Dataset Viewer
images
image | predictions
string | page_number
int64 | title
string | author
string | thesis_id
string | university
string | department
string | year
string | language
string | thesis_type
string | keyword_abd
null | abstract_tr
string | abstract_en
string | file_size_bytes
int64 | download_timestamp
string | url
string | download_success
bool | processor
int64 | text
string | processor_used
int64 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9623504877090454, "polygon": [[284, 771], [1437, 770], [1436, 221], [284, 221]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9186529517173767, "polygon": [[285, 2097], [1430, 2095], [1429, 1602], [284, 1604]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8654760718345642, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1413, 88], [1412, 138]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.7752341032028198, "polygon": [[1469, 1482], [1472, 769], [283, 765], [281, 1478]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7306008338928223, "polygon": [[1419, 1601], [1419, 1516], [310, 1515], [310, 1599]]}]
| 42
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
ile DSB'lerin onarımı, hedef bölgede indellerle sonuçlanır (140). Genom düzenleyici nükleazlar tarafından indüklenen indelleri tanımlamak için etkili yöntemler bulunmaktadır. İşleme sonrası PCR ürünlerinin analizine dayalı yöntemler arasında bulunan T7 Endonükleaz I (T7EI) Sindirim Testi ile Indel Tespiti bu çalışmada kullanılmıştır. T7E1 testi, CRISPR reaktiflerini doğrulamak için uygun maliyetli, teknik olarak basit ve yorumlanması kolay bir yöntemdir. Genom düzenleme sırasında, enzimler, DNA dizisindeki belirli yerlerde çift zincir kırıklarına neden olur, bu da nükleotitlerin eklenmesine (insersiyon) veya silinmesine (delesyon) yol açan hataya meyilli homolog olmayan uç birleştirme (NHEJ) ile sonuçlanır (Şekil 2.10.) (141).
[IMAGE]
[IMAGE] Gen düzenlemesi sonrası oluşan onarım mekanizmaları. Şekil BioRender aracılığıyla oluşturulmuştur.
Çift sarmallı DNA'daki uyumsuzlukları ve ekstrahelikal loop yapılarını tanıyan bir enzim olan T7 endonükleaz, hatalı zinciri kesmede rutin olarak kullanılır. Bu çalışmada, potansiyel olarak indel (ekleme-silme) mutasyonu içeren DNA dizileri ve aynı zamanda indel mutasyonu içermeyen, hedeflenen hücrelerden alınan yabanıl DNA, ilk olarak bölgeye özgü primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılır. PCR sırasında, bu sekanslar denatüre olarak bir hatalı eşleşme içeren heterodubleksler oluşturmaktadır (yabanıl tip DNA iplikçiği ve indel
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.946973443031311, "polygon": [[1438, 2140], [1438, 1550], [277, 1549], [277, 2140]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9350817203521729, "polygon": [[282, 662], [1451, 660], [1450, 224], [281, 226]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.9170523285865784, "polygon": [[1452, 1441], [1457, 702], [348, 694], [343, 1433]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8723600506782532, "polygon": [[1465, 136], [1466, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8418295979499817, "polygon": [[1393, 1540], [1393, 1451], [311, 1449], [311, 1539]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.2921048402786255, "polygon": [[1415, 929], [1415, 679], [1054, 679], [1054, 929]]}]
| 43
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
bir uyumsuzlukla sonuçlanır). Çoğaltılmış DNA daha sonra hatalı eşleşmeleri tanıyan ve hatalı eşleşmelerin upstream kısmından kesen T7 endonükleaz ile inkübe edilirken yabanıl tip çift sarmallı DNA bozulmadan (kesilmeden) kalmaktadır. Yabanıl tip DNA iplikleri ve ortaya çıkan fragmanlar (iki veya daha fazla) daha sonra elektroforez yoluyla bir agarozda jelde yürütülerek DNA bant yoğunluğunun görüntülenmesi ve ölçülmesiyle indel frekansı nicel olarak ölçülebilir hale gelmektedir (Şekil 2.11.) (141).
[IMAGE]
[IMAGE] Genomik DNA izolasyonu
[IMAGE] PCR
[IMAGE] T7
[IMAGE] mutasyon yok
[IMAGE] heterozigot mutasyon
[IMAGE] biallellik mutasyon
[IMAGE] homozigot mutasyon
Şekil 2.11. T7 endonükleaz kullanılarak genom düzenlemenin değerlendirilmesi. Şekil BioRender aracılığıyla oluşturulmuştur.
# 2.4. Transfeksiyon
1990'dan beri insanlar üzerindeki gen tedavisi girişimlerinde gen transfer yöntemleri kullanılmaktadır. Transfeksiyon, konakçı hücrenin genetik yapısını değiştirmek için yabancı nükleik asitlerin ökaryotik hücreye verildiği bir işlemdir (142, 143). Son 30 yılda, hücresel süreçleri ve hastalıkların moleküler mekanizmalarını incelemek için geniş uygulaması nedeniyle transfeksiyon artan bir popülerlik kazanmıştır (143, 144). Günümüzde yaşam bilimleri teknolojijDNA
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9358730316162109, "polygon": [[1475, 2119], [1494, 300], [288, 287], [268, 2106]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8948500752449036, "polygon": [[1468, 138], [1468, 89], [1414, 88], [1413, 137]]}]
| 44
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
transfekte edilmesine olanak tanır. Genel olarak transfeksiyon, stabil ve geçici transfeksiyon olmak üzere iki tipte sınıflandırılabilir (142, 145). Stabil transfeksiyon, yabancı DNA'yı konak nükleer genomuna entegre ederek veya ekstra kromozomal bir element olarak konakçı çekirdekte bir epizomal vektörü koruyarak bir transgenin uzun süreli ekspresyonunun sürdürülmesini ifade eder (146). Transgen daha sonra hücrelerin replikasyonu ile yapısal olarak eksprese edilebilir (142, 147). Buna karşılık, geçici transfeksiyon, nükleik asitlerin konakçı hücre genomuna entegre edilmesini gerektirmez (148).
Nükleik asitler, bir plazmit şeklinde veya oligonükleotitler halinde transfekte edilebilir. Bu nedenle, konakçı hücreler çoğaldıkça transgen ekspresyonu sonunda kaybolacaktır (149, 150). Geçici transfeksiyon genellikle belirli bir genin devrilme/düşürme etkilerini araştırmak için kısa süreli çalışmalarda uygulanır. Buna karşılık, stabil transfeksiyon, büyük ölçekli protein üretiminin gereklili olduğu uzun vadeli genetik ve farmakoloji çalışmalarında faydalıdır (150).
# 2.4.1. Fiziksel/mekanik Transfeksiyon
Viral tabanlı olmayan transfeksiyon yaklaşımı fiziksel/mekanik yöntem ve kimyasal yöntem olarak sınıflandırılabilir. Yaygın olarak kullanılan fiziksel/mekanik transfeksiyon yöntemi, elektroporasyon, sonoporasyon, manyet
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.941857635974884, "polygon": [[1497, 1998], [1504, 278], [267, 274], [260, 1993]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8548599481582642, "polygon": [[1464, 137], [1465, 88], [1412, 88], [1411, 136]]}]
| 45
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
materyallerin transferine yardımcı olmak için manyetik kuvvet kullanan mıknatıs destekli transfeksiyon veya manyetofection, düşük verimliliğine rağmen konakçı hücreye daha az zarar veriyor gibi görünmektedir. Gen mikroenjeksiyonu ise, istenen nükleik asitleri konakçı hücrenin çekirdeğine enjekte etmek için hücreyi delmek üzere özel bir iğnenin kullanılmasını içerir. Ancak bu teknik, hücre hasarını önlemek için prosedürü yüksek hassasiyetle gerçekleştirebilen ve dolayısıyla gen tedavisi gibi klinik uygulamalarda büyük değer taşıyan özel eğitimli personel veya robotik sistem gerektirir. Fiziksel veya mekanik transfeksiyon yöntemleriyle karşılaştırıldığında, kimyasal transfeksiyon, yabancı çekirdek asidinin konakçı hücrelere aktarılmasına yardımcı olmak için özel olarak tasarlanmış kimyasalların veya bileşiklerin kullanılmasını içerir (143, 158).
### 2.4.2. Kimyasal transfeksiyon
Kimyasal transfeksiyon, lipozom bazlı veya lipozom bazlı olmayan olarak kategorize edilebilir (142). Lipozomal bazlı transfeksiyon reaktifi, yabancı genetik materyallerin minimum dirençle girişine izin vermek için konak hücrenin fosfolipit çift tabakası ile sorunsuz bir şekilde birleşebilen pozitif yüklü lipitagregatlarının oluşumunu sağlayan bir kimyasaldır. Öte yandan, lipozomal olmayan transfeksiyon reaktifleri ayrıca kalsiyum fosfat, dendrimerler, polimerler, nanopartiküller ve lipozomal olmayan lipitler dahil olmak üzere birkaç sınıfa ayrılabilir (159).
Katyonik polimerler ayrıca, end
IMAGE
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.940048336982727, "polygon": [[1477, 2154], [1493, 291], [281, 280], [264, 2143]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.860116720199585, "polygon": [[1465, 136], [1465, 90], [1414, 90], [1414, 136]]}]
| 46
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
# 2.5. Bağışıklık (immün sistem), Tüberküloz ve Bacillus Calmette-Guérin (BCG) Aşısı
Bağışıklık, vücudun patojenlerin istilasını önleme yeteneğini ifade eder. Patojenler, bakteri ve virüsler gibi hastalığa neden olan yabancı maddelerdir ve insanlar her gün bunlara maruz kalmaktadır. Antijenler, patojenlerin yüzeyine bağlanır ve vücutta bir bağışıklık tepkisi uyarır (161). Bağışıklık sistemi iki bölümden oluşur: doğuştan gelen (genel) bağışıklık sistemi ve uyarlanabilir (adaptif) bağışıklık sistemi (Şekil 2.12.). Bu iki sistem birlikte çalışır ve farklı görevler üstlenir. Doğuştan gelen bağışıklık sistemi, vücuda giren mikroplara karşı vücudun ilk savunma hattıdır (162). Doğuştan gelen bağışıklık, fiziksel engeller (cilt, vücut kılı), savunma mekanizmaları (tükürük, mide asidi) ve genel bağışıklık tepkileri (iltihap) dahil olmak üzere genel bir korumadır. Tüm mikroplara ve yabancı maddelere aynı şekilde tepki verir, bu nedenle bazen "spesifik olmayan" bağışıklık sistemi olarak adlandırılır. Bağışıklık sistemi, vücudu ne tür bir antijenin istila ettiğini tam olarak bilmese de, herhangi bir patojene karşı savunmak için hızlı tepki verebilir (163). Örneğin küçük bir yaradan deriye giren bakterilerin birkaç saat içinde yerinde tespit edilip yok edilmess (IMAGE
addCriterion
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.940542459487915, "polygon": [[1474, 2106], [1495, 300], [289, 286], [268, 2093]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8864449858665466, "polygon": [[1467, 136], [1467, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}]
| 47
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Adaptif Bağışıklık Sistemi
hastalığı taklit ettiği ve aşılanmış bireyde hastalanmadan bir bağışıklık tepkisine neden olduğu aşılamadan meydana gelir (167).
Adaptif bağışıklık sisteminin mikroplla ilk temas ettiğiinde tepki vermesi birkaç gün sürebilir, ancak bir dahaki sefere vücut hemen tepki verebilir. İkinci enfeksiyon daha sonra hastalık etkisi yaratmaz veya hastalık hafif seyreder. Adaptif bağışıklık sistemini oluşturan yapılar; T lenfositleri, B lenfositleri ve antikorlardır. T lenfositleri (ayrıca T hücreleri olarak da adlandırılır) kemik iliğinde üretilir ve daha sonra kan dolaşımı yoluyla timusa taşınır ve burada olgunlaşır. Adlarındaki "T", "timus"tan gelir (168). T hücrelerinin üç ana görevi vardır: 1) Adaptif bağışıklık sistemini (T yardımcı hücreleri) başlatmak için diğer bağışıklık sistemi hücrelerini aktive etmek üzere kimyasal haberciler kullanırlar. 2) Virüsler veya tümörlü hücreler tarafından enfekte olmuş hücreleri tespit eder ve onları yok eder (sitotoksik T hücreleri). 3) Bazı T yardımcı hücreleri, enfeksiyon yenildikten sonra hafıza T hücreleri haline gelir. Hangi mikropların yenildiğini "hatırlayabilirler" ve daha sonra aynı enfeksiyon durumunda uyarlanmış bağışıklık sistemini hızla etkinleştirmeye hazır olurlar (169). T hücrelerinin yüzeylerinde, belirli bir anahtarın sigaçağı bir kilit gibi, mikroplara bağlanabilen algılama
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9394546151161194, "polygon": [[1468, 1208], [1477, 227], [307, 217], [299, 1198]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8814885020256042, "polygon": [[1467, 137], [1467, 90], [1413, 89], [1412, 136]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8527989387512207, "polygon": [[1400, 1851], [1401, 1220], [333, 1219], [333, 1851]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8408383131027222, "polygon": [[1306, 1964], [1306, 1872], [272, 1870], [272, 1963]]}]
| 48
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
ve ardından onlara bağlanabilir. Bu, "davetsiz misafirleri" etkisiz hale getirir ve yardım için diğer bağışıklık sistemi hücrelerini çeker. Antikor oluşumunu tetikleyebilen mikroplar ve diğer maddelere de "antijenler" denir (171). Bir antikor, bir antijene ancak tam olarak eşleşirse bağlanır. Antikorlar, adaptif bağışıklık sisteminden hızlı bir yanıt başlatmak için eşleşen mikropları bu şekilde algılar (171). Antikorların üç ana işlevi vardır: 1) Virüslerin veya bakterilerin hücre yüzeylerine doğrudan bağlanarak veya toksinlerine bağlanarak mikropları nötralize ederler. Bu, mikropların vücudun normal hücrelerine tutunmasını ve onları enfekte etmesini önler. 2) Yüzeylerine yapışarak diğer bağışıklık sistemi hücrelerini aktive ederler. Çöpçü hücreler de antikorlarla yüklü mikroplarla daha iyi savaşabilir. 3) Bağışıklık sistemi tepkisine yardımcı olan proteinleri aktive ederler. Adaptif bağışıklık sisteminin antikorları da doğuştan gelen bağışıklık sistemini destekler. Adaptif bağışıklık sisteminin çeşitli hücreleri ya doğrudan ya da sitokinler (küçük proteinler) gibi çözünür kimyasal haberciler aracılığıyla iletişim kurar. Bu kimyasal haberciler çoğunlukla proteinlerdir ve vücudaki farklı hücreler tarafından üretilirler (171). Antikorlar, kan dolaşımında dolaşan protein ve şeker bileşikleridir (171).
[IMAGE]
Doğuştan gelen bağışışıklık sistemi
Adaptif bağışıklık sistemi
Makrofaj
Nötrofil
Eozinofil
Dendritik hücre
Doğal
öldürücü
hücreler
Bazofil
B hücresi
T hücresi
[/IMAGE]
Şekil 2.12. Doğuştan gelen ve adaptif bağışıklık sistemine ait yapılar. Şekil BioRender tarafından oluşturulmuştur.
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9402459263801575, "polygon": [[1473, 2113], [1488, 293], [287, 283], [272, 2103]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8585059642791748, "polygon": [[1465, 137], [1465, 88], [1412, 88], [1412, 137]]}]
| 49
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Uzun bir süre, bağışıklık hafızası, adaptif bağışıklık sisteminin özel bir özelliği olarak kabul edilmiştir. Bununla birlikte, aşıların hedef enfeksiyonlarının ötesindeki etkilerini gösteren, giderek artan sayıda epidemiyolojik ve immünolojik çalışma birikmeye başlamıştır. Bu heterolog etkiler, antijene özgü adaptif immün belleğin uyarılmasıyla açıklanamaz. Aşının bu hedef dışı etkilerine dahil olan bir mekanizma, antijenlerin çoklu ve farklı ligandları tanıyabilen çapraz reaktif T hücrelerinin oluşumuna yol açtığı heterolog T hücre bağışıklığı ile temsil edilir (172). Doğustan gelen bağışıklık hücrelerinde, fiili bir doğustan gelen bağışıklık belleğiyle oluşan bu tür adaptif özellikler, spesifik değildir ve gelişmiş konak savunması ile sonuçlanır. Doğustan gelen bağışıklık hücrelerinin sonraki bir saldırıya karşı gelişmiş bağışıklık tepkileri gösterdiği süreç, eğitimli bağışıklık olarak adlandırılmaktadır (173, 174). Eğitimli bağışıklık, birincil bir uyaranla karşılaştıktan sonra doğustan gelen bağışıklık hücrelerinin uzun vadeli işlevsel yeniden programlanmasıdır ve bu ikincil bir zorlanmaya karşı artırılmış bir yanıtla sonuçlanır. Eğitimli bağışıklığın uyarılması birçok hücre tipinde gözlenmiştir ayrıca kapsamlı metabolik ve epigenetik yeniden şekillenme aracılık eder (175). Eğitimli bağışıklığın uyarılmasıyla ilişkili fonksiyonel değişikliklerin en az bir yıl sürdüğü gösterilmiştir; öte yandan, epidemiyolooljik çalışmalar, aşılamanın neden olduğu spesifik olmayan koruma durumunda 5 yıla kadar uzun vadeli etkiler göstermiştir (175, 176). Eğitimli bağışıklığın uyarılması, hem monositler, makrofajlar, dendritik hücreler ve nötrofiller gibi mononükleer miyeloid hücrelerde hem de doğal öldürücü (NK) gibi lenfoid hücrelerde gösterilmiştir (177-180).
## Tüberküloz ve BCG aşısı
Bulaşıcı bir hastalık ve dünya çapında önde gelen ölüm nedeni olan tüberküloz, son 25 yıldır küresel bir halk sağlığı acil durumu olarak kabul edilmektedir. Tüberküloza yönelik halk sağlığı yaklaşımları on milyonlarca hayatı kurtarmış olsa da tüberkülozu kontrol etmek için mütevazı bir ilerleme kaydedilmiştir. İlacı dirençli tüberküloz türleri, şu anda dünyanın en ölümcül patojenleri olma yolundadır ve antimikrobiyal direnç nedeniyle ölümlerin dörtte birinden sorumludur. Tüberkülozun epidemiyolojisi, risk faktörleri ve patofizyolojisine ilişkin çok sayıda ilerleme kaydedilmiştir (Şekil 2.13.) (181). Bunun bir sonucu olarak tüberküloz enfeksiyonu ve
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9404199719429016, "polygon": [[1477, 2111], [1493, 297], [285, 286], [269, 2101]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.880521833896637, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1412, 88], [1412, 138]]}]
| 50
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tüberküloz ve Yeni Tedaviler
hastalığının tüm biçimleri için yeni teşhis ve tedaviler ufukta belirmektedir. Tüberküloz, dünya çapında önemli morbidite ve mortaliteye neden olmaya devam etmektedir. DSÖ'ye (Dünya Sağlık Örgütü) göre, 2017'de tahminen 10 milyon insan yeni tüberküloz hastası olmuştur. Bu bireylerin 8,7 milyonu (%87) hastalık yükünün yüksek olduğu 30 ülkede bulunmaktadır. Bu 10 milyon kişiden sadece 6.4 milyonu teşhis edilmiş ve resmi olarak bildirilmiştir (182). Her yıl 1.3 milyon insanın tüberkülozdan öldüğü tahmin edilmektedir. Tüberküloz bir yoksulluk hastalığıdır. Coğu yüksek gelirli ülkenin tüberküloz insidansını yılda 100.000 nüfustan daha az olarak tahmin etmesine rağmen, yüksek tüberküloz yükü olan 30 ülkede (ağırlıklı olarak düşük gelirli ve orta gelirli ülkelerdir) tahmini toplu tüberküloz insidansı 100'de 183'tür (183). TB için Küresel Hastalık, Yaralanma ve Risk Faktörleri yükü verileri (1990–2016), insidanstaki mevcut eğilimler devam ederse, çok az ülkenin BM (Birleşmiş Milletler) Sürdürülebilir Kalkınma Hedefleri'nin 2030 yılına kadar salgını sona erdirme hedefini karşılamasının muhtemel olduğunu göstermektedir (182, 184,
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9227241277694702, "polygon": [[281, 2109], [1433, 2108], [1433, 1690], [281, 1691]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9201172590255737, "polygon": [[1489, 1011], [1490, 216], [293, 215], [292, 1009]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8942891955375671, "polygon": [[1412, 1644], [1417, 1022], [384, 1013], [379, 1635]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8761211633682251, "polygon": [[1466, 137], [1467, 88], [1412, 88], [1412, 137]]}]
| 51
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
risk faktörlerini nasıl açıklayabileceğine ve sosyoekonomik risk faktörleri üzerinde de önemli çalışmalar yapılmıştır. Sosyoekonomik düzeyi düşük nüfuslardan gelen kişilerin tüberküloz hastalığına yakalanma riskinin yüksek olduğu bilinmektedir (192) TB yükünün düşük olduğu ülkelerde, genel yaşam koşullarındaki iyileşmenin bir sonucu olarak TB morbidite ve mortalitesinde önemli düşüşler meydana geldiği bilinmektedir (193). Peru'nun gecekondu mahallelerinde yapılan bir çalışmada, iç mekan hava kirliliği, oda başına az sayıda pencere bulunan bir evde yaşama ve hane halkının sosyoekonomik konumu dahil olmak üzere bazı değiştirilebilir sosyoekonomik risk faktörlerinin TB enfeksiyonu ve hastalığının güçlü belirleyicileri olabileceğini ortaya koymuştur (194). Ayrıca, bir kez TB geçirmiş kişilerde tekrar TB gelişme riski yüksektir, bu da yoksulluk ve TB kısır döngüsünü daha da kötüleştirir. TB enfeksiyonunun anlaşılması geliştirme için kontrollü bir insan enfeksiyon modeli, bu alanda karşılanmamış bir ihtiyaçtır (Şekil 2.13.) (195).
[TOC]
[TABLE]
| Enfeksiyon ortadan kalkar | gizli tüberküloz enfeksiyonu | subklinik tüberküloz hastalığı | aktif tüberküloz hastalığı |
| --- | --- | --- | --- |
| akciğer | edinilmiş bağışıklık tepkisi | Mycobacterium tuberculosis | |
| kalp | doğuştan gelen bağışıklık tepkisi | ya da | |
| | | | |
| TST | NEGATİF | POSİTİF | POSİTİF | POSİTİF | GENELLİKLE POSİTİF |
| IGRA | NEGATİF | POSİTİF | POSİTİF | POSİTİF | GENELLİKLE POSİTİF |
| KÜLTÜR | NEGATİF | NEGATİF | POSİTİF | ARALIKLI POSİTİF | POSİTİF |
| BALGAM YAYMASI | NEGATİF | NEGATİF | POSİTİF | GENELLİKLE NEGATİF | POSİTİF/NEGATİF |
| BULAŞICI | YOK | YOK | YOK | ARA SİRA | VAR |
| BELİRTİLER | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | HAFİF VEYA GÖRÜLMEZ | HAFİF VEYA ŞİDDETLİ |
| TEDAVİ | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | ÖNLEYİCİ TERAPİ | ÇOKLU İLAÇ TERAPİSİ | ÇOKLU İLAÇ TERAPİSİ |
[/TABLE]
Şekil 2.13. Tüberküloz enfeksiyonu ve hastalığının spektrumu (196). IGRA=interferon-γ salınım testi. TST=tüberkülin cilt testi.
Bacillus Calmette-Guérin (BCG) aşısı, tüberkülozu (TB) önlemek için 1921'den beri kullanılmaktadır ve dünyanın en yaygın kullanılan aşısı olarak kabul edilmektedir. Bu aşı, TB akciğer hastalığının ilerlemesini azaltmak için önemli bir profilaktik önlemidir. BCG çoğu durumda yaşamın ilk günlerinde uygulanmakta ve
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9402285218238831, "polygon": [[1475, 2113], [1494, 307], [285, 294], [266, 2100]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8663772940635681, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1412, 88], [1411, 138]]}]
| 52
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
neonatal TB ölümlerinde azalmaya yol açmaktadır (197). Robert Koch tarafından 1882'de keşfedilen M. tuberculosis (Mtb), diğer insan patojenlerine kıyasla daha fazla ölümden sorumludur (198, 199). BCG, dört milyardan fazla dozla TB'ye karşı şu anda mevcut olan tek ve en yaygın uygulanan aşıdır. BCG bağışıklama kapsamı ise tahmini olarak %85 'dir (200). BCG'nin etkinliği ise değişken olup, bebeklerde yaygın TB'nın şiddetli formları ile enfeksiyondan korusa da, en yaygın form olan akciğer tüberkülozuna karşı koruma sağlamaz (201). Koruyucu tepkisini artırmak için, rekombinant canlı aşıların yanı sıra alt birim aşılar (viral vektörlü veya adjuvanlanmış rekombinant proteinlere dayalı) dahil olmak üzere çeşitli alternatif aşı adayları geliştirilmektedir (202). Şu anda her yıl 140 milyon bebeğe BCG aşısı yapılmaktadır (203). Piyasaya sürülmesinden yüz yıl sonra, canlı atenüe BCG aşısı halen kullanımda olan en eski aşıdır ve BCG aşısının spesifik olmayan immünolojik etkisi, eğitimli bağışıklığın iyi tanımlanmış bir örneğidir. Bu immün yanıt, epigenetik sinyallemeyi içerir ve temel olarak monositler/makrofajlar ve doğal öldürücü (NK) hücreler aracılık eder (Şekil 2.14) (204). BCG aşılaması yoluyla indüklenen adaptif bağışıklık tepkisi, makroff
```
addCriterion
```markdown
neonatal TB ölümlerinde azalmaya yol açmaktadır (197). Robert Koch tarafından 1882'de keşfedilen M. tuberculosis (Mtb), diğer insan patojenlerine kıyasla daha fazla ölümden sorumludur (198, 199). BCG, dört milyardan fazla dozla TB'ye karşı şu anda mevcut olan tek ve en yaygın uygulanan aşıdır. BCG bağışıklama kapsamı ise tahmini olarak %85 'dir (200). BCG'nin etkinliği ise değişken olup, bebeklerde yaygın TB'nın şiddetli formları ile enfeksiyondan korusa da, en yaygın form olan akciğer tüberkülozuna karşı koruma sağlamaz (201). Koruyucu tepkisini artırmak için, rekombinant canlı aşıların yanı sıra alt birim aşılar (viral vektörlü veya adjuvanlanmış rekombinant proteinlere dayalı) dahil olmak üzere çeşitli alternatif aşı adayları geliştirilmektedir (202). Şu anda her yıl 140 milyon bebeğe BCG aşısı yapılmaktadır (203). Piyasaya sürülmesinden yüz yıl sonra, canlı atenüe BCG aşısı halen kullanımda olan en eski aşıdır ve BCG aşısının spesifik olmayan immünolojik etkisi, eğitimli bağışıklığın iyi tanımlanmış bir örneğidir. Bu immün yanıt, epigenetik sinyallemeyi içerir ve temel olarak monositler/makrofajlar ve doğal öldürücü (NK) hücreler aracılık eder (Şekil 2.14) (204). BCG aşılaması yoluyla indüklenen adaptif bağışıklık tepkisi, makrofajlar tarafından sergilenen anti mikobakteriyel aktiviteyi artıran, CD4+ ve CD8+ T hücreleri aktivasyonunu ve yüksek seviyelerde interferon gamma (IFN-γ) içerir. IFN-γ ayrıca B hücrelerinin aktivasyonuna ve plazma hücreleri tarafından antijene özgü antikorların üretilmesine de katkıda bulunur. BCG aşılaması, bağışıklık hazırlayan uzun kodlayıcı ribonükleik asit (RNA) ve artan haberci RNA (mRNA) ekspresyonunun yukarı regülasyonuna yol açar ve BCG tarafından eğitilmiş makrofajlar tarafından artan sitokin üretimi, yüksek seviyelerde tümör nekroz faktörü alfa (TNF-α) ile sonuçlanır. Bu yanıtların süresi belirsizdir ancak bir yıl veya daha uzun sürebilir. Biriken veriler, hedef dışı bağışıklığı indüklemede BCG aşısının rolüne dair mekanik bir anlayış sağlar (205-209). 1920'lerde kullanıma sunulmasından hemen sonra BCG aşısının TB üzerindeki etkisinden bağımsız olarak bebek ölümlerini azalttığı bilinmektedir. BCG aşısının viral enfeksiyonlara karşı hedeflenmemiş koruyucu etkilere sahip olabileceği de düşünülmektedir. Bunlar arasında RSV'nin (Respiratuar Sinsiyal Virüs) neden olduğu akut alt solunum yolu enfeksiyonları da yer almaktadır. Yapılan bazı çalışmalar BCG aşılaması ile solunum yolu enfeksiyonlarında neredeyse üç kat azalma olduğunu bildirmiştir (210). Enfeksiyonlara karşı profilaktik koruma sağlamanın yanı sıra, BCG'nin virüs aracılı
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9755310416221619, "polygon": [[1473, 1511], [1483, 225], [290, 215], [280, 1501]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8824232816696167, "polygon": [[1466, 137], [1466, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}]
| 53
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
klinik durumlarda spesifik olmayan immünoterapi olarak da etkili olduğu gösterilmiştir. Bu etkilerin bilinen bir örneği, HPV'nin (İnsan Papilloma Virüs) neden olduğu kutanöz ve genital siğillere karşı BCG'nin olumlu etkisidir. Ayrıca BCG, viral enfeksiyonlara yönelik aşılara verilen yanıtı da iyileştirebilir. 40 sağlıklı gönüllü üzerinde yapılan randomize kontrollü bir çalışma, influenza aşılamasından önce BCG aşısının 2009 pandemik H1N1 (İnfluenza A) aşı suşuna karşı antikor titresini arttırdığını göstermiştir (211). Ayrıca, BCG HBV aşısı (Hepatit B Aşısı) gibi diğer aşılara yanıt verme üzerindeki etkisine yönelik etkiler gözlenmiştir (212, 213). On yıldan daha kısa bir süre öncesine kadar sadece B ve T lenfositlerinin hafıza tepkileri oluşturabildiği düşünülüyor. Bununla birlikte, son zamanlarda yapılan çok sayıda çalışma, doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinin fonksiyonel programının, belirli enfeksiyonlar veya aşılar üzerine değiştirildiğini ve bunun, hücreler ikincil bir uyarana karşılaştırında artan bir bağışıklık tepkisi ile sonuçlandığını göstermiştir. Doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinde spesifik olmayan bir hafızanın uyarılmasına 'eğitimli bağışıklık' adı verilmektedir (214). Kanıtlar, BCG'nin spesifik olmayan etkilerini indüklediği anahtar mekanizmanın, muhtemelen T hücresi ve B hücresres
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9298189282417297, "polygon": [[305, 2127], [1453, 2122], [1448, 1009], [300, 1015]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.889689564704895, "polygon": [[1440, 1019], [1446, 219], [312, 210], [306, 1011]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8806725740432739, "polygon": [[1466, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 136]]}]
| 54
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Sekil 2.14. BCG aşısı intrakutan olarak enjekte edildikten sonra monositler, makrofajlar ve DC'ler (dendritik cell) aşı yerinde BCG'yi tanır ve güçlü bir bağışıklık tepkisi oluşturur. BCG, DC'ler veya makrofajlar tarafından tanınır ve içselleştirilir. BCG'nin hücre duvarı veya diğer bileşenleri, farklı ligandlara bağlanan, uyarılmış hücrelerin kostimülatör moleküllerini yukarı regüle eden ve TB'ye karşı doğuştan gelen bağışıklık tepkisini aktive eden PRR'ler (Model tanıma reseptörleri) olarak işlev görür. Aktive edilmiş DC hücreleri, mikobakteriyel spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini bir Th1 profili ile aktive etmek için lenf düğümlerine göç eder ve ardından IFN-gama ve granzim gibi yüksek seviyelerde sitokinlerin salgılanmasını indükler. Aynı zamanda BCG antijenlerine yanıt veren B hücreleri, hafıza hücrelerinin, plazma hücrelerinin ve antijene özgü antikorların üretimine yol açar (218). Şekil BioRender kullanılarak oluşturulmuştur.
Bu tez çalışması kapsamında öncelikle insanda tanımlanan TIMELESS proteini karakterize edilerek fizikokimyasal özellikleri, tahmini hücre altı lokalizasyonu ve 3D protein yapısı belirlenmiş ve diğer sirkadiyen genlerle olan evrimsel ilişkisi filogenetik anallizlerle tanımlanmıştır. Sirkadiyen genler ve bağışıklık arasındaki ilişkide TIMELESS'in rolünü araştırmak için hedef miRNA'lar in silico yollarlaay
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9326282739639282, "polygon": [[301, 588], [1470, 587], [1470, 213], [300, 213]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8763675689697266, "polygon": [[1463, 135], [1464, 90], [1414, 89], [1413, 134]]}]
| 55
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[EMPTY]
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9585729241371155, "polygon": [[1479, 1758], [1480, 384], [287, 383], [286, 1758]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.820886492729187, "polygon": [[1135, 378], [1135, 323], [394, 322], [394, 377]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.7581287622451782, "polygon": [[1469, 138], [1469, 88], [1410, 88], [1410, 138]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.4130343198776245, "polygon": [[1081, 286], [1081, 221], [676, 221], [676, 285]]}]
| 56
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# 3. GEREÇ ve YÖNTEM
## 3.1. Kimyasal Malzemeler ve Biyolojik Materyaller
| Dulbecco's modification of Eagle's medium (DMEM) | Biochrom AG, Almanya |
|------------------------------------------------|---------------------|
| Penisilin/Streptomisin | Sigma, İsrail |
| SYBR Green Gerçek zamanlı PCR kiti | ThermoFisher, ABD |
| Tripan mavisi | Sigma, ABD |
| Tripsin-EDTA | Sigma, Almanya |
| NEAA (Non-Essential Amino Acid) | ThermoFisher, ABD |
| HEPES (N-(2-Hydroxyethyl) piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid) | ThermoFisher, ABD |
| Pyruvate (Pirüvik asit), | ThermoFisher, ABD |
| L-glutamine | ThermoFisher, ABD |
| Fetal sıvı serumu | Sigma, Almanya |
| İnsan embriyonik böbrek hücre hattı (HEK293) | Amerikan Tipi Kültür Koleksiyonu (ATCC), ABD |
| T4 Ligasyon Bufferi | New England Biolabs, ABD |
| T4 Polinükleotit Kinaz | New England Biolabs, ABD |
| pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) | Addgene, ABD |
| Reaksiyon Bufferi (NEB) | New England Biolabs, ABD |
| Q5 Polimeraz (NEB) | New England Biolabs, ABD |
| 5x iScript Reaksiyon Karişımı | Biorad, ABD |
| iScript Ters Transkriptaz | Biorad, ABD |
| Calf Intestinal Alkaline Phosphat ( | Biorad, ABD |
| Tissue DNA Mini Kit | FavorPrep™, Tayvan |
| Tissue RNA Mini Kit | FavorPrep™, Tayvan |
| iTaq™ Universal SYBR® Green Supermix (2x) | Biorad, ABD |
| Genomic DNA Extraction Mini Kiti | FavorPrep™ |
| Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix | New England Biolabs, ABD |
| T7 Endonükleaz I (M0302) | Biorad, ABD |
| RT2 Profiler PCR Arrays (RT² Profiler™ PCR Array Human Innate & Adaptive Immune Responses) | Qiagen, Almanya |
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.957953929901123, "polygon": [[1506, 2011], [1509, 262], [258, 260], [255, 2009]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8701818585395813, "polygon": [[1466, 136], [1466, 90], [1413, 89], [1413, 136]]}]
| 57
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# 3.2. TIMELESS Proteininin in silico Yollarla Karakterize Edilmesi, Tahmini Hücre Altı Lokalizasyonunun Belirlenmesi, 3D Protein Yapısı ve Evrimsel İlişkileri
NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) veritabanı kullanılarak TIMELESS peptid ve CDS sekansları indirilmiştir. TIMELESS proteinlerine ait fizikokimyasal özellikler ExPASy ProtParam (https://web.expasy.org/protparam/) kullanılarak elde edilmiştir (219). Tahmini hücre altı lokalizasyonları WoLF PSORT: Protein Subcellular Localization Prediction Tool (https://www.genscript.com/wolf-psort.html) kullanılarak belirlenmiştir. TIMELESS proteininin 3D yapısı AlphaFold Protein Structure Database (https://alphafold.ebi.ac.uk/) kullanılarak belirlenmiştir (220). MEGA11 programı kullanılarak Maximum likelihood (ML) metodu (bootstrap değeri=1000) ile filogenetik ağaç oluşturulmuştur (221). Multiple EM for Motif Elicitation (MEME 4.11.1; https://meme-suite.org/) çevrimiçi aracı kullanılarak sirkadiyen genlere ait protein yapıları analiz edilmiştir (222).
## 3.3. TIMELESS'e Özgü miRNA Hedeflerinin Tahmini
miRDB (https://mirdb.org/) çevrimiçi aracı kullanılarak TIMELESS genine özgü hangi miRNA'ların hedeflendiği analiz edilmiştir (223). Daha sonra Cytoscape 3.9.1 (https://cytoscape.org/download.html) yazılımı kullanılarak elde edilen veriler sonucunda ilişki ağı görselleştirilmiştir (224).
### 3.4. TIMELESS'a '
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9360685348510742, "polygon": [[317, 2002], [1472, 2002], [1471, 1686], [317, 1687]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.837253212928772, "polygon": [[272, 1676], [1437, 1674], [1437, 1263], [271, 1265]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8115494251251221, "polygon": [[1468, 137], [1468, 89], [1413, 89], [1413, 137]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8115041255950928, "polygon": [[1295, 1066], [1310, 261], [464, 245], [449, 1050]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7502446174621582, "polygon": [[1377, 1172], [1378, 1111], [424, 1108], [423, 1169]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6358707547187805, "polygon": [[238, 1275], [1381, 1275], [1381, 1185], [238, 1185]]}]
| 59
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Şekil 3.1. pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plazmitine ait harita
## Tablo 3.3. pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plasmitinin BbsI Enzimi ile Kesilmesi ve Defosforilasyonu
| Reaksiyon bileşenleri: |
| --- |
| 1ug pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) |
| 1 ul BbsI-HF (NEB#R3539S) enzimi |
| 5 ul Cutsmart Buffer |
| X ul ddH<sub>2</sub>O |
| Toplam 50 ul |
Reaksiyon karışımı 37<sup>0</sup>C de 1,5 saat boyunca inkübe edilmiştir. İnkübasyon bitiminde, 1 ul Calf Intestinal Alkaline Phosphatase (Quick CIP) (NEB#M0525S) eklenmiş ve 37<sup>0</sup>C de 20 dakika daha inkübe edilmiştir. Daha sonra, BbsI ile kesilmiş ve CIP ile defosforile edilmiş pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) vektörü jelde yürütülmüş ve sonraki aşamalarda kullanılmak üzere jelden izole edilmiştir.
```
| 2
|
|
[{"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8722881078720093, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1415, 89], [1415, 136]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.861291229724884, "polygon": [[1484, 1743], [1486, 1026], [300, 1024], [299, 1740]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.8344341516494751, "polygon": [[1432, 1000], [1433, 624], [284, 621], [283, 997]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.8176994919776917, "polygon": [[1437, 494], [1437, 220], [309, 219], [309, 493]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6637998223304749, "polygon": [[319, 603], [1416, 602], [1416, 530], [319, 530]]}]
| 60
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# 3.4.4. Hibridize Edilmiş Oligoların pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) Plasmidi ile Ligasyonu ve Transformasyonu
Ayrı ayrı hibridize edilmiş gRNA1 ve gRNA2 ile ayrı ayrı reaksiyon kurulmuştur (Tablo 3.4.).
## Tablo 3.4. Hibridize edilmiş oligoların pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plasmidi ile ligasyonu ve transformasyonu
| Reaksiyon bileşenleri: |
| --- |
| 100ng/ul kesilmiş pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plasmid |
| 1ul T4 Ligasyon Bufferı(NEB) |
| 1ul T4 DNA Ligaz (NEB#0202S) |
| X ul ddH₂O |
| Toplam 10 ul |
1ul hibridize olmuş ve fosforile edilmiş oligolar(gRNA)(1:200) (gRNA1 ve gRNA2 için ayrı ayrı kuruldu)
Reaksiyon karışımı 25°C de 1 saat boyunca inkübe edilmiş ve gRNA1 ve gRNA2 için hazırlanan ligasyon ürünleri ayrı ayrı E.coli DH5α'ya transforme edilmiştir.
## 3.4.5. gRNA'nın Vektör İçine İnsersiyonunun Kontrolü
Transformasyondan sonra seçilen ve kültürü yapılan kolonilerden plazmit izole edildikten sonra, hU6 forward primeri ve gRNA1- gRNA2 antisense oligosu kullanılarak ~260bp lik bir alan standart PCR ile çoğaltılmış ve gRNA1 ve gRNA2 dizisinin plazmit içindeki varlığı PCR ürününün jelde yürütülmesi ile test edilmiştir (Tablo 3.5)
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9479222893714905, "polygon": [[1475, 1025], [1477, 284], [311, 281], [309, 1021]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9395819306373596, "polygon": [[1437, 1667], [1437, 1077], [282, 1076], [282, 1666]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8163925409317017, "polygon": [[1467, 136], [1467, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.803036093711853, "polygon": [[1081, 277], [1081, 225], [323, 225], [323, 276]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7085153460502625, "polygon": [[425, 1080], [1155, 1078], [1155, 1025], [425, 1027]]}]
| 61
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.5. gRNA'nın vektör içine insersiyonunun kontrolü
| Reaksiyon bileşenleri: |
| --- | --- |
| 5ul | 5X Q5 PCR Reaksiyon Bufferı (NEB) |
| 0,5ul | dNTPs 10 mM |
| 1,25ul | 10 uM hU6 Forward Primerı (evrensel primer) |
| 1,25ul | 10 uM gRNA1 / gRNA2 Reverse Primerı |
| 1ul | Plazmit (~100ng/ul) |
| 0,25ul | Q5 Polimeraz (NEB) |
| 15,75ul | ddH₂O |
| Toplam 25ul | |
| PCR koşulları: | |
| Denatürasyon | 98°C 30 saniye. (1 tur) |
| (35 döngü) | 98°C 10 saniye |
| | 60°C 20 saniye |
| | 72°C 20 saniye |
| DNA Sentezi | 72°C 10 dakika. (1 tur) |
| | +4°C ∞ |
# 3.5. Hücre Kültürü ve Gen Ekspresyonunun Kontrolü
Hem temel hem de uygulamalı çalışmalarda yaygın olarak kullanılan HEK293 (İnsan embriyonik böbrek) hücreleri bu çalışma için seçilmiştir ve Amerikan Tipi Kültür Koleksiyonu (ATCC), ABD'den temin edilmiştir. %10 glikozlu DMEM'e %10 FBS (Fetal Bovine Serum), %1 Penicillin-Streptomycin, %1 NEAA (Non-Essential Amino Acid), %1 HEPES (N-(2-Hydroxyethyl) piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid)), %1 pyruvate (Pirüvik asit), %1 L-glutamine eklenerek 37 C'de inkübe edilmiştir. Hücreler pasajlanırken (Trypsin-EDTA (0.25%)) kullanılmıştır (Şekil 3.2.) In silico olarak TIMELESS geninin HEK293 hücre hattında ifade edildiği belirlenmiştir (https://maayanlab.cloud/Harmonizome/).
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.95064777135849, "polygon": [[1462, 2096], [1479, 1069], [292, 1050], [275, 2077]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.9288867115974426, "polygon": [[1417, 916], [1419, 224], [312, 221], [310, 913]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8298740983009338, "polygon": [[1469, 138], [1469, 88], [1411, 88], [1411, 138]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6773216724395752, "polygon": [[1383, 1025], [1383, 923], [311, 923], [311, 1025]]}]
| 62
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# HEK293 Hücre Hattının Yetiştirilmesi
[Şekil 3.2. HEK293 hücre hattının yetiştirilmesi (Şekil BioRender kullanılarak oluşturulmuştur).](#sekil-3-2-hek293-hücre-hattının-yetiştirilmesi-şekil-biorender-kullanılarak-oluşturulmuştur)
Daha sonra genin ifadesini deneysel anlamda doğrulamak üzere HEK293 hücre hattından RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapılarak uygun primerler tasarlanmış ve gen ifadesi kesin olarak kontrol edilmiştir. FavorPrep™ Tissue RNA Mini Kit kullanılarak üreticinin protokolüne uygun bir şekilde RNA elde edilmiştir;
Hücreler 1~5 ×10⁶ arasında sayılara 4 °C'de 5 dakika boyunca 300 x g'de santrifüjlenerek toplandı. Süpernatantı atıldı.
Hücre peletine 350 µl FARB Tamponu ve 3,5 µl β Merkaptoetanol eklenerek kuvvetlice vortekslendi.
Toplama Tüpüne bir Filtre Kolonu yerleştirilerek ve numune karışımı Filtre Kolonuna aktarıldı ve 2 dakika boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi.
Süpernatant Toplama Tüpünden yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarıldı ve süpernatantın hacmini ölçüldü. Ardından hacme göre %70 RNaz içermeyen etanol ekleni ve vortekslenerek iyice karıştırıldı.
FARB Mini Kolon Toplama Tüpüne yerleştirildi ve etanol eklenmiş numune karışımı FARB Mini Kolona 500 µl Yıkama Tamponu ekleni. 30 saniye boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi. Akışı atıldı ve FARB Mini Kolonu Toplama Tüpüne tekrar takıldı.
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9523334503173828, "polygon": [[1472, 1312], [1473, 230], [276, 229], [275, 1311]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.9160740971565247, "polygon": [[1441, 1709], [1441, 1415], [286, 1415], [285, 1708]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.854170024394989, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7687827348709106, "polygon": [[1319, 1400], [1319, 1351], [297, 1349], [297, 1399]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6728395223617554, "polygon": [[1486, 1915], [1487, 1745], [353, 1743], [353, 1913]]}]
| 63
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
FARB Mini Kolona 750 μl Yıkama Tamponu 2 eklendi. 30 saniye boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi. Akışı atıldı ve FARB Mini Kolonu Toplama Tüpüne tekrar takıldı ve bu işlem yinelendi.
Tüpler 3 dakika boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi. Akışı atıldı ve FARB Mini Kolonu Toplama Tüpüne geri takıldı. FARB Mini Kolonu bir Elüsyon Tüpüne yerleştirildi.
FARB Mini Kolonunun membran merkezine 30 ~ 50 μl RNaz içermeyen ddH2O eklendi. 1 dakika boyunca sıcaklıklığında bekletildikten sonra tüpler 18.000 x g'de 30 saniye santrifüjlendi.
Elde edilen RNA'yı -80 °C'de saklanabilir hale getirildi. Saflık ve miktarları nanodrop ile ölçüldü ve ardından çalışma boyunca elde edilen RNA ve kontrolünü sağlamak üzere %1'lik agaroz jelde yürütüldü.
Jel için; Tris-asetik asit-EDTA (TAE) tamponuna, 4 μl EtBr jel boyası eklenerek elektroforez tankına döküldü. Örnekler 4 μl RNA örneği, 2 μl DNA jel yükleme boyası (DNA Loading Dye) ile karıştırılarak jele yüklenmiş ve 120 voltta 40 dakika yürütüldü. UV-Jel görüntüüsü sistemi ile görüntüler elde edildi. Ardından gen ifadesini ölçmek üzere tek iplikli RNA cDNA'ya dönüştürülmüştür (Tablo 333EMPTY) cDNA eldesi için BIO-RAD iScript™ cDNA Synthesis Kiti kullanılmıştır
**Tablo 3.6.** cDNA sentezi için kullanılan bileşenler ve reaksiyon koşulları
| Bileşenler | Hacim | Döngü | Süre | Sıcaklık |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| 5x iScript Reaksiyon Karışımı | 4 | Hazırlık | 25°C | 5 |
| iScript Ters Transkriptaz | 1 | Ters Transkripsiyon | 46°C | 20 |
| Nükleaz olmayan su | 12 | RT inaktivasyon | 95°C | 1 |
| RNA | 3 | Opsiyonel | 4 °C | sınırsız |
Ardından OligoAnalyzer™ Tool (https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer) kullanılarak qRT-PCR yapılmış gen ifadesi kontrol edilmiştir ve 40 döngülük qRT-PCR reaksiyonu gerçekleştirilmiştir (Tablo 3.7.).
```
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.956631064414978, "polygon": [[314, 1409], [1450, 1402], [1444, 302], [307, 309]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9322207570075989, "polygon": [[1460, 2093], [1464, 1414], [302, 1408], [299, 2087]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8590360283851624, "polygon": [[1397, 310], [1397, 224], [312, 223], [312, 309]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8586227893829346, "polygon": [[1469, 137], [1469, 89], [1414, 88], [1413, 137]]}]
| 64
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.7. TIMELESS'a özgü primer çiftleri ve gen ifadesinin ölçülmesine dair reaksiyon bileşenleri/koşulları
| TIMELESS'a özgü tasarlanan primer çiftleri |
| --- | --- |
| TIM Forward | CAACCAGAGGAAGGAACAGAAG |
| TIM Reverse | TGTGCTCGGTGGCTCTCTTTAC |
## qRT-PCR bileşenleri
| Bileşenler | Hacim miktarları |
| --- | --- |
| iTaq™ Universal SYBR® Green Supermix (2x) | 5 µl |
| İleri Primer (10 µM) | 0.5 µl |
| Geri Primer (10 µM) | 0.5 µl |
| cDNA | 1 µl |
| Nükleaz olmayan su | 3 µl |
| Toplam Reaksiyon Hacmi | 10 µl |
## qRT-PCR reaksiyon koşulları
| Döngü | °C | Süre (s) |
| --- | --- | --- |
| Ön denatürasyon | 95 °C | 30 |
| Denatürasyon | 95 °C | 15 |
| Bağlama/Uzama | 60 °C | 30 |
| Melting Curve Analysis | 60 °C → 95 °C | |
# 3.6. Hücre hattına gRNA1 ve gRNA2 içeren Plazmitlerin Transfeksiyonu
Amaxa 4D-Nucleofetor Protokolüne uygun olarak gerçekleştirilen transfeksiyon süspansiyonu hazırlanmıştır. Bunun için V4XC-2024 kiti kullanılmıştır. Hücreler protokole uygun bir biçimde 1x10⁶ sayılara 90g'de 10 dk oda sıcaklığında santrifüjlenmiştir.
| 2
|
|
[{"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8498027920722961, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.8409379720687866, "polygon": [[1499, 1885], [1510, 263], [254, 255], [243, 1877]]}, {"class": "Kaynakça", "confidence": 0.40023940801620483, "polygon": [[1493, 1941], [1515, 299], [275, 282], [253, 1925]]}]
| 65
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# 3.7. T7 Endonükleaz Testi
gCntrl ve gRNA1/2 transfekte edilmiş hücreler, hedeflenen bölgelerde uygulanan indel mutasyonlarını doğrulamak için T7 endonükleaz testine tabi tutulmuştur.
Hücreler, tripsinizasyon ve santrifüjleme ile toplanmıştır. FavorPrep™ Genomic DNA Extraction Mini Kiti kullanılarak üreticinin talimatlarına göre genomik DNA izolasyonu yapılmıştır;
Numune bir mikrosantrifüj tüpüne aktarıldı. Numuneye 4 µl 100 mg/ml RNaz A eklendi ve 2 dakika oda sıcaklığında inkübe edildi.
Numuneye 20 µl Proteinaz K ve 200 µl FABG Tamponu eklendi ve vortekslendi. Örneği parçalamak için 60 °C'de 15 dakika inkübe edildi. İnkübasyon sırasında numune her 3-5 dakikada bir vortekslendi.
Numuneye 200 µl etanol (%96-100) eklendi. 10 saniye vortex ile karıştırıldı. FABG Mini Kolonu Toplama Tüpüne yerleştirildi ve dikkatlice FABG Mini Kolona aktarıldı.
6.000 x g'de 1 dakika santrifüjlendi, ardından FABG Mini Kolonu yeni bir Toplama Tüpüne yerleştirildi.
FABG Mini Kolona 400 µl W1 Tampon eklendi ve 30 saniye boyunca tam hızda (18.000 x g) santrifüjlendi, ardından süpernatant atıldı.
FABG Mini Kolona 750
自动生成的Markdown格式如下：
```markdown
# 3.7. T7 Endonükleaz Testi
gCntrl ve gRNA1/2 transfekte edilmiş hücreler, hedeflenen bölgelerde uygulanan indel mutasyonlarını doğrulamak için T7 endonükleaz testine tabi tutulmuştur.
Hücreler, tripsinizasyon ve santrifüjleme ile toplanmıştır. FavorPrep™ Genomic DNA Extraction Mini Kiti kullanılarak üreticinin talimatlarına göre genomik DNA izolasyonu yapılmıştır;
Numune bir mikrosantrifüj tüpüne aktarıldı. Numuneye 4 µl 100 mg/ml RNaz A eklendi ve 2 dakika oda sıcaklığında inkübe edildi.
Numuneye 20 µl Proteinaz K ve 200 µl FABG Tamponu eklendi ve vortekslendi. Örneği parçalamak için 60 °C'de 15 dakika inkübe edildi. İnkübasyon sırasında numune her 3-5 dakikada bir vortekslendi.
Numuneye 200 µl etanol (%96-100) eklendi. 10 saniye vortex ile karıştırıldı. FABG Mini Kolonu Toplama Tüpüne yerleştirildi ve dikkatlice FABG Mini Kolona aktarıldı.
6.000 x g'de 1 dakika santrifüjlendi, ardından FABG Mini Kolonu yeni bir Toplama Tüpüne yerleştirildi.
FABG Mini Kolona 400 µl W1 Tampon eklendi ve 30 saniye boyunca tam hızda (18.000 x g) santrifüjlendi, ardından süpernatant atıldı.
FABG Mini Kolona 750 µl Yıkama Tamponu eklendi ve 30 saniye boyunca tam hızda santrifüjlendi ardından süpernatant atıldı.
Kolonu kurutmak için 3 dakika daha tam hızda santrifüjlendi. FABG Mini Kolonu bir Elüsyon Tüpüne yerleştirildi.
FABG Mini Kolonun membran merkezine 80 µl Elüsyon Tamponu eklendi. FABG Mini Kolonu 3 dakika bekletildi. Toplam DNA'yı elute etmek için 1 dakika boyunca tam hızda santrifüjlendi.
T7 Endonükleaz I (M0302) kullanılarak genom hedefleme verimliliği belirlenmiştir; Şablon olarak ~100 ng genomik DNA kullanarak verilen sıcaklıklarda 50 µl PCR reaksiyonu kurulmuştur (Tablo 3.8.).
```
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9427672028541565, "polygon": [[1463, 1556], [1466, 936], [317, 932], [315, 1551]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9222774505615234, "polygon": [[274, 1880], [1447, 1880], [1447, 1585], [274, 1585]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8400058746337891, "polygon": [[1466, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 135]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8358907699584961, "polygon": [[1458, 920], [1458, 832], [345, 831], [345, 919]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8157597780227661, "polygon": [[369, 274], [1159, 273], [1159, 221], [368, 222]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.43969446420669556, "polygon": [[1457, 816], [1461, 234], [269, 225], [264, 807]]}]
| 66
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.8. T7 endonükleaz sırasında kullanılan primer çiftleri
| İleri Primer | CATGAGGATGAGACACGAGATG |
|-------------|-----------------------|
| Geri Primer | GAGACAATGAAGGAGGGAGAAG |
Primerler OligoAnalyzer™ Tool (https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer) kullanılarak tasarlandı ve 40 döngülük qRT-PCR reaksiyonu gerçekleştirilmiştir. Kontrol gRNA için insanda ifade olmayan GFP geni seçilerek hazır temin edilmiştir. PCR ürününün konsantrasyonu 200 ng olacak şekilde, T7 endonükleaz testine tabi tutuldu ve PCR ürünlerini aşağıdaki koşulları kullanarak bir termocycler içinde inkübe edildi (Tablo 3.9.).
# Tablo 3.9. Elde edilen DNA'ların saflık ve miktarları, PCR reaksiyonunda kullanılan bileşenler, miktarlar ve reaksiyon koşulları
| Bileşenler | Reaksiyon hacmi |
|------------|----------------|
| Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (M0494) | 25 ul |
| 10 uM İleri Primer | 2.5 ul |
| 10 uM Geri Primer | 2.5 ul |
| Kalıp DNA | 100 ng |
| Nuclease-free su | 50 µl'ye kadar |
**PCR için gereken reaksiyon koşulları**
| ADIM | SICAKLIK | ZAMAN |
|------|----------|-------|
| İlk Denatürasyon | 98°C | 30 saniye |
| 35 döngü | 98°C | 5 saniye |
| | *50-72°C | 10 saniye |
| | 72°C | |
```
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9432987570762634, "polygon": [[1464, 1006], [1465, 327], [325, 325], [324, 1004]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9211438894271851, "polygon": [[1487, 1854], [1488, 1058], [297, 1055], [295, 1852]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8479727506637573, "polygon": [[1385, 312], [1385, 224], [316, 223], [316, 311]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8324983716011047, "polygon": [[1467, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 135]]}]
| 67
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.10. T7 Endonükleaz reaksiyon bileşenleri, T7 Endonükleaz I testi için hibridizasyon koşulları
| BİLEŞENLER | 19 µl bağlanma reaksiyonu |
| --- | --- |
| DNA | 200 ng |
| 10X NEBuffer 2 | 2 ul |
| Nükleazsiz Su | 19 µl'ye kadar |
## T7 Endonükleaz I testi için hibridizasyon koşulları
| ADIM | SICAKLIK | HIZ | ZAMAN |
| --- | --- | --- | --- |
| İlk Denatürasyon | 95 °C | -2°C/saniye | 5 dakika |
| Bağlanma | 95-85 °C | -0.1°C/saniye | |
| Tutma | 4°C | | - |
### Bağlanmış PCR ürünlerine T7 endonükleaz I
| BİLEŞEN | 20 µl REAKSİYON |
| --- | --- |
| Tavlı PCR ürünü | 19 ul |
| T7 Endonükleaz I (M0302) | 1 ul |
| İnkübasyon süresi | 15 dakika |
| İnkübasyon Sıcaklığı | 37°C |
## 3.8. Aşı ile Muamele
Deneylerde SII BCG aşısı (Hindistan Serum Enstitüsü), kullanılmıştır. Aşı, zayıflatılmış bir canlı organizma olan Mycobacterium bovis'in, Bacillus of Calmette ve Guerin suşlarını içermektedir. Dondurularak kurutulmuş BCG, tam ortam içinde sulandırıldı ve her 0,1 ml sulandırılmış BCG konsantrasyonu, üreticic C.F.U. (C.F.U.). 1 x 105 HEK293 hücre süspansiyonu (gRNA ekspresyon plazmidi içerir), 24 oyuklu mikro titre plakasına ekilmiştir. Yirmi dört saat sonra hücreler, 72 saat boyunca 20 ul (1.2 x 104 C.F.U) yeniden yapılandırılmış BCG aşısı ile muamele edilmiştir (225). 72. saatte dayanıklı kalabilen maximum konsantrasyondaki hücreden FavorPrep™ Tissue RNA Mini Kit yukarıda değinildiği gibi kullanılarak üreticinin protokolüne uygun bir şekilde RNA elde edilmiştir ve ardından BIO-RAD iScript™ cDNA Synthesis Kiti kullanılarak gen ifadesinde kullanılmak üzere cDNA elde edilerek nanodropta ölçülmüştür.
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9174853563308716, "polygon": [[1470, 1630], [1471, 710], [297, 708], [295, 1629]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8500252962112427, "polygon": [[1467, 136], [1468, 88], [1411, 88], [1411, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8332828879356384, "polygon": [[326, 278], [1054, 278], [1054, 222], [326, 222]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.45616817474365234, "polygon": [[1446, 682], [1446, 277], [257, 276], [257, 681]]}, {"class": "Diğer", "confidence": 0.41901496052742004, "polygon": [[324, 702], [1517, 700], [1516, 283], [323, 285]]}]
| 68
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.11. Aşılama sonucu elde edilen hücre grupları
| Hücre Numaraları | Hücre Grupları |
| --- | --- |
| I | Aşılı Normal HEK293 |
| II | Aşısız Normal HEK293 |
| III | Aşılı Nakavt TIMELESS HEK293 |
| IV | Aşısız Nakavt TIMELESS HEK293 |
## 3.9. qRT-PCR ile Gen İfadesinin Ölçülmesi Ve İstatistik Analiz
Gen ifadesini ölçmek için RT2 Profiler PCR Arrays (RT² Profiler™ PCR Array Human Innate & Adaptive Immune Responses) kullanılmıştır (Tablo 3.12.). İçeriği tüpün dibine getirmek için RT2 SYBR® Green Mastermix (10–15 s) kısa süre santrifüjlenmiştir. PCR bileşen karışımını RT2 Profiler PCR Array formatına bağlı olarak yükleme rezervuarında hazırlanmıştır (Tablo 3.14.). Aşağıda açıklandığı gibi, RT2 Profiler PCR Array formatına bağlı olarak PCR karışımı RT2 Profiler PCR Array içine dağıtılmıştır. Bu çalışma verilerin normalizasyonunda kullanılmak üzere 5 adet housekeeping gen (ACTB, B2M, GAPDH, HPRT1 ve RPLP0) içermektedir. qRT-PCR verilerinin normalizasyonu ve istatistiksel analizleri RT² Profiler PCR Array (Qiagen, Katalog Numarası: PAHS-052Z) üreticisinin talimatlarına uygun şekilde yapılmıştır. Bu kapsamda verilerin analizi için RT² Profiler PCR Data Analysis (https://dataanalysis2.qiagen.com/pcr) programından yararlanılmıştır. Verilerin analizi üreticinin talimatları doğrultusunda belir
IMAGE
| 2
|
|
[{"class": "Resim", "confidence": 0.8747724890708923, "polygon": [[1131, 2072], [1140, 218], [219, 213], [209, 2067]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.7331297397613525, "polygon": [[1413, 143], [1413, 90], [1352, 90], [1351, 142]]}]
| 69
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 2
|
```markdown
# Tablo 3.12. RT2 Profiler PCR kitinin yerleşimi
| 01 | 02 | 03 | 04 | 05 | 06 | 07 | 08 | 09 | 10 | 11 | 12 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | APCS | C3 | CASP1 | CCL2 | CCL5 | CCR4 | CCR5 | CCR6 | CCR8 | CD14 | CD4 | CD40 |
| B | CD40LG | CD80 | CD86 | CD8A | CRP | CSF2 | CXCL10 | CXCR3 | DDX58 | FASLG | FOXP3 | GATA3 |
| C | HLA-A | HLA-E | ICAM1 | IFNA1 | IFNAR1 | IFNB1 | IFNG | IFNGR1 | IL10 | IL13 | IL17A | IL18 |
| D | IL1A | IL1B | IL1R1 | IL2 | IL23A | IL4 | IL5 | IL6 | CXCL8 | IRAK1 | IRF3 | IRF7 |
| E | ITGAM | JAK2 | LY96 | LYZ | MAPK1 | MAPK8 | MBL2 | MPO | MX1 | MYD88 | NFKB1 | NFKBIA |
| F | NLRP3 | NOD1 | NOD2 | RAG1 | RORC | SLC11A1 | STAT1 | STAT3 | STAT4 | STAT6 | TBX21 | TICAM |
| G | TLR1 | TLR2 | TLR3 | TLR4 | TLR5 | TLR6 | TLR7 | TLR8 | TLR9 | TNF4 | TRAF
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9109554290771484, "polygon": [[282, 927], [1414, 925], [1412, 315], [280, 318]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8434866666793823, "polygon": [[1466, 138], [1467, 88], [1411, 87], [1410, 137]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8425195217132568, "polygon": [[1366, 319], [1366, 231], [313, 230], [313, 318]]}]
| 70
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
# Tablo 3.13. Gen ifadesini ölçmek için kullanılan bileşenler ve qRT-PCR için kullanılan reaksiyon koşulları
| Reaksiyon Bileşenleri | 96'lı well için toplam hacim |
|---|---|
| 2x RT2 SYBR® Green Mastermix | 1350 µl |
| cDNA | 102 µl |
| RNase-free water | 1248 µl |
| Total Hacim | 2700 µl |
| Döngü | Süre | Sıcaklık |
| 1 | 10 dk | 95 °C |
| 40 | 15 sn | 95 °C |
| | 1 dk | 60 °C |
```
| 2
|
|
[{"class": "Resim", "confidence": 0.9255927205085754, "polygon": [[1341, 1951], [1345, 1269], [428, 1265], [425, 1947]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8660183548927307, "polygon": [[1463, 135], [1464, 91], [1413, 90], [1413, 134]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8321546316146851, "polygon": [[504, 2039], [1249, 2038], [1249, 1981], [504, 1982]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8251520395278931, "polygon": [[338, 835], [1098, 834], [1098, 788], [338, 788]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.6807213425636292, "polygon": [[1511, 1260], [1511, 1095], [315, 1094], [315, 1259]]}, {"class": "Ekler", "confidence": 0.6744883060455322, "polygon": [[1469, 780], [1473, 211], [316, 201], [311, 771]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.643603503704071, "polygon": [[1467, 1036], [1468, 836], [310, 835], [309, 1035]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.41390833258628845, "polygon": [[345, 764], [1454, 761], [1452, 219], [344, 221]]}, {"class": "Diğer", "confidence": 0.3767993450164795, "polygon": [[300, 767], [1413, 765], [1412, 213], [299, 215]]}]
| 71
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 2
|
```markdown
# 4. BULGULAR
## 4.1. TIMELESS Proteininin İn Silico Yollarla Karakterize Edilmesi, Tahmini Hücre Altı Lokalizasyonunun Belirlenmesi, 3D Protein Yapısı ve Evrimsel İlişkileri
Bu tez çalışması kapsamında TIMELESS proteinin karakterizasyonu ve fizikokimyasal özellikleri araştırılmıştır. Amino asit uzunluğu, moleküler ağırlığı, izolelektrik noktası (pI), kararsızlık indeksi, aliftik indeksi ve GRAVY değeri belirlenmiştir (Tablo 4.1.).
**Tablo 4.1.** TIMELESS proteinine ait fizikokimyasal sonuçlar
| Amino Asit | Moleküler Ağırlık | İzolelektrik Nokta | Kararsızlık indeksi | Kararlı/karasız | Alifatik index | GRAVY |
|------------|-------------------|--------------------|---------------------|-----------------|---------------|--------|
| 1207 | 13.8 kDa | 5.26 | 61.93 | Stabil değil | 89.82 | -0.519 |
Genomda 12q13.3 üzerinde yer alan TIMELESS'in Wolf Psort çevrimiçi aracı (https://wolfpsort.hgc.jp/) kullanılarak, öngörülen hücre altı lokalizasyonu belirlenmiş ve çekirdekte lokalize olduğu tahmin edilmiştir (nucl: 31.5, cyto_nucl: 16.5).
[IMAGE] TIMELESS proteinine ait tahmini lokalizasyon
Şekil 4.1. TIMELESS proteinine ait tahmini lokalizasyon
```
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9523758292198181, "polygon": [[1466, 1278], [1466, 222], [288, 221], [287, 1278]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8847964406013489, "polygon": [[1465, 137], [1466, 89], [1413, 88], [1412, 136]]}]
| 72
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
```markdown
İçerdiği yapılara göre TIMELESS proteinine ait 3 boyutlu homoloji görüntüüsü elde edilmiştir (Tablo 4.2). Elde edilen verilere sonucunda TIMELESS'ın helix, beta strand ve turn için özellikler gösterdiği anlaşılmıştır (Şekil 4.2.). İçerdiği protein yapıları X-Ray, NMR ve EM'den elde edilerek hazırllanmış verilere dayalı olarak Alpha Fold aracılığıyla uygun zincir ve pozisyonlarına ait 3 boyutlu homoloji görüntüüsü elde edilmiştir (Tablo 4.2.). Sekans benzerliklerinden çıkarılan ve literatürden elde edilen deneysel çıktılara göre; pozisyon 1-309 bölgesinin homodimerizasyon, CRY1 ve CHEK1 ile etkileşim için gerekli alan, 816-954'ün DNA bağlama alanı, 1000-1098'in PARP1 ile etkileşim, 1182-1199'un nükleer lokalizasyon için gerekli bölge olduğu geri kalanların ise düzensiz, polar ya da asisik/bazik kalıntı içerdiği anlaşılmıştır. DNA bağlama alanı (816-954 kalıntıları) hem tek sarmallı DNA'ya (ssDNA) hem de çift sarmallı DNA'ya (dsDNA) bağlanır ve G-dörtlü (G4) yapıları oluşturan guanın bakımından zengin DNA dizileri için yüksek afiniteye sahiptir. DNA bağlama alanını ve PARP1 bağlama bölgesini içeren C-terminal alanı, G-dörtlü (G4) yapıları oluşturan genomik guanın açısından zengin DNA dizilerinin kopyalanması için gereklidir. Kalıntı 1
```
| 2
|
End of preview. Expand
in Data Studio
README.md exists but content is empty.
- Downloads last month
- 15