old", "man", "of", "South", "American", "origin", "who", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "5", "years", ".", "No", "drug", "allergies", ".", "Active", "life", ".", "No", "cardiovascular", "risk", "factors", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "No", "family", "history", "of", "cardiomyopathy", "or", "other", "hereditary", "diseases", ".", "No", "relevant", "medical-surgical", "history", ".", "Current", "illness", "The", "patient", "came", "to", "the", "Cardiology", "department", "referred", "by", "his", "company", "doctor", "after", "a", "routine", "medical", "check-up", "revealed", "striking", "electrocardiographic", "alterations", ".", "He", "reported", "only", "sporadic", "episodes", "of", "regular", "palpitations", "of", "short", "duration", "(", "2-3", "minutes", ")", "unrelated", "to", "exertion", "that", "subsided", "spontaneously", ",", "with", "a", "weekly", "frequency", ".", "She", "denies", "chest", "pain", "or", "dyspnoea", ".", "She", "has", "not", "presented", "syncope", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ".", "BP", ":", "110", "/", "60", "mmHg", ".", "HR", ":", "60", "bpm", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "fixed", "splitting", "of", "the", "second", "sound", ".", "No", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "rales", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", ".", "Symmetrical", "paedial", "pulses", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "60", "bpm", ",", "first-degree", "atrioventricular", "block", "(", "PR", "210", "ms", ")", ",", "complete", "right", "bundle", "branch", "block", "and", "left", "anterior", "hemiblock", ",", "convex", "ST-segment", "elevation", "and", "T-wave", "inversion", "in", "precordial", "leads", ".", "24-hour", "Holter", ":", "no", "supra", "-", "or", "ventricular", "arrhythmias", "were", "detected", ".", "No", "evidence", "of", "advanced", "atrioventricular", "block", ".", "Laboratory", "tests", ":", "glucose", "98", "mg", "/", "dL", ",", "urea", "32", "mg", "/", "dL", ",", "creatinine", "0", ".", "86", "mg", "/", "dL", "(", "CrCl", "110", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73", "m2", "-", "CKD-EPI", ")", ",", "sodium", "143", "mEq", "/", "L", ",", "potassium", "4", "mEq", "/", "L", ",", "NT-proBNP", "102", "pg", "/", "ml", ",", "CK", "387", "ng", "/", "ml", ",", "CK-MB", "9", ".", "8", "ng", "/", "ml", ",", "TnT", "0", ".", "01", ",", "haemoglobin", "14", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "45", "%", ",", "MCV", "85", "fL", ",", "leucocytes", "7980", "/", "mm3", ",", "platelets", "270000", "/", "mm3", ",", "INR", ":", "0", ",", "9", ".", "Chest", "X-ray", ":", "normal", "cardiothoracic", "index", ",", "no", "pulmonary", "infiltrates", ",", "free", "costophrenic", "sinuses", ",", "normal", "mediastinum", ".", "Transthoracic", "echocardiography", ":", "LV", "slightly", "dilated", "(", "LVEDD", "indexed", "by", "CS", "of", "3", ".", "3", "cm", "/", "m2", ")", "with", "normal", "wall", "thickness", ".", "No", "alterations", "in", "segmental", "contractility", ".", "LVEF", "52", "%", ".", "Transmitral", "Doppler", "filling", "pattern", "of", "impaired", "relaxation", ".", "RV", "of", "normal", "dimensions", "with", "systolic", "function", "by", "longitudinal", "parameters", "at", "the", "lower", "limit", "of", "normality", ".", "Cardiac", "MRI", ":", "minimal", "dilatation", "of", "both", "ventricles", "(", "LVEDV", "181", "/", "VTSVI", "96", "ml", ")", "with", "slightly", "depressed", "biventricular", "systolic", "function", "(", "LVEF", "50", "%", ")", ".", "The", "late", "enhancement", "sequence", "shows", "multiple", "foci", "of", "transmural", "enhancement", "with", "patchy", "distribution", "of", "septal", ",", "basal", "lateral", "and", "apical", "predominance", "suggestive", "of", "fibrosis", ".", "EVOLUTION", "Taking", "into", "account", "that", "the", "patient", "came", "from", "a", "Chagas", "disease", "endemic", "area", ",", "serological", "tests", "were", "performed", "to", "detect", "circulating", "antibodies", "against", "Trypanosoma", "cruzi", ":", "both", "were", "positive", "(", "ELISA", "8", "and", "immunofluorescence", ">", "1", "/", "160", ")", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "chronic", "infection", "by", "this", "parasite", ".", "Oesophagogastric", "barium", "transit", "and", "abdominal", "radiography", "were", "also", "performed", ",", "which", "ruled", "out", "gastrointestinal", "involvement", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "chronic", "chagasic", "cardiomyopathy", "(", "CCM", ")", "based", "on", "the", "results", "of", "serology", ",", "ECG", ",", "transthoracic", "echocardiogram", "and", "cardiac", "MRI", ";", "and", "treatment", "with", "benznidazole", "100", "mg", "/", "8h", "for", "two", "months", "was", "indicated", "and", "completed", "with", "good", "tolerance", ".", "Ten", "months", "after", "diagnosis", ",", "the", "patient", "died", "suddenly", "while", "playing", "tennis", ".", "He", "was", "attended", "by", "the", "emergency", "services", "who", "detected", "asystole", "as", "the", "first", "rhythm", "on", "arrival", ".", "Advanced", "CPR", "manoeuvres", "were", "unsuccessful", "and", "the", "patient", "finally", "died", ".", "As", "death", "occurred", "in", "an", "out-of-hospital", "environment", ",", "a", "forensic", "autopsy", "was", "performed", ".", "Macroscopic", "and", "microscopic", "examination", "of", "the", "heart", "confirmed", "the", "characteristic", "involvement", "of", "CCM", ".", "DIAGNOSIS", "Chronic", "chagasic", "cardiomyopathy", ".", "Dilatation", "and", "mild", "biventricular", "systolic", "dysfunction", "with", "transmural", "patchy", "LV", "fibrosis", ".", "Sudden", "cardiac", "death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 180, "end": 186 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 368, "end": 374 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 302, "end": 309 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2536, "end": 2543 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 2659, "end": 2676 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2792, "end": 2800 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2931, "end": 2938 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3219, "end": 3226 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3409, "end": 3416 } ]

[ "A", "22-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "history", "of", "interest", "except", "for", "being", "a", "regular", "smoker", "of", "marijuana", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "reporting", "enlargement", "of", "the", "left", "scrotal", "sac", "after", "physical", "exertion", "24", "hours", "earlier", ",", "with", "pain", "of", "sudden", "onset", "and", "moderate", "intensity", ".", "No", "fever", "or", "micturition", "syndrome", ",", "nor", "irradiation", "of", "the", "pain", ".", "There", "was", "no", "associated", "neurovegetative", "cortex", "or", "alterations", "in", "bowel", "rhythm", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "apyretic", "and", "normotensive", ",", "with", "good", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "non-painful", "and", "without", "masses", ".", "The", "renal", "fossae", "are", "free", ".", "The", "right", "testicle", "showed", "no", "alterations", "while", "in", "the", "left", "testicle", "there", "was", "a", "stony", "tumour", "2-3cm", "in", "diameter", ",", "non-mobile", ",", "in", "the", "upper", "pole", "of", "the", "left", "testicle", ",", "with", "negative", "transillumination", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "abnormal", "parameters", ".", "In", "the", "testicular", "ultrasound", ",", "both", "testicles", "showed", "a", "normal", "echostructure", "with", "preserved", "Doppler", "flow", ",", "showing", "an", "extratesticular", "solid", "mass", ",", "in", "contact", "with", "the", "upper", "pole", "of", "the", "left", "teste", "of", "25mm", "with", "vessels", "in", "its", "periphery", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "complete", "the", "study", "and", "identify", "the", "lesion", ".", "Following", "the", "oncological", "protocol", ",", "the", "preoperative", "staging", "was", "completed", "with", "chest", "X-ray", ",", "testicular", "tumour", "markers", "and", "general", "analyses", ",", "and", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "without", "finding", "any", "pathological", "alterations", "in", "any", "of", "the", "tests", ".", "A", "surgical", "exploration", "was", "then", "performed", "via", "the", "inguinal", "route", "where", "a", "slightly", "dented", "left", "paratesticular", "mass", "with", "smooth", "curves", ",", "pearly", "and", "stony", "in", "consistency", ",", "easy", "to", "dissect", "with", "a", "cleavage", "plane", "between", "it", "and", "the", "upper", "pole", "of", "the", "left", "testicle", "and", "spermatic", "cord", "on", "the", "same", "side", ",", "with", "some", "venous", "vessels", "in", "its", "periphery", ",", "was", "observed", ".", "A", "perioperative", "biopsy", "was", "taken", "which", "showed", "fibrous", "tissue", "with", "no", "malignant", "cellularity", ".", "The", "lesion", "was", "excised", ",", "leaving", "the", "teste", "and", "epididymis", "intact", ",", "sparing", "the", "patient", "a", "radical", "orchiectomy", ".", "With", "an", "uneventful", "postoperative", "period", ",", "he", "was", "discharged", "two", "days", "after", "the", "operation", ".", "The", "anatomopathological", "report", "of", "the", "surgical", "specimen", "was", "a", "solitary", "fibrous", "tumour", "of", "the", "tunica", "vaginalis", ".", "In", "the", "postoperative", "control", "two", "years", "after", "the", "operation", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "with", "no", "evidence", "of", "recurrence", "and", "free", "of", "disease", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 93, "end": 102 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1097, "end": 1104 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1920, "end": 1927 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2216, "end": 2223 } ]

[ "Anamnesis", "In", "November", "2010", ",", "a", "46-year-old", "man", "was", "diagnosed", "with", "a", "localised", "hypopharyngeal", "neoplasm", "due", "to", "dysphonia", ",", "dysphagia", ",", "odynophagia", "and", "reflex", "otalgia", "on", "the", "left", "(", "left", ")", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "smoking", "and", "alcoholism", ",", "a", "traumatic", "brain", "injury", "with", "intraparenchymal", "haemorrhage", "in", "the", "left", "frontobasal", "region", "and", "a", "liver", "enzyme", "alteration", "related", "to", "alcoholism", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "at", "diagnosis", "revealed", "a", "left", "laterocervical", "tumour", "measuring", "5-6", "cm", "in", "the", "middle", "jugular", "chain", ",", "fixed", ",", "difficult", "to", "delimit", "and", "painful", ",", "and", "a", "1", "cm", "lymphadenopathy", "in", "the", "left", "lower", "jugular", "vein", ".", "Examination", "by", "the", "ENT", "department", "revealed", "an", "excrescent", "lesion", "in", "the", "left", "pharyngeal", "wall", "with", "involvement", "of", "the", "aryepiglottic", "fold", "and", "left", "piriform", "sinus", "with", "fixation", "of", "the", "left", "vocal", "cord", "(", "IVC", ")", ".", "Complementary", "tests", "At", "diagnosis", ",", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "\"", "Cervical", "CT", "scan", ":", "tumour", "in", "the", "left", "pyriform", "sinus", "with", "cranial", "extension", "through", "the", "lateral", "pharyngeal", "wall", "to", "the", "tonsillar", "glossolaryngeal", "fold", "region", ".", "Extension", "to", "the", "larynx", "with", "infiltration", "of", "the", "left", "aryepiglottic", "fold", ",", "band", "and", "IVC", ".", "Medial", "extension", "to", "posterior", "pharyngeal", "wall", "at", "retrocricoid", "level", ",", "crossing", "midline", ".", "Exolaryngeal", "extension", "with", "infiltration", "of", "perithyroid", "musculature", "on", "both", "sides", "of", "left", "wing", "of", "thyroid", "cartilage", "suggestive", "of", "infiltration", ".", "Caudally", ",", "it", "contacts", "the", "apical", "portion", "of", "the", "left", "thyroid", "lobe", "without", "a", "fatty", "plane", "of", "separation", ".", "Pathological", "adenopathy", "in", "group", "IIA", "and", "III", "on", "the", "left", ".", "\"", "Thoracic-abdominal", "CT", "scan", ":", "normal", ".", "\"", "Referred", "to", "ENT", "examination", "and", "biopsy", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "a", "hypopharyngeal", "neoplasm", "in", "the", "left", "pyriform", "sinus", "(", "moderately", "differentiated", "squamous", "cell", "carcinoma", ")", ",", "cT4N2M", ",", "stage", "IVA", ".", "Treatment", "In", "December", "2010", "he", "began", "radical", "treatment", "(", "tto", ")", "with", "radiotherapy", "(", "RT", ")", "and", "chemotherapy", "(", "QT", ")", "with", "cisplatin", "(", "CDDP", ")", ",", "ending", "in", "February", "2011", ".", "After", "completing", "the", "treatment", ",", "he", "was", "assessed", "in", "March", "2011", "as", "a", "partial", "response", "of", "the", "primary", "tumour", "and", "adenopathy", "by", "imaging", "tests", ",", "and", "on", "physical", "examination", ",", "there", "was", "a", "large", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "adenopathic", "mass", "in", "the", "middle", "jugular", "chain", "and", "disappearance", "of", "the", "adenopathy", "in", "the", "lower", "jugular", "chain", ".", "He", "was", "admitted", "several", "times", "before", ",", "during", "and", "after", "the", "initial", "treatment", "for", "dysphagia", ",", "oesophagitis", "and", "aspiration", "pneumonia", ",", "and", "a", "feeding", "gastrostomy", "was", "placed", ".", "On", "17", "May", "2011", ",", "a", "total", "laryngectomy", "with", "partial", "pharyngectomy", "and", "bilateral", "functional", "emptying", "was", "performed", ".", "Subsequent", "admissions", "due", "to", "colonisation", "of", "the", "pharyngostoma", "by", "Pseudomonas", "and", "secondary", "bacteraemia", "treated", "with", "antibiotic", "therapy", "with", "good", "evolution", ".", "Evolution", "In", "October", "2013", ",", "radiological", "left", "laterocervical", "lymph", "node", "recurrence", "was", "detected", ",", "non-surgical", "due", "to", "carotid", "artery", "involvement", ",", "and", "so", "a", "first", "line", "of", "QT", "treatment", "was", "started", "according", "to", "the", "CDDP-5-fluorouracil", "(", "5FU", ")", "-", "cetuximab", "scheme", ".", "Fifteen", "days", "after", "starting", "this", "treatment", ",", "he", "was", "admitted", "for", "loss", "of", "vision", "in", "the", "left", "eye", "secondary", "to", "occlusion", "of", "the", "central", "retinal", "artery", "(", "CRA", ")", ".", "Examination", "revealed", "palpebral", "ptosis", "and", "alteration", "of", "the", "left", "cranial", "facial", "nerve", "in", "relation", "to", "compression", "by", "the", "conglomerate", "in", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", "(", "ICAI", ")", "and", "paraneoplastic", "hypercoagulability", "syndrome", ",", "and", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "\"", "Cerebral", "angioresonance", "showed", "absence", "of", "flow", "in", "intracranial", "ICAI", "due", "to", "external", "compression", "of", "the", "adenopathic", "conglomerate", ".", "It", "is", "assessed", "that", "this", "has", "occurred", "progressively", ",", "and", "that", "it", "compensates", "through", "the", "right", "carotid", "artery", "with", "somewhat", "more", "accelerated", "flows", "and", "opening", "of", "the", "anterior", "communicating", "artery", ".", "\"", "Supra-aortic", "trunks", "duplex", "(", "TSA", ")", "and", "transcranial", "(", "12", "/", "11", "/", "2013", ")", ":", "shows", "inverted", "left", "occipital", "artery", "(", "AOI", ")", ".", "Neck", "difficult", "to", "assess", ",", "identifying", "the", "left", "carotid", "axis", ".", "Calcified", "plaque", "in", "the", "right", "bulb", "without", "any", "repercussions", ".", "Rest", "of", "arteries", "normal", ".", "\"", "In", "staging", "CT", "(", "15", "/", "11", "/", "2013", ")", ":", "good", "radiological", "evolution", "of", "the", "adenopathic", "conglomerate", "with", "left", "laterocervical", "necrotic", "component", ".", "Left", "carotid", "artery", "thrombosis", ".", "\"", "In", "addition", ",", "analytically", ",", "polyglobulia", "was", "observed", "(", "haemoglobin", "21", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "59", ".", "1", "%", ")", ",", "which", "was", "considered", "paraneoplastic", "after", "ruling", "out", "Polycythaemia", "Vera", "(", "normal", "EPO", ",", "negative", "JAK-2", ")", ",", "requiring", "frequent", "phlebotomies", ".", "Anti-aggregation", "therapy", "was", "started", "with", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "and", "phlebotomy", "was", "performed", ".", "He", "was", "discharged", "with", "the", "following", "diagnoses", ":", "RCA", "and", "LCA", "occlusion", "secondary", "to", "compression", "of", "the", "adenopathic", "conglomerate", "and", "paraneoplastic", "hypercoagulable", "state", "and", "paraneoplastic", "polyglobulia", ".", "After", "discharge", ",", "in", "December", "2013", ",", "he", "was", "assessed", "again", "in", "consultations", "and", "treatment", "was", "restarted", ",", "this", "time", "with", "carboplatin", "(", "CBDCA", ")", "-", "5FU", "at", "90", "%", "and", "colony-stimulating", "factor", ",", "performing", "three", "more", "cycles", "with", "stability", "of", "radiological", "disease", "after", "initial", "response", "with", "the", "1st", "cycle", "with", "CDDP-5FU-Cetuximab", ".", "Thrombosis", "of", "the", "right", "external", "iliac", "artery", "(", "AIED", ")", "was", "also", "observed", ",", "with", "chronic", "thrombosis", "persisting", "in", "the", "left", "common", "aortotid", "artery", "(", "ACCI", ")", ",", "so", "anticoagulation", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", "at", "1", "mg", "/", "kg", "/", "12", "hours", "was", "started", "at", "this", "time", ".", "After", "2", "more", "cycles", "of", "treatment", "(", "6", "cycles", "in", "total", ")", ",", "progression", "of", "the", "left", "laterocervical", "mass", "was", "observed", ",", "so", "a", "second", "line", "with", "weekly", "Paclitaxel", "and", "Cetuximab", "was", "started", "in", "April", "2014", ",", "with", "very", "good", "progress", "after", "2", "cycles", "of", "treatment", ",", "with", "the", "laterocervical", "mass", "disappearing", ".", "She", "received", "4", "more", "cycles", "with", "the", "same", "scheme", "and", "is", "currently", "on", "maintenance", "treatment", "with", "Cetuximab", "with", "no", "evidence", "of", "disease", ".", "She", "persists", "with", "anopsia", "of", "the", "left", "eye", "which", "has", "not", "recovered", "and", "requires", "monthly", "phlebotomies", "in", "order", "to", "maintain", "a", "haematocrit", "of", "<", "50", "%", ".", "He", "also", "continues", "with", "anticoagulation", "due", "to", "persistent", "ACCI", "thrombosis", "and", "AIED", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 185, "end": 192 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1636, "end": 1643 }, { "text": "Pseudomonas", "label": "SPECIES", "start": 2617, "end": 2628 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2643, "end": 2654 } ]

[ "Anamnesis", "65-year-old", "woman", "with", "intolerance", "to", "tramadol", "and", "admission", "to", "ICU", "in", "August", "2007", "due", "to", "urinary", "sepsis", "caused", "by", "Escherichia", "coli", ".", "Previous", "surgical", "interventions", ":", "fixation", "of", "dorsal", "spine", "due", "to", "kyphoscoliosis", ".", "Diagnosed", "in", "January", "2008", "by", "thoracic", "CT", "scan", ",", "PET", "scan", ",", "bronchoscopy", "and", "subsequent", "left", "upper", "lobectomy", "with", "lymphadenectomy", "of", "lung", "adenocarcinoma", "pT2pN0", "(", "0", "/", "8", ")", "M0", ".", "Follow-up", ",", "with", "no", "evidence", "of", "disease", ",", "until", "September", "11", ",", "when", "recurrence", "was", "documented", "by", "PET", "/", "CT", "in", "the", "form", "of", "two", "pulmonary", "nodules", "on", "which", "FNA", "was", "performed", "with", "an", "anatomopathological", "report", "of", "adenocarcinoma", ".", "In", "view", "of", "this", ",", "a", "left", "pneumonectomy", "plus", "lymphadenectomy", "was", "performed", "with", "an", "anatomopathological", "report", "of", "2", ".", "4", "cm", "well-differentiated", "adenocarcinoma", "that", "respects", "visceral", "pleura", "and", "surgical", "edges", ",", "without", "lymph", "node", "involvement", "and", "mutated", "EGFR", ".", "In", "February", "13", "a", "recurrence", "was", "observed", "in", "the", "form", "of", "a", "pulmonary", "nodule", "in", "the", "LSD", "together", "with", "right", "lower", "paratracheal", "adenopathy", ".", "Given", "the", "risk", "of", "complications", ",", "a", "new", "biopsy", "was", "ruled", "out", "and", "Gefitinib", "was", "indicated", "at", "the", "usual", "doses", ",", "250", "mg", "daily", ",", "with", "a", "complete", "radiological", "response", ",", "both", "by", "CT", "and", "PET", ",", "and", "with", "excellent", "tolerance", ".", "During", "follow-up", ",", "and", "being", "totally", "asymptomatic", ",", "pathological", "uptake", "in", "the", "mediastinal", "lymph", "nodes", "was", "detected", "by", "PET", "in", "December", "15", ".", "Physical", "examination", "-", "Blood", "pressure", "125", "/", "75", "mm", "Hg", ",", "heart", "rate", "90", "beats", "/", "min", ",", "temperature", "37o", "C", ",", "oxygen", "saturation", "97", "%", ".", "-", "Conscious", "and", "oriented", "in", "3", "spheres", ".", "Non-hydrated", ",", "normoperfused", "and", "normo", "coloured", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "IK", "80", "-", "Head", "and", "neck", ":", "jugular", "venous", "pressure", "normal", ",", "no", "adenopathy", ".", "-", "Chest", ":", "cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "hypoventilation", "left", "hemifield", ".", "Scars", "from", "previous", "interventions", "correct", "-", "Abdomen", ":", "Soft", ",", "not", "painful", ".", "Positive", "hydroaerial", "sounds", ".", "-", "Lower", "extremities", ":", "No", "oedema", ".", "Positive", "paedial", "sounds", ".", "Complementary", "tests", "-", "PET", "(", "December-2015", ")", ":", "hypermetabolism", "in", "adenopathies", "located", "in", "high", "and", "low", "right", "paratracheal", "region", "(", "Suv", "8", ".", "14", ")", ",", "prevascular", "(", "Suv", "3", ".", "45", ")", ",", "aortopulmonary", "window", "(", "Suv", "7", ".", "99", ")", "and", "right", "hilum", "(", "Suv", "7", ".", "46", ")", ",", "suggesting", "recurrence", "of", "the", "disease", ".", "-", "EBUS", "4R", "and", "4L", ":", "smear", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "Lymph", "node", "with", "granulomatous", "structures", "without", "necrosis", ".", "-", "Mediastinoscopy", "4R", ",", "4L", "and", "2L", ":", "granulomatous", "epithelioid", "lymphadenitis", "compatible", "with", "Sarcoidosis", ".", "Diagnosis", "-", "Mediastinal", "sarcoidosis", "-", "Lung", "adenocarcinoma", "of", "lung", "with", "EGFR", "mutated", "lymph", "node", "recurrence", "in", "complete", "response", "to", "Gefitinib", "Treatment", "Given", "the", "diagnosis", "of", "sarcoidosis", "and", "the", "absence", "of", "systemic", "involvement", "and", "the", "fact", "that", "the", "patient", "was", "completely", "asymptomatic", ",", "a", "wait-and-see", "approach", "to", "treatment", "was", "adopted", "and", "follow-up", "was", "decided", ".", "With", "regard", "to", "treatment", "of", "the", "neoplasm", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "treatment", "with", "Gefitinib", "given", "the", "excellent", "response", "and", "tolerance", ".", "Evolution", "In", "view", "of", "the", "PET", "findings", ",", "and", "the", "patient", "being", "completely", "asymptomatic", ",", "it", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "by", "EBUS", "and", "later", "mediastinoscopy", ",", "in", "order", "to", "determine", "whether", "or", "not", "there", "was", "a", "recurrence", ".", "Curiously", ",", "the", "anatomopathological", "study", "did", "not", "show", "the", "presence", "of", "malignant", "cells", ",", "but", "rather", "the", "opposite", ",", "an", "inflammatory", "process", ",", "such", "as", "sarcoidosis", ".", "This", "allowed", "us", "to", "maintain", "treatment", "with", "Gefitinib", "for", "our", "patient", ",", "who", "still", "maintains", "a", "complete", "response", "to", "this", "day", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 125, "end": 141 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2625, "end": 2632 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2924, "end": 2931 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3315, "end": 3322 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "66-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "hyperglycaemia", "under", "dietary", "treatment", ",", "epididymal", "tuberculosis", "(", "TBC", ")", ",", "vocal", "cord", "decortication", "and", "smoker", "of", "40", "cigarettes", "/", "day", ",", "who", "came", "to", "the", "outpatient", "clinic", "for", "an", "episode", "of", "haematuria", ".", "Physical", "examination", ":", "good", "general", "condition", ".", "Rectal", "examination", ":", "grade", "I-II", "/", "IV", "prostate", ",", "elastic", "consistency", ",", "preserved", "limits", ".", "No", "suspicious", "areas", "were", "observed", ".", "Blood", "tests", "were", "performed", "(", "haemogram", ":", "red", "blood", "cells", "5", ".", "09", "million", "/", "mm", ";", "haemoglobin", "15", ".", "8", "g", "/", "dl", ";", "haematocrit", "47", ".", "35", "%", ";", "platelets", "250", ".", "0", "thousand", "/", "mm", ";", "leukocytes", "10", ".", "67", "thousand", "/", "mm", "(", "neutrophils", "47", ".", "10", "%", ",", "lymphocytes", "44", ".", "9", "%", ",", "eosinophils", "1", ".", "20", "%", ",", "basophils", "0", ".", "8", "%", ")", ".", "Coagulation", "study", ":", "no", "alterations", ".", "Biochemistry", ":", "no", "alterations", ";", "PSA", "2", ".", "9", ")", "and", "urine", "(", "urine", "systemic", ":", "density", "1015", ";", "pH", "6", ".", "5", ";", "leucocytes", "500", "/", "microl", ";", "nitrites", "negative", ";", "erythrocytes", "10", "/", "field", ".", "Sediment", ":", "abundant", "leukocytes", ")", ",", "with", "negative", "urine", "cytology", "(", "intense", "acute", "inflammatory", "component", ")", ",", "simple", "abdominal", "X-ray", "showing", "lithiasis", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", "and", "abdominal", "ultrasound", "with", "normal", "right", "kidney", ",", "lithiasis", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", "and", "irregular", "dilatation", "of", "the", "ureter", "on", "the", "same", "side", ".", "At", "the", "bladder", "level", ",", "a", "mass", "of", "approximately", "1", "cm", "in", "maximum", "diameter", "was", "observed", "on", "the", "left", "lateral", "side", ".", "IVUS", "was", "performed", ",", "showing", "a", "left", "kidney", "with", "calyceal", "dilatation", "and", "irregularities", "all", "around", ",", "dilatation", "of", "the", "ureter", "on", "the", "same", "side", ",", "with", "tortuous", "and", "irregular", "contours", ",", "up", "to", "the", "iliac", "ureter", ".", "In", "its", "last", "8-10", "cm", "up", "to", "the", "bladder", ",", "the", "ureter", "has", "a", "normal", "appearance", ".", "Cystogram", "with", "contour", "irregularities", "in", "its", "upper", "portion", ".", "Cystoscopy", "was", "carried", "out", "and", "a", "tumour", "was", "observed", "on", "the", "left", "lateral", "side", "of", "the", "bladder", ",", "with", "a", "solid", "appearance", "and", "whitish", "colouring", ",", "which", "prevented", "the", "left", "ureteral", "orifice", "from", "being", "seen", ".", "A", "Löwenstein", "urine", "culture", "was", "requested", "and", "TUR", "of", "the", "bladder", "mass", "was", "performed", ".", "The", "postoperative", "course", "was", "uneventful", ".", "PA", "report", ":", "granulomatous", "tuberculoid", "cystitis", ",", "compatible", "with", "TB", ".", "Lowenstein", "urine", "test", ":", "positive", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", ".", "Diagnosis", "of", "genitourinary", "tuberculosis", "with", "bladder", "tuberculoma", "and", "left", "renoureteral", "involvement", "and", "tuberculostatic", "treatment", "was", "started", "(", "Isoniazid", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", "+", "Pyrazinamide", "30", "mg", "/", "kg", "/", "day", "+", "Rifampicin", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "2", "months", ".", "Isoniazid", "+", "Rifampicin", "at", "the", "same", "doses", "for", "the", "following", "4", "months", ")", ".", "During", "his", "follow-up", "(", "14", "months", "after", "diagnosis", "and", "after", "treatment", "was", "completed", ")", ",", "he", "developed", "a", "fistula", "with", "exudate", "in", "the", "left", "teste", ",", "the", "staining", "of", "which", "did", "not", "show", "any", "BAAR", ",", "with", "negative", "Lowenstein", ".", "It", "closed", "with", "local", "dressings", ".", "A", "control", "testicular", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "chronic", "changes", "in", "both", "epididymides", "with", "small", "bilateral", "hydrocele", ".", "Control", "IVUS", "was", "carried", "out", "and", "showed", "good", "evolution", ",", "improving", "the", "function", "and", "morphology", "of", "the", "urinary", "tract", "(", "left", ")", ".", "In", "the", "last", "IVU", "performed", "(", "4", "years", "after", "diagnosis", ")", ",", "an", "alteration", "in", "the", "morphology", "of", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", "was", "observed", ",", "with", "a", "decrease", "in", "the", "cortical", "area", "and", "associated", "variegated", "calcification", "in", "the", "parenchyma", ",", "all", "in", "relation", "to", "her", "diagnosis", "of", "TB", ".", "Ureters", "of", "normal", "calibre", "and", "morphology", ".", "Stress", "bladder", "and", "prostatic", "hypertrophy", ".", "Negative", "Löwenstein", "urine", "cultures", "were", "maintained", "at", "the", "end", "of", "medical", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 49 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2072, "end": 2098 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 2203, "end": 2218 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2580, "end": 2584 } ]

[ "A", "65-year-old", "man", "with", "hypertension", ",", "diabetes", "and", "dyslipidaemia", ".", "In", "a", "study", "for", "constitutional", "syndrome", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "adenocarcinoma", "of", "the", "lower", "rectum", "and", "an", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "a", "mass", "in", "the", "pancreatic", "uncinate", "process", ",", "confirming", "pancreatic", "adenocarcinoma", "after", "ERCP", ".", "He", "received", "radiotherapy", "and", "underwent", "colostomy", "and", "cephalic", "duodenopancreatectomy", ".", "Drainage", "and", "bile", "fluid", "cultures", "were", "taken", "and", "Escherichia", "coli", "BLEE", ",", "Citrobacter", "freundii", "and", "Klebsiella", "pneumoniae", "were", "isolated", ",", "and", "antibiotherapy", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "was", "started", ",", "and", "she", "remained", "afebrile", "for", "eight", "days", "postoperatively", ".", "Subsequently", ",", "he", "developed", "a", "fever", "of", "39", "°", "C", ",", "chills", "and", "vomiting", ".", "Examination", "with", "no", "findings", "except", "for", "an", "ejection", "systolic", "murmur", ";", "the", "patient", "was", "given", "a", "central", "venous", "catheter", "for", "postoperative", "parenteral", "nutrition", ".", "New", "blood", "cultures", "and", "drainage", "cultures", "were", "taken", ",", "VVC", "was", "removed", "and", "its", "tip", "was", "sent", "for", "culture", ".", "Despite", "changing", "antibiotic", "therapy", "to", "meropenem", "+", "vancomycin", ",", "fever", "persisted", ".", "Subsequently", ",", "Candida", "albicans", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", ",", "catheter", "and", "surgical", "drainage", "cultures", ",", "so", "fluconazole", "400mg", "/", "day", "was", "added", ",", "and", "the", "patient", "continued", "to", "be", "febrile", "and", "acute", "phase", "reactants", "increased", ".", "Echocardiography", ",", "ocular", "fundus", ",", "echo-Doppler", "of", "supra-aortic", "trunks", ",", "chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "possible", "pulmonary", "septic", "emboli", ",", "a", "thoracic", "tomography", "was", "requested", ",", "showing", "evidence", "of", "septic", "thrombophlebitis", "due", "to", "Candida", "Albicans", "in", "the", "subclavian", "artery", ".", "He", "died", "within", "hours", "due", "to", "multi-organ", "failure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 1042, "end": 1058 }, { "text": "Candida Albicans", "label": "SPECIES", "start": 1510, "end": 1526 }, { "text": "Citrobacter freundii", "label": "SPECIES", "start": 442, "end": 462 }, { "text": "Escherichia coli BLEE", "label": "SPECIES", "start": 419, "end": 440 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 467, "end": 488 } ]

[ "Sam", "is", "a", "52-year-old", "male", ",", "ex-smoker", ",", "who", "denies", "any", "other", "cardiovascular", "risk", "factors", ".", "He", "has", "developed", "an", "unresectable", "squamous", "cell", "carcinoma", "of", "the", "tonsil", "(", "T4bN2bM0", ")", "as", "a", "result", "of", "his", "past", "tobacco", "use", ".", "Currently", "undergoing", "radical", "treatment", "with", "cetuximab", "and", "radiotherapy", ".", "Asymptomatic", "from", "the", "cardiological", "point", "of", "view", "until", "the", "night", "of", "the", "day", "before", "the", "consultation", ",", "when", "he", "presented", "with", "central", "thoracic", "pain", ",", "oppressive", "and", "radiating", "to", "the", "back", "and", "neck", ",", "lasting", "a", "few", "hours", ".", "He", "denies", "having", "had", "fever", "or", "infectious", "symptoms", ".", "He", "consulted", "his", "primary", "care", "doctor", "who", "performed", "an", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "in", "which", "they", "described", "an", "increase", "in", "the", "lower", "ST", "and", "high", "and", "low", "lateral", "ST", ",", "and", "was", "assessed", "by", "members", "of", "the", "Canary", "Islands", "Emergency", "Service", "(", "SUC", ")", "who", "informed", "the", "hospital", "of", "the", "diagnosis", "of", "inferolateral", "acute", "myocardial", "infarction", "(", "AMI", ")", "with", "a", "view", "to", "carrying", "out", "primary", "angioplasty", ".", "On", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", "he", "was", "found", "to", "be", "hypotensive", ",", "so", "dopamine", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "15", "mcg", "/", "kg", "/", "min", ",", "and", "the", "Haemodynamics", "section", "was", "contacted", "for", "urgent", "catheterisation", ",", "so", "the", "cardiologist", "on", "duty", "went", "down", "to", "assess", "the", "patient", ".", "The", "ECG", "was", "repeated", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "poor", "general", "condition", ",", "with", "significant", "tachypnoea", "and", "arterial", "hypotension", "of", "85", "/", "55", "mmHg", "despite", "catecholamines", "and", "mild", "jugular", "venous", "insufficiency", ".", "Cardiac", "sounds", "are", "very", "diminished", "with", "no", "murmurs", "or", "friction", "rub", ".", "There", "is", "an", "erythematous", "lump", "on", "the", "neck", ",", "warm", "and", "painful", "on", "palpation", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Laboratory", "tests", ":", "no", "leukocytosis", ",", "normocytic", "normochromic", "anaemia", "of", "9", ".", "7", "mg", "/", "dL", "and", "acute", "renal", "failure", "with", "creatinine", "of", "2", ".", "4", "mg", "/", "dL", ".", "Hb", ":", "13", ".", "3", "g", "/", "dL", ",", "leukocytes", "64", ",", "000", ",", "platelets", "77x10", "^", "3", "/", "mcL", ".", "Echocardiography", ":", "global", "and", "segmental", "left", "ventricular", "function", "was", "preserved", "and", "severe", "pericardial", "effusion", "was", "detected", "with", "a", "maximum", "of", "36", "mm", "at", "the", "anterior", "level", ".", "It", "is", "dense", ",", "hyperechogenic", "and", "mottled", ".", "There", "were", "signs", "of", "haemodynamic", "compromise", ",", "with", "collapse", "of", "the", "left", "atrium", "and", "a", "slight", "collapse", "of", "the", "right", "ventricle", ".", "Other", "complementary", "tests", "during", "admission", ":", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "100", "bpm", ",", "normal", "PR", ",", "normal", "electrical", "axis", ",", "narrow", "QRS", "with", "generalised", "concave", "ST-elevation", "(", "I", ",", "II", ",", "III", ",", "aVF", ",", "V3-V6", ")", ".", "Pericardial", "fluid", "culture", "and", "blood", "cultures", ":", "Streptococcus", "constellatum", ".", "Chest", "CT", "with", "contrast", ":", "bibasal", "lung", "consolidations", ".", "To", "evaluate", "possible", "bronchoaspiration", ".", "Minimal", "right", "pleural", "effusion", ".", "Pneumopericardium", "with", "drainage", "catheter", "inside", ".", "Multiple", "hepatic", "abscesses", "in", "LHI", ".", "LOE", "in", "LHI", "in", "relation", "to", "abscess", "versus", "metastatic", "disease", "(", "not", "present", "in", "previous", "study", ")", ".", "Rest", "normal", ",", "no", "mesenteric", "or", "retroperitoneal", "adenopathy", ".", "Neck", "CT", ":", "favourable", "response", "of", "left", "tonsillar", "neoplasm", "and", "adenopathic", "conglomerates", ".", "Significant", "response", "with", "a", "decrease", "in", "the", "overall", "tumour", "volume", "of", "the", "neoplasm", "originating", "in", "the", "left", "lingual", "tonsil", ",", "with", "a", "residual", "necrotic", "lesion", "persisting", "at", "this", "level", "with", "a", "diameter", "of", "24", ".", "8", "+", "30", "mm", ",", "which", "protrudes", "towards", "the", "left", "lateral", "margin", "of", "the", "floor", "of", "the", "mouth", ".", "EVOLUTION", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "urgent", "therapeutic", "pericardiocentesis", "in", "the", "haemodynamics", "room", ".", "Initially", ",", "600", "cc", "of", "foul-smelling", ",", "purulent", "fluid", "was", "extracted", ".", "After", "analysing", "the", "emergency", "fluid", ",", "it", "was", "found", "to", "be", "purulent", "and", "S", ".", "constellatum", ",", "which", "was", "also", "isolated", "from", "blood", ",", "was", "isolated", ".", "An", "aetiological", "study", "was", "completed", "with", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "to", "identify", "the", "possible", "origin", "of", "the", "purulent", "collection", ",", "finding", "multiple", "large", "liver", "abscesses", ",", "in", "the", "culture", "of", "which", "different", "microorganisms", "grew", ",", "although", "they", "were", "also", "present", "in", "the", "oral", "microbiota", ":", "Gemella", "morbillorum", "and", "Parvimonas", "micra", ".", "In", "the", "first", "few", "days", "after", "drainage", ",", "the", "patient", "continued", "to", "require", "catecholaminergic", "support", "due", "to", "septic", "shock", ",", "so", "he", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", ",", "where", "empirical", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "initially", "established", ",", "and", "subsequently", "adjusted", "to", "the", "antibiogram", ".", "Within", "a", "week", "of", "complete", "drainage", "of", "the", "fluid", "and", "despite", "optimal", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "developed", "severe", "pericardial", "effusion", "again", ".", "Urgent", "pericardiocentesis", "and", "pericardial", "window", "were", "performed", "the", "following", "morning", "surgically", "by", "thoracoscopy", ".", "DIAGNOSIS", "Purulent", "pericarditis", "complicated", "by", "pericardial", "tamponade", ".", "Polymicrobial", "septic", "shock", "with", "liver", "abscesses", ".", "Carcinoma", "of", "the", "tonsil", "T4N2bM0", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cardiologist", "label": "HUMAN", "start": 1124, "end": 1136 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1169, "end": 1176 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 194, "end": 201 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 25 }, { "text": "Streptococcus constellatum", "label": "SPECIES", "start": 2307, "end": 2333 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3586, "end": 3600 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3747, "end": 3754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4070, "end": 4077 }, { "text": "Gemella morbillorum", "label": "SPECIES", "start": 3663, "end": 3682 }, { "text": "Parvimonas micra", "label": "SPECIES", "start": 3687, "end": 3703 }, { "text": "S. constellatum", "label": "SPECIES", "start": 3309, "end": 3324 } ]

[ "Anamnesis", "This", "is", "a", "64-year-old", "woman", ",", "with", "no", "history", "of", "interest", "or", "comorbidities", "diagnosed", "in", "November", "2015", "with", "stage", "IV", "lung", "adenocarcinoma", "(", "cT1a", "N3", "M1", ")", ".", "She", "presented", "extensive", "costal", "and", "axillary", "involvement", "with", "negative", "molecular", "study", "(", "EGFR", "not", "mutated", ",", "ALK", "and", "ROS-1", "not", "translocated", ",", "PD-L1", "5", "%", ")", "who", "received", "treatment", "with", "cisplatin-pemetrexed", "from", "December", "to", "April", "2016", ".", "After", "6", "cycles", ",", "he", "started", "maintenance", "with", "pemetrexed", "monotherapy", "with", "good", "tolerance", ".", "In", "July", "2016", ",", "she", "presented", "with", "progression", "of", "the", "rib", "lesion", ",", "for", "which", "she", "underwent", "local", "radiotherapy", "and", "was", "referred", "to", "the", "clinical", "trials", "unit", "of", "the", "Hospital", "Fundación", "Jiménez", "Díaz", ".", "The", "patient", "was", "asked", "to", "participate", "in", "a", "clinical", "trial", "with", "a", "PD-L1", "inhibitor", "in", "combination", "with", "an", "anti-VEGFR-2", "drug", ".", "She", "met", "the", "criteria", "and", "started", "treatment", "in", "August", "2016", ".", "A", "partial", "response", "was", "observed", "from", "the", "first", "CT", "scan", "in", "October", "2016", ",", "which", "she", "maintained", "until", "February", "2018", ".", "As", "a", "treatment", "toxicity", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "grade", "I", "skin", "rash", "and", "grade", "II", "adrenal", "insufficiency", "(", "both", "related", "to", "the", "medication", ")", "that", "required", "replacement", "treatment", "with", "hydroaltesone", "20", "mg", "daily", ".", "On", "2", "February", "2018", ",", "in", "a", "sustained", "partial", "response", ",", "she", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "3-day-long", "emetic", "and", "diarrhoeic", "picture", "of", "non-pathological", "stools", ".", "She", "also", "presented", "with", "abdominal", "pain", ",", "severe", "headache", ",", "asthenia", "and", "functional", "deterioration", ".", "On", "arrival", ",", "a", "fever", "peak", "of", "38", ".", "5oC", "was", "noted", ";", "physical", "examination", "revealed", "profuse", "sweating", "and", "haemodynamically", "hypotensive", "(", "87", "/", "55", ")", ",", "all", "of", "which", "was", "justified", "as", "an", "adrenal", "crisis", "due", "to", "increased", "corticoid", "requirements", "in", "a", "situation", "of", "metabolic", "stress", ".", "Despite", "all", "this", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", "and", "no", "alterations", "were", "observed", "in", "the", "neurological", "examination", ".", "Blood", "and", "stool", "cultures", "were", "taken", "and", "a", "chest", "X-ray", "was", "performed", "with", "no", "abnormalities", ".", "Nasal", "lavage", "was", "performed", "and", "the", "results", "were", "positive", "for", "influenza", "virus", "AH3", ".", "She", "was", "therefore", "admitted", "to", "the", "Medical", "Oncology", "Department", ",", "where", "treatment", "was", "started", "with", "oseltamivir", "and", "high-dose", "hydrocortisone", ",", "with", "stabilisation", "of", "blood", "pressure", "and", "initial", "clinical", "improvement", ",", "becoming", "afebrile", "48", "hours", "after", "admission", ".", "On", "8", "February", ",", "the", "patient", "'", "s", "blood", "pressure", "rose", "progressively", "and", "remained", "elevated", "for", "24", "hours", "(", "with", "no", "known", "previous", "hypertension", ")", ",", "and", "that", "same", "night", "she", "presented", "with", "an", "episode", "of", "hypertension", "of", "210", "/", "110", "with", "bilateral", "occipital", "headache", ".", "The", "patient", "initially", "reported", "phosphenes", "and", "one", "hour", "later", "a", "progressive", "bilateral", "amaurosis", ".", "Physical", "examination", "Conscious", ",", "bradypsychic", ",", "but", "without", "alteration", "in", "compression", "or", "speech", ",", "with", "bilateral", "threat", "reflex", "abolished", ",", "dextroversion", "of", "the", "gaze", "and", "right", "cervical", "rotation", ".", "Bilateral", "amaurosis", "is", "evident", ".", "Extrinsic", "ocular", "motility", "preserved", "on", "verbal", "command", ",", "with", "no", "focal", "signs", "on", "examination", "of", "the", "cranial", "nerves", ".", "Strength", "and", "sensitivity", "in", "all", "four", "extremities", "preserved", ".", "No", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Gait", "not", "explored", ",", "but", "no", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "A", "blood", "test", "was", "performed", "to", "rule", "out", "metabolic", "disorders", ",", "and", "simultaneously", "a", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "and", "an", "assessment", "by", "the", "Neurology", "Department", "were", "urgently", "requested", ";", "however", ",", "he", "suddenly", "presented", "with", "a", "generalised", "tonic-clonic", "seizure", "requiring", "5", "mg", "of", "diazepam", "intravenously", "for", "control", ".", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "parietooccipital", "hypodense", "lesions", ",", "with", "subcortical", "involvement", "at", "the", "parietal", "level", "and", "corticosubcortical", "involvement", "at", "the", "occipital", "level", ".", "The", "findings", "were", "confirmed", "in", "a", "brain", "MRI", ",", "verifying", "that", "these", "lesions", "were", "hypointense", "in", "T1", "sequences", "and", "hyperintense", "in", "T2", "and", "FLAIR", "sequences", ",", "with", "no", "clear", "restriction", "of", "diffusion", "and", "no", "enhancement", "after", "contrast", ".", "The", "findings", "are", "consistent", "with", "the", "previous", "suspicion", "of", "posterior", "reversible", "encephalopathy", "syndrome", "or", "PRES", "and", ",", "due", "to", "their", "distribution", "and", "signal", "behaviour", ",", "they", "are", "not", "suggestive", "of", "acute", "ischaemic", "lesions", ".", "Likewise", ",", "no", "foci", "of", "haemorrhage", "are", "seen", "and", "no", "suspicious", "signs", "of", "secondary", "involvement", "are", "identified", ".", "Diagnosis", "Reversible", "posterior", "leukoencephalopathy", "syndrome", "in", "a", "patient", "with", "stage", "IV", "lung", "adenocarcinoma", "treated", "with", "anti", "PD-L1", "combined", "with", "antiangiogenics", ".", "Treatment", "Given", "the", "suspicion", "of", "a", "reversible", "posterior", "encephalopathy", "syndrome", ",", "it", "was", "decided", "to", "optimise", "blood", "pressure", "control", "with", "the", "introduction", "of", "intravenous", "urapidil", "and", "treatment", "was", "started", "with", "levetiracetam", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "stroke", "unit", "for", "strict", "haemodynamic", "monitoring", ",", "where", "she", "was", "admitted", "on", "9", "February", ".", "The", "doses", "of", "corticosteroids", "administered", "since", "admission", "were", "also", "reduced", ".", "Evolution", "Good", "blood", "pressure", "control", "was", "achieved", "and", "treatment", "with", "intravenous", "urapidil", "was", "discontinued", ".", "The", "patient", "progressively", "recovered", "bilateral", "vision", "with", "improvement", "in", "acuity", "until", "it", "returned", "to", "normal", "two", "weeks", "after", "the", "start", "of", "PRES", ".", "She", "returned", "to", "the", "oncology", "ward", "where", "she", "needed", "to", "progressively", "introduce", "antihypertensive", "drugs", "to", "achieve", "adequate", "blood", "pressure", "control", ",", "requiring", "four", "drugs", "(", "enalapril", ",", "amlodipine", ",", "labetalol", "and", "doxazosin", ")", ".", "After", "adjustment", "of", "the", "rest", "of", "the", "medication", "and", "appropriate", "hygienic", "and", "dietary", "measures", ",", "treatment", "was", "maintained", "with", "enalapril", "alone", "with", "very", "good", "control", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "on", "23", "February", "with", "neurological", "asymptomatology", ".", "Prior", "to", "discharge", ",", "a", "control", "brain", "MRI", "was", "performed", ",", "with", "improvement", "of", "the", "lesions", "described", "above", ",", "and", "a", "thoracoabdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "also", "showed", "progression", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 668, "end": 675 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 988, "end": 995 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1710, "end": 1717 }, { "text": "influenza virus AH3", "label": "SPECIES", "start": 1966, "end": 1985 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2259, "end": 2266 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2493, "end": 2500 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4164, "end": 4171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4489, "end": 4496 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4797, "end": 4804 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5324, "end": 5331 } ]

[ "", "A", "78-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "medical", "history", ",", "presented", "with", "fever", ",", "worsening", "general", "condition", ",", "abdominal", "pain", "in", "the", "epigastric", "area", "and", "diarrhoea", ",", "of", "8", "days", "'", "evolution", ".", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "when", "dyspnoea", "was", "added", "to", "her", "symptoms", ".", "Initially", ",", "the", "patient", "was", "haemodynamically", "stable", "(", "blood", "pressure", ":", "168", "/", "89", "mmHg", ")", ",", "showed", "symptoms", "of", "acute", "respiratory", "failure", "with", "polypnoea", "(", "22", "cycles", "per", "minute", "with", "oxygen", "saturation", "of", "86", "%", "on", "room", "air", ")", "and", "tachycardia", "(", "100", "l", ".", "p", ".", "m", ".", ")", ".", "Blood", "work", "revealed", "increased", "C-reactive", "protein", "(", "125", "mg", "/", "L", ")", ",", "hyperleukocytosis", "(", "12", ",", "600", "/", "mm3", ")", "and", "lymphocytopenia", ".", "Blood", "gas", "analysis", "showed", "compensated", "lactic", "acidosis", "(", "pH", "7", ".", "43", "with", "hyperlactacidemia", ":", "5", ".", "36", "mmol", "/", "L", ")", ".", "Nasopharyngeal", "swab", "PCR", "was", "negative", "for", "SARS-CoV-2", ".", "Two", "hours", "after", "admission", ",", "a", "non-contrast", "chest", "CT", "scan", "showed", "typical", "signs", "of", "COVID-19", "pneumonia", "(", "basically", "ground-glass", "opacities", "without", "radiological", "evidence", "of", "other", "infection", ")", "with", "significant", "involvement", "(", ">", "75", "%", "of", "lung", "parenchyma", ")", ".", "Upper", "abdominal", "sections", "showed", "spontaneous", "hyperdensity", "(", "71", "Hounsfield", "units", "(", "HU", ")", "vs", ".", "38", "HU", "in", "the", "portal", "vein", ")", "in", "the", "right", "portal", "vein", ".", "A", "complementary", "thoracic", ",", "abdominal", "and", "pelvic", "CT", "scan", "with", "contrast", "in", "the", "arterial", "and", "portal", "phases", ",", "performed", "at", "the", "same", "time", ",", "confirmed", "a", "thrombosis", "of", "the", "right", "portal", "vein", "caused", "by", "a", "thrombosis", "of", "the", "distal", "part", "of", "the", "superior", "mesenteric", "vein", "extending", "into", "the", "splenomesenteric", "trunk", ".", "Proximal", "thrombosis", "of", "the", "superior", "mesenteric", "artery", "and", "jejunal", "artery", "was", "also", "observed", ",", "with", "subsequent", "features", "of", "ischaemia", "of", "the", "cecum", "and", "small", "bowel", "with", "a", "small", "amount", "of", "fluid", "in", "the", "peritoneal", "cavity", ".", "No", "pulmonary", "embolism", "was", "observed", ".", "A", "laparotomy", "was", "performed", "a", "few", "hours", "later", ",", "which", "confirmed", "the", "ischaemia", "and", "removed", "one", "metre", "of", "necrotic", "ileum", "and", "right", "colon", ".", "Thrombolysis", "and", "thromboectomy", "of", "the", "superior", "mesenteric", "artery", "were", "also", "performed", "at", "the", "same", "operation", ".", "Despite", "timely", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "condition", "remained", "poor", "due", "to", "generalised", "intestinal", "ischaemia", ",", "in", "addition", "to", "severe", "lung", "damage", "caused", "by", "COVID-19", ".", "Palliative", "care", "was", "initiated", "and", "the", "patient", "died", "4", "days", "later", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 273, "end": 280 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 750, "end": 760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1959, "end": 1966 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2126, "end": 2133 } ]

[ "A", "72-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", ",", "ex-smoker", "and", "diagnosed", "with", "papillary", "urothelial", "carcinoma", "of", "the", "bladder", "(", "T1G2", ")", ".", "Transurethral", "resection", "of", "the", "tumour", "was", "performed", "and", "3", "weeks", "later", "treatment", "was", "started", "with", "a", "long", "course", "of", "endovesical", "instillations", "of", "BCG", "(", "Connaught", "strain", ",", "109", "colony-forming", "units", "per", "dose", ")", "administered", "weekly", ".", "After", "receiving", "3", "sessions", ",", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", "for", "general", "malaise", "and", "fever", "(", "38", ".", "5o", ")", "of", "ten", "days", "'", "duration", ".", "There", "was", "no", "micturition", "syndrome", "or", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", "with", "normal", "pulmonary", "auscultation", ",", "negative", "bilateral", "renal", "fist", "percussion", "and", "a", "non-painful", "or", "congestive", "prostate", ",", "size", "II", "/", "IV", "and", "adenomatous", "consistency", ".", "The", "haemogram", "showed", "slight", "leukocytosis", "without", "neutrophilia", "(", "leukocytes", "12100", "and", "63", ".", "7", "%", "neutrophils", ")", ".", "Urine", "and", "blood", "cultures", "were", "sterile", "and", "the", "search", "for", "acid", "fast", "bacilli", "in", "urine", "was", "unsuccessful", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "and", "diffuse", "involvement", "of", "small", "millimetric", "nodules", "with", "thick", "calcified", "lymph", "nodes", ",", "compatible", "with", "miliary", "TB", ".", "Computed", "axial", "tomography", "(", "CT", ")", "showed", "gross", "calcified", "adenopathy", "in", "the", "right", "hilum", "and", "pulmonary", "ligament", "and", "bilateral", "and", "diffuse", "parenchymal", "involvement", "of", "small", "millimetric", "nodules", "affecting", "all", "lung", "fields", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "and", "treated", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "ethambutol", ".", "The", "patient", "'", "s", "general", "condition", "improved", "and", "he", "was", "discharged", "and", "followed", "up", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "During", "follow-up", ",", "there", "were", "no", "adverse", "effects", "of", "the", "medication", "and", "no", "new", "febrile", "episodes", "or", "other", "symptoms", ".", "Anti-tuberculosis", "treatment", "was", "continued", "for", "6", "months", "and", "BCG", "instillations", "were", "discontinued", ".", "The", "control", "CT", "scan", "at", "two", "months", "showed", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "adenopathies", "as", "well", "as", "a", "decrease", "in", "the", "number", "of", "nodules", ",", "with", "complete", "disappearance", "in", "some", "lung", "segments", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Connaught strain", "label": "SPECIES", "start": 338, "end": 354 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 333, "end": 336 }, { "text": "colony", "label": "SPECIES", "start": 360, "end": 366 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1355, "end": 1362 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1435, "end": 1442 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 1706, "end": 1709 } ]

[ "The", "patient", "is", "a", "27-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "a", "butcher", "by", "profession", ",", "with", "a", "history", "of", "Bruton", "'", "s", "agammaglobulinaemia", "diagnosed", "at", "4", "months", "of", "age", ",", "on", "replacement", "therapy", "with", "intravenous", "immunoglobulin", "(", "since", "November", "2015", "the", "dose", "has", "been", "430", "mg", "/", "kg", "every", "4", "weeks", ")", ",", "and", "asymptomatic", ".", "On", "one", "occasion", "he", "reported", "presyncopal", "symptoms", "related", "to", "the", "immunoglobulin", "infusion", ".", "He", "has", "not", "completed", "the", "vaccination", "schedule", ".", "No", "other", "history", "of", "interest", ".", "Nine", "days", "before", "admission", ",", "he", "began", "to", "complain", "of", "pain", "in", "the", "left", "shoulder", "and", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ".", "After", "visiting", "the", "outpatient", "clinic", ",", "he", "was", "discharged", "twice", "with", "a", "diagnosis", "of", "trapezius", "contracture", ".", "One", "week", "later", "he", "presented", "with", "fever", "of", "38o", ",", "together", "with", "swelling", "and", "increased", "local", "temperature", "at", "the", "cervical", "level", ",", "in", "the", "area", "of", "the", "sternoclavicular", "junction", ",", "with", "continuous", "pain", "that", "was", "exacerbated", "by", "arm", "movements", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "with", "the", "clinical", "diagnosis", "of", "sternoclavicular", "septic", "arthritis", ",", "and", "arthrocentesis", "was", "impossible", ",", "so", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "IV", "cloxacillin", "(", "2", "g", "c", "/", "4", "h", ")", "after", "drawing", "blood", "cultures", ".", "On", "arrival", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "with", "good", "general", "condition", ",", "with", "BP", "120", "/", "80", ",", "HR", "62", "bpm", ",", "O2", "saturation", "of", "99", "%", ",", "normal", "cardiopulmonary", "auscultation", "and", "marked", "pain", "on", "mobilisation", "of", "the", "left", "upper", "limb", ",", "with", "pain", "of", "inflammatory", "characteristics", "throughout", "the", "cervical", "muscle", "area", "on", "that", "side", "and", "in", "the", "sternoclavicular", "joint", ",", "painful", "on", "palpation", ".", "The", "haemogram", "showed", "17000", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "68", "%", "neutrophils", ",", "Hb", "12", ".", "2", "g", "/", "dl", "and", "the", "blood", "biochemistry", "showed", "CRP", "56", ".", "5", "mg", "/", "l", ",", "which", "subsequently", "rose", "to", "95", ".", "7mg", "/", "l", ".", "A", "simple", "chest", "X-ray", "was", "normal", ",", "a", "clavicular", "CT", "scan", "showed", "inflammatory", "signs", "at", "the", "level", "of", "the", "sternoclavicular", "joint", "(", "SCJ", ")", "and", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "bone", "scan", "that", "showed", "increased", "osteoblastic", "activity", "at", "this", "level", ".", "A", "puncture", "of", "the", "ACJ", "was", "performed", "and", "a", "serosanguinous", "fluid", "was", "obtained", "and", "sent", "for", "culture", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "was", "immunosuppressed", "and", "presented", "with", "a", "clinical", "syndrome", "consisting", "of", "left-sided", "omalgia", "accompanied", "by", "fever", "and", "inflammatory", "signs", "in", "the", "ACS", ".", "Despite", "the", "history", "of", "hyperextension", "of", "the", "left", "upper", "limb", ",", "traumatic", "aetiology", "could", "reasonably", "be", "ruled", "out", ".", "The", "differential", "diagnosis", ",", "therefore", ",", "would", "focus", "on", "an", "arthritic", "condition", "at", "the", "sternoclavicular", "level", "as", "the", "first", "option", ";", "and", ",", "given", "the", "presence", "of", "signs", "of", "infection", ",", "we", "would", "first", "consider", "the", "infectious", "aetiology", ".", "Other", "entities", "that", "should", "be", "ruled", "out", "are", ":", "-", "Systemic", "autoimmune", "diseases", ":", "Joint", "involvement", "in", "rheumatoid", "arthritis", "and", "systemic", "lupus", "erythematosus", "usually", "has", "a", "polyarticular", "and", "symmetrical", "distribution", ",", "which", "did", "not", "occur", "in", "our", "case", ".", "In", "ankylosing", "spondyloarthritis", ",", "involvement", "of", "the", "sternoclavicular", "joint", "has", "been", "reported", "in", "14", "%", "of", "cases", ".", "The", "absence", "of", "other", "more", "characteristic", "symptoms", "makes", "this", "cause", "unlikely", ".", "Psoriatic", "arthritis", "usually", "presents", "with", "oligoarthritis", "but", "the", "patient", "had", "no", "skin", "manifestations", ".", "-", "Microcrystalline", "arthritis", ":", "although", "classically", "monoarticular", ",", "it", "usually", "affects", "joints", "such", "as", "the", "metatarsophalangeal", "joint", "(", "gout", ")", "or", "the", "knee", "(", "pseudogout", ")", ".", "-", "Reactive", "arthritis", ":", "the", "absence", "of", "previous", "infection", "and", "monoarticular", "involvement", "would", "in", "principle", "rule", "out", "this", "entity", ",", "which", "manifests", "as", "peripheral", "and", "small", "joint", "oligoarthritis", ".", "The", "main", "microorganisms", "described", "as", "the", "cause", "of", "ACS", "arthritis", "are", ":", "Staphylococcus", "aureus", ",", "followed", "by", "Pseudomona", "aeruginosa", ",", "Brucella", "melitensis", "and", "Escherichia", "coli", ".", "Of", "these", ",", "Pseudomona", "aeruginosa", "has", "been", "associated", "with", "injecting", "drug", "users", ",", "and", "Brucella", "melitensis", ",", "despite", "the", "patient", "'", "s", "professional", "background", ",", "has", "been", "eradicated", "from", "our", "country", ".", "In", "cases", "of", "hypogammaglobulinaemia", ",", "unusual", "aetiologies", "such", "as", "Mycoplasma", "pneumoniae", "and", "Ureaplasma", "urealyticum", "must", "be", "considered", ".", "Osteoarticular", "tuberculosis", ",", "which", "accounts", "for", "10-25", "%", "of", "extrapulmonary", "TB", ",", "has", "been", "described", "in", "ACS", "arthritis", ",", "although", "it", "usually", "affects", "the", "axial", "skeleton", "(", "Pott", "'", "s", "disease", ")", ",", "followed", "by", "the", "hip", "and", "knee", ".", "Lyme", "disease", "is", "unlikely", "due", "to", "the", "absence", "of", "previous", "symptomatology", ",", "the", "absence", "of", "erythema", "migrans", "and", "that", "the", "patient", "did", "not", "reside", "in", "an", "endemic", "area", "or", "have", "predisposing", "recreational", "activities", ".", "Evolution", "After", "initiation", "of", "antibiotic", "therapy", ",", "the", "clinical", "course", "was", "good", ",", "with", "a", "decrease", "in", "leukocytosis", "and", "acute", "phase", "reactants", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "home", "with", "oral", "cefadroxil", "(", "500", "mg", "every", "8", "hours", ")", ",", "with", "no", "apparent", "complications", ".", "We", "were", "subsequently", "informed", "that", "blood", "cultures", "isolated", "macrolide-resistant", "Campylobacter", "coli", "with", "an", "MIC", "for", "ciprofloxacin", "of", "0", ".", "125", "(", "no", "cephalosporins", "were", "tested", ")", ";", "the", "culture", "of", "the", "FNA", "of", "the", "ACS", "was", "negative", ".", "Treatment", "was", "changed", "to", "ciprofloxacin", "(", "750", "mg", "every", "12", "hours", ")", "for", "a", "total", "of", "4", "weeks", "of", "antibiotherapy", ".", "Final", "diagnosis", "Campylobacter", "coli", "sternoclavicular", "arthritis", "in", "a", "patient", "with", "Bruton", "'", "s", "agammaglobulimemia", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 419, "end": 430 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 33 }, { "text": "butcher", "label": "HUMAN", "start": 67, "end": 74 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 918, "end": 925 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1175, "end": 1182 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2037, "end": 2044 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3027, "end": 3034 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 3567, "end": 3583 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3838, "end": 3859 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 3520, "end": 3541 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 3595, "end": 3616 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 3485, "end": 3506 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3425, "end": 3439 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3701, "end": 3708 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4233, "end": 4240 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 3543, "end": 3562 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 3668, "end": 3687 }, { "text": "Ureaplasma urealyticum", "label": "SPECIES", "start": 3864, "end": 3886 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4469, "end": 4476 }, { "text": "macrolide-resistant Campylobacter coli", "label": "SPECIES", "start": 4633, "end": 4671 }, { "text": "Campylobacter coli", "label": "SPECIES", "start": 4653, "end": 4671 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4965, "end": 4972 }, { "text": "Campylobacter coli", "label": "SPECIES", "start": 4914, "end": 4932 } ]

[ "A", "13-year-old", "female", "patient", ",", "allergic", "to", "grass", "pollen", ",", "was", "referred", "to", "our", "clinic", "for", "presenting", "right", "nasal", "congestion", "without", "rhinorrhoea", "with", "right", "maxillary", "pain", "and", "right", "malar", "erythema", "of", "two", "months", "'", "evolution", "refractory", "to", "treatment", "with", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "several", "courses", "of", "antibiotics", ".", "She", "was", "afebrile", ".", "Nasofibroscopy", "showed", "oedema", "of", "the", "nasal", "mucosa", "and", "right", "inferior", "and", "middle", "turbinate", "with", "no", "other", "signs", ".", "Sinus", "X-ray", "showed", "partial", "opacification", "of", "the", "right", "maxillary", "sinus", ".", "Oral", "and", "topical", "nasal", "corticosteroid", "treatment", "was", "prescribed", ".", "As", "the", "symptoms", "persisted", "one", "month", "later", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "sinuses", "was", "requested", ".", "While", "waiting", "for", "the", "scan", "to", "be", "performed", ",", "the", "patient", "brought", "in", "a", "worm", "specimen", "that", "she", "said", "had", "emerged", "from", "her", "right", "nostril", "the", "previous", "night", ".", "Microbiological", "analysis", "confirmed", "Enterobius", "vermicularis", "infection", ".", "Albendazole", "400", "mg", "as", "a", "single", "dose", "was", "prescribed", ",", "with", "progressive", "improvement", "of", "the", "clinical", "picture", "over", "the", "following", "months", ".", "No", "further", "specimens", "were", "observed", "in", "the", "nostril", "during", "further", "examinations", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Enterobius vermicularis", "label": "SPECIES", "start": 839, "end": 862 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 700, "end": 707 }, { "text": "specimens", "label": "SPECIES", "start": 1017, "end": 1026 }, { "text": "worm specimen", "label": "SPECIES", "start": 721, "end": 734 }, { "text": "grass", "label": "SPECIES", "start": 42, "end": 47 } ]

[ "Anamnesis", "35-year-old", "woman", ";", "her", "personal", "history", "included", "smoking", "8", "cigarettes", "a", "day", "and", "drinking", "1-2", "beers", "/", "day", ".", "No", "drug", "use", ".", "Tubal", "ligation", ",", "no", "gynaecological", "consultation", "in", "the", "last", "year", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "clinic", "for", "vulvar", "pruritus", "and", "eruption", "of", "vulvo-anal", "lesions", "of", "2", "months", "'", "duration", ".", "She", "had", "not", "received", "any", "medical", "treatment", ".", "She", "describes", "sexual", "relations", "only", "with", "her", "stable", "partner", "and", "without", "the", "use", "of", "a", "condom", ";", "the", "partner", "has", "no", "genital", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "She", "has", "perivulvar", "vegetating", "lesions", "with", "a", "verrucous", "appearance", "and", "flat", ",", "rounded", ",", "shiny", "vegetations", ",", "the", "latter", "also", "in", "the", "perianal", "area", ".", "From", "their", "morphology", ",", "the", "first", "lesions", "look", "like", "condylomata", "acuminata", "and", "the", "second", "like", "flat", "condylomata", ".", "There", "is", "also", "a", "macular", "rash", "on", "the", "abdomen", "and", "upper", "limbs", ",", "with", "a", "slight", "pruritic", "sensation", ".", "Additional", "tests", "-", "A", "protocolised", "study", "of", "sexually", "transmitted", "infections", "(", "STIs", ")", "was", "carried", "out", "with", "vaginal", "and", "cervical", "exudates", ",", "a", "cervical", "cytological", "study", "and", "a", "PCR", "study", "specific", "for", "human", "papillomavirus", "(", "HPV", ")", "of", "the", "perivulvar", "vegetating", "lesions", ".", "It", "is", "completed", "with", "serology", "for", "lues", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", ",", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ".", "-", "In", "the", "exudate", "collection", ",", "Gardnerella", "vaginalis", "is", "present", "and", "there", "are", "guide", "cells", ".", "Cervico-vaginal", "cytology", "with", "moderate", "dysplasia", "(", "CIN", "III", ")", ".", "The", "PCR", "test", "for", "perivulvar", "HPV", "shows", "a", "positive", "result", "for", "HPV", "subtype", "31", ".", "Serology", "is", "compatible", "with", "lupus", ",", "positive", "HAART", "and", "ELISA", "with", "positive", "RPR", "at", "1", "/", "32", ".", "HIV", "and", "HBV", "negative", ".", "HCV", "indeterminate", ".", "Treatment", "and", "evolution", "Treatment", "was", "started", "with", "benzathine", "penicillin", "2", ".", "4", "million", "IU", ",", "1", "vial", "per", "week", "for", "3", "weeks", "and", "metronidazole", "vaginal", "ova", "for", "her", "G", ".", "vaginalis", "vaginosis", ".", "One", "month", "after", "the", "first", "visit", ",", "the", "lesions", "corresponding", "to", "flat", "condylomas", "are", "not", "visible", "and", "the", "lesions", "that", "looked", "like", "HPV", "infection", ",", "confirmed", "by", "PCR", ",", "have", "a", "cicatricial", "appearance", "and", "have", "practically", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 196, "end": 203 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 397, "end": 404 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 442, "end": 449 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1173, "end": 1176 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1060, "end": 1063 }, { "text": "human papillomavirus", "label": "SPECIES", "start": 1038, "end": 1058 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1143, "end": 1171 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 1137, "end": 1141 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1183, "end": 1206 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 1477, "end": 1482 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1528, "end": 1531 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1542, "end": 1545 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1520, "end": 1523 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1385, "end": 1388 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1417, "end": 1420 }, { "text": "HPV subtype 31", "label": "SPECIES", "start": 1417, "end": 1431 }, { "text": "Gardnerella vaginalis", "label": "SPECIES", "start": 1237, "end": 1258 }, { "text": "G. vaginalis", "label": "SPECIES", "start": 1717, "end": 1729 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1868, "end": 1871 } ]

[ "A", "38-year-old", "non-smoking", ",", "non-drinking", "woman", "with", "a", "history", "of", "migraine", "headache", "and", "a", "single", "attack", "in", "2005", ".", "Diagnosed", "10", "days", "earlier", "with", ":", "Multiple", "Myeloma", "Bence-Jones", "Lambda", "Stage", "IIIA", ",", "associated", "with", "deterioration", "of", "renal", "function", "as", "the", "first", "clinical", "manifestation", ":", "Myeloma", "kidney", ",", "which", "required", "a", "renal", "biopsy", "and", "the", "start", "of", "induction", "treatment", "with", "chemotherapy", "with", "boluses", "of", "i", ".", "v", ".", "Dexamethasone", ".", "The", "patient", "consulted", "for", "intense", "holocranial", "headache", ",", "asthenia", ",", "vomiting", ",", "fever", "up", "to", "39oC", ",", "paraesthesia", "in", "the", "left", "shoulder", ",", "and", "commented", "on", "the", "inability", "to", "remember", "in", "the", "short", "term", ".", "Physical", "examination", "revealed", "an", "alteration", "of", "higher", "functions", ",", "with", "bradypsychia", ",", "alteration", "of", "short-term", "memory", ",", "emotional", "lability", ",", "nominative", "aphasia", ",", "nuchal", "rigidity", ",", "but", "with", "negative", "Kerning", "and", "Bruzinsky", ".", "Laboratory", "tests", "were", "requested", ":", "haemoglobin", "9", ".", "2", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytosis", ",", "creatinine", "1", ".", "87mg", "/", "dl", ",", "rest", "normal", ".", "Urine", "sediment", "showed", "pyuria", "and", "empirical", "treatment", "with", "ceftriaxone", "was", "started", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", "without", "microbiological", "isolation", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "were", "normal", ".", "Given", "the", "clinical", "manifestations", ",", "a", "non-contrast", "cranial", "CT", "scan", "was", "requested", "with", "normal", "results", ",", "and", "a", "lumbar", "puncture", "of", "non-traumatic", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "was", "performed", "(", "leukocytes", "1342", "/", "mm3", ";", "polymorphonuclear", ":", "3", ".", "1", "%", ";", "mononuclear", "97", "%", ",", "red", "blood", "cells", "1000", "/", "mm3", ";", "ADA", ",", "glucose", "and", "proteins", "normal", ")", ",", "together", "with", "culture", "and", "Gram", "stain", "of", "CSF", ";", "serology", "for", "HSV", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "Toxoplasma", ".", "Results", "Given", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "manifestations", "and", "CSF", "analysis", "compatible", "with", "probable", "viral", "vs", ".", "decapitated", "bacterial", "encephalitis", ",", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "acyclovir", "iv", "adjusted", "to", "renal", "function", ",", "ceftriaxone", ",", "vancomycin", "and", "ampicillin", ".", "Cultures", ",", "Gram", "stain", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "Toxoplasma", "serology", "were", "negative", ".", "IgG", "serology", "for", "HSV", "was", "positive", ".", "Contrast-enhanced", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "cMRI", ")", "was", "requested", ",", "which", "showed", ":", "extensive", "subcortical", "cortico-subcortical", "hyperintense", "lesion", "in", "left", "anterior", "temporal", "T2", ",", "insula", ",", "hippocampus", "and", "basal", "ganglia", "with", "mass", "effect", "and", "slight", "midline", "deviation", "of", "3-4mm", ",", "and", "haemorrhagic", "necrotic", "component", "in", "its", "interior", ",", "and", "slight", "right", "temporal", "involvement", ".", "PCR", "was", "requested", "for", "Enterovirus", ",", "Herpes", "Simplex", "Virus", "(", "HSV", ")", ",", "Varicella", "Zoster", "Virus", ",", "Cytomegalovirus", ",", "with", "a", "positive", "result", "for", "HSV-1", ".", "Final", "Diagnosis", "Left", "temporal", "herpetic", "encephalitis", "with", "mild", "right", "involvement", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1491, "end": 1494 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 45 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1496, "end": 1506 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1484 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1486, "end": 1489 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1076 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 417, "end": 424 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1794, "end": 1797 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2321, "end": 2336 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2256, "end": 2267 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1799, "end": 1809 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1851, "end": 1854 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2291, "end": 2294 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2365, "end": 2368 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 2365, "end": 2370 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1789, "end": 1792 }, { "text": "Herpes Simplex Virus", "label": "SPECIES", "start": 2269, "end": 2289 }, { "text": "Varicella Zoster Virus", "label": "SPECIES", "start": 2297, "end": 2319 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1625, "end": 1634 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1527, "end": 1534 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1603, "end": 1608 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 2403, "end": 2411 } ]

[ "An", "83-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "stage", "D", "COPD", "with", "severe", "functional", "impairment", "and", "a", "recent", "diagnosis", "of", "ascending", "colon", "neoplasia", "treated", "conservatively", "due", "to", "comorbidity", ".", "She", "also", "had", "stage", "3", "CKD", "and", "symptomatic", "BPH", "requiring", "permanent", "bladder", "catheterisation", ".", "She", "was", "admitted", "due", "to", "deterioration", "of", "her", "general", "condition", "over", "a", "week", "'", "s", "evolution", "and", "because", "she", "had", "noticed", "purple", "urine", "colouring", "in", "the", "catheterisation", "bag", ".", "She", "had", "no", "fever", "or", "other", "focal", "symptoms", ".", "Examination", "revealed", "signs", "of", "severe", "calorie", "malnutrition", "(", "BMI", "15", ".", "8", "kg", "/", "m2", ")", "despite", "an", "acceptable", "oral", "intake", "and", "taking", "hyperproteic", "nutritional", "supplements", ".", "Additional", "tests", "requested", "on", "admission", "included", ":", "deterioration", "of", "renal", "function", "and", "anaemic", "syndrome", ",", "both", "stable", "compared", "to", "previous", "controls", "(", "creatinine", "2", ".", "10", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "173", "mg", "/", "dl", ",", "Hb", "107", "g", "/", "l", ")", ",", "urine", "smear", "with", "leucocyturia", "and", "urine", "culture", "which", "48", "hours", "later", "was", "positive", "for", "E", ".", "coli", "(", ">", "100", ",", "000", "CFU", "/", "ml", ")", ".", "The", "purple", "bag", "urine", "syndrome", "is", "a", "rare", "entity", "that", "characteristically", "affects", "elderly", "women", "with", "prolonged", "bladder", "catheterisation", "and", "debilitated", "by", "chronic", "diseases", ".", "The", "presence", "of", "previous", "urological", "pathology", ",", "prolonged", "bed", "rest", "and", "chronic", "constipation", "are", "predisposing", "factors", ".", "It", "occurs", "in", "the", "presence", "of", "high", "concentrations", "of", "bacteria", "with", "indoxyl", "sulphatase", "/", "phosphatase", "activity", "(", "Proteus", ",", "Providencia", ",", "Pseudomonas", "or", "E", ".", "coli", ",", "among", "others", ")", "that", "thrive", "in", "an", "alkaline", "environment", ".", "It", "is", "not", "usually", "associated", "with", "increased", "morbidity", ",", "and", "in", "most", "cases", "resolves", "with", "catheter", "replacement", ",", "hygienic", "measures", "and", "antibiotic", "treatment", ".", "In", "general", ",", "infections", "are", "not", "very", "symptomatic", ",", "and", "most", "patients", "are", "afebrile", ",", "without", "leukocytosis", "or", "other", "relevant", "data", ".", "The", "purple", "colour", "is", "due", "to", "the", "conversion", "of", "indoxyl", "sulphate", ",", "a", "metabolite", "of", "tryptophan", ",", "into", "indoxyl", "by", "the", "action", "of", "bacterial", "sulphatase", "/", "phosphatase", "enzymes", ".", "Once", "in", "the", "bag", ",", "when", "it", "comes", "into", "contact", "with", "oxygen", ",", "it", "is", "transformed", "into", "indigo", "and", "indirubin", ",", "the", "mixture", "of", "which", "gives", "rise", "to", "a", "purple", "hue", ".", "The", "oxidation", "process", "takes", "a", "few", "hours", ",", "so", "that", "initially", "the", "urine", "looks", "normal", "and", "the", "colouring", "is", "seen", "some", "time", "later", "in", "the", "collection", "bag", ".", "In", "this", "case", ",", "we", "believe", "that", "the", "use", "of", "nutritional", "supplements", "rich", "in", "tryptophan", "played", "an", "important", "role", "in", "the", "development", "of", "this", "syndrome", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 934, "end": 941 }, { "text": "women", "label": "HUMAN", "start": 1049, "end": 1054 }, { "text": "Pseudomonas", "label": "SPECIES", "start": 1377, "end": 1388 }, { "text": "bacteria with indoxyl sulphatase/phosphatase activity", "label": "SPECIES", "start": 1300, "end": 1353 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1666, "end": 1674 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 1392, "end": 1399 } ]

[ "Anamnesis", "Female", ",", "56", "years", "old", ".", "Family", "history", ":", "father", "with", "prostate", "cancer", ".", "Personal", "history", ":", "allergy", "to", "inzitan", ",", "appendectomy", ",", "hysterectomy", "for", "myomas", ".", "The", "patient", "was", "followed", "up", "by", "dermatology", "in", "2008", "for", "a", "pink", ",", "hyperkeratotic", "lesion", "located", "in", "the", "left", "supragluteal", "region", ",", "the", "result", "of", "the", "biopsy", "being", "clonal", "seborrhoeic", "keratosis", ".", "The", "lesion", "became", "ulcerative", ",", "so", "in", "July", "2013", "a", "biopsy", "was", "performed", "again", ",", "which", "was", "diagnostic", "of", "eccrine", "pororcarcinoma", "in", "the", "lumbar", "region", ".", "She", "had", "to", "undergo", "surgery", "on", "up", "to", "four", "occasions", "due", "to", "locoregional", "recurrences", ",", "the", "last", "time", "in", "March", "2015", "with", "left", "inguinal", "emptying", "with", "metastasis", "of", "porocarcinoma", "in", "6", "/", "12", "adenopathies", ".", "Subsequent", "PET", "/", "CT", "scan", "detected", "local", "relapse", "and", "lymph", "node", "metastases", "at", "bilateral", "iliac", ",", "right", "inguinal", "and", "presacral", "levels", ".", "It", "was", "considered", "unresectable", "due", "to", "lymph", "node", "involvement", "and", "new", "lesions", "appeared", "in", "the", "graft", "area", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "oncology", "department", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "chemotherapy", "treatment", ".", "Physical", "examination", "At", "the", "time", "of", "diagnosis", "and", "assessment", "by", "Oncology", ":", "Good", "general", "condition", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ".", "Maintained", "constant", "values", ".", "Ulcerated", "and", "exudative", "skin", "lesions", "with", "the", "presence", "of", "lethals", "in", "the", "left", "supragluteal", "region", ".", "Complementary", "tests", "PET", "/", "CT", "scan", "in", "April", "2015", "showing", "local", "relapse", "and", "lymph", "node", "metastases", "in", "bilateral", "iliac", ",", "right", "inguinal", "and", "presacral", "regions", ".", "Re-evaluation", "CT", "scan", "in", "August", "2015", "with", "partial", "response", ".", "CT", "scan", "in", "May", "2016", "with", "complete", "response", ".", "Laboratory", "tests", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "eccrine", "porocarcinoma", "in", "2013", "after", "biopsy", "of", "the", "lesions", "in", "the", "supragluteal", "region", ",", "receiving", "up", "to", "four", "surgical", "interventions", "to", "remove", "the", "tumour", ".", "Advanced", "disease", "was", "diagnosed", "by", "PET", "/", "CT", "in", "April", "2015", ".", "Treatment", "The", "patient", "underwent", "surgery", "with", "enlarged", "margins", "on", "up", "to", "four", "occasions", "by", "the", "Dermatology", "Department", ",", "and", "in", "January", "2015", "she", "underwent", "left", "inguinal", "emptying", "for", "adeopathies", "by", "the", "General", "Surgery", "Department", ".", "Oncology", "initially", "administered", "6", "cycles", "of", "taxotere", ".", "On", "follow-up", "in", "consultation", "and", "once", "tumour", "progression", "was", "observed", ",", "taxotere", "was", "started", "in", "conjunction", "with", "radiotherapy", ",", "which", "was", "intended", "to", "be", "palliative", ".", "When", "the", "radiodermatitis", "lesions", "became", "considerably", "serious", "due", "to", "cellulitis", "complications", ",", "chemotherapy", "was", "suspended", "and", "antibiotic", "treatment", "(", "clindamycin", "and", "moxifloxacin", ")", "was", "administered", "together", "with", "local", "treatment", "until", "the", "infection", "was", "remitted", "and", "the", "lesions", "progressed", "well", ".", "Evolution", "The", "patient", "began", "treatment", "in", "June", "2015", "with", "taxotere", ",", "completing", "6", "cycles", "in", "August", "2015", "with", "a", "partial", "response", ".", "In", "November", "2015", ",", "tumour", "progression", "was", "observed", "in", "the", "skin", "and", "she", "received", "palliative", "radiotherapy", "concomitant", "with", "taxotere", ".", "In", "February", "2016", ",", "she", "presented", "skin", "lesions", "compatible", "with", "radiodermatitis", ",", "which", "was", "complicated", "by", "cellulitis", "in", "April", "2016", ".", "It", "was", "decided", "to", "interrupt", "chemotherapy", "until", "the", "lesions", "resolved", ".", "These", "lesions", "were", "treated", "on", "an", "outpatient", "basis", "with", "clindamycin", ",", "moxifloxacin", "and", "local", "dressings", "in", "the", "day", "hospital", ".", "The", "patient", "experienced", "a", "good", "evolution", "of", "the", "dermal", "lesions", "within", "a", "week", ".", "She", "is", "currently", "being", "followed", "up", "in", "the", "oncology", "department", ",", "free", "of", "treatment", "and", "with", "good", "evolution", "of", "the", "dermal", "lesions", ".", "The", "tumour", "is", "currently", "in", "complete", "response", "according", "to", "the", "latest", "CAT", "scan", ",", "and", "without", "lymph", "node", "disease", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Female", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 16 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 39 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 49, "end": 55 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 79, "end": 87 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 161, "end": 168 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 922, "end": 929 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1573, "end": 1580 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1823, "end": 1830 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2556, "end": 2563 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3122, "end": 3129 } ]

[ "An", "8-year-old", "boy", "with", "asthma", ",", "sensitisation", "to", "Dermatophagoides", "and", "olive", "tree", "pollen", "and", "allergy", "to", "walnut", "and", "pistachio", ",", "presented", "with", "pharyngeal", "pruritus", "after", "drinking", "a", "glass", "of", "natural", "horchata", "(", "brand", "unknown", ")", ",", "which", "comes", "from", "the", "Cyperus", "esculentus", "plant", ".", "Results", ":", "PP", "horchata", "Chufi", "®", "and", "OrXata", "!", "®", "negative", ".", "PP", "Tigernut", "PP", "negative", ".", "PPO", ":", "tolerates", "horchata", "Chufi", "®", "(", "UHT", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "olive tree", "label": "SPECIES", "start": 69, "end": 79 }, { "text": "Dermatophagoides", "label": "SPECIES", "start": 48, "end": 64 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 102, "end": 108 }, { "text": "pistachio", "label": "SPECIES", "start": 113, "end": 122 } ]

[ "Juan", "is", "a", "20-year-old", "single", "patient", "who", "lives", "with", "his", "mother", ".", "He", "has", "no", "siblings", ".", "Academically", ",", "he", "has", "only", "completed", "primary", "school", ".", "He", "has", "never", "had", "a", "stable", "job", "(", "he", "has", "only", "occasionally", "worked", "as", "a", "waiter", "in", "a", "discotheque", ")", ".", "Among", "the", "psychobiographical", "data", ",", "the", "following", "stand", "out", ":", "the", "separation", "of", "his", "parents", "when", "he", "was", "6", "years", "old", ";", "the", "disappearance", "of", "his", "father", "2", "years", "later", "(", "because", "he", "went", "to", "prison", ",", "a", "circumstance", "that", "is", "hidden", "from", "him", "and", "that", "the", "patient", "discovers", "accidentally", "when", "he", "is", "13-14", "years", "old", ")", ";", "the", "intervention", "in", "the", "family", "nucleus", "of", "his", "grandmother", ",", "an", "overprotective", "figure", "who", "tends", "to", "infantilise", "him", "with", "her", "treatment", ",", "as", "well", "as", "permanently", "disallowing", "the", "role", "of", "the", "mother", ",", "who", "on", "the", "other", "hand", "is", "not", "very", "present", "in", "his", "education", "given", "that", "after", "the", "separation", "she", "must", "take", "financial", "responsibility", "for", "the", "family", "'", "s", "upkeep", ".", "The", "discovery", "of", "his", "father", "'", "s", "whereabouts", "is", "experienced", "by", "the", "patient", "as", "a", "betrayal", "by", "his", "parents", "and", "this", "coincides", "temporarily", "with", "his", "dropping", "out", "of", "school", ",", "his", "first", "contacts", "with", "marginal", "environments", "and", "his", "beginning", "to", "consume", "toxic", "substances", ",", "without", "finding", "any", "figure", "to", "impose", "limits", "on", "these", "maladaptive", "behaviours", "or", "to", "serve", "as", "a", "model", "of", "\"", "normalised", "\"", "growth", ".", "Baseline", "situation", "In", "the", "months", "prior", "to", "admission", ":", "from", "the", "critical", "period", "referred", "to", "above", "(", "around", "the", "age", "of", "14", ")", ",", "according", "to", "the", "family", ",", "there", "is", "a", "progressive", "abandonment", "of", "any", "previous", "interests", "(", "training", ",", "work", ",", "sports", "or", "any", "other", "form", "of", "leisure", "and", "later", "of", "affective", ",", "friendly", "or", "family", "relationships", ")", ",", "with", "the", "patient", "finding", "himself", "in", "the", "last", "year", "in", "a", "situation", "of", "isolation", ",", "inactivity", "and", "apathy", "in", "which", "his", "only", "regular", "activity", "was", "the", "consumption", "of", "cannabis", "(", "even", "at", "home", "and", "against", "his", "mother", "'", "s", "verbal", "prohibitions", ")", ".", "His", "history", "does", "not", "include", "any", "history", "of", "medical", "illnesses", "or", "relevant", "surgical", "interventions", ",", "nor", "any", "known", "drug", "allergies", ".", "As", "a", "family", "history", ",", "the", "only", "known", "family", "history", "is", "that", "his", "father", "has", "suffered", "from", "compulsive", "gambling", "and", "cannabis", "abuse", ".", "History", "of", "use", "Cannabis", "smoker", "since", "the", "age", "of", "14", ",", "with", "criteria", "of", "dependence", "since", "the", "age", "of", "15", ",", "reaching", "quantities", "of", "about", "10", "joints", "a", "day", "and", "without", "significant", "periods", "of", "abstinence", "until", "the", "day", "of", "admission", "to", "our", "centre", ".", "Intranasal", "cocaine", "user", "since", "the", "age", "of", "18", ",", "meeting", "abuse", "criteria", "for", "this", "substance", "and", "using", "quantities", "that", "varied", "according", "to", "his", "economic", "availability", "(", "approximately", "0", ".", "25", "gr", "/", "day", ")", ";", "he", "was", "abstinent", "in", "the", "weeks", "prior", "to", "admission", ".", "Alcohol", "drinker", "since", "the", "age", "of", "7", ",", "presenting", "a", "pattern", "of", "recreational", "drinking", ",", "in", "moderate", "quantities", "and", "at", "weekends", ".", "Occasional", "contact", "with", "designer", "drugs", "between", "the", "ages", "of", "15", "and", "17", ".", "He", "had", "not", "made", "any", "attempt", "to", "stop", "drug", "use", "until", "contacting", "his", "referral", "Drug", "Dependency", "Centre", ",", "about", "2", "months", "prior", "to", "referral", "to", "the", "Dual", "Pathology", "Centre", ".", "Nor", "had", "he", "required", "psychiatric", "or", "psychological", "care", "until", "the", "debut", "of", "the", "current", "episode", "about", "2", "months", "ago", ".", "Current", "illness", "Admission", "to", "the", "Dual", "Pathology", "Centre", "was", "voluntary", ",", "programmed", ",", "referred", "from", "a", "Drug", "Dependency", "Care", "Centre", ".", "The", "aim", "of", "the", "admission", "was", "detoxification", ",", "the", "start", "of", "detoxification", ",", "the", "carrying", "out", "of", "a", "psychopathological", "assessment", "in", "a", "situation", "of", "abstinence", "and", "stabilisation", "in", "this", "area", ".", "According", "to", "the", "referral", "report", ",", "a", "few", "weeks", "earlier", ",", "the", "family", "had", "requested", "outpatient", "psychiatric", "care", "for", "the", "patient", "because", "he", "presented", "behavioural", "alterations", "and", "some", "self-harming", "gestures", "in", "a", "clinical", "context", "compatible", "with", "an", "unidentified", "psychotic", "episode", ".", "Despite", "this", ",", "he", "was", "not", "taking", "any", "pharmacological", "treatment", "at", "the", "time", "of", "admission", ",", "although", "he", "had", "been", "prescribed", "5", "mg", "/", "d", "of", "Olanzapine", "in", "the", "previous", "weeks", "(", "he", "reported", "having", "abandoned", "the", "treatment", "due", "to", "sedation", ")", ".", "So", "far", "he", "had", "not", "required", "psychiatric", "hospitalisation", ".", "Initial", "psychopathological", "examination", "Conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ".", "Contains", "his", "anxiety", "with", "difficulty", ".", "He", "reports", "experiences", "of", "depersonalisation", ",", "perceptual", "distortions", "in", "the", "visual", "sphere", "and", "hallucinatory", "phenomena", ",", "both", "auditory", "and", "kinaesthetic", ".", "Hypochondriacal", "fears", "in", "relation", "to", "the", "latter", ":", "\"", "I", "can", "'", "t", "feel", "my", "lungs", ",", "maybe", "I", "don", "'", "t", "have", ".", ".", ".", "\"", ".", "Experiences", "of", "external", "influence", "and", "control", ".", "Deliroid", "interpretation", "of", "harm", "in", "relation", "to", "conflictive", "relationships", "with", "former", "consumption", "partners", ".", "Affective", "and", "behavioural", "repercussions", "of", "the", "aforementioned", "psychotic", "symptomatology", "(", "low", "mood", ",", "irritability", ",", "isolation", ",", "abandonment", "of", "activities", "and", "social", "interaction", ")", ".", "Mixed", "insomnia", ".", "No", "self", "/", "heteroaggressiveness", ",", "nor", "self-harmful", "ideation", ".", "Partial", "awareness", "of", "illness", ".", "His", "motivation", "for", "treatment", "was", "based", "solely", "on", "pressure", "from", "his", "family", "environment", ".", "Evolution", "During", "the", "first", "weeks", "after", "admission", ",", "the", "patient", "continued", "to", "be", "anxious", ";", "this", ",", "together", "with", "the", "abstinence", "symptoms", "and", "the", "lack", "of", "awareness", "of", "his", "illness", ",", "led", "him", "to", "consider", "interrupting", "the", "therapeutic", "process", "on", "several", "occasions", ".", "We", "worked", "with", "him", "on", "this", "aspect", "from", "a", "psychoeducational", "and", "supportive", "approach", ",", "with", "a", "good", "response", ".", "In", "this", "first", "phase", ",", "the", "symptoms", "were", "also", "managed", "pharmacologically", ",", "with", "risperidone", "up", "to", "a", "dose", "of", "4", "mg", "/", "d", "and", "bromacepam", "up", "to", "a", "dose", "of", "4", ".", "5", "mg", "/", "d", ",", "with", "no", "notable", "side", "effects", ".", "A", "week", "after", "admission", ",", "the", "psychotic", "symptoms", "decreased", "considerably", ",", "and", "the", "ideas", "of", "harm", "and", "sensory-perceptual", "disturbances", "were", "well", "criticised", ",", "until", "the", "symptoms", "disappeared", "after", "one", "month", ".", "Once", "detoxified", "(", "with", "negative", "urine", "for", "any", "substance", "of", "abuse", ")", "and", "with", "the", "disappearance", "of", "the", "symptoms", "he", "presented", "on", "admission", ",", "we", "observed", "a", "basic", "personality", "marked", "by", "traits", "of", "immaturity", ",", "confirmed", "by", "the", "Graphic", "Projective", "Tests", ",", "in", "which", "an", "infantilised", "graphism", "was", "evident", ",", "with", "signs", "of", "avoidance", ",", "withdrawal", "and", "traits", "of", "anxiety", ",", "but", "transmitting", "an", "empathic", "affective", "contact", "and", "without", "psychotic", "traits", "in", "his", "character", "structure", ";", "in", "the", "elaboration", "of", "stories", "his", "reasoning", "was", "concrete", ",", "as", "if", "he", "had", "not", "reached", "the", "abstraction", "capacity", "of", "adolescence", ".", "Neither", "clinical", "nor", "specific", "personality", "tests", "(", "MCMI-II", ")", "were", "suggestive", "of", "any", "diagnosable", "disorder", "in", "this", "area", ".", "Signs", "that", "were", "observed", "in", "this", "phase", "of", "withdrawal", "included", "generalised", "slowing", "down", ",", "subdepressive", "mood", ",", "low", "initiative", ",", "a", "tendency", "to", "avoid", "interpersonal", "contact", "for", "fear", "of", "external", "evaluation", ",", "verbalisations", "of", "feelings", "of", "emptiness", ",", "and", "difficulties", "in", "planning", "and", "organising", "the", "future", ";", "all", "of", "these", "experiences", "were", "associated", "by", "the", "patient", "himself", "with", "cravings", "and", "he", "acknowledged", "having", "experienced", "them", "chronically", "in", "recent", "years", ".", "All", "this", "symptomatology", "responded", "favourably", "to", "the", "use", "of", "SSRI", "antidepressants", "(", "escitalopram", "up", "to", "20", "mg", "/", "d", ")", ",", "and", "the", "patient", "'", "s", "craving", "for", "cannabis", "consumption", "was", "significantly", "alleviated", "and", "the", "episodes", "of", "craving", "that", "he", "had", "experienced", "in", "the", "previous", "phase", "disappeared", ".", "The", "antipsychotic", "medication", "was", "withdrawn", "and", "his", "clinical", "evolution", "was", "observed", "for", "a", "further", "1", ".", "5", "months", "in", "the", "CPD", ";", "none", "of", "the", "psychotic", "symptoms", "that", "he", "presented", "at", "the", "beginning", "of", "the", "admission", "reappeared", "and", "the", "improvement", "in", "both", "the", "cognitive", "and", "affective", "spheres", "became", "more", "evident", ".", "From", "the", "psychotherapeutic", "point", "of", "view", ",", "the", "individual", "approach", "focused", "on", "the", "reorganisation", "of", "the", "family", "subsystems", ",", "on", "achieving", "a", "reinterpretation", "of", "the", "betrayal", "he", "felt", "in", "adolescence", ",", "on", "reinstating", "the", "figure", "of", "the", "father", "and", "on", "investing", "the", "mother", "with", "some", "authority", ".", "The", "patient", "'", "s", "return", "to", "academic", "training", "and", "the", "establishment", "of", "daily", "routines", "that", "would", "allow", "him", "to", "reorganise", "his", "day-to-day", "life", "in", "a", "more", "adaptive", "way", "were", "also", "supported", "with", "a", "view", "to", "his", "discharge", ".", "Group", "intervention", "was", "also", "carried", "out", "using", "the", "different", "approaches", "that", "form", "part", "of", "the", "therapeutic", "programme", "of", "the", "device", ":", "psychoeducation", ",", "relapse", "prevention", ",", "self-control", "of", "anxiety", ",", "training", "in", "social", "skills", "or", "problem", "solving", ",", "occupational", "therapy", "workshops", ",", "socio-cultural", "animation", "and", "free", "time", "management", ".", "Also", "as", "part", "of", "the", "programme", "and", "in", "order", "to", "carry", "out", "a", "progressive", "return", "to", "the", "usual", "environment", ",", "weekly", "outings", "were", "made", "from", "the", "centre", "together", "with", "the", "family", "members", "of", "reference", ",", "which", "passed", "without", "significant", "incidents", ",", "with", "negative", "toxicological", "controls", "for", "any", "substance", "of", "abuse", ".", "At", "discharge", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "and", "with", "coherent", "plans", "for", "the", "future", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "made", "during", "his", "stay", "at", "the", "device", "was", "aimed", "at", "ruling", "out", "or", "confirming", "a", "possible", "first", "outbreak", "of", "Schizophrenia", "or", ",", "alternatively", ",", "an", "episode", "of", "Toxic", "Psychosis", "secondary", "to", "the", "continued", "consumption", "of", "significant", "amounts", "of", "cannabis", ".", "The", "picture", "of", "personal", "impairment", "or", "deficit", "that", "emerged", "before", "the", "consolidation", "of", "the", "skills", "necessary", "for", "maturation", "as", "an", "individual", "was", "completed", "could", "have", "been", "considered", "as", "premorbid", "personality", "and", "adjustment", "of", "a", "schizophrenic-type", "syndrome", "if", "it", "had", "not", "been", "shown", "to", "be", "reversible", "with", "abstinence", ".", "The", "aforementioned", "\"", "deficiency", "\"", "state", "could", "then", "be", "attributed", "to", "the", "well-known", "Amotivational", "Syndrome", "associated", "with", "chronic", "cannabis", "use", ".", "Therefore", ",", "the", "diagnosis", "issued", "on", "discharge", "was", "(", "according", "to", "ICD-10", "criteria", ")", ":", "Mental", "and", "behavioural", "disorders", "due", "to", "cannabis", "use", "(", "dependence", ")", ":", "F", "12", ".", "2", "Mental", "and", "behavioural", "disorders", "due", "to", "cocaine", "use", "(", "abuse", ")", ":", "F", "14", ".", "1", "Probable", "Toxic", "Psychosis", ",", "with", "symptomatology", "in", "remission", "at", "discharge", ":", "F", "19", ".", "5", "Discharge", "from", "this", "device", "was", "coordinated", "with", "his", "therapeutic", "team", "from", "the", "referring", "Drug", "Dependency", "Care", "Centre", "and", "with", "his", "Mental", "Health", "Centre", "of", "reference", "to", "ensure", "continuation", "of", "the", "clinical", "follow-up", "both", "in", "the", "area", "of", "consumption", "and", "psychopathology", ".", "As", "pharmacological", "treatment", ",", "maintenance", "was", "indicated", "with", "1", "cp", "of", "escitalopram", "20", "mg", "daily", "administered", "with", "breakfast", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "waiter", "label": "HUMAN", "start": 204, "end": 210 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 74, "end": 82 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 56, "end": 62 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "single", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 28 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 555, "end": 561 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 861, "end": 867 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 715, "end": 721 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 471, "end": 478 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 942, "end": 949 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 370, "end": 376 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 899, "end": 905 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 312, "end": 319 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 971, "end": 978 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 577, "end": 588 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1745 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2047, "end": 2055 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1397, "end": 1403 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1555, "end": 1561 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1940, "end": 1946 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1971, "end": 1977 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1776, "end": 1782 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1587, "end": 1594 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1998, "end": 2004 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2079, "end": 2087 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3378, "end": 3384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3435, "end": 3442 }, { "text": "partners", "label": "HUMAN", "start": 4376, "end": 4384 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4730, "end": 4736 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 6053, "end": 6064 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 7386, "end": 7397 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 6769, "end": 6777 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 7308, "end": 7314 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 8181, "end": 8187 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 7460, "end": 7466 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4805, "end": 4812 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6526, "end": 6533 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6747, "end": 6754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7492, "end": 7499 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8336, "end": 8343 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 7432, "end": 7438 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 8682, "end": 8690 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 9133, "end": 9141 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 8707, "end": 8715 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 9268, "end": 9276 } ]

[ "A", "10-year-old", "girl", "with", "severe", "atopic", "dermatitis", "since", "the", "age", "of", "2", "months", ".", "From", "the", "age", "of", "6", "months", "she", "presented", "repeated", "mucocutaneous", "candidiasis", ",", "suppurating", "otitis", "media", ",", "disseminated", "molluscum", "contagiosum", "and", "multiple", "food", "allergy", "with", "anaphylaxis", ".", "At", "10", "years", "of", "age", ",", "genital", "warts", "(", "human", "papilloma", "virus", "6", ")", "appeared", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "progressive", "elevation", "of", "IgE", "(", "maximum", ":", "5724KUI", "/", "l", ")", "and", "CD4", "lymphopenia", ".", "Genetic", "study", "revealed", "a", "PGM3", "defect", "(", "OMIM", "172100", ")", ",", "with", "a", "compound", "heterozygous", "mutation", ".", "For", "severe", "atopic", "dermatitis", "with", "recurrent", "superinfections", ",", "therapeutic", "trials", "with", "oral", "Cyclosporine", ",", "Methotrexate", "and", "Mycophenolate-mofetil", "are", "performed", "and", "should", "be", "discontinued", "due", "to", "worsening", "immunodeficiency", "and", "partial", "response", "of", "the", "dermatitis", ".", "During", "the", "compassionate", "use", "of", "Dupulimab", ",", "and", "given", "the", "severity", "of", "the", "skin", "condition", ",", "Omalizumab", "was", "started", ".", "With", "the", "first", "dose", ",", "she", "developed", "anaphylaxis", "3", ".", "5", "hours", "after", "administration", ".", "Currently", "on", "treatment", "with", "Dupilumab", ",", "well", "tolerated", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "molluscum contagiosum", "label": "SPECIES", "start": 190, "end": 211 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "43-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "with", "an", "abdominal", "gunshot", "wound", "(", "pistol", "with", "9", "mm", "parabellum", "projectile", ")", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "in", "haemodynamically", "stable", "condition", ",", "with", "severe", "abdominal", "pain", ".", "Physical", "examination", "revealed", "the", "bullet", "entry", "wound", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", "and", "exit", "through", "the", "left", "buttock", ",", "with", "abdominal", "pain", "and", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", "mainly", "in", "the", "hypogastrium", "and", "left", "iliac", "fossa", ".", "No", "involvement", "of", "the", "external", "genitalia", "or", "urethrorrhagia", "was", "observed", ".", "After", "urethro-vesical", "catheterisation", ",", "intense", "macroscopic", "haematuria", "was", "observed", ".", "The", "only", "notable", "finding", "in", "the", "admission", "analysis", "was", "anaemia", "(", "Hb", ":", "9", ".", "2", "g", "/", "dl", ")", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "biochemical", "parameters", ",", "blood", "count", "and", "coagulation", "being", "normal", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "haemodynamic", "stability", ",", "it", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "by", "means", "of", "imaging", "tests", "prior", "to", "surgery", ".", "Given", "the", "theoretical", "trajectory", "of", "the", "projectile", "(", "once", "the", "entry", "and", "exit", "orifices", "were", "known", ")", ",", "with", "the", "suspicion", "of", "bladder", "injury", "by", "firearm", "and", "given", "the", "possible", "involvement", "of", "other", "organs", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "abdominal-pelvic", "CT", "and", "CT-cystography", "(", "by", "gravity", "bladder", "repletion", "with", "300", "cc", "of", "diluted", "contrast", "material", ")", ".", "-", "Abdominal-pelvic", "CT", "and", "cystographic", "CT", ":", "extraperitoneal", ",", "left", "lateral-postero-lateral", "bladder", "rupture", ",", "with", "extravasation", "of", "contrast", "after", "filling", ".", "Minimal", "dilatation", "of", "the", "left", "collecting", "system", ".", "Entry", "wound", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", "with", "areas", "of", "haemorrhage", "in", "the", "mesosigm", ",", "left", "lateral", "vesical", "side", ",", "left", "seminal", "vesicle", "and", "left", "perirectal", "and", "ischiorectal", "areas", ".", "With", "these", "findings", ",", "exploratory", "laparotomy", "was", "decided", ".", "With", "the", "patient", "in", "the", "supine", "decubitus", "position", ",", "a", "supra-infraumbilical", "midline", "laparotomy", "was", "performed", ".", "Initially", ",", "a", "small", "perforation", "in", "the", "mesosigm", "was", "repaired", "without", "affecting", "the", "sigmoid", "loop", "and", "a", "minimal", "lesion", "was", "repaired", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "primitive", "iliac", "vein", ",", "subsequently", "verifying", "the", "indemnity", "of", "the", "rest", "of", "the", "iliac", "arterial", "and", "venous", "axis", ".", "An", "anterior", "longitudinal", "median", "cystotomy", "was", "then", "performed", "and", "a", "double", "bladder", "perforation", "was", "observed", ",", "corresponding", "to", "the", "entrance", "(", "4", "cm", "in", "the", "bottom", "of", "the", "bladder", ")", "and", "exit", "(", "1-2", "cm", ",", "in", "the", "left", "retromeatic", "region", ")", "of", "the", "projectile", ".", "After", "exploring", "the", "indemnity", "of", "the", "left", "distal", "ureter", "with", "a", "5F", "ureteral", "catheter", ",", "it", "was", "found", "that", "the", "intramural", "portion", "was", "completely", "disinserted", "and", "that", "the", "projectile", "had", "also", "severed", "the", "left", "vas", "deferens", ".", "It", "was", "decided", "to", "suture", "the", "double", "bladder", "perforation", "in", "two", "planes", ",", "after", "debridement", "of", "the", "devitalised", "edges", ",", "and", "to", "perform", "ureteral", "reimplantation", "with", "a", "transvesical", "technique", "and", "double", "J", "catheter", "(", "26", "cm", "/", "6", "F", ")", "in", "the", "posterior", "wall", ",", "after", "distal", "ureteral", "release", "and", "section", "of", "the", "damaged", "end", ".", "After", "closure", ",", "also", "in", "a", "double", "plane", ",", "of", "the", "anterior", "longitudinal", "cystotomy", ",", "a", "urethro-vesical", "catheter", "and", "double", "closed", "suction", "drainage", "were", "left", ":", "one", "intraperitoneal", "and", "the", "other", "extraperitoneal", ",", "separated", "from", "the", "bladder", "suture", "line", ".", "Intravenous", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "was", "prescribed", ":", "Ceftriaxone", "2", "grams", "every", "24", "hours", "and", "Metronidazole", "1", ".", "5", "grams", "every", "24", "hours", ",", "and", "the", "initial", "postoperative", "period", "was", "favourable", ".", "On", "the", "5th", "day", "the", "patient", "presented", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", ",", "hypotension", ",", "fever", "and", "leukocytosis", "with", "marked", "left", "deviation", "(", "31", "%", "of", "the", "keys", ")", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "replaced", ",", "pending", "the", "results", "of", "the", "blood", "cultures", ",", "with", "Imipenem", "500", "milligrams", "every", "6", "hours", "intravenously", ",", "and", "the", "patient", "improved", "significantly", "both", "clinically", "and", "analytically", ".", "In", "the", "blood", "cultures", ",", "an", "E", ".", "coli", "producing", "extended-spectrum", "b-lactamase", ",", "sensitive", "to", "Imipenem", ",", "grew", ".", "A", "new", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "only", "showed", "post-surgical", "changes", ",", "ruling", "out", "the", "existence", "of", "liquid", "collections", "that", "could", "have", "caused", "the", "septic", "condition", ".", "The", "rest", "of", "the", "postoperative", "period", "was", "uneventful", ",", "with", "initial", "removal", "of", "both", "drains", "and", ",", "on", "the", "10th", "day", ",", "the", "urethro-vesical", "catheter", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "after", "completing", "10", "days", "of", "intravenous", "antibiotherapy", ".", "Ciprofloxacin", "250", "milligrams", "every", "12", "hours", "orally", ",", "according", "to", "the", "previous", "antibiogram", ",", "was", "substituted", "until", "the", "JJ", "catheter", "was", "removed", ".", "One", "month", "after", "the", "operation", ",", "the", "patient", "returned", "to", "our", "department", "for", "urethro-cystoscopy", "and", "removal", "of", "the", "JJ", "catheter", ".", "It", "was", "observed", "that", "the", "double", "bladder", "wound", "was", "completely", "healed", ",", "with", "the", "suture", "of", "the", "mucosal", "plane", "almost", "completely", "reabsorbed", ".", "The", "JJ", "catheter", "that", "was", "tutoring", "the", "ureteroneocystostomy", "is", "removed", "endoscopically", "without", "any", "problems", ".", "Currently", ",", "three", "months", "after", "the", "operation", ",", "the", "patient", "is", "urologically", "asymptomatic", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 194, "end": 201 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 858, "end": 865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1749, "end": 1756 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3327, "end": 3334 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3619, "end": 3626 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4121, "end": 4128 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4377, "end": 4384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4759, "end": 4766 } ]

[ "An", "88", "year", "old", "woman", "with", "a", "history", "of", "allergy", "to", "penicillins", ",", "arterial", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "ischaemic", "heart", "disease", "attended", "the", "emergency", "department", "due", "to", "deterioration", "in", "general", "condition", "and", "micturition", "syndrome", ".", "Complementary", "tests", "showed", "a", "significant", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "and", "pathological", "urinalysis", "suggestive", "of", "urinary", "tract", "infection", "(", "UTI", ")", "and", "she", "was", "admitted", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", "with", "a", "diagnosis", "of", "sepsis", "of", "urinary", "origin", "(", "SOFA", "5", ")", ",", "starting", "empirical", "antibiotherapy", "with", "aztreonam", ".", "Despite", "antibiotherapy", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "poor", "general", "condition", ",", "fever", "and", "significant", "abdominal", "pain", ".", "Other", "possible", "causes", "of", "infection", "were", "considered", ",", "either", "due", "to", "resistant", "microorganisms", "or", "other", "sources", "of", "infection", ".", "On", "auscultation", "on", "the", "ward", ",", "he", "presented", "with", "a", "previously", "undescribed", "systolic", "murmur", "and", "Microbiology", "was", "notified", "due", "to", "growth", "in", "blood", "cultures", "(", "3", "/", "3", ")", "of", "gram-negative", "anaerobic", "bacilli", ".", "For", "this", "reason", "a", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "requested", "which", "ruled", "out", "urgent", "intra-abdominal", "pathology", "and", "antibiotherapy", "with", "metronidazole", "was", "started", ",", "with", "good", "subsequent", "evolution", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "possible", "infective", "endocarditis", "(", "IE", ")", ",", "despite", "the", "infrequent", "occurrence", "of", "these", "due", "to", "anaerobes", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "probable", "mitral", "wart", "that", "was", "confirmed", "in", "the", "transesophageal", "echocardiogram", "(", "20x7mm", ")", ".", "Finally", ",", "the", "microorganism", "was", "identified", "as", "Bacteroides", "caccae", "sensitive", "to", "metronidazole", ".", "According", "to", "the", "new", "European", "guidelines", ",", "in", "patients", "with", "possible", "IE", "on", "native", "valve", ",", "an", "active", "search", "for", "embolic", "phenomena", "is", "recommended", ",", "and", "a", "PET-CT", "scan", "was", "performed", "which", "identified", "pathological", "uptake", "at", "the", "level", "of", "the", "mitral", "valve", "compatible", "with", "IE", ".", "A", "few", "days", "after", "the", "PET-CT", "scan", "and", "25", "days", "after", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "chest", "pain", "with", "typical", "characteristics", "together", "with", "ST-segment", "elevation", "in", "the", "inferior", "face", ",", "so", "a", "coronary", "angiography", "was", "performed", "which", "showed", "embolic", "content", "in", "the", "right", "coronary", "artery", "(", "balloon", "angioplasty", "+", "stent", "with", "good", "angiographic", "results", ")", ".", "A", "few", "hours", "later", ",", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", "which", "showed", "the", "absence", "of", "a", "mitral", "wart", ".", "Both", "the", "previous", "PET-CT", "scan", "and", "the", "absence", "of", "post-coronary", "event", "wart", "make", "the", "diagnosis", "of", "coronary", "embolic", "phenomenon", "in", "the", "heart", "of", "an", "anaerobic", "IE", "(", "Bacteroides", "caccae", ")", "probable", ",", "both", "entities", "being", "rare", "according", "to", "the", "latest", "series", "in", "the", "literature", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "resistant microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 713, "end": 737 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 562, "end": 569 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1563, "end": 1571 } ]

[ "Patient", "aged", "61", "years", ";", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "smoker", "of", "63", "packs", "/", "year", ",", "significant", "active", "alcoholism", ",", "recently", "diagnosed", "hypertension", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "approximately", "4", "days", "ago", "with", "a", "frontal", "headache", "coinciding", "with", "a", "diagnosis", "of", "hypertension", ",", "for", "which", "he", "was", "started", "on", "antihypertensive", "treatment", ".", "The", "family", "reported", "that", "they", "found", "him", "\"", "slower", "\"", "accompanied", "by", "behavioural", "alterations", ";", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", ":", "Glasgow", "Glasgow", "15", ";", "neurological", "examination", "without", "focality", "except", "for", "bradypsychia", "and", "disorientation", "in", "time", ",", "person", "and", "space", ".", "Afebrile", ".", "BP", ":", "159", "/", "92", ";", "heart", "rate", "70", "and", "O2", "Sat", ":", "93", "%", ";", "abdominal", "examination", "revealed", "hepatomegaly", "of", "two", "finger", "widths", "with", "no", "other", "noteworthy", "findings", ".", "CBC", ":", "Hb", "14", ".", "8", ";", "Ht", "41", ".", "5", ";", "leukocytes", "10", ",", "100", ";", "platelets", "367", ",", "000", ";", "normal", "coagulation", ";", "SODIUM", "112", ";", "K", "+", "3", ".", "9", ";", "Cl", "-", "78", ";", "glucose", "116", ";", "urea", "33", ";", "creatinine", "0", ".", "3", ";", "tumour", "markers", "with", "alpha-fetoprotein", "2", ".", "3", ";", "carcinoembryonic", "antigen", "3", ".", "1", ";", "Ca", "125", "14", ".", "8", ";", "CA", "19", ".", "9", "27", ".", "9", ";", "Legionella", "antigen", "and", "pneumococcus", "in", "urine", "negative", ".", "Thyroid", "hormones", "within", "normal", "limits", ".", "Complementary", "tests", ":", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "with", "no", "significant", "findings", ".", "Thoracic-abdomino-pelvic", "CT", ":", "pseudonodular", "lesions", "in", "lung", "parenchyma", ",", "mostly", "in", "LII", ",", "not", "ruling", "out", "neoplasia", ",", "with", "mediastinal", "lymph", "node", "involvement", ",", "especially", "at", "right", "hilar", "and", "subcarinal", "level", ".", "Multiple", "focal", "hepatic", "lesions", ",", "compatible", "with", "metastasis", ".", "Bronchoscopy", "with", "infiltration", "of", "neoplastic", "aspect", "from", "the", "entrance", "of", "the", "left", "upper", "lobe", ",", "thickening", "of", "the", "carina", ".", "Development", ":", "Clinical", "judgement", ":", "this", "is", "a", "patient", "with", "hyponatraemia", "with", "low", "plasma", "osmorality", "and", "probable", "pulmonary", "neoplasia", "in", "the", "context", "of", "a", "probable", "SIADH", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "hyponatraemia", "is", "the", "most", "common", "water", "and", "electrolyte", "disorder", ".", "The", "differential", "diagnosis", "must", "take", "into", "account", "high", ",", "normal", "or", "low", "osmorality", ".", "The", "latter", "is", "where", "true", "hyponatraemia", "is", "most", "frequently", "found", "in", "clinical", "practice", ".", "Hypothyroidism", "and", "SIADH", "are", "typical", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 327, "end": 333 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1004, "end": 1014 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 1027, "end": 1039 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 586, "end": 592 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1595, "end": 1602 } ]

[ "Anamnesis", "68-year-old", "woman", ",", "ex-smoker", "for", "more", "than", "30", "years", ".", "In", "2007", "she", "underwent", "conservative", "surgery", "for", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "of", "the", "right", "breast", "stage", "IA", "(", "pT1cN0", ")", ",", "triple", "negative", ".", "She", "received", "adjuvant", "chemotherapy", "(", "6", "cycles", "of", "CMF", ")", "and", "radiotherapy", ".", "In", "September", "2018", ",", "she", "was", "referred", "to", "Internal", "Medicine", "after", "self-palpation", "of", "a", "nodule", "in", "the", "right", "supraclavicular", "region", ".", "Breast", "ultrasound", "and", "mammography", "showed", "right", "axillary", "lymphadenopathy", "and", "blood", "tests", "showed", "elevated", "CA", "15", ".", "3", ".", "After", "an", "axillary", "biopsy", "confirmed", "carcinoma", ",", "a", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "only", "showed", "right", "axillary", "lymphadenopathy", "and", "bone", "scintigraphy", "(", "GGO", ")", ",", "which", "only", "described", "hypercaptation", "in", "the", "left", "sacroiliac", "joint", ",", "which", "was", "not", "clearly", "pathological", ".", "In", "January", "2019", ",", "a", "right", "axillary", "lymphadenectomy", "was", "performed", ",", "the", "result", "of", "which", "was", "metastasis", "of", "high-grade", "carcinoma", "with", "capsular", "overlap", "in", "six", "nodes", "(", "6", "/", "9", ")", ".", "Immunohistochemistry", "showed", "intense", "positivity", "for", "oestrogen", "and", "progesterone", "receptor", "(", "80", "%", "and", "50", "%", "respectively", ")", ",", "Ki", "67", "proliferative", "index", "of", "50-55", "%", "and", "negative", "HER-2", ".", "Before", "being", "assessed", "at", "the", "oncology", "clinic", ",", "she", "was", "admitted", "in", "February", "2019", "for", "holocranial", "headache", ",", "eyelid", "ptosis", "and", "diplopia", "as", "well", "as", "polydipsia", ",", "nocturia", "and", "polyuria", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ".", "In", "the", "neurological", "examination", ",", "palpebral", "ptosis", ",", "mydriasis", ",", "external", "ocular", "deviation", "and", "abolition", "of", "the", "photomotor", "reflex", "in", "the", "left", "eye", "were", "observed", ";", "the", "rest", ",", "no", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Brain", "MRI", "showed", "a", "pituitary", "mass", "measuring", "10", "x", "13", "x", "12", "mm", ",", "which", "expanded", "and", "slightly", "occupied", "the", "sella", "turcica", "with", "cranial", "growth", "and", "thickening", "of", "the", "pituitary", "stalk", ",", "without", "affecting", "the", "optic", "chiasm", ",", "with", "moderate", "homogeneous", "enhancement", "after", "contrast", ".", "Hormonal", "study", ":", "hyperprolactinaemia", ",", "hypothyroidism", ",", "hypercortisolism", "and", "antidiuretic", "hormone", "deficiency", ".", "A", "new", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "sclerotic", "lesion", "on", "the", "iliac", "border", "of", "the", "left", "sacroiliac", "joint", ",", "followed", "by", "pelvic", "MRI", "to", "study", "the", "lesion", ",", "which", "was", "defined", "as", "a", "suspected", "sclerotic", "metastasis", ".", "Given", "the", "discrepancy", "between", "the", "phenotype", "of", "the", "carcinoma", "operated", "on", "in", "2007", "and", "the", "phenotype", "of", "the", "axillary", "lymphadenopathies", ",", "breast", "MRI", "was", "requested", "in", "search", "of", "a", "metachronous", "tumour", ",", "ruling", "out", "a", "second", "neoplasm", ".", "Diagnosis", "On", "the", "one", "hand", ",", "the", "diagnosis", "of", "a", "luminal", "occult", "breast", "tumour", "(", "TxN2M1", ")", "or", "relapse", "of", "triple", "negative", "with", "a", "different", "phenotype", "to", "the", "one", "presented", "in", "2007", "with", "doubts", "of", "a", "single", "bone", "metastasis", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "she", "presented", "hypopituitarism", "secondary", "to", "a", "selar", "lesion", ",", "which", "raises", "the", "differential", "diagnosis", "of", "breast", "carcinoma", "metastasis", ",", "infundibulohypophysitis", "or", "pituitary", "macroadenoma", "causing", "diabetes", "insipidus", ",", "mild", "hyperprolactinaemia", "and", "paralysis", "of", "the", "third", "cranial", "nerve", ".", "With", "a", "view", "to", "possible", "local", "treatment", "of", "the", "brain", "lesion", "and", "confirmatory", "study", "of", "the", "bone", "lesion", "(", "as", "it", "would", "be", "a", "single", "metastatic", "focus", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "a", "PET", "scan", ".", "This", "detected", "discrete", "uptake", "in", "the", "pituitary", "gland", "and", "a", "left", "sacroiliac", "bone", "lesion", "with", "a", "low", "rate", "of", "cell", "proliferation", ".", "It", "was", "therefore", "of", "no", "use", "in", "clarifying", "the", "nature", "of", "the", "lesions", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "consult", "neurosurgery", "and", ",", "finally", ",", "to", "avoid", "local", "treatment", "of", "the", "pituitary", "lesion", ",", "given", "the", "complications", "it", "would", "entail", ",", "and", "systemic", "treatment", "of", "two", "pathologies", "was", "started", ":", "\"", "Given", "the", "radiological", "evolution", "of", "the", "bone", "lesion", "and", "the", "increase", "in", "tumour", "markers", ",", "she", "starts", "treatment", "in", "March", "2019", "for", "advanced", "carcinoma", "with", "letrozole", "2", ".", "5", "mg", "/", "24", "h", "and", "ribociclib", "600", "mg", "/", "24", "h", "for", "21", "/", "28", "days", ".", "\"", "Given", "the", "pituitary", "insufficiency", ",", "she", "started", "treatment", "with", "dexamethasone", "4", "mg", "/", "8", "h", ",", "levothyroxine", "25", "mg", "/", "24", "h", "and", "desmopressin", "120", "mcg", "/", "12", "h", "sublingual", ",", "as", "indicated", "by", "Endocrinology", ".", "Evolution", "After", "the", "first", "course", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "an", "episode", "of", "G3", "mucositis", "and", "oral", "thrush", ".", "She", "presented", "slow", "and", "torpid", "evolution", "of", "oropharyngeal", "lesions", ",", "with", "aphthous", "ulcers", "requiring", "local", "and", "systemic", "antifungal", "treatment", "(", "fluconazole", "200", "mg", "intravenous", ")", ".", "Oral", "endoscopy", "ruled", "out", "complications", ".", "He", "presented", "haematological", "toxicity", ":", "G3", "anaemia", "with", "transfusion", "requirement", ",", "G3", "neutropenia", "and", "G2", "thrombopenia", ".", "Liver", "function", "parameters", "were", "normal", ".", "In", "addition", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "bilateral", "pneumococcal", "bronchopneumonia", "with", "bronchoscopy", "without", "isolation", "of", "other", "pathogens", ",", "also", "corroborated", "by", "normal", "serology", "and", "cytology", ".", "Simultaneously", ",", "she", "developed", "a", "pneumonia", "on", "the", "third", "finger", "of", "the", "left", "hand", "with", "isolation", "of", "penicillin-sensitive", "Streptococcus", "pyogenes", ",", "with", "good", "response", "to", "intravenous", "ceftriaxone", ",", "also", "adding", "prophylactic", "sulfamethoxazole-trimethoprim", "due", "to", "the", "use", "of", "corticosteroids", ".", "Subsequently", ",", "she", "presented", "with", "swelling", ",", "redness", "and", "oedema", "in", "the", "right", "lower", "limb", ",", "suggestive", "of", "cellulitis", ".", "Venous", "Doppler", "ultrasound", "ruled", "out", "thrombosis", ".", "The", "patient", "improved", "clinically", "after", "a", "course", "of", "intravenous", "antibiotic", "therapy", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ".", "Prior", "to", "discharge", ",", "a", "new", "GGO", "was", "performed", "which", "continued", "to", "show", "a", "focus", "of", "hypercaptation", "in", "the", "left", "sacroiliac", "joint", "which", "had", "increased", "in", "size", "and", "intensity", "with", "respect", "to", "the", "previous", "scan", ",", "suggestive", "of", "bone", "metastasis", ".", "After", "discharge", "from", "hospital", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "ribociclib", "due", "to", "the", "adverse", "events", "experienced", "and", "to", "maintain", "letrozole", ".", "Three", "months", "after", "treatment", ",", "brain", "MRI", "showed", "adenohypophysis", "and", "neurohypophysis", "of", "normal", "size", "and", "morphology", ",", "with", "no", "evidence", "of", "compression", "or", "displacement", "of", "the", "pituitary", "stalk", ",", "with", "normal", "enhancement", "after", "contrast", ".", "Clinically", ",", "she", "is", "asymptomatic", "(", "without", "neurological", "deficit", "or", "endocrine", "symptoms", ")", "and", "with", "CEA", "15", ".", "3", "levels", "decreasing", "(", "100", "U", "/", "ml", "at", "the", "beginning", "and", "40", "U", "/", "ml", "at", "present", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3903, "end": 3910 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 4088, "end": 4098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4354, "end": 4361 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 4458, "end": 4467 }, { "text": "pneumococcal", "label": "SPECIES", "start": 4383, "end": 4395 }, { "text": "penicillin-sensitive Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 4617, "end": 4660 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4964, "end": 4971 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Syncopal", "episodes", ".", "Individual", "approach", "Anamnesis", ":", "Family", "history", ":", "no", "history", "of", "interest", ".", "Personal", "history", ":", "NAMC", ".", "No", "CVRF", ".", "Meningitis", "at", "18", "years", "of", "age", ".", "Thalassaemia", "minor", ".", "IQ", ":", "appendectomy", ".", "A", "51-year-old", "man", "attended", "primary", "care", "for", "two", "episodes", "of", "loss", "of", "consciousness", ".", "The", "first", "was", "preceded", "by", "sweating", "and", "dizziness", "without", "turning", "objects", ".", "He", "had", "no", "memory", "of", "its", "duration", ".", "No", "loss", "of", "sphincter", "control", "or", "abnormal", "movements", ",", "but", "vomiting", ".", "No", "headache", "or", "signs", "of", "subsequent", "confusion", ",", "although", "the", "wife", "reported", "facial", "flushing", ".", "He", "went", "to", "the", "hospital", "emergency", "room", "and", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "vasovagal", "syncope", ".", "Two", "months", "later", ",", "the", "same", "symptoms", "occurred", ",", "preceded", "by", "general", "malaise", ",", "abdominal", "pain", "and", "diarrhoea", ".", "On", "this", "second", "occasion", ",", "he", "was", "assessed", "by", "his", "primary", "care", "physician", "who", ",", "suspecting", "probable", "anaphylaxis", ",", "sent", "him", "to", "an", "allergy", "clinic", "for", "assessment", ".", "The", "patient", "only", "related", "both", "symptoms", "to", "orange", "juice", ".", "He", "previously", "reported", "lip", "oedema", "and", "oral", "pruritus", "when", "he", "ate", "seafood", "and", "oedema", "if", "he", "accompanied", "this", "intake", "with", "exercise", ".", "Examination", ":", "Good", "general", "condition", ".", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Not", "hydrated", ",", "normohydrated", ",", "normal", "colour", "and", "eupneic", "at", "rest", ".", "Constitution", "type", "pneumonia", ".", "Temperature", "at", "consultation", ":", "36", ".", "4o", ".", "HR", ":", "74", "bpm", ".", "HR", ":", "14rpm", ".", "Sat", "02", ":", "98", "%", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "and", "strong", "tones", "without", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "Vesicular", "murmur", "preserved", "with", "good", "bilateral", "air", "entry", ".", "Abdomen", ":", "disseminated", "papular", "lesions", "with", "brown", "pigmentation", "predominating", "in", "the", "abdomen", ".", "Dermography", ":", "negative", ".", "Hepatomegaly", "of", "2", "finger", "widths", ".", "Splenomegaly", "of", "1", "finger", "span", "painful", "on", "palpation", ".", "Neurological", "examination", "was", "normal", ",", "no", "focality", ".", "Cranial", "nerves", "preserved", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "No", "loss", "of", "strength", "or", "sensation", "in", "the", "extremities", ".", "No", "dyskinesia", ".", "Dysmetria", "in", "the", "right", "hand", ".", "Complementary", "tests", ":", "EKG", ":", "Sinus", "rhythm", "at", "74", "bpm", ".", "Short", "PR", ".", "Narrow", "QRS", ".", "No", "data", "of", "repolarisation", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "normal", ".", "Cranial", "CT", "scan", ":", "no", "alterations", ".", "Skin", "tests", ":", "-", "Inhalant", "allergens", ":", "Positive", "to", "alternaria", "fungi", ",", "aspergillus", ",", "cat", "epithelium", ",", "D", ".", "pteronyssinus", "mite", ",", "dog", "epithelium", "and", "grass", ",", "olive", "and", "cypress", "pollens", ".", "-", "Allergens", "of", "animal", "origin", ":", "Positive", "for", "shrimp", ".", "-", "Allergens", "of", "plant", "origin", ":", "negative", ".", "-", "CBC", ",", "biochemistry", ",", "ESR", ",", "PCR", ",", "TSH", ".", "Proteinogram", ",", "antithyroid", "antibodies", ",", "serum", "immunoglobulins", ",", "echinococcus", "serology", "and", "complement", "without", "alterations", ".", "-", "Tryptase", ",", "total", "IgE", "normal", "and", "specific", "to", "latex", ",", "shrimp", "and", "anisakis", "negative", ".", "-", "Controlled", "exposure", "test", "with", "lidocaine", "without", "immediate", "or", "delayed", "hypersensitivity", ".", "-", "Normal", "abdominal", "CT", "scan", ".", "-", "Bone", "marrow", "aspirate", "(", "cytology", ")", ":", "Haematopoiesis", "well", "presented", ".", "Although", "there", "are", "no", "major", "criteria", "for", "mastocytosis", ",", "the", "rate", "of", "mast", "cells", "is", "higher", "than", "normal", ",", "mostly", "pathological", "in", "appearance", ".", "-", "Bone", "marrow", "biopsy", ":", "Mast", "cell", "hyperplasia", ".", "Absence", "of", "mastocytic", "clusters", "diagnostic", "of", "systemic", "mastocytosis", ".", "Rest", "of", "bone", "marrow", "without", "histological", "alterations", ".", "-", "Skin", "biopsy", ":", "the", "c-kit", "IHC", "technique", "was", "positive", "for", "mast", "cells", ",", "corroborating", "the", "increased", "number", "of", "mast", "cells", ".", "Family", "and", "community", "approach", "The", "patient", "is", "a", "computer", "engineer", "and", "lives", "with", "his", "wife", "and", "daughter", "in", "the", "same", "residence", ".", "No", "animals", ".", "It", "is", "a", "nuclear", "family", "with", "close", "relatives", ".", "Family", "Apgar", "score", "of", "10", "(", "normo-functioning", "family", ")", ".", "According", "to", "the", "WHO", "family", "classification", "model", "he", "would", "be", "placed", "in", "stage", "III", "or", "full", "extension", "(", "birth", "of", "all", "children", "without", "emancipation", ")", ".", "Clinical", "judgement", "Mild", "or", "indolent", "systemic", "mastocytosis", ".", "Anaphylaxis", ".", "Shellfish", "allergy", ".", "Urticaria", "pigmentosa", ".", "Evolution", "Symptomatic", "improvement", "in", "symptoms", "and", "skin", "lesions", "after", "systemic", "and", "topical", "treatment", "with", "disodium", "cromoglycate", ",", "but", "two", "years", "after", "diagnosis", ",", "a", "high", "risk", "of", "fracture", "and", "high", "levels", "of", "tryptase", "were", "observed", "in", "the", "control", "bone", "densitometry", ",", "so", "that", ",", "with", "all", "the", "evaluation", ",", "treatment", "with", "interferon", "was", "started", "and", "maintained", "for", "7", "years", "intermittently", "until", "now", "that", "it", "has", "been", "suspended", "and", "the", "symptoms", "have", "stabilised", "together", "with", "the", "levels", "of", "tryptase", "(", "whose", "elevation", "represents", "an", "aggressive", "attitude", "of", "mastocytosis", ")", ".", "The", "patient", "is", "closely", "monitored", "by", "the", "allergology", "department", "(", "every", "4-5", "months", ")", "and", "by", "the", "gastrointestinal", "department", "due", "to", "the", "dyspepsia", "caused", "by", "the", "gastric", "hypersecretion", "of", "this", "pathology", ".", "Currently", "in", "good", "evolution", "and", "in", "a", "good", "state", "of", "mind", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 75, "end": 81 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 115, "end": 123 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 533, "end": 537 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 814, "end": 836 }, { "text": "orange", "label": "SPECIES", "start": 963, "end": 969 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 925, "end": 932 }, { "text": "alternaria", "label": "SPECIES", "start": 2100, "end": 2110 }, { "text": "aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 2118, "end": 2129 }, { "text": "cypress", "label": "SPECIES", "start": 2206, "end": 2213 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 2131, "end": 2134 }, { "text": "grass", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2194 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2111, "end": 2116 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 2170, "end": 2173 }, { "text": "D. pteronyssinus mite", "label": "SPECIES", "start": 2147, "end": 2168 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 2238, "end": 2244 }, { "text": "shrimp", "label": "SPECIES", "start": 2266, "end": 2272 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 2289, "end": 2294 }, { "text": "echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 2410, "end": 2422 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 3246, "end": 3254 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 3501, "end": 3509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3187, "end": 3194 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4201, "end": 4208 } ]

[ "18-year-old", "male", "sportsman", ".", "He", "consulted", "for", "7", "days", "of", "lumbar", "pain", "and", "inner", "thigh", "pain", "with", "great", "functional", "impotence", ".", "The", "previous", "days", "he", "had", "a", "blistering", "lesion", "on", "his", "toe", ".", "No", "fever", "or", "trauma", ".", "On", "examination", "Ta38", "́", "4", "with", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "lumbar", "vertebral", "apophyses", "and", "lumbar", "paravertebral", "muscles", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "16000", "leucocytes", "with", "82", "%", "segmented", ",", "CRP", "18", ",", "ESR", "59", ".", "Lumbar", "MRI", "showed", "a", "right", "paravertebral", "intramuscular", "abscess", "with", "extension", "to", "the", "L3-L4", "foramen", "and", "anterior", "epidural", "enhancement", ".", "Methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", "and", "culture", "of", "the", "abscess", ".", "She", "was", "treated", "with", "intravenous", "teicoplanin", "and", "cefazolin", "for", "4", "weeks", "and", "percutaneous", "drainage", "of", "the", "abscess", "was", "performed", "with", "subsequent", "resolution", "of", "the", "abscess", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "Methicillin-sensitive Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 522, "end": 565 } ]

[ "BACKGROUND", ":", "74-year-old", "woman", ".", "Hypertension", ".", "Rheumatic", "heart", "disease", "with", "predominantly", "mitral", "insufficiency", ".", "Mitral", "valve", "replacement", "with", "mechanical", "prosthesis", "Bjork", "no", ".", "31", "in", "1976", ".", "31", "in", "1976", ".", "Pacemaker", "implantation", "due", "to", "symptomatic", "slow", "atrial", "fibrillation", "in", "1996", "with", "last", "generator", "replacement", "in", "2015", ",", "presenting", "on", "that", "occasion", "with", "spontaneously", "draining", "bursa", "haematoma", "with", "negative", "blood", "cultures", "and", "normal", "TTE", ",", "which", "was", "covered", "empirically", "with", "ampicillin", "+", "intravenous", "gentamicin", "with", "good", "subsequent", "evolution", ".", "Chronic", "treatment", ":", "acenocoumarol", "according", "to", "scheme", ",", "olmesartan", "/", "hydrochlorothiazide", "20", "/", "12", ".", "5", "mg", "c", "/", "24", "hours", ",", "verapamil", "120", "mg", "c", "/", "24", "hours", ",", "zolpidem", "10", "mg", "c", "/", "24", "hours", ",", "formoterol", "/", "budesodin", "160", "/", "4", ".", "5", "mcg", "inh", "c", "/", "24", "hours", ".", "CURRENT", "ILLNESS", ":", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "on", "10", "/", "3", "/", "2016", "for", "general", "malaise", ",", "headache", ",", "arthomyalgia", ",", "anorexia", ",", "fever", "and", "weight", "loss", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ".", "She", "presented", "with", "initial", "suspicion", "of", "left", "upper", "lobe", "pneumonia", "and", "was", "prescribed", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", ",", "escalating", "to", "imipenem", "due", "to", "persistent", "febrile", "syndrome", "and", "general", "deterioration", ",", "as", "well", "as", "blood", "culture", "growth", "of", "Streptococcus", "gordinii", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "Temperature", "36", "oC", ".", "Blood", "pressure", "126", "/", "63", "mmHg", ",", "heart", "rate", "66", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "97", "%", "with", "nasal", "goggles", "at", "2", "l", "/", "min", ",", "RR", "16", "rpm", ".", "Conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Good", "distal", "perfusion", ",", "adequate", "hydric", "status", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", "with", "prosthetic", "click", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "rhonchi", ",", "minimal", "crackles", "in", "the", "left", "base", ".", "Lower", "extremities", ":", "no", "oedema", ",", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", ":", "ventricular", "rhythm", "stimulated", "by", "pacemaker", "at", "60", "bpm", ".", "THORAX", "X-RAY", ":", "condensation", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "upper", "lobe", ".", "ANALYSIS", ":", "Haemogram", ":", "Hb", "10", "g", "/", "dl", ".", "Leukocytes", "24", ",", "300", "u", "/", "l", "(", "neutrophils", "85", "%", ",", "lymphocytes", "8", "%", ")", ",", "platelets", "201", ",", "000", "u", "/", "l", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "135", "mg", "/", "dl", ".", "Urea", "54", "mg", "/", "dl", ".", "Creatinine", "1", ".", "28", "mg", "/", "dl", ".", "GFR", "41", "ml", "/", "min", ".", "Sodium", "132", "mmol", "/", "l", ".", "Potassium", "4", ".", "4", "mmol", "/", "l", ".", "C-reactive", "protein", "211", "mg", "/", "l", ".", "CPK", "119", "U", "/", "l", ".", "Troponin", "T", "19", "ng", "/", "l", "(", "normal", ")", ".", "Coagulation", ":", "PT", "16", "s", ".", "INR", "4", ".", "2", ".", "Fibrinogen", "905", "mg", "/", "dl", ".", "Blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "47", ",", "pO2", "68", "mmHg", ",", "pCO2", "29", "mmHg", ",", "SatO2", "97", "%", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "(", "TTE", ")", "and", "transesophageal", "echocardiography", "(", "TEE", ")", ":", "endocarditis", "on", "mitral", "prosthetic", "valve", ".", "Bjork", "mechanical", "prosthesis", "in", "mitral", "position", "with", "no", "signs", "of", "dysfunction", ".", "In", "the", "posterior", "portion", "of", "the", "annulus", "(", "close", "to", "the", "atrial", "appendage", ")", "there", "is", "an", "anechoic", "cavity", "of", "pulsatile", "appearance", "of", "approximately", "2", ".", "6", "cm", "x", "1", ".", "6", "cm", "with", "images", "of", "greater", "density", "in", "its", "interior", ",", "suggesting", "an", "abscess", "in", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", ".", "Left", "ventricle", "(", "LV", ")", "neither", "dilated", "nor", "hypertrophic", "LVEF", "58", "%", ".", "Right", "ventricle", "(", "RV", ")", "not", "dilated", ",", "normal", "global", "contractility", ".", "Both", "atria", "moderately", "dilated", ".", "Normofunctioning", "aortic", "valve", ".", "Tricuspid", "normal", ",", "mild", "insufficiency", ".", "Pulmonary", "arterial", "systolic", "pressure", "(", "PSAP", ")", "50", "mmHg", "+", "15-20", "mmHg", "(", "severe", "pulmonary", "hypertension", ")", ".", "Pericardium", "without", "effusion", ".", "Right", "pleural", "effusion", ".", "Inferior", "vena", "cava", "slightly", "dilated", "with", "respiratory", "variation", "present", ".", "Pacemaker", "electrode", "in", "right", "ventricle", "without", "apparent", "alterations", ".", "Chest", "PET-CT", "scan", ":", "hypermetabolism", "in", "the", "mitral", "region", "suggesting", "an", "infectious", "process", ",", "with", "no", "evidence", "of", "hypermetabolic", "foci", "in", "the", "path", "of", "the", "pacemaker", "lead", ".", "Uptake", "at", "the", "generator", "site", "(", "residual", "of", "recent", "replacement", "versus", "very", "low", "activity", "infection", ")", ".", "Post-surgical", "changes", "in", "mitral", "valve", "with", "replacement", "by", "mechanical", "prosthesis", ".", "Collection", "with", "contrast", "in", "its", "interior", "of", "28", "x", "17", "x", "15", "mm", "depending", "on", "the", "anterior", "portion", "of", "the", "mitral", "annulus", ",", "suggestive", "of", "pseudoaneurysm", ".", "CLINICAL", "EVOLUTION", "Due", "to", "persistent", "febrile", "syndrome", "and", "positive", "cultures", "for", "multisensitive", "Streptococcus", "gordinii", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "the", "aforementioned", "studies", ".", "TTE", "showed", "an", "image", "on", "the", "atrial", "side", "in", "the", "lateral", "region", "of", "the", "mitral", "annulus", "suggestive", "of", "an", "abscess", "compatible", "with", "the", "diagnosis", "of", "endocarditis", "on", "the", "prosthetic", "valve", ".", "This", "finding", "was", "corroborated", "by", "PET", "/", "CT", ",", "which", "showed", "a", "collection", "in", "the", "anterior", "portion", "of", "the", "mitral", "annulus", "suggestive", "of", "pseudoaneurysm", "with", "hypercaptation", "at", "this", "level", ".", "Urgent", "surgical", "intervention", "was", "decided", "in", "June", "2016", "and", "an", "open", "abscess", "was", "found", "towards", "the", "left", "atrium", "at", "the", "level", "of", "leaflets", "A1-P1", ".", "In", "addition", ",", "on", "examining", "the", "mechanical", "prosthesis", ",", "there", "was", "evidence", "of", "restriction", "of", "the", "movement", "of", "the", "disc", "due", "to", "pannus", "with", "calcified", "mitral", "annulus", ",", "as", "well", "as", "part", "of", "the", "atrial", "wall", ".", "The", "abscess", "was", "closed", "with", "two", "stitches", "and", "a", "Perimount", "Edwards", "No", "27", "biological", "mitral", "prosthesis", "was", "implanted", ",", "as", "well", "as", "a", "generator", "replacement", "due", "to", "minimal", "hypercaptation", ",", "as", "seen", "on", "PET-CT", ".", "During", "her", "stay", "in", "hospital", "she", "evolved", "favourably", ",", "de-escalating", "antibiotic", "treatment", "and", "prescribing", "benzylpenicillin", ",", "with", "negative", "blood", "cultures", "for", "control", "and", "prosthetic", "material", ".", "She", "was", "asymptomatic", "and", "progressed", "well", "in", "hospital", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "and", "continue", "outpatient", "follow-up", ",", "completing", "antibiotic", "treatment", "with", "amoxicillin", "for", "two", "months", ".", "DIAGNOSIS", "Infectious", "endocarditis", "due", "to", "multisensitive", "Streptococcus", "gordinii", "on", "mechanical", "mitral", "prosthesis", "complicated", "by", "mitral", "periannular", "abscess", ".", "Replacement", "of", "mechanical", "mitral", "prosthesis", "with", "Perimount", "Edwards", "No", "27", "mitral", "biological", "prosthesis", ".", "Replacement", "of", "pacemaker", "generator", "due", "to", "suspected", "pacemaker", "pocket", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "Streptococcus gordinii", "label": "SPECIES", "start": 1169, "end": 1191 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2711, "end": 2718 }, { "text": "Streptococcus gordinii", "label": "SPECIES", "start": 3827, "end": 3849 }, { "text": "Streptococcus gordinii", "label": "SPECIES", "start": 5231, "end": 5253 } ]

[ "The", "case", "is", "presented", "of", "a", "37-year-old", "male", "of", "African", "origin", ",", "who", "has", "been", "living", "in", "Spain", "for", "10", "years", ".", "He", "consulted", "for", "abdominal", "pain", "of", "3", "weeks", "'", "evolution", ",", "fever", "/", "febrile", "fever", "and", "increased", "abdominal", "perimeter", ".", "On", "examination", ",", "good", "general", "condition", ",", "with", "BP", "110", "/", "70", "mmHg", ",", "HR", "of", "110", "spm", "and", "Ta", "of", "37", ".", "8", "oC", ".", "The", "abdomen", "was", "painful", "to", "diffuse", "palpation", ",", "with", "non-tension", "ascites", ".", "No", "other", "findings", "of", "interest", ".", "Among", "the", "complementary", "studies", ",", "analytical", "profiles", "were", "normal", "except", "for", "GPT", "62", "U", "/", "l", ",", "CPK", "1695", "U", "/", "l", ",", "CRP", "177", "mg", "/", "l", ",", "ESR", "100", "mm", "/", "h", ",", "haemoglobin", "114", "g", "/", "l", ",", "relative", "neutrophilia", "67", "%", "without", "leukocytosis", ",", "fibrinogen", "7", ".", "5", "g", "/", "l", "and", "INR", "1", ".", "4", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "homogeneous", "splenomegaly", "and", "abundant", "free", "fluid", "without", "other", "alterations", ".", "Paracentesis", "was", "performed", "and", "biochemistry", "showed", "2214", "cells", "/", "mm3", "(", "95", "%", "mononuclear", ")", ",", "protein", "59", "g", "/", "L", ",", "ADA", "154", "mU", "/", "mL", ",", "LDH", "728", "mU", "/", "mL", ",", "serum-ascites", "albumin", "gradient", "of", "8", ".", "8", "g", "/", "L", ".", "Blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", ",", "smear", "microscopy", "and", "sputum", "culture", "were", "negative", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "were", "normal", "and", "CT", "scan", "with", "intravenous", "c", "/", "c", "of", "the", "abdomen", "showed", "diaphragmatic", "and", "mesenteric", "adenopathy", ",", "abundant", "intraperitoneal", "fluid", ",", "enhancement", "of", "peritoneal", "sheets", "and", "infiltration", "of", "the", "greater", "omentum", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "is", "a", "patient", "of", "African", "origin", ",", "but", "taking", "into", "account", "that", "the", "most", "frequent", "cause", "of", "ascites", "is", "due", "to", "portal", "hypertension", "due", "to", "liver", "cirrhosis", "(", "80", "%", "frequency", ")", ",", "multiple", "aetiologies", "must", "be", "ruled", "out", "due", "to", "their", "prevalence", ",", "as", "well", "as", "other", "less", "frequent", "but", "possible", "causes", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "origin", "and", "socio-demographic", "and", "clinical", "characteristics", ":", "Portal", "hypertension", ":", "-", "Cirrhosis", "(", "80", "%", "of", "all", "cases", "of", "ascites", ")", ".", "-", "Acute", "alcoholic", "hepatitis", ":", "may", "be", "due", "to", "underlying", "portal", "hypertension", "due", "to", "cirrhosis", "or", "transient", "portal", "venous", "obstruction", ",", "together", "with", "the", "associated", "state", "of", "malnutrition", ".", "-", "Acute", "liver", "failure", ":", "all", "causes", "of", "acute", "fulminant", "hepatitis", "can", "trigger", "ascites", ".", "-", "Hepatic", "veno-occlusive", "disease", "(", "Budd", "-", "Chiari", "syndrome", ")", ":", "obstruction", "due", "to", "thrombosis", "of", "at", "least", "2", "of", "the", "3", "suprahepatic", "veins", ".", "-", "Heart", "failure", ".", "-", "Constrictive", "pericarditis", ":", "decreased", "venous", "return", "can", "trigger", "ascites", "due", "to", "congestion", ".", "Hypoalbuminaemia", ":", "-", "Nephrotic", "syndrome", ".", "-", "Protein-losing", "enteropathy", ".", "-", "Severe", "malnutrition", ".", "Peritoneal", "pathology", ":", "-", "Ascites", "due", "to", "malignancy", "(", "gastric", "cancer", ",", "colorectal", "cancer", ",", "pancreatic", "cancer", ".", ".", ".", ")", ":", "very", "difficult", "to", "diagnose", "as", "it", "presents", "in", "a", "very", "similar", "way", "to", "other", "pathologies", ",", "its", "main", "characteristics", "will", "be", "reviewed", "in", "the", "discussion", ".", "-", "Infectious", "peritonitis", ":", "-", "Spontaneous", "bacterial", "peritonitis", ":", "it", "should", "be", "ruled", "out", "in", "cirrhotic", "patients", "with", "ascites", ".", "-", "Secondary", "bacterial", "peritonitis", "(", "covert", "perforation", ")", ":", "due", "to", "perforation", "of", "the", "hollow", "viscera", ",", "the", "characteristics", "of", "the", "ascitic", "fluid", "would", "be", "different", ",", "with", "high", "cellularity", "and", "predominance", "of", "PMN", ",", "and", "the", "presentation", "would", "be", "much", "more", "acute", ".", "-", "Peritoneal", "tuberculosis", ":", "given", "the", "origin", "and", "form", "of", "presentation", ",", "it", "is", "very", "likely", ",", "but", "other", "causes", "must", "be", "excluded", ".", "-", "Fungal", "peritonitis", ":", "especially", "in", "patients", "on", "renal", "replacement", "therapy", "with", "peritoneal", "dialysis", ",", "which", "is", "not", "our", "case", ".", "-", "Parasites", ":", "exceptionally", ",", "but", "given", "the", "patient", "'", "s", "origin", ",", "they", "should", "be", "taken", "into", "account", "(", "hydatidosis", ",", "schistosomiasis", ",", "toxocariasis", ".", ".", ".", ")", "although", "it", "is", "very", "characteristic", "for", "it", "to", "present", "with", "eosinophilic", "ascites", ".", "-", "Primary", "mesothelioma", ".", "Systemic", "eosinophilias", ":", "Systemic", "pathologies", "with", "severe", "organ", "involvement", "that", "can", "lead", "to", "liver", "infiltration", "such", "as", "hypereosinophilic", "syndromes", ",", "Churg-Strauss", "syndrome", ",", "etc", ".", "They", "would", "present", "with", "eosinophilia", "in", "LA", ".", "Inflammatory", "/", "Autoimmune", ":", "It", "is", "necessary", "to", "rule", "out", "inflammatory", "and", "autoimmune", "pathology", ",", "which", "may", "course", "with", "serositis", ":", "-", "Autoinflammatory", "syndromes", ":", "familial", "Mediterranean", "fever", ",", "cryopyrinopathies", ",", "periodic", "syndromes", "associated", "with", "anti-TNF", "receptor", ".", ".", ".", ".", "A", "high", "index", "of", "suspicion", "is", "required", ",", "as", "ascites", "due", "to", "serositis", "is", "rare", ".", "-", "Autoimmune", "diseases", ":", "SLE", "(", "rare", ")", ",", "rheumatoid", "arthritis", ",", "autoimmune", "hepatitis", "and", "chronic", "cholestasis", "(", "primary", "biliary", "cirrhosis", "and", "primary", "cholangitis", "in", "cirrhosis", "phase", ",", "etc", ".", "other", "causes", ":", "Sarcoidosis", "(", "rare", "form", "of", "presentation", ")", ",", "chylous", "ascites", "(", "milky", "ascitic", "fluid", ",", "predominantly", "trglycerides", ")", ",", "pancreatic", "ascites", "(", "elevated", "amylase", ")", ",", "myxedema", ",", "haemoperitoneum", ",", "urological", "damage", ".", ".", ".", ".", "Evolution", "During", "the", "patient", "'", "s", "hospitalisation", ",", "a", "new", "paracentesis", "is", "performed", "(", "800", "ml", ")", ",", "with", "similar", "ascitic", "fluid", ";", "this", "ascitic", "fluid", "is", "centrifuged", "and", "cultured", ".", "After", "14", "days", "of", "hospitalisation", ",", "diagnostic", "laparoscopy", "was", "performed", "with", "biopsies", "taken", "for", "culture", "and", "pathological", "anatomy", ".", "The", "laparoscopic", "report", "showed", "massive", "adhesive", "symptoms", ",", "miliary", "granules", "in", "the", "parietal", "and", "visceral", "peritoneum", "and", "omentum", ",", "with", "considerable", "ascites", ",", "compatible", "with", "tuberculous", "peritonitis", ".", "The", "pathological", "anatomy", "reports", "necrotising", "granulomatous", "inflammation", "and", "the", "biopsy", "culture", "is", "positive", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "Lowenstein", "medium", ",", "without", "resistance", "to", "isoniazid", "or", "rifampicin", ",", "with", "positive", "PCR", ";", "the", "ascitic", "fluid", "centrifugation", "culture", "grows", "the", "same", "species", ",", "with", "negative", "PCR", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "4", "drugs", "and", "prednisone", ",", "with", "excellent", "evolution", "and", "resolution", "of", "symptoms", ".", "Final", "diagnosis", "Tuberculous", "peritonitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 43 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 954, "end": 970 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1280, "end": 1287 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1567, "end": 1574 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2659, "end": 2667 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2600, "end": 2609 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2694, "end": 2703 }, { "text": "Fungal", "label": "SPECIES", "start": 3061, "end": 3067 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3095, "end": 3103 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 3184, "end": 3193 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3224, "end": 3231 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4398, "end": 4405 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4979, "end": 5005 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 5150, "end": 5157 } ]

[ "A", "9-month-old", "infant", "presented", "with", "fever", "of", "48", "hours", "'", "duration", ".", "In", "the", "last", "few", "hours", ",", "he", "started", "with", "irritation", "and", "refusal", "of", "feeding", "as", "well", "as", "enlargement", "of", "the", "left", "hemicollar", ".", "He", "was", "treated", "with", "oral", "Cefotaxime", "for", "the", "last", "48", "hours", ".", "Physical", "examination", ":", "Irritable", "and", "complaining", "Neurologically", ",", "no", "neck", "stiffness", "and", "negative", "meningeal", "signs", "Oropharyngeal", "bulging", "left", "posterior", "pharyngeal", "wall", "with", "left", "tonsillar", "pillar", "displaced", "towards", "the", "midline", "Increase", "in", "size", "of", "the", "left", "hemicollar", ",", "swollen", "and", "painful", ".", "CBC", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "PCR", "303", "PCT", "4", ".", "59", "Urgent", "cervical", "CT", "scan", "requested", "(", "images", "included", ")", ".", "Left", "retropharyngeal", "abscess", "with", "inflammatory", "changes", "due", "to", "contiguity", "in", "neighbouring", "spaces", "with", "discrete", "involvement", "of", "the", "airway", "and", "without", "mediastinal", "extension", ".", "It", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "hospital", "for", "intravenous", "antibiotics", "(", "cefotaxime", "and", "clindamycin", ")", "and", "urgent", "surgical", "drainage", "(", "surgery", "will", "be", "explained", ")", ".", "A", "sample", "was", "taken", "for", "culture", "of", "the", "purulent", "content", "where", "Streptococcus", "pyogenes", "sensitive", "to", "penicillin", "grew", ".", "After", "a", "week", "of", "evolution", ",", "the", "patient", "evolves", "favourably", "and", "is", "asymptomatic", "and", "is", "discharged", "from", "hospital", "The", "retropharyngeal", "space", "is", "the", "posterior", "space", ",", "in", "the", "midline", ",", "limited", "anteriorly", "by", "the", "medial", "aponeurosis", "of", "the", "deep", "cervical", "fascia", "and", "posterolaterally", "by", "the", "deep", "aponeurosis", ".", "It", "extends", "from", "the", "base", "of", "the", "skull", "to", "the", "posterior", "mediastinum", "at", "T3", ".", "It", "is", "limited", "between", "the", "pharyngeal", "constrictor", "muscles", "and", "the", "prevertebral", "muscles", ".", "The", "\"", "dangerous", "\"", "space", "runs", "behind", "the", "retropharyngeal", "space", "and", "is", "the", "pathway", "for", "the", "spread", "of", "infectious", "or", "tumour", "processes", "to", "the", "mediastinum", ".", "The", "most", "dangerous", "aspect", "of", "this", "is", "its", "possible", "rapid", "spread", "to", "the", "mediastinum", "if", "not", "acted", "upon", "quickly", ",", "as", "well", "as", "its", "proximity", "to", "the", "upper", "airway", ".", "It", "is", "therefore", "important", "to", "make", "an", "early", "diagnosis", "in", "order", "to", "establish", "treatment", "as", "soon", "as", "possible", ",", "including", "in", "most", "cases", "surgical", "intervention", "as", "well", "as", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "covering", "the", "most", "frequent", "causative", "microorganisms", ",", "and", "directed", "according", "to", "the", "culture", "and", "antiobiogram", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2074, "end": 2088 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 833, "end": 840 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1113, "end": 1120 } ]

[ "A", "66-year-old", "man", ",", "who", "15", "years", "before", "his", "admission", "had", "travelled", "to", "Uruguay", ",", "lived", "in", "a", "rural", "environment", ",", "with", "eucalyptus", "trees", "a", "few", "metres", "from", "his", "home", ",", "and", "had", "no", "history", "of", "contact", "with", "exotic", "birds", ".", "He", "had", "been", "diagnosed", "with", "silicosis", ",", "and", "4", "months", "before", "his", "admission", ",", "with", "systemic", "lupus", "erythematosus", "(", "SLE", ")", ",", "he", "received", "corticoids", "intermittently", ".", "The", "patient", "consulted", "for", "severe", "temporo-frontal", "headache", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "gait", "with", "an", "increased", "base", "of", "support", "and", "significant", "instability", ".", "Fundus", "examination", "revealed", "bilateral", "papillary", "oedema", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "steroid", "pulses", ",", "mannitol", "and", "acetazolamide", ".", "Brain", "computed", "tomography", "showed", "bilateral", "basal", "ganglia", "calcifications", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "and", "angio-MRI", "showed", "no", "significant", "alterations", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "showed", "an", "outflow", "pressure", "of", "17", ".", "5", "cm", "/", "H2O", ",", "63", "cells", "/", "μL", "(", "98", "%", "mononuclear", "and", "1", "%", "polymorphonuclear", ")", ".", "Cryptococcus", "spp", ".", "was", "isolated", "from", "the", "CSF", ".", "The", "strain", "was", "sent", "to", "the", "Mycology", "Service", "of", "the", "National", "Microbiology", "Centre", "for", "definitive", "identification", "and", "sensitivity", "study", ".", "The", "determination", "of", "Cryptococcus", "antigen", "in", "blood", "was", "1", "/", "512", "and", "in", "CSF", "1", "/", "128", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "0", ".", "7-1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "and", "5-fluorocytosine", "for", "14", "days", ",", "followed", "by", "fluconazole", "400", "mg", "/", "day", ".", "At", "the", "National", "Microbiology", "Centre", ",", "the", "strain", "was", "identified", "by", "morphological", "examinations", "and", "biochemical", "studies", ".", "The", "micro-organism", "showed", "characteristics", "compatible", "with", "those", "of", "C", ".", "neoformans", ".", "In", "addition", ",", "it", "was", "able", "to", "hydrolyse", "glycine", "and", "was", "resistant", "to", "L-canavanine", "and", "was", "therefore", "identified", "as", "C", ".", "gattii", ".", "This", "identification", "was", "confirmed", "by", "sequencing", "techniques", "of", "fungal", "DNA", ",", "specifically", "the", "ITS", "(", "Internal", "Transcriber", "Spacers", ")", "areas", "of", "the", "ribosomal", "DNA", ".", "Sequencing", "was", "performed", "using", "reference", "techniques", "including", "control", "strains", ".", "The", "sensitivity", "study", "was", "also", "performed", "using", "standardised", "methods", ".", "The", "clinical", "course", "was", "initially", "favourable", ".", "Fifteen", "days", "after", "switching", "to", "fluconazole", ",", "the", "headache", "reappeared", ",", "at", "which", "time", "the", "strain", "was", "identified", "as", "C", ".", "gattii", ".", "The", "sensitivity", "study", "showed", "minimum", "inhibitory", "concentrations", "(", "MIC", ")", "of", "0", ".", "12", "mg", "/", "l", "amphotericin-B", ",", "128", "mg", "/", "l", "fluconazole", ",", "0", ".", "50", "mg", "/", "l", "itraconazole", ",", "1", "mg", "/", "l", "voriconazole", "and", "16", "mg", "/", "l", "5-fluorocytosine", ",", "so", "treatment", "was", "changed", "to", "liposomal", "amphotericin", "B", "(", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ".", "Given", "the", "presence", "of", "elevated", "CSF", "outflow", "pressures", ",", "the", "continued", "detection", "of", "Cryptococcus-compatible", "organisms", "in", "the", "CSF", "dye", "examination", "and", "the", "maintenance", "of", "high", "cryptococcal", "antigen", "titres", ",", "it", "was", "decided", "to", "increase", "the", "polyene", "dose", "to", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "Subsequently", ",", "voriconazole", "was", "added", "at", "a", "dose", "of", "400", "mg", "/", "day", "and", "finally", "voriconazole", "800", "mg", "/", "day", "was", "administered", "orally", ".", "The", "clinical", "symptoms", "disappeared", ",", "although", "it", "was", "decided", "to", "place", "a", "shunt", "in", "the", "peritoneal", "ventricle", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "died", "from", "an", "episode", "of", "respiratory", "failure", "while", "on", "home", "leave", ",", "and", "the", "cause", "of", "death", "was", "unknown", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 939, "end": 951 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1138, "end": 1150 }, { "text": "birds", "label": "SPECIES", "start": 201, "end": 206 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 988, "end": 994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 365, "end": 372 }, { "text": "Cryptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 939, "end": 955 }, { "text": "Mycology", "label": "SPECIES", "start": 1011, "end": 1019 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 114, "end": 124 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 1379, "end": 1385 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 1885, "end": 1892 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1723, "end": 1729 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 1460, "end": 1474 }, { "text": "C. neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1523, "end": 1536 }, { "text": "C. gattii", "label": "SPECIES", "start": 1650, "end": 1659 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2477, "end": 2489 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 2098, "end": 2104 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 2566, "end": 2578 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2896, "end": 2903 }, { "text": "C. gattii", "label": "SPECIES", "start": 2123, "end": 2132 } ]

[ "A", "47-year-old", "woman", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "asthenia", ",", "headache", "and", "altered", "level", "of", "consciousness", "in", "the", "last", "few", "days", ".", "The", "haemogram", "revealed", "120", ",", "240", "leucocytes", "(", "N", "0", "%", "and", "L", "39", ".", "4", "%", ")", ",", "Hb", ":", "5", ".", "6", ",", "Hct", ":", "15", ".", "5", ",", "and", "platelets", ":", "23000", ".", "Based", "on", "these", "data", "and", "the", "blood", "smear", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "promyelocytic", "leukaemia", "(", "APL3", ")", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "disoriented", "and", "drowsy", ",", "so", "a", "simple", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "was", "performed", ".", "The", "cranial", "CT", "scan", "showed", ":", "-", "multiple", "hyperdense", "cortical", "and", "subcortical", "lesions", ",", "the", "largest", "in", "the", "cerebellum", "and", "left", "temporal", "lobe", ",", "compatible", "with", "parenchymal", "haemorrhages", ",", "with", "subarachnoid", "extension", ",", "-", "two", "right", "parietal", "and", "occipital", "cortico-subcortical", "hypodense", "lesions", "with", "mass", "effect", "and", "effacement", "of", "sulci", ",", "suggestive", "of", "infarcts", ".", "These", "findings", "may", "be", "due", "to", "cerebral", "involvement", "by", "disseminated", "intravascular", "coagulation", "(", "DIC", ")", ".", "Another", "possibility", "is", "angioinvasive", "aspergillosis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 } ]

[ "", "A", "76-year-old", "man", "with", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "diabetes", "mellitus", "was", "admitted", "to", "our", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "asthenia", "and", "low", "back", "pain", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ".", "On", "admission", ",", "he", "presented", "with", "hyperthermia", ",", "120", "l", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "oxygen", "saturation", "of", "87", "%", "and", "22", "r", ".", "p", ".", "m", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "lymphocytopenia", "and", "increased", "fibrinogen", ",", "D-dimer", ",", "creatinine", "and", "C-reactive", "protein", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "unilobular", "opacities", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ".", "On", "admission", ",", "treatment", "was", "started", "with", "azithromycin", ",", "hydroxychloroquine", ",", "ceftriaxone", ",", "methylprednisolone", "and", "enoxaparin", "at", "a", "dose", "of", "40mg", "per", "day", ".", "96", "hours", "later", ",", "the", "patient", "continued", "to", "have", "fever", ",", "dyspnoea", "and", "tachypnoea", ",", "and", "required", "high-flow", "oxygen", "therapy", "to", "increase", "oxygen", "saturation", "to", "92", "%", ".", "C-reactive", "protein", ",", "D-dimer", ",", "ferritin", "and", "IL-6", "values", "increased", "progressively", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "worsening", "with", "bilateral", "and", "multilobular", "opacities", ",", "so", "the", "dose", "of", "LMWH", "was", "increased", "to", "60", "mg", "per", "day", "and", "a", "single", "dose", "of", "tocilizumab", "was", "administered", ",", "without", "clinical", "improvement", ".", "On", "day", "11", "of", "admission", "(", "day", "26", "since", "the", "onset", "of", "symptoms", ")", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "sudden", "episode", "of", "loss", "of", "muscle", "strength", "in", "the", "right", "side", "of", "the", "body", ",", "with", "a", "fall", ".", "Examination", "showed", "global", "aphasia", ",", "oculocephalic", "deviation", "to", "the", "left", "and", "right", "faciobrachiofemoral", "hemiplegia", ".", "A", "non-contrast", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "showed", "no", "evidence", "of", "acute", "haemorrhage", ",", "tumour", "effects", "or", "midline", "shift", ".", "Treatment", "with", "i", ".", "v", ".", "acetylsalicylic", "acid", "was", "started", "and", "the", "dose", "of", "LMWH", "was", "reduced", "to", "40", "mg", "per", "day", ",", "but", "no", "neurological", "improvement", "was", "observed", ".", "48", "hours", "later", ",", "a", "new", "non-contrast", "brain", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "signs", "compatible", "with", "complete", "ischaemic", "stroke", "of", "the", "left", "middle", "cerebral", "artery", ",", "with", "hyperdense", "vessel", "sign", "in", "the", "left", "intracranial", "internal", "carotid", "artery", ".", "CT", "angiography", "of", "the", "cerebral", "and", "carotid", "arteries", "was", "performed", "as", "a", "complementary", "study", "of", "the", "ischaemic", "stroke", ".", "It", "revealed", "complete", "occlusion", "of", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", "and", ",", "fortuitously", ",", "two", "8", "mm", "intraluminal", "thrombi", "were", "identified", "in", "the", "ascending", "aorta", ".", "Fibrinolysis", "and", "emboloectomy", "were", "not", "considered", "due", "to", "the", "evolution", "of", "symptoms", ".", "The", "dose", "of", "LMWH", "was", "increased", "to", "anticoagulant", "doses", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "to", "a", "convalescent", "centre", "for", "full", "rehabilitation", ".", "The", "intention", "was", "to", "maintain", "anticoagulant", "therapy", "for", "at", "least", "3", "months", "after", "the", "episode", "and", "to", "decide", "on", "specialised", "consultation", "after", "further", "re-evaluation", "with", "new", "clinical", ",", "analytical", "and", "imaging", "information", ",", "except", "for", "the", "occurrence", "of", "a", "serious", "adverse", "event", "or", "new", "scientific", "evidence", "supporting", "other", "therapeutic", "management", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 617, "end": 624 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1099, "end": 1106 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2240, "end": 2247 } ]

[ "The", "mother", "of", "the", "neonatal", "patient", "is", "a", "34-year-old", "pregnant", "woman", "who", "lives", "near", "the", "Huanan", "wholesale", "seafood", "market", "(", "about", "1", ".", "2", "km", "away", ")", "in", "Wuhan", ".", "She", "has", "not", "visited", "the", "market", "during", "her", "pregnancy", "and", "her", "family", "has", "no", "confirmed", "or", "suspected", "cases", "of", "COVID-19", ",", "but", "more", "than", "15", "people", "have", "been", "diagnosed", "in", "the", "same", "community", "where", "she", "lives", ".", "She", "has", "a", "history", "of", "hypothyroidism", "for", "4", "years", "and", "has", "been", "treated", "with", "oral", "medication", ";", "she", "has", "no", "history", "of", "hypertension", ",", "diabetes", "or", "heart", "disease", ".", "She", "had", "a", "miscarriage", "in", "2016", "due", "to", "chromosomal", "abnormalities", ".", "She", "is", "allergic", "to", "penicillin", "and", "first", "generation", "cephalosporins", "(", "positive", "in", "skin", "tests", ")", ".", "At", "20", ":", "00", "h", "on", "1", "February", "2020", ",", "the", "woman", ",", "40", "weeks", "'", "gestation", ",", "presented", "with", "a", "small", "vaginal", "haemorrhage", "and", "pain", "in", "the", "lower", "abdominal", "region", ".", "Two", "hours", "later", ",", "she", "developed", "a", "fever", "(", "37", ".", "8", "°", "C", ")", "and", "went", "to", "the", "Wuhan", "Mother", "and", "Child", "Care", "Centre", ".", "As", "she", "had", "a", "fever", ",", "she", "was", "referred", "to", "the", "infectious", "diseases", "clinic", "of", "Wuhan", "Tongji", "Hospital", "the", "next", "morning", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "left", "upper", "and", "lower", "lobes", ",", "indicating", "the", "possibility", "of", "viral", "pneumonia", ".", "Chest", "CT", "scan", "of", "the", "mother", ",", "obtained", "on", "2", "February", "2020", ",", "showing", "signs", "of", "infection", "in", "the", "left", "upper", "and", "lower", "lobes", "and", "indicating", "the", "possibility", "of", "viral", "pneumonia", ",", "with", "reduced", "emphysema", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "and", "minor", "involvement", "in", "the", "right", "middle", "lobe", ".", "Blood", "tests", "showed", "lymphocytopenia", "(", "0", ".", "97", "×", "109", "cells", "/", "L", "[", "normal", ":", "1", ".", "1-3", ".", "2", "×", "109", "cells", "/", "L", "]", ")", ",", "neutrophilia", "(", "9", ".", "97", "×", "109", "cells", "/", "L", "[", "normal", ":", "1", ".", "8-6", ".", "3", "×", "109", "cells", "/", "L", "]", ")", "and", "high", "C-reactive", "protein", "levels", "(", "11", ".", "5", "mg", "/", "L", "[", "normal", ":", "<", "1", "mg", "/", "L", "]", ")", ".", "It", "was", "decided", "to", "hospitalise", "her", "for", "suspected", "viral", "pneumonia", ".", "On", "admission", ",", "her", "temperature", "was", "37", ".", "8", "°", "C", ",", "blood", "pressure", "131", "/", "89", "mmHg", ",", "respiratory", "rate", "20", "bpm", ",", "and", "pulse", "96", "bpm", ".", "Fetal", "pulse", "was", "136", "l", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "her", "registration", "showed", "no", "abnormalities", ".", "An", "emergency", "caesarean", "section", "was", "performed", ".", "Intraoperatively", "amniotic", "fluid", "with", "meconium", "was", "observed", ".", "At", "8", ":", "45", "the", "patient", "gave", "birth", "to", "a", "boy", "weighing", "3025g", ".", "Apgar", "scores", "at", "1", "and", "5", "minutes", "were", "8", "and", "9", ",", "respectively", ".", "The", "baby", "did", "not", "regurgitate", "after", "delivery", ".", "The", "skin", "was", "reddish", "and", "the", "cry", "was", "loud", ".", "The", "mother", "wore", "an", "N95", "mask", "during", "the", "procedure", "and", "after", "delivery", "the", "infant", "had", "no", "contact", "with", "the", "mother", ".", "The", "infant", "was", "transferred", "to", "the", "neonatal", "ward", "10", "minutes", "after", "delivery", "for", "close", "monitoring", ";", "the", "mother", "was", "transferred", "to", "the", "infectious", "disease", "ward", "for", "isolation", "after", "the", "operation", ".", "Half", "an", "hour", "after", "delivery", ",", "the", "infant", "vomited", "once", "after", "being", "fed", "formula", ",", "and", "was", "considered", "to", "have", "dysphagia", ".", "After", "gastric", "lavage", ",", "the", "infant", "was", "able", "to", "be", "fed", "without", "complications", ".", "Blood", "tests", "of", "the", "newborn", "showed", "lymphocytopenia", "(", "2", ".", "43", "×", "109", "cells", "/", "L", "[", "normal", ":", "3-8", "×", "109", "cells", "/", "L", "]", ")", ",", "altered", "liver", "function", "tests", "(", "aspartate", "aminotransferase", "143", "U", "/", "L", "[", "normal", ":", "≤", "41", "U", "/", "L", "]", ";", "total", "bilirubin", "33", ".", "0", "μmol", "/", "L", "[", "normal", ":", "≤", "26", "μmol", "/", "L", "]", ";", "indirect", "bilirubin", "26", ".", "0", "μmol", "/", "L", "[", "normal", ":", "≤", "16", ".", "8", "μmol", "/", "L", "]", ")", "and", "high", "creatine", "kinase", "concentration", "(", "479", "U", "/", "L", "[", "normal", ":", "≤", "41", "U", "/", "L", "]", ")", ".", "Penicillin", "G", "(", "150", ",", "000", "U", "once", "daily", ",", "i", ".", "v", ".", "bolus", ")", "and", "vitamin", "K1", "(", "1", "mg", "once", "daily", ",", "i", ".", "v", ".", ")", "were", "administered", "as", "antibiotic", "prophylaxis", "and", "to", "prevent", "coagulopathy", ",", "respectively", ".", "The", "mother", "remained", "in", "good", "condition", "and", "afebrile", "during", "the", "immediate", "postoperative", "period", ".", "She", "had", "no", "cough", "or", "other", "complaints", "such", "as", "diarrhoea", ",", "nausea", "or", "vomiting", ".", "Her", "vital", "signs", "were", "stable", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "99", "%", ".", "Antiviral", "treatment", "was", "administered", ",", "with", "40", "μg", "of", "recombinant", "human", "interferon", "α1b", "atomised", "inhalation", "with", "2", "mL", "of", "sterilisation", "solution", "twice", "daily", "and", "ganciclovir", "(", "0", ".", "25", "g", "every", "12", "hours", ",", "i", ".", "v", ".", ")", ".", "She", "was", "also", "given", "abipenem", "(", "0", ".", "3", "g", "every", "12", "hours", ",", "i", ".", "v", ".", ")", "and", "moxifloxacin", "(", "0", ".", "4", "g", "once", "daily", ",", "i", ".", "v", ".", ")", "to", "prevent", "infection", ".", "The", "mother", "had", "intermittent", "fever", "during", "the", "first", "postoperative", "day", ",", "reaching", "38", ".", "3", "°", "C", ";", "she", "was", "given", "methylprednisolone", "(", "20", "mg", "i", ".", "v", ".", ")", ".", "Her", "pharyngeal", "swab", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", "on", "the", "same", "day", ".", "Immediately", ",", "a", "pharyngeal", "swab", "was", "obtained", "from", "the", "newborn", "(", "36", "hours", "postpartum", ")", "together", "with", "the", "mother", "'", "s", "milk", ".", "We", "advised", "the", "mother", "not", "to", "breastfeed", "the", "infant", "and", "to", "express", "milk", "to", "avoid", "mastitis", ".", "The", "neurological", "response", "of", "the", "newborn", "was", "acceptable", "during", "the", "first", "day", "after", "delivery", "and", "his", "oxygen", "saturation", "remained", ">", "92", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "The", "infant", "'", "s", "laboratory", "tests", "were", "negative", "for", "Legionella", "pneumophila", ",", "Chlamydia", "pneumoniae", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Rickettsia", ",", "adenovirus", ",", "respiratory", "syncytial", "virus", ",", "influenza", "A", "virus", ",", "influenza", "B", "virus", "and", "parainfluenza", "virus", "1-3", ".", "On", "4", "February", ",", "the", "second", "postoperative", "day", ",", "the", "mother", "'", "s", "vital", "signs", "were", "stable", "and", "she", "was", "given", "prednisolone", "(", "40", "mg", "once", "daily", "i", ".", "v", ".", ")", ".", "The", "newborn", "remained", "healthy", "and", "his", "blood", "gas", "showed", "pH", "of", "7", ".", "476", "↑", ",", "carbon", "dioxide", "partial", "pressure", "of", "28", ".", "2", "mm", "Hg", "↓", ",", "oxygen", "partial", "pressure", "of", "116", ".", "0", "mm", "Hg", "↑", ",", "bicarbonate", "of", "20", ".", "6", "mmol", "/", "L", "↓", ",", "base", "excess", "of", "1", ".", "30", "mmol", "/", "L", "and", "peripheral", "oxygen", "saturation", "of", "98", ".", "4", "%", ".", "Testing", "for", "a", "set", "of", "paediatric", "viruses", "was", "negative", "for", "cytomegalovirus", ",", "rubella", "virus", ",", "Toxoplasma", "gondii", ",", "common", "herpes", "virus", "types", "1", "and", "2", ",", "echovirus", ",", "parvovirus", "B19", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Coxsackie", "A16", "virus", ",", "Coxsackie", "B", "virus", ",", "measles", "virus", "and", "varicella", "zoster", "virus", ".", "Chest", "CT", "of", "the", "newborn", "showed", "thickening", "of", "the", "lung", "texture", "without", "cardiac", "abnormalities", ".", "Thoracic", "CT", "scan", "of", "the", "newborn", ",", "obtained", "on", "4", "February", "2020", ",", "showing", "thickening", "of", "the", "texture", "of", "the", "lungs", "without", "cardiac", "abnormalities", ".", "The", "infant", "was", "fed", "formula", ",", "25", "mL", "every", "3", "hours", ",", "and", "closely", "monitored", ".", "On", "5", "February", ",", "the", "newborn", "'", "s", "vital", "signs", "were", "stable", ",", "with", "oxygen", "saturation", "above", "90", "%", "and", "no", "discomfort", "such", "as", "apnoea", "or", "vomiting", ".", "The", "pharyngeal", "swab", "result", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", "36", "hours", "after", "delivery", ".", "Combining", "all", "analytical", "tests", "and", "a", "thorough", "brainstorming", ",", "we", "diagnosed", "the", "child", "as", "having", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "As", "the", "neonatal", "department", "of", "Tingji", "Hospital", "does", "not", "have", "isolation", "conditions", "for", "the", "newborn", ",", "he", "was", "transferred", "to", "Wuhan", "Maternity", "and", "Children", "'", "s", "Hospital", "on", "the", "same", "day", "for", "better", "isolation", ".", "After", "finding", "evidence", "of", "neonatal", "infection", ",", "we", "tested", "for", "SARS-CoV-2", "nucleic", "acid", "in", "the", "umbilical", "cord", "blood", "and", "placenta", "samples", "that", "we", "had", "kept", "during", "the", "procedure", ";", "the", "results", "were", "negative", ".", "The", "breast", "milk", "sample", "was", "also", "negative", "for", "SARS-CoV-2", ".", "We", "followed", "up", "the", "newborn", "'", "s", "condition", "after", "transfer", "to", "Wuhan", "Maternity", "and", "Children", "'", "s", "Hospital", ".", "His", "condition", "was", "good", "and", "afebrile", ",", "with", "no", "coughing", "or", "vomiting", ".", "He", "was", "closely", "monitored", "in", "isolation", "and", "no", "special", "treatment", "was", "administered", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "on", "6", "February", "showed", "high-density", "nodular", "shadows", "under", "the", "pleura", "of", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "upper", "lobe", "of", "the", "right", "lung", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "on", "12", "February", "showed", "small", "patchy", "shadow", "cores", "in", "the", "lower", "and", "upper", "lobes", "of", "the", "right", "lung", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "on", "17", "February", "showed", "a", "few", "small", "patchy", "shadow", "cores", "in", "the", "lower", "and", "upper", "lobes", "of", "the", "right", "lung", ",", "absorbed", "in", "comparison", "to", "the", "previous", "ones", ".", "On", "17", "February", "2020", ",", "nucleic", "acid", "testing", "of", "pharyngeal", "and", "anal", "swabs", "for", "SARS-CoV-2", "was", "negative", ".", "The", "newborn", "was", "discharged", "on", "18", "February", "2020", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 208, "end": 214 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 10 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 61, "end": 66 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 320, "end": 329 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 18, "end": 26 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 874, "end": 880 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 693, "end": 698 }, { "text": "Child", "label": "HUMAN", "start": 885, "end": 890 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1129, "end": 1134 }, { "text": "Mother and Child", "label": "HUMAN", "start": 874, "end": 890 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1168, "end": 1174 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1300, "end": 1305 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1688 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2201, "end": 2207 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2300, "end": 2306 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2408, "end": 2414 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2005, "end": 2012 }, { "text": "Fetal", "label": "HUMAN", "start": 1814, "end": 1819 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 2342, "end": 2350 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 2708, "end": 2715 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3522, "end": 3527 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3229, "end": 3235 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3783, "end": 3789 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4079, "end": 4085 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4109, "end": 4115 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 4031, "end": 4038 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3937, "end": 3947 }, { "text": "Antiviral", "label": "SPECIES", "start": 3458, "end": 3467 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 4436, "end": 4457 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 4459, "end": 4469 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 4471, "end": 4481 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 4218, "end": 4225 }, { "text": "parainfluenza virus 1", "label": "SPECIES", "start": 4553, "end": 4574 }, { "text": "Legionella pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 4390, "end": 4412 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 4414, "end": 4434 }, { "text": "influenza A virus", "label": "SPECIES", "start": 4512, "end": 4529 }, { "text": "influenza B virus", "label": "SPECIES", "start": 4531, "end": 4548 }, { "text": "respiratory syncytial virus", "label": "SPECIES", "start": 4483, "end": 4510 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5143, "end": 5161 }, { "text": "rubella virus", "label": "SPECIES", "start": 5047, "end": 5060 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 5062, "end": 5079 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 5127, "end": 5141 }, { "text": "measles virus", "label": "SPECIES", "start": 5203, "end": 5216 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 5221, "end": 5243 }, { "text": "common herpes virus types 1", "label": "SPECIES", "start": 5081, "end": 5108 }, { "text": "echovirus", "label": "SPECIES", "start": 5116, "end": 5125 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 5842, "end": 5847 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 5570, "end": 5577 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 5969, "end": 5976 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 5715, "end": 5725 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 5858, "end": 5868 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 6138, "end": 6148 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 6322, "end": 6332 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 5887, "end": 5895 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 6104, "end": 6112 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 6354, "end": 6361 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 7112, "end": 7119 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 7083, "end": 7093 } ]

[ "A", "60-year-old", "man", ",", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", ",", "who", "was", "referred", "to", "us", "from", "the", "Urology", "Department", "of", "our", "Centre", "with", "a", "diagnosis", "of", "stage", "IV", "prostate", "adenocarcinoma", "with", "multiple", "metastatic", "bone", "involvement", "and", "in", "a", "phase", "of", "hormone", "resistance", ".", "In", "February", "2004", ",", "due", "to", "prostatic", "syndrome", "(", "pollakiuria", "and", "urinary", "urgency", ")", ",", "his", "Primary", "Care", "Physician", "(", "PCP", ")", "had", "performed", "a", "PSA", "test", "which", "showed", "a", "value", "of", "12", "ng", "/", "ml", ",", "and", "for", "this", "reason", "he", "was", "referred", "to", "the", "specialist", ".", "He", "underwent", "transrectal", "ultrasound", "and", "ultrasound-guided", "prostate", "biopsy", "which", "was", "reported", "as", ":", "bilobular", "adenocarcinoma", ",", "Gleason", "7", "(", "4", "+", "3", ")", ".", "In", "the", "extension", "study", "(", "blood", "tests", ",", "MRI", "and", "bone", "scintigraphy", ")", ",", "retroperitoneal", "lymph", "node", "metastases", "and", "multiple", "foci", "of", "pathological", "hypercaptation", "(", "spine", ",", "neck", "and", "femoral", "diaphysis", ",", "bony", "pelvis", ")", "were", "observed", ".", "Complete", "androgen", "blockade", "with", "gonadotropin-releasing", "hormone", "analogue", "(", "A-LHRH", ")", "and", "antiandrogen", "was", "instituted", ".", "With", "this", "treatment", ",", "the", "PSA", "level", "normalised", "within", "4", "months", "(", "June", "04", ")", ".", "The", "patient", "was", "receiving", "analgesic", "treatment", "for", "bone", "pain", "with", "NSAIDs", "and", "morphine", ".", "He", "was", "also", "treated", "with", "dorsolumbar", "vertebral", "irradiation", "with", "30", "Gy", "administered", "in", "10", "sessions", ".", "In", "April", "2006", ",", "and", "with", "the", "patient", "asymptomatic", ",", "the", "PSA", "began", "to", "rise", "progressively", "to", "7", ".", "3", ",", "13", ".", "1", ",", "21", "ng", "/", "ml", ",", "maintaining", "testosterone", "at", "castration", "levels", ".", "It", "was", "decided", ",", "at", "this", "point", ",", "to", "discontinue", "the", "antiandrogen", ".", "The", "biochemical", "response", "was", "good", "and", "normalisation", "was", "achieved", "in", "August", "06", ".", "Unfortunately", ",", "in", "November", "06", ",", "she", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "intense", "generalised", "and", "incapacitating", "bone", "pain", "despite", "the", "increase", "in", "analgesic", "doses", "(", "EAV", "=", "8-9", ")", ",", "for", "which", "she", "received", "treatment", "with", "strontium", "(", "St", ")", "in", "the", "Nuclear", "Medicine", "Department", ".", "In", "addition", ",", "the", "clinical", "picture", "is", "accompanied", "by", "PSA", "figures", "of", "850", "ng", "/", "ml", ".", "In", "December", "06", "we", "decided", ",", "with", "his", "informed", "consent", ",", "to", "start", "palliative", "QT", "with", "Docetaxel", "and", "prednisone", ".", "We", "also", "started", "therapy", "with", "bone", "resorption", "inhibitors", "(", "zoledronic", "acid", ")", ".", "The", "clinical", "response", "was", "satisfactory", "with", "analgesic", "control", "(", "VAS", "=", "2-3", ")", "and", "a", "reduction", "in", "PSA", "to", "150", "ng", "/", "ml", ".", "On", "15-02-07", ",", "she", "attended", "the", "emergency", "department", "and", "reported", "that", "for", "the", "last", "15", "days", "she", "had", "been", "noticing", "protrusion", "of", "the", "left", "eyeball", "and", "difficulty", "in", "fully", "separating", "the", "eyelids", ".", "Neurological", "examination", "Proptosis", ",", "eyelid", "ptosis", ",", "mydriasis", "with", "little", "reactivity", "secondary", "to", "involvement", "of", "the", "third", "pair", ".", "No", "orbital", "murmurs", ".", "Orbital", "MRI", "Metastatic", "replacement", "of", "the", "entire", "central", "segment", "of", "the", "cranial", "base", ",", "the", "bone", "marrow", "of", "the", "vertebrae", "included", "in", "the", "study", "and", "part", "of", "the", "cranial", "diploe", ".", "Involvement", "of", "the", "roof", "and", "lateral", "wall", "of", "the", "left", "orbit", "which", "appear", "expanded", "and", "cause", "proptosis", "of", "the", "eyeball", ".", "The", "left", "greater", "sphenoid", "wing", "is", "replaced", "and", "thickened", "and", "there", "is", "a", "clear", "extension", "to", "the", "wall", "of", "the", "left", "cavernous", "sinus", "and", "the", "cleft", ".", "Similar", "changes", "are", "seen", "in", "the", "bones", "comprising", "the", "contralateral", "orbit", ",", "but", "less", "advanced", ".", "The", "lesion", "of", "the", "roof", "of", "the", "left", "orbit", "is", "accompanied", "by", "a", "soft", "tissue", "lesion", "causing", "inferior", "displacement", "of", "the", "orbital", "musculature", ".", "Contrast", "sequences", "show", "heterogeneous", "hyperenhancement", "of", "all", "the", "lesions", "described", ".", "He", "received", "palliative", "irradiation", "of", "the", "affected", "areas", "and", "presented", "a", "frank", "and", "rapid", "deterioration", ",", "dying", "on", "21-03-07", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Primary Care Physician", "label": "HUMAN", "start": 342, "end": 364 }, { "text": "specialist", "label": "HUMAN", "start": 473, "end": 483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1032, "end": 1039 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1241, "end": 1248 } ]

[ "This", "is", "a", "16-year-old", "adolescent", "from", "the", "urban", "area", "of", "the", "municipality", "of", "Útica", "(", "Cundinamarca", ")", ",", "a", "high", "school", "student", "of", "mixed", "race", ",", "who", "consulted", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "three", "days", "of", "evolution", "consisting", "of", "subjective", "fever", "associated", "with", "asthenia", ",", "adynamia", ",", "myalgia", ",", "odynophagia", ",", "dry", "cough", "and", "a", "feeling", "of", "faintness", "in", "the", "last", "two", "hours", ".", "A", "review", "of", "systems", "was", "negative", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "acetaminophen", "and", "amoxicillin", ",", "without", "improvement", ".", "Clinical", "history", "was", "not", "relevant", ".", "The", "patient", "reported", "the", "presence", "of", "horses", ",", "cats", "and", "dogs", "in", "the", "paddock", "area", "located", "in", "the", "peridomicile", ".", "On", "admission", "to", "hospital", ",", "the", "patient", "was", "in", "acceptable", "general", "condition", ",", "hydrated", ",", "with", "a", "temperature", "of", "37", "°", "C", ",", "moist", "congestive", "mucous", "membranes", "and", "a", "mobile", "neck", "with", "no", "lymphadenopathies", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "skin", "rash", "or", "neurological", "deficit", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "She", "was", "admitted", "for", "observation", "with", "a", "diagnosis", "of", "acute", "viral", "laryngitis", "and", "treatment", "was", "started", "with", "acetaminophen", "and", "intravenous", "fluids", ".", "Initial", "laboratory", "tests", "showed", ":", "4", ".", "5", "leukocytes", "per", "109", "/", "L", "(", "neutrophils", ",", "65", ".", "2", "%", ";", "lymphocytes", ",", "30", ".", "2", "%", ")", ";", "platelets", ",", "173", ",", "000", "/", "mm3", ";", "haemoglobin", ",", "16", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "and", "haematocrit", ",", "51", ".", "5", "%", ".", "Twelve", "hours", "after", "admission", ",", "the", "blood", "count", "showed", "leukopenia", "(", "2", ".", "8", "leukocytes", "per", "109", "/", "L", ";", "neutrophils", ",", "48", ".", "3", "%", ";", "and", "lymphocytes", ",", "44", ".", "3", "%", ")", "and", "thrombocytopenia", "(", "platelets", ",", "145", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "At", "this", "time", ",", "the", "patient", "was", "still", "in", "acceptable", "general", "condition", "with", "no", "changes", "in", "the", "physical", "examination", ",", "hydrated", "and", "afebrile", ".", "Due", "to", "the", "clinical", "picture", "on", "admission", ",", "the", "area", "of", "origin", "and", "the", "leukopenia", "associated", "with", "thrombocytopenia", "evidenced", "in", "the", "control", "blood", "count", ",", "a", "clinical", "suspicion", "of", "dengue", "was", "determined", "without", "warning", "signs", ".", "He", "was", "hospitalised", "and", "continued", "under", "the", "same", "management", "with", "intravenous", "fluids", ",", "antipyretics", "and", "blood", "tests", "every", "12", "hours", ",", "and", "rickettsial", "infection", "was", "considered", "among", "the", "differential", "diagnoses", ",", "given", "its", "role", "as", "a", "cause", "of", "acute", "febrile", "syndrome", "in", "the", "geographical", "area", ".", "On", "the", "fifth", "day", "of", "hospitalisation", ",", "a", "blood", "sample", "was", "taken", "with", "the", "patient", "'", "s", "consent", "for", "serum", "separation", "and", "diagnostic", "analysis", "for", "dengue", "(", "capture", "IgM", "ELISA-Panbio", "Diagnostics", "®", ")", "and", "for", "rickettsial", "infection", "(", "indirect", "immunofluorescence", "for", "the", "identification", "of", "IgG", "antibodies", "against", "R", ".", "rickettsii", ",", "Taiaçu", "strain", ",", "R", ".", "felis", "and", "R", ".", "amblyommii", ",", "strains", "donated", "by", "Marcelo", "Labruna", ";", "R", ".", "akari", ",", "R", ".", "parkeri", "and", "R", ".", "typhi", ",", "strains", "donated", "by", "the", "University", "of", "Texas", "Medical", "Branch", ",", "with", "a", "dilution", "of", "1", ":", "64", "or", "higher", "considered", "positive", ")", ".", "The", "patient", "remained", "hospitalised", "for", "six", "days", "until", "resolution", "of", "both", "leukopenia", "and", "thrombocytopenia", "was", "evident", ".", "During", "the", "same", "period", ",", "he", "remained", "in", "acceptable", "general", "condition", "except", "for", "the", "presence", "of", "nausea", "without", "vomiting", "on", "the", "last", "two", "days", "of", "hospitalisation", "for", "which", "he", "required", "metoclopramide", ".", "No", "new", "febrile", "peaks", ",", "changes", "in", "physical", "examination", "or", "haemorrhagic", "manifestations", "were", "documented", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", ",", "with", "a", "follow-up", "outpatient", "appointment", "after", "15", "days", ".", "During", "the", "follow-up", "appointment", "(", "15", "days", "after", "discharge", ")", "a", "new", "serum", "sample", "was", "taken", "for", "processing", "as", "a", "rickettsial", "convalescence", "phase", ".", "The", "following", "results", "were", "observed", ":", "negative", "IgM", "for", "dengue", "and", "significant", "elevation", "of", "titres", "against", "R", ".", "felis", "(", "difference", "of", "four", "or", "more", "titres", "between", "the", "acute", "and", "convalescent", "phase", "sample", ")", ".", "The", "results", "suggested", "a", "diagnosis", "of", "flea-borne", "spotted", "fever", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "adolescent", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 32 }, { "text": "horses", "label": "SPECIES", "start": 535, "end": 541 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 2401, "end": 2408 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 2472, "end": 2479 }, { "text": "high school student", "label": "HUMAN", "start": 100, "end": 119 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 543, "end": 547 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 386, "end": 393 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 502, "end": 509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 636, "end": 643 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1429, "end": 1436 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2121, "end": 2128 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2591, "end": 2598 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3045, "end": 3052 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 552, "end": 556 }, { "text": "R. rickettsii, Taiaçu strain", "label": "SPECIES", "start": 2343, "end": 2371 }, { "text": "R. felis", "label": "SPECIES", "start": 2373, "end": 2381 }, { "text": "R. felis", "label": "SPECIES", "start": 3355, "end": 3363 }, { "text": "R. amblyommii", "label": "SPECIES", "start": 2386, "end": 2399 }, { "text": "R. akari", "label": "SPECIES", "start": 2437, "end": 2445 }, { "text": "R. parkeri", "label": "SPECIES", "start": 2447, "end": 2457 }, { "text": "R. typhi", "label": "SPECIES", "start": 2462, "end": 2470 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 966, "end": 971 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 1722, "end": 1728 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 2188, "end": 2194 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 3304, "end": 3310 } ]

[ "A", "52-year-old", "patient", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", "made", "a", "first", "visit", "to", "the", "emergency", "department", "after", "suffering", "72", "hours", "previously", "a", "cranioencephalic", "trauma", "with", "a", "cabinet", ",", "without", "associated", "loss", "of", "consciousness", ".", "He", "reported", "headache", ",", "of", "low", "intensity", "but", "continuous", ",", "and", "located", "in", "the", "left", "frontoparietal", "area", ".", "After", "a", "normal", "neurological", "examination", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "a", "cranial", "CAT", "scan", ",", "which", "revealed", "a", "small", "left", "frontal", "cephalohematoma", ",", "and", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "the", "usual", "analgesia", ".", "Twenty", "days", "after", "the", "trauma", ",", "the", "patient", "visited", "the", "emergency", "department", "again", "due", "to", "a", "torpid", "evolution", ",", "with", "worsening", "of", "the", "headache", "and", "fever", "of", "up", "to", "39-40oC", ".", "Physical", "examination", ":", "Blood", "pressure", ":", "148", "/", "54", ";", "Heart", "rate", ":", "91", "bpm", ".", "Temperature", ":", "38", ".", "1oC", ";", "Glasgow", "15", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", ".", "Bilateral", "normoventilation", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ".", "Neurologically", ":", "normoreactive", "pupils", ".", "No", "neurological", "focality", "or", "motor", "or", "sensory", "deficit", "in", "the", "extremities", ".", "In", "the", "skull", ",", "left", "frontoparietal", "region", ",", "there", "was", "an", "erythematous", "area", "with", "a", "fluctuating", "mass", "effect", "on", "palpation", ".", "Emergency", "laboratory", "tests", ":", "13", ",", "900", "leukocytes", "(", "83", "%", "neutrophils", ")", ";", "Hb", "12", ".", "3", "g", "/", "dL", ";", "Hto", "36", ".", "6", "%", ";", "175", ",", "000", "platelets", ";", "Fibrinogen", "7", ".", "1", "g", "/", "L", ".", "Urea", "34", ";", "Creatinine", "0", ".", "77mg", "/", "dL", ".", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "90x", ",", "without", "acute", "repolarisation", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiomediastinal", "silhouette", "and", "pulmonary", "vascularisation", "within", "normality", ".", "No", "findings", "of", "acute", "evolution", ".", "A", "differential", "diagnosis", "of", "cutaneous", "abscess", "or", "neoplasm", "was", "considered", ",", "so", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "an", "image", "of", "an", "epicranial", "collection", "in", "the", "left", "frontal", "region", ",", "measuring", "around", "16", "x", "45", "mm", "in", "diameter", "(", "AP", "and", "transverse", ",", "respectively", ")", ",", "with", "thick", "enhancement", "of", "the", "wall", ",", "with", "an", "inflammatory", "appearance", ".", "In", "the", "underlying", "bone", "there", "is", "an", "image", "of", "a", "mottled", "osteolytic", "lesion", ",", "with", "irregular", "and", "poorly", "defined", "margins", ",", "with", "destruction", "of", "both", "diploic", "tables", ".", "It", "is", "associated", "with", "a", "central", "interdiploic", "osteosclerotic", "image", ",", "consistent", "with", "sequestration", ".", "This", "radiological", "image", "is", "suggestive", "of", "osteomyelitis", "with", "associated", "epicranial", "abscess", "and", "cellulitis", ".", "In", "this", "context", ",", "there", "is", "a", "tiny", "intracranial", "epidural", "inflammatory", "component", ",", "with", "annular", "enhancement", ",", "barely", "1", "cm", "in", "size", ",", "consistent", "with", "a", "tiny", "abscess", ".", "Following", "the", "results", "of", "the", "cranial", "CAT", "scan", "and", "after", "assessment", "by", "the", "neurosurgery", "department", ",", "scheduled", "surgical", "treatment", "was", "decided", ",", "under", "general", "anaesthesia", ",", "and", "a", "parasagittal", "incision", "was", "made", ",", "with", "abundant", "purulent", "material", "coming", "out", ".", "Bone", "destroyed", "by", "osteomyelitis", "was", "visualised", ",", "which", "was", "removed", "by", "craniectomy", ",", "with", "resection", "of", "about", "4", "x", "5", "cm", "of", "bone", ".", "After", "removal", "of", "the", "affected", "bone", ",", "infiltration", "of", "the", "dura", "mater", "was", "observed", ",", "so", "dural", "excision", "was", "decided", ",", "which", "revealed", "subarachnoid", "empyema", ",", "so", "the", "surgery", "was", "completed", "with", "a", "brain", "biopsy", ".", "A", "dura", "mater", "plasty", "was", "placed", "and", "epidural", "drainage", "was", "left", "in", "place", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "postoperative", "control", ",", "and", "was", "afebrile", "at", "all", "times", ",", "with", "good", "wound", "evolution", ",", "under", "antibiotic", "treatment", "controlled", "by", "the", "infectious", "diseases", "service", ",", "modified", "according", "to", "culture", "results", "(", "multiple", "gram", "+", "and", "gram", "-", "anaerobic", "bacilli", "were", "isolated", ")", ".", "During", "admission", "to", "the", "neurosurgery", "department", ",", "the", "patient", "presented", "two", "isolated", "seizures", ",", "for", "which", "reason", "the", "anti-comaemic", "treatment", "was", "modified", ".", "A", "control", "CT", "scan", "did", "not", "show", "any", "complications", "after", "surgery", "or", "collections", "with", "haemorrhagic", "lesions", ",", "so", ",", "given", "the", "good", "radiological", "and", "clinical", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "antibiotic", "and", "anticomial", "treatment", ",", "pending", "review", "in", "the", "neurosurgery", "department", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 562, "end": 569 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3009, "end": 3016 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3351, "end": 3358 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3618, "end": 3625 }, { "text": "gram+ and gram- anaerobic bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3248, "end": 3281 } ]

[ "", "We", "describe", "the", "case", "of", "a", "74-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "and", "ischaemic", "stroke", ",", "who", "underwent", "thrombectomy", "in", "2017", ".", "He", "had", "been", "in", "solitary", "confinement", "since", "returning", "from", "a", "trip", "to", "a", "COVID-19", "risk", "area", "13", "days", "earlier", ".", "He", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "general", "malaise", "and", "dyspnoea", ".", "He", "had", "had", "parainfluenza", "symptoms", "and", "fever", "for", "two", "days", "prior", "to", "admission", ",", "as", "well", "as", "spontaneously", "resolving", "chest", "pain", ".", "On", "admission", "to", "the", "ED", ",", "the", "patient", "presented", "severe", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "and", "oxygen", "was", "administered", "via", "a", "high-flow", "nasal", "cannula", ".", "His", "condition", "progressively", "worsened", "and", "he", "required", "endotracheal", "intubation", "and", "invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "Electrocardiogram", "on", "admission", "showed", "sinus", "tachycardia", "with", "minimal", "isolated", "ST-segment", "elevation", "in", "lead", "III", "and", "ST-segment", "depression", "in", "V2-V4", ".", "Subsequent", "electrocardiograms", "showed", "no", "tachycardia", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "basically", "peripheral", "cottony", "infiltrates", "in", "both", "lung", "fields", ",", "and", "blood", "tests", "on", "admission", "revealed", "acute", "renal", "failure", "(", "creatinine", "2", "mg", "/", "dL", ")", "and", "significantly", "increased", "enzymes", ",", "with", "a", "creatine", "kinase", "value", "of", "731", "U", "/", "L", "and", "a", "cardiac", "ultrasensitive", "troponin", "T", "value", "of", "1162", "ng", "/", "L", ".", "High", "values", "of", "interleukin", "6", "(", "135", "pg", "/", "mL", ")", ",", "ferritin", "(", "145μg", "/", "L", ")", ",", "lactate", "dehydrogenase", "(", "992U", "/", "L", ")", ",", "D-dimer", "(", "55mcg", "/", "mL", ")", "and", "N-terminal", "prohormone", "of", "brain", "natriuretic", "peptide", "(", "4076pg", "/", "mL", ")", "were", "also", "observed", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "showed", "left", "ventricular", "dysfunction", "with", "inferolateral", "hypokinesis", ".", "Considering", "the", "high", "likelihood", "of", "COVID-19", "from", "the", "clinical", "picture", "and", "the", "patient", "'", "s", "recent", "travel", ",", "a", "test", "for", "coronavirus", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", "was", "performed", ",", "with", "a", "positive", "result", ".", "In", "the", "following", "hours", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "clear", "haemodynamic", "deterioration", "followed", "by", "mixed", "shock", ",", "requiring", "vasoactive", "support", "with", "noradrenaline", "at", "a", "maximum", "dose", "of", "0", ".", "44", "mg", "/", "kg", "/", "min", ".", "An", "emergency", "cardiac", "catheterisation", "showed", "trivascular", "coronary", "artery", "disease", "with", "thrombotic", "occlusion", "of", "the", "right", "coronary", "artery", ".", "He", "was", "treated", "by", "percutaneous", "coronary", "intervention", "and", "placement", "of", "two", "drug-eluting", "stents", ";", "the", "thrombus", "migrated", "to", "the", "posterior", "descending", "artery", ".", "The", "patient", "was", "given", "antiplatelet", "agents", "(", "aspirin", "and", "clopidogrel", ")", "and", "anticoagulants", "with", "heparin", "sodium", ".", "He", "was", "also", "started", "on", "a", "regimen", "of", "hydroxychloroquine", "and", "tocilizumab", ".", "His", "condition", "progressively", "worsened", "over", "the", "following", "hours", ",", "with", "haemodynamic", "deterioration", ".", "A", "thoracic", "and", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "multiple", "arterial", "thromboses", "and", "findings", "consistent", "with", "mesenteric", "ischaemia", ",", "splenic", "infarction", "and", "pulmonary", "thromboembolism", "(", "28", "%", ")", ".", "The", "patient", "died", "72", "hours", "after", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 482, "end": 489 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1672, "end": 1682 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1585, "end": 1592 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1751, "end": 1758 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2206, "end": 2213 } ]

[ "A", "47-year-old", "man", "from", "Bolivia", "who", "had", "lived", "in", "Argentina", "and", "Brazil", "because", "of", "his", "work", "as", "a", "bricklayer", ".", "He", "had", "been", "in", "Spain", "for", "three", "months", ".", "His", "medical", "history", "included", "a", "history", "of", "haemoptotic", "sputum", "for", "which", "he", "had", "been", "treated", "in", "his", "country", "for", "a", "month", "with", "a", "drug", "that", "he", "had", "not", "remembered", "for", "6", "years", ".", "He", "had", "been", "asymptomatic", "since", "then", "with", "good", "functional", "capacity", "as", "he", "had", "not", "stopped", "working", "all", "this", "time", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "for", "5-7", "days", "with", "a", "progressive", "increase", "in", "dyspnoea", "with", "orthopnoea", "and", "paroxysmal", "nocturnal", "dyspnoea", "that", "made", "him", "unable", "to", "work", ".", "He", "did", "not", "report", "fever", "or", "any", "other", "symptoms", ".", "The", "examination", "revealed", "a", "mitral", "diastolic", "murmur", ",", "a", "third", "murmur", "and", "bilateral", "crackles", "from", "both", "apexes", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "bilateral", "interstitial", "oedema", "pattern", "in", "butterfly", "wings", "compatible", "with", "heart", "failure", ".", "Echocardiogram", "revealed", "dilated", "cardiomyopathy", "with", "an", "ejection", "fraction", "of", "10", "%", ".", "The", "ECG", "showed", "non-specific", "repolarisation", "abnormalities", "and", "occasional", "bigeminy", ",", "but", "never", "ventricular", "tachycardia", ".", "In", "view", "of", "the", "suspected", "infectious", "origin", "of", "the", "process", ",", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "Trypanosoma", "cruzi", "was", "requested", "and", "was", "positive", ",", "and", "Ig", "G", "serology", ",", "also", "positive", ",", "which", "confirmed", "the", "chronicity", "of", "the", "process", ".", "The", "patient", "also", "reported", "vague", "abdominal", "pain", "which", ",", "together", "with", "constipation", ",", "was", "the", "manifestation", "of", "megacolon", ",", "which", "was", "confirmed", "radiologically", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "chronic", "Chagas", "disease", "with", "myocardial", "and", "colonic", "involvement", ",", "treatment", "was", "started", "with", "diuretics", ",", "ACE", "inhibitors", ",", "carvedilol", "and", "anticoagulation", ",", "with", "the", "patient", "showing", "very", "good", "clinical", "evolution", "and", "being", "asymptomatic", "24", "hours", "after", "admission", ".", "The", "megacolon", "was", "resolved", "with", "a", "fibre", "diet", "and", "laxatives", ".", "The", "patient", "is", "currently", "awaiting", "evaluation", "for", "cardiac", "transplantation", ".", "One", "of", "the", "possible", "collaterals", "enrolled", "presented", "with", "fever", "and", "acute", "rhinopharyngitis", ",", "and", "another", "with", "controlled", "hypertension", "and", "cardiac", "arrhythmia", "due", "to", "atrial", "fibrillation", "with", "controlled", "ventricular", "response", ",", "the", "rest", "were", "clinically", "healthy", ";", "however", ",", "two", "of", "them", "had", "a", "history", "of", "Leishmaniasis", "and", "had", "received", "blood", "transfusion", ".", "All", "were", "non-reactive", "for", "anti-T", ".", "cruzi", "antibodies", "by", "ELISA", "and", "IFA", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1166, "end": 1183 }, { "text": "butterfly", "label": "SPECIES", "start": 826, "end": 835 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1301, "end": 1308 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1632, "end": 1639 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1790, "end": 1797 }, { "text": "bricklayer", "label": "HUMAN", "start": 94, "end": 104 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 2233, "end": 2241 } ]

[ "A", "27-year-old", "woman", ",", "pregnant", "at", "31", "weeks", ",", "with", "a", "history", "of", "malaria", "diagnosed", "and", "treated", "in", "her", "country", "(", "she", "had", "not", "taken", "chemoprophylaxis", "against", "this", "disease", ")", ".", "A", "native", "of", "Equatorial", "Guinea", ",", "she", "returned", "to", "Spain", "a", "week", "before", "the", "start", "of", "the", "clinic", ".", "For", "four", "days", ",", "the", "patient", "reported", "abdominal", "discomfort", ",", "predominantly", "in", "the", "hypogastrium", ",", "together", "with", "dysuria", "and", "febrile", "syndrome", "with", "a", "temperature", "of", "38-39", "°", "C", ".", "She", "denied", "risky", "sexual", "relations", "and", "denied", "any", "risky", "sexual", "activity", ".", "She", "denied", "risky", "sexual", "relations", "and", "toxic", "habits", ".", "Poor", "vaccination", "schedule", ".", "No", "consumption", "of", "unpasteurised", "dairy", "products", ",", "no", "bathing", "in", "fresh", "water", "or", "ingestion", "of", "contaminated", "food", "and", "water", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "good", "general", "appearance", ".", "Conscious", "and", "oriented", ",", "without", "neurological", "focality", ".", "Temperature", "39", ".", "3", "oC", ".", "Blood", "pressure", "85", "/", "50", "mmHg", "without", "hypoperfusion", ".", "Rhythmic", "heart", "tones", "at", "120", "beats", "per", "minute", ",", "without", "murmurs", "or", "rubbing", "and", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "pathological", "noises", ".", "Abdomen", "typical", "of", "gestational", "age", ",", "not", "painful", ".", "No", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "Pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "Initial", "complementary", "tests", "were", ":", "haemogram", ":", "normocytic", "and", "normochromic", "anaemia", ",", "absence", "of", "leukocytosis", ".", "Coagulation", "and", "biochemistry", "were", "normal", ".", "CRP", "107", ".", "8", "mg", "/", "L", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "is", "a", "VFR", "(", "Visiting", "Friends", "and", "Relatives", ")", "patient", "who", "consulted", "for", "febrile", "syndrome", ",", "abdominal", "discomfort", "and", "dysuria", "of", "four", "days", "'", "evolution", ".", "Complementary", "laboratory", "tests", "showed", "anaemia", "and", "platelets", "at", "the", "lower", "limit", "of", "normality", ".", "The", "anamnesis", "highlighted", "the", "epidemiological", "history", "of", "coming", "from", "Equatorial", "Guinea", "a", "week", "earlier", "and", "that", "he", "had", "never", "taken", "antimalarial", "chemoprophylaxis", ".", "The", "initial", "differential", "diagnosis", "should", "focus", "on", "febrile", "syndrome", "in", "a", "patient", "from", "a", "tropical", "area", ".", "The", "most", "important", "disease", "to", "rule", "out", "in", "travellers", "with", "fever", "on", "return", "from", "the", "tropics", "is", "malaria", ",", "especially", "if", "the", "patient", "comes", "from", "an", "endemic", "area", ",", "both", "because", "of", "its", "potential", "severity", "and", "frequency", "of", "presentation", ".", "In", "these", "areas", ",", "high-risk", "groups", "for", "developing", "severe", "malaria", "and", "its", "consequences", "include", "young", "children", "and", "pregnant", "women", ".", "In", "some", "series", "malaria", "accounts", "for", "up", "to", "30", "%", "of", "febrile", "illnesses", "in", "travellers", "from", "that", "region", "of", "the", "world", ".", "Patients", "often", "present", "with", "non-specific", "symptoms", "and", "may", "mimic", "a", "minor", "viral", "illness", ".", "Patients", "may", "present", "with", "tachycardia", ",", "tachypnoea", ",", "chills", ",", "malaise", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "abdominal", "pain", ",", "diarrhoea", ",", "micturition", "or", "respiratory", "symptoms", ".", "Haematological", "manifestations", "are", "frequent", ",", "with", "thrombopenia", "being", "detected", "in", "62-83", "%", "and", "anaemia", "in", "41", "%", "of", "cases2", ".", "However", ",", "anaemia", "can", "have", "a", "multifactorial", "cause", "due", "to", "gestation", "and", "deficiencies", "of", "iron", "and", "other", "nutrients", ",", "as", "well", "as", "helminth", "infections", ".", "With", "regard", "to", "the", "study", "of", "febrile", "syndrome", "on", "return", "from", "the", "tropics", ",", "it", "is", "essential", "to", "record", "in", "the", "clinical", "history", "the", "exposures", "and", "risk", "activities", "that", "may", "be", "associated", "with", "potential", "infections", ".", "In", "our", "case", ",", "our", "patient", "did", "not", "report", "having", "bathed", "in", "freshwater", "areas", "(", "rivers", ",", "lakes", ",", "etc", ".", ")", "in", "Equatorial", "Guinea", ",", "making", "schistosomiasis", "(", "Katayama", "fever", ")", "and", "leptospirosis", "less", "likely", ".", "He", "denied", "having", "had", "risky", "sexual", "contacts", "leading", "to", "acute", "HIV", "infection", ",", "or", "to", "the", "transmission", "of", "other", "STDs", ".", "Nor", "had", "she", "consumed", "unsanitised", "dairy", "products", ",", "which", "would", "lead", "us", "to", "suspect", "brucellosis", "fever", ".", "He", "had", "not", "presented", "exanthema", "(", "suggestive", "of", "Borrelia", "spp", "infection", ")", ",", "skin", "rash", "or", "haemorrhagic", "manifestations", ".", "Nevertheless", ",", "in", "patients", "from", "the", "tropics", ",", "infections", "caused", "by", "arboviruses", ",", "such", "as", "Dengue", ",", "transmitted", "by", "the", "bite", "of", "the", "Aedes", "mosquito", ",", "endemic", "in", "Central", "and", "South", "America", ",", "should", "be", "studied", ".", "Incubation", "time", "is", "4", "to", "7", "days", "(", "with", "a", "range", "of", "3", "to", "10", "days", ")", ".", "The", "infection", "has", "an", "initial", "course", "with", "biphasic", "fever", ",", "headache", ",", "severe", "myalgia", "and", "macular", "or", "papulomacular", "rash", "present", "in", "up", "to", "half", "of", "the", "cases", ".", "Occasionally", ",", "it", "progresses", "to", "a", "life-threatening", "condition", "(", "severe", "or", "haemorrhagic", "dengue", ")", ".", "Diagnosis", "is", "usually", "made", "retrospectively", "by", "serology", "or", "in", "the", "first", "few", "days", "by", "PCR", ".", "In", "recent", "years", ",", "Chikungunya", "virus", "infection", ",", "also", "caused", "by", "arboviruses", ",", "has", "gained", "importance", ",", "endemic", "in", "Africa", "and", "with", "outbreaks", "in", "Asia", ",", "Europe", ",", "islands", "in", "the", "Indian", "and", "Pacific", "Oceans", ",", "and", "in", "the", "Americas", ".", "It", "is", "transmitted", "by", "the", "bite", "of", "the", "Aedes", "mosquito", "with", "an", "incubation", "period", "of", "1", "to", "14", "days", ".", "It", "is", "characterised", "by", "the", "presence", "of", "fever", ",", "polyarthralgias", "and", "arthritis", "and", "skin", "manifestations", "(", "macular", "rash", ")", "in", "up", "to", "40-75", "%", "of", "patients", ".", "Diagnosis", "is", "made", "by", "virus", "PCR", "or", "serology", ".", "In", "any", "fever", "of", "unknown", "origin", ",", "arthropod-borne", "Rickettsiosis", "must", "be", "ruled", "out", ".", "Symptoms", "usually", "appear", "within", "two", "weeks", "and", "are", "characterised", "by", "high", "fever", "lasting", "2-3", "weeks", ",", "headache", ",", "intense", "myalgia", ",", "chills", "and", "rash", "on", "the", "limbs", ",", "affecting", "palms", "and", "soles", "and", "spreading", "rapidly", "to", "the", "trunk", ",", "although", "it", "may", "also", "be", "absent", ".", "Other", "manifestations", "include", "hepatomegaly", "or", "splenomegaly", ",", "thrombopenia", "and", "disseminated", "intravascular", "coagulation", ".", "If", "we", "study", "the", "cases", "of", "fever", "in", "travellers", "returning", "from", "the", "tropics", ",", "11", "%", "of", "them", "present", "symptoms", "of", "respiratory", "infection", ",", "which", "could", "be", "initially", "ruled", "out", "in", "our", "case", "given", "the", "absence", "of", "symptoms", ".", "The", "most", "frequent", "causes", "are", "viral", "upper", "respiratory", "tract", "infections", ",", "bronchitis", ",", "viral", "and", "bacterial", "pneumonias", ".", "Among", "the", "latter", ",", "there", "are", "a", "greater", "number", "of", "atypical", "aetiologies", ".", "Other", "aetiologies", "such", "as", "histoplasmosis", ",", "viral", "hepatitis", "and", "meningitis", "could", "be", "ruled", "out", ",", "remembering", "that", "the", "patient", "did", "not", "report", "activities", "in", "caves", "or", "ruins", ",", "which", "is", "the", "most", "common", "form", "of", "inhalation", "of", "spores", ",", "her", "liver", "profile", "in", "the", "analysis", "was", "normal", "and", "there", "was", "no", "evidence", "of", "neurological", "symptoms", "or", "meningeal", "signs", "in", "the", "examination", ".", "In", "contrast", ",", "gastrointestinal", "and", "urinary", "tract", "infections", "should", "be", "taken", "into", "account", ",", "as", "these", "were", "the", "guiding", "symptoms", ".", "Enteric", "fever", "is", "an", "infectious", "disease", "caused", "by", "Salmonella", "enterica", "serotype", "Typhi", "and", "Salmonella", "enterica", "serotype", "Paratyphi", "A", ".", "B", ".", "C", ".", "To", "be", "taken", "into", "account", "as", "its", "mechanism", "of", "transmission", "is", "faecal-oral", "through", "contaminated", "food", "and", "water", ",", "with", "a", "high", "prevalence", "in", "endemic", "areas", "(", "more", "than", "100", "cases", "per", "100", ",", "000", "inhabitants", "/", "year", ")", ".", "It", "most", "commonly", "affects", "children", "and", "young", "adults", ".", "The", "incubation", "period", "is", "usually", "6", "to", "30", "days", "and", "the", "onset", "is", "insidious", ".", "The", "predominant", "symptoms", "are", "fever", ",", "headache", ",", "abdominal", "pain", ",", "diarrhoea", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "chills", ".", "However", ",", "there", "are", "classic", "symptoms", "such", "as", "bradycardia", "and", "dicrotic", "pulse", "and", "pinkish", "spots", "on", "the", "trunk", "and", "abdomen", "that", "are", "not", "present", "in", "our", "patient", ",", "as", "well", "as", "hepatosplenomegaly", "and", "altered", "transaminases", ".", "Blood", "cultures", "are", "positive", "in", "50-70", "%", "of", "cases", ".", "Currently", ",", "there", "are", "two", "vaccines", "(", "oral", "and", "parenteral", ")", "with", "64-95", "%", "effectiveness", ".", "Evolution", "With", "the", "above", "clinical", ",", "epidemiological", "and", "analytical", "data", ",", "the", "following", "tests", "are", "carried", "out", "in", "parallel", ":", "-", "Rapid", "malaria", "diagnostic", "test", "(", "panmalarial", "and", "P", ".", "falciparum", "antigens", ")", ":", "positive", ".", "-", "Thick", "blood", "drop", ":", "P", ".", "falciparum", "with", "parasitaemia", "level", "between", "8-10", "%", ".", "-", "Urine", "and", "blood", "cultures", "were", "also", "requested", "without", "isolation", "of", "microorganisms", ".", "-", "Serology", ":", "Negative", "for", "lue", "(", "CLIA", ")", ";", "negative", "for", "CMV", "IgM", ",", "positive", "for", "CMV", "IgG", ";", "negative", "for", "HIV", "(", "ELISA", ")", ";", "negative", "for", "Parvovirus", "B19", "IgM", ",", "negative", "for", "Parvovirus", "B19", "IgG", ";", "positive", "for", "HAV", "IgG", ";", "negative", "for", "HAV", "IgM", ";", "HBV", "anti-HBs", "'", "1000", "mIU", "/", "ml", ",", "positive", "for", "HBc", ",", "negative", "for", "HBs", "Ag", ";", "negative", "for", "HCV", ";", "negative", "for", "rubella", "IgG", ",", "negative", "for", "rubella", "IgM", ";", "negative", "for", "Toxoplasma", "IgG", "and", "IgM", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "with", "a", "diagnosis", "of", "P", ".", "falciparum", "malaria", "with", "severity", "criteria", ",", "and", "intravenous", "(", "IV", ")", "treatment", "with", "artesunate", "(", "5", "doses", "of", "2", ".", "4", "mg", "/", "kg", "at", "0", ",", "12", ",", "24", ",", "48", "and", "72", "hours", ")", "with", "daily", "monitoring", "of", "parasitaemia", ".", "At", "24", "hours", "parasitaemia", "was", "0", ".", "5", "%", "(", "undetectable", "at", "48", "hours", ")", ".", "Subsequently", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", "where", "he", "completed", "sequential", "treatment", "with", "3", "tablets", "of", "oral", "Eurartesim", "®", "for", "3", "days", "(", "120", "mg", "/", "day", "of", "piperaquine", "+", "960", "mg", "of", "dihydroartemisinin", ")", ".", "Final", "diagnosis", "Plasmodium", "falciparum", "malaria", "with", "severity", "criteria", "(", "parasitaemia", "greater", "than", "5", "%", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 276, "end": 283 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 61, "end": 68 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1393, "end": 1400 }, { "text": "Friends", "label": "HUMAN", "start": 1370, "end": 1377 }, { "text": "Relatives", "label": "HUMAN", "start": 1382, "end": 1391 }, { "text": "Borrelia spp", "label": "SPECIES", "start": 3470, "end": 3482 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3272, "end": 3275 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 2190, "end": 2198 }, { "text": "helminth", "label": "SPECIES", "start": 2795, "end": 2803 }, { "text": "travellers", "label": "HUMAN", "start": 1894, "end": 1904 }, { "text": "travellers", "label": "HUMAN", "start": 2276, "end": 2286 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 1946, "end": 1953 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 2134, "end": 2141 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 2221, "end": 2228 }, { "text": "risky sexual contacts", "label": "HUMAN", "start": 3233, "end": 3254 }, { "text": "Aedes mosquito", "label": "SPECIES", "start": 4381, "end": 4395 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4573, "end": 4581 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4159, "end": 4164 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4604, "end": 4609 }, { "text": "Chikungunya virus", "label": "SPECIES", "start": 4147, "end": 4164 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 4659, "end": 4668 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5360, "end": 5365 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5504, "end": 5509 }, { "text": "travellers", "label": "HUMAN", "start": 5105, "end": 5115 }, { "text": "Salmonella enterica serotype Typhi", "label": "SPECIES", "start": 5993, "end": 6027 }, { "text": "Salmonella enterica serotype Paratyphi A", "label": "SPECIES", "start": 6032, "end": 6072 }, { "text": "young adults", "label": "HUMAN", "start": 6318, "end": 6330 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 6305, "end": 6313 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6654, "end": 6661 }, { "text": "Salmonella enterica serotype Paratyphi A.B", "label": "SPECIES", "start": 6032, "end": 6074 }, { "text": "vaccines", "label": "SPECIES", "start": 6793, "end": 6801 }, { "text": "Salmonella enterica serotype Paratyphi A.B.C", "label": "SPECIES", "start": 6032, "end": 6076 }, { "text": "inhabitants", "label": "HUMAN", "start": 6261, "end": 6272 }, { "text": "P. falciparum", "label": "SPECIES", "start": 7022, "end": 7035 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 6981, "end": 6988 }, { "text": "panmalarial", "label": "SPECIES", "start": 7006, "end": 7017 }, { "text": "parasitaemia", "label": "SPECIES", "start": 7096, "end": 7108 }, { "text": "P. falciparum", "label": "SPECIES", "start": 7077, "end": 7090 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 7198, "end": 7212 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 7264, "end": 7267 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 7286, "end": 7289 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 7440, "end": 7443 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 7490, "end": 7493 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 7581, "end": 7591 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 7400, "end": 7403 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 7422, "end": 7425 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 7431, "end": 7434 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 7511, "end": 7514 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7308, "end": 7311 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 8165, "end": 8172 } ]

[ "History", ",", "current", "illness", "and", "physical", "examination", "A", "61-year-old", "woman", ",", "with", "no", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "relevant", "medical", "history", ",", "attended", "her", "health", "centre", "for", "oppressive", "chest", "pain", "radiating", "to", "the", "back", ",", "associated", "with", "palpitations", "and", "dyspnoea", ",", "of", "one", "hour", "'", "s", "duration", ".", "On", "arrival", ",", "he", "appeared", "to", "be", "in", "poor", "general", "condition", "with", "a", "heart", "rate", "of", "around", "250", "bpm", "and", "hypotension", ".", "An", "electrocardiogram", "was", "performed", "(", "figure", "1", ")", ",", "after", "which", "it", "was", "decided", "to", "call", "the", "emergency", "services", "and", "administer", "300", "mg", "of", "intravenous", "amiodarone", ".", "On", "arrival", "of", "the", "mobile", "ICU", ",", "the", "patient", "remained", "symptomatic", "and", "cardioversion", "had", "not", "been", "achieved", ".", "Given", "the", "presence", "of", "a", "tachyarrhythmia", "that", "was", "interpreted", "as", "ventricular", "tachycardia", ",", "poorly", "tolerated", "haemodynamically", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "electrical", "cardioversion", ".", "After", "sedation", ",", "cardioversion", "was", "performed", "with", "three", "shocks", "(", "200-300-360", "joules", ")", "without", "success", ",", "after", "which", "he", "was", "transferred", "urgently", "to", "his", "hospital", "of", "reference", ".", "Further", "tests", "Analysis", ":", "haemogram", ":", "haemoglobin", "11", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "36", "%", ",", "leucocytes", "9", ",", "000", "/", "uL", ",", "platelets", "183", ",", "000", "/", "uL", ".", "Coagulation", "normal", ".", "Blood", "glucose", "225", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "2", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "138", "mmol", "/", "litre", ",", "potassium", "4", ".", "1", "mmol", "/", "litre", ",", "magnesium", "1", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "lactate", "2", ".", "4", "mmol", "/", "litre", ",", "calcium", "8", ".", "3", "mmol", "/", "litre", "and", "troponin", "T", "130", "pg", "/", "ml", ".", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "16", ",", "pCO2", "54", ",", "HCO3", "19", ",", "BE", "-", "9", ".", "7", ".", "ʟʟ", "ECG", "Clinical", "evolution", "Admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "where", "treatment", "with", "intravenous", "lidocaine", "was", "started", ",", "achieving", "cardioversion", "with", "improvement", "in", "blood", "pressure", ".", "Once", "in", "sinus", "rhythm", ",", "the", "electrocardiogram", "showed", "a", "generalised", "decrease", "in", "the", "ST", "segment", "with", "an", "increase", "in", "aVR", ",", "so", "she", "contacted", "the", "cardiac", "critical", "care", "unit", "of", "our", "centre", "and", "was", "transferred", "for", "study", ".", "On", "arrival", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "On", "questioning", ",", "she", "denied", "previous", "episodes", "of", "chest", "pain", "or", "palpitations", "despite", "walking", "several", "kilometres", "daily", ".", "The", "baseline", "electrocardiogram", "showed", "pre-excitation", ".", "An", "echocardiogram", "was", "performed", "showing", "Ebstein", "'", "s", "anomaly", "with", "lateral", "leaflet", "of", "the", "tricuspid", "valve", "with", "low", "implantation", "(", "1", ".", "4", "cm", "from", "the", "mitral", "valve", ")", "not", "previously", "known", ".", "The", "right", "ventricle", "was", "slightly", "dilated", "with", "slightly", "depressed", "systolic", "function", "and", "moderate-severe", "tricuspid", "insufficiency", ".", "The", "tachycardia", "record", "was", "reviewed", "with", "the", "electrophysiology", "service", "and", ",", "given", "the", "suspicion", "that", "the", "patient", "had", "supraventricular", "tachycardia", ",", "probably", "pre-excited", "atrial", "fibrillation", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "electrophysiological", "study", "and", "ablation", ".", "The", "study", "detected", "three", "accessory", "pathways", ":", "right", "posteroseptal", ",", "left", "posteroseptal", "and", "right", "inferolateral", ",", "and", "these", "were", "effectively", "ablated", ".", "As", "a", "complication", ",", "she", "presented", "mild", "pericardial", "effusion", "which", "remained", "unchanged", "during", "her", "evolution", "on", "the", "ward", ",", "and", "she", "was", "discharged", "asymptomatic", "with", "outpatient", "monitoring", ".", "Diagnosis", "ʟʟ", "Wolff", "Parkinson", "White", "Syndrome", "ʟʟʟ", "Ebstein", "'", "s", "anomaly", "ʟʟʟ", "Severe", "tricuspid", "insufficiency" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 69 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 576, "end": 583 }, { "text": "critical", "label": "SPECIES", "start": 1703, "end": 1711 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1783, "end": 1790 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2419, "end": 2426 } ]

[ "A", "43-year-old", "male", "patient", "from", "Romania", "who", "has", "been", "living", "in", "our", "country", "for", "several", "years", ",", "despite", "the", "fact", "that", "he", "has", "a", "significant", "language", "barrier", "and", "lives", "in", "a", "precarious", "social", "situation", "(", "destitution", ")", ".", "His", "personal", "history", "includes", "being", "an", "active", "smoker", "and", "a", "chronic", "alcoholic", "habit", ".", "He", "does", "not", "receive", "regular", "treatment", "and", "reports", "no", "adverse", "reactions", "to", "medication", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "tuberculosis", "(", "TB", ")", "and", "no", "history", "of", "vaccination", "or", "treatment", "for", "TB", ".", "He", "had", "not", "undergone", "any", "surgical", "intervention", "until", "8", "months", "ago", "when", "he", "suffered", "an", "accidental", "fall", "from", "a", "height", "of", "3", "metres", "onto", "his", "right", "foot", "with", "an", "associated", "closed", "fracture", "of", "the", "tibial", "pylon", "and", "fibula", ",", "as", "well", "as", "a", "cranial", "trauma", "with", "minimal", "subarachnoid", "haemorrhage", "and", "a", "fracture", "of", "the", "8th", "rib", "and", "small", "left", "apical", "pneumothorax", "in", "the", "thorax", ".", "Radiographic", "condensation", "was", "also", "observed", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "which", "was", "interpreted", "as", "aspiration", "pneumonia", "in", "this", "context", ".", "The", "fracture", "was", "reduced", "with", "osteosynthesis", "material", "(", "OSM", ")", ":", "plates", "on", "the", "tibia", "and", "fibula", "with", "8", "cortico-cancellous", "screws", "in", "both", "the", "fibula", "and", "tibia", ".", "She", "now", "consults", "for", "swelling", "of", "the", "right", "ankle", "with", "pain", ",", "erythema", "and", "fluctuating", "oedema", "with", "fistulisation", "in", "the", "pretibial", "region", ".", "She", "had", "started", "antibiotic", "treatment", "with", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "and", "ciprofloxacin", "on", "an", "outpatient", "basis", "due", "to", "suspicion", "of", "infection", "at", "that", "level", "without", "improvement", ".", "In", "the", "anamnesis", "conducted", "by", "apparatus", "and", "systems", ",", "she", "denied", "any", "other", "associated", "clinical", "manifestations", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "eupneic", "and", "afebrile", ",", "in", "acceptable", "general", "condition", "with", "good", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "60", "mmHg", ",", "heart", "rate", "65", "bpm", "and", "baseline", "oxygen", "saturation", "97", "%", ".", "Weight", ":", "75", "kg", ".", "There", "was", "no", "oropharyngeal", "thrush", "and", "no", "peripheral", "lymphadenopathies", "were", "palpable", ".", "Cardiac", "and", "respiratory", "auscultation", "was", "normal", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "to", "palpation", ",", "non-painful", ",", "without", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Oedematisation", "of", "the", "right", "ankle", "with", "the", "previously", "mentioned", "findings", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Peripheral", "pulses", "were", "symmetrical", ".", "The", "neurological", "examination", "was", "normal", ".", "Initial", "complementary", "tests", "were", ":", "CBC", "with", "thrombocytosis", "(", "542", ",", "000", "/", "mm3", ")", ",", "haemoglobin", ",", "MCV", ",", "leukocyte", "count", "and", "formula", "were", "normal", ";", "blood", "glucose", "128", "mg", "/", "dL", ",", "C-reactive", "protein", "9", ".", "06", "mg", "/", "dL", ",", "with", "normal", "renal", "function", "and", "ions", ";", "coagulation", "not", "altered", "except", "fibrinogen", "of", "642", "mg", "/", "dL", ";", "anteroposterior", "and", "lateral", "radiography", "of", "the", "right", "leg", "showing", "absence", "of", "consolidation", "of", "fracture", "of", "the", "distal", "epiphysis", "of", "the", "right", "tibia", "with", "heterogeneous", "radiological", "density", "at", "that", "level", ",", "fragmentation", "and", "mobilisation", "of", "at", "least", "3", "cortico-medullary", "screws", "in", "the", "tibia", ";", "and", "postero-posterior", "and", "lateral", "radiography", "of", "the", "right", "leg", "showing", "absence", "of", "consolidation", "of", "fracture", "of", "the", "distal", "epiphysis", "of", "the", "right", "tibia", "with", "heterogeneous", "radiological", "density", "at", "that", "level", ",", "fragmentation", "and", "mobilisation", "of", "at", "least", "3", "cortico-medullary", "screws", "in", "the", "tibia", ";", "and", "posteroanterior", "and", "lateral", "chest", "X-ray", "showing", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "similar", "to", "the", "one", "present", "in", "the", "previous", "study", ".", "Anteroposterior", "and", "lateral", "radiograph", "of", "the", "right", "leg", ":", "Absence", "of", "consolidation", "of", "fracture", "of", "the", "distal", "epiphysis", "of", "the", "tibia", ".", "Detachment", "of", "cortico-medullary", "screws", ".", "Posteroanterior", "chest", "X-ray", ":", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "summary", ",", "this", "is", "a", "patient", "with", "a", "fracture", "of", "the", "tibia", "and", "fibula", "reduced", "with", "OS", "material", "8", "months", "ago", "who", "consulted", "for", "swelling", "of", "the", "right", "ankle", "with", "fistulization", "to", "the", "skin", ".", "The", "X-ray", "shows", "the", "lack", "of", "consolidation", "of", "the", "fracture", "reduced", "with", "OS", "material", ",", "with", "fragmentation", "and", "migration", "of", "some", "elements", ",", "in", "addition", "to", "maintaining", "a", "radiological", "lesion", "in", "the", "right", "pulmonary", "apex", "throughout", "this", "process", "which", "has", "not", "changed", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevation", "of", "some", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", ",", "platelets", ",", "fibrinogen", ")", ".", "The", "anamnesis", "highlights", "his", "country", "of", "origin", "(", "Romania", ")", "and", "the", "epidemiological", "history", "of", "living", "in", "poor", "sanitary", "conditions", "as", "well", "as", "chronic", "consumption", "of", "toxic", "substances", "(", "tobacco", "and", "alcohol", ")", ".", "Therefore", "the", "differential", "diagnosis", "is", "centred", "around", "a", "pseudarthrosis", "(", "absence", "/", "delay", "of", "consolidation", "6-8", "months", "after", "reduction", "with", "MOS", ")", "whose", "risk", "factors", "are", "directly", "related", "to", "age", ",", "to", "certain", "systemic", "diseases", "(", "TB", ",", "syphilis", ",", "diabetes", ",", "hypothyrodism", ",", "osteopenia", ")", ",", "to", "local", "factors", "specific", "to", "the", "fracture", "(", "location", ",", "type", ",", "open", "/", "closed", ")", ",", "as", "well", "as", "to", "the", "treatment", "carried", "out", "on", "the", "fracture", "(", "failure", "in", "the", "reduction", ",", "immobilisation", ")", ".", "The", "patient", "was", "young", "and", "reported", "no", "constitutional", "symptoms", ",", "although", "he", "had", "risk", "factors", "for", "tuberculosis", "infection", "(", "country", "of", "origin", "of", "intermediate", "prevalence", ",", "alcoholism", ",", "destitution", ")", ",", "he", "was", "at", "risk", "of", "osteopenia", "due", "to", "the", "fact", "that", "he", "was", "a", "smoker", ",", "and", "his", "glycaemic", "and", "thyroid", "profiles", "were", "normal", ".", "The", "acute", "or", "subacute", "appearance", "of", "inflammatory", "symptoms", "after", "a", "paucisymptomatic", "post-reduction", "interval", ",", "accompanied", "by", "pain", "and", "purulent", "drainage", "to", "the", "skin", ",", "probably", "communicating", "with", "the", "implanted", "material", ",", "suggests", "the", "presence", "of", "osteomyelitis", "of", "the", "fracture", "with", "associated", "infection", "of", "the", "OS", "material", "as", "the", "first", "diagnostic", "suspicion", "and", "cause", "of", "non-union", ".", "However", ",", "we", "should", "not", "rule", "out", "other", "much", "less", "probable", "aetiologies", "for", "two", "reasons", ":", "1", ".", "Osteomyelitis", "is", "considered", "to", "be", "a", "great", "simulator", "since", "radiologically", "it", "can", "show", "a", "variable", "appearance", ",", "present", "in", "any", "location", ",", "etc", ".", "2", ".", "The", "existence", "of", "a", "chronic", "lung", "lesion", "of", "uncertain", "origin", ".", "Therefore", ",", "other", "possible", "aetiologies", "should", "be", "considered", "in", "the", "background", ":", "-", "Tumour", "(", "primary", "bone", ",", "plasmacytoma", ",", "metastatic", "with", "pulmonary", "primary", ")", ".", "-", "TB", "(", "apical", "pulmonary", "infiltrate", "that", "has", "not", "changed", "in", "the", "last", "8", "months", "and", "is", "asymptomatic", "and", "could", "correspond", "to", "a", "residual", "TB", "lesion", "or", "active", "TB", ")", ".", "-", "Mycosis", "(", "we", "do", "not", "know", "if", "the", "patient", "has", "any", "added", "acquired", "immunosuppression", "factor", ":", "HIV", "infection", ",", "neoplasia", ",", "etc", ".", ")", ".", "-", "Others", ":", "eosinophilic", "granuloma", ",", "sarcoidosis", ",", "histiocytoma", ".", ".", ".", "Our", "diagnostic", "hypothesis", "focused", ",", "on", "the", "one", "hand", ",", "on", "a", "tibial", "infection", "associated", "with", "OS", "material", "and", ",", "on", "the", "other", ",", "on", "pulmonary", "TB", "(", "residual", "or", "active", ")", "as", "an", "associated", "finding", "in", "the", "patient", "'", "s", "study", ".", "Evolution", "With", "the", "initial", "clinical", ",", "epidemiological", "and", "analytical", "data", ",", "and", "given", "the", "main", "suspicion", "of", "infection", "associated", "with", "OS", "material", ",", "with", "a", "chronic", "right", "pulmonary", "apex", "lesion", ",", "a", "sputum", "study", "was", "requested", "with", "Gram", "and", "auramine", "stains", ",", "standard", "and", "Löwestein-Jensen", "cultures", ";", "Mantoux", ";", "and", "serology", "for", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "syphilis", ".", "The", "smear", "microscopy", "showed", "no", "acid", "fast", "bacilli", ",", "the", "Mantoux", "test", "was", "positive", "(", "20", "mm", "induration", "at", "48", "hours", ")", "and", "the", "serology", "was", "negative", ".", "The", "patient", "was", "scheduled", "for", "trauma", "surgery", "with", "complete", "removal", "of", "the", "OS", "material", "from", "the", "fibula", ",", "although", "3", "screws", "remained", "in", "the", "tibia", ",", "the", "removal", "of", "which", "was", "not", "possible", ",", "and", "the", "rest", "were", "successfully", "removed", ".", "The", "focus", "was", "cleaned", "with", "very", "abundant", "lavage", ",", "drainage", "and", "wound", "closure", ";", "intraoperative", "microbiological", "bone", "samples", "were", "taken", "and", "cultured", "in", "the", "usual", "media", "and", "also", "for", "mycobacteria", ",", "following", "the", "recommendation", "given", "by", "Microbiology", ",", "and", "despite", "the", "fact", "that", "this", "aetiological", "possibility", "was", "considered", "remote", ".", "After", "surgery", ",", "parenteral", "cloxacillin", "was", "started", "as", "empirical", "treatment", ".", "Cultures", "isolated", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "auerus", "(", "SAMS", ")", "in", "the", "4", "bone", "samples", ",", "so", "initial", "treatment", "was", "maintained", "and", "later", "changed", "to", "cefazolin", "due", "to", "recurrent", "phlebitis", ".", "He", "was", "discharged", "after", "14", "days", "of", "intravenous", "(", "iv", ")", "treatment", "with", "improvement", "of", "pain", "and", "inflammatory", "semiology", "and", "was", "then", "started", "on", "levofloxacin", "500", "mg", "every", "12", "hours", "orally", "(", "vo", ")", ".", "Rifampicin", "was", "not", "associated", "with", "the", "treatment", ",", "pending", "receipt", "of", "the", "microbiological", "results", "for", "mycobacteria", "in", "order", "to", "rule", "out", "or", "confirm", "the", "coexistence", "of", "pulmonary", "TB", ",", "thus", "avoiding", "possible", "monotherapy", "with", "the", "latter", ".", "The", "first", "check-up", "in", "the", "Infectious", "Diseases", "department", "after", "discharge", "had", "to", "be", "brought", "forward", "due", "to", "the", "unexpected", "presence", "of", "positive", "smears", "in", "the", "bone", "samples", ".", "At", "the", "time", ",", "the", "results", "of", "the", "cultures", "for", "mycobacteria", ",", "which", "had", "grown", "in", "both", "respiratory", "and", "bone", "samples", ",", "were", "already", "available", "and", "were", "identified", "as", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", ",", "so", "anti-tuberculosis", "treatment", "was", "started", "with", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "(", "RHZE", ")", "adjusted", "to", "weight", "(", "600", "/", "300", "/", "1", ",", "600", "/", "1", ",", "400", "mg", "per", "day", ")", ",", "and", "levofloxacin", "was", "maintained", "at", "the", "aforementioned", "dose", ".", "Genotypic", "studies", "showed", "no", "resistance", "to", "R", "(", "rpoB", "gene", "mutations", ")", "and", "H", "(", "katG", "and", "inhA", ")", "in", "bone", "samples", ".", "At", "present", "the", "antibiogram", "is", "pending", "and", "the", "patient", "continues", "on", "the", "same", "treatment", "(", "first", "two", "months", ")", ".", "The", "appearance", "of", "the", "right", "leg", "is", "good", ",", "with", "slight", "swelling", "but", "no", "other", "associated", "inflammatory", "signs", "and", "a", "favourable", "radiological", "evolution", ".", "No", "side", "effects", "from", "the", "treatment", "have", "been", "observed", ".", "Final", "diagnosis", "Disseminated", "tuberculosis", ":", "-", "Non-bacillary", "pulmonary", "tuberculosis", ".", "-", "Bone", "tuberculosis", "associated", "with", "osteosynthesis", "material", "in", "the", "right", "tibia", ".", "Associated", "co-infection", "with", "S", ".", "aureus", "MS", ".", "Incomplete", "surgical", "treatment", "with", "partial", "removal", "of", "the", "material", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 217, "end": 225 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 440, "end": 451 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3479, "end": 3486 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 4175, "end": 4182 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4645, "end": 4652 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4420, "end": 4428 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6016, "end": 6019 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7900, "end": 7912 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 8359, "end": 8393 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 8245, "end": 8257 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8765, "end": 8772 } ]

[ "Scope", "of", "the", "case", "We", "present", "a", "clinical", "case", "about", "the", "outpatient", "management", "of", "a", "patient", "with", "heart", "failure", ",", "in", "which", "specialists", "in", "Family", "and", "Community", "Medicine", "participate", ",", "avoiding", "unnecessary", "admission", "to", "the", "patient", ".", "Reason", "for", "consultation", "Decompensated", "heart", "failure", ",", "dyspnoea", "at", "rest", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "76-year-old", "male", ".", "Family", "history", "of", "no", "interest", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Ex-smoker", "with", "onset", "in", "youth", "and", "until", "13", "years", "ago", ",", "10", "cigarettes", "a", "day", "(", "ICAT", "23", "packs", "/", "year", ")", ".", "Dyspnoea", "grade", "III", "/", "IV", "mMRC", "(", "not", "assessed", "by", "Pneumology", ")", ".", "AHT", "and", "type", "2", "DM", "on", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "with", "target", "organ", "involvement", "(", "retinopathy", "and", "stage", "3", "renal", "failure", "being", "monitored", "by", "Nephrology", ",", "last", "review", "in", "August", "2019", ")", ".", "Chronic", "disorder", "anaemia", ".", "Past", "infection", "with", "Hepatitis", "B", "virus", "(", "positive", "anti-core", "and", "anti-HBs", "antibodies", ")", ".", "Depressive", "syndrome", ".", "The", "patient", "attended", "in", "the", "last", "month", "with", "increased", "demand", ",", "due", "to", "worsening", "of", "his", "depressive", "symptoms", ",", "with", "intense", "asthenia", ",", "which", "the", "patient", "attributed", "to", "his", "depression", ".", "However", ",", "on", "consultation", ",", "the", "patient", "reported", "dyspnoea", "on", "slight", "exertion", ",", "with", "a", "clear", "worsening", "of", "his", "baseline", "dyspnoea", ",", "as", "well", "as", "oedema", "with", "fovea", "in", "both", "lower", "limbs", "from", "the", "distal", "third", "to", "the", "middle", "and", "orthopanea", "on", "three", "pillows", ".", "Physical", "examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "tachypneic", "at", "rest", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Normal", "colour", ".", "Auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "tones", "with", "systolic", "murmurs", "in", "aortic", "focus", "III", "/", "IV", ".", "Good", "vesicular", "murmur", "with", "coarse", "crackles", "from", "the", "base", "to", "the", "middle", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "no", "masses", ",", "no", "megaliths", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Lower", "limbs", ":", "oedema", "with", "pitting", "up", "to", "the", "middle", "third", ".", "Neurological", ":", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "upper", "functions", "preserved", ".", "No", "neurological", "focality", ".", "Complementary", "tests", ":", "BP", ":", "145", "/", "90", "HR", ":", "104", "bpm", ".", "O2", "saturation", ":", "98", "%", "A", "/", "A", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "72", "bpm", ",", "left", "axis", ",", "PR", "without", "alterations", ",", "narrow", "QRS", "with", "signs", "of", "left", "ventricular", "hypertrophy", ".", "No", "acute", "ischaemic", "alterations", "Chest", "X-ray", ":", "well", "inspired", ",", "with", "cardiothoracic", "index", "within", "upper", "limits", ",", "without", "increased", "density", ",", "with", "costophrenic", "sinus", "impingement", "and", "bilateral", "pleural", "effusion", "with", "signs", "of", "cardiac", "congestion", ".", "Post-treatment", "chest", "X-ray", ":", "well", "inspired", ",", "with", "cardiothoracic", "index", "within", "upper", "limits", ",", "no", "increase", "in", "density", ",", "and", "preserved", "costophrenic", "sinuses", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Patient", "aged", "73", "years", ",", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ",", "manages", "money", "and", "medication", ",", "upper", "functions", "preserved", "and", "Barthel", "75", "points", ",", "with", "good", "family", "support", ".", "High", "socio-economic", "level", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "After", "evaluation", "of", "the", "examination", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "urgent", "chest", "X-ray", "and", "urgent", "analysis", "for", "the", "following", "morning", ",", "once", "the", "pleural", "effusion", "was", "visualised", ",", "and", "the", "results", "of", "the", "analysis", "with", "atrial", "natriuretic", "pro", "peptide", ",", "it", "was", "decided", "to", "increase", "the", "Furosemide", "40", "mg", "orally", ",", "from", "1", "to", "2", "and", "a", "half", "tablets", "a", "day", ",", "and", "to", "return", "to", "the", "clinic", "after", "3", "days", "for", "re-evaluation", ".", "After", "three", "days", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "clinic", ",", "with", "a", "clear", "reduction", "in", "oedema", "in", "both", "lower", "limbs", ".", "An", "urgent", "control", "X-ray", "was", "ordered", ".", "The", "X-ray", "showed", "great", "clinical", "improvement", "in", "the", "patient", ",", "without", "visualisation", "of", "pleural", "effusion", ",", "as", "well", "as", "the", "patient", "'", "s", "dyspnoea", ".", "After", "re-evaluating", "the", "patient", ",", "the", "dose", "of", "furosemide", "was", "gradually", "reduced", ",", "explaining", "to", "the", "patient", "the", "need", "for", "correct", "adherence", "to", "the", "treatment", ",", "as", "well", "as", "hygiene", "and", "dietary", "measures", "and", "daily", "weighing", ".", "After", "10", "days", "of", "intensive", "depletive", "treatment", ",", "we", "saw", "the", "patient", "again", "and", "observed", "complete", "resolution", "of", "the", "symptoms", ",", "with", "total", "disappearance", "of", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "as", "well", "as", "good", "pulmonary", "auscultation", "and", "no", "visualisation", "of", "pleural", "effusion", ".", "Months", "later", ",", "the", "patient", "presented", "good", "control", "of", "his", "chronic", "pathologies", "in", "consultation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 134, "end": 140 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 82, "end": 89 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 222 }, { "text": "specialists in Family and Community Medicine", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 163 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 393, "end": 399 }, { "text": "Hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 833, "end": 850 }, { "text": "anti-HBs", "label": "SPECIES", "start": 875, "end": 883 }, { "text": "anti-core", "label": "SPECIES", "start": 861, "end": 870 }, { "text": "youth", "label": "HUMAN", "start": 473, "end": 478 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 387, "end": 391 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 922, "end": 929 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1058, "end": 1065 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1126, "end": 1133 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2447, "end": 2453 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2639, "end": 2645 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 2477, "end": 2484 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3128, "end": 3135 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3302, "end": 3309 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3369, "end": 3376 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3413, "end": 3420 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3486, "end": 3493 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3662, "end": 3669 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3880, "end": 3887 } ]

[ "This", "is", "an", "8-year-old", "male", "schoolboy", ",", "originally", "from", "and", "resident", "of", "Mexico", "City", ",", "Mexico", ",", "who", "presents", "with", "a", "dermatosis", "located", "on", "the", "right", "thoracic", "limb", "affecting", "the", "hand", "and", "the", "centre", "of", "the", "palm", ",", "unilateral", ",", "asymmetrical", ",", "consisting", "of", "a", "circular", "hyperchromic", "plaque", ",", "with", "fine", "and", "oily", "scales", "on", "its", "surface", ",", "with", "irregular", "limits", "of", "3", "cm", "dm", ",", "dark", "grey", "in", "colour", ",", "with", "a", "chronic", "and", "asymptomatic", "evolution", ".", "On", "interrogation", ",", "he", "reported", "having", "started", "his", "condition", "6", "months", "ago", ",", "after", "a", "trip", "to", "the", "port", "of", "Acapulco", ",", "Guerrero", ",", "with", "a", "dark", "spot", "that", "has", "been", "growing", ".", "The", "rest", "of", "the", "skin", "and", "adnexa", "are", "free", "of", "pathological", "findings", ".", "She", "denies", "other", "important", "antecedents", ".", "With", "the", "clinical", "diagnosis", "of", "tinea", "nigra", "palmaris", ",", "she", "was", "sent", "to", "the", "Mycology", "Service", "where", "direct", "examination", "of", "the", "scales", "with", "10", "%", "KOH", "(", "potassium", "hydroxide", ")", "showed", "thick", ",", "septate", ",", "branched", ",", "olivaceous", "hyphae", ",", "some", "with", "hyaline", "endings", ";", "and", "the", "Sabouraud", "culture", "showed", "black", "colonies", "with", "a", "waxy", "appearance", ".", "Direct", "mycological", "examination", "showed", "septate", ",", "branched", ",", "olivaceous", "hyphae", ",", "some", "with", "hyaline", "endings", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "tinea", "nigra", "palmaris", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "20", "%", "urea", "and", "isoconazole", "cream", "once", "daily", ".", "The", "dermatosis", "resolved", "within", "two", "weeks", ".", "The", "clinical", "diagnosis", "of", "tinea", "nigra", "palmaris", "in", "our", "patient", "was", "suspected", "due", "to", "the", "typical", "arrangement", "of", "a", "black", "spot", "on", "the", "palm", "and", "the", "recent", "trip", "to", "the", "Pacific", "coast", "of", "our", "country", ",", "as", "this", "dematiaceous", "fungus", "is", "common", "to", "develop", "in", "these", "areas", ".", "The", "causal", "agent", "is", "Cladosporium", "werneckii", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "black colonies", "label": "SPECIES", "start": 960, "end": 974 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 892, "end": 898 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 1067, "end": 1073 }, { "text": "male schoolboy", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 36 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 1006, "end": 1017 }, { "text": "Mycology", "label": "SPECIES", "start": 757, "end": 765 }, { "text": "dematiaceous fungus", "label": "SPECIES", "start": 1466, "end": 1485 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1320, "end": 1327 }, { "text": "Cladosporium werneckii", "label": "SPECIES", "start": 1543, "end": 1565 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Management", "of", "a", "family", "member", "with", "total", "dependency", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "A", "51", "year", "old", "male", "patient", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", "came", "to", "the", "clinic", "to", "renew", "his", "wife", "'", "s", "medication", ".", "We", "reviewed", "the", "patient", "'", "s", "previous", "analyses", "and", "ascertained", "that", "he", "had", "leukocytosis", "with", "a", "left", "shift", "in", "two", "previous", "analyses", "and", "we", "indicated", "that", "he", "should", "repeat", "the", "analyses", ".", "The", "patient", "is", "completely", "asymptomatic", "at", "the", "present", "time", ".", "No", "B", "symptoms", "are", "present", ".", "In", "the", "last", "year", "he", "has", "had", "two", "episodes", "of", "gouty", "arthritis", "in", "the", "first", "phalanx", "of", "the", "right", "foot", "that", "have", "resolved", "with", "NSAIDs", "and", "colchicine", ".", "In", "September", "2015", "she", "had", "a", "haemogram", "with", "16650", "/", "μL", "leukocytes", "at", "the", "expense", "of", "neutrophils", "(", "13020", "/", "μL", ")", ",", "in", "March", "2016", "they", "dropped", "to", "12160", "/", "μL", "(", "neutrophils", "8950", "/", "μL", ")", ".", "Physical", "examination", ":", "BP", "120", "/", "80", "sat", "98", "%", "aa", "HR", "70", "FR", "16", "Normal", "oral", "cavity", ".", "No", "palpable", "submandibular", "or", "supraclavicular", "lymphadenopathy", ",", "neither", "in", "the", "axillary", "region", "nor", "in", "the", "inguinal", "region", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ",", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "added", "noises", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "Extremities", "normal", "with", "no", "oedema", ".", "Complementary", "tests", "(", "June", "2017", ")", ":", "-", "CBC", ":", "leukocytes", "15555", "/", "μL", "(", "neutrophils", "11150", "/", "μL", "and", "basophils", "3600", "/", "μL", ")", ",", "rest", "of", "normal", "formula", ".", "-", "Biochemistry", ":", "uric", "acid", "8", ",", "LDH", "450", ".", "Rest", "within", "normal", "parameters", ".", "-", "Peripheral", "blood", "smear", ":", "leukocytosis", "with", "deviation", "to", "the", "left", ":", "myelocytes", "3", "%", "metamyelocytes", "5", "%", "keys", "8", "%", "basophilia", "proven", "4", "%", ".", "-", "Serology", "HCV", "negative", ",", "CMV", "negative", ",", "HIV", "negative", ",", "Parvovirus", "B19", "IgG", "positive", ",", "IgM", "negative", ",", "HBsAg", "negative", ",", "anti-HBsAg", "negative", ".", "-", "Antinuclear", "antibody", "negative", "-", "Positive", "extractable", "nuclear", "antigen", "antibody", "-", "Proteinogram", ":", "within", "normal", "values", "Family", "and", "Community", "Approach", "M", "is", "the", "husband", "and", "primary", "caregiver", "of", "another", "patient", "in", "our", "caseload", "aged", "49", "years", "who", "is", "in", "a", "vegetative", "state", "after", "suffering", "a", "severe", "subarachnoid", "haemorrhage", "10", "years", "ago", ".", "M", "is", "completely", "involved", "in", "his", "wife", "'", "s", "care", "and", "always", "comes", "to", "our", "practice", "for", "care", "arrangements", ".", "My", "tutor", "and", "I", "regularly", "come", "to", "assess", "his", "wife", "at", "home", ".", "M", "is", "not", "a", "consultant", "and", ",", "despite", "the", "numerous", "occasions", "on", "which", "we", "have", "seen", "him", "for", "consultations", "regarding", "his", "wife", ",", "he", "hardly", "has", "any", "consultation", "sheets", "open", ".", "His", "daily", "concern", "and", "effort", "is", "in", "the", "impeccable", "care", "of", "his", "wife", ".", "He", "underestimates", "her", "state", "of", "health", "and", "his", "own", "problems", ".", "M", "is", "a", "compliant", "and", "cooperative", "patient", "but", "sometimes", "misses", "blood", "draws", "or", "appointments", "because", "he", "puts", "his", "wife", "'", "s", "care", "before", "his", "own", "health", ".", "It", "is", "extremely", "difficult", "to", "deal", "with", "psychological", "issues", "regarding", "the", "recent", "diagnosis", "of", "his", "illness", "because", "for", "him", "it", "is", "not", "a", "problem", ",", "for", "him", "it", "would", "only", "be", "a", "problem", "if", "something", "were", "to", "happen", "to", "his", "wife", ",", "even", "though", "she", "has", "been", "disconnected", "from", "the", "environment", "for", "years", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "referential", "diagnosis", ")", "Leukocytosis", "with", "sustained", "neutrophilia", "under", "study", ".", "Psychosocial", "problems", "of", "the", "main", "caregiver", "of", "a", "highly", "dependent", "patient", ".", "Action", "plan", "Given", "the", "results", "obtained", "in", "the", "peripheral", "blood", "smear", "and", "the", "sustained", "leukocytosis", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "haematology", "and", "haemotherapy", "department", ".", "Evolution", "The", "haematology", "and", "haemotherapy", "consultation", "completed", "the", "study", "and", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "Philadelphia", "chromosome", "positive", "chronic", "myeloid", "leukaemia", ".", "In", "November", "2017", ",", "treatment", "with", "chemotherapy", "was", "started", ",", "prescribing", "Hydrea", "at", "a", "dose", "of", "1000", "mg", "alternating", "with", "500", "mg", "as", ",", "although", "he", "was", "asymptomatic", ",", "the", "leukocyte", "count", "had", "risen", "to", "46480", "/", "μL", "with", "a", "neutrophilia", "of", "84000", "/", "μL", ",", "and", "thrombocytosis", "of", "404000", "/", "μL", ".", "In", "addition", ",", "allopurinol", "300", "mg", "at", "breakfast", "and", "abundant", "hydration", "were", "prescribed", "due", "to", "hyperuricaemia", "caused", "by", "cell", "lysis", "(", "uric", "acid", "8", ")", ".", "At", "the", "review", "appointment", ",", "the", "leukocyte", "formula", "remained", "at", "similar", "levels", ",", "so", "they", "modified", "the", "treatment", "and", "started", "nilotinib", "300", "mg", "every", "12", "hours", ".", "The", "latter", "treatment", "was", "well", "tolerated", "and", "effective", ".", "The", "patient", "is", "currently", "asymptomatic", "and", "has", "a", "normal", "leukocyte", "count", ":", "leukocytes", "8700", "/", "μL", "neutrophils", "6500", "/", "μL", "and", "platelets", "300000", "/", "μL", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 46 }, { "text": "family member", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 53 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 159, "end": 171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 164, "end": 171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 280, "end": 287 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 449, "end": 456 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1624, "end": 1627 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 1695, "end": 1700 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 1716, "end": 1721 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1613 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1638, "end": 1641 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1652, "end": 1666 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1850, "end": 1856 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 1889, "end": 1896 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1930, "end": 1937 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2546, "end": 2553 }, { "text": "caregiver", "label": "HUMAN", "start": 1909, "end": 1918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3129, "end": 3136 }, { "text": "caregiver", "label": "HUMAN", "start": 3097, "end": 3106 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3244, "end": 3251 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3398, "end": 3405 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4104, "end": 4111 } ]

[ "Male", "patient", "aged", "31", "years", ",", "construction", "worker", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "of", "half", "a", "packet", "/", "day", "for", "5", "years", ",", "not", "a", "heavy", "drinker", ",", "not", "a", "consumer", "of", "other", "toxic", "substances", ".", "No", "significant", "personal", "or", "family", "history", ".", "History", ",", "current", "illness", "and", "physical", "examination", "Previously", "asymptomatic", ",", "he", "presented", "with", "intense", "pain", ",", "coldness", "and", "generalised", "pallor", "in", "the", "left", "hand", "of", "sudden", "onset", "(", "without", "previous", "trauma", ")", "while", "carrying", "out", "his", "daily", "tasks", ",", "for", "which", "he", "consulted", "his", "health", "centre", ".", "As", "no", "radial", "or", "ulnar", "pulse", "was", "found", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "our", "hospital", "where", "he", "was", "assessed", "in", "the", "emergency", "department", "by", "Vascular", "Surgery", ",", "which", "documented", "acute", "occlusion", "of", "the", "humeral", "artery", ",", "which", "led", "to", "an", "urgent", "embolectomy", "without", "incident", ",", "embolic", "material", "was", "sent", "for", "pathological", "anatomy", "and", "a", "cardiological", "assessment", "and", "echocardiography", "were", "requested", ".", "On", "physical", "examination", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "eupneic", "at", "rest", "and", "tolerating", "decubitus", ".", "Afebrile", ",", "BP", "110", "/", "70", ",", "HR", "70xmin", ",", "normal", "cardiopulmonary", "auscultation", ",", "no", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "Embolectomy", "wound", "in", "MSI", "with", "no", "data", "of", "complication", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "completely", "normal", ".", "A", "transthoracic", "echocardiography", "(", "TTE", ")", "was", "performed", "at", "the", "bedside", "showing", "a", "mass", "in", "the", "lateral", "wall", "of", "the", "left", "atrium", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "Cardiology", "for", "further", "study", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "Complete", "blood", "count", ",", "coagulation", "and", "profiles", "with", "no", "data", "of", "note", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "Sinus", "rhythm", "maintained", ",", "no", "repolarisation", "alterations", ",", "conduction", "disorders", "or", "findings", "suggestive", "of", "cavity", "growth", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "Normal", "cardiac", "silhouette", ".", "Absence", "of", "congestive", "pattern", ",", "no", "pleural", "effusion", ".", "No", "space-occupying", "images", "in", "lung", "parenchyma", ".", "-", "Echocardiography", "TT", "/", "TE", "+", "ECO", "3D", ":", "Mass", "of", "40x27", "mm", "occupying", "the", "entire", "left", "atrial", "appendage", ",", "protruding", "out", "of", "it", "towards", "the", "atrium", ",", "with", "irregular", "borders", "with", "some", "areas", "of", "greater", "echogenicity", "suggesting", "fibrosis", "and", "on", "the", "atrial", "surface", "there", "is", "a", "filamentous", "and", "mobile", "extension", "of", "12", "mm", "with", "characteristics", "of", "high", "embolic", "risk", ".", "The", "left", "pulmonary", "veins", "are", "not", "invaded", ",", "with", "normal", "flow", ".", "The", "ADA", "and", "ACX", "are", "seen", "in", "the", "AV", "groove", "below", "the", "atrial", "appendage", ",", "without", "being", "invaded", ".", "Normal", "mitral", "valve", ",", "aortic", "valve", "and", "right", "valves", ".", "Left", "ventricle", "of", "normal", "dimensions", ",", "wall", "thickness", "and", "contractility", ".", "Normal", "right", "chambers", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "-", "Cardiac", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "Tissue", "formation", "in", "the", "left", "atrium", "that", "completely", "occupies", "the", "atrial", "appendage", "and", "extends", "into", "the", "atrial", "cavity", "as", "a", "vegetative", "mass", "with", "well-defined", "contours", ",", "attached", "to", "the", "upper", "and", "lateral", "wall", ".", "It", "measures", "approximately", "4cm", "in", "its", "maximum", "axis", "which", "is", "craniocaudal", ".", "In", "the", "four-chamber", "plane", "it", "measures", "approximately", "34x27mm", ".", "Although", "it", "is", "adjacent", "to", "the", "pulmonary", "ostium", ",", "these", "remain", "patent", ".", "It", "is", "not", "related", "to", "the", "mitral", "valve", "or", "the", "interatrial", "septum", ".", "It", "has", "homogeneous", "and", "intermediate", "signal", "intensity", "in", "all", "sequences", ".", "In", "the", "late", "enhancement", "sequences", ",", "annular", "peripheral", "fine", "enhancement", "is", "found", ",", "which", "can", "be", "observed", "in", "myxomas", ".", "No", "alterations", "in", "thickness", "and", "segmental", "and", "global", "contractility", "or", "alterations", "in", "tissue", "signal", "or", "late", "enhancement", "in", "myocardium", ".", "No", "cardiovascular", "anatomical", "alterations", ".", "Clinical", "evolution", "During", "his", "stay", "on", "the", "hospital", "ward", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "without", "incident", ".", "In", "the", "imaging", "tests", "mentioned", "above", ",", "a", "differential", "diagnosis", "was", "made", "between", "atrial", "myxoma", "of", "atypical", "location", "vs", ".", "thrombus", ".", "In", "the", "pathological", "anatomy", "study", "of", "embolic", "material", ",", "high-grade", "cellular", "atypia", "suggestive", "of", "malignant", "neoplasia", "was", "found", ".", "Cardiac", "surgery", "was", "consulted", "and", "the", "case", "was", "accepted", "for", "resection", "of", "the", "mass", "under", "extracorporeal", "circulation", "and", "the", "procedure", "was", "carried", "out", "without", "complications", ".", "The", "intraoperative", "pathological", "anatomy", "study", "confirmed", "high-grade", "dysplasia", ",", "and", "the", "left", "atrial", "appendage", "was", "resected", "over", "its", "entire", "length", ",", "achieving", "lesion-free", "margins", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", "he", "evolved", "favourably", "without", "incident", "and", "after", "stabilisation", "he", "was", "transferred", "to", "the", "cardiac", "surgery", "ward", ".", "The", "definitive", "pathological", "anatomy", "study", "of", "the", "resected", "mass", "was", "reported", "as", "undifferentiated", "pleomorphic", "sarcoma", ",", "an", "extension", "study", "was", "performed", "with", "thoracoabdominal", "CT", "where", "no", "metastatic", "lesions", "were", "documented", "and", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", "on", "anticoagulation", "and", "to", "carry", "out", "out", "outpatient", "follow-up", "with", "Oncology", ".", "Two", "weeks", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "for", "clinical", "manifestations", "compatible", "with", "embolic", "stroke", "secondary", "to", "tandem", "occlusion", "of", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", "and", "left", "middle", "cerebral", "artery", ".", "He", "was", "successfully", "treated", "by", "mechanical", "thrombectomy", "and", "the", "patient", "was", "left", "without", "residual", "neurological", "deficit", ";", "the", "pathological", "anatomy", "study", "of", "the", "embolic", "material", "confirmed", "its", "tumoural", "aetiology", ".", "He", "was", "subsequently", "admitted", "to", "Oncology", ",", "and", "a", "repeat", "TTE", "and", "extension", "study", "(", "cranial", "MRI", ",", "thoracoabdominal", "CT", "and", "bone", "scintigraphy", ")", "was", "carried", "out", ",", "documenting", "recurrence", "of", "the", "mass", "in", "the", "left", "atrium", "with", "similar", "size", "and", "characteristics", "to", "those", "described", "in", "the", "pre-surgical", "study", "and", "the", "presence", "of", "brain", ",", "lung", ",", "liver", ",", "adrenal", "and", "bone", "metastases", ".", "Chemotherapy", "with", "adriamycin", "was", "started", ".", "Despite", "chemotherapy", "treatment", ",", "the", "patient", "had", "an", "unfavourable", "evolution", "and", "died", "three", "months", "after", "the", "initial", "diagnosis", "was", "made", ".", "Diagnosis", "-", "Undifferentiated", "pleomorphic", "cardiac", "sarcoma", "with", "early", "recurrence", "after", "surgical", "resection", ".", "-", "Rapidly", "progressive", "multiple", "metastatic", "disease", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 208, "end": 214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 196, "end": 204 }, { "text": "construction worker", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 47 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 544, "end": 551 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 908, "end": 915 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1395, "end": 1402 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3434, "end": 3441 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4588, "end": 4595 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4832, "end": 4839 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5414, "end": 5421 } ]

[ "The", "patient", ",", "a", "43-year-old", "male", ",", "came", "to", "our", "hospital", "with", "a", "fever", "of", "five", "days", "'", "evolution", "together", "with", "pain", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ".", "He", "had", "no", "medical", "history", "of", "interest", ",", "and", "had", "only", "been", "admitted", "on", "one", "previous", "occasion", "due", "to", "a", "perianal", "fistula", ".", "He", "was", "not", "undergoing", "regular", "treatment", "and", "had", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "He", "had", "a", "smoking", "habit", "of", "one", "pack", "a", "day", ",", "but", "did", "not", "consume", "alcohol", "or", "other", "intoxicants", ".", "She", "had", "no", "pets", "and", "denied", "recent", "exposure", "to", "animals", ".", "He", "also", "reported", "no", "risky", "sexual", "activities", ".", "The", "patient", "worked", "as", "an", "agricultural", "engineer", ",", "frequently", "travelling", "abroad", "for", "work", ".", "The", "symptoms", "started", "on", "the", "return", "flight", "after", "a", "trip", "to", "California", ",", "where", "he", "had", "stayed", "for", "three", "days", ".", "During", "his", "stay", ",", "the", "patient", "had", "slept", "in", "a", "hotel", ",", "had", "no", "contact", "with", "animals", "or", "known", "insect", "bites", ",", "and", "had", "not", "eaten", "raw", "products", ".", "On", "that", "flight", ",", "he", "started", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "together", "with", "sweating", ",", "chills", "and", "intermittent", "pain", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ".", "He", "reported", "no", "urinary", "or", "respiratory", "symptoms", "at", "the", "time", ",", "although", "he", "had", "dark", "urine", "colouring", ".", "Once", "back", "in", "Spain", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "due", "to", "persistent", "fever", ",", "but", "after", "a", "normal", "physical", "examination", "and", "improvement", "with", "symptomatic", "treatment", ",", "he", "was", "discharged", ".", "However", ",", "two", "days", "later", ",", "as", "the", "fever", "did", "not", "abate", ",", "he", "consulted", "again", "and", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "further", "investigation", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "a", "temperature", "of", "38oC", "and", "normal", "vital", "signs", ".", "Physical", "examination", "revealed", "scleral", "jaundice", ",", "with", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", "and", "right", "hemiabdomen", ",", "with", "positive", "Blumberg", "'", "s", "and", "Murphy", "'", "s", "signs", ",", "indicative", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "She", "had", "a", "small", "wound", "with", "no", "signs", "of", "superinfection", "on", "her", "right", "hand", ",", "which", "she", "reported", "had", "been", "caused", "by", "a", "strawberry", "plant", "a", "fortnight", "earlier", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "normal", "levels", "of", "electrolytes", ",", "calcium", ",", "creatinine", ",", "glucose", "and", "urea", ".", "The", "haemogram", "revealed", "lymphopenia", "of", "250", "x103", "cells", "/", "μL", "and", "cholestasis", "pattern", "with", "total", "bilirubin", "of", "2", ".", "59", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "of", "71", ".", "50", "U", "/", "L", ",", "GPT", "of", "73", ".", "60", "U", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "264", ".", "24mg", "/", "l", ".", "The", "plain", "abdominal", "X-ray", "showed", "no", "notable", "abnormalities", ".", "Differential", "diagnosis", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "fever", "and", "abdominal", "pain", "after", "a", "recent", "trip", ",", "the", "diagnostic", "process", "will", "consider", "whether", "or", "not", "the", "infection", "is", "related", "to", "the", "trip", "itself", ",", "as", "well", "as", "the", "common", "causes", "of", "infection", "that", "are", "distributed", "worldwide", "in", "developed", "countries1", ",", "2", ".", "At", "the", "beginning", "of", "the", "diagnostic", "process", ",", "the", "severity", "of", "the", "condition", "should", "be", "assessed", ",", "which", "will", "determine", "the", "need", "for", "hospitalisation", ",", "as", "well", "as", "the", "possible", "risk", "of", "transmission", ".", "It", "is", "important", "to", "note", "that", "there", "are", "other", "non-infectious", "pathologies", "that", "may", "also", "be", "accompanied", "by", "fever", ",", "such", "as", "thrombophlebitis", "or", "pulmonary", "embolism", "in", "the", "\"", "economy", "class", "syndrome", "\"", ",", "or", "drug-induced", "fever", ".", "Therefore", ",", "in", "this", "case", ",", "within", "the", "differential", "diagnosis", "of", "a", "patient", "with", "fever", "and", "acute", "onset", "abdominal", "pain", ",", "\"", "common", "\"", "or", "non-travel-related", "causes", "should", "be", "ruled", "out", ",", "considering", "liver", ",", "spleen", "and", "biliary", "tract", "diseases", ",", "such", "as", "acute", "cholecystitis", "(", "lithiasis", "or", "alliasis", ")", ",", "or", "acute", "cholangitis", ",", "as", "well", "as", "hepatic", "or", "splenic", "abscess", ",", "or", "septic", "thrombophlebitis", ".", "Other", "gastrointestinal", "diseases", "that", "should", "be", "ruled", "out", "are", "acute", "appendicitis", ",", "acute", "diverticulitis", "and", "ischaemic", "colitis", ".", "The", "presence", "of", "a", "possible", "intra-abdominal", "abscess", "with", "secondary", "peritonitis", "should", "also", "be", "considered", ".", "However", ",", "taking", "into", "account", "the", "epidemiological", "background", "of", "the", "trip", ",", "which", "was", "not", "to", "a", "developing", "country", ",", "and", "the", "short", "incubation", "period", "(", "the", "symptoms", "appeared", "during", "the", "return", "flight", ")", ",", "with", "digestive", "symptoms", ",", "the", "possibility", "of", "leptospirosis", "or", "acute", "hepatitis", "A", "and", "B", "should", "be", "considered", ".", "In", "addition", ",", "given", "that", "the", "patient", "had", "been", "in", "a", "rural", "environment", ",", "given", "the", "risk", "of", "arthropod", "or", "tick", "bites", ",", "rickettsiosis", ",", "borreliosis", "and", "Q", "fever", "should", "be", "ruled", "out", ".", "Other", "diseases", "to", "consider", "in", "a", "patient", "with", "febrile", "syndrome", ",", "abdominal", "pain", "and", "a", "recent", "trip", "are", "malaria", ",", "dengue", "and", "yellow", "fever", "in", "the", "case", "of", "mosquito", "bites", ";", "and", "trypanosomiasis", ",", "leishamiasis", "and", "bartolenosis", "in", "the", "case", "of", "a", "fly", "bite", ".", "The", "risk", "of", "these", "diseases", "will", "be", "determined", "by", "the", "origin", "of", "the", "traveller", "and", "the", "incubation", "time", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "the", "origin", "of", "California", "does", "not", "constitute", "a", "risk", "area", "for", "the", "contagion", "of", "these", "diseases", ".", "If", "the", "patient", "had", "consumed", "unsafe", "water", "or", "raw", "food", ",", "it", "would", "be", "necessary", "to", "rule", "out", "enterobacterial", "infections", "such", "as", "Salmonella", "spp", ".", "or", "parasitic", "infections", ",", "although", "he", "did", "not", "present", "eosinophilia", ":", "helminths", "(", "Ascaris", "spp", ",", "Trichinella", "spp", ",", "Taenia", "solium", ".", ".", ".", ")", "and", "protozoa", "(", "Toxoplasma", ",", "Entamoeba", "histolytica", ".", ".", ".", ")", ".", "It", "would", "also", "be", "necessary", "to", "consider", "the", "diagnosis", "of", "listeriosis", "and", "salmonellosis", ",", "which", "are", "more", "likely", "in", "the", "case", "of", "consumption", "of", "unpasteurised", "dairy", "products", ".", "Our", "patient", "had", "initially", "denied", "eating", "raw", "food", "or", "drinking", "water", ".", "Finally", ",", "although", "the", "patient", "did", "not", "report", "contact", "with", "animals", ",", "the", "fact", "that", "he", "came", "from", "a", "rural", "and", "forestry", "area", "should", "be", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", "of", "entities", "such", "as", "brucellosis", ",", "tularaemia", "and", "plague", ",", "among", "others", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "1", "gram", "intravenous", "(", "iv", ")", "daily", ",", "metronizadol", "500", "mg", "iv", "every", "8", "hours", "and", "doxycycline", "100", "mg", "orally", "every", "12", "hours", ".", "Serology", "for", "Rickettsia", "spp", ",", "Coxiella", "spp", ".", "(", "ELISA", ")", ",", "as", "well", "as", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ",", "hepatitis", "A", "and", "B", ",", "Epstein", "Barr", "virus", "(", "EBV", ")", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "without", "contrast", "(", "abdominal", "CT", "scan", "without", "contrast", ":", "presence", "of", "gas", "in", "the", "portal", "venous", "system", "and", "splenomegaly", "of", "17", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "two", "non-specific", "nodular", "hypodense", "images", "of", "approximately", "1", "and", "1", ".", "5", "cm", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "gas", "in", "the", "portal", "venous", "system", ",", "affecting", "practically", "the", "entire", "left", "hepatic", "lobe", ",", "part", "of", "the", "right", ",", "as", "well", "as", "some", "mesenteric", "vessels", ",", "a", "finding", "that", "could", "be", "related", "to", "pylephlebitis", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "splenomegaly", "of", "17", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "two", "non-specific", "nodular", "hypodense", "images", "of", "approximately", "1", "and", "1", ".", "5", "cm", ",", "respectively", ",", "which", "could", "correspond", "to", "two", "abscesses", ".", "A", "tubular", "image", "with", "wall", "thickening", "and", "increased", "density", "was", "evident", "in", "the", "hypogastrium", ",", "which", "was", "reported", "as", "probable", "Meckel", "'", "s", "diverticulitis", ".", "After", "24", "hours", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "worsened", ",", "with", "persistent", "fever", ",", "abdominal", "pain", "and", "elevated", "inflammatory", "parameters", ".", "For", "this", "reason", ",", "he", "was", "evaluated", "by", "the", "general", "surgeons", "and", "urgent", "surgery", "was", "decided", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "exploratory", "laparoscopy", ",", "finding", "purulent", "free", "fluid", "in", "both", "subphrenic", "and", "Douglas", "spaces", ",", "with", "an", "image", "of", "diverticula", "about", "30", "cm", "long", "in", "the", "proximity", "of", "the", "ileocaecal", "valve", ",", "inflamed", "and", "in", "intimate", "contact", "with", "the", "ileum", "wall", ",", "which", "nevertheless", "appeared", "to", "have", "an", "independent", "meso", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "ileal", "resection", "(", "removal", "of", "the", "piece", "to", "perform", "the", "extracorporeal", "anastomosis", ",", "appreciating", "the", "duplicated", "and", "inflamed", "intestinal", "segment", ")", "including", "the", "inflamed", "intestinal", "segment", "with", "latero-lateral", "anastomosis", "through", "a", "Pfanestiel", "incision", "to", "assist", "the", "laparoscopic", "approach", ".", "No", "alterations", "were", "seen", "at", "the", "splenic", "level", ".", "Intraoperative", "cultures", "were", "all", "negative", "and", "the", "biopsy", "of", "the", "surgical", "specimen", "showed", "a", "significant", ",", "ulcerative", "and", "congestive", "inflammatory", "infiltration", "of", "a", "segment", "of", "small", "bowel", "in", "relation", "to", "an", "intestinal", "duplicity", ".", "After", "surgery", "the", "patient", "remained", "stable", "with", "improvement", "of", "inflammatory", "parameters", ".", "Doxycycline", "was", "discontinued", ",", "continuing", "treatment", "with", "ceftriaxone", "and", "metronidazole", "at", "equal", "doses", "for", "two", "more", "weeks", ".", "The", "patient", "experienced", "a", "complicated", "postoperative", "period", "with", "paralytic", "ileus", "and", "the", "appearance", "of", "an", "enterocutaneous", "fistula", ",", "which", "subsequently", "resolved", ".", "After", "four", "weeks", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "was", "discharged", ",", "being", "reviewed", "two", "weeks", "later", "in", "the", "outpatient", "clinic", ",", "with", "good", "general", "condition", "and", "normal", "laboratory", "tests", ".", "Final", "diagnosis", "Portal", "pneumatosis", "and", "pylephlebitis", ",", "secondary", "to", "inflammation", "of", "intestinal", "duplication", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 465, "end": 472 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 783, "end": 790 }, { "text": "agricultural engineer", "label": "HUMAN", "start": 544, "end": 565 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 800, "end": 806 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 523, "end": 530 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 733, "end": 740 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1101, "end": 1108 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 5096, "end": 5103 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 3932, "end": 3941 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 3945, "end": 3949 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2282, "end": 2289 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3008, "end": 3015 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3873, "end": 3880 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4049, "end": 4056 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4380, "end": 4387 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4490, "end": 4497 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4974, "end": 4981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5060, "end": 5067 }, { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 4165, "end": 4173 }, { "text": "Ascaris spp", "label": "SPECIES", "start": 4700, "end": 4711 }, { "text": "Taenia solium", "label": "SPECIES", "start": 4730, "end": 4743 }, { "text": "fly", "label": "SPECIES", "start": 4249, "end": 4252 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 4625, "end": 4634 }, { "text": "helminths", "label": "SPECIES", "start": 4689, "end": 4698 }, { "text": "protozoa", "label": "SPECIES", "start": 4752, "end": 4760 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 3805, "end": 3816 }, { "text": "hepatitis A and B", "label": "SPECIES", "start": 3805, "end": 3822 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 4326, "end": 4335 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5567, "end": 5570 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 5550, "end": 5565 }, { "text": "Coxiella spp", "label": "SPECIES", "start": 5516, "end": 5528 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 5500, "end": 5514 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5612, "end": 5615 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6458, "end": 6465 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5592, "end": 5610 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 5573, "end": 5584 }, { "text": "hepatitis A and B", "label": "SPECIES", "start": 5573, "end": 5590 }, { "text": "general surgeons", "label": "HUMAN", "start": 6614, "end": 6630 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7581, "end": 7588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7775, "end": 7782 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7971, "end": 7978 } ]

[ "A", "14-year-old", "female", "patient", "diagnosed", "with", "McCune-Albright", "syndrome", ",", "with", "hyperprolactinaemia", ",", "hypothyroidism", "and", "impaired", "growth", "hormone", "secretion", ",", "on", "treatment", "with", "octreotide", ",", "levothyroxine", ",", "disodium", "pamidronate", "and", "cabergoline", ",", "referred", "for", "evaluation", "of", "the", "presence", "of", "macules", "on", "the", "lower", "limbs", ",", "of", "2", "years", "'", "evolution", ".", "Physical", "examination", "revealed", "brownish", "macular", "lesions", "of", "irregular", "configuration", ",", "with", "some", "telangiectasias", "predominantly", "on", "the", "left", "foot", "and", "ankle", ",", "and", "pruritic", "purpuric", "punctation", "on", "both", "feet", "and", "the", "pretibial", "region", ".", "In", "addition", ",", "a", "coffee-with-milk", "coloured", "macule", "was", "observed", "on", "the", "nape", "of", "the", "neck", "and", "interscapular", "region", ",", "measuring", "approximately", "3", "cm", "by", "10", "cm", ",", "with", "sharp", "and", "irregular", "edges", ",", "facial", "asymmetry", ",", "prognathism", "and", "inability", "to", "ambulate", ".", "Routine", "laboratory", "tests", "were", "requested", "and", "were", "normal", ".", "The", "lesions", "still", "persist", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 20 }, { "text": "coffee", "label": "SPECIES", "start": 565, "end": 571 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "We", "began", "the", "study", "of", "a", "69", "year", "old", "man", "who", "presented", "with", "pain", "in", "the", "left", "lower", "limb", "for", "a", "month", "of", "evolution", "that", "had", "been", "treated", "with", "physiotherapy", "with", "relative", "improvement", ",", "and", "which", "for", "the", "last", "5", "days", "has", "been", "exacerbated", ",", "related", "to", "a", "possible", "muscular", "overload", ".", "Individual", "approach", "Anamnesis", ":", "69", "year", "old", "patient", "referring", "to", "muscle", "overload", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ",", "treated", "with", "physiotherapy", "with", "relative", "improvement", ",", "and", "who", "for", "the", "last", "5", "days", "has", "had", "a", "flare-up", "of", "this", "pain", ",", "treated", "again", "with", "physiotherapy", "and", "local", "cold", ",", "with", "the", "cold", "achieving", "greater", "pain", "relief", ".", "Examination", ":", "an", "increase", "in", "the", "diameter", "and", "erythema", "of", "the", "left", "lower", "limb", "was", "observed", ",", "as", "well", "as", "an", "increase", "in", "the", "local", "temperature", "and", "swelling", "in", "comparison", "with", "the", "contralateral", "lower", "limb", ".", "Analyses", ":", "in", "an", "initial", "blood", "test", "carried", "out", "at", "the", "medical", "examination", "of", "his", "company", "that", "the", "patient", "provided", ",", "on", "29", "/", "09", "/", "2017", ",", "leukocytosis", "(", "21", ",", "000", ")", "with", "lymphocytosis", "(", "15", ",", "600", "/", "74", ".", "4", "%", ")", "was", "observed", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "repeat", "the", "haemogram", "to", "confirm", "these", "findings", ",", "and", "to", "extend", "the", "study", "with", "serology", "and", "cytomorphology", ".", "Leukocytosis", "(", "28", ",", "000", ")", "with", "lymphocytosis", "(", "20", ",", "270", "/", "72", ".", "4", "%", ")", "and", "positive", "serology", "for", "Epstein-Barr", "Virus", "was", "again", "evidenced", "in", "the", "CBC", ".", "Complementary", "tests", ":", "EchoDoppler", "MMII", "Left", "(", "20", "/", "09", "/", "2017", ")", ":", "popliteal", "thrombosis", "partially", "recanalized", "and", "sural", ".", "Femoral", "venous", "system", "in", "good", "condition", ".", "Arterial", "system", "within", "normality", ".", "Clinical", "Judgement", ":", "Popliteal", "sural", "DVT", ".", "Cytomorphology", "(", "30", "/", "11", "/", "2017", ")", ":", "small", "mature", "lymphocytes", "with", "condensed", "chromatin", "nucleus", ",", "abundant", "Grumpetch", "shadows", ",", "no", "blastic", "cells", ".", "Lymphoproliferative", "syndrome", "B", "type", "chronic", "lymphocytic", "leukaemia", "(", "CLL", ")", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Patient", "is", "self-employed", "as", "a", "manager", "of", "a", "ham", "company", ".", "He", "had", "no", "major", "illnesses", "currently", "on", "his", "list", "of", "problems", ",", "and", "he", "also", "did", "around", "two", "hours", "of", "physical", "exercise", "a", "day", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "thrombotic", "pathology", ".", "The", "doctor-patient", "relationship", "was", "absent", "prior", "to", "this", "episode", ",", "as", "the", "patient", "only", "required", "medical", "care", "sporadically", "with", "intervals", "of", "years", "between", "visits", ",", "and", "since", "these", "episodes", "the", "relationship", "has", "begun", "to", "improve", ".", "Clinical", "judgement", "The", "presentation", "of", "the", "symptoms", ":", "increased", "diameter", "and", "erythema", "of", "the", "left", "lower", "limb", ",", "as", "well", "as", ",", "increased", "local", "temperature", "and", "swelling", "compared", "to", "the", "contralateral", "lower", "limb", ".", "And", "although", "asymptomatic", ",", "the", "presence", "of", "leukocytosis", "with", "lymphocytosis", "in", "analytical", "tests", ".", "There", "was", "a", "possible", "deep", "vein", "thrombosis", "and", "pathology", "of", "the", "white", "series", "under", "study", ".", "The", "following", "should", "be", "considered", "as", "differential", "diagnoses", ":", "deep", "vein", "thrombosis", "VS", "cellulitis", "VS", "musculoskeletal", "pathology", ".", "Pathology", "of", "the", "white", "series", ".", "After", "assessing", "the", "clinical", "history", "together", "with", "the", "symptoms", "presented", ",", "a", "possible", "DVT", "was", "diagnosed", "and", "treatment", "was", "started", "and", "confirmed", "by", "complementary", "tests", "a", "few", "days", "later", ".", "Based", "on", "the", "analytical", "findings", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Haematology", "Department", "to", "complete", "the", "diagnostic", "study", ".", "The", "patient", "'", "s", "list", "of", "problems", "included", ":", "OSAHS", "with", "CPAPn", ",", "cataracts", "(", "operated", "on", ")", "and", "distal", "polyneuropathy", ".", "Action", "plan", "Treatment", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", "and", "diosmin", "combined", "with", "hesperidin", ",", "confirmed", "a", "few", "days", "later", "by", "the", "Angiology", "and", "Vascular", "Surgery", "Department", ".", "Referral", "to", "the", "Haematology", "Department", "given", "the", "analytical", "findings", "obtained", ",", "as", "well", "as", "the", "results", "of", "the", "cytomorphology", ".", "Evolution", "At", "present", ",", "the", "first", "reason", "for", "consultation", ",", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "was", "resolved", "with", "the", "treatment", "prescribed", ".", "As", "for", "the", "referral", "to", "the", "haematology", "department", ",", "the", "patient", "was", "seen", "in", "the", "outpatient", "department", "3", "days", "after", "referral", ".", "The", "patient", "does", "not", "currently", "present", "B", "symptoms", ",", "and", "a", "CT-Body", "scan", "was", "performed", "on", "16", "/", "11", "/", "2017", "in", "which", "no", "pathological", "alterations", "were", "found", ",", "neither", "visceromegaly", ",", "nor", "adenopathies", ",", "so", "they", "concluded", "the", "diagnosis", "of", "Binnet", "'", "s", "Lymphoproliferative", "Syndrome", "B", "Type", "LLC", "Stage", "A", ",", "which", "currently", "does", "not", "require", "treatment", "and", "is", "pending", "review", "next", "February", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 60, "end": 63 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 340, "end": 347 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 910, "end": 917 }, { "text": "Epstein-Barr Virus", "label": "SPECIES", "start": 1226, "end": 1244 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1712, "end": 1718 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1742, "end": 1749 }, { "text": "manager of a ham company", "label": "HUMAN", "start": 1772, "end": 1796 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1979, "end": 1986 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2041, "end": 2048 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 1972, "end": 1978 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2964, "end": 2971 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3053, "end": 3060 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3659, "end": 3666 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3732, "end": 3739 } ]

[ "A", "28-year-old", "pregnant", "woman", "from", "Embarcación", "(", "Salta", ")", ",", "in", "her", "second", "gestation", "in", "week", "38", "with", "no", "history", "of", "pathology", ".", "She", "consulted", "for", "fever", "(", "39", ".", "4", "°", "C", ")", ",", "myalgia", "and", "headache", "of", "48", "hours", "'", "duration", ",", "and", "was", "admitted", "for", "investigation", "and", "treatment", ".", "On", "the", "third", "day", "she", "started", "bleeding", "from", "mucous", "membranes", ",", "in", "areas", "of", "venipuncture", "and", "progressive", "deterioration", "of", "general", "condition", ".", "Twenty-four", "hours", "later", ",", "an", "emergency", "caesarean", "section", "was", "performed", "for", "acute", "foetal", "distress", ",", "with", "severe", "postpartum", "metrorrhagia", ".", "The", "mother", "received", "supportive", "care", "requiring", "multiple", "blood", "transfusions", ".", "She", "recovered", "favourably", "at", "72", "h", "postpartum", ".", "The", "baby", "was", "born", "at", "38", "weeks", "gestational", "age", ",", "weighing", "3900", "g", "and", "with", "an", "Apgar", "score", "of", "4", "/", "4", ".", "During", "admission", "to", "the", "neonatal", "intensive", "care", "unit", ",", "he", "required", "mechanical", "ventilation", "for", "meconium", "aspiration", "syndrome", "and", "pulmonary", "hypertension", "and", "luminotherapy", "for", "jaundice", ".", "On", "the", "5th", "day", "of", "life", ",", "the", "child", "started", "with", "fever", "(", "39", "°", "C", ")", ",", "hepatomegaly", "and", "a", "generalised", "evanescent", "exanthema", ".", "After", "24", "h", ",", "haemorrhages", "through", "nasogastric", "tube", "and", "venipunctures", "were", "added", ".", "The", "haemogram", "showed", "5800", "white", "blood", "cells", "(", "lymphocytes", "43", "%", ",", "segmented", "neutrophils", "47", "%", ",", "monocytes", "6", "%", ",", "basophils", "4", "%", ")", ",", "haematocrit", "34", "%", ",", "haemoglobin", "11", ".", "2", "mg", "%", "and", "platelet", "count", "13", "000", "/", "mm3", ".", "With", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "sepsis", ",", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ".", "The", "patient", "was", "also", "tested", "for", "IgM", "antibodies", "to", "dengue", "virus", ".", "Antibiotics", "and", "blood", "and", "platelet", "transfusions", "were", "prescribed", ".", "Cultures", "for", "common", "germs", "and", "fungi", "were", "negative", ".", "The", "laboratory", "reported", "positive", "IgM", "by", "ELISA", "technique", "for", "dengue", ".", "For", "confirmation", "of", "the", "result", ",", "the", "sample", "was", "sent", "to", "the", "National", "Institute", "of", "Human", "Viral", "Diseases", "in", "Pergamino", ",", "who", "certified", "by", "ELISA", "serological", "tests", ",", "neutralisation", "and", "molecular", "detection", "of", "the", "viral", "genome", "(", "RT-PCR", ")", ",", "the", "infection", "by", "serotype", "DEN-1", ".", "Oxygen", "was", "administered", "until", "26", "days", "of", "age", ".", "Seven", "days", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "the", "platelet", "count", "normalised", ".", "The", "clinical", "evolution", "was", "favourable", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "after", "one", "month", "of", "life", ".", "As", "a", "consequence", "of", "perinatal", "asphyxia", "related", "to", "the", "mother", "'", "s", "severe", "form", "of", "dengue", ",", "the", "child", "developed", "hypoxic-ischaemic", "encephalopathy", "and", "sequelae", "of", "respiratory", "compromise", ".", "Clinical", "and", "serological", "controls", "were", "performed", "at", "8", "and", "13", "months", "of", "life", ",", "with", "persistent", "antidengue", "IgG", "antibody", "titres", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "congenital", "infection", ".", "Serological", "results", "by", "ELISA", "showed", "high", "positive", "titres", ",", "with", "a", "PR", "of", "1", ".", "92", "and", "1", ".", "37", "for", "dengue", "at", "8", "and", "13", "months", ",", "respectively", ".", "The", "child", "is", "currently", "receiving", "neurological", "stimulation", "and", "preventive", "respiratory", "treatment", "with", "inhaled", "corticosteroids", ",", "with", "good", "progress", ".", "Dengue", "is", "an", "acute", "viral", "disease", ",", "endemic-epidemic", "in", "nature", ",", "transmitted", "by", "peridomestic", "mosquitoes", "of", "the", "genus", "Aedes", ".", "In", "the", "Americas", "the", "vector", "is", "Aedes", "aegypti", ",", "distributed", "between", "latitudes", "35", "°", "◦", "N", "and", "35", "°", "◦", "S", "and", "generally", "below", "1000", "m", "altitude", ".", "Aedes", "albopticus", "related", "to", "disease", "transmission", "in", "other", "continents", "has", "only", "been", "found", "as", "a", "potential", "vector", "in", "the", "Americas", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 22 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 524, "end": 530 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 759, "end": 767 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 944, "end": 949 }, { "text": "dengue virus", "label": "SPECIES", "start": 1453, "end": 1465 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 1453, "end": 1459 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 1552, "end": 1557 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1562, "end": 1567 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 1738, "end": 1743 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1855, "end": 1860 }, { "text": "serotype DEN-1", "label": "SPECIES", "start": 1895, "end": 1909 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 1643, "end": 1649 }, { "text": "Human", "label": "HUMAN", "start": 1732, "end": 1737 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2176, "end": 2182 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2212, "end": 2217 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 2200, "end": 2206 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 2565, "end": 2571 }, { "text": "antidengue", "label": "SPECIES", "start": 2394, "end": 2404 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2610, "end": 2615 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2771, "end": 2776 }, { "text": "genus Aedes", "label": "SPECIES", "start": 2860, "end": 2871 }, { "text": "mosquitoes", "label": "SPECIES", "start": 2842, "end": 2852 }, { "text": "Aedes aegypti", "label": "SPECIES", "start": 2903, "end": 2916 }, { "text": "Aedes albopticus", "label": "SPECIES", "start": 3002, "end": 3018 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 2752, "end": 2758 }, { "text": "vector", "label": "SPECIES", "start": 2893, "end": 2899 }, { "text": "vector", "label": "SPECIES", "start": 3106, "end": 3112 } ]

[ "A", "27-year-old", "woman", "presented", "with", "intense", "asthenia", ",", "anorexia", ",", "weight", "loss", "and", "fever", "of", "two", "weeks", "'", "evolution", ".", "She", "denies", "insect", "bites", ",", "exotic", "travel", "or", "risky", "sexual", "relations", ".", "A", "year", "ago", "she", "was", "admitted", "with", "similar", "symptoms", ",", "which", "resolved", "spontaneously", ",", "without", "becoming", "filial", ".", "She", "presented", "with", "hypochromic", "microcytic", "anaemia", ",", "which", "was", "treated", "with", "oral", "iron", "without", "improvement", ".", "On", "examination", ",", "BP", "90", "/", "55", "mmHg", ",", "HR", "104", "bpm", ",", "Ta", "38", ".", "5oC", ".", "Adenopathic", "package", "not", "adherent", "to", "deep", "planes", ",", "not", "erythematous", "or", "hot", ",", "with", "periadenopathic", "soft", "component", "in", "the", "left", "subaxillary", "region", "and", "multiple", "erythematous-edematous", "papules", "on", "the", "face", ",", "trunk", "and", "upper", "extremities", ".", "The", "rest", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "in", "the", "ED", ":", "hypochromic", "microcytic", "anaemia", "(", "Hb", "9", ".", "6", "g", "/", "dl", ")", ",", "leukocytes", "7260", "/", "μl", ",", "lymphopenia", "(", "700", "/", "μl", ")", "and", "CRP", "3", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "Liver", "and", "renal", "function", "(", "including", "urine", ")", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "without", "alterations", ".", "HIV", "rapid", "test", "negative", ".", "Admitted", "for", "study", ".", "Further", "examination", "on", "the", "ward", ".", "Leukocytosis", "with", "marked", "lymphopenia", ",", "decrease", "in", "CD3", ",", "CD8", ",", "NKCD56", "and", "CD19", "lymphocytes", ".", "Antinuclear", "antibodies", "+", ">", "1", "/", "640", ",", "with", "a", "mottled", "pattern", ".", "Rheumatoid", "factor", "681", "IU", "/", "mL", ".", "IgG", "2630", "mg", "/", "dl", ".", "Anti-SSA", "/", "Ro", ",", "anti-RNP", "/", "Sm", "and", "anti-Sm", "positive", ".", "Anti-SSB", "/", "La", "and", "ANCAs", "negative", ".", "Serology", ":", "CMV", "IgM", "+", ".", "CMV", "copy", "quantification", "negative", ".", "Quantiferon", ",", "EBV", ",", "Leishmania", ",", "Mycoplasma", ",", "Rose", "Bengal", "and", "treponemal", "screening", "negative", ".", "Subsequently", "2500", "leukocytes", ":", "neutropenia", "and", "lymphopenia", ".", "Initially", "treated", "with", "ceftriaxone", ".", "She", "continues", "with", "febrile", "peaks", "and", "skin", "lesions", "increase", ".", "A", "dose", "of", "doxycycline", "was", "administered", ",", "which", "was", "discontinued", "due", "to", "digestive", "intolerance", ".", "A", "skin", "biopsy", "of", "one", "of", "the", "papular", "lesions", "was", "performed", ",", "which", "was", "reported", "as", "necrotic", "keratinocytes", "associated", "with", "a", "perivascular", "and", "interstitial", "lymphohistiocytic", "inflammatory", "infiltrate", ",", "without", "neutrophils", "or", "eosinophils", ",", "and", "no", "tumour", "cells", "were", "seen", ".", "Thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "bilateral", "axillary", "adenopathies", ",", "mild", "hepatosplenomegaly", ",", "mild", "pleural", "effusion", "and", "thickening", "of", "the", "interlobular", "septa", ",", "and", "a", "nodule", "adjacent", "to", "the", "outer", "infero-outer", "quadrant", "of", "the", "left", "breast", ",", "suggestive", "of", "necrotic", "adenopathy", ".", "Asymmetry", "in", "the", "left", "chest", "wall", "musculature", "with", "bands", "of", "fluid", "in", "subcutaneous", "and", "intermuscular", "planes", ".", "A", "costal", "adenopathy", "was", "biopsied", ":", "multifocal", "non-suppurative", "necrotising", "lymphadenitis", ",", "with", "predominance", "of", "CD3", "/", "CD8", "+", "T", "lymphocytes", ",", "presence", "of", "granzyme", "B", "positive", "cells", "and", "histiocytes", "(", "CD68", "+", ")", ",", "compatible", "with", "Kikuchi", "'", "s", "disease", ".", "Absence", "of", "neoplastic", "cells", "and", "Reed-Sternberg", ".", "Negative", "staining", "for", "EBV", ".", "The", "patient", "improved", "without", "antibiotics", ",", "the", "fever", "subsided", "and", "the", "papules", "changed", "to", "smaller", "macules", ".", "The", "lymphadenopathies", "eventually", "disappear", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "Kikuchi", "'", "s", "disease", ",", "with", "haematological", "and", "cutaneous", "involvement", ",", "and", "fulfils", "the", "criteria", "for", "lupus", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 910, "end": 913 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 121, "end": 127 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1268, "end": 1271 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1278, "end": 1281 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1330, "end": 1340 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1342, "end": 1352 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1328 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 1370, "end": 1380 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2588, "end": 2591 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2597, "end": 2604 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2746, "end": 2753 } ]

[ "", "A", "56-year-old", "man", "presented", "with", "parainfluenza", "symptoms", "and", "hyperthermia", "of", "three", "days", "'", "duration", ".", "He", "had", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "controlled", "by", "Valsartan", "tablets", ".", "He", "owned", "a", "shop", "and", "denied", "having", "travelled", "or", "had", "contact", "with", "infected", "persons", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "and", "given", "antibiotics", "and", "antipyretics", ".", "Haematological", "tests", "and", "chest", "X-ray", "were", "normal", ",", "RT-PCR", "from", "nasopharyngeal", "swab", "was", "negative", ",", "despite", "increased", "intensity", "of", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "fever", ".", "Four", "days", "later", ",", "RT-PCR", "testing", "was", "positive", "for", "SARS-CoV-19", ".", "The", "patient", "'", "s", "condition", "worsened", ";", "on", "day", "6", "of", "hospitalisation", ",", "he", "presented", "with", "dyspnoea", ",", "fever", ",", "cough", ",", "tachycardia", "and", "hypoxaemia", ",", "with", "diffuse", "bilateral", "crackles", "on", "chest", "examination", ",", "oxygen", "saturation", "was", "80", "%", "which", "increased", "to", "90", "%", "with", "8L", "of", "oxygen", ",", "respiratory", "rate", "was", "40", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "temperature", "was", "39", ".", "5", "Celsius", ",", "respiratory", "frequency", "was", "40", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "and", "temperature", "was", "39", ".", "5", "Celsius", ",", "temperature", "was", "39", ".", "5", "C", ",", "PaO2", ":", "61mmHg", ",", "PaO2", "/", "FiO2", ":", "122mmHg", "with", "10L", "O2", "with", "nasal", "cannula", ",", "alveolo-arterial", "gradient", ":", "65", ".", "A", "complete", "blood", "count", "revealed", "lymphocytopenia", ";", "serum", "ferritin", "was", "650ng", "/", "ml", ",", "C-reactive", "protein", "was", "45mg", "/", "dL", "and", "ESR", "was", "91", ".", "Chest", "X-ray", "revealed", "bilateral", "diffuse", "infiltration", "in", "the", "lower", "area", ";", "chest", "CT", "showed", "annular", "consolidation", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "around", "a", "small", "area", "of", "ground-glass", "opacity", "(", "halo", "or", "atoll", "sign", ")", ",", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "bilateral", "diffuse", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "lower", "lobe", ".", "The", "patient", "was", "given", "non-invasive", "oxygen", "therapy", ",", "meronepem", "i", ".", "v", ".", "1", "gm", "three", "times", "daily", ",", "tamiflu", "tablet", "75", "mg", "twice", "daily", ",", "Kaltetra", "tablet", "400", "/", "100", "mg", "twice", "daily", ",", "hydroxychloroquine", "tablet", "400", "mg", "twice", "daily", "on", "the", "first", "day", "and", "200", "mg", "twice", "daily", "thereafter", ",", "enoxaparin", "4000", "IU", "daily", "subcutaneously", ",", "acetaminophen", "on", "demand", ";", "valsartan", "was", "replaced", "by", "amlodipine", ".", "Over", "the", "next", "four", "days", ",", "the", "patient", "worsened", ",", "oxygen", "saturation", "dropped", "to", "70-80", "%", "on", "10L", "oxygen", ";", "PaO2", ":", "56mmHg", ",", "PaO2", "/", "FiO2", ":", "93", ",", "alveolo-arterial", "gradient", ":", "75", ";", "D-dimer", ":", "1992ng", "/", "ml", ",", "serum", "ferritin", ":", "692", "ng", "/", "mLn", ",", "C-reactive", "protein", ":", "93mg", "/", "dl", ",", "ESR", ":", "110", ",", "with", "normal", "renal", "function", "tests", ",", "liver", "function", "tests", ",", "echocardiogram", ",", "troponin", "and", "serum", "electrolytes", ".", "In", "addition", "to", "the", "medication", ",", "the", "patient", "received", "200", "ml", "of", "convalescent", "serum", "from", "a", "recovered", "moderate", "COVID-19", "patient", ",", "after", "the", "necessary", "donor", "plasma", "tests", "(", "haemoglobinaemia", "and", "viral", "tests", ")", ".", "Seventy", "hours", "later", ",", "the", "patient", "started", "to", "improve", ",", "fever", "subsided", ",", "dyspnoea", "decreased", "and", "lymphocyte", "counts", "normalised", ".", "Six", "days", "after", "the", "plasma", "transfusion", ",", "he", "had", "the", "following", "values", ":", "D-dimer", "1887", "ng", "/", "ml", ",", "PaO2", ":", "81mmHg", ",", "PaO2", "/", "FiO2", ":", "162mmHg", "with", "10L", "of", "oxygen", "by", "nasal", "cannula", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "improvement", "of", "consolidations", "and", "ground-glass", "opacities", ";", "chest", "CT", "showed", "disappearance", "of", "pleural", "effusion", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "21", "days", "after", "admission", "in", "good", "health", ".", "Three", "consecutive", "RT-PCR", "tests", "spaced", "24", "hours", "apart", "were", "negative", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 2311, "end": 2316 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 533, "end": 540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1455, "end": 1462 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1845, "end": 1852 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2201, "end": 2208 } ]

[ "A", "12", "year", "old", "patient", "was", "referred", "for", "anaphylaxis", "6", "months", "earlier", "while", "playing", "sport", "on", "an", "artificial", "turf", "pitch", ".", "One", "month", "later", "she", "had", "the", "same", "episode", "under", "the", "same", "conditions", ".", "She", "also", "reported", "itching", "sometimes", "after", "eating", "raw", "tomato", ",", "tolerating", "it", "when", "cooked", ".", "She", "stopped", "physical", "activity", "for", "fear", "of", "repeating", "reactions", ",", "and", "no", "further", "anaphylaxis", "occurred", ".", "Additional", "tests", ":", "Total", "Ig", "E", "105", "KU", "/", "L", ".", "Ig", "E", "peach", "14", ".", "6", ",", "tomato", "3", ".", "16", ",", "peanut", "2", ".", "99", ",", "latex", "negative", ".", "Pneumoallergens", ":", "D", ".", "Pt", "1", ".", "46", ",", "grasses", "8", ".", "43", ",", "rest", "negative", ".", "Evolution", ":", "refers", "restriction", "of", "raw", "tomato", ",", "as", "well", "as", "oral", "pruritus", "with", "peanut", "and", "peach", "not", "previously", "manifested", ".", "On", "the", "next", "visit", "she", "reported", "anaphylaxis", "while", "riding", "a", "bicycle", ",", "hours", "before", "she", "had", "eaten", "ketchup", ".", "She", "re-historicised", "that", "in", "all", "the", "anaphylaxes", "she", "had", "eaten", "cooked", "tomato", "or", "ketchup", "sauce", "for", "lunch", "in", "the", "dining", "room", ",", "and", "that", "the", "ingestion", "of", "these", "foods", "had", "not", "produced", "immediate", "oral", "symptoms", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "hypersensitivity", "to", "LTP", ",", "laboratory", "tests", "were", "extended", ":", "prup", "p3", "(", "LTP", "peach", ")", "41", ".", "5", "KUA", "/", "L", ",", "Ara", "h9", "29", ".", "9", "KUA", "/", "L", "(", "LTP", "peanut", ")", "29", ".", "9", "KUA", "/", "L", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "LTP", "syndrome", "as", "well", "as", "exercise-induced", "LTP", "anaphylaxis", ".", "A", "tomato", ",", "peanut", "and", "peach", "exclusion", "diet", "was", "recommended", ",", "as", "well", "as", "the", "practice", "of", "sport", "concomitant", "with", "the", "ingestion", "of", "foods", "containing", "LTP", ",", "with", "favourable", "evolution", "to", "date", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 238, "end": 244 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 430, "end": 436 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 418, "end": 423 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 443, "end": 449 }, { "text": "D.Pt", "label": "SPECIES", "start": 489, "end": 493 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1113, "end": 1120 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 566, "end": 572 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 820, "end": 826 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 1200, "end": 1206 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 615, "end": 620 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 1047, "end": 1052 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 1219, "end": 1224 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 604, "end": 610 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1089, "end": 1095 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1208, "end": 1214 } ]

[ "A", "14-year-old", "woman", "from", "Holland", ",", "although", "she", "had", "been", "living", "in", "Spain", "since", "she", "was", "5", "years", "old", ".", "No", "toxic", "habits", "or", "family", ",", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "She", "denies", "contact", "with", "rural", "areas", "and", "trips", "abroad", "(", "except", "to", "her", "hometown", ")", ".", "She", "has", "cats", "and", "dogs", "at", "home", ".", "He", "does", "not", "follow", "any", "usual", "treatment", ".", "She", "was", "initially", "admitted", "with", "a", "two-week", "history", "of", "fever", "of", "up", "to", "39oC", ",", "asthenia", ",", "general", "malaise", "and", "low", "productive", "cough", ".", "Blood", "tests", "and", "chest", "X-ray", "were", "performed", ",", "and", "she", "was", "diagnosed", "with", "community-acquired", "right", "lower", "lobe", "pneumonia", "(", "RLLP", ")", ",", "and", "empirical", "treatment", "with", "ceftriaxone", "and", "clarithromycin", "was", "started", ".", "Forty-eight", "hours", "after", "admission", ",", "the", "patient", "tested", "positive", "for", "influenza", "A", "PCR", "and", "treatment", "with", "oseltamivir", "was", "added", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "evolution", "was", "unfavourable", ",", "requiring", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "with", "frank", "haemoptysis", "associated", "with", "severe", "anaemisation", ".", "Supportive", "measures", "were", "initiated", "with", "clinical", "improvement", ",", "and", "the", "patient", "was", "subsequently", "transferred", "to", "the", "Pneumology", "ward", ".", "On", "the", "eighth", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "continued", "to", "be", "febrile", "and", "began", "to", "experience", "vomiting", ",", "perioral", "and", "hand", "paraesthesia", "and", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "cranial", "CT", "scan", ",", "which", "revealed", "multiple", "cerebral", "LOEs", ",", "and", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "of", "our", "centre", "for", "further", "study", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "are", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "multiple", "cerebral", "LOEs", "associated", "with", "pulmonary", "condensation", ".", "Among", "the", "non-infectious", "causes", ",", "the", "possibility", "of", "tumoural", "causes", "should", "be", "ruled", "out", ".", "These", "include", "metastatic", "brain", "involvement", "secondary", "to", "a", "lung", "tumour", ",", "which", "is", "unlikely", "given", "the", "young", "age", "of", "the", "patient", "and", "the", "absence", "of", "exposure", "to", "pulmonary", "toxic", "agents", ",", "or", "primary", "cerebral", "lymphoma", "or", "glioblastoma", "multiforme", ",", "although", "in", "both", "cases", "the", "lesions", "are", "usually", "single", "or", "in", "smaller", "numbers", ".", "Infectious", "causes", "include", "those", "of", "fungal", "origin", ",", "such", "as", "histoplasmosis", "or", "aspergillosis", ",", "although", "these", "tend", "to", "occur", "more", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "and", "those", "of", "parasitic", "origin", ",", "such", "as", "hydatidosis", "and", "neurocysticercosis", ",", "although", "in", "our", "case", "there", "is", "no", "epidemiology", "to", "support", "the", "diagnosis", "and", "they", "tend", "to", "be", "more", "larval", ".", "Bacterial", "aetiology", "would", "include", "tuberculosis", "or", "listeriosis", ",", "although", "these", "tend", "to", "present", "more", "frequently", "in", "the", "form", "of", "meningitis", "or", "encephalitis", "and", "not", "as", "space-occupying", "lesions", ".", "Nocardiosis", ",", "although", "more", "frequent", "in", "immunosuppressed", "patients", "or", "associated", "with", "steroid", "treatment", ",", "usually", "manifests", "with", "cerebral", "involvement", "of", "pulmonary", "origin", ",", "so", "although", "it", "is", "not", "the", "most", "likely", "aetiology", ",", "it", "cannot", "be", "completely", "ruled", "out", ".", "Lastly", ",", "infections", "caused", "by", "pyogenic", "bacteria", ",", "which", ",", "depending", "on", "their", "origin", ",", "will", "lead", "us", "to", "think", "of", "a", "specific", "bacterial", "group", ".", "If", "we", "think", "of", "a", "possible", "abdominal", "origin", "we", "would", "have", "to", "take", "into", "account", "enterobacteria", ",", "if", "it", "is", "endovascular", "gram-positive", ",", "such", "as", "staphylococci", "and", "streptococci", ",", "and", "if", "it", "is", "pulmonary", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "we", "would", "have", "to", "think", "mainly", "of", "pneumococcal", "and", "anaerobic", "infections", ".", "Evolution", "After", "transfer", "to", "our", "centre", ",", "an", "MRI", "of", "the", "skull", "was", "performed", "with", "the", "finding", "of", "multiple", "supratentorial", "lesions", "(", "approx", ".", "20-25", ")", "in", "both", "cerebral", "cortico-subcortical", "hemispheres", "and", "in", "the", "deep", "white", "matter", ",", "the", "largest", "measuring", "2", ".", "3", "cm", "on", "the", "left", "front", ",", "all", "of", "them", "with", "ring", "wall", "enhancement", "and", "with", "a", "level", "inside", ",", "associated", "with", "significant", "bilateral", "perilesional", "vasogenic", "oedema", ",", "more", "evident", "on", "the", "left", "side", ",", "where", "it", "produced", "partial", "collapse", "of", "the", "left", "ventricle", "with", "a", "3", "mm", "deviation", "of", "the", "midline", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "with", "no", "findings", "of", "interest", ",", "and", "a", "chest", "CT", "scan", "showed", "an", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "LID", "associated", "with", "moderate", "right", "pleural", "effusion", "with", "hydroaerial", "levels", "suggestive", "of", "empyema", ".", "The", "study", "was", "also", "completed", "with", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "showing", "a", "possible", "patent", "foramen", "ovale", "and", "no", "vegetations", ".", "The", "microbiological", "tests", "performed", "were", ":", "blood", "cultures", ",", "sputum", "culture", "with", "BAAR", ",", "urine", "culture", ",", "pleural", "fluid", "culture", ",", "antigenuria", "for", "pneumococcus", "and", "legionella", ",", "galactomannan", "and", "serology", "for", "viruses", "(", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HSV", ",", "EBV", ",", "CMV", ",", "influenza", "virus", ",", "parainfluenza", ",", "RSV", ",", "adenovirus", ",", "etc", ".", ")", ",", "bacteria", "(", "syphilis", ",", "syphilis", ",", "syphilis", ")", ",", "and", "bacteria", "(", "syphilis", ",", "syphilis", ",", "syphilis", ",", "syphilis", ")", ".", ".", ".", ".", ")", ",", "bacteria", "(", "syphilis", ",", "Legionella", ",", "Bartonella", ",", "Coxiella", ",", "Brucella", ",", "Chlamydia", ".", ".", ".", ".", ")", ",", "parasites", "(", "toxoplasma", ",", "taeniasis", ",", "hydatidosis", ".", ".", ".", ")", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "Neurosurgery", "Department", "was", "contacted", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "brain", "biopsy", "of", "one", "of", "the", "lesions", "to", "take", "microbiological", "samples", ",", "with", "negative", "results", "in", "the", "culture", "(", "auramine", ",", "PCR", "toxoplasma", ",", "PCR", "bacteria", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "pathological", "anatomy", "(", "histochemical", "techniques", "and", "molecular", "analysis", "for", "M", ".", "tuberculosis", ",", "T", ".", "gondii", ",", "and", "B", ".", "melitensis", ")", ",", "suggesting", "pyogenic", "brain", "abscess", "as", "the", "most", "likely", "diagnosis", "without", "germ", "affiliation", ".", "During", "his", "stay", "at", "our", "centre", ",", "the", "antibiotic", "spectrum", "was", "extended", "by", "starting", "linezolid", ",", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "and", "metronidazole", ",", "completing", "eight", "weeks", "of", "treatment", ",", "with", "good", "clinical", ",", "respiratory", ",", "neurological", "and", "radiological", "evolution", ".", "A", "control", "chest", "CT", "scan", "showed", "radiological", "improvement", "with", "respect", "to", "previous", "findings", ",", "with", "virtual", "disappearance", "of", "consolidation", ",", "together", "with", "the", "finding", "of", "multiple", "cysts", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "right", "lower", "lobe", "communicating", "with", "the", "airway", ",", "suggestive", "of", "cystic", "adenomatoid", "malformation", "with", "possible", "superinfection", "and", "cystic-varicoid", "bronchiectasis", "with", "bronchovascular", "grouping", "in", "the", "medial", "basal", "segment", "of", "the", "LID", ".", "On", "discharge", ",", "she", "was", "referred", "to", "Cardiology", ",", "who", "ruled", "out", "permeable", "foramen", "ovale", "by", "transesophageal", "echocardiogram", ",", "and", "to", "Thoracic", "Surgery", "for", "surgical", "treatment", "of", "the", "pulmonary", "malformation", ".", "Final", "diagnosis", "Multiple", "pyogenic", "cerebral", "abscesses", "of", "haematogenous", "origin", "associated", "with", "pulmonary", "cystic", "adenomatoid", "cystic", "malformation", "and", "lobar", "pneumonia", "with", "no", "affiliation", "of", "the", "causative", "microorganism", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 118, "end": 124 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 263, "end": 267 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 254, "end": 258 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 682, "end": 689 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 772, "end": 779 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 996, "end": 1003 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 710, "end": 721 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1094, "end": 1101 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1316, "end": 1323 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1970, "end": 1976 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1457, "end": 1464 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1738, "end": 1745 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2081, "end": 2089 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 2104, "end": 2113 }, { "text": "hydatidosis", "label": "SPECIES", "start": 2130, "end": 2141 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2271, "end": 2280 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2829, "end": 2838 }, { "text": "pyogenic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2740, "end": 2757 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2749, "end": 2757 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2924, "end": 2938 }, { "text": "staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 2985, "end": 2998 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2515, "end": 2523 }, { "text": "gram-positive", "label": "SPECIES", "start": 2962, "end": 2975 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 4084, "end": 4088 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 4438, "end": 4448 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 4460, "end": 4468 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4243, "end": 4246 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 4470, "end": 4479 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 4450, "end": 4458 }, { "text": "legionella", "label": "SPECIES", "start": 4161, "end": 4171 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 4426, "end": 4436 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4258, "end": 4263 }, { "text": "influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 4248, "end": 4263 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4903, "end": 4918 }, { "text": "T. gondii", "label": "SPECIES", "start": 4920, "end": 4929 }, { "text": "B. melitensis", "label": "SPECIES", "start": 4935, "end": 4948 }, { "text": "taeniasis", "label": "SPECIES", "start": 4510, "end": 4519 }, { "text": "hydatidosis", "label": "SPECIES", "start": 4521, "end": 4532 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "79-year-old", "man", ",", "a", "retired", "doctor", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "who", "underwent", "surgery", "for", "right", "inguinal", "hernia", "in", "2008", "and", "left", "knee", "replacement", "in", "2011", ".", "He", "received", "treatment", "with", "amlodipine", "5", "mg", "and", "irbesartan", "150", "mg", ".", "He", "was", "diagnosed", "in", "2009", "with", "a", "PSA", "of", "14", "ng", "/", "ml", ",", "a", "prostate", "adenocarcinoma", "Gleason", "5", "+", "4", ",", "localised", "disease", ".", "He", "received", "treatment", "with", "local", "radiotherapy", "followed", "by", "double", "androgen", "blockade", "for", "3", "years", "with", "leuprorelin", "and", "bicalutamide", ".", "He", "continued", "to", "undergo", "check-ups", "until", "June", "2018", ",", "when", "he", "began", "to", "experience", "alterations", "in", "his", "bowel", "rhythm", ",", "and", "a", "locoregional", "recurrence", "with", "rectal", "infiltration", "and", "lymph", "node", "involvement", "was", "observed", ".", "The", "prostate", "biopsy", "confirmed", "a", "100", "%", "small", "cell", "neuroendocrine", "carcinoma", ",", "so", "cisplatin-etoposide", "was", "started", "and", "he", "received", "4", "cycles", "until", "October", "2018", ".", "She", "presented", "with", "grade", "3", "peripheral", "neuropathy", ",", "which", "made", "it", "necessary", "to", "discontinue", "treatment", "and", "she", "continued", "to", "undergo", "check-ups", ".", "In", "January", "2019", ",", "she", "presented", "with", "a", "lingering", "clinical", "picture", "of", "temporospatial", "disorientation", ",", "recent", "memory", "loss", ",", "as", "well", "as", "paroxysmal", "and", "self-limited", "episodes", "of", "mandibular", "tremor", ",", "for", "which", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "for", "further", "study", ".", "Physical", "examination", "Karnofsky", "index", "of", "70", ".", "Temporal", "disorientation", "with", "marked", "impairment", "of", "immediate", "memory", ",", "which", "she", "recovered", "with", "clues", ".", "Five", "episodes", "of", "left", "hemifacial", "clonus", "lasting", "10", "seconds", "were", "observed", ",", "with", "a", "feeling", "of", "anguish", "and", "unprovoked", "crying", ".", "Complementary", "tests", "Haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "without", "alterations", ".", "Folic", "acid", ",", "B12", ",", "tumour", "markers", ",", "varicella", ",", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", "and", "QuantiFERON", "serologies", "were", "normal", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showed", "small", "vessel", "ischaemia", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", "showed", "a", "hypersignal", "in", "both", "temporal", "lobes", ",", "at", "the", "right", "insular", "corticosubcortical", "level", "and", "left", "temporal", "amygdala", ",", "compatible", "with", "autoimmune", "encephalitis", ".", "Video-electroencephalography", "(", "V-EEG", ")", "was", "performed", "and", "no", "epileptiform", "activity", "was", "observed", ".", "An", "IgA", "and", "basic", "thyroid", "immunological", "study", "was", "completed", "and", "was", "negative", ".", "Subsequently", ",", "antineuronal", "antibodies", "were", "determined", "in", "blood", ",", "with", "a", "positive", "result", "for", "anti-HU", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "therefore", "diagnosed", "with", "autoimmune", "limbic", "encephalitis", "due", "to", "anti-HU", "antibodies", ",", "with", "a", "locoregional", "and", "lymph", "node", "relapse", "due", "to", "undifferentiated", "neuroendocrine", "carcinoma", "of", "the", "prostate", ".", "Treatment", "He", "received", "anticommitant", "treatment", "with", "levetiracetam", "with", "improvement", "of", "the", "facial", "clonus", ".", "Once", "the", "autoimmune", "aetiology", "was", "known", ",", "immunosuppressive", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "boluses", "of", "methylprednisolone", "1", "g", "/", "24", "hours", "for", "5", "days", ".", "Evolution", "Initial", "favourable", "response", "to", "treatment", "with", "no", "new", "episodes", "of", "facial", "clonus", ",", "although", "memory", "lapses", "persisted", ".", "After", "completing", "corticotherapy", ",", "he", "presented", "three", "generalised", "tonic-clonic", "crises", "without", "recovery", ",", "requiring", "orotracheal", "intubation", "and", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Levetiracetam", ",", "midazolam", "and", "diazepam", "were", "administered", "with", "good", "evolution", "and", "he", "was", "extubated", ".", "New", "immunosuppressive", "treatment", "was", "then", "started", "with", "rituximab", "associated", "with", "oral", "cyclophosphamide", "at", "metronomic", "doses", ",", "presenting", "clinical", "improvement", "with", "disappearance", "of", "emotional", "lability", ",", "and", "without", "new", "convulsive", "episodes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 68 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 1652, "end": 1663 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1639, "end": 1650 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2243, "end": 2250 } ]

[ "A", "57-year-old", "man", ",", "ex-smoker", "for", "28", "years", ",", "with", "low-risk", "IgG", "kappa", "monoclonal", "gammopathy", ",", "and", "a", "totally", "active", "and", "independent", "life", "(", "he", "goes", "to", "the", "gym", "and", "exercises", "daily", ")", ".", "Two", "weeks", "before", "his", "admission", ",", "he", "began", "with", "a", "dry", "cough", "and", "fever", "that", "he", "attributed", "to", "an", "upper", "respiratory", "catarrh", ".", "A", "few", "days", "later", "he", "suffered", "chest", "pain", "with", "atypical", "characteristics", ",", "radiating", "to", "the", "interscapular", "region", "and", "left", "scapula", ",", "for", "which", "he", "went", "to", "the", "emergency", "department", "and", "was", "diagnosed", "with", "a", "possible", "muscle", "contracture", ".", "He", "started", "treatment", "with", "analgesics", ",", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "a", "muscle", "relaxant", ",", "as", "well", "as", "a", "cough", "suppressant", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "cough", "and", "pain", "despite", "the", "prescribed", "treatment", ",", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", ".", "At", "no", "time", "had", "she", "presented", "with", "dyspnoea", ".", "Examination", "revealed", "a", "good", "general", "condition", ",", "BP", "110", "/", "74", "mmHg", ",", "HR", "95", "bpm", ",", "Ta", "36", "oC", ",", "baseline", "SpO2", "93", "%", ",", "without", "tachypnoea", "or", "respiratory", "work", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "normal", ",", "and", "pulmonary", "auscultation", "showed", "bibasal", "crackles", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "In", "the", "initial", "assessment", ",", "the", "complementary", "tests", "performed", "were", "as", "follows", ":", "-", "Basic", "laboratory", "tests", "(", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "coagulation", ")", ",", "including", "11", ",", "260", "leukocytes", "/", "μl", "(", "91", ".", "3", "%", "neutrophils", ")", ",", "CRP", "547", ".", "9", "mg", "/", "l", ",", "procalcitonin", "1", ".", "69", "ng", "/", "ml", ",", "fibrinogen", "1", ",", "200", "mg", "/", "dl", ",", "CK", "124", "U", "/", "L", ",", "ultrasensitive", "troponin", "T", "15", "ng", "/", "l", ",", "GOT", "103", "U", "/", "L", "and", "GPT", "90", "U", "/", "L", ".", "-", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "pleural", "effusion", ",", "predominantly", "on", "the", "right", ",", "with", "pneumonic", "infiltrate", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ".", "-", "ECG", ":", "sinus", "tachycardia", "at", "124", "bpm", ",", "with", "no", "other", "pathological", "findings", ".", "-", "Urine", "system", "without", "pathological", "findings", ".", "Differential", "diagnosis", "From", "a", "syndromic", "point", "of", "view", ",", "and", "after", "performing", "the", "basic", "complementary", "tests", "on", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "is", "respiratory", "sepsis", "due", "to", "community-acquired", "pneumonia", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "(", "cough", ",", "fever", ",", "acute", "phase", "chest", "pain", ",", "focus", "of", "pneumonic", "condensation", "on", "chest", "X-ray", ",", "tachycardia", ")", ",", "although", "this", "would", "not", "explain", "the", "existence", "of", "right", "pleural", "effusion", "and", "bibasal", "crackles", "on", "auscultation", ".", "The", "appearance", "of", "chest", "and", "interscapular", "pain", ",", "despite", "its", "atypical", "characteristics", ",", "makes", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "the", "presence", "of", "cardiac", "pathology", "such", "as", "acute", "coronary", "syndrome", "or", "intrathoracic", "dissecting", "aortic", "aneurysm", ".", "The", "absence", "of", "electrical", "changes", "and", "elevated", "cardiac", "enzymes", "makes", "the", "first", "diagnosis", "improbable", ";", "for", "the", "second", ",", "we", "would", "require", "new", "complementary", "examinations", "(", "echocardiogram", ",", "chest", "CT", "scan", ")", ",", "although", "it", "seems", "less", "likely", "due", "to", "its", "lower", "frequency", "and", "the", "absence", "of", "cardiovascular", "risk", "factors", "such", "as", "hypertension", "or", "smoking", ".", "With", "regard", "to", "the", "bilateral", "pleural", "effusion", "with", "bibasal", "crackles", ",", "in", "addition", "to", "the", "possibility", "that", "the", "left", "pleural", "effusion", "could", "be", "parapneumonic", "or", "even", "an", "empyema", ",", "it", "suggests", "the", "possibility", "of", "left", "heart", "failure", ".", "This", ",", "ruling", "out", "the", "previously", "mentioned", "cardiovascular", "pathologies", ",", "could", "be", "framed", "in", "the", "context", "of", "infective", "endocarditis", "on", "native", "valve", "or", "other", "valvulopathies", ",", "pericardial", "involvement", "(", "pericarditis", ",", "pericardial", "effusion", ")", ",", "or", "much", "less", "prevalent", "diseases", "with", "cardiopulmonary", "involvement", "(", "atrial", "myxoma", ",", "cardiac", "amyloidosis", ",", "connective", "tissue", "diseases", ")", ".", "No", "murmurs", "or", "pericardial", "friction", "rub", "were", "observed", "on", "examination", ",", "and", "the", "ECG", "showed", "no", "signs", "of", "acute", "pericarditis", ".", "However", ",", "to", "completely", "rule", "out", "these", "conditions", ",", "an", "echocardiogram", "and", "other", "analytical", "tests", "would", "be", "necessary", ".", "Other", "diagnostic", "possibilities", "that", "could", "explain", "the", "presence", "of", "bilateral", "crackles", "include", "pulmonary", "fibrosis", "or", "carcinomatous", "lymphangitis", ",", "although", "in", "the", "absence", "of", "other", "symptoms", "and", "signs", "it", "seems", "reasonable", "to", "rule", "these", "out", "at", "least", "at", "the", "initial", "stage", ".", "The", "scapular", "pain", "could", "also", "be", "related", "to", "musculoskeletal", "lesions", "(", "contracture", "secondary", "to", "exercise", ",", "plasmacytoma-type", "lytic", "lesion", "or", "metastasis", "of", "unknown", "primary", ")", ".", "The", "former", "had", "been", "treated", "unsuccessfully", ",", "while", "the", "latter", "can", "be", "ruled", "out", "as", "no", "bony", "lesions", "were", "seen", "on", "the", "chest", "X-ray", ".", "The", "elevated", "transaminases", "could", "be", "related", "to", "a", "wide", "range", "of", "possibilities", ":", "hepatic", "steatosis", ",", "chronic", "infection", "by", "hepatitis", "B", "or", "C", "virus", ",", "acute", "infection", "by", "other", "hepatotropic", "viruses", "(", "Q", "fever", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein", "Barr", "virus", ",", "etc", ".", ")", ",", "unrecognised", "enolism", ",", "low", "cardiac", "output", "due", "to", "heart", "failure", ",", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "liver", ",", "etc", ".", "Further", "laboratory", "tests", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "necessary", "to", "clarify", "this", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "hospitalised", "in", "the", "Internal", "Medicine", "Unit", ".", "On", "admission", ",", "serology", "was", "performed", "for", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "syphilis", ",", "CMV", "and", "EBV", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "ANA", "and", "ANCA", "tests", "were", "negative", ",", "ruling", "out", "autoimmune", "pathology", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "signs", "of", "hepatic", "steatosis", ",", "which", "could", "explain", "the", "slight", "elevation", "of", "transaminases", ",", "in", "addition", "to", "the", "pleural", "effusion", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "reporting", "severe", "pericardial", "effusion", "with", "echocardiographic", "data", "of", "haemodynamic", "compromise", ".", "In", "view", "of", "the", "presence", "of", "pleural", "and", "pericardial", "effusion", ",", "diagnostic", "thoracentesis", "and", "pericardiocentesis", "were", "performed", "with", "placement", "of", "pericardial", "drainage", "and", "outflow", "of", "purulent", "material", ",", "whose", "respective", "cytobiochemical", "results", "were", "compatible", "with", "polymorphonuclear", "exudate", "without", "empyema", "characteristics", "(", "right", "pleural", "fluid", ":", "pH", "7", ".", "43", ",", "1", ".", "102", "leukocytes", "with", "77", "%", "polymorphonuclear", ",", "glucose", "100", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "5", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "LDH", "631", "U", "/", "L", ";", "pericardial", "fluid", ":", "pH", "7", ".", "39", ",", "31", ",", "729", "leukocytes", "with", "93", "%", "polymorphonuclear", ",", "glucose", "<", "2", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "6", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "LDH", "2317", "U", "/", "L", ")", ".", "ADA", "determination", "was", "normal", "and", "tumour", "markers", "and", "cultures", "(", "including", "mycobacteria", ")", "were", "negative", ".", "Cytological", "analysis", "showed", "only", "evidence", "of", "significant", "acute", "non-specific", "inflammation", ".", "Two", "blood", "culture", "samples", "isolated", "non-capsulated", "Haemophilus", "influenzae", ".", "The", "patient", "received", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "(", "ceftriaxone", "+", "levofloxacin", ")", "for", "14", "days", ",", "followed", "by", "a", "total", "of", "4", "weeks", "of", "oral", "treatment", "with", "levofloxacin", ".", "In", "addition", ",", "depletive", "treatment", "with", "furosemide", "and", "anti-inflammatory", "treatment", "with", "ibuprofen", "was", "carried", "out", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "from", "the", "clinical", "(", "disappearance", "of", "cough", ",", "chest", "and", "interscapular", "pain", ",", "and", "reduction", "of", "crepitant", "rales", ")", ",", "analytical", "(", "normalisation", "of", "acute", "phase", "reactants", ")", ",", "radiological", "(", "reduction", "of", "pleural", "effusion", ")", "and", "echocardiographic", "(", "at", "discharge", ",", "slight", "pericardial", "effusion", "with", "no", "evidence", "of", "pericarditis", ")", "points", "of", "view", ".", "Final", "diagnosis", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "community-acquired", "left", "lower", "lobe", "pneumonia", ",", "Haemophilus", "influenzae", "bacteraemia", "and", "purulent", "pleuropericarditis", "with", "severe", "pericardial", "effusion", "and", "secondary", "heart", "failure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 4262, "end": 4277 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 4616, "end": 4619 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4606, "end": 4609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4509, "end": 4516 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4621, "end": 4629 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 5842, "end": 5864 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 5673, "end": 5685 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5871, "end": 5878 } ]

[ "A", "58-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "depression", "under", "treatment", ".", "He", "consulted", "for", "about", "two", "years", "of", "progressive", "cognitive", "deterioration", ".", "On", "admission", "he", "was", "haemodynamically", "stable", "and", "afebrile", ".", "Neurological", "examination", "revealed", "spatial-temporal", "disorientation", ",", "attention", "deficit", ",", "memory", "impairment", "and", "mild", "anisocoria", ",", "with", "no", "other", "neurological", "focality", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "unaltered", "renal", "and", "hepatic", "function", ",", "thiamine", "and", "vitamin", "B12", "levels", "in", "normal", "range", "and", "no", "elevated", "inflammatory", "parameters", ".", "Diagnosis", ":", "Neurosyphilis", "with", "manifestations", "of", "meningovascular", "and", "neuropsychiatric", "forms", ".", "Result", "An", "MRI", "of", "the", "brain", "showed", "a", "hyperintense", "right", "lenticule-capsular", "lesion", "in", "T2", "and", "T2", "FLAIR", ",", "with", "enhancement", "after", "Gadolinium", "administration", "and", "slight", "signal", "hyperintensity", "in", "the", "diffusion", "sequence", ",", "but", "without", "restriction", "in", "the", "ADC", "map", ",", "compatible", "with", "ischaemic", "lesion", "in", "subacute", "stage", "of", "evolution", ".", "Signal", "hyperintensity", "is", "also", "observed", "in", "T2", "and", "T2", "FLAIR", "sequences", "at", "the", "cortico-subcortical", "level", "in", "the", "left", "mesial", "temporal", "region", ",", "involving", "the", "uncus", "and", "extending", "towards", "the", "anterior", "temporal", "pole", ",", "without", "representation", "in", "diffusion", "sequence", ",", "with", "similar", "changes", "on", "the", "right", "side", ",", "but", "of", "lesser", "amount", ".", "Moderate", "diffuse", "atrophy", "of", "the", "encephalic", "parenchyma", "is", "evident", ",", "as", "evidenced", "by", "larger", "ventricles", "and", "wider", "cortical", "sulci", "than", "expected", "for", "the", "patient", "'", "s", "age", ".", "Right", "lenticulocapsular", "lesion", "hyperintense", "in", "T2", "FLAIR", "and", "hypointense", "in", "T1", ",", "with", "enhancement", "after", "Gadolinium", "administration", "and", "slight", "signal", "hyperintensity", "in", "diffusion", "sequence", ",", "but", "without", "restriction", "in", "the", "ADC", "map", ",", "compatible", "with", "ischaemic", "lesion", "in", "subacute", "stage", "of", "evolution", ".", "Signal", "hyperintensity", "in", "T2", "FLAIR", "sequences", "at", "the", "cortico-subcortical", "level", "in", "the", "left", "mesial", "temporal", "region", ",", "involving", "the", "uncus", "and", "extending", "towards", "the", "anterior", "temporal", "pole", ",", "with", "similar", "changes", "on", "the", "right", "side", ",", "but", "to", "a", "lesser", "extent", ".", "The", "lesion", "described", "showed", "slight", "signal", "hypointensity", "in", "T1", "sequences", ",", "with", "no", "enhancement", "after", "Gadolinium", "administration", ".", "A", "lumbar", "puncture", "showed", "clear", "CSF", "with", "5", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "100", "%", "mononuclear", ")", ",", "hyperproteinuria", "(", "256", "mg", "/", "dL", ")", ",", "normal", "glycorrhachia", "(", "62", "mg", "/", "dL", ")", "and", "negative", "Gram", "stain", ",", "China", "ink", "stain", "and", "smear", "microscopy", ".", "Based", "on", "the", "findings", "of", "the", "brain", "MRI", ",", "PCR", "for", "herpes", "simplex", "virus", "type", "1", "and", "2", "in", "CSF", "were", "negative", "and", "VDRL", "and", "FTA-ABS", "in", "CSF", "were", "reactive", "(", "VDRL", "dilution", "1", ":", "64", ")", ".", "An", "electroencephalogram", "performed", "on", "the", "same", "day", "showed", "a", "slow", "baseline", "rhythm", "without", "epileptiform", "activity", ".", "The", "HIV", "infection", "test", "was", "negative", ".", "A", "diagnosis", "of", "neurosyphilis", "was", "made", "and", "treatment", "was", "started", "with", "Penicillin", "G", "24", "mU", "/", "day", "for", "14", "days", ",", "with", "which", "the", "patient", "showed", "partial", "improvement", "of", "his", "cognitive", "deterioration", "and", "resolution", "of", "his", "anisocoria", ".", "He", "was", "discharged", "once", "the", "antibiotic", "treatment", "was", "completed", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1434, "end": 1441 }, { "text": "FTA-ABS", "label": "SPECIES", "start": 2432, "end": 2439 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2598, "end": 2601 }, { "text": "herpes simplex virus type 1", "label": "SPECIES", "start": 2364, "end": 2391 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 2298, "end": 2314 }, { "text": "herpes simplex virus type 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 2364, "end": 2397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2752, "end": 2759 } ]

[ "A", "34-year-old", "male", "from", "Gambia", "attended", "the", "Infectious", "Diseases", "outpatient", "clinic", "for", "the", "first", "time", "in", "November", "2012", ",", "referred", "by", "ENT", "for", "a", "nasal", "lesion", "and", "tonsillar", "pillars", "compatible", "with", "rhinoscleroma", ".", "Personal", "history", "included", "the", "presence", ",", "since", "the", "age", "of", "20", ",", "of", "a", "wound", "in", "the", "nose", ",", "in", "the", "upper", "part", "of", "the", "nasal", "septum", ",", "which", "oozed", "contents", "without", "a", "foul", "odour", ",", "treated", "in", "his", "country", ",", "which", "took", "about", "two", "months", "to", "heal", "and", "years", "later", ",", "rhinorrhoea", "and", "a", "sensation", "of", "nasal", "obstruction", "reappeared", ".", "He", "also", "presented", "occasional", "nocturnal", "tremors", "for", "3-4", "years", ",", "which", "he", "interpreted", "as", "fever", ".", "The", "patient", "was", "a", "Gambian", "national", ",", "with", "a", "migratory", "route", ":", "Gambia-Libya-Italy-Spain", "(", "2010", ")", ".", "He", "lives", "with", "4", "people", "in", "acceptable", "hygienic-social", "conditions", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "He", "came", "for", "consultation", ",", "referred", "from", "ENT", ",", "due", "to", "a", "nasal", "lesion", "and", "a", "lesion", "on", "the", "roof", "of", "the", "tonsillar", "pillars", ",", "biopsies", "of", "which", "were", "taken", "and", "where", "it", "was", "demonstrated", ",", "by", "anatomopathological", "study", ",", "the", "presence", "of", "Mikulicz", "cells", "harbouring", "coco-bacillary", "bacterial", "structures", ",", "and", "a", "suspected", "diagnosis", "of", "rhinoscleroma", "without", "microbiological", "diagnosis", ".", "At", "the", "time", "of", "this", "first", "visit", ",", "the", "patient", "presented", "permanent", "rhinorrhoea", "and", "a", "sensation", "of", "nasal", "obstruction", "that", "prevented", "him", "from", "breathing", "properly", ".", "Physical", "examination", "revealed", "scarring", "in", "the", "upper", "nasal", "area", ".", "Absence", "of", "uvula", ".", "Small", "palatine", "tonsils", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "significant", "findings", ".", "Complementary", "tests", ":", "-", "Haemoglobin", "14g", "/", "dL", ",", "MCV", "99", ",", "Leukocytes", "5", ".", "48x103", "/", "μL", "(", "Neutrophils", "2", ".", "99x103", "/", "μL", ")", ",", "Platelets", "187x103", "/", "μL", ".", "ESR", "4", "mm", "/", "h", ".", "-", "Biochemistry", ":", "Normal", "hepatorenal", "profile", ".", "CRP", "0", ".", "00", "mg", "/", "dL", ".", "Total", "protein", "7", ".", "58", "g", "/", "dL", ".", "Antistreptolysin", "55", "U", "/", "mL", ",", "Rheumatoid", "factor", "9", ".", "7", "U", "/", "mL", ".", "-", "Serologies", ":", "Negative", "for", "Brucella", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Lúes", ",", "HIV", "and", "Hepatitis", "C", ".", "IgG", "3", ".", "6", "for", "Epstein-Barr", "virus", ",", "IgG", "354", "and", "IgM", "0", ".", "65", "for", "Toxoplasma", ".", "HBsAg", "negative", "AntiHBc", "positive", ",", "AntiHBs", "positive", ".", "-", "Sputum", "culture", ":", "Development", "of", "oropharyngeal", "flora", ".", "BAAR", "are", "not", "observed", ".", "No", "mycobacterial", "growth", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "Normal", "cardiothoracic", "index", ".", "No", "infiltrate", "or", "condensation", ".", "-", "CT", "scan", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ":", "Occupation", "by", "soft", "tissue", "of", "both", "nostrils", ",", "causing", "expansion", "of", "these", "nostrils", ",", "as", "well", "as", "demineralisation", "and", "loss", "of", "definition", "of", "the", "cartilages", "of", "the", "turbinates", ".", "Nasal", "septum", "displaced", "to", "the", "left", ".", "Polypoid", "lesions", ".", "Referred", "back", "to", "ENT", "for", "surgical", "cleaning", "and", "taking", "of", "samples", "for", "microbiological", "study", ",", "and", "the", "patient", "did", "not", "return", "to", "the", "clinic", "until", "2015", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "initial", "differential", "diagnosis", "would", "include", "fungal", "infections", ",", "granulomatous", "diseases", "such", "as", "tuberculosis", ",", "sarcoidosis", ",", "leprosy", ",", "vasculitis", ",", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", "or", "verrucous", "carcinoma", "as", "well", "as", "basal", "cell", "carcinoma", "and", "other", "infections", "such", "as", "mucocutaneous", "leishmaniasis", ",", "rhinosporidiosis", ",", "sporotrichosis", ",", "blastomycosis", "and", "paracoccidiodomycosis", ".", "Evolution", "The", "patient", "did", "not", "attend", "for", "a", "check-up", ",", "as", "he", "had", "to", "travel", "for", "work", "reasons", "and", "the", "follow-up", "was", "lost", ".", "Three", "years", "later", "he", "reappeared", "at", "the", "clinic", "with", "the", "same", "problem", ".", "It", "is", "not", "clear", "whether", "he", "has", "been", "treated", ".", "He", "was", "assessed", "again", "by", "the", "ENT", ",", "this", "time", "taking", "samples", "for", "microbiological", "study", ",", "where", "Staphylococcus", "aureus", "and", "Klebsiella", "rhinoscleromatis", "were", "isolated", ".", "Negative", "culture", "for", "mycobacteria", ".", "Both", "pathogens", "were", "sensitive", ",", "according", "to", "the", "antibiogram", ",", "to", "Ciprofloxacin", ",", "so", "treatment", "was", "decided", "with", "this", "antibiotic", ",", "at", "a", "dose", "of", "500mg", "every", "12", "hours", "for", "6", "months", ",", "with", "close", "follow-up", "with", "primary", "care", "to", "monitor", "tolerance", "and", "adherence", ".", "Final", "diagnosis", "Both", "microbiological", "and", "anatomopathological", "data", "point", "to", "Rhinoscleroma", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 208, "end": 216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 610, "end": 617 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1055, "end": 1064 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1192, "end": 1199 }, { "text": "coco-bacillary", "label": "SPECIES", "start": 1040, "end": 1054 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2012, "end": 2016 }, { "text": "oropharyngeal flora", "label": "SPECIES", "start": 1991, "end": 2010 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2494, "end": 2501 }, { "text": "Klebsiella rhinoscleromatis", "label": "SPECIES", "start": 3278, "end": 3305 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 3252, "end": 3273 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3342, "end": 3354 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2942, "end": 2949 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 3361, "end": 3370 } ]

[ "Polytrauma", "patient", "aged", "39", "years", "due", "to", "a", "fall", "of", "2", "metres", ".", "No", "relevant", "medical", "history", ".", "Examination", "revealed", "hypertension", ",", "tachycardia", "and", "95", "%", "saturation", ",", "with", "diffuse", "peritonitis", "and", "abdominal", "palpation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "pattern", "of", "cytolysis", ",", "metabolic", "acidosis", ",", "hyperamylasaemia", "and", "anaemia", ".", "Pancreatic", "laceration", "crossing", "more", "than", "50", "%", "of", "the", "glandular", "thickness", "is", "associated", "with", "rupture", "of", "the", "main", "pancreatic", "duct", ",", "the", "more", "proximal", "to", "the", "head", ",", "the", "greater", "the", "likelihood", ".", "The", "presence", "of", "fluid", "between", "the", "splenic", "vein", "and", "the", "pancreas", "and", "peripancreatic", "fluid", "(", "serous", "or", "haematic", ")", "increases", "suspicion", ".", "Urgent", "laparotomy", "revealed", "rupture", "of", "the", "splenic", "capsule", "and", "complete", "section", "of", "the", "pancreatic", "body", ",", "with", "liponecrosis", "and", "inflammation", "of", "the", "peripancreatic", "fat", "and", "omentum", ".", "Corporo-caudal", "pancreatectomy", "with", "splenectomy", "was", "performed", ".", "The", "patient", "evolved", "with", "post-traumatic", "pancreatitis", "and", "organised", "collections", ",", "treated", "with", "drainage", "and", "antibiotherapy", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 866, "end": 873 } ]

[ "A", "54-year-old", "male", "patient", ",", "smoker", "and", "moderate", "drinker", ",", "allergic", "to", "penicillins", ",", "with", "a", "history", "of", "episodes", "of", "maxillary", "sinusitis", "and", "pansinusitis", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "a", "plasmacytoma", "of", "the", "left", "frontal", "sinus", "following", "a", "sinus", "puncture", "biopsy", "in", "another", "hospital", ",", "where", "it", "was", "surgically", "excised", "by", "means", "of", "an", "incision", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "eyebrow", "and", "an", "osteotomy", "of", "the", "anterior", "wall", "of", "the", "sinus", ".", "A", "fragment", "of", "the", "sinus", "cavity", "was", "obtained", "for", "anatomopathological", "analysis", "confirming", "the", "presence", "of", "the", "plasmacytoma", ".", "Histopathological", "analysis", "of", "the", "excised", "sinus", "mucosa", "was", "also", "performed", ",", "which", "was", "reported", "as", "a", "possible", "abscessed", "mucocele", "(", "mucopiocele", ")", ".", "He", "was", "subsequently", "referred", "to", "the", "haematology", "department", "of", "our", "hospital", "for", "further", "treatment", ".", "Bone", "scintigraphy", "showed", "pathological", "deposition", "of", "the", "tracer", "in", "the", "maxillary", "sinus", ",", "nasal", "bones", "and", "frontal", "sinuses", ",", "suggesting", "the", "presence", "of", "myeloma", ".", "Three", "cycles", "of", "chemotherapy", "were", "administered", "one", "month", "apart", ",", "consisting", "of", "vincristine", ",", "adriomycin", "and", "dexamethasone", "+", "Aredia", "(", "1st", "cycle", ")", ";", "cyclophosphamide", ",", "etopoxide", ",", "dexamethasone", "+", "Aredia", "(", "2nd", "cycle", ")", ";", "and", "cyclophosphamide", ",", "adriomycin", ",", "dexamethasone", "+", "Aredia", "(", "3rd", "cycle", ")", ".", "Two", "days", "after", "the", "end", "of", "the", "third", "cycle", "of", "chemotherapy", "treatment", ",", "an", "increase", "in", "tumour", "was", "observed", "in", "the", "frontal", "region", ",", "with", "signs", "of", "local", "inflammation", "of", "24", "hours", "of", "evolution", ".", "On", "examination", ",", "a", "soft", "tumour", "was", "palpable", "in", "the", "frontal", "region", "draining", "abundant", "purulent", "material", "through", "two", "orifices", "located", "in", "the", "eyebrow", ",", "with", "headache", "and", "fever", "of", "38oC", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "culture", "and", "antibiogram", "(", "no", "microorganisms", "were", "isolated", ")", ".", "Skull", "X-ray", "showed", "a", "radiolucent", "area", "at", "the", "level", "of", "the", "frontal", "bone", ".", "CT", "and", "MRI", "confirmed", "the", "presence", "of", "thickening", "of", "the", "frontal", "bone", "and", "occupation", "of", "its", "cavities", "with", "a", "lytic", "area", "on", "the", "left", "side", "suggestive", "of", "osteomyelitis", "with", "areas", "of", "sequestration", "at", "frontal", "level", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "our", "Maxillofacial", "Surgery", "Department", "and", "after", "evaluation", "of", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "carry", "out", "surgical", "treatment", ".", "A", "butterfly", "incision", "was", "made", "in", "the", "glabellar", "region", "including", "the", "fistulous", "tract", ".", "After", "detaching", "the", "flap", ",", "the", "frontal", "sinus", ",", "which", "had", "lost", "its", "external", "table", ",", "was", "visualised", ",", "cleaned", "and", "curetted", ",", "and", "the", "sinus", "walls", "were", "reamed", "with", "rotating", "material", ".", "A", "50", "cc", "cortico-cancellous", "bone", "graft", "was", "taken", "from", "the", "right", "proximal", "tibia", "using", "a", "trocar", ",", "which", "was", "mixed", "with", "a", "previously", "prepared", "PRP", "growth", "factor-rich", "fraction", "concentrate", ".", "250", "cc", "of", "venous", "blood", "was", "drawn", "to", "prepare", "the", "PRP", ",", "centrifuged", "using", "a", "two-stage", "technique", "(", "Platelet", "Concentrate", "Collection", "System", "PCCS", ";", "3i", "/", "Implant", "Innovations", ",", "Palm", "Beach", "Gardens", ",", "FL", "®", ")", ",", "and", "the", "two", "fractions", "were", "separated", ".", "Prior", "to", "application", ",", "the", "PRP", "clot", "was", "activated", "by", "calcium", "chloride", ".", "In", "total", ",", "a", "mixture", "of", "40", "cc", "of", "material", "was", "obtained", ",", "with", "which", "both", "sinus", "cavities", "were", "completely", "filled", ".", "The", "surgical", "wound", "was", "sutured", "and", "plasma", "poor", "in", "growth", "factors", "was", "placed", "over", "the", "scar", ".", "The", "curettage", "material", "from", "both", "sinus", "cavities", "was", "sent", "for", "pathology", "analysis", ".", "The", "result", "reported", "the", "presence", "of", "mixed", "inflammatory", "tissue", "with", "bone", "and", "soft", "tissue", "involvement", ",", "ruling", "out", "recurrence", "of", "plasmacytoma", ",", "and", "the", "diagnosis", "was", "chronic", "osteomyelitis", "of", "the", "frontal", "sinus", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "after", "five", "days", "of", "hospitalisation", "with", "no", "symptoms", "or", "postoperative", "complications", ".", "There", "were", "no", "complications", "at", "the", "donor", "site", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "without", "discomfort", ".", "CT", "scans", "were", "performed", "six", "and", "twelve", "months", "after", "the", "operation", ",", "showing", "complete", "filling", "of", "the", "sinus", "cavity", ",", "with", "no", "signs", "of", "disease", ".", "The", "patient", "had", "no", "further", "frontal", "swelling", "or", "discharge", ",", "headaches", "or", "fever", ".", "The", "aesthetic", "appearance", "of", "the", "surgical", "wound", "is", "very", "satisfactory", ".", ".", ".", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1620, "end": 1634 }, { "text": "butterfly", "label": "SPECIES", "start": 2084, "end": 2093 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1936, "end": 1943 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2025, "end": 2032 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3313, "end": 3320 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3475, "end": 3482 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3661, "end": 3668 } ]

[ "We", "present", "a", "case", "of", "disseminated", "infection", "by", "Mycobacterium", "chelonae", "in", "a", "58-year-old", "woman", ".", "Her", "personal", "history", "included", ":", "-", "Type", "II", "diabetes", "mellitus", "on", "treatment", "with", "vildagliptin", "50mg", "/", "metformin", "850mg", ".", "-", "Chronic", "renal", "insufficiency", "on", "dialysis", "treatment", ".", "-", "Chronic", "ischemic", "heart", "disease", ".", "Secondary", "dilated", "cardiomyopathy", "and", "LVEF", "27", "%", ".", "Current", "disease", ":", "Presents", "multiple", "indurated", "nodular", "lesions", "with", "erythematous", "base", "on", "medial", "aspect", "of", "legs", ",", "arms", "and", "upper", "trunk", ".", "The", "skin", "lesions", "evolved", "into", "necrotic", "areas", "that", "fistulised", "and", "oozed", "into", "the", "skin", ".", "The", "lesion", "was", "biopsied", "and", "found", "to", "be", "compatible", "with", "neutrophilic", "lobular", "and", "septal", "panniculitis", ".", "Cultures", "showed", "growth", "of", "aerobic", "and", "anaerobic", "species", "present", "in", "any", "organism", ".", "Culture", "results", "for", "atypical", "fungi", "and", "mycobacteria", "were", "negative", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "worsening", "of", "the", "lesions", ",", "with", "multiple", "erythematous", "erythematous", "maculo-papular", "suppurative", "lesions", "with", "confluence", "and", "plaque", "formation", "with", "some", "deep", "ulceration", "with", "non-elevated", "borders", ".", "Biopsy", "of", "the", "lesions", "was", "repeated", "and", "collagen", "bands", "were", "observed", ".", "New", "cultures", "of", "the", "indurated", "lesions", "showed", "growth", "of", "Mycobacterium", "chelonae", "colonies", "sensitive", "in", "vitro", "to", "clarithromycin", ".", "Treatment", "with", "clarithromycin", "e", ".", "v", ".", "was", "started", ",", "but", "the", "cutaneous", "involvement", "worsened", "to", "the", "point", "of", "dissemination", "of", "the", "infection", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", ".", "The", "patient", "finally", "died", "as", "a", "result", "of", "ventricular", "fibrillation", "during", "a", "dialysis", "session", "in", "the", "ICU", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycobacterium chelonae", "label": "SPECIES", "start": 47, "end": 69 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 92 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 99, "end": 107 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 779, "end": 784 }, { "text": "organism", "label": "SPECIES", "start": 740, "end": 748 }, { "text": "aerobic and anaerobic species", "label": "SPECIES", "start": 695, "end": 724 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 822, "end": 829 }, { "text": "Mycobacterium chelonae", "label": "SPECIES", "start": 1164, "end": 1186 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1404, "end": 1411 } ]

[ "Anamnesis", "55-year-old", "female", "patient", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "She", "was", "not", "taking", "chronic", "treatment", ".", "She", "was", "a", "menopausal", "woman", ",", "housewife", "and", "mother", "of", "two", "healthy", "children", ".", "The", "patient", "had", "no", "family", "history", "of", "neoplasms", ",", "nor", "did", "she", "report", "exposure", "to", "toxins", "or", "chemicals", "related", "to", "an", "increased", "incidence", "of", "neoplasms", ".", "For", "4", "months", ",", "the", "patient", "had", "been", "under", "study", "for", "progressive", "left", "coxalgia", "refractory", "to", "first", "-", "and", "second-step", "analgesics", ".", "The", "woman", "had", "recently", "undergone", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", ",", "which", "had", "not", "yet", "been", "assessed", "in", "the", "doctor", "'", "s", "office", ",", "showing", "a", "tumour-like", "lesion", "affecting", "the", "proximal", "femoral", "diaphysis", "of", "the", "left", "leg", "and", "soft", "tissues", ".", "The", "patient", "consulted", "her", "referral", "hospital", "for", "a", "sudden", "high", "intensity", "headache", "of", "4", "hours", "'", "duration", ",", "accompanied", "by", "poor", "general", "condition", "and", "vomiting", ".", "Initially", ",", "the", "neurological", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Due", "to", "these", "symptoms", ",", "a", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "intraparenchymal", "bleeding", "compatible", "with", "brain", "metastasis", ".", "For", "this", "reason", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "neurosurgery", "department", "of", "our", "hospital", "and", ",", "once", "admitted", ",", "a", "consultation", "was", "made", ".", "Physical", "examination", "Eastern", "Cooperative", "Oncology", "Group", "(", "ECOG", ")", "Scale", ":", "3", ".", "Karnofsky", "Scale", ":", "50", ".", "Orientation", "only", "in", "person", ".", "Bradybalic", ".", "Cranial", "nerves", "preserved", ".", "Rest", "of", "neurological", "examination", "with", "no", "findings", ".", "No", "palpable", "adenopathies", "were", "found", "in", "the", "otorhinolaryngological", "examination", ".", "Cardiac", ",", "respiratory", "and", "abdominal", "examination", "was", "uneventful", ".", "On", "examination", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "a", "mass", "measuring", "9-10", "centimetres", "(", "cm", ")", "in", "maximum", "length", ",", "hard", ",", "fixed", "to", "deep", "planes", "and", "painless", ",", "was", "palpable", "in", "the", "proximal", "third", "of", "the", "left", "hind", "limb", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Serial", "laboratory", "tests", "on", "9", "and", "19", "May", ":", "alkaline", "phosphatase", ":", "normal", ".", "LDH", ":", "312", "and", "404", "U", "/", "l", ".", "\"", "X-ray", "of", "the", "femur", ":", "hyperinflation", "of", "the", "cortical", "cortex", "and", "\"", "onion", "layer", "\"", "image", "in", "the", "middle", "third", "of", "the", "left", "femur", ".", "\"", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "pulmonary", "hyperintense", "nodular", "images", "in", "\"", "balloon", "release", "\"", ".", "\"", "CT", "of", "extremities", ":", "intramedullary", "lytic", "lesion", "in", "the", "proximal", "third", "of", "the", "left", "femoral", "diaphysis", "(", "7", ".", "3", "cm", ")", "with", "hyperdense", "material", ".", "Posterior", "(", "0", ".", "9", "cm", ")", "and", "medial", "(", "0", ".", "8", "cm", ")", "cortical", "disruption", ".", "\"", "Endosteal", "remodelling", ".", "Periosteal", "thickening", "in", "onion", "layers", ".", "Soft", "tissue", "mass", "(", "11", "x", "7", ".", "5", "cm", ")", "in", "adductor", "and", "crural", "musculature", ".", "\"", "Percutaneous", "core", "needle", "biopsy", "(", "CNB", ")", ":", "soft", "tissue", "biopsy", "9", "x", "9", "x", "12", "cm", "left", "parostal", ".", "\"", "MRI", "of", "the", "brain", "with", "contrast", ":", "right", "temporal", "haemorrhagic", "lesion", "(", "2", ".", "8", "cm", ")", "and", "left", "occipital", "haemorrhagic", "lesion", "(", "3", ".", "5", "cm", ")", ".", "Left", "parietooccipital", "leptomeningeal", "nodule", "capturing", "1", "cm", ".", "Left", "subdural", "and", "tentorial", "haematoma", ".", "\"", "Soft", "tissue", "biopsy", ":", "large", "conglomerate", "of", "round", "or", "spindle", "cells", "with", "abundant", "mitoses", ".", "Large", "areas", "of", "necrosis", "are", "observed", ".", "Scanty", "osteoid", "in", "interstitial", "space", ".", "Immunohistochemistry", ":", "SATB2", "positive", ".", "Conclusion", ":", "High", "grade", "small", "cell", "osteosarcoma", ".", "Diagnosis", "Small", "cell", "osteosarcoma", "(", "Hutter", "'", "s", ")", "stage", "IV", "(", "brain", "and", "lung", "involvement", ")", ".", "Treatment", "First", "line", "of", "polychemotherapy", "with", "cisplatin", "and", "adriamycin", ".", "Evolution", "At", "the", "start", "of", "admission", ",", "supportive", "treatment", "with", "corticosteroids", ",", "serotherapy", ",", "first", "and", "third", "step", "analgesia", "was", "started", ".", "Complete", "tumour", "staging", "and", "biopsy", "of", "the", "thigh", "lesion", "were", "performed", ".", "During", "the", "first", "days", "of", "admission", ",", "he", "presented", "progressive", "deterioration", "with", "a", "marked", "fluctuation", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "mixed", "aphasia", "and", "vertiginous", "syndrome", "with", "peripheral", "characteristics", ",", "which", "was", "stabilised", "by", "optimising", "medical", "treatment", ".", "Once", "the", "diagnosis", "was", "made", ",", "the", "patient", "was", "discussed", "in", "the", "Tumour", "Committee", ",", "which", "decided", "on", "first-line", "treatment", "with", "a", "polychemotherapy", "scheme", "based", "on", "cisplatin", "and", "adriamycin", ".", "Brain", "surgery", "and", "holocranial", "radiotherapy", "were", "initially", "rejected", ".", "The", "patient", "showed", "initial", "neurological", "improvement", ".", "Shortly", "afterwards", ",", "the", "patient", "again", "showed", "progressive", "deterioration", "with", "akathisia", "as", "the", "main", "symptom", ".", "Despite", "conservative", "measures", ",", "the", "patient", "did", "not", "improve", "and", "so", ",", "with", "the", "joint", "decision", "of", "the", "family", ",", "treatment", "aimed", "at", "symptom", "control", "was", "decided", "upon", ".", "The", "patient", "died", "on", "the", "14th", "day", "of", "admission", "with", "no", "signs", "of", "suffering", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 145, "end": 150 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 475, "end": 480 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 28 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 36 }, { "text": "housewife", "label": "HUMAN", "start": 152, "end": 161 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 217, "end": 223 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 196 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 166, "end": 172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 202, "end": 209 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 363, "end": 370 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 709, "end": 716 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1085, "end": 1092 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1316, "end": 1322 }, { "text": "onion", "label": "SPECIES", "start": 1926, "end": 1931 }, { "text": "onion", "label": "SPECIES", "start": 2312, "end": 2317 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3615, "end": 3622 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4092, "end": 4098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3838, "end": 3845 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3911, "end": 3918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4029, "end": 4036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4157, "end": 4164 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "37-year-old", "man", "from", "Romania", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "6", "years", ".", "He", "smoked", "about", "30", "cigarettes", "/", "day", "since", "he", "was", "15", "years", "old", "(", "33", "packs", "/", "year", ")", ".", "He", "worked", "in", "a", "plastics", "factory", "and", "was", "diagnosed", "with", "silicosis", "due", "to", "occupational", "exposure", "to", "sandblasting", ".", "He", "presented", "with", "pulmonary", "tuberculosis", "(", "TBP", ")", "10", "years", "previously", "treated", "in", "his", "country", "for", "six", "months", "with", "a", "daily", "regimen", "containing", "rifampicin", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "39oC", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ",", "dry", "cough", "and", "odynophagia", "with", "no", "other", "clinical", "findings", "on", "anamnesis", "by", "apparatus", "and", "systems", ".", "Physical", "examination", ":", "fever", ",", "39oC", ",", "BP", "130", "/", "70", "mmHg", ",", "HR", "112", "bpm", ".", "RR", "12", ".", "SatO2", "98", "%", "at", "ambient", "FiO2", ".", "No", "peripheral", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "normal", ",", "with", "no", "murmurs", "or", "friction", "sounds", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "generalised", "hypophonesis", "without", "rales", ".", "The", "ED", "blood", "test", "showed", "9600", "x10e9", "/", "L", "leukocytes", ",", "13", ".", "5", "%", "monocytes", ";", "the", "rest", "was", "normal", ".", "Renal", "function", ",", "ionogram", "and", "transaminases", "were", "normal", ".", "CRP", "112mg", "/", "l", ".", "The", "ECG", "showed", "no", "relevant", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "increased", "cardiothoracic", "index", ",", "nodular", "image", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "and", "bilateral", "perihilar", "interstitial", "infiltrate", ".", "Chest", "CT", "revealed", "progressive", "massive", "fibrosis", "secondary", "to", "silicosis", "with", "superimposed", "residual", "tuberculous", "fibrotic", "tracts", ",", "infectious", "involvement", "of", "the", "distal", "airway", "and", "severe", "pericardial", "effusion", "confirmed", "by", "transthoracic", "echocardiography", "revealing", "evidence", "of", "tamponade", ".", "Differential", "diagnosis", "On", "admission", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "established", "among", "the", "causes", "of", "pericardial", "effusion", ":", "-", "Infectious", "causes", ":", "any", "microorganism", "can", "affect", "the", "pericardium", ".", "-", "Viruses", ",", "mainly", "coxsackievirus", ".", "HIV", "infection", "should", "also", "be", "considered", ".", "-", "Bacteria", ":", "the", "most", "frequently", "isolated", "in", "pericardial", "fluid", "are", "Staphylococcus", "spp", ",", "S", ".", "pneumoniae", "and", "Streptococcus", "spp", ".", "Less", "frequent", ",", "although", "to", "be", "considered", "in", "our", "patient", ",", "is", "tuberculous", "pericarditis", "(", "PTB", ")", ".", "-", "Others", ":", "Rickettsiae", ",", "spirochetes", ",", "fungi", ",", "parasites", ",", "Tropheryma", "whippelii", "or", "Chlamydia", ".", "-", "Neoplastic", "causes", ":", "mainly", "breast", "cancer", ",", "lung", "cancer", "and", "Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", ".", "-", "Autoimmune", "causes", ":", "the", "most", "frequent", "are", "systemic", "lupus", "erythematosus", "and", "rheumatoid", "arthritis", ".", "-", "Metabolic", "causes", ":", "uraemic", "pericarditis", ",", "hypothyroidism", ".", "-", "Other", ":", "secondary", "to", "acute", "myocardial", "infarction", ",", "radiation", ",", "post-surgical", ",", "trauma", ",", "pharmacological", ",", "chemotherapy", ".", "-", "Idiopathic", ":", "in", "up", "to", "70", "%", "of", "cases", ",", "the", "aetiology", "of", "the", "effusion", "may", "not", "be", "established", ".", "Most", "are", "thought", "to", "be", "viral", "in", "origin", ".", "Evolution", "A", "pericardial", "window", "was", "performed", ",", "draining", "150", "ml", "of", "sero-sanguinolent", "fluid", "with", "2380", "leukocytes", "/", "μl", "(", "80", "%", "mononuclear", ")", "with", "ADA", "and", "glucose", "levels", "within", "normal", "limits", ".", "Given", "the", "clinical", "suspicion", "of", "tuberculous", "pericarditis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "four", "first-line", "antituberculosis", "drugs", "(", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", ")", "without", "improvement", ".", "The", "HIV", "test", "was", "negative", ".", "Sputum", "smears", "and", "mycobacterial", "medium", "culture", "of", "four", "induced", "sputum", "samples", "were", "negative", ".", "Pericardial", "fluid", "smear", "microscopy", "was", "negative", "and", "mycobacterial", "culture", "showed", "M", ".", "tuberculosis", "resistant", "to", "rifampicin", "(", "R", ")", ",", "isoniazid", "(", "I", ")", ",", "pyrazinamide", "(", "P", ")", "and", "ethambutol", "(", "E", ")", "as", "well", "as", "to", "capreomycin", "and", "amikacin", ",", "and", "sensitive", "to", "other", "second-line", "drugs", ".", "Treatment", "was", "changed", "to", "moxifloxacin", ",", "prothionamide", "and", "linezolid", "and", "prednisone", "50", "mg", "/", "day", "was", "added", ".", "Anti-tuberculosis", "treatment", "was", "maintained", "for", "18", "months", "with", "good", "clinical", "evolution", ",", "and", "the", "patient", "was", "followed", "up", "for", "24", "months", "without", "relapse", ".", "Final", "diagnosis", "Tuberculous", "pericarditis", "due", "to", "multidrug-resistant", "M", ".", "tuberculosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1718, "end": 1721 }, { "text": "coxsackievirus", "label": "SPECIES", "start": 1702, "end": 1716 } ]

[ "Anamnesis", "A", "44-year-old", "woman", "consulted", "for", "headache", "and", "fever", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ".", "Her", "only", "personal", "history", "of", "interest", "was", "5", "years", "ago", ",", "she", "had", "a", "hormone-dependent", "infiltrating", "ductal", "breast", "carcinoma", ",", "stage", "pT2N0M0", ",", "which", "was", "treated", "by", "lumpectomy", ",", "radiotherapy", ",", "chemotherapy", "and", "hormone", "therapy", ",", "and", "which", "has", "been", "in", "complete", "remission", "ever", "since", ".", "As", "a", "relevant", "family", "history", ",", "she", "lived", "with", "a", "sister", "who", "suffered", "from", "treated", "pulmonary", "tuberculosis", "26", "years", "ago", ".", "She", "maintains", "treatment", "with", "triptorelin", "(", "GnRH", "analogue", ")", "and", "exemestane", "(", "aromatase", "inhibitor", ")", ".", "The", "current", "history", "began", "2", "weeks", "before", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", ",", "when", "she", "began", "with", "a", "low-grade", "fever", "that", "turned", "into", "a", "fever", "of", "up", "to", "39", ".", "5oC", "in", "the", "last", "few", "days", ",", "associated", "with", "oppressive", "headache", ",", "predominantly", "in", "the", "occipital", "and", "cervical", "regions", ",", "although", "with", "holocranial", "extension", ",", "which", "has", "been", "progressing", "in", "intensity", "so", "that", "in", "the", "initial", "assessment", "she", "presented", "a", "VAS", "score", "of", "7", "/", "10", ",", "and", "which", "did", "not", "improve", "with", "conventional", "analgesic", "treatment", ".", "She", "has", "also", "presented", "nausea", "and", "some", "vomiting", "of", "food", "content", ".", "She", "denies", "any", "symptoms", "suggestive", "of", "neurological", "focality", ",", "as", "well", "as", "any", "other", "systemic", "symptoms", "in", "the", "anamnesis", "by", "apparatus", ".", "Physical", "examination", "General", "physical", "examination", ":", "temperature", "38", ".", "9", "oC", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "120", "bpm", ".", "No", "other", "alterations", "of", "interest", ".", "Neurological", "examination", ":", "slight", "nuchal", "rigidity", ",", "with", "negative", "Kernig", "'", "s", "and", "Brudzinski", "'", "s", "signs", ".", "The", "rest", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "In", "the", "ED", ",", "analytical", "studies", "were", "performed", "(", "basic", "biochemistry", ",", "haemogram", ",", "coagulation", "study", ")", "which", "showed", "no", "alterations", "except", "for", "LDH", "levels", "of", "201", "IU", "/", "l", ",", "with", "CRP", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", "and", "procalcitonin", "0", ".", "069", "ng", "/", "ml", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "was", "normal", ",", "as", "were", "chest", "X-ray", "and", "urine", "systemic", "examination", ".", "-", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "an", "opening", "pressure", "of", "300", "mm", "H2O", ",", "no", "blockages", "and", "clear", "cerebrospinal", "fluid", ".", "The", "result", "of", "the", "cytobiochemical", "study", "was", "50", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "15", "%", "polymorphonucleated", ",", "85", "%", "mononucleated", ")", ",", "0", "red", "blood", "cells", "/", "mm3", ",", "glucose", "21", "mg", "/", "dl", "(", "capillary", "glycaemia", "133", "mg", "/", "dl", ")", ",", "protein", "1", ".", "26", "g", "/", "l", ".", "The", "remainder", "of", "the", "study", "was", "obtained", "from", "the", "blood", ".", "-", "The", "rest", "of", "the", "study", "was", "obtained", "throughout", "the", "patient", "'", "s", "admission", ",", "of", "which", "the", "most", "relevant", "was", "the", "positive", "CSF", "culture", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", "sensitive", "to", "streptomycin", ",", "ethambutol", ",", "pyrazinamide", ",", "isoniazid", "and", "rifampicin", ".", "-", "CSF", "gamma", "interferon", ":", "166", "pg", "/", "ml", ".", "-", "PCR", "for", "mycobacteria", ",", "HSV", "and", "enterovirus", "in", "CSF", ":", "negative", ".", "-", "CSF", "culture", "for", "bacteria", ":", "negative", ".", "-", "CSF", "cytology", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "-", "CSF", "serology", "for", "lupus", ",", "Borrelia", ",", "Brucella", "and", "Cryptococcus", "neoformans", ":", "negative", ".", "-", "Fluorescence", "stains", "and", "mycobacterial", "cultures", "in", "sputum", "and", "urine", ":", "negative", ".", "-", "Serology", "in", "serum", "/", "plasma", "for", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", ",", "syphilis", ",", "Brucella", ",", "Toxoplasma", ":", "negative", ".", "-", "Mantoux", "test", ":", "negative", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "with", "intravenous", "contrast", ":", "leptomeningeal", "uptake", "at", "the", "level", "of", "both", "cerebral", "hemispheres", "and", "posterior", "fossa", "structures", ".", "Axial", "slice", "of", "FLAIR", "sequence", "with", "intravenous", "contrast", "MRI", "showing", "leptomeningeal", "uptake", "at", "the", "brainstem", "level", ".", "-", "Thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "no", "signs", "of", "lymph", "node", "recurrence", "or", "distant", "dissemination", "of", "her", "breast", "neoplasm", ".", "-", "Tumour", "markers", ":", "normal", ".", "Diagnosis", "Tuberculous", "meningitis", ".", "Treatment", "Initially", ",", "given", "the", "picture", "of", "meningitis", "with", "lymphocyte-predominant", "pleocytosis", ",", "hypoglycorrhoea", "and", "hyperproteinorrhoea", "of", "subacute", "onset", ",", "empirical", "antimicrobial", "treatment", "was", "started", "with", "ampicillin", "(", "2", "g", "/", "4", "h", "intravenous", ")", ",", "acyclovir", "10", "mg", "/", "kg", "/", "8", "h", "intravenous", ")", ",", "ceftriaxone", "(", "2", "g", "/", "12", "h", "intravenous", ")", "and", "oral", "tuberculostatics", ",", "as", "well", "as", "dexamethasone", "(", "8", "mg", "/", "6", "h", "intravenous", ")", ".", "After", "ruling", "out", "other", "infectious", "aetiologies", "(", "viral", "and", "bacterial", ")", ",", "in", "addition", "to", "tumour", "(", "meningeal", "carcinomatosis", ")", "and", "non-infectious", "inflammation", ",", "he", "was", "maintained", "only", "on", "anti-tuberculosis", "treatment", ":", "isoniazid", "300", "mg", "/", "24", "h", "(", "together", "with", "pyridoxine", "300", "mg", "/", "week", ")", ",", "rifampicin", "600", "mg", "/", "24", "h", ",", "pyrazinamide", "2", "g", "/", "24", "h", "and", "levofloxacin", "500", "mg", "/", "12", "h", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "until", "she", "was", "asymptomatic", "and", "afebrile", "10", "days", "after", "starting", "treatment", ".", "As", "a", "pharmacological", "side", "effect", ",", "she", "presented", "progressive", "asymptomatic", "hepatopathy", "with", "a", "cytolytic", "profile", ",", "with", "GOT", "and", "GPT", "values", "of", "up", "to", "141", "and", "208", "IU", "/", "l", ",", "respectively", ",", "15", "days", "after", "starting", "treatment", ",", "making", "it", "necessary", "to", "replace", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "pyrazinamide", "with", "second-line", "antituberculosis", "treatment", "(", "linezolid", ",", "ethambutol", "and", "amikacin", ",", "in", "addition", "to", "levofloxacin", ")", ".", "Given", "the", "good", "evolution", "of", "the", "liver", "profile", ",", "the", "pharmacological", "treatment", "was", "progressively", "changed", ",", "so", "that", "she", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "levofloxacin", "for", "another", "2", "months", "and", "then", "isoniazid", "and", "rifampicin", "for", "another", "9", "months", ".", "On", "subsequent", "outpatient", "follow-up", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "did", "not", "present", "any", "further", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 370, "end": 376 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 403, "end": 409 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 613, "end": 620 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 95, "end": 103 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 2365, "end": 2399 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2284, "end": 2291 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2538, "end": 2541 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2546, "end": 2557 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2524, "end": 2536 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2594, "end": 2602 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2685, "end": 2693 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2695, "end": 2703 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 2708, "end": 2731 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2879, "end": 2887 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2889, "end": 2899 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2864, "end": 2867 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2859, "end": 2862 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2854, "end": 2857 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3842, "end": 3851 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4554, "end": 4570 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4144, "end": 4151 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4953, "end": 4960 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "previous", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "for", "a", "decrease", "in", "meatal", "calibre", "and", "progressive", "worsening", "of", "voiding", "quality", ",", "with", "itching", "and", "lengthening", "of", "micturition", "time", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "presented", "with", "a", "good", "general", "appearance", ",", "with", "normal", "genitalia", "and", "no", "obvious", "skin", "lesions", ",", "with", "meatal", "stenosis", ",", "and", "surgical", "treatment", "was", "indicated", ".", "During", "the", "meatotomy", ",", "the", "urethral", "mucosa", "was", "found", "to", "be", "covered", "with", "lesions", "suggestive", "of", "condyloma", "acuminata", ",", "and", "urethroscopy", "was", "performed", "during", "the", "same", "surgical", "procedure", ".", "Complementary", "tests", "-", "In", "the", "urethrocystoscopy", ",", "pedunculated", "verrucous", "lesions", "were", "observed", "extending", "along", "the", "entire", "mucosa", "from", "the", "navicular", "fossa", "to", "the", "bulbar", "urethra", ",", "and", "a", "cold", "biopsy", "was", "taken", ".", "-", "The", "anatomopathological", "result", "of", "the", "biopsy", "of", "the", "lesions", "was", "condyloma", "acuminatum", "with", "mild-moderate", "epithelial", "dysplasia", ".", "-", "Serial", "voiding", "cystourethrography", "(", "CUMS", ")", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "urethra", "of", "regular", "calibre", ",", "but", "with", "scalloped", "limits", "and", "repletion", "defects", "along", "its", "entire", "length", ".", "-", "The", "study", "was", "complemented", "by", "an", "investigation", "of", "other", "STDs", ",", "with", "a", "positive", "result", "for", "HIV", ",", "unknown", "to", "date", ".", "Diagnosis", "Extensive", "intraurethral", "condylomatosis", "in", "an", "HIV-positive", "patient", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", "of", "our", "hospital", "to", "complete", "the", "study", "and", "start", "systemic", "treatment", "of", "his", "HIV", "infection", ".", "For", "the", "treatment", "of", "his", "intraurethral", "lesions", ",", "topical", "intraurethral", "treatment", "was", "prescribed", "with", "5", "%", "5-fluorouracil", "gel", "with", "lidocaine", ",", "administered", "once", "a", "week", "for", "6", "weeks", ",", "applied", "intraurethrally", "for", "20", "minutes", "each", "session", ",", "with", "good", "tolerance", "to", "the", "drug", "and", "no", "relevant", "side", "effects", ".", "Evolution", "After", "the", "first", "course", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "reported", "an", "improvement", "in", "voiding", "quality", ",", "but", "without", "reaching", "the", "comfort", "level", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "clinic", ".", "A", "new", "cystourethrogram", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "decrease", "in", "urethral", "irregularity", ",", "but", "without", "complete", "disappearance", ",", "so", "a", "new", "course", "of", "intraurethral", "treatment", "was", "indicated", ",", "this", "time", "for", "8", "weeks", ".", "Once", "the", "topical", "treatment", "was", "finished", ",", "a", "urethroscopy", "was", "performed", ",", "finding", "small", "lesions", "only", "in", "the", "navicular", "fossa", ",", "which", "were", "photocoagulated", "with", "laser", ".", "In", "the", "control", "urethroscopy", "after", "one", "month", "there", "was", "no", "recurrence", "of", "the", "lesions", ",", "and", "the", "urethral", "calibre", "was", "uniform", ",", "with", "no", "stenosis", "or", "retraction", ".", "In", "subsequent", "clinical", "controls", "the", "patient", "remains", "asymptomatic", "and", "with", "normal", "urethrography", "and", "urethrocystoscopy", "at", "6", "months", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 241, "end": 248 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1181, "end": 1184 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1259, "end": 1262 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1272, "end": 1279 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1423, "end": 1426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1296, "end": 1303 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1781, "end": 1788 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2462, "end": 2469 } ]

[ "History", ",", "current", "disease", "and", "physical", "examination", "A", "40-year-old", "patient", "was", "referred", "to", "the", "adult", "congenital", "heart", "disease", "clinic", "at", "our", "hospital", ",", "which", "is", "a", "reference", "centre", "in", "our", "autonomous", "community", ".", "He", "had", "been", "under", "follow-up", "since", "the", "age", "of", "21", "by", "his", "cardiologist", ".", "Non-cardiological", "pathological", "history", ":", "hepatitis", "C", ",", "borderline", "mental", "retardation", ".", "Cardiological", "history", ":", "patient", "diagnosed", "at", "birth", "with", "Tetralogy", "of", "Fallot", "(", "pulmonary", "stenosis", "at", "valvular", "and", "subvalvular", "level", ",", "a", "ventricular", "septal", "defect", "(", "VSD", ")", "at", "subaortic", "level", ",", "aortic", "protrusion", "and", "right", "ventricular", "hypertrophy", ")", ".", "At", "7", "months", "of", "life", ",", "palliative", "surgical", "treatment", "was", "performed", "by", "means", "of", "a", "right", "Waterston", "fistula", ",", "which", "is", "a", "systemic-pulmonary", "fistula", "consisting", "of", "a", "latero-lateral", "anastomosis", "of", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "ascending", "aorta", "with", "the", "right", "anterior", "pulmonary", "wall", "by", "means", "of", "a", "4", "mm", "Gore-Tex", "prosthesis", ".", "At", "16", "months", "of", "life", "he", "required", "a", "reoperation", "to", "enlarge", "the", "fistula", ".", "At", "20", "months", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "complete", "surgical", "correction", "with", "closure", "of", "the", "Waterston", "fistula", ",", "infundibular", "resection", ",", "opening", "of", "the", "pulmonary", "ring", "and", "trunk", "with", "transannular", "patch", "implantation", "and", "closure", "of", "the", "ventricular", "septal", "defect", "with", "a", "pericardial", "patch", ".", "At", "7", "years", "of", "age", ",", "he", "required", "a", "new", "reintervention", "with", "enlargement", "of", "both", "pulmonary", "branches", "with", "Dacron", "patch", ",", "closure", "of", "the", "ductus", "arteriosus", "which", "was", "found", "to", "be", "patent", "and", "closure", "of", "a", "residual", "shunt", "through", "the", "Waterston", "fistula", ".", "At", "20", "years", "of", "age", "he", "was", "re-intervened", "for", "residual", "VSD", "and", "severe", "left", "pulmonary", "branch", "stenosis", "(", "VSD", "closure", "with", "loose", "stitches", "and", "left", "pulmonary", "branch", "enlargement", "plasty", ")", ".", "Since", "then", ",", "no", "follow-up", "in", "specific", "congenital", "heart", "disease", "consultation", ".", "Atrial", "flutter", "since", "2006", ",", "anticoagulated", "with", "acenocoumarol", "(", "family", "refusal", "to", "attempt", "electrical", "cardioversion", ")", ".", "Usual", "medication", ":", "acenocoumarol", ",", "bisoprolol", "5", "mg", "/", "24h", ",", "furosemide", "40", "mg", "/", "24h", ",", "digoxin", "0", ".", "25", "mg", "/", "24h", ".", "Current", "history", ":", "the", "patient", "was", "referred", "at", "40", "years", "of", "age", "for", "moderate", "exertional", "dyspnoea", "(", "NYHA", "functional", "class", "II", ")", "and", "cyanosis", "of", "several", "years", "of", "evolution", ".", "Sedentary", "lifestyle", ".", "Over", "the", "last", "few", "years", ",", "he", "reports", "that", "he", "has", "undergone", "repeated", "bleeding", "at", "his", "referral", "hospital", ".", "He", "reports", "frequent", "episodes", "of", "gingivorrhage", "and", "epistaxis", "and", "repeated", "respiratory", "infections", ".", "She", "is", "not", "usually", "vaccinated", "against", "influenza", "or", "pneumococcus", ".", "Physical", "examination", "revealed", ":", "BP", "110", "/", "60", ",", "basal", "O2", "sat", "87", "%", ".", "Labial", "cyanosis", "and", "acral", "cyanosis", ".", "AC", ":", "rhythmic", "heart", "tones", ",", "systolic", "murmur", "grade", "II-III", "/", "VI", "in", "pulmonary", "focus", "and", "left", "sternal", "border", ",", "diastolic", "murmur", "II", "/", "VI", "in", "pulmonary", "focus", ".", "AP", ":", "left", "basal", "hypoventilation", ".", "Abomen", ":", "hepatomegaly", "of", "1-2", "finger", "widths", ",", "painful", ".", "Hepatojugular", "reflux", "+", "+", ".", "Lower", "extremities", ":", "cutaneous", "trophic", "disorders", ",", "without", "oedema", ".", "Complementary", "tests", "Electrocardiogram", ":", "atrial", "flutter", "with", "mean", "ventricular", "response", "at", "70", "bpm", ".", "BRDHH", ".", "QRS", "200", "msec", ".", "Signs", "of", "right", "volume", "overload", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiomegaly", ".", "Elevation", "of", "the", "left", "hemidiaphragm", ".", "No", "pleuroparenchymal", "findings", "of", "acute", "evolution", ".", "Symmetrical", "pulmonary", "vascularisation", ".", "Blood", "tests", ":", "biochemistry", ":", "urea", "40", ",", "Cr", "0", ".", "89", ",", "ions", "normal", ".", "Uric", "acid", "7", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "Bilirubin", "1", ".", "7", "mg", "/", "dl", ".", "Liver", "enzymes", "normal", ".", "Iron", "metabolism", ":", "serum", "ferritin", "35", "μg", "/", "l", ",", "transferrin", "saturation", "index", "25", "%", ".", "Haemoglobin", "15", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "47", ".", "5", "%", ".", "Platelets", "153", ",", "000", ".", "Leukocytes", "8", ",", "800", "with", "60", "%", "neutrophils", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "normal", "left", "ventricle", "(", "LVEF", "57", "%", ")", ".", "Flattened", "interventricular", "septal", "motion", ".", "Dilated", "right", "ventricle", "(", "proximal", "RV", "outflow", "tract", "43", "mm", ",", "distal", "RV", "outflow", "tract", "41", "mm", ",", "RV", "inflow", "tract", "52", "mm", ")", ",", "moderately", "hypocontractile", "(", "TAPSE", "14", "mm", ",", "S", "wave", "́", "of", "lateral", "tricuspid", "annulus", "TDI", "7", ".", "2", "cm", "/", "s", ")", ".", "Dilated", "right", "atrium", "(", "area", "45", "cm2", ")", ".", "Mitral", "and", "aortic", "valves", "without", "structural", "or", "functional", "alterations", ".", "Residual", "leak", "in", "VSD", "closure", "patch", "of", "4", ".", "5", "mm", "with", "exclusive", "left-right", "shunt", "and", "LV-DV", "gradient", "of", "75", "mmHg", ".", "Significant", "pulmonary", "insufficiency", "(", "regurgitation", "index", "0", ".", "62", ",", "THP", "<", "100", "msec", ",", "protodiastolic", "gradient", "of", "14", "mmHg", ")", ".", "RVOT", "systolic", "gradient", "23", "mmHg", ".", "Dilated", "pulmonary", "trunk", "(", "34", "mm", ")", ",", "right", "pulmonary", "branch", "21", "mm", ",", "no", "visualisation", "of", "left", "pulmonary", "branch", ".", "TR", "grade", "II", ",", "RV-AD", "gradient", "33", "mmHg", ".", "IVC", "15", "mm", "with", "correct", "inspiratory", "collapse", ".", "Estimated", "PAPs", "40", "mmHg", ".", "Thin", "interatrial", "septum", ",", "hypermobile", "towards", "right", "and", "left", "atrium", ",", "which", "does", "not", "appear", "to", "be", "perforated", "by", "this", "access", "route", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "Normal", "aortic", "arch", ".", "Clinical", "course", "We", "found", "a", "patient", "with", "a", "chronic", "hypoxaemia", "syndrome", ",", "as", "he", "presented", "with", "cyanosis", "of", "the", "labia", "and", "acra", ",", "increased", "haemoglobin", "concentration", "and", "haematocrit", ",", "epistaxis", ",", "gingivorrhage", "and", "repeated", "respiratory", "infections", ",", "hyperuricaemia", "and", "hyperbilirubinaemia", ",", "all", "associated", "with", "significant", "exertional", "dyspnoea", "of", "long", "evolution", ".", "Hypoxaemia", "may", "be", "due", "to", "environmental", "causes", "(", "high", "altitude", ")", ",", "alveolar", "hypoventilation", ",", "altered", "alveolocapillary", "diffusion", ",", "ventilation", "/", "perfusion", "mismatch", "or", "the", "presence", "of", "an", "anatomical", "right-left", "short-circuit", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "a", "priori", "mechanisms", "that", "hypothetically", "best", "fit", "the", "origin", "of", "this", "hypoxaemia", "would", "be", "due", "to", "ventilation", "/", "perfusion", "imbalance", "or", "a", "right-left", "anatomical", "short-circuit", "that", "has", "not", "been", "well", "evaluated", "so", "far", ".", "Cyanotic", "congenital", "heart", "disease", "(", "CCHD", ")", "comprises", "a", "heterogeneous", "group", "of", "lesions", "with", "different", "anatomy", "and", "pathophysiology", ".", "Diagnosis", "Tetralogy", "of", "Fallot", "with", "Waterston", "'", "s", "fistula", "at", "7", "months", "and", "complete", "correction", "at", "20", "months", ".", "Extension", "of", "pulmonary", "branches", "at", "7", "years", ".", "Closure", "of", "residual", "ventricular", "septal", "defect", "and", "enlargement", "of", "left", "pulmonary", "branch", "at", "20", "years", ".", "Chronic", "hypoxaemia", "syndrome", "secondary", "to", "multiperforated", "interatrial", "septum", "with", "bidirectional", "shunt", ".", "Severe", "pulmonary", "insufficiency", "with", "dilated", "and", "hypocontractile", "RV", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 71 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 380, "end": 387 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 92, "end": 97 }, { "text": "cardiologist", "label": "HUMAN", "start": 259, "end": 271 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1986, "end": 1993 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1815, "end": 1821 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2401, "end": 2413 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4520, "end": 4527 } ]

[ "Anamnesis", "A", "68-year-old", "woman", "with", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "(", "IDC", ")", "of", "the", "breast", ",", "stage", "IIIA", ".", "Undergoing", "active", "oncological", "treatment", "with", "neoadjuvant", "chemotherapy", ",", "she", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "fever", "and", "persistent", "chills", ".", "Oncological", "history", "A", "68-year-old", "Caucasian", "woman", ",", "currently", "retired", "(", "flight", "attendant", "in", "her", "professional", "life", ")", ".", "Her", "personal", "history", "includes", "high", "blood", "pressure", ",", "hypothyroidism", "and", "several", "minor", "depressive", "episodes", ".", "She", "has", "no", "known", "toxic", "habits", ",", "adverse", "drug", "reactions", "or", "personal", "surgical", "history", ".", "She", "has", "no", "family", "history", "of", "cancer", ".", "As", "home", "treatment", ",", "she", "maintains", "enalapril", "/", "hydrochlorothiazide", "20", "/", "12", ".", "5", "mg", "/", "day", ",", "levothyroxine", "75", "mcg", "/", "day", "and", "lorazepam", "1", "mg", "/", "day", ".", "In", "January", "2019", ",", "aged", "67", ",", "she", "was", "assessed", "in", "gynaecology", "for", "an", "asymptomatic", "lesion", "on", "the", "right", "nipple", "of", "the", "\"", "erythema-eczema", "\"", "type", ",", "which", "had", "been", "present", "for", "several", "months", ".", "She", "was", "diagnosed", "with", "breast", "IBC", ",", "histological", "grade", "3", ",", "oestrogen", "receptor", "positive", ",", "progesterone", "receptor", "negative", ",", "human", "epidermal", "growth", "factor", "receptor", "2", "(", "HER-2", ")", "negative", "and", "Ki67", "of", "50", "%", "(", "luminal", "B", ")", ",", "stage", "IIIA", "(", "T3N1M0", ",", "according", "to", "the", "TNM", "classification", "of", "the", "American", "Joint", "Committee", "on", "Cancer", ",", "8th", "edition", ")", ".", "Additional", "tests", "described", "an", "increased", "right", "breast", "density", "(", "BI-RADS", "4", "type", "lesion", ")", "and", "ipsilateral", "axillary", "lymphadenopathy", "(", "by", "mammography", "and", "breast", "and", "axillary", "ultrasound", ",", "respectively", ")", ".", "The", "diagnosis", "of", "carcinoma", "was", "confirmed", "by", "core", "needle", "biopsy", "(", "CNB", ")", "of", "both", "the", "breast", "and", "one", "of", "the", "axillary", "lymph", "nodes", ".", "The", "extension", "study", "(", "breast", "MRI", ",", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "with", "contrast", "and", "bone", "scintigraphy", ")", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "distant", "disease", ".", "Neoadjuvant", "treatment", "based", "on", "weekly", "paclitaxel", "(", "receiving", "12", "cycles", ")", "and", ",", "subsequently", ",", "pegylated", "liposomal", "doxorubicin", "+", "cyclophosphamide", "(", "1", "cycle", "so", "far", ")", "is", "proposed", ".", "Current", "history", "Two", "weeks", "after", "receiving", "chemotherapy", ",", "she", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "urethral", "burning", ",", "dysuria", "and", "intermittent", "shivering", "sensation", ",", "of", "three", "days", "'", "evolution", ".", "Physical", "examination", "and", "complementary", "tests", "showed", "signs", "compatible", "with", "low-risk", "febrile", "neutropenia", "and", "uncomplicated", "lower", "urinary", "tract", "infection", ",", "so", "she", "was", "discharged", "with", "oral", "antibiotics", ",", "three", "doses", "of", "granulocyte", "colony", "stimulating", "factor", "(", "G-CSF", ")", "and", "hygienic-dietary", "measures", ".", "However", ",", "she", "was", "seen", "a", "second", "time", ",", "ten", "days", "later", ",", "due", "to", "persistent", "dysuria", ",", "worsening", "chills", "and", "the", "onset", "of", "fever", "(", "maximum", "38", ".", "2o", "thermometry", ")", ",", "to", "which", "was", "added", "diathermic", "sensation", ",", "generalised", "arthromyalgia", ",", "non-specific", "lumbar", "pain", "and", "persistent", "insomnia", ".", "Physical", "examination", "Vitals", ":", "BP", "183", "/", "63", "mm", "Hg", ",", "HR", "110", "bpm", ",", "FR", "15", "rpm", ",", "SatO2", "97", "%", "(", "baseline", ")", "and", "Ta", "37", ".", "7oC", ".", "General", "inspection", ":", "Eastern", "Cooperative", "Oncology", "Group", "(", "ECOG", ")", "level", "1", ".", "Apparent", "good", "general", "condition", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Normal", "colour", ".", "Adequate", "distal", "perfusion", ".", "Examination", "by", "apparatus", "and", "systems", ":", "neurological", ",", "head", "and", "neck", ",", "cardiorespiratory", ",", "abdominal", "and", "extremity", "examinations", "do", "not", "show", "any", "remarkable", "pathological", "signs", "or", "abnormal", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Urgent", "biochemistry", "shows", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "(", "426", ".", "4", "mg", "/", "l", ";", "VN", "0-5", ")", ",", "elevated", "procalcitonin", "(", "1", ".", "2", "ng", "/", "ml", ";", "VN", "<", "0", ".", "25", ")", "and", "elevated", "LDH", "(", "321", "U", "/", "l", ";", "VN", "40-240", ")", ".", "Blood", "count", "revealed", "normocytic", "normochromic", "anaemia", "(", "Hb", "8", ".", "5", "g", "/", "dl", ";", "VN", "12-16", ")", "and", "thrombocytosis", "(", "504", ",", "000", "/", "μl", ";", "VN", "150", ",", "000-450", ",", "000", ")", ".", "The", "neutrophil", "count", "has", "recovered", ".", "Coagulation", "is", "normal", ".", "The", "electrocardiogram", "and", "the", "PA", "and", "lateral", "chest", "X-ray", "show", "no", "evidence", "of", "ischaemia", "and", "do", "not", "reveal", "parenchymal", "consolidation", "or", "pleural", "effusion", ",", "respectively", ".", "Urine", "sediment", "is", "pathological", ",", "revealing", "microscopic", "haematuria", ",", "pyuria", "and", "abundant", "bacteriuria", ".", "Nitrites", "are", "negative", ".", "The", "urine", "culture", "requested", "at", "the", "previous", "ED", "visit", "was", "negative", ".", "Differential", "blood", "cultures", "and", "urine", "culture", "were", "also", "requested", ".", "Diagnosis", "Suspected", "complicated", "UTI", "resistant", "to", "oral", "antibiotherapy", "in", "an", "immunocompromised", "patient", ".", "Treatment", "Hospital", "admission", "with", "intravenous", "antibiotherapy", "directed", "at", "the", "urinary", "focus", ",", "consisting", "of", "ceftriaxone", "2", "g", "/", "24", "hours", ",", "and", "preferably", "urological", "ultrasound", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "with", "clinical", "and", "haemodynamic", "stability", ".", "During", "admission", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "administered", "to", "the", "urinary", "focus", ".", "The", "urological", "ultrasound", "did", "not", "show", "collections", "suggestive", "of", "abscess", "or", "dilatation", "of", "the", "excretory", "tract", ".", "Despite", "the", "absence", "of", "microbiological", "isolation", ",", "the", "patient", "continued", "with", "fever", ",", "associated", "dysthermia", "and", "worsening", "general", "clinical", "condition", ",", "with", "limiting", "asthenia", ".", "Antibiotic", "coverage", "was", "increased", "with", "piperacillin-tazobactam", "and", "vancomycin", ",", "and", "new", "cultures", "were", "taken", ".", "The", "cultures", "taken", "in", "the", "ED", "were", "negative", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "and", "contrast-enhanced", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "were", "requested", "to", "rule", "out", "complications", "that", "could", "justify", "the", "clinical", "picture", ".", "The", "first", "describes", "a", "discrete", "periaortic", "thickening", ",", "of", "doubtful", "significance", ";", "the", "second", "reveals", "the", "presence", "of", "a", "striking", "thickening", "and", "enhancement", "of", "the", "aortic", "arch", ",", "descending", "aorta", "and", "supra-aortic", "trunks", ",", "suggestive", "of", "vasculitis", "of", "the", "great", "vessels", ".", "Based", "on", "this", "suspicion", "as", "a", "possible", "cause", "of", "the", "febrile", "syndrome", ",", "immunological", "and", "autoimmune", "studies", ",", "viral", "serology", "and", "a", "study", "of", "possible", "iatrogenic", "triggering", "drugs", "were", "requested", ".", "Notable", "findings", "were", "an", "elevated", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ";", "140", "mm", ";", "VN", "1-20", ")", "and", "a", "low", "positive", "titre", "(", "1", "/", "80", ")", "of", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", ",", "both", "non-specific", ".", "IgG4", "titre", "is", "normal", ".", "All", "serologies", "are", "negative", "and", "the", "patient", "does", "not", "meet", "the", "criteria", "for", "a", "diagnosis", "of", "rheumatological", "disease", ".", "After", "ruling", "out", "other", "causes", ",", "a", "diagnosis", "of", "large", "vessel", "vasculitis", "secondary", "to", "drugs", "(", "most", "likely", "G-CSF", ")", "is", "considered", ".", "The", "administration", "of", "this", "drug", "is", "prohibited", "and", "treatment", "with", "high-dose", "oral", "prednisone", "is", "started", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 285, "end": 290 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 555, "end": 561 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 359, "end": 367 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 517, "end": 525 }, { "text": "flight attendant", "label": "HUMAN", "start": 311, "end": 327 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 3683, "end": 3694 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3947, "end": 3954 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4142, "end": 4149 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4446, "end": 4453 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5574, "end": 5581 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5261, "end": 5266 } ]

[ "Personal", "history", "16-year-old", "Pakistani", "woman", "from", "Punjab", "province", "(", "Guirat", "district", ")", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "three", "years", ".", "Last", "visited", "Pakistan", "in", "July-October", "2007", ".", "She", "was", "not", "married", "and", "had", "no", "children", ".", "No", "previous", "relevant", "illnesses", ".", "Lives", "with", "her", "father", "and", "an", "uncle", "(", "both", "livestock", "farmers", ")", ",", "two", "brothers", "and", "a", "niece", "in", "Los", "Villares", "(", "Jaén", ")", ",", "where", "she", "takes", "care", "of", "the", "household", "chores", ".", "Current", "illness", "She", "consulted", "the", "Emergency", "Department", "of", "our", "Hospital", "in", "May", "2008", ",", "with", "a", "4-5", "day", "history", "of", "diffuse", "abdominal", "pain", ",", "more", "focused", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", "(", "RIF", ")", ",", "without", "vomiting", "or", "diarrhoea", ".", "Although", "she", "did", "not", "speak", "Spanish", ",", "in", "the", "anamnesis", "conducted", "and", "interpreted", "by", "her", "older", "sister", ",", "she", "also", "reported", "unquantified", "weight", "loss", "and", "loss", "of", "appetite", "in", "the", "last", "3-4", "weeks", "and", "a", "non-thermometric", "fever", ".", "On", "initial", "examination", "in", "the", "ED", ",", "she", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "a", "temperature", "of", "37", ".", "8oC", "and", "pain", "on", "abdominal", "palpation", "in", "FID", "with", "voluntary", "defence", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "showed", "13", ",", "650", "leukocytes", "/", "μL", ",", "haemoglobin", "11", ".", "2", "g", "/", "L", "and", "prothrombin", "activity", "of", "68", "%", ",", "with", "normal", "liver", "enzymes", ",", "amylase", ",", "total", "bilirubin", "and", "elemental", "urine", "analysis", ".", "Abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "where", "numerous", "adenopathies", "of", "up", "to", "11", "mm", "in", "diameter", "were", "detected", "in", "the", "short", "axis", ",", "with", "normal", "cecal", ",", "hepatobiliary", "and", "renal", "areas", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "\"", "mesenteric", "adenitis", "\"", ",", "home", "observation", ",", "paracetamol", "and", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "were", "indicated", ",", "and", "the", "patient", "was", "referred", "for", "follow-up", "by", "Primary", "Care", ".", "Seven", "days", "after", "initial", "discharge", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "Hospital", "Emergency", "Department", "reporting", "daily", "fever", "with", "no", "thermometry", "and", "the", "appearance", "of", "a", "barely", "productive", "cough", "in", "the", "last", "few", "days", ",", "in", "addition", "to", "the", "aforementioned", "weight", "loss", "and", "asthenia", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", "she", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "a", "temperature", "of", "39", ".", "4oC", ",", "eupneic", "at", "rest", "with", "baseline", "arterial", "O2", "saturation", "of", "95", "%", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "normal", ",", "and", "respiratory", "auscultation", "showed", "crackles", "in", "the", "left", "hemithorax", "and", "superimposed", "wheezing", ".", "The", "abdomen", "was", "slightly", "diffusely", "painful", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemogram", "and", "coagulation", "study", "showed", "15", ",", "370", "leukocytes", "/", "μL", "(", "91", "%", "neutrophils", ")", ",", "haemoglobin", "10", ".", "6", "g", "/", "dL", ",", "MCV", "78", "and", "prothrombin", "activity", "of", "49", "%", ".", "Liver", "and", "general", "biochemistry", "showed", "LDH", "685", "IU", "/", "L", ",", "but", "all", "other", "parameters", "(", "including", "renal", "function", ",", "AST", ",", "ALT", ",", "total", "bilirubin", ",", "ions", ",", "calcium", "and", "creatine", "kinase", ")", "were", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "condensation", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "with", "areas", "of", "cavitation", "and", "thickening", "of", "the", "left", "paratracheal", "line", "compatible", "with", "mediastinal", "adenopathy", "and", "a", "small", "infiltrate", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Sputum", "culture", "was", "negative", ".", "Serologies", "for", "HIV", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", "were", "negative", ".", "Evolution", "Given", "the", "recent", "visit", "to", "his", "native", "country", "(", "Pakistan", ")", ",", "the", "province", "and", "district", "where", "he", "lived", "being", "an", "area", "with", "a", "high", "incidence", "of", "tuberculosis", "(", "200-220", "cases", "/", "100", ",", "000", "inhabitants", "in", "2007", ")", ",", "and", "considering", "Pakistan", "as", "a", "country", "with", "high", "rates", "of", "multidrug-resistance", ",", "around", "3-4", "%", ",", "quadruple", "antituberculosis", "therapy", "(", "HRZE", ")", "was", "started", "on", "13", "May", "2008", ",", "with", "a", "good", "response", "to", "fever", ",", "which", "disappeared", "72", "hours", "after", "starting", "specific", "treatment", ".", "Mandatory", "declaration", "and", "study", "of", "cohabitants", "was", "performed", ".", "She", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "a", "diagnosis", "of", "pulmonary", "and", "probably", "lymph", "node", "tuberculosis", ",", "pending", "the", "results", "of", "the", "mycobacterial", "culture", ".", "Six", "days", "after", "her", "discharge", "from", "hospital", ",", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "for", "oral", "intolerance", "with", "incoercible", "vomiting", "in", "the", "last", "24", "hours", ".", "The", "patient", "was", "in", "poor", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "haemodynamically", "stable", "and", "presented", "with", "diffuse", "abdominal", "distension", "and", "pain", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritonism", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "showed", "total", "bilirubin", "5", ".", "7", "mg", "/", "dL", ",", "AST", "1", ",", "801", "IU", "/", "L", ",", "prothrombin", "activity", "20", "%", ",", "urea", "8", "mg", "/", "dL", "and", "creatinine", "0", ".", "4", "mg", "/", "dL", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "severe", "acute", "hepatitis", "of", "probable", "toxic-drug", "origin", "secondary", "to", "tuberculostatics", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Hepatology", "Unit", "of", "our", "referral", "hospital", "(", "H", ".", "U", ".", "Reina", "Sofía", "de", "Córdoba", ")", ".", "On", "admission", ",", "tuberculostatic", "treatment", "(", "HRZE", ")", "was", "suspended", ",", "and", "the", "patient", "remained", "stable", "for", "the", "first", "48", "hours", ".", "Forty-eight", "hours", "after", "discontinuation", "of", "treatment", "there", "was", "an", "improvement", "in", "laboratory", "parameters", "(", "prothrombin", "activity", "34", "%", ",", "AST", "395", "IU", "/", "L", ",", "ALT", "609", "IU", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "5", ".", "3", "mg", "/", "dL", ")", ",", "but", "fever", "reappeared", ".", "Pantoea", "agglomerans", "was", "isolated", "in", "one", "of", "the", "three", "blood", "cultures", "obtained", "during", "the", "febrile", "peak", ",", "and", "treatment", "with", "ertapenem", "(", "1", "g", "iv", ".", "/", "24", "hours", ")", ",", "with", "persistence", "of", "daily", "fever", "(", "38", ".", "5-39oC", ")", "but", "with", "favourable", "evolution", "of", "liver", "biochemistry", "on", "the", "fifth", "day", "of", "treatment", "withdrawal", "(", "prothrombin", "activity", "53", "%", ",", "AST", "73", "IU", "/", "L", ",", "ALT", "334", "IU", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "6", "mg", "/", "dL", ")", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ".", "On", "the", "sixth", "day", "after", "withdrawal", "of", "initial", "tuberculostatic", "treatment", "(", "HRZE", ")", ",", "a", "non-hepatotoxic", "quadruple", "therapy", "regimen", "was", "started", ":", "streptomycin", "(", "750", "mg", "im", "/", "day", ")", ",", "ethambutol", "(", "1", ",", "200", "mg", "vo", "/", "day", ")", ",", "levofloxacin", "(", "500", "mg", "vo", "/", "day", ")", "and", "linezolid", "(", "600", "mg", "vo", "/", "day", ")", ".", "Initial", "tolerance", "was", "good", ",", "as", "was", "the", "clinical", "and", "analytical", "evolution", ",", "but", "the", "patient", ",", "fourteen", "days", "after", "restarting", "specific", "treatment", ",", "persisted", "with", "daily", "high", "fever", "(", "up", "to", "38", ".", "5oC", ")", ".", "The", "analytical", ",", "microbiological", "and", "imaging", "tests", "performed", "did", "not", "reveal", "any", "new", "clinical", "focality", "or", "evidence", "of", "additional", "superinfection", ".", "At", "this", "point", ",", "the", "possibility", "of", "tuberculosis", "resistant", "to", "one", "or", "more", "of", "the", "drugs", "in", "the", "new", "regimen", "was", "raised", ",", "as", "well", "as", "the", "possibility", "of", "drug-induced", "fever", ".", "The", "results", "of", "the", "sputum", "mycobacterial", "culture", "taken", "during", "the", "previous", "admission", "were", "received", "and", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", "was", "isolated", ",", "sensitive", "to", "first-line", "drugs", "(", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", ",", "ethambutol", ",", "streptomycin", ")", "and", "second-line", "drugs", "(", "cycloserine", ",", "ethionamide", ",", "capreomycin", ",", "kanamycin", ",", "rifabutin", "and", "ofloxacin", ")", ".", "The", "antituberculosis", "regimen", "was", "maintained", ",", "and", "on", "day", "+", "16", "from", "its", "initiation", ",", "the", "fever", "began", "to", "completely", "and", "definitively", "subside", ".", "At", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "asymptomatic", ",", "with", "radiological", "improvement", "and", "the", "following", "laboratory", "parameters", ":", "total", "bilirubin", "0", ".", "40", "mg", "/", "dL", ",", "AST", "29", "IU", "/", "L", ",", "ALT", "10", "IU", "/", "L", ",", "GGT", "155", "IU", "/", "L", ",", "FA", "161", "IU", "/", "L", ",", "LDH", "498", "IU", "/", "L", ",", "prothrombin", "activity", "80", "%", "and", "creatinine", "0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ".", "She", "was", "referred", "for", "follow-up", "to", "the", "outpatient", "clinic", "of", "her", "hospital", "of", "origin", "(", "Alto", "Guadalquivir", "de", "Andújar", ")", ".", "One", "month", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "remained", "afebrile", ",", "asymptomatic", ",", "with", "weight", "gain", ",", "normal", "laboratory", "tests", "and", "progressive", "radiological", "improvement", ".", "At", "present", "she", "continues", "with", "the", "following", "pharmacological", "regimen", ":", "streptomycin", "750", "mg", "im", "/", "day", "(", "two", "months", ")", ",", "ethambutol", "1", ",", "200", "mg", "vo", ".", "/", "24", "hours", "(", "initial", "two", "months", ",", "continuing", "with", "10-12", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "a", "further", "ten", "months", ")", ",", "linezolid", "(", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "a", "further", "ten", "months", ")", "and", "ethambutol", "1", ",", "200", "mg", "vo", ".", "/", "24", "hours", "(", "initial", "two", "months", ")", ".", "for", "a", "further", "ten", "months", ")", ",", "linezolid", "600", "mg", "vo", ".", "/", "day", "(", "two", "months", ")", "and", "levofloxacin", "500", "mg", "vo", ".", "/", "day", "(", "twelve", "months", ")", ".", "Diagnostic", "test", "Sputum", "Ziehl", "'", "s", "stain", ":", "positive", "(", "abundant", "BAAR", ")", ".", "Sputum", "mycobacterial", "culture", ":", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", "multisensitive", "is", "isolated", ".", "Clinical", "judgement", "Active", "pulmonary", "tuberculosis", "and", "probably", "also", "lymph", "node", "tuberculosis", "(", "disseminated", "tuberculosis", ")", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 44 }, { "text": "brothers", "label": "HUMAN", "start": 302, "end": 310 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 195, "end": 203 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 258 }, { "text": "uncle", "label": "HUMAN", "start": 266, "end": 271 }, { "text": "livestock farmers", "label": "HUMAN", "start": 278, "end": 295 }, { "text": "niece", "label": "HUMAN", "start": 317, "end": 322 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 696, "end": 702 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1475, "end": 1482 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1567, "end": 1574 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2737, "end": 2740 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 2742, "end": 2765 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3090, "end": 3106 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 3278, "end": 3289 }, { "text": "inhabitants", "label": "HUMAN", "start": 2966, "end": 2977 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3614, "end": 3621 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 5732, "end": 5766 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5978, "end": 5994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4023, "end": 4030 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4193, "end": 4200 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5213, "end": 5220 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6129, "end": 6136 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6530, "end": 6537 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 4137, "end": 4152 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 4920, "end": 4935 }, { "text": "Pantoea agglomerans", "label": "SPECIES", "start": 4449, "end": 4468 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 7159, "end": 7163 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 7196, "end": 7230 } ]

[ "Anamnesis", "A", "33-year-old", "male", "patient", "with", "diabetes", "mellitus", "type", "1", ",", "managed", "by", "insulin", "pump", ",", "was", "seen", "urgently", "for", "pruritic", "lesions", ".", "He", "consulted", "urgently", "due", "to", "pruritic", "lesions", "on", "the", "palms", "of", "both", "hands", "which", "had", "been", "present", "for", "3", "days", ",", "with", "subsequent", "appearance", "on", "the", "soles", "of", "the", "feet", "and", "the", "periorbuccal", "area", ".", "The", "previous", "week", "he", "had", "suffered", "an", "upper", "respiratory", "tract", "infection", "with", "febrile", "fever", "which", "he", "had", "begun", "to", "treat", "5", "days", "earlier", "with", "Azithromycin", ",", "Acetylcysteine", "and", "Paracetamol", ".", "When", "questioned", "again", ",", "the", "patient", "stated", "that", "he", "had", "had", "contact", "for", "a", "short", "time", "with", "a", "schoolboy", ",", "a", "schoolmate", "of", "his", "daughter", "'", "s", ",", "who", "had", "lesions", "in", "the", "same", "distribution", ".", "The", "patient", "'", "s", "daughter", "did", "not", "present", "any", "skin", "lesions", "or", "infectious", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "had", "erythematous-violaceous", "macules", "with", "poorly", "defined", "borders", "and", "a", "confluent", "appearance", "on", "the", "palms", "and", "soles", "of", "the", "hands", "and", "feet", ".", "On", "the", "dorsum", "of", "the", "feet", ",", "extensor", "region", "of", "both", "forearms", "and", "peribuccal", "region", "there", "are", "yellowish", "papulovesicles", ",", "some", "of", "them", "in", "a", "crusty", "phase", ",", "on", "an", "erythematous", "base", ".", "At", "present", "there", "are", "no", "lesions", "on", "the", "oral", ",", "conjunctival", "or", "genital", "mucosa", ".", "No", "lymphadenopathies", "were", "palpable", "and", "the", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "examinations", "A", "sample", "was", "sent", "to", "the", "microbiology", "department", "for", "detection", "of", "enterovirus", "by", "PCR", "(", "taken", "with", "a", "swab", "after", "removal", "of", "the", "scab", "from", "one", "of", "the", "lesions", "on", "the", "forearm", ")", "and", "a", "punch", "biopsy", "was", "performed", "on", "another", "lesion", ".", "Although", "the", "enterovirus", "PCR", "used", "was", "specific", "for", "cerebrospinal", "fluid", ",", "the", "test", "was", "positive", ".", "Histopathology", "with", "haematoxylin-eosin", "revealed", "a", "re-epithelialised", "blistering", "skin", "lesion", "with", "epidermal", "necrosis", ".", "In", "view", "of", "the", "non-specific", "pathological", "findings", "and", "clinical", "suspicion", ",", "biopsy", "material", "was", "sent", "for", "molecular", "testing", "for", "enterovirus", "(", "Entherpex", "kit", ",", "which", "studies", "coxsakie", "and", "echovirus", "together", ")", ",", "which", "was", "also", "positive", ".", "Diagnosis", "Hand-foot-and-mouth", "disease", "in", "an", "adult", "patient", ".", "Treatment", "Betamethasone", "valerate", "/", "Gentamicin", "sulphate", "1", "mg", "/", "g", "cream", ",", "one", "application", "per", "day", "for", "7", "days", ".", "Evolution", "The", "patient", "came", "for", "a", "check-up", "15", "days", "later", "with", "absolute", "resolution", "of", "the", "lesions", ".", "He", "also", "reported", "a", "good", "evolution", "of", "the", "catarrhal", "symptoms", ",", "being", "totally", "asymptomatic", "at", "that", "time", ".", "During", "this", "period", "her", "daughter", "has", "not", "developed", "any", "dermatological", "lesions", "or", "infectious", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 531, "end": 538 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 683, "end": 690 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 625, "end": 633 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 693, "end": 701 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 785, "end": 792 }, { "text": "echovirus", "label": "SPECIES", "start": 1911, "end": 1920 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1364, "end": 1375 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1533, "end": 1544 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1856, "end": 1867 }, { "text": "coxsakie", "label": "SPECIES", "start": 1898, "end": 1906 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2008, "end": 2015 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2138, "end": 2145 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 2346, "end": 2354 } ]

[ "A", "26-year-old", "female", "patient", ",", "with", "no", "relevant", "past", "history", ",", "was", "admitted", "to", "hospital", "from", "another", "institution", "with", "fever", "of", "39", "°", "C", ",", "arterial", "hypotension", "refractory", "to", "volume", "resuscitation", ",", "cutaneous", "hyperaesthesia", ".", "The", "condition", "had", "been", "interpreted", "as", "toxic", "shock", ",", "and", "she", "was", "blood", "cultured", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "prior", "to", "referral", ".", "On", "admission", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "of", "our", "hospital", ",", "the", "patient", "was", "confused", ",", "tachycardic", "(", "120", "/", "min", ")", ",", "hypotensive", "(", "70", "/", "40", "mmHg", ")", "and", "afebrile", ".", "She", "had", "painful", "purpuric", "lesions", "on", "the", "palms", ",", "soles", ",", "subungual", "and", "periungual", "region", ",", "and", "on", "the", "palpebral", "conjunctiva", ",", "compatible", "with", "peripheral", "embolisms", ".", "No", "heart", "murmurs", "were", "heard", ".", "There", "were", "no", "other", "alterations", "on", "physical", "examination", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "showed", "plateletopenia", "(", "39", ",", "000", "/", "mm3", ")", ",", "4500", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "low", "prothrombin", "time", "(", "58", "%", ")", "and", "parameters", "of", "Acute", "Renal", "Failure", "(", "elevated", "creatininemia", ")", ".", "Urinary", "sediment", "showed", "albuminuria", ",", "microscopic", "haematuria", "and", "granular", "casts", ".", "The", "rest", "of", "the", "analyses", "were", "within", "normal", "parameters", "(", "haematocrit", ",", "hepatogram", ",", "HIV", "negative", ",", "b-subunit", "negative", ")", ".", "The", "fundus", "examination", "was", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "cardiomegaly", "and", "bilateral", "interstitial-alveolar", "infiltrate", ".", "The", "picture", "was", "interpreted", "as", "septic", "shock", ",", "blood", "cultures", "were", "performed", "(", "under", "antibiotics", "because", "he", "had", "received", "1", "dose", "of", "cefotaxime", "/", "clindamycin", "/", "amikacin", ")", "and", "treatment", "was", "started", "with", "cefotaxime", "/", "clindamycin", "/", "gentamicin", ",", "after", "consultation", "with", "Infectious", "Diseases", ".", "On", "the", "second", "day", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "signs", "of", "heart", "failure", "on", "chest", "X-ray", ",", "adding", "bilateral", "infiltrates", "of", "the", "pulmonary", "oedema", "type", "and", "compatible", "semiology", ",", "for", "which", "a", "referral", "to", "the", "cardiology", "department", "was", "requested", "to", "perform", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "where", "vegetation", "was", "observed", "in", "the", "mitral", "valve", "with", "moderate", "mitral", "regurgitation", "and", "moderate", "left", "ventricular", "dysfunction", ".", "A", "diagnosis", "of", "infective", "endocarditis", "was", "made", "24", "hours", "after", "the", "patient", "'", "s", "admission", ".", "Treatment", "with", "clindamycin", "was", "discontinued", ".", "During", "her", "evolution", ",", "the", "patient", "'", "s", "haemodynamics", "worsened", ",", "requiring", "inotropic", "drugs", "and", "her", "respiratory", "mechanics", "required", "non-invasive", "ventilation", ".", "After", "several", "days", "of", "antibiotic", "treatment", "she", "continued", "with", "febrile", "registers", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", "which", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "mitral", "annulus", "abscess", ".", "Due", "to", "the", "patient", "'", "s", "haemodynamic", "instability", ",", "the", "cardiovascular", "surgery", "department", "decided", "not", "to", "perform", "surgery", "at", "that", "time", ".", "Four", "days", "after", "admission", ",", "the", "first", "blood", "cultures", "obtained", "were", "positive", "for", "Staphylococcus", "aureus", ",", "aminoglycosides", "were", "discontinued", "and", "Vancomycin", "was", "indicated", ".", "The", "patient", "'", "s", "haemodynamic", "and", "laboratory", "parameters", "improved", ",", "the", "renal", "insufficiency", "was", "reversed", ",", "the", "skin", "lesions", "disappeared", ",", "and", "after", "16", "days", "she", "was", "allowed", "to", "be", "transferred", "to", "Buenos", "Aires", "to", "continue", "antibiotic", "treatment", "and", "plan", "the", "surgical", "strategy", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 409, "end": 416 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1078, "end": 1081 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1547, "end": 1554 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1993, "end": 2000 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2086, "end": 2093 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2412, "end": 2419 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2610, "end": 2631 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2702, "end": 2709 } ]

[ "A", "30-day-old", "woman", "consulted", "for", "fever", ",", "non-specific", "exanthema", ",", "cough", "and", "rhinorrhoea", ".", "Feeding", "with", "artificial", "formula", "with", "good", "intake", ",", "no", "vomiting", "and", "normal", "stools", ".", "Physical", "examination", ":", "reticulated", "macular", "rash", ",", "erythematous", "on", "the", "lower", "limbs", ".", "Laboratory", "tests", ":", "CRP", "18mg", "/", "dl", ",", "PCT", "0", ".", "19ng", "/", "dl", ",", "leukocytes", "19000", "/", "ul", ",", "eosinophilia", "40", "%", "(", "7", ",", "500Eos", "/", "mm3", ")", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "with", "normal", "morphology", "eosinophils", ".", "IgE", "752KU", "/", "L", ",", "CAP", "to", "cow", "'", "s", "milk", ":", "21", ".", "70KU", "/", "L", ",", "alpha-lactoalbumin", "(", "ALA", ")", "8", ".", "97KU", "/", "L", ",", "beta-lactoglobulin", "(", "BLG", ")", "20", ".", "40KU", "/", "L", ",", "casein", "15", ".", "80KU", "/", "L", ".", "Prick-test", ":", "ALA", "1mm", ",", "BLG", "1mm", ",", "Casein", "2mm", ",", "Cow", "'", "s", "milk", "3mm", ".", "Virus", "serology", "negative", "and", "ANA", "negative", ".", "Chest", "X-ray", ",", "echocardiogram", ",", "chest", "and", "abdominal", "ultrasound", "without", "alterations", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "IgE-mediated", "APLV", "and", "viriasis", ",", "feeding", "was", "started", "with", "hydrolysed", "casein", "formula", "with", "good", "tolerance", ".", "Eosinophilia", "decreased", "to", "680Eos", "/", "mm3", "at", "2", "months", ".", "The", "study", "was", "repeated", "at", "3", "months", "with", "IgE", "9", ".", "93KU", "/", "L", "and", "IgE", "(", "CAP", ")", "allergens", ":", "cow", "'", "s", "milk", "0", ".", "20KU", "/", "L", ",", "ALA", "0", ".", "00KU", "/", "L", ",", "BLG", "0", ".", "00KU", "/", "L", ",", "casein0", ".", "05KU", "/", "L", ".", "The", "following", "month", "prick-test", "with", "ALA", ":", "0mm", ",", "BLG", "0mm", ",", "Casein", "0mm", "and", "cow", "'", "s", "milk", "0mm", ".", "An", "open", "oral", "challenge", "test", "was", "carried", "out", "with", "13", "%", "starting", "formula", "with", "progressive", "increases", "until", "240mL", "was", "completed", ",", "and", "cow", "'", "s", "milk", "was", "immediately", "negative", "and", "reintroduced", ".", "One", "month", "later", ",", "an", "increase", "in", "eosinophilia", "was", "detected", "(", "7", ".", "3", "%", ",", "980", "Eos", "/", "mm3", ")", ",", "and", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "with", "a", "normal", "postnatal", "development", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1394, "end": 1401 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 428, "end": 431 }, { "text": "Cow", "label": "SPECIES", "start": 582, "end": 585 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 974, "end": 977 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1109, "end": 1112 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1256 }, { "text": "Virus", "label": "SPECIES", "start": 598, "end": 603 } ]

[ "An", "8-year-old", "boy", "with", "atopic", "dermatitis", "and", "multiple", "food", "allergy", "to", "cow", "'", "s", "milk", "protein", ",", "egg", ",", "nuts", ",", "fish", "and", "shellfish", ".", "Recent", "episode", "of", "angioedema", "after", "eating", "kiwi", ".", "In", "a", "pre-surgical", "evaluation", "for", "anaesthesia", ",", "latex", "sensitisation", "was", "detected", "in", "a", "recent", "analysis", ",", "postponing", "surgery", ".", "The", "allergological", "study", "was", "extended", "with", "a", "negative", "prick", "test", "for", "latex", ",", "a", "blood", "test", "with", "IgE", "5007", "U", "/", "mL", ",", "kiwi-specific", "IgE", "5", ".", "54", "kU", "/", "L", ",", "latex", "1", ".", "1", "kU", "/", "L", ",", "rHev", "b1", ",", "b3", ",", "b5", ",", "b6", ",", "b8", ",", "b9", ",", "b11", "negative", ",", "and", "a", "negative", "glove", "test", ".", "Latex", "sensitisation", "was", "diagnosed", "and", "surgery", "was", "performed", "without", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "kiwi", "label": "SPECIES", "start": 163, "end": 167 }, { "text": "kiwi", "label": "SPECIES", "start": 399, "end": 403 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 101, "end": 105 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 70, "end": 73 } ]

[ "A", "47", "year", "old", "woman", ",", "Italian", "nationality", ",", "on", "a", "tourist", "trip", "to", "Argentina", ",", "living", "with", "her", "travelling", "companion", "in", "a", "mobile", "home", ".", "They", "visited", "for", "50", "days", "the", "region", "known", "as", "Gran", "Chaco", ":", "Formosa", "(", "from", "8", "to", "25", "May", ")", ",", "Chaco", "(", "29", "May", "to", "9", "June", ")", "to", "enter", "the", "El", "Rey", "National", "Park", ",", "Salta", ",", "from", "11", "to", "16", "June", ".", "This", "is", "a", "transition", "region", ",", "between", "the", "tropical", "Andean", "rainforest", "(", "Yungas", ")", "and", "small", "areas", "of", "the", "highland", "chaco", ".", "They", "learned", "from", "the", "park", "ranger", "service", "of", "the", "risk", "of", "being", "bitten", "by", "ticks", ".", "On", "21", "June", "they", "arrived", "in", "the", "city", "of", "Tucumán", ",", "where", "in", "the", "evening", "the", "patient", "presented", "hyperthermia", "(", "40", "°", "C", ")", ",", "chills", ",", "headache", ",", "myalgia", ",", "anorexia", "and", "purpuric", "rash", "on", "upper", "and", "lower", "limbs", ".", "It", "rapidly", "worsened", ",", "adding", "polyarthralgias", ",", "cutaneous-mucosal", "pallor", ",", "acrocyanosis", ",", "vomiting", ",", "tachypnoea", ",", "confusional", "syndrome", "with", "delirium", ",", "hypoglycaemia", "(", "0", ".", "4", "g", "/", "l", ")", ",", "for", "which", "he", "was", "admitted", "to", "intensive", "care", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "severe", "community", "sepsis", ".", "Parenteral", "antibiotic", "treatment", "was", "administered", ":", "ceftriaxone", "2", "g", "every", "12", "hours", ",", "ampicillin", "1", "g", "every", "4", "hours", "and", "acyclovir", "500", "mg", "every", "8", "hours", ",", "and", "mechanical", "ventilation", ".", "On", "the", "sixth", "day", "he", "had", "a", "fatal", "evolution", "preceded", "by", "tonic-clonic", "convulsions", ",", "progressive", "hypothermia", "and", "shock", ".", "During", "hospitalisation", ",", "an", "ulcerative", "lesion", "was", "visualised", ",", "covered", "with", "an", "eschar", ",", "similar", "to", "tache", "noire", "2", ".", "Her", "partner", "stated", "that", "she", "had", "been", "bitten", ",", "at", "least", "by", "a", "tick", ",", "in", "the", "El", "Rey", "National", "Park", ".", "Tests", "carried", "out", ":", "Studies", "for", "dengue", "(", "RT-PCR", ",", "non-structural", "antigen", "-", "NS1", "-", ",", "IgM", "Mac", "ELISA", ")", ",", "chikungunya", "(", "real-time", "PCR", ")", ",", "hantavirus", "(", "IgM", "Mac", "ELISA", ")", ",", "thick", "drop", "for", "malaria", ",", "rk39", "protein", "for", "visceral", "leishmaniasis", ",", "Chagas", "disease", "(", "ELISA", "and", "HAI", ")", ",", "syphilis", "(", "VDRL", ")", ",", "brucellosis", "(", "Huddleson", ",", "BPA", "and", "Rose", "Bengal", ")", ",", "and", "antibodies", "for", "HIV", "/", "AIDS", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "were", "requested", ".", "All", "these", "studies", "were", "negative", ".", "Serial", "blood", "cultures", "and", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "culture", "were", "negative", "(", "physical", "and", "chemical", "examination", "of", "CSF", "was", "normal", ")", ".", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "brain", ":", "normal", ";", "CT", "of", "the", "chest", ":", "small", "bilateral", "pleural", "effusion", ",", "with", "no", "signs", "of", "condensation", ";", "CT", "of", "the", "abdomen", "and", "pelvis", ":", "significant", "splenomegaly", ",", "with", "no", "free", "fluid", "in", "the", "cavity", ".", "Pelvis", "without", "particularities", ".", "Autopsy", ":", "splenic", "and", "hepatic", "tissue", "was", "processed", "with", "PCR", "technique", "for", "Rickettsia", "spp", ",", "based", "on", "the", "detection", "of", "the", "gltA5", "gene", ",", "the", "result", "of", "which", "was", "positive", ".", "BLAST", "alignments", "showed", "that", "the", "analysed", "sequences", "had", "99", "%", "(", "360", "/", "364", "bp", ")", "homology", "with", "several", "R", ".", "rickettsii", "strains", "(", "matching", "GenBank", "codes", "CP006009", ".", "1", ",", "CP006010", ".", "1", ",", "JN375499", ".", "1", ",", "CP003305", ".", "1", ",", "CP000848", ".", "1", ")", ",", "generalised", "petechial", "and", "purpuric", "exanthema", "and", "the", "aforementioned", "inoculation", "eschar", "were", "observed", ".", "Internally", ",", "there", "was", "mild", "hepato-splenomegaly", ",", "pulmonary", "haemorrhage", ",", "erosive", "and", "haemorrhagic", "gastritis", ",", "ascites", ",", "congestion", "and", "marked", "swelling", "of", "both", "kidneys", ".", "Microscopically", ",", "small", "and", "medium-sized", "vessels", "with", "variable", "endothelial", "damage", "and", "thrombosis", "in", "different", "stages", "were", "detected", "systemically", ",", "with", "little", "inflammatory", "response", ".", "The", "kidneys", "showed", "glomerular", "thrombotic", "microangiopathy", "and", "acute", "tubular", "necrosis", ",", "plus", "acute", "pulmonary", "oedema", "and", "portal", "and", "centrolobulillar", "necrosis", ",", "which", "made", "up", "the", "multiple", "organ", "failure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 1408, "end": 1412 }, { "text": "ticks", "label": "SPECIES", "start": 490, "end": 495 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 570, "end": 577 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1353, "end": 1360 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1774, "end": 1777 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1702, "end": 1706 }, { "text": "chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 1538, "end": 1549 }, { "text": "hantavirus", "label": "SPECIES", "start": 1567, "end": 1577 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1692, "end": 1700 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 1476, "end": 1482 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1617 }, { "text": "leishmaniasis", "label": "SPECIES", "start": 1645, "end": 1658 }, { "text": "Chagas disease", "label": "SPECIES", "start": 1660, "end": 1674 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 1660, "end": 1666 }, { "text": "brucellosis", "label": "SPECIES", "start": 1709, "end": 1720 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1784, "end": 1795 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 1784, "end": 1801 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 2306, "end": 2320 }, { "text": "R. rickettsii strains", "label": "SPECIES", "start": 2493, "end": 2514 } ]

[ "", "94-year-old", "woman", "who", "had", "had", "close", "contact", "with", "a", "confirmed", "case", "of", "COVID-19", "eleven", "days", "earlier", ".", "She", "presented", "with", "lethargy", "and", "fever", "(", "maximum", "temperature", "of", "39", "°", "C", ")", "of", "8", "days", "'", "duration", ";", "her", "history", "included", "10", "years", "of", "coronary", "heart", "disease", ".", "Physical", "examination", "revealed", "wheezing", "in", "both", "lungs", "and", "peripheral", "oedema", ";", "a", "chest", "X-ray", "identified", "infiltrates", "and", "consolidations", "in", "the", "right", "lung", "and", "right", "pleural", "effusion", ".", "He", "had", "C-reactive", "protein", "values", "of", "115", ".", "1", "mg", "/", "L", "(", "normal", "value", "<", "3", "mg", "/", "mL", ")", "and", "a", "white", "blood", "cell", "count", "of", "10", ".", "2", "×", "109", "cells", "/", "L", ",", "with", "9", "%", "lymphocytes", ".", "Tests", "processed", "by", "the", "Beijing", "Centres", "for", "Disease", "Control", "confirmed", "COVID-19", ".", "At", "the", "indication", "of", "his", "relatives", ",", "we", "provided", "non-invasive", "therapy", "with", "oxygen", "therapy", "and", "symptomatic", "treatment", ".", "Gradually", ",", "he", "developed", "dyspnoea", "and", "hypoxaemia", "and", "suffered", "a", "fatal", "cardiac", "arrest", "on", "day", "10", "of", "illness", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 18 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 673, "end": 682 } ]

[ "Anamnesis", "A", "56-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "long-standing", "type", "II", "diabetes", "mellitus", "treated", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "smoker", "of", "a", "packet", "of", "cigarettes", "a", "day", ",", "occasional", "drinker", "and", "with", "gouty", "arthritis", ".", "The", "patient", "presented", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "10", "days", "'", "evolution", "consisting", "of", "left", "lumbar", "pain", "radiating", "towards", "the", "lower", "abdomen", "associated", "with", "several", "episodes", "of", "emesis", "with", "a", "bilious", "appearance", ",", "fever", "of", "39", "°", "C", ",", "profuse", "sweating", ",", "hyporexia", "and", "choluria", ".", "The", "relative", "reported", "isolated", "episodes", "of", "disorientation", "and", "dysarthric", "speech", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ED", "with", "poor", "general", "condition", ",", "high", "fever", "up", "to", "39", ".", "5oC", ",", "blood", "pressure", "90", "/", "50", "mmHg", ",", "profuse", "sweating", "and", "tachycardia", "at", "140", "bpm", ",", "with", "low", "level", "of", "consciousness", ".", "On", "examination", "by", "apparatus", "the", "following", "was", "observed", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", "without", "murmurs", ",", "vesicular", "murmur", "present", "without", "added", "sounds", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Extremities", "were", "cold", "with", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Basic", "support", "measures", "were", "initiated", "and", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "staff", "were", "contacted", ",", "who", "decided", "to", "admit", "him", "immediately", "to", "the", "ICU", ".", "Complementary", "tests", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "37", ",", "PaCO2", "30", ".", "9", "mmHg", ",", "HCO3", "17", ".", "4", "mEq", "/", "l", ",", "haemoglobin", "12", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "potassium", "3", ".", "3", "mEq", "/", "l", ",", "sodium", "120", "mEq", "/", "l", ",", "glucose", "266", "mg", "/", "dl", ",", "lactate", "1", ".", "9", "IU", "/", "l", ".", "●", "ED", "CBC", "(", "7", "/", "2", "/", "2012", ")", ":", "creatinine", "4", ".", "17", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "177", "mg", "/", "dl", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "11", "mg", "/", "dl", ",", "direct", "bilirubin", "1", ".", "69", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "300", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "133", "mEq", "/", "l", ",", "leucocytes", "21", ".", "6", "x", "109", "/", "l", ",", "neutrophils", "18", ".", "6", "x", "109", "/", "l", ",", "platelets", "9", "x", "109", "/", "l", ".", "Urine", ":", "250", "leucocytes", "/", "field", ",", "30", "red", "blood", "cells", "/", "field", ".", "Ultrasound", "(", "6", "/", "2", "/", "2012", ")", ":", "ultrasound", "findings", "compatible", "with", "emphysematous", "pyelitis", "of", "the", "left", "kidney", "with", "associated", "moderate", "pyelocaliceal", "dilatation", ".", "Doubtful", "presence", "of", "air", "bubbles", "in", "the", "cortex", "of", "the", "middle", "third", "of", "the", "left", "kidney", ",", "in", "which", "case", "it", "would", "be", "emphysematous", "pyelonephritis", ".", "Hepatic", "steatosis", "grade", "2", ".", "Hepatosplenomegaly", ".", "●", "Based", "on", "the", "ultrasound", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "urgent", "CT", "scan", ":", "enlarged", "liver", ",", "with", "decreased", "density", "in", "relation", "to", "a", "diffuse", "grade", "2", "hepatic", "steatosis", ".", "Gall", "bladder", "and", "biliary", "tract", ",", "pancreas", ",", "spleen", ",", "adrenal", "glands", "and", "right", "kidney", "without", "significant", "findings", ".", "The", "left", "kidney", "is", "enlarged", ",", "oedematous", ",", "with", "globular", "morphology", "and", "decreased", "or", "delayed", "IVC", "uptake", ",", "with", "moderate", "ectasia", "of", "the", "pelvis", "and", "proximal", "ureter", "showing", "hyperuptake", "of", "its", "walls", ",", "as", "an", "inflammatory", "finding", ".", "No", "intra", "-", "or", "perirenal", "collections", "were", "observed", ",", "with", "a", "discrete", "increase", "in", "the", "density", "of", "the", "perirenal", "fascia", "as", "the", "only", "finding", ".", "No", "significant", "alterations", "were", "identified", "in", "the", "distribution", "and", "morphology", "of", "intestinal", "loops", "and", "mesos", ",", "or", "in", "the", "vascular", "retroperitoneum", ".", "Pelvis", "with", "no", "findings", ".", "No", "free", "fluid", ".", "Diagnosis", "Septic", "shock", "of", "urological", "origin", "secondary", "to", "obstructive", "uropathy", "not", "yet", "identified", ".", "Treatment", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "he", "required", "amine", "support", "in", "the", "first", "hours", "of", "admission", "due", "to", "haemodynamic", "failure", "refractory", "to", "administration", "of", "serum", "therapy", ".", "Two", "pools", "of", "platelets", "were", "transfused", "for", "examination", "and", "urinary", "diversion", ",", "and", "a", "nephrostomy", "catheter", "was", "placed", "in", "the", "left", "kidney", ",", "initially", "obtaining", "brownish-bloody", "material", ".", "Progressive", "clinical", "improvement", ",", "with", "withdrawal", "of", "amines", "24-48", "hours", "after", "admission", ".", "Respiratory", "stable", "at", "all", "times", "with", "O2", "saturation", "98-99", "%", "with", "Ventimask", "at", "the", "beginning", "and", "subsequently", "with", "nasal", "goggles", ".", "Diuresis", "maintained", ".", "Evolution", "In", "the", "ICU", "he", "evolved", "favourably", ",", "with", "improvement", "in", "the", "analytical", "parameters", ",", "and", "was", "transferred", "to", "the", "urology", "ward", "on", "the", "fifth", "day", ".", "Once", "there", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "sudden", "bilateral", "loss", "of", "vision", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "he", "was", "seen", "by", "the", "ophthalmology", "specialist", ",", "who", "diagnosed", "bilateral", "vitreous", "haemorrhage", "with", "posterior", "iris", "synechiae", ".", "An", "ocular", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "bilateral", "endophthalmitis", "secondary", "to", "sepsis", ",", "and", "a", "cranial", "CT", "scan", "ruled", "out", "central", "nervous", "system", "involvement", ".", "The", "patient", "could", "only", "see", "occasional", "shadows", ".", "The", "patient", "remained", "febrile", "for", "most", "of", "his", "admission", "(", "42", "days", "in", "total", ")", ",", "so", "serial", "cultures", "were", "taken", ",", "isolating", "Escherichia", "coli", "in", "blood", "culture", ",", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Enterococcus", "faecium", "in", "vitreous", "humour", "culture", "and", "Acinetobacter", "baumanii", "in", "urine", ".", "Since", "then", ",", "successive", "blood", "and", "urine", "cultures", "have", "been", "performed", ",", "all", "of", "which", "have", "been", "negative", ".", "All", "were", "successfully", "treated", "with", "antibiotics", "according", "to", "the", "antibiogram", ".", "From", "the", "urological", "point", "of", "view", ",", "we", "began", "the", "study", "of", "the", "left", "pyelocaliceal", "dilatation", ",", "performing", "imaging", "tests", ",", "including", "abdominal", "X-ray", ",", "ultrasound", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ",", "which", "reported", "only", "some", "renal", "microabscesses", ",", "abscess", "in", "the", "iliac", "psoas", "and", "spondylodiscitis", "due", "to", "E", ".", "coli", ".", "All", "of", "these", "resolved", "and", "were", "confirmed", "by", "subsequent", "imaging", "tests", ".", "The", "left", "kidney", "was", "observed", "without", "dilatation", ",", "with", "adequate", "placement", "of", "the", "nephrostomy", "catheter", "and", "no", "cause", "of", "the", "obstruction", "could", "be", "seen", ".", "We", "decided", "to", "perform", "a", "nephrostogram", ",", "which", "showed", "a", "stop", "to", "the", "passage", "of", "contrast", "at", "the", "level", "of", "the", "lumbar", "ureter", "at", "L3-L4", ",", "which", "showed", "a", "rounded", "shape", "suggestive", "of", "radiolucent", "lithiasis", "versus", "pathway", "tumour", ".", "Another", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "try", "to", "clarify", "the", "aetiology", ",", "and", "again", "no", "ureter", "occupation", "was", "observed", ".", "Urine", "cytology", "was", "requested", ",", "which", "was", "reported", "as", "rectifying", "cellular", "atypia", ",", "with", "mild", "acute", "inflammatory", "exudate", "and", "fungi", "of", "the", "Candida", "genus", ".", "The", "Infectious", "Diseases", "Service", "considered", "it", "as", "contamination", "of", "the", "sample", "and", "did", "not", "treat", "it", ".", "In", "view", "of", "the", "confusing", "findings", "of", "all", "the", "diagnostic", "tests", ",", "the", "patient", "was", "scheduled", "for", "a", "left", "ureteroscopy", ",", "which", "revealed", "a", "fibrinoid", ",", "friable", "lesion", "that", "did", "not", "bleed", ",", "and", "no", "lithiasis", "was", "found", "at", "any", "level", ".", "A", "sample", "was", "taken", "for", "biopsy", "with", "cold", "forceps", "and", "a", "double", "J", "catheter", "was", "left", "in", "place", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "material", "submitted", "was", "reported", "as", "fibrino-inflammatory", "material", "with", "coccal", "colonies", ",", "absence", "of", "neoplasia", "and", "lithiasis", "crystals", ".", "The", "Urology", ",", "Ophthalmology", "and", "Infectious", "Diseases", "Departments", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "with", "follow-up", "consultations", ".", "At", "discharge", ",", "the", "urological", "condition", "is", "under", "control", ",", "but", "the", "cause", "of", "the", "hydronephrosis", "is", "still", "unknown", ".", "It", "is", "pending", "review", "by", "the", "Surgical", "Retina", "team", ",", "but", "the", "patient", "remains", "blind", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 217, "end": 224 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 610, "end": 617 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 1146, "end": 1151 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3704, "end": 3711 }, { "text": "ophthalmology specialist", "label": "HUMAN", "start": 3802, "end": 3826 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4074, "end": 4081 }, { "text": "Acinetobacter baumanii", "label": "SPECIES", "start": 4343, "end": 4365 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 4233, "end": 4249 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 4268, "end": 4289 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4121, "end": 4128 }, { "text": "Enterococcus faecium", "label": "SPECIES", "start": 4291, "end": 4311 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 4843, "end": 4850 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5517, "end": 5522 }, { "text": "coccal colonies", "label": "SPECIES", "start": 6055, "end": 6070 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5711, "end": 5718 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6205, "end": 6212 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6412, "end": 6419 } ]

[ "This", "is", "a", "63-year-old", "mestizo", "man", "from", "Medellín", ",", "resident", "of", "Bogotá", ",", "who", "had", "recently", "travelled", "to", "the", "United", "States", ".", "He", "had", "a", "history", "of", "epilepsy", "with", "adequately", "treated", "absence", "seizures", ";", "he", "did", "not", "smoke", "and", "his", "alcohol", "consumption", "was", "occasional", ".", "He", "consulted", "due", "to", "a", "clinical", "picture", "of", "15", "days", "of", "evolution", "with", "intense", "abdominal", "pain", "\"", "difficult", "to", "describe", "\"", "(", "more", "acute", "in", "the", "mesogastric", "and", "epigastric", "regions", ")", ",", "interrupted", "sleep", ",", "hyporexia", "and", "decreased", "frequency", "and", "quantity", "of", "bowel", "movements", "during", "the", "previous", "seven", "days", ".", "The", "patient", "associated", "the", "onset", "of", "symptoms", "with", "the", "ingestion", "of", "tap", "water", "at", "home", ".", "He", "had", "consulted", "the", "emergency", "department", "four", "times", "in", "the", "previous", "week", "for", "the", "same", "reason", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "hydrated", ",", "with", "blood", "pressure", "123", "/", "74", "mm", "Hg", ",", "heart", "rate", "75", "beats", "per", "minute", ",", "respiratory", "rate", "16", "per", "minute", ",", "temperature", "37", "o", "C", ",", "normal", "pharynx", ",", "unaltered", "neck", ",", "normal", "cardiopulmonary", "status", "on", "auscultation", ",", "reduced", "peristaltic", "sounds", ",", "pain", "on", "palpation", "throughout", "the", "colicky", "frame", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ",", "while", "all", "other", "aspects", "were", "within", "normal", "limits", ".", "The", "patient", "was", "hospitalised", "and", "underwent", "paraclinical", "evaluations", "with", "the", "following", "results", ":", "leucocytes", ":", "8", ",", "120", "per", "mm3", ",", "neutrophils", ":", "59", ".", "4", "%", ",", "lymphocytes", ":", "16", ".", "0", "%", ",", "eosinophils", ":", "18", ".", "6", "%", ",", "haemoglobin", ":", "17", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", ":", "48", ".", "4", "%", "and", "platelets", ":", "275", ",", "000", "per", "μl", ";", "the", "urinalysis", "was", "normal", "and", "the", "results", "of", "the", "other", "relevant", "paraclinical", "examinations", "were", "within", "normal", "limits", "for", "age", ".", "Plain", "radiography", ",", "ultrasonography", ",", "abdominal", "magnetic", "resonance", "imaging", "and", "endoscopic", "retrograde", "cholangiopancreatography", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Upper", "gastrointestinal", "endoscopy", "revealed", "a", "hiatal", "hernia", "with", "Schatzki", "'", "s", "ring", ",", "and", "congestive", "and", "oedematous", "antral", "mucosa", "with", "some", "erosions", ".", "Biopsy", "revealed", "chronic", "active", "gastritis", ",", "while", "lower", "GI", "endoscopy", "revealed", "no", "abnormalities", ".", "During", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "presented", "several", "panic", "attacks", ",", "agitation", "and", "anxiety", "as", "well", "as", "exacerbation", "of", "abdominal", "pain", ",", "requiring", "psychiatric", "medical", "and", "pharmacological", "management", ".", "On", "the", "sixth", "day", "of", "hospitalisation", ",", "a", "painful", ",", "erythematous", "area", "measuring", "2", "x", "2", "cm", "appeared", "on", "the", "right", "abdominal", "flank", ",", "which", "evolved", "in", "a", "serpentine", "migratory", "pattern", "and", "progressed", "across", "the", "midline", "and", "returned", "to", "describe", "an", "elongated", "\"", "X", "\"", "-", "like", "pattern", ".", "A", "skin", "biopsy", "was", "taken", "from", "the", "site", "where", "the", "lesion", "started", "and", "histopathology", "showed", "dermoepidermal", "atrophy", "and", "large", "numbers", "of", "perivascular", "and", "interstitial", "eosinophils", ".", "One", "week", "after", "the", "onset", "of", "the", "lesion", ",", "a", "careful", "manual", "examination", "was", "performed", "and", ",", "on", "patching", "the", "lesion", ",", "a", "raised", "area", "was", "found", "on", "the", "right", "flank", "from", "which", "an", "approximately", "8", "mm", "long", "larva", "was", "removed", "using", "mineral", "oil", "and", "a", "tongue", "depressor", ".", "Examination", "of", "the", "larva", "under", "the", "light", "microscope", "showed", "a", "worm", "consisting", "of", "a", "cephalic", "bulb", "and", "a", "body", ";", "around", "the", "bulb", "the", "characteristic", "four", "rows", "of", "hooks", "were", "identified", ",", "as", "well", "as", "a", "long", "oesophagus", "encircled", "by", "cervical", "sacs", "that", "joined", "the", "intestine", ",", "which", "appeared", "lined", "by", "simple", "cylindrical", "and", "multi-nucleated", "epithelium", "with", "haematoxylin", "and", "eosin", "staining", ".", "This", "characteristic", "allowed", "identification", "of", "the", "specimen", "as", "belonging", "to", "the", "genus", "Florida", "in", "the", "United", "States", ",", "where", "the", "patient", "consumed", "food", "prepared", "with", "fish", "and", "shellfish", ";", "although", "it", "is", "clear", "that", "the", "geographical", "area", "described", "is", "not", "endemic", "for", "this", "condition", ",", "it", "is", "known", "that", "more", "than", "90", "%", "of", "the", "fish", "and", "shellfish", "sold", "there", "are", "imported", "from", "countries", "such", "as", "China", ",", "the", "Philippines", ",", "Thailand", ",", "Vietnam", ",", "Ecuador", ",", "Peru", "and", "Mexico", ",", "nations", "recognised", "as", "endemic", "for", "gnathostomiasis", ".", "Taxonomic", "identification", "is", "based", "on", "certain", "morphological", "characteristics", "of", "the", "larva", ",", "including", "body", "shape", ",", "the", "number", "of", "rows", "of", "hooks", "at", "the", "cephalic", "end", "and", "of", "hooks", "in", "each", "row", ",", "the", "extent", "of", "the", "body", "covered", "by", "spines", ",", "and", "the", "number", "of", "nuclei", "in", "the", "intestinal", "cells", ",", "which", "vary", "between", "species", ".", "The", "rows", "of", "hooks", "allow", "the", "larva", "to", "break", "through", "host", "tissues", "and", "produce", "mechanical", "tissue", "damage", "and", "symptoms", ".", "Species", "identification", "is", "useful", "from", "an", "epidemiological", "point", "of", "view", ",", "as", "treatment", "is", "the", "same", "for", "all", "species", ".", "Clinical", "features", "can", "be", "divided", "into", "immediate", "post-infection", "symptoms", "and", "cutaneous", "or", "visceral", "symptoms", ",", "depending", "on", "the", "case", ".", "Within", "24-48", "hours", "after", "ingestion", "of", "the", "parasite", ",", "the", "individual", "may", "present", "with", "malaise", ",", "fever", ",", "anorexia", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "diarrhoea", "and", "abdominal", "pain", ",", "which", "may", "be", "diffuse", ",", "epigastric", "or", "localised", "in", "the", "right", "upper", "quadrant", ".", "Gnathostoma", "and", "G", ".", "spinigerum", "as", "the", "most", "likely", "species", ",", "thus", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "cutaneous", "gnathostomiasis", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "200", "mg", "albendazole", "daily", "for", "18", "days", "and", "progressed", "satisfactorily", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 543, "end": 550 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 739, "end": 746 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1152, "end": 1159 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 2750, "end": 2755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1951, "end": 1958 }, { "text": "genus Florida", "label": "SPECIES", "start": 3264, "end": 3277 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 2830, "end": 2835 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3310, "end": 3317 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 3346, "end": 3350 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 3498, "end": 3502 }, { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 2872, "end": 2876 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 3988 }, { "text": "Species", "label": "SPECIES", "start": 4105, "end": 4112 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4210, "end": 4217 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 4041, "end": 4045 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 3767, "end": 3772 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 4018, "end": 4023 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 4393, "end": 4401 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4634, "end": 4641 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4707, "end": 4714 }, { "text": "Gnathostoma", "label": "SPECIES", "start": 4585, "end": 4596 }, { "text": "G. spinigerum", "label": "SPECIES", "start": 4601, "end": 4614 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "63-year-old", "woman", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "5", "days", "'", "evolution", "in", "the", "form", "of", "febrile", "peaks", ",", "2", "to", "3", "per", "day", ",", "reaching", "temperatures", "of", "up", "to", "40oC", ",", "associated", "with", "general", "malaise", ",", "nausea", "with", "vomiting", "coinciding", "with", "ingestion", "and", "diarrhoeal", "stools", "without", "pathological", "products", ".", "Her", "medical", "history", "included", "systemic", "lupus", "erythematosus", "on", "immunosuppressive", "treatment", "with", "prednisone", "5mg", "/", "24h", "and", "azathioprine", "50mg", "/", "12h", ",", "at", "the", "present", "time", ",", "and", "no", "recent", "history", "of", "outbreaks", ",", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", ".", "The", "patient", "was", "specifically", "asked", "about", "any", "epidemiological", "history", "of", "interest", ",", "denying", "contact", "with", "animals", ",", "recent", "travel", "and", "risky", "sexual", "practices", ".", "On", "examination", "the", "patient", "was", "drowsy", ",", "although", "conscious", "and", "oriented", ",", "with", "dry", "skin", "and", "mucous", "membranes", ",", "hypotensive", "(", "70", "/", "40", "mmHg", ")", ",", "tachypnoea", "at", "36", "rpm", "maintaining", "SpO2", "98", "%", "baseline", ",", "rhythmic", "at", "75", "bpm", "with", "normal", "cardiorespiratory", "auscultation", ".", "Examination", "by", "apparatus", "and", "systems", "revealed", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "with", "no", "defence", "or", "peritonism", "and", "no", "palpable", "megaliths", ",", "as", "well", "as", "minimal", "bimalleolar", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Initial", "laboratory", "studies", "revealed", "renal", "dysfunction", "(", "creatinine", "2", ".", "1", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "92", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "126", "mmol", "/", "l", ")", ",", "liver", "dysfunction", "(", "GOT", "125U", "/", "l", ",", "GPT", "80", "U", "/", "l", ")", ",", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", "285", ".", "7", "mg", "/", "l", ",", "fibrinogen", "743", "mg", "/", "dl", ",", "procalcitonin", "17", ".", "42", "ng", "/", "ml", ")", ",", "anaemia", "9", ".", "4", "g", "/", "dl", "and", "neutrophilia", "(", "9930", "/", "microL", ",", "91", ".", "6", "%", ")", ".", "Other", "parameters", "(", "glycaemia", ",", "bilirubin", ",", "amylase", ",", "coagulation", "and", "venous", "gases", ")", "were", "normal", ".", "Urinalysis", "showed", "haematuria", "and", "leucocyturia", ",", "with", "negative", "nitrites", ".", "Chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "showed", "no", "alterations", "of", "interest", ".", "An", "urgent", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "at", "least", "4", "space-occupying", "liver", "lesions", "(", "LOEs", ")", "of", "hypoechogenic", "appearance", ",", "some", "with", "reinforcement", ",", "with", "septations", "and", "echogenic", "content", ",", "the", "largest", "of", "which", "was", "2", "cm", "and", "located", "in", "segment", "IV", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "Multiple", "hepatic", "abscesses", ".", "The", "radiological", "history", "of", "the", "patient", "was", "assessed", "and", "a", "thoracic", "CT", "scan", "was", "found", "5", "months", "earlier", "showing", "a", "normal", "liver", ".", "The", "radiological", "conclusion", ",", "taking", "into", "account", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", "and", "the", "relative", "new", "appearance", "of", "the", "lesions", ",", "was", "that", "the", "first", "possibility", "was", "infectious", "aetiology", "(", "abscesses", ")", ".", "In", "view", "of", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "situation", "and", "the", "findings", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", ",", "initiating", "antibiotic", "therapy", "and", "requesting", "a", "complete", "blood", "analysis", ",", "blood", "cultures", ",", "stool", "culture", "and", "an", "abdominal", "CT", "scan", "to", "complete", "the", "imaging", "study", ".", "Differential", "diagnosis", "Liver", "abscess", "is", "a", "localised", "collection", "in", "the", "liver", "parenchyma", "resulting", "from", "an", "infectious", "process", "caused", "by", "bacteria", "(", "most", "common", ")", ",", "amoebae", "or", "fungi", ".", "The", "liver", "can", "be", "contaminated", "via", "haematogenous", ",", "biliary", "or", "direct", "contact", "routes", ",", "and", "knowing", "the", "aetiopathogenesis", "allows", "us", "to", "suspect", "the", "micro-organism", "responsible", "in", "most", "cases", ".", "Among", "the", "most", "frequent", "microorganisms", "to", "be", "taken", "into", "account", "when", "making", "the", "differential", "diagnosis", "are", "the", "following", ":", "-", "Gram-negative", "bacteria", "such", "as", "Escherichia", "coli", ",", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Enterobacter", "spp", ".", "or", "Pseudomonas", "spp", ".", "which", "are", "implicated", "in", "up", "to", "60", "%", "of", "cases", ".", "-", "Anaerobic", "bacteria", "such", "as", "Bacteroides", "spp", ",", "Fusobacterium", "spp", ",", "Peptostreptococcus", "spp", "and", "Clostridium", "spp", "which", "are", "detected", "in", "35-45", "%", "of", "cases", ".", "-", "Gram-positive", "bacteria", "such", "as", "Staphylococcus", "aureus", "and", "group", "D", "streptococci", ":", "these", "are", "rare", ",", "but", "should", "be", "considered", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "-", "Mycobacteria", ",", "especially", "Mycobacterium", "tuberculosis", ",", "may", "cause", "culture-negative", "abscesses", ".", "-", "Listeria", "monocytogenes", ",", "Salmonella", "spp", ",", "Yersinia", "spp", "and", "Brucella", "spp", ",", "especially", "implicated", "in", "infections", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "-", "Fungi", ",", "especially", "Candida", "albicans", ",", "Aspergillus", "spp", ",", "Histoplasma", "spp", ",", "Cryptosporidium", "spp", "and", "Sporothrix", "spp", ",", "frequently", "occur", "in", "an", "immunocompromised", "patient", "or", "after", "a", "trip", "abroad", "in", "the", "case", "of", "histoplasmosis", ".", "-", "Entamoeba", "histolytica", "should", "be", "considered", "in", "case", "of", "a", "history", "of", "travel", "to", "an", "endemic", "area", ",", "presence", "of", "dysentery", "and", "presence", "of", "multiple", "abscesses", ".", "Clinical", "course", "During", "admission", ",", "multiple", "liver", "abscesses", "were", "confirmed", "by", "abdominal", "CT", "scan", ",", "which", "showed", "countless", "LOEs", "in", "both", "lobes", "with", "low", "attenuation", "in", "all", "phases", "and", "no", "central", "enhancement", "in", "relation", "to", "the", "liquid", "content", ",", "with", "some", "of", "them", "showing", "minimal", "peripheral", "enhancement", "in", "the", "portal", "and", "later", "phases", ".", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "w", "/", "c", ":", "multiple", "liver", "abscesses", ".", "All", "these", "findings", "were", "compatible", "with", "multiple", "liver", "abscesses", "caused", "by", "unusual", "pyogenic", "germs", ".", "Forty-eight", "hours", "after", "admission", ",", "the", "microbiology", "department", "reported", "growth", "of", "Listeria", "monocytogenes", "(", "LM", ")", "in", "the", "blood", "cultures", "taken", "in", "the", "emergency", "department", ".", "In", "view", "of", "this", "result", ",", "in", "which", "a", "germ", "compatible", "with", "the", "patient", "'", "s", "condition", "was", "isolated", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "perform", "an", "image-guided", "puncture", ",", "which", "would", "have", "been", "the", "diagnostic", "procedure", "of", "choice", "in", "this", "case", ",", "given", "that", "it", "was", "not", "without", "risk", ".", "Antimicrobial", "treatment", "with", "ampicillin", "and", "gentamicin", "was", "decided", ",", "maintaining", "the", "treatment", "started", "with", "metronidazole", "on", "admission", ",", "although", "it", "is", "controversial", "to", "maintain", "metronidazole", "as", "an", "aerobic", "germ", "responsible", "for", "the", "symptoms", "has", "been", "isolated", ".", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "slowly", "favourable", ",", "with", "haemodynamic", "stabilisation", ",", "fever", "control", "and", "progressive", "improvement", "in", "blood", "tests", ",", "although", "renal", "deterioration", "and", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", "persisted", ".", "Given", "the", "history", "of", "lupus", "disease", ",", "a", "complete", "study", "of", "autoimmunity", "and", "renal", "function", "was", "decided", ",", "ruling", "out", "a", "new", "outbreak", "of", "the", "disease", ".", "Hydration", "and", "adequate", "volemia", "were", "boosted", "until", "renal", "function", "was", "controlled", ",", "which", "returned", "to", "normal", "on", "discharge", ".", "Based", "on", "the", "antibiogram", ",", "it", "was", "decided", "to", "sequence", "oral", "treatment", "with", "trimethoprim-sulfamethoxazole", ",", "the", "duration", "of", "which", "was", "guided", "by", "the", "clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "response", ".", "The", "patient", "was", "reviewed", "in", "the", "outpatient", "clinic", "one", "month", "after", "discharge", "from", "hospital", ",", "and", "a", "control", "abdominal", "ultrasound", "scan", "was", "performed", ",", "confirming", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "abscesses", ",", "which", "finally", "disappeared", "completely", "in", "a", "new", "control", "ultrasound", "scan", "two", "weeks", "later", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "did", "not", "present", "any", "further", "symptoms", ".", "Final", "diagnosis", "Bacteraemia", "and", "liver", "abscesses", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", "in", "an", "immunosuppressed", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 662, "end": 669 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 563, "end": 570 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 733, "end": 740 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2049, "end": 2056 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2221, "end": 2228 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2362, "end": 2369 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2793, "end": 2798 }, { "text": "amoebae", "label": "SPECIES", "start": 2782, "end": 2789 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2758, "end": 2766 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 2942, "end": 2956 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3008, "end": 3022 }, { "text": "Gram-negative bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3108, "end": 3130 }, { "text": "Enterobacter spp", "label": "SPECIES", "start": 3180, "end": 3196 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 3139, "end": 3155 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3157, "end": 3178 }, { "text": "Pseudomonas spp", "label": "SPECIES", "start": 3201, "end": 3216 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3122, "end": 3130 }, { "text": "Anaerobic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3264, "end": 3282 }, { "text": "Bacteroides spp", "label": "SPECIES", "start": 3291, "end": 3306 }, { "text": "Clostridium spp", "label": "SPECIES", "start": 3354, "end": 3369 }, { "text": "Fusobacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 3308, "end": 3325 }, { "text": "Peptostreptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 3327, "end": 3349 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3274, "end": 3282 }, { "text": "Gram-positive bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3411, "end": 3433 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 3442, "end": 3463 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3425, "end": 3433 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3552, "end": 3560 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3564, "end": 3576 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3589, "end": 3615 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 3797, "end": 3802 }, { "text": "Sporothrix spp", "label": "SPECIES", "start": 3891, "end": 3905 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3948, "end": 3955 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 4012, "end": 4033 } ]

[ "A", "17-year-old", "man", "from", "Romania", "with", "no", "previous", "history", "or", "usual", "treatment", "who", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "1", "year", "with", "his", "family", ",", "who", "were", "healthy", ".", "He", "did", "not", "report", "any", "toxic", "habits", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "a", "7-day", "history", "of", "continuous", "frontal", "headache", "radiating", "to", "the", "occipital", "region", ",", "which", "in", "the", "last", "48", "hours", "had", "been", "accompanied", "by", "a", "fever", "of", "up", "to", "39", "°", "C", "and", "several", "episodes", "of", "vomiting", "in", "shotgun", "fashion", ".", "In", "the", "rest", "of", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "presented", "no", "other", "clinical", "manifestations", "by", "organs", "and", "apparatus", ".", "He", "was", "being", "treated", "with", "amoxicillin", "and", "ibuprofen", "prescribed", "by", "his", "primary", "care", "physician", ",", "with", "little", "response", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "although", "febrile", "at", "38", ".", "8o", ",", "haemodynamically", "and", "ventilatorily", "stable", ",", "with", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "of", "15", "and", "no", "neurological", "focality", "except", "for", "moderate", "nuchal", "rigidity", ".", "The", "haemogram", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "15", ",", "600", "per", "mm3", "with", "86", "%", "neutrophils", "and", "a", "C-reactive", "protein", "of", "26", ".", "5", "mg", "/", "dl", ";", "the", "rest", "of", "the", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "were", "normal", ".", "The", "chest", "X-ray", "did", "not", "show", "any", "condensation", ",", "hilar", "adenopathies", "or", "signs", "of", "pleural", "effusion", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "after", "fundus", "examination", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "papillitis", ",", "and", "a", "clear", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "slightly", "increased", "outflow", "pressure", "was", "obtained", ".", "The", "CSF", "Gram", "stain", "was", "negative", "with", "biochemistry", "showing", "21", "leukocytes", "(", "83", "%", "lymphocytes", ")", ",", "glycosuria", "of", "54", "mg", "/", "dl", ",", "proteinuria", "of", "90", "mg", "/", "dl", "and", "an", "adenosine", "deaminase", "of", "15", "U", "/", "l", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", "with", "a", "syndromic", "diagnosis", "of", "lymphocytic", "meningitis", "of", "possible", "tuberculous", "aetiology", "with", "antibiotic", "coverage", "(", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", ")", "and", "acyclovir", "while", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "aetiological", "study", "(", "DNA", "hybridisation", "by", "polymerase", "chain", "reaction-PCR", "-", "and", "CSF", "cultures", ",", "serology", "and", "blood", "cultures", ")", ".", "Differential", "diagnosis", "With", "the", "syndromic", "diagnosis", "of", "lymphocytic", "meningitis", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "considered", "as", "follows", ":", "Bacterial", "meningitis", ":", "-", "Partially", "treated", "meningitis", ".", "-", "Listeria", "monocytogenes", "meningitis", ".", "-", "Meningitis", "due", "to", "spirochetes", "(", "Treponema", "spp", ".", "Borrelia", "spp", ".", ")", ".", "-", "Bacterial", "infective", "endocarditis", ".", "-", "Suppurative", "pictures", "due", "to", "parameningeal", "foci", ".", "-", "Meningitis", "due", "to", "intracellular", "microorganisms", "(", "Rickettsia", "spp", ".", ",", "Coxiella", "burnetti", ")", ".", "Viral", "meningitis", ":", "-", "Enterovirus", "meningitis", ".", "-", "Herpesvirus", "meningitis", ".", "-", "Human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "meningitis", ".", "-", "adenovirus", "meningitis", "-", "lymphocytic", "choriomeningitis", "virus", "meningitis", ".", "-", "influenzavirus", "meningitis", "-", "mumps", "meningitis", "-", "arbovirus", "meningitis", "tuberculous", "meningitis", "fungal", "meningitis", "non-infectious", "meningitis", "-", "Neoplastic", "meningitis", ".", "-", "Neurosarcoidosis", ".", "-", "Chemical", "meningitis", "(", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", ",", "cotrimoxazole", ".", ".", ".", ")", ".", "Evolution", "CSF", "PCR", "for", "enterovirus", ",", "herpesvirus", ",", "mumps", ",", "Toscana", "virus", "and", "Mycobacterium", "tuberculosis", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "CSF", "reagin", "test", ",", "serology", "for", "HIV", ",", "Borrelia", ",", "Treponema", "pallidum", ",", "Rickettsia", "spp", "and", "Coxiella", "burnetti", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "was", "still", "febrile", "after", "72", "hours", ",", "and", "the", "headache", "and", "vomiting", "had", "worsened", ",", "so", "an", "urgent", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "requested", ".", "The", "CT", "scan", "showed", "a", "bifrontal", "fluid", "collection", "extending", "over", "almost", "the", "entire", "surface", "of", "both", "lobes", "with", "moderate", "mass", "effect", "and", "signs", "of", "cerebritis", ",", "with", "pathological", "uptake", "of", "the", "dura", "mater", ".", "Cranial", "CT", "scan", "(", "axial", "section", "and", "sagittal", "reconstruction", ")", ":", "hypodense", "collection", "corresponding", "to", "epidural", "empyema", "with", "contrast", "uptake", "of", "the", "dura", "mater", "was", "observed", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "lysis", "of", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "left", "frontal", "sinus", ",", "which", "was", "confirmed", "by", "three-dimensional", "bone", "reconstruction", "as", "the", "probable", "parameningeal", "origin", "of", "the", "collection", ".", "Cranial", "CT", "scan", "(", "axial", "section", "in", "bone", "window", "and", "three-dimensional", "bone", "reconstruction", ")", ":", "a", "solution", "of", "continuity", "of", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "left", "frontal", "sinus", "was", "observed", ".", "With", "the", "radiological", "diagnosis", "of", "epidural", "empyema", ",", "the", "neurosurgery", "department", "was", "contacted", "and", "decided", "to", "intervene", "urgently", "on", "the", "patient", "after", "a", "cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "to", "complete", "the", "study", ".", "This", "confirmed", "epidural", "involvement", "as", "well", "as", "a", "subdural", "and", "parietal", "component", "of", "the", "empyema", "measuring", "up", "to", "16", "mm", ".", "Cranial", "MRI", "scan", "(", "sagittal", "T1", "and", "axial", "T2", "before", "craniotomy", ")", ":", "a", "subdural", "component", "of", "the", "empyema", "and", "parietal", "involvement", "of", "the", "empyema", "were", "observed", ".", "Together", "with", "pansinusitis", "of", "both", "maxillary", ",", "frontal", "and", "left", "ethmoid", "sinuses", ".", "In", "the", "water", "diffusion", "sequence", "there", "was", "water", "restriction", ",", "which", "strongly", "supported", "the", "purulent", "origin", "of", "the", "collection", ".", "A", "bifrontal", "craniotomy", "and", "a", "right", "parietal", "trephine", "were", "performed", "with", "evacuation", "of", "the", "purulent", "contents", "and", "cranialisation", "of", "the", "frontal", "sinus", "together", "with", "a", "galea", "flap", "to", "seal", "the", "fistula", ".", "Intraoperative", "findings", "were", "an", "epidural", "plastron", "with", "a", "thickened", "and", "yellowish", "dura", "mater", ".", "Concurrent", "blood", "cultures", "and", "CSF", "cultures", ",", "including", "long", "incubation", "cultures", "for", "mycobacteria", "and", "fungi", ",", "were", "negative", ",", "but", "the", "intraoperative", "sample", "was", "negative", "for", "Streptococcus", "constellatus", "and", "Prevotella", "oris", ",", "the", "latter", "resistant", "to", "penicillin", "G", ".", "Intravenous", "antibiotic", "coverage", "consisting", "of", "cefotaxime", "2", "grams", "every", "4", "hours", "and", "metronidazole", "500", "milligrams", "every", "6", "hours", "was", "chosen", "and", "continued", "for", "6", "weeks", ".", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "very", "favourable", ",", "remaining", "afebrile", "at", "all", "times", "and", "presenting", "no", "neurological", "symptoms", "of", "any", "kind", ",", "although", "in", "the", "control", "MRI", "a", "certain", "5", "mm", "component", "of", "the", "empyema", "persisted", "(", "T1", "sagittal", "and", "T2", "axial", "MRI", "of", "the", "skull", "after", "the", "craniotomy", ",", "showing", "practically", "complete", "evacuation", "of", "the", "empyema", "with", "a", "small", "residual", "component", "of", "about", "5", "mm", ")", "which", "it", "was", "decided", "not", "to", "evacuate", ",", "nor", "the", "rest", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ".", "Subsequent", "examinations", "confirmed", "the", "complete", "resolution", "of", "the", "empyema", "and", "pansinusitis", ",", "and", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "with", "no", "recurrence", "of", "the", "process", "at", "the", "present", "time", ".", "Final", "diagnosis", "The", "final", "diagnosis", "was", "polymicrobial", "epidural", "and", "subdural", "empyema", "secondary", "to", "sinusitis", "with", "fistula", "of", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "left", "frontal", "sinus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 124, "end": 130 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 616, "end": 638 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 470, "end": 477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1553, "end": 1560 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2050, "end": 2059 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 2106, "end": 2128 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2197 }, { "text": "Treponema spp", "label": "SPECIES", "start": 2174, "end": 2187 }, { "text": "spirochetes", "label": "SPECIES", "start": 2161, "end": 2172 }, { "text": "Borrelia spp", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2201 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2207, "end": 2216 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 2358, "end": 2375 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 2341, "end": 2355 }, { "text": "intracellular microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2311, "end": 2339 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 2379, "end": 2384 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2399, "end": 2410 }, { "text": "Herpesvirus", "label": "SPECIES", "start": 2425, "end": 2436 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2481, "end": 2484 }, { "text": "Human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2451, "end": 2479 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2500, "end": 2510 }, { "text": "lymphocytic choriomeningitis virus", "label": "SPECIES", "start": 2524, "end": 2558 }, { "text": "influenzavirus", "label": "SPECIES", "start": 2573, "end": 2587 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 2601, "end": 2606 }, { "text": "Streptococcus constellatus", "label": "SPECIES", "start": 5133, "end": 5159 }, { "text": "Prevotella oris", "label": "SPECIES", "start": 5164, "end": 5179 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5387, "end": 5394 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5934, "end": 5941 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 6055, "end": 6068 } ]

[ "A", "35-year-old", "man", ",", "painter", "by", "profession", ",", "active", "smoker", "of", "a", "pack", "of", "cigarettes", "a", "day", ",", "occasional", "cannabis", "user", "and", "regular", "cocaine", "user", ".", "He", "was", "brought", "by", "his", "relatives", "to", "the", "Accident", "and", "Emergency", "Department", "for", "confusional", "symptoms", "of", "three", "weeks", "'", "evolution", "consisting", "of", "difficulty", "in", "naming", "objects", "and", "incoherent", "language", ",", "bradypsychia", ",", "temporospatial", "disorientation", "and", "frequent", "forgetfulness", "in", "carrying", "out", "daily", "activities", ".", "The", "only", "history", "of", "interest", "was", "a", "positive", "HIV", "serology", "recently", "performed", "at", "his", "health", "centre", ",", "pending", "confirmatory", "Western", "blotting", ".", "He", "also", "reported", "intense", "asthenia", "with", "unquantified", "weight", "loss", "in", "the", "last", "four", "months", ",", "as", "well", "as", "a", "non-productive", "morning", "cough", "related", "to", "smoking", ",", "with", "no", "other", "symptoms", "by", "organs", "or", "apparatus", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "afebrile", ",", "with", "blood", "pressure", "of", "91", "/", "61", "mmHg", ",", "heart", "rate", "of", "82", "beats", "per", "minute", ",", "eupneic", "with", "oxygen", "saturation", "of", "100", "%", "without", "supplementation", ".", "Neurologically", "he", "was", "conscious", "but", "bradypsychic", "and", "disoriented", "in", "time", ",", "with", "no", "signs", "of", "neurological", "focality", "or", "signs", "of", "meningismus", ".", "Auscultation", "showed", "generalised", "hypophonesis", ".", "No", "other", "relevant", "anomalies", "were", "observed", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "revealed", "lymphopenia", "of", "830", "lymphocytes", "/", "μl", "with", "normal", "red", "and", "platelet", "series", ".", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "showed", "a", "value", "of", "6", ".", "7", "mg", "/", "l", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showed", "hypodensities", "in", "the", "cerebral", "white", "matter", "in", "both", "hemispheres", ",", "without", "mass", "effect", ",", "suggestive", "of", "leukoencephalopathy", "of", "uncertain", "origin", ".", "CSF", "analysis", "showed", "only", "hyperproteinuria", "of", "59", "mg", "/", "dl", "and", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "herpes", "simplex", "virus", "types", "1", "and", "2", "and", "varicella-zoster", "virus", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "rounded", ",", "thin-walled", "calcified", "images", ",", "the", "largest", "of", "which", "had", "a", "hydro-aerial", "level", "inside", ".", "The", "analytical", "results", "previously", "performed", "by", "his", "doctor", "were", "compiled", ",", "in", "which", "only", "the", "aforementioned", "relative", "lymphopenia", "stood", "out", ",", "with", "thyrotropin", ",", "cortisol", ",", "tumour", "markers", "and", "serology", "for", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", "and", "syphilis", "negative", ",", "and", "with", "the", "aforementioned", "positive", "serology", "for", "HIV", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "admission", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", ",", "initiating", "antiretroviral", "treatment", "(", "ART", ")", "with", "elvitegravir", "(", "EVG", ")", "150", "mg", ",", "cobicistat", "150", "mg", ",", "emtricitabine", "(", "FTC", ")", "200", "mg", "and", "tenofovir", "alafenamide", "(", "TAF", ")", "10", "mg", "co-formulated", ".", "HIV", "viral", "load", "(", "VL", ")", "determinations", "in", "plasma", "and", "CSF", "were", "requested", ",", "with", "results", "of", "496", ",", "000", "and", "260", ",", "000", "copies", "/", "ml", "respectively", ",", "as", "well", "as", "lymphocyte", "subpopulations", ",", "showing", "154", "CD4", "/", "μl", "and", "840", "CD8", "/", "μl", "lymphocytes", ".", "HLA-B", "*", "5701", "was", "positive", "and", "no", "mutations", "were", "found", "in", "the", "antiretroviral", "resistance", "study", ".", "Serological", "testing", "for", "Echinococcus", "granulosus", ",", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "and", "Toxoplasma", "gondii", "was", "extended", ",", "with", "positive", "IgG", "for", "CMV", "only", ".", "Brain", "MRI", "showed", "bilateral", "frontal", "white", "matter", "involvement", ",", "of", "the", "corona", "radiata", "with", "extension", "towards", "the", "knee", "and", "posterior", "arm", "of", "the", "right", "internal", "capsule", ",", "of", "a", "patchy", "nature", ",", "with", "a", "certain", "degree", "of", "lesional", "confluence", ".", "These", "lesions", "appeared", "hyperintense", "in", "the", "T2", "and", "diffusion", "sequences", ",", "with", "diffusion", "restriction", "being", "evident", "in", "some", "of", "them", ".", "After", "intravenous", "contrast", "administration", ",", "no", "areas", "of", "enhancement", "were", "seen", ".", "The", "EEG", "recorded", "a", "normal", "baseline", "tracing", "interrupted", "by", "rhythmic", "bursts", "of", "bifrontal", "delta", "activity", ".", "As", "for", "the", "study", "of", "the", "pulmonary", "lesions", ",", "a", "thoracic", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "showed", "multiple", "cysts", "of", "different", "sizes", ",", "with", "a", "hydro-aerial", "level", "and", "dense", "content", ",", "without", "contrast", "uptake", ".", "The", "culture", "and", "serial", "sputum", "smears", ",", "as", "well", "as", "the", "interferon", "gamma", "release", "assay", "(", "IGRA", ")", "for", "tuberculosis", ",", "were", "negative", ".", "Differential", "diagnosis", "When", "faced", "with", "a", "patient", "with", "HIV", "infection", "and", "neurocognitive", "alterations", ",", "we", "must", "consider", "a", "broad", "differential", "diagnosis", ",", "both", "with", "aetiologies", "common", "to", "seronegative", "patients", "and", "with", "others", "more", "specific", "to", "HIV-infected", "patients", ".", "The", "following", "entities", "should", "be", "highlighted", ":", "-", "Neurological", "diseases", ".", "Given", "the", "age", "of", "the", "patient", ",", "Creutzfeldt-Jakob", "disease", "or", "adult", "normotensive", "hydrocephalus", "could", "be", "considered", ".", "-", "Pseudodementia", "secondary", "to", "depression", ".", "-", "Metabolic", "encephalopathies", "secondary", "to", "ionic", "disturbances", "and", "intoxication", ",", "which", "in", "our", "case", "were", "reasonably", "ruled", "out", ".", "-", "Focal", "or", "diffuse", "encephalopathies", ".", "In", "patients", "with", "advanced", "HIV", "infection", ",", "we", "can", "distinguish", "between", "these", "two", "types", "of", "encephalopathies", ".", "Among", "the", "former", ",", "given", "that", "the", "CSF", "had", "normal", "outflow", "pressure", "and", "showed", "only", "hyperproteinorrachia", "with", "negative", "microbiological", "study", ",", "most", "infectious", "aetiologies", "were", "ruled", "out", ".", "In", "addition", ",", "serology", "for", "Toxoplasma", "spp", ".", "was", "negative", ",", "and", "neuroimaging", "tests", "did", "not", "reveal", "focal", "lesions", "with", "peripheral", "ring", "uptake", "typical", "of", "toxoplasmosis", "or", "lymphoma", ",", "nor", "of", "tuberculomas", "or", "cryptococcomas", ".", "However", ",", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", "would", "fit", "with", "the", "clinical", "picture", "and", "radiological", "images", ".", "As", "diffuse", "HIV-associated", "encephalopathy", "we", "would", "have", "HIV-associated", "dementia", ".", "With", "regard", "to", "cystic", "lung", "lesions", ",", "the", "first", "question", "to", "ask", "is", "whether", "we", "are", "dealing", "with", "true", "cysts", "or", "other", "simulating", "entities", ",", "such", "as", "cavities", ",", "centrolobular", "emphysema", "or", "cystic", "bronchiectasis", ",", "for", "which", "a", "thoracic", "CT", "scan", "is", "necessary4", ".", "True", "cysts", "are", "defined", "as", "rounded", "areas", "of", "air", "contents", "separated", "from", "the", "lung", "parenchyma", "by", "a", "thin", "wall", "less", "than", "2", "mm", "thick", ".", "Depending", "on", "the", "location", ",", "they", "are", "classified", "as", "subpleural", "or", "intraparenchymal", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "our", "patient", ".", "These", ",", "in", "turn", ",", "are", "subdivided", "into", "subgroups", "according", "to", "other", "thoracic", "CT", "findings", ":", "-", "With", "ground-glass", "imaging", ".", "This", "pattern", "is", "typical", "of", "Pneumocystis", "jirovecii", "pneumonia", "or", "desquamative", "interstitial", "pneumonia", ".", "-", "Nodules", ".", "They", "appear", "in", "lymphoid", "interstitial", "pneumonia", ",", "amyloidosis", "or", "Langerhans", "cell", "histiocytosis", ",", "among", "other", "entities", ".", "-", "No", "additional", "findings", ".", "Initially", ",", "one", "might", "think", "of", "echinococcosis", ",", "although", "serology", "was", "negative", ";", "and", "tuberculosis", ",", "although", "serial", "smears", "and", "the", "IGRA", "test", "were", "negative", ".", "Evolution", "The", "patient", "had", "a", "slow", "but", "progressive", "cognitive", "recovery", ",", "with", "a", "control", "CSF", "HIV", "CV", "of", "147", ",", "000", "copies", "/", "ml", "at", "4", "weeks", "after", "initiation", "of", "ART", ".", "CSF", "PCR", "for", "JC", "virus", "was", "negative", ".", "However", ",", "initially", ",", "no", "major", "changes", "were", "observed", "in", "the", "control", "neuroimaging", ",", "pending", "further", "cranial", "MRI", ".", "As", "for", "the", "pulmonary", "lesions", ",", "fibrobronchoscopy", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "was", "performed", ",", "obtaining", "positive", "polymerase", "chain", "reaction", "for", "P", ".", "jirovecii", ",", "so", "treatment", "was", "prescribed", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "(", "TMPSMX", ")", "800", "/", "160", "mg", "at", "the", "usual", "weight-adjusted", "doses", ",", "initially", "intravenously", "for", "15", "days", "and", "then", "orally", ".", "Subsequent", "outpatient", "examinations", "showed", "marked", "improvement", "of", "the", "lung", "cysts", "with", "complete", "disappearance", "of", "the", "cysts", "after", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "HIV-associated", "dementia", "and", "Pneumocystis", "jirovecii", "pneumonia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 479, "end": 482 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 98, "end": 106 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 160, "end": 169 }, { "text": "painter", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2724, "end": 2727 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2787, "end": 2790 }, { "text": "Echinococcus granulosus", "label": "SPECIES", "start": 2682, "end": 2705 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 2216, "end": 2219 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 2733, "end": 2750 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2070, "end": 2073 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2352, "end": 2355 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2190, "end": 2204 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2625, "end": 2639 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2707, "end": 2722 }, { "text": "relative", "label": "HUMAN", "start": 1881, "end": 1889 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 1826, "end": 1832 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2001, "end": 2009 }, { "text": "varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 1625, "end": 1641 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2356, "end": 2361 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1601, "end": 1606 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1642, "end": 1647 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1991, "end": 1996 }, { "text": "herpes simplex virus types 1", "label": "SPECIES", "start": 1586, "end": 1614 }, { "text": "herpes simplex virus types 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 1586, "end": 1620 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1973, "end": 1996 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3627, "end": 3639 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3711, "end": 3714 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3893, "end": 3896 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3698, "end": 3705 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3851, "end": 3859 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3906, "end": 3914 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 4046, "end": 4051 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4008, "end": 4015 }, { "text": "Toxoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 4617, "end": 4631 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4329, "end": 4332 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4934, "end": 4937 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4978, "end": 4981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5481, "end": 5488 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4306, "end": 4314 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 5633, "end": 5655 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5941, "end": 5953 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 6159, "end": 6162 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6100, "end": 6103 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6026, "end": 6033 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 6179, "end": 6184 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 6176, "end": 6184 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 6454, "end": 6466 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6794, "end": 6797 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 6822, "end": 6844 } ]

[ "This", "is", "a", "64-year-old", "woman", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "a", "tertiary", "hospital", "complaining", "of", "erythematous", "lesions", "on", "both", "hands", "and", "swelling", ",", "pain", "and", "functional", "impotence", "of", "the", "right", "wrist", "joint", ".", "She", "had", "a", "biological", "aortic", "valve", "prosthesis", ",", "implanted", "fifteen", "months", "before", "the", "current", "consultation", ".", "Examination", "of", "the", "patient", "revealed", "that", "she", "was", "febrile", "(", "38oC", ")", "and", "Osler", "nodules", "were", "observed", "on", "the", "hands", "and", "feet", ",", "as", "well", "as", "nail", "haemorrhages", ".", "Blood", "tests", "showed", "leukocytosis", "(", "12", ".", "8", "x", "106", "/", "L", ")", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", "and", "a", "chest", "ultrasound", "showed", "a", "large", "vegetation", "on", "the", "prosthetic", "valve", "annulus", ".", "She", "was", "diagnosed", "with", "prosthetic", "valve", "endocarditis", "and", "treatment", "was", "started", "with", "vancomycin", ",", "gentamicin", "and", "rifampicin", "at", "appropriate", "doses", ".", "After", "two", "days", "of", "evolution", ",", "the", "patient", "showed", "decreased", "level", "of", "consciousness", "and", "right", "hemiparesis", ".", "A", "normal", "head", "CT", "scan", "and", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ".", "CSF", "biochemistry", "showed", "no", "alterations", "and", "a", "sample", "was", "sent", "to", "the", "Microbiology", "Department", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "surgery", "for", "a", "new", "valve", "replacement", ",", "but", "the", "patient", "died", "eight", "hours", "later", "due", "to", "cardiorespiratory", "arrest", ",", "before", "she", "could", "be", "operated", "on", ".", "No", "autopsy", "was", "performed", ".", "Blood", "cultures", "and", "cerebrospinal", "fluid", "were", "negative", "after", "seven", "days", "of", "incubation", ".", "Blind", "passages", "of", "blood", "cultures", "were", "given", "and", "all", "culture", "media", "sown", "showed", "whitish", "cream", "coloured", "colonies", "with", "a", "membranous", "appearance", "after", "three", "days", "of", "incubation", ".", "Microscopic", "examination", "revealed", "yeasts", ",", "short", "filaments", "and", "arthroconidia", ".", "The", "micro-organism", "grew", "in", "the", "subculture", "after", "72", "h", "of", "incubation", "on", "standard", "culture", "media", ".", "The", "vast", "majority", "of", "yeasts", "that", "cause", "infections", "in", "humans", "can", "have", "these", "characteristics", ".", "However", ",", "Candida", "species", "usually", "grow", "within", "24", "h", "on", "standard", "media", ",", "so", "the", "yeast", "may", "be", "thought", "to", "belong", "to", "a", "slow-growing", "species", "(", "Cryptococcus", ",", "Trichosporon", ",", "Rhodotorula", ",", "Geotrichum", ",", "Galactomyces", ")", ".", "The", "macroscopic", "appearance", "of", "the", "colonies", "(", "cream-coloured", "and", "membranous", "appearance", ")", "helps", "to", "rule", "out", "pigmented", "yeasts", "such", "as", "Rhodotorula", "and", "Sporobolomyces", ",", "which", "are", "red", "and", "orange", ",", "respectively", ".", "However", ",", "the", "most", "significant", "data", "is", "the", "microscopic", "morphology", "(", "yeast-like", "organisms", ",", "with", "hyphae", "and", "arthroconidia", ")", ".", "The", "presence", "of", "hyphae", "helps", "to", "rule", "out", "a", "genus", "such", "as", "Cryptococcus", "which", "does", "not", "usually", "produce", "filaments", ".", "The", "presence", "of", "arthroconidia", "helps", "to", "make", "a", "presumptive", "identification", ".", "Arthroconidia", "are", "a", "type", "of", "asexual", "reproduction", ",", "consisting", "of", "the", "generation", "of", "conidia", "by", "simple", "fragmentation", "of", "the", "hyphae", "in", "the", "area", "where", "the", "septa", "are", "located", ".", "It", "is", "typical", "of", "several", "species", "belonging", "to", "the", "genera", "Trichosporon", ",", "Galactomyces", "and", "Geotrichum", ".", "Within", "the", "arthroconidial", "group", ",", "three", "species", "cause", "the", "vast", "majority", "of", "infections", "in", "humans", ":", "Galactomyces", "geotrichum", "(", "Geotrichum", "candidum", ")", ",", "Dipodascus", "capitatus", "(", "Geotrichumcapitatum", ")", "and", "Trichosporon", "beigelii", ".", "The", "latter", "can", "be", "considered", "as", "a", "genospecies", "and", "in", "recent", "taxonomic", "classifications", "has", "been", "divided", "into", "multiple", "species", ",", "of", "which", "at", "least", "6", "are", "pathogenic", "to", "humans", "(", "T", ".", "asahii", ",", "T", ".", "cutaneum", ",", "T", ".", "inkin", ",", "T", ".", "mucoides", ",", "T", ".", "ovoides", "and", "T", ".", "asteroides", ")", ".", "Of", "these", ",", "T", ".", "asahii", "is", "the", "most", "important", "from", "a", "pathogenic", "point", "of", "view", ",", "as", "it", "is", "the", "one", "that", "causes", "almost", "all", "cases", "of", "deep", "Trichosporon", "infections", ".", "To", "distinguish", "between", "the", "three", "arthroconidial", "species", "requires", "morphological", "study", ",", "biochemical", "tests", "and", "complementary", "techniques", ".", "Macroscopic", "morphology", "does", "not", "help", "to", "differentiate", "between", "the", "three", "species", ",", "as", "the", "colonies", "of", "all", "species", "are", "white", "or", "cream", "coloured", "and", "membranous", "in", "appearance", ".", "Microscopic", "morphology", "is", "somewhat", "more", "specific", ",", "although", "not", "definitive", ",", "as", "sometimes", "only", "hyphae", "and", "arthroconidia", "are", "observed", ".", "The", "microscopic", "morphology", "of", "D", ".", "capitatus", "is", "characterised", "by", "narrow", "hyphae", "branching", "at", "acute", "angles", ",", "with", "anelloconidia", "and", "endospores", ".", "G", ".", "geotrichum", "usually", "has", "thicker", "hyphae", "branching", "at", "right", "angles", ".", "T", ".", "beigelii", "has", "variable", "morphology", "as", "it", "is", "a", "genospecies", ".", "Generally", "speaking", ",", "it", "usually", "has", "fine", "disarticulate", "hyphae", ",", "with", "abundant", "formacubic", "and", "sometimes", "appressoria", "(", "narrow", "filamentous", "structures", ",", "attached", "to", "the", "hyphae", "and", "branching", "very", "irregularly", ")", "and", "giant", "spindle", "cells", ".", "Both", "biochemical", "tests", "and", "complementary", "techniques", "are", "used", "as", "confirmatory", "methods", "of", "identification", ".", "Trichosporon", "species", "are", "easily", "distinguished", "from", "Galactomyces", "and", "Dipodascus", "as", "they", "assimilate", "a", "large", "number", "of", "carbohydrates", "and", "produce", "urea", "hydrolysis", ".", "G", ".", "geotrichum", "and", "D", ".", "capitatus", "assimilate", "fewer", "carbohydrates", "(", "glucose", ",", "galactose", "and", "some", "others", "depending", "on", "the", "strain", ")", "and", "do", "not", "hydrolyse", "urea", ".", "These", "two", "species", "can", "be", "distinguished", "because", "Galactomyces", "does", "not", "usually", "grow", "well", "at", "37oC", "and", "because", "many", "strains", "also", "assimilate", "xylose", ".", "None", "of", "the", "three", "species", "ferment", "carbohydrates", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1396, "end": 1404 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 1499, "end": 1505 }, { "text": "arthroconidia", "label": "SPECIES", "start": 1527, "end": 1540 }, { "text": "short filaments", "label": "SPECIES", "start": 1507, "end": 1522 }, { "text": "filaments", "label": "SPECIES", "start": 1513, "end": 1522 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1973 }, { "text": "slow-growing species", "label": "SPECIES", "start": 1841, "end": 1861 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 1547, "end": 1561 }, { "text": "Candida", "label": "SPECIES", "start": 1738, "end": 1745 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1863, "end": 1875 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2309, "end": 2321 }, { "text": "Trichosporon", "label": "SPECIES", "start": 1877, "end": 1889 }, { "text": "Trichosporon", "label": "SPECIES", "start": 2664, "end": 2676 }, { "text": "Geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 1904, "end": 1914 }, { "text": "Geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 2695, "end": 2705 }, { "text": "Galactomyces", "label": "SPECIES", "start": 1916, "end": 1928 }, { "text": "Galactomyces", "label": "SPECIES", "start": 2678, "end": 2690 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 1658, "end": 1664 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 2045, "end": 2051 }, { "text": "arthroconidia", "label": "SPECIES", "start": 2236, "end": 2249 }, { "text": "arthroconidia", "label": "SPECIES", "start": 2380, "end": 2393 }, { "text": "Arthroconidia", "label": "SPECIES", "start": 2438, "end": 2451 }, { "text": "humans", "label": "HUMAN", "start": 1690, "end": 1696 }, { "text": "yeast", "label": "SPECIES", "start": 1805, "end": 1810 }, { "text": "yeast", "label": "SPECIES", "start": 2198, "end": 2203 }, { "text": "Rhodotorula", "label": "SPECIES", "start": 1891, "end": 1902 }, { "text": "Rhodotorula", "label": "SPECIES", "start": 2060, "end": 2071 }, { "text": "pigmented yeasts", "label": "SPECIES", "start": 2035, "end": 2051 }, { "text": "Sporobolomyces", "label": "SPECIES", "start": 2076, "end": 2090 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 2225, "end": 2231 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 2268, "end": 2274 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 2559, "end": 2565 }, { "text": "filaments", "label": "SPECIES", "start": 2353, "end": 2362 }, { "text": "conidia", "label": "SPECIES", "start": 2520, "end": 2527 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1746, "end": 1753 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1854, "end": 1861 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2632, "end": 2639 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 3547, "end": 3555 }, { "text": "Trichosporon", "label": "SPECIES", "start": 2898, "end": 2910 }, { "text": "Trichosporon", "label": "SPECIES", "start": 3300, "end": 3312 }, { "text": "geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 2817, "end": 2827 }, { "text": "Geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 2829, "end": 2839 }, { "text": "geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 3903, "end": 3913 }, { "text": "Galactomyces", "label": "SPECIES", "start": 2804, "end": 2816 }, { "text": "Galactomyces geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 2804, "end": 2827 }, { "text": "Geotrichum candidum", "label": "SPECIES", "start": 2829, "end": 2848 }, { "text": "Dipodascus capitatus", "label": "SPECIES", "start": 2851, "end": 2871 }, { "text": "Trichosporon beigelii", "label": "SPECIES", "start": 2898, "end": 2919 }, { "text": "T. asahii", "label": "SPECIES", "start": 3093, "end": 3102 }, { "text": "T. asahii", "label": "SPECIES", "start": 3181, "end": 3190 }, { "text": "T. cutaneum", "label": "SPECIES", "start": 3104, "end": 3115 }, { "text": "T. inkin", "label": "SPECIES", "start": 3117, "end": 3125 }, { "text": "T. mucoides", "label": "SPECIES", "start": 3127, "end": 3138 }, { "text": "T. ovoides", "label": "SPECIES", "start": 3140, "end": 3150 }, { "text": "T. asteroides", "label": "SPECIES", "start": 3155, "end": 3168 }, { "text": "D. capitatus", "label": "SPECIES", "start": 3791, "end": 3803 }, { "text": "G. geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 3900, "end": 3913 }, { "text": "T. beigelii", "label": "SPECIES", "start": 3968, "end": 3979 }, { "text": "Dipodascus", "label": "SPECIES", "start": 2851, "end": 2861 }, { "text": "arthroconidia", "label": "SPECIES", "start": 3733, "end": 3746 }, { "text": "humans", "label": "HUMAN", "start": 2796, "end": 2802 }, { "text": "humans", "label": "HUMAN", "start": 3085, "end": 3091 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 3722, "end": 3728 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 3831, "end": 3837 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 4632, "end": 4638 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 4779, "end": 4786 }, { "text": "Trichosporon", "label": "SPECIES", "start": 4358, "end": 4370 }, { "text": "geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 4520, "end": 4530 }, { "text": "Galactomyces", "label": "SPECIES", "start": 4409, "end": 4421 }, { "text": "Galactomyces", "label": "SPECIES", "start": 4714, "end": 4726 }, { "text": "D. capitatus", "label": "SPECIES", "start": 4535, "end": 4547 }, { "text": "G. geotrichum", "label": "SPECIES", "start": 4517, "end": 4530 }, { "text": "Trichosporon species", "label": "SPECIES", "start": 4358, "end": 4378 }, { "text": "Dipodascus", "label": "SPECIES", "start": 4426, "end": 4436 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 4083, "end": 4089 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 4190, "end": 4196 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4371, "end": 4378 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4677, "end": 4684 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4829, "end": 4836 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "DISEASE", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "78-year-old", "woman", ".", "She", "is", "hypertensive", ",", "diabetic", "on", "oral", "treatment", "and", "hyperuricemic", ".", "In", "addition", ",", "she", "had", "an", "infiltrating", "breast", "carcinoma", "treated", "8", "years", "ago", "with", "radical", "mastectomy", ",", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ",", "and", "is", "currently", "free", "of", "disease", ".", "Hepatitis", "B", "cured", ".", "Intrathoracic", "goitre", ".", "As", "cardiological", "history", ",", "she", "has", "permanent", "atrial", "fibrillation", "treated", "with", "direct-acting", "anticoagulant", "and", ",", "in", "the", "face", "of", "severe", "symptomatic", "aortic", "stenosis", ",", "due", "to", "a", "history", "of", "thoracic", "radiation", ",", "percutaneous", "replacement", "with", "Corevalve", "Evolut", "26", "transfemoral", "TAVI", "implantation", "was", "chosen", "one", "year", "ago", ",", "with", "no", "incidents", ".", "On", "regular", "treatment", "with", "digoxin", "0", ".", "5", "mg", "(", "1-0-0", ")", ",", "dabigatran", "150", "mg", "(", "1-0-1", ")", ",", "valsartan", "/", "amlodipine", "160", "/", "5", "mg", "(", "1-0-0", ")", ",", "furosemide", "40", "(", "1-0-0", ")", ",", "allopurinol", "100", "(", "0-1-0", ")", "and", "metformin", "850", "(", "0-1-0", ")", ".", "She", "reported", "febrile", "symptoms", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ",", "with", "fever", "of", "more", "than", "38", "̊", "C", "thermometrically", "measured", ",", "treated", "with", "fosfomycin", "by", "her", "general", "practitioner", "for", "suspected", "urinary", "tract", "infection", ",", "with", "little", "improvement", ".", "Twenty-four", "hours", "after", "starting", "antibiotic", "treatment", ",", "she", "began", "with", "liquid", "diarrhoea", "without", "pathological", "products", "and", "intense", "periumbilical", "pain", ",", "also", "associated", "with", "the", "progressive", "appearance", "of", "oedema", "in", "the", "legs", "and", "progressive", "dyspnoea", ",", "for", "which", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "She", "denied", "cough", "or", "expectoration", ",", "as", "well", "as", "chest", "pain", ",", "dizziness", "or", "syncope", ".", "She", "also", "had", "no", "neurological", "focality", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "department", "as", "a", "possible", "complicated", "urinary", "tract", "infection", "for", "study", "and", "treatment", ".", "On", "examination", ",", "she", "had", "a", "blood", "pressure", "of", "95", "/", "62", "mmHg", ",", "a", "heart", "rate", "of", "85", "bpm", ",", "fever", "of", "37", ".", "9", "̊", "C", "and", "was", "eupneic", "with", "nasal", "goggles", "at", "2", "l", "/", "min", "(", "O2", "saturation", "97", "%", ")", ".", "Jugular", "venous", "pressure", "is", "increased", ".", "On", "auscultation", "she", "is", "arrhythmic", "at", "80", "bpm", ",", "with", "murmur", "in", "aortic", "focus", "II", "/", "VI", "and", "normal", "second", "sound", ";", "she", "also", "has", "hypoventilation", "in", "the", "bases", "and", "crackles", "in", "the", "midfields", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", "and", "painful", "at", "the", "epigastric", "level", ",", "with", "no", "evidence", "of", "peritoneal", "irritation", "or", "visceromegaly", ".", "Lower", "extremities", "with", "oedema", "with", "pitting", "up", "to", "the", "knee", ",", "with", "no", "evidence", "of", "venous", "thrombosis", ".", "Peripheral", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "No", "peripheral", "stigmata", "of", "endocarditis", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Electrocardiogram", ":", "atrial", "fibrillation", "at", "80", "bpm", ",", "narrow", "QRS", ",", "normal", "axis", ".", "Repolarisation", "abnormalities", "corresponding", "to", "a", "digitalis", "tray", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiomegaly", ".", "TAVI", "in", "aortic", "position", ".", "Vascular", "redistribution", "and", "fluid", "in", "cystic", "cracks", "compatible", "with", "heart", "failure", ".", "Widening", "of", "the", "superior", "mediastinum", "compatible", "with", "known", "endothoracic", "goitre", ".", "Analysis", ":", "Biochemistry", ":", "glucose", "98", "mg", "/", "dl", ",", "Cr", "1", "mg", "/", "dl", ",", "GFR", "54", "ml", "/", "min", ",", "urea", "59", "mg", "/", "dl", ",", "Na", "125", "mEq", "/", "l", ",", "K", "5", ".", "8", "mEq", "/", "l", ",", "digoxinemia", "2", ".", "3", "ng", "/", "dl", ".", "Thyroid", "hormones", "normal", ".", "Liver", "function", "tests", ":", "GOT", "320", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "270", "IU", "/", "l", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "64", "mg", "/", "dl", "(", "direct", "bilirubin", "2", ".", "22", "mg", "/", "dl", ")", ",", "albumin", "2", ".", "14", "g", "/", "dl", ",", "amylase", "449", "U", "/", "l", ".", "Iron", "profile", ":", "iron", "156", "μg", "/", "dl", ",", "transferrin", "120", "mg", "/", "dl", ",", "IST", "139", "%", ",", "ferritin", "1", ",", "755", "ng", "/", "ml", ".", "ProBNP", "3", ",", "410", "pg", "/", "ml", ".", "Infectious", "markers", ":", "CRP", "152", "mg", "/", "l", ",", "PCT", "6", ".", "9", "ng", "/", "ml", ".", "Haemogram", ":", "leucocytes", "21", ",", "000", "/", "μl", "with", "12", "%", "of", "keys", ",", "Hb", "7", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "91", ",", "000", "/", "μl", ".", "Coagulation", ":", "INR", "1", ".", "88", ",", "PT", "42", "%", ".", "Blood", "cultures", ":", "two", "positive", "series", "for", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", ",", "with", "positive", "synergism", "with", "aminoglycosides", ".", "Urine", ":", "isolated", "red", "blood", "cells", ".", "No", "leucocyturia", "or", "bacteriuria", ",", "negative", "nitrites", "Faeces", ":", "usual", "flora", ",", "no", "parasites", "and", "negative", "Clostridium", "difficile", "toxin", ".", "Serology", ":", "HIV", "and", "HCV", "negative", ".", "Anti", "HBs", "and", "Anti", "HBc", "positive", ".", "Autoimmunity", "study", ":", "ANA", ",", "ANCA", ",", "Anti", "native", "DNA", ",", "ENAS", ",", "CH", "50", "and", "C4", "normal", "and", "/", "or", "negative", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "left", "ventricle", "of", "normal", "diameter", "and", "thickness", "with", "normal", "global", "and", "segmental", "systolic", "function", ".", "Diastolic", "dysfunction", ".", "Slight", "dilatation", "of", "the", "left", "atrium", ".", "Normofunctioning", "aortic", "biological", "prosthesis", "with", "known", "trivial", "insufficiency", ".", "Mild", "mitral", "insufficiency", "and", "tricuspid", "insufficiency", ",", "with", "mild", "pulmonary", "hypertension", "at", "rest", ".", "No", "images", "suggestive", "of", "endocarditis", "are", "detected", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "CoreValve", "TAVI", "type", "aortic", "bioprosthesis", "with", "several", "small", "mobile", "images", ",", "mainly", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "coronary", "leaflet", "equivalent", "and", "another", "small", "image", ",", "with", "identical", "characteristics", ",", "adhered", "to", "the", "stent", "at", "the", "same", "level", ",", "suggestive", "of", "endocarditis", ".", "CLINICAL", "EVOLUTION", "On", "admission", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "empirically", "with", "ceftriaxone", "with", "initial", "suspicion", "of", "pyelonephritis", ",", "later", "changing", "to", "cloxacillin", ",", "rifampicin", "and", "gentamicin", "at", "a", "dose", "of", "endocarditis", "due", "to", "high", "clinical", "suspicion", ",", "despite", "the", "initial", "negative", "transthoracic", "echocardiogram", ".", "The", "study", "was", "later", "completed", "with", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "that", "showed", "images", "compatible", "with", "endocarditis", "on", "TAVI", ",", "establishing", "the", "diagnosis", "with", "positive", "blood", "cultures", "for", "S", ".", "aureus", ".", "Treatment", "with", "gentamicin", "was", "maintained", "due", "to", "microbiological", "evidence", "of", "synergy", "with", "cloxacillin", ",", "but", "the", "patient", "suffered", "a", "rapid", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "with", "a", "drop", "in", "glomerular", "filtration", "rate", "to", "6", "ml", "/", "min", ".", "Rapidly", "progressive", "worsening", "with", "evidence", "of", "septic", "shock", "with", "anuria", ",", "decreased", "level", "of", "consciousness", "and", "coagulopathy", ",", "refractory", "to", "initial", "measures", ".", "The", "case", "was", "discussed", "with", "cardiology", ",", "internal", "medicine", "and", "the", "infectious", "diseases", "department", ",", "and", "in", "this", "critical", "situation", ",", "further", "valve", "replacement", "or", "other", "aggressive", "measures", "were", "rejected", ",", "and", "the", "patient", "died", "in", "the", "context", "of", "septic", "shock", "secondary", "to", "endocarditis", "on", "TAVI", ".", "DIAGNOSIS", "Late", "endocarditis", "on", "TAVI", "aortic", "bioprosthesis", "due", "to", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Acute", "renal", "failure", "in", "the", "context", "of", "gentamicin", ".", "Septic", "shock", "with", "multi-organ", "failure", ".", "Death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 67 }, { "text": "general practitioner", "label": "HUMAN", "start": 1000, "end": 1020 }, { "text": "Hb", "label": "SPECIES", "start": 3198, "end": 3200 }, { "text": "usual flora", "label": "SPECIES", "start": 3485, "end": 3496 } ]

[ "An", "82-year-old", "man", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "sudden", "and", "intense", "abdominal", "pain", "centred", "in", "the", "epigastrium", "and", "right", "hypochondrium", ".", "He", "was", "afebrile", ".", "On", "observation", "he", "presented", "with", "a", "bacteraemia", "crisis", "with", "fever", "up", "to", "40", "°", "C", ".", "Ultrasound", "scan", "with", "no", "findings", "and", "CT", "Abdominal", "SC", "with", "diverticula", "in", "the", "sigma", "with", "no", "signs", "of", "diverticulitis", ".", "On", "the", "hospital", "ward", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "with", "oral", "and", "IV", "contrast", "in", "the", "portal", "phase", ",", "showing", "thrombosis", "of", "the", "left", "portal", "branch", "with", "alteration", "of", "the", "perfusion", "of", "the", "LHI", "and", "a", "central", "area", "of", "less", "attenuation", ",", "findings", "suggestive", "of", "pylephlebitis", "and", "an", "area", "of", "cholangitis", ".", "Antibiotic", "treatment", "and", "ERCP", "with", "extraction", "of", "biliary", "mud", "and", "sphincterotomy", "were", "performed", ".", "The", "patient", "progressed", "to", "complete", "resolution", "of", "the", "condition", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 751, "end": 758 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 195, "end": 206 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "female", "sex", "assignment", "at", "birth", "who", "initially", "consulted", "the", "Paediatric", "Endocrinology", "Department", "of", "another", "centre", "at", "the", "age", "of", "12", "years", ",", "expressing", "a", "male", "gender", "identity", ".", "A", "study", "was", "started", "and", "in", "the", "following", "years", ",", "primary", "amenorrhoea", "(", "with", "no", "response", "to", "oestrogens", "+", "progestogens", ")", ",", "karyotype", "46XY", "and", "normal", "response", "to", "the", "stimulation", "test", "with", "2500", "IU", "of", "HCG", "with", "elevated", "testosterone", ",", "and", "he", "was", "classified", "as", "male", "pseudohermaphroditism", "(", "or", "Morris", "Syndrome", ")", ".", "Subsequently", ",", "1", "sister", "and", "2", "cousins", "also", "diagnosed", "with", "male", "pseudohermaphroditism", "were", "identified", "among", "the", "family", "members", ".", "The", "patient", "abandoned", "the", "follow-up", "and", "at", "the", "age", "of", "24", "returned", "to", "gynaecology", "with", "the", "aim", "of", "completing", "the", "study", "and", "reaffirming", "his", "male", "identity", "by", "means", "of", "sex", "reassignment", "surgery", ".", "The", "physical", "examination", "at", "that", "time", "corresponded", "to", "a", "female", "phenotype", "with", "Tanner", "Stage", "III-IV", "breasts", ",", "vulva", "and", "clitoris", "of", "normal", "size", ",", "without", "palpable", "masses", "in", "the", "groin", "and", "vagina", "of", "normal", "length", ",", "with", "absence", "of", "uterus", "and", "ovaries", "in", "transrectal", "ultrasound", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "LH", "24", ".", "5", "mIU", "/", "ml", "(", "slightly", "elevated", ")", ",", "FSH", "2", ".", "3", "mIU", "/", "ml", ",", "Testosterone", "8", ".", "8", "nmol", "/", "L", "(", "slightly", "decreased", ")", ",", "Estradiol", "12", "pg", "/", "ml", ",", "Progesterone", "0", ".", "80", "ng", "/", "ml", "and", "Prolactin", "149", "μUI", "/", "ml", ".", "A", "genetic", "study", "was", "performed", ",", "detecting", "a", "specific", "mutation", "of", "the", "androgen", "receptor", "gene", "(", "change", "of", "Cytosine", "for", "Guanine", "in", "exon", "2", ")", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "Morris", "Syndrome", ",", "and", "he", "was", "subsequently", "referred", "to", "the", "Transsexual", "Care", "Unit", "due", "to", "his", "desire", "for", "sex", "reassignment", "surgery", ",", "where", "the", "study", "was", "completed", "with", "abdomino-pelvic", "MRI", ",", "visualising", "bilateral", "cryptorchidism", ".", "The", "patient", "is", "currently", "awaiting", "bilateral", "gonadectomy", "and", "is", "awaiting", "a", "decision", "on", "the", "best", "post-gonadectomy", "substitution", "treatment", "option", ",", "given", "the", "difficulty", "involved", "in", "having", "a", "gender", "identity", "that", "is", "clearly", "felt", "and", "expressed", "as", "male", "and", "the", "intrinsic", "resistance", "to", "androgens", "that", "he", "presents", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 618, "end": 624 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 44 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 192 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 459, "end": 463 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 565, "end": 569 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 524, "end": 530 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 32 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 880, "end": 886 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 772, "end": 776 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 638, "end": 645 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1909, "end": 1913 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1674, "end": 1681 } ]

[ "Anamnesis", "31-year-old", "woman", ",", "with", "no", "toxic", "habits", "(", "sporadic", "alcohol", "consumption", ")", ",", "with", "mild", "hypertriglyceridaemia", "and", "hypercholesterolaemia", ".", "She", "has", "4", "dogs", ",", "2", "cats", "and", "is", "a", "florist", ".", "Three", "months", "earlier", "she", "presented", "a", "fever", "(", "up", "to", "40oC", ")", "and", "vomiting", ",", "for", "which", "she", "took", "antibiotic", "and", "antiemetic", "treatment", ",", "which", "resolved", "in", "3", "days", ".", "After", "2", "weeks", "she", "presented", "with", "a", "new", "emetic", "syndrome", "and", "pathological", "urinary", "sediment", ",", "receiving", "a", "new", "round", "of", "antibiotics", ".", "She", "was", "seen", "by", "a", "gastroenterologist", "for", "a", "new", "3-day", "episode", "of", "vomiting", "of", "food", "accompanied", "by", "cramps", "in", "the", "upper", "limbs", ",", "without", "fever", ".", "Abdominal", "ultrasound", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "The", "cramps", "were", "attributed", "to", "electrolyte", "disturbance", "due", "to", "vomiting", "and", "treatment", "was", "prescribed", "with", "domperidone", "and", "pantoprazole", ".", "Four", "days", "later", ",", "she", "visited", "the", "emergency", "department", "for", "distal", "tingling", "and", "persistent", "cramps", ".", "With", "no", "neurological", "focality", "on", "examination", ",", "she", "was", "discharged", "and", "referred", "for", "further", "assessment", "by", "the", "Digestive", "System", "specialists", ".", "The", "following", "morning", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "generalised", "weakness", ",", "predominantly", "on", "the", "left", "and", "below", ",", "dragging", "of", "the", "left", "foot", "and", "difficulty", "urinating", ",", "for", "which", "reason", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", ".", "She", "did", "not", "report", "headache", ",", "infectious-fever", "syndrome", "or", "recent", "vaccinations", ",", "thrombotic", "phenomena", ",", "photosensitivity", ",", "oral", "/", "genital", "aphthae", ",", "arthritis", "/", "arthralgias", ",", "serositis", ",", "visual", ",", "cutaneous", "or", "behavioural", "alterations", "or", "convulsions", ".", "Physical", "examination", "Afebrile", ",", "haemodynamically", "stable", ".", "Normal", "level", "of", "consciousness", ",", "nuchal", "rigidity", "without", "other", "meningeal", "signs", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ".", "Mild", "tetraparesis", "IV", "/", "V", "in", "the", "right", "extremities", "and", "III", "/", "V", "in", "the", "left", "extremities", ",", "without", "amyotrophy", "or", "fasciculations", ".", "Exalted", "osteotendinous", ",", "cutaneous-abdominal", "reflexes", "and", "signs", "of", "Hoffman", "and", "Babinsky", "present", "bilaterally", ".", "Hypoaesthesia", "tactoalgesia", "in", "the", "right", "upper", "limb", "(", "MSD", ")", "and", "level", "from", "D8", "predominantly", "left", ".", "Vibratory", "and", "arthrokinetic", "sensibility", "preserved", ".", "Finger-nose", "inaccuracy", "with", "MSD", ".", "Negative", "Romberg", "and", "paretic", "gait", "with", "left", "leg", ".", "Rest", "of", "neurological", "and", "general", "examination", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", ",", "basic", "coagulation", ",", "biochemistry", ",", "vitamin", "B12", ",", "folate", "and", "thyroid", "hormones", ":", "normal", ".", "-", "Infectious", "blood", "serologies", "(", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", ",", "Herpesvirus", ",", "Mycoplasma", ",", "Borrellia", ",", "Brucella", ")", ",", "PCR", "for", "HSV", ",", "enterovirus", "and", "tuberculosis", ":", "negative", ".", "-", "Anti-AQP4", ":", "negative", ".", "-", "Serum", "ACE", ":", "normal", "levels", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "clear", ",", "17", "cm", "H2O", "pressure", ",", "no", "blockages", ".", "Biochemistry", ":", "red", "blood", "cells", "10", "/", "mm3", ",", "leukocytes", "155", "/", "mm3", "(", "neutrophils", "15", "%", ",", "lymphocytes", "85", "%", ")", ",", "proteins", "125", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "49", "mg", "/", "dl", ",", "lactic", "acid", "2", ".", "3", "mmol", "/", "l", ".", "Serology", "VDRL", ",", "FTA", ",", "Mycoplasma", ",", "Borrellia", ",", "HSV", "1", "and", "2", ",", "CMV", ",", "EBV", "and", "VZV", ":", "negative", ".", "Culture", ",", "Gram", "stain", ",", "agglutinations", "and", "India", "ink", ":", "negative", "or", "without", "microorganisms", ".", "BOC", ":", "negative", ".", "-", "Immunological", "study", ":", "ANA", "positive", ",", "homogeneous", "pattern", "1", "/", "160", ";", "anti-DNA", "181", "U", "/", "ml", ";", "antihistone", "positive", ";", "anti-cardiolipin", "IgG", "and", "anti-beta-2-glycoprotein", "IgG", "positive", "(", "IgM", "negative", ")", ";", "ANCA", ",", "anti-gliadin", ",", "anti-phospholipid", ",", "Russell", ":", "negative", ".", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "and", "chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", "with", "gadolinium", ":", "small", "right", "frontal", "venous", "angioma", ".", "-", "Spinal", "MRI", ".", "Hypersignal", "from", "the", "pontine", "junction", "to", "D6", "in", "the", "sagittal", "MRI", "T2", "sequence", ",", "with", "patchy", "areas", "of", "gadolinium", "uptake", "in", "T1", ".", "-", "Neurophysiological", "study", ":", "somatosensory", "evoked", "potentials", ":", "delayed", "medullary", "conduction", "from", "the", "left", "posterior", "tibial", "nerve", ";", "normal", "visual", "and", "brainstem", "evoked", "potentials", ".", "Diagnosis", "Longitudinally", "extensive", "cervical-dorsal", "cervical", "myelitis", "secondary", "to", "undifferentiated", "autoimmune", "disease", ":", "probable", "systemic", "lupus", "erythematosus", ".", "Treatment", "Given", "the", "rapid", "and", "significant", "clinical", "involvement", "and", "the", "CSF", "and", "MRI", "findings", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "monitoring", ",", "with", "no", "clinical", "progression", "in", "the", "following", "hours", ".", "Antibiotic", "and", "antiviral", "treatment", "was", "started", "until", "an", "infectious", "aetiology", "was", "ruled", "out", ",", "which", "was", "suspended", "after", "the", "CSF", "results", "and", "due", "to", "the", "absence", "of", "other", "signs", "of", "infection", ".", "The", "immunological", "profile", "suggested", "an", "inflammatory-myelinating", "origin", "and", "daily", "boluses", "of", "megadoses", "of", "corticosteroids", "were", "administered", "for", "5", "days", ".", "In", "conjunction", "with", "Rheumatology", ",", "treatment", "was", "continued", "with", "prednisone", "tappering", "up", "to", "maintenance", "doses", ".", "Sensory", "disturbances", "were", "treated", "with", "gabapentin", "and", "later", "oxcarbazepine", "due", "to", "lack", "of", "efficacy", ".", "Evolution", "The", "patient", "improved", "rapidly", "after", "starting", "treatment", ".", "At", "discharge", ",", "she", "showed", "no", "motor", "impairment", "and", "a", "clear", "sensory", "improvement", ".", "She", "continued", "to", "be", "monitored", "by", "Neurology", "and", "Rheumatology", ".", "At", "3", "months", "she", "showed", "distal", "dysaesthesias", "(", "upper", "limbs", "and", "\"", "belt", "\"", "at", "multiple", "levels", ")", "and", "flexor", "dystonic", "episodes", "in", "the", "hands", ",", "in", "the", "context", "of", "remyelination", ",", "which", "have", "improved", "with", "antiepileptic", "drugs", ".", "Currently", ",", "spinal", "MRI", "shows", "persistent", "hypersignal", "at", "the", "bulbomedullary", "junction", ",", "C6", "and", "C7", ".", "Brain", "MRI", "shows", "no", "changes", ".", "After", "20", "months", "of", "treatment", "with", "prednisone", "and", "antiepileptic", "drugs", ".", "There", "were", "no", "new", "neurological", "or", "systemic", "symptoms", ",", "with", "persistent", "dysaesthesia", "in", "the", "left", "upper", "limb", "and", "pectoral", "area", ".", "In", "addition", "to", "the", "altered", "immunological", "parameters", ",", "there", "was", "a", "decrease", "in", "the", "complement", "level", ",", "with", "no", "other", "analytical", "alterations", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 159, "end": 163 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1048, "end": 1055 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 151, "end": 155 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 2363, "end": 2372 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2374, "end": 2382 }, { "text": "Herpesvirus", "label": "SPECIES", "start": 2338, "end": 2349 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2351, "end": 2361 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2333, "end": 2336 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2328, "end": 2331 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2393, "end": 2396 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2323, "end": 2326 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2398, "end": 2409 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2414, "end": 2426 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 2746, "end": 2755 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2770, "end": 2773 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2734, "end": 2744 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2775, "end": 2778 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2757, "end": 2760 }, { "text": "HSV 1", "label": "SPECIES", "start": 2757, "end": 2762 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 2783, "end": 2786 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2869, "end": 2883 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 2723, "end": 2727 }, { "text": "FTA", "label": "SPECIES", "start": 2729, "end": 2732 }, { "text": "HSV 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 2757, "end": 2768 } ]

[ "This", "is", "a", "72-year-old", "male", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "hypercholesterolaemia", "on", "pharmacological", "treatment", ",", "with", "no", "family", "history", "of", "interest", "or", "previous", "surgery", ".", "He", "was", "referred", "by", "his", "primary", "care", "physician", "for", "a", "three-week", "history", "of", "general", "malaise", ",", "a", "feeling", "of", "dizziness", "and", "dull", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "There", "were", "no", "recent", "alterations", "in", "intestinal", "transit", ",", "rectorrhagia", "or", "melaenic", "stools", ".", "Physical", "examination", "revealed", "only", "a", "mildly", "painful", "abdominal", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "with", "no", "visceromegaly", ".", "Laboratory", "tests", "showed", ":", "leukocytes", ":", "14", ".", "3", "x", "109", "/", "L", "(", "85", "%", "neutrophils", ")", ";", "haemoglobin", ":", "11", ".", "7", "g", "/", "dL", "(", "MCV", ":", "89", ".", "7", "fL", ",", "MCH", ":", "29", ".", "2", "pg", ")", ";", "LDH", ":", "203", "U", "/", "L", ";", "GOT", ":", "71", "U", "/", "L", ";", "GPT", ":", "104", "U", "/", "L", ";", "GGT", ":", "311", "U", "/", "L", ";", "alkaline", "phosphatase", ":", "526", "U", "/", "L", ";", "total", "bilirubin", ":", "0", ".", "74", "mg", "/", "dL", ".", "Serologies", "for", "hepatotropic", "viruses", ",", "Brucella", "and", "Echinococcus", ",", "as", "well", "as", "serial", "blood", "cultures", "and", "determination", "of", "tumour", "markers", ",", "were", "negative", "or", "within", "normal", "ranges", ".", "Abdominal", "ultrasound", "revealed", "a", "space-occupying", "lesion", "in", "the", "right", "hepatic", "lobe", "(", "8", ".", "5", "x", "6", ".", "8", "cm", ")", ",", "polylobulated", ",", "with", "cystic-like", "areas", "inside", ".", "Abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "with", "contrast", "confirmed", "this", "image", ",", "which", "showed", "hypodense", "areas", "with", "peripheral", "enhancement", ",", "being", "overall", "highly", "suggestive", "of", "liver", "abscess", ".", "Fine-needle", "aspiration", "obtained", "abundant", "purulent", "material", ",", "the", "cytological", "analysis", "of", "which", "was", "congruent", "with", "acute", "inflammation", "of", "a", "non-specific", "nature", ",", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", ".", "Microbiological", "culture", "and", "parasite", "examination", "of", "the", "aspirate", "were", "negative", ".", "After", "the", "administration", "of", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "(", "ceftriaxone", ",", "metronidazole", "and", "gentamicin", ")", "and", "the", "implantation", "of", "percutaneous", "drainage", ",", "a", "favourable", "clinical", "evolution", "was", "obtained", ",", "with", "practical", "remission", "of", "the", "lesion", "in", "a", "subsequent", "radiological", "control", ".", "In", "order", "to", "investigate", "possible", "underlying", "pathogenic", "conditions", ",", "a", "colonoscopy", "was", "performed", ",", "which", "identified", "an", "exophytic", "lesion", "close", "to", "the", "ileocaecal", "valve", ",", "suspicious", "for", "malignancy", ";", "the", "anatomopathological", "study", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "adenocarcinoma", "of", "the", "cecum", ".", "The", "extension", "study", "did", "not", "reveal", "metastatic", "dissemination", "or", "other", "lesions", "in", "the", "liver", ",", "and", "a", "right", "hemicolectomy", "was", "performed", "with", "subsequent", "administration", "of", "adjuvant", "chemotherapy", "(", "capecitabine", ")", ".", "The", "patient", "remains", "free", "of", "disease", "after", "14", "months", "of", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 841, "end": 849 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2336, "end": 2343 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 34 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1524, "end": 1532 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 819, "end": 839 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 42, "end": 50 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 157 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 222, "end": 244 }, { "text": "Echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 854, "end": 866 } ]

[ "A", "64-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "8", "hours", "of", "polyarthritis", "of", "the", "hands", "and", "feet", ".", "His", "personal", "history", "included", "a", "fracture", "of", "the", "right", "ankle", "years", "ago", "which", "required", "surgery", ".", "He", "had", "no", "family", "history", "of", "interest", ".", "He", "reported", "having", "presented", "catarrhal", "symptoms", ",", "with", "throat", "discomfort", "and", "cough", "without", "expectoration", "the", "previous", "week", ".", "She", "reported", "no", "previous", "trauma", "or", "dysthermic", "sensation", ".", "Examination", "revealed", "the", "presence", "of", "fever", ",", "arthritis", "in", "the", "right", "carpus", ",", "first", "metacarpophalangeal", "joint", "of", "the", "right", "hand", "and", "both", "ankles", "and", "tarsals", ".", "There", "was", "also", "an", "erythematous", "area", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "2nd", "metacarpophalangeal", "joint", "of", "the", "right", "hand", ".", "Given", "the", "history", "of", "catarrhal", "symptoms", "in", "the", "previous", "week", ",", "it", "was", "interpreted", "as", "reactive", "arthritis", "and", "treatment", "with", "corticosteroids", "was", "administered", ".", "Forty-eight", "hours", "later", ",", "the", "patient", "presented", "again", "with", "worsening", "general", "condition", ",", "fever", "(", "38", ".", "7oC", ")", "and", "increased", "erythema", ",", "oedema", "and", "pain", "in", "both", "hands", "and", "feet", ".", "Additional", "tests", "showed", "16", ",", "900", "leukocytes", ",", "90", "%", "polymorphonuclear", ",", "an", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "of", "118", "mm", "/", "1o", "h", "and", "a", "C-reactive", "protein", "of", "303", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "Plain", "radiographs", "of", "the", "chest", ",", "hands", "and", "feet", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Three", "blood", "cultures", "were", "drawn", "and", "all", "were", "negative", ".", "Arthrocentesis", "of", "the", "right", "ankle", "was", "performed", "and", "an", "inflammatory", "fluid", "was", "obtained", ",", "the", "culture", "of", "which", "showed", "growth", "of", "NM", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 213, "end": 219 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 113, "end": 121 }, { "text": "NM", "label": "SPECIES", "start": 1412, "end": 1414 } ]

[ "A", "53-year-old", "Bolivian", "man", ",", "with", "no", "previous", "history", ",", "presented", "with", "3", "weeks", "of", "daily", "fever", "and", "profuse", "sweating", ",", "weakness", "and", "myalgia", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "He", "had", "lived", "in", "Spain", "for", "15", "years", "and", "reported", "a", "10-day", "trip", "to", "a", "Bolivian", "city", "three", "months", "earlier", ".", "No", "history", "of", "insect", "bites", ",", "no", "drug", "abuse", "or", "risky", "sexual", "relations", ".", "On", "physical", "examination", ",", "To", "37", ".", "6oC", ",", "haemodynamically", "stable", ",", "Sat", "O2", "95", "%", "on", "room", "air", ".", "Limited", "movement", "of", "the", "lower", "limbs", "due", "to", "myalgias", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "(", "17540", "/", "μL", ")", "with", "neutrophilia", "(", "14630", "/", "μL", ")", ",", "elevated", "CRP", "(", "248", ".", "2", "mg", ")", ",", "elevated", "liver", "enzymes", "with", "dissociated", "cholestasis", "(", "AST", "90U", "/", "L", ",", "ALT", "110", "U", "/", "L", ",", "FA", "318", "U", "/", "L", ",", "GGT", "407", "U", "/", "L", ")", ",", "normal", "CK", "levels", "with", "elevated", "aldolase", "(", "26", "U", "/", "l", ")", "and", "urine", "sediment", "with", "granular", "casts", "and", "15-25", "leukocytes", "/", "field", ".", "All", "other", "parameters", "were", "normal", ".", "CT", "scan", "of", "the", "neck", ",", "chest", "and", "abdomen", "showed", "mural", "thickening", "of", "the", "infrarenal", "aorta", "suggestive", "of", "periaortitis", ".", "Inflammatory", "activity", "was", "confirmed", "with", "PET-CT", ",", "associating", "irregular", "hyperenhancement", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "Indirect", "immunofluorescence", "revealed", "p-ANCA", "positivity", "(", "1", ":", "1280", ")", ",", "(", "MPO-ANCA", ">", "134", "IU", "/", "ml", ")", ".", "Trypanosoma", "Cruzi", "serology", "was", "also", "positive", "for", "IgG", "(", "1", "/", "512", ")", ".", "The", "diagnosis", "of", "chronic", "Chagas", "disease", "was", "made", "after", "confirming", "the", "presence", "of", "megacolon", "by", "barium", "enema", ".", "No", "upper", "gastrointestinal", "or", "cardiac", "involvement", "was", "found", "after", "barium", "oesophagram", "and", "echocardiography", ".", "EMG", "was", "performed", ",", "with", "no", "signs", "of", "myopathy", ",", "but", "lower", "limb", "MRI", "showed", "interfascial", "oedema", "and", "T2", "hyperintensity", "suggesting", "diffuse", "inflammation", ".", "Muscle", "biopsies", "were", "obtained", "and", "showed", "perimysial", "small", "vessel", "vasculitis", ".", "These", "findings", "were", "consistent", "with", "an", "atypical", "presentation", "of", "microscopic", "polyangiitis", "with", "muscle", "involvement", ",", "probable", "renal", "and", "large", "vessel", "involvement", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "Benznidazole", "5mg", "/", "kg", "per", "day", "(", "60", "days", ")", ",", "3", "boluses", "of", "methylprednisolone", "250", "mg", ".", "Subsequently", "prednisone", "1mg", "/", "kg", "/", "day", "with", "progressive", "dose", "reduction", "and", "Rituximab", "375mg", "/", "m2", "weekly", "(", "4", "weeks", ")", "with", "complete", "resolution", "of", "myalgias", ",", "fever", ",", "normalisation", "of", "transaminases", "and", "urine", "sediment", ",", "except", "for", "proteinuria", ".", "After", "the", "third", "dose", "of", "Rituximab", ",", "he", "developed", "haemoptysis", ",", "so", "urgent", "bronchoscopy", "with", "BAL", "and", "transbronchial", "biopsy", "was", "performed", ",", "showing", "purulent", "exudates", "but", "no", "haematic", "debris", ".", "The", "biopsy", "ruled", "out", "capillaritis", "but", "several", "sputum", "and", "BAL", "cultures", "were", "positive", "for", "Aspergillus", "fumigatus", ",", "so", "he", "was", "treated", "with", "Voriconazole", "200", "mg", "/", "12", "h", "(", "12", "weeks", ")", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "respiratory", "symptoms", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "on", "oral", "prednisone", "and", "will", "receive", "maintenance", "therapy", "with", "Rituximab", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 2461, "end": 2482 }, { "text": "Trypanosoma Cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1194, "end": 1211 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 272, "end": 278 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1858, "end": 1865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2602, "end": 2609 } ]

[ "Infant", "aged", "1", "month", "and", "25", "days", "consulted", "for", "cough", "and", "mucus", "for", "5", "days", ",", "with", "the", "addition", "of", "fever", "for", "the", "last", "3", "days", "(", "maximum", "of", "37", ".", "8", "°", "C", ")", ".", "Today", "respiratory", "difficulty", "was", "added", ",", "accompanied", "by", "wheezing", ",", "she", "went", "to", "the", "centre", "and", "was", "prescribed", "salbutamol", "by", "inhalation", ".", "Mother", "persists", "with", "respiratory", "difficulty", "and", "goes", "to", "the", "emergency", "department", ".", "PERSONAL", "HISTORY", "Birth", ":", "at", "term", "by", "caesarean", "section", "due", "to", "non-progression", "of", "labour", "and", "unsatisfactory", "monitor", "-", "Apgar", ":", "9", "/", "10", "-", "Weight", "RN", ":", "2980", "gr", "-", "Rest", "not", "relevant", ".", "FAMILY", "HISTORY", "Father", "admitted", "15", "days", "ago", "for", "suspected", "pulmonary", "tuberculosis", "(", "respiratory", "symptoms", "of", "cough", "and", "fever", "of", "6", "months", "of", "evolution", ")", ".", "Chest", "X-ray", "and", "CT", "scan", "of", "the", "lungs", "and", "positive", "Mantoux", "test", ".", "He", "has", "been", "on", "anti-tuberculosis", "treatment", "for", "10", "days", ".", "Mantoux", "to", "family", "contacts", "pending", "reading", ".", "The", "rest", "of", "the", "patient", "was", "of", "no", "interest", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "ON", "ADMISSION", "Weight", ":", "4020", "g", "(", "p3", ")", ",", "Length", "53", "cm", "(", "p10", ")", ",", "WC", "38", "cm", "(", "p50", ")", ",", "Ta", ":", "37", ".", "2", "oC", ",", "RR", ":", "45", "rpm", ",", "HR", ":", "120", "bpm", ",", "SatO2", ":", "98", "%", ".", "Good", "general", "condition", ",", "skin", "and", "mucous", "membrane", "pallor", ".", "Adequate", "hydration", "and", "nutrition", ".", "Tachypnoea", "and", "mild", "subcostal", "tugging", ".", "AP", ":", "acceptable", "bilateral", "ventilation", "with", "scattered", "inspiratory", "and", "expiratory", "wheezing", ".", "AC", ":", "rhythmic", ",", "systolic", "murmur", "2", "/", "6", "mesocardium", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "palpation", "of", "the", "spleen", "pole", "at", "1", ".", "5", "cm", "below", "the", "costal", "margin", "and", "liver", "at", "1", "cm", "below", "the", "costal", "margin", ",", "not", "painful", ".", "ENT", ":", "abundant", "clear", "rhinorrhoea", ".", "Otoscopy", "normal", ".", "Neurological", ":", "Normal", "anterior", "fontanel", ",", "2x", "2", "cm", ".", "Good", "spontaneous", "activity", "and", "reactivity", "to", "stimuli", ".", "Normal", "tone", "and", "strength", ".", "Follows", "the", "gaze", "and", "smiles", "during", "the", "examination", ".", "No", "skin", "lesions", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "Haemogram", ":", "Hb", "8", ".", "7", ",", "Ht", "27", "%", ",", "leucocytes", "21400", "(", "38", "%", "N", ",", "40", "%", "L", ")", ",", "platelets", "419000", ".", "Blood", "biochemistry", ":", "Glucose", "100", "mg", "/", "dl", ",", "ions", ",", "urea", "and", "creatinine", "normal", ".", "CRP", "9", "mg", "/", "dl-Chest", "X-ray", "A-P", ":", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "(", "ON", "THE", "WARD", ")", "Haemogram", ":", "leucocytes", "18", ",", "500", "/", "mm3", "(", "N", "45", "%", ",", "L", "41", "%", ",", "M", "10", "%", ")", ",", "Hb", ":", "8", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "Ht", ":", "26", "%", ",", "MCV", "78", "fl", ",", "MCH", "25", "pg", ",", "ADE", "15", ".", "7", ",", "reticulocytes", "3", "%", ",", "platelets", ":", "102000", "/", "mm3", ".", "Smear", ":", "Anisocytosis", "with", "frequent", "echinocytes", ",", "some", "dianocytes", "and", "elliptocytes", ".", "White", "and", "platelet", "series", "without", "abnormalities", ".", "Biochemistry", ":", "ions", ",", "renal", ",", "hepatic", "and", "lipid", "profiles", "normal", "except", "GGT", "466", "IU", "/", "l", ",", "TAG", "208", "mg", "/", "dl", ".", "Iron", "metabolism", ":", "iron", "34", "mcg", "/", "dl", ",", "IST", "14", "%", ",", "Ferritin", "879", "ng", "/", "ml", ",", "transferrin", "193", "mg", "/", "dl", ".", "Microbiology", ":", "Mantoux", ":", "10", "mm", ".", "Blood", "culture", "and", "urine", "culture", ":", "negative", ".", "CSF", ":", "nucleated", "cells", "12", "/", "mm3", ";", "no", "red", "blood", "cells", ";", "glucose", "57", "mg", "/", "dL", ";", "protein", "32", "mg", "/", "dL", ".", "PCR", "for", "M", ".", "Tuberculosis", "negative", "in", "CSF", ".", "Antigenic", "determination", "of", "RSV", ",", "influenza", "A", "and", "B", "negative", ".", "PCR", "for", "B", ".", "Pertussis", ":", "negative", ".", "PCR", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "gastric", "juice", "negative", "(", "2", "samples", ")", ".", "Imaging", "studies", ":", "Brain", "and", "abdominal", "ultrasound", ":", "normal", "Chest", "X-ray", "PA", "(", "10", "days", "after", "admission", ")", ":", "fine", "nodular", "image", "homogeneously", "distributed", "in", "both", "lung", "fields", "compatible", "with", "TB", "with", "miliary", "dissemination", ".", "EVOLUTION", "Hospitalisation", "(", "2", "weeks", ")", ":", "On", "admission", ",", "the", "aforementioned", "complementary", "studies", "were", "performed", "and", ",", "given", "the", "suspicion", "of", "miliary", "tuberculosis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", "with", "pyridoxine", "(", "10mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ",", "pyrazidamide", "(", "30", "/", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "and", "rifampicin", "(", "15mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ",", "with", "a", "favourable", "evolution", "of", "fever", "and", "gradual", "improvement", "in", "respiratory", "symptoms", ".", "Upon", "radiological", "confirmation", "of", "a", "pattern", "compatible", "with", "miliary", "tuberculosis", ",", "ethambutol", "(", "15mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "and", "prednisone", "(", "1", ".", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "were", "added", "to", "the", "treatment", ".", "After", "completing", "respiratory", "isolation", ",", "and", "given", "the", "good", "clinical", "condition", "and", "excellent", "oral", "tolerance", ",", "discharge", "was", "decided", ",", "and", "treatment", "and", "follow-up", "continued", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "It", "was", "confirmed", "that", "the", "antibiogram", "performed", "on", "the", "father", "according", "to", "RCP", "was", "sensitive", "to", "the", "antituberculosis", "drugs", "used", ".", "The", "mother", "is", "currently", "being", "treated", "with", "isoniazid", "B6", "due", "to", "latent", "tuberculosis", "infection", ".", "There", "is", "no", "record", "of", "any", "other", "TB", "patients", "in", "the", "family", ".", "Follow-up", "at", "discharge", ":", "Good", "tolerance", "to", "antituberculosis", "treatment", ",", "with", "favourable", "evolution", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Miliary", "TB" ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Infant", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 275, "end": 281 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 358, "end": 366 }, { "text": "RN", "label": "HUMAN", "start": 492, "end": 494 }, { "text": "FAMILY", "label": "HUMAN", "start": 525, "end": 531 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 804, "end": 810 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 540, "end": 546 }, { "text": "family contacts", "label": "HUMAN", "start": 804, "end": 819 }, { "text": "M. Tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2599, "end": 2614 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 2659, "end": 2662 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 2664, "end": 2675 }, { "text": "influenza A and B", "label": "SPECIES", "start": 2664, "end": 2681 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2732, "end": 2758 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4012, "end": 4018 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 3793, "end": 3799 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3838, "end": 3854 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3871, "end": 3877 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4062, "end": 4078 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "an", "8-year-old", "boy", "with", "a", "history", "of", "anaphylaxis", "due", "to", "allergy", "to", "milk", "and", "lentils", ",", "atopic", "dermatitis", ",", "rhinoconjunctivitis", "and", "asthma", ".", "On", "the", "way", "to", "the", "outpatient", "clinic", "due", "to", "red", "eye", "symptoms", ",", "the", "patient", "ingested", "two", "cashew", "nuts", "and", "within", "a", "few", "minutes", "began", "to", "experience", "pharyngeal", "pruritus", "with", "abdominal", "pain", ",", "followed", "by", "generalised", "urticaria", ",", "eyelid", "oedema", "and", "bronchospasm", "on", "arrival", "at", "the", "outpatient", "clinic", ".", "At", "the", "outpatient", "clinic", ",", "0", ".", "3mg", "of", "intramuscular", "adrenaline", ",", "salbutamol", "and", "antihistamines", "were", "administered", ",", "and", "he", "was", "transferred", "to", "our", "centre", ".", "A", "few", "minutes", "after", "arrival", ",", "the", "patient", "presented", "a", "sudden", "worsening", "with", "facial", "oedema", "and", "dyspnoea", ",", "and", "0", ".", "6mg", "of", "intramuscular", "adrenaline", ",", "methylprednisolone", "and", "dexchlorpheniramine", "were", "administered", ".", "Despite", "treatment", ",", "severe", "hypotension", "(", "47", "/", "27", "mmHg", ")", "and", "bradycardia", "were", "observed", ".", "After", "a", "new", "dose", "of", "0", ".", "5mg", "of", "intravenous", "adrenaline", "due", "to", "haemodynamic", "instability", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "ICU", "with", "intravenous", "adrenaline", "pump", "with", "progressive", "improvement", ".", "After", "a", "visit", "to", "the", "allergy", "clinic", ",", "the", "patient", "explained", "a", "previous", "episode", "of", "pharyngeal", "itching", "after", "eating", "cashew", "nut", "sauce", ".", "The", "tryptase", "curve", "was", "47", "/", "12", ".", "4", "/", "15", "(", "baseline", ")", "ug", "/", "L", ".", "Acute", "total", "IgE", "was", "242", "KU", "/", "L", "with", "a", "specific", "IgE", "to", "pistachio", "of", "0", ".", "92", "KU", "/", "L", ".", "Skin", "tests", "for", "fruit", ",", "lipid", "transport", "proteins", "and", "nuts", "were", "negative", ",", "and", "pistachio", "and", "cashew", "nuts", "were", "not", "tested", "due", "to", "family", "refusal", ".", "ImmunoCAP", "ISAC", "112", "was", "requested", "and", "was", "negative", "against", "rAna", "o2", "and", "an", "external", "determination", "of", "specific", "IgE", "to", "cashew", "nut", "complete", "extract", "of", "3", ".", "09", "KU", "/", "L", "with", "specific", "IgE", "to", "rAna", "o3", "of", "2", ".", "52", "KU", "/", "L", "and", "total", "IgE", "of", "239", "KU", "/", "L", ".", "The", "basophil", "activation", "test", "against", "complete", "cashew", "extract", "was", "positive", "supporting", "the", "diagnosis", "of", "anaphylactic", "shock", "secondary", "to", "cashew", "storage", "proteins", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 98, "end": 105 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 224, "end": 231 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 627, "end": 634 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1107, "end": 1114 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 245, "end": 251 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 1179, "end": 1185 }, { "text": "cashew nuts", "label": "SPECIES", "start": 245, "end": 256 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1449, "end": 1455 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 1414, "end": 1420 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 1580, "end": 1586 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 1736, "end": 1742 }, { "text": "cashew", "label": "SPECIES", "start": 1824, "end": 1830 }, { "text": "cashew nuts", "label": "SPECIES", "start": 1414, "end": 1425 }, { "text": "pistachio", "label": "SPECIES", "start": 1301, "end": 1310 }, { "text": "pistachio", "label": "SPECIES", "start": 1400, "end": 1409 } ]

[ "85-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hydatidosis", "with", "multiple", "peritoneal", "and", "hepatic", "cysts", ",", "operated", "on", "4", "occasions", "(", "the", "last", "in", "2011", ")", ".", "He", "was", "refused", "further", "surgery", "due", "to", "his", "age", "and", "comorbidities", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "and", "cough", "with", "brownish", "expectoration", ".", "Examination", "showed", "right", "basal", "hypoventilation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "Hb", "11", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "4680", "/", "μl", "(", "neutrophils", "3051", "/", "μl", ",", "eosinophils", "88", "/", "μl", ")", "and", "CRP", "60", ".", "6", "mg", "/", "L", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "increased", "right", "basal", "density", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "ward", "for", "right", "basal", "pneumonia", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "and", "azithromycin", ".", "New", "complementary", "tests", "were", "requested", ":", "sputum", "culture", "in", "which", "Klebsiella", "oxytoca", "sensitive", "to", "cephalosporins", "was", "isolated", ";", "serology", "for", "E", ".", "granulosus", ",", "which", "was", "positive", ";", "and", "a", "thoraco-abdomino-pelvic", "CT", "scan", "showing", "multiple", "liver", "cysts", ",", "condensation", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "secondary", "to", "dissemination", "of", "a", "hydatid", "cyst", "in", "the", "hepatic", "dome", "(", "12x8", ".", "5", "cm", ")", ",", "hiatal", "hernia", "with", "marked", "dilatation", "of", "the", "oesophagus", "due", "to", "gastric", "compression", "by", "multiple", "peritoneal", "cysts", "and", "a", "single", "intrasplenic", "cyst", ".", "All", "of", "them", "at", "different", "stages", "of", "evolution", ",", "some", "with", "a", "calcific", "component", ".", "Given", "the", "results", "of", "the", "tests", "requested", "at", "discharge", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "changed", "to", "cefuroxime", "and", "albendazole", "was", "prescribed", "for", "6", "months", "on", "an", "outpatient", "basis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Klebsiella oxytoca sensitive to cephalosporins", "label": "SPECIES", "start": 706, "end": 752 }, { "text": "E. granulosus", "label": "SPECIES", "start": 780, "end": 793 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Hallucinations", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "81-year-old", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "AF", ",", "DM-II", ",", "AHT", ",", "DLPM", ",", "hypothyroidism", ".", "On", "treatment", "with", "sintrom", "4", "mg", ",", "enalapril", "20", "mg", "/", "hydrochlorothiazide", "12", ".", "5", "mg", "/", "12h", ",", "simvastatin", "20", "mg", ",", "Eutirox", "100", "mcg", ",", "omeprazole", "20", "mg", ",", "carvedilol", "6", ".", "25", "mg", "/", "12h", ",", "gliclazide", "30", "mg", "2", "/", "24h", ",", "Lorazepam", "1", "mg", "/", "24h", ".", "Cholecystectomised", ".", "She", "came", "to", "the", "primary", "care", "clinic", "accompanied", "by", "her", "son", ",", "nervous", "and", "distressed", ",", "reporting", "that", "for", "the", "last", "week", "she", "had", "been", "suffering", "from", "nocturnal", "visual", "hallucinations", ":", "-", "I", "see", "worms", "coming", "out", "of", "the", "headboard", "of", "the", "bed", "‖", ".", "The", "patient", "normally", "goes", "to", "the", "clinic", "to", "check", "her", "Synthrom", "and", "the", "rest", "of", "her", "underlying", "pathologies", "and", "always", "comes", "alone", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "for", "several", "weeks", "she", "has", "been", "experiencing", "split", "sleep", "during", "the", "night", "associated", "with", "dysuria", ",", "polyuria", "and", "urinary", "urgency", ",", "as", "well", "as", "a", "feeling", "of", "dysthermia", "without", "having", "put", "on", "a", "thermometer", ".", "No", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", ":", "Adequate", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ".", "Blood", "pressure", "130", "/", "70", ".", "Temperature", "36", "oC", ".", "Glasgow", "15", ".", "Pupils", "isochoric", "normoreactive", ".", "No", "dysarthria", ".", "No", "deviation", "of", "oral", "commissure", ".", "Strength", ",", "sensitivity", "and", "mobility", "preserved", "in", "the", "4", "extremities", ".", "Preserved", "gait", ".", "Romberg", "without", "alterations", ".", "When", "the", "hallucinations", "are", "explored", "in", "more", "detail", ",", "she", "only", "reports", "that", "they", "only", "occur", "when", "she", "wakes", "up", "during", "the", "night", "and", "disappear", "when", "the", "light", "is", "switched", "on", ".", "He", "recognises", "that", "they", "are", "not", "real", ".", "She", "has", "moved", "to", "another", "room", "to", "sleep", "as", "an", "avoidance", "mechanism", ".", "Eupneic", "at", "rest", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "arrhythmic", "tones", "at", "80", "bpm", ".", "Respiratory", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "added", "noise", ".", "O2", "sat", "97", "%", ".", "Abdomen", "globular", ",", "distended", ".", "Not", "painful", ",", "without", "abdominal", "defence", ".", "RHA", "present", ".", "Normal", "bilateral", "PPR", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", ",", "signs", "of", "CVI", ".", "A", "combur", "test", "was", "performed", "and", "positive", "leucocytes", "and", "nitrites", "were", "obtained", ".", "Laboratory", "tests", "were", "requested", "with", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", "(", "including", "ions", ",", "liver", "and", "renal", "function", ")", ",", "CRP", ",", "urine", "and", "urine", "culture", ",", "thyroid", "hormones", ",", "vitamin", "B12", ",", "folic", "acid", ",", "treponema", "pallidum", ",", "glycosylated", "hb", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Patient", "widowed", "for", "about", "10", "years", "and", "living", "alone", ".", "Independent", "for", "ABVD", ".", "She", "has", "a", "son", "who", "lives", "in", "the", "same", "town", ",", "in", "the", "block", "next", "to", "her", "and", "lives", "with", "his", "wife", "and", "2", "children", "aged", "9", "and", "13", ".", "They", "have", "a", "very", "good", "relationship", "with", "each", "other", "and", "see", "each", "other", "every", "day", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Uncomplicated", "urinary", "tract", "infection", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "onset", "of", "dementia", ",", "psychiatric", "disorder", ",", "cerebral", "LOE", ",", "side", "effect", "of", "medication", ",", "fever", ",", "epilepsy", ",", "renal", "insufficiency", ".", ".", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Laboratory", "tests", "were", "requested", "as", "indicated", "above", ".", "Treatment", "was", "prescribed", "with", "amoxicillin", "875", "mg", "/", "clavulanic", "acid", "125", "mg", "/", "8h", "for", "7", "days", "and", "hypnotic", "treatment", "was", "modified", ":", "decrease", "for", "4-5", "days", "to", "1", "⁄", "2", "comp", "Lorazepam", "and", "start", "with", "1", "⁄", "2", "comp", "lormetazepam", "to", "subsequently", "suspend", "Lorazepam", "and", "continue", "with", "1", "comp", "lormetazepam", "at", "night", ".", "Monitor", "for", "fever", "or", "new", "symptoms", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "seen", "a", "week", "after", "starting", "the", "antibiotic", "treatment", "and", "modifying", "the", "hypnotic", "treatment", "in", "order", "to", "obtain", "the", "results", "of", "the", "requested", "blood", "test", ".", "The", "results", "of", "the", "analysis", "were", "normal", "except", "for", "the", "systematic", "urine", "test", ",", "which", "indicated", "the", "urinary", "tract", "infection", "already", "known", "with", "a", "positive", "culture", "for", "E", ".", "coli", "sensitive", "to", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", ".", "This", "time", "the", "patient", "came", "to", "the", "clinic", "alone", "and", "reported", "clinical", "improvement", "of", "the", "dysuria", "and", "disappearance", "on", "the", "second", "day", "of", "starting", "treatment", "of", "the", "visual", "hallucinations", "for", "which", "she", "had", "consulted", ".", "She", "had", "returned", "to", "sleep", "in", "her", "usual", "room", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 120, "end": 127 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 135, "end": 143 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 653, "end": 660 }, { "text": "worms", "label": "SPECIES", "start": 602, "end": 607 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 472, "end": 475 }, { "text": "treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 2229, "end": 2247 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2267, "end": 2273 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 2297, "end": 2304 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 2458, "end": 2462 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2382, "end": 2385 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 2469, "end": 2477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3238, "end": 3245 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3626, "end": 3633 } ]

[ "A", "22-year-old", "male", "patient", "from", "Paraguay", "with", "recently", "diagnosed", "HIV", "infection", ".", "He", "consulted", "for", "progressive", "holocranial", "headache", ",", "intensity", "10", "/", "10", ",", "associated", "with", "vomiting", "and", "decreased", "bilateral", "visual", "acuity", ",", "of", "20", "days", "of", "evolution", ".", "These", "symptoms", "were", "also", "accompanied", "by", "unquantified", "weight", "loss", ",", "asthenia", ",", "adynamia", ",", "hyporexia", "and", "intermittent", "febrile", "registers", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "with", "marked", "pallor", "of", "the", "skin", "and", "mucous", "membranes", ",", "stiff", "neck", "and", "bilateral", "blurred", "vision", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "motor", "focus", ".", "There", "was", "palpable", "hepatosplenomegaly", "and", "a", "left", "laterocervical", "lymph", "node", "conglomerate", ",", "with", "mobile", ",", "duroelastic", "adenopathies", ",", "not", "adhered", "to", "deep", "planes", ".", "Dermatological", "examination", "showed", "few", "papules", "and", "acneiform", "lesions", "on", "the", "dorsum", ".", "On", "admission", ",", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "brain", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "space-occupying", "lesions", ".", "Fundus", "examination", "showed", "papillae", "without", "defined", "borders", "compatible", "with", "oedema", ".", "Lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "clear", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "was", "obtained", "with", "proteinorrachy", "of", "0", ".", "28", "g", "/", "L", ",", "glucorrachy", "51", "g", "/", "L", "and", "4", "cells", "/", "uL", "(", "100", "%", "mononuclear", ")", ".", "Opening", "pressure", "was", "45", "cm", "H2O", ".", "Indian", "ink", "preparation", "of", "CSF", "sediment", "showed", "capsulated", "yeasts", "compatible", "with", "Cryptococcus", "sp", ".", "Laboratory", "findings", "on", "admission", "were", ":", "HtO", "29", "%", ",", "Hb", "9", ".", "6", "g", "/", "L", ",", "WBC", "2700", "/", "mm3", ",", "platelets", "87", ".", "000", "/", "mm3", ",", "prothrombin", "concentration", "68", "%", ",", "urea", "16", "mg", "%", ",", "creatinine", "0", ".", "9", "mg", "%", ",", "TGO", "20", "IU", "/", "L", ",", "TGP", "27", "IU", "/", "L", ".", "CD4", "+", "T", "lymphocyte", "count", ":", "21", "cells", "/", "μL", "(", "8", "%", ")", ",", "plasma", "viral", "load", "for", "HIV", ":", "23", ",", "238", "copies", "per", "mL", "(", "log10", "4", ".", "37", ")", "and", "Ag", "RK39", ":", "negative", ".", "Cryptococcus", "antigenorrhoea", "was", "positive", "with", "titre", ">", "1", "/", "1", ",", "000", "and", "antigenemia", "was", "positive", ">", "1", "/", "10", ",", "000", ".", "CSF", "culture", "revealed", "Cryptococcus", "neoformans", ".", "Serology", "by", "immunodiffusion", "and", "counterimmunoelectrophoresis", "for", "H", ".", "capsulatum", "was", "negative", "in", "both", "serum", "and", "CSF", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "an", "excavated", "infiltrate", "in", "the", "right", "lung", "apex", ".", "With", "an", "initial", "diagnosis", "of", "disseminated", "cryptococcosis", "with", "meningoencephalic", "involvement", ",", "he", "started", "combined", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "fluconazole", "at", "a", "dose", "of", "800", "mg", "/", "day", ",", "both", "intravenously", ",", "and", "daily", "lumbar", "puncture", "evacuations", "as", "treatment", "for", "endocranial", "hypertension", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "showed", "segmental", "opacity", "in", "the", "apex", "of", "the", "right", "lung", ",", "solid", "in", "appearance", ",", "with", "areas", "of", "cavitation", ",", "homogeneous", "splenomegaly", "and", "retroperitoneal", "intercavoaortic", "and", "lateroaortic", "adenomegaly", ".", "Fibrobronchoscopy", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", ";", "culture", "of", "the", "material", "obtained", "showed", "the", "development", "of", "Cryptococcus", "neoformans", ".", "Isolation", "of", "Cryptococcus", "neoformans", "was", "also", "obtained", "in", "blood", "cultures", "by", "centrifugation", "lysis", "technique", "and", "in", "the", "scarification", "examination", "of", "the", "skin", "lesions", ".", "Biopsy", "of", "the", "skin", "lesions", "with", "PAS", "and", "Grocott", "stains", "showed", "no", "yeasts", "compatible", "with", "histoplasma", ".", "Due", "to", "worsening", "haemocytometric", "values", ",", "with", "severe", "pancytopenia", ",", "a", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "performed", "and", "showed", "yeast", "infiltration", "compatible", "with", "Cryptococcus", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "other", "comorbidities", "such", "as", "lymphomas", "or", "other", "opportunistic", "infections", ",", "cervical", "adenomegaly", "was", "excised", ",", "and", "microscopic", "examination", "showed", "replacement", "of", "the", "lymph", "node", "histoarchitecture", "by", "yeasts", ".", "Culture", "of", "the", "biopsy", "material", "allowed", "isolation", "and", "identification", "of", "Cryptococcus", "neoformans", "and", "Histoplasma", "capsulatum", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "from", "the", "microbiological", "point", "of", "view", "with", "a", "decrease", "in", "antigenemia", "and", "antigenorrhoeaemia", "values", "and", "negative", "CSF", "culture", "at", "one", "month", "of", "treatment", ".", "However", ",", "he", "persisted", "with", "signs", "of", "endocranial", "hypertension", ",", "refractory", "to", "treatment", "with", "frequent", "lumbar", "puncture", "evacuations", ",", "which", "led", "to", "the", "placement", "of", "a", "ventriculo-peritoneal", "shunt", "valve", ",", "which", "resulted", "in", "normalisation", "of", "CSF", "opening", "pressure", "values", "and", "the", "disappearance", "of", "signs", "and", "symptoms", "in", "the", "central", "nervous", "system", ".", "He", "started", "HAART", "at", "the", "sixth", "week", "of", "treatment", "with", "good", "adherence", "and", "tolerability", ".", "Currently", "the", "patient", "is", "in", "good", "clinical", "condition", ",", "receives", "antiretroviral", "treatment", ",", "secondary", "prophylaxis", "with", "fluconazole", "at", "a", "dose", "of", "400", "mg", "daily", "and", "primary", "prophylaxis", "with", "cotrimoxazole", ",", "a", "double", "dose", "tablet", "three", "times", "a", "week", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 65, "end": 68 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 398, "end": 405 }, { "text": "Cryptococcus sp", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1292 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1289 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1608, "end": 1620 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1546, "end": 1549 }, { "text": "capsulated yeasts", "label": "SPECIES", "start": 1243, "end": 1260 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 1254, "end": 1260 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1531, "end": 1536 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1733, "end": 1745 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1733, "end": 1756 }, { "text": "H. capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 1823, "end": 1836 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2614, "end": 2626 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 2614, "end": 2637 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2652, "end": 2664 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 2652, "end": 2675 }, { "text": "histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2892, "end": 2903 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 2869, "end": 2875 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3053, "end": 3065 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3362, "end": 3374 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 3362, "end": 3385 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 3390, "end": 3412 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3390, "end": 3401 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 3283, "end": 3289 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Abdominal", "pain", "focused", "on", "the", "right", "flank", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Personal", "history", ":", "50-year-old", "woman", ".", "No", "known", "allergies", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "No", "hypertension", ",", "no", "DM", "or", "dyslipidaemia", ".", "Primary", "hypothyroidism", "in", "substitutive", "treatment", "with", "Eutirox", "50", "mcg", ".", "Allergic", "rhinitis", "being", "treated", "with", "antihistamine", "on", "demand", ".", "Anamnesis", ":", "The", "patient", "presented", "with", "continuous", "dull", "abdominal", "pain", "in", "the", "right", "flank", "for", "several", "days", ",", "accompanied", "by", "nausea", "without", "vomiting", ",", "without", "fever", ".", "The", "pain", "does", "not", "change", "with", "posture", "or", "analgesia", ".", "There", "was", "no", "associated", "micturition", "syndrome", ".", "This", "led", "to", "consultation", "in", "the", "emergency", "department", ".", "Examination", ":", "General", "condition", "was", "good", ".", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Normal", "cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", ".", "Soft", "depressible", "abdomen", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", "where", "a", "poorly", "defined", "indurated", "mass", "is", "palpated", ",", "without", "erythema", "or", "direct", "signs", "of", "inflammation", "of", "3", "cm", "in", "diameter", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Murphy", "'", "s", "and", "Blumberg", "'", "s", "signs", "were", "negative", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", ":", "complete", "blood", "analysis", "with", "normal", "haemogram", ",", "normal", "biochemistry", ",", "normal", "coagulation", ".", "In", "addition", ",", "systematic", "urine", "analysis", "with", "negative", "gestational", "tests", ".", "Echo-CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "requested", ":", "a", "complex", "cystic", "lesion", "in", "the", "subcapsular", "periphery", "of", "segment", "VI", "of", "about", "6", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "rounded", "morphology", ",", "with", "a", "thin", ",", "enhanced", "wall", "and", "no", "solutions", "of", "continuity", ",", "with", "the", "presence", "in", "the", "ultrasound", "study", "of", "fine", "echogenic", "content", "in", "suspension", ",", "as", "well", "as", "an", "echogenic", "and", "folded", "undulating", "band", "compatible", "with", "intraluminal", "membrane", ".", "It", "is", "associated", "with", "thickening", "of", "the", "anterior", "pararenal", "fascia", "and", "ipsilateral", "lateroconal", "fascia", ",", "with", "adjacent", "fatty", "reticulation", ",", "findings", "considered", "inflammatory-reactive", "by", "neighbourhood", ".", "Taken", "together", "these", "findings", "suggest", "a", "liver", "cyst", ",", "possibly", "hydatid", ",", "complicated", "with", "sustained", "rupture", ".", "Family", "and", "Community", "Approach", "Lives", "with", "her", "husband", "and", "son", ".", "Native", "of", "Italy", ".", "Has", "lived", "in", "Spain", "for", "20", "years", ".", "Lower-middle", "socio-economic", "status", ".", "She", "has", "lived", "with", "a", "dog", "for", "a", "year", "and", "has", "been", "vaccinated", "and", "dewormed", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "referential", "diagnosis", ")", "Clinical", "judgement", ":", "Subacute", "abdominal", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "probably", "related", "to", "complex", "liver", "cyst", "with", "contained", "rupture", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "Simple", "liver", "cyst", ";", "Hydatid", "cyst", ";", "Hamartoma", "of", "the", "biliary", "ductus", ";", "Caroli", "'", "s", "disease", ";", "Embryonal", "hepatic", "sarcoma", ";", "Biliary", "cystadenocarcinoma", ";", "Hepatic", "abscess", ";", "Cystic", "metastases", ";", "Hepatocellular", "adneoma", ".", "Action", "plan", "In", "the", "emergency", "department", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "an", "abdominal", "CT-echo", "to", "identify", "the", "origin", "of", "the", "pain", "and", "the", "mass", "on", "examination", ".", "Evolution", "In", "the", "ED", ",", "blood", "and", "urine", "tests", "were", "normal", ".", "Abdominal", "CT-echo", "findings", "suggested", "a", "liver", "cyst", ",", "possibly", "hydatid", ",", "complicated", "with", "contained", "rupture", ".", "For", "all", "these", "reasons", ",", "a", "referral", "was", "made", "to", "General", "Surgery", ",", "which", "rejected", "urgent", "surgery", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "refer", "the", "patient", "to", "the", "Digestive", "System", "for", "study", "and", "identification", "of", "the", "cyst", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "Albendazole", "400mg", "/", "12", "hours", "for", "one", "month", "and", "to", "request", "complete", "blood", "tests", "with", "normal", "liver", "biochemistry", ",", "CRP", ",", "Ca19", ".", "9", ",", "CEA", "and", "haemogram", ",", "as", "well", "as", "AFP", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "negative", "Echinococcus", "serology", ";", "in", "addition", "to", "a", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "C", "/", "C", "TRIPHASIC", "in", "August", "2017", "which", "showed", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "cystic", "lesion", "and", "where", "it", "was", "not", "possible", "to", "differentiate", "whether", "it", "was", "a", "simple", "biliary", "cyst", "or", "a", "hydatid", "cyst", ".", "In", "January", "2018", ",", "a", "complete", "serology", "was", "again", "requested", "and", "was", "negative", "for", "Echinococcus", ".", "During", "all", "this", "time", "the", "patient", "has", "not", "presented", "pain", ".", "Therefore", ",", "the", "diagnosis", "is", "simple", "hepatic", "cyst", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 165, "end": 170 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 135, "end": 143 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 397, "end": 404 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2068, "end": 2074 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2125, "end": 2128 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 2113, "end": 2120 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 2237, "end": 2240 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 2265, "end": 2275 }, { "text": "dewormed", "label": "SPECIES", "start": 2280, "end": 2288 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2762, "end": 2769 }, { "text": "Echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 3477, "end": 3489 }, { "text": "Echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 3807, "end": 3819 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3455, "end": 3458 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3460, "end": 3463 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3450, "end": 3453 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3180, "end": 3187 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3846, "end": 3853 } ]

[ "This", "is", "a", "63-year-old", "male", ",", "with", "multiple", "cardiovascular", "risk", "factors", "(", "arterial", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "on", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "dyslipidaemia", "and", "obesity", ")", ",", "COPD", ",", "chronic", "kidney", "disease", "with", "baseline", "creatinine", "of", "1", ".", "2", "mg", "/", "dl", "and", "permanent", "atrial", "fibrillation", ",", "who", "was", "admitted", "to", "our", "centre", "in", "May", "2018", "in", "cardiogenic", "shock", "requiring", "vasoactive", "support", "and", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "The", "patient", "had", "dilated", "cardiomyopathy", "of", "probable", "enolic", "origin", ",", "with", "severe", "left", "ventricular", "systolic", "dysfunction", "with", "an", "estimated", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", "of", "20", "%", ",", "with", "implantation", "of", "a", "single-chamber", "implantable", "cardioverter", "defibrillator", "as", "primary", "prevention", "in", "2003", ".", "The", "admission", "echocardiogram", "showed", "severe", "aortic", "stenosis", "and", "double", "mitral", "lesion", "with", "moderate", "insufficiency", "and", "mild", "stenosis", "of", "probable", "rheumatic", "origin", "with", "significant", "calcification", "of", "the", "leaflets", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "situation", "and", "personal", "history", "(", "EuroScore", "II", "19", ".", "35", "%", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "implant", "a", "29", "mm", "Edwards", "SapienTM", "transcatheter", "aortic", "prosthesis", "via", "the", "transfemoral", "route", "by", "the", "interventional", "cardiology", "team", ",", "and", "percutaneous", "treatment", "of", "the", "mitral", "valve", "was", "ruled", "out", "at", "the", "same", "surgical", "time", ".", "The", "post-implantation", "echocardiogram", "showed", "a", "normofunctioning", "aortic", "prosthesis", "with", "a", "mean", "transprosthetic", "gradient", "of", "5", "mm", "Hg", "and", "mitral", "regurgitation", "unchanged", "from", "the", "preoperative", "echocardiogram", ".", "Four", "months", "after", "the", "procedure", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "to", "our", "centre", "for", "multiple", "inappropriate", "shocks", "of", "the", "implantable", "cardioverter", "defibrillator", ",", "accompanied", "by", "fever", "and", "chills", ".", "We", "analysed", "the", "device", "data", ",", "and", "observed", "multiple", "episodes", "of", "polymorphic", "ventricular", "tachycardia", ",", "most", "of", "which", "ended", "with", "a", "shock", ",", "and", "which", "were", "undetected", "by", "the", "patient", ".", "All", "episodes", "were", "preceded", "by", "marked", "bradycardia", "requiring", "pacemaker", "pacing", ".", "Pacemaker", "pacing", "was", "increased", "to", "a", "minimum", "heart", "rate", "of", "75", "bpm", "and", "blood", "cultures", "were", "drawn", "and", "tested", "positive", "for", "Staphylococcus", "epidermidis", ".", "Given", "these", "results", ",", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "the", "history", "of", "TAVI", "implantation", ",", "infective", "endocarditis", "was", "suspected", "and", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", ".", "The", "echocardiogram", "showed", "a", "large", "hypoechoic", "vegetation", "measuring", "4", ".", "3", "×", "1", ".", "9", "cm", ",", "with", "a", "deflected", "irregular", "border", "extending", "from", "1", "cm", "below", "the", "valve", "plane", "to", "3", "cm", "above", "the", "valve", "plane", ",", "filling", "most", "of", "the", "TAVI", "stent", "and", "causing", "the", "prosthesis", "to", "behave", "as", "a", "moderate-severe", "stenosis", "with", "a", "peak", "gradient", "of", "38", "mm", "Hg", "without", "insufficiency", ".", "The", "mitral", "valve", "had", "extensive", "degenerative", "changes", ",", "with", "severe", "calcification", "of", "the", "leaflets", "and", "subvalvular", "apparatus", ",", "and", "a", "severe", "central", "insufficiency", "jet", ".", "Antibiotic", "treatment", "with", "daptomycin", "and", "fosfocimin", "was", "started", "and", "the", "case", "was", "discussed", "in", "a", "medical-surgical", "session", ".", "Given", "the", "lack", "of", "clinical", "and", "echocardiographic", "improvement", ",", "surgery", "was", "decided", ".", "During", "surgery", ",", "large", "vegetations", "were", "observed", "on", "the", "ventricular", "and", "aortic", "side", "of", "the", "prosthesis", ".", "The", "TAVI", "was", "explanted", "and", "an", "aortic", "valve", "replacement", "with", "a", "25", "mm", "Magna", "Ease", "biological", "aortic", "prosthesis", "was", "performed", ".", "In", "addition", ",", "a", "mitral", "valve", "replacement", "with", "a", "25", "mm", "Magna", "Ease", "biological", "prosthesis", "was", "performed", ".", "The", "explanted", "prosthesis", "was", "analysed", "microscopically", "with", "Gram", "stain", ",", "where", "gram-positive", "cocci", "were", "observed", "in", "clusters", ",", "and", "cultures", "of", "the", "prosthesis", "were", "positive", "for", "Staphylococcus", "epidermidis", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "had", "a", "good", "postoperative", "evolution", ",", "with", "no", "associated", "complications", ",", "and", "was", "discharged", "from", "hospital", "after", "completing", "the", "5-week", "course", "of", "antibiotic", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 425, "end": 432 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 924, "end": 931 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 948, "end": 956 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 1988, "end": 2014 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1465, "end": 1472 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1783, "end": 1790 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 3433, "end": 3459 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3480, "end": 3487 } ]

[ "", "A", "63-year-old", "man", "with", "no", "psychiatric", "history", "was", "admitted", "to", "hospital", "with", "bilateral", "pneumonia", "and", "a", "positive", "PCR", "test", "for", "COVID-19", "(", "30", "March", "2020", ")", "and", "was", "diagnosed", "with", "COVID-19", ".", "He", "also", "presented", "with", "delirium", "during", "hospitalisation", ",", "which", "improved", "in", "parallel", "with", "the", "respiratory", "disorder", ",", "leading", "to", "the", "patient", "'", "s", "discharge", "(", "8", "April", "2020", ")", ".", "Outpatient", "treatment", "with", "risperidone", "2mg", "per", "day", "was", "maintained", ",", "but", "the", "extravagant", "delirium", "and", "incoherent", "speech", "and", "thinking", "did", "not", "abate", ",", "even", "after", "adjustment", "of", "the", "antipsychotic", "treatment", ",", "so", "the", "patient", "was", "sent", "back", "to", "hospital", "(", "15", "April", "2020", ")", ".", "On", "this", "second", "admission", ",", "a", "new", "COVID-19", "PCR", "test", "was", "performed", ",", "with", "a", "positive", "result", ".", "The", "respiratory", "examination", "was", "normal", ".", "Increased", "D-dimer", "concentration", "was", "detected", "in", "blood", "tests", ";", "a", "CT", "angiography", "showed", "a", "low", "risk", "of", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "which", "was", "considered", "to", "be", "associated", "with", "COVID-19", "and", "treated", "with", "anticoagulants", ".", "At", "the", "first", "psychiatric", "evaluation", ",", "the", "patient", "reported", "ideas", "of", "changes", "in", "his", "body", ",", "such", "as", "the", "absence", "of", "an", "anus", ",", "which", "is", "why", "he", "decided", "not", "to", "eat", "anything", "and", "thus", "avoid", "exploding", ".", "Attention", "and", "orientation", "to", "fluctuating", "time", "and", "space", "were", "initially", "noted", ",", "but", "without", "other", "usual", "features", "of", "delirium", ".", "A", "cranial", "MRI", "with", "contrast", "revealed", "no", "relevant", "findings", ".", "Finally", "a", "diagnosis", "of", "psychotic", "disorder", "caused", "by", "another", "pathological", "process", "(", "COVID-19", ")", "was", "made", ",", "according", "to", "DSM-5", "criteria", ".", "During", "the", "follow-up", "of", "the", "case", "by", "the", "psychiatric", "department", ",", "the", "content", "of", "the", "delusions", "changed", "(", "the", "patient", "explained", "that", "most", "of", "his", "relatives", "had", "died", ")", "and", "auditory", "and", "verbal", "hallucinations", "appeared", ".", "The", "dose", "of", "risperidone", "was", "adjusted", "over", "the", "next", "few", "days", "from", "2", ".", "5", "mg", "per", "day", "to", "up", "to", "6", "mg", "per", "day", ".", "By", "30", "April", "2020", ",", "the", "patient", "had", "almost", "fully", "recovered", ",", "with", "no", "delusions", "or", "hallucinations", "and", "was", "conscious", "about", "his", "previous", "psychotic", "symptoms", ",", "so", "he", "was", "discharged", "and", "referred", "to", "his", "outpatient", "psychiatric", "unit", "for", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 312, "end": 319 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 554, "end": 561 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 } ]

[ "Male", ",", "33", "years", "old", ",", "single", ",", "graduated", "in", "optics", ",", "who", "lives", "with", "his", "mother", ".", "He", "has", "worked", "in", "various", "jobs", ",", "having", "spent", "a", "maximum", "of", "three", "years", "in", "the", "same", "job", ",", "and", "has", "been", "working", "in", "a", "warehouse", "for", "the", "last", "month", ".", "He", "has", "no", "personal", "history", "of", "interest", "except", "for", "traumatological", "problems", "such", "as", "two", "sprains", ".", "Her", "father", "was", "diabetic", "and", "died", "of", "a", "myocardial", "infarction", ".", "His", "mother", "lives", "healthy", ".", "He", "has", "3", "siblings", "with", "a", "predominance", "of", "excessive", "drug", "use", ",", "one", "of", "them", "is", "a", "heavy", "user", "of", "cannabis", "and", "another", "one", "of", "alcohol", "and", "cocaine", ".", "His", "sister", "does", "not", "use", "drugs", ".", "His", "previous", "personality", "is", "dominated", "by", "introversion", "traits", ",", "insecurity", ",", "with", "difficulty", "in", "establishing", "friendships", "but", "with", "a", "desire", "to", "establish", "them", "and", "with", "long-lasting", "and", "close", "interpersonal", "relationships", ".", "He", "has", "no", "relationship", "with", "a", "partner", ".", "The", "patient", "reports", "that", "he", "has", "always", "avoided", "talking", "in", "front", "of", "crowds", "or", "strangers", ",", "although", "he", "had", "no", "problems", "talking", "to", "his", "friends", ".", "In", "front", "of", "strangers", "he", "feels", "anxious", "and", "starts", "to", "stammer", "or", "experience", "intense", "sweating", ".", "He", "does", "not", "report", "fear", "of", "different", "social", "situations", ".", "Has", "had", "a", "variety", "of", "work", "activities", ".", "Usually", "in", "two", "types", "of", "jobs", ",", "sometimes", "in", "warehouses", "where", "he", "only", "had", "contact", "with", "co-workers", "and", "which", "he", "does", "not", "value", "as", "anxiogenic", "and", "other", "times", "as", "a", "shop", "assistant", "in", "opticians", "'", "shops", "where", "he", "has", "had", "difficulties", "working", "in", "front", "of", "the", "public", ".", "The", "first", "time", "she", "worked", "as", "a", "shop", "assistant", "in", "an", "optician", "'", "s", "shop", "she", "was", "28", "years", "old", ".", "She", "experienced", "this", "situation", "with", "intense", "anxiety", ".", "He", "had", "a", "lot", "of", "customers", "and", "stuttered", "in", "front", "of", "them", ".", "This", "led", "him", "to", "make", "a", "self-harming", "attempt", "and", "subsequently", "quit", "his", "job", ".", "Two", "years", "later", "he", "went", "back", "to", "work", "in", "another", "optician", "'", "s", "shop", ",", "also", "as", "a", "shop", "assistant", ",", "but", "with", "less", "customer", "pressure", ",", "despite", "which", "he", "noticed", "intense", "sweating", "and", "also", "left", "that", "job", "because", "of", "the", "anguish", "caused", ".", "She", "was", "treated", "at", "her", "mental", "health", "centre", "with", "benzodiazepines", "and", "her", "condition", "improved", ".", "Subsequently", ",", "he", "worked", "for", "three", "years", "in", "a", "warehouse", "without", "any", "difficulties", "at", "work", ",", "he", "even", "considers", "that", "he", "performed", "the", "job", "adequately", "and", "was", "expecting", "a", "promotion", "but", ",", "unexpectedly", ",", "he", "was", "dismissed", "without", "it", "being", "attributable", ",", "according", "to", "his", "comments", ",", "to", "labour", "conflicts", "or", "poor", "performance", ".", "After", "the", "dismissal", ",", "he", "became", "depressed", "in", "relation", "to", "this", "situation", ",", "which", "improved", "after", "a", "few", "months", ".", "He", "is", "currently", "working", "in", "another", "warehouse", "and", "has", "been", "taking", "prescribed", "escitalopram", "for", "the", "last", "two", "months", "for", "his", "anxiety", "symptoms", ",", "which", "he", "now", "considers", "to", "be", "not", "very", "limiting", ".", "With", "regard", "to", "his", "toxicological", "history", ",", "he", "started", "using", "hashish", "when", "he", "was", "17", "years", "old", ",", "at", "weekends", "with", "his", "friends", ".", "For", "about", "8", "years", "he", "has", "been", "using", "daily", ",", "changing", "hashish", "for", "marijuana", ",", "initially", "in", "the", "amount", "of", "about", "2", "cigarettes", "a", "day", ",", "in", "the", "afternoons", "at", "home", ",", "to", "relax", ".", "He", "says", "that", "at", "that", "time", "he", "was", "already", "using", "to", "calm", "down", "in", "relation", "to", "the", "anxiety", "caused", "by", "his", "first", "job", ".", "The", "period", "of", "heaviest", "consumption", "occurred", "at", "the", "age", "of", "28", ",", "coinciding", "with", "her", "work", "as", "a", "shop", "assistant", ",", "where", "she", "consumed", "5-6", "cigarettes", "a", "day", ",", "starting", "to", "smoke", "in", "the", "morning", ",", "observing", "an", "improvement", "in", "the", "anxiety", "she", "had", ",", "but", "it", "was", "not", "enough", "to", "avoid", "the", "work", "problems", "described", ".", "About", "2-3", "years", "ago", ",", "she", "began", "treatment", "at", "a", "drug", "treatment", "centre", ",", "managing", "to", "reduce", "the", "dose", "consumed", "and", "have", "some", "period", "of", "abstinence", ",", "describing", "a", "mild", "withdrawal", "symptoms", "with", "insomnia", "and", "cravings", ".", "Currently", ",", "daily", "consumption", "persists", "but", "in", "smaller", "quantities", ".", "He", "comments", "that", "years", "ago", "he", "tried", "cocaine", ",", "LSD", "and", "ecstasy", "during", "some", "weekends", "when", "he", "went", "out", "with", "friends", ",", "but", "he", "did", "not", "like", "these", "drugs", ".", "He", "also", "acknowledges", "moderate", "alcohol", "consumption", "at", "weekends", "when", "he", "goes", "out", "with", "friends", ".", "He", "does", "not", "refer", "to", "legal", "problems", "associated", "with", "consumption", ",", "nor", "family", "problems", ",", "he", "comments", "that", "his", "mother", "has", "a", "very", "permissive", "attitude", "towards", "cannabis", "consumption", ".", "In", "the", "psychopathological", "examination", ",", "the", "stuttering", "stands", "out", "during", "the", "interview", ",", "which", "decreases", "in", "intensity", "throughout", "the", "interview", ",", "with", "no", "evidence", "of", "alterations", "in", "mood", ",", "sensory-perceptual", "or", "thought", "content", ".", "The", "patient", "is", "very", "cooperative", "and", "adequate", "during", "the", "examination", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 493, "end": 501 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 546, "end": 552 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 410, "end": 418 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 68, "end": 74 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 379, "end": 385 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 318, "end": 324 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 228, "end": 236 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 959, "end": 966 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 2717, "end": 2724 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3672, "end": 3679 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3798, "end": 3805 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3960, "end": 3968 }, { "text": "co-workers", "label": "HUMAN", "start": 1240, "end": 1250 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3876, "end": 3882 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3914, "end": 3920 }, { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 2790, "end": 2799 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 832, "end": 839 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4208, "end": 4215 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 819, "end": 826 }, { "text": "public", "label": "HUMAN", "start": 1403, "end": 1409 } ]

[ "Juana", "is", "a", "48", "year", "old", "patient", "who", "consulted", "us", "because", "she", "had", "been", "suffering", "from", "generalised", "pruritus", "for", "a", "month", ".", "She", "explained", "that", "she", "had", "been", "on", "holiday", "in", "a", "mountainous", "area", "in", "South", "America", ",", "where", "she", "started", "to", "develop", "small", ",", "very", "pruritic", "lesions", "on", "both", "arms", ".", "As", "she", "had", "so", "much", "itching", ",", "she", "was", "visited", "and", "the", "symptoms", "were", "diagnosed", "as", "mosquito", "bites", ".", "Treatment", "with", "topical", "corticosteroids", "was", "then", "started", ".", "Despite", "treatment", ",", "the", "patient", "still", "had", "pruritus", "and", "more", "lesions", "had", "appeared", ".", "We", "questioned", "the", "patient", "again", "about", "her", "trip", "and", "she", "explained", "that", "it", "had", "been", "an", "adventure", "trip", ",", "and", "that", "she", "had", "slept", "many", "nights", "in", "mountain", "refuges", ",", "in", "beds", "that", "had", "been", "prepared", ".", "We", "also", "asked", "about", "her", "symptoms", "and", "she", "told", "us", "that", "she", "can", "still", "stand", "the", "itching", "during", "the", "day", ",", "but", "at", "night", "she", "cannot", "stop", "scratching", ",", "which", "has", "prevented", "her", "from", "resting", "well", "for", "many", "days", ".", "He", "has", "lesions", "on", "his", "arms", "and", "buttocks", ",", "many", "with", "excoriations", "secondary", "to", "scratching", ",", "and", "he", "also", "has", "lesions", "on", "his", "legs", "and", "hands", ".", "There", "are", "no", "lesions", "on", "the", "head", "or", "neck", ".", "This", "is", "typical", "of", "scabies", "in", "adults", ",", "it", "respects", "palms", ",", "soles", "and", "head", ".", "In", "some", "patients", "very", "characteristic", "interdigital", "lesions", "such", "as", "the", "acarine", "furrow", "can", "be", "seen", ".", "In", "children", "there", "may", "be", "cephalic", "involvement", "as", "well", "as", "vesicles", "and", "/", "or", "pustules", "on", "palms", "and", "soles", ".", "Diagnosis", "is", "clinical", ".", "If", "we", "want", "to", "make", "a", "diagnostic", "test", ",", "we", "could", "use", "the", "Müller", "test", ",", "which", "consists", "of", "visualising", "the", "mites", "under", "the", "microscope", ".", "We", "could", "also", "use", "the", "dermatoscope", ":", "sometimes", "a", "delta", "wing", "lesion", "can", "be", "visualised", ".", "Well", ",", "at", "this", "point", "I", "think", "it", "is", "clear", "that", "we", "suspect", "scabies", "in", "this", "patient", ",", "both", "because", "of", "the", "history", "of", "having", "slept", "in", "a", "shared", "shelter", ",", "and", "because", "of", "the", "lesions", "and", "the", "predominantly", "nocturnal", "pruritus", "she", "presents", ".", "The", "treatment", "of", "choice", "is", "permethrin", "5", "%", ",", "one", "application", "at", "the", "present", "time", "and", "a", "second", "application", "after", "7", "days", ".", "Treatment", "is", "not", "recommended", "for", "children", "under", "two", "months", "of", "age", ".", "Although", "it", "may", "seem", "that", "by", "treating", "the", "affected", "person", "the", "case", "is", "solved", ",", "this", "is", "not", "the", "case", ".", "A", "very", "important", "part", "of", "the", "treatment", "consists", "of", "eliminating", "the", "mite", "from", "clothing", "and", "fabrics", "that", "have", "been", "in", "contact", "with", "the", "affected", "person", ".", "For", "this", "purpose", ",", "as", "much", "clothing", "as", "possible", "should", "be", "washed", "at", "60oC", ".", "If", "this", "is", "not", "possible", ",", "the", "recommendation", "is", "to", "put", "them", "in", "dark", "plastic", "bags", ",", "tightly", "closed", ",", "and", "keep", "them", "for", "1", "week", ",", "so", "that", "the", "mite", "dies", ".", "If", "we", "still", "have", "a", "sofa", "or", "mattress", "where", "we", "cannot", "use", "either", "of", "the", "two", "previous", "treatments", ",", "we", "can", "use", "insecticide", "sprays", "(", "Grade", "C", "recommendation", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 352, "end": 360 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 30 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 448, "end": 455 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 525, "end": 532 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 1107, "end": 1113 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1159, "end": 1167 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1253, "end": 1261 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1478, "end": 1483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1664, "end": 1671 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1971, "end": 1979 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2057, "end": 2063 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2248, "end": 2254 }, { "text": "mite", "label": "SPECIES", "start": 2173, "end": 2177 }, { "text": "mite", "label": "SPECIES", "start": 2464, "end": 2468 }, { "text": "insecticide", "label": "SPECIES", "start": 2581, "end": 2592 } ]