Datasets:

as-cle-bert
/

VirBiCla-training

Domain stringclasses 2 values	A_freq float64 0.1 0.48	T_freq float64 0.11 0.45	C_freq float64 0.07 0.5	G_freq float64 0.06 0.4	GC_content float64 0.18 0.79	Effective_Number_of_Codons float64 39.4 60.6	Homopolymers_A float64 0 0.19	Homopolymers_T float64 0 0.14	Homopolymers_C float64 0 0.13	Homopolymers_G float64 0 0.12	Entropy float64 1.68 2.31	Gene_density float64 0 1
NV	0.262667	0.220667	0.218	0.298667	0.516667	56.200234	0.008	0.013333	0.002667	0.028667	1.98744	0.527054
NV	0.22973	0.192745	0.248222	0.329303	0.577525	56.715023	0.00569	0.00569	0.00569	0.033428	1.972011	0.613248
NV	0.232955	0.193182	0.246449	0.326705	0.573561	57.291858	0.005682	0.005682	0.002841	0.03054	1.980559	0.512821
NV	0.177983	0.187212	0.257086	0.377719	0.634806	55.700361	0.002637	0.006592	0.022413	0.058009	1.930105	0.419802
NV	0.248801	0.196025	0.235093	0.320082	0.555175	55.257317	0.006169	0.002742	0.017135	0.028787	1.977249	0.628866
NV	0.252125	0.197592	0.23017	0.320113	0.550283	57.136111	0.005666	0	0.006374	0.03187	1.977258	0.525532
NV	0.260783	0.209025	0.226277	0.303915	0.530192	56.787881	0.010617	0.002654	0.008626	0.022561	1.985016	0.40239
NV	0.217835	0.186521	0.250511	0.345133	0.595643	57.092908	0.005446	0.006807	0.016338	0.049694	1.960802	0.517382
NV	0.271546	0.22435	0.207934	0.29617	0.504104	56.764417	0.01026	0.00684	0.002736	0.0171	1.985508	0.529774
NV	0.252858	0.207128	0.223268	0.316745	0.540013	56.871396	0.008742	0	0.003362	0.035642	1.980359	0.464646
NV	0.277666	0.226023	0.205231	0.290409	0.495973	58.676839	0.008719	0.006036	0.005366	0.022803	1.992212	0.522177
NV	0.278039	0.225655	0.204164	0.290128	0.495289	57.977182	0.011417	0.006044	0.005373	0.022834	2.003927	0.513131
NV	0.278	0.226	0.204667	0.29	0.495327	58.251115	0.015333	0.008667	0.002667	0.022667	1.998711	0.388778
NV	0.278039	0.224312	0.205507	0.291471	0.497312	58.315619	0.014103	0.006044	0.002686	0.022834	1.99175	0.444444
NV	0.276228	0.225764	0.207171	0.287517	0.496336	58.152477	0.013944	0.005976	0.002656	0.019256	2.014719	0.439122
NV	0.230982	0.194329	0.239972	0.334025	0.574394	55.718725	0.005533	0	0.014523	0.037344	1.977408	0.372141
NV	0.274064	0.224599	0.205214	0.294118	0.500335	58.002211	0.006016	0.003342	0.008021	0.029412	2.003668	0.544177
NV	0.246248	0.199864	0.23397	0.313779	0.551132	56.936426	0.005457	0.002729	0.002729	0.040246	2.022246	0.508197
NV	0.241696	0.20636	0.232509	0.315901	0.550355	56.255796	0.008481	0.002827	0.002827	0.036042	2.008304	0.4862
NV	0.231699	0.193319	0.247335	0.327647	0.574982	56.609707	0.005686	0.005686	0.005686	0.030561	1.973094	0.512821
NV	0.242599	0.198556	0.238989	0.319856	0.558845	56.583451	0.008664	0	0.011552	0.041877	1.978338	0.527115
NV	0.238439	0.193642	0.242052	0.323699	0.56698	56.890299	0.008671	0.00289	0.008671	0.047688	1.99512	0.478261
NV	0.246624	0.190476	0.24236	0.319829	0.562589	57.045486	0.005686	0	0.002843	0.033404	1.98277	0.50641
NV	0.290014	0.242818	0.19357	0.271546	0.466073	57.287182	0.01368	0.002736	0	0.025992	2.001364	0.566735
NV	0.26897	0.224932	0.20664	0.289295	0.501027	56.796386	0.00542	0	0.003388	0.023035	2.048721	0.498982
NV	0.261371	0.224033	0.210455	0.295995	0.510609	56.512067	0.002716	0.002716	0.00611	0.025798	2.039078	0.370672
NV	0.25545	0.213215	0.219346	0.298365	0.524862	56.699774	0.00545	0.002725	0.009537	0.032698	2.063467	0.466258
NV	0.255435	0.210598	0.223505	0.304348	0.5311	56.97617	0.002717	0.005435	0.006114	0.02038	2.038162	0.528571
NV	0.255074	0.217862	0.221922	0.304465	0.526743	55.790625	0.013532	0.013532	0.013532	0.033829	1.993193	0.623984
NV	0.2375	0.192361	0.248611	0.321528	0.570139	56.659409	0.002778	0.005556	0.013889	0.038194	1.975588	0.592902
NV	0.259036	0.204819	0.226238	0.309906	0.536145	57.254942	0.006024	0.013387	0.006024	0.029451	1.982188	0.570281
NV	0.269951	0.22068	0.218598	0.290076	0.509028	56.05356	0.011797	0.005552	0.004164	0.027065	1.995815	0.491667
NV	0.242712	0.202034	0.238644	0.315932	0.554953	57.014718	0.008814	0.002712	0.008136	0.020339	1.987551	0.482688
NV	0.240678	0.202034	0.235254	0.322034	0.557288	57.000657	0.005424	0.002712	0.005424	0.03322	1.978286	0.501018
NV	0.245651	0.197634	0.234516	0.322199	0.556715	57.85213	0.005567	0.002784	0.005567	0.038274	1.976936	0.512552
NV	0.20254	0.21992	0.221257	0.351604	0.575554	57.485648	0.005348	0.012032	0.005348	0.052807	1.995035	0.5
NV	0.207392	0.219028	0.223135	0.346338	0.571821	57.946475	0.005476	0.002738	0.011636	0.039699	1.995774	0.488706
NV	0.227273	0.185112	0.251647	0.335968	0.587615	55.805163	0.005929	0	0.013834	0.034914	1.965863	0.471287
NV	0.225445	0.184575	0.252472	0.337508	0.58998	57.068073	0.005933	0	0.017139	0.037574	1.964695	0.465347
NV	0.227423	0.18853	0.249176	0.334871	0.584047	56.686112	0.005933	0	0.01648	0.034937	1.967791	0.435644
NV	0.226594	0.191995	0.244233	0.336499	0.581127	56.906861	0.005427	0	0.014925	0.031208	1.975016	0.395112
NV	0.229464	0.192804	0.244399	0.333333	0.577733	57.293487	0.005431	0.005431	0.017651	0.027834	1.970281	0.381633
NV	0.218771	0.185685	0.252532	0.343011	0.595544	55.632639	0.005402	0.002701	0.013504	0.030385	1.961589	0.403651
NV	0.227549	0.189061	0.24578	0.336935	0.583108	56.425805	0.005402	0	0.014855	0.027684	1.97383	0.423935
NV	0.224638	0.183794	0.253623	0.337945	0.591568	55.965932	0.008564	0	0.016469	0.034914	1.964019	0.419802
NV	0.229551	0.189314	0.247361	0.333773	0.581135	56.388241	0.005937	0	0.011873	0.037599	1.968826	0.426587
NV	0.264468	0.213324	0.215343	0.306864	0.522207	57.015327	0.005384	0	0.005384	0.02288	1.98299	0.434343
NV	0.265141	0.21467	0.213997	0.306191	0.520188	57.108746	0.005384	0	0.005384	0.02288	1.983138	0.434343
NV	0.246479	0.184507	0.241549	0.326056	0.568406	56.632627	0.006338	0	0.005634	0.040845	1.983469	0.501057
NV	0.228022	0.200549	0.237637	0.333791	0.571429	58.282317	0.005495	0.003434	0.013736	0.044643	1.97223	0.381443
NV	0.258737	0.202957	0.224462	0.311828	0.537012	56.463706	0.006048	0.008065	0.006048	0.03629	1.999566	0.614919
NV	0.218878	0.197674	0.24145	0.341997	0.583447	55.747838	0.005472	0.002736	0.010944	0.03078	1.966473	0.459959
NV	0.218493	0.197945	0.239726	0.343836	0.583562	57.392966	0.005479	0.00274	0.010959	0.030822	1.965556	0.37037
NV	0.220699	0.19671	0.241261	0.34133	0.582591	56.903094	0.005483	0.002742	0.013708	0.030843	1.966772	0.403292
NV	0.213989	0.184211	0.25277	0.34903	0.601801	55.828444	0.011773	0.004155	0.01385	0.049861	1.957125	0.530146
NV	0.220139	0.183333	0.251389	0.344444	0.596247	57.145618	0.009028	0.003472	0.016667	0.047222	1.967069	0.559499
NV	0.222752	0.185967	0.247275	0.344005	0.591281	56.745738	0.008856	0.002725	0.010899	0.05109	1.961965	0.435583
NV	0.222598	0.186062	0.245602	0.345737	0.59134	56.908088	0.008796	0.002706	0.010825	0.048038	1.961142	0.447154
NV	0.214915	0.189153	0.248814	0.347119	0.595932	57.207156	0.008814	0.00339	0.010847	0.04339	1.960343	0.505092
NV	0.216474	0.185841	0.249149	0.347856	0.597411	57.172235	0.00885	0.003404	0.010892	0.041525	1.965735	0.574642
NV	0.214674	0.189538	0.247283	0.348505	0.595788	56.930118	0.008832	0.003397	0.01087	0.044158	1.959767	0.512245
NV	0.215447	0.186992	0.251355	0.346206	0.597561	57.426032	0.008808	0.003388	0.01355	0.044038	1.96	0.572301
NV	0.214433	0.180069	0.254296	0.350515	0.605227	57.139594	0.011684	0.004124	0.013746	0.047423	1.961419	0.420619
NV	0.25	0.198667	0.229333	0.320667	0.550734	56.229783	0.002667	0.005333	0	0.025333	1.989323	0.539078
NV	0.249667	0.201065	0.23036	0.318908	0.549268	56.522325	0.002663	0.002663	0	0.022636	1.978855	0.55
NV	0.247004	0.199068	0.233023	0.318908	0.553035	56.713765	0.002663	0.002663	0	0.022636	1.998443	0.55
NV	0.249001	0.199734	0.231025	0.32024	0.551265	56.420051	0.002663	0.002663	0	0.022636	1.978033	0.55
NV	0.248136	0.201356	0.231186	0.318644	0.550204	56.488918	0.002712	0.002712	0	0.023051	1.985883	0.560081
NV	0.26632	0.211424	0.206231	0.316024	0.522255	56.295096	0.005935	0.002967	0	0.031899	1.977236	0.443207
NV	0.244353	0.206023	0.235455	0.313484	0.549315	57.12779	0.005476	0.002738	0.005476	0.031485	1.989406	0.453799
NV	0.24359	0.184473	0.240028	0.331909	0.571937	56.106116	0.00641	0	0.005698	0.04416	1.968414	0.526767
NV	0.250808	0.209438	0.224952	0.31351	0.539159	56.543291	0.005171	0.004525	0.002586	0.027149	1.99402	0.473786
NV	0.225083	0.186799	0.249505	0.338614	0.588119	55.971957	0.005941	0	0.014521	0.037624	1.96513	0.406746
NV	0.209929	0.234752	0.213475	0.340426	0.554688	56.328075	0.002837	0.016312	0.006383	0.033333	1.981818	0.379531
NV	0.234483	0.198621	0.233793	0.333103	0.566897	57.157134	0.008276	0.005517	0.008966	0.042759	1.97229	0.36646
NV	0.260168	0.218205	0.227243	0.294383	0.521627	57.862943	0.00581	0.008393	0.002582	0.016139	1.98974	0.434951
NV	0.247268	0.19877	0.230874	0.321038	0.553046	56.351452	0	0.005464	0	0.029372	1.994554	0.61807
NV	0.228011	0.196211	0.241543	0.334235	0.575778	56.607623	0.002706	0.006089	0.014885	0.033829	1.970835	0.392276
NV	0.243079	0.195814	0.235652	0.322755	0.559919	56.879776	0.012154	0.005402	0.010804	0.024983	1.997658	0.62069
NV	0.238223	0.201211	0.234859	0.325707	0.560565	56.946859	0.009421	0.005384	0.010767	0.022207	1.976471	0.577778
NV	0.231338	0.204438	0.235373	0.328178	0.56393	57.350988	0.006052	0.011432	0.011432	0.028917	1.982622	0.579798
NV	0.250383	0.211332	0.229709	0.308576	0.538285	56.305388	0.006126	0.003063	0	0.022205	1.985016	0.343318
NV	0.235294	0.201984	0.229624	0.333097	0.562721	57.781295	0.002835	0	0.002835	0.038979	1.972984	0.459574
NV	0.236209	0.207921	0.227016	0.328854	0.55587	58.829365	0.003536	0.002829	0.008487	0.036775	1.976139	0.509554
NV	0.233216	0.201413	0.231095	0.334276	0.565371	57.53082	0.003534	0	0.002827	0.039576	1.972295	0.458599
NV	0.249178	0.199211	0.232742	0.318869	0.551611	57.046706	0.008547	0.00789	0.00526	0.034188	1.978535	0.590909
NV	0.25206	0.199176	0.233516	0.315247	0.548764	56.408822	0.012363	0.008242	0.005495	0.039148	1.979833	0.569072
NV	0.259285	0.210454	0.22077	0.305365	0.528315	57.84319	0.01238	0.002751	0.008253	0.023384	2.014546	0.487603
NV	0.254888	0.2042	0.23244	0.308472	0.540912	56.579668	0.002896	0.005793	0.01231	0.039102	1.983385	0.452174
NV	0.251493	0.20637	0.230259	0.303915	0.538051	58.090992	0.005309	0.005309	0.005309	0.019244	2.054425	0.556886
NV	0.22442	0.158254	0.269441	0.347885	0.617326	56.286746	0	0.002729	0.02251	0.072988	1.944404	0.497951
NV	0.21748	0.184282	0.249322	0.348916	0.598238	57.991297	0.008808	0.004065	0.00813	0.050136	1.957975	0.551935
NV	0.238874	0.178665	0.238874	0.342932	0.582187	56.582807	0	0	0.002618	0.034031	1.967209	0.602362
NV	0.272404	0.217639	0.217639	0.292319	0.509957	56.424313	0.014225	0.009957	0.002845	0.02276	1.987372	0.480769
NV	0.226818	0.192795	0.243496	0.336891	0.580387	55.817846	0.005337	0.002668	0.012008	0.024683	1.968393	0.41483
NV	0.263229	0.204885	0.223881	0.308005	0.531886	57.166961	0.00882	0.008141	0.006106	0.036635	1.982167	0.496945
NV	0.261194	0.211669	0.217775	0.309362	0.527137	56.275839	0.005427	0.002714	0.002714	0.027815	1.982588	0.469388
NV	0.263405	0.206434	0.219839	0.310322	0.530161	57.403464	0.006032	0.002681	0.002681	0.035523	1.981184	0.480885
NV	0.25	0.20389	0.238473	0.302594	0.543809	57.144531	0.002882	0.002882	0.008646	0.025216	2.021262	0.487013
NV	0.264385	0.225783	0.216315	0.293518	0.509832	55.69501	0.002913	0.011653	0.009468	0.021122	1.98906	0.428884

End of preview. Expand in Data Studio

Dataset Card for VirBiCla-training

VirBiCla is a ML-based viral DNA detector designed for long-read sequencing metagenomics.

This dataset is a support dataset for training the base ML model.

Dataset Details

Dataset Sources [optional]

Repository: GitHub repository for VirBiCla

Uses

This dataset is intended as support for training the base VirBiCla model

Dataset Structure

Dataset is a CSV file composed of 60.003 record sequences (coming from RefSeq 16S bacterial rRNA, 18S fungal rRNA, SSU eukaryotic rRNA and RefSeq viral genomes) evaluated on 13 features.

Features are: