Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "Anamnesis", "A", "38-year-old", "woman", ",", "originally", "from", "Ecuador", ",", "who", "has", "been", "living", "in", "Spain", "for", "12", "years", ".", "Her", "personal", "history", "is", "as", "follows", ":", "depressive", "disorder", ",", "megatransverse", "C7", "and", "tinnitus", ".", "She", "was", "brought", "to", "the", "Emergency", "Department", "of", "our", "hospital", "due", "to", "a", "generalised", "tonic-clonic", "seizure", ".", "According", "to", "the", "description", "of", "a", "witness", ",", "the", "patient", "had", "suffered", "focal", "seizures", "with", "buccolingual", "automatisms", ",", "oculocephalic", "deviation", "to", "the", "left", "and", "subsequent", "generalisation", "with", "tonic-clonic", "jerks", ".", "The", "patient", "does", "not", "recall", "any", "history", "of", "infection", "or", "previous", "seizures", ".", "She", "describes", "oppressive", "holocranial", "headache", "of", "one", "year", "'", "s", "evolution", ",", "of", "fluctuating", "character", ",", "with", "little", "response", "to", "analgesic", "treatment", ",", "without", "vomiting", "or", "photo-sonophobia", ",", "which", "has", "been", "attributed", "to", "her", "cervical", "pathology", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", ".", "Normal", "cadiorespiratory", "auscultation", ".", "Abdominal", "and", "extremities", "examination", "without", "alterations", ".", "From", "the", "neurological", "point", "of", "view", ":", "patient", "conscious", "and", "oriented", ",", "Glasgow", "4-5", "-", "6", ".", "Isochoric", "pupils", "reactive", "to", "light", ".", "No", "signs", "of", "meningeal", "irritation", ".", "Normal", "speech", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ".", "Normal", "muscle", "strength", "and", "sensibility", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", ".", "Coordination", "not", "impaired", ".", "Bilateral", "flexor", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "Romberg", "negative", ".", "Normal", "gait", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "general", "biochemistry", ",", "haemogram", "and", "haemostasis", "without", "alterations", ".", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ":", "sinus", "rhythm", "at", "72", "bpm", ",", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "alterations", "of", "acute", "evolution", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "right", "frontal", "cystoid", "lesion", "of", "well-defined", "contour", "with", "a", "small", "adjacent", "calcification", "suggestive", "of", "parasitic", "lesion", ".", "Left", "parietal", "and", "right", "frontal", "calcification", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "normal", "bioelectrical", "activity", ",", "no", "epileptiform", "alterations", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", ":", "ventricular", "system", "of", "normal", "size", "and", "morphology", ".", "Inside", "the", "frontal", "horn", "there", "is", "a", "7", "mm", "parasitic", "cyst", "with", "visible", "scolex", "inside", ",", "without", "contrast", "enhancement", ".", "The", "cisterns", "of", "the", "base", "are", "free", ".", "Vascular", "structures", "of", "correct", "configuration", ",", "permeable", "dural", "venous", "sinuses", ".", "Nodular", "lesion", "in", "the", "right", "frontal", "region", ",", "15", "mm", "in", "diameter", ",", "probably", "between", "the", "medial", "and", "inferior", "gyrus", ".", "It", "shows", "enhancement", "suggesting", "inflammatory", "changes", "due", "to", "parasite", "destruction", ".", "Other", "small", "cystoid", "images", "of", "5", "to", "6", "mm", "are", "also", "identified", ",", "one", "posterior", "to", "the", "right", "Sylvian", "fissure", "and", "two", "others", "in", "the", "upper", "posterior", "parietal", "region", ".", "No", "changes", "are", "seen", "in", "the", "diffusion-weighted", "sequence", ".", "Parasitic", "cyst", "of", "7", "mm", "with", "visible", "scolex", "inside", ".", "Cyst", "in", "the", "upper", "posterior", "parietal", "region", ".", "Nodular", "lesion", "in", "the", "right", "frontal", "region", "of", "15", "mm", "in", "the", "medial", "and", "inferior", "gyrus", ".", "-", "Normal", "fundus", ".", "Diagnosis", "Neurocysticercosis", ".", "Symptomatic", "epilepsy", ".", "Treatment", "Antiepileptic", "treatment", "was", "started", "with", "levetiracetam", "1", ",", "000", "mg", "every", "12", "hours", ",", "in", "addition", "to", "cysticidal", "treatment", "with", "albendazole", "at", "a", "dose", "of", "15", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "one", "month", "and", "oral", "dexamethasone", ".", "Evolution", "During", "her", "stay", "in", "the", "Neurology", "Department", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "free", "of", "crises", ".", "After", "discharge", ",", "she", "was", "followed", "up", "in", "the", "outpatient", "neurology", "department", "for", "a", "follow-up", "MRI", "scan", ",", "with", "no", "new", "findings", "or", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 103, "end": 111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 339, "end": 346 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 501, "end": 508 }, { "text": "witness", "label": "HUMAN", "start": 326, "end": 333 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 997, "end": 1004 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 1724, "end": 1733 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 2012, "end": 2021 }, { "text": "Parasitic", "label": "SPECIES", "start": 2606, "end": 2615 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2369, "end": 2377 }, { "text": "scolex", "label": "SPECIES", "start": 2040, "end": 2046 }, { "text": "scolex", "label": "SPECIES", "start": 2642, "end": 2648 }, { "text": "cysticidal", "label": "SPECIES", "start": 2964, "end": 2974 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3126, "end": 3133 } ]

[ "", "A", "79-year-old", "Caucasian", "man", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", "with", "general", "weakness", ",", "malaise", "and", "non-productive", "cough", ".", "He", "had", "had", "these", "symptoms", "for", "8", "days", "prior", "to", "admission", ".", "18", "years", "prior", "to", "admission", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "autoimmune", "aortitis", "of", "the", "abdominal", "aorta", ",", "which", "currently", "would", "have", "been", "classified", "as", "single", "organ", "vasculitis", "according", "to", "the", "2012", "Chapel", "Hill", "consensus", "definition", ".", "The", "patient", "had", "undergone", "several", "immunosuppressive", "treatments", "with", "glucocorticoids", ",", "either", "alone", "or", "in", "combination", "with", "azathioprine", "or", "6-mercaptopurine", ",", "as", "well", "as", "six", "cycles", "of", "i", ".", "v", ".", "cyclophosphamide", "until", "14", "months", "prior", "to", "the", "current", "condition", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "rapidly", "progressing", "urothelial", "carcinoma", "of", "the", "bladder", ",", "stage", "T2N0M0", "(", "with", "infiltration", "of", "the", "bladder", "musculature", ")", ",", "having", "presented", "with", "macrohaematuria", ".", "He", "underwent", "transurethral", "cystectomy", "and", "received", "intermittent", "radiotherapy", "with", "a", "maximum", "dose", "of", "59", ".", "4", "Gy", "and", "concurrent", "chemotherapy", "with", "5-fluorouracil", "and", "mitomycin", ".", "During", "the", "8", "months", "prior", "to", "admission", ",", "she", "was", "without", "immunosuppressive", "or", "antineoplastic", "treatment", ".", "Other", "medical", "history", "was", "inflammatory", "demyelinating", "polyneuropathy", ",", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", ",", "coronary", "artery", "disease", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "stage", "3a", "chronic", "kidney", "disease", ",", "Parkinson", "'", "s", "disease", ",", "osteoporosis", "and", "intermittent", "atrial", "fibrillation", ".", "On", "admission", "on", "6", "March", "2020", ",", "the", "patient", "'", "s", "temperature", "was", "36", ".", "8", "°", "C", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "80", "mmHg", "and", "pulse", "80", "bpm", ".", "Respiratory", "rate", "was", "16", "bpm", "and", "oxygen", "saturation", "was", "94", "%", "on", "room", "air", ".", "The", "white", "blood", "cell", "count", "indicated", "leukocytopenia", "with", "an", "absolute", "lymphocytopenia", "of", "370", "lymphocytes", "/", "mm3", "(", "reference", "interval", "1", ",", "090-2", ",", "990", ")", ",", "mild", "thrombocytopenia", "with", "102", ",", "000", "/", "mm3", "(", "reference", "interval", "150", ",", "000-350", ",", "000", ")", ",", "a", "C-reactive", "protein", "value", "of", "75", ".", "1", "mg", "/", "l", "(", "reference", "value", "<", "8", ".", "2", ")", "and", "a", "lactate", "dehydrogenase", "value", "of", "418", "U", "/", "l", "(", "reference", "value", "<", "248", ")", ".", "The", "test", "for", "anti-cytoplasmic", "neutrophil", "antibodies", "(", "ANCA", ")", ",", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", "and", "anti-GBM", "antibodies", "was", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "was", "normal", ".", "Blood", "cultures", "were", "performed", ".", "The", "patient", "was", "given", "2", "litres", "of", "oxygen", "per", "minute", "via", "nasal", "cannula", "and", "admitted", "for", "further", "evaluation", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "revealed", "extensive", "ground-glass", "opacities", ",", "indicative", "of", "acute", "interstitial", "pneumonia", ".", "Four", "days", "after", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "temperature", "of", "38", ".", "3", "°", "C", "and", "his", "respiratory", "status", "worsened", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "89", "%", "with", "2", "litres", "of", "oxygen", "per", "minute", ",", "as", "well", "as", "haemoptysis", ".", "Blood", "gases", "confirmed", "hypoxaemia", "with", "a", "PaO2", "of", "61", "mmHg", "and", "hyperventilation", "with", "a", "PaCO2", "of", "31", "mmHg", ".", "He", "was", "given", "i", ".", "v", ".", "piperacillin", "with", "tazobactam", ",", "cotrimoxazole", "and", "roxithromycin", "orally", ".", "A", "bronchoscopy", "showed", "signs", "of", "chronic", "bronchitis", "with", "progressively", "haemorrhagic", "bronchial", "fluid", "from", "successive", "equal", "samples", "during", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "consistent", "with", "diffuse", "alveolar", "haemorrhage", "(", "DAH", ")", ".", "Lavage", "revealed", "a", "total", "number", "of", "10x105", "cells", "per", "ml", ",", "mainly", "consisting", "of", "alveolar", "macrophages", "(", "80", "%", ")", "and", "1000", "erythrocytes", "per", "mm3", ".", "Gram", "stains", "and", "PCR", "for", "Legionella", "spp", ",", "Chlamydia", "spp", ",", "Mycoplasma", "spp", ",", "cytomegalovirus", ",", "herpes", "simplex", "virus", "1", "and", "2", ",", "influenza", "A", "and", "B", "virus", ",", "respiratory", "syncytial", "virus", ",", "Pneumocystis", "jiroveci", "and", "non-tuberculous", "mycobacteria", "were", "all", "negative", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", ",", "where", "non-invasive", "ventilation", "was", "started", ".", "Finally", ",", "a", "real-time", "PCR", "for", "SARS-CoV-2", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "positive", ",", "while", "other", "possible", "causes", "of", "pneumonia", "were", "ruled", "out", ".", "Over", "the", "next", "24", "hours", ",", "the", "patient", "progressively", "worsened", "to", "the", "point", "where", "invasive", "mechanical", "ventilation", "was", "considered", "indicated", ".", "In", "accordance", "with", "the", "patient", "'", "s", "wishes", ",", "he", "was", "not", "intubated", "and", "palliative", "care", "was", "given", ",", "with", "which", "he", "died", "shortly", "afterwards", ".", "Diagnosis", ":", "ADHF", "due", "to", "pulmonary", "infection", "with", "SARS-CoV-2", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "Chlamydia spp", "label": "SPECIES", "start": 3095, "end": 3108 }, { "text": "Legionella spp", "label": "SPECIES", "start": 3079, "end": 3093 }, { "text": "Mycoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 3110, "end": 3124 }, { "text": "Pneumocystis jiroveci", "label": "SPECIES", "start": 3227, "end": 3248 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3414, "end": 3424 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3839, "end": 3849 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3126, "end": 3141 }, { "text": "herpes simplex virus 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 3143, "end": 3171 }, { "text": "non-tuberculous mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3253, "end": 3281 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 397, "end": 404 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 661, "end": 668 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1417, "end": 1424 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2106, "end": 2113 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2343, "end": 2350 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3305, "end": 3312 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3551, "end": 3558 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3682, "end": 3689 }, { "text": "herpes simplex virus 1", "label": "SPECIES", "start": 3143, "end": 3165 }, { "text": "respiratory syncytial virus", "label": "SPECIES", "start": 3198, "end": 3225 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 28 }, { "text": "influenza A and B virus", "label": "SPECIES", "start": 3173, "end": 3196 } ]

[ "58-year-old", "woman", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "native", "of", "Morocco", ",", "who", "has", "lived", "in", "Spain", "for", "3", "years", "and", "has", "not", "travelled", "to", "her", "country", "since", "then", ".", "No", "other", "epidemiology", "of", "interest", "or", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "note", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "five", "days", "of", "non-thermometric", "fever", "and", "profuse", "sweating", "accompanied", "by", "abdominal", "pain", "in", "the", "epigastrium", "and", "right", "hypochondrium", ",", "continuous", "and", "not", "changeable", "with", "ingestion", ".", "She", "did", "not", "report", "vomiting", ",", "diarrhoea", "or", "other", "accompanying", "symptoms", "in", "the", "anamnesis", "by", "organs", "and", "apparatus", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "blood", "pressure", "of", "125", "/", "70", "mmHg", ",", "temperature", "of", "38", ".", "2oC", ",", "heart", "rate", "of", "96", "systoles", "/", "min", ",", "and", "she", "was", "eupneic", "at", "rest", ".", "Other", "findings", "were", "strictly", "normal", ",", "except", "for", "a", "soft", "and", "depressible", "abdomen", "but", "with", "mild", "pain", "on", "superficial", "and", "deep", "palpation", "in", "the", "epigastrium", "and", "right", "hypochondrium", ",", "with", "sensitive", "hepatomegaly", "of", "three", "finger", "widths", ",", "negative", "Murphy", "'", "s", "sign", "and", "no", "evidence", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Basic", "laboratory", "tests", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "haemoglobin", "11", "g", "/", "dL", "with", "normal", "MCV", "and", "MCH", ",", "leukocytes", "17", ",", "700", "cells", "/", "mm3", "(", "80", ".", "2", "%", "neutrophils", ")", ",", "C-reactive", "protein", "276", "mg", "/", "L", "and", "altered", "liver", "profile", "(", "total", "bilirubin", "1", ".", "1", "g", "/", "dL", ",", "GOT", "96", "U", "/", "L", ",", "GPT", "99", "U", "/", "L", ",", "GGT", "106", "U", "/", "L", ",", "FA", "129", "U", "/", "L", ")", "and", "normal", "urine", "sediment", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "Given", "the", "clinical", "and", "analytical", "findings", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "scan", "was", "requested", "in", "the", "emergency", "department", "showing", "a", "spheroid", "lesion", "measuring", "89", "x", "58", "mm", "in", "the", "left", "hepatic", "lobe", ",", "with", "poorly", "defined", "borders", "and", "heterogeneous", "echogenic", "content", "with", "hyperechogenic", "foci", "with", "posterior", "shadowing", "suggesting", "gas", "bubbles", ".", "In", "view", "of", "this", "result", ",", "the", "on-call", "radiologist", "decided", "to", "extend", "the", "study", "by", "performing", "a", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "with", "contrast", "in", "order", "to", "better", "identify", "the", "lesion", ",", "which", "was", "diagnosed", "as", "a", "probable", "liver", "abscess", ",", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "further", "care", ",", "antibiotherapy", "and", "drainage", "of", "the", "lesion", ".", "Days", "after", "admission", ",", "a", "test", "was", "performed", "which", "provided", "us", "with", "the", "cause", "of", "the", "abscess", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "finding", "of", "a", "liver", "abscess", "raises", "the", "question", "of", "differential", "diagnosis", "with", "different", "aetiologies", ",", "each", "with", "certain", "particularities", ":", "1", ".", "Firstly", ",", "we", "must", "consider", "the", "possible", "routes", "by", "which", "the", "microbial", "inoculum", "has", "reached", "the", "liver", "parenchyma", ",", "which", "generates", "an", "initial", "immune", "response", "that", "becomes", "insufficient", "to", "control", "the", "infection", ",", "leading", "to", "the", "formation", "of", "the", "abscess", ".", "This", "inoculum", "can", "reach", "the", "liver", "via", "the", "hepatic", "artery", "(", "distant", "bacteraemia", "from", "another", "source", ")", ",", "via", "the", "portal", "vein", "(", "due", "to", "infection", "in", "the", "territory", "that", "is", "taken", "up", "by", "this", "structure", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "colitis", ",", "appendicitis", "or", "diverticulitis", ")", "or", "via", "the", "biliary", "tree", "(", "the", "most", "frequent", "cause", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "ascending", "biliary", "infection", "from", "the", "digestive", "tract", ",", "obstructive", "pathology", "due", "to", "lithiasis", ",", "neoplasms", "or", "surgical", "or", "endoscopic", "manipulations", "of", "this", "pathway", ")", ".", "Contiguous", "extension", "from", "neighbouring", "structures", "such", "as", "the", "stomach", ",", "duodenum", "or", "the", "ascending-transverse", "portion", "of", "the", "colon", "is", "also", "a", "possibility", "that", ",", "although", "less", "frequent", ",", "must", "be", "taken", "into", "account", ".", "2", ".", "Microbiological", "isolation", "is", "highly", "variable", ",", "and", "may", "point", "to", "one", "or", "other", "aetiopathogeny", ".", "Most", "abscesses", "are", "polymicrobial", ",", "and", "the", "representation", "of", "anaerobes", "is", "assumed", "to", "be", "underestimated", "given", "the", "difficulty", "of", "their", "culture", "and", "characterisation", "in", "the", "laboratory", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "presence", "of", "gas", "in", "the", "abscess", "prompted", "us", "to", "discuss", "with", "the", "interventional", "radiologist", "that", "the", "sample", "obtained", "from", "the", "puncture", "be", "inoculated", "directly", "from", "the", "liver", "puncture", "syringe", ",", "in", "addition", "to", "standard", "culture", "jars", ",", "into", "anaerobic", "jars", "in", "order", "to", "isolate", "this", "type", "of", "germ", "if", "present", ",", "and", "to", "make", "the", "microbiologist", "aware", "of", "our", "suspicion", ".", "Monomicrobial", "bacterial", "liver", "abscesses", "are", "often", "caused", "by", "enterobacteria", "such", "as", "Escherichia", "coli", "and", "Klebsiella", "pneumoniae", "and", "are", "usually", "related", "to", "the", "biliary", "tract", ".", "The", "isolation", "of", "gram-positive", "Staphylococcus", "aureus", "and", "Streptococcus", "spp", ".", "(", "especially", "those", "of", "the", "milleri", "group", ")", "is", "often", "due", "to", "bacteraemia", "from", "another", "source", ",", "and", "may", "be", "accompanied", "by", "infectious", "foci", "at", "other", "levels", "and", "mucocutaneous", "stigmata", "that", "oblige", "us", "to", "rule", "out", "the", "presence", "of", "infectious", "endocarditis", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "culture", "of", "the", "abscess", "was", "positive", "with", "a", "polymicrobial", "flora", "with", "a", "significant", "presence", "of", "Granulicatella", "adiacens", ",", "a", "germ", "related", "to", "endocarditis", ",", "which", "could", "have", "led", "us", "to", "think", "of", "the", "presence", "of", "this", "entity", ",", "but", "the", "existence", "of", "polymicrobial", "flora", "in", "the", "abscess", "and", "the", "negative", "blood", "cultures", ",", "without", "previous", "antibiotherapy", ",", "led", "us", "to", "rule", "out", "this", "origin", ".", "We", "will", "also", "suspect", "the", "presence", "of", "haematogenous", "dissemination", "when", "we", "find", "multiple", "small", "abscesses", "instead", "of", "a", "solitary", "abscess", ",", "as", "was", "the", "case", "in", "our", "patient", ",", "making", "a", "haematogenous", "cause", "unlikely", "a", "priori", ".", "Another", "possibility", "could", "be", "a", "liver", "abscess", "due", "to", "Entamoeba", "histolytica", ",", "which", "is", "often", "preceded", "by", "diarrhoea", "with", "pathological", "products", ",", "abdominal", "pain", "and", "fever", "(", "dysentery", ")", ".", "In", "addition", ",", "an", "epidemiological", "history", "of", "travel", "to", "an", "endemic", "area", "(", "usually", "developing", "countries", ")", "in", "the", "previous", "six", "months", "should", "raise", "suspicion", "of", "this", "aetiology", ".", "This", "abscess", "usually", "appears", "as", "a", "single", "abscess", "in", "70-80", "%", "of", "cases", ",", "with", "the", "most", "frequent", "location", "being", "the", "posterior", "area", "of", "the", "right", "hepatic", "lobe", "due", "to", "the", "distribution", "of", "the", "portal", "circulation", ".", "Our", "patient", ",", "although", "from", "a", "developing", "country", ",", "had", "not", "visited", "him", "for", "three", "years", "and", "did", "not", "report", "diarrhoea", ",", "although", "this", "does", "not", "exclude", "cases", "that", "appear", "years", "later", ",", "but", "given", "the", "positive", "culture", "for", "pyogenic", "bacteria", ",", "it", "was", "not", "considered", "necessary", "to", "request", "serology", "for", "this", "amoeba", "or", "its", "investigation", "in", "stool", ".", "Nevertheless", ",", "empirical", "treatment", "was", "given", "with", "ceftriaxone", "and", "metronidazole", "instead", "of", "piperacillin", "/", "tazobactam", "(", "another", "possible", "empirical", "treatment", "for", "liver", "abscess", ",", "especially", "if", "the", "cause", "is", "nosocomial", "or", "in", "immunocompromised", "patients", "where", "P", ".", "aeruginosa", "may", "be", "responsible", "for", "the", "abscess", ")", "because", "initially", "the", "possibility", "of", "Entamoeba", "hystolitica", "(", "single", "abscess", ",", "possible", "epidemiology", ")", "was", "considered", ",", "which", "is", "generally", "sensitive", "to", "metronidazole", ".", "Other", "aetiologies", "in", "our", "environment", "that", "should", "be", "considered", "in", "liver", "abscesses", "based", "on", "epidemiology", "are", "miliary", "tuberculosis", "(", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "the", "form", "of", "multiple", "lesions", ",", "although", "it", "should", "also", "be", "taken", "into", "account", "in", "abscesses", "where", "microbiological", "isolation", "has", "not", "been", "achieved", "in", "patients", "at", "risk", "for", "tuberculous", "infection", ")", ",", "hydatid", "cysts", "(", "Echinococcus", "granulosus", ",", "often", "easily", "differentiated", "with", "imaging", "tests", ")", "in", "people", "in", "contact", "with", "livestock", "and", "dogs", ",", "and", "fungi", "such", "as", "Candida", "spp", ".", "(", "a", "rare", "aetiology", "that", "usually", "occurs", "in", "cases", "of", "polymicrobial", "abscesses", "where", "it", "can", "be", "found", "as", "an", "accompanying", "pathogen", "or", "more", "rarely", "in", "isolation", "in", "the", "immunocompromised", ")", ".", "Finally", ",", "we", "must", "also", "take", "into", "account", "the", "possibility", "of", "neoplastic", "pathology", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "presence", "of", "acute", "symptoms", "(", "5", "days", ")", "accompanied", "by", "fever", "and", "no", "data", "of", "constitutional", "syndrome", "or", "other", "focality", "or", "suspicious", "findings", "in", "complementary", "tests", "(", "chest", "X-ray", ",", "abdominal", "CT", "scan", ",", "etc", ".", ")", "did", "not", "make", "us", "consider", "this", "possibility", "as", "the", "most", "likely", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "after", "drawing", "blood", "cultures", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "every", "24", "hours", "and", "metronidazole", "500", "mg", "every", "6", "hours", ",", "both", "administered", "intravenously", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "admission", ",", "the", "liver", "lesion", "was", "punctured", "without", "incident", ",", "with", "aspiration", "of", "the", "contents", "and", "insertion", "of", "a", "pig-tail", "catheter", "for", "drainage", ",", "obtaining", "purulent", "fluid", "from", "which", "samples", "were", "sent", "to", "Microbiology", "where", ",", "after", "5", "days", ",", "a", "polymicrobial", "flora", "formed", "by", "gram-positive", "cocci", "and", "gram-negative", "bacilli", "was", "isolated", ",", "with", "a", "greater", "presence", "of", "Granulicatella", "adiacens", "(", "6", "cfu", ")", ".", "On", "day", "+", "12", "of", "antibiotic", "treatment", "and", "in", "view", "of", "the", "scant", "debit", "from", "the", "hepatic", "drainage", "catheter", ",", "a", "new", "ultrasound", "check-up", "was", "performed", "to", "assess", "its", "removal", "or", "repositioning", ".", "In", "this", "check-up", ",", "a", "reduction", "in", "the", "size", "of", "the", "abscess", "was", "observed", "(", "46", "x", "29", "mm", ")", "and", "the", "radiologist", "was", "struck", "by", "the", "presence", "of", "a", "high-density", ",", "filiform", "foreign", "body", "with", "an", "elongated", "morphology", ",", "which", ",", "after", "reviewing", "both", "the", "ultrasound", "scan", "and", "the", "CT", "scan", "on", "admission", ",", "was", "already", "present", "from", "the", "beginning", ",", "and", "coronal", "and", "axial", "reconstructions", "were", "performed", "to", "better", "classify", "the", "foreign", "body", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "the", "patient", "was", "re-interviewed", "and", "denied", "having", "been", "directly", "punctured", "by", "a", "sharp", "object", "in", "the", "past", ",", "and", "the", "possibility", "of", "accidental", "ingestion", "of", "a", "foreign", "body", "was", "assessed", ",", "although", "she", "did", "not", "remember", "having", "ingested", "any", "thorns", "and", "the", "General", "Surgery", "Department", "was", "contacted", "to", "assess", "the", "possibility", "of", "extraction", ".", "The", "patient", "remained", "stable", "at", "all", "times", ",", "with", "fever", "defervescence", "24", "hours", "after", "starting", "antibiotic", "treatment", ",", "blood", "cultures", "were", "negative", "and", "during", "the", "surgery", "performed", "on", "+", "26", "the", "surgeon", "observed", "the", "already", "collapsed", "abscess", "(", "no", "catheter", "debit", "in", "the", "5", "days", "prior", "to", "surgery", ")", "and", "the", "foreign", "body", "was", "extracted", ",", "coinciding", "in", "morphology", "and", "consistency", "with", "a", "fish", "bone", "of", "approximately", "4", ".", "5", "cms", "and", "also", "identified", "as", "such", "by", "Anatomical", "Pathology", ".", "The", "patient", "had", "an", "uncomplicated", "postoperative", "period", "and", "on", "day", "+", "35", "a", "new", "ultrasound", "scan", "was", "performed", "to", "assess", "the", "resolution", "of", "the", "abscess", "where", "there", "was", "no", "longer", "any", "evidence", "of", "a", "collection", ".", "She", "completed", "a", "total", "of", "42", "days", "of", "antibiotherapy", "from", "the", "start", ",", "the", "last", "week", "being", "at", "home", "(", "ciprofloxacin", "750", "mg", "/", "12", "h", ".", "and", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8", "hours", "orally", ")", ".", "The", "check-ups", "at", "one", "and", "three", "months", "were", "favourable", "from", "the", "clinical", ",", "analytical", "and", "imaging", "(", "ultrasound", ")", "point", "of", "view", ",", "with", "no", "recurrence", "of", "the", "process", ".", "Final", "diagnosis", "Polymicrobial", "liver", "abscess", "secondary", "to", "herringbone" ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1905, "end": 1912 }, { "text": "radiologist", "label": "HUMAN", "start": 1715, "end": 1726 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2561, "end": 2572 }, { "text": "microbial", "label": "SPECIES", "start": 2306, "end": 2315 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 4457, "end": 4461 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 6749, "end": 6754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4863, "end": 4870 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5474, "end": 5481 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6033, "end": 6041 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6566, "end": 6574 }, { "text": "pathogen", "label": "SPECIES", "start": 6891, "end": 6899 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 6739, "end": 6743 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 3299, "end": 3312 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 4379, "end": 4392 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 4573, "end": 4586 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 6826, "end": 6839 }, { "text": "Streptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 4058, "end": 4075 }, { "text": "Granulicatella adiacens", "label": "SPECIES", "start": 4430, "end": 4453 }, { "text": "P. aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 6048, "end": 6061 } ]

[ "", "An", "elderly", "patient", "with", "type", "2", "diabetes", ",", "hypertension", ",", "peripheral", "arterial", "disease", "and", "chronic", "renal", "failure", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "in", "spring", "2020", "with", "acute", "dyspnoea", ".", "A", "week", "earlier", ",", "the", "patient", "had", "noticed", "some", "fatigue", ",", "with", "fever", "and", "dyspnoea", ",", "which", "did", "not", "improve", "after", "treatment", "with", "cefpodoxime", "at", "a", "dose", "of", "200", "mg", "twice", "daily", "for", "5", "days", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "revealed", "multiple", "bilateral", "ground-glass", "opacities", "with", "subpleural", "condensation", ".", "An", "RT-PCR", "for", "SARS-CoV-2", "detection", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "COVID-19", ".", "One", "day", "after", "hospital", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "with", "an", "erythematous", ",", "scaly", "periumbilical", "patch", "with", "rapid", "progression", "of", "other", "scaly", ",", "scaly", "plaques", "on", "the", "sides", "of", "the", "trunk", "and", "thighs", ".", "Some", "lesions", "on", "the", "arms", ",", "shoulders", "and", "back", "were", "papular", ".", "The", "digitate", "papulosquamous", "rash", "clinically", "resembled", "pityriasis", "rosea", ".", "A", "skin", "biopsy", "of", "the", "left", "shoulder", "revealed", "foci", "of", "spongiosis", "with", "focal", "epidermal", "parakeratosis", "and", "a", "few", "spongiotic", "vesicles", "with", "clusters", "of", "lymphocytes", "and", "Langerhans", "cells", ".", "A", "moderate", "lymphohistiocytic", "infiltrate", "was", "observed", "in", "the", "superficial", "dermis", ",", "associated", "with", "dermal", "papillary", "oedema", ".", "We", "performed", "an", "RT-PCR", "test", "on", "a", "fresh", "skin", "biopsy", "specimen", "and", "the", "result", "was", "negative", "for", "SARS-CoV-2", ".", "Blood", "test", "results", ",", "including", "HIV", "serology", ",", "treponemal", "and", "non-treponemal", "antigen", "testing", "and", "PCR", "for", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "were", "negative", ",", "while", "Epstein-Barr", "virus", "(", "EBV", ")", "PCR", "results", "were", "positive", ",", "with", "a", "viral", "load", "of", "4", ".", "6", "log10", "copies", "/", "mL", ",", "indicative", "of", "EBV", "replication", ".", "Serum", "markers", "indicated", "reactivation", "and", "ruled", "out", "acute", "mononucleosis", ".", "The", "skin", "rash", "resolved", "spontaneously", "within", "one", "week", ".", "The", "patient", "died", "of", "COVID-19-associated", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 206, "end": 213 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 475, "end": 485 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1392, "end": 1413 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1456, "end": 1459 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1544, "end": 1547 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1320, "end": 1323 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 598, "end": 605 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1691, "end": 1698 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1436, "end": 1454 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1495, "end": 1500 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1278, "end": 1288 } ]

[ "53-year-old", "woman", "diagnosed", "with", "tuberous", "sclerosis", "at", "the", "age", "of", "29", "years", "due", "to", "the", "presence", "of", "multiple", "facial", "lesions", "(", "sebaceous", "adenoma", ")", ".", "History", "of", "fibrocystic", "breast", "mastopathy", "and", "colloid", "goitre", ".", "Her", "parents", "and", "children", "showed", "no", "signs", "of", "the", "disease", ".", "She", "reported", "two", "palpebral", "lesions", "two", "years", "earlier", "that", "caused", "itching", "and", "tearing", "in", "the", "right", "eye", ".", "On", "examination", ",", "she", "presented", "multiple", "facial", "lesions", "with", "a", "butterfly", "wing", "distribution", ",", "flat", "in", "appearance", ",", "well", "demarcated", "(", "some", "overlapping", ")", ",", "reddish", "and", "non", "desquamative", ",", "measuring", "approximately", "0", ".", "4", "to", "0", ".", "8", "cm", "in", "the", "longest", "axis", ".", "At", "the", "periungual", "level", "on", "both", "fingers", "and", "toes", "she", "has", "fibromas", "(", "Koeman", "'", "s", "tumours", ")", ",", "and", "a", "hypopigmented", "spot", "on", "the", "chest", ".", "On", "the", "left", "lower", "eyelid", "there", "were", "two", "lesions", "affecting", "the", "free", "edge", "of", "the", "eyelid", ",", "nodular", ",", "cystic", "in", "appearance", "and", "yellowish-white", "in", "colour", ",", "located", "on", "the", "middle", "1", "/", "3", "and", "outer", "1", "/", "3", "of", "the", "eyelid", ",", "measuring", "0", ".", "5", "and", "0", ".", "3", "cm", "in", "diameter", ".", "The", "clinical", "diagnosis", "was", "epidermal", "inclusion", "cysts", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", ",", "both", "ophthalmological", "(", "fundus", ")", "and", "systemic", "(", "cranial", ",", "thoracic", "and", "abdominal", "CT", "scans", ")", "were", "normal", ".", "Surgical", "treatment", "consisted", "of", "resection", "of", "the", "two", "palpebral", "tumours", "using", "two", "wedges", "that", "encompassed", "the", "lesions", ",", "with", "good", "cosmetic", "and", "functional", "results", ".", "The", "histopathological", "diagnosis", "was", "angiofibroma", "due", "to", "the", "presence", "of", "a", "pronounced", "collagenous", "proliferation", "associated", "with", "angiomatous", "hyperplasia", ".", "After", "18", "months", "of", "follow-up", "there", "has", "been", "no", "evidence", "of", "recurrence", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "butterfly", "label": "SPECIES", "start": 425, "end": 434 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 208, "end": 215 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 220, "end": 228 } ]

[ "A", "13-year-old", "female", "patient", "with", "allergy", "to", "rosaceous", "fruits", "and", "hazelnut", "(", "LTP", ")", "and", "contact", "dermatitis", "due", "to", "colophony", ",", "who", "presented", "15", "to", "20", "minutes", "after", "administration", "of", "MULTIHANCE", "contrast", "medium", "(", "dimeglumine", "gadobenate", ")", "with", "dyspnoea", ",", "inspiratory", "stridor", ",", "eyelid", "oedema", ",", "ocular", "reddening", ",", "nasal", "pruritus", "and", "generalised", "urticaria", ",", "treated", "with", "oral", "corticoids", "and", "antihistamines", ",", "which", "subsided", "completely", "in", "2", "to", "3", "hours", ".", "Allergological", "study", "performed", "(", "7", "months", "after", "the", "event", ")", ":", "Prick", "test", "with", "dimeglumine", "gadobenate", "and", "gadodiamide", "(", "undiluted", ")", ":", "Negative", ".", "Intradermal", "reaction", "negative", "with", "gadodiamide", "at", "1", "/", "100", "and", "1", "/", "10", ".", "With", "dimeglumine", "gadobenate", "at", "1", "/", "100", ",", "2", "mm", "papule", "enlargement", "and", "erythema", ";", "and", "at", "1", "/", "10", ",", "positive", "result", "with", "18", "mm", "erythema", "and", "6", "mm", "papule", "enlargement", ".", "Enlargement", "of", "the", "study", ":", "Negative", "skin", "prick", "test", "and", "intradermal", "reaction", "to", "gadoteridol", ",", "gadoteric", "acid", ",", "gadoxetate", "and", "gadobutrol", ".", "Provocations", "up", "to", "recommended", "doses", "(", "0", ".", "1", "mmol", "/", "kilo", "of", "body", "weight", ")", ",", "gadodiamide", "and", "gadobutrol", "were", "negative", ".", "We", "present", "a", "case", "of", "anaphylaxis", "to", "dimeglumine", "gadobenate", "in", "paediatric", "age", "documented", "with", "a", "positive", "skin", "test", ".", "To", "our", "knowledge", "there", "is", "only", "one", "reported", "case", "in", "paediatric", "age", "of", "allergic", "reaction", "(", "without", "anaphylaxis", ")", "to", "gadolinium-based", "contrast", "medium", "(", "gadoteridol", ")", ".", "Tolerance", "to", "other", "GCBMs", "is", "checked", "to", "rule", "out", "cross-reactivity", "and", "to", "offer", "safe", "alternatives", "to", "the", "patient", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 28 }, { "text": "hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 66, "end": 74 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1418, "end": 1425 } ]

[ "A", "36-year-old", "woman", ",", "with", "no", "previous", "history", ",", "who", "started", "with", "paraesthesia", "in", "the", "thumb", "of", "the", "right", "hand", "followed", ",", "2", "days", "later", ",", "by", "weakness", "in", "pincer", "movements", ".", "Two", "days", "later", ",", "she", "developed", "dorsiflexion", "paresis", "of", "the", "left", "foot", "and", "painful", "paresthesia", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "left", "foot", ".", "She", "was", "admitted", "one", "week", "after", "the", "start", "of", "the", "week", "of", "evolution", ",", "with", "grade", "3", "paresis", "on", "the", "Medical", "Research", "Council", "(", "MRC", ")", "scale", "of", "the", "right", "opponens", "and", "abductor", "pollicis", "brevis", "(", "ACP", ")", "and", "grade", "4", "MRC", "of", "the", "muscles", "dependent", "on", "the", "left", "external", "popliteal", "sciatic", "muscle", "(", "CPE", ")", "together", "with", "tactile", "and", "painful", "hypoaesthesia", "in", "the", "first", "and", "second", "fingers", "of", "the", "right", "hand", "and", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "left", "foot", ".", "He", "was", "in", "good", "general", "condition", "with", "no", "fever", ",", "skin", "lesions", "or", "adenopathies", ".", "Five", "days", "after", "admission", ",", "new", "neurological", "alterations", "appeared", ",", "consisting", "of", "grade", "3", "MRC", "paresis", "of", "the", "deltoid", "and", "left", "triceps", "brachii", "and", "paraesthesia", "in", "the", "external", "face", "of", "the", "left", "arm", "and", "both", "calves", ".", "Complementary", "studies", "performed", "included", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", ",", "haemogram", ",", "elemental", "biochemistry", "of", "blood", "and", "urine", ",", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "study", ",", "coagulation", "study", "including", "platelets", ",", "mean", "platelet", "volume", ",", "prothrombin", "time", ",", "International", "Normalised", "Ratio", "(", "INR", ")", "and", "fibrinogen", ",", "proteinogram", ",", "immunoglobulins", ",", "complement", "C3", "and", "C4", "fractions", ",", "cryoglobulins", ",", "antibody", "antibody", "antibody", ",", "antibody", "antibody", "antibody", ",", "immunoglobulin", "antibody", ",", "antibody", "antibody", "antibody", "antibody", ",", "antibody", "antibody", "antibody", "antibody", ",", "antibody", "antibody", "antibody", "antibody", ",", "cryoglobulins", ",", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", ",", "anti-neutrophil", "cytoplasm", "antibodies", "(", "ANCA", ")", ",", "anti-cardiolipin", "antibodies", "IgG", "and", "IgM", "and", "anti-ganglioside", "GM1", "and", "GD1b", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "serology", "for", "lues", "(", "RPR", ")", ",", "Borrelia", "burgdorferi", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", ",", "Mantoux", ",", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ",", "chest", "X-ray", ",", "brain", ",", "thoracic", "and", "abdominal", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ".", "The", "findings", "of", "these", "examinations", "were", "within", "the", "normal", "range", ".", "During", "admission", ",", "two", "neurophysiological", "studies", "were", "performed", ",", "as", "detailed", "in", "table", "1", ".", "The", "first", ",", "performed", "9", "days", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "highlighted", "the", "absence", "of", "motor", "potential", "(", "MP", ")", "of", "the", "left", "SPC", "and", "a", "reduction", "in", "the", "amplitude", "of", "the", "right", "median", "MP", "with", "wrist", ",", "elbow", "and", "axillary", "stimuli", "compared", "to", "that", "obtained", "with", "palmar", "stimulation", ".", "The", "electromyogram", "(", "EMG", ")", "of", "the", "right", "PCA", "showed", "a", "simple", "maximal", "effort", "pattern", "with", "few", "motor", "unit", "potentials", "(", "MUPs", ")", "of", "normal", "characteristics", "and", "no", "spontaneous", "activity", ".", "No", "spontaneous", "or", "voluntary", "activity", "was", "recorded", "in", "the", "left", "tibialis", "anterior", "(", "TA", ")", ".", "In", "the", "second", "study", "performed", "at", "15", "days", "of", "evolution", ",", "changes", "in", "the", "sensory", "conduction", "of", "several", "nerves", ",", "which", "had", "previously", "shown", "no", "alterations", ",", "were", "observed", ".", "These", "included", "a", "reduction", "in", "the", "amplitude", "of", "the", "sensory", "potential", "of", "the", "left", "superficial", "peroneal", "nerve", ",", "absence", "of", "sensory", "responses", "in", "the", "sural", "nerves", "and", "in", "the", "right", "median", "nerve", "on", "stimulation", "of", "the", "third", "finger", ",", "and", "a", "decrease", "in", "the", "amplitude", "of", "those", "obtained", "from", "the", "first", "and", "second", "fingers", ".", "As", "in", "the", "first", "study", ",", "no", "PMs", "were", "obtained", "from", "the", "left", "SPC", ".", "The", "amplitude", "of", "the", "PMs", "of", "the", "right", "median", "was", "reduced", ",", "including", "that", "corresponding", "to", "stimulation", "on", "the", "palm", ",", "which", "had", "decreased", "with", "respect", "to", "that", "of", "the", "previous", "study", ".", "EMG", "showed", "spontaneous", "activity", "in", "the", "form", "of", "fibrillations", "and", "positive", "waves", ",", "abundant", "in", "the", "right", "PCA", "and", "scarce", "in", "the", "left", "TA", "and", "pedio", ".", "As", "in", "the", "previous", "study", ",", "the", "H-reflex", "and", "F", "waves", "of", "ulnar", ",", "posterior", "tibial", ",", "left", "medial", "and", "right", "CPE", "were", "normal", "and", "no", "proximal", "motor", "conduction", "blocks", "were", "observed", "in", "the", "left", "medial", "and", "both", "ulnar", "nerves", ",", "with", "normal", "values", "up", "to", "Erb", "'", "s", "point", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "left", "sural", "nerve", "showed", "axonal", "degeneration", "and", "perivascular", "inflammatory", "infiltrate", "compatible", "with", "vasculitis", "infarction", ".", "Treatment", "with", "60", "mg", "/", "day", "of", "prednisone", "was", "started", ",", "with", "subjective", "improvement", "of", "muscle", "weakness", "and", "painful", "paraesthesias", ".", "Subsequently", ",", "the", "prednisone", "dose", "was", "gradually", "reduced", ".", "At", "9", "months", ",", "45", "mg", "every", "other", "day", ",", "improvement", "of", "paresthesias", "in", "the", "lower", "extremities", "and", "proximal", "strength", "in", "the", "left", "upper", "extremity", ".", "Sensory-motor", "deficit", "persisted", "in", "the", "right", "hand", "and", "marked", "paresis", "in", "the", "left", "EPC", "territory", ".", "A", "third", "neurophysiological", "study", "performed", "at", "9", "months", "showed", "no", "significant", "changes", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ",", "except", "for", "the", "reappearance", "of", "the", "low-amplitude", "sensory", "potential", "in", "the", "right", "sural", "nerve", ".", "In", "the", "EMG", ",", "moderate", "spontaneous", "activity", "persisted", "in", "the", "right", "PCA", "and", "left", "AT", ",", "with", "markedly", "deficient", "maximal", "effort", "patterns", "and", "PUMs", "with", "signs", "of", "active", ",", "irregular", "(", "polyphasic", "and", "polyturns", ")", "and", "unstable", "reinnervation", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 1772, "end": 1792 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 1760, "end": 1764 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1797, "end": 1808 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 1797, "end": 1814 } ]

[ "", "A", "26-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "sudden", "right-sided", "pleural", "chest", "pain", "and", "progressive", "dyspnoea", "of", "3", "days", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "had", "not", "travelled", "in", "the", "previous", "two", "weeks", "and", "had", "no", "history", "of", "chest", "trauma", ",", "fever", ",", "cough", "or", "other", "systemic", "symptoms", ".", "He", "was", "otherwise", "healthy", "and", "was", "not", "taking", "any", "medication", ".", "His", "partner", "had", "been", "presenting", "with", "a", "non-productive", "cough", "for", "a", "week", ".", "The", "patient", "preferred", "not", "to", "disclose", "further", "details", ".", "On", "examination", ",", "vital", "signs", "showed", "normal", "temperature", ",", "blood", "pressure", "and", "pulse", "(", "118", "/", "80", "and", "122", "bpm", ")", ".", "He", "had", "mild", "respiratory", "distress", "with", "normal", "oxygen", "saturation", "on", "room", "air", ".", "His", "body", "mass", "index", "was", "17", ".", "6", "kg", "/", "m2", ".", "His", "blood", "work", "revealed", "lymphocytopenia", "(", "0", ".", "69", "[", "normal", "1", ".", "0-3", ".", "2", "]", "×", "109", "/", "L", ")", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "large", "right", "pneumothorax", "with", "complete", "collapse", "of", "the", "right", "lung", ",", "without", "mediastinal", "shift", ".", "Because", "of", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "symptoms", ",", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "performed", "for", "RT-PCR", "testing", ",", "which", "demonstrated", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", "infection", ".", "A", "chest", "drainage", "tube", "was", "placed", "and", "subsequently", "removed", ";", "the", "physician", "wore", "full", "personal", "protective", "equipment", ",", "including", "an", "N95", "mask", ",", "for", "the", "procedure", ".", "After", "48", "hours", ",", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "and", "pneumothorax", "subsided", ".", "He", "was", "discharged", "from", "the", "hospital", "in", "stable", "condition", "and", "then", "reported", "a", "complete", "disappearance", "of", "symptoms", ",", "via", "video", "call", ",", "on", "day", "1", "after", "discharge", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 158 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 416, "end": 423 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 344, "end": 351 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 886, "end": 893 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1042, "end": 1052 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1243, "end": 1250 } ]

[ "A", "3-year-old", "preschooler", "consulted", "for", "recurrent", "diffuse", "abdominal", "pain", ",", "of", "about", "12", "weeks", "'", "evolution", ",", "predominantly", "postprandial", ",", "accompanied", "from", "the", "beginning", "by", "abundant", "diarrhoeal", "stools", ",", "with", "slight", "weight", "loss", ",", "without", "fever", "or", "micturition", "syndrome", ".", "PERSONAL", "HISTORY", "Not", "relevant", ",", "introduction", "of", "food", "according", "to", "the", "corresponding", "age", "charts", ",", "good", "hygiene", ".", "FAMILY", "HISTORY", "No", "family", "history", "of", "inflammatory", "bowel", "disease", "or", "food", "intolerances", ".", "CLINICAL", "EXAMINATION", "Conscious", "and", "BEG", "oriented", ".", "Well", "hydrated", ",", "normal", "colour", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "slightly", "painful", "on", "palpation", "diffusely", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ",", "peristalsis", "preserved", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", ",", "pulses", "present", ".", "Neurological", ":", "normal", ".", "INITIAL", "ATTITUDE", "Treatment", "was", "started", "with", "gastrointestinal", "transit", "regulators", ",", "soft", "diet", "and", "paracetamol", ",", "without", "success", "for", "a", "week", ",", "so", "auxiliary", "tests", "were", "requested", ",", "continuing", "symptomatic", "treatment", ".", "Biochemistry", ":", "Glucose", "86", "mg", "/", "dL", "74", "Urea", "21", "mg", "/", "dL", ".", "Creatinine", "0", ".", "20", "mg", ".", "Urate", "4", ".", "2", "mg", "/", "dL", "3", "Bilirubin", "0", ".", "2", "mg", "/", "dL", "Alanine", "aminotransferase", ":", "16", "IU", "/", "L", "Aspartate", "aminotransferase", ":", "32", "IU", "/", "L", "Cholesterol", ":", "196", "mg", "/", "dL", "Triglycerides", ":", "146", "mg", "/", "dL", "Thyrotropin", ":", "0", ".", "970", "μIU", "/", "mL", "Urine", "sediment", ":", "normal", ".", "Stool", ":", "stool", "culture", "negative", ",", "antigenic", "detection", "of", "Rotavirus", ",", "Adenovirus", "and", "Giardia", "lamblia", "negative", ".", "Parasitological", "study", "(", "concentration", ")", ":", "negative", "Haematology", ":", "Haemoglobin", "13", ".", "1", "g", "/", "dL", "Haematocrit", "38", ".", "9", "%", "Mean", "corpuscular", "volume", "80", ".", "2", "fL", "Mean", "corpuscular", "haemoglobin", "27", ".", "0", "pgr", "/", "cell", "Mean", "corpuscular", "haemoglobin", "conc", ".", "33", ".", "7", "gr", "/", "dL", "Erythrocyte", "distribution", "width", "13", ".", "4", "%", "Leucocytes", "13620", "/", "μL", "Neutrophils", "54", ".", "9", "%", ",", "Lymphocytes", "34", ".", "5", "%", ",", "Monocytes", "9", ".", "5", "%", ",", "Eosinophils", ":", "0", ".", "9", "%", ",", "Basophils", "0", ".", "2", "%", ",", "Neutrophils", "7", ".", "48", "x10e9", "/", "L", "Platelets", "528", "000", "/", "L", "Mean", "platelet", "volume", "8", ".", "0", "fL", "EVOLUTION", "On", "arrival", "of", "results", "the", "problem", "was", "still", "present", ",", "so", "studies", "were", "performed", "Stool", ":", "Haemoglobin", ";", "15ng", "/", "mL", "Calprotectin", ";", "242", "ug", "/", "g", "stool", "(", "100", "mg", "/", "g", "stool", ":", "positive", ".", ")", "Digestion", "of", "immediate", "principles", ":", "normal", "(", "no", "malabsorptive", "signs", ")", "Autoimmunity", "Anti-transglutaminase", "IgA", "35", "U", "/", "mL", "Immunoglobulin", "A", ";", "180", "mg", "/", "dL", "Antiendomysial", "IgA", "100", "U", "/", "mL", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "coeliac", "disease", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "paediatric", "gastroenterology", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Celiac", "Disease" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 258, "end": 266 }, { "text": "FAMILY", "label": "HUMAN", "start": 368, "end": 374 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 386, "end": 392 }, { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 1295, "end": 1305 }, { "text": "Giardia lamblia", "label": "SPECIES", "start": 1310, "end": 1325 }, { "text": "Rotavirus", "label": "SPECIES", "start": 1284, "end": 1293 } ]

[ "A", "27-year-old", "patient", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "and", "headache", "of", "8", "days", "'", "evolution", ".", "Initially", "the", "fever", "subsided", "with", "paracetamol", "but", "in", "the", "last", "two", "days", "it", "reached", "40oC", "and", "she", "began", "to", "feel", "drowsy", "and", "disorientated", ",", "when", "she", "decided", "to", "consult", ".", "Cranial", "CT", "and", "MRI", "were", "requested", ",", "which", "confirmed", "an", "occupation", "of", "all", "the", "paranasal", "sinuses", "on", "the", "left", "side", ".", "The", "frontal", "sinus", "showed", "dehiscence", "of", "its", "posterior", "wall", ",", "as", "well", "as", "a", "collection", "compatible", "with", "left", "frontal", "subdural", "empyema", ".", "The", "maxillary", "sinus", "was", "in", "contact", "with", "root", "remnants", "from", "teeth", "26", "and", "27", ",", "which", "were", "identified", "as", "the", "possible", "origin", "of", "the", "infectious", "process", ".", "The", "empyema", "was", "drained", "by", "means", "of", "a", "left", "frontal", "craniotomy", "by", "neurosurgery", ",", "CENS", "with", "opening", "and", "washing", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ",", "and", "culture", "of", "surgical", "samples", ".", "In", "a", "second", "stage", ",", "root", "debris", "exodontia", "was", "also", "performed", "by", "maxillofacial", "surgery", ".", "The", "patient", "was", "hospitalised", "for", "10", "days", "on", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ",", "initially", "with", "Meropenem", "+", "Linezolid", ",", "and", "after", "the", "result", "of", "multisensitive", "Parvimona", "Micra", "cultures", ",", "he", "was", "switched", "to", "Metronidazole", ".", "He", "was", "discharged", "without", "sequelae", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 948, "end": 955 }, { "text": "Parvimona Micra", "label": "SPECIES", "start": 1099, "end": 1114 } ]

[ "Anamnesis", "A", "37-year-old", "male", "patient", "consulted", "the", "Emergency", "Department", "for", "a", "headache", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ".", "He", "reported", "that", "since", "adolescence", "he", "had", "suffered", "sporadic", "episodes", "of", "pulsating", "hemicranial", "headache", "with", "associated", "photophobia", "and", "phonophobia", ",", "for", "which", "he", "had", "never", "consulted", "the", "doctor", ".", "He", "was", "a", "smoker", "of", "about", "20", "cigarettes", "a", "day", "and", "had", "only", "one", "relevant", "personal", "history", "of", "surgery", "in", "childhood", ",", "following", "trauma", "to", "the", "right", "elbow", ".", "He", "reported", "a", "perianal", "abscess", "two", "months", "before", "the", "onset", "of", "the", "headache", ",", "which", "was", "treated", "satisfactorily", "with", "cloxacillin", ",", "without", "requiring", "drainage", ",", "and", "otitis", "media", "one", "month", "earlier", ",", "which", "resolved", "after", "seven", "days", "of", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ".", "Approximately", "one", "month", "prior", "to", "her", "attendance", "at", "the", "emergency", "department", ",", "she", "began", "to", "suffer", "from", "a", "pulsating", "right", "hemicranial", "headache", "of", "several", "days", "'", "duration", ".", "The", "pain", "persisted", "throughout", "the", "day", ",", "being", "more", "intense", "in", "the", "afternoon", ",", "and", "was", "maintained", "during", "the", "night", ",", "although", "it", "allowed", "the", "patient", "to", "rest", ".", "During", "the", "first", "few", "days", "it", "was", "accompanied", "by", "a", "slight", "sensation", "of", "dizziness", "and", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ".", "As", "this", "did", "not", "subside", "with", "the", "usual", "analgesia", ",", "the", "patient", "decided", "to", "consult", "his", "general", "practitioner", ",", "who", "diagnosed", "him", "with", "headache", "and", "sinusitis", "and", "prescribed", "analgesia", "with", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "metamizole", ",", "as", "well", "as", "antibiotic", "treatment", "with", "ciprofloxacin", ".", "The", "clinical", "course", "included", "the", "possibility", "of", "evaluating", "a", "migraine", "study", ",", "which", "was", "ruled", "out", "as", "the", "patient", "showed", "initial", "improvement", "after", "treatment", ".", "However", ",", "in", "just", "seven", "days", "the", "clinical", "picture", "continued", "to", "progress", ",", "with", "headache", "persisting", "with", "similar", "characteristics", ",", "but", "now", "accompanied", "by", "fever", ",", "diarrhoeal", "stools", "and", "nausea", "with", "vomiting", ".", "The", "pain", "worsened", "with", "Valsalva", "manoeuvres", "and", "was", "associated", "with", "photophobia", "and", "phonophobia", ".", "The", "patient", "then", "sought", "urgent", "care", "in", "primary", "care", ",", "where", "he", "was", "diagnosed", "with", "tension", "headache", "and", "gastroenteritis", ",", "and", "a", "normal", "laboratory", "test", "was", "requested", ".", "Despite", "correct", "analgesic", "and", "antiemetic", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "a", "clear", "deterioration", ",", "with", "prostration", "and", "a", "tendency", "to", "sleep", "throughout", "the", "day", ",", "and", "three", "days", "later", "his", "family", "decided", "to", "take", "him", "to", "the", "Emergency", "Department", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "patient", "was", "attended", "on", "a", "stretcher", "as", "he", "presented", "significant", "pain", ".", "On", "first", "inspection", ",", "the", "degree", "of", "prostration", "and", "sensitivity", "to", "noise", "and", "light", ",", "as", "well", "as", "the", "impression", "of", "gravity", "that", "he", "conveyed", ",", "stood", "out", ".", "He", "was", "conscious", "and", "oriented", "in", "space", "and", "person", ",", "but", "not", "in", "time", ".", "He", "kept", "his", "eyes", "closed", "unless", "verbally", "stimulated", ",", "with", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "of", "13", "(", "O3", ",", "V4", ",", "M6", ")", ".", "The", "general", "physical", "examination", "was", "normal", ",", "with", "only", "slight", "discomfort", "on", "abdominal", "palpation", ".", "He", "was", "afebrile", "and", "normal", "colour", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ".", "Pupils", "were", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "There", "were", "no", "alterations", "in", "campimetry", "or", "cranial", "nerves", ".", "There", "was", "a", "decrease", "in", "strength", "4", "/", "5", "in", "the", "left", "extremities", ",", "as", "well", "as", "slight", "hyposthesia", "in", "the", "left", "extremities", "compared", "to", "the", "right", ".", "Reflexes", "were", "normal", "and", "the", "Romberg", "test", "was", "negative", ",", "with", "no", "gait", "alterations", ".", "She", "showed", "no", "dysmetria", "in", "the", "toe-nose", "test", "or", "in", "the", "heel-knee", "test", ".", "No", "meningismus", "was", "detected", ".", "Complementary", "tests", "-", "A", "basic", "blood", "count", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "were", "requested", ",", "showing", "a", "slight", "neutrophilia", "(", "81", ".", "6", "%", ")", "without", "leukocytosis", ",", "with", "no", "other", "parameters", "outside", "the", "normal", "range", ".", "-", "Urinalysis", ",", "chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "were", "normal", ".", "-", "A", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "with", "contrast", "showed", "an", "expansive", "right", "temporal", "intraaxial", "lesion", "58", "mm", "in", "diameter", ",", "rounded", ",", "with", "fine", "ring-shaped", "uptake", "and", "right", "hemispheric", "perilesional", "oedema", "with", "a", "16", "mm", "midline", "displacement", ",", "compatible", "with", "right", "temporal", "abscess", ".", "Cranial", "CT", "scan", "with", "contrast", ",", "showing", "right", "temporal", "abscess", ",", "with", "significant", "midline", "shift", ".", "Diagnosis", "Right", "brain", "abscess", "of", "otogenic", "origin", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "in", "the", "Emergency", "Department", "with", "dexamethasone", "every", "6", "h", "and", "antibiotherapy", "combined", "with", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", ".", "The", "Neurosurgery", "Department", "was", "contacted", "urgently", "and", "performed", "urgent", "drainage", "of", "the", "abscess", ".", "The", "Otolaryngology", "Department", "performed", "tympanoplasty", "and", "radical", "mastoidectomy", "in", "the", "same", "surgical", "procedure", ".", "Evolution", "The", "patient", "had", "a", "good", "postoperative", "evolution", ",", "without", "complications", ",", "maintaining", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "of", "15", "at", "all", "times", "and", "without", "alterations", "in", "the", "neurological", "examination", ".", "The", "neuroimaging", "tests", "showed", "normal", "postoperative", "changes", ",", "without", "intracranial", "collections", "and", "with", "decreased", "midline", "displacement", ".", "Microbiological", "examination", "of", "the", "material", "removed", "during", "surgery", "(", "pus", "and", "abscess", "capsule", ")", "revealed", "that", "the", "abscess", "had", "been", "produced", "by", "Streptococcus", "pneumoniae", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "neurosurgery", "ward", "for", "23", "days", ",", "receiving", "antibiotic", "treatment", ".", "During", "the", "patient", "'", "s", "admission", ",", "serology", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "infection", "by", "hepatitis", "B", "virus", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "both", "of", "which", "were", "unknown", ".", "On", "discharge", "he", "was", "treated", "with", "ceftriaxone", "for", "eight", "weeks", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 135, "end": 146 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 407, "end": 416 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 376, "end": 384 }, { "text": "general practitioner", "label": "HUMAN", "start": 1261, "end": 1281 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4948, "end": 4955 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5050, "end": 5057 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 5123, "end": 5140 } ]

[ "CLINICAL", "HISTORY", "A", "64-year-old", "man", "consulted", "for", "progressive", "dyspnoea", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ".", "He", "began", "with", "a", "fever", "of", "39oC", "and", "dry", "cough", ",", "for", "which", "he", "was", "treated", "for", "a", "week", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "and", "oral", "corticosteroids", ";", "the", "fever", "disappeared", "but", "the", "dry", "cough", "persisted", ",", "and", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "for", "progressive", "dyspnoea", "until", "minimal", "effort", "(", "functional", "class", "III", "/", "IV", ")", ",", "accompanied", "by", "cough", ",", "pleuritic", "pain", "and", "mild", "haemoptysis", ";", "without", "clinical", "improvement", "despite", "treatment", "after", "three", "weeks", "of", "evolution", ".", "Personal", "history", "Patient", "was", "a", "former", "mine", "worker", ".", "Well-controlled", "hypertension", "and", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ".", "Ex-smoker", "and", "moderate", "ex-drinker", ".", "In", "2002", "he", "was", "diagnosed", "with", "acute", "myeloid", "leukaemia", "undergoing", "treatment", "with", "cycles", "of", "chemotherapy", "and", "intensified", "treatment", "with", "autologous", "haematopoietic", "progenitor", "transplant", ".", "Since", "then", "he", "has", "been", "in", "complete", "remission", "of", "his", "haematological", "disease", "with", "follow-up", "by", "the", "external", "consultation", "of", "the", "haematology", "service", ",", "and", "at", "the", "time", "of", "the", "picture", "he", "was", "untreated", "for", "this", "reason", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "On", "admission", ",", "the", "patient", "had", "a", "basal", "oxygen", "saturation", "of", "87", "%", ";", "BP", "100", "/", "80", "mmHg", ";", "temperature", "36", ".", "8oC", ";", "heart", "rate", "70", "bpm", ".", "Conscious", "and", "oriented", ";", "skin", "pallor", ",", "good", "hydration", ";", "strength", ",", "sensitivity", "and", "reflexes", "preserved", ",", "without", "meningeal", "signs", "or", "neurological", "focality", ".", "Tachypnoea", "and", "intolerance", "to", "decubitus", "stood", "out", ",", "with", "normal", "jugular", "venous", "pressure", ".", "There", "was", "abolition", "of", "the", "murmur", "in", "the", "right", "pulmonary", "apex", ",", "with", "the", "presence", "of", "rhonchi", "and", "bibasal", "crackles", "predominantly", "on", "the", "right", ".", "Oedema", "with", "malleolar", "fovea", "in", "both", "lower", "limbs", ".", "On", "abdominal", "palpation", "there", "was", "a", "discrete", "splenomegaly", ".", "There", "were", "bilateral", "axillary", "lymphadenopathies", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Blood", "count", ":", "leukocytes", "4", ".", "5", "x", "109", "/", "L", ",", "segmented", "2", ".", "94", "x", "109", "/", "L", ",", "haemoglobin", "14", ".", "3", "g", "/", "dL", ",", "platelets", "(", "microscopic", "count", ")", "180", "x", "109", "/", "L", ",", "reticulocytes", "1", ".", "6", "%", ".", "Peripheral", "blood", "smear", ":", "platelet", "aggregates", "are", "observed", ".", "No", "blasts", "or", "significant", "pathological", "findings", "were", "observed", ".", "Biochemical", "profile", ":", "glucose", "199", "mg", "/", "dL", ",", "triglycerides", "171", "mg", "/", "dL", ",", "rest", "normal", ".", "Baseline", "arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "43", ";", "pO2", "87", ".", "9", "mmHg", ";", "pCO2", "48", "mmHg", ";", "HCO3", "31", ".", "8", "mmol", "/", "L", ";", "EB", "6", ".", "6", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cavitated", "image", "in", "L", ".", "S", ".", "D", ".", "Antigenuria", "against", "Legionella", "and", "Pneumococcus", "were", "also", "negative", ".", "DIFFERENTIAL", "DIAGNOSIS", "IN", "THE", "EMERGENCY", "DEPARTMENT", "When", "pneumonia", "is", "suspected", ",", "the", "presence", "of", "other", "diseases", "with", "similar", "symptoms", "and", "signs", "should", "be", "ruled", "out", ",", "such", "as", "tuberculosis", ",", "congestive", "heart", "failure", ",", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "atelectasis", ",", "allergic", "pneumonitis", ",", "lung", "damage", "due", "to", "drugs", "and", "/", "or", "radiotherapy", ",", "lung", "cancer", ",", "sarcoidosis", "and", "others", ".", "EVOLUTION", "Given", "the", "suspicion", "of", "infection", "as", "the", "cause", "of", "the", "symptoms", ",", "the", "patient", "was", "given", "bronchodilators", "and", "broad-spectrum", "antibiotics", "(", "intravenous", "ceftazidime", "and", "amikacin", ")", ".", "During", "his", "admission", "he", "remained", "afebrile", ",", "but", "his", "clinical", "condition", "progressively", "worsened", ",", "and", "the", "following", "tests", "were", "performed", ":", "Chest", "CT", "scan", ":", "image", "with", "areas", "of", "cavitation", "in", "the", "external", "region", "of", "the", "caudal", "half", "of", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "suggestive", "of", "fungal", "superinfection", "or", "epidermoid", "carcinoma", "of", "the", "lung", "or", "pulmonary", "TB", ",", "with", "signs", "of", "air", "trapping", "and", "pulmonary", "infiltrates", "in", "the", "right", "hemithorax", ",", "both", "in", "the", "LS", "and", "lower", "lobe", ".", "Bronchoscopy", ":", "bronchial", "tree", "with", "erythema", "in", "L", ".", "S", ".", "D", ".", "without", "images", "suggestive", "of", "malignancy", ";", "Serial", "bronchial", "aspirate", "bronchoscopy", ":", "negative", ".", "Sputum", "mycobacterial", "culture", ":", "negative", ";", "Sputum", "×", "3", "and", "bronchial", "aspirate", "cytology", ":", "inflammatory", "smear", "with", "absence", "of", "cells", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "Serology", "for", "M", ".", "pneumoniae", ",", "C", ".", "pneumoniae", ",", "C", ".", "Burnetti", "and", "L", ".", "pneumophila", ":", "negative", ".", "Echocardiography", "with", "no", "significant", "findings", ".", "After", "bronchoscopy", ",", "the", "patient", "suffered", "an", "episode", "of", "severe", "bronchospasm", ",", "requiring", "the", "use", "of", "high", "doses", "of", "systemic", "corticosteroids", "and", "aerosols", ".", "After", "stabilisation", ",", "a", "week", "later", ",", "the", "bronchoscopy", "was", "repeated", ",", "showing", "a", "diffusely", "inflamed", ",", "thickened", "mucosa", "with", "a", "fine", "vascular", "network", ",", "and", "a", "new", "BAS", "was", "taken", "for", "microbiology", "and", "pathological", "anatomy", ".", "After", "antibiotic", "treatment", ",", "bronchodilators", "and", "systemic", "corticoids", ",", "the", "patient", "initially", "improved", ",", "but", "a", "week", "later", ",", "he", "began", "to", "experience", "an", "increase", "in", "his", "usual", "dyspnoea", ",", "until", "he", "became", "resting", "with", "cough", ",", "yellowish", "expectoration", "and", "pleuritic", "pain", "in", "the", "left", "hemithorax", "accompanied", "by", "orthopnoea", "and", "desaturation", ",", "with", "tachypnoea", ",", "use", "of", "accessory", "muscles", ",", "labial", "and", "acral", "cyanosis", "and", "severe", "diffuse", "bronchospasm", ",", "with", "no", "significant", "radiological", "changes", ".", "48", "h", "after", "fibrobronchoscopy", ",", "Microbiology", "reported", "the", "growth", "of", "a", "filamentous", "fungus", "in", "the", "culture", "media", ",", "identified", "as", "Aspergillus", "niger", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "invasive", "pulmonary", "aspergillosis", ",", "due", "to", "the", "poor", "clinical", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "the", "microbiological", "and", "cytological", "findings", "and", "the", "risk", "factors", "he", "presented", "(", "broad", "spectrum", "antibiotherapy", "and", "prolonged", "systemic", "corticotherapy", "at", "high", "doses", ")", ",", "treatment", "was", "started", "with", "voriconazole", "(", "400", "mg", "/", "12", "h", "iv", ".", "followed", "by", "200", "mg", "/", "12", "h", "iv", ".", ")", ".", "Despite", "specific", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "condition", "worsened", ",", "with", "severe", "bronchospasm", ",", "forcing", "an", "increase", "in", "high-dose", "systemic", "corticosteroids", "and", "O2", "with", "100", "%", "FiO2", ".", "The", "patient", "developed", "severe", "plateletopenia", "(", "<", "50", ",", "000", ")", "and", "diarrhoeal", "syndrome", "secondary", "to", "voriconazole", "treatment", ",", "right", "heart", "failure", ",", "acute", "respiratory", "failure", "and", "died", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 542, "end": 550 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 559, "end": 566 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1122, "end": 1129 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2277, "end": 2287 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2292, "end": 2304 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2761, "end": 2768 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3762, "end": 3769 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4171, "end": 4178 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4806, "end": 4813 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5099, "end": 5106 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5252, "end": 5259 }, { "text": "filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 4633, "end": 4651 }, { "text": "C. pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3634, "end": 3647 }, { "text": "L. pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 3665, "end": 3679 }, { "text": "Aspergillus niger", "label": "SPECIES", "start": 4688, "end": 4705 }, { "text": "C. Burnetti", "label": "SPECIES", "start": 3649, "end": 3660 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 3335, "end": 3339 } ]

[ "17-month-old", "boy", ",", "with", "negative", "FA", "for", "atopy", "and", "AP", ":", "atopic", "dermatitis", ",", "Bronchitis", "disneizante", ".", "Sensitisation", "to", "mites", ".", "The", "child", ",", "playing", "with", "unpeeled", "raw", "potatoes", ",", "developed", "urticaria", "on", "his", "hands", ",", "lip", "angioedema", "and", "conjunctivitis", ",", "and", "was", "treated", "with", "antihistamines", ".", "A", "few", "weeks", "later", ",", "while", "handling", "a", "peach", ",", "he", "presented", "a", "similar", "clinical", "picture", ".", "They", "also", "reported", "that", "after", "eating", "pumpkin", "and", "courgette", "he", "had", "profuse", "diarrhoea", "at", "the", "time", "of", "ingestion", "with", "no", "other", "associated", "symptoms", ",", "and", "after", "eating", "Nutella", "he", "complained", "of", "oral", "itching", ".", "Tolerates", "cooked", "potato", "and", "other", "fruits", ",", "has", "never", "eaten", "peach", "or", "nuts", ".", "Results", ":", "CT", "(", "Prick", ")", ":", "with", "inhalant", "extracts", ",", "fruits", ",", "vegetables", ",", "nuts", ",", "legumes", ",", "latex", ",", "flours", "and", "panallergens", ":", "positive", "to", "mites", ",", "peach", ",", "hazelnut", ",", "walnut", "and", "peanut", ".", "CT", "(", "prick", "/", "prick", ")", "with", "raw", "potato", "skin", "and", "flesh", ":", "positive", ",", "with", "cooked", "flesh", "and", "skin", ":", "negative", ".", "Total", "IgETotal", ":", "139kUI", "/", "L", "Specific", "IgE", "(", "kUA", "/", "L", ")", ":", "Dermatophagoides", "pteronyssinus", ":", "58", ",", "rPru", "p3", ":", "10", ",", "4", ",", "rPru", "p1-p4", ":", "<", "0", ",", "1", ",", "pumpkin", ":", "0", ",", "97", ",", "peanut", ":", "0", ",", "43", ",", "rAra", "h1", ",", "h2", ",", "h3", ",", "h8", ":", "<", "0", ",", "1", ",", "rAra", "h9", "(", "LTP", ")", ":", "1", ",", "58", ",", "Hazelnut", ":", "0", ",", "27", ",", "rCor", "a1", ",", "a8", "(", "LTP", ")", ",", "a9", ":", "<", "0", ",", "1", ",", "rCor", "a14", ":", "0", ",", "29", ".", "Walnut", ":", "5", ",", "16", ",", "rJug", "r1", ":", "0", ",", "67", ",", "rJug", "r3", "(", "LTP", ")", ":", "4", ",", "94", ".", "Other", "fruits", "and", "vegetables", "(", "potato", ".", ".", ".", ")", ":", "<", "0", ".", "1", ".", "SDS-PAGE", "IgE", "binding", "is", "observed", "on", "Prup3", "and", "on", "a", "potato", "protein", "of", "pm", ":", "60kDa", "which", "does", "not", "seem", "to", "belong", "to", "the", "LTPs", "group", ".", "Controlled", "exposure", "test", "(", "CEP", ")", "to", "peanut", "negative", ".", "PEC", "to", "walnut", ":", "anaphylaxis", "with", "the", "second", "dose", "(", "1", "/", "8", "of", "walnut", ")", ".", "Conclusions", ":", "In", "conclusion", "this", "is", "a", "child", "with", "atopic", "dermatitis", ",", "sensitised", "to", "mites", "who", "presents", "LTP", "syndrome", "(", "allergy", "to", "peach", "and", "nuts", ")", "and", "allergy", "to", "raw", "potato", ",", "which", "does", "not", "seem", "to", "be", "related", "to", "his", "sensitisation", "to", "LTP", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 113, "end": 118 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 124, "end": 129 }, { "text": "potatoes", "label": "SPECIES", "start": 157, "end": 165 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 309, "end": 314 }, { "text": "pumpkin", "label": "SPECIES", "start": 394, "end": 401 }, { "text": "courgette", "label": "SPECIES", "start": 406, "end": 415 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 575, "end": 581 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 616, "end": 621 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 755, "end": 760 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 762, "end": 767 }, { "text": "hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 769, "end": 777 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 779, "end": 785 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 790, "end": 796 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 823, "end": 829 }, { "text": "pumpkin", "label": "SPECIES", "start": 1008, "end": 1015 }, { "text": "Dermatophagoides pteronyssinus", "label": "SPECIES", "start": 940, "end": 970 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1022, "end": 1028 }, { "text": "Hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 1078, "end": 1086 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1213, "end": 1219 }, { "text": "Walnut", "label": "SPECIES", "start": 1135, "end": 1141 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1282, "end": 1288 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 1417, "end": 1423 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 1466, "end": 1472 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1399 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1513, "end": 1518 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1636, "end": 1642 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1557, "end": 1562 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 1601, "end": 1606 } ]

[ "Male", ",", "21", "years", "old", "with", "no", "medical", ",", "toxic", ",", "personal", "or", "family", "history", ".", "He", "travelled", "to", "Ceuta", "and", "Melilla", "in", "the", "last", "month", ".", "He", "consulted", "for", "asthenia", "and", "diffuse", "abdominal", "pain", ".", "It", "started", "15", "days", "after", "the", "trip", ",", "with", "progressive", "abdominal", "pain", ",", "intensity", "4", "/", "10", "(", "VAS", ")", ",", "without", "concomitants", ".", "Physical", "examination", ":", "jaundice", "and", "petechiae", "on", "the", "trunk", ".", "Abdomen", ":", "painful", "on", "palpation", ",", "predominantly", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "CBC", ":", "leukocytes", "5", ",", "110", "/", "mm3", "(", "65", "%", "N", ";", "20", ".", "9", "%", "L", ";", "12", ".", "8", "%", "M", ")", ";", "haemoglobin", ":", "15", ".", "5", "g", "/", "dL", ";", "haematocrit", "45", "%", "and", "platelets", "20", ",", "000", "/", "mm3", ".", "GOT", "5020", "U", "/", "L", ",", "GTP", "5500", "U", "/", "L", ",", "GGT", "181", "U", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "10", "mg", "/", "dL", "and", "CRP", "8", ".", "4", "mg", "/", "dL", ",", "prothrombin", "activity", "68", "%", "and", "prothrombin", "time", "13", ".", "9", "sec", ".", "Chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "The", "following", "differential", "diagnoses", "were", "made", ":", "acute", "hepatitis", "of", "possible", "infectious", ",", "medicinal", ",", "toxic", ",", "autoimmune", ",", "ischaemic", "origin", ";", "and", "less", "probably", "secondary", "to", "Wilson", "'", "s", "disease", ",", "hypothyroidism", "and", "coeliac", "disease", ".", "Evolution", ":", "no", "clinical", "or", "analytical", "improvement", ".", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HEV", ",", "HCV", ",", "Rickettsia", ",", "Brucella", ",", "Leptospira", ",", "and", "Q", "fever", ";", "CMV", ",", "HSV", ",", "VZV", ",", "herpes", "virus", "type", "8", ",", "toxins", ",", "autoimmunity", "and", "coeliac", "disease", "negative", ".", "After", "15", "days", "of", "admission", "without", "clinical", "improvement", ":", "pancytopenia", "(", "leukocytes", ":", "550", "/", "mm3", "(", "50", "%", "neutrophils", ";", "41", ".", "9", "%", "lymphocytes", ",", "5", ".", "8", "%", "monocytes", ")", ";", "haemoglobin", ":", "9", ".", "5", "g", "/", "dL", ",", "platelets", "10", ",", "000mm3", ")", ".", "Consultation", "with", "haematology", "indicated", "transfusion", "of", "platelets", "and", "intravenous", "human", "immunoglobulin", ",", "corticosteroids", "and", "cyclosporine", ",", "with", "no", "analytical", "response", "and", "coagulation", "deterioration", "was", "observed", ",", "so", "a", "liver", "biopsy", "was", "ruled", "out", ".", "Chest", "and", "abdominal", "CT", "scan", ":", "13", "cm", "splenomegaly", ".", "Subsequent", "laboratory", "tests", ":", "worsening", "of", "pancytopenia", "(", "leukocytes", "450", "/", "mm3", "(", "50", "%", "N", ";", "42", "%", "L", ";", "6", "%", "M", ")", ";", "Hb", "8", ".", "6", "g", "/", "dL", ";", "haematocrit", "25", "%", ";", "platelets", "9000", "/", "mm3", ";", "fibrinogen", "100", "mg", "/", "dl", ";", "elevated", "ferritin", "and", "triglycerides", "(", "350", "mg", "/", "dl", ")", ",", "total", "bilirubin", "18", "mg", "/", "dl", ";", "GOT", "3000", "U", "/", "l", ";", "GPT", "4500", "U", "/", "l", ")", ".", "Haemophagocytic", "syndrome", "was", "suspected", "and", "a", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "performed", "which", "showed", "the", "presence", "of", "haemophagocytes", "in", "the", "aspirate", ",", "confirming", "the", "diagnosis", ".", "Specific", "treatment", "was", "started", "and", "a", "bone", "marrow", "transplant", "was", "proposed", ".", "The", "patient", "developed", "sepsis", "due", "to", "Pseudomonas", "aeuriginosa", "and", "died", "despite", "treatment", ".", "Acute", "markers", "of", "Epstein", "Barr", "infection", "were", "positive", "(", "anti", "VCA-IgG", "negative", ",", "anti", "EBNA", "IgG", "negative", ",", "anti", "VCA-IgM", "positive", ")", ".", "Final", "Diagnosis", "Haemophagocytic", "syndrome", "secondary", "to", "Epstein", "Barr", "infection", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 55, "end": 61 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 51 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1078, "end": 1086 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1113, "end": 1116 }, { "text": "EBNA", "label": "SPECIES", "start": 2363, "end": 2367 }, { "text": "Leptospira", "label": "SPECIES", "start": 1088, "end": 1098 }, { "text": "Pseudomonas aeuriginosa", "label": "SPECIES", "start": 2228, "end": 2251 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1066, "end": 1076 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1046, "end": 1049 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1054 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1061, "end": 1064 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1118, "end": 1121 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1041, "end": 1044 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1123, "end": 1126 }, { "text": "herpes virus type 8", "label": "SPECIES", "start": 1128, "end": 1147 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2196, "end": 2203 }, { "text": "Q fever", "label": "SPECIES", "start": 1104, "end": 1111 }, { "text": "Epstein Barr", "label": "SPECIES", "start": 2297, "end": 2309 }, { "text": "VCA", "label": "SPECIES", "start": 2340, "end": 2343 }, { "text": "VCA", "label": "SPECIES", "start": 2387, "end": 2390 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 1471, "end": 1476 }, { "text": "Epstein Barr", "label": "SPECIES", "start": 2461, "end": 2473 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "27-year-old", "man", "who", "had", "suffered", "from", "pneumonia", "as", "a", "child", "and", "was", "a", "non-smoker", "and", "non-smoker", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "extrinsic", "bronchial", "asthma", "and", "allergic", "rhinoconjunctivitis", "with", "hypersensitivity", "to", "grasses", "and", "olive", "trees", ".", "He", "needed", "inhaled", "corticosteroids", "sporadically", ".", "After", "significant", "physical", "exertion", "(", "he", "was", "a", "costalero", "in", "a", "procession", "during", "a", "local", "festival", "and", "had", "slept", "very", "little", ")", "in", "the", "summer", "of", "2003", ",", "he", "began", "to", "experience", "pain", "in", "the", "right", "hemithorax", "that", "sometimes", "radiated", "to", "the", "right", "upper", "limb", "and", "increased", "with", "deep", "breathing", ".", "Subsequently", ",", "he", "developed", "a", "fever", "and", "a", "feeling", "of", "dyspnoea", ",", "for", "which", "he", "went", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", ".", "Clinical", "examination", "on", "admission", "revealed", "a", "poor", "general", "condition", "and", "a", "lesion", "in", "the", "scar", "phase", "on", "the", "abdominal", "wall", "that", "could", "correspond", "to", "a", "boil", ".", "Vesicular", "murmur", "was", "diminished", "at", "the", "right", "base", ".", "Cardiac", "and", "neurological", "examinations", "were", "normal", ".", "There", "were", "no", "organomegalies", ".", "There", "was", "leukocytosis", "(", "from", "12", ",", "000", "/", "cubic", "mm", "to", "18", ",", "700", "/", "cubic", "mm", ")", "with", "neutrophilia", ",", "the", "rest", "of", "the", "haematological", "parameters", "being", "within", "normal", "limits", ".", "There", "was", "no", "eosinophilia", ".", "Creatinine", "increased", "during", "admission", "to", "1", ".", "6", "mg", "/", "dl", "and", "urea", "to", "61", "mg", "/", "dl", ".", "Other", "biochemical", "values", "were", ":", "total", "bilirubin", ":", "2", ".", "19", "mg", "/", "dl", ",", "direct", "fraction", ":", "1", ".", "33", "mg", "/", "dl", ",", "LDH", ":", "687", "IU", "/", "l", ",", "GOT", ":", "61", "IU", "/", "l", ";", "GPT", ":", "111", "IU", "/", "l", ",", "GGT", ":", "521", "IU", "/", "l", ",", "alkaline", "phosphatase", "509", "IU", "/", "l", ".", "Sedimentation", "rate", "reached", "71", "mm", "in", "the", "first", "hour", ".", "Serology", "for", "HIV", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", "viruses", "were", "negative", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "performed", "and", "were", "positive", "for", "susceptible", "Staphylococcus", "aureus", "methicillin", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "showed", "normal", "images", "without", "pericardial", "effusion", ".", "Ten", "days", "after", "admission", ",", "a", "warm", ",", "erythematous", "lesion", "appeared", "in", "the", "right", "parasternal", "region", ",", "which", "disappeared", "on", "digitopressure", "and", "was", "about", "5", "x", "5", "cm", ".", "Fluid", "was", "aspirated", "from", "the", "lesion", ",", "the", "culture", "of", "which", "was", "also", "positive", "for", "methicillin-sensitive", "S", ".", "aureus", ".", "Ultrasound", "of", "the", "abdomen", "was", "normal", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "a", "left", "pleural", "effusion", "with", "interstitial", "prominence", ".", "There", "were", "three", "small", "nodular", "images", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "left", "upper", "lobe", "and", "another", "subpleural", "image", "of", "less", "than", "one", "centimetre", "in", "size", "compatible", "with", "small", "staphylococcal", "abscesses", "(", "Fig", ".", "1", ")", ".", "The", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "normal", ",", "with", "no", "presence", "of", "lymphadenopathy", "or", "free", "cavity", "fluid", ".", "The", "bone", "scan", "showed", "intensely", "increased", "osteogenic", "activity", "at", "the", "level", "of", "the", "sternal", "joint", "compatible", "with", "arthritis", "at", "that", "level", ".", "An", "MRI", "of", "the", "sternum", "was", "performed", ".", "There", "was", "gadolinium", "uptake", "at", "the", "joint", "of", "the", "manubrium", "with", "the", "sternal", "body", ",", "extending", "to", "the", "middle", "of", "the", "manubrium", "and", "the", "proximal", "third", "of", "the", "sternal", "body", ",", "with", "enlargement", "and", "uptake", "in", "the", "adjacent", "soft", "tissues", ",", "both", "anterior", "and", "posterior", ".", "These", "findings", "were", "compatible", "with", "arthritis", "at", "that", "level", "and", "highly", "suggestive", "of", "osteomyelitis", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "bone", "destruction", ".", "The", "clinical", "course", "was", "good", "with", "antibiotic", "treatment", "consisting", "of", "intravenous", "(", "IV", ")", "cloxacillin", "for", "15", "days", "at", "a", "dose", "of", "2", "g", "/", "6", "hours", "and", "IV", "gentamicin", "for", "7", "days", "at", "a", "dose", "of", "5", "mg", "/", "kg", "/", "24", "hours", ".", "He", "did", "not", "require", "intensive", "care", "at", "any", "time", "during", "his", "evolution", ".", "Subsequently", ",", "oral", "treatment", "with", "rifampicin", "(", "dose", "of", "600", "mg", "/", "24", "h", ")", "and", "levofloxacin", "(", "dose", "of", "500", "mg", ",", "every", "24", "h", ")", "was", "continued", "for", "two", "months", ".", "The", "parasternal", "dermal", "lesion", "took", "five", "weeks", "to", "disappear", ".", "To", "rule", "out", "primary", "immunodeficiency", ",", "the", "patient", "underwent", "a", "screening", "test", "with", "the", "following", "results", ":", "normal", "complement", "levels", ",", "lymphocyte", "subpopulations", "and", "markers", ",", "granulocyte", "oxidative", "capacity", "and", "lymphocyte", "function", "(", "the", "latter", "with", "expression", "of", "activation", "markers", "in", "response", "to", "different", "stimuli", ")", ".", "Protective", "levels", "for", "specific", "IgG", "against", "tetanus", "toxoid", ",", "Haemophilus", "By", "pneumococcal", "capsular", "polysaccharide", ".", "Slightly", "elevated", "levels", "of", "IgE", "and", "IgG4", "with", "normality", "in", "the", "remaining", "immunoglobulins", "and", "IgG", "subclasses", "(", "IgE", "=", "170", "IU", "/", "l", ",", "normal", "range", ":", "0-100", "IU", "/", "l", ";", "Ig", "G4", "=", "3", ",", "910", "mg", "/", "l", ",", "normal", "range", ":", "80-1", ",", "400", "mg", "/", "l", ")", ".", "Isohemagglutinin", "titres", "could", "not", "be", "assessed", "due", "to", "lack", "of", "samples", ".", "This", "study", "was", "performed", "when", "the", "patient", "was", "discharged", "and", "two", "months", "after", "the", "onset", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 71, "end": 76 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1477, "end": 1480 }, { "text": "susceptible Staphylococcus aureus methicillin", "label": "SPECIES", "start": 1585, "end": 1630 }, { "text": "methicillin-sensitive S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1950, "end": 1981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3469, "end": 3476 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4154, "end": 4161 }, { "text": "tetanus toxoid", "label": "SPECIES", "start": 3780, "end": 3794 }, { "text": "staphylococcal", "label": "SPECIES", "start": 2262, "end": 2276 } ]

[ "Anamnesis", "A", "46-year-old", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "former", "injecting", "drug", "addict", "(", "heroin", ")", ",", "HIV", "positive", "on", "monotherapy", "with", "DRV", "/", "r", "with", "good", "control", "(", "CD4", "440", "and", "undetectable", "viral", "load", ")", ",", "HCV", "genotype", "1b", "coinfection", "with", "no", "signs", "of", "portal", "hypertension", "and", "under", "follow-up", "by", "Dermatology", "for", "neutrophilic", "dermatosis", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "in", "August", "2012", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "progressive", "weakness", "and", "visual", "disturbances", "associated", "with", "a", "deterioration", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "A", "normal", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "syphilis", "and", "toxoplasma", "serology", "was", "negative", ",", "herpes", "simplex", "PCR", "1", ",", "2", "and", "varicella", "were", "negative", ".", "The", "infectious", "origin", "of", "the", "process", "was", "ruled", "out", ",", "and", "Neurology", "was", "notified", "for", "assessment", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", ":", "bedridden", "patient", "in", "acceptable", "general", "condition", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "eupneic", "at", "rest", "and", "speech", ".", "Afebrile", ".", "Blood", "pressure", "160", "/", "100", "mmHg", ".", "Weight", "85", "kg", ".", "Cushingoid", "appearance", ".", "Cardiac", "auscultation", "with", "rhythmic", "tones", ",", "at", "a", "good", "frequency", ",", "without", "audible", "murmurs", ".", "Respiratory", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", "with", "no", "added", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "palpable", "masses", "or", "megaliths", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Papuloerythematous", "and", "pruritic", "lesions", "on", "the", "trunk", ".", "Neurological", "examination", ":", "good", "level", "of", "consciousness", ",", "oriented", ",", "emotional", "lability", "with", "a", "tendency", "to", "cry", ".", "No", "language", "disorders", ".", "Left", "homonymous", "hemianopsia", ".", "Motor", "balance", ":", "upper", "limbs", "5", "/", "5", ".", "Left", "lower", "limb", "5", "/", "5", ".", "Right", "lower", "limb", "3", "/", "5", "overall", ".", "No", "clear", "deficits", "in", "tactoalgesic", "sensitivity", ".", "Failure", "to", "recognise", "toes", ".", "REM", "more", "vivid", "in", "the", "right", "hemibody", ".", "Right", "extensor", "CPR", ",", "indifferent", "left", ".", "No", "dysmetria", ".", "Paretic", "gait", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "creatinine", "1", ".", "65", "mg", "/", "dl", "GOT", "47", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "59", "IU", "/", "l", ".", "Haemoglobin", "12", ".", "7", "g", "/", "dl", ".", "All", "other", "parameters", "within", "normal", "ranges", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "tachycardia", "at", "100-110", "bpm", ",", "normal", "PR", ",", "narrow", "QRS", "with", "normal", "axis", ".", "Deep", "S", "wave", "in", "V2-V3", ".", "rS", "in", "III", "and", "aVF", ".", "No", "significant", "cardiac", "repolarisation", "disturbances", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", ":", "normal", "cellularity", ",", "proteinorrachia", "of", "60", "mg", "/", "dl", ",", "rest", "normal", ",", "including", "ADA", ".", "-", "Study", "of", "autoimmunity", "(", "ANA", ",", "ANCA", ")", "and", "normal", "hypercoagulability", ".", "Cryoglobulins", "negative", ".", "-", "Serology", "negative", "(", "syphilis", ",", "toxoplasma", ",", "PCR", "HSV", "1", ",", "2", "and", "varicella", ")", "except", "HIV", "(", "undetectable", "viral", "load", ")", "and", "HCV", "(", "viral", "load", ">", "4", ",", "000", ",", "000", ")", ".", "-", "Bilateral", "intracranial", "carotid", "artery", "and", "bilateral", "vertebral", "artery", "arteriography", ":", "multiple", "parietal", "irregularities", "and", "stenosis", "in", "the", "intracranial", "arteries", "in", "their", "distal", "segments", "affecting", "both", "anterior", "and", "posterior", "circulation", ".", "Also", ",", "moderate", "stenosis", "in", "the", "left", "P1", "segment", ".", "Findings", "compatible", "with", "small", "vessel", "vasculitis", ".", "Arteriography", "showing", "parietal", "irregularities", "and", "stenosis", "of", "the", "distal", "intracranial", "arteries", ",", "compatible", "with", "small", "vessel", "vasculitis", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "multiple", "ischaemic", "lesions", ",", "some", "with", "haemorrhagic", "transformation", ",", "territorial", "and", "bilateral", ",", "in", "different", "stages", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showing", "large", "cortical", "atrophy", "and", "multiple", "bilateral", "ischaemic", "lesions", "in", "different", "vascular", "territories", ".", "-", "Echocardiography", ":", "severe", "LV", "hypertrophy", "with", "preserved", "EF", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "bilateral", "and", "symmetrical", "fundamental", "activity", ",", "showing", "moderate", "signs", "of", "diffuse", "cerebral", "involvement", ".", "Diagnosis", "Central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "HCV", "vasculitis", "with", "negative", "cryoglobulinaemia", "in", "an", "HIV", "and", "HCV", "positive", "patient", ".", "Treatment", "During", "his", "admission", ",", "treatment", "was", "started", "with", "a", "bolus", "of", "cyclophosphamide", "750", "mg", "and", "3", "boluses", "of", "1", "g", "/", "day", "of", "methylprednisolone", "for", "3", "days", ".", "Despite", "this", ",", "the", "evolution", "was", "torpid", ".", "Evolution", "In", "December", "2012", ",", "he", "required", "a", "new", "admission", "to", "the", "Neurology", "Department", "due", "to", "progression", "of", "the", "pathology", ".", "He", "presented", "new", "multiple", "ischaemic", "brain", "lesions", "and", "several", "episodes", "of", "acute", "myocardial", "ischaemia", ",", "receiving", "conservative", "medical", "treatment", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "poor", "neurological", "condition", ",", "aggressive", "treatment", "for", "HCV", "was", "rejected", ",", "which", ",", "in", "addition", ",", "being", "genotype", "1b", ",", "would", "have", "required", "a", "more", "aggressive", "treatment", "than", "usual", "and", "with", "worse", "results", ".", "At", "present", ",", "he", "is", "in", "a", "very", "poor", "clinical", "condition", ",", "with", "general", "conservative", "measures", "as", "the", "only", "treatment", ".", "Although", "he", "maintains", "haemodynamic", "stability", ",", "he", "is", "disorientated", ",", "he", "speaks", "and", "understands", "simple", "commands", ",", "cortical", "blindness", ",", "tendency", "to", "cephalic", "deviation", "to", "the", "right", ",", "tetraparesis", ":", "MSD", "2", "/", "5", ",", "MSI", "0", "/", "5", ",", "MID", "proximal", "0", "/", "5", ",", "MID", "distal", "3", "/", "5", ",", "MII", "proximal", "0", "/", "5", ",", "distal", "3", "/", "5", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "HCV genotype 1b", "label": "SPECIES", "start": 220, "end": 235 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 220, "end": 223 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 124, "end": 127 }, { "text": "genotype 1b", "label": "SPECIES", "start": 224, "end": 235 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 592, "end": 600 }, { "text": "genotype 1b", "label": "SPECIES", "start": 4185, "end": 4196 } ]

[ "", "A", "19-year-old", "woman", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "(", "38", ".", "5", "°", "C", ")", "of", "4", "days", "'", "duration", ",", "followed", "by", "chest", "pain", "and", "skin", "rash", ".", "She", "had", "tachycardia", "(", "120", "bpm", ")", "and", "an", "oxygen", "saturation", "of", "97", "%", "on", "room", "air", ".", "Chest", "and", "abdominal", "examination", "was", "normal", ".", "Skin", "examination", "revealed", "an", "exanthem", "consisting", "of", "confluent", ",", "slightly", "erythematous", "macules", "affecting", "the", "trunk", "and", "extremities", ".", "On", "the", "palms", "and", "soles", ",", "the", "macules", "coalesced", "to", "form", "clearly", "demarcated", "areas", "of", "erythema", ",", "with", "islands", "of", "unaffected", "skin", ".", "Chest", "X-ray", "and", "chest", "CT", "scan", "yielded", "no", "relevant", "findings", ".", "An", "electrocardiogram", "revealed", "sinus", "tachycardia", "and", "diffuse", "ST-segment", "elevation", ";", "the", "troponin", "T", "value", "was", "367", "ng", "/", "L", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "normal", "ventricular", "activity", ",", "with", "no", "signs", "of", "pericardial", "effusion", ".", "Acute", "myopericarditis", "was", "diagnosed", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "(", "18", ".", "2", "x", "10", "9", "/", "L", ")", "with", "6", "%", "lymphocytes", "and", "normal", "haemoglobin", ",", "thrombocyte", "and", "lactate", "dehydrogenase", "values", ".", "C-reactive", "protein", "(", "23", ".", "10", "mg", "/", "L", ")", ",", "D-dimer", "(", "1095", "ng", "/", "mL", ")", "and", "fibrinogen", "(", "974", "mg", "/", "dL", ")", "values", "were", "high", ".", "Tests", "for", "autoimmune", "diseases", "were", "negative", ".", "Serological", "tests", "ruled", "out", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "cytomegalovirus", ",", "Coxsackie", "virus", ",", "parvovirus", "B19", ",", "hepatitis", "A-B-C", "virus", ",", "Treponema", "pallidum", "and", "HIV", "infections", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "A", "PCR", "test", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "sample", "was", "positive", "for", "COVID-19", "and", "negative", "for", "adenovirus", ",", "other", "coronaviruses", ",", "human", "enterovirus", ",", "influenza", "virus", "and", "parainfluenza", "virus", ".", "Treatment", "was", "initiated", "with", "ceftriaxone", ",", "low", "molecular", "weight", "heparin", ",", "acetylsalicylic", "acid", ",", "pantoprazole", ",", "hydroxychloroquine", "and", "lopinavir", "/", "ritonavir", ".", "Antiviral", "therapy", "and", "hydroxychloroquine", "were", "discontinued", "after", "2", "days", "due", "to", "the", "onset", "of", "nausea", ",", "diarrhoea", "and", "anaemia", ".", "Colchicine", "(", "0", ".", "5", "mg", "twice", "daily", ")", "was", "started", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "skin", "lesions", ",", "normalisation", "of", "ECG", "and", "progressive", "apyrexia", ".", "On", "day", "8", ",", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "negative", "for", "COVID-19", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1138, "end": 1159 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1280 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 1411, "end": 1421 }, { "text": "Antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1656, "end": 1665 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1181, "end": 1196 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 } ]

[ "A", "24-year-old", "man", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "in", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "and", "a", "single", "painful", "lesion", "on", "the", "scrotum", ",", "of", "12", "hours", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "reported", "a", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ",", "labelled", "as", "pharyngotonsillitis", ",", "and", "treated", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ".", "There", "was", "no", "history", "of", "trauma", ",", "exposure", "to", "animals", ",", "sexually", "transmitted", "diseases", "or", "tuberculosis", ".", "Examination", "revealed", "a", "flat", ",", "erythematous", ",", "circumscribed", "lesion", "with", "a", "necrotic", "border", "on", "the", "left", "hemiscrotal", "area", "that", "was", "painful", "on", "palpation", ".", "After", "24", "hours", "of", "evolution", ",", "there", "was", "evidence", "of", "an", "increase", "in", "the", "diameter", "of", "the", "lesion", "with", "a", "necrotic", "centre", "and", "erythematous", "borders", ".", "Both", "testicles", "were", "normal", "on", "examination", ".", "There", "were", "no", "inguinal", "lymphadenopathies", ",", "leukocytosis", "(", "14000", "/", "ml", ")", "and", "increased", "glomerular", "sedimentation", "rate", ".", "Urine", "sediment", "and", "urine", "culture", "were", "normal", ".", "Testicular", "ultrasound", "ruled", "out", "testicular", "involvement", ",", "except", "for", "oedema", "of", "the", "testicular", "lining", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "showed", "no", "abnormalities", ".", "During", "his", "admission", ",", "serology", "was", "carried", "out", "for", "Lúes", ",", "V", ".", "I", ".", "H", ".", "1", "and", "V", ".", "I", ".", "H", ".", "2", ",", "rickettsiae", ",", "as", "well", "as", "determination", "of", "antinuclear", "antibodies", ",", "urine", "culture", "and", "culture", "of", "urethral", "exudate", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "third", "generation", "cephalosporin", "and", "NSAIDs", "for", "pain", "control", ".", "A", "histological", "study", "was", "not", "considered", "due", "to", "the", "good", "clinical", "evolution", "of", "the", "patient", "with", "the", "treatment", "given", ",", "and", "with", "disappearance", "of", "the", "lesion", "after", "20", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 360, "end": 367 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 173, "end": 180 }, { "text": "rickettsiae", "label": "SPECIES", "start": 1135, "end": 1146 }, { "text": "Lúes", "label": "SPECIES", "start": 1108, "end": 1112 }, { "text": "V.I.H.1", "label": "SPECIES", "start": 1114, "end": 1121 }, { "text": "V.I.H.2", "label": "SPECIES", "start": 1126, "end": 1133 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1444, "end": 1451 } ]

[ "On", "24", "/", "01", "/", "2018", ",", "a", "50-year-old", "female", "patient", ",", "Argentinean", ",", "residing", "in", "El", "Tunal", ",", "department", "of", "Metan", ",", "province", "of", "Salta", ",", "was", "admitted", "to", "the", "Health", "Institution", "of", "Metan", "for", "a", "febrile", "condition", "with", "generalised", "arthralgias", ",", "abdominal", "pain", "and", "diarrhoea", "of", "5", "days", "'", "evolution", ".", "The", "following", "day", "she", "was", "referred", "to", "the", "\"", "Hospital", "Dr", ".", "Joaquín", "Castellanos", "\"", "in", "General", "Güemes", "for", "evaluation", "by", "the", "medical", "surgery", "service", ".", "On", "admission", ",", "samples", "were", "taken", "for", "culture", "of", "the", "most", "frequent", "pathogens", ".", "At", "48h", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "sepsis", "with", "abdominal", "focus", ",", "urinary", "tract", "infection", "and", "acute", "pancreatitis", ".", "Empirical", "treatment", "with", "omeprazole", ",", "ciprofloxacin", ",", "sodium", "heparin", ",", "oxygen", ",", "ketorolac", "was", "applied", ".", "At", "the", "evening", "examination", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "lucid", ",", "but", "with", "hypoventilation", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "left", "basal", "infiltrate", ",", "and", "a", "CT", "scan", "showed", "free", "lung", "bases", ",", "liver", ",", "spleen", ",", "pancreas", ",", "adrenal", "glands", "and", "kidneys", "preserved", ",", "no", "retroperitoneal", "lymphadenopathy", ",", "intestinal", "loops", "not", "distended", ",", "no", "evidence", "of", "free", "fluid", "in", "the", "peritoneal", "cavity", ".", "The", "condition", "worsened", "rapidly", "with", "tachypnoea", ",", "hypotension", "requiring", "vasopressors", ",", "acrocyanosis", "in", "the", "upper", "limbs", "and", "lividity-like", "lesions", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "patient", "required", "mechanical", "ventilation", ",", "antibiotic", "treatment", "with", "ciprofloxacin", "was", "discontinued", "and", "replaced", "by", "ampicillin-sulbactam", "and", "vancomycin", ".", "After", "exhaustive", "questioning", "of", "family", "members", ",", "they", "reported", "the", "removal", "of", "a", "tick", "from", "the", "left", "lumbar", "region", "3", "days", "prior", "to", "the", "onset", "of", "symptoms", ".", "Given", "the", "history", "collected", ",", "serum", "samples", "were", "taken", "and", "diagnostic", "tests", "were", "requested", "for", "dengue", "(", "RT-PCR", ",", "non-structural", "antigen", "-", "NS1", "-", ",", "IgM", "Mac", "ELISA", ")", ",", "chikungunya", "(", "real-time", "PCR", ")", ",", "hantavirus", "(", "IgM", "Mac", "ELISA", ")", "and", "rickettsiosis", "(", "indirect", "immunofluorescence", ")", ".", "The", "determination", "of", "IgG", "and", "IgM", "specific", "for", "Rickettsia", "spp", ".", "was", "performed", "using", "the", "commercial", "kit", "Indirect", "Immunofluorescence", "(", "Focus", "Diagnostics", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", ".", "Recent", "infection", "was", "considered", "as", "the", "detection", "of", "IgM", "titres", "≥", "1", ":", "64", "and", "IgG", "≥", "1", ":", "256", ".", "Additionally", ",", "skin", "biopsies", "of", "the", "purpuric", "rash", "and", "left", "lower", "limb", "region", "were", "taken", "for", "detection", "of", "Rickettsia", "spp", ".", "by", "PCR", ".", "Tissue", "samples", "were", "processed", "with", "the", "commercial", "DNeasy", "Blood", "&", "Tissue", "QIAGEN", "kit", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", ".", "Partial", "amplification", "of", "the", "following", "genes", "was", "performed", ":", "gltA", ",", "ompA", ",", "ompB", ",", "htrD", "and", "the", "23S-5S", "rRNA", "intergenic", "spacer", ",", "according", "to", "the", "protocol", "described8", ".", "The", "amplification", "products", "obtained", "from", "the", "23S-5S", "rRNA", ",", "ompA", "and", "ompB", "genes", "were", "sequenced", "with", "the", "Big", "Dye", "Terminator", "v", "3", ".", "1", "Cycle", "sequencing", "kit", "(", "Applied", "Biosystems", ")", "and", "analysed", "on", "the", "ABI", "377", "Genetic", "Analyzer", "sequencer", "(", "PE", "Applied", "Biosystems", ")", ".", "The", "sequences", "obtained", "were", "compared", "with", "those", "deposited", "in", "GenBank", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "ncbi", ".", "nlm", ".", "nih", ".", "gov", "/", "genbank", "/", ")", "with", "the", "BLASTN", "tool", ",", "Nucleotide", "collection", "(", "nr", "/", "nt", ")", "database", "[", "National", "Center", "for", "Biotechnology", "Information", "(", "NCBI", ")", "]", ".", "Samples", "for", "diagnosis", "of", "rickettsiosis", "were", "referred", "to", "the", "Special", "Bacteriology", "Service", ",", "INEI-ANLIS", "\"", "Carlos", "G", ".", "Malbrán", "\"", ",", "CABA", "and", "the", "remaining", "samples", "to", "the", "Milagro", "Viejo", "Hospital", ",", "Salta", ".", "The", "patient", "was", "preventively", "covered", "with", "doxycycline", "200mg", "/", "12h", ".", "Results", ":", "dengue-negative", ";", "chikungunya-negative", ";", "hantavirus-negative", ";", "rickettsiosis-IgG", "non-reactive", "(", "<", "1", "/", "64", ")", ";", "IgM", "non-reactive", "(", "<", "1", "/", "64", ")", ".", "After", "72h", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "suffered", "cardiorespiratory", "arrest", "and", "died", ".", "Serial", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", "after", "6", "days", "of", "incubation", ".", "20", "days", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "a", "confirmatory", "diagnosis", "was", "obtained", "by", "amplification", "and", "partial", "sequencing", "of", "the", "ompB", "and", "ompA", "genes", ".", "The", "sequences", "obtained", "showed", "99", "%", "identity", "with", "strains", "available", "in", "GenBank", "of", "R", ".", "rickettsii", ",", "ompB", "and", "ompA", "genes", ",", "accession", "numbers", ":", "CP018914", ".", "1", ",", "CP018913", ".", "1", ",", "CP006010", ".", "1", "and", "MF988095", ".", "1", ",", "CP018914", ".", "1", ",", "CP018913", ".", "1", "respectively", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 43 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 43 }, { "text": "Dr", "label": "HUMAN", "start": 326, "end": 328 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 482, "end": 491 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 505, "end": 512 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 795, "end": 802 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1306, "end": 1313 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1490, "end": 1496 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 1537, "end": 1541 }, { "text": "chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 1766, "end": 1777 }, { "text": "hantavirus", "label": "SPECIES", "start": 1795, "end": 1805 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 1917, "end": 1931 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 1704, "end": 1710 }, { "text": "rickettsiosis", "label": "SPECIES", "start": 1826, "end": 1839 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 2254, "end": 2268 }, { "text": "Bacteriology", "label": "SPECIES", "start": 3110, "end": 3122 }, { "text": "chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 3324, "end": 3335 }, { "text": "hantavirus", "label": "SPECIES", "start": 3346, "end": 3356 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3237, "end": 3244 } ]

[ "", "A", "73-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "carotid", "stenosis", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "respiratory", "distress", "and", "altered", "mental", "status", ".", "Systematic", "anamnesis", "revealed", "dyspepsia", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "decreased", "oral", "intake", "for", "two", "days", ",", "but", "he", "reported", "no", "fever", "or", "chills", "at", "home", ".", "He", "had", "had", "contact", "with", "a", "sick", "person", "at", "home", ".", "Vital", "signs", "on", "first", "consultation", "were", "fever", "38", ".", "3", "°", "C", ",", "tachycardia", "with", "a", "pulse", "of", "102", "bpm", ",", "hypoxaemia", "with", "a", "saturation", "of", "85", "%", "on", "a", "100", "%", "reservoir", "mask", ".", "The", "patient", "was", "intubated", "in", "the", "ED", "with", "a", "diagnosis", "of", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", ".", "Because", "of", "the", "altered", "mental", "status", ",", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "loss", "of", "differentiation", "between", "grey", "and", "white", "matter", "in", "the", "left", "parietal", "and", "occipital", "lobes", ",", "consistent", "with", "acute", "infarction", ".", "A", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "diffuse", "ground-glass", "opacities", "and", "bilateral", "peripheral", "patchy", "alveolar", "opacities", ",", "characteristic", "of", "atypical", "pneumonia", "or", "COVID-19", "viral", "infection", ".", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "showed", "no", "abnormal", "findings", ".", "Blood", "tests", "showed", "leukocytopenia", "and", "lymphocytopenia", ".", "Urinalysis", "showed", "results", "within", "normal", "limits", ".", "C-reactive", "protein", "was", "elevated", "at", "26", "mg", "/", "dl", "(", "0-0", ".", "4", "mg", "/", "dl", ")", ".", "D-dimer", "was", "not", "checked", "during", "the", "hospital", "course", ".", "Polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "COVID-19", "detected", "the", "presence", "of", "the", "virus", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "showed", "no", "growth", ".", "A", "new", "cranial", "CT", "scan", "showed", "evolution", "towards", "a", "large", "acute", "infarction", "of", "the", "left", "MCA", "area", "with", "hyperdense", "appearance", "of", "the", "left", "MCA", "vessels", ",", "consistent", "with", "an", "acute", "thrombus", ".", "The", "patient", "was", "not", "considered", "a", "suitable", "candidate", "for", "neurosurgical", "intervention", "or", "thrombolysis", "because", "of", "his", "condition", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "aspirin", "and", "other", "symptomatic", "measures", ".", "Telemetry", "showed", "no", "abnormal", "heart", "rhythm", ".", "Finally", ",", "the", "family", "decided", "to", "take", "palliative", "measures", "and", "extubate", "the", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1823, "end": 1829 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 529, "end": 536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1577, "end": 1584 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1702, "end": 1709 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1883, "end": 1890 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1343, "end": 1348 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 985, "end": 990 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 357, "end": 363 } ]

[ "A", "43-year-old", "man", "from", "Morocco", "was", "admitted", "to", "our", "department", "for", "4", "days", "of", "painless", "mucocutaneous", "jaundice", ",", "coluria", "and", "generalised", "pruritus", ".", "The", "only", "history", "of", "interest", "was", "a", "treated", "tuberculosis", ",", "hypercholesterolemia", "under", "dietary", "treatment", "and", "mild", "smoking", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "following", "data", ":", "bilirubin", "19", ".", "44", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "110", "IU", "/", "ml", ",", "GPT", "371", "IU", "/", "ml", ",", "GGT", "632", "IU", "/", "ml", ",", "FA", "787", "IU", "/", "ml", ",", "LDH", "394", "IU", "/", "ml", ".", "Amylase", "and", "lipase", "were", "normal", "throughout", ".", "Hypergammaglobulinaemia", "(", "gamma", "globulin", "1", ".", "56", "%", ")", "was", "also", "notable", ",", "with", "IgG", "1840", "IU", "/", "ml", "(", "751-1560", "IU", "/", "ml", ")", ".", "The", "CA", "19-9", "marker", "was", "82", "IU", "/", "ml", ".", "Autoantibodies", "(", "ANA", ",", "AMA", ",", "AMA-2", ",", "ANCA", ",", "LKM1", ",", "SMA", ",", "SLA", "and", "F-actin", ")", "and", "serologies", "for", "viruses", "and", "bacteria", "(", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "VZV", ",", "HSV", ",", "parotidis", "virus", ",", "parvovirus", "B19", ",", "Brucella", ",", "Borrelia", ",", "Coxiella", ",", "Leishmania", ",", "Rickettsiae", "and", "Toxoplasma", ")", "were", "negative", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "dilatation", "of", "the", "intra", "-", "and", "extrahepatic", "bile", "duct", "and", "echoendoscopy", "(", "EUS", ")", "showed", "an", "enlarged", "pancreas", "with", "a", "3", "cm", "focal", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "head", "and", "mild", "posterior", "dilatation", "of", "the", "pancreatic", "duct", ".", "The", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "also", "showed", "an", "overall", "enlarged", "pancreas", ",", "hypodense", ",", "with", "a", "hypodense", "peripancreatic", "halo", ",", "with", "a", "smooth", "border", ",", "without", "involvement", "of", "the", "peripancreatic", "fat", ",", "and", ",", "at", "the", "retroperitoneal", "level", ",", "in", "the", "periaortic", "location", "with", "extension", "to", "bilateral", "iliac", "territory", ",", "a", "dense", "tissue", "surrounding", "these", "vascular", "structures", "like", "a", "case", ",", "all", "of", "which", "was", "compatible", "with", "autoimmune", "pancreatitis", "with", "retroperitoneal", "fibrosis", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "pruritus", "and", "manifest", "cholestasis", ",", "percutaneous", "biliary", "drainage", "was", "performed", "and", "the", "cholangiography", "showed", "a", "stenosing", "lesion", "in", "the", "distal", "common", "bile", "duct", "suggestive", "of", "pancreatic", "neoplasia", ".", "In", "view", "of", "this", "possibility", ",", "as", "a", "first", "differential", "diagnosis", ",", "a", "fine", "needle", "puncture-aspiration", "guided", "by", "EUS", "was", "performed", "with", "negative", "cytology", "for", "malignant", "cells", "and", "negative", "Zielh", "staining", ".", "Given", "the", "absence", "of", "confirmation", "of", "neoplasia", ",", "and", "with", "the", "suspicion", "of", "autoimmune", "pancreatitis", ",", "an", "endoscopic", "retrograde", "cholangiopancreatography", "(", "ERCP", ")", "was", "performed", ",", "observing", "dilatation", "of", "the", "main", "bile", "duct", "with", "a", "regular", "stenosis", "in", "its", "distal", "portion", ",", "of", "about", "3-4", "cm", ",", "of", "benign", "appearance", ",", "over", "which", "a", "plastic", "stent", "was", "placed", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "corticosteroids", "(", "methylprednisolone", "at", "a", "dose", "of", "32", "mg", "/", "day", ")", "and", "the", "percutaneous", "drain", "was", "removed", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "probable", "PAI", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "and", "followed", "up", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "with", "normalisation", "of", "all", "analytical", "parameters", "and", "resolution", "in", "the", "control", "abdominal", "CT", "scan", ",", "at", "one", "and", "four", "months", ",", "of", "the", "lesions", "described", "initially", ",", "with", "normalisation", "of", "the", "pancreatic", "size", "and", "appearance", "and", "disappearance", "of", "the", "retroperitoneal", "fibrosis", ".", "The", "dose", "of", "corticosteroids", "was", "progressively", "reduced", "until", "it", "was", "completely", "withdrawn", "at", "4", "months", ",", "and", "the", "biliary", "stent", "was", "also", "withdrawn", ".", "To", "date", ",", "after", "24", "months", "of", "follow-up", ",", "the", "patient", "has", "remained", "asymptomatic", "with", "no", "recurrence", "of", "autoimmune", "pancreatitis", "or", "retroperitoneal", "fibrosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 774, "end": 782 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 764, "end": 772 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 711, "end": 714 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 784, "end": 792 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 706, "end": 709 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 794, "end": 804 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 822, "end": 832 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 716, "end": 719 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 696, "end": 699 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 701, "end": 704 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 726, "end": 729 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 721, "end": 724 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 681, "end": 689 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2460, "end": 2467 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2974, "end": 2981 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 741, "end": 746 }, { "text": "parotidis virus", "label": "SPECIES", "start": 731, "end": 746 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 748, "end": 762 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 691, "end": 694 }, { "text": "Rickettsiae", "label": "SPECIES", "start": 806, "end": 817 } ]

[ "We", "present", "a", "clinical", "case", "of", "a", "2-year-old", "boy", "who", "presented", "with", "anaphylaxis", "after", "ingestion", "of", "lentils", ".", "His", "medical", "history", "includes", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "allergy", ",", "egg", "allergy", ",", "atopic", "skin", "and", "allergic", "rhinitis", ".", "At", "8", "months", "of", "age", ",", "after", "eating", "lentils", ",", "the", "patient", "suddenly", "developed", "urticaria", "with", "coughing", "and", "difficulty", "breathing", ",", "which", "self-limited", "after", "10-20", "minutes", "and", "he", "did", "not", "go", "to", "any", "health", "centre", ".", "Subsequently", ",", "they", "explain", "urticaria", "with", "the", "ingestion", "of", "chickpeas", "and", "white", "beans", ".", "No", "reaction", "with", "peanuts", ",", "peas", "or", "hazelnuts", ".", "The", "allergological", "study", "showed", "eosinophilia", "of", "4", ".", "5", "%", ",", "total", "IgE", "859", "KU", "/", "L", ",", "specific", "IgE", "(", "KU", "/", "L", ")", "lentils", "32", ".", "3", ",", "chickpea", "16", ".", "7", ",", "alpha-lactoalbumin", "25", ".", "5", ",", "beta-lactoglobulin", "25", ".", "9", ",", "casein", "43", ".", "5", ",", "ovomucoid", "2", ".", "29", ",", "ovalbumin", "17", ".", "Positive", "skin", "prick", "test", ":", "D", ".", "pteronyssinus", ",", "D", ".", "farinae", ",", "ovalbumin", ",", "beta-lactoglobulin", ",", "alpha-lactoalbumin", "and", "lentil", ".", "Negative", "for", "white", "beans", ",", "chickpeas", "and", "nuts", ".", "In", "the", "ISAC", "the", "vicilin-like", "storage", "proteins", "Ara", "h", "1", "0", ".", "7", "ISU-E", "and", "Cor", "a", "9", "0", ".", "5", "ISU-E", ".", "Pending", "oral", "challenge", "test", "on", "white", "beans", "and", "chickpeas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 135, "end": 138 }, { "text": "chickpeas", "label": "SPECIES", "start": 472, "end": 481 }, { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 97, "end": 104 }, { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 244, "end": 251 }, { "text": "white beans", "label": "SPECIES", "start": 486, "end": 497 }, { "text": "peanuts", "label": "SPECIES", "start": 516, "end": 523 }, { "text": "peas", "label": "SPECIES", "start": 525, "end": 529 }, { "text": "chickpeas", "label": "SPECIES", "start": 905, "end": 914 }, { "text": "chickpeas", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1068 }, { "text": "chickpea", "label": "SPECIES", "start": 653, "end": 661 }, { "text": "D. pteronyssinus", "label": "SPECIES", "start": 787, "end": 803 }, { "text": "D. farinae", "label": "SPECIES", "start": 805, "end": 815 }, { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 639, "end": 646 }, { "text": "white beans", "label": "SPECIES", "start": 892, "end": 903 }, { "text": "white beans", "label": "SPECIES", "start": 1043, "end": 1054 }, { "text": "lentil", "label": "SPECIES", "start": 871, "end": 877 } ]

[ "A", "52-year-old", "man", "with", "a", "doubtful", "allergy", "to", "penicillins", ",", "splenectomy", "for", "thrombocytopenia", "secondary", "to", "splenic", "sequestration", "in", "1984", ".", "In", "2007", "he", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "septic", "shock", "with", "multi-organ", "dysfunction", "secondary", "to", "pneumococcal", "CAP", ".", "Secondary", "to", "vasoactive", "drugs", "he", "developed", "necrosis", "due", "to", "vasoconstriction", ",", "which", "led", "to", "amputation", "of", "the", "distal", "phalanges", "of", "both", "hands", "and", "the", "first", "of", "the", "left", "foot", ".", "He", "is", "being", "treated", "with", "pregabalin", "and", "amitriptyline", ".", "As", "epidemiological", "history", "she", "has", "a", "dog", ",", "has", "not", "travelled", "in", "the", "last", "few", "months", "and", "denies", "risky", "sexual", "relations", ".", "She", "was", "admitted", "with", "a", "fever", "of", "39oC", "of", "3", "days", "'", "evolution", "accompanied", "by", "a", "dry", "irritative", "cough", "and", "bilateral", "frontotemporal", "headache", ".", "Examination", "revealed", "no", "lymphadenopathies", "with", "normal", "oropharynx", ",", "skin", "and", "skin", "folds", ".", "Normal", "auscultation", ".", "Abdomen", "soft", ",", "non-painful", ",", "with", "laparotomy", "scar", ".", "Normal", "neurological", "examination", ".", "In", "the", "tests", "performed", ":", "AST", ",", "ALT", ",", "GGT", "49", ".", "99", ",", "220", "U", "/", "l", "respectively", "and", "PCR", "15", "mg", "/", "dl", ",", "serology", "of", "S", ".", "pneumoniae", ",", "H", ".", "influenzae", ",", "N", ".", "meningitidis", ",", "M", ".", "pneumoniae", ",", "C", ".", "pneumoniae", ",", "Coxiella", "Burnetti", ",", "Legionella", "pneumophila", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "toxoplasma", ",", "rickettsia", ",", "leishmania", "were", "negative", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "taken", "with", "fever", "and", "were", "pending", "at", "48", "hours", ".", "There", "were", "no", "chest", "X-ray", "findings", ".", "After", "a", "single", "dose", "of", "ceftriaxone", "prescribed", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "remained", "afebrile", "with", "persistent", "cough", "and", "was", "discharged", "with", "suspicion", "of", "viral", "infection", ".", "At", "72", "hours", "Bordetella", "holmesii", "multisensitive", ",", "from", "a", "respiratory", "focus", "in", "a", "splenectomised", "patient", ",", "was", "isolated", "in", "all", "batches", "of", "blood", "cultures", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "ciprofloxacin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Coxiella Burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1090, "end": 1107 }, { "text": "Legionella pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 1109, "end": 1131 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1179, "end": 1189 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 510, "end": 513 }, { "text": "rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1167, "end": 1177 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1155, "end": 1165 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1133, "end": 1153 }, { "text": "S. pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1013, "end": 1026 }, { "text": "H. influenzae", "label": "SPECIES", "start": 1028, "end": 1041 }, { "text": "N. meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 1043, "end": 1058 }, { "text": "M. pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1060, "end": 1073 }, { "text": "C. pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1075, "end": 1088 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1394, "end": 1401 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1589, "end": 1596 }, { "text": "Bordetella holmesii", "label": "SPECIES", "start": 1508, "end": 1527 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1479, "end": 1484 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "41-year-old", "black", "male", ",", "born", "in", "Nigeria", ",", "who", "had", "been", "living", "in", "Spain", "since", "the", "age", "of", "24", ".", "He", "travelled", "to", "Nigeria", "on", "an", "almost", "annual", "basis", "and", "the", "last", "trip", "he", "had", "made", "was", "recently", ",", "returning", "10", "days", "before", "the", "time", "of", "consultation", ".", "She", "worked", "with", "her", "brother", "in", "a", "shop", ".", "She", "had", "been", "in", "a", "stable", "relationship", "for", "4", "years", ".", "He", "had", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "He", "was", "a", "regular", "cannabis", "user", ".", "He", "had", "no", "medical", "history", "of", "interest", "and", "was", "not", "undergoing", "regular", "treatment", ".", "She", "consulted", "in", "February", "2017", "for", "ten", "days", "of", "dyspnoea", ",", "cough", "and", "whitish", "expectoration", ".", "She", "also", "reported", "pleuritic", "pain", "on", "her", "left", "side", ".", "He", "also", "presented", "with", "asthenia", ",", "non-thermometric", "febrile", "sensation", "and", "unquantified", "weight", "loss", ".", "She", "also", "had", "non-pruritic", "and", "non-painful", "skin", "lesions", "that", "had", "started", "the", "previous", "month", "while", "she", "was", "in", "her", "own", "country", ".", "On", "examination", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ".", "Blood", "pressure", "was", "108", "/", "75", "mmHg", ",", "heart", "rate", "80", "beats", "per", "minute", "and", "oxygen", "saturation", "was", "90", "%", "when", "breathing", "room", "air", ".", "He", "was", "afebrile", ".", "She", "had", "non-painful", "lymphadenopathies", "between", "one", "and", "two", "centimetres", "in", "diameter", ",", "with", "smooth", "borders", "and", "not", "adhered", "to", "deep", "planes", "at", "cervical", ",", "axillary", "and", "inguinal", "level", ".", "He", "had", "skin", "lesions", "on", "the", "trunk", ",", "upper", "and", "lower", "extremities", "consisting", "of", "hyperpigmented", "papules", "about", "5", "millimetres", "in", "diameter", "that", "affected", "the", "soles", "of", "the", "feet", "and", "palms", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "rhythmic", ",", "without", "murmurs", "or", "cardiac", "friction", "rubs", ",", "with", "bibasal", "rhonchi", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "megaliths", "and", "not", "painful", ".", "The", "lower", "limbs", "showed", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Blood", "tests", "showed", "a", "haemoglobin", "of", "16", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "7", ",", "820", "leukocytes", "per", "microlitre", "with", "3", ",", "430", "neutrophils", "per", "microlitre", ",", "3", ",", "110", "lymphocytes", "per", "microlitre", ",", "1", ",", "060", "monocytes", "per", "microlitre", ",", "120", "eosinophils", "per", "microlitre", "and", "263", ",", "000", "platelets", "per", "microlitre", ".", "Coagulation", "was", "within", "normal", "limits", ".", "Basic", "biochemistry", ",", "C-reactive", "protein", ",", "liver", "profile", "and", "proteinogram", "were", "within", "normal", ".", "Legionella", "and", "pneumococcal", "antigenuria", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "cardiac", "silhouette", "within", "the", "limits", "of", "normality", ",", "with", "a", "diffuse", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", ",", "more", "marked", "in", "the", "lung", "bases", ",", "without", "mediastinal", "widening", "with", "free", "costophrenic", "sinuses", ".", "The", "electrocardiogram", "was", "normal", ".", "With", "the", "initial", "suspicion", "of", "pulmonary", "tuberculosis", ",", "Mantoux", "test", "and", "sputum", "smear", "test", "were", "negative", ".", "In", "addition", ",", "PCR", "of", "nasopharyngeal", "exudate", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", "for", "influenza", "A", "non-H1N1", "virus", ".", "Subsequently", ",", "a", "fibrobronchoscopy", "and", "a", "mycobacterial", "blood", "culture", "were", "requested", ".", "During", "the", "fibrobronchoscopy", "procedure", ",", "there", "was", "a", "significant", "hypoxaemia", "event", "that", "prevented", "the", "test", "from", "being", "carried", "out", "correctly", ",", "so", "it", "was", "interrupted", "and", "only", "samples", "could", "be", "taken", "by", "BAS", "for", "microbiology", ".", "Bronchopulmonary", "structures", "were", "described", "as", "normal", ".", "The", "following", "microbiological", "results", "were", "received", ":", "BAS", "culture", "for", "bacteria", "and", "fungi", "and", "staining", "for", "Pneumocystis", "jirovecii", "and", "mycobacteria", "negative", ".", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "syphilis", "serologies", "were", "negative", ".", "The", "proteinogram", "was", "normal", ".", "Pending", "culture", "in", "Löwestein", "medium", ".", "Treatment", "with", "oseltamivir", "and", "levofloxacin", "was", "started", "as", "atypical", "bacterial", "pneumonia", "could", "not", "be", "ruled", "out", ".", "To", "complete", "the", "study", "of", "polyadenopathic", "syndrome", "with", "skin", "lesions", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", ",", "biopsy", "of", "adenopathy", "and", "biopsy", "of", "the", "skin", "lesions", "were", "requested", ".", "Despite", "having", "started", "the", "correct", "treatment", "for", "influenza", ",", "on", "the", "fifth", "day", "of", "admission", "he", "presented", "clinical", "deterioration", "with", "increased", "dyspnoea", "and", "increased", "respiratory", "work", ",", "and", "was", "assessed", "by", "the", "intensive", "care", "department", ",", "which", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ".", "The", "poor", "clinical", "condition", "required", "orotracheal", "intubation", "and", "haemodynamic", "support", "with", "vasoactive", "drugs", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "diffuse", "alveolar", "infiltrates", "in", "both", "lung", "fields", "with", "air", "bronchograms", ",", "condensation", "and", "areas", "of", "ground", "glass", "in", "relation", "to", "respiratory", "distress", ".", "In", "the", "left", "axillary", "region", "there", "were", "lymphadenopathies", "between", "9", ".", "5", "and", "11", ".", "5", "mm", "in", "short", "axis", ".", "There", "were", "no", "hilar", "or", "mediastinal", "adenopathies", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "showed", "hepatomegaly", "with", "smooth", "contours", "and", "homogeneous", "density", ".", "Adenopathies", "of", "between", "9", "and", "21", "mm", "were", "observed", "at", "para-aortic", ",", "paracaval", ",", "interaortocaval", "and", "in", "both", "primitive", "iliac", "arteries", ".", "In", "addition", ",", "multiple", "lytic", "lesions", "were", "observed", "in", "the", "dorsolumbar", "spine", ",", "ribs", ",", "scapulae", ",", "clavicles", "and", "pelvis", ",", "the", "largest", "being", "14", "mm", "in", "the", "right", "iliac", "blade", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "are", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "no", "previous", "data", "of", "immunosuppression", "with", "pulmonary", "infiltrates", ",", "negative", "smear", "microscopy", ",", "a", "positive", "flu", "test", "and", "a", "poor", "clinical", "evolution", "despite", "having", "started", "the", "correct", "treatment", ".", "The", "presence", "of", "lymphadenopathy", ",", "multifocal", "lytic", "bone", "lesions", "and", "skin", "lesions", "lead", "us", "to", "question", "a", "series", "of", "possible", "diagnoses", ".", "Among", "the", "autoimmune", "diseases", ",", "sarcoidosis", "should", "be", "considered", "first", "and", "foremost", ".", "The", "skin", "lesions", "in", "sarcoidosis", "are", "very", "varied", ".", "The", "most", "common", "form", "is", "erythema", "nodosum", ".", "Involvement", "in", "the", "form", "of", "papules", "is", "also", "common", "but", "typically", "has", "a", "different", "distribution", "to", "that", "of", "our", "patient", ",", "extending", "over", "the", "face", "rather", "than", "the", "trunk", "and", "extremities", ".", "Bone", "involvement", "usually", "consists", "of", "arthritis", "or", "bone", "cysts", "in", "the", "phalanges", "of", "the", "hands", "and", "feet", ",", "which", "was", "not", "present", "in", "our", "patient", ".", "In", "addition", ",", "the", "absence", "of", "the", "typical", "hilar", "lymphadenopathy", "would", "be", "against", "the", "diagnosis", "of", "sarcoidosis", ".", "A", "disseminated", "fungal", "infection", "should", "be", "considered", ".", "Histoplasmosis", "is", "the", "most", "frequent", "cause", "of", "respiratory", "fungal", "infection", ".", "The", "duboissi", "variety", "is", "the", "most", "common", "with", "bone", "and", "skin", "involvement", ".", "Negative", "culture", "results", "obtained", "by", "BAS", "would", "contradict", "this", "diagnosis", ".", "In", "addition", ",", "the", "capsulatum", "variety", "is", "endemic", "in", "some", "countries", "in", "South", "America", "and", "the", "United", "States", "and", "the", "duboisii", "variety", "in", "Central", "Africa", ",", "neither", "being", "endemic", "in", "Nigeria", ".", "Another", "cause", "of", "disseminated", "mycosis", "is", "blastomycosis", ".", "Bone", "involvement", "is", "typically", "described", "as", "lytic", "lesions", "as", "in", "our", "case", ".", "The", "skin", "lesions", "of", "blastomycosis", "do", "not", "resemble", "those", "of", "our", "case", "as", "they", "are", "typically", "described", "as", "warty", "with", "irregular", "borders", "and", "grey", "or", "violet", "in", "colour", "along", "with", "microabscesses", ".", "It", "is", "also", "endemic", "in", "parts", "of", "the", "United", "States", "and", "Canada", ".", "Disseminated", "cryptococcosis", "presents", "with", "bone", "involvement", "with", "lytic", "forms", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "our", "patient", ".", "Cutaneous", "involvement", "may", "be", "in", "the", "form", "of", "papules", "but", "also", "plaques", "or", "ulcers", ".", "In", "favour", "of", "the", "diagnosis", "would", "be", "the", "fact", "that", "the", "infection", "has", "a", "worldwide", "distribution", ",", "but", "against", "it", "would", "be", "the", "absence", "of", "meningoencephalitis", ",", "which", "is", "the", "most", "frequent", "involvement", "in", "cryptococcosis", ".", "With", "regard", "to", "tuberculosis", ",", "we", "know", "that", "a", "negative", "smear", "microscopy", "does", "not", "rule", "out", "the", "presence", "of", "pulmonary", "tuberculosis", ",", "as", "we", "are", "still", "awaiting", "culture", "in", "Löwestein", "'", "s", "medium", ".", "However", ",", "it", "would", "be", "surprising", "if", ",", "given", "such", "extensive", "pulmonary", "involvement", ",", "the", "smear", "test", "was", "negative", ".", "It", "would", "be", "unlikely", "that", "our", "patient", "had", "extrapulmonary", "disseminated", "tuberculosis", ".", "Against", "this", "possibility", ",", "our", "patient", "has", "no", "HIV", "infection", ",", "no", "dissociated", "colostasis", ",", "no", "persistent", "fever", ",", "and", "no", "lymph", "nodes", "with", "a", "hypodense", "centre", "on", "imaging", "tests", "suggestive", "of", "necrosis", ".", "Bacillary", "angiomatosis", "would", "be", "another", "diagnosis", "to", "consider", ",", "caused", "by", "Bartonella", "henselae", ".", "This", "gram-negative", "bacillus", "is", "endemic", "worldwide", ".", "Its", "forms", "of", "bone", "involvement", "include", "lytic", "lesions", "as", "in", "our", "case", ".", "Against", "the", "diagnosis", "would", "be", "the", "fact", "that", "the", "patient", "does", "not", "have", "HIV", "infection", ",", "this", "being", "the", "group", "of", "patients", "in", "which", "this", "condition", "is", "most", "frequently", "described", ".", "Also", "against", "the", "diagnosis", "is", "the", "fact", "that", "the", "skin", "lesions", "start", "as", "red", "or", "purple", "vesicles", "and", "progressively", "spread", ".", "This", "was", "not", "the", "form", "of", "skin", "involvement", "in", "our", "patient", ".", "Another", "diagnostic", "possibility", "is", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ".", "Human", "herpes", "virus", "8", "is", "the", "causative", "agent", "and", "is", "the", "most", "common", "neoplasm", "in", "untreated", "HIV", "patients", "but", "also", "appears", "in", "other", "immunosuppressed", "states", ".", "At", "the", "cutaneous", "level", ",", "the", "presence", "of", "a", "multicentric", "vascular", "tumour", "produces", "purplish", "or", "red", "papules", "or", "macules", "that", "may", "coalesce", "and", "form", "plaques", "or", "nodules", ".", "Occasionally", "the", "nodules", "may", "penetrate", "soft", "tissue", "and", "invade", "bone", ".", "Negativity", "for", "HIV", "makes", "this", "diagnosis", "less", "likely", ",", "together", "with", "the", "fact", "that", "the", "skin", "lesions", "presented", "by", "our", "patient", "do", "not", "resemble", "those", "typically", "described", "in", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ".", "Given", "the", "polyadenopathic", "picture", ",", "we", "might", "think", "that", "it", "could", "be", "a", "lymphoproliferative", "syndrome", "and", "that", "this", "would", "not", "be", "ruled", "out", "until", "an", "adenopathic", "biopsy", "was", "available", ".", "In", "this", "case", ",", "a", "series", "of", "diagnoses", "could", "be", "considered", ".", "Langerhans", "cell", "histiocytosis", "is", "a", "multi-organ", "proliferative", "disorder", "of", "histiocytes", "that", "can", "affect", "bone", ",", "skin", ",", "lung", "and", "other", "organs", "such", "as", "spleen", "and", "liver", ".", "It", "can", "affect", "any", "age", "group", "but", "unlike", "in", "our", "case", ",", "it", "is", "more", "typically", "diagnosed", "in", "childhood", ".", "Hairy", "cell", "leukaemia", "is", "a", "rare", "lymphoproliferative", "process", "of", "B", "cells", "of", "the", "blood", ",", "bone", "marrow", "and", "spleen", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "would", "show", "fibrosis", ".", "In", "peripheral", "blood", "the", "leukaemic", "cells", "would", "show", "cytoplasmic", "projections", "that", "look", "like", "\"", "hairy", "cells", "\"", ".", "In", "favour", "of", "this", "diagnosis", "is", "the", "fact", "that", "it", "is", "more", "frequently", "described", "in", "males", "than", "in", "females", "with", "a", "4", ":", "1", "ratio", ".", "Although", "it", "is", "considered", "uncommon", ",", "individuals", "have", "been", "described", "with", "the", "presence", "of", "lytic", "bone", "lesions", "and", "skin", "involvement", ",", "but", "unlike", "in", "our", "case", ",", "the", "most", "frequent", "skeletal", "involvement", "is", "usually", "in", "the", "femoral", "head", "or", "neck", "and", "other", "affected", "areas", "are", "the", "tibia", ",", "vertebrae", "and", "humerus", ".", "Castelman", "'", "s", "disease", "or", "also", "called", "angiofollicular", "lymph", "node", "hyperplasia", "in", "its", "multicentric", "presentation", "is", "another", "possibility", ".", "Here", "human", "herpes", "virus", "8", "has", "been", "described", "as", "the", "aetiological", "agent", "of", "the", "disease", "in", "both", "HIV-infected", "and", "uninfected", "patients", ".", "In", "this", "case", "the", "lytic", "bone", "lesions", "are", "not", "as", "frequent", "and", "the", "skin", "lesions", "do", "not", "closely", "resemble", "those", "presented", "by", "our", "patient", "as", "they", "usually", "present", "as", "violaceous", "papules7", ".", "Adult", "T-cell", "leukaemia", "is", "related", "to", "human", "lymphotropic", "virus", "type", "1", ".", "Clinically", ",", "it", "may", "present", "as", "lymphadenopathy", ",", "hepatosplenomegaly", ",", "lytic", "bone", "lesions", "accompanied", "by", "hypercalcaemia", "and", "skin", "lesions", "that", "may", "vary", "widely", ".", "The", "incidence", "of", "this", "condition", "is", "higher", "in", "patients", "who", "come", "from", "areas", "where", "HTLV1", "is", "endemic", ",", "as", "is", "the", "case", "in", "West", "Africa", ",", "where", "our", "patient", "came", "from8", ".", "A", "lymphoproliferative", "disorder", "associated", "with", "this", "virus", "cannot", "be", "ruled", "out", "in", "our", "patient", ".", "Evolution", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", "he", "presented", "progressive", "clinical", "deterioration", ".", "It", "was", "decided", "to", "add", "methylprednisolone", "treatment", "due", "to", "the", "suspicion", "of", "respiratory", "distress", "syndrome", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "modified", "to", "levofloxacin", "and", "ceftriaxone", ".", "Oseltamivir", "was", "discontinued", "after", "5", "days", "of", "treatment", ".", "Several", "biopsies", "of", "the", "skin", "lesions", "were", "performed", "and", "samples", "were", "sent", "for", "microbiological", "and", "pathological", "examination", ".", "Cultures", "for", "fungi", "and", "mycobacteria", "were", "negative", ".", "PAS", "histochemical", "technique", "was", "performed", "and", "the", "report", "described", "a", "chronic", "perivascular", "and", "interstitial", "inflammatory", "infiltrate", "and", "no", "fungi", "were", "identified", ".", "HIV", "serology", "was", "again", "requested", "and", "was", "negative", "again", ".", "As", "a", "complication", "associated", "with", "mechanical", "ventilation", ",", "he", "presented", "bilateral", "pneumonia", ",", "with", "isolation", "of", "extended-spectrum", "beta-lactamase-producing", "Klebsiella", "pneumoniae", "in", "the", "BAS", "and", "blood", "culture", ".", "For", "this", "reason", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "modified", "and", "amikacin", "and", "ertapenem", "were", "started", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "progressive", "increase", "in", "leukocytosis", ",", "reaching", "a", "maximum", "of", "77", ",", "920", "leukocytes", "with", "70", ",", "360", "neutrophils", ",", "4900", "lymphocytes", ",", "5610", "monocytes", "and", "0", "eosinophils", ".", "There", "was", "progressive", "thrombopenia", "with", "platelets", "reaching", "a", "value", "of", "59", ",", "000", "and", "progressive", "anaemia", "with", "haemoglobin", "reaching", "a", "value", "of", "100g", "/", "L", ".", "On", "the", "twentieth", "day", "of", "admission", "to", "the", "ICU", "he", "presented", "a", "significant", "haemodynamic", "deterioration", "requiring", "high", "doses", "of", "vasoactive", "drugs", "and", "extracorporeal", "renal", "depuration", "due", "to", "renal", "function", "failure", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", "showing", "a", "cavity", "in", "the", "right", "middle", "lobe", ".", "Galactomannan", "was", "requested", "in", "blood", "with", "a", "result", "of", "4", ".", "41", "U", "/", "ml", "and", ",", "given", "the", "high", "suspicion", "of", "a", "disseminated", "fungal", "infection", ",", "empirical", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "voriconazole", "was", "started", ".", "Two", "days", "after", "starting", "antifungal", "treatment", "and", "23", "days", "after", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "he", "died", ".", "A", "necropsy", "was", "requested", "with", "the", "following", "report", ":", "Existence", "of", "bilateral", "cavitated", "necrotising", "pneumonia", "with", "positive", "culture", "for", "Aspergillus", "fumigatus", "and", "extensive", "associated", "diffuse", "alveolar", "damage", ".", "In", "the", "analysis", "of", "the", "mediastinal", "adenopathies", ",", "the", "following", "microscopic", "description", "was", "made", ":", "Lymph", "nodes", "with", "infiltration", "by", "a", "diffuse", "lymphoproliferative", "process", ",", "which", "does", "not", "completely", "erase", "the", "lymph", "node", "architecture", ",", "made", "up", "of", "cells", "of", "different", "sizes", ",", "with", "a", "predominance", "of", "medium-sized", "cells", "and", "the", "presence", "of", "large", "elements", ",", "somewhat", "pleomorphic", ".", "The", "IHC", "study", "showed", "a", "CD3", "(", "+", ")", "/", "CD5", "+", "/", "CD7", "-", ",", "TCRbetaF1", "+", ",", "CD4", "+", "/", "CD8", "-", ",", "CD43", "(", "+", ")", ",", "CD25", "+", ",", "PD", ".", "1", "-", ",", "CD56", "-", "/", "granzyme", "B", "-", ",", "TdT", "-", "/", "CD1a", "-", ",", "EBER", "-", ",", "CD30", "+", "-", "and", "S100", "-", "phenotype", ",", "with", "no", "accompanying", "follicular", "dendritic", "cells", ".", "A", "T", "rearrangement", "study", "was", "carried", "out", "and", "clonality", "was", "detected", ".", "A", "diagnosis", "of", "adult", "T-cell", "lymphoma", "/", "leukaemia", "was", "established", ".", "Three", "weeks", "later", "a", "report", "was", "received", "from", "the", "Carlos", "III", "Institute", "with", "a", "positive", "result", "for", "HTLV1", ".", "Final", "diagnosis", "Severe", "bilateral", "influenza", "virus", "pneumonia", ".", "Bilateral", "acute", "necrotising", "pneumonia", ",", "cavitated", "by", "Aspergillus", "fumigatus", "with", "signs", "of", "angioinvasion", ".", "Adult", "T-cell", "lymphoma", "/", "leukaemia", "associated", "with", "HTLV1", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 400, "end": 408 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 47 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2057, "end": 2067 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3084, "end": 3087 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3034, "end": 3056 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3089, "end": 3092 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3094, "end": 3097 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2998, "end": 3006 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3011, "end": 3016 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3061, "end": 3073 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3102, "end": 3110 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2566, "end": 2571 }, { "text": "H1N1", "label": "SPECIES", "start": 2561, "end": 2565 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 2545, "end": 2554 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 3537, "end": 3546 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 4722, "end": 4738 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4634, "end": 4641 }, { "text": "flu", "label": "SPECIES", "start": 4751, "end": 4754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5251, "end": 5258 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5453, "end": 5460 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 7449, "end": 7468 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7229, "end": 7232 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7659, "end": 7662 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 8079, "end": 8082 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 8388, "end": 8391 }, { "text": "gram-negative bacillus", "label": "SPECIES", "start": 7475, "end": 7497 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 6860, "end": 6876 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 5586, "end": 5592 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 5682, "end": 5688 }, { "text": "Human herpes virus 8", "label": "SPECIES", "start": 7990, "end": 8010 }, { "text": "individuals", "label": "HUMAN", "start": 9461, "end": 9472 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 9041, "end": 9050 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6506, "end": 6513 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7130, "end": 7137 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7214, "end": 7221 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7637, "end": 7644 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7929, "end": 7936 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8488, "end": 8495 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7698, "end": 7706 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8083, "end": 8091 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 8003, "end": 8008 }, { "text": "Bacillary", "label": "SPECIES", "start": 7376, "end": 7385 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 9945, "end": 9948 }, { "text": "HTLV1", "label": "SPECIES", "start": 10468, "end": 10473 }, { "text": "Adult", "label": "HUMAN", "start": 10163, "end": 10168 }, { "text": "human herpes virus 8", "label": "SPECIES", "start": 9856, "end": 9876 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10107, "end": 10114 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10527, "end": 10534 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10632, "end": 10639 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9973, "end": 9981 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 10433, "end": 10441 }, { "text": "human lymphotropic virus type 1", "label": "SPECIES", "start": 10200, "end": 10231 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 9869, "end": 9874 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 10219, "end": 10224 }, { "text": "HTLV1", "label": "SPECIES", "start": 13557, "end": 13562 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 13411, "end": 13416 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 12483, "end": 12493 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 12361, "end": 12367 }, { "text": "Aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 13677, "end": 13698 }, { "text": "HTLV1", "label": "SPECIES", "start": 13776, "end": 13781 }, { "text": "Adult", "label": "HUMAN", "start": 13728, "end": 13733 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 13608, "end": 13613 }, { "text": "influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 13598, "end": 13613 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 13598, "end": 13607 } ]

[ "Our", "patient", "is", "a", "56-year-old", "man", "with", "end-stage", "renal", "failure", "secondary", "to", "IgA", "nephropathy", ",", "confirmed", "by", "biopsy", ",", "on", "haemodialysis", "since", "the", "end", "of", "2016", ".", "He", "has", "coronary", "artery", "disease", "with", "ischaemic", "cardiomyopathy", "and", "underwent", "percutaneous", "coronary", "intervention", "on", "the", "right", "coronary", "and", "anterior", "interventricular", "arteries", "shortly", "after", "the", "start", "of", "dialysis", ".", "He", "had", "an", "improvement", "in", "his", "cardiac", "ejection", "fraction", "from", "44", "%", "in", "2016", "to", "52", "%", "under", "optimal", "medical", "therapy", ".", "He", "started", "treatment", "with", "losartan", "25", "mg", "per", "day", "when", "diagnosed", "with", "ischaemic", "cardiomyopathy", ",", "which", "was", "then", "increased", "to", "the", "maximum", "tolerated", "dose", "of", "100", "mg", "per", "day", "about", "12", "months", "prior", "to", "this", "admission", ".", "The", "patient", "is", "a", "practising", "professional", "and", "complies", "with", "the", "prescribed", "medication", "and", "treatments", ".", "Until", "this", "time", ",", "he", "was", "on", "the", "lists", "for", "renal", "transplantation", ".", "The", "patient", "had", "recently", "travelled", "to", "South", "Korea", "in", "early", "January", "2020", "and", "had", "returned", "to", "the", "United", "States", "in", "late", "January", ",", "but", "before", "the", "COVID-19", "outbreak", "was", "identified", "in", "Daegu", ",", "South", "Korea", ".", "As", "of", "early", "March", "2020", ",", "he", "was", "in", "good", "health", "with", "no", "relevant", "symptoms", ".", "Five", "days", "prior", "to", "his", "admission", ",", "he", "presented", "to", "an", "emergency", "clinic", "with", "nausea", ",", "vomiting", ",", "intestinal", "colic", "and", "symptoms", "of", "fever", ";", "of", "note", ",", "he", "reported", "no", "respiratory", "complaints", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "viral", "gastroenteritis", ",", "given", "recommendations", "for", "symptom", "management", "and", "discharged", ".", "That", "same", "afternoon", "he", "attended", "our", "emergency", "department", "with", "the", "same", "symptoms", ".", "He", "presented", "with", "a", "fever", "of", "37", ".", "8", "°", "C", "and", "his", "laboratory", "tests", ",", "including", "electrolytes", ",", "liver", "function", "tests", ",", "lactic", "acid", "and", "haemogram", ",", "were", "unremarkable", ".", "His", "chest", "X-ray", "at", "that", "time", "showed", "no", "significant", "focal", "consolidations", ",", "but", "there", "were", "mild", "patchy", "interstitial", "plots", "in", "the", "bilateral", "lung", "bases", ",", "indicative", "of", "possible", "atelectasis", ".", "His", "nausea", "subsided", "while", "in", "the", "ED", "and", "his", "symptoms", "were", "again", "attributed", "to", "viral", "gastroenteritis", "caused", "by", "\"", "bad", "sushi", "\"", "he", "had", "eaten", "the", "previous", "day", ".", "After", "discharge", "from", "the", "emergency", "department", ",", "he", "went", "home", "and", "reported", "that", "he", "was", "feeling", "better", ",", "except", "for", "mild", "diarrhoea", ".", "Two", "days", "later", "he", "attended", "his", "usual", "outpatient", "haemodialysis", "treatment", ",", "where", "he", "reported", "feeling", "better", "since", "discharge", "from", "the", "ED", ",", "but", "still", "had", "intermittent", "diarrhoea", ",", "about", "twice", "a", "day", ".", "At", "that", "time", "he", "reported", "no", "cough", "or", "respiratory", "symptoms", ".", "At", "the", "end", "of", "dialysis", ",", "he", "had", "a", "fever", "of", "38", "°", "C", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", "which", "showed", "no", "bacterial", "growth", ".", "That", "same", "morning", ",", "after", "dialysis", ",", "he", "went", "to", "the", "cardiology", "office", "for", "a", "scheduled", "appointment", ",", "where", "he", "was", "observed", "coughing", "in", "the", "waiting", "room", "and", "was", "given", "strict", "precautionary", "recommendations", "considering", "his", "intention", "to", "travel", "for", "essential", "reasons", ".", "The", "next", "day", ",", "the", "patient", "travelled", "on", "a", "commercial", "airline", "from", "Southern", "California", "to", "Utah", ",", "where", "he", "attended", "an", "emergency", "department", "with", "repeated", "intermittent", "vomiting", "and", "fever", ",", "but", "now", "also", "reported", "mild", "congestion", "and", "cough", ".", "A", "new", "chest", "x-ray", "showed", "\"", "mild", "interstitial", "prominences", "and", "vague", "infiltrates", "at", "the", "base", "of", "the", "right", "lung", "\"", ".", "His", "flu", "tests", "were", "negative", "and", "he", "was", "prescribed", "azithromycin", ",", "based", "on", "the", "radiological", "findings", ".", "The", "next", "day", "he", "attended", "his", "scheduled", "haemodialysis", "session", "as", "a", "transient", "visitor", "at", "a", "local", "Utah", "dialysis", "centre", ",", "where", "he", "reported", "fever", "and", "general", "malaise", ",", "but", "was", "anxious", "to", "return", "to", "California", "because", "of", "his", "condition", ".", "He", "returned", "to", "Southern", "California", "that", "same", "afternoon", "on", "a", "commercial", "airline", ",", "ahead", "of", "schedule", ",", "because", "he", "was", "feeling", "quite", "ill", ",", "with", "ongoing", "fever", "and", "gastrointestinal", "symptoms", ".", "In", "addition", ",", "his", "respiratory", "symptoms", ",", "which", "were", "initially", "minimal", ",", "had", "progressed", "rapidly", "and", "his", "dyspnoea", "was", "increasing", ".", "Shortly", "after", "returning", "to", "Southern", "California", ",", "he", "came", "to", "our", "emergency", "department", "for", "re-evaluation", ".", "In", "the", "ED", ",", "a", "new", "chest", "X-ray", "showed", "subtle", "patchy", "opacities", "in", "both", "lungs", ",", "new", "onset", "from", "the", "images", "5", "days", "earlier", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "patchy", ",", "multifocal", ",", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ",", "predominantly", "with", "peripheral", "distribution", ",", "raising", "suspicion", "of", "atypical", "pneumonia", "and", "possible", "viral", "infection", ".", "A", "COVID-19", "test", "was", "performed", ",", "the", "result", "of", "which", "would", "take", "48", "hours", ",", "along", "with", "the", "usual", "biochemical", "and", "haematological", "tests", ",", "which", "revealed", "no", "abnormalities", ",", "except", "for", "a", "high", "procalcitonin", "value", ".", "An", "evaluation", "for", "other", "causes", "of", "atypical", "pneumonia", "was", "sent", "simultaneously", ",", "with", "no", "further", "results", "to", "date", ".", "Imaging", "showed", "an", "evolution", "of", "interstitial", "pneumonitis", "due", "to", "COVID-19", ",", "with", "subsequent", "ARDS", ".", "The", "sequence", "of", "thoracic", "radiographs", "with", "increasing", "patchy", "opacities", "in", "both", "lungs", "is", "consistent", "with", "the", "evolution", "of", "the", "infectious", "process", ".", "A", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "new", "patchy", ",", "multifocal", ",", "bilateral", "ground-glass", "opacities", "with", "mainly", "peripheral", "distribution", ".", "Centrilobular", "and", "bibasal", "septal", "thickening", "was", "seen", ".", "There", "was", "no", "pleural", "effusion", "or", "pneumothorax", ".", "Small", "biapical", "subpleural", "bullae", "and", "mild", "pulmonary", "emphysema", "were", "observed", "in", "the", "upper", "lobes", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "atelectasis", ".", "These", "findings", "are", "more", "consistent", "with", "atypical", "pneumonia", ",", "which", "may", "be", "secondary", "to", "superinfection", ".", "The", "differential", "diagnosis", "includes", "pulmonary", "oedema", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "hospital", "with", "droplet", "and", "eye", "precautions", "in", "mind", ".", "Initially", ",", "he", "was", "noted", "to", "have", "a", "temperature", "of", "38", ".", "1", "°", "C", ",", "but", "otherwise", "normal", "vitals", ".", "Antimicrobial", "therapy", "with", "ceftriaxone", "and", "azithromycin", "was", "started", ".", "For", "the", "next", "24", "h", "he", "remained", "febrile", ",", "with", "a", "temperature", "up", "to", "38", ".", "3", "°", "C", ",", "and", "a", "rapidly", "deteriorating", "respiratory", "status", ".", "Repeated", "chest", "X-rays", "showed", "evolving", "bilateral", "multifocal", "opacities", "consistent", "with", "atypical", "pneumonia", "and", "pulmonary", "oedema", "was", "suspected", ".", "He", "underwent", "dialysis", "on", "the", "evening", "of", "the", "second", "day", "of", "hospitalisation", ",", "but", "tolerated", "the", "treatment", "poorly", ",", "suffering", "from", "atrial", "fibrillation", "with", "high", "ventricular", "rate", ",", "despite", "minimal", "ultrafiltration", ".", "His", "respiratory", "condition", "worsened", "rapidly", "during", "the", "night", "and", "he", "had", "to", "be", "intubated", "and", "transferred", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", "with", "acute", "hypoxic", "respiratory", "failure", "and", "shock", ".", "His", "pulmonary", "status", "continued", "to", "deteriorate", "to", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "(", "ARDS", ")", "and", "the", "patient", "required", "mechanical", "ventilation", "with", "high", "positive", "end-expiratory", "pressure", "(", "PEEP", ">", "10", "cm", "and", "FiO2", ">", "60", "%", ")", "as", "well", "as", "vasopressors", ".", "To", "maintain", "close", "control", "of", "his", "blood", "volume", "and", "metabolic", "parameters", ",", "continuous", "venovenous", "haemodiafiltration", "was", "applied", ".", "In", "view", "of", "ARDS", ",", "he", "was", "not", "considered", "a", "candidate", "for", "a", "remdesivir", "compassionate", "use", "trial", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "hydroxychloroquine", ";", "on", "day", "6", "of", "hospitalisation", ",", "tocilizumab", "was", "administered", "in", "view", "of", "his", "haemodynamic", "instability", "with", "high", "values", "of", "inflammatory", "markers", ",", "including", "interleukin", "(", "IL", ")", "-", "6", ".", "With", "the", "impossibility", "of", "ruling", "out", "superimposed", "infection", ",", "he", "was", "also", "given", "broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "with", "vancomycin", "and", "piperacillin-tazobactam", "from", "day", "6", "of", "hospitalisation", ".", "His", "evolution", "is", "being", "closely", "monitored", "by", "a", "multidisciplinary", "team", "and", ",", "depending", "on", "his", "development", ",", "he", "may", "require", "paralysis", "as", "well", "as", "more", "aggressive", "pulmonary", "and", "haemodynamic", "support", "with", "extracorporeal", "membrane", "oxygenation", "and", "prone", "position", ".", "At", "present", ",", "his", "vasopressure", "requirements", "remain", "variable", ",", "as", "does", "his", "PaO2", "/", "FiO2", "ratio", ";", "he", "has", "remained", "in", "critical", "condition", "for", "the", "past", "5", "days", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 32 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 684, "end": 691 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 850, "end": 857 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1321, "end": 1326 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1902, "end": 1907 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2450, "end": 2459 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2745, "end": 2752 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4100, "end": 4105 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5187, "end": 5194 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6175, "end": 6182 } ]

[ "History", "Personal", "history", "Male", ",", "44", "years", "old", ",", "from", "Bolivia", ",", "accountant", "by", "profession", "in", "his", "country", ",", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "three", "years", ".", "His", "personal", "history", "included", "Guillain-Barré", "syndrome", "in", "his", "youth", ",", "pulmonary", "tuberculosis", ",", "incorrectly", "treated", ",", "and", "malaria", ".", "In", "2005", "he", "was", "admitted", "to", "hospital", "in", "another", "region", "due", "to", "septic", "shock", "secondary", "to", "infection", "by", "a", "filamentous", "dimorphic", "fungus", ",", "and", "was", "diagnosed", "with", "disseminated", "histoplasmosis", "after", "isolation", "in", "bronchoaspirate", ",", "blood", "cultures", "and", "bone", "marrow", ".", "Sexually", "transmitted", "HIV", "infection", "was", "detected", "with", "an", "initial", "CD4", "+", "cell", "count", "of", "139", "cells", "/", "μL", "and", "high", "viral", "load", ".", "He", "was", "treated", "with", "amphotericin", "B", "and", "continued", "secondary", "prophylaxis", "with", "itraconazole", "200", "mg", "/", "day", ",", "trimethoprim", "+", "sulfamethoxazole", "400", "mg", "/", "day", "(", "primary", "prophylaxis", "of", "Pneumocystis", "jirovecii", ")", "and", "treatment", "with", "emtricitabine", "+", "tenofovir", "+", "efavirenz", "was", "started", "with", "good", "virological", "response", ",", "maintaining", "CD4", "+", "cell", "count", "around", "200", ".", "Current", "illness", "The", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "headaches", ",", "vomiting", ",", "gait", "disturbance", "and", "slurred", "speech", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "nuchal", "rigidity", ",", "fever", "of", "38oC", ",", "slurred", "speech", "and", "gait", "ataxia", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "examinations", "The", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "obtained", "was", "a", "clear", "fluid", "at", "normal", "pressure", "with", "110", "lymphocyte-predominant", "cells", "(", "90", "%", ")", ",", "protein", "384", "mg", "/", "dL", ",", "glycorrhachia", "24", "mg", "/", "dL", "and", "ADA", "18", "U", "/", "L", ".", "CSF", "culture", ",", "smear", "microscopy", ",", "luteum", "and", "India", "ink", "were", "negative", ".", "Blood", "tests", "were", "unremarkable", ".", "Sputum", "microbiological", "studies", "and", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "fibrous", "tracts", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "and", "residual", "granulomas", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showed", "signs", "of", "cortico-subcortical", "atrophy", ".", "Evolution", "Suspicion", "of", "tuberculous", "meningoencephalitis", "led", "to", "treatment", "with", "four", "drugs", ",", "with", "a", "slight", "initial", "improvement", "in", "both", "clinical", "symptoms", "and", "CSF", "parameters", ".", "Two", "months", "later", ",", "he", "was", "readmitted", "for", "similar", "symptoms", "and", "a", "new", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "the", "following", "characteristics", ":", "glycosuria", "35", "mg", "/", "dL", ",", "protein", "310", "mg", "/", "dL", ",", "100", "cells", "with", "a", "predominance", "of", "lymphocytes", "(", "90", "%", ")", ",", "ADA", "14", "U", "/", "L", ".", "Culture", ",", "smear", "microscopy", ",", "India", "ink", "and", "fungal", "culture", "were", "negative", ".", "Again", "the", "CT", "scan", "and", "cranial", "MRI", "with", "contrast", "were", "unremarkable", ".", "Tuberculostatic", "treatment", "with", "four", "drugs", "was", "maintained", "due", "to", "the", "suspicion", "of", "multidrug-resistant", "tuberculosis", "while", "awaiting", "Lowenstein", "culture", "and", "antibiogram", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "deteriorated", "progressively", "with", "incoercible", "vomiting", "that", "only", "subsided", "with", "dexamethasone", ",", "diplopia", ",", "slurred", "speech", ",", "sphincter", "relaxation", ",", "disorientation", "and", "inability", "to", "walk", ".", "Given", "the", "severity", "of", "the", "symptoms", ",", "the", "lack", "of", "response", "to", "treatment", "and", "the", "history", "of", "fungal", "sepsis", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "treatment", "with", "amphotericin", "B", "with", "a", "rapid", "clinical", "response", ",", "which", "was", "maintained", "for", "four", "weeks", "and", "secondary", "prophylaxis", "with", "itraconazole", "was", "continued", ".", "Cultures", ",", "smear", "microscopy", ",", "Lowenstein", ",", "mycobacteria", "PCR", ",", "lue", "serology", "and", "India", "ink", "staining", "were", "negative", ".", "CSF", "serology", "for", "Brucella", ",", "Borrelia", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "herpes", "simplex", "virus", "1", ",", "2", "and", "herpes", "viruses", "group", "6", ",", "7", "and", "8", ",", "Toxoplasma", "gondii", ",", "Enterovirus", "and", "JC", "virus", "was", "negative", ".", "In", "serum", ",", "serology", "against", "Taenia", "solium", "was", "negative", "as", "was", "PCR", "determination", "for", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "although", "serology", "was", "positive", "for", "IgG", ".", "Serology", "for", "Blastomyces", ",", "Coccidioides", "and", "Paracoccidiodes", "was", "negative", ".", "Four", "months", "after", "this", "episode", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "with", "the", "same", "symptoms", ".", "The", "CSF", "characteristics", "were", "similar", "to", "those", "of", "previous", "admissions", ".", "It", "was", "decided", "to", "initiate", "prolonged", "treatment", "for", "four", "months", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "to", "continue", "secondary", "prophylaxis", "with", "weekly", "liposomal", "amphotericin", "B", ".", "The", "evolution", "has", "been", "favourable", "with", "no", "recurrence", ".", "The", "evolution", "has", "been", "favourable", "with", "no", "subsequent", "recurrences", "and", "normalisation", "of", "CSF", "cytobiochemical", "parameters", ".", "Clinical", "judgement", "Neurohistoplasmosis", "." ]

[ 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 804, "end": 826 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 540, "end": 543 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 29 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 392, "end": 398 }, { "text": "youth", "label": "HUMAN", "start": 203, "end": 208 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 8, "end": 16 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 146, "end": 154 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 624, "end": 629 }, { "text": "virological", "label": "SPECIES", "start": 907, "end": 918 }, { "text": "accountant", "label": "HUMAN", "start": 59, "end": 69 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 990, "end": 997 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 1500, "end": 1516 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 2210, "end": 2226 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2520, "end": 2527 }, { "text": "Tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 2339, "end": 2354 }, { "text": "Blastomyces", "label": "SPECIES", "start": 3465, "end": 3476 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 3137, "end": 3145 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3127, "end": 3135 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3147, "end": 3162 }, { "text": "Coccidioides", "label": "SPECIES", "start": 3478, "end": 3490 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 3266, "end": 3277 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 3388, "end": 3410 }, { "text": "Taenia solium", "label": "SPECIES", "start": 3332, "end": 3345 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 3247, "end": 3264 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 3011, "end": 3027 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3041, "end": 3053 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 3282, "end": 3290 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 3164, "end": 3182 }, { "text": "lue", "label": "SPECIES", "start": 3059, "end": 3062 } ]

[ "A", "12-year-old", "boy", "with", "a", "history", "of", "rhinoconjunctivitis", "due", "to", "allergic", "sensitisation", "to", "spring", "pollens", ",", "subclinical", "sensitisation", "to", "LTP", ",", "and", "atopic", "dermatitis", "who", "presented", "30", "minutes", "after", "ingesting", "eucalyptus", "and", "menthol", "sweets", ":", "dyspnoea", ",", "pruritus", "and", "generalised", "wheals", "accompanied", "by", "erythema", "and", "facial", "angioedema", "which", "subsided", "with", "oral", "antihistamines", ".", "Six", "months", "earlier", ",", "he", "had", "a", "similar", "immediate", "episode", "with", "eucalyptus", "chewing", "gum", ",", "resolved", "in", "the", "emergency", "department", "with", "intravenous", "treatment", ".", "On", "examination", ":", "total", "IgE", ":", "500kU", "/", "L", ".", "Prick", "by", "prick", "with", "eucalyptus", ",", "peppermint", "and", "peppermint", "leaves", ":", "weak", "positive", "/", "controls", "negative", ".", "Perioral", "test", "with", "caramel", ":", "negative", ".", "Slow", "oral", "challenge", "with", "candy", "involved", ",", "presenting", "60", "minutes", "after", "testing", "the", "whole", "candy", ":", "generalised", "wheals", ",", "genital", "itching", "and", "nasal", "congestion", ".", "It", "resolved", "after", "prescribing", "dexchlorpheniramine", ",", "methylprednisolone", "and", "adrenaline", "according", "to", "weight", ".", "The", "use", "of", "the", "allergens", "involved", "was", "prohibited", ".", "-", "We", "present", "a", "very", "rare", "case", "of", "anaphylaxis", "following", "ingestion", "of", "eucalyptus", "and", "menthol", "candy", "in", "a", "paediatric", "patient", ".", "-", "Given", "the", "allergological", "results", ",", "we", "can", "assume", "that", "an", "IgE-mediated", "mechanism", "was", "responsible", "for", "the", "reaction", "presented", "by", "the", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 202, "end": 212 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 422, "end": 432 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 567, "end": 577 }, { "text": "peppermint", "label": "SPECIES", "start": 579, "end": 589 }, { "text": "peppermint", "label": "SPECIES", "start": 594, "end": 604 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1106, "end": 1113 }, { "text": "paediatric patient", "label": "HUMAN", "start": 1095, "end": 1113 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 1061, "end": 1071 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1247, "end": 1254 } ]

[ "Woman", ",", "84", "years", "old", ",", "hypertensive", ",", "retired", "teacher", ",", "admitted", "for", "general", "syndrome", "of", "5", "months", "'", "evolution", ",", "with", "4", "loose", "stools", "/", "day", ",", "arthralgias", "without", "arthritis", ",", "intermittent", "fever", "and", "hypertransaminasemia", ".", "A", "CT", "scan", ",", "colonoscopy", ",", "gastroscopy", "and", "ERCP", "were", "performed", ".", "She", "was", "assessed", "by", "9", "specialists", ".", "ANAs", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "quantiferon", ",", "stool", "digestion", "and", "T", ".", "Whipple", "were", "negative", ".", "The", "case", "was", "not", "documented", "microbiologically", "despite", "serial", "blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", "and", "stool", "cultures", ".", "No", "underlying", "neoplastic", "process", "was", "observed", ".", "During", "the", "2", "months", "of", "prolonged", "hospitalisation", ",", "the", "diagnoses", "were", ":", "choledocholithiasis", "with", "sphincterotomy", ",", "acute", "post-ERCP", "pancreatitis", ",", "permanent", "atrial", "fibrillation", "and", "jejunal", "gastrointestinal", "haemorrhage", "after", "starting", "anticoagulation", ".", "He", "presented", "2", "episodes", "of", "knee", "arthritis", "and", "pleural", "effusion", ",", "both", "fluids", "compatible", "with", "an", "inflammatory", "process", ",", "and", "2", "episodes", "of", "exanthema", "initially", "attributed", "to", "metamizole", ",", "with", "fever", "persisting", ".", "At", "this", "point", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "where", "the", "patient", "was", "assessed", "globally", "and", "the", "available", "information", "was", "integrated", ".", "Serum", "ferritin", "was", "5492", "mg", "/", "dl", "and", "glycosylated", "ferritin", "was", "14", "%", "(", "VR", "50-80", ")", ".", "Fulfilling", "Yamaguchi", "criteria", "(", "2", "major", "and", "3", "minor", ")", "she", "was", "diagnosed", "with", "adult", "Still", "'", "s", "disease", ".", "Explaining", "the", "prognosis", "and", "potential", "complications", "to", "the", "patient", ",", "she", "expressed", "her", "desire", "to", "\"", "go", "for", "it", "\"", ";", "however", ",", "she", "provided", "an", "advance", "directives", "document", "in", "case", "its", "application", "was", "necessary", ".", "She", "was", "discharged", "with", "corticoids", ",", "anticoagulation", "and", "rehabilitation", "sessions", "in", "the", "gym", "3", "times", "/", "week", ".", "She", "was", "readmitted", "2", "months", "later", "with", "fever", "and", "diarrhoea", ",", "in", "the", "context", "of", "bacteraemia", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", "and", "pseudomembranous", "colitis", "due", "to", "Clostridium", "difficile", ".", "Physical", "examination", "revealed", "cachexia", ",", "amyotrophies", ",", "bed", "rest", "and", "the", "onset", "of", "pressure", "ulcers", "on", "both", "heels", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "stated", "that", "\"", "I", "have", "been", "thinking", "a", "lot", "these", "days", "and", "I", "have", "decided", "that", "I", "am", "going", "to", "throw", "in", "the", "towel", "\"", ".", "After", "clarifying", "her", "doubts", ",", "the", "patient", "reaffirmed", "her", "decision", ",", "with", "a", "Drane", "competence", "level", "of", "3", ".", "She", "exercised", "her", "right", "to", "refuse", "treatment", "and", "the", "therapeutic", "effort", "was", "adjusted", ",", "once", "she", "was", "able", "to", "say", "goodbye", "to", "a", "son", "who", "had", "travelled", "from", "abroad", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Woman", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 5 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 1310, "end": 1315 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1013, "end": 1020 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1083, "end": 1090 }, { "text": "teacher", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 50 }, { "text": "specialists", "label": "HUMAN", "start": 290, "end": 301 }, { "text": "T. Whipple", "label": "SPECIES", "start": 361, "end": 371 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 1796, "end": 1817 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2291, "end": 2294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1393, "end": 1400 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1948, "end": 1955 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2099, "end": 2106 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1759 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 1718, "end": 1729 } ]

[ "Personal", "history", ":", "54-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "obesity", "and", "hypertension", "on", "treatment", "with", "Enalapril", "20", "mg", "/", "day", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Family", "history", ":", "No", "consanguinity", "of", "her", "parents", ".", "Father", "with", "Diabetes", "Mellitus", "(", "DM", ")", "type", "2", "and", "deceased", "of", "lung", "cancer", ".", "Mother", "died", "at", "the", "age", "of", "94", "with", "no", "pathologies", "of", "interest", ".", "Sister", "lives", "healthy", "and", "brother", "with", "DM", "type", "2", ".", "Present", "illness", ":", "She", "attended", "the", "Emergency", "Department", "of", "the", "HUVN", "with", "fever", "associated", "with", "abdominal", "pain", ".", "Emergency", "examination", ":", "Poor", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "BP", ":", "105", "/", "67", ",", "Ta38o", ".", "Obesity", "with", "truncal", "predominance", ";", "generalised", "hirsutism", ".", "Cardio-respiratory", "auscultation", ":", "Eupneic", ",", "without", "pathological", "noises", "with", "oxygen", "saturation", ":", "96", "%", ",", "heart", "rate", ":", "102", "bpm", ".", "Abdomen", ":", "painful", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "General", "laboratory", "tests", ":", "Glu", ":", "118", "mg", "/", "dl", ",", "HbA1c", ":", "5", ".", "8", "%", ";", "Cr", ":", "0", ".", "75", "mg", "/", "dl", ";", "Na", "+", ":", "139", "meq", "/", "L", "K", "+", ":", "4", ".", "5", "meq", "/", "l", ",", "GOT", ":", "68", "U", "/", "L", ";", "GPT", ":", "71", "U", "/", "L", ";", "GGT", ":", "112", "U", "/", "L", ";", "CRP", ":", "312", ".", "Leukocytes", ":", "18400", "thousand", "(", "86", "%", "N", ")", "Cholesterol", ":", "205", "mg", "/", "dl", ";", "TG", ":", "297", "mg", "/", "dl", ".", "Abdominal", "CT", "in", "the", "ER", ":", "There", "are", "3", "liver", "lesions", "of", "irregular", "confluent", "contours", "and", "showing", "a", "wall", "that", "is", "intensely", "enhanced", "after", "administration", "of", "iv", "contrast", ".", "The", "largest", "of", "these", "lesions", "is", "located", "in", "segment", "6-7", "and", "is", "approximately", "6", ".", "5", "x", "6", "x", "4", ".", "5", "cm", "in", "size", ".", "The", "other", "2", "lesions", "are", "located", "in", "segments", "4", "and", "6", "and", "have", "a", "diameter", "of", "approximately", "2", ".", "5", "cm", ".", "Clinical", "judgement", "on", "admission", ":", "Hepatic", "abscess", "(", "by", "culture", "of", "the", "exudate", "and", "blood", "cultures", "it", "is", "not", "possible", "to", "make", "an", "exact", "microbiological", "diagnosis", ")", ".", "Treatment", ":", "Admitted", "to", "the", "infectious", "diseases", "department", ".", "She", "was", "treated", "with", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", ",", "and", "the", "liver", "abscess", "was", "completely", "resolved", "with", "drainage", "by", "means", "of", "a", "Pigtail", "catheter", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "evolution", "was", "positive", ",", "with", "cessation", "of", "fever", "and", "abdominal", "pain", ".", "After", "2", "weeks", ",", "a", "follow-up", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "reported", "good", "progress", "in", "the", "resolution", "of", "the", "liver", "abscess", "and", "the", "absence", "of", "the", "uterus", "and", "adnexa", ".", "Due", "to", "these", "unexpected", "findings", ",", "the", "Endocrinology", "Department", "was", "consulted", ".", "The", "patient", "confirmed", "that", "she", "had", "primary", "amenorrhoea", "for", "which", "she", "had", "never", "consulted", "and", "severe", "hirsutism", "since", "puberty", ".", "Endocrinological", "examination", ":", "obesity", "with", "truncal", "predominance", ",", "weight", ":", "103", ".", "3", "kg", ";", "T", ":", "160", ";", "BMI", ":", "40", ".", "35", "kg", "/", "m2", ".", "CC", ":", "112", "cm", ".", "No", "goitre", ".", "Mild-moderate", "facial", "hirsutism", "but", "severe", "on", "the", "chest", ".", "Linea", "alba", "and", "androgenic", "distribution", "of", "pubic", "hair", ".", "No", "deep-toned", "voice", ".", "No", "androgenic", "alopecia", ".", "Mammary", "hypoplasia", ".", "External", "genitalia", "explored", "in", "hospital", "bed", ":", "Apparently", "feminine", "with", "absence", "of", "inguinal", "masses", ".", "Gynaecological", "examination", ":", "Vulva", "with", "moderate", "hypertrophy", "of", "the", "labia", "majora", "and", "bilateral", "palpable", "nodules", ",", "minimal", "enlargement", "of", "the", "clitoris", "and", "vaginal", "blind", "hole", "approximately", "1", "cm", "in", "diameter", ".", "Hormonal", "study", ":", "LH", ":", "12", ".", "3", "mIU", "/", "ml", ";", "FSH", ":", "29", "mIU", "/", "ml", ",", "Testosterone", "(", "T", ")", ":", "364", "ng", "/", "dl", "(", "N", "<", "75", ")", ",", "Free", "T", ":", "8", ".", "42", "ng", "/", "dl", "(", "N", "<", "0", ".", "95", ")", ",", "Dihydrotestosterone", "(", "DHT", ")", ":", "0", ".", "42", ";", "TL", "/", "DHT", ":", "20", ".", "04", "(", "N", "<", "10", ")", ".", "PSA", ":", "<", "0", ".", "01", "ng", "/", "ml", ",", "Rest", "normal", ".", "Karyotype", ":", "46", ",", "XY", "Pelvic", "ultrasound", ":", "No", "testicles", "or", "prostate", "were", "identified", ".", "External", "genitalia", "ultrasound", ":", "In", "the", "right", "labium", "majus", ",", "there", "was", "evidence", "of", "a", "right", "testicle", "with", "homogeneous", "echostructure", ",", "without", "evidence", "of", "solid", "nodular", "lesions", ".", "Dilatation", "of", "the", "vascular", "plexus", "with", "a", "basal", "diameter", "of", "2", ".", "5", "mm", ".", "In", "the", "left", "labium", "majus", ",", "the", "left", "testicle", "was", "identified", "with", "heterogeneous", "echostructure", "in", "which", "there", "was", "evidence", "of", "a", "solid", "intraparenchymal", "lesion", "with", "foci", "of", "gross", "calcification", ",", "irregular", "contours", "of", "approximately", "18", "x", "13", "mm", ".", "No", "hydrocele", ".", "Isolated", "left", "inguinal", "adenopathy", ".", "Testicular", "germ", "cell", "tumour", "markers", ":", "B-HCG", ":", "<", "0", ".", "5", "mIU", "/", "ml", ",", "Alpha-Fetoprotein", ":", "1", ".", "7", "ng", "/", "ml", "(", "N", "<", "9", ")", ",", "LDH", ":", "205", "U", "/", "L", "(", "N", "<", "247", ")", ".", "Genetic", "study", ":", "blood", "was", "collected", "in", "Edta", "to", "isolate", "leukocytes", "and", "complete", "PCR", "amplification", "of", "the", "exons", "of", "the", "SRD5A2", "gene", "(", "coding", "for", "the", "enzyme", "5-alpha", "reductase2", ")", "located", "on", "chromosome", "2p23", ".", "1", "was", "performed", ".", "The", "patient", "presented", "in", "compound", "heterozygosis", "2", "different", "pathogenic", "variants", ":", "c", ".", "344G", ">", "a", "(", "p", ".", "GLY115Asp", ")", "and", "c", ".", "679C", ">", "t", "(", "p", ".", "Arg227Ter", ")", ".", "Clinical", "judgement", ":", "ADS", "/", "DSD", "46", ",", "XY", "due", "to", "5-alpha", "reductase", "2", "deficiency", "with", "testicular", "tumour", ".", "Treatment", ":", "Left", "orchidectomy", "is", "scheduled", "and", "preservation", "of", "the", "right", "testicle", "is", "decided", ".", "The", "patient", "wishes", "reassignment", "to", "male", "gender", "with", "reconstructive", "surgery", "for", "which", "she", "is", "referred", "to", "the", "Andalusian", "Health", "Service", "referral", "unit", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Sister", "label": "HUMAN", "start": 325, "end": 331 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 263, "end": 269 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 35 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 192, "end": 198 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 143, "end": 149 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 183, "end": 190 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1845, "end": 1852 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2184, "end": 2191 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 2296, "end": 2303 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4054, "end": 4061 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 4408, "end": 4412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4377, "end": 4384 } ]

[ "Anamnesis", "A", "61-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "hiatus", "hernia", ",", "childhood", "tuberculosis", "and", "correctly", "treated", "hepatitis", "B", "virus", ".", "Her", "gynaecological", "history", "includes", "surgery", "in", "2001", "for", "right", "adnexectomy", "for", "cystic", "mature", "teratoma", ".", "In", "2006", ",", "she", "underwent", "an", "appendectomy", "at", "another", "hospital", "for", "mucus", "in", "the", "abdominal", "cavity", ".", "Pathology", "revealed", "mucinous", "cystadenoma", "of", "the", "appendix", ",", "with", "lesion-free", "surgical", "resection", "margins", ".", "In", "January", "2013", ",", "she", "visited", "the", "gynaecology", "outpatient", "clinic", "for", "postmenopausal", "metrorrhagia", ",", "as", "well", "as", "abdominal", "discomfort", "with", "slight", "postprandial", "abdominal", "distension", ".", "No", "nausea", "or", "vomiting", ".", "No", "alterations", "in", "bowel", "habits", ".", "No", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Vital", "signs", "within", "normal", "limits", ".", "Acceptable", "general", "condition", ",", "normohydrated", "and", "normoperfused", ".", "Eupneic", ".", "PCA", ":", "nondescript", ".", "Abdomen", ":", "distended", ",", "discomfort", "on", "palpation", "in", "the", "hypogastrium", "and", "right", "iliac", "fossa", ".", "No", "masses", "or", "visceromegaly", "palpable", ".", "Hydro-aerial", "noises", "present", ".", "Blumberg", "negative", ".", "Murphy", "negative", ".", "MMII", ":", "perimalleolar", "oedema", ".", "Vaginal", "examination", ":", "long", "posterior", "cervix", ",", "no", "pain", "on", "cervical", "mobilisation", "or", "at", "the", "fundus", "pouch", "of", "Douglas", ".", "The", "size", "and", "consistency", "of", "the", "uterus", "appear", "normal", ".", "No", "adnexal", "masses", "are", "palpable", ".", "Complementary", "tests", "Given", "the", "patient", "'", "s", "age", "and", "clinical", "features", ",", "in", "view", "of", "the", "anodyne", "examination", ",", "additional", "tests", "were", "requested", "to", "rule", "out", "gynaecological", "pathology", ":", "\"", "Blood", "tests", ":", "Hb", "10", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "all", "other", "parameters", "within", "normal", "range", ".", "\"", "Tumour", "markers", ":", "CEA", "9", ".", "5", ";", "CA", "19", ".", "9", ":", "120", ".", "4", ";", "HE4", "54", ".", "4", ".", "Ca", "125", "112", ".", "4", ".", "\"", "A", "transvaginal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "free", "fluid", "in", "the", "pelvis", "and", "a", "37", "mm", "hyperechogenic", "image", "in", "the", "left", "adnexal", "area", ".", "\"", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "an", "abdominopelvic", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "findings", "compatible", "with", "peritoneal", "carcinomatosis", ",", "extensive", "involvement", "of", "the", "greater", "omentum", "infiltrated", "by", "multiple", "masses", "and", "peritoneal", "adenopathies", ";", "an", "enlargement", "of", "the", "left", "adnexa", "was", "visualised", ".", "\"", "Following", "the", "CT", "scan", "report", "of", "peritoneal", "carcinomatosis", "with", "alteration", "of", "the", "left", "adnexa", ",", "ovarian", "adenocarcinoma", "is", "the", "first", "possibility", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "the", "radiological", "findings", "described", "above", ",", "a", "diagnostic", "laparatomy", "with", "intraoperative", "biopsy", "was", "performed", "in", "February", "2013", ".", "The", "pathological", "anatomy", "revealed", "infiltration", "of", "peritoneal", "implants", ",", "tube", ",", "left", "ovary", "and", "meso", "intestine", "by", "mucinous", "adenocarcinoma", ".", "Immunohistochemistry", "studies", "were", "performed", ",", "showing", "strong", "positivity", "for", "CK20", "and", "negative", "for", "CK7", ",", "suggesting", "a", "primary", "intestinal", "origin", ";", "there", "were", "no", "mutations", "in", "KRAS", "and", "NRAS", ".", "With", "these", "data", ",", "the", "diagnosis", "of", "peritoneal", "carcinomatosis", "due", "to", "pseudomyxoma", "peritonei", "was", "established", "and", "the", "case", "was", "presented", "to", "the", "tumour", "committee", ",", "deciding", "to", "refer", "to", "the", "reference", "hospital", "to", "assess", "the", "possibility", "of", "Sugarbarker", "perinectomy", "and", "hyperthermic", "intraperitoneal", "chemotherapy", "(", "HIPEC", ")", ".", "Treatment", "On", "15", "May", "2013", "a", "laparotomy", "was", "performed", ",", "finding", "peritoneal", "carcinomatosis", "due", "to", "very", "advanced", "peritoneal", "pseudomyxoma", "peritoneum", ",", "with", "a", "carcinomatosis", "index", "greater", "than", "30", ",", "disseminated", "disease", "throughout", "the", "small", "intestine", ",", "and", "radical", "surgery", "was", "therefore", "ruled", "out", ".", "Palliative", "resection", "of", "both", "omentum", ",", "cholecystectomy", "and", "nodules", "larger", "than", "5", "cm", "were", "performed", ",", "and", "intraoperative", "hyperthermic", "intraperitoneal", "chemotherapy", "was", "administered", "with", "palliative", "intent", "of", "mitomycin", "at", "a", "dose", "of", "10", "mg", "/", "m2", "in", "a", "90-minute", "infusion", "and", "cisplatin", "50", "mg", "/", "m2", ",", "with", "good", "postoperative", "evolution", ".", "Evolution", "The", "first", "post-surgery", "CT", "scan", "(", "July", "2013", ")", "showed", "progression", "of", "the", "disease", "with", "respect", "to", "the", "February", "study", ",", "showing", "little", "response", "to", "chemotherapy", ".", "From", "the", "clinical", "point", "of", "view", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ",", "so", "after", "considering", "various", "options", ",", "palliative", "chemotherapy", "FOLFOX", "6", "was", "administered", "starting", "on", "13", "/", "8", "/", "2013", ",", "of", "which", "she", "received", "13", "cycles", ",", "from", "cycle", "7", "without", "oxyplatin", "due", "to", "maintained", "grade", "2", "neurotoxicity", ".", "In", "the", "control", "CT", "scan", "after", "10", "cycles", ",", "minimal", "pelvic", "progression", "was", "observed", ",", "but", "in", "agreement", "with", "the", "patient", "it", "was", "decided", "to", "continue", "treatment", ".", "Last", "cycle", "on", "2", "/", "9", "/", "2014", ",", "with", "CT", "scan", "at", "that", "time", "stable", "in", "size", "in", "relation", "to", "the", "previous", "study", ".", "In", "March", "2015", ",", "the", "control", "CT", "scan", "showed", "mild", "/", "moderate", "progression", "of", "the", "disease", "compared", "to", "the", "previous", "study", ".", "It", "was", "discussed", "again", "in", "the", "tumour", "committee", ",", "contraindicating", "a", "new", "surgery", ",", "so", "second-line", "chemotherapy", "with", "XELIRI", "was", "considered", "at", "that", "time", ",", "with", "a", "dose", "reduction", "due", "to", "previous", "toxicity", ".", "Started", "on", "14", "/", "4", "/", "2015", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 72, "end": 81 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 45 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 117, "end": 134 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1278, "end": 1285 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3712, "end": 3719 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4062, "end": 4069 } ]

[ "This", "is", "a", "24-year-old", "woman", "with", "unstable", "type", "1", "diabetes", "mellitus", ".", "She", "was", "diagnosed", "with", "diabetes", "at", "four", "years", "of", "age", "after", "a", "metabolic", "syndrome", ",", "has", "extrinsic", "bronchial", "asthma", "(", "which", "she", "controlled", "with", "immunotherapy", ")", "and", "no", "chronic", "complications", "related", "to", "diabetes", ".", "She", "had", "good", "metabolic", "control", "until", "puberty", "but", "since", "then", "has", "had", "several", "admissions", "for", "diabetic", "ketoacidosis", "and", "poor", "chronic", "metabolic", "control", "(", "HbA1c", "=", "11", ".", "8", ".", ")", ".", "Two", "years", "ago", ",", "treatment", "was", "started", "with", "continuous", "subcutaneous", "insulin", "infusion", "on", "pump", "with", "improved", "metabolic", "control", "(", "HbA1c", "=", "8", ".", "2", ")", ".", "However", ",", "a", "few", "months", "later", ",", "he", "was", "admitted", "again", "with", "ketoacidosis", ".", "On", "this", "occasion", ",", "the", "condition", "was", "accompanied", "by", "general", "malaise", ",", "abdominal", "pain", "and", "febrile", "fever", ".", "On", "admission", ",", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "an", "analytical", "pattern", "typical", "of", "cholestasis", "were", "observed", ".", "Chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ",", "as", "well", "as", "urine", "sediment", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", "and", "were", "positive", "for", "Gram-negative", "germs", ",", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ",", "adjusted", "according", "to", "the", "antibiogram", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "acute", "cholangitis", ",", "a", "cholangioresonance", "scan", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "an", "anatomical", "variant", "of", "the", "cystic", "duct", ",", "although", "it", "was", "not", "clear", "whether", "this", "anomaly", "justified", "the", "clinical", "manifestations", ".", "The", "patient", "continued", "with", "febrile", "peaks", "and", "persistently", "positive", "blood", "cultures", "for", "different", "Gram-negative", "germs", "increasingly", "resistant", "to", "the", "prescribed", "antibiotics", ".", "During", "all", "this", "time", ",", "metabolic", "control", "was", "very", "irregular", ",", "despite", "treatment", "with", "intravenous", "insulin", "in", "continuous", "perfusion", ",", "requiring", "insulin", "doses", "ranging", "from", "fifteen", "to", "ninety", "units", "per", "day", "and", "alternating", "prolonged", "hypoglycaemia", "with", "episodes", "of", "ketotic", "hyperglycaemia", ".", "For", "all", "these", "reasons", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "exploratory", "laparotomy", "with", "cholecystectomy", ",", "the", "anatomopathological", "study", "of", "which", "revealed", "a", "slight", "inflammation", "of", "the", "bile", "ducts", ",", "which", "could", "be", "related", "to", "a", "sepsis", "liver", "or", "acute", "cholangitis", ".", "After", "the", "operation", ",", "the", "patient", "remained", "afebrile", "for", "a", "week", "and", "improved", "metabolic", "control", ",", "but", "after", "this", "time", "there", "were", "new", "febrile", "peaks", "with", "positive", "blood", "cultures", ".", "The", "following", "tests", "were", "performed", ",", "all", "of", "them", "without", "pathology", ":", "cranial", ",", "sinus", "and", "thoracic-abdominal", "CT", ",", "gastroscopy", "and", "colonoscopy", "with", "biopsy", ",", "gastrointestinal", "transit", ",", "gallium", "scintigraphy", ",", "echocardiography", "and", "ERCP", ".", "After", "this", ",", "the", "symptoms", "resolved", "spontaneously", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "bacteraemia", "of", "unaffiliated", "origin", ".", "Three", "months", "later", ",", "she", "presented", "a", "new", "episode", "of", "ketoacidosis", ",", "this", "time", "without", "accompanying", "infectious", "symptoms", ".", "The", "patient", "denies", "insulin", "omission", "or", "dietary", "transgressions", ".", "However", ",", "on", "downloading", "the", "data", "from", "the", "insulin", "pump", ",", "we", "observed", "several", "irregularities", ".", "(", "omission", "of", "bolus", "and", "basal", ",", "administration", "of", "nocturnal", "bolus", ")", ".", "During", "admission", ",", "she", "again", "presented", "very", "irregular", "metabolic", "control", "with", "large", "variations", "in", "plasma", "glycaemia", "levels", ",", "despite", "intensive", "insulin", "treatment", ",", "and", "it", "was", "therefore", "decided", "to", "transfer", "her", "to", "another", "referral", "hospital", ".", "At", "this", "centre", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "poor", "glycaemic", "control", ",", "alternating", "episodes", "of", "ketoacidosis", "with", "profound", "and", "prolonged", "hypoglycaemias", ",", "so", "she", "was", "diagnosed", "with", "unstable", "diabetes", "mellitus", "and", "underwent", "a", "pancreas", "transplant", ".", "48", "hours", "after", "the", "transplant", ",", "a", "transplantectomy", "was", "necessary", "following", "thrombosis", "of", "the", "splenic", "vein", "and", "necrosis", "of", "the", "graft", ".", "The", "patient", "is", "currently", "being", "treated", "with", "continuous", "subcutaneous", "insulin", "by", "means", "of", "an", "infusion", "pump", ",", "persists", "with", "poor", "metabolic", "control", "(", "HbA1c", "=", "10", ".", "9", ")", "and", "has", "presented", "three", "admissions", "for", "ketoacidosis", "in", "the", "last", "6", "months", ",", "one", "of", "them", "accompanied", "by", "fever", "and", "positive", "blood", "cultures", "for", "oral", "and", "vaginal", "flora", "germs", "simultaneously", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 309, "end": 316 }, { "text": "Gram-negative germs", "label": "SPECIES", "start": 977, "end": 996 }, { "text": "Gram-negative germs", "label": "SPECIES", "start": 1402, "end": 1421 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1310, "end": 1317 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2028, "end": 2035 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2500, "end": 2511 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2457, "end": 2464 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2657, "end": 2664 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3127, "end": 3134 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3481, "end": 3488 }, { "text": "oral and vaginal flora germs", "label": "SPECIES", "start": 3772, "end": 3800 } ]

[ "Male", "aged", "2", "years", "and", "6", "months", ".", "Previously", "healthy", ".", "Well", "nourished", ".", "Good", "growth", ".", "Good", "neuropsychic", "development", ".", "Schooled", ".", "Received", "the", "corresponding", "vaccinations", "according", "to", "the", "country", "'", "s", "Scheme", "Certificate", ".", "He", "has", "presented", "repeated", "skin", "infections", "diagnosed", "as", "impetigo", "secondary", "to", "insect", "bites", "and", "scratching", ",", "these", "infections", "were", "treated", "with", "antibiotic", "therapy", ".", "His", "current", "illness", "began", "3", "days", "prior", "to", "admission", "with", "fever", "up", "to", "39", ".", "7oC", ",", "partial", "refusal", "of", "food", ",", "weakness", "and", "tendency", "to", "sleep", ".", "Partial", "seizure", "with", "secondary", "generalisation", ".", "Consultation", "and", "admission", "with", "diagnosis", "of", "probable", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "infection", ".", "On", "examination", ":", "soporous", ",", "febrile", ",", "haemoglobin", "O2", "saturation", "(", "SatO2", ")", "measured", "with", "pulse", "oximeter", "of", "98", "%", "with", "free", "flow", "mask", ".", "No", "polypnoea", ",", "no", "respiratory", "function", ".", "Good", "bilateral", "air", "entry", ",", "no", "rales", ".", "Heart", "rate", "130cpm", ",", "well", "beat", "sounds", "without", "murmurs", ".", "Pulses", "present", ".", "Normotensive", ".", "Well", "perfused", ".", "Numerous", "impetiginised", "lesions", "on", "lower", "limbs", "predominantly", "on", "legs", ",", "some", "in", "crusted", "stage", ",", "others", "melisseria", "and", "scars", "of", "previous", "ones", ".", "Psychoneuromucular", ",", "no", "meningeal", "signs", ",", "tone", "and", "strength", "preserved", ",", "no", "motor", "deficits", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", "in", "all", "four", "limbs", ".", "Initial", "laboratory", "tests", ":", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "12", ".", "7", "g", "/", "dL", ",", "leukocytosis", "(", "WBC", ")", "14", ",", "100", "elements", "/", "mm3", ",", "78", "%", "polymorphonuclear", "(", "PMN", ")", ",", "platelets", "257", ",", "000", "elements", "/", "mm3", ".", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "51", ".", "3", "mg", "/", "l", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "WBC", "50", "/", "mm3", "(", "mostly", "PMN", ")", ",", "normal", "protein", "and", "glucuroraxia", ".", "Bacteriological", "study", "of", "CSF", "and", "investigation", "of", "viral", "agents", "of", "meningoencephalitis", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "was", "requested", ",", "and", "an", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "was", "performed", "within", "48", "hours", "of", "onset", "of", "the", "disease", ",", "which", "was", "reported", "as", "normal", ".", "Hospitalised", "in", "the", "paediatric", "ward", ",", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "and", "acyclovir", "at", "the", "usual", "doses", ".", "He", "continued", "to", "be", "sleepy", ",", "irritable", ",", "tachycardia", "and", "dereprosy", ".", "New", "lesions", "on", "palms", "and", "soles", "were", "added", "and", "due", "to", "neurological", "compromise", "he", "was", "admitted", "to", "intermediate", "care", "(", "CIP", ")", ".", "Examination", "on", "admission", ":", "Glasgow", "Scale", "(", "GSC", ")", "15", ",", "irritable", ",", "SatO297", "%", "on", "air", ".", "Apyretic", ",", "pustular", "indurated", "lesion", "on", "the", "anterior", "aspect", "of", "the", "right", "hemithorax", ",", "rest", "of", "the", "lesions", "already", "mentioned", ".", "Sinus", "tachycardia", "167", "bpm", ",", "no", "murmurs", ",", "normotensive", ",", "full", "pulses", ",", "recovery", "time", "(", "RT", ")", "less", "than", "2", "seconds", ".", "Good", "air", "entry", ",", "no", "rales", ".", "No", "neck", "or", "trunk", "rigidity", ".", "No", "motor", "deficit", ".", "The", "treatment", "started", "was", "maintained", "with", "the", "addition", "of", "vancomycin", ".", "Repeated", "blood", "tests", "showed", "an", "increase", "in", "CRP264", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytosis", "4", ",", "600", "elements", "/", "mm3", ",", "plateletopenia", "103", ",", "000", "elements", "/", "mm3", ",", "mobilisation", "of", "liver", "enzymes", ":", "TGO", "87", "U", "/", "L", ",", "TGP", "88", "U", "/", "L", ".", "Normal", "glomerular", "renal", "function", ".", "Skin", "lesion", "and", "blood", "cultures", "showed", "sensitive", "Staphylococcus", "aureusmeticillinus", "(", "SAMS", ")", ",", "CSF", "culture", "and", "PCR", "for", "Herpes", "virus", "were", "negative", ".", "A", "few", "hours", "after", "admission", ",", "an", "intense", "systolic", "murmur", "was", "noted", "in", "the", "mesocardium", ".", "In", "view", "of", "the", "diagnosis", "of", "probable", "infective", "endocarditis", "with", "encephalic", "embolisation", ",", "a", "Doppler", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "showed", "\"", "thickening", "of", "both", "leaflets", "in", "the", "mitral", "valve", "with", "a", "small", "image", "adhering", "to", "the", "septal", "leaflet", "compatible", "with", "vegetation", ".", "Mild", "to", "moderate", "mitral", "insufficiency", ".", "Good", "systolic", "function", "\"", ".", "Encephalic", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "shows", ":", "\"", "lesions", "compatible", "with", "septic", "embolism", "with", "moderate", "perilesional", "oedema", "\"", ".", "Other", "emboligenic", "foci", "were", "ruled", "out", ".", "Treatment", "was", "maintained", "with", "vancomycin", "and", "gentamicin", "in", "therapeutic", "range", ".", "The", "paediatric", "cardiac", "surgery", "team", "was", "consulted", "and", "initially", "maintained", "a", "wait-and-see", "attitude", "regarding", "the", "surgical", "approach", ",", "with", "serial", "controls", "with", "echocardiography", ".", "The", "patient", "was", "placed", "on", "apyrexia", "on", "the", "17th", "day", "of", "treatment", ".", "Echocardiograms", "showed", "worsening", "mitral", "insufficiency", "and", "persistent", "vegetations", ".", "He", "repeated", "encephalic", "embolisation", "with", "left", "hemiplegia", "and", "a", "new", "MRI", "was", "performed", "which", "confirmed", "ischaemic", "infarction", "in", "the", "putamen", "area", ".", "After", "a", "joint", "assessment", "with", "the", "neuropaediatrician", "and", "heart", "surgeons", ",", "cardiac", "surgery", "was", "performed", "to", "clean", "the", "valve", ",", "attempting", "to", "repair", "it", "with", "pericardium", ",", "which", "failed", ",", "leaving", "the", "patient", "with", "a", "mechanical", "valve", "and", "hypocoagulation", ".", "Atrioventricular", "block", "requiring", "corticoids", "and", "external", "pacemaker", "for", "15", "days", ",", "later", "returning", "to", "sinus", "rhythm", ".", "Good", "evolution", ",", "with", "improvement", "of", "haemiparesis", "with", "physiotherapy", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 286, "end": 292 }, { "text": "Herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 2844, "end": 2856 }, { "text": "SAMS", "label": "SPECIES", "start": 2813, "end": 2817 }, { "text": "Bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 1515, "end": 1530 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1565, "end": 1570 }, { "text": "neuropaediatrician", "label": "HUMAN", "start": 4038, "end": 4056 }, { "text": "heart surgeons", "label": "HUMAN", "start": 4061, "end": 4075 } ]

[ "An", "84-year-old", "male", "patient", ",", "with", "a", "history", "of", "aortic", "valve", "replacement", "and", "infiltrating", "urothelial", "carcinoma", ",", "admitted", "with", "the", "diagnosis", "of", "radicular", "enteritis", ".", "He", "was", "referred", "to", "the", "Radiodiagnosis", "Department", "for", "acute", "abdominal", "pain", "associated", "with", "haemodynamic", "instability", ".", "An", "abdominopelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "the", "angiovascular", ",", "portal", "and", "elimination", "phases", ".", "Multiple", "cuneiform", "hypodense", "areas", "in", "splenic", "parenchyma", ",", "cortico-subcortical", ",", "compatible", "with", "infarcts", ".", "Moderate", "amount", "of", "dense", "free", "fluid", "of", "perisplenic", "location", ".", "Central", "perihilar", "hyperdense", "area", "is", "identified", ",", "which", "is", "isodense", "with", "the", "vessels", "in", "all", "phases", "of", "the", "study", "and", "early", "repletion", "of", "the", "splenic", "vein", ",", "findings", "suggestive", "of", "associated", "vascular", "malformation", ".", "A", "liquid-contrast", "level", "is", "observed", "in", "the", "gastro-splenic", "ligament", "suggestive", "of", "active", "bleeding", ".", "The", "interventional", "radiologist", "performed", "selective", "arteriography", "of", "the", "splenic", "artery", ",", "where", "contrast", "extravasation", "was", "seen", "in", "the", "splenic", "hilum", ",", "a", "lesion", "of", "rounded", "morphology", "and", "early", "repletion", "of", "the", "splenic", "vein", ",", "findings", "related", "to", "active", "bleeding", ",", "pseudoaneurysm", "and", "arteriovenous", "fistula", ".", "The", "diagnosis", "of", "atraumatic", "splenic", "rupture", "secondary", "to", "splenic", "infarction", "was", "made", ".", "It", "has", "an", "incidence", "of", "0", ".", "1", "%", "-", "0", ".", "5", "%", "and", "is", "classified", "according", "to", "whether", "it", "occurs", "in", "a", "previously", "healthy", "or", "pathological", "spleen", ".", "Criteria", "according", "to", "Crate", "for", "atraumatic", "splenic", "rupture", "in", "a", "healthy", "spleen", ":", "-", "Absence", "of", "trauma", ".", "-", "Absence", "of", "injury", "to", "other", "organs", "that", "can", "be", "associated", "with", "splenic", "pathology", ".", "-", "Absence", "of", "splenic", "scarring", ".", "-", "Macroscopically", "and", "microscopically", "normal", "spleen", ".", "-", "Negative", "serology", "for", "recent", "viral", "infection", ".", "Entities", "that", "favour", "atraumatic", "splenic", "rupture", ":", "-", "Infectious", "affectation", "(", "mononucleosis", ")", "-", "Haematological", "affectation", "-", "Congenital", "alterations", "(", "haemangiomas", ")", "-", "Other", "entities", "(", "pancreatitis", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 27 }, { "text": "interventional radiologist", "label": "HUMAN", "start": 849, "end": 875 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1655, "end": 1660 } ]

[ "A", "14", "year", "old", "boy", "came", "to", "the", "clinic", "with", "urticarial", "symptoms", "immediately", "after", "eating", "several", "mushrooms", ".", "He", "also", "presented", "with", "rhinoconjunctivitis", "in", "September", ".", "The", "symptoms", "had", "occurred", "after", "the", "ingestion", "of", "thistle", "mushroom", "(", "Pleurotus", "eryngii", ")", "and", "Juniper", "mushroom", "(", "Leucopaxillus", "candidus", "/", "Clitocybe", "candida", ")", ".", "It", "tolerates", "cooked", "mushrooms", "without", "problems", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Prick-prick", "with", "raw", "and", "cooked", "mushrooms", ":", "with", "positive", "result", "for", "all", "of", "them", ".", "Prick-prick", "to", "pneumoallergens", ":", "with", "positive", "result", "to", "Alternaria", ".", "A", "western", "blot", "was", "performed", "to", "see", "the", "allergenic", "characteristics", "of", "mushrooms", "and", "Alternaria", ".", "Results", ":", "Prick-prick", "with", "fresh", "and", "cooked", "mushrooms", "were", "positive", ",", "as", "well", "as", "SPT", "to", "Alternaria", ",", "Cladosporium", ",", "Penicillium", "and", "Aspergillus", ".", "All", "other", "inhalants", "were", "negative", ".", "Alternaria-specific", "IgE", ":", "positive", "The", "Alternaria", "blot", "showed", "several", "reactive", "IgE", "proteins", ",", "with", "two", "proteins", "being", "recognised", ".", "One", "of", "approximately", "14", "kDa", "compatible", "with", "Alt", "a", "1", "and", "another", "of", "45", "kDa", "that", "could", "be", "compatible", "with", "Alt", "a", "6", "(", "enolase", ")", ".", "Conclusions", ":", "We", "present", "a", "case", "of", "immediate", "reaction", "after", "ingestion", "of", "cooked", "mushrooms", ",", "with", "recognition", "of", "the", "allergens", "of", "the", "ingested", "species", "and", "the", "fungus", "Alternaria", "alternata", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 95, "end": 104 }, { "text": "mushroom", "label": "SPECIES", "start": 220, "end": 228 }, { "text": "thistle mushroom", "label": "SPECIES", "start": 212, "end": 228 }, { "text": "mushroom", "label": "SPECIES", "start": 261, "end": 269 }, { "text": "Pleurotus eryngii", "label": "SPECIES", "start": 230, "end": 247 }, { "text": "Clitocybe candida", "label": "SPECIES", "start": 296, "end": 313 }, { "text": "Juniper mushroom", "label": "SPECIES", "start": 253, "end": 269 }, { "text": "Leucopaxillus candidus", "label": "SPECIES", "start": 271, "end": 293 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 337, "end": 346 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 418, "end": 427 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 523, "end": 533 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 619, "end": 629 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 605, "end": 614 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 718, "end": 728 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 808, "end": 818 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 760, "end": 771 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 675, "end": 684 }, { "text": "Cladosporium", "label": "SPECIES", "start": 730, "end": 742 }, { "text": "Penicillium", "label": "SPECIES", "start": 744, "end": 755 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 846, "end": 856 }, { "text": "Alternaria", "label": "SPECIES", "start": 1223, "end": 1233 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1200, "end": 1207 }, { "text": "fungus Alternaria alternata", "label": "SPECIES", "start": 1216, "end": 1243 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 1216, "end": 1222 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 1139, "end": 1148 } ]

[ "A", "66-year-old", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "symptoms", "of", "approximately", "4-5", "days", "of", "evolution", "of", "incoercible", "hiccups", ",", "accompanied", "by", "nausea", "without", "vomiting", "and", "asthenia", ",", "as", "well", "as", "a", "weight", "loss", "of", "about", "8", "kg", "in", "the", "last", "month", ".", "His", "only", "personal", "history", "was", "hypertension", "on", "enalapril", "20", "mg", ".", "Native", "of", "Equatorial", "Guinea", ".", "He", "has", "been", "in", "Spain", "for", "20", "years", ".", "Has", "not", "had", "malaria", "and", "has", "never", "taken", "quinine", ".", "He", "works", "as", "an", "underground", "cleaner", ".", "Physical", "examination", ":", "BEG", ".", "Black", "race", ".", "No", "jaundice", ".", "Continuous", "hiccups", "throughout", "the", "examination", "with", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", ",", "without", "irradiation", "or", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Complementary", "tests", ":", "ECG", ",", "chest", "and", "abdominal", "X-ray", "with", "no", "findings", ".", "Laboratory", "tests", ":", "CRP", "22", ".", "5", "mg", "/", "dL", ",", "Bil", "1", ".", "73", "mg", "/", "dL", ",", "Na", "128", "mEq", "/", "L", ",", "GPT", "200U", "/", "L", ",", "GGT", "241U", "/", "L", ",", "LDH", "670U", "/", "L", ";", "Hb", "11", ".", "2", "g", "/", "dL", ",", "Hct", "32", ".", "8", "%", ",", "MCV", "85", ".", "5", "fl", ",", "Plaq", "139", ",", "000", ";", "microhaematuria", ",", "the", "rest", "normal", ".", "Evolution", ":", "omeprazole", "40", "mg", "and", "metoclopramide", "iv", "were", "administered", ".", "In", "view", "of", "the", "analytical", "findings", ",", "Coombs", "and", "serology", "for", "Paul", "Bunnell", "were", "requested", ".", "Three", "hours", "after", "administering", "the", "medication", ",", "the", "patient", "continued", "with", "hiccups", ",", "so", "he", "was", "prescribed", "chlorpromazine", "im", "without", "improvement", ".", "Meanwhile", "we", "have", "the", "results", "of", "the", "analysis", "where", "Paul", "Bunnell", "appears", "negative", "and", "direct", "Coombs", "positive", ".", "Provisional", "judgement", ":", "The", "patient", "had", "haemolytic", "anaemia", "with", "microhaematuria-proteinuria", "and", "mild", "thrombopenia", "(", "Evans", "syndrome", "to", "be", "ruled", "out", ")", ",", "hypertransaminasemia", "and", "hyperbilirubinaemia", "in", "relation", "to", "the", "above", "and", "treatment-resistant", "hiccups", ".", "Plan", ":", "admission", "is", "decided", ",", "requesting", "a", "blood", "test", "with", "serology", ",", "an", "iron", "study", "to", "locate", "the", "origin", "of", "haemolytic", "anaemia", "(", "CMV", ",", "HIV", ",", "hepatitis", ",", "Leishmania", ",", "malaria", "and", "syphilis", ")", "and", "a", "basic", "control", "blood", "test", ".", "On", "the", "way", "up", "to", "the", "ward", ",", "he", "had", "two", "fever", "peaks", "of", "39oC", ",", "and", "when", "the", "Ta", "was", "lowered", ",", "the", "patient", "'", "s", "hiccups", "improved", ".", "The", "haematologist", "confirms", "that", "the", "Coombs", "'", "test", "is", "a", "false", "positive", "due", "to", "cross-reaction", "with", "circulating", "antibody", ",", "with", "no", "schistocytes", "in", "smears", "or", "other", "evidence", "of", "haemolysis", ".", "She", "began", "to", "suffer", "abdominal", "pain", "with", "selective", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "and", "underwent", "an", "abdominal", "ultrasound", "where", "hepatosplenomegaly", "and", "3", "hepatic", "cysts", "were", "observed", ".", "After", "24", "h", "of", "admission", ":", "positive", "results", "for", "Leishmania", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "a", "bone", "marrow", "aspirate", "showed", "massive", "infestation", "by", "intra", "-", "and", "extracellular", "Leishmania", ".", "Definitive", "judgement", ":", "visceral", "leishmaniasis", "and", "hiccups", "in", "relation", "to", "dysthermia", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1118, "end": 1125 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 253, "end": 261 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 383, "end": 390 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1696, "end": 1699 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1717, "end": 1727 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2312, "end": 2322 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2461, "end": 2471 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1348, "end": 1355 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1875, "end": 1882 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1701, "end": 1704 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1741, "end": 1749 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 1706, "end": 1715 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 1729, "end": 1736 }, { "text": "haematologist", "label": "HUMAN", "start": 1907, "end": 1920 } ]

[ "Two-year-old", "male", "infant", ".", "Family", "history", "of", "no", "interest", ".", "Personal", "history", ":", "Normal", "pregnancy", ",", "delivery", "and", "neonatal", "period", ".", "Under", "follow-up", "for", "allergy", "to", "legumes", ",", "diagnosed", "at", "ten", "months", "of", "age", "due", "to", "a", "generalised", "urticarial", "reaction", "to", "lentils", "and", "chickpeas", ",", "with", "a", "legume-free", "diet", "since", "then", ".", "The", "week", "before", "the", "consultation", ",", "he", "reported", "an", "immediate", "generalised", "skin", "reaction", "after", "eating", "peas", ".", "At", "this", "visit", "the", "mother", "describes", "episodes", "of", "erythema", "in", "the", "right", "maxillary", "area", "with", "ipsilateral", "ocular", "involvement", "which", "resolves", "within", "hours", "after", "the", "administration", "of", "corticoids", ".", "It", "has", "occurred", "on", "5-6", "occasions", ",", "in", "relation", "to", "the", "ingestion", "of", "previously", "tolerated", "food", ".", "She", "did", "not", "report", "any", "dietary", "transgressions", "or", "accidental", "reaction", "to", "legumes", ".", "Physical", "examination", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "Complementary", "examination", ":", "Peanut", ",", "ac", "(", "ige", ")", "19", ".", "2", "Ku", ".", "arb", "/", "l", ";", "Green", "bean", ",", "ac", "0", ".", "36Ku", ".", "arb", "/", "l", ";", "lentils", "39", ".", "6", "Ku", ".", "arb", "/", "l", ".", "Chickpea", "46", ".", "5", "Ku", ".", "arb", "/", "l", ".", "Pea", "49", ".", "3", "Ku", ".", "arb", "/", "l", ";", "white", "bean", "4", ".", "09", "Ku", ".", "arb", "/", "l", ".", "Results", ":", "Upon", "clinical", "suspicion", "of", "Frey", "'", "s", "Syndrome", ",", "the", "parents", "are", "reassured", ",", "explaining", "the", "nature", "of", "the", "picture", "and", "an", "appointment", "is", "made", "for", "annual", "review", "." ]

[ 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male infant", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 24 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 32 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 106, "end": 114 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 57, "end": 65 }, { "text": "chickpeas", "label": "SPECIES", "start": 251, "end": 260 }, { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 239, "end": 246 }, { "text": "peas", "label": "SPECIES", "start": 396, "end": 400 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 421, "end": 427 }, { "text": "Chickpea", "label": "SPECIES", "start": 928, "end": 936 }, { "text": "lentils", "label": "SPECIES", "start": 905, "end": 912 }, { "text": "Pea", "label": "SPECIES", "start": 952, "end": 955 }, { "text": "Peanut", "label": "SPECIES", "start": 846, "end": 852 }, { "text": "Green bean", "label": "SPECIES", "start": 876, "end": 886 }, { "text": "white bean", "label": "SPECIES", "start": 971, "end": 981 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1055, "end": 1062 } ]

[ "A", "16", "year", "old", "female", "student", ",", "in", "good", "general", "condition", ",", "came", "to", "our", "Unit", ",", "claiming", "to", "have", "been", "raped", "two", "months", "prior", "to", "the", "interview", ".", "She", "had", "not", "reported", "the", "incident", "due", "to", "personal", "reasons", ".", "She", "consulted", "about", "lesions", "in", "her", "mouth", "of", "approximately", "two", "weeks", "'", "evolution", ",", "which", "caused", "difficulty", "in", "phonation", "and", "swallowing", ".", "During", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "showed", "insecurity", "and", "concealment", "in", "her", "answers", ".", "Examination", "of", "the", "buccal", "mucosa", "revealed", "the", "typical", "opaline", ",", "slightly", "raised", ",", "greyish-white", "plaques", "of", "syphilitic", "secondarily", "and", "other", "white", "lesions", "surrounded", "by", "a", "red", "halo", ",", "some", "multiple", "and", "some", "solitary", ".", "In", "figure", "1", ",", "the", "white", "plaques", "can", "be", "seen", "in", "both", "commissures", "and", ",", "in", "the", "lower", "labial", "mucosa", ",", "in", "the", "midline", ",", "three", "more", "plaques", ".", "The", "one", "closest", "to", "the", "sulcus", ",", "opaline", "white", ",", "well", "circumscribed", ".", "Another", "plaque", ",", "approximately", "2", "cm", "in", "diameter", ",", "shows", "a", "small", "central", "red", "area", ",", "and", "close", "to", "the", "semimucosa", ",", "another", "similar", "one", "can", "be", "observed", ".", "In", "figure", "2", ",", "similar", "plaques", "are", "found", "on", "the", "left", "edge", "of", "the", "tongue", ",", "near", "the", "tip", "and", "in", "the", "posterior", "area", ".", "On", "the", "right", "edge", ",", "in", "the", "middle", "and", "posterior", "part", ",", "two", "similar", "plaques", ",", "each", "1", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "can", "also", "be", "seen", ".", "Close", "to", "the", "tip", "of", "the", "tongue", ",", "on", "the", "edges", "and", "extended", "towards", "the", "ventral", "side", ",", "a", "rough", "surface", "can", "be", "seen", "in", "figure", "3", ".", "It", "was", "clinically", "diagnosed", "as", "hairy", "leukoplakia", "(", "LV", ")", "and", "could", "not", "be", "removed", "by", "scraping", ".", "The", "patient", "gave", "authorisation", "for", "an", "HIV", "test", ",", "which", "was", "carried", "out", "the", "following", "day", "and", "the", "result", "of", "which", "was", "delivered", "in", "person", "approximately", "thirty", "days", "later", ".", "After", "a", "first", "reactive", "VDRL", "(", "128", "dls", ")", ",", "the", "fluorescent", "treponema", "antibody", "test", "(", "FTA-ABS", ")", ",", "the", "treponema", "haematoagglutination", "test", "(", "TPHA", ")", ",", "and", "a", "spirochete", "demonstration", "of", "the", "exudate", "from", "one", "of", "the", "oral", "lesions", "or", "\"", "dark", "field", "test", "\"", "were", "requested", ",", "with", "a", "positive", "result", ".", "A", "mucosal", "biopsy", "was", "performed", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "hairy", "leukoplakia", ".", "Due", "to", "the", "high", "serology", "titres", "obtained", ",", "classical", "treatment", "for", "syphilis", "with", "benzathine", "penicillin", "injections", "was", "immediately", "instituted", ".", "The", "result", "of", "the", "LV", "biopsy", "was", "confirmed", ".", "The", "patient", "did", "not", "return", "to", "the", "clinic", "and", "did", "not", "withdraw", "the", "HIV", "result", ",", "which", "was", "reactive", ".", "We", "have", "tried", "to", "locate", "the", "young", "woman", "to", "inform", "her", "of", "her", "condition", ",", "monitor", "the", "effectiveness", "of", "the", "syphilis", "treatment", ",", "and", "establish", "a", "possible", "treatment", "and", "follow-up", "of", "her", "immunodeficiency", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female student", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 28 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 179, "end": 187 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 356, "end": 363 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1453, "end": 1456 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2190, "end": 2193 }, { "text": "spirochete", "label": "SPECIES", "start": 1728, "end": 1738 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1419, "end": 1426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2128, "end": 2135 }, { "text": "treponema", "label": "SPECIES", "start": 1639, "end": 1648 }, { "text": "treponema", "label": "SPECIES", "start": 1678, "end": 1687 }, { "text": "FTA-ABS", "label": "SPECIES", "start": 1664, "end": 1671 }, { "text": "TPHA", "label": "SPECIES", "start": 1715, "end": 1719 }, { "text": "young", "label": "HUMAN", "start": 2250, "end": 2255 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1607, "end": 1611 } ]

[ "A", "48-year-old", "man", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", "consulted", "in", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "and", "headache", ".", "Present", "illness", "He", "started", "5", "days", "ago", "with", "general", "malaise", ",", "nausea", "and", "fever", "(", "39", ".", "5oC", ")", ".", "On", "the", "day", "of", "consultation", "he", "presented", "with", "vomiting", ",", "photophobia", ",", "prostration", "and", "acute", "onset", "holocranial", "headache", ",", "which", "progressively", "increased", "in", "intensity", "up", "to", "9", "/", "10", "VAS", ".", "Physical", "examination", ":", "blood", "pressure", ":", "135", "/", "60", "mmHg", ",", "temperature", ":", "39", ".", "4oC", ",", "HR", ":", "105", "bpm", ",", "O2", "saturation", ":", "94", "%", ".", "Eyes", ":", "conjunctival", "congestion", ".", "Neurological", "examination", ":", "Conscious", ",", "oriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ".", "Normal", "language", "(", "nomination", ",", "repetition", ",", "fluency", ",", "comprehension", ")", ".", "Bradypsychia", ".", "No", "dysphasia", ".", "No", "dysarthria", ".", "Normal", "confrontational", "campimetry", ".", "Reactive", "isochoric", "pupils", ".", "Normal", "EOM", ".", "Normal", "lower", "torques", ".", "Normal", "muscle", "tone", ".", "Muscle", "strength", ":", "global", "and", "segmental", "5", "/", "5", "in", "4", "limbs", ".", "Myotatic", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", ".", "Plantar", "cutaneous", "reflex", ":", "bilateral", "flexor", ".", "Sensitivity", ":", "no", "asymmetry", "detected", ".", "No", "dysmetry", "(", "heel-knee", ",", "toe-nose", ")", ".", "Correct", "gait", "(", "heels", ",", "toes", "and", "tandem", ")", ".", "Nuchal", "and", "spinal", "rigidity", ".", "Kernig", "and", "Brudzinski", "present", ".", "Complementary", "studies", "Laboratory", "tests", "were", "correct", "except", "for", "leukocytosis", ":", "11", ",", "000", "/", "mm3", ",", "CRP", ":", "5", ".", "1", "mg", "/", "dL", "and", "procalcitonin", ":", "15", "ng", "/", "ml", ".", "HIV", "and", "syphilis", ":", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "and", "CT", "scan", "of", "the", "brain", ":", "normal", ".", "CSF", "yellowish", ".", "Glucose", "60", "mg", "/", "dL", "(", "glycaemia", ":", "110", "mg", "/", "dL", ")", ",", "protein", "0", ".", "6", "g", "/", "l", "(", "0", "-", "0", ".", "45", ")", ".", "Leukocytes", "100", "lymphocytes", "(", "85", "%", ")", "Adenosine", "deaminase", ",", "VDRL", "and", "PCR", "for", "herpes", "negative", ".", "Gram", ":", "negative", ".", "CSF", "sample", "was", "sent", "for", "study", ".", "Treatment", "with", "IV", "Ceftriaxone", "was", "prescribed", ".", "CSF", ":", "positive", "antibodies", "for", "Borrellia", "and", "in", "blood", "samples", "the", "immunoblot", "VlsE", "P83", "sg", "bands", ",", "IGM", ",", "IGG", "and", "Wester", "blot", "against", "Borrellia", "were", "positive", ".", "PCR", "sequenced", "Borrellia", "garinii", ".", "The", "patient", "recalled", "arthropod", "bites", "3-4", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "symptoms", ".", "Definitive", "diagnosis", "Neuroborreliosis", ".", "Evolution", "Favourable", "with", "complete", "remission", "after", "14", "days", "of", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 580, "end": 586 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 1625, "end": 1634 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 1723, "end": 1732 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 1762, "end": 1771 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1469, "end": 1473 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1257, "end": 1260 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 1802, "end": 1811 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1486, "end": 1492 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1785, "end": 1792 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1265, "end": 1273 }, { "text": "Borrellia garinii", "label": "SPECIES", "start": 1762, "end": 1779 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Increased", "dyspnoea", "and", "cough", "Personal", "history", "-", "No", "known", "allergies", ".", "-", "Type", "II", "DM", "on", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", ".", "-", "HT", "in", "treatment", "with", "Telmisartan", "40", "mg", ".", "-", "Active", "smoker", "of", "10", "cigarettes", "/", "day", ".", "-", "Occasional", "drinker", ".", "-", "COPD", "with", "FEV1", "of", "60", "%", ".", "-", "He", "has", "had", "two", "exacerbations", "in", "the", "last", "year", ",", "the", "last", "one", "7", "months", "ago", ".", "-", "He", "is", "being", "treated", "with", "long-acting", "beta-2", "and", "long-acting", "anticholinergics", ".", "CURRENT", "HISTORY", "He", "consults", "because", "for", "the", "last", "3", "days", "he", "has", "been", "experiencing", "an", "increase", "in", "his", "usual", "dyspnoea", "with", "cough", "and", "expectoration", "in", "greater", "quantity", "than", "usual", "and", "of", "a", "greenish", "colour", ".", "The", "situation", "has", "not", "improved", "despite", "the", "treatment", "given", "by", "his", "doctor", "and", "in", "the", "last", "12", "hours", "the", "dyspnoea", "has", "become", "minimal", "effort", "which", "prevents", "him", "from", "washing", "himself", "every", "day", ",", "for", "which", "he", "consults", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Conscious", "and", "oriented", "in", "time", "and", "space", ".", "Central", "cyanosis", ".", "BP", ":", "185", "/", "110", ",", "HR", "of", "130", "bpm", ",", "RR", "of", "28", "rpm", ".", "O2", "Sat", "of", "89", "%", ",", "To", "of", "36", ".", "8oC", ",", "blood", "glucose", "of", "240", ".", "-", "AC", ":", "Rhythmic", ",", "no", "audible", "murmurs", ".", "-", "AP", ":", "Expiratory", "wheezing", "in", "both", "lung", "fields", "with", "isolated", "rhonchi", ".", "-", "ABD", ":", "Soft", "depressible", ",", "no", "visceromegaly", "or", "masses", ".", "Not", "painful", ".", "-", "EEII", ":", "Minimal", "pretibial", "oedema", ".", "Pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "Complementary", "explorations", "were", "requested", "and", "treatment", "was", "started", "with", ":", "-", "Oxygen", "therapy", ":", "Ventimask", "mask", "with", "a", "FiO2", "of", "0", ".", "3", ".", "-", "Beta", "2", "(", "salbutamol", "5", "mg", ")", "+", "anticholinergics", "(", "Ipratropium", "0", ".", "5", "mg", ")", "nebulised", "and", "repeated", "initially", "every", "4", "hours", ".", "-", "Systemic", "corticosteroids", "(", "80", "mg", "iv", ")", ".", "This", "is", "a", "severe", "exacerbation", "of", "COPD", "and", "all", "severe", "exacerbations", "benefit", "from", "treatment", "with", "systemic", "corticosteroids", ".", "Follow", "with", "40", "mg", "/", "iv", "/", "6", "hours", "thereafter", ".", "-", "Antibiotics", "(", "moxifloxacin", "400", "mg", "IV", "/", "24", "h", ")", ".", "COMPLEMENTARY", "EXPLORATIONS", "Chest", "X-ray", ":", "Cardiomegaly", ".", "Slightly", "congestive", "hilarity", "with", "minimal", "interstitial", "pattern", "at", "this", "level", ".", "Vascular", "redistribution", "with", "increased", "vascular", "distribution", "at", "the", "bases", ".", "No", "infiltrates", ".", "ECG", ":", "Sinus", "rhythm", "at", "110", "bpm", ".", "No", "repolarisation", "alterations", ".", "BIOCHEMISTRY", "GLUCOSE", "265", "mg", "/", "dl", "[", "70", "-", "110", "]", "UREA", "26", "mg", "/", "dl", "[", "15", "-", "50", "]", "CREATININE", "1", "mg", "/", "dl", "[", "0", ".", "6", "-", "1", ".", "3", "]", "SODIUM", "142", "mmol", "/", "L", "[", "135", "-", "148", "]", "POTASSIUM", "3", ".", "8", "mmol", "/", "L", "[", "3", ".", "6", "-", "5", ".", "2", "]", "HEMATOLOGY", "LEUCOCYTES", "10", ".", "12", "x10", "^", "3", "/", "uL", "[", "4", ".", "8", "-", "10", ".", "8", "]", "NEUTROPHILES", "87", ".", "5", "%", "[", "43", "-", "65", "]", "LYMPOCYTES", "5", ".", "6", "%", "[", "20", ".", "5", "-", "45", ".", "5", "]", "MONOCYTES", "6", ".", "8", "%", "[", "5", ".", "5", "-", "11", ".", "7", "]", "EOSINOPHILES", "0", "%", "[", "0", ".", "9", "-", "2", ".", "9", "]", "BASOPHILES", "0", ".", "1", "%", "[", "0", ".", "2", "-", "1", "]", "HEMOGLOBIN", "16", ".", "6", "g", "/", "dL", "[", "14", "-", "18", "]", "HEMATOCRITES", "49", ".", "7", "%", "[", "42", "-", "52", "]", "PLAKETS", "191", "x10", "^", "3", "/", "uL", "[", "130", "-", "400", "]", "ARTERIAL", "GASOMETRY", "pH", "7", ".", "3", "pCO2", "77", ".", "3", "mmHg", "pO2", "54", ".", "5", "mmHg", "cHCO3", "37", ".", "4", "mmol", "/", "L", "O2", "Sat", "89", "%", ".", "Given", "the", "analytical", "findings", "of", "respiratory", "acidosis", "and", "an", "x-ray", "with", "a", "semiology", "that", "may", "suggest", "incipient", "heart", "failure", ",", "together", "with", "the", "malleolar", "oedema", ",", "it", "was", "decided", "to", "add", "furosemide", "to", "the", "treatment", "and", "venous", "gasometric", "control", "in", "one", "hour", ",", "in", "case", "it", "was", "necessary", "to", "initiate", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "EVOLUTION", ",", "WAITING", "AND", "OBSERVATION", "After", "60", "minutes", "with", "correct", "treatment", ",", "a", "gasometric", "control", "was", "carried", "out", "with", "the", "following", "results", ":", "Venous", "gasometry", "pH", "7", ".", "31", "pCO2", "74", ".", "3", "mmHg", "pO2", "44", ".", "5", "mmHg", "HCO3", "36", ".", "4", "mmol", "/", "L", "Pulse", "oximetry", "91", "%", ".", "In", "view", "of", "the", "scarce", "improvement", "despite", "correct", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "in", "BiPAP", "mode", "with", "an", "IPAP", "of", "16", "and", "an", "EPAP", "of", "6", "and", "a", "FiO2", "of", "0", ".", "3", "Some", "time", "later", "a", "new", "venous", "blood", "gas", "analysis", "was", "performed", "in", "which", "we", "can", "see", ":", "Venous", "blood", "gas", "pH", "7", ".", "383", "pCO2", "59", ".", "1", "mmHg", "pO2", "27", ".", "6", "mmHg", "cHCO3", "34", ".", "4", "mmol", "/", "L", "O2", "saturation", "of", "95", "%", "O2", "saturation", "of", "95", "%", ".", "It", "was", "decided", "to", "maintain", "NIV", ",", "continuing", "with", "the", "treatment", "mentioned", "above", "and", "after", "10", "hours", "the", "patient", "presented", "the", "following", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "467", "pCO2", "46", ".", "1", "mmHg", "pO2", "49", ".", "3", "mmHg", "HCO3", "32", ".", "9", "mmol", "/", "L", "O2", "saturation", "of", "97", "%", ".", "RESOLUTION", ",", "ORIENTATION", "AND", "TRANSFER", "It", "was", "decided", "to", "start", "progressive", "withdrawal", "of", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "and", "admission", "to", "the", "pneumology", "ward", "for", "monitoring", "and", "definitive", "treatment", ".", "Treatment", "on", "admission", "-", "Diabetic", "diet", "without", "salt", ".", "-", "Oxygen", "therapy", ":", "Ventimask", "mask", "with", "FiO2", "of", "0", ".", "28", "-", "Brocodilators", ":", "Beta", "2", "(", "salbutamol", "400", "μg", ")", "+", "anticholinergics", "(", "Ipratropium", "120", "μg", ")", "with", "spacer", "chamber", "every", "6", "hours", ".", "-", "Systemic", "corticosteroids", ":", "methylprednisolone", "40", "mg", "/", "iv", "/", "6", "hours", ".", "-", "Antibiotics", ":", "Moxifloxacin", "400", "mg", "iv", "/", "24", "hours", ".", "-", "Furosemide", "20", "mg", "iv", "/", "24", "hours", ".", "-", "Enoxaparin", "40", "mg", "sc", "/", "24", "h", ".", "-", "Telmisartan", "40", "mg", "iv", "/", "24h", ".", "-", "Glucometer", "before", "breakfast", ",", "lunch", "and", "dinner", "with", "insulin", "regimen", ".", "CLINICAL", "TRIAL", "MODERATE", "COPD", "WITH", "SEVERE", "EXACERBATION", "DUE", "TO", "BACTERIAL", "INFECTION", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 54, "end": 62 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 695, "end": 701 }, { "text": "BACTERIAL", "label": "SPECIES", "start": 4524, "end": 4533 } ]

[ "A", "6-year-old", "girl", "presented", "with", "a", "24-hour", "history", "of", "fever", ",", "weakness", "and", "vomiting", ".", "Personal", "history", ":", "pneumonia", "at", "4", "years", "of", "age", "and", "admission", "to", "the", "Paediatric", "Intensive", "Care", "Unit", "for", "meningococcal", "meningitis", "at", "5", "years", "of", "age", ".", "Routine", "vaccinations", "up", "to", "date", ",", "plus", "pneumococcal", "vaccine", "(", "13-valent", "conjugate", ")", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "fair", "general", "condition", "and", "nuchal", "rigidity", ".", "Lumbar", "puncture", ":", "neutrophilic", "pleocytosis", "and", "blood", "tests", ":", "characteristics", "of", "bacterial", "infection", ".", "He", "was", "admitted", "with", "intravenous", "cefotaxime", ".", "Meningitis", "due", "to", "Neisseira", "meningitidis", "(", "non-agglutinable", "serotype", ")", "was", "confirmed", ".", "Prophylaxis", "with", "rifampicin", "was", "administered", "to", "close", "contacts", ".", "Good", "evolution", ",", "being", "discharged", "on", "the", "eighth", "day", "of", "admission", ".", "Results", ":", "In", "view", "of", "recurrent", "meningococcal", "infection", ",", "an", "immunological", "study", "was", "performed", ",", "highlighting", "complement", "C5", "deficiency", ".", "The", "genetic", "study", "detected", "a", "mutation", "in", "homozygosis", "(", "c", ".", "960_962del", "/", "p", ".", "Asn320del", ")", ".", "Family", "study", ":", "one", "brother", "with", "homozygosis", "due", "to", "the", "same", "mutation", "with", "a", "history", "of", "meningitis", "and", "three", "brothers", "with", "heterozygosis", "with", "normal", "C5", "values", "and", "no", "history", "of", "interest", ".", "In", "view", "of", "congenital", "C5", "deficiency", ",", "prophylactic", "treatment", "with", "benzathine", "penicillin", "and", "meningococcal", "vaccination", "(", "serogroup", "B", ")", "was", "instituted", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 17 }, { "text": "meningococcal meningitis", "label": "SPECIES", "start": 187, "end": 211 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 85, "end": 93 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 282, "end": 289 }, { "text": "pneumococcal vaccine", "label": "SPECIES", "start": 269, "end": 289 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 672, "end": 680 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 468, "end": 477 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 962, "end": 968 }, { "text": "brothers", "label": "HUMAN", "start": 1069, "end": 1077 } ]

[ "43-year-old", "man", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "since", "the", "age", "of", "30", "years", "of", "15", "pack-years", "and", "with", "a", "personal", "history", "of", "mild", "mixed", "dyslipidaemia", "and", "probable", "gastritis", "due", "to", "Helicobacter", "pylori", ".", "Independent", "for", "all", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "Chronic", "treatment", "with", "esomeprazole", "20", "mg", "and", "fenofibrate", ".", "Consultation", "in", "the", "emergency", "department", "for", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "radiating", "to", "the", "epigastrium", "of", "5", "months", "'", "evolution", "with", "worsening", "in", "the", "last", "few", "days", "accompanied", "by", "dysphagia", "to", "solids", ",", "loss", "of", "5", "kilograms", "of", "weight", "in", "the", "last", "two", "months", ",", "asthenia", "and", "loss", "of", "appetite", ".", "She", "has", "not", "presented", "diarrhoea", ",", "vomiting", ",", "fever", ",", "pruritus", "or", "profuse", "sweating", ".", "Examination", "revealed", "a", "temperature", "of", "37", ".", "5oC", ",", "mucocutaneous", "pallor", ",", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "and", "epigastrium", "and", "non-painful", "palpation", "of", "two", "fingers", "across", "the", "spleen", ".", "He", "presented", "with", "left", "axillary", "and", "bilateral", "inguinal", "lymphadenopathy", ",", "non-painful", ",", "rolling", ",", "1", "centimetre", "in", "diameter", ".", "Laboratory", "tests", "showed", ":", "leukocytes", "15800", "/", "uL", "(", "neutrophils", "8000", "/", "uL", ",", "lymphocytes", "5300", "/", "uL", ")", ",", "haemoglobin", "6", ".", "8", "mg", "/", "dL", "and", "platelets", "46000", "/", "uL", ".", "The", "peripheral", "blood", "smear", "showed", "dysplastic", "erythroblasts", ",", "myelocytes", "and", "metamyelocytes", ",", "red", "blood", "cells", "in", "tears", "or", "dacryocytes", "(", "see", "attached", "image", ")", "and", "1-2", "%", "schistocytes", ",", "all", "compatible", "with", "leukoerythroblastic", "syndrome", ".", "Peripheral", "blood", "flow", "cytometry", "showed", "a", "leukoerythroblastic", "picture", "with", "peripheral", "blood", "discharge", "of", "immature", "myeloid", "elements", ".", "Chest", "and", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "parietal", "thickening", "of", "a", "duodenal", "segment", ",", "moderate", "splenomegaly", "and", "marked", "generalised", "blastomatous", "bone", "involvement", "(", "possible", "haematological", "pathology", "or", "metastatic", "involvement", "to", "be", "assessed", ")", ".", "At", "gastroscopy", ",", "the", "cardia", "was", "stenosed", "and", "friable", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "showed", "an", "increase", "in", "bone", "trabeculation", ",", "as", "well", "as", "stromal", "fibrosis", "with", "a", "marked", "and", "profound", "decrease", "in", "the", "cell", "population", "affecting", "all", "3", "series", ".", "Presence", "of", "epithelial", "neoplastic", "proliferation", "arranged", "in", "small", ",", "slightly", "cohesive", "epithelial", "clusters", "showing", "epithelial", "elements", "with", "a", "\"", "signet", "ring", "\"", "pattern", "(", "see", "attached", "image", ")", ".", "Immunohistochemistry", "revealed", "positivity", "for", "cytokeratin", "AE1", "/", "AE3", ",", "E-cadherin", "and", "very", "focally", "for", "cytokeratin", "7", ".", "The", "definitive", "diagnosis", "was", "gastric", "adenocarcinoma", "with", "bone", "and", "bone", "marrow", "infiltration", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Medical", "Oncology", "service", "for", "treatment", "and", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Helicobacter pylori", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 204 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 110, "end": 118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2321, "end": 2328 } ]

[ "A", "thirteen-year-old", "woman", "presented", "with", "fever", "for", "12", "days", "accompanied", "by", "left", "axillary", "adenopathy", ".", "Initial", "examination", "was", "negative", "except", "for", "scratches", "on", "the", "left", "hand", ".", "Initial", "laboratory", "data", "included", ":", "leukocytes", "4", ",", "700", "(", "32", "%", "lymphocytes", ";", "9", "%", "monocytes", "and", "51", "%", "granulocytes", ")", ";", "ESR", "14", "mm", "/", "h", ";", "CRP", "2", ".", "4", "mg", "/", "dl", ";", "negative", "blood", "culture", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "the", "presence", "of", "lymphadenopathy", ",", "Cat", "Scratch", "Disease", "was", "suspected", ",", "serology", "for", "Bartonella", "henselae", "was", "performed", "and", "treatment", "with", "rifampicin", "was", "started", ",", "with", "the", "fever", "disappearing", "3", "days", "after", "starting", "treatment", ".", "Subsequently", ",", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", "when", "the", "serology", "was", "positive", "for", "Bartonella", "henselae", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 25 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 445, "end": 464 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 660, "end": 679 }, { "text": "Cat", "label": "SPECIES", "start": 397, "end": 400 } ]

[ "Anamnesis", "An", "81-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "disseminated", "skin", "lesions", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ".", "These", "lesions", "had", "been", "appearing", "progressively", "and", "were", "evolving", "towards", "ulceration", "and", "suppuration", ".", "He", "reported", "local", "pain", "as", "the", "only", "associated", "symptomatology", ";", "there", "was", "no", "general", "malaise", ";", "there", "had", "been", "no", "fever", "or", "associated", "shivering", ",", "nor", "any", "other", "symptoms", "at", "other", "levels", ".", "Medical", "history", "included", ":", "allergy", "to", "clavulanic", "acid", ",", "hypothyroidism", "on", "levothyroxine", "replacement", "therapy", ",", "dyslipidaemia", "on", "statin", "therapy", ",", "hypertension", "on", "treatment", "with", "indapamide", "and", "osteoporosis", "treated", "with", "risendronic", "acid", ".", "The", "recent", "medical", "history", "included", "a", "patellar", "fracture", "treated", "conservatively", ",", "which", "had", "obliged", "the", "patient", "to", "stay", "for", "3", "months", "in", "a", "medium-stay", "home", "for", "rehabilitation", "treatment", ";", "she", "had", "been", "discharged", "home", "3", "weeks", "earlier", ".", "Physical", "examination", "She", "presented", "multiple", "nodular", "lesions", "1-4", "cm", "in", "diameter", ",", "located", "on", "the", "abdomen", "and", "limbs", ",", "in", "different", "stages", "of", "evolution", ":", "some", "were", "very", "inflammatory", "in", "appearance", "with", "significant", "perilesional", "cellulitis", ",", "and", "others", "were", "open", "to", "the", "outside", ",", "which", "drained", "purulent", "content", "with", "the", "slightest", "compression", ".", "In", "some", "of", "the", "lesions", ",", "several", "drainage", "orifices", "could", "be", "seen", ".", "In", "addition", ",", "in", "the", "area", "of", "the", "pubic", "hair", ",", "pustules", "centred", "by", "hair", "follicles", "were", "observed", ".", "Complementary", "examinations", "The", "lesions", "were", "cultured", "and", "an", "eyelet", "biopsy", "was", "performed", ",", "one", "part", "of", "which", "was", "sent", "for", "microbiological", "study", "and", "the", "other", "for", "anatomopathological", "study", ".", "In", "the", "two", "direct", "swab", "samples", "and", "in", "the", "biopsy", "culture", ",", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MRSA", ")", "grew", ".", "The", "skin", "biopsy", "showed", "dense", "polymorphonuclear", "leukocyte", "infiltrates", "with", "microabcessification", "and", "some", "foci", "of", "necrosis", ".", "There", "were", "no", "granulomas", "or", "signs", "of", "vasculitis", ".", "During", "hospital", "admission", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "febrile", "peak", ",", "so", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "were", "negative", ".", "With", "the", "microbiological", "isolation", "and", "the", "history", "of", "the", "febrile", "episode", ",", "it", "was", "decided", "to", "rule", "out", "Staphylococcus", "aureus", "involvement", "at", "other", "levels", ":", "an", "echocardiogram", ",", "chest", "X-ray", "and", "fundus", "study", "by", "ophthalmology", "were", "performed", ",", "all", "without", "findings", "of", "septic", "metastases", ".", "Diagnosis", "Multiple", "MRSA", "abscesses", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "with", "empirical", "antibiotic", "treatment", "using", "piperacillin-tazobactam", "4", "g", "/", "500", "mg", "every", "8", "hours", "associated", "with", "linezolid", "600", "mg", "every", "12", "hours", ",", "with", "the", "intention", "of", "covering", "both", "gram-positive", "and", "gram-negative", "multiresistant", "germs", ".", "A", "history", "of", "recent", "long-term", "institutionalisation", "was", "the", "reason", "for", "the", "choice", "of", "this", "combination", ".", "Daily", "dressings", "with", "fusidic", "acid", "ointment", ",", "silicone", "dressings", "and", "non-compressive", "bandages", "were", "performed", ".", "Once", "MRSA", "isolation", "was", "confirmed", ",", "it", "was", "decided", "to", "withdraw", "peracillin-tazobactam", "and", "to", "maintain", "treatment", "with", "linezolid", "only", ",", "which", "was", "maintained", "for", "two", "weeks", ".", "Evolution", "With", "antibiotic", "therapy", ",", "the", "lesions", "resolved", "completely", ".", "During", "her", "admission", ",", "the", "patient", "was", "treated", "for", "preventive", "medicine", "and", "underwent", "specific", "decolonisation", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 30 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 732, "end": 739 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 1643, "end": 1647 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1620, "end": 1641 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1598, "end": 1641 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1857, "end": 1864 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2040, "end": 2061 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 1947, "end": 1972 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 2235, "end": 2239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2290, "end": 2297 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 2743, "end": 2747 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3000, "end": 3007 } ]

[ "Eight-year-old", "patient", "with", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "because", ",", "coinciding", "with", "a", "catarrhal", "process", "with", "odynophagia", "without", "fever", ",", "she", "suddenly", "presented", "with", "coprolalia", ",", "selective", "memory", "disorder", "(", "she", "did", "not", "remember", "and", "confused", "some", "names", "of", "people", "she", "knew", ")", ",", "anomalous", "behaviour", "with", "hyperactivity", "and", "compulsive", "movements", ".", "He", "does", "not", "lose", "consciousness", "and", "there", "is", "no", "alteration", "of", "muscle", "tone", "or", "strength", ".", "The", "family", "describes", "the", "picture", "as", "an", "explosive", "and", "surprising", "behavioural", "alteration", ".", "The", "episode", "lasts", "a", "few", "minutes", "and", "when", "he", "arrives", "at", "the", "emergency", "department", "he", "is", "calmer", ",", "although", "he", "continues", "to", "show", "language", "alterations", "and", "confusion", "in", "relation", "to", "his", "family", "and", "the", "environment", "in", "which", "he", "finds", "himself", ".", "He", "reports", "catarrhal", "symptoms", "and", "a", "sore", "throat", ".", "He", "is", "afebrile", ".", "No", "exanthema", "was", "observed", "on", "examination", ";", "cardiopulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "ENT", "examination", ":", "tonsillar", "exudation", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "without", "visceromegaly", ".", "Sensitivity", ",", "tone", ",", "strength", "and", "osteotendinous", "reflexes", "are", "normal", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "neurological", "focality", ".", "Blood", "tests", "showed", "18", "400", "leukocytes", "(", "86", "segmented", ",", "three", "segmented", ",", "three", "white", "blood", "cells", ",", "six", "lymphocytes", ",", "three", "monocytes", ")", ",", "and", "260", "000", "platelets", ".", "Biochemistry", "with", "no", "alterations", "in", "the", "basic", "screening", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ":", "11", "mg", "/", "l", ".", "A", "throat", "swab", "was", "taken", "and", "was", "positive", "for", "Streptococcus", "pyogenes", "(", "group", "A", ")", ".", "She", "was", "admitted", "for", "observation", "and", "study", "of", "the", "process", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "amoxicillin", ",", "which", "ended", "ten", "days", "later", ".", "The", "neuropsychiatric", "symptoms", "disappeared", "completely", "24", "hours", "after", "admission", ".", "Given", "the", "rapid", "resolution", "and", "the", "child", "'", "s", "good", "general", "condition", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", "from", "hospital", "and", "continue", "with", "outpatient", "treatment", ".", "When", "we", "saw", "him", "at", "the", "primary", "care", "clinic", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ",", "with", "no", "alterations", "in", "the", "physical", "and", "neurological", "examination", ".", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "and", "electroencephalogram", "were", "requested", "and", "found", "to", "be", "normal", ".", "He", "was", "seen", "for", "a", "catarrhal", "process", "three", "months", "later", ",", "with", "no", "recurrence", "of", "the", "symptoms", "described", "in", "the", "previous", "episode", "of", "tonsillitis", ".", "He", "remained", "without", "relapses", ".", "He", "has", "undergone", "tonsillar", "exudate", "tests", "on", "two", "occasions", "for", "infectious", "processes", ",", "both", "of", "which", "were", "negative", ".", "Carrier", "status", "has", "also", "been", "ruled", "out", ",", "although", "anti-streptolysin", "O", "(", "ASLO", ")", "antibody", "levels", "have", "not", "been", "determined", "as", "there", "have", "been", "no", "further", "clinical", "relapses", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 39 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 49 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 473, "end": 479 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 735, "end": 741 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 1416, "end": 1438 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1705, "end": 1710 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1871, "end": 1878 }, { "text": "Carrier", "label": "HUMAN", "start": 2346, "end": 2353 } ]

[ "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "normal", "colour", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "eupneic", ".", "The", "examination", "revealed", "a", "violaceous", "lesion", "on", "the", "left", "breast", "in", "the", "upper", "area", "of", "the", "inner", "quadrant", "measuring", "2", "cm", "and", "another", "violaceous", ",", "indurated", "and", "painful", "lesion", "with", "underlying", "ecchymosis", "measuring", "about", "5", "cm", "over", "the", "scar", ".", "Palpation", "revealed", "no", "peripheral", "lymph", "nodes", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "is", "unremarkable", ".", "Additional", "tests", "A", "biopsy", "was", "taken", "of", "the", "larger", "lesion", ",", "which", "was", "non-specific", "and", "showed", "no", "signs", "of", "malignancy", ".", "In", "view", "of", "the", "increase", "in", "size", "of", "the", "lesion", "and", "its", "necrotic", "appearance", ",", "in", "December", "2016", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "dermatology", "department", ",", "who", "repeated", "the", "biopsy", ",", "obtaining", "the", "same", "results", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "perform", "surgical", "excision", "of", "the", "skin", "lesion", "by", "Dermatology", "on", "31", "December", "2016", ",", "and", "the", "histology", "was", "reported", "as", "compatible", "with", "cutaneous", "angiosarcoma", ".", "A", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "to", "stage", "the", "disease", ",", "showing", "an", "increase", "in", "breast", "density", "with", "associated", "skin", "thickening", ",", "suspicious", "for", "malignancy", ",", "with", "no", "evidence", "of", "mediastinal", "or", "intra-abdominal", "lymphadenopathy", ".", "Diagnosis", "Conventional", "cutaneous", "angiosarcoma", "of", "4", ".", "5", "cm", ",", "histological", "grade", "3", "(", "according", "to", "the", "FNCLCC", "grading", "system", ")", ",", "tumour", "extension", "to", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "mitotic", "index", "of", "24", "mitoses", "/", "10", "CGA", "with", "free", "margins", ".", "Immunohistochemistry", "positive", "for", "CD34", "and", "negative", "for", "HHV8", "with", "a", "Ki", "67", "of", "60", "%", ".", "TNM", "stage", ":", "pT1a", "Nx", "Mx", ".", "Treatment", "Given", "the", "suspicion", "of", "persistence", "of", "the", "disease", "and", "rapid", "local", "growth", ",", "the", "case", "was", "evaluated", "by", "the", "breast", "tumour", "committee", "together", "with", "Nephrology", "and", "Gynaecology", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "simple", "mastectomy", "of", "the", "left", "breast", ",", "which", "was", "carried", "out", "in", "February", "2017", ".", "Evolution", "She", "was", "referred", "to", "the", "oncology", "department", "in", "February", "2017", "for", "follow-up", "and", "subsequent", "treatment", ",", "and", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "with", "ECOG", "0", ".", "In", "March", "2017", ",", "a", "PET", "scan", "was", "performed", "to", "update", "the", "status", "of", "the", "disease", ",", "showing", "an", "8", "mm", "hypermetabolic", "subcutaneous", "nodule", "with", "SULpeak", "1", ".", "9", "located", "in", "the", "region", "anterior", "to", "the", "proximal", "end", "of", "the", "left", "clavicle", ",", "and", "which", "looked", "like", "pathological", "lymphadenopathy", "(", "reference", "SULpeak", "2", ".", "65", ")", ".", "A", "soft", "tissue", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "the", "suspicious", "lymphadenopathy", "measuring", "12", "x", "10", "mm", ",", "in", "subcutaneous", "fatty", "tissue", ",", "neither", "adherent", "nor", "bone-dependent", ",", "and", "a", "percutaneous", "biopsy", "was", "performed", ".", "The", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "revealed", "necrotic", "tissue", "without", "being", "able", "to", "recognise", "lymph", "nodes", ".", "Immunohistochemistry", "showed", "expression", "of", "CD31", ",", "CD34", "and", "factor", "VIII", ",", "with", "negative", "expression", "of", "oestrogen", "receptors", ",", "suggesting", "angiosarcoma", "metastasis", ".", "In", "April", "2017", ",", "the", "metastasis", "was", "surgically", "resected", "with", "free", "edges", ".", "Given", "the", "absence", "of", "macroscopic", "residual", "disease", "observed", "in", "a", "new", "PET", "scan", "(", "May", "2017", ")", ",", "radiotherapy", "treatment", "was", "ruled", "out", "and", "it", "was", "decided", ",", "after", "reassessing", "the", "case", "together", "with", "Nephrology", ",", "to", "administer", "paclitaxel", "at", "a", "dose", "of", "80", "mg", "/", "m2", "weekly", "with", "adjuvant", "intent", ",", "which", "was", "started", "on", "5", "June", "2017", ".", "Currently", ",", "he", "has", "three", "cycles", "of", "the", "12", "planned", ",", "administered", "without", "incident", "and", "maintaining", "stable", "renal", "function", "(", "baseline", "creatinine", "around", "3", ".", "5", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 32 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 656, "end": 663 }, { "text": "HHV8", "label": "SPECIES", "start": 1454, "end": 1458 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1914, "end": 1921 } ]

[ "Anamnesis", "A", "42-year-old", "male", ",", "Ecuadorian", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "frontal", "and", "left", "periorbital", "headache", ",", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ",", "lasting", "3-5", "minutes", "and", "with", "five", "episodes", "per", "day", ",", "of", "increasing", "intensity", "and", "frequency", ",", "without", "photophobia", ",", "rhinorrhoea", ",", "lacrimation", ",", "or", "modification", "after", "Valsalva", "manoeuvres", ".", "It", "was", "progressively", "accompanied", "by", "diplopia", "when", "looking", "horizontally", "to", "the", "left", ",", "as", "well", "as", "upper", "and", "middle", "left", "facial", "hypoaesthesia", ",", "and", "during", "his", "admission", "he", "also", "presented", "hypoaesthesia", "and", "paresis", "of", "the", "mandibular", "musculature", ",", "as", "well", "as", "complete", "left", "facial", "paralysis", ",", "without", "fever", "or", "other", "systemic", "or", "neurological", "symptoms", ".", "Her", "personal", "history", "included", "no", "cerebrovascular", "risk", "factors", ",", "but", "there", "was", "an", "episode", "similar", "to", "the", "current", "one", "of", "headache", "and", "diplopia", "5", "years", "earlier", ",", "for", "which", "she", "attended", "another", "hospital", ",", "without", "a", "clear", "diagnosis", ",", "which", "resolved", "completely", ".", "He", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "15", "years", ",", "the", "last", "trip", "to", "his", "country", "of", "origin", "being", "3", "years", "ago", ".", "He", "worked", "in", "construction", ".", "Father", "died", "of", "stroke", ".", "She", "reported", "no", "intake", "of", "toxic", "substances", ",", "drugs", "or", "herbal", "products", ".", "Physical", "examination", "Conscious", "and", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", ".", "Well", "hydrated", "and", "nourished", ".", "Temperature", "36", ".", "8", "oC", ",", "blood", "pressure", "140", "/", "96", "mmHg", ",", "heart", "rate", "64", "bpm", ".", "Good", "distal", "perfusion", ".", "Eupneic", ".", "Absence", "of", "cutaneous-mucosal", "lesions", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", "to", "light", ",", "no", "meningismus", ".", "Fundus", "of", "the", "eyes", "without", "alterations", ".", "Paresis", "of", "the", "VI", "nerve", ",", "with", "hypoaesthesia", "in", "the", "V1", ",", "V2", ",", "V3", "territory", ",", "paresis", "of", "the", "mandibular", "musculature", "and", "ipsilateral", "upper", "and", "lower", "facial", "paralysis", "on", "the", "left", "side", ",", "with", "no", "other", "alterations", ".", "Strength", "and", "sensibility", "in", "all", "its", "modalities", "symmetrically", "preserved", "in", "all", "four", "extremities", ".", "Symmetrical", "and", "normoactive", "myotatic", "reflexes", ",", "with", "bilateral", "flexor", "plantar", "cutaneous", "reflex", ".", "Coordination", ",", "posture", "and", "gait", "within", "normal", "limits", ".", "Complementary", "tests", "-", "General", "biochemistry", ",", "haemogram", ",", "coagulation", ",", "autoimmunity", ",", "CRP", ",", "ESR", ",", "electrophoretic", "and", "immunoelectrophoretic", "spectrum", ",", "angiotensin", "converting", "enzyme", ",", "tumour", "markers", ",", "urine", "sediment", ",", "electrocardiogram", "and", "chest", "X-ray", "were", "performed", "without", "alterations", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "opening", "pressure", "14", "cm", "of", "water", ".", "Crystal", "clear", "fluid", ",", "no", "blockages", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "cytobiochemistry", "within", "normal", "limits", ",", "flow", "cytometry", "and", "cytology", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "Normal", "CSF", "IgG", "index", "and", "absence", "of", "oligoclonal", "bands", ".", "-", "Microbiology", ":", "negative", "serology", "for", "syphilis", ",", "HIV", ",", "Borrelia", ",", "hepatotropic", "viruses", ".", "Mantoux", "negative", ".", "Sputum", "BAAR", "negative", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "(", "without", "contrast", ")", ":", "asymmetry", "in", "the", "region", "of", "the", "left", "cavernous", "sinus", "compared", "to", "the", "right", ",", "as", "well", "as", "mucosal", "thickening", "of", "the", "left", "maxillary", "sinus", ".", "Axial", "cranial", "CT", "scan", "without", "contrast", ".", "1B", ".", "Axial", "cranial", "T1-weighted", "MRI", "with", "fat-suppressed", "contrast", ".", "There", "is", "a", "hyperdense", "image", "in", "the", "left", "cavernous", "sinus", "that", "picks", "up", "contrast", "on", "MRI", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "without", "and", "with", "contrast", ":", "there", "is", "thickening", "of", "the", "left", "cavernous", "sinus", "region", ",", "which", "appears", "isointense", "in", "T2", "and", "with", "homogeneous", "enhancement", "after", "contrast", "administration", ".", "It", "is", "associated", "with", "thickening", "and", "uptake", "of", "the", "dura", "covering", "the", "base", "of", "the", "left", "temporal", "lobe", ",", "as", "well", "as", "the", "free", "edge", "of", "the", "tentorium", ".", "There", "is", "also", "thickening", "and", "uptake", "of", "the", "left", "cranial", "nerve", "V", "at", "its", "exit", "through", "the", "foramen", "ovale", ",", "without", "involvement", "of", "perineural", "structures", ".", "Coronal", "cranial", "MRI", "coronal", "T1", "with", "contrast", "and", "fat", "suppression", ".", "Pre-treatment", ".", "Two", "months", "post-treatment", ".", "Decreased", "uptake", "in", "the", "cavernous", "sinus", "and", "dura", "mater", "overlying", "the", "base", "of", "the", "temporal", "lobe", ".", "-", "Thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "no", "alterations", ".", "-", "PET-CT", "scan", ":", "bilateral", "and", "symmetrical", "increase", "in", "metabolic", "activity", "in", "the", "palatine", "tonsils", ",", "of", "an", "inflammatory-infectious", "nature", ".", "No", "adenopathy", "with", "metabolic", "activity", "or", "other", "foci", "suggesting", "abnormal", "metabolic", "activity", "were", "observed", ".", "-", "Bilateral", "tonsillar", "biopsy", ":", "no", "findings", "of", "malignant", "cells", ".", "Diagnosis", "Tolosa-Hunt", "syndrome", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "non-steroidal", "analgesics", "and", "prednisone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "a", "week", ",", "with", "good", "response", ",", "and", "continued", "with", "a", "stepwise", "descending", "regimen", ".", "Evolution", "Improvement", "of", "the", "headache", "and", "cranial", "nerve", "involvement", ",", "resolving", "completely", ".", "Successive", "radiological", "controls", "were", "carried", "out", "by", "means", "of", "cranial", "MRI", "which", "showed", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 1043, "end": 1049 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 668, "end": 676 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2565, "end": 2569 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2508, "end": 2516 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2503, "end": 2506 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2493, "end": 2501 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 2518, "end": 2538 } ]

[ "Anamnesis", "A", "79-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", "under", "pharmacological", "treatment", ",", "with", "no", "other", "notable", "medical", "or", "surgical", "history", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "by", "her", "primary", "care", "physician", "for", "a", "suspected", "cervical", "abscess", "following", "an", "arthropod", "bite", ",", "requesting", "its", "surgical", "removal", ".", "The", "patient", "reported", "having", "been", "stung", "in", "an", "urban", "environment", "at", "the", "cervical", "level", "24", "hours", "earlier", ",", "having", "observed", "local", "erythema", "in", "the", "following", "hours", "as", "well", "as", "intense", "pruritus", ".", "She", "had", "not", "applied", "any", "previous", "topical", "treatment", ",", "nor", "had", "she", "recently", "introduced", "any", "new", "drugs", ".", "She", "reported", "being", "in", "good", "general", "condition", ",", "although", "she", "had", "difficulty", "falling", "asleep", "due", "to", "the", "pruritus", ".", "Neither", "the", "patient", "nor", "her", "relative", "had", "observed", "any", "pre-existing", "cervical", "alterations", "prior", "to", "the", "bite", ".", "The", "anamnesis", "did", "not", "reveal", "any", "other", "relevant", "epidemiological", "history", ".", "Physical", "examination", "In", "the", "general", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "although", "she", "was", "noticeably", "nervous", ",", "which", "she", "attributed", "to", "pruritus", ".", "In", "addition", ",", "she", "had", "a", "significant", "elevation", "of", "blood", "pressure", "(", "210", "/", "120", "mmHg", ")", ",", "with", "heart", "rate", "and", "basal", "oxygen", "saturation", "within", "the", "normal", "range", ".", "No", "fever", "was", "noted", ".", "On", "cardiac", "auscultation", "the", "patient", "was", "rhythmic", ",", "although", "a", "unilateral", "carotid", "murmur", "in", "the", "right", "laterocervical", "area", "(", "where", "the", "patient", "reported", "having", "been", "stung", ")", "was", "striking", ".", "On", "dermatological", "examination", ",", "a", "circular", "pulsatile", "area", "was", "observed", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "laterocervical", "region", ",", "in", "its", "proximal", "portion", ".", "More", "distally", ",", "a", "poorly", "demarcated", "erythematous", "plaque", "was", "observed", ",", "with", "a", "slight", "increase", "in", "local", "temperature", ",", "with", "a", "smaller", "habonous", "plaque", "inside", "it", ",", "which", "had", "a", "central", "point", ".", "There", "were", "no", "other", "notable", "findings", ",", "including", "a", "systematic", "neurological", "examination", ".", "Complementary", "examinations", "A", "referral", "to", "vascular", "surgery", "was", "made", "on", "suspicion", "of", "a", "pre-existing", "supra-aortic", "trunk", "anomaly", ",", "which", "was", "clinically", "more", "evident", "due", "to", "the", "elevated", "blood", "pressure", ".", "A", "Doppler", "ultrasound", "scan", "showed", "turbulent", "flow", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "common", "carotid", "artery", ",", "with", "suspicion", "of", "a", "tortuous", "trajectory", "at", "the", "level", "of", "the", "brachiocephalic", "trunk", ".", "For", "a", "correct", "study", "of", "the", "case", ",", "it", "was", "recommended", "that", "an", "angio-CT", "scan", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "be", "performed", "on", "a", "scheduled", "basis", ".", "Diagnosis", "Arthropod", "bite", "in", "the", "cervical", "region", ",", "coinciding", "with", "the", "area", "of", "dolichoectasia", "of", "the", "right", "common", "carotid", "artery", ",", "in", "a", "patient", "with", "a", "hypertensive", "emergency", ".", "Treatment", "The", "first", "priority", "for", "this", "patient", "in", "the", "Emergency", "Department", "was", "to", "reduce", "blood", "pressure", ",", "for", "which", "oral", "antihypertensive", "treatment", "was", "started", ".", "In", "addition", ",", "an", "oral", "antihistamine", "(", "2", "mg", "dexchlorpheniramine", "maleate", ")", "and", "a", "topical", "corticosteroid", "(", "0", ".", "1", "%", "mometasone", "furoate", ")", "were", "administered", "to", "manage", "the", "arthropod", "bite", ".", "Evolution", "We", "questioned", "the", "patient", "and", "family", "about", "the", "previous", "existence", "of", "the", "pulsatile", "cervical", "mass", "and", "they", "reported", "that", "they", "had", "never", "observed", "it", "before", ".", "After", "correction", "of", "the", "blood", "pressure", ",", "the", "cervical", "pulsatile", "area", "was", "practically", "imperceptible", ",", "although", "the", "unilateral", "carotid", "murmur", "persisted", ".", "On", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Vascular", "Surgery", "and", "Neurology", "Departments", "to", "complete", "the", "study", "and", "start", "prophylactic", "antiplatelet", "treatment", ".", "Two", "weeks", "after", "the", "ED", "visit", ",", "the", "patient", "was", "examined", "and", "the", "cervical", "erythematous", "plaque", "disappeared", "completely", ",", "with", "the", "absence", "of", "associated", "pruritus", ".", "Based", "on", "the", "above", ",", "a", "diagnosis", "of", "cervical", "arthropod", "bite", "was", "made", ",", "coinciding", "with", "dolichoectasia", "of", "the", "right", "common", "carotid", "artery", ",", "manifested", "as", "a", "pulsatile", "cervical", "mass", "in", "the", "context", "of", "a", "hypertensive", "emergency", ".", "Based", "on", "the", "above", ",", "the", "diagnosis", "of", "cervical", "arthropod", "bite", ",", "coincident", "with", "right", "common", "carotid", "dolichoectasia", ",", "manifested", "as", "a", "cervical", "pulsatile", "mass", "in", "the", "context", "of", "a", "hypertensive", "emergency", ",", "was", "reached", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 237 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 284, "end": 293 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 337, "end": 344 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 740, "end": 747 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 45 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 971, "end": 978 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1277, "end": 1284 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1380, "end": 1387 }, { "text": "Arthropod", "label": "SPECIES", "start": 2368, "end": 2377 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2491, "end": 2498 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 2847, "end": 2856 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2569, "end": 2576 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2904, "end": 2910 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2892, "end": 2899 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3196, "end": 3203 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3370, "end": 3377 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 3537, "end": 3546 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 3759, "end": 3768 } ]

[ "Anamnesis", "A", "68-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "ischaemic", "heart", "disease", ".", "In", "2015", ",", "prosthesis", "placement", "due", "to", "abdominal", "aortic", "aneurysm", ".", "Heavy", "smoker", "with", "clinical", "criteria", "of", "chronic", "bronchitis", "and", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", ".", "In", "April", "2016", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "stage", "IV", "microcytic", "carcinoma", "of", "the", "right", "lower", "lobe", "(", "LID", ")", ",", "with", "lymph", "node", "and", "pancreatic", "metastases", ".", "At", "diagnosis", ",", "tumour", "markers", ":", "CEA", "7", ".", "5", "and", "neurospecific", "enolase", "69", ".", "First-line", "chemotherapy", "treatment", "with", "carboplatin-etoposide", "was", "started", ",", "showing", "a", "partial", "response", "of", "the", "lung", "mass", "and", "pancreatic", "and", "lymph", "node", "metastases", "in", "CT", "after", "3", "cycles", "with", "a", "decrease", "in", "neurospecific", "enolase", ".", "After", "the", "4th", "cycle", ",", "a", "treatment", "schedule", "was", "established", "with", "a", "20", "%", "reduction", "due", "to", "haematological", "toxicity", ":", "G1", "thrombopenia", "and", "G3", "anaemia", ".", "In", "additional", "controls", "by", "the", "Palliative", "Medicine", "Unit", ",", "dexamethasone", "4", "mg", "a", "day", "was", "prescribed", "as", "an", "orexigen", "and", "home", "oxygen", "therapy", "with", "nasal", "goggles", "at", "2", "l", "/", "minute", ".", "As", "a", "result", ",", "she", "developed", "hyperglycaemia", "secondary", "to", "corticoid", "treatment", ",", "requiring", "the", "start", "of", "subcutaneous", "insulin", ".", "Prior", "to", "the", "6th", "cycle", ",", "assessed", "in", "the", "emergency", "department", "for", "increased", "dyspnoea", ",", "a", "derevaluation", "CT", "scan", "was", "performed", "which", "showed", "mediastinal", "and", "hilar", "lymph", "node", "progression", ".", "Stable", "lung", "mass", ".", "Administration", "of", "the", "6th", "cycle", "of", "carboplatin-etoposide", "was", "suspended", ",", "and", "second-line", "treatment", "with", "oral", "topotecan", "was", "proposed", "and", "started", "in", "October", "2016", ".", "She", "was", "admitted", "from", "the", "emergency", "department", "on", "the", "5th", "day", "of", "the", "first", "cycle", "of", "topotecan", "due", "to", "febrile", "neutropenia", "with", "probable", "respiratory", "focus", ".", "Although", "there", "was", "no", "evidence", "of", "infiltrate", "in", "the", "chest", "X-ray", ",", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", ":", "cefepime", ".", "During", "the", "first", "days", "of", "admission", ",", "the", "patient", "reported", "discomfort", "in", "the", "oral", "cavity", "and", "on", "examination", ":", "G1", "mucositis", "and", "thrush", ",", "adding", "intravenous", "fluconazole", "and", "oral", "nystatin", "to", "the", "antibiotic", "treatment", ".", "On", "22", "October", "2016", ",", "he", "began", "to", "experience", "intense", "pain", "in", "the", "left", "mandibular", "region", "associated", "with", "oedema", "in", "the", "left", "maxillary", "region", "and", "ipsilateral", "lower", "palpebral", "region", ".", "Physical", "examination", "During", "the", "examination", ":", "exophthalmos", "of", "3", "mm", "in", "the", "left", "eye", ".", "Limitation", "to", "supraduction", "of", "the", "eye", "with", "isochoric", "and", "reactive", "pupils", "without", "afferent", "pupillary", "defect", ".", "No", "decrease", "in", "visual", "acuity", ".", "In", "the", "oral", "cavity", ":", "greyish-black", "eschar", "in", "the", "left", "hard", "hemipalate", ",", "3", "cm", "in", "anteroposterior", "diameter", "and", "2", "cm", "in", "transverse", "diameter", ".", "No", "other", "lesions", "in", "the", "oral", "cavity", "or", "palpable", "cervical", "adenopathies", ".", "During", "the", "directed", "anamnesis", ":", "the", "palate", "lesion", "had", "appeared", "in", "the", "previous", "24", "hours", ".", "Nasal", "fibroscopy", "performed", "by", "Otorhinolaryngology", "showed", "haematic", "debris", "and", "septal", "perforation", "with", "blackish", "tissue", "obstructing", "the", "left", "nostril", ".", "Complementary", "tests", "Clindamycin", "was", "added", "to", "cover", "anaerobic", "germs", "and", "an", "urgent", "assessment", "and", "biopsy", "of", "the", "necrotic", "lesion", "in", "the", "palate", "was", "requested", "by", "Maxillofacial", "Surgery", ".", "An", "urgent", "facial", "CT", "scan", "was", "performed", ":", "it", "showed", "signs", "of", "ethmoidal", "sinusopathy", "with", "the", "presence", "of", "liquid", "gas", "levels", ",", "an", "increase", "in", "soft", "tissue", "in", "the", "left", "mandibular", "region", "and", "discontinuity", "of", "the", "platysma", "muscle", "in", "the", "neck", ".", "Fluconazole", "was", "discontinued", "and", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "5", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "every", "24", "hours", "was", "started", "due", "to", "suspicion", "of", "mucormycosis", ".", "Diagnosis", "Palate", "biopsy", "culture", "confirms", "isolation", "of", "filamentous", "fungus", "compatible", "with", "Rhizopus", ".", "Treatment", "He", "was", "assessed", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "where", "urgent", "surgery", "was", "considered", "on", "24", "October", "2016", ".", "The", "surgical", "protocol", "describes", ":", "mucormycosis", "affecting", "the", "anterior", "2", "/", "3", "of", "the", "hard", "palate", ",", "left", "maxilla", ",", "nasal", "septum", ",", "left", "orbit", "and", "ipsilateral", "posterior", "and", "anterior", "ethmoidal", "cells", ".", "Orbital", "exenteration", "en", "bloc", "with", "left", "maxilla", "and", "palate", ",", "significant", "necrosis", "of", "the", "lateral", "nasal", "wall", "and", "lamina", "papyracea", ".", "Thrombosis", "of", "ethmoidal", "arteries", "and", "minimal", "Mucor", "imprint", "at", "the", "base", "of", "the", "skull", "at", "the", "level", "of", "the", "posterior", "ethmoid", "(", "postoperative", "CT", "scan", ")", ".", "After", "surgery", ",", "the", "patient", "required", "enteral", "nutrition", "by", "nasogastric", "tube", ".", "Treatment", "was", "maintained", "with", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "6", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "with", "the", "addition", "of", "caspofungin", ",", "as", "sensitivity", "to", "antifungal", "treatment", "was", "confirmed", "in", "the", "microbiological", "study", "of", "the", "surgical", "specimen", ".", "Evolution", "Unfavourable", "post-surgical", "evolution", ",", "with", "clinical", "worsening", "in", "the", "days", "following", "the", "operation", ":", "increased", "sensation", "of", "dyspnoea", "and", "analgesia", "in", "continuous", "perfusion", "due", "to", "pain", "at", "craniofacial", "level", ".", "Progression", "of", "necrotic", "lesion", "on", "the", "surgical", "scar", "on", "the", "palate", ",", "despite", "continued", "antifungal", "treatment", ".", "A", "control", "cranial", "and", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "showed", "post-surgical", "changes", "from", "the", "left", "maxillectomy", "and", "exenteration", "of", "the", "orbit", "with", "occupation", "of", "the", "left", "frontal", ",", "ethmoidal", "and", "sphenoidal", "sinuses", ".", "The", "chest", "showed", "an", "increase", "in", "lung", "mass", "and", "mediastinal", "adenopathy", "with", "the", "appearance", "of", "bilateral", "diffuse", "infiltrates", "and", "right", "pleural", "effusion", "related", "to", "pulmonary", "oedema", "or", "an", "infectious", "process", ".", "CT", "scan", "reports", "pulmonary", "progression", "of", "the", "neoplastic", "disease", ".", "Significant", "clinical", ",", "respiratory", "and", "global", "deterioration", "persisted", "and", ",", "in", "view", "of", "the", "poor", "evolution", ",", "analgesic", "perfusion", "was", "increased", ",", "limiting", "the", "therapeutic", "effort", ",", "and", "he", "died", "eleven", "days", "after", "surgery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1827, "end": 1834 }, { "text": "anaerobic germs", "label": "SPECIES", "start": 2891, "end": 2906 }, { "text": "filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 3461, "end": 3479 }, { "text": "Rhizopus", "label": "SPECIES", "start": 3496, "end": 3504 }, { "text": "Mucor", "label": "SPECIES", "start": 3974, "end": 3979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4095, "end": 4102 } ]

[ "A", "40-year-old", "patient", "was", "referred", "to", "our", "centre", "after", "a", "month", "of", "treatment", "with", "intravenous", "and", "oral", "corticosteroids", "and", "oral", "ciprofloxacin", "for", "a", "process", "that", "started", "as", "bilateral", "papillitis", "and", "evolved", "into", "bilateral", "panuveitis", ".", "Our", "clinical", "history", "shows", "that", "the", "patient", "is", "a", "homosexual", "with", "risky", "practices", ",", "has", "a", "doubtful", "allergy", "to", "penicillin", "and", "tetracyclines", "and", "four", "months", "before", "the", "onset", "of", "the", "ocular", "symptoms", "he", "presented", "a", "palmo-plantar", "exanthema", "together", "with", "acute", "pharyngitis", ",", "treated", "with", "oral", "erythromycin", "for", "a", "week", ".", "On", "ophthalmological", "examination", ",", "visual", "acuity", "was", "0", ".", "05", "in", "the", "right", "eye", "(", "OD", ",", "amblyopic", "eye", ")", "and", "finger", "counts", "at", "20", "cm", "in", "the", "OI", ".", "There", "was", "a", "relative", "afferent", "pupillary", "defect", "in", "the", "right", "eye", ".", "Biomicroscopy", "showed", "moderate", "cellularity", "and", "fine", "retrokeratotic", "precipitates", "in", "the", "OD", ",", "intense", "cellularity", "in", "the", "OI", ",", "hypopyon", "1", "mm", "and", "posterior", "synechiae", ".", "Funduscopic", "examination", "of", "both", "eyes", "revealed", "vitritis", ",", "papillitis", "and", "chorioretinitis", "plaques", ".", "Physical", "examination", "revealed", "bilateral", ",", "non-painful", ",", "mobile", "latero-cervical", "lymphadenopathy", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "following", "values", ":", "CD", "4", "522", "cells", "/", "μl", ",", "viral", "load", "35", ",", "000", "copies", "/", "ml", ",", "positive", "RPR", "of", "1", "/", "64", "and", "positive", "HAART", "and", "IgG", "(", "ELISA", ")", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "as", "HIV", "+", "stage", "A1", "and", "possible", "secondary", "lupetic", "secondary", "infection", "with", "ocular", "involvement", ",", "so", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "a", "cell", "count", "of", "5", "cells", "/", "μl", ",", "total", "protein", "234", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "80", "mg", "/", "dl", "(", "simultaneous", "glycaemia", "89", ")", "and", "VDRL", "negative", ".", "With", "these", "results", ",", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "benzylpenicillin", "at", "a", "dose", "of", "4", "million", "units", "every", "4", "hours", ",", "starting", "at", "low", "doses", "and", "in", "slow", "infusion", "in", "the", "day", "hospital", "of", "the", "Allergy", "Unit", ".", "On", "the", "second", "day", "of", "administration", "the", "patient", "developed", "arthralgias", "and", "self-limited", "rash", "interpreted", "as", "Jarisch-Herxheimer", "reaction", ".", "On", "the", "ninth", "day", ",", "a", "rash", "suggestive", "of", "toxicoderma", "reappeared", "and", "treatment", "had", "to", "be", "discontinued", ".", "It", "was", "decided", "to", "continue", "with", "oral", "erythromycin", "for", "two", "weeks", "given", "the", "patient", "'", "s", "possible", "allergic", "history", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "in", "2-3", "weeks", ",", "visual", "acuity", "was", "1", "/", "3", "in", "OD", "and", "1", "in", "OI", "with", "resolution", "of", "the", "skin", "lesions", "and", "ocular", "inflammation", ",", "with", "only", "a", "few", "hypopigmented", "plaques", "remaining", "in", "the", "areas", "of", "the", "retinal", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 267, "end": 274 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1242, "end": 1249 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 1215, "end": 1220 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1270 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1152, "end": 1157 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1499, "end": 1503 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1759, "end": 1766 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2029, "end": 2036 } ]

[ "14-year-old", "patient", "with", "no", "drug", "allergies", "or", "personal", "history", "of", "interest", "except", "migraine", ".", "No", "regular", "medication", ",", "occasional", "intake", "of", "NSAIDs", ".", "She", "started", "on", "20th", "December", "with", "general", "malaise", ",", "odynophagia", "and", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ".", "Initially", ",", "symptomatic", "treatment", "was", "started", "in", "primary", "care", "for", "suspected", "viral", "pharyngotonsillary", "symptoms", "without", "improvement", ",", "and", "fever", "persisted", ".", "Ten", "days", "later", ",", "she", "was", "seen", "in", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "oral", "antimicrobial", "treatment", "with", "Cefditoren", "was", "started", ",", "also", "without", "improvement", ".", "At", "72", "hours", ",", "blood", "cultures", "identified", "gram-positive", "cocci", "growth", "in", "chains", "(", "Streptococcus", "or", "Enterococcus", "spp", ".", "pending", "identification", "and", "antibiogram", ")", ".", "Using", "the", "PROA", "programme", "and", "monitoring", "of", "bacteraemia", ",", "the", "patient", "is", "notified", "for", "admission", ",", "the", "patient", "'", "s", "condition", "is", "identified", "and", "intravenous", "treatment", "is", "administered", ".", "Complementary", "tests", "and", "evolution", "Blood", "cultures", ":", "Fusobacterium", "necrophorum", "sensitive", "to", "penicillin", ",", "cefoxitin", ",", "carba", ",", "clindamycin", "and", "metronidazole", ".", "Cervico-thoracic", "angio-CT", "scan", ":", "findings", "suggestive", ",", "given", "the", "clinical", "picture", ",", "of", "bilateral", "patchy", "and", "cavitated", "pneumonic", "condensations", "and", "partial", "thrombosis", "of", "the", "right", "jugular", "vein", "(", "fig", "1", ")", ".", "On", "arrival", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "deteriorated", ",", "with", "a", "tendency", "to", "hypotension", ",", "tachypnoea", "and", "the", "need", "for", "supplementary", "oxygen", "therapy", ",", "for", "which", "reason", "the", "ICU", "was", "consulted", "and", "she", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "with", "an", "initial", "diagnosis", "of", "Lemierre", "'", "s", "syndrome", ":", "bacteraemia", "due", "to", "Fusobacterium", "necrophorum", ".", "Pulmonary", "septic", "embolism", ".", "Septic", "thrombosis", "of", "the", "jugular", "vein", ".", "The", "evolution", "was", "torpid", "and", "slowly", "progressive", "but", "finally", "favourable", ",", "having", "started", "antimicrobial", "treatment", "with", "beta-lactam", "and", "metronidazole", ",", "with", "subsequent", "de-escalation", "to", "antibiogram-directed", "sodium", "penicillin", ".", "Bilateral", "chest", "drainage", "was", "required", "due", "to", "empyema", ".", "After", "2", "weeks", "in", "ICU", ",", "she", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "alterations", "present", "on", "admission", ",", "remaining", "afebrile", "and", "asymptomatic", ",", "maintaining", "anticoagulation", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", "(", "LMWH", ")", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 787, "end": 794 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 826, "end": 833 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 651, "end": 664 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 770, "end": 781 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 54 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 310, "end": 315 }, { "text": "Enterococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 668, "end": 684 }, { "text": "Fusobacterium necrophorum", "label": "SPECIES", "start": 954, "end": 979 }, { "text": "Fusobacterium necrophorum", "label": "SPECIES", "start": 1531, "end": 1556 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1279, "end": 1286 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 1512, "end": 1523 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "a", "twelve-year-old", "boy", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "who", "was", "admitted", "to", "paediatrics", "for", "a", "respiratory", "complaint", "consisting", "of", "fever", "up", "to", "38", "°", "C", ",", "cough", ",", "rhinorrhoea", "and", "arthromyalgia", ".", "Due", "to", "this", "episode", ",", "the", "patient", "had", "received", "antibiotic", "treatment", "with", "amoxicillin", ",", "and", "alternating", "paracetamol", "and", "ibuprofen", "as", "antipyretic", "therapy", ".", "Approximately", "seven", "days", "after", "the", "onset", "of", "the", "respiratory", "symptoms", ",", "the", "patient", "began", "to", "present", "extensive", "dermatosis", "in", "the", "form", "of", "inflammatory", "lesions", "in", "the", "form", "of", "nummular", "erythematous", "plaques", "centred", "by", "blisters", ".", "Physical", "examination", "These", "lesions", "had", "a", "bull", "'", "s-eye", "morphology", "and", "affected", "the", "face", ",", "trunk", "and", "extremities", ",", "as", "well", "as", "the", "oral", ",", "ocular", "and", "genital", "mucosa", ",", "where", "he", "had", "extensive", "erosions", "and", "haemorrhagic", "crusts", ".", "There", "was", "no", "palmo-plantar", "involvement", ".", "Erosions", "and", "haemorrhagic", "crusts", "on", "the", "oral", "mucosa", ".", "Target-shaped", "lesions", ":", "plaques", "centred", "by", "erosions", "secondary", "to", "the", "rupture", "of", "blisters", ".", "Complementary", "tests", "The", "haemogram", "showed", "leukocytosis", "with", "a", "left", "shift", "and", "the", "biochemistry", "showed", "an", "increase", "in", "acute", "phase", "reactants", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Serology", "for", "Mycoplasma", "pneumoniae", "(", "MP", ")", "was", "positive", "at", "a", "titre", "of", "1", "/", "1280", ",", "so", "this", "microorganism", "was", "considered", "to", "be", "responsible", "for", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "symptoms", ".", "Diagnosis", "Stevens-Johnson", "syndrome", "secondary", "to", "Mycoplasma", "pneumoniae", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "treated", "with", "azithromycin", "as", "a", "selective", "antimicrobial", "against", "the", "causative", "agent", ".", "Fluconazole", "and", "intravenous", "acyclovir", "were", "also", "prescribed", ".", "In", "addition", ",", "a", "regimen", "of", "topical", "treatment", "of", "the", "lesions", "was", "established", "with", "sulphadiazine", "silver", "and", "fusidic", "acid", "three", "times", "a", "day", ",", "paying", "special", "attention", "to", "the", "genital", "region", "to", "avoid", "retraction", "sequelae", ".", "For", "pain", "control", ",", "metamizole", "and", "rescue", "morphine", "chloride", "were", "used", ".", "Evolution", "The", "evolution", "of", "the", "lesions", "was", "very", "satisfactory", ".", "After", "admission", ",", "no", "new", "lesions", "developed", "and", "those", "present", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", "showed", "rapid", "re-epithelialisation", ".", "At", "present", ",", "the", "residual", "hypopigmented", "areas", "have", "recovered", "their", "normal", "tone", "and", "the", "patient", "has", "no", "scarring", "or", "secondary", "adhesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 272, "end": 279 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 472, "end": 479 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1199, "end": 1220 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1324, "end": 1331 }, { "text": "MP", "label": "SPECIES", "start": 1222, "end": 1224 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1405, "end": 1426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1443, "end": 1450 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2151, "end": 2158 } ]

[ "An", "84-year-old", "woman", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "cough", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ",", "associated", "with", "dyspnoea", "and", "haemoptotic", "expectoration", "since", "the", "previous", "day", ",", "the", "reason", "for", "her", "consultation", ".", "His", "personal", "history", "included", "arterial", "hypertension", ",", "hyperthyroidism", "with", "endothoracic", "goitre", "and", "non-anticoagulated", "atrial", "fibrillation", ".", "Tuberculosis", "in", "childhood", "with", "chronic", "bronchiectasis", "and", "left", "lower", "lobectomy", "in", "2001", ".", "No", "respiratory", "function", "studies", "are", "available", ".", "In", "June", "2008", "he", "presented", "with", "recurrent", "pericardial", "effusion", "requiring", "pericardiocentesis", "for", "cardiac", "tamponade", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "probable", "tuberculous", "pericarditis", "based", "on", "clinical", ",", "pericardial", "fluid", "biochemistry", "with", "lymphocytic", "pleocytosis", ",", "elevated", "ADA", "and", "LDH", "and", "MRI", "findings", ".", "Bacterial", "cultures", "were", "negative", "but", "no", "mycobacterial", "studies", "were", "performed", ".", "Correct", "treatment", "was", "completed", "with", "four", "drugs", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "for", "2", "months", ",", "followed", "by", "rifampicin", "and", "isoniazid", "for", "six", "months", ",", "without", "clinical", "relapse", ",", "although", "with", "persistence", "of", "residual", "lateral", "effusion", ".", "Currently", "on", "treatment", "with", ":", "levothyroxine", "175", "mcg", ",", "sertraline", "50", "mg", ",", "furosemide", "40", "mg", ",", "omeprazole", "20", "mg", ",", "lormetazepam", "2", "mg", ",", "metamizole", "575", "mg", ",", "ASA", "100mg", ".", "The", "patient", "presented", "with", "a", "cough", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", "together", "with", "haemoptotic", "expectoration", "(", "up", "to", "14", "spoonfuls", "/", "day", ")", "in", "the", "last", "24", "hours", ",", "accompanied", "by", "dyspnoea", "without", "fever", "or", "dysthermic", "sensation", ".", "No", "semiology", "of", "heart", "failure", ".", "No", "history", "of", "respiratory", "infections", "in", "the", "last", "year", ",", "no", "weight", "loss", "or", "other", "associated", "symptoms", ".", "Examination", "on", "arrival", "at", "the", "ED", "revealed", ":", "no", "fever", ",", "tachypnoea", "at", "30", "breaths", "/", "minute", ",", "with", "a", "baseline", "oxygen", "saturation", "of", "85", "%", ".", "He", "presented", "tachycardia", "with", "atrial", "fibrillation", "at", "140", "systoles", "per", "minute", "and", "blood", "pressure", "of", "120", "/", "80", "mmHg", ".", "Auscultation", "showed", "generalised", "hypoventilation", "in", "the", "left", "hemithorax", ",", "rhonchi", "and", "scattered", "subcrepitant", "sounds", "in", "both", "lung", "fields", "with", "arrhythmic", "cardiac", "tones", "without", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "There", "was", "no", "jugular", "ingurgitation", ",", "hepatomegaly", "or", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Among", "the", "complementary", "tests", "performed", ",", "the", "chest", "X-ray", "showed", "opacity", "in", "the", "left", "hemithorax", "due", "to", "probable", "pleural", "effusion", "plus", "an", "ipsilateral", "atelectasis", "component", "without", "displacement", "of", "the", "trachea", "and", "mediastinum", ".", "Emergency", "laboratory", "tests", "showed", "a", "deterioration", "of", "renal", "function", "with", "creatinine", "of", "2", ".", "9", "mg", "/", "dl", "and", "urea", "of", "138", "mg", "/", "dl", ".", "Acute", "phase", "reactants", "were", "elevated", "with", "a", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "of", "200", "mg", "/", "l", "and", "31", ",", "000", "leukocytes", "(", "96", "%", "PMN", ")", ".", "The", "coagulation", "study", "showed", "an", "INR", "of", "1", ".", "3", ".", "The", "rest", "of", "the", "blood", "tests", "showed", "values", "within", "the", "normal", "range", ".", "A", "diagnostic", "thoracentesis", "was", "performed", ",", "obtaining", "a", "chocolate-coloured", "fluid", ",", "and", "samples", "were", "sent", "to", "microbiology", "and", "biochemistry", ".", "Pleural", "fluid", "(", "PF", ")", "biochemistry", "showed", "120", ",", "000", "cells", ",", "90", "%", "PMN", ",", "LDH", "60", ",", "000", "mU", "/", "mL", ",", "glucose", "2", ".", "03", "g", "/", "l", ",", "protein", "31", ".", "4", "g", "/", "l", ",", "and", "ADA", "15", "mU", "/", "mL", ",", "pH", "was", "not", "determined", ".", "Gram", "and", "Ziehl-Neelsen", "stain", "of", "pleural", "fluid", "(", "LP", ")", "were", "negative", ".", "Serial", "cultures", "of", "bacteria", "and", "mycobacteria", "in", "sputum", "were", "repeated", "and", "empirical", "antibiotherapy", "with", "piperacillin-tazobactam", "was", "started", ".", "Given", "the", "suspected", "diagnosis", "of", "empyema", ",", "based", "on", "the", "macroscopic", "characteristics", "of", "the", "LP", ",", "it", "was", "decided", "to", "place", "an", "endothoracic", "drainage", ",", "which", "was", "attempted", "twice", "without", "success", ",", "for", "which", "reason", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "was", "requested", ".", "No", "pleural", "effusion", "was", "found", ",", "and", "therefore", "empyema", ",", "but", "instead", "an", "abscess", "was", "observed", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ",", "with", "thickened", ",", "hypercapillary", "and", "anfractuous", "walls", "measuring", "67x50x70mm", "with", "liquefied", "contents", "and", "bubbles", "inside", ",", "corresponding", "to", "the", "liquid", "drained", "by", "thoracentesis", ".", "He", "also", "presented", "complete", "atelectasis", "of", "the", "lingula", "and", "left", "lower", "lobe", ",", "with", "a", "ground-glass", "pattern", "in", "the", "areas", "of", "aerated", "lung", "accompanied", "by", "centrilobular", "nodules", "in", "the", "left", "apex", ".", "After", "a", "chest", "CT", "scan", ",", "a", "diagnosis", "of", "chronic", "bronchiectasis", "infection", "with", "a", "micronodular", "pattern", "complicated", "by", "abscess", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "was", "established", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "are", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "a", "diagnosis", "of", "chronic", "bronchiectasis", "secondary", "to", "previous", "pulmonary", "TB", ",", "who", "was", "admitted", "with", "signs", "of", "superinfection", "and", "a", "lung", "abscess", "was", "observed", "in", "the", "chest", "CT", "scan", ".", "Given", "this", "condition", ",", "a", "differential", "diagnosis", "should", "be", "made", "with", "the", "main", "aetiological", "agents", "in", "order", "to", "choose", "an", "appropriate", "empirical", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "most", "common", "cause", "of", "lung", "abscess", "is", "anaerobic", "bacteria", ":", "Peptostreptococcus", ",", "Prevotella", ",", "Bacteroides", "and", "Fusobacterium", "spp", ".", "from", "the", "patient", "'", "s", "mouth", ".", "Other", "germs", "causing", "lung", "abscess", "are", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Pseudomona", "aeruginosa", ",", "enterobacteria", "(", "Klebsiella", "sp", ".", "most", "frequent", ")", ",", "Legionella", "and", "Haemophilus", "influenzae", "spp", ".", "These", "frequently", "cause", "bronchiectasis", "superinfection", ",", "the", "first", "two", "being", "common", "in", "patients", "with", "frequent", "superinfections", "and", "who", "have", "previously", "received", "cycles", "of", "antibiotherapy", ".", "Other", "microorganisms", "involved", ",", "although", "less", "common", ",", "are", "bacteria", "of", "the", "order", "Actinomycetales", "such", "as", "Nocardia", ",", "Actinomyces", "spp", ".", "And", ",", "given", "the", "presence", "of", "an", "associated", "micronodular", "pattern", ",", "we", "must", "consider", "the", "possibility", "of", "tuberculous", "and", "non-tuberculous", "mycobacteria", ".", "In", "addition", "to", "bacteria", ",", "it", "is", "important", "to", "include", "in", "the", "differential", "diagnosis", "fungal", "infections", "such", "as", "Aspergillus", ",", "Coccidioides", ",", "Histoplasma", ",", "Blastomyces", ",", "Cryptococcus", ",", "Mucor", "and", "Pneumocystis", "spp", ".", "In", "the", "absence", "of", "microbiological", "isolation", ",", "it", "is", "decided", "to", "perform", "bronchoscopy", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "for", "sampling", ",", "sending", "bacterial", "and", "mycobacterial", "cultures", "of", "the", "BAL", ".", "Evolution", "Given", "the", "suspicion", "of", "superinfection", "of", "chronic", "bronchiectasis", "and", "formation", "of", "secondary", "lung", "abscess", ",", "infection", "by", "anaerobic", "bacteria", "was", "considered", "the", "most", "likely", "cause", ".", "After", "two", "weeks", "of", "empirical", "treatment", "with", "piperacillin-tazobactam", "with", "adequate", "clinical", "response", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "at", "a", "dose", "of", "875", "/", "125", "mg", "every", "8", "hours", ".", "Ten", "days", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "for", "a", "new", "episode", "of", "dyspnoea", ",", "cough", "and", "haemoptotic", "expectoration", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "no", "radiological", "progression", "of", "the", "process", ".", "She", "was", "admitted", "and", ",", "during", "hospitalisation", "on", "the", "ward", ",", "the", "results", "of", "the", "mycobacterial", "cultures", "obtained", "from", "sputum", "and", "ABL", "samples", "were", "received", ".", "Final", "diagnosis", "In", "the", "mycobacterial", "culture", "obtained", "from", "sputum", ",", "M", ".", "intracellulare", "grew", "in", "two", "of", "two", "cultures", "obtained", "on", "different", "days", ",", "with", "a", "growth", "time", "of", "less", "than", "14", "days", ".", "Likewise", ",", "the", "LBA", "culture", "was", "received", "in", "which", "M", ".", "intracellulare", "also", "grew", ",", "with", "no", "other", "isolates", "in", "the", "aerobic", "and", "anaerobic", "culture", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "bronchiectasis", "infection", "with", "micronodular", "infiltrate", "by", "M", ".", "intracellulare", "and", "lung", "abscess", "probably", "secondary", "to", "M", ".", "intracellulare", ".", "Treatment", "with", "clarithromycin", ",", "rifampicin", "and", "ethambutol", "was", "completed", "for", "one", "year", "after", "sputum", "negative", ",", "with", "no", "clinical", "recurrence", "or", "new", "sputum", "isolation", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 365, "end": 374 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 223 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1258, "end": 1265 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3055, "end": 3063 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3068, "end": 3080 }, { "text": "Actinomyces spp", "label": "SPECIES", "start": 5071, "end": 5086 }, { "text": "Actinomycetales", "label": "SPECIES", "start": 5037, "end": 5052 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 5341, "end": 5352 }, { "text": "Coccidioides", "label": "SPECIES", "start": 5354, "end": 5366 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5394, "end": 5406 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4663, "end": 4684 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 4640, "end": 4661 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 5454, "end": 5479 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4500, "end": 4508 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4860, "end": 4868 }, { "text": "Bacteroides", "label": "SPECIES", "start": 4542, "end": 4553 }, { "text": "Blastomyces", "label": "SPECIES", "start": 5381, "end": 5392 }, { "text": "tuberculous mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 5207, "end": 5231 }, { "text": "M. intracellulare", "label": "SPECIES", "start": 6581, "end": 6598 }, { "text": "M. intracellulare", "label": "SPECIES", "start": 6752, "end": 6769 }, { "text": "M. intracellulare", "label": "SPECIES", "start": 6809, "end": 6826 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "consulted", "for", "fever", "up", "to", "38", ".", "6", "oC", "of", "24", "hours", "of", "evolution", "accompanied", "by", "dystrophic", "syndrome", "and", "vomiting", ".", "She", "had", "received", "a", "second", "course", "of", "pembrolizumab", "seven", "days", "before", ".", "She", "presented", "with", "occasional", "mild", "self-limited", "abdominal", "pain", "without", "alterations", "in", "bowel", "habits", ".", "Occasional", "cough", "with", "whitish", "expectoration", ".", "The", "patient", "was", "receiving", "wound", "dressings", "on", "the", "right", "thigh", ",", "due", "to", "suppuration", ".", "She", "was", "treated", "with", "clindamycin", "for", "this", "reason", ".", "Physical", "examination", "\"", "BP", ":", "155", "/", "63", "mm", "Hg", ",", "HR", "91", "bpm", ",", "Ta", ":", "38", ".", "1", "oC", ",", "SatO2", ":", "92", "%", ",", "PS", "1", ".", "\"", "General", "condition", ":", "fair", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Skin", "pallor", ".", "Well", "hydrated", ".", "\"", "Head", "and", "neck", ":", "small", "bilateral", "laterocervical", "lymphadenopathies", ".", "They", "are", "not", "painful", "on", "palpation", ".", "Oral", "cavity", "with", "lesions", "compatible", "with", "thrush", ".", "No", "tonsillar", "exudates", ".", "Normal", "bilateral", "otoscopy", ".", "No", "nuchal", "rigidity", ".", "\"", "AC", ":", "rhythmic", "at", "a", "good", "frequency", ".", "No", "murmurs", "were", "heard", ".", "\"", "AP", ":", "mvc", "in", "both", "hemithoraxes", "with", "scarce", "dry", "bibasal", "crackles", ".", "\"", "Abdomen", ":", "globular", ",", "soft", ",", "depressible", ".", "No", "palpable", "masses", "or", "megaliths", ".", "Pain", "on", "palpation", "in", "CDH", "with", "doubtful", "Murphy", ".", "Normal", "RHA", ".", "No", "hernial", "stitches", "or", "blowing", "pulses", ".", "In", "the", "right", "inguinal", "region", "there", "is", "a", "small", "excrescent", "lesion", "on", "the", "basis", "of", "a", "surgical", "lesion", ".", "On", "the", "inner", "side", "of", "the", "right", "lower", "limb", "(", "MID", ")", "there", "were", "3", "punctate", "suppurative", "lesions", "with", "granulation", "tissue", "with", "purulent", "secretion", "and", "perilesional", "inflammatory", "signs", ".", "Oedema", "with", "scant", "perimalleolar", "fovea", "in", "the", "MID", ".", "Homans", "negative", ".", "Complementary", "tests", "Among", "the", "complementary", "tests", "performed", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "the", "following", "were", "of", "note", ":", "\"", "Haemogram", ":", "red", "blood", "cells", "3", ".", "68", "haemoglobin", "9", ".", "2", ".", "Haematocrit", "30", ".", "2", ".", "Mean", "corpuscular", "volume", "82", ".", "1", ".", "\"", "Mean", "erythrocyte", "corpuscular", "haemoglobin", "25", ".", "Erythrocyte", "mean", "corpuscular", "haemoglobin", "concentration", "30", ".", "5", ".", "Erythrocyte", "distribution", "range", "15", ".", "8", ".", "Leucocytes", "0", ",", "2", ".", "Neutrophils", "%", "6", ",", "2", ".", "\"", "Neutrophils", "0", ".", "Lymphocytes", "%", "93", ".", "8", ".", "Lymphocytes", "0", ",", "2", ".", "Monocytes", "%", "0", ".", "Eosinophils", "%", "0", ".", "Eosinophils", "0", ".", "Basophils", "%", "0", ".", "Basophils", "0", ".", "Platelets", "312", ".", "\"", "Coagulation", ":", "prothrombin", "time", "ratio", "1", ",", "31", ".", "Prothrombin", "activity", "72", ".", "Prothrombin", "time", "14", ".", "7", ".", "INR", "1", ".", "31", ".", "Activated", "partial", "thromboplastin", "time", "(", "aPTT", ")", "38", ".", "aPTT", "ratio", "1", ",", "16", ".", "Derivative", "fibrinogen", "7", ".", "35", ".", "\"", "Biochemistry", ":", "urea", "40", "blood", "creatinine", "0", ".", "95", ".", "Total", "protein", "6", ".", "7", ".", "Total", "bilirubin", "0", ",", "35", ".", "Sodium", "\"", "135", ".", "Potassium", "4", ",", "59", ".", "Creatine", "kinase", "30", ".", "Aspartate", "amino", "transferase", "(", "GOT", ")", "13", ".", "Amylase", "46", ".", "CRP", "195", ".", "\"", "Urine", ":", "specific", "gravity", "1", ".", "020", ".", "pH", "6", ".", "Ketones", "10", ".", "Glucose", "negative", ".", "Nitrite", "negative", ".", "Bilirubin", "negative", ".", "Proteins", "100", ".", "Urobilinogen", "0", ".", "2", ".", "Red", "cells", "negative", ".", "Leucocytes", "negative", ".", "\"", "Venous", "blood", "gases", ":", "Ph", "7", ".", "42", ".", "nA", "136", ".", "k", "4", ".", "5", ".", "cA", "1", ".", "10", ".", "gLUC", "220", ".", "lAC", "1", ".", "4", ".", "hTCO", "3", "4", "%", ".", "hco3", "-", "24", ".", "0", ".", "\"", "tHBC", "9", ".", "9", ".", "\"", "Posteroanterior", "plain", "chest", "X-ray", ":", "no", "images", "of", "infiltrates", "or", "condensation", "were", "identified", ".", "Blood", "cultures", "x", "2", ",", "urine", "culture", ",", "MID", "wound", "culture", "and", "oral", "mucosal", "plaque", "culture", "were", "taken", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "'", "s", "diagnostic", "judgement", "was", "compatible", "with", "grade", "IV", "(", "profound", ")", "febrile", "neutropenia", ",", "surgical", "wound", "infection", "and", "oropharyngeal", "candidiasis", ".", "Treatment", "Hospital", "admission", "was", "decided", ".", "Reverse", "isolation", ",", "rest", "and", "absolute", "diet", "were", "recommended", ",", "as", "well", "as", "administration", "of", "G-CSF", "and", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "intravenous", "meropenem", "and", "vancomycin", ".", "After", "positive", "wound", "culture", "in", "MID", "for", "pseudomona", "aeruginosa", ",", "treatment", "was", "adjusted", "according", "to", "the", "antibiogram", ",", "de-escalating", "to", "intravenous", "ceftazidime", ".", "Intravenous", "fluconazole", "was", "added", "to", "the", "treatment", "due", "to", "Candida", "albicans", "growth", "in", "oral", "mucosal", "plaque", "culture", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "clear", "clinical", "improvement", ",", "maintaining", "her", "usual", "BP", ".", "However", ",", "after", "more", "than", "ten", "days", "of", "admission", ",", "the", "serum", "neutrophil", "count", "remained", "at", "0", "mil", "/", "mm3", ".", "The", "case", "was", "discussed", "with", "haematology", ",", "who", "recommended", "a", "bone", "marrow", "study", ".", "A", "bone", "marrow", "aspirate", "was", "performed", ",", "which", "was", "reported", "as", "a", "phenotypic", "study", "without", "evidence", "of", "infiltration", "by", "haemopathy", "and", "absence", "of", "myeloid", "series", "(", "agranulocytosis", ")", ".", "Flow", "cytometry", "analysis", "of", "the", "sample", "obtained", "from", "the", "aspirate", "was", "requested", ",", "with", "findings", "consistent", "with", "agranulocytosis", ",", "striking", "plasmacytosis", "and", "relative", "increase", "in", "red", "series", ".", "A", "population", "of", "cells", "was", "also", "described", ",", "not", "negligible", "in", "some", "areas", ",", "with", "a", "non-hematological", "appearance", ",", "without", "forming", "nests", ",", "possibly", "related", "to", "metastatic", "melanoma", ".", "In", "view", "of", "the", "confirmation", "of", "MO", "infiltration", "by", "melanoma", "and", "given", "that", "the", "patient", "is", "still", "(", "one", "month", "after", "admission", ")", "with", "absolutely", "no", "neutrophil", "count", ",", "we", "ruled", "out", "further", "active", "oncological", "treatment", ".", "Referral", "to", "the", "Palliative", "Care", "Unit", "for", "symptomatic", "treatment", "was", "agreed", "with", "the", "patient", "and", "family", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 348, "end": 355 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2915, "end": 2922 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 3493, "end": 3509 }, { "text": "pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 3317, "end": 3338 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3564, "end": 3571 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4650, "end": 4656 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4422, "end": 4429 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4638, "end": 4645 } ]

[ "A", "61", "year", "old", "male", "patient", "who", ",", "while", "admitted", "to", "hospital", ",", "began", "to", "experience", "intense", "pain", "in", "the", "right", "shoulder", "of", "sudden", "onset", "(", "~", "24", "hours", ")", ".", "On", "examination", ",", "the", "shoulder", "showed", "signs", "of", "erythema", ",", "swelling", ",", "increased", "circumference", "and", "moderate", "functional", "impotence", ".", "There", "was", "also", "a", "known", "hepato-splenomegaly", ",", "with", "no", "palpable", "peripheral", "adenopathies", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "by", "apparatus", "was", "normal", ".", "The", "patient", ",", "an", "active", "farmer", "from", "the", "La", "Ribera", "area", ",", "had", "been", "diagnosed", "with", "stage", "C", "(", "IV", ")", "hyperleukocytic", "chronic", "lymphocytic", "leukaemia", "B", "(", "B-CLLL", ")", "4", "weeks", "earlier", "after", "consulting", "for", "prolonged", "toxic", "syndrome", "without", "fever", ".", "The", "patient", "had", "so", "far", "received", "one", "session", "of", "leukapheresis", ",", "which", "was", "performed", "in", "the", "ICU", "of", "our", "centre", "after", "implanting", "a", "central", "venous", "catheter", ",", "together", "with", "hyperhydration", "and", "rasburicase", ",", "and", "2", "cycles", "of", "CHOP", "chemotherapy", ",", "the", "last", "one", "two", "weeks", "before", "the", "current", "episode", ".", "As", "associated", "infectious", "complications", "until", "then", ",", "she", "had", "presented", "fever", "secondary", "to", "a", "focus", "of", "phlebitis", "in", "the", "upper", "extremity", "ten", "days", "earlier", ".", "Blood", "cultures", ",", "both", "from", "peripheral", "vein", "blood", "and", "transcatheter", "blood", ",", "had", "isolated", "two", "microorganisms", ",", "a", "gram-negative", "bacterium", "(", "Acinetobacter", "baumannii-multidrug-resistant", "complex", ")", "and", "a", "gram-positive", "coccus", "(", "Enterococcus", "faecalis", ")", ".", "The", "initial", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "piperacillin-tazobactam", "plus", "vancomycin", "was", "adapted", "to", "a", "regimen", "of", "ampicillin", "/", "sulbactam", "and", "colistin", ",", "both", "intravenously", ".", "The", "vascular", "access", "involved", "in", "the", "phlebitis", "was", "replaced", "with", "a", "new", "implantation", "in", "another", "body", "area", ".", "At", "the", "time", "of", "onset", "of", "pain", "and", "phlebotic", "signs", "in", "the", "right", "shoulder", "the", "patient", "was", "on", "the", "10th", "day", "of", "targeted", "antibiotic", "treatment", ",", "afebrile", ",", "stable", ",", "and", "with", "resolving", "inflammatory", "signs", "of", "phlebitis", "without", "cellulitis", "or", "panniculitis", ".", "There", "was", "no", "profound", "neutropenia", "but", "anaemia", ",", "marked", "thrombopenia", "and", "global", "hypogammaglobulinaemia", ".", "A", "differential", "diagnosis", "was", "made", "and", "a", "number", "of", "clinical", "options", "and", "possible", "syndromes", "were", "raised", ",", "thus", "requesting", "several", "new", "complementary", "examinations", ".", "Plain", "radiography", "of", "the", "right", "shoulder", "showed", "no", "relevant", "findings", ",", "no", "calcifications", "or", "crystals", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "upper", "limb", "showed", "a", "permeable", "deep", "venous", "system", "of", "the", "extremity", ",", "as", "did", "the", "jugular", "veins", ",", "with", "no", "signs", "of", "thrombosis", ",", "cellulitis", "or", "other", "findings", "of", "pathological", "significance", ".", "Febrile", "fever", "appeared", "at", "37", ".", "7oC", "and", "new", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "A", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "of", "the", "right", "shoulder", "was", "also", "performed", ",", "showing", "marked", "intermuscular", "oedema", "and", "trabeculation", "of", "the", "fat", "in", "that", "region", ",", "associated", "with", "a", "significant", "effusion", "in", "the", "subacromiodeltoid", "bursa", "and", "in", "the", "subscapular", "recess", ",", "with", "involvement", "of", "the", "acromioclavicular", "joint", ",", "all", "suggestive", "of", "an", "extensive", "inflammatory", "process", "with", "synovitis", ";", "He", "also", "had", "a", "hyposignal", "of", "the", "entire", "bone", "marrow", "of", "the", "acromion", ",", "clavicle", "and", "humeral", "metaphyseal", "region", ",", "this", "last", "sign", "being", "highly", "suggestive", "of", "leukaemic", "infiltration", ".", "There", "were", "no", "bone", "erosions", "in", "the", "humeral", "head", ",", "nor", "in", "the", "bony", "glenoid", ",", "nor", "alterations", "in", "the", "rotator", "cuff", ".", "At", "this", "point", "it", "was", "decided", "to", "perform", "the", "planned", "shoulder", "arthrocentesis", "after", "infusing", "the", "platelet", "pools", "necessary", "for", "the", "safe", "practice", "of", "joint", "puncture", ",", "and", "both", "the", "blood", "cultures", "and", "the", "joint", "fluid", "culture", "obtained", "allowed", "the", "final", "aetiological", "diagnosis", "to", "be", "reached", ".", "Evolution", "The", "swelling", "and", "phlogosis", "of", "the", "shoulder", "that", "had", "appeared", "during", "the", "combined", "antibiotic", "treatment", "did", "not", "improve", "in", "the", "following", "days", ",", "but", "the", "arthrocentesis", "partially", "relieved", "the", "patient", "'", "s", "discomfort", ".", "The", "synovial", "fluid", "obtained", "(", "8", "cc", ")", "was", "yellowish", ",", "slightly", "cloudy", "and", "had", "inflammatory", "characteristics", "in", "the", "cytobiochemical", "study", ".", "It", "had", "been", "seeded", "both", "directly", "on", "solid", "media", "and", "in", "blood", "culture", "bottles", "with", "enriched", "liquid", "media", "and", "incubated", "in", "automated", "systems", ".", "When", "both", "the", "last", "blood", "cultures", "performed", "and", "the", "blood", "culture", "bottles", "seeded", "with", "the", "joint", "fluid", "showed", "positivity", "for", "microbial", "growth", ",", "the", "usual", "acridine", "orange", "and", "Gram", "stains", "were", "performed", "(", "interestingly", "without", "clear", "observation", "of", "bacteria", ")", "and", "subsequent", "transfers", "to", "standard", "solid", "media", "(", "blood", "agar", ",", "chocolate", "agar", ")", "and", "to", "special", "solid", "media", "for", "nutritionally", "demanding", "and", "/", "or", "cell", "wall-deficient", "bacteria", ".", "In", "addition", ",", "prolonged", "incubation", "of", "these", "transfers", "to", "solid", "media", "in", "appropriate", "atmospheres", "was", "carried", "out", ".", "With", "this", "system", ",", "after", "10-12", "days", "it", "was", "possible", "to", "isolate", "in", "both", "samples", "(", "blood", "culture", "blood", "and", "synovial", "fluid", ")", "some", "very", "particular", "colonies", "belonging", "to", "bacteria", "of", "the", "genus", "Mycoplasma", ",", "and", "subsequently", "identified", "as", "Mycoplasma", "hominis", ".", "No", "other", "microorganisms", "were", "recovered", "in", "the", "culture", "of", "the", "synovial", "fluid", "on", "standard", "media", ".", "Doxycycline", "IV", "antibiotics", "(", "100", "mg", "/", "12h", ")", "were", "added", "to", "the", "antibiotic", "treatment", "and", "the", "patient", "experienced", "a", "marked", "clinical", "improvement", "of", "joint", "pain", "in", "successive", "days", "and", "a", "progressive", "reduction", "of", "the", "articular", "flogotic", "signs", ",", "as", "well", "as", "a", "gradual", "disappearance", "of", "the", "synovial", "effusion", ".", "He", "was", "subsequently", "discharged", "on", "oral", "doxycycline", ",", "which", "was", "well", "tolerated", ",", "for", "a", "total", "of", "4", "weeks", "of", "arthritis", "treatment", ".", "In", "the", "outpatient", "follow-up", ",", "clinical", "and", "imaging", "(", "MRI", ")", "controls", "showed", "complete", "resolution", "of", "the", "osteoarticular", "infection", "of", "the", "shoulder", ",", "leaving", "only", "a", "slight", "sequelae", "in", "terms", "of", "the", "range", "of", "motion", "of", "some", "movements", ".", "Currently", ",", "the", "patient", "is", "stable", "and", "on", "an", "outpatient", "basis", "for", "follow-up", "of", "his", "B-CLL", ",", "which", "showed", "response", "to", "the", "chemotherapy", "treatments", "administered", ".", "Once", "the", "stored", "bottles", "of", "the", "first", "blood", "cultures", "were", "recovered", ",", "in", "those", "in", "which", "A", ".", "baumannii-complex", "and", "E", ".", "faecalis", "had", "been", "isolated", "in", "blood", ",", "we", "proceeded", "to", "follow", "a", "similar", "microbiological", "system", "to", "that", "already", "described", "with", "the", "later", "samples", ",", "and", "we", "also", "managed", "to", "isolate", "colonies", "of", "M", ".", "hominis", ".", "FINAL", "SYNDROMIC", "AND", "AETIOLOGICAL", "DIAGNOSIS", ":", "Mycoplasma", "hominis", "(", "M", ".", "hominis", ")", "septic", "arthritis", "of", "the", "shoulder", "in", "a", "patient", "with", "B-CLL", "and", "previous", "vascular", "catheter", "infection", "with", "phlebitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 1290, "end": 1311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 421, "end": 428 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 647, "end": 654 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1166, "end": 1180 }, { "text": "Acinetobacter baumannii-multidrug-resistant complex", "label": "SPECIES", "start": 1209, "end": 1260 }, { "text": "gram-positive coccus", "label": "SPECIES", "start": 1268, "end": 1288 }, { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 440, "end": 446 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1664, "end": 1671 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3616, "end": 3623 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4875, "end": 4882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5443, "end": 5450 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4154, "end": 4162 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4324, "end": 4332 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4608, "end": 4616 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 4586, "end": 4594 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 5870, "end": 5878 }, { "text": "genus Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4624, "end": 4640 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4702, "end": 4716 }, { "text": "Mycoplasma hominis", "label": "SPECIES", "start": 4673, "end": 4691 }, { "text": "A. baumannii-complex", "label": "SPECIES", "start": 5668, "end": 5688 }, { "text": "E. faecalis", "label": "SPECIES", "start": 5693, "end": 5704 }, { "text": "M. hominis", "label": "SPECIES", "start": 5882, "end": 5892 }, { "text": "microbial", "label": "SPECIES", "start": 4035, "end": 4044 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6009, "end": 6016 }, { "text": "Mycoplasma hominis", "label": "SPECIES", "start": 5939, "end": 5957 }, { "text": "M. hominis", "label": "SPECIES", "start": 5959, "end": 5969 } ]

[ "Anamnesis", "53-year-old", "woman", "from", "Ecuador", ",", "a", "former", "smoker", "of", "15", "cigarettes", "/", "day", "for", "15", "years", ",", "with", "a", "BMI", "of", "25", "and", "dyslipidaemia", ".", "Cholecystectomy", "for", "biliary", "colic", ".", "She", "does", "not", "take", "regular", "treatment", "(", "she", "took", "atorvastatin", "for", "a", "few", "months", ",", "abandoning", "the", "treatment", "by", "her", "own", "decision", ")", ".", "She", "has", "4", "healthy", "children", ",", "with", "no", "family", "history", "of", "cancer", "of", "interest", ".", "She", "consulted", "in", "February", "2015", "due", "to", "steatorrhoea", "and", "weight", "loss", "of", "10", "kg", "in", "one", "year", ".", "A", "study", "of", "malabsorption", "and", "colonoscopy", "were", "started", "with", "no", "findings", ".", "A", "CT", "scan", "showed", "mild", "hepatic", "steatosis", "and", "a", "1", "cm", "cystic", "image", "in", "the", "head", "of", "the", "pancreas", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "cholangioresonance", "and", "MRI", "of", "the", "pancreas", ",", "with", "a", "3", "cm", "pancreatic", "mass", "suspicious", "of", "tumour", ".", "To", "confirm", "the", "diagnosis", ",", "an", "upper", "endoscopic", "ultrasound", "was", "performed", ",", "revealing", "an", "ill-defined", "3", "cm", "mass", ",", "biopsies", "of", "which", "were", "not", "representative", ".", "Due", "to", "the", "suspicion", "of", "pancreatic", "tumour", ",", "the", "patient", "underwent", "scheduled", "cephalic", "duodenopancreatectomy", "in", "December", "2015", ",", "with", "complete", "resection", "and", "pathological", "anatomy", "of", "infiltrating", "pancreatic", "adenocarcinoma", "of", "1", ".", "3", "cm", "associated", "with", "papillary", "intraductal", "mucinous", "neoplasia", "with", "high-grade", "dysplasia", ",", "infiltration", "of", "peripancreatic", "adipose", "tissue", ",", "free", "surgical", "edges", "and", "absence", "of", "metastasis", "in", "31", "isolated", "lymph", "nodes", ",", "stage", "pT3", ",", "N0", ",", "Mx", ".", "The", "extension", "study", "was", "negative", ",", "and", "in", "January", "2016", "he", "started", "adjuvant", "gemcitabine", ",", "receiving", "6", "cycles", "until", "June", "2016", ",", "with", "good", "tolerance", ".", "In", "July", "2016", "she", "consulted", "for", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "and", "ascites", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ":", "\"", "Stable", "vitals", "with", "a", "tendency", "to", "tachycardia", ".", "BP", "109", "/", "82", "mm", "Hg", ",", "HR", "105", "bpm", ",", "SpO2", "97", "%", "baseline", ".", "Afebrile", ".", "Mucocutaneous", "jaundice", ".", "\"", "ACP", ":", "fine", "bibasal", "crackles", ".", "CVM", ".", "\"", "ABD", ":", "very", "distended", ",", "no", "ascites", "on", "tension", ".", "Pain", "in", "HCD", "and", "epigastrium", "on", "deep", "palpation", ",", "Murphy", "negative", ".", "No", "Blumberg", ".", "Bilateral", "renal", "percussion", "fist", "negative", ".", "\"", "MMII", ":", "oedema", "with", "fovea", "up", "to", "the", "root", "of", "the", "limbs", ",", "no", "signs", "of", "DVT", ",", "pulses", "present", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "hyperbilirubinaemia", ",", "with", "total", "bilirubin", "3", ".", "3", "mg", "/", "dl", "(", "mostly", "direct", ")", ",", "with", "cholestasis", "(", "GGT", "220", "U", "/", "L", ")", "and", "normal", "cytolysis", "enzymes", "(", "GPT", "22", "U", "/", "l", ",", "GOT", "43", "U", "/", "l", ")", ",", "together", "with", "macrocytic", "anaemia", "(", "Hb", "8", ".", "8", "g", "/", "dl", "with", "MCV", "103", "fL", ")", "and", "new", "onset", "coagulopathy", "(", "prothrombin", "activity", "32", "%", "and", "APTT", "55", ".", "7", "seconds", ")", ".", "He", "was", "admitted", "for", "further", "investigation", "and", "a", "differential", "diagnosis", "was", "established", ":", "\"", "Infectious", "aetiology", "ruled", "out", ":", "ascitic", "fluid", "with", "no", "evidence", "of", "peritonitis", ".", "Hepatitis", "A", "virus", "(", "IgM", "negative", ",", "IgG", "positive", ")", ",", "hepatitis", "B", "(", "HBs", "Ag", "negative", ",", "HBcIgG", "negative", ")", ",", "hepatitis", "C", "(", "HCV", "Ac", "negative", ")", ",", "hepatitis", "E", "(", "IgG", ",", "IgM", "and", "PCR", "negative", ")", ",", "Epstein-Barr", "virus", "(", "IgM", "negative", ")", ",", "cytomegalovirus", "(", "IgM", "positive", ",", "PCR", "<", "150", "copies", ")", ",", "HIV", "(", "negative", "combo", ")", "were", "ruled", "out", ".", "\"", "The", "clinical", "history", "and", "the", "absence", "of", "clinical-analytical", "data", "suggesting", "such", "an", "aetiology", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "an", "oenolic", "aetiology", ".", "\"", "Tumour", "aetiology", "was", "ruled", "out", ":", "ascitic", "fluid", "cytology", "was", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "CT", "and", "MRI", "scans", "were", "performed", "without", "finding", "tumour", "recurrence", ",", "showing", "\"", "possible", "hepatic", "toxicity", "on", "severe", "steatosis", "with", "a", "fat", "fraction", "of", "43", ".", "5", "%", "\"", ".", "A", "PET", "scan", "was", "performed", "with", "the", "only", "finding", "being", "\"", "pathological", "hepatic", "uptake", "\"", ".", "\"", "Vascular", "aetiology", "(", "Budd-Chiari", ",", "thrombosis", ")", "was", "ruled", "out", "due", "to", "the", "absence", "of", "findings", "in", "the", "imaging", "and", "haematological", "tests", ",", "with", "the", "only", "finding", "being", "a", "polyclonal", "increase", "in", "IgG", "in", "relation", "to", "cirrhosis", ".", "\"", "Autoimmune", "aetiology", "ruled", "out", ":", "2", "negative", "samples", "for", "anti-mitochondrial", ",", "anti-smooth", "muscle", ",", "anti-LKM", "antibodies", ".", "Antinuclear", "antibodies", "(", "ENA", ",", "DNA", ")", "positive", "1", "/", "80", "in", "a", "granular", "and", "insignificant", "manner", ".", "\"", "Genetic", "causes", "are", "ruled", "out", ":", "alpha-1-antitrypsin", "deficiency", "due", "to", "normal", "levels", ".", "\"", "Wilson", "'", "s", "disease", "was", "initially", "suspected", "due", "to", "ceruloplasmin", "<", "10U", "/", "l", ",", "normalising", "in", "the", "second", "sample", "and", "with", "normal", "24-hour", "urine", "copper", "(", "and", "absence", "of", "copper", "deposits", "in", "the", "liver", "biopsy", ")", ".", "\"", "Other", "rare", "and", "less", "likely", "causes", "were", "ruled", "out", ":", "haemochromatosis", "(", "normal", "liver", "function", ",", "ferritin", "and", "transferrin", "saturation", "before", "starting", "chemotherapy", ")", ",", "celiac", "disease", ",", "granulomatous", "diseases", ",", "heart", "failure", "(", "echocardiogram", "with", "normal", "ventricular", "function", ")", ".", "\"", "Drugs", ":", "once", "other", "probable", "causes", "were", "ruled", "out", ",", "the", "drugs", "received", "in", "the", "last", "6", "months", "were", "analysed", "(", "ciprofloxacin", "for", "urinary", "tract", "infection", "for", "10", "days", "during", "treatment", "with", "gemcitabine", ",", "atorvastatin", "for", "a", "few", "weeks", ",", "which", "the", "patient", "stopped", "on", "her", "own", "decision", ",", "gemcitabine", ")", ".", "Diagnosis", "With", "suspicion", "of", "acute", "non-alcoholic", "steatohepatitis", "(", "NASH", ")", ",", "a", "liver", "biopsy", "was", "performed", ":", "submassive", "hepatic", "necrosis", "with", "ballooning", "of", "the", "hepatocytes", ",", "highly", "suggestive", "of", "NASH", "of", "probable", "pharmacological", "cause", ".", "Since", ",", "with", "the", "exception", "of", "gemcitabine", ",", "the", "other", "drugs", "were", "administered", "within", "a", "short", "period", "of", "time", ",", "this", "complication", "was", "attributed", "to", "gemcitabine", "and", "the", "drug", "agency", "was", "notified", ".", "Treatment", "During", "admission", ",", "the", "patient", "received", "supportive", "treatment", ",", "presenting", "several", "episodes", "of", "hepatic", "encephalopathy", "that", "were", "managed", "conservatively", ",", "as", "well", "as", "nosocomial", "pneumonia", "that", "required", "intravenous", "antibiotherapy", "and", "oxygen", "therapy", ",", "with", "progressive", "improvement", ".", "Evolution", "After", "3", "months", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "in", "October", "2016", "with", "clinical", "improvement", "and", "continues", "to", "be", "followed", "up", "in", "Medical", "Oncology", "and", "Digestive", "Medicine", ",", "with", "no", "new", "episodes", "of", "decompensation", "and", "no", "data", "of", "tumour", "recurrence", "to", "date", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 324, "end": 330 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 306, "end": 314 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 937, "end": 944 }, { "text": "Hb", "label": "SPECIES", "start": 2269, "end": 2271 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 2604, "end": 2607 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2652, "end": 2655 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2796, "end": 2799 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2746, "end": 2761 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2711, "end": 2729 }, { "text": "Hepatitis A virus", "label": "SPECIES", "start": 2543, "end": 2560 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2639, "end": 2650 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2591, "end": 2602 }, { "text": "HBcIgG", "label": "SPECIES", "start": 2621, "end": 2627 }, { "text": "hepatitis E", "label": "SPECIES", "start": 2670, "end": 2681 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4502, "end": 4509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5003, "end": 5010 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5303, "end": 5310 } ]

[ "47-year-old", "woman", ",", "moderate", "smoker", ",", "diagnosed", "in", "1999", "with", "systemic", "lupus", "erythematosus", "(", "SLE", ")", "without", "subsequent", "flares", ",", "vasculitis", ",", "dubious", "mitral", "endocarditis", ",", "mesangial-focal", "proliferative", "glomerulonephritis", ",", "and", "antiphospholipid", "syndrome", "with", "four", "miscarriages", ".", "Echocardiography", "in", "2010", "showed", "double", "mitral", "lesion", "with", "predominantly", "moderate", "insufficiency", ".", "She", "was", "admitted", "to", "another", "hospital", "for", "dyspnoea", ",", "with", "anaemia", ",", "bilateral", "infiltrates", "and", "dark", "sputum", "with", "suspected", "alveolar", "haemorrhage", "(", "AH", ")", ".", "ANA", "and", "lupus", "anticoagulant", "positive", ",", "other", "immunological", "studies", "negative", ";", "elevated", "ESR", "and", "Cr", "1", ".", "46mg", "/", "dl", ".", "Cyclophosphamide", "and", "corticosteroids", "were", "started", "with", "improvement", "in", "<", "72", "hours", "with", "radiological", "resolution", ".", "Echocardiography", "showed", "moderate", "mitral", "stenosis", ",", "atrial", "dilatation", "and", "severe", "pulmonary", "hypertension", ".", "On", "discharge", "she", "persisted", "with", "some", "dyspnoea", ".", "She", "was", "readmitted", "three", "months", "later", "for", "respiratory", "worsening", ",", "fever", "and", "cough", "with", "expectoration", ",", "and", "a", "thoracic", "X-ray", "and", "tomography", "were", "performed", ",", "compatible", "with", "pulmonary", "oedema", "(", "confirmed", "by", "tomography", ")", ",", "and", "she", "was", "referred", "to", "our", "hospital", "in", "case", "she", "required", "cardiac", "intervention", ".", "She", "was", "treated", "with", "prednisone", ",", "cyclophosphamide", ",", "Synthrom", ",", "losartan", ",", "pantoprazole", ",", "calcium", "carbonate", "/", "cholecalciferol", ".", "On", "arrival", ":", "Hb", "10", ".", "4g", "/", "dl", ";", "urea", "189mg", "/", "dl", ";", "Cr", "2", ".", "3mg", "/", "dl", ";", "CRP", "249", ".", "1mg", "/", "l", ";", "PCT", "1", ".", "07ng", "/", "dl", ";", "proBNP", "3", ",", "307pg", "/", "ml", ";", "INR", "4", ".", "77", ".", "Sputum", "culture", ",", "pneumococcal", "antigenuria", ",", "blood", "culture", "and", "urine", "culture", "were", "requested", ";", "empirical", "antibiotherapy", "with", "cefepime", "and", "levofloxacin", "was", "started", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "ESR", "124", ",", "biochemistry", "with", "normal", "immunoglobulins", "and", "complement", ",", "proteinogram", "with", "moderate", "inflammatory", "pattern", ";", "urinalysis", "with", "proteinuria", ";", "ANA", ",", "ANCA", "PR3", "and", "MPO", ",", "ENA", ",", "dsDNA", "and", "antiMBG", "negative", ";", "anticardiolipin", "and", "antiB2GP", "both", "IgG", "+", ",", "IgM", "-", ".", "Cyclophosphamide", "was", "suspended", "and", "atovaquone", "was", "started", ".", "New", "echocardiography", "showed", "rheumatic", "mitral", "valve", "disease", "with", "moderate", "stenosis", "and", "mild", "insufficiency", ",", "mild-moderate", "pulmonary", "hypertension", ".", "After", ">", "72", "hours", "with", "antibiotic", "therapy", ",", "he", "presented", "two", "febrile", "peaks", ",", "elevated", "CRP", ",", "persistent", "respiratory", "symptoms", ",", "hypoxaemia", "and", "radiography", "with", "bilateral", "infiltrates", "which", ",", "as", "he", "was", "also", "an", "immunosuppressed", "patient", ",", "we", "suspected", "Pneumocystis", "and", "started", "cotrimoxazole", ".", "Fibrobronchoscopy", "was", "performed", "with", "culture", "samples", "(", "bacterial", ",", "mycological", ",", "Actinomyces", ")", "which", "were", "negative", ",", "pathological", "anatomy", "and", "PCR", "of", "P", ".", "jirovecii", "which", "was", "positive", ".", "Cotrimoxazole", "was", "maintained", "with", "clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "improvement", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 2269, "end": 2281 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2247, "end": 2254 }, { "text": "Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 2387, "end": 2398 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2363, "end": 2372 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 2374, "end": 2385 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2453, "end": 2465 } ]

[ "Anamnesis", "84", "year", "old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", ",", "diabetes", "mellitus", "and", "osteoporosis", ",", "all", "of", "which", "were", "under", "pharmacological", "treatment", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "48", "hours", "'", "evolution", ",", "associated", "with", "urinary", "symptoms", "and", "skin", "lesions", "on", "the", "buttock", "and", "right", "leg", "of", "less", "than", "12", "hours", "'", "evolution", ".", "The", "relatives", "reported", "that", "for", "the", "last", "month", "and", "a", "half", "the", "patient", "had", "presented", "neuropathic", "pain", "in", "the", "same", "limb", "for", "which", "she", "had", "been", "receiving", "treatment", "with", "tramadol", "and", "oral", "lyrica", "and", "for", "which", "she", "had", "visited", "the", "emergency", "department", "on", "several", "occasions", ",", "having", "received", "treatment", "with", "intramuscular", "(", "IM", ")", "metamizole", "the", "previous", "week", ".", "Physical", "examination", "Stuporous", "patient", "with", "hypotension", "of", "80", "/", "60", ",", "tachycardia", "of", "150", "bpm", "and", "fever", "of", "37", ".", "7", "oC", ".", "On", "the", "buttock", ",", "trochanteric", "region", "and", "external", "lateral", "aspect", "of", "the", "right", "thigh", ",", "plaque", "of", "extensive", "and", "diffuse", "pinkish", "erythema", ",", "not", "palpable", "and", "with", "unclear", "limits", ",", "with", "a", "decrease", "in", "local", "temperature", "with", "respect", "to", "the", "rest", "of", "the", "limb", ".", "On", "it", "there", "were", "several", "plaques", ",", "some", "smaller", "pearly", "white", "and", "others", "purplish", ",", "several", "centimetres", "in", "size", ";", "with", "a", "peripheral", "white", "halo", "of", "very", "clear", "geographical", "borders", ",", "not", "infiltrated", "and", "not", "palpable", ".", "There", "was", "a", "more", "intense", "erythematous", "area", "in", "the", "upper", "outer", "quadrant", "of", "the", "buttock", ",", "poorly", "demarcated", ",", "with", "a", "central", ",", "punctiform", ",", "violaceous", "spot", ".", "Complementary", "examinations", "A", "blood", "test", "was", "carried", "out", "which", "showed", ":", "-", "Acute", "renal", "failure", "(", "urea", "180", "mg", "/", "dL", "and", "creatine", "2", ".", "30", "mg", "/", "dL", ")", ",", "CRP", "over", "90", "with", "procalcitonin", "46", ".", "34", "ng", "/", "mL", ".", "-", "Urine", "pyuria", "with", "bacteriuria", ".", "-", "In", "haemogram", "anaemia", "of", "10", ".", "8", "g", "/", "dL", "haemoglobin", "and", "platelets", "of", "114", ",", "000", "platelets", "/", "mL", ",", "as", "well", "as", "the", "presence", "of", "a", "leukocyte", "count", "within", "the", "normal", "range", "(", "8", ",", "400", "/", "mL", ")", "but", "absolute", "and", "relative", "neutrophilia", "(", "8", ",", "000", "and", "94", ".", "8", "%", ",", "respectively", ")", "with", "84", "%", "of", "semen", "and", "4", "%", "of", "white", "blood", "cells", ".", "-", "Coagulation", "with", "derived", "fibrinogen", "of", "917", "mg", "/", "dL", ".", "-", "A", "plain", "radiograph", "of", "the", "hip", "and", "pelvis", "showed", "an", "increase", "in", "volume", "of", "the", "right", "buttock", "and", "thigh", "compared", "to", "the", "contralateral", "side", ",", "as", "well", "as", "thickening", "and", "reticulation", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "with", "a", "delimited", "area", "of", "clustered", "gas", "bubbles", ".", "A", "skin", "sample", "was", "taken", "for", "microscopic", "examination", "showing", "acute", "and", "chronic", "ischaemic", "changes", "with", "epidermal", "atrophy", ",", "oedema", "and", "acute", "and", "chronic", "inflammation", ";", "as", "well", "as", "purpura", "and", "signs", "of", "vasculitis", "in", "the", "vascular", "structures", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ".", "Diagnosis", "Septic", "shock", "in", "the", "context", "of", "necrotising", "fasciitis", "secondary", "to", "IM", "injection", "of", "metamizole", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "and", "fasciotomy", "and", "emergency", "surgical", "debridement", "was", "performed", "by", "the", "traumatology", "department", ".", "Evolution", "During", "surgery", ",", "a", "large", "amount", "of", "malodorous", "liquid", "material", "was", "drained", ",", "after", "which", "the", "patient", "showed", "initial", "clinical", "improvement", "with", "a", "good", "level", "of", "consciousness", ",", "normalisation", "of", "renal", "function", "and", "sepsis", "parameters", ".", "During", "the", "same", "period", ",", "microbiological", "culture", "samples", "were", "taken", ",", "which", "were", "positive", "for", "Escherichia", "coli", ",", "and", "targeted", "antimicrobial", "therapy", "was", "initiated", ".", "Despite", "this", "initial", "improvement", ",", "during", "the", "following", "days", "the", "skin", "lesions", "continued", "to", "spread", ",", "with", "new", "necrotic", "plaques", "appearing", "and", "requiring", "up", "to", "four", "more", "surgical", "debridements", ".", "In", "all", "of", "them", ",", "samples", "were", "obtained", "for", "microbiological", "study", "and", "were", "repeatedly", "positive", "for", "multidrug-resistant", "Acinetobacter", "baumannii", ",", "only", "sensitive", "to", "tigecycline", ".", "Despite", "the", "therapeutic", "effort", ",", "the", "patient", "continued", "to", "worsen", ",", "ending", "in", "exitus", "7", "days", "after", "the", "last", "surgical", "drainage", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 403, "end": 410 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 345, "end": 354 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 721, "end": 728 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 1607, "end": 1618 }, { "text": "relative", "label": "HUMAN", "start": 1804, "end": 1812 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2609, "end": 2616 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 3091, "end": 3107 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2864, "end": 2871 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3555, "end": 3562 } ]

[ "Anamnesis", "A", "46-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "adverse", "drug", "reactions", ",", "ex-smoker", ",", "hypertensive", "on", "treatment", "with", "ramipril", "5", "mg", "/", "day", "(", "with", "good", "control", ")", "and", "dyslipidaemia", "on", "dietary", "treatment", "as", "the", "only", "personal", "history", "of", "interest", ",", "who", "since", "2006", "presented", "with", "tingling", "in", "the", "left", "hand", "and", "foot", ".", "In", "September", "2008", "he", "began", "to", "experience", "progressive", "clumsiness", "in", "his", "left", "lower", "limb", ".", "Since", "then", "she", "has", "stopped", "driving", "because", "she", "cannot", "feel", "the", "pedal", "and", "when", "going", "down", "stairs", "she", "has", "to", "watch", "where", "she", "is", "leaning", "to", "avoid", "falling", ".", "She", "has", "suffered", "several", "sprains", ".", "She", "also", "reports", "that", "when", "she", "eats", "she", "has", "to", "squeeze", "objects", "and", "look", "at", "them", "in", "order", "to", "put", "them", "correctly", "in", "her", "mouth", ".", "She", "denies", "loss", "of", "strength", ".", "She", "reports", "alternating", "episodes", "of", "diarrhoea", "with", "constipation", ",", "dry", "mouth", "and", "generalised", "arthralgias", ".", "Physical", "examination", "Normal", "fundoscopy", ".", "Higher", "functions", "preserved", ".", "No", "campimetric", "defects", "on", "confrontation", ".", "Mid", "pupils", "reactive", "to", "light", ".", "Normal", "pursuit", "and", "saccadic", "eye", "movements", ".", "Rest", "of", "cranial", "nerves", "normal", ".", "Normal", "balance", ",", "tone", "and", "muscle", "trophism", ".", "Sensibility", ":", "hypoaesthesia", "and", "hypoalgesia", "in", "the", "left", "upper", "limb", "up", "to", "the", "upper", "third", "of", "the", "forearm", "and", "in", "the", "left", "lower", "limb", "up", "to", "the", "proximal", "third", "of", "the", "thigh", "with", "dysaesthetic", "sensations", ".", "Vibratory", "present", "in", "left", "fingers", "and", "left", "knee", ",", "normal", "in", "right", "limbs", ".", "Positional", "present", "in", "left", "elbow", "and", "knee", ",", "normal", "in", "right", "limbs", ".", "No", "sensory", "extinction", ".", "Generalised", "arreflexia", "except", "for", "hypoactive", "right", "tricipital", ".", "Bilateral", "cutaneous-plantar", "flexor", "reflex", ".", "Pseudoathetosis", "in", "the", "left", "upper", "limb", ".", "No", "dysmetria", ".", "Gait", "with", "increased", "base", "and", "pseudodystonic", "posture", "in", "the", "left", "lower", "limb", ".", "Unstable", "tandem", ".", "Positive", "Romberg", "(", "fall", "in", "5", "seconds", ")", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "at", "65", "systoles", "/", "minute", ".", "No", "heart", "murmurs", "or", "laterocervical", "murmurs", ".", "No", "other", "air", "sounds", "were", "heard", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "normal", "including", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", ".", "-", "HIV", "serology", ",", "luetics", "and", "hepatic", "markers", "negative", ".", "-", "Negative", "anti-neuronal", "and", "anti-ganglioside", ".", "-", "Negative", "ANA", ",", "antigliadin", "and", "antitransglutaminase", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "normal", "cytobiochemistry", ".", "Serology", "negative", ".", "-", "Cranial", "and", "cervico-dorso-lumbar", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "normal", ".", "-", "ENG", ":", "decreased", "amplitudes", "of", "sensory", "action", "potentials", "with", "predominance", "in", "the", "left", "limbs", ",", "being", "absent", "in", "the", "left", "lower", "limb", ",", "preserving", "conduction", "velocities", ".", "Motor", "action", "potentials", "are", "normal", ".", "F", "waves", "present", "normal", "characteristics", "and", "latencies", ".", "The", "H", "response", "on", "the", "left", "side", "over", "the", "soleus", "is", "abolished", "and", "a", "very", "low", "amplitude", "response", "is", "obtained", "on", "the", "right", "side", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "normal", ".", "-", "Positron", "emission", "tomography", "(", "PET", ")", ":", "normal", ".", "-", "Schirmer", "'", "s", "test", ":", "pathological", "(", "<", "10", "mm", ")", ".", "Lacrimal", "hyposecretion", ".", "-", "Salivary", "gland", "biopsy", ":", "no", "histological", "alterations", ".", "-", "Biopsy", "of", "the", "sural", "nerve", ":", "axonal", "degeneration", ",", "regeneration", "cluster", "and", "loss", "of", "myelinated", "fibres", ".", "Diagnosis", "Asymmetric", "sensory", "neuronopathy", "of", "undetermined", "aetiology", ".", "Possible", "Sjögren", "'", "s", "disease", ".", "Treatment", "Treatment", "with", "prednisone", "at", "1", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "was", "started", ".", "Evolution", "During", "the", "7", "years", "of", "evolution", "the", "clinical", "worsening", "of", "the", "patient", "has", "been", "progressive", ",", "without", "the", "treatment", "prescribed", "having", "served", "to", "improve", "or", "prevent", "the", "progression", "of", "the", "disease", ".", "She", "shows", "increasing", "difficulty", "in", "manipulating", "objects", "or", "buttoning", "her", "buttons", ",", "and", "great", "difficulty", "in", "handling", "her", "left", "leg", ".", "The", "patient", "continues", "to", "have", "significant", "ocular", "and", "oral", "dryness", ",", "requiring", "her", "to", "drink", "large", "amounts", "of", "water", "daily", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 200, "end": 208 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1957, "end": 1960 }, { "text": "luetics", "label": "SPECIES", "start": 1971, "end": 1978 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3209, "end": 3216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3473, "end": 3480 } ]

[ "The", "patient", ",", "a", "43-year-old", "male", ",", "came", "to", "our", "hospital", "with", "fever", "of", "five", "days", "'", "duration", "and", "pain", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ".", "He", "had", "no", "medical", "history", "of", "interest", ",", "and", "had", "only", "been", "admitted", "on", "one", "previous", "occasion", "due", "to", "a", "perianal", "fistula", ".", "He", "was", "not", "undergoing", "regular", "treatment", "and", "had", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "He", "had", "a", "smoking", "habit", "of", "one", "pack", "a", "day", ",", "but", "did", "not", "consume", "alcohol", "or", "other", "intoxicants", ".", "She", "had", "no", "pets", "and", "denied", "recent", "exposure", "to", "animals", ".", "He", "also", "reported", "no", "risky", "sexual", "activities", ".", "The", "patient", "worked", "as", "an", "agricultural", "engineer", ",", "frequently", "travelling", "abroad", "for", "work", ".", "The", "symptoms", "started", "on", "the", "return", "flight", "after", "a", "trip", "to", "California", ",", "where", "he", "had", "stayed", "for", "three", "days", ".", "During", "his", "stay", ",", "the", "patient", "had", "slept", "in", "a", "hotel", ",", "had", "no", "contact", "with", "animals", "or", "known", "insect", "bites", ",", "and", "had", "not", "eaten", "raw", "products", ".", "On", "that", "flight", ",", "he", "started", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "together", "with", "sweating", ",", "chills", "and", "intermittent", "pain", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ".", "He", "reported", "no", "urinary", "or", "respiratory", "symptoms", "at", "the", "time", ",", "although", "he", "had", "dark", "urine", "colouring", ".", "Once", "back", "in", "Spain", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "due", "to", "persistent", "fever", ",", "but", "after", "a", "normal", "physical", "examination", "and", "improvement", "with", "symptomatic", "treatment", ",", "he", "was", "discharged", ".", "However", ",", "two", "days", "later", ",", "as", "the", "fever", "did", "not", "abate", ",", "he", "consulted", "again", "and", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "further", "investigation", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "a", "temperature", "of", "38oC", "and", "normal", "vital", "signs", ".", "Physical", "examination", "revealed", "scleral", "jaundice", ",", "with", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", "and", "right", "hemiabdomen", ",", "with", "positive", "Blumberg", "'", "s", "and", "Murphy", "'", "s", "signs", ",", "indicative", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "She", "had", "a", "small", "wound", "with", "no", "signs", "of", "superinfection", "on", "her", "right", "hand", ",", "which", "she", "reported", "had", "been", "caused", "by", "a", "strawberry", "plant", "a", "fortnight", "earlier", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "normal", "levels", "of", "electrolytes", ",", "calcium", ",", "creatinine", ",", "glucose", "and", "urea", ".", "The", "haemogram", "revealed", "lymphopenia", "of", "250", "x103", "cells", "/", "μL", "and", "cholestasis", "pattern", "with", "total", "bilirubin", "of", "2", ".", "59", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "of", "71", ".", "50", "U", "/", "L", ",", "GPT", "of", "73", ".", "60", "U", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "264", ".", "24", "mg", "/", "l", ".", "The", "plain", "abdominal", "X-ray", "showed", "no", "notable", "abnormalities", ".", "Differential", "diagnosis", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "fever", "and", "abdominal", "pain", "after", "a", "recent", "trip", ",", "the", "diagnostic", "process", "will", "consider", "whether", "or", "not", "the", "infection", "is", "related", "to", "the", "trip", "itself", ",", "as", "well", "as", "the", "common", "causes", "of", "infection", "that", "are", "distributed", "worldwide", "in", "developed", "countries1", ",", "2", ".", "At", "the", "beginning", "of", "the", "diagnostic", "process", ",", "the", "severity", "of", "the", "condition", "should", "be", "assessed", ",", "which", "will", "determine", "the", "need", "for", "hospitalisation", ",", "as", "well", "as", "the", "possible", "risk", "of", "transmission", ".", "It", "is", "important", "to", "note", "that", "there", "are", "other", "non-infectious", "pathologies", "that", "may", "also", "be", "accompanied", "by", "fever", ",", "such", "as", "thrombophlebitis", "or", "pulmonary", "embolism", "in", "the", "\"", "economy", "class", "syndrome", "\"", ",", "or", "drug-induced", "fever", ".", "Therefore", ",", "in", "this", "case", ",", "within", "the", "differential", "diagnosis", "of", "a", "patient", "with", "fever", "and", "acute", "onset", "abdominal", "pain", ",", "\"", "common", "\"", "or", "non-travel-related", "causes", "should", "be", "ruled", "out", ",", "considering", "liver", ",", "spleen", "and", "biliary", "tract", "diseases", ",", "such", "as", "acute", "cholecystitis", "(", "lithiasis", "or", "alliasis", ")", ",", "or", "acute", "cholangitis", ",", "as", "well", "as", "hepatic", "or", "splenic", "abscess", ",", "or", "septic", "thrombophlebitis", ".", "Other", "gastrointestinal", "diseases", "that", "should", "be", "ruled", "out", "are", "acute", "appendicitis", ",", "acute", "diverticulitis", "and", "ischaemic", "colitis", ".", "The", "presence", "of", "a", "possible", "intra-abdominal", "abscess", "with", "secondary", "peritonitis", "should", "also", "be", "considered", ".", "However", ",", "taking", "into", "account", "the", "epidemiological", "background", "of", "the", "trip", ",", "which", "was", "not", "to", "a", "developing", "country", ",", "and", "the", "short", "incubation", "period", "(", "the", "symptoms", "appeared", "during", "the", "return", "flight", ")", ",", "with", "digestive", "symptoms", ",", "the", "possibility", "of", "leptospirosis", "or", "acute", "hepatitis", "A", "and", "B", "should", "be", "considered", ".", "In", "addition", ",", "given", "that", "the", "patient", "had", "been", "in", "a", "rural", "environment", ",", "given", "the", "risk", "of", "arthropod", "or", "tick", "bites", ",", "rickettsiosis", ",", "Lyme", "disease", "and", "Q", "fever", "should", "be", "ruled", "out", ".", "Other", "diseases", "to", "consider", "in", "a", "patient", "with", "febrile", "syndrome", ",", "abdominal", "pain", "and", "a", "recent", "trip", "are", "malaria", ",", "dengue", "and", "yellow", "fever", "in", "case", "of", "mosquito", "bites", ";", "and", "trypanosomiasis", ",", "leishamiasis", "and", "bartolenosis", "in", "case", "of", "the", "risk", "of", "a", "fly", "bite", ".", "The", "risk", "of", "these", "diseases", "will", "be", "determined", "by", "the", "origin", "of", "the", "traveller", "and", "the", "incubation", "time", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "the", "origin", "of", "California", "does", "not", "constitute", "a", "risk", "area", "for", "the", "contagion", "of", "these", "diseases", ".", "If", "the", "patient", "had", "consumed", "unsafe", "water", "or", "raw", "food", ",", "it", "would", "be", "necessary", "to", "rule", "out", "enterobacterial", "infections", "such", "as", "Salmonella", "spp", ".", "or", "parasitic", "infections", ",", "although", "he", "did", "not", "present", "eosinophilia", ":", "helminths", "(", "Ascaris", "spp", ",", "Trichinella", "spp", ",", "Taenia", "solium", ".", ".", ".", ")", "and", "protozoa", "(", "Toxoplasma", ",", "Entamoeba", "histolytica", ".", ".", ".", ")", ".", "It", "would", "also", "be", "necessary", "to", "consider", "the", "diagnosis", "of", "listeriosis", "and", "salmonellosis", ",", "which", "are", "more", "likely", "in", "the", "case", "of", "consumption", "of", "unpasteurised", "dairy", "products", ".", "Our", "patient", "had", "initially", "denied", "eating", "raw", "food", "or", "drinking", "water", ".", "Finally", ",", "although", "the", "patient", "did", "not", "report", "contact", "with", "animals", ",", "the", "fact", "that", "he", "came", "from", "a", "rural", "and", "forestry", "area", "should", "be", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", "of", "entities", "such", "as", "brucellosis", ",", "tularaemia", "and", "plague", ",", "among", "others", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "1", "gram", "intravenous", "(", "iv", ")", "daily", ",", "metronizadol", "500", "mg", "iv", "every", "8", "hours", "and", "doxycycline", "100", "mg", "orally", "every", "12", "hours", ".", "Serology", "for", "Rickettsia", "spp", ",", "Coxiella", "spp", ".", "(", "ELISA", ")", ",", "as", "well", "as", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ",", "hepatitis", "A", "and", "B", ",", "Epstein", "Barr", "virus", "(", "EBV", ")", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "An", "abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "without", "contrast", "showed", "gas", "in", "the", "portal", "venous", "system", ",", "affecting", "practically", "the", "entire", "left", "hepatic", "lobe", ",", "part", "of", "the", "right", ",", "as", "well", "as", "some", "mesenteric", "vessels", ",", "a", "finding", "that", "could", "be", "related", "to", "pylephlebitis", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "splenomegaly", "of", "17", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "two", "non-specific", "nodular", "hypodense", "images", "of", "approximately", "1", "and", "1", ".", "5", "cm", ",", "respectively", ",", "which", "could", "correspond", "to", "two", "abscesses", ".", "Non-contrast", "abdominal", "CT", "scan", ":", "presence", "of", "gas", "in", "the", "portal", "venous", "system", "and", "splenomegaly", "17", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "two", "non-specific", "nodular", "hypodense", "nodular", "images", ",", "approximately", "1", "and", "1", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ".", "In", "the", "hypogastrium", "there", "was", "a", "tubular", "image", "with", "wall", "thickening", "and", "increased", "density", ",", "which", "was", "reported", "as", "probable", "Meckel", "'", "s", "diverticulitis", ".", "After", "24", "hours", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "worsened", ",", "with", "persistent", "fever", ",", "abdominal", "pain", "and", "elevated", "inflammatory", "parameters", ".", "For", "this", "reason", ",", "he", "was", "evaluated", "by", "the", "general", "surgeons", "and", "urgent", "surgery", "was", "decided", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "exploratory", "laparoscopy", ",", "finding", "purulent", "free", "fluid", "in", "both", "subphrenic", "and", "Douglas", "spaces", ",", "with", "an", "image", "of", "diverticula", "about", "30", "cm", "long", "in", "the", "proximity", "of", "the", "ileocaecal", "valve", ",", "inflamed", "and", "in", "intimate", "contact", "with", "the", "ileum", "wall", ",", "which", "nevertheless", "appeared", "to", "have", "an", "independent", "meso", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "ileal", "resection", "including", "the", "inflamed", "bowel", "segment", "with", "latero-lateral", "anastomosis", "through", "a", "Pfanestiel", "incision", "to", "assist", "the", "laparoscopic", "approach", ".", "Removal", "of", "the", "specimen", "to", "perform", "the", "extracorporeal", "anastomosis", ",", "revealing", "the", "duplicated", "and", "inflamed", "intestinal", "segment", ".", "No", "alterations", "were", "observed", "at", "the", "splenic", "level", ".", "Intraoperative", "cultures", "were", "all", "negative", "and", "the", "biopsy", "of", "the", "surgical", "specimen", "showed", "a", "significant", "inflammatory", ",", "ulcerative", "and", "congestive", "infiltration", "of", "a", "segment", "of", "small", "intestine", "in", "relation", "to", "an", "intestinal", "duplicity", ".", "After", "surgery", "the", "patient", "remained", "stable", "with", "improvement", "of", "inflammatory", "parameters", ".", "Doxycycline", "was", "discontinued", ",", "continuing", "treatment", "with", "ceftriaxone", "and", "metronidazole", "at", "equal", "doses", "for", "two", "more", "weeks", ".", "The", "patient", "experienced", "a", "complicated", "postoperative", "period", "with", "paralytic", "ileus", "and", "the", "appearance", "of", "an", "enterocutaneous", "fistula", ",", "which", "subsequently", "resolved", ".", "After", "four", "weeks", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "was", "discharged", ",", "being", "reviewed", "two", "weeks", "later", "in", "the", "outpatient", "clinic", ",", "with", "good", "general", "condition", "and", "normal", "laboratory", "tests", ".", "Final", "diagnosis", "Portal", "pneumatosis", "and", "pylephlebitis", ",", "secondary", "to", "inflammation", "of", "intestinal", "duplication", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 452, "end": 459 }, { "text": "agricultural engineer", "label": "HUMAN", "start": 531, "end": 552 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 510, "end": 517 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 771, "end": 778 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 788, "end": 794 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 721, "end": 728 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1090, "end": 1097 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1446, "end": 1453 }, { "text": "strawberry plant", "label": "SPECIES", "start": 1844, "end": 1860 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2270, "end": 2277 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2996, "end": 3003 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 3921, "end": 3930 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 3934, "end": 3938 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3862, "end": 3869 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 3794, "end": 3805 }, { "text": "hepatitis A and B", "label": "SPECIES", "start": 3794, "end": 3811 }, { "text": "fly", "label": "SPECIES", "start": 4244, "end": 4247 }, { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 4152, "end": 4160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4040, "end": 4047 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4375, "end": 4382 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 4321, "end": 4330 }, { "text": "Ascaris spp", "label": "SPECIES", "start": 4696, "end": 4707 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 4770, "end": 4791 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4758, "end": 4768 }, { "text": "Trichinella spp", "label": "SPECIES", "start": 4709, "end": 4724 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 5092, "end": 5099 }, { "text": "helminths", "label": "SPECIES", "start": 4685, "end": 4694 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4486, "end": 4493 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4970, "end": 4977 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5056, "end": 5063 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 4621, "end": 4630 }, { "text": "protozoa", "label": "SPECIES", "start": 4748, "end": 4756 }, { "text": "Taenia solium", "label": "SPECIES", "start": 4726, "end": 4739 }, { "text": "Salmonella spp", "label": "SPECIES", "start": 4602, "end": 4616 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5563, "end": 5566 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 5546, "end": 5561 }, { "text": "Coxiella spp", "label": "SPECIES", "start": 5512, "end": 5524 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 5496, "end": 5510 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5608, "end": 5611 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5588, "end": 5606 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 5569, "end": 5580 }, { "text": "hepatitis A and B", "label": "SPECIES", "start": 5569, "end": 5586 } ]

[ "A", "44-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "migraine", ",", "with", "no", "other", "medical", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "for", "a", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "and", "left", "hemicranial", "headache", "with", "migraine-like", "characteristics", "of", "4", "days", "'", "evolution", ".", "The", "medical", "history", "included", "generalised", "arthralgias", "with", "possible", "arthritis", "of", "the", "wrists", "and", "knees", ",", "with", "no", "other", "symptoms", ".", "From", "the", "epidemiological", "point", "of", "view", ",", "she", "denies", "risky", "sexual", "relations", "or", "recent", "travel", ".", "She", "lives", "in", "a", "rural", "area", "and", "has", "contact", "with", "a", "cat", "and", "cattle", ",", "reporting", "tick", "bites", "in", "the", "previous", "2", "months", ",", "with", "no", "skin", "lesions", ".", "He", "denies", "the", "use", "of", "toxic", "substances", ",", "drugs", ",", "herbal", "products", "or", "unpasteurised", "dairy", "products", ".", "The", "general", "and", "neurological", "examination", "was", "unremarkable", ",", "with", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", "17", "mg", "/", "dl", ")", ",", "thrombopenia", "(", "66", "x", "1000", "/", "μl", ")", "and", "a", "predominantly", "cholestatic", "liver", "profile", "alteration", "(", "GPT", "95", "U", "/", "l", ",", "GOT", "110", "U", "/", "l", ",", "GGT", "193", "U", "/", "l", ",", "Alkaline", "Phosphatase", "118", "U", "/", "l", ",", "LDH", "439", "U", "/", "l", ",", "Bilirubin", "3", ".", "5", "mg", "/", "dl", ")", ",", "with", "negative", "serology", "(", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "EBV", ",", "CMV", ",", "lupus", ",", "Borrelia", ",", "Toxoplasma", ",", "Coxiella", ",", "Bartonella", "henselae", ",", "Bartonella", "quintana", "and", "R", ".", "conorii", ")", "and", "Rose", "Bengal", ",", "chest", "X-ray", ",", "abdominal", "ultrasound", "(", "evidence", "of", "hepatic", "LOEs", "compatible", "with", "haemangiomas", ")", ",", "cranial", "CT", "scan", "and", "lumbar", "puncture", "with", "no", "findings", ".", "Broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "was", "started", ",", "but", "the", "fever", "persisted", "and", "in", "the", "following", "48", "hours", "the", "patient", "developed", "focal", "peritonism", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "homogeneous", "hepatomegaly", ",", "previously", "described", "haemangiomas", "and", "significant", "perivesicular", "and", "periportal", "oedema", "(", "figure", "1", ")", ",", "without", "conclusive", "signs", "of", "cholecystitis", ".", "Given", "these", "findings", ",", "cholecystectomy", "was", "performed", "with", "excellent", "subsequent", "evolution", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "microbiological", "isolation", "in", "abdominal", "fluid", "or", "blood", "cultures", ".", "Open", "liver", "biopsy", "showed", "evidence", "of", "acute", "hepatitis", ",", "with", "lymphohistiocytic", "aggregates", "grouped", "in", "non-necrotising", "microgranulomas", ",", "with", "no", "evidence", "of", "HBV", ",", "CMV", "or", "HSV", "antigens", ",", "and", "with", "immunohistochemistry", "compatible", "with", "a", "mixed", "lymphocyte", "phenotype", "of", "predominantly", "T", "and", "CD68-positive", "macrophages", ".", "In", "light", "of", "the", "histological", "findings", "and", "based", "on", "Coxiella", "Phase", "II", "IgG", "seroconversion", "(", "Coxiella", "Phase", "I", "and", "II", "IgG", "negative", "on", "admission", ";", "Phase", "I", "IgG", "negative", ",", "Phase", "II", "IgG", "positive", ">", "1", "/", "512", "at", "15", "days", ")", "the", "diagnosis", "of", "Q", "fever", "was", "confirmed", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 1055, "end": 1074 }, { "text": "Bartonella quintana", "label": "SPECIES", "start": 1076, "end": 1095 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1023, "end": 1031 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1011, "end": 1014 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1987, "end": 1990 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1045, "end": 1053 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2184, "end": 2192 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2222, "end": 2230 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1033, "end": 1043 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1006, "end": 1009 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 991, "end": 994 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 996, "end": 999 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1982, "end": 1985 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1001, "end": 1004 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1994, "end": 1997 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 986, "end": 989 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 489, "end": 495 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 507, "end": 511 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 481, "end": 484 }, { "text": "R. conorii", "label": "SPECIES", "start": 1100, "end": 1110 } ]

[ "", "A", "66-year-old", "woman", "presented", "with", "difficulty", "walking", "and", "acute", "fatigue", "of", "72", "hours", "'", "duration", ";", "she", "had", "had", "a", "fever", "and", "cough", "ten", "days", "earlier", ",", "with", "spontaneous", "resolution", "of", "the", "fever", "after", "a", "few", "days", ".", "He", "also", "reported", "a", "transient", "pruritic", "dorsal", "rash", ",", "but", "had", "no", "gastrointestinal", "symptoms", "or", "relevant", "medical", "history", ",", "except", "for", "mild", "hypertension", "treated", "with", "beta-blockers", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "lung", "showed", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ",", "but", "the", "first", "rhinopharyngeal", "smear", "for", "SARS-CoV-2", "was", "negative", ";", "initial", "blood", "tests", "and", "blood", "gases", "were", "unremarkable", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "paraparesis", ",", "with", "rapidly", "progressive", "symmetrical", "weakness", "in", "the", "lower", "extremities", ",", "leading", "to", "falls", "and", "paraplegia", ".", "She", "also", "had", "distal", "upper", "extremity", "weakness", "(", "Medical", "Research", "Council", "scale", "score", "4", "/", "5", ")", "and", "diffuse", "areflexia", ",", "but", "no", "clear", "sensory", "deficits", ".", "A", "lumbar", "puncture", "showed", "typical", "albumin-cytological", "imbalance", "(", "0", "cells", "/", "uL", ",", "108", "mg", "/", "dL", "protein", ")", ",", "leading", "to", "immediate", "initiation", "of", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulin", "therapy", "(", "0", ".", "4", "g", "/", "kg", "for", "5", ".", "5", "days", ")", ".", "(", "0", ".", "4", "g", "/", "kg", "for", "5", "days", ")", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "GBS", ".", "Ten", "days", "after", "symptom", "onset", ",", "a", "nerve", "conduction", "study", "revealed", "absent", "F", "waves", "with", "diffuse", "prolonged", "distal", "motor", "latencies", "and", "reduced", "distal", "compound", "muscle", "action", "potential", "amplitudes", ",", "with", "slightly", "reduced", "conduction", "velocities", ",", "suggesting", "a", "mixed", "pattern", "of", "demyelination", "and", "axonal", "damage", ";", "no", "sensory", "nerve", "action", "potential", "was", "observed", ".", "SARS-CoV-2", "was", "not", "detected", "in", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ",", "while", "serological", "tests", "were", "not", "available", "at", "the", "time", ";", "anti-glycolipid", "antibodies", "were", "also", "not", "detected", ".", "In", "the", "meantime", ",", "the", "patient", "had", "been", "admitted", "to", "a", "subintensive", "care", "unit", "as", "her", "second", "smear", "had", "tested", "positive", "for", "SARS-CoV-2", ",", "so", "a", "combination", "treatment", "of", "antiretrovirals", "(", "lopinavir", "and", "ritonavir", ")", "and", "hydroxychloroquine", "was", "started", ",", "maintaining", "reasonable", "respiratory", "function", "with", "oxygen", "therapy", ".", "However", ",", "the", "woman", "had", "no", "improvement", "from", "previous", "treatment", "with", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulins", "and", "developed", "progressive", "weakness", "in", "all", "limbs", ",", "dysaesthesia", "and", "unilateral", "facial", "paralysis", ".", "She", "also", "required", "treatment", "for", "transient", "episodes", "of", "disorientation", "with", "psychomotor", "excitement", ".", "In", "addition", ",", "gas", "exchange", "worsened", ",", "with", "sudden", "desaturation", "requiring", "intubation", "and", "admission", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ",", "where", "she", "was", "treated", "for", "multi-organ", "failure", ",", "deep", "vein", "thrombosis", "and", "superimposed", "bacterial", "infection", "(", "aspiration", "pneumonia", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 580, "end": 587 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 480, "end": 490 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1440, "end": 1450 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1626, "end": 1633 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1724, "end": 1734 }, { "text": "antiretrovirals", "label": "SPECIES", "start": 1766, "end": 1781 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 1922, "end": 1927 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2399, "end": 2408 } ]

[ "A", "41-year-old", "man", "from", "Spain", ",", "currently", "working", "in", "advertising", ".", "He", "has", "no", "known", "allergies", "or", "pathological", "history", "of", "interest", "and", "does", "not", "take", "any", "medication", ".", "History", "of", "previous", "trips", "to", "Thailand", ",", "Morocco", "and", "Mexico", ".", "Vaccinated", "against", "tetanus-diphtheria", ",", "typhoid", "fever", ",", "hepatitis", "A", "and", "B", ".", "He", "came", "for", "consultation", "in", "May", ",", "as", "in", "June", "he", "will", "be", "going", "on", "a", "30-day", "tourist", "trip", "to", "Vietnam", ",", "with", "accommodation", "in", "guesthouses", "and", "hostels", ".", "He", "will", "be", "accompanied", "by", "two", "friends", "and", "will", "cycle", "along", "the", "coast", "of", "the", "country", ".", "The", "tour", "includes", "arrival", "in", "Hanoi", ",", "a", "boat", "trip", "across", "Halong", "Bay", "and", "return", "to", "Hanoi", "from", "where", "he", "will", "cycle", "through", "different", "areas", "starting", "in", "Hué", "and", "continuing", "through", "Da", "Nang", ",", "Qui", "Nho", ",", "Nha", "Trang", "until", "arriving", "in", "HoChi", "Minh", ",", "to", "visit", "the", "Cuchi", "tunnels", "and", "from", "this", "city", "he", "will", "return", "to", "Spain", ".", "Bearing", "in", "mind", "that", "this", "traveller", "will", "be", "travelling", "by", "bicycle", "and", "that", "dogs", "living", "in", "the", "street", "are", "particularly", "attracted", "to", "moving", "vehicles", ",", "his", "case", "poses", "a", "real", "risk", ";", "therefore", ",", "the", "rabies", "vaccine", "would", "be", "the", "other", "vaccine", "we", "would", "advise", "in", "this", "case", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "Vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 219, "end": 229 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 467, "end": 474 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 901, "end": 905 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 1024, "end": 1031 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1058 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 852, "end": 861 } ]

[ "Personal", "history", "Male", ",", "27", "years", "old", ",", "from", "Ghana", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "two", "years", ".", "He", "lived", "in", "a", "foster", "home", ".", "No", "risk", "factors", "for", "the", "acquisition", "of", "sexually", "transmitted", "diseases", "or", "toxic", "habits", ".", "No", "other", "history", "of", "interest", ".", "Present", "illness", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "together", "with", "general", "malaise", ",", "fever", "and", "shivering", "of", "fifteen", "days", "of", "evolution", ".", "She", "did", "not", "report", "any", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "He", "was", "febrile", "(", "39oC", ")", "and", "had", "an", "arterial", "oxygen", "saturation", "of", "98", "%", ",", "with", "a", "heart", "rate", "of", "around", "95", "bpm", ".", "The", "neurological", "examination", "did", "not", "reveal", "any", "noteworthy", "findings", ".", "No", "axillary", ",", "cervical", "or", "supraclavicular", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "The", "pharyngeal", "examination", ",", "cardiorespiratory", "auscultation", ",", "abdominal", "palpation", "and", "examination", "of", "the", "lower", "limbs", "were", "normal", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemoglobin", "level", "was", "10", ".", "3", "g", "/", "dL", ",", "leukocytes", "2", ",", "770", "/", "μL", ",", "(", "LUC", "7", ".", "6", "%", ")", ",", "and", "99", ",", "000", "platelets", "/", "μL", ".", "The", "CD4", "+", "lymphocyte", "count", "was", "247", "cells", "/", "μL", ".", "Biochemistry", "showed", "elevated", "liver", "enzymes", "(", "GOT", "555", "IU", "/", "L", ",", "GPT", "292", "IU", "/", "L", ",", "GGT", "459", "IU", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "405", "IU", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "3", ".", "6", "mg", "/", "dL", ")", ",", "LDH", "3", ",", "572", "IU", "/", "L", "and", "beta-2-microglobulin", "4", ".", "1", "mg", "/", "L", ".", "Acute", "phase", "reactants", "were", "progressively", "elevated", "(", "C-reactive", "protein", "from", "12", ".", "3", "to", "216", "mg", "/", "dL", "and", "sedimentation", "rate", "from", "37", "to", "49", "mm", "/", "h", ")", ".", "Antinuclear", "and", "anti-DNA", "antibodies", "were", "negative", ".", "The", "proteinogram", "showed", "polyclonal", "hypergammaglobulinaemia", ".", "In", "the", "anaemia", "study", ",", "iron", "overload", "was", "detected", ",", "and", "in", "terms", "of", "coagulation", ",", "prothrombin", "activity", "was", "64", "%", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "showed", "polychromasia", "with", "basophilic", "stippling", "and", "no", "schistocytes", ".", "Serology", "for", "Rickettsia", ",", "Brucella", ",", "Coxiella", ",", "Chlamydia", ",", "lupus", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Toxoplasma", ",", "Cytomegalovirus", ",", "herpes", "simplex", "virus", ",", "Epstein-Barr", "virus", "and", "HIV", "were", "negative", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "As", "for", "hepatitis", "markers", ",", "he", "had", "negative", "antibodies", "to", "hepatitis", "A", "and", "C", "virus", ";", "positive", "hepatitis", "B", "virus", "(", "HBV", ")", "surface", "antigen", ";", "positive", "HBV", "core", "antibody", ";", "negative", "IgM", "surface", "antigen", "antibody", ";", "negative", "HBV", "e", "antigen", ";", "negative", "HBV", "PCR", "viral", "load", "1", ",", "377", ",", "881", "IU", "/", "mL", "(", "log", "6", ".", "13", ")", ";", "positive", "hepatitis", "D", "virus", "antibodies", ".", "Chest", "X-ray", "and", "echocardiography", "were", "normal", ".", "Abdominal", "ultrasound", "and", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "revealed", "moderate", "hepatosplenomegaly", "(", "spleen", "17", ".", "6", "cm", "in", "its", "major", "axis", ")", ".", "Diagnostic", "test", "Bone", "marrow", "aspirate", ":", "presence", "of", "Leishmania", ".", "Clinical", "judgement", "Visceral", "leishmaniasis", ".", "Chronic", "hepatitis", "B", "virus", "hepatitis", "B", "with", "delta", "superinfection", ".", "Evolution", "After", "diagnosis", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "4", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "five", "days", "and", "then", "continued", "with", "4", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "five", "weeks", ".", "An", "ampoule", "of", "vitamin", "K", "was", "also", "administered", "daily", ".", "Within", "48", "hours", "of", "starting", "treatment", ",", "the", "fever", "disappeared", "and", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "since", "then", ".", "Laboratory", "parameters", "showed", "a", "tendency", "to", "normalisation", "(", "GOT", "128", "IU", "/", "L", ",", "GPT", "150", "IU", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "1", ".", "7", "mg", "/", "dL", ",", "LDH", "997", "IU", "/", "L", ",", "prothrombin", "activity", "81", "%", "and", "CD4", "+", "608", ")", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Digestive", "Unit", "for", "further", "follow-up", "of", "his", "liver", "pathology", "." ]

[ 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 465, "end": 472 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1718, "end": 1726 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 1738, "end": 1747 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1791, "end": 1806 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1728, "end": 1736 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1756, "end": 1777 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1706, "end": 1716 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1779, "end": 1789 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2011, "end": 2014 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2042, "end": 2045 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2109, "end": 2112 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2133, "end": 2136 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1853, "end": 1856 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2141, "end": 2146 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 1808, "end": 1828 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 1992, "end": 2009 }, { "text": "hepatitis D virus", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2206 }, { "text": "hepatitis A and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1958, "end": 1981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2600, "end": 2607 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2850, "end": 2857 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3063, "end": 3070 } ]

[ "Anamnesis", "A", "56-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "HIV", "infection", "on", "treatment", "with", "Dolutegravir", "/", "Abacavir", "/", "Lamivudine", "(", "Triumeq", "®", ")", "for", "the", "last", "two", "months", "reported", "a", "pruritic", "and", "itchy", "rash", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", "affecting", "the", "face", "and", "neck", ".", "The", "patient", "denied", "fever", "or", "general", "malaise", "and", "did", "not", "present", "pruritus", "in", "any", "other", "area", "of", "the", "body", ".", "He", "did", "not", "precisely", "relate", "the", "appearance", "of", "the", "rash", "to", "any", "precipitant", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "follicular", "papules", "and", "pustules", ",", "some", "of", "them", "erosive", ",", "distributed", "over", "the", "chin", ",", "manidibular", "branches", ",", "malar", "areas", ",", "auricular", "pavilions", "and", "neck", ",", "slightly", "infiltrated", "to", "the", "touch", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ".", "There", "were", "no", "lesions", "on", "the", "trunk", "or", "extremities", ",", "no", "mucosal", "lesions", "or", "lesions", "in", "the", "genital", "area", ",", "and", "no", "submandibular", "or", "periauricular", "lymphadenopathies", "were", "palpable", ".", "Complementary", "examinations", "Given", "the", "different", "diagnostic", "suspicions", ",", "we", "decided", "to", "order", "a", "blood", "test", ",", "we", "took", "an", "exudate", "from", "one", "of", "the", "pustules", "for", "culture", ",", "a", "sample", "was", "taken", "from", "a", "lesion", "for", "PCR", "of", "herpes", "simplex", "virus", "and", "we", "performed", "a", "skin", "biopsy", "for", "histological", "study", "of", "one", "of", "the", "lesions", ".", "Blood", "tests", "showed", "an", "improvement", "in", "the", "CD4", "+", "lymphocyte", "count", ",", "which", "had", "risen", "from", "200", "/", "L", "to", "475", "/", "L", "following", "the", "start", "of", "treatment", ",", "with", "no", "other", "notable", "alterations", ".", "The", "exudate", "sample", "taken", "from", "one", "of", "the", "pustules", "showed", "growth", "of", "mixed", "cutaneous", "flora", ",", "but", "this", "was", "not", "diagnostically", "relevant", ".", "PCR", "for", "HSV", "1", "and", "2", "was", "negative", ".", "The", "skin", "biopsy", "showed", "a", "lymphohistiocytic", "infiltrate", "with", "abundant", "eosinophils", ",", "preferentially", "perifollicular", "in", "distribution", ",", "but", "also", "with", "a", "superficial", "perivascular", "component", "accompanied", "by", "interstitial", "eosinophilia", ".", "A", "vesicle", "with", "serous", "material", "and", "mixed", "inflammatory", "infiltrate", "composed", "of", "polymorphonuclear", "and", "eosinophils", "was", "observed", "in", "the", "epidermis", ".", "The", "epithelium", "of", "the", "follicular", "infundibulum", "was", "also", "dotted", "with", "eosinophils", "with", "a", "pattern", "of", "eosinophilic", "spongiosis", ".", "Diagnosis", "With", "these", "clinicopathological", "and", "analytical", "findings", ",", "the", "diagnosis", "of", "eosinophilic", "folliculitis", "was", "established", ",", "probably", "in", "the", "context", "of", "immune", "reconstitution", "in", "HIV", "patients", "after", "starting", "antiretroviral", "therapy", ".", "Treatment", "Prior", "to", "obtaining", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "and", "given", "the", "clinical", "suspicion", "of", "a", "herpetic", "infection", "with", "onset", "of", "dissemination", ",", "treatment", "was", "started", "with", "Valacyclovir", "1", "g", "every", "12", "hours", "and", "an", "appointment", "was", "made", "for", "a", "review", "in", "9", "days", ".", "Once", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "were", "obtained", "and", "the", "diagnosis", "established", ",", "treatment", "was", "started", "with", "methylprednisolone", "aceponate", "1", "mg", "/", "g", "in", "emulsion", ",", "with", "a", "check-up", "in", "one", "month", ".", "Evolution", "At", "the", "first", "check-up", "nine", "days", "after", "the", "first", "consultation", ",", "the", "patient", "was", "stable", "with", "no", "new", "lesions", "and", "no", "improvement", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "continue", "treatment", "with", "Valacyclovir", "for", "a", "further", "week", "while", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "biopsy", "and", "PCR", ",", "with", "an", "appointment", "in", "two", "weeks", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "with", "a", "definitive", "diagnosis", ",", "treatment", "with", "topical", "corticosteroids", "was", "started", ",", "with", "a", "further", "check-up", "in", "one", "month", ".", "At", "the", "last", "check-up", "the", "patient", "showed", "a", "notable", "improvement", "with", "fewer", "lesions", "and", "these", "were", "less", "pruritic", ",", "coinciding", "both", "with", "the", "start", "of", "treatment", "with", "topical", "methylprednisolone", "aceponate", "and", "with", "a", "stabilisation", "of", "the", "CD4", "lymphocyte", "count", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 50, "end": 53 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 244, "end": 251 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 461, "end": 468 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 1066, "end": 1086 }, { "text": "HSV 1", "label": "SPECIES", "start": 1473, "end": 1478 }, { "text": "HSV 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 1473, "end": 1484 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2163, "end": 2166 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2191, "end": 2205 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 2322, "end": 2330 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2753, "end": 2760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3134, "end": 3141 } ]

[ "Anamnesis", "Male", "patient", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "who", "presented", "at", "the", "age", "of", "20", "years", "with", "a", "clinical", "presentation", "of", "headache", "of", "three", "weeks", "'", "evolution", ",", "predominantly", "occipital", "and", "later", "with", "binocular", "diplopia", ".", "Physical", "examination", "Only", "mild", "pupillary", "asymmetry", "and", "binocular", "diplopia", "were", "noted", ".", "Complementary", "tests", "A", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "moderate", "hydrocephalus", "due", "to", "the", "presence", "of", "a", "mass", "in", "the", "posterior", "wall", "of", "the", "third", "ventricle", "/", "pineal", "gland", "and", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "skull", "and", "spine", "showed", "pineal", "origin", "of", "the", "mass", "and", "absence", "of", "dissemination", "through", "the", "neuroaxis", ".", "On", "11", "May", "2016", "he", "underwent", "cerebrospinal", "fluid", "diversion", "and", "biopsy", "of", "the", "lesion", "showing", "a", "papillary", "pattern", "associated", "with", "a", "more", "diffuse", "pattern", "with", "ependymal-like", "rosettes", "with", "positive", "cytokeratins", "on", "immunohistochemistry", ".", "Diagnosis", "Localised", "papillary", "tumour", "of", "the", "pineal", "region", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "reoperated", "on", "31", "May", "2016", "by", "suprainfratentorial", "craniotomy", "for", "excision", "of", "the", "mass", ",", "achieving", "a", "complete", "resection", ".", "Subsequently", ",", "adjuvant", "radiotherapy", "treatment", "was", "decided", "on", "the", "surgical", "site", "with", "a", "dose", "of", "52", ".", "2", "Gy", "in", "29", "sessions", ",", "which", "were", "administered", "between", "July", "and", "September", "2016", ".", "Evolution", "In", "November", "2016", ",", "recurrence", "was", "detected", "in", "November", "2016", "due", "to", "locoregional", "leptomeningeal", "dissemination", "at", "the", "level", "of", "the", "cerebellar", "hemispheres", "in", "a", "control", "MRI", ".", "It", "was", "decided", "to", "administer", "craniospinal", "radiotherapy", "with", "a", "total", "dose", "of", "52", ".", "2", "Gy", ",", "which", "was", "completed", "in", "December", "2016", ".", "On", "30", "/", "01", "/", "2017", "he", "started", "chemotherapy", "treatment", "with", "lomustine", "+", "cisplatin", "+", "vincristine", ".", "In", "August", "2017", ",", "the", "patient", "completed", "five", "cycles", "of", "chemotherapy", "with", "a", "complete", "radiological", "response", "and", "acceptable", "tolerance", ",", "highlighting", "sensory", "neuropathy", "and", "decreases", "in", "the", "three", "series", "of", "the", "haemogram", "as", "toxicity", ".", "Subsequently", ",", "two", "additional", "cycles", "were", "administered", "with", "dose", "reduction", "due", "to", "haematological", "toxicity", ",", "after", "which", "the", "patient", "was", "followed", "up", ".", "In", "May", "2018", ",", "the", "patient", "again", "presented", "radiological", "tumour", "progression", ".", "On", "28", "/", "5", "/", "2018", "he", "restarted", "treatment", "with", "lomustine", "+", "cisplatin", "+", "vincristine", "given", "the", "previous", "response", ",", "progressing", "radiologically", "after", "three", "cycles", ".", "On", "18", "/", "9", "/", "2018", "he", "started", "a", "second", "line", "of", "treatment", "with", "temozolamide", ",", "presenting", "after", "two", "cycles", "a", "significant", "radiological", "tumour", "progression", "(", "with", "massive", "cranial", "meningeal", "dissemination", "and", "at", "the", "level", "of", "the", "cauda", "equina", ")", "and", "clinical", "progression", "due", "to", "the", "appearance", "of", "left", "sciatic", "syndrome", "refractory", "to", "conventional", "analgesia", "and", "oral", "corticosteroids", ",", "requiring", "the", "administration", "of", "analgesic", "radiotherapy", "at", "the", "lumbosacral", "level", ".", "After", "radiotherapy", ",", "on", "30", "/", "11", "/", "2018", ",", "the", "patient", "started", "a", "third", "line", "of", "chemotherapy", "with", "etoposide", "with", "dose", "reduction", "due", "to", "previous", "haematological", "toxicity", ",", "presenting", "radiological", "tumour", "stabilisation", "but", "poor", "haematological", "tolerance", ",", "which", "forced", "him", "to", "switch", "to", "an", "oral", "metronomic", "regimen", "and", "constant", "delays", ".", "In", "March", "2019", ",", "the", "patient", "developed", "febrile", "neutropenia", "with", "pulmonary", "superinfection", "by", "Pneumocystis", "jirovecii", ",", "requiring", "prolonged", "hospitalisation", ".", "Despite", "the", "additive", "stabilisation", "of", "the", "disease", ",", "given", "the", "clinical", "progression", "(", "reappearance", "of", "diplopia", ")", "and", "the", "high", "haematological", "toxicity", "to", "etoposide", ",", "it", "was", "decided", "to", "switch", "to", "a", "new", "line", "of", "treatment", "with", "bevacizumab", ",", "which", "started", "on", "8", "/", "4", "/", "2019", ".", "Since", "hospital", "discharge", ",", "the", "patient", "remains", "with", "established", "paraplegia", "secondary", "to", "tumour", "dissemination", "in", "the", "cauda", "equina", "and", "steroid", "myopathy", ".", "He", "is", "currently", "on", "four", "courses", "of", "treatment", "with", "bevacizumab", "and", "is", "awaiting", "MRI", "re-evaluation", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 945, "end": 952 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1663, "end": 1670 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1991, "end": 1998 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2033, "end": 2040 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2726, "end": 2733 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3095, "end": 3117 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3024, "end": 3031 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3443, "end": 3450 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "three-year-old", "preschooler", "who", "presented", "to", "his", "health", "centre", "with", "a", "bitemporal", "headache", ",", "daily", ",", "in", "the", "evening", ",", "lasting", "for", "hours", ",", "which", "subsided", "after", "analgesia", ".", "The", "pain", "does", "not", "occur", "during", "sleep", "and", "does", "not", "interfere", "with", "her", "daily", "activities", ".", "There", "is", "no", "aura", ",", "sonophobia", "or", "photophobia", ".", "No", "vomiting", "or", "other", "symptoms", ".", "Personal", "history", "of", "no", "interest", ".", "Normal", "psychomotor", "and", "postnatal", "development", ".", "Physical", "and", "neurological", "examination", "was", "normal", ".", "Referred", "to", "Ophthalmology", ",", "where", "pathology", "was", "ruled", "out", ".", "A", "blood", "test", "was", "requested", ",", "with", "a", "ferritin", "level", "of", "8", "ng", "/", "ml", ",", "and", "the", "haemogram", "and", "other", "biochemistry", "were", "anodine", ".", "Following", "this", ",", "treatment", "with", "oral", "iron", "was", "started", ".", "Two", "months", "later", ",", "she", "consulted", "Neuropaediatrics", "for", "persistent", "headache", "and", "was", "referred", "to", "Neuropaediatrics", "(", "normal", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "[", "MRI", "]", ")", "and", "an", "analytical", "control", "was", "performed", "to", "assess", "the", "previous", "iron", "deficiency", ",", "determining", "IgA", "anti-transglutaminase", "antibodies", "(", ">", "128", "U", "/", "ml", ")", "and", "IgA", "(", "normal", ")", ".", "Subsequently", ",", "a", "biopsy", "was", "obtained", "confirming", "coeliac", "disease", "with", "Marsh", "type", "II-III", "villous", "atrophy", ",", "and", "low-resolution", "histocompatibility", "system", "typing", "(", "human", "leukocyte", "antigen", "[", "HLA", "]", ")", "was", "performed", ",", "obtaining", "a", "DQ2", "haplotype", "of", "coeliac", "susceptibility", "in", "cis", ".", "Following", "diagnosis", ",", "the", "patient", "was", "started", "on", "a", "gluten-free", "diet", "and", "progressed", "favourably", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "headache", "and", "correction", "of", "ferritin", "levels", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 352, "end": 360 } ]

[ "A", "41", "year", "old", "female", "patient", ",", "born", "in", "the", "south", "of", "Ecuador", ",", "daughter", "of", "butcher", "parents", ",", "living", "in", "Spain", "since", "1998", ",", "with", "no", "recent", "trips", "to", "her", "country", "of", "origin", "and", "no", "medical", "history", ".", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "on", "several", "occasions", "over", "10", "months", "for", "recurrent", "episodes", "of", "cervicalgia", ",", "headache", "in", "the", "occipital", "region", ",", "fever", "up", "to", "38", ".", "5oC", ",", "nausea", "and", "vomiting", ".", "The", "cervical", "pain", "was", "throbbing", "and", "intense", ",", "and", "was", "accentuated", "when", "standing", "up", "and", "bending", "down", ";", "she", "progressively", "noticed", "ramps", "in", "her", "legs", "and", "less", "strength", "in", "her", "hands", "when", "handling", "objects", ".", "Physical", "examination", "revealed", "pain", "on", "posterior", "cervical", "palpation", ",", "with", "no", "meningeal", "signs", ",", "although", "there", "was", "slight", "resistance", "to", "cervical", "flexion", ",", "minimal", "weakness", "distal", "to", "hand", "pressure", ",", "generalised", "hyperreflexia", "predominantly", "in", "the", "lower", "limbs", "and", "right", "clonus", ".", "Fundus", "examination", "was", "normal", ".", "An", "outpatient", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "signal", "hyperintensity", "in", "the", "diffusion", "study", ",", "located", "in", "the", "left", "posterior", "parasagittal", "occipital", "region", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "cervical", "myelopathy", "with", "possible", "migraine", "status", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "for", "study", ".", "A", "number", "of", "complementary", "tests", "were", "performed", ",", "including", "a", "serology", "for", "Borrelia", "burgdorferii", "(", "IgG", "positive", ")", ".", "The", "CMR", "was", "repeated", ",", "where", "the", "area", "of", "hyperintensity", "persisted", ",", "also", "including", "periventricular", "substance", "and", "dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", ".", "The", "cervical", "vertebral", "study", "was", "normal", ".", "Computed", "Axial", "Tomography", "of", "the", "thorax", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "was", "normal", ".", "Lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "obtaining", "normotensive", "CSF", ",", "clear", ",", "glucose", "49mg", "/", "dL", ",", "protein", "63", ".", "2mg", "/", "dL", ",", "leukocytes", "69", "cells", "/", "uL", "(", "PMN", "15", "%", ",", "MN", "85", "%", ")", ",", "red", "blood", "cells", "21", "cells", "/", "uL", ",", "albumin", "43", ".", "6", "mg", "/", "dL", ";", "Ziehl", ",", "Gram", "and", "Cryptococcus", "Ag", "stain", "negative", ";", "cultures", "negative", ";", "CSF", "cytology", "showed", "mature", "lymphoid", "cells", "without", "atypia", ".", "The", "patient", "worsened", "and", "a", "new", "CMR", "was", "performed", ",", "showing", "signs", "of", "hydrocephalus", "and", "contrast", "uptake", "by", "the", "meninges", ".", "Given", "the", "clinical", "suspicion", "of", "chronic", "meningitis", "with", "progressive", "hydrocephalus", "and", "signs", "and", "symptoms", "of", "intracranial", "hypertension", ",", "neurosurgical", "intervention", "was", "decided", ":", "Despite", "this", ",", "clinical", "worsening", "persisted", "(", "refractory", "headache", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "ataxia", "and", "nystagmus", ")", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "re-intervene", "on", "suspicion", "of", "DVP", "dysfunction", ",", "placing", "an", "external", "ventricular", "shunt", "(", "EVS", ")", "for", "a", "week", ",", "with", "a", "new", "intervention", "to", "place", "a", "new", "DVP", "and", "remove", "the", "previous", "DVP", ".", "Anatomopathological", "results", "were", "obtained", ",", "showing", "no", "significant", "pathology", ".", "A", "new", "CMR", "was", "performed", "which", "showed", "an", "improvement", ",", "which", "was", "confirmed", "by", "a", "clinical", "improvement", "and", "a", "diagnosis", "of", "chronic", "meningitis", "due", "to", "possible", "neurosarcoidosis", "with", "secondary", "progressive", "hydrocephalus", "was", "made", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "steroid", "treatment", ".", "In", "one", "of", "the", "physical", "examinations", ",", "right", "supraclavicular", "swelling", "and", "redness", "in", "the", "posterior", "cervical", "region", "were", "observed", ",", "which", "had", "not", "existed", "before", ":", "the", "CAT", "scan", "showed", "no", "alterations", ".", "A", "new", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "obtaining", "CSF", "with", "mild", "pleocytosis", ".", "Following", "these", "findings", ",", "it", "was", "concluded", "that", "there", "were", "no", "signs", "of", "infection", "but", "rather", "of", "recurrence", "due", "to", "a", "reduction", "in", "corticosteroid", "treatment", ",", "and", "it", "was", "recommended", "that", "the", "antibiotic", "be", "discontinued", "and", "the", "corticosteroids", "be", "increased", ".", "The", "diagnosis", "of", "sarcoidosis", "and", "other", "possible", "diagnoses", "were", "questioned", ",", "as", "the", "patient", "had", "normal", "angiotensin-converting", "enzyme", "and", "negative", "Quantiferon", ".", "Another", "CMR", "was", "performed", ",", "which", "showed", "contrast", "uptake", "in", "the", "pachygyria", "and", "leptomeninges", "of", "the", "posterior", "aspect", "of", "the", "bulbomedullary", "transition", "to", "the", "end", "of", "the", "second", "cervical", "vertebra", "together", "with", "the", "appearance", "of", "a", "liquid", "cyst", "at", "the", "level", "of", "C3", ",", "of", "the", "left", "pontocerebellar", "and", "retrocerebellar", "angles", ",", "and", "it", "was", "suggested", "that", "the", "cysts", "were", "postmeningitis", "arachnoid", "cysts", ".", "Cervical", "pain", "associated", "with", "vomiting", "persisted", ",", "so", "a", "new", "CMR", "was", "performed", ",", "showing", "a", "centred", "midline", "and", "the", "presence", "of", "two", "cystic", "lesions", "inside", "the", "left", "lateral", "ventricle", ",", "with", "the", "end", "of", "the", "catheter", "located", "in", "the", "third", "ventricle", ",", "and", "a", "cystic", "image", "persisted", "in", "the", "left", "pontocerebellar", "angle", "with", "a", "similar", "size", ",", "also", "showing", "an", "extension", "of", "the", "cystic", "lesion", "caudal", "and", "left", "posterolateral", "to", "the", "level", "of", "the", "C3", "vertebra", ".", "Subsequently", ",", "he", "began", "to", "show", "behavioural", "changes", "and", "gait", "disturbance", ";", "he", "had", "a", "fall", "in", "the", "street", "with", "TBI", ",", "hand", "tremor", ",", "difficulty", "walking", ",", "more", "frequent", "vomiting", ",", "urinary", "incontinence", ",", "no", "fever", ".", "Hydrocephalus", "was", "again", "detected", "and", "it", "was", "decided", "to", "re-intervene", "due", "to", "DVP", "dysfunction", ".", "Subsequently", ",", "she", "presented", "multiple", "complications", "with", "persistent", "headache", "and", "gait", "instability", ".", "He", "suffered", "several", "episodes", "of", "DVP", "obstruction", "that", "required", "surgical", "reintervention", ".", "Physical", "examination", "revealed", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", ",", "without", "neurological", "focality", ",", "broad", "base", "of", "support", ",", "oedematisation", "of", "the", "face", "and", "neck", ",", "cushingoid", "facies", ",", "tremor", "in", "both", "hands", ",", "despite", "the", "reduction", "of", "corticoids", ".", "We", "postulate", "the", "possibility", "of", "reactivation", "of", "her", "chronic", "meningitis", "after", "discontinuation", "of", "corticosteroid", "treatment", ".", "Finally", ",", "given", "the", "clinical", "manifestations", "and", "findings", ",", "a", "new", "brain", "biopsy", "was", "performed", "on", "suspicion", "of", "arreabsorptive", "hydrocephalus", "secondary", "to", "probable", "chronic", "meningitis-neurosarcoidosis", ".", "During", "surgery", ",", "multiple", "cysts", "were", "found", "to", "have", "emerged", "at", "the", "subarachnoid", "and", "infracerebellar", "levels", ".", "The", "pathological", "anatomy", "was", "reported", "as", "a", "piece", "of", "cystectomy", "in", "cisterna", "magna", ":", "scalloped", "cyst", "and", "fibrous", "wall", "of", "parasitic", "origin", ",", "although", "it", "cannot", "be", "confirmed", "due", "to", "the", "absence", "of", "the", "parasite", ",", "a", "cysticercosis", "is", "the", "most", "congruent", ".", "Multiple", "microbiological", "studies", "were", "carried", "out", "with", "the", "biopsy", ",", "being", "negative", "for", "tuberculosis", ",", "fungi", ",", "amoebae", ".", "Finally", ",", "the", "PCR", "for", "Taenia", "solium", "in", "the", "brain", "biopsy", "was", "positive", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "praziquantel", "and", "albendazole", ",", "in", "view", "of", "the", "diagnostic", "confirmation", "of", "neurocysticercosis", ".", "Unfortunately", ",", "the", "patient", "continues", "with", "poor", "evolution", "and", "still", "has", "episodes", "of", "obstruction", "of", "the", "PVD", ",", "which", "have", "led", "to", "multiple", "complications", "related", "to", "prolonged", "hospitalisation", ".", "This", "case", "highlights", "the", "importance", "of", "this", "type", "of", "pathology", "and", "the", "relevance", "of", "highlighting", "the", "epidemiological", "background", "of", "patients", ",", "which", "we", "often", "forget", "and", "makes", "us", "direct", "the", "diagnostic", "process", "based", "on", "pathologies", "that", "we", "see", "in", "our", "area", "much", "more", "frequently", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Borrelia burgdorferii", "label": "SPECIES", "start": 1256, "end": 1277 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1765, "end": 1777 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 28 }, { "text": "Taenia solium", "label": "SPECIES", "start": 5827, "end": 5840 }, { "text": "amoebae", "label": "SPECIES", "start": 5797, "end": 5804 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 60, "end": 68 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5790, "end": 5795 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1164, "end": 1171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1878, "end": 1885 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3414, "end": 3421 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6028, "end": 6035 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6325, "end": 6333 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 80, "end": 87 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 5565, "end": 5574 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 5641, "end": 5649 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5776, "end": 5788 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "15-year-old", "female", "patient", "with", "fever", ",", "lymphadenopathy", ",", "pharyngeal", "pain", "and", "cough", ",", "who", "was", "seen", "in", "the", "emergency", "department", "and", "diagnosed", "with", "infectious", "mononucleosis", "by", "serological", "tests", "(", "EBV", "VCA", "IgM", "IgM", "IFA", ":", "Positive", ")", ".", "Four", "days", "later", ",", "she", "returned", "to", "our", "hospital", "due", "to", "subjective", "worsening", ".", "She", "reported", "intense", "odynophagia", "and", "moderate", "dyspnoea", "on", "exertion", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "febrile", ",", "with", "inspiratory", "stridor", "and", "presented", "a", "very", "painful", "retropharyngeal", "and", "right", "laterocervical", "tumour", ".", "Emergency", "laboratory", "tests", "showed", "normochromic-normochromic", "anaemia", "(", "Hb", "9", ".", "30", "g", "/", "dL", ",", "V", ".", "C", ".", "M", "85", ".", "20", "fL", ")", ",", "elevated", "liver", "enzymes", "(", "GGT", "115", ".", "00", "U", "/", "L", ",", "AST", "(", "GOT", ")", "57", ".", "00", "U", "/", "L", ",", "ALT", "(", "GPT", ")", "77", ".", "00", "U", "/", "L", ")", ",", "hyperglycaemia", "(", "Glucose", "140", ".", "00", "mg", "/", "dl", ")", ",", "leucocytes", "4", ".", "7", "x10E3", "/", "microL", "with", "44", "%", "lymphocytes", ".", "An", "emergency", "cervical", "CT", "scan", "showed", "a", "hypodense", ",", "homogeneous", "collection", "located", "in", "the", "right", "retropharyngeal", "space", ",", "with", "extension", "to", "the", "right", "parapharyngeal", "space", "and", "bilateral", "laterocervical", "lymphadenopathies", "of", "radiologically", "significant", "size", ".", "On", "oropharyngeal", "inspection", ",", "there", "was", "bulging", "of", "the", "ipsilateral", "tonsil", "with", "protrusion", "of", "the", "retropharyngeal", "wall", ",", "compromising", "the", "airway", ".", "A", "sample", "was", "sent", "to", "the", "microbiology", "department", ",", "which", "showed", "a", "positive", "culture", "for", "Clostridium", "sp", "and", "Prevotella", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "with", "productive", "cough", ",", "prolonged", "fever", ",", "abdominal", "distension", "and", "general", "malaise", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "showing", "pleural", "effusion", "with", "right", "pulmonary", "condensation", ".", "Chest", "X-ray", ".", "Right", "pleural", "effusion", "with", "right", "pulmonary", "condensation", ".", "A", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "showing", "numerous", "adenopathies", "in", "the", "prevascular", ",", "paratracheal", "and", "subcarinal", "space", ",", "hepatomegaly", ",", "splenomegaly", ",", "alveolar", "occupations", "in", "the", "pulmonary", "parenchyma", "associated", "with", "right", "pleural", "effusion", "and", "a", "diffuse", "increase", "in", "mediastinal", "fat", "density", "suggestive", "of", "mediastinitis", "(", "without", "evidence", "of", "drainable", "collections", ")", ".", "Thoracic", "CT", "scan", ".", "Lung", "parenchyma", "with", "patchy", "alveolar", "opacifications", "of", "ground", "glass", "attenuation", "with", "areas", "of", "alveolar", "consolidation", "in", "posterior", "segment", "of", "LSD", "and", "both", "lower", "lobes", ",", "findings", "suggestive", "of", "pneumonic", "process", ".", "Bilateral", "hilar", "adenopathies", "of", "inflammatory", "reactive", "appearance", ".", "Both", "the", "episode", "of", "mediastinitis", "and", "the", "episode", "of", "pneumonia", "with", "parapneumonic", "effusion", "were", "resolved", "by", "antibiotic", "treatment", "(", "Imipenem", "associated", "with", "Vancomycin", ")", ".", "After", "25", "days", "in", "hospital", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "medical", "treatment", "(", "Levofloxacin", "and", "Metronidazole", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 215, "end": 218 }, { "text": "VCA", "label": "SPECIES", "start": 219, "end": 222 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 51 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 411, "end": 418 }, { "text": "Clostridium sp", "label": "SPECIES", "start": 1288, "end": 1302 }, { "text": "Prevotella", "label": "SPECIES", "start": 1307, "end": 1317 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1338, "end": 1345 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2459, "end": 2466 } ]

[ "A", "14-month-old", "infant", "presented", "with", "recurrent", "eczematous", "lesions", ",", "nappy", "rash", "and", "frequent", "folliculitis", ",", "with", "no", "other", "infectious", "symptoms", "or", "alterations", "in", "the", "examination", ".", "The", "paternal", "aunt", "presented", "in", "childhood", "with", "recurrent", "skin", "and", "respiratory", "infections", ",", "bronchial", "asthma", "and", "atopic", "dermatitis", ";", "and", "in", "adulthood", ",", "skin", "abscesses", "and", "pneumonia", ",", "with", "bronchiectasis", "and", "cystic", "lesions", "in", "several", "lung", "segments", ".", "The", "father", "reports", "numerous", "respiratory", "infections", "in", "childhood", "and", "adulthood", "with", "the", "presence", "of", "bronchiectasis", ".", "Given", "the", "possibility", "of", "hyperIgE", "syndrome", "with", "autosomal", "dominant", "inheritance", "(", "ADH", ")", ",", "a", "chest", "X-ray", ",", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "thyroid", "hormones", ",", "immunoglobulins", ",", "complement", ",", "and", "lymphocyte", "subpopulations", "were", "performed", ",", "with", "no", "alterations", "found", ",", "and", "an", "adequate", "vaccine", "response", ".", "IgE", "was", "determined", ",", "rising", "from", "411", "kU", "/", "L", "(", "14", "months", ")", "to", "822", "kU", "/", "L", "(", "23", "months", ")", ".", "A", "genetic", "study", "was", "requested", ",", "and", "a", "previously", "undescribed", "heterozygous", "mutation", "in", "the", "STAT3", "gene", "was", "detected", ",", "which", "was", "also", "found", "in", "the", "father", "and", "paternal", "aunt", ".", "Varicella", "vaccine", "was", "administered", "and", "hydration", "and", "topical", "corticosteroids", "were", "prescribed", "for", "eczematous", "lesions", ",", "oral", "antihistamines", "to", "relieve", "pruritus", ",", "and", "antibiotics", "for", "superinfected", "lesions", ".", "Our", "patient", "is", "a", "heterozygous", "carrier", "of", "a", "previously", "undescribed", "mutation", "in", "the", "STAT", "3", "gene", ",", "suggestive", "of", "pathogenic", "HyperIgE", "syndrome", "with", "ADH", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "and", "family", "history", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]

[ { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 21 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 205, "end": 214 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 470, "end": 479 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 420, "end": 426 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1033, "end": 1039 }, { "text": "paternal aunt", "label": "HUMAN", "start": 178, "end": 191 }, { "text": "paternal aunt", "label": "HUMAN", "start": 1044, "end": 1057 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 795, "end": 802 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 1069, "end": 1076 }, { "text": "superinfected", "label": "SPECIES", "start": 1237, "end": 1250 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1442, "end": 1448 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1265, "end": 1272 } ]

[ "History", "69-year-old", "woman", "No", "known", "drug", "allergies", "Arterial", "hypertension", "(", "AHT", ")", "Hypercholesterolaemia", "Bronchial", "asthma", "and", "pneumonia", "in", "2009", "Chronic", "atrophic", "gastritis", "and", "chronic", "liver", "disease", "due", "to", "hepatitis", "C", "virus", "(", "HCV", ")", "Chondrocalcinosis", "Calcifying", "tendinitis", "of", "the", "right", "shoulder", "Osteoporosis", "Hyperparathyroidism", "with", "parathyroidectomy", "in", "2001", "Bilateral", "sensorineural", "hearing", "loss", "Dry", "eye", "syndrome", "Cardiological", "history", "In", "1978", "he", "underwent", "mitral", "and", "aortic", "valve", "replacement", "with", "biological", "prostheses", ".", "In", "1990", ",", "both", "prostheses", "malfunctioned", ",", "so", "a", "new", "replacement", "with", "two", "mechanical", "prostheses", "was", "performed", ".", "The", "aortic", "prosthesis", "was", "implanted", "at", "the", "level", "of", "the", "coronary", "ostium", ",", "making", "it", "necessary", "to", "perform", "two", "aortocoronary", "grafts", "(", "saphenous", "vein", "to", "the", "anterior", "interventricular", "and", "right", "coronary", "artery", ")", ".", "In", "2002", "he", "was", "admitted", "for", "heart", "failure", "and", "haemolytic", "anaemia", "in", "relation", "to", "late", "periprosthetic", "dehiscence", ",", "so", "a", "new", "mitral", "valve", "replacement", "was", "performed", "with", "another", "mechanical", "prosthesis", "and", "new", "aortocoronary", "grafts", "(", "saphenous", "vein", "to", "the", "middle", "anterior", "descending", "artery", "and", "to", "the", "right", "coronary", "artery", ")", ".", "In", "2003", ",", "DDD", "pacemaker", "implantation", "was", "performed", "due", "to", "symptomatic", "sinus", "node", "disease", "with", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ".", "Cardiologically", "asymptomatic", "until", "2014", ",", "when", "she", "was", "admitted", "several", "times", "for", "heart", "failure", ",", "most", "recently", "in", "August", "2014", ".", "Current", "illness", "Patient", "admitted", "for", "a", "new", "episode", "of", "heart", "failure", "in", "December", "2014", ".", "A", "control", "transthoracic", "echocardiogram", "(", "TTE", ")", "was", "performed", ",", "followed", "by", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "(", "TEE", ")", "which", "confirmed", "the", "presence", "of", "two", "mitral", "periprosthetic", "leaks", "(", "one", "septal", "and", "one", "posterior", ")", ".", "Taking", "into", "account", "the", "patient", "'", "s", "morbidity", "and", "the", "high", "surgical", "risk", ",", "the", "patient", "was", "scheduled", "for", "percutaneous", "leak", "closure", ".", "This", "procedure", "was", "performed", "on", "08", "/", "01", "/", "2015", "under", "general", "anaesthesia", "and", "with", "transesophageal", "echocardiography", "control", "in", "the", "haemodynamics", "room", ".", "Initial", "access", "was", "via", "the", "right", "femoral", "vein", "and", ",", "after", "transseptal", "puncture", ",", "an", "attempt", "was", "made", "to", "cross", "the", "posterior", "mitral", "leak", "(", "as", "it", "was", "the", "largest", ")", "in", "an", "antegrade", "manner", ",", "without", "success", ".", "Therefore", ",", "it", "was", "decided", "to", "puncture", "the", "left", "femoral", "artery", "and", "cross", "the", "mechanical", "aortic", "prosthesis", "with", "a", "guide", "and", "a", "catheter", "with", "good", "haemodynamic", "tolerance", ".", "The", "posterior", "leak", "is", "crossed", "and", "the", "guidewire", "is", "captured", "in", "the", "left", "atrium", "(", "LA", ")", "with", "a", "loop", ",", "externalising", "via", "the", "right", "femoral", "vein", ",", "thus", "creating", "an", "arteriovenous", "(", "AV", ")", "shunt", ".", "The", "size", "of", "the", "defect", "by", "3D", "TEE", "is", "10x4", "mm", ",", "so", "a", "10x5mm", "Vascular", "Plug", "device", "is", "chosen", "for", "closure", ".", "A", "release", "sheath", "is", "advanced", "from", "the", "right", "femoral", "vein", "through", "the", "defect", "into", "the", "left", "ventricle", "(", "LV", ")", "and", "the", "device", "is", "released", "from", "the", "LV", "to", "the", "LA", "with", "good", "placement", "and", "effective", "closure", "of", "the", "defect", "(", "video", "3", "and", "figure", "1", ")", ".", "The", "procedure", "is", "completed", "and", "the", "left", "femoral", "artery", "puncture", "is", "closed", "with", "good", "results", ".", "The", "patient", "was", "extubated", "in", "the", "ward", "and", "transferred", "to", "the", "coronary", "unit", "for", "follow-up", "in", "good", "clinical", "condition", ".", "Physical", "examination", "BP", ":", "110", "/", "48", "mmHg", ".", "HR", ":", "107", "bpm", ".", "Sat", ".", "02", ":", "100", "%", "(", "Reservoir", "at", "100", "%", ")", ".", "Afebrile", ".", "Conscious", "and", "oriented", ",", "good", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ",", "good", "peripheral", "perfusion", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "jugular", "ingurgitation", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ".", "Sounds", "present", ".", "Lower", "extremities", ":", "no", "oedema", ".", "Pedial", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "No", "haematoma", "in", "puncture", "sites", ".", "Sensibility", "and", "mobility", "preserved", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Preoperative", "TTE", ":", "LV", "neither", "dilated", "nor", "hypertrophic", ",", "with", "good", "global", "systolic", "function", ",", "apical", "aneurysm", ".", "The", "mechanical", "mitral", "prosthesis", "has", "a", "slight", "systolic", "Doppler", "signal", ".", "Aortic", "root", "not", "dilated", ".", "Mechanical", "aortic", "prosthesis", "with", "mild", "regurgitation", "and", "maximum", "gradient", "of", "40", "mmHg", ".", "Moderately", "dilated", "LA", ".", "Dilated", "right", "chambers", ".", "Right", "ventricle", "(", "RV", ")", "with", "moderate", "dysfunction", ".", "Moderate", "tricuspid", "regurgitation", "with", "RV-RA", "gradient", "of", "65", "mmHg", ".", "Estimated", "PsAP", "of", "80", "mmHg", ".", "RV", "pacing", "lead", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "Preoperative", "TEE", ":", "mitral", "prosthesis", "with", "two", "periprosthetic", "leaks", ",", "one", "septal", "and", "one", "posterior", ",", "both", "moderate", ".", "EVOLUTION", "In", "subsequent", "outpatient", "controls", ",", "the", "patient", "reported", "feeling", "better", ",", "with", "improvement", "in", "her", "functional", "capacity", ".", "She", "has", "lost", "weight", ".", "In", "the", "subsequent", "control", "TTE", "she", "presented", "mild", "periprosthetic", "mitral", "insufficiency", ".", "DIAGNOSIS", "Leaks", "or", "periprosthetic", "mitral", "dehiscence", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 25 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 218, "end": 221 }, { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 199, "end": 216 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1408, "end": 1415 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1709, "end": 1716 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1761, "end": 1768 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2940, "end": 2947 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4362, "end": 4369 } ]

[ "A", "seven-year-old", "girl", "born", "in", "Spain", "with", "no", "previous", "pathology", "was", "referred", "to", "the", "Paediatric", "Infectious", "Diseases", "Unit", "for", "painful", "left", "submandibular", "adenopathies", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ",", "with", "no", "response", "to", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "and", "oral", "anti-inflammatory", "drugs", ".", "The", "patient", "had", "no", "fever", ",", "night", "sweats", "or", "weight", "loss", ".", "She", "was", "not", "vaccinated", "with", "BCG", ".", "For", "one", "month", "a", "year", "she", "visits", "Morocco", ",", "where", "she", "has", "contact", "with", "animals", "(", "sheep", ",", "lambs", ")", "and", "consumes", "unpasteurised", "dairy", "products", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "left", "submandibular", "conglomerate", "of", "lymphadenopathies", ",", "painful", "on", "palpation", ",", "hard", ",", "non-rolling", "and", "non-adherent", ",", "the", "largest", "lymph", "node", "measuring", "2", "×", "2", "cm", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "and", "anamnesis", "by", "apparatus", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Given", "the", "lack", "of", "response", "to", "treatment", "and", "taking", "into", "account", "the", "epidemiological", "data", ",", "a", "tuberculin", "test", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", ",", "with", "a", "10", "mm", "induration", "with", "vesicular", "pattern", "at", "72", "hours", ".", "Chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "Brucella", ",", "Epstein-Barr", "virus", "(", "EBV", ")", "and", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "serologies", "were", "negative", ".", "CBC", "showed", "normal", "haemogram", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "of", "47", "mm", "/", "hour", "and", "interferon-gamma", "release", "assays", "(", "IGRA", ")", "(", "QuantiFERON", "(", "r", ")", ")", "was", "positive", "with", "a", "value", "of", "10", ".", "15", "(", "normal", "range", ":", "0-0", ".", "35", ")", ".", "A", "fine", "needle", "aspiration", "puncture", "(", "FNA", ")", "of", "the", "adenopathy", "showed", "a", "thick", ",", "whitish", "material", ".", "Culture", "and", "cytology", "revealed", "a", "pattern", "of", "necrotising", "granulomatous", "lymphadenitis", ".", "Given", "the", "limited", "involvement", "of", "the", "patient", "and", "the", "suspicion", "of", "tuberculous", "adenitis", ",", "initial", "home", "treatment", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "pyrazinamide", "was", "prescribed", ",", "pending", "culture", "of", "the", "sample", "obtained", "by", "FNA", ".", "The", "culture", "was", "positive", "for", "M", ".", "bovis", ",", "with", "an", "antibiogram", "showing", "resistance", "to", "pyrazinamide", "and", "sensitivity", "to", "streptomycin", ",", "ethambutol", ",", "isoniazid", "and", "rifampicin", ".", "For", "this", "reason", ",", "pyrazinamide", "was", "replaced", "by", "ethambutol", "for", "two", "months", ",", "followed", "by", "isoniazid", "and", "rifampicin", "until", "the", "end", "of", "six", "months", ".", "Mycobacterial", "cultures", "in", "gastric", "juice", "were", "negative", ".", "During", "this", "time", ",", "the", "patient", "attended", "regular", "check-ups", "at", "the", "Paediatric", "Infectious", "Diseases", "Department", ",", "which", "showed", "a", "good", "clinical", "evolution", "and", "complete", "resolution", "of", "the", "infectious", "process", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 21 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 441, "end": 448 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 289, "end": 296 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 368, "end": 371 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 450, "end": 455 }, { "text": "lambs", "label": "SPECIES", "start": 457, "end": 462 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 352, "end": 362 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 883, "end": 893 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2106, "end": 2113 } ]

[ "A", "43-year-old", "woman", ",", "a", "cleaner", "of", "cargo", "trucks", "in", "the", "port", "of", "Lirquén", ",", "was", "referred", "from", "a", "peripheral", "hospital", "with", "a", "history", "of", "sudden", "onset", "of", "high", "fever", ",", "chills", ",", "general", "malaise", "and", "severe", "dyspnoea", "for", "7", "days", ".", "She", "had", "a", "history", "of", "smoking", "20", "packs", "/", "year", "and", "reported", "having", "progressive", "dyspnoea", "for", "a", "year", "accompanied", "by", "a", "dry", "cough", ".", "On", "physical", "examination", ",", "she", "was", "febrile", ",", "with", "a", "temperature", "of", "38", "°", "C", ",", "polypneic", ",", "peripheral", "cyanosis", "and", "digital", "hypochromia", ".", "Chest", "examination", "showed", "bilateral", "velcro-like", "crackles", ".", "General", "laboratory", "showed", "an", "LDH", "of", "670", "IU", "/", "l", ",", "severe", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "with", "a", "PaO2", "of", "51", ".", "9", "mmHg", "breathing", "50", "%", "supplemental", "oxygen", ";", "an", "alveolar-arterial", "PO2", "difference", "of", "49", ".", "6", "mm", "Hg", ",", "leucocyte", "count", "of", "4", ",", "940", "/", "mm3", ",", "C-reactive", "protein", "of", "1", "mg", "/", "ml", "and", "procalcitonin", "of", "0", ".", "05", "μg", "/", "l", ".", "Renal", "and", "liver", "function", "were", "normal", ".", "The", "chest", "X-ray", "at", "that", "time", "showed", "a", "bilateral", "diffuse", "infiltrate", "without", "pleural", "effusion", "or", "cardiomegaly", "and", "the", "echocardiogram", "showed", "only", "mild", "dilatation", "of", "the", "left", "atrium", "with", "good", "biventricular", "function", ".", "A", "preliminary", "diagnosis", "of", "multilobar", "pneumonia", "of", "viral", "aetiology", "was", "made", ",", "as", "it", "was", "mid-June", "and", "therefore", "the", "influenza", "season", "in", "our", "country", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "oseltamivir", ",", "bronchodilators", "and", ",", "despite", "clinical", "guidelines", "to", "the", "contrary", ",", "steroids", "at", "a", "dose", "of", "100", "mg", "of", "cortisol", "ev", "every", "8", "h", ".", "Subsequently", ",", "both", "the", "viral", "panel", "for", "influenza", ",", "parainfluenza", "and", "other", "respiratory", "viruses", "and", "the", "HIV", "test", "were", "negative", ".", "A", "high-resolution", "chest", "computed", "tomography", "(", "HRCT", ")", "scan", "showed", "diffuse", ",", "bilateral", "ground-glass", "attenuation", "with", "diffuse", "septal", "thickening", ",", "a", "pattern", "known", "as", "crazy", "paving", ",", "with", "preservation", "of", "lung", "volumes", ".", "The", "patient", "remained", "in", "respiratory", "failure", "and", "faced", "with", "a", "probable", "exacerbation", "of", "idiopathic", "pulmonary", "fibrosis", ",", "she", "received", "three", "boluses", "of", "1", "g", "methylprednisolone", "followed", "by", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "daily", ",", "with", "no", "improvement", "after", "23", "days", "of", "therapy", ".", "Functional", "respiratory", "tests", "showed", "a", "mild", "restrictive", "pattern", "on", "spirometry", "with", "a", "FVC", "of", "1", ".", "87", "l", "(", "69", "%", ")", ",", "an", "FEV1", "of", "1", ".", "86", "l", "(", "73", "%", ")", "and", "severe", "exercise", "limitation", ",", "walking", "only", "258", "m", "in", "6", "min", "(", "68", "%", ")", "with", "haemoglobin", "desaturation", "at", "68", "%", "at", "the", "end", "of", "the", "test", ".", "On", "that", "occasion", "it", "was", "impossible", "to", "perform", "a", "diffusion", "study", "of", "carbon", "monoxide", "(", "DLCO", ")", ".", "A", "video", "bronchoscopy", "was", "normal", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "found", "no", "germs", "or", "neoplastic", "cells", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "severe", "patient", "who", "did", "not", "respond", "to", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "surgical", "biopsy", "by", "videothoracoscopy", ".", "The", "operative", "specimen", "showed", "maintenance", "of", "the", "pulmonary", "architecture", "with", "alveoli", "filled", "with", "amorphous", "eosinophilic", "material", "that", "stained", "positively", "with", "Periodic", "Acid", "Schiff", "(", "PAS", ")", ",", "findings", "consistent", "with", "the", "diagnosis", "of", "Pulmonary", "Alveolar", "Proteinosis", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "torpid", ",", "requiring", "support", "with", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ";", "she", "had", "bilateral", "pneumothorax", "and", "bilateral", "pleural", "drainage", "was", "installed", ",", "increasing", "the", "inflammatory", "parameters", "with", "an", "image", "of", "cavitated", "consolidation", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "left", "lower", "lobe", ",", "for", "which", "antibiotic", "therapy", "based", "on", "meropenem", "and", "vancomycin", "was", "added", ".", "Once", "recovered", "from", "the", "acute", "symptoms", ",", "the", "patient", "underwent", "total", "pulmonary", "lavage", "(", "TPL", ")", "under", "general", "anaesthesia", "using", "14", "l", "of", "physiological", "solution", "for", "each", "lung", "according", "to", "the", "protocol", "recommended", "by", "international", "guidelines", ",", "without", "obtaining", "changes", "in", "both", "gas", "exchange", "parameters", "and", "images", ",", "and", "furthermore", ",", "a", "worsening", "of", "her", "functional", "alterations", "was", "observed", ".", "In", "fact", ",", "the", "post-LPT", "chest", "CT", "scan", "was", "practically", "the", "same", "as", "that", "obtained", "on", "admission", ".", "One", "month", "post", "LPT", "the", "patient", "maintained", "a", "PaO2", "of", "53", ".", "3", "mmHg", "with", "a", "FiO2", "of", "50", "%", ";", "FVC", "had", "decreased", "to", "1", ".", "51", "l", "(", "50", "%", ")", ",", "FEV1", "to", "1", ".", "47", "l", "(", "58", "%", ")", ",", "DLCO", "was", "27", "%", "and", "on", "6MCT", "the", "distance", "travelled", "was", "only", "330", "m", "with", "a", "haemoglobin", "desaturation", "of", "64", "%", ".", "This", "situation", "persisted", "for", "several", "months", ",", "which", "prevented", "her", "from", "the", "minimal", "activities", "of", "a", "normal", "life", "depending", "on", "the", "use", "of", "supplementary", "O2", ".", "In", "this", "patient", ",", "given", "the", "imaging", "context", ",", "the", "differential", "diagnosis", "to", "consider", "was", "broad", ",", "but", "it", "was", "very", "important", "to", "rule", "out", "an", "acute", "exacerbation", "of", "Idiopathic", "Pulmonary", "Fibrosis", ",", "due", "to", "the", "high", "morbidity", "and", "mortality", "associated", "with", "it", ",", "especially", "considering", "the", "one-year", "evolution", "prior", "to", "hospitalisation", "in", "a", "patient", "who", "smoked", ".", "However", ",", "despite", "this", "time", ",", "the", "lung", "volumes", "were", "respected", ",", "the", "tomographic", "pattern", "was", "diffuse", "and", "not", "predominantly", "subpleural", ",", "there", "was", "no", "traction", "bronchiectasis", ",", "no", "apico-basal", "gradient", "and", "no", "pannalisation", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "cardiogenic", "pulmonary", "oedema", "either", ",", "as", "there", "was", "no", "history", "of", "heart", "disease", ",", "an", "anodyne", "echocardiogram", "and", "the", "images", "did", "not", "show", "cardiomegaly", ",", "circulatory", "redistribution", "or", "pleural", "effusion", ";", "a", "viral", "pneumonia", "in", "general", "shows", "a", "bilateral", "patchy", "infiltrate", "and", "not", "as", "diffuse", "and", "uniform", "as", "in", "the", "current", "case", "and", "otherwise", "the", "viral", "panel", "was", "negative", ".", "There", "were", "no", "immunosuppression", "elements", ",", "no", "cysts", "or", "pneumothorax", "to", "consider", "a", "Pneumocystis", "jirovesii", "pneumonia", "and", "the", "HIV", "test", "was", "negative", ".", "Finally", ",", "when", "faced", "with", "a", "crazy", "paving", "pattern", ",", "we", "must", "also", "consider", "the", "diagnosis", "of", "diffuse", "alveolar", "haemorrhage", ",", "but", "in", "this", "patient", "there", "was", "never", "haemoptysis", ",", "progressive", "anaemisation", ",", "alterations", "in", "renal", "function", "and", "bronchoscopy", "ruled", "out", "alveolar", "bleeding", ".", "Treatment", "After", "the", "failure", "of", "LPT", "and", "obtaining", "the", "patient", "'", "s", "informed", "consent", "and", "the", "agreement", "of", "the", "Local", "Ethics", "Committee", "of", "our", "hospital", ",", "which", "reviews", "case", "by", "case", "the", "alternatives", "proposed", "for", "patients", "requiring", "non-traditional", "measures", ",", "we", "decided", "to", "resort", "to", "the", "use", "of", "a", "product", "rarely", "used", "in", "the", "clinic", "for", "pulmonary", "lavage", ",", "but", "with", "strong", "evidence", "of", "its", "physical", "and", "chemical", "properties", ":", "excellent", "oxygen", "carrier", ",", "very", "low", "surface", "tension", "and", "very", "high", "propagation", "coefficient", "a", "perfluorocarbon", ":", "PFC", "(", "Perflubron", ")", "with", "which", "we", "performed", "weekly", "4", "bronchoscopic", "lobar", "lavages", "under", "local", "anaesthesia", "and", "with", "28", "%", "supplementary", "O2", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "Each", "lavage", "was", "performed", "by", "impacting", "the", "instrument", "into", "the", "lobar", "segment", "to", "be", "treated", ",", "instilling", "through", "the", "working", "channel", ",", "successive", "20", "ml", "aliquots", "of", "FFP", "until", "the", "aspirated", "fluid", "was", "clear", ".", "The", "first", "lobe", "to", "be", "flushed", "was", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "followed", "by", "the", "middle", "lobe", ",", "left", "upper", "division", "(", "lingula", "and", "left", "upper", "lobe", ")", "and", "left", "lower", "lobe", ".", "An", "average", "of", "250", "ml", "of", "FFP", "was", "used", "during", "each", "procedure", "lasting", "an", "average", "of", "60", "min", ".", "The", "effect", "of", "FFP", "instillation", "is", "seen", "in", "the", "tube", "on", "the", "left", "showing", "the", "alveolar", "fluid", "aspirated", "after", "instillation", "of", "saline", ".", "The", "one", "on", "the", "right", "shows", "the", "fluid", "recovered", "immediately", "after", "FFP", "instillation", ".", "After", "completion", "of", "the", "lavage", "cycles", ",", "treatment", "was", "supplemented", "with", "5", "sessions", "of", "plasmapheresis", "with", "the", "intention", "of", "removing", "possible", "circulating", "anti-granulocyte-macrophage", "colony", "stimulating", "factor", "(", "GM-CSF", ")", "antibodies", ",", "whose", "titration", "we", "were", "unable", "to", "perform", ",", "in", "order", "to", "ensure", "the", "absence", "of", "future", "disease", "outbreaks", ".", "The", "results", "were", "surprising", "and", "were", "obtained", "almost", "immediately", ".", "Gas", "exchange", "was", "normalised", ",", "with", "a", "PaO2", "of", "89", ".", "9", "mmHg", "breathing", "room", "air", ",", "the", "alveolar-arterial", "PO2", "difference", "was", "19", "mmhg", ";", "respiratory", "function", "indices", "improved", "to", "near", "normal", "values", ":", "FVC", "=", "2", ".", "28", "l", "(", "75", "%", ")", ",", "FEV1", "=", "1", ".", "99", "l", "(", "77", "%", ")", ",", "DLCO", "increased", "to", "double", "its", "initial", "value", "reaching", "55", ".", "6", "%", "and", "on", "TC6M", "the", "distance", "travelled", "increased", "to", "429", "m", "without", "haemoglobin", "desaturation", "at", "the", "end", "of", "the", "test", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "almost", "total", "disappearance", "of", "alveolar", "infiltrates", "and", "among", "the", "biochemical", "results", ",", "LDH", "decreased", "to", "154", "IU", "/", "l", ".", "During", "the", "pulmonary", "lavage", "procedure", "with", "FFP", ",", "each", "time", "the", "product", "was", "instilled", ",", "there", "was", "a", "significant", "increase", "in", "oximetry", ",", "which", "decreased", "when", "the", "instilled", "product", "was", "aspirated", ",", "but", "remained", "permanently", "above", "the", "baseline", "oximetry", "value", "of", "92", "%", ",", "and", "the", "proteinaceous", "fluid", "that", "flooded", "the", "alveoli", "was", "easily", "aspirated", "and", "removed", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "home", ",", "asymptomatic", "after", "the", "fifth", "plasmapheresis", "session", ".", "One", "month", "after", "discharge", ",", "she", "returned", "to", "her", "usual", "work", ",", "with", "no", "limitations", ".", "Seven", "months", "after", "the", "procedure", ",", "she", "was", "asymptomatic", ",", "maintaining", "normal", "exercise", "capacity", ",", "with", "no", "need", "for", "medication", ".", "Pulmonary", "function", "continued", "to", "improve", "with", "a", "FVC", "of", "2", ".", "89", "l", "(", "100", "%", ")", "and", "FEV1", "of", "2", ".", "27", "l", "(", "92", "%", ")", "and", "a", "TC6M", "with", "a", "distance", "travelled", "of", "465", "m", "without", "haemoglobin", "desaturation", ".", "These", "values", "are", "maintained", "one", "year", "after", "FFP", "washout", "and", "plasmapheresis", "sessions", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1471, "end": 1474 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1112, "end": 1117 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1392, "end": 1397 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 1443, "end": 1462 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 1175, "end": 1184 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 1408, "end": 1417 }, { "text": "parainfluenza", "label": "SPECIES", "start": 1419, "end": 1432 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1707, "end": 1714 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 2387, "end": 2392 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2438, "end": 2445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3226, "end": 3233 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3675, "end": 3682 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5111, "end": 5114 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4055, "end": 4062 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4371, "end": 4378 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5264, "end": 5271 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4828, "end": 4833 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4963, "end": 4968 }, { "text": "Pneumocystis jirovesii", "label": "SPECIES", "start": 5070, "end": 5092 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5458, "end": 5465 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5607, "end": 5615 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8008, "end": 8015 } ]

[ "This", "is", "a", "59-year-old", "man", "with", "the", "only", "known", "history", "of", "bicuspid", "aortic", "valve", "with", "fusion", "of", "the", "left", "and", "right", "coronary", "leaflets", "causing", "moderate-severe", "aortic", "insufficiency", "(", "last", "echocardiography", "6", "months", "before", "the", "current", "episode", ")", ".", "He", "has", "regular", "check-ups", "by", "Cardiology", "and", "has", "no", "associated", "dyspnoea", ",", "nor", "does", "he", "take", "any", "medication", "on", "a", "regular", "basis", ".", "The", "patient", "lives", "in", "a", "rural", "area", "and", "works", "in", "construction", ".", "He", "regularly", "goes", "out", "cycling", "in", "the", "countryside", ",", "having", "recently", "cycled", "the", "Camino", "de", "Santiago", ",", "and", "has", "contact", "with", "some", "animals", ",", "mainly", "dogs", ",", "goats", "and", "cows", ",", "although", "not", "in", "close", "contact", ".", "She", "has", "no", "pets", "and", "has", "not", "recently", "travelled", "abroad", ".", "She", "consulted", "for", "symptoms", "of", "two", "months", "'", "evolution", "consisting", "of", "profuse", "sweating", "and", "non-thermometric", "dysthermic", "sensation", ",", "generalised", "asthenia", "and", "lumbar", "pain", ".", "For", "this", "reason", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", "for", "assessment", ",", "where", "a", "Rose", "Bengal", "test", "was", "requested", ",", "which", "was", "positive", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "doxycycline", "100mg", "/", "12h", "and", "rifampicin", "900mg", "/", "24h", ",", "and", "she", "was", "subsequently", "referred", "to", "the", "outpatient", "Infectious", "Diseases", "department", "for", "assessment", ".", "Although", "the", "clinical", "manifestations", "were", "initially", "compatible", ",", "although", "doubtful", "due", "to", "the", "absence", "of", "direct", "contact", "with", "livestock", ",", "and", "in", "view", "of", "the", "infrequency", "of", "this", "entity", "in", "our", "environment", "in", "recent", "years", ",", "Rose", "Bengal", ",", "Brucella", "spp", "serology", "and", "blood", "culture", "were", "performed", "again", ",", "and", "a", "sample", "was", "sent", "to", "Hospital", "Carlos", "III", "(", "Madrid", ")", "with", "the", "intention", "of", "confirming", "or", "ruling", "out", "the", "presumptive", "diagnosis", "of", "brucellosis", ".", "In", "the", "anamnesis", "and", "examination", "by", "organs", "and", "apparatus", ",", "there", "were", "no", "notable", "findings", "except", "for", "a", "systolic", "murmur", "predominantly", "aortic", ",", "with", "no", "stigmata", "suggestive", "of", "endocarditis", ".", "Given", "that", "the", "patient", "reported", "clinical", "improvement", "after", "the", "treatment", "given", "in", "the", "emergency", "department", ",", "it", "was", "decided", "to", "keep", "him", "waiting", "for", "the", "results", ",", "which", "were", "finally", "negative", ".", "The", "patient", "discontinued", "treatment", "due", "to", "gastrointestinal", "intolerance", "before", "the", "next", "visit", "to", "the", "clinic", ".", "Likewise", ",", "due", "to", "the", "clinical", "manifestations", "of", "dorsolumbar", "pain", ",", "and", "given", "the", "initial", "suspicion", "of", "brucellosis", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ",", "which", "also", "found", "no", "signs", "of", "spondylodiscitis", "due", "to", "Brucella", "spp", ".", "During", "the", "follow-up", "visit", ",", "after", "discontinuation", "of", "the", "aforementioned", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "again", "presented", "clinical", "manifestations", ",", "with", "a", "daily", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5oC", "of", "bacteremic", "characteristics", ",", "with", "associated", "general", "malaise", ",", "profuse", "sweating", "and", "asthenia", ",", "without", "any", "specific", "organ", "or", "apparatus", "focality", ",", "for", "which", "reason", "it", "was", "finally", "decided", "to", "admit", "him", "to", "hospital", "to", "obtain", "blood", "cultures", "and", "complete", "the", "study", ",", "given", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "poor", "general", "condition", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "is", "a", "patient", "with", "fever", "of", "intermediate", "duration", "(", "IDF", ")", ",", "or", "even", "of", "prolonged", "duration", ",", "if", "we", "count", "the", "period", "prior", "to", "antibiotic", "treatment", "received", ",", "without", "a", "clear", "focus", ",", "so", "we", "will", "focus", "the", "differential", "diagnosis", "around", "IDF", ",", "even", "knowing", "that", "in", "up", "to", "20", "%", "of", "cases", ",", "the", "aetiology", "remains", "unknown", ".", "Based", "on", "the", "patient", "'", "s", "epidemiological", "context", "and", "personal", "history", ",", "the", "causes", "to", "be", "taken", "into", "account", "are", "as", "follows", ":", "1", ".", "Bacterial", "infections", ":", "To", "highlight", "rickettsiosis", "as", "responsible", "for", "typhoid", "fevers", "and", "botonous", "fever", "(", "exanthematous", "rickettsiosis", "is", "more", "frequent", "in", "the", "countries", "of", "the", "Mediterranean", "basin", ")", ",", "Coxiella", "burnetti", "as", "causative", "agent", "of", "Q", "fever", ",", "Brucella", "melitensis", "as", "responsible", "for", "human", "brucellosis", ";", "enteric", "or", "typhoid", "fever", "caused", "by", "Salmonella", "typhy", "and", "paratyphi", ",", "Bartonella", "spp", "in", "cat", "scratch", "disease", "and", "bacillary", "angiomatosis", ",", "human", "ehrlichiosis", "and", "anaplasmosis", ",", "and", ",", "of", "course", ",", "tuberculosis", ".", "2", ".", "Viral", "infections", ":", "caused", "by", "CMV", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "parvovirus", "B19", ",", "HSV", "6", ",", "7", "and", "8", ",", "HIV", ".", "3", ".", "Protozoal", "infections", ":", "Toxoplasmosis", "stands", "out", ".", "4", ".", "Localised", "infections", ":", "intra-abdominal", "abscesses", ",", "infective", "endocarditis", ".", "5", ".", "Autoimmune", "diseases", ":", "Adult", "Still", "'", "s", "disease", ",", "mainly", "due", "to", "its", "usual", "clinical", "presentation", "in", "the", "form", "of", "fever", ".", "6", ".", "Neoplasms", ":", "renal", "cell", "carcinoma", "and", "lymphoma", "may", "present", "relatively", "frequently", "as", "fever", "without", "focus", ".", "7", ".", "Miscellaneous", ":", "Subacute", "thyroiditis", ".", "Evolution", "During", "hospital", "admission", ",", "several", "complementary", "tests", "were", "requested", ",", "which", "are", "detailed", "below", ".", "Serology", "for", "Brucella", "spp", ":", "negative", "for", "Ig", "M", "and", "Ig", "G", ";", "serology", "for", "Coxiella", "spp", ",", "Rickettsia", "spp", ",", "syphilis", ",", "hepatitis", "A", ",", "B", ",", "C", "virus", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", ":", "negative", ".", "IgG", "for", "CMV", "and", "EBV", "positive", ",", "Ig", "M", "negative", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "including", "C-reactive", "protein", "(", "75", "mg", "/", "L", ")", ",", "procalcitonin", "(", "0", ".", "38", "ng", "/", "mL", ")", ",", "ferritin", "(", "1473", "ng", "/", "mL", ")", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "69", "mm", "/", "h", ")", "and", "rheumatoid", "factor", "(", "18", ".", "6", "IU", "/", "mL", ")", ".", "The", "autoimmunity", "study", "(", "including", "ANAs", ",", "ENAs", ",", "immunoglobulins", "and", "lymphocyte", "subpopulations", ")", "and", "IGRA", "were", "negative", ".", "In", "terms", "of", "imaging", "tests", ",", "a", "thoraco-abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", "to", "rule", "out", "localised", "infections", "(", "intra-abdominal", "abscesses", ")", "or", "occult", "neoplasms", "(", "mainly", "lymphoma", "or", "renal", "cell", "carcinoma", ")", ".", "Blood", "cultures", "were", "also", "taken", "and", "were", "positive", "for", "erythromycin-resistant", "Streptococcus", "sanguinis", "(", "viridans", "group", ")", "with", "a", "penicillin", "MIC", "of", "0", ".", "03", "mcg", "/", "ml", "in", "6", "serial", "blood", "cultures", "on", "3", "different", "days", ".", "Given", "these", "initial", "analytical", "results", ",", "the", "majority", "of", "viral", "or", "bacterial", "infectious", "aetiologies", "(", "Coxiella", "ssp", ",", "Rickettsia", "ssp", ",", "HIV", ",", "syphilis", ",", "Hepatitis", "A", ",", "B", "and", "C", ",", "CMV", ",", "EBV", ")", "were", "reasonably", "ruled", "out", ".", "The", "initial", "diagnosis", "of", "brucellosis", "was", "dismissed", "after", "a", "second", "negative", "Rose", "Bengal", ",", "three", "negative", "serological", "series", "at", "different", "times", ",", "and", "a", "negative", "MRI", "for", "spondylodiscitis", ".", "Likewise", ",", "the", "negative", "autoimmunity", "study", "allowed", "us", "to", "reject", "an", "autoimmune", "aetiology", "(", "mainly", "adult", "Still", "'", "s", "disease", ",", "as", "it", "did", "not", "meet", "the", "prescriptive", "diagnostic", "criteria", "of", "Cush", "or", "Yamaguchi", ",", "such", "as", "evanescent", "rash", "or", "lymphadenopathy", ")", ";", "and", "the", "IGRA", "test", ",", "added", "to", "the", "previous", "results", "and", "a", "normal", "chest", "X-ray", ",", "made", "tuberculosis", "unlikely", ".", "Finally", ",", "the", "thyroid", "function", "test", "was", "normal", ",", "ruling", "out", "subacute", "thyroiditis", ".", "Given", "the", "high", "suspicion", "of", "infective", "endocarditis", "due", "to", "positive", "repeat", "blood", "cultures", "with", "a", "typical", "microorganism", "isolated", "in", "a", "patient", "with", "previous", "valve", "disease", ",", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2", "grams", "every", "24", "hours", "and", "gentamicin", "adjusted", "to", "the", "patient", "'", "s", "weight", ",", "and", "a", "transthoracic", "echocardiography", "(", "TTE", ")", "was", "requested", ",", "which", "showed", "an", "aortic", "valve", "with", "dysplastic", "leaflets", ",", "with", "preserved", "opening", "and", "severe", "prolapse", "of", "the", "right", "leaflet", "causing", "eccentric", "insufficiency", "directed", "to", "the", "anterior", "mitral", "leaflet", ",", "which", "was", "severe", "overall", "(", "a", "previous", "echography", "months", "earlier", "had", "shown", "moderate", "insufficiency", ")", ",", "with", "no", "signs", "of", "endocarditis", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "transesophageal", "echocardiography", "(", "TEE", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "new", "findings", "suggestive", "of", "endocarditis", ".", "In", "addition", "to", "the", "negative", "TTE", "and", "TEE", ",", "a", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "neoplasms", "or", "pathological", "lymphadenopathies", ",", "and", "no", "abscesses", "were", "observed", "in", "any", "location", ".", "The", "only", "finding", "was", "the", "presence", "of", "several", "splenic", "infarctions", ".", "At", "this", "point", ",", "the", "initial", "suspicion", "of", "endocarditis", "became", "even", "more", "important", "as", "a", "septic", "embolic", "phenomenon", "had", "occurred", "(", "we", "would", "add", "1", "major", "and", "3", "minor", "criteria", ")", "(", "Figure", "1", ")", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "schedule", "a", "second", "TEE", "within", "a", "week", "of", "the", "previous", "one", ",", "as", "well", "as", "a", "PET-CT", "scan", ",", "which", "reported", "relatively", "homogeneous", "uptake", "of", "non-specific", "myocardium", ".", "Finally", ",", "a", "second", "TEE", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "vegetation", "with", "a", "maximum", "size", "of", "7-8", "mm", "compatible", "with", "subacute", "infective", "endocarditis", "on", "a", "native", "bicuspid", "aortic", "valve", ".", "Final", "diagnosis", "Aortic", "endocarditis", "due", "to", "S", ".", "sanguinis", "on", "a", "bicuspid", "valve", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 544, "end": 551 }, { "text": "goats", "label": "SPECIES", "start": 566, "end": 571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 364, "end": 371 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 560, "end": 564 }, { "text": "cows", "label": "SPECIES", "start": 576, "end": 580 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 1369, "end": 1381 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 2284, "end": 2296 }, { "text": "bacteremic", "label": "SPECIES", "start": 2484, "end": 2494 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1775, "end": 1782 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1953, "end": 1960 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2396, "end": 2403 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2833, "end": 2840 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3142, "end": 3149 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 3180, "end": 3188 }, { "text": "Bartonella spp", "label": "SPECIES", "start": 3622, "end": 3636 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 3497, "end": 3516 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 3448, "end": 3465 }, { "text": "Salmonella typhy", "label": "SPECIES", "start": 3590, "end": 3606 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3254, "end": 3263 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3536, "end": 3541 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3688, "end": 3693 }, { "text": "Salmonella typhy and paratyphi", "label": "SPECIES", "start": 3590, "end": 3620 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 3640, "end": 3643 }, { "text": "bacillary", "label": "SPECIES", "start": 3664, "end": 3673 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3264, "end": 3274 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3787, "end": 3790 }, { "text": "HSV 6", "label": "SPECIES", "start": 3828, "end": 3833 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3843, "end": 3846 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 3792, "end": 3810 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 3759, "end": 3764 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 3812, "end": 3826 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3765, "end": 3775 }, { "text": "HSV 6,7", "label": "SPECIES", "start": 3828, "end": 3835 }, { "text": "HSV 6,7 and 8", "label": "SPECIES", "start": 3828, "end": 3841 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3862, "end": 3872 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3914, "end": 3924 }, { "text": "Adult", "label": "HUMAN", "start": 4002, "end": 4007 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5506, "end": 5509 }, { "text": "Coxiella ssp", "label": "SPECIES", "start": 5439, "end": 5451 }, { "text": "Rickettsia ssp", "label": "SPECIES", "start": 5453, "end": 5467 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5511, "end": 5514 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5469, "end": 5472 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 5821, "end": 5826 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5405, "end": 5414 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5474, "end": 5482 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5396, "end": 5401 }, { "text": "Hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 5484, "end": 5495 }, { "text": "Hepatitis A, B", "label": "SPECIES", "start": 5484, "end": 5498 }, { "text": "Hepatitis A, B and C", "label": "SPECIES", "start": 5484, "end": 5504 } ]

[ "Anamnesis", "56-year-old", "woman", ",", "active", "smoker", "until", "diagnosis", ",", "with", "a", "cumulative", "tobacco", "consumption", "of", "20", "pack-years", ".", "In", "January", "2016", ",", "she", "began", "with", "clinical", "manifestations", "of", "cough", "with", "purulent", "expectoration", "without", "fever", ",", "orthopnoea", "or", "paroxysmal", "nocturnal", "dyspnoea", ",", "initially", "treated", "as", "a", "respiratory", "infection", "with", "bronchodilators", "and", "antibiotics", ".", "She", "presented", "with", "a", "poor", "clinical", "evolution", "with", "the", "measures", "implemented", ",", "so", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", "of", "her", "referral", "hospital", "on", "9", "February", "2018", "due", "to", "severe", "dyspnoea", ".", "After", "diagnosis", "of", "SVCS", "secondary", "to", "a", "large", "right", "supra-hilar", "mass", ",", "respiratory", "superinfection", "and", "global", "respiratory", "failure", "with", "acidosis", "requiring", "ventilatory", "support", ",", "she", "was", "transferred", "urgently", "to", "the", "Pneumology", "Department", "of", "our", "centre", "for", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "(", "NIV", ")", ",", "study", "of", "the", "mass", "and", "specific", "treatment", ".", "The", "following", "morning", ",", "Anatomical", "Pathology", "was", "contacted", ",", "who", "biopsied", "the", "supraclavicular", "adenopathic", "block", ",", "histologically", "confirming", "microcytic", "lung", "carcinoma", ".", "Physical", "examination", "BP", "128", "/", "72", "mm", "Hg", ".", "HR", "120", "bpm", ".", "O2", "Sat", ".", "O2", "97", "%", "with", "oxygen", "therapy", "with", "NIV", "with", "FiO2", "50", "%", ".", "Conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Poor", "peripheral", "perfusion", ",", "with", "lividity", "and", "acral", "cyanosis", ".", "Significant", "respiratory", "work", ",", "with", "tachypnoea", "and", "use", "of", "accessory", "muscles", ".", "Large", "right", "supraclavicular", "lymphadenopathy", ",", "stony", "in", "consistency", ",", "fixed", "to", "deep", "planes", ".", "Pulmonary", "auscultation", "with", "scattered", "rhonchi", "and", "left", "base", "crackles", ".", "Cardiac", "auscultation", "with", "rhythmic", "heart", "sounds", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Biochemistry", ":", "sodium", ",", "potassium", ",", "urea", "and", "creatinine", "normal", ",", "creatine", "kinase", "186", "U", "/", "l", ",", "troponin", "I", "6", ".", "1", "ng", "/", "l", ",", "CRP", "32", ".", "54", "mg", "/", "dl", ".", "\"", "Haemoglobin", "15", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "252", ",", "000", "/", "mcl", ",", "leukocytes", "23", ",", "000", "/", "mcl", ",", "87", "%", "polymorphonuclear", ".", "\"", "Coagulation", ":", "prothrombin", "rate", "50", "%", ".", "\"", "Baseline", "arterial", "blood", "gases", ":", "pO2", "25", ".", "4", "mm", "Hg", ",", "pCO2", "70", ".", "7", "mm", "Hg", ",", "SatO2", "43", ".", "6", "%", ",", "pH", "7", ".", "287", ".", "\"", "Control", "blood", "gases", "with", "NIV", ":", "pO2", "138", "mm", "Hg", ",", "pCO2", "55", ".", "2", "mm", "Hg", ",", "pH", "7", ".", "38", ",", "base", "excess", "3", ".", "2", ",", "bicarbonate", "29", "mmol", "/", "l", ".", "\"", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "tachycardia", "at", "120", "bpm", ".", "\"", "Portable", "chest", "X-ray", ":", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "left", "lung", "base", ",", "with", "air", "bronchogram", ",", "suggestive", "of", "pulmonary", "consolidation", ".", "Right", "supra-hilar", "mass", ".", "\"", "Chest", "CT", "scan", ":", "large", "right", "supra-hilar", "mass", "infiltrating", "the", "mediastinal", "structures", "extending", "to", "the", "contralateral", "side", "and", "towards", "the", "supraclavicular", "region", ",", "with", "infracarinal", ",", "bilateral", "hilar", "and", "right", "axillary", "lymphadenopathies", "in", "pathological", "range", ",", "all", "suggestive", "of", "primary", "lung", "neoplasia", ".", "Cavitated", "mass", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "and", "pulmonary", "nodules", "in", "the", "left", "upper", "lobe", ",", "suggestive", "of", "metastasis", ".", "Alveolar-like", "infiltrates", "with", "areas", "of", "consolidation", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "and", "lingula", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "middle", "lobe", ",", "of", "probable", "acute", "inflammatory-infectious", "origin", ".", "Abundant", "collateral", "circulation", "in", "the", "left", "costal", "and", "perivertebral", "wall", ",", "secondary", "to", "collapse", "of", "the", "inferior", "vena", "cava", "by", "the", "previously", "described", "mass", ".", "\"", "Fine", "needle", "aspiration", "of", "the", "lesion", "in", "the", "right", "supraclavicular", "region", ":", "small", "cell", "neuroendocrine", "lung", "carcinoma", "(", "microcytic", "carcinoma", ")", ".", "Diagnosis", "Superior", "vena", "cava", "syndrome", "secondary", "to", "small", "cell", "lung", "carcinoma", ",", "extensive", "disease", "due", "to", "supraclavicular", "involvement", "extending", "to", "the", "cervical", "and", "axillary", "region", ".", "Treatment", "After", "the", "biopsy", "was", "performed", "by", "Anatomical", "Pathology", ",", "Radiotherapy", "Oncology", "was", "contacted", ",", "who", "administered", "a", "flash", "of", "8", "Gy", "of", "decompressive", "radiotherapy", "on", "the", "hilar", "lesion", ",", "and", "Medical", "Oncology", ",", "who", ",", "after", "histological", "confirmation", "of", "microcytic", "lung", "carcinoma", ",", "prescribed", "the", "first", "cycle", "of", "carboplatin", "4", "AUC", "+", "etoposide", "80", "mg", "/", "m2", "(", "at", "80", "%", "dose", "intensity", "and", "avoiding", "cisplatin", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "poor", "general", "condition", ")", ",", "as", "a", "matter", "of", "urgency", ".", "Total", "dose", "for", "a", "body", "surface", "area", "of", "1", ".", "5", "m2", ":", "carboplatin", "500", "mg", "iv", "day", "1", "+", "etoposide", "120", "mg", "iv", "days", "1", ",", "2", "and", "3", ".", "Evolution", "The", "patient", "remained", "in", "the", "Pneumology", "Department", "with", "progressive", "improvement", "in", "general", "condition", "and", "less", "dependence", "on", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ",", "which", "was", "withdrawn", "and", "she", "was", "discharged", "after", "14", "days", "in", "hospital", ",", "without", "requiring", "home", "oxygen", "therapy", ".", "During", "admission", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "skull", ",", "thorax", "and", "abdomen", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "slight", "reduction", "in", "the", "mediastinal", "mass", "(", "7", "days", "after", "treatment", "was", "started", ")", ".", "On", "an", "outpatient", "basis", ",", "a", "PET-CT", "scan", "was", "performed", "which", "showed", "local", "and", "distant", "metastatic", "lymph", "node", "involvement", ",", "as", "well", "as", "a", "hypermetabolic", "retroperitoneal", "lesion", "suggestive", "of", "metastasis", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "outpatient", "clinic", "on", "the", "date", "of", "the", "second", "cycle", "reporting", "dyspnoea", "and", "productive", "cough", ",", "with", "leukocytosis", "and", "neutrophilia", "in", "the", "blood", "tests", ",", "requiring", "hospital", "admission", "again", "due", "to", "respiratory", "failure", ".", "Due", "to", "suspicion", "of", "respiratory", "infection", "of", "nosocomial", "origin", ",", "oxygen", "therapy", "and", "broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "In", "view", "of", "the", "poor", "evolution", "in", "the", "following", "hours", ",", "he", "contacted", "Pneumology", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "until", "radiological", "re-evaluation", "of", "the", "disease", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "showed", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "mediastinal", "and", "right", "hilar", "mass", ",", "but", "as", "a", "consequence", "necrosis", "with", "destruction", "of", "the", "right", "tracheal", "wall", "was", "observed", ",", "which", "communicated", "with", "a", "4", "cm", "air", "cavity", ",", "which", "fistulae", "to", "a", "peripheral", "cavitation", "of", "5", "cm", ".", "There", "is", "also", "a", "response", "of", "two", "pulmonary", "nodules", ",", "with", "cavitation", "and", "the", "presence", "of", "a", "hydro-aerial", "level", "inside", ".", "The", "appearance", "of", "airspace", "consolidation", "with", "bronchogram", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "and", "multiple", "centrolobular", "nodules", "and", "a", "tree-shaped", "pattern", "in", "outbreak", ",", "predominantly", "in", "the", "lower", "lobes", ",", "compatible", "with", "an", "associated", "infectious-inflammatory", "process", ".", "Given", "the", "poor", "short-term", "prognosis", "due", "to", "the", "alterations", "presented", "in", "the", "CT", "scan", "and", "the", "physical", "suffering", "of", "the", "patient", "despite", "the", "measures", "put", "in", "place", ",", "NIV", "was", "withdrawn", "and", "palliative", "sedation", "was", "started", ",", "and", "the", "patient", "finally", "died", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 78, "end": 85 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3729, "end": 3736 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3916, "end": 3923 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4550, "end": 4557 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 5639, "end": 5643 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5887, "end": 5894 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5993, "end": 6000 } ]

[ "A", "37-year-old", "Moroccan", "man", "with", "no", "previous", "history", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "38", ".", "5oC", ",", "weakness", ",", "myalgias", "and", "watery", "diarrhoea", "with", "5-6", "stools", "a", "day", ",", "without", "blood", ",", "for", "a", "week", ".", "He", "was", "treated", "with", "symptomatic", "treatment", ",", "without", "antibiotics", ".", "Two", "days", "later", ",", "after", "the", "diarrhoea", "had", "subsided", ",", "he", "consulted", "for", "persistent", "fever", "with", "marked", "asthenia", ".", "Examination", "revealed", "only", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "with", "doubtful", "Murphy", ".", "Laboratory", "tests", ":", "total", "bilirubin", "1", "to", "2", ".", "17", "mg", "/", "dL", "(", "direct", "0", ".", "89", ",", "indirect", "1", ".", "28", ")", ",", "GOT", "50", "-", ">", "70", "mu", "/", "ml", ",", "GPT", "60", "-", ">", "109", "mU", "/", "ml", ",", "CRP", "143", "-", ">", "238", "-", ">", "300", "mg", "/", "dL", ";", "9660", "leukocytes", "with", "neutrophilia", ".", "Renal", "function", ",", "ions", ",", "haemoglobin", ",", "platelets", "and", "coagulation", "normal", ".", "Systematic", "with", "two", "protein", "crossmatches", "and", "urobilinogen", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "\"", "findings", "suggestive", "of", "acute", "cholecystitis", ",", "without", "other", "alterations", "\"", ".", "General", "surgery", "indicated", "observation", "and", "re-evaluation", ",", "reluctant", "to", "perform", "surgery", "due", "to", "the", "doubtful", "clinical-radiological", "correlation", ".", "Given", "the", "lack", "of", "improvement", "and", "the", "worsening", "analytical", "findings", ",", "cholecystectomy", "was", "finally", "performed", ",", "finding", "on", "macroscopic", "examination", "a", "normal", "gallbladder", "with", "no", "signs", "of", "acute", "cholecystitis", ".", "On", "the", "ward", "he", "presented", "with", "fever", "for", "5", "days", "despite", "treatment", "with", "Amoxicillin-Clavulanic", "acid", ",", "with", "no", "haemodynamic", "deterioration", "or", "any", "signs", "of", "focal", "disease", ".", "Blood", "cultures", ",", "urine", "culture", ",", "biliary", "culture", "and", "toxins", "for", "Clostridium", "difficile", "were", "negative", ".", "Consultation", "with", "Internal", "Medicine", ",", "which", "requested", "a", "chest", "X-ray", "(", "normal", ")", ",", "IGRA", "test", "(", "negative", ")", "and", "serology", ",", "with", "the", "following", "results", ":", "IgG", "positive", "and", "IgM", "negative", "for", "CMV", "and", "EBV", ";", "negative", "for", "lupus", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Brucella", ",", "Rickettssia", ";", "IgM", "and", "IgG", "positive", "for", "Coxiella", "burnetti", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", "but", "the", "patient", "was", "discharged", "prior", "to", "its", "performance", ",", "with", "no", "subsequent", "follow-up", ".", "Finally", ",", "the", "pathological", "anatomy", "report", "was", "received", ":", "\"", "Mild", "chronic", "cholecystitis", ".", "Bilio-lithiasic", "material", "adhering", "to", "mucosa", "\"", ".", "Perihepatic", "inflammation", "can", "generate", "confusing", "sonographic", "signs", "such", "as", "wall", "thickening", ",", "with", "positive", "sonographic", "Murphy", ",", "which", "in", "our", "case", "was", "refuted", "by", "macroscopic", "and", "then", "anatomopathological", "examination", ".", "However", ",", "although", "extremely", "unusual", ",", "cases", "of", "Q", "fever", "with", "acute", "alliasic", "cholecystitis", "have", "been", "described", ",", "with", "or", "without", "overlapping", "with", "the", "typical", "forms", "with", "pneumonia", ",", "hepatitis", "or", "pseudo-flu-like", "febrile", "symptoms", ".", "As", "in", "liver", "involvement", ",", "granuloma", "formation", "with", "central", "vacuoles", "and", "fibrin", "rings", "is", "characteristic", ",", "and", "it", "is", "possible", "to", "isolate", "the", "bacteria", "in", "the", "surgical", "specimen", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1694, "end": 1702 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1646, "end": 1649 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 1435, "end": 1456 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1742, "end": 1759 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1654, "end": 1657 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1684, "end": 1687 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1689, "end": 1692 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1679, "end": 1682 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2585, "end": 2593 }, { "text": "Rickettssia", "label": "SPECIES", "start": 1704, "end": 1715 } ]

[ "An", "86-year-old", "man", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "deterioration", "of", "general", "condition", ",", "fever", "and", "a", "progressive", "lesion", "in", "the", "right", "hemicara", "of", "12", "hours", "'", "evolution", ".", "His", "medical", "history", "included", ":", "long-standing", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "with", "suboptimal", "glycaemic", "control", "(", "HbA1c", "8", ".", "4", "%", ")", "treated", "with", "metformin", "(", "850mg", "/", "8h", ")", ",", "arterial", "hypertension", "treated", "with", "ARA-II", ",", "atrial", "fibrillation", "(", "AF", ")", "treated", "with", "diltiazem", "(", "60mg", "/", "12h", ")", "and", "anticoagulated", "with", "acenocoumarol", ".", "The", "patient", "was", "independent", "for", "instrumental", "activities", "of", "daily", "living", ".", "He", "reported", "having", "shaved", "that", "morning", "with", "an", "electric", "shaver", "(", "which", "did", "not", "generate", "incised", "wounds", ")", "as", "usual", ".", "During", "the", "course", "of", "the", "day", ",", "a", "2", "cm", "diameter", ",", "indurated", ",", "purplish", ",", "non-pruritic", ",", "ill-defined", ",", "non-pruritic", "right", "malar", "papule", "appeared", ".", "The", "lesion", "appeared", "30", "minutes", "after", "her", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "12", "hours", "after", "the", "initial", "appearance", ".", "Right", "malar", "lesion", "of", "5", "cm", "in", "extension", ",", "indurated", ",", "violaceous", ",", "non-pruritic", "and", "ill-defined", ",", "with", "progressive", "addition", "of", "multiple", "intralesional", "vesicles", ",", "without", "fluctuating", "areas", ".", "Within", "10", "hours", ",", "multiple", "intralesional", "vesicles", "appeared", ",", "together", "with", "a", "fever", "peak", "of", "38oC", ",", "which", "led", "the", "patient", "to", "the", "emergency", "department", ".", "During", "his", "half-hour", "stay", ",", "and", "after", "the", "administration", "of", "50mg", "of", "IV", "dexketoprofen", ",", "the", "lesion", "progressed", "to", "occupy", "almost", "the", "entire", "right", "hemiface", "and", "the", "formation", "of", "tension", "blisters", "with", "serohaematic", "content", ",", "approximately", "1", "cm", "in", "diameter", "and", "necrotic", "background", ",", "in", "the", "malar", "region", ";", "and", "a", "new", "febrile", "peak", ".", "Lesion", "15", "hours", "after", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ".", "Progression", "of", "the", "lesion", "with", "extension", "to", "almost", "the", "entire", "right", "hemiface", "and", "submandibular", "space", ",", "together", "with", "growth", "of", "tension", "blisters", "with", "serohaematic", "content", "of", "more", "than", "1", "cm", "in", "size", "on", "an", "indurated", "plaque", "with", "a", "purplish", "background", ".", "All", "this", "was", "compatible", "with", "rapidly", "progressive", "right", "malar", "cellulitis", ".", "On", "physical", "examination", "the", "patient", "remained", "haemodynamically", "stable", "with", "BP", "141", "/", "71", ";", "HR", "130", ",", "eupneic", ",", "Ta", "38", ".", "3oC", "and", "Glasgow", "13", ".", "The", "affected", "area", "did", "not", "show", "fluctuating", "areas", ",", "nor", "was", "it", "excessively", "painful", ".", "There", "were", "reactive", "cervical", "lymphadenopathies", ",", "without", "compromising", "the", "mobility", "of", "the", "cervical", "area", "or", "the", "airway", ".", "Blood", "tests", "showed", ":", "glycaemia", "274", "mg", "/", "dl", ",", "15", ",", "700", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "a", "left", "shift", "and", "CRP", "240", "mg", "/", "L", ".", "The", "ECG", "showed", "AF", "with", "rapid", "ventricular", "response", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", "with", "and", "without", "fever", ",", "and", "cefazolin", "500mg", "/", "8h", "IV", "and", "clindamycin", "900mg", "/", "8h", "IV", "were", "started", "empirically", ".", "Intraflictene", "fluid", "was", "collected", "(", "by", "puncture", ",", "serum", "wash", "and", "aspiration", ")", "for", "urgent", "Gram", "staining", "and", "culture", ".", "Within", "3", "hours", "of", "arrival", "at", "the", "ED", "it", "was", "reported", "that", "the", "Gram", "'", "s", "stain", "showed", "positive", "cocci", "in", "a", "chain", "reaction", ".", "Given", "the", "high", "possibility", "of", "necrotic", "infection", "by", "S", ".", "pyogenes", ",", "it", "was", "decided", "to", "change", "cefazolin", "for", "penicillin", "G", "4", "mU", "/", "4h", "IV", ".", "At", "24", "hours", "of", "evolution", "the", "lesion", "did", "not", "show", "deep", "progression", ",", "nor", "did", "it", "exceed", "the", "already", "delimited", "superficial", "limits", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "superficial", "cleaning", "at", "the", "bedside", "with", "removal", "of", "the", "phlyctenas", ",", "revealing", "devitalised", "but", "not", "necrotic", "subcutaneous", "tissue", ".", "After", "36", "hours", "of", "evolution", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "sudden", "dyspnoea", ",", "desaturation", ",", "lisping", "voice", ",", "and", "progression", "of", "the", "lesion", "to", "the", "ipsilateral", "submandibular", "and", "laterocervical", "level", "with", "impaction", "to", "the", "contralateral", "cervical", "area", ".", "IV", "corticotherapy", "was", "started", ",", "and", "he", "was", "assessed", "by", "the", "ENT", "department", ",", "which", "ruled", "out", "airway", "compromise", "by", "fibroscopy", ".", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "neck", "with", "contrast", "showed", "cellulitis", "of", "the", "hemiface", "and", "right", "lateral", "cervical", "region", ",", "with", "a", "phlegmonous", "collection", "measuring", "40x16x33mm", "adjacent", "to", "the", "external", "margin", "of", "the", "masticator", "space", "and", "the", "right", "parotid", ",", "extending", "to", "the", "supraclavicular", "fossa", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "by", "Maxillofacial", "and", "Plastic", "Surgery", ",", "who", "ruled", "out", "urgent", "surgery", "due", "to", "the", "absence", "of", "drainable", "collections", ".", "Differential", "diagnosis", "Given", "the", "rapid", "evolution", "of", "the", "lesion", "and", "the", "signs", "of", "systemic", "toxicity", "(", "fever", ",", "tachycardia", ",", "leukocytosis", ",", "elevated", "CRP", ")", ",", "bacterial", "aetiology", "was", "assumed", "as", "the", "first", "option", ",", "ruling", "out", "others", "such", "as", "fungi", "or", "viruses", ".", "Even", "so", ",", "the", "location", "of", "the", "lesion", "makes", "it", "necessary", "to", "consider", "aetiologies", "such", "as", "actinomycosis", "of", "odontogenic", "focus", ",", "which", "is", "involved", "in", "cellulitis", "of", "the", "neck", "and", "head", ",", "but", "with", "a", "much", "more", "prolonged", "course", ".", "The", "participation", "of", "specific", "micro-organisms", "with", "very", "specific", "environmental", "antecedents", ",", "also", "with", "an", "abrupt", "and", "severe", "evolution", ",", "can", "be", "considered", ",", "such", "as", ":", "Aeromonas", "hydrophila", "(", "contact", "with", "fresh", "water", ")", ",", "Vibrio", "vulnificus", "(", "brackish", "water", ",", "shellfish", ",", "cirrhotic", "patients", ")", ",", "Bacillus", "anthracis", "(", "sheep", ",", "with", "anthrax", "being", "the", "characteristic", "lesion", ")", ",", "Pasteurella", "multocida", "(", "cat", "or", "dog", "bite", ")", ",", "Erysipelothrix", "rhusopathiae", "(", "plant", "trauma", ",", "with", "slow", "evolution", ")", ",", "etc", ".", "In", "the", "absence", "of", "these", "antecedents", "and", "the", "history", "of", "minor", "trauma", "with", "shaving", ",", "it", "seems", "appropriate", "to", "disregard", "these", "agents", "in", "a", "first", "approach", ".", "Non-infectious", "causes", "such", "as", "inflammatory", "diseases", "(", "pyoderma", "gangrenosum", ")", "or", "drug-induced", "exanthema", "are", "ruled", "out", "due", "to", "the", "lack", "of", "a", "history", "of", "diseases", "associated", "with", "connective", "tissue", "or", "a", "new", "introduction", "of", "drugs", ",", "or", "a", "change", "in", "drug", "dosage", ".", "In", "addition", ",", "there", "is", "a", "need", "for", "rapid", "action", "in", "the", "face", "of", "a", "probable", "rapidly", "progressive", "bacterial", "infection", ".", "We", "are", "therefore", "faced", "with", "a", "skin", "and", "soft", "tissue", "infection", "(", "STBI", ")", "of", "abrupt", "onset", ",", "with", "systemic", "repercussions", ",", "secondary", "to", "a", "traumatic", "trigger", "and", "with", "a", "rapid", "evolution", ".", "The", "classification", "of", "IPPB", "is", "not", "unanimous", ",", "but", "we", "can", "establish", "several", "groups", ":", "uncomplicated", "infections", ",", "complicated", "infections", ",", "and", "the", "most", "severe", "ones", ":", "necrotising", "fasciitis", "and", "myonecrosis", ".", "In", "each", "case", ",", "we", "must", "consider", "the", "possible", "causative", "microbiological", "agent", "in", "order", "to", "determine", "the", "best", "course", "of", "action", "and", "treatment", ".", "The", "rapid", "evolution", ",", "the", "systemic", "and", "airway", "involvement", ",", "and", "the", "history", "of", "poorly", "controlled", "diabetes", "mellitus", ",", "makes", "it", "appropriate", "to", "classify", "it", "as", "complicated", "IPPB", ",", "requiring", "observation", "and", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ".", "Staphylococcus", "aureus", "and", "Streptococcus", "pyogenes", "are", "the", "most", "frequently", "isolated", "germs", "in", "community-acquired", "cellulitis", ",", "so", "empirical", "treatment", "should", "be", "effective", "for", "both", ".", "Although", "clinically", "difficult", "to", "distinguish", ",", "S", ".", "aureus", "infection", "tends", "to", "have", "a", "more", "prolonged", "progression", ",", "between", "48-72h", ".", "However", ",", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", "strains", ",", "which", "produce", "Panton-Valentine", "leukocidin", "as", "a", "virulence", "factor", ",", "cause", "rapidly", "progressive", "necrotising", "skin", "infections", "despite", "adequate", "treatment", ".", "Group", "B", "Streptococcus", "spp", ".", "are", "a", "cause", "of", "cellulitis", "in", "the", "elderly", "with", "comorbidity", ",", "but", "not", "as", "frequently", "as", "Group", "A", "Streptococcus", "(", "Streptococcus", "pyogenes", ")", ",", "which", "manifests", "as", "a", "particularly", "aggressive", "form", "of", "cellulitis", "with", "early", "constitutional", "symptoms", "(", "fever", ",", "chills", "and", "malaise", ")", "and", "rapid", "progression", "of", "the", "lesion", "borders", ".", "Part", "of", "this", "virulence", "is", "secondary", "to", "the", "production", "of", "exotoxins", "released", "into", "tissues", ",", "which", "promote", "apoptosis", "of", "immune", "cells", "leading", "to", "tissue", "destruction", "and", ",", "in", "extreme", "cases", ",", "streptococcal", "toxic", "shock", "syndrome", ".", "Therefore", ",", "it", "seems", "reasonable", "to", "consider", "S", ".", "pyogenes", "as", "a", "potential", "aetiology", "of", "the", "case", "presented", "here", ".", "Enterobacteriaceae", ",", "including", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "are", "less", "frequent", "in", "the", "community", ",", "being", "more", "typical", "of", "immunocompromised", "patients", "or", "of", "nosocomial", "origin", ",", "with", "a", "less", "aggressive", "picture", "than", "that", "of", "our", "patient", ".", "Likewise", ",", "the", "polymicrobial", "origin", "of", "the", "picture", "is", "less", "likely", ",", "bearing", "in", "mind", "that", "the", "point", "of", "entry", "is", "the", "skin", "of", "the", "facial", "region", ",", "and", "not", "intrabuccal", ",", "where", "polymicrobial", "flora", "predominates", ",", "both", "gram-positive", "and", "gram-negative", ",", "together", "with", "anaerobes", ".", "The", "most", "severe", "cases", "of", "IPPB", ",", "necrotising", "fasciitis", "and", "myonecrosis", ",", "affect", "not", "only", "the", "dermis", "and", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "but", "also", "extend", "through", "the", "anatomical", "fasciae", "and", "/", "or", "muscle", "bundles", ",", "posing", "a", "great", "threat", "to", "the", "life", "of", "the", "individual", "and", "requiring", "urgent", "surgical", "assessment", "and", "treatment", ".", "In", "our", "case", ",", "both", "the", "non-crepitant", "presentation", "of", "our", "patient", ",", "the", "absence", "of", "gas", "in", "the", "imaging", "tests", ",", "and", "the", "absence", "of", "contaminated", "or", "surgical", "trauma", "make", "the", "diagnosis", "of", "necrotising", "IPPB", "unlikely", ".", "Furthermore", ",", "the", "CT", "scan", "ruled", "out", "involvement", "beyond", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "plane", ",", "despite", "the", "extension", "to", "the", "hypopharynx", ".", "Subsequent", "surgical", "evaluation", "also", "ruled", "out", "surgical", "intervention", ".", "Key", "images", "in", "the", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "with", "contrast", ",", "requested", "due", "to", "sudden", "dyspnoea", "24", "hours", "after", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ".", "The", "airway", "was", "occupied", "at", "the", "hypopharyngeal", "level", "by", "a", "phlegmonous", "collection", "measuring", "40x16x33mm", "adjacent", "to", "the", "external", "margin", "of", "the", "masticator", "space", "and", "the", "right", "parotid", "gland", ".", "All", "this", "accompanied", "by", "cellulitis", "of", "the", "hemicara", "and", "right", "lateral", "cervical", "region", ",", "extending", "to", "the", "supraclavicular", "fossa", ".", "Evolution", "A", "diagnosis", "was", "made", "of", "complicated", ",", "rapidly", "progressive", "facial", "cellulitis", ",", "with", "possible", "hypopharyngeal", "abscess", ".", "The", "culture", "showed", "S", ".", "pyogenes", "group", "A", "with", "a", "penicillin", "MIC", "of", "0", ".", "016", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "with", "14", "days", "of", "IV", "treatment", "with", "penicillin", "and", "clindamycin", ",", "and", "daily", "topical", "dressings", "with", "silver", "sulphadiazine", ".", "Leukocytosis", "disappeared", "and", "CRP", "normalised", ".", "There", "was", "progressive", "improvement", "of", "the", "cellulitis", "and", "mandibular", "induration", ",", "without", "requiring", "surgical", "approach", ".", "He", "was", "discharged", "with", "ad", "integrum", "recovery", "of", "his", "instrumental", "capacities", ".", "Final", "diagnosis", "Complicated", "facial", "cellulitis", "(", "right", "hemicara", "and", "cervical", "region", ")", "post-traumatic", ",", "rapidly", "progressive", "S", ".", "Pyogenes", "(", "group", "A", ")", "and", "hypopharyngeal", "collection", "(", "phlegmon", ")", "with", "airway", "compromise", ",", "in", "an", "elderly", "patient", "with", "poorly", "controlled", "diabetes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 467, "end": 474 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1197, "end": 1204 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1958, "end": 1965 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 2822, "end": 2833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3216, "end": 3223 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3846, "end": 3853 }, { "text": "Pasteurella multocida", "label": "SPECIES", "start": 4793, "end": 4814 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4128, "end": 4137 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 4739, "end": 4744 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 4816, "end": 4819 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 4207, "end": 4212 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4708, "end": 4716 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 4823, "end": 4826 }, { "text": "Aeromonas hydrophila", "label": "SPECIES", "start": 4603, "end": 4623 }, { "text": "Vibrio vulnificus", "label": "SPECIES", "start": 4652, "end": 4669 }, { "text": "Bacillus anthracis", "label": "SPECIES", "start": 4719, "end": 4737 }, { "text": "Erysipelothrix rhusopathiae", "label": "SPECIES", "start": 4834, "end": 4861 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 4863, "end": 4868 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5397, "end": 5406 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 6244, "end": 6249 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 6383, "end": 6392 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 6494, "end": 6503 }, { "text": "streptococcal", "label": "SPECIES", "start": 7174, "end": 7187 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 7349, "end": 7371 }, { "text": "anaerobes", "label": "SPECIES", "start": 7793, "end": 7802 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8170, "end": 8177 } ]

[ "Male", "patient", ",", "42", "years", "of", "age", ",", "from", "the", "canton", "of", "Santa", "Elena", ",", "now", "the", "province", "of", "the", "same", "name", ",", "and", "working", "in", "agriculture", ",", "producing", "various", "products", ",", "for", "which", "he", "moved", "frequently", ",", "always", "within", "the", "coastal", "region", ",", "including", "the", "rural", "areas", "of", "Portoviejo", ",", "Manabí", ".", "He", "came", "to", "the", "clinic", "with", "intense", "inflammatory", "erythema", "of", "the", "wings", "of", "the", "nose", ".", "Scar", "in", "the", "malar", "region", ".", "ENT", "examination", "showed", "total", "perforation", "of", "the", "septum", ".", "At", "the", "level", "of", "the", "malar", "region", "there", "is", "a", "fibrous", "scar", ",", "4", "cm", "in", "diameter", ",", "which", "according", "to", "the", "patient", "'", "s", "reference", "was", "an", "ulceration", "diagnosed", "as", "leishmaniasis", ",", "about", "7", "years", "ago", ".", "The", "ulcer", "was", "not", "treated", "with", "any", "antimonial", "but", "only", "with", "local", "\"", "natural", "\"", "or", "\"", "ancestral", "\"", "medicine", ".", "This", "infection", "was", "acquired", "while", "working", "in", "the", "\"", "mountain", "\"", "of", "Portoviejo", ".", "The", "sample", "taken", "from", "the", "nasal", "mucosa", "showed", "amastigotes", "in", "the", "stained", "preparation", "and", "the", "leishmanin", "RDI", "was", "positive", "18", "mm", ".", "Treatment", "with", "trivalent", "antimonial", ",", "Repodral", ",", "was", "satisfactory", "with", "scarring", ",", "and", "the", "perforation", "remained", "permanent", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 839, "end": 850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 532, "end": 539 }, { "text": "leishmanin", "label": "SPECIES", "start": 886, "end": 896 } ]

[ "An", "89-year-old", "male", "patient", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", "consulted", "for", "anorexia", "of", "one", "and", "a", "half", "months", "'", "duration", "accompanied", "by", "oedema", "of", "the", "hands", "and", "feet", ".", "He", "reported", "some", "episodes", "of", "rectorrhagia", ".", "Physical", "examination", "only", "revealed", "oedema", "with", "fovea", "limited", "to", "the", "metacarpophalangeal", "and", "metatarsophalangeal", "joints", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "suspected", "RS3PE", ",", "therapy", "with", "prednisone", "20", "mg", "/", "24", "hours", "was", "started", ",", "and", "the", "oedema", "disappeared", "completely", "after", "5", "days", "of", "treatment", ".", "Given", "that", "this", "syndrome", "can", "appear", "in", "association", "with", "other", "pathologies", ",", "the", "patient", "was", "studied", ".", "In", "the", "complementary", "tests", "the", "haemoglobin", "was", "Hb", "10", ".", "3", "g", "/", "dL", ",", "with", "MCV", "94", ".", "5", "fl", ".", "The", "biochemistry", ",", "glucose", ",", "urea", ",", "creatinine", ",", "uric", "acid", ",", "total", "calcium", ",", "phosphate", ",", "cholesterol", ",", "HDL-cholesterol", ",", "LDL-cholesterol", ",", "total", "proteins", ",", "GPT", ",", "LDH", ",", "GGT", ",", "Na", ",", "K", "were", "normal", ".", "Cobalamins", "and", "folates", "were", "normal", ".", "Beta-2-microglobulin", "was", "normal", ".", "The", "proteinogram", "showed", "a", "monoclonal", "band", "to", "IgA", "lambda", ".", "C-reactive", "protein", "and", "ESR", "were", "normal", ".", "Interleukin", "6", "was", "normal", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "Rheumatoid", "factor", ",", "antinuclear", "antibodies", "and", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", "antibodies", "were", "negative", ".", "PSA", "was", "normal", ".", "HLA-B27", "phenotype", "was", "positive", ".", "Bence-Jones", "proteinuria", "was", "negative", ".", "Colonoscopy", "was", "normal", ".", "X-rays", "of", "the", "hands", "and", "feet", "showed", "no", "erosive", "lesions", ".", "Thoracic", "CT", "in", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "LSD", "showed", "a", "pulmonary", "infiltrate", "adopting", "a", "branched", "(", "tree", "inbud", ")", "and", "nodular", "morphology", ";", "in", "the", "LM", "there", "was", "also", "an", "infiltrate", "of", "branched", ",", "nodular", "morphology", "and", "a", "subsegmental", "condensation", "with", "air", "bronchogram", ";", "biapical", "pleuroparenchymal", "tracts", "with", "thin-walled", "cylindrical", "bronchiectasis", "in", "LII", "and", "thickening", "of", "lingula", ",", "and", "pleura", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "urinary", "bladder", "with", "thickening", "of", "the", "bladder", "floor", ",", "multiple", "diverticula", ",", "prostatic", "hypertrophy", ".", "Bronchoscopy", "showed", "a", "trachea", "and", "left", "bronchial", "tree", "with", "chronic", "inflammatory", "signs", ",", "including", "diverticula", "and", "anthracosis", "plaques", "throughout", "the", "bronchial", "tree", ";", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "bronchial", "tree", ",", "in", "the", "bronchus", "intermedius", "a", "few", "mm", "before", "reaching", "the", "LM", "entrance", ",", "mucous", "infiltration", "was", "observed", "and", "at", "the", "LM", "entrance", "there", "was", "a", "mass", "of", "necrotic", "and", "very", "friable", "appearance", "that", "totally", "obstructed", "the", "entrance", ";", "a", "bronchial", "biopsy", "was", "not", "performed", "due", "to", "bleeding", ".", "Cytological", "examination", "of", "the", "BAS", "revealed", "an", "acute", "inflammatory", "smear", ".", "The", "Löwestein", "culture", "of", "the", "BAS", "was", "positive", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", ".", "The", "patient", "'", "s", "progress", "showed", "that", "5", "days", "after", "starting", "corticosteroid", "treatment", ",", "the", "oedema", "of", "the", "hands", "and", "feet", "disappeared", ",", "and", "haemoglobin", "normalised", "one", "month", "later", ".", "Four", "months", "after", "starting", "prednisone", ",", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "identified", "and", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "pyrazinamide", "were", "prescribed", ",", "and", "corticosteroid", "treatment", "was", "suspended", "due", "to", "suspicion", "of", "Poncet", "'", "s", "disease", ".", "Three", "months", "after", "starting", "the", "tuberculostatics", "and", "withdrawing", "the", "corticosteroids", ",", "the", "oedema", "in", "the", "hands", "and", "feet", "reappeared", ",", "so", "corticosteroid", "treatment", "was", "reintroduced", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 570, "end": 577 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1042, "end": 1045 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2440, "end": 2466 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 1434, "end": 1438 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 1885, "end": 1889 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 1994, "end": 1998 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 2036, "end": 2040 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2680, "end": 2706 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2472, "end": 2479 } ]

[ "Anamnesis", "A", "43-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "allergies", ",", "no", "vascular", "risk", "factors", "or", "consumption", "of", "toxic", "substances", ",", "who", "underwent", "surgery", "in", "2010", "for", "a", "ruptured", "Achilles", "tendon", ",", "was", "transferred", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "presenting", "on", "five", "occasions", "with", "a", "sudden", "loss", "of", "visual", "acuity", "in", "the", "left", "visual", "field", ",", "followed", "by", "clonic", "movements", "in", "the", "left", "hemibody", "lasting", "seconds", ",", "without", "loss", "of", "consciousness", ".", "He", "also", "reported", "oppressive", "holocranial", "headache", ",", "associated", "with", "nausea", "and", "vomiting", ".", "He", "denied", "fever", "and", "cranioencephalic", "trauma", ",", "and", "did", "not", "remember", "having", "presented", "infectious", "symptoms", "in", "the", "last", "few", "weeks", ".", "Physical", "examination", "Hemodynamically", "stable", ",", "afebrile", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Carotids", "rhythmic", ",", "symmetrical", ",", "no", "murmurs", ".", "No", "goitre", "or", "adenopathy", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "no", "masses", "or", "organomegaly", ",", "hydro-aerial", "sounds", "preserved", ".", "Extremities", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "Neurological", "examination", ":", "conscious", "and", "oriented", ".", "Hemineglect", "with", "left", "asomatognosia", ",", "anosognosia", "and", "astereognosia", ".", "Normal", "language", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "Fundus", "without", "alterations", ".", "Left", "homonymous", "hemianopsia", ".", "Unrestricted", "extrinsic", "eye", "movements", ".", "No", "facial", "asymmetry", "or", "alteration", "of", "lower", "cranial", "pairs", ".", "Muscle", "balance", "5", "/", "5", "in", "all", "muscle", "groups", ".", "Normal", "muscle", "tone", "and", "trophism", ".", "Generalised", "osteotendinous", "reflexes", "2", "/", "4", ".", "Bilateral", "cutaneous-plantar", "flexor", "reflex", ".", "Sensitivity", "preserved", ".", "No", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Romberg", "negative", ".", "Normal", "gait", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "data", ":", "normal", "haemogram", "and", "coagulation", ".", "Ionogram", ",", "glycaemia", ",", "renal", "function", ",", "liver", "function", "and", "iron", "metabolism", "without", "findings", ".", "Normal", "thyroid", "hormones", ".", "Tumour", "markers", "(", "carcinoembryonic", "antigen", ",", "Ca", "125", ",", "Ca", "15", ".", "3", ",", "Ca", "19", ".", "9", ",", "alpha-fetoprotein", "and", "PSA", ")", "without", "alterations", ".", "Angiotensin", "converting", "enzyme", "25", ".", "3", "(", "20-60", ")", ";", "rheumatoid", "factor", "27", ".", "3", "IU", "/", "ml", "(", "<", "20", ")", ";", "C3", "152", "mg", "/", "dl", "(", "75-135", ")", ";", "C4", "27", "mg", "/", "dl", "(", "14-60", ")", ";", "IgG", ",", "IgM", "and", "IgA", "normal", ";", "ANA", "negative", ";", "IgA", "transglutaminase", "0", ".", "30", "UA", "/", "l", "(", "<", "10", ")", ";", "beta-2-microglobulin", "1", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "ESR", "12", "(", "0-20", ")", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "increased", "hilarity", ".", "Cardiothoracic", "index", "in", "the", "normal", "range", ".", "No", "infiltrates", "or", "signs", "of", "pleural", "effusion", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "ill-defined", "subcortical", "right", "parietooccipital", "hypodense", "area", "with", "dubious", "pathological", "contrast", "uptake", ".", "-", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "right", "temporo-occipital", "lesion", "hyperintense", "in", "T2", "and", "FLAIR", "with", "extension", "to", "the", "corpus", "callosum", "and", "the", "contralateral", "hemisphere", ",", "with", "ependymal", "infiltration", ".", "Irregular", "stippled", "enhancement", "after", "contrast", "administration", ".", "Brain", "MRI", ",", "FLAIR", "sequence", ".", "Hyperintense", "temporo-occipital", "lesion", "with", "extension", "to", "the", "corpus", "callosum", "and", "the", "contralateral", "hemisphere", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "study", ":", "red", "blood", "cells", "30", "/", "mcl", ",", "cells", "<", "5", "/", "mcl", ".", "IgG", "2", ".", "73", "mg", "/", "dl", "(", "0-3", ".", "40", ")", ";", "IgM", "0", ".", "05", "mg", "/", "dl", "(", "0-1", ".", "30", ")", ",", "albumin", "15", ".", "9", "mg", "/", "dl", "(", "0-35", ")", ";", "Tibbling", "index", "for", "IgG", "1", ".", "05", "(", "0", ".", "30-0", ".", "70", ")", ";", "IgM", "index", "0", ".", "14", "(", "0", ".", "02-0", ".", "10", ")", ".", "Specific", "CSF", "bands", "for", "IgG", ";", "beta-2-microglobulin", "2", "mg", "/", "l", "(", "1-1", ")", ";", "angiotensin", "converting", "enzyme", "25", ".", "3", "ACE", "units", "(", "20-60", ")", ";", "adenosine", "deaminase", "(", "ADA", ")", "2", ".", "7", "IU", "/", "l", "(", "0", ".", "5-3", ")", ";", "glucose", "0", ".", "69", "g", "/", "l", "(", "0", ".", "45-0", ".", "80", ")", ";", "total", "protein", "232", "mg", "/", "l", "(", "75-320", ")", ";", "L-lactate", "197", "mg", "/", "l", "(", "110-210", ")", ".", "-", "Microbiological", "study", ":", "negative", "serology", "for", "syphilis", ",", "Brucella", ",", "Toxoplasma", ",", "Rickettsia", ",", "Borrelia", ",", "HIV", ",", "HBV", "and", "HCV", ",", "VZV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "HSV", "and", "HV6", ",", "in", "blood", "and", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ".", "Sterile", "culture", "in", "CSF", ".", "-", "Spectroscopy", ":", "image", "not", "suggestive", "of", "tumour", "tissue", ".", "-", "Positron", "emission", "tomography", "/", "computed", "tomography", "(", "PET", "/", "CT", ")", ":", "bilateral", "and", "symmetrical", "uptake", "of", "bilateral", "mediastinal", "and", "hilar", "adenopathies", "that", "appear", "to", "be", "of", "inflammatory", "or", "infectious", "origin", ".", "No", "brain", "uptake", "is", "observed", ".", "-", "Chest", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "bilateral", "mediastinal", "and", "hilar", "adenopathies", "at", "the", "limit", "of", "normality", "of", "probable", "infectious", "or", "granulomatous", "origin", ".", "-", "Fibrobronchoscopy", ":", "puncture", "of", "the", "adenopathies", ",", "obtaining", "a", "sample", "for", "pathological", "anatomy", ",", "which", "reported", "a", "smear", "with", "the", "presence", "of", "bronchial", "wall", "and", "lymph", "node", ",", "in", "which", "a", "reactive", "pattern", "with", "granulomas", "was", "observed", ".", "Diagnosis", "Sarcoidosis", "with", "neurological", "(", "diffuse", "white", "matter", "lesion", ")", "and", "pulmonary", "manifestations", "(", "stage", "I", "according", "to", "radiological", "classification", ")", ".", "Secondary", "focal", "epilepsy", "of", "the", "right", "temporal", "lobe", ".", "Treatment", "and", "evolution", "During", "hospitalisation", ",", "after", "initiation", "of", "valproate", "at", "a", "dose", "of", "1", ",", "500", "mg", "daily", ",", "the", "patient", "had", "no", "new", "epileptic", "seizures", ".", "The", "headache", ",", "the", "campimetric", "defect", "and", "the", "sensory-perceptual", "disturbances", "subsided", "spontaneously", ",", "and", "he", "was", "asymptomatic", "at", "the", "time", "of", "discharge", ".", "Once", "the", "diagnosis", "of", "sarcoidosis", "was", "confirmed", "by", "histological", "study", ",", "and", "tumour", "aetiology", "was", "ruled", "out", ",", "treatment", "with", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "4", "weeks", "was", "indicated", ",", "and", "the", "parenchymal", "lesion", "disappeared", "in", "the", "control", "neuroimaging", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 3418, "end": 3426 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3384, "end": 3392 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3451, "end": 3454 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 3406, "end": 3416 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3394, "end": 3404 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3456, "end": 3459 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3433, "end": 3436 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3441, "end": 3444 } ]

[ "Anamnesis", "A", "76-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "diabetes", "mellitus", ",", "arterial", "hypertension", ",", "atrial", "fibrillation", "anticoagulated", "with", "acenocoumarol", ",", "who", "came", "to", "the", "Urology", "Department", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "6", "months", "'", "evolution", ",", "characterised", "by", "a", "nodule", "on", "the", "shaft", "of", "the", "penis", ".", "Physical", "examination", "On", "palpation", ",", "there", "was", "a", "1", "cm", "nodule", "surrounding", "a", "large", "part", "of", "the", "corpora", "cavernosa", ".", "On", "rectal", "examination", ",", "the", "prostate", "was", "palpated", "with", "a", "stony", "right", "lobe", "and", "an", "indurated", "left", "lobe", ".", "Locoregional", "adenopathies", "were", "not", "palpable", ".", "Complementary", "tests", "-", "Haemogram", ":", "leucocytosis", "of", "12", ".", "81", "mil", "/", "mm3", "with", "relative", "lymphocytosis", "of", "31", ".", "2", "%", ".", "-", "Blood", "biochemistry", ":", "glucose", "147", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "38", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Blood", "and", "urine", "sediment", ":", "leucocytes", "20-30", "/", "field", ".", "Moderate", "bacteriuria", ".", "-", "Urine", "culture", ":", ">", "100", ",", "000", "CFU", "/", "ml", "of", "Citrobacter", "koseri", ".", "-", "B-HCG", "<", "1", ".", "2", "IUU", "/", "ml", ".", "-", "Carcinoembryonic", "antigen", "1", ".", "29", "ng", "/", "ml", ".", "-", "Alpha-fetoprotein", "3", ".", "41", "ng", "/", "ml", ".", "-", "Prostate", "specific", "antigen", "(", "PSA", ")", ":", "26", ".", "48", "ng", "/", "ml", ".", "-", "CA", "19", ".", "9", "11", ".", "95", "IU", "/", "ml", ".", "-", "CA", "15", ".", "3", "7", ".", "5", "U", "/", "ml", ".", "-", "Penile", "ultrasound", ":", "in", "the", "right", "corpus", "cavernosum", "there", "is", "a", "nodule", "of", "1", "cm", "in", "diameter", ",", "hypoechogenic", ".", "At", "the", "base", "of", "the", "penis", "there", "is", "another", "nodule", ",", "located", "between", "the", "corpus", "spongiosum", "and", "the", "left", "corpus", "cavernosum", ",", "measuring", "2", "cm", ",", "bilobed", "and", "hypoechogenic", ".", "Both", "lesions", "are", "highly", "vascularised", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "alterations", "at", "the", "level", "of", "the", "pulmonary", "parenchyma", ",", "in", "relation", "to", "images", "of", "bullae", "and", "nodule", "of", "undetermined", "characteristics", "in", "the", "left", "lung", ".", "Enlarged", "prostate", "(", "5", "cm", ")", ",", "with", "calcifications", "inside", ".", "-", "Pelvic", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "two", "nodules", "of", "2", "and", "3", "cm", "maximum", "axis", "were", "identified", "on", "the", "posterior", "aspect", "of", "the", "penis", ",", "infiltrating", "the", "corpora", "cavernosa", ",", "mainly", "the", "left", "one", "and", "the", "corpus", "spongiosum", ",", "with", "a", "slightly", "elevated", "signal", "intensity", "in", "all", "sequences", "with", "respect", "to", "the", "signal", "of", "the", "corpora", "cavernosa", ",", "with", "intense", "enhancement", "from", "the", "initial", "phases", "of", "the", "dynamic", "study", ".", "In", "the", "prostate", "gland", ",", "on", "the", "right", "side", "of", "the", "peripheral", "region", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "base", "and", "the", "middle", "zone", ",", "a", "mass", "is", "identified", "that", "causes", "signal", "alteration", ",", "extending", "to", "the", "prostatic", "capsule", "in", "that", "location", ",", "also", "affecting", "the", "seminal", "vesicle", "on", "the", "same", "side", ".", "Diagnosis", "Adenocarcinoma", "of", "the", "prostate", "with", "synchronous", "penile", "metastases", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "bicalutamide", "in", "combination", "with", "leuprorelin", "acetate", ".", "Evolution", "A", "biopsy", "of", "the", "penile", "nodule", "was", "performed", ".", "The", "anatomopathological", "study", "reported", "a", "biopsy", "of", "the", "corpus", "cavernosum", "with", "carcinoma", "infiltration", ".", "The", "immunohistochemical", "study", "showed", "that", "the", "neoplasm", "was", "positive", "for", "vimentin", ",", "CD10", ",", "Cam-5", ".", "2", "and", "racemase", ";", "it", "was", "negative", "for", "cytokeratins", "(", "CK7", ",", "CK20", "and", "CK5", "/", "6", ")", ",", "uroplakin", ",", "placental", "alkaline", "phosphatase", ",", "CD117", ",", "PSA", "and", "thyroid", "transcription", "factor", "1", "(", "TTF-1", ")", ".", "The", "lesion", "suggests", "renal", "origin", "due", "to", "the", "finding", "of", "clear", "cells", "(", "vimentin", "and", "CD", "10", "+", ")", ";", "in", "addition", ",", "urothelial", "and", "prostatic", "tumours", "with", "prostatic", "intraepithelial", "neoplasia", "should", "be", "ruled", "out", "due", "to", "the", "racemase", "+", "marker", ".", "The", "CT", "scan", "showed", "no", "lesions", "suggestive", "of", "a", "primary", "tumour", "in", "the", "kidney", ".", "Transurethral", "resection", "of", "the", "bladder", "was", "performed", ",", "as", "well", "as", "ureteral", "cytology", "and", "transrectal", "ultrasound-guided", "prostate", "biopsies", ".", "During", "the", "intraoperative", "period", ",", "stiffness", "in", "the", "penile", "urethra", "was", "observed", "in", "relation", "to", "metastasis", "and", "some", "priapism", ".", "He", "progressed", "slowly", "but", "favourably", "in", "the", "postoperative", "period", ",", "with", "haematuria", "that", "subsided", "with", "the", "usual", "conservative", "measures", ".", "Treatment", "with", "hormone", "blockade", "(", "bicalutamide", ")", "was", "started", "during", "her", "stay", ".", "The", "pathological", "anatomy", "report", "showed", "adenocarcinoma", "of", "the", "prostate", ",", "Gleason", "score", "8", "(", "3", "+", "5", ")", ".", "The", "bladder", "catheter", "was", "removed", ",", "and", "he", "was", "discharged", "in", "good", "general", "condition", ",", "after", "spontaneous", "urination", "of", "non-hematuric", "urine", ".", "Subsequently", ",", "treatment", "was", "started", "with", "leuprorelin", "acetate", ".", "He", "currently", "has", "a", "decrease", "in", "prostate-specific", "antigen", ",", "which", "is", "1", ".", "17", "ng", "/", "ml", ",", "and", "the", "previous", "level", "of", "26", ".", "48", "ng", "/", "ml", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 771, "end": 782 }, { "text": "Citrobacter koseri", "label": "SPECIES", "start": 822, "end": 840 } ]

[ "This", "is", "a", "male", "infant", ",", "aged", "11", "months", ",", "with", "no", "previous", "history", "of", "interest", ",", "who", "consulted", "for", "several", "days", "because", "he", "presented", "with", "deviation", "of", "the", "oral", "commissure", "to", "the", "left", ",", "and", "during", "crying", "he", "was", "unable", "to", "complete", "closure", "of", "the", "right", "eyelid", ".", "As", "the", "only", "trigger", ",", "she", "reported", "catarrhal", "symptoms", "for", "the", "last", "week", ",", "and", "was", "afebrile", ".", "No", "history", "of", "recent", "vaccination", ".", "Physical", "examination", "showed", "good", "general", "condition", ",", "normal", "colour", ",", "well", "perfused", ",", "eupneic", "and", "with", "normal", "cardiopulmonary", "auscultation", ";", "and", "in", "addition", "to", "the", "data", "described", "above", ",", "neurological", "data", "showed", "good", "muscle", "tone", ",", "without", "alteration", "of", "reflexes", ",", "with", "incipient", "gait", "appropriate", "for", "his", "age", ".", "Otoscopy", "showed", "very", "erythematous", "eardrums", ",", "not", "bulging", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "facial", "nerve", "palsy", ",", "it", "is", "necessary", "to", "consider", "whether", "it", "is", "a", "central", "lesion", "(", "upper", "motor", "neuron", "lesion", ")", "or", "a", "peripheral", "lesion", "(", "lower", "motor", "neuron", ")", ",", "which", "will", "be", "distinguished", "by", "the", "involvement", "of", "the", "forehead", "muscles", "in", "peripheral", "facial", "palsy", ",", "which", "are", "unharmed", "in", "central", "facial", "palsy", "due", "to", "their", "bilateral", "innervation", ".", "Most", "cases", "are", "idiopathic", ".", "In", "second", "place", "in", "frequency", "in", "the", "paediatric", "age", "group", "is", "otitis", "media", ",", "followed", "by", "other", "infections", "caused", "by", "microorganisms", "such", "as", "HSV-1", "virus", ",", "VZV", "(", "Ramsay-Hunt", "syndrome", ")", ",", "Borrelia", "(", "Lyme", "disease", ")", ".", ".", ".", "Other", "non-infectious", "entities", "include", "traumatic", "causes", "(", "fracture", "of", "the", "skull", ")", ",", "tumours", "(", "neurinoma", ",", "leukaemias", ",", "astrocytoma", ",", "etc", ".", ")", ",", "vascular", "causes", ",", "myopathies", ",", "etc", ".", "Oral", "corticosteroids", "were", "started", ",", "he", "was", "assessed", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "implanting", "transtympanic", "drainage", ",", "and", "given", "the", "persistence", "of", "the", "symptoms", "on", "the", "3rd", "day", ",", "an", "MRI", "was", "requested", "which", "showed", "an", "increase", "in", "size", "of", "the", "left", "half", "of", "the", "bulb", "and", "left", "inferior", "cerebellar", "peduncle", ",", "without", "contrast", "uptake", ";", "and", "hyperintensity", "in", "T2", "and", "FLAIR", "sequence", "of", "periventricular", "white", "matter", "and", "subcortical", "subtly", ".", "Suspecting", "possible", "encephalomyelitis", ",", "EEG", "was", "requested", ",", "which", "was", "normal", ",", "as", "well", "as", "CSF", "cytobiochemistry", ",", "with", "negative", "oligoclonal", "bands", ";", "and", "high-dose", "IV", "corticosteroids", "were", "started", ".", "She", "continued", "without", "improvement", "and", "a", "new", "symptom", "appeared", "as", "inspiratory", "stridor", ",", "with", "polypnoea", ",", "abundant", "sialorrhoea", ",", "PCA", "with", "bilateral", "subcrepitant", "sounds", ",", "as", "well", "as", "occasional", "choking", ".", "Afebrile", "at", "all", "times", "and", "without", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ".", "At", "this", "time", ",", "with", "the", "data", "provided", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "and", "most", "appropriate", "management", "could", "be", ":", "a", ".", "It", "is", "nosocomial", "viral", "laryngitis", ",", "probably", "due", "to", "parainfluenzae", ".", "I", "request", "PCR", "for", "respiratory", "viral", "pathogens", "and", "start", "nebulised", "budesonide", ".", "b", ".", "Given", "his", "age", ",", "it", "may", "be", "foreign", "body", "aspiration", ".", "The", "airway", "should", "be", "checked", "with", "fibroscopy", ".", "c", ".", "Probably", "bronchospasm", ".", "Salbutamol", "in", "chamber", ".", "d", ".", "Could", "be", "right-sided", "pneumonia", "with", "effusion", ".", "I", "order", "a", "chest", "ultrasound", "and", "start", "high-flow", "oxygen", "therapy", ".", "e", ".", "Stridor", "may", "be", "related", "to", "peripheral", "paralysis", ".", "Repeat", "neuroimaging", ".", "Of", "these", "possibilities", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "seems", "to", "be", "stridor", ".", "Repeat", "MRI", "shows", "thickening", "and", "hyperintensity", "of", "the", "lesion", "observed", "in", "the", "bulb", "and", "peduncle", ",", "which", "has", "increased", "in", "size", ",", "with", "diffusion", "restriction", ".", "A", "mass", "spectroscopy", "study", "was", "completed", "with", "a", "pattern", "suggestive", "of", "a", "low-grade", "brainstem", "glial", "tumour", ".", "The", "swallowing", "study", "showed", "problems", "with", "fluid", "intake", "and", "an", "increase", "in", "the", "oral", "phase", "of", "thicker", "textures", ".", "Stridor", "continues", "to", "progress", ",", "with", "severe", "respiratory", "distress", "(", "increased", "tachypnoea", "(", "55", "rpm", ")", ",", "use", "of", "accessory", "musculature", "with", "tugging", "at", "all", "three", "levels", ",", "desaturation", "despite", "nasal", "O2", "goggles", "at", "4", "Lpm", ")", ",", "more", "sialorrhoea", "and", "more", "frequent", "episodes", "of", "choking", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ".", "Due", "to", "the", "high", "risk", "of", "aspiration", "and", "signs", "of", "impending", "respiratory", "failure", ",", "orotracheal", "intubation", "with", "TET", "No", "4", "\"", "5", "is", "decided", ",", "with", "connection", "to", "mechanical", "ventilation", ".", "A", "volume", "control", "mode", "was", "used", ",", "programming", "a", "tidal", "volume", "(", "VT", ")", "of", "7", "ml", "/", "kg", ",", "in", "which", ",", "on", "performing", "an", "inspiratory", "prolongation", "manoeuvre", ",", "we", "obtained", "the", "screen", "on", "the", "ventilator", ".", "After", "informing", "the", "family", "jointly", "with", "Neurosurgery", "and", "Oncology", "of", "the", "prognosis", ",", "a", "biopsy", "was", "performed", "to", "obtain", "an", "anatomopathological", "diagnosis", ",", "which", "showed", "histopathology", "compatible", "with", "a", "grade", "II", "diffuse", "astrocytoma", "of", "the", "brainstem", ",", "which", "continued", "to", "progress", "in", "the", "imaging", "tests", ",", "presenting", "an", "infiltrative", "pattern", ".", "The", "family", "was", "informed", "of", "the", "possibility", "of", "starting", "palliative", "chemotherapy", "in", "order", "to", "improve", "the", "laryngo-pharyngeal", "dysfunction", ",", "which", "they", "accepted", "after", "reaching", "a", "second", "opinion", "at", "the", "reference", "centre", ".", "A", "first", "extubation", "attempt", "was", "made", ",", "which", "failed", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "postpone", "the", "second", "attempt", "after", "the", "first", "cycle", "of", "chemotherapy", "as", "a", "rescue", "with", "previous", "corticotherapy", ",", "which", "was", "also", "unsuccessful", ".", "A", "tracheostomy", "was", "performed", "with", "placement", "of", "a", "4", "\"", "5", "PED", "cannula", "by", "ENT", ",", "without", "incident", ",", "and", "a", "home", "respirator", "was", "requested", ",", "instructing", "family", "members", "in", "its", "use", "and", "in", "CPR", "techniques", ".", "Prophylaxis", "against", "Pneumocystis", "was", "started", ".", "He", "continued", "palliative", "chemotherapy", "with", "monitoring", "by", "Oncology", "until", "three", "months", "later", "(", "17", "months", "of", "age", ")", "he", "was", "readmitted", "to", "the", "PICU", "for", "adenovirus", "pneumonia", "with", "superinfection", "by", "Pseudomonas", "aeruginosa", "and", "associated", "bacteraemia", "due", "to", "Haemophilus", "influenzae", "(", "blood", "tests", "showed", "3", ",", "710", "leukocytes", "/", "mm3", "and", "PCR", "501", "mg", "/", "L", ")", ".", "The", "cannula", "was", "changed", "to", "5", ".", "5", "PED", ",", "improving", "ventilation", ".", "There", "was", "a", "progressive", "improvement", "after", "starting", "antibiotic", "therapy", ",", "with", "better", "quality", "of", "her", "respiratory", "dynamics", ",", "allowing", "her", "to", "switch", "back", "to", "her", "home", "respirator", "within", "a", "week", "with", "good", "tolerance", ".", "He", "continues", "to", "present", "isolated", "episodes", "of", "desaturation", "related", "to", "apnoea", "due", "to", "breath", "holding", "spasms", ",", "which", ",", "as", "they", "become", "more", "frequent", "and", "have", "greater", "repercussions", ",", "require", "remonitoring", "with", "a", "self-inflating", "bag", "by", "his", "family", ",", "so", "oral", "piracetam", ",", "a", "derivative", "of", "gamma-amino-butyric", "acid", ",", "which", "has", "been", "shown", "to", "reduce", "their", "frequency", "in", "two", "randomised", "clinical", "trials", ",", "is", "associated", "with", "this", "treatment", ".", "Progressive", "worsening", "continued", "with", "palliative", "treatment", ",", "until", "four", "months", "later", "(", "21", "months", "of", "age", ")", "she", "presented", "with", "an", "episode", "of", "sudden", "somnolence", ",", "unresponsive", "to", "painful", "stimuli", ",", "a", "tendency", "to", "bradycardia", "with", "high", "blood", "pressure", ",", "bilateral", "arreactive", "mydriasis", "pupils", ",", "poor", "general", "condition", "and", "pale", "cyanotic", "colouring", ",", "with", "a", "modified", "Glasgow", "Coma", "Scale", "for", "infants", "of", "3", "points", ".", "The", "severity", "of", "the", "situation", "and", "the", "patient", "'", "s", "prognosis", "led", "to", "the", "initiation", "of", "morphine", ",", "which", "was", "increased", "as", "ventilator", "assistance", "decreased", ".", "He", "was", "finally", "discharged", "accompanied", "by", "his", "family", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "male infant", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 21 }, { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 21 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 364, "end": 375 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1300, "end": 1308 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 1259, "end": 1264 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1272, "end": 1275 }, { "text": "parainfluenzae", "label": "SPECIES", "start": 2553, "end": 2567 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4090, "end": 4096 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4404, "end": 4410 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 5303, "end": 5325 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 5033, "end": 5045 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 5246, "end": 5268 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 5202, "end": 5212 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5284, "end": 5295 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4964, "end": 4970 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5880, "end": 5886 }, { "text": "infants", "label": "HUMAN", "start": 6435, "end": 6442 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 6651, "end": 6657 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6495, "end": 6502 } ]

[ "This", "is", "a", "25-year-old", "female", "patient", "from", "Ukraine", ",", "diagnosed", "with", "diabetes", "secondary", "to", "pancreatic", "agenesis", "5", "years", "ago", ",", "admitted", "to", "our", "department", "from", "the", "emergency", "department", "for", "non-acidotic", "hyperglycaemic", "ketotic", "decompensation", ".", "Since", "diagnosis", ",", "the", "patient", "has", "had", "acceptable", "metabolic", "control", "with", "HbA1c", "below", "7", "%", "with", "dietary", "treatment", "and", "exercise", ".", "Her", "family", "history", "includes", "a", "diabetic", "great-grandfather", "and", "healthy", "parents", "and", "siblings", ".", "In", "the", "anamnesis", ",", "on", "admission", "the", "patient", "reported", "poor", "metabolic", "control", "for", "the", "last", "two", "months", ",", "coinciding", "with", "the", "onset", "of", "frequent", "episodes", "of", "urinary", "tract", "infections", ",", "and", "recently", "aggravated", "by", "vulvovaginal", "candidiasis", "and", "paronychia", "on", "the", "fingers", ",", "with", "symptoms", "of", "polydipsia", ",", "intense", "polyuria", "and", "weight", "loss", "of", "6", ".", "4", "kg", "during", "this", "period", ".", "Physical", "examination", "revealed", ":", "height", "167", "cm", ";", "weight", "38", ".", "6", "kg", ";", "BMI", "13", ".", "4", "kg", "/", "m2", ";", "BP", "120", "/", "80", "mmHg", ";", "HR", "116", "bpm", ";", "saturation", "97", "%", ".", "Mandible", "in", "lantern", "jaw", ".", "Thyroid", "grade", "0", ".", "Normal", "AC", "and", "AP", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "non-painful", ",", "without", "masses", "or", "megaliths", ".", "MMII", "without", "oedema", "and", "preserved", "peripheral", "pulses", ".", "Vibratory", "sensitivity", ",", "with", "preserved", "monofilament", "and", "osteotendinous", "reflexes", ".", "Erythematous", "and", "pruritic", "lesions", "in", "the", "vulvar", "and", "perianal", "region", "suggestive", "of", "candidiasis", ".", "Paronychia", "on", "the", "fourth", "finger", "of", "the", "right", "hand", ".", "Extensive", "diabetic", "dermopathy", "on", "legs", "and", "arms", ".", "Complementary", "tests", ":", "normal", "haemogram", ",", "ESR", "35", "mm", "/", "h", ",", "glucose", "552", "mg", "/", "dL", ",", "Cr", "0", ".", "8", "mg", "/", "mL", ",", "total", "cholesterol", "205", "mg", "/", "dL", ",", "LDL-C", "125", "mg", "/", "dL", ",", "HDL-C", "58", "mg", "/", "dL", ".", "Normal", "liver", "profile", "except", "for", "GOT", "54", "IU", "(", "7-32", ")", ",", "GPT", "63", "IU", "(", "5-31", ")", "and", "GGT", "59", "(", "7-32", ")", ".", "Albumin", "/", "creatinine", "ratio", ":", "0", ".", "6μg", "/", "mg", ".", "Glucose", "urine", "5567", "mg", "/", "dL", ".", "Urine", "methylketone", "50", "mg", "/", "dL", ".", "HbA1c", "16", ".", "2", "%", ".", "Basal", "C-peptide", "166", "pmol", "/", "L", "(", "298-2350", ")", ".", "Anti-GAD", "0", ".", "2", "KU", "/", "L", "(", "0-0", ".", "9", ")", ",", "anti-IA2", "0", ".", "2", "KU", "/", "L", "(", "0-1", ")", "and", "anti-insulin", "(", "IAA", ")", "antibodies", "77", ".", "2", "nU", "/", "mL", "(", "N", "<", "40", ")", ".", "IgA", "anti-transglutaminase", "antibodies", "0", ".", "82", "KU", "/", "L", "(", "0-10", ")", ".", "Anti-TG", "149", "(", "0-40", ")", "and", "anti-TPO", "13", ".", "3", "(", "0-35", ")", ".", "TSH", "3", ".", "1", "Gynaecological", "examination", ":", "bicornuate", "uterus", ".", "Fundus", "examination", "and", "normal", "retinography", ".", "Abdominopelvic", "CT", "scan", "with", "contrast", ":", "dorsal", "agenesis", "of", "the", "pancreas", ".", "Abdominal", "ECHO", ":", "multiple", "cortical", "cysts", "of", "less", "than", "1", "cm", "in", "the", "left", "kidney", ",", "diffuse", "throughout", "the", "left", "renal", "parenchyma", "with", "no", "evidence", "of", "dilatation", "of", "the", "pyelocaliceal", "system", "or", "other", "findings", ".", "Normal", "right", "kidney", ".", "Absence", "of", "pancreatic", "body", "and", "tail", ".", "Culture", "of", "panadix", "exudate", "grew", "Klebsiella", "oxytoca", "and", "vulvovaginal", "culture", "was", "positive", "for", "Candida", "albicans", ".", "With", "the", "suspicion", "of", "MODY", "type", "diabetes", ",", "a", "genetic", "study", "was", "requested", "by", "semiquantitative", "fluorescent", "PCR", ",", "detecting", "heterozygous", "deletion", "of", "at", "least", "exons", "1", "to", "8", "of", "the", "HNF1", "β", "gene", ",", "which", "is", "associated", "with", "type", "5", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "insulin", "glargine", "and", "insulin", "aspart", "1", ".", "3", "U", "/", "kg", ".", "Fluconazole", "was", "administered", "orally", "100", "mg", "/", "day", "(", "10", "days", ")", "and", "a", "vaginal", "vaginal", "ovule", "in", "a", "single", "dose", "of", "clotrimazole", "400", "mg", ",", "and", "the", "fungal", "lesions", "disappeared", ".", "Subsequent", "check-ups", "showed", "HbA1c", "levels", "of", "less", "than", "6", "%", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "insulin", "to", "0", ".", "5", "U", "/", "kg", "6", "months", "after", "admission", ".", "Eight", "months", "after", "admission", ",", "the", "diabetic", "dermopathy", "disappeared", "and", "18", "months", "after", "admission", ",", "the", "patient", "had", "regained", "her", "initial", "weight", "and", "insulin", "requirements", "were", "maintained", "at", "0", ".", "5", "U", "/", "kg", ".", "Renal", "function", "has", "remained", "within", "normal", "limits", "and", "microalbuminuria", "is", "negative", ".", "She", "only", "maintains", "a", "slight", "increase", "in", "transaminases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 255, "end": 262 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 361, "end": 367 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 438, "end": 446 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 426, "end": 433 }, { "text": "great-grandfather", "label": "HUMAN", "start": 396, "end": 413 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 483, "end": 490 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 2482, "end": 2498 }, { "text": "Klebsiella oxytoca", "label": "SPECIES", "start": 2421, "end": 2439 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3189, "end": 3196 } ]

[ "A", "45", "year", "old", "patient", "from", "Mauritania", ",", "resident", "in", "Spain", "since", "2002", ",", "who", "attended", "infectious", "diseases", "consultations", "due", "to", "the", "appearance", "of", "a", "\"", "bultoma", "\"", "on", "the", "sole", "of", "the", "left", "foot", "with", "progressive", "growth", "over", "a", "year", "of", "evolution", ".", "As", "epidemiological", "background", "of", "interest", ",", "the", "previous", "year", "he", "had", "returned", "to", "his", "country", "of", "origin", "for", "a", "month", "where", "he", "had", "been", "carrying", "out", "building", "work", "at", "home", ",", "barefoot", ",", "and", "the", "symptoms", "began", "later", ".", "He", "did", "not", "remember", "any", "trauma", ",", "stings", "or", "bites", "from", "animals", "in", "the", "area", ".", "No", "fever", "or", "other", "systemic", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "there", "was", "a", "rounded", "lump", "of", "2", "cm", "in", "diameter", "with", "a", "rubbery", "consistency", ",", "not", "adhering", "to", "deep", "layers", ",", "with", "no", "ulceration", "or", "associated", "signs", "of", "inflammation", ".", "There", "were", "no", "micro-organism", "entry", "sites", "or", "signs", "of", "arthritis", ".", "There", "were", "no", "other", "similar", "lumps", "on", "the", "skin", "or", "the", "presence", "of", "joint", "tophi", ".", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "blood", "tests", ":", "glucose", "90", "mg", "/", "dL", ",", "creatinine", "0", ".", "83", "mg", "/", "dL", ",", "biochemistry", "with", "normal", "liver", "function", "and", "ions", ",", "cholesterol", "150", "mg", "/", "dL", ",", "uric", "acid", "10", "mg", "/", "dL", ".", "Serology", "HIV", ",", "syphilis", ",", "Strongyloides", ",", "HCV", "negative", ",", "HBV", "serology", "compatible", "with", "past", "infection", ".", "X-ray", "of", "the", "affected", "foot", ":", "hallux", "valgus", "with", "no", "signs", "of", "osteomyelitis", ".", "Finally", ",", "dermatology", "was", "contacted", "to", "perform", "excision", "of", "the", "lesion", "without", "empirical", "treatment", "pending", "results", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "established", "in", "the", "case", "of", "subcutaneous", "lesions", "in", "patients", "from", "the", "tropics", "ranges", "from", "infectious", "causes", "typical", "of", "tropical", "medicine", "to", "infectious", "causes", "unrelated", "to", "the", "country", "of", "origin", ",", "such", "as", "syphilitic", "gummas", ",", "without", "forgetting", "non-infectious", "causes", ".", "Infections", ":", "In", "this", "group", ",", "it", "is", "worth", "highlighting", "above", "all", "those", "caused", "by", "fungi", "that", "grow", "in", "warm", "and", "humid", "environments", "typical", "of", "the", "tropics", ".", "Subcutaneous", "mycoses", "include", "sporotrichosis", ",", "chromoblastomycosis", ",", "entomophthoromycosis", "and", "mycetoma", ".", "Lobomycosis", "and", "rhinosporidiosis", "fall", "into", "this", "classification", ";", "however", ",", "the", "former", "is", "located", "exclusively", "in", "South", "America", ",", "so", "it", "would", "not", "form", "part", "of", "the", "differential", "diagnosis", "of", "our", "patient", ",", "and", "in", "the", "latter", "case", ",", "the", "involvement", "of", "nasal", "mucous", "membranes", "is", "typical", ",", "so", "we", "will", "only", "refer", "to", "the", "first", "four", ".", "These", "infections", "have", "in", "common", "that", "the", "aetiological", "agent", "is", "normally", "located", "in", "the", "soil", "and", "in", "fresh", "or", "dry", "plant", "material", ",", "such", "as", "splinters", ",", "thorns", ",", "etc", ".", ".", ".", "so", "the", "infection", "starts", "when", "the", "fungus", "is", "directly", "inoculated", "through", "trauma", "or", "when", "walking", ",", "which", "is", "why", "these", "infections", "mainly", "affect", "the", "lower", "limbs", "and", "are", "related", "to", "certain", "trades", "such", "as", "farmers", ",", "bricklayers", ".", ".", ".", "who", "are", "used", "to", "walking", "barefoot", ".", "Sporotrichosis", "is", "caused", "by", "the", "fungus", "Sporothrix", "sckenckii", "and", "after", "inoculation", ",", "after", "approximately", "10", "days", "it", "produces", "an", "indurated", "lesion", "known", "as", "a", "sporotrichotic", "chancre", "which", "grows", "progressively", "and", "drains", "spontaneously", ".", "The", "lesion", "may", "remain", "localised", "or", "may", "spread", "by", "lymphatic", "spread", "causing", "satellite", "lesions", "in", "the", "form", "of", "rubbery", "nodules", "and", "chronic", "verrucous", "plaques1", ".", "Chromoblastomycosis", "is", "caused", "by", "hyphomycetes", "fungi", "of", "the", "family", "Dematiaceae", "(", "Phialophora", "verrucosa", ",", "Cladosporium", "carrionii", "and", "Fonsecae", "pedrosa", "being", "the", "most", "important", ")", "and", "are", "characterised", "by", "the", "formation", "of", "black", "colonies", ".", "The", "lesions", "they", "cause", "may", "be", "verrucous", "or", "granulomatous", "nodules", ",", "or", "they", "may", "be", "smooth", ",", "firm", "tumours", "that", "take", "one", "to", "two", "months", "to", "appear", ".", "Characteristic", "is", "the", "appearance", "of", "haemopurulent", "black", "dots", "on", "their", "surface", ".", "Lymphatic", "spread", "is", "rare", ",", "although", "other", "adjacent", "lesions", "may", "appear", "by", "autoinoculation", ".", "Entomophthoromycosis", "encompasses", "diseases", "caused", "by", "the", "genera", "Basidiobolus", "and", "Conidiobolus", ".", "It", "is", "highly", "prevalent", "in", "tropical", "Africa", "and", "Southeast", "Asia", ".", "Both", "fungi", "cause", "an", "indolent", "infection", "with", "granulomatous", "changes", "in", "the", "skin", "and", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "without", "bone", "or", "systemic", "involvement", ".", "Individually", ",", "the", "disease", "caused", "by", "Basidiobolus", "ranarum", "is", "known", "as", "basidiobolomycosis", ".", "It", "presents", "as", "a", "solitary", ",", "hard", ",", "circumscribed", "mass", "usually", "located", "on", "the", "extremities", ".", "Clinically", "it", "can", "be", "confused", "with", "a", "soft", "tissue", "sarcoma", ".", "Mycetoma", "is", "caused", "by", "different", "micro-organisms", ",", "namely", "1", ")", "true", "fungi", "or", "eumycetoma", "and", "2", ")", "aerobic", "actinomycetes", ",", "which", "are", "filamentous", "bacteria", "(", "Nocardia", "and", "Actinomyces", ")", "also", "called", "actinomycetoma", ".", "Apart", "from", "this", "group", "of", "bacteria", "that", "cause", "mycetoma", ",", "other", "bacterial", "infections", "that", "can", "cause", "similar", "lesions", "such", "as", "Mycobacterium", "tuberculosis", "or", "Mycobacterium", "leprae", "must", "also", "be", "taken", "into", "account", ".", "Finally", ",", "with", "respect", "to", "protozoa", ",", "Leishmania", "spp", "would", "be", "another", "entity", "to", "take", "into", "account", "in", "our", "differential", "diagnosis", ".", "The", "cutaneous", "form", "can", "present", "as", "localised", "cutaneous", ",", "relapsing", ",", "diffuse", "cutaneous", "and", "mucocutaneous", ",", "although", "the", "latter", "is", "rare", "in", "Africa", ".", "In", "Mauritania", ",", "cutaneous", "leishmaniasis", "due", "to", "Leishmania", "major", "is", "endemic", "in", "the", "south", ",", "in", "the", "region", "of", "Aloun-el-Arouss", ",", "Nema", "and", "on", "the", "borders", "with", "Mali", "and", "Senegal", ".", "Leishmania", "lesions", "are", "caused", "by", "the", "inoculation", "of", "the", "protozoan", "through", "the", "bite", "of", "its", "vector", "Phlebotomus", "in", "Africa", "or", "Lutzomyia", "in", "South", "America", ".", "They", "are", "located", "in", "exposed", "areas", "such", "as", "the", "face", "and", "arms", "and", "their", "appearance", "seems", "to", "coincide", "in", "some", "areas", "with", "the", "rainy", "season", ",", "according", "to", "the", "vector", "'", "s", "life", "cycle", ".", "Non-infectious", ":", "In", "addition", "to", "neoplastic", "lesions", "(", "such", "as", "soft", "tissue", "sarcoma", ",", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "or", "warty", "carcinoma", ")", "or", "granulomatous", "reactions", "to", "foreign", "bodies", ",", "podoconiosis", "deserves", "special", "mention", "as", "a", "cause", "of", "lower", "limb", "lesions", "in", "developing", "countries", ".", "This", "is", "caused", "by", "an", "inflammatory", "reaction", "to", "mineral", "particles", "in", "the", "soil", ".", "These", "penetrate", "through", "the", "skin", "and", "are", "phagocytosed", "and", "transported", "by", "macrophages", "into", "the", "lymphatic", "system", ",", "causing", "inflammation", "and", "fibrosis", "of", "the", "vessels", ",", "obstruction", "of", "lymphatic", "drainage", "and", "eventually", "lymphoedema", "and", "elephantiasis", ".", "It", "is", "typically", "characterised", "by", "occurrence", "at", "high", "latitudes", ",", "where", "filarial", "transmission", "by", "mosquitoes", "does", "not", "occur", ".", "Evolution", "The", "lesion", "was", "biopsied", "and", "showed", "granulomatous", "inflammation", "with", "foreign", "body", "reaction", "and", "polymorphonuclear", "micro-abcesses", ",", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", ".", "Staining", "for", "microorganisms", "was", "performed", "and", "some", "granulomas", "distributed", "in", "a", "focal", "manner", "showed", "the", "presence", "of", "yeast-like", "structures", "with", "Splendore", "hoeppli", "phenomenon", ",", "positive", "by", "PAS", "and", "silver", "technique", ".", "All", "this", "was", "compatible", "with", "actinomycosis", ".", "Treatment", "with", "cotrimoxazole", "800", "/", "160", "mg", "1", "tablet", "every", "12", "hours", "associated", "with", "doxycycline", "100", "mg", "1", "tablet", "every", "12", "hours", "for", "6", "months", ".", "Subsequent", "visits", "showed", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "lesion", "until", "its", "clinical", "resolution", ".", "Five", "months", "after", "treatment", ",", "an", "MRI", "of", "the", "foot", "showed", "a", "small", "fibrous", "lesion", "in", "the", "surgical", "site", ",", "which", "finally", "disappeared", "in", "a", "follow-up", "MRI", "performed", "one", "month", "after", "the", "end", "of", "antibiotic", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Actinomycetoma" ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 1088, "end": 1101 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1117, "end": 1120 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1103, "end": 1106 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1073, "end": 1076 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 493, "end": 500 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1741, "end": 1746 }, { "text": "black colonies", "label": "SPECIES", "start": 3245, "end": 3259 }, { "text": "family Dematiaceae", "label": "SPECIES", "start": 3090, "end": 3108 }, { "text": "fungus Sporothrix sckenckii", "label": "SPECIES", "start": 2678, "end": 2705 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3077, "end": 3082 }, { "text": "hyphomycetes fungi", "label": "SPECIES", "start": 3064, "end": 3082 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 2341, "end": 2346 }, { "text": "Phialophora verrucosa", "label": "SPECIES", "start": 3110, "end": 3131 }, { "text": "Cladosporium carrionii", "label": "SPECIES", "start": 3133, "end": 3155 }, { "text": "Fonsecae pedrosa", "label": "SPECIES", "start": 3160, "end": 3176 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3731, "end": 3736 }, { "text": "Basidiobolus ranarum", "label": "SPECIES", "start": 3911, "end": 3931 }, { "text": "genera Basidiobolus and Conidiobolus", "label": "SPECIES", "start": 3626, "end": 3662 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 4174, "end": 4179 }, { "text": "true fungi", "label": "SPECIES", "start": 4169, "end": 4179 }, { "text": "Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 4269, "end": 4280 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 4256, "end": 4264 }, { "text": "filamentous bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4234, "end": 4254 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4246, "end": 4254 }, { "text": "aerobic actinomycetes", "label": "SPECIES", "start": 4201, "end": 4222 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 4550, "end": 4564 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4431, "end": 4457 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4335, "end": 4343 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4550, "end": 4560 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4829, "end": 4839 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4952, "end": 4962 }, { "text": "protozoa", "label": "SPECIES", "start": 4540, "end": 4548 }, { "text": "Mycobacterium leprae", "label": "SPECIES", "start": 4461, "end": 4481 }, { "text": "Leishmania major", "label": "SPECIES", "start": 4829, "end": 4845 }, { "text": "Phlebotomus", "label": "SPECIES", "start": 5049, "end": 5060 }, { "text": "Lutzomyia", "label": "SPECIES", "start": 5074, "end": 5083 }, { "text": "vector", "label": "SPECIES", "start": 5042, "end": 5048 }, { "text": "vector", "label": "SPECIES", "start": 5255, "end": 5261 }, { "text": "mosquitoes", "label": "SPECIES", "start": 5948, "end": 5958 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6158, "end": 6172 } ]

[ "", "A", "6-week-old", "boy", "was", "admitted", "on", "23", "March", "2020", "to", "the", "paediatric", "emergency", "department", "of", "the", "University", "Hospital", "of", "Amiens", "(", "France", ")", "with", "fever", "(", "38", ".", "9", "°", "C", ")", "of", "12", "hours", "'", "duration", ".", "He", "was", "born", "at", "39", "weeks", "'", "gestation", ",", "with", "Apgar", "scores", "at", "1", "minute", "and", "5", "minutes", "of", "10", "and", "10", ",", "respectively", ".", "The", "infant", "did", "not", "regurgitate", "after", "delivery", ".", "The", "birth", "weight", "was", "3", ",", "160g", ".", "The", "mother", "was", "25", "years", "old", "with", "no", "relevant", "medical", "history", "and", ",", "one", "week", "before", "admission", ",", "presented", "ageusia", "and", "anosmia", ",", "without", "fever", "or", "other", "associated", "symptoms", ".", "The", "father", "was", "28", "years", "old", "and", "only", "reported", "anosmia", "the", "day", "before", "admission", ".", "On", "initial", "examination", "in", "the", "paediatric", "emergency", "department", ",", "the", "child", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "but", "slightly", "tearful", "and", "hypotonic", ",", "was", "well", "fed", "with", "formula", "milk", "and", "weighed", "5", ",", "000g", ".", "His", "temperature", "was", "38", ".", "2", "°", "C", ",", "pulse", "160", "bpm", ",", "respiratory", "rate", "30", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "(", "SpO2", ")", "100", "%", "on", "room", "air", "and", "blood", "pressure", "89", "/", "59", "mmHg", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ";", "the", "liver", "was", "palpable", "0", ".", "5", "cm", "below", "the", "costal", "margin", ";", "the", "patient", "had", "no", "cough", "or", "dyspnoea", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "findings", "were", "unremarkable", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "revealed", "a", "white", "blood", "cell", "count", "of", "8", ",", "500", "/", "mm3", "(", "normal", "range", ":", "5", ",", "000-18", ",", "000", "/", "mm3", ")", ";", "lymphocytes", "4", ",", "700", "/", "mm3", "(", "normal", "range", ":", "1", ",", "100-3", ",", "200", "/", "mm3", ")", ";", "neutrophils", "2", ".", "000", "/", "mm3", "(", "normal", "range", ":", "1", ",", "800-6", ",", "300", "/", "mm3", ")", ";", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "value", "of", "10", ".", "9", "g", "/", "dl", "(", "normal", "range", ":", "9", ".", "4-14", ".", "1", "g", "/", "dl", ")", "and", "thrombocyte", "count", "of", "321", ",", "000", "/", "mm3", "(", "normal", "range", ":", "150", ",", "000-450", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "Lactate", "dehydrogenase", "concentration", "was", "255", "IU", "/", "L", "(", "normal", "range", ":", "120-246", "IU", "/", "L", ")", ";", "renal", "and", "hepatic", "activity", "values", "were", "normal", ".", "Cytology", "and", "urine", "dipstick", ",", "procalcitonin", "and", "C-reactive", "protein", "did", "not", "give", "abnormal", "results", ".", "A", "rapid", "test", "for", "influenza", "A", "and", "B", "was", "negative", ".", "Because", "of", "the", "parents", "'", "symptoms", ",", "the", "child", "'", "s", "age", "and", "symptoms", "(", "tearful", ",", "feverish", "and", "hypotonic", ")", ",", "the", "child", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "COVID-19", "unit", "and", "aerobic", "and", "anaerobic", "blood", "cultures", ",", "cytobacteriological", "urinalysis", "and", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ".", "SARS-CoV-2", "testing", "was", "performed", "from", "nasopharyngeal", "swabs", ",", "urine", ",", "faeces", "and", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ".", "A", "few", "hours", "after", "hospitalisation", ",", "the", "child", "presented", "with", "excessive", "crying", "and", "an", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "with", "no", "relevant", "results", ".", "Pending", "microbiological", "tests", ",", "treatment", "was", "started", "with", "cefotaxime", "(", "200", "mg", "/", "kg", "per", "day", "in", "four", "doses", ")", "and", "gentamicin", "(", "5", "mg", "/", "kg", "per", "day", "in", "one", "dose", ")", "and", "probiotics", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "improved", "24", "hours", "after", "hospitalisation", ",", "with", "gradual", "remission", "of", "fever", "and", "initial", "hypotonia", ".", "Oropharyngeal", "swabs", "and", "stool", "were", "positive", "for", "SARS-CoV-2", "by", "RT-PCR", ".", "Aerobic", "and", "anaerobic", "blood", "cultures", "were", "negative", ";", "CSF", "cultures", "were", "sterile", "(", "for", "bacteria", "and", "viruses", ":", "SARS-CoV-2", ",", "enterovirus", "ribonucleic", "acid", ",", "human", "herpesvirus", "6", ",", "herpes", "simplex", "virus", ",", "adenovirus", ")", ".", "Although", "the", "test", "strip", "was", "negative", ",", "a", "few", "days", "later", "the", "laboratory", "confirmed", "positive", "for", "Citrobacter", "koseri", "in", "the", "cytobacteriological", "urine", "test", ",", "with", "good", "sensitivity", "to", "the", "ongoing", "antibiotic", "treatment", ".", "Five", "days", "after", "admission", ",", "taking", "into", "account", "the", "good", "health", "status", "and", "the", "normal", "results", "of", "blood", "and", "microbiological", "tests", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "indications", "for", "home", "monitoring", "for", "the", "following", "three", "weeks", ".", "In", "addition", ",", "taking", "into", "account", "the", "child", "'", "s", "age", ",", "the", "parents", "would", "be", "contacted", "by", "telephone", "every", "other", "day", "for", "the", "next", "two", "weeks", "to", "monitor", "the", "child", "'", "s", "health", "status", ".", "For", "the", "presence", "of", "C", ".", "koseri", "in", "the", "urine", "and", "the", "results", "of", "the", "antibiogram", ",", "the", "child", "was", "prescribed", "amoxicillin", "and", "clavulanic", "acid", "for", "the", "next", "6", "days", ".", "Finally", ",", "for", "the", "presence", "of", "SARS-CoV-2", "in", "the", "stool", "(", "relatively", "abundant", ")", ",", "probiotics", "were", "prescribed", "for", "the", "next", "2", "weeks", ".", "Two", "weeks", "after", "discharge", ",", "the", "child", "was", "in", "good", "health", ",", "afebrile", "and", "without", "diarrhoea", "or", "vomiting", ".", "Parents", "were", "advised", "to", "continue", "home", "monitoring", ",", "with", "a", "visit", "to", "the", "doctor", "if", "necessary", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 364, "end": 370 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 532, "end": 538 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 675, "end": 680 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1021, "end": 1028 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2007, "end": 2017 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1783, "end": 1788 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1847, "end": 1852 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1760, "end": 1767 }, { "text": "cytobacteriological", "label": "SPECIES", "start": 1940, "end": 1959 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2151, "end": 2156 }, { "text": "probiotics", "label": "SPECIES", "start": 2410, "end": 2420 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2426, "end": 2433 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2599, "end": 2609 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2726, "end": 2736 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2811, "end": 2821 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2704, "end": 2712 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2738, "end": 2749 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2804, "end": 2809 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2789, "end": 2809 }, { "text": "Citrobacter koseri", "label": "SPECIES", "start": 2917, "end": 2935 }, { "text": "cytobacteriological", "label": "SPECIES", "start": 2943, "end": 2962 }, { "text": "viruses: SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2717, "end": 2736 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 3295, "end": 3300 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 3406, "end": 3411 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 3512, "end": 3517 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3167, "end": 3174 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3312, "end": 3319 }, { "text": "C. koseri", "label": "SPECIES", "start": 3449, "end": 3458 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3615, "end": 3625 }, { "text": "probiotics", "label": "SPECIES", "start": 3662, "end": 3672 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 3882, "end": 3888 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 3742, "end": 3747 }, { "text": "Parents", "label": "HUMAN", "start": 3812, "end": 3819 } ]

[ "", "A", "27-year-old", "woman", "with", "no", "past", "history", ",", "resident", "of", "the", "hospital", ",", "presented", "with", "odynophagia", "followed", "by", "diffuse", "arthralgia", "and", "a", "rash", "of", "widespread", "pruritic", "erythematous", "plaques", ",", "with", "mainly", "facial", "and", "acral", "involvement", ".", "The", "diagnosis", "of", "urticaria", "was", "confirmed", "by", "a", "dermatologist", ".", "No", "triggers", "were", "found", "except", "for", "viral", "circumstances", ";", "the", "usual", "viral", "serum", "tests", "were", "negative", ".", "Antihistamine", "treatment", "was", "instituted", ".", "48", "hours", "later", ",", "she", "reported", "chills", ",", "chest", "pain", "and", "fever", "up", "to", "39", ".", "2", "°", "C", ".", "She", "had", "moderate", "lymphocytopenia", ".", "He", "had", "moderate", "lymphocytopenia", ",", "liver", "tests", "were", "normal", ",", "and", "the", "C-reactive", "protein", "value", "was", "49", "mg", "/", "l", ".", "The", "COVID-19", "(", "SARS-CoV-2", "PCR", ")", "test", "was", "positive", ".", "She", "was", "treated", "with", "paracetamol", "and", "antihistamines", "were", "maintained", ",", "with", "slow", "improvement", "of", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 648, "end": 658 }, { "text": "dermatologist", "label": "HUMAN", "start": 271, "end": 284 } ]

[ "A", "19-year-old", "woman", "with", "pain", "in", "the", "pubic", "area", "for", "15", "hours", ",", "refractory", "to", "analgesia", ".", "She", "presented", "with", "fever", "and", "asthenia", ".", "History", "of", "acute", "tonsillitis", "in", "the", "previous", "days", ".", "Diagnosis", ":", "septic", "pulmonary", "embolism", "and", "septic", "arthritis", "of", "the", "pubis", "secondary", "to", "pharyngeal", "infection", ".", "Fusobacterium", "Necrophorum", "was", "isolated", "in", "sputum", "and", "surgical", "drainage", "of", "the", "pubis", ".", "The", "patient", "underwent", "doppler", "ultrasound", "of", "the", "jugular", "veins", "and", "CT", "of", "the", "neck", "with", "contrast", ",", "ruling", "out", "thrombosis", "of", "the", "veins", ".", "Septic", "emboli", "were", "found", "even", "without", "jugular", "vein", "thrombosis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Fusobacterium Necrophorum", "label": "SPECIES", "start": 284, "end": 309 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 374, "end": 381 } ]

[ "Anamnesis", "A", "59-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "allergies", "or", "adverse", "reactions", "to", "medication", ",", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", "on", "treatment", "with", "hydrochlorothiazide", "and", "enalapril", ".", "He", "consulted", "for", "lesions", "on", "the", "face", "and", "trunk", "of", "almost", "4", "months", "'", "duration", ",", "not", "pruritic", "or", "painful", ",", "which", "did", "not", "respond", "to", "treatment", "with", "topical", "or", "systemic", "corticosteroids", ".", "She", "reports", "no", "fever", "or", "other", "associated", "symptoms", ".", "He", "denies", "ingestion", "of", "new", "drugs", ",", "recent", "travel", "or", "insect", "bites", ".", "Physical", "examination", "Multiple", "erythematous-violaceous", "papules", "and", "plaques", "were", "observed", "in", "the", "frontal", "region", ",", "ill-defined", ",", "measuring", "1", "to", "2", "cm", "in", "size", ",", "very", "infiltrated", "and", "not", "painful", "on", "palpation", ".", "There", "was", "also", "a", "maculopapular", "and", "erythematous", "rash", "on", "the", "neck", ",", "anterior", "chest", "and", "upper", "back", ".", "No", "palmoplantar", "or", "mucosal", "involvement", "was", "observed", ",", "nor", "were", "cervical", "or", "axillary", "lymphadenopathies", "or", "visceromegaly", "palpable", ".", "Complementary", "examinations", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "dense", "inflammatory", "infiltrate", "in", "the", "basal", "lamina", "with", "a", "tendency", "to", "epidermotropism", ",", "and", "also", "a", "perivascular", "infiltrate", "in", "the", "superficial", "and", "deep", "dermis", ".", "Immunohistochemistry", "showed", "marked", "positivity", "for", "CD20", "and", "less", "for", "CD3", ".", "No", "light", "chain", "restriction", "was", "observed", ".", "Treponeme", "staining", "in", "skin", "biopsy", ",", "serum", "VDRL", "and", "treponemal", "IgG", "and", "IgM", "tests", "were", "positive", ".", "Diagnosis", "Secondary", "pseudolymphomatoid", "syphilis", ".", "Treatment", "Benzathine", "penicillin", "2", ".", "4", "million", "i", ".", "m", ".", "was", "administered", ".", "Evolution", "After", "antibiotic", "therapy", ",", "a", "rapid", "clinical", "improvement", "was", "observed", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "skin", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 463, "end": 469 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 1297, "end": 1307 }, { "text": "Treponeme", "label": "SPECIES", "start": 1247, "end": 1256 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1288, "end": 1292 } ]

[ "Male", ",", "44", "years", "old", ",", "from", "Morocco", ",", "smoker", "1-2", "cig", "/", "day", ".", "He", "works", "in", "gardening", ".", "No", "other", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "The", "patient", "was", "seen", "in", "the", "outpatient", "department", "of", "Internal", "Medicine", "for", "a", "condition", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", "consisting", "of", "the", "presence", "of", "nodular", ",", "erythematous-violaceous", "facial", "lesions", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "late", "onset", "HIV", "infection", "(", "CD4", "60", "uL", ",", "HIV", "load", "317000", "copies", ")", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "lesions", "was", "performed", "and", "the", "result", "was", "non-specific", ".", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "vs", ".", "bacillary", "angiomatosis", "was", "suggested", "as", "a", "differential", "diagnosis", ".", "Doxycycline", "100", "md", "/", "12", "h", "vo", "was", "prescribed", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "skin", "lesions", "a", "few", "days", "later", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "EGV", "/", "cobicistat", ",", "FTC", ",", "ABC", "(", "Stribild", "®", ")", ".", "After", "10", "days", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "acute", "symptoms", "of", "general", "malaise", ",", "high", "fever", ",", "oligoanuria", "and", "hypotension", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "progressive", "increase", "in", "leukocytes", "and", "procalcitonin", ",", "with", "normal", "urine", "and", "chest", "X-ray", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "with", "a", "diagnosis", "of", "sepsis", "without", "evident", "focus", ".", "PCR", "was", "positive", "for", "Bartonella", "henselae", "in", "a", "skin", "lesion", "biopsy", ".", "A", "diagnosis", "of", "trench", "fever", "exacerbated", "by", "HAART-induced", "immune", "reconstitution", "was", "made", ".", "IV", "gentamicin", "and", "high-dose", "corticosteroids", "were", "added", ".", "He", "progressed", "favourably", "and", "was", "discharged", "and", "continued", "to", "be", "followed", "up", "in", "the", "infectious", "diseases", "department", ".", "Immune", "reconstitution", "syndrome", "should", "be", "suspected", "in", "patients", "with", "HIV", "infection", "who", ",", "after", "starting", "ART", ",", "develop", "\"", "paradoxical", "\"", "reactivation", "of", "opportunistic", "infections", "previously", "controlled", "with", "treatment", ".", "The", "usual", "pathogens", "with", "which", "it", "is", "described", "are", "M", ".", "tuberculosis", ",", "MAI", ",", "CMV", ",", "Cryptococcus", ",", "Pneumocystis", "and", "Herpes", "virus", "8", ",", "but", "there", "are", "rarer", "cases", "associated", "with", "Bartonella", "such", "as", "ours", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 98, "end": 104 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 130, "end": 137 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 86, "end": 94 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 356, "end": 359 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 382, "end": 385 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 318, "end": 325 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 1097, "end": 1107 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 1097, "end": 1116 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 762, "end": 769 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 1185, "end": 1190 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 1504, "end": 1507 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1470, "end": 1473 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1456, "end": 1464 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 1777, "end": 1787 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1686 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1688, "end": 1700 }, { "text": "Herpes virus 8", "label": "SPECIES", "start": 1719, "end": 1733 }, { "text": "MAI", "label": "SPECIES", "start": 1678, "end": 1681 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 1702, "end": 1714 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 1620, "end": 1629 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1661, "end": 1676 } ]

[ "A", "43-year-old", "man", "with", "rhinoconjunctivitis", "due", "to", "grass", "and", "olive", "tree", "pollens", ",", "extensive", "LTP", "syndrome", "(", "fresh", "and", "processed", "fruit", "and", "vegetables", ")", ",", "nut", "allergy", "and", "intolerance", "to", "NSAIDs", "who", ",", "after", "drinking", "horchata", "(", "a", "year", "earlier", ")", ",", "developed", "anaphylaxis", ".", "A", "prick", "test", "was", "performed", "with", "a", "commercial", "extract", "of", "fruits", ",", "nuts", "and", "pollens", ".", "Prick", "by", "prick", "with", "horchata", ",", "tiger", "nut", "extract", ",", "peach", "and", "apple", "skin", "and", "pulp", "and", "CAP", "to", "them", ".", "SDS", "PAGE", "and", "Western", "Blot", "were", "performed", ".", "Prick", "positive", "to", "nuts", ",", "fruits", "and", "peach", "skin", ",", "apple", ",", "gramineae", "legumes", ",", "olive", ",", "ash", "and", "cupressaceae", ".", "Profilin", "negative", ".", "CAP", ">", "0", ".", "35", "fruits", "(", "peach", "13", ".", "60", "IU", "/", "ml", ")", ",", "nuts", "(", "Arah2", "<", "0", ".", "35", ",", "rPrup3", "16", ".", "20", "IU7ml", ",", "rPrup4", "<", "0", ".", "35", ")", ",", "legumes", "and", "pollens", ".", "WESTERN", "BLOT", ":", "SDS", "PAGE", "and", "Western", "blot", "were", "performed", "recognising", "proteins", "of", "25", "and", "47", "kDa", "and", "also", "a", "band", "of", "14", "kDa", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "grass", "label": "SPECIES", "start": 50, "end": 55 }, { "text": "olive tree", "label": "SPECIES", "start": 60, "end": 70 }, { "text": "apple", "label": "SPECIES", "start": 397, "end": 402 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 387, "end": 392 }, { "text": "tiger nut", "label": "SPECIES", "start": 368, "end": 377 }, { "text": "gramineae", "label": "SPECIES", "start": 531, "end": 540 }, { "text": "apple", "label": "SPECIES", "start": 524, "end": 529 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 512, "end": 517 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 616, "end": 621 }, { "text": "ash", "label": "SPECIES", "start": 557, "end": 560 }, { "text": "cupressaceae", "label": "SPECIES", "start": 565, "end": 577 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "44-year-old", "Spanish", "woman", "with", "a", "history", "of", "breast", "cancer", "5", "years", "ago", "in", "remission", ",", "which", "was", "treated", "with", "surgery", ",", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ".", "She", "is", "being", "treated", "with", "tamoxifen", ",", "folic", "acid", "and", "IM", "vitamin", "B12", ".", "She", "denies", "toxic", "habits", ".", "Teacher", "by", "profession", ".", "No", "animals", ",", "no", "contact", "with", "the", "countryside", ".", "No", "previous", "trips", ".", "She", "presented", "with", "\"", "passing", "something", "when", "defecating", "\"", "the", "day", "before", "the", "consultation", ",", "together", "with", "abdominal", "distension", "and", "discomfort", "of", "several", "months", "'", "duration", ".", "No", "nausea", "or", "vomiting", ".", "No", "abdominal", "pain", ".", "No", "diarrhoea", "or", "fever", ".", "In", "the", "general", "laboratory", "tests", ",", "there", "was", "a", "slight", "leucopenia", "(", "3", ".", "35x10", "^", "3nL", ")", "with", "0", ".", "33x10", "^", "3nL", "eosinophils", ";", "the", "rest", "of", "the", "parameters", "were", "normal", ".", "The", "autoimmunity", "test", "was", "negative", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "showed", "mild", "eosinophilia", ".", "A", "stool", "culture", ",", "Clostridium", "difficile", "toxin", "and", "parasites", "were", "requested", "on", "2", "batches", "of", "3", "samples", "collected", "every", "other", "day", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "Based", "on", "the", "patient", "'", "s", "eosinophilia", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "made", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "of", "eosinophilia", "will", "depend", "on", "whether", "the", "patient", "is", "an", "immigrant", "or", "an", "autochthonous", "patient", ",", "a", "traveller", "or", "has", "HIV", "infection1", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "patient", "is", "an", "autochthonous", "patient", ",", "so", "we", "must", "consider", "several", "major", "groups", ":", "-", "Allergic", "reactions", ":", "such", "as", "atopic", "dermatitis", ",", "asthma", ",", "allergic", "rhinitis", ",", "pharmacological", "reactions", ".", "In", "the", "western", "world", ",", "the", "main", "cause", "of", "eosinophilia", "tends", "to", "be", "allergic", "reactions", ",", "but", "we", "have", "ruled", "this", "out", "as", "our", "patient", "does", "not", "report", "any", "relevant", "history", ".", "-", "Pharmacological", ":", "Drugs", "are", "a", "frequent", "cause", "of", "eosinophilia", "in", "Western", "countries", ",", "including", "antiepileptics", ",", "antidepressants", ",", "antihypertensives", "and", "antibiotics", "such", "as", "penicillins", ",", "cephalosporins", ",", "quinolones", "and", "sulphonamides", ".", "Her", "regular", "treatment", "with", "tamoxifen", ",", "acfol", "and", "optovite", "was", "not", "related", "to", "the", "eosinophilia", ".", "-", "Neoplasms", "and", "haematological", "disorders", ":", "primary", "eosinophilic", "syndrome", "(", "HES", ")", ",", "acute", "or", "chronic", "eosinophilic", "leukaemia", "in", "which", "immature", "eosinophils", "would", "be", "seen", "in", "the", "smear", ".", "In", "addition", ",", "other", "myeloid", "and", "lymphoid", "neoplasms", "are", "also", "included", ".", "Solid", "tumours", ",", "mainly", "adenocarcinomas", "of", "the", "gastrointestinal", "tract", "(", "stomach", ",", "large", "intestine", ")", ",", "lung", "and", "squamous", "epithelium", "(", "cervix", ",", "vagina", ",", "penis", ",", "skin", ",", "nasopharynx", ",", "bladder", ")", ".", "The", "smear", "showed", "mature", "eosinophils", ",", "so", "we", "ruled", "out", "haematological", "tumours", ".", "She", "had", "had", "breast", "cancer", ",", "but", "was", "being", "monitored", "by", "oncology", "and", "had", "been", "in", "complete", "remission", "for", "several", "years", ".", "-", "Immunological", "and", "rheumatological", "diseases", ":", "here", "we", "found", "systemic", "autoimmune", "diseases", "(", "Churg", "Strauss", ",", "eosinophilic", "fasciitis", ",", "severe", "forms", "of", "rheumatoid", "arthritis", "or", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", ")", ".", "We", "ruled", "it", "out", "as", "the", "autoimmunity", "study", "was", "negative", ".", "-", "Endocrine-metabolic", "diseases", ":", "adrenal", "insufficiency", ".", "This", "was", "ruled", "out", "on", "the", "basis", "of", "analytical", "results", ".", "-", "Parasites", "and", "other", "infections", ":", "helminths", "are", "the", "most", "commonly", "identified", "infectious", "cause", "of", "infectious", "eosinophilia", ".", "Although", "they", "are", "more", "frequent", "in", "patients", "from", "tropical", "regions", ",", "there", "are", "also", "some", "parasitosis", "capable", "of", "producing", "eosinophilia", "in", "our", "environment", ".", "The", "native", "helminths", "that", "most", "frequently", "cause", "it", "are", ":", "-", "Strongyloidiasis", ":", "Strongyloides", "stercolaris", ".", "Penetrates", "directly", "into", "the", "skin", "on", "contact", "with", "soil", "or", "water", "contaminated", "with", "human", "faeces", ".", "Can", "have", "a", "latency", "of", "years", ".", "-", "Toxocariasis", ":", "Toxocara", "canis", "and", "cati", ".", "Can", "be", "ingested", "with", "soil", "or", "food", "contaminated", "with", "dog", "or", "cat", "faeces", ".", "Severe", "systemic", "involvement", ".", "-", "Trichinellosis", ":", "Trichinella", "spiralis", ".", "Transmitted", "by", "ingestion", "of", "undercooked", "meat", ",", "especially", "pork", ".", "Diagnosis", "of", "the", "above", "three", "would", "be", "made", "by", "serology", ".", "-", "Anisakis", "spp", ":", "Associated", "with", "the", "ingestion", "of", "raw", "fish", "such", "as", "salted", ",", "smoked", ",", "pickled", "or", "undercooked", "fish", ".", "Diagnosis", "is", "made", "by", "visualisation", "of", "the", "worm", "recovered", "from", "emesis", "or", "by", "endoscopy", ".", "Detection", "of", "specific", "IgE", ".", "-", "Echinococcus", "granulosus", ":", "humans", "are", "infected", "by", "ingestion", "of", "Echinococcus", "eggs", "present", "in", "contaminated", "food", ",", "water", "or", "soil", ".", "-", "Fasciola", "hepatica", ",", "infection", "is", "acquired", "through", "ingestion", "of", "contaminated", "raw", "vegetables", "or", "water", ".", "-", "Taenia", "spp", ":", "transmitted", "by", "ingestion", "of", "undercooked", "meat", ".", "Diagnosis", "is", "made", "by", "clinical", "history", "and", "morphometric", "features", "after", "visualisation", "of", "faecal", "eggs", "and", "rings", ".", "Evolution", "After", "this", "first", "consultation", ",", "we", "advised", "the", "patient", "to", "take", "a", "photograph", "if", "she", "passed", "this", "material", "through", "her", "anus", "again", ".", "The", "following", "week", ",", "the", "patient", "came", "in", "with", "only", "the", "image", "of", "a", "white", "elastic", "material", "almost", "a", "metre", "long", ",", "she", "subsequently", "reported", "tenesmus", "and", "emission", "of", "rings", "of", "similar", "characteristics", "to", "the", "previous", "one", "but", "smaller", ":", "1", "or", "2", "cm", "long", "and", "barely", "1", "mm", "thick", ",", "she", "brought", "this", "smaller", "material", ",", "which", "was", "sent", "to", "microbiology", "and", "the", "diagnosis", "was", "obtained", ".", "It", "was", "a", "proglottide", "of", "Taenia", "spp", "(", "probably", "T", ".", "saginata", ")", ".", "After", "the", "diagnosis", "of", "taeniasis", ",", "he", "was", "treated", "with", "Praziquantel", "5-10mg", "/", "kg", "body", "weight", "in", "a", "single", "dose", "(", "450mg", ")", ".", "Stool", "monitoring", "was", "recommended", "for", "3", "months", "after", "treatment", ".", "The", "case", "was", "discussed", "with", "the", "preventive", "service", ",", "who", "indicated", "that", "hand", "washing", "and", "hygiene", "were", "necessary", ",", "but", "contacts", "did", "not", "need", "to", "take", "any", "special", "measures", ".", "She", "was", "subsequently", "reviewed", "in", "the", "outpatient", "Infectious", "Diseases", "department", ":", "since", "treatment", "she", "was", "completely", "asymptomatic", "and", "had", "no", "further", "discharge", "of", "the", "whitish", "material", "described", "above", "from", "the", "anus", ".", "Final", "diagnosis", "Taenia", "saginata", "infestation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "Teacher", "label": "HUMAN", "start": 265, "end": 272 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 291, "end": 298 }, { "text": "contact", "label": "HUMAN", "start": 303, "end": 310 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 50 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 833, "end": 854 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 865, "end": 874 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 984, "end": 991 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1139, "end": 1146 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1183, "end": 1190 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1244, "end": 1251 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1272, "end": 1279 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 1194, "end": 1203 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1545, "end": 1552 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 2895, "end": 2904 }, { "text": "helminths", "label": "SPECIES", "start": 2927, "end": 2936 }, { "text": "helminths", "label": "SPECIES", "start": 3179, "end": 3188 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3050, "end": 3058 }, { "text": "Strongyloides stercolaris", "label": "SPECIES", "start": 3245, "end": 3270 }, { "text": "Toxocara canis", "label": "SPECIES", "start": 3413, "end": 3427 }, { "text": "contact", "label": "HUMAN", "start": 3309, "end": 3316 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 3497, "end": 3500 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3354, "end": 3359 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 3490, "end": 3493 }, { "text": "Toxocara canis and cati", "label": "SPECIES", "start": 3413, "end": 3436 }, { "text": "Trichinella spiralis", "label": "SPECIES", "start": 3556, "end": 3576 }, { "text": "pork", "label": "SPECIES", "start": 3635, "end": 3639 }, { "text": "Anisakis spp", "label": "SPECIES", "start": 3699, "end": 3711 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 3750, "end": 3754 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 3802, "end": 3806 }, { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 3850, "end": 3854 }, { "text": "Echinococcus eggs", "label": "SPECIES", "start": 3984, "end": 4001 }, { "text": "Echinococcus granulosus", "label": "SPECIES", "start": 3923, "end": 3946 }, { "text": "Fasciola hepatica", "label": "SPECIES", "start": 4049, "end": 4066 }, { "text": "vegetables", "label": "SPECIES", "start": 4128, "end": 4138 }, { "text": "Taenia spp", "label": "SPECIES", "start": 4151, "end": 4161 }, { "text": "Taenia spp", "label": "SPECIES", "start": 4843, "end": 4853 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 5172, "end": 5180 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4376, "end": 4383 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4481, "end": 4488 }, { "text": "T. saginata", "label": "SPECIES", "start": 4864, "end": 4875 }, { "text": "Taenia saginata", "label": "SPECIES", "start": 5453, "end": 5468 } ]

[ "A", "60-year-old", "male", "patient", "consulted", "for", "severe", "pain", ",", "decreased", "visual", "acuity", "and", "redness", "in", "the", "left", "eye", "for", "a", "week", ".", "His", "family", "doctor", "indicated", "topical", "anti-inflammatory", "treatment", "and", "requested", "an", "assessment", "by", "the", "Ophthalmology", "Department", ".", "A", "diagnosis", "of", "acute", "left", "unilateral", "panuveitis", "was", "made", ",", "for", "which", "treatment", "with", "prednisone", "60", "mg", "/", "day", "was", "indicated", ".", "Given", "the", "lack", "of", "clinical", "improvement", ",", "an", "assessment", "by", "Internal", "Medicine", "was", "requested", "for", "a", "diagnostic", "study", ".", "As", "pathological", "history", ",", "the", "patient", "had", "presented", "a", "case", "of", "facial", "herpes", "zoster", "15", "days", "prior", "to", "the", "current", "episode", ",", "which", "he", "treated", "with", "Famciclovir", ",", "with", "adequate", "resolution", ".", "The", "patient", "was", "a", "smoker", ",", "single", ",", "with", "occasional", "risky", "sexual", "relations", ",", "and", "lived", "in", "a", "rural", "environment", ".", "In", "the", "guided", "anamnesis", ",", "he", "had", "a", "dry", "cough", "of", "several", "months", "'", "evolution", "together", "with", "mechanical", "back", "pain", "of", "years", "of", "evolution", ",", "hyporexia", "and", "loss", "of", "about", "2", "kg", "of", "weight", "in", "the", "previous", "2", "months", ",", "without", "mentioning", "any", "other", "relevant", "symptoms", ".", "Ophthalmological", "examination", "revealed", "very", "intense", "Tyndall", "phenomenon", "without", "hypopyon", ",", "mild", "conjunctival", "hyperemia", "and", "iris", "rubeosis", ",", "IOP", "18", "mmHg", ".", "In", "the", "general", "physical", "examination", ":", "Haemodynamic", "stability", ",", "afebrile", ".", "Absence", "of", "pathological", "signs", "in", "the", "neck", ",", "normal", "temporal", "arteries", ".", "Scattered", "rhonchi", "in", "both", "hemithorax", ",", "rest", "of", "the", "RCA", "normal", ".", "Slight", "pain", "on", "palpation", "over", "the", "right", "hypochondrium", "without", "hepatomegaly", "or", "other", "significant", "findings", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "The", "aetiological", "study", "of", "unilateral", "uveitis", "in", "this", "patient", "requires", "screening", "for", "local", "or", "systemic", "infectious", "diseases", "and", "inflammatory", "diseases", ".", "Paranoplastic", "diseases", "are", "less", "likely", "and", "it", "should", "not", "be", "forgotten", "that", "up", "to", "30", "%", "of", "uveitis", "(", "according", "to", "published", "series", ")", "are", "idiopathic", ".", "The", "ophthalmological", "evolution", "was", "torpid", ",", "with", "progressive", "erythema", "and", "left", "orbital", "swelling", ",", "and", "an", "increase", "in", "left", "IOP", ".", "The", "patient", "also", "presented", "respiratory", "worsening", ",", "with", "persistent", "dry", "cough", "and", "dyspnoea", "on", "minimal", "effort", ",", "for", "which", "parenteral", "antibiotic", "treatment", "(", "ceftriaxone", ")", "and", "ocular", "antihypertensive", "treatment", "was", "started", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "hospital", ".", "The", "differential", "diagnosis", "considered", ":", "primary", "ophthalmological", "infections", "(", "including", "viruses", "(", "herpes", ",", "HIV", ",", "CMV", ")", "and", "toxoplasma", ")", "and", "systemic", "infections", "(", "TB", ",", "lues", "and", "others", ")", ",", "inflammatory", "diseases", "(", "sarcoidosis", ",", "systemic", "vasculitis", ")", "and", "paraneoplastic", "diseases", "due", "to", "solid", "T", ".", "(", "bronchopulmonary", ")", "or", "haematological", "(", "lymphoma", ")", ".", "Complementary", "tests", ":", "The", "haemogram", "was", "normal", ".", "The", "biochemistry", "showed", "CRP", "11", "mg", "/", "dL", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "parameters", "being", "normal", ".", "ESR", "16", "mm", "1h", ".", "Serology", "IgG", "CMV", ",", "negative", "viral", "load", ",", "positive", "IgG", "VVZ", ",", "positive", "HLA", "B51", ",", "normal", "or", "negative", "serology", "for", "HBV", ",", "HCV", ",", "Toxoplasma", ",", "HIV", ",", "lues", ",", "Borrelia", ",", "intradermal", "tuberculin", "test", "(", "mantoux", "with", "booster", ")", ",", "ANA", ",", "HLA", "B27", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "multiple", "small", "hypodense", "lesions", "compatible", "with", "cysts", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "showed", "irregular", "alveolar", "pseudonodular", "foci", "measuring", "20x17", "mm", "and", "10x19", "mm", "in", "the", "lower", "lobe", "of", "the", "left", "lung", "and", "confirmed", "the", "ultrasound", "findings", "in", "the", "liver", ".", "Given", "the", "radiological", "findings", ",", "the", "study", "was", "continued", "to", "rule", "out", "pulmonary", "TB", "and", "vasculitis", ".", "Interferon", "gamma", "(", "Igra", ")", "analysis", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", ",", "in", "addition", "to", "bronchoscopy", "with", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "the", "microbiological", "study", "of", "which", "showed", "no", "microorganisms", "(", "including", "mycobacteria", ")", ".", "A", "cytological", "study", "was", "also", "performed", ",", "which", "was", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "ANCAs", "negative", ".", "Evolution", ":", "Despite", "antibiotic", "therapy", "and", "IOP", "control", ",", "the", "patient", "worsened", "clinically", ",", "with", "intense", "retroocular", "pain", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "orbit", "showed", "thickening", "of", "the", "LA", "sclera", ",", "hyperdense", "images", "in", "the", "posterior", "pole", "within", "the", "vitreous", "humour", ",", "increased", "retroorbital", "fat", "and", "a", "punctate", "haemorrhage", "at", "the", "insertion", "point", "of", "the", "optic", "nerve", ",", "as", "well", "as", "a", "doubtful", "image", "of", "retroorbital", "cellulitis", ".", "Vitrectomy", "was", "indicated", "for", "further", "diagnostic", "work-up", ".", "Vitrectomy", "is", "a", "technique", "not", "free", "of", "surgical", "risks", ",", "indicated", "to", "find", "a", "definitive", "diagnosis", "in", "patients", "with", "atypical", "manifestations", ",", "failure", "of", "empirical", "therapies", "or", "suspected", "underlying", "non-paraneoplastic", "processoneoplasm", ",", "especially", "in", "those", "patients", "with", "posterior", "involvement", "of", "the", "uvea", ".", "Samples", "were", "sent", "for", "anatomo-pathological", "study", ",", "in", "which", "there", "were", "no", "significant", "findings", ",", "and", "microbiological", "study", ".", "After", "several", "days", "we", "were", "informed", "of", "the", "growth", "of", "Nocardia", "otitiscaviarum", ".", "in", "the", "vitreous", "humour", "resistant", "to", "Imipenem", ",", "Tetracyclines", ",", "Clarithromycin", ",", "Amoxicillin", ",", "Cefotaxime", "and", "sensitive", "to", "TMP-SMX", ".", "The", "patient", "started", "treatment", "with", "TMP-SMX", ",", "achieving", "a", "progressive", "clinical", ",", "ophthalmological", "and", "respiratory", "improvement", ".", "After", "2", "months", ",", "the", "ocular", "inflammation", "and", "the", "hepatic", "and", "pulmonary", "lesions", "disappeared", "in", "control", "imaging", "tests", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 122, "end": 135 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 505, "end": 512 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 661, "end": 668 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2301, "end": 2304 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2296, "end": 2299 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2310, "end": 2320 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1572, "end": 1579 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1941, "end": 1948 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2159, "end": 2166 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2351, "end": 2355 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2806, "end": 2814 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2679, "end": 2682 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2795, "end": 2798 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2783, "end": 2793 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2773, "end": 2776 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2778, "end": 2781 }, { "text": "VVZ", "label": "SPECIES", "start": 2718, "end": 2721 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3485, "end": 3497 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3459, "end": 3473 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 2828, "end": 2838 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2693, "end": 2698 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2800, "end": 2804 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3656, "end": 3663 }, { "text": "Nocardia otitiscaviarum", "label": "SPECIES", "start": 4527, "end": 4550 } ]

[ "This", "is", "a", "20-year-old", "male", "diagnosed", "in", "September", "2003", "with", "pre-B", "acute", "lymphoblastic", "leukaemia", ",", "who", "was", "given", "intravenous", "induction", "chemotherapy", "and", "prophylactic", "intrathecal", "chemotherapy", "using", "PL", ".", "After", "applying", "various", "treatment", "regimens", "for", "8", "months", ",", "complete", "remission", "of", "the", "disease", "was", "not", "achieved", ".", "Four", "lumbar", "punctures", "for", "intrathecal", "chemoprophylaxis", "were", "performed", "during", "this", "period", "without", "complications", ".", "Repeated", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "analyses", "were", "normal", "on", "all", "occasions", ".", "Platelet", "counts", "prior", "to", "these", "punctures", "were", "34", ",", "000", ",", "118", ",", "000", ",", "338", ",", "000", "and", "161", ",", "000", "platelets", "/", "mm3", "respectively", ".", "Prothrombin", "time", "(", "PT", ")", "and", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", "(", "aPTT", ")", "were", "normal", ",", "and", "no", "platelet", "transfusion", "was", "performed", "prior", "to", "LP", ".", "In", "May", "2004", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "to", "hospital", "for", "a", "new", "cycle", "of", "chemotherapy", "and", "subsequently", "scheduled", "for", "a", "bone", "marrow", "transplant", ".", "A", "new", "LP", "was", "performed", "without", "incident", ",", "but", "on", "this", "occasion", "several", "platelet", "concentrates", "had", "to", "be", "trans-fused", "beforehand", "as", "the", "patient", "had", "a", "thrombocytopenia", "of", "26", ",", "000", "/", "mm3", ".", "In", "the", "previous", "2", "months", "he", "had", "also", "required", "several", "transfusions", "due", "to", "a", "progressive", "tendency", "to", "thrombocytopenia", "(", "below", "20", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "PT", "and", "APTT", "were", "normal", ".", "A", "few", "hours", "after", "the", "last", "LP", ",", "the", "patient", "required", "attention", "for", "isolated", "right", "sciatica", ".", "After", "about", "48", "hours", ",", "the", "radicular", "pain", "was", "associated", "with", "loss", "of", "strength", "in", "both", "MMII", ",", "which", "rapidly", "evolved", "into", "bilateral", "paraparesis", ",", "with", "only", "partial", "motor", "strength", "(", "3", "/", "5", ")", "in", "flexion-extension", "of", "the", "feet", ".", "No", "sensory", "or", "sphincter", "disturbances", "were", "observed", ".", "An", "emergency", "dorsolumbar", "MRI", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "image", "suggestive", "of", "ventral", "intradural", "extraparenchymal", "haematoma", "compressing", "conus", "medullaris", "and", "cauda", "equina", "from", "D12", "to", "L4", ".", "After", "intravenous", "gadolinium", "administration", ",", "no", "contrast", "uptake", "suggestive", "of", "an", "underlying", "lesion", "was", "observed", ".", "Subsequently", ",", "a", "decompressive", "laminectomy", "was", "performed", "from", "L1", "to", "L4", "and", "a", "longitudinal", "durotomy", ",", "after", "which", "the", "cauda", "equina", "was", "observed", "under", "high", "tension", ",", "contained", "by", "the", "intact", "arachnoid", "membrane", ".", "A", "small", "amount", "of", "subarachnoid", "blood", "clot", "compressed", "the", "conus", "medullaris", "dorsally", ".", "Exploration", "of", "the", "lateral", "areas", "showed", "the", "presence", "of", "a", "large", "ventral", "haematoma", "also", "contained", "by", "the", "arachnoid", "membrane", ".", "The", "arachnoid", "was", "then", "incised", "longitudinally", "and", "after", "separation", "of", "the", "dorsal", "roots", "of", "the", "cauda", "equina", "the", "clot", "was", "accessed", ".", "It", "was", "only", "possible", "to", "achieve", "a", "subtotal", "removal", "of", "the", "clot", ",", "as", "it", "was", "partially", "organised", "and", "adhered", "to", "the", "nerve", "roots", ".", "No", "macroscopic", "lesions", "were", "observed", "that", "could", "be", "the", "origin", "of", "the", "haematoma", ".", "The", "surgical", "procedure", "was", "completed", "with", "the", "closure", "of", "the", "dural", "plane", "using", "a", "lyophilised", "plastia", "to", "widen", "the", "space", ".", "The", "postoperative", "course", "was", "uneventful", ".", "The", "patient", "achieved", "a", "progressive", "recovery", "of", "strength", "and", "was", "able", "to", "ambulate", "on", "the", "fourth", "day", ",", "without", "sphincteric", "alterations", "or", "radicular", "pain", ",", "and", "reported", "only", "a", "slight", "residual", "cramping", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "In", "the", "following", "weeks", ",", "oncological", "treatment", "and", "bone", "marrow", "transplant", "were", "continued", ",", "but", "the", "patient", "developed", "a", "series", "of", "systemic", "complications", "that", "finally", "led", "to", "multi-organ", "failure", "and", "his", "death", "one", "month", "after", "the", "surgery", ".", "A", "post-surgical", "lumbar", "MRI", "could", "not", "be", "performed", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "poor", "clinical", "condition", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 759, "end": 766 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1015, "end": 1022 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1258, "end": 1265 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2797, "end": 2804 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3106, "end": 3113 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3303, "end": 3310 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 } ]

[ "", "A", "58-year-old", "woman", "reported", "a", "productive", "cough", ",", "fatigue", ",", "fever", "and", "diarrhoea", "of", "five", "days", "'", "duration", ".", "Physical", "examination", "revealed", "diffuse", "rhonchi", ".", "Initial", "vital", "signs", "were", ":", "blood", "pressure", "156", "/", "95", "mmHg", ",", "pulse", "130", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "82", "%", "with", "5L", "nasal", "cannula", ",", "respiratory", "rate", "24", "bpm", ",", "temperature", "38", ",", "7", "°", "C", ".", "Chest", "X-ray", "revealed", "bilateral", "infiltrates", "predominantly", "in", "the", "lower", "lobe", ".", "Shortly", "afterwards", "she", "was", "intubated", "due", "to", "hypoxic", "respiratory", "failure", "and", "possible", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "(", "ARDS", ")", ".", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "showed", "sinus", "tachycardia", "and", "ascending", "ST-segment", "elevation", "in", "I", "and", "aVL", ",", "mild", "diffuse", "PR-segment", "descent", "and", "diffuse", "ST-segment", "and", "T-wave", "changes", ".", "Initial", "troponin", "I", "was", "negative", "but", "peaked", "at", "11", ".", "02", "ng", "/", "mL", ".", "Of", "note", "was", "the", "presence", "of", "leukocytopenia", "(", "absolute", "lymphocyte", "count", "of", "1", ".", "04", "K", "/", "cu", "mm", ")", ".", "PCR", "RNA", "testing", "for", "SARS-CoV-2", "(", "COVID-19", ")", "was", "positive", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", ".", "She", "stated", "that", "she", "had", "not", "travelled", ",", "but", "pointed", "out", "that", "her", "father", "was", "ill", "with", "similar", "symptoms", ".", "Based", "on", "the", "initial", "clinical", "picture", ",", "electrocardiographic", "findings", "and", "increased", "troponin", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "ST-segment", "elevation", "myocardial", "infarction", "(", "STEMI", ")", ",", "stress", "cardiomyopathy", "and", "myopericarditis", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "revealed", "apical", ",", "anterolateral", ",", "anteroseptal", "and", "mid", "to", "distal", "anterior", "akinetic", "segments", ",", "moderately", "hypokinetic", "mid", "and", "distal", "inferolateral", "segments", "and", "hyperdynamic", "basal", "segments", ".", "Apical", "ballooning", "was", "also", "noted", ".", "The", "LV", "ejection", "fraction", "was", "20", "%", ".", "The", "right", "ventricular", "(", "RV", ")", "distal", "/", "apical", "third", "free", "septum", "was", "akinetic", ",", "with", "hyperdynamic", "RV", "septal", "basal", "motion", ".", "RV", "activity", "was", "mildly", "reduced", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ".", "Echocardiogram", "findings", "were", "classic", "for", "Takotsubo", "syndrome", "or", "exertional", "cardiomyopathy", ",", "and", "as", "the", "distribution", "of", "septal", "motion", "abnormalities", "did", "not", "correspond", "with", "ECG", "findings", "and", "increased", "troponin", ",", "STEMI", "seemed", "unlikely", ".", "In", "view", "of", "the", "COVID-19", "infection", ",", "it", "was", "again", "decided", "to", "postpone", "coronary", "angiography", ".", "However", ",", "pharmacological", "treatment", "for", "acute", "coronary", "syndrome", "was", "started", "with", "dual", "antiplatelet", "therapy", "and", "anticoagulation", "with", "continuous", "i", ".", "v", ".", "heparin", ".", "For", "COVID-19", ",", "treatment", "with", "hydroxychloroquine", "was", "started", "but", "subsequently", "withdrawn", "after", "the", "echocardiogram", "because", "of", "the", "possible", "risk", "of", "worsening", "cardiomyopathy", "and", "QT", "lengthening", ";", "treatment", "with", "azithromycin", "was", "completed", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "developed", "shock", ",", "most", "likely", "cardiogenic", "/", "septic", "with", "a", "central", "venous", "oxygen", "saturation", "of", "42", "%", ",", "and", "required", "dobutamine", ".", "Over", "the", "following", "days", ",", "the", "cardiogenic", "shock", "improved", ",", "with", "a", "central", "venous", "saturation", "of", "65", "%", "and", "decreased", "dobutamine", "requirements", ".", "Six", "days", "later", ",", "a", "repeat", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "improvement", "in", "global", "septal", "motion", "and", "an", "LV", "EF", "of", "55", "%", ".", "From", "the", "rapid", "improvement", "seen", "on", "the", "follow-up", "echocardiogram", ",", "his", "cardiac", "picture", "appeared", "more", "consistent", "with", "exertional", "cardiomyopathy", "in", "the", "setting", "of", "a", "COVID-19", "infection", ".", "This", "diagnosis", "was", "supported", "by", "the", "ECG", ",", "which", "revealed", "no", "evidence", "of", "Q-wave", "myocardial", "infarction", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 855, "end": 865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 904 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1044, "end": 1050 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1739, "end": 1746 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2511, "end": 2518 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "27-year-old", "woman", "of", "Chinese", "nationality", ",", "who", "did", "not", "understand", "Spanish", ",", "had", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", "and", "had", "been", "correctly", "vaccinated", "during", "childhood", "in", "her", "country", "of", "origin", ".", "The", "patient", "first", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "the", "health", "centre", "for", "a", "pruritic", "urticariform", "reaction", "of", "24", "hours", "'", "duration", ".", "At", "this", "first", "consultation", ",", "she", "was", "prescribed", "an", "intramuscular", "antihistamine", "and", "a", "delayed-release", "corticoid", "and", "was", "diagnosed", "with", "urticaria", ".", "One", "day", "later", "the", "patient", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "an", "increase", "in", "lesions", ",", "reporting", "intense", "itching", "of", "the", "face", ",", "scalp", ",", "trunk", ",", "upper", "limbs", "and", "genitals", ".", "Several", "polymorphous", "lesions", "with", "a", "widespread", "distribution", "were", "observed", ",", "with", "haemorrhagic", "crusty", "lesions", "and", "other", "vesicular-pustular", "lesions", "two", "to", "five", "millimetres", "in", "diameter", ",", "some", "of", "them", "umbilicated", "in", "the", "central", "area", ".", "In", "the", "central", "abdominal", "region", "there", "was", "a", "necrotic", "crusty", "lesion", "that", "the", "patient", "said", "she", "had", "handled", ".", "After", "examination", ",", "she", "was", "diagnosed", "with", "chickenpox", ".", "She", "was", "referred", "home", "after", "taking", "a", "smear", "of", "the", "lesions", ",", "explaining", "to", "her", "the", "respiratory", "isolation", "measures", "that", "should", "be", "taken", "with", "her", "non-immunised", "cohabitants", ".", "She", "was", "prescribed", "oral", "acyclovir", "800", "mg", "every", "four", "hours", ",", "five", "times", "a", "day", ",", "with", "nightly", "rest", "for", "seven", "days", ",", "and", "antihistamines", ".", "Seven", "days", "later", ",", "our", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "our", "referral", "hospital", "for", "intense", "asthenia", "of", "24", "hours", "'", "duration", "with", "no", "other", "symptoms", ".", "The", "examination", "was", "completely", "normal", ",", "so", "in", "the", "absence", "of", "any", "abnormalities", "in", "both", "laboratory", "and", "radiological", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "home", ".", "Twelve", "hours", "later", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "suprapubic", "pain", "and", "asthenia", ".", "In", "the", "anamnesis", "she", "reported", "dysuria", "of", "two", "days", "'", "evolution", "and", "oligoanuria", ",", "with", "no", "concomitant", "febrile", "process", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "completely", "normal", ".", "Abdominal", "examination", "revealed", "suprapubic", "pain", "with", "palpation", "of", "the", "bladder", "balloon", "with", "positive", "suction", "in", "both", "renal", "fossae", ".", "Suspecting", "acute", "urinary", "retention", ",", "a", "bladder", "catheterisation", "was", "performed", ",", "revealing", "an", "emptying", "of", "1", ",", "200", "cc", ".", "Blood", "and", "urine", "tests", "were", "performed", "with", "results", "within", "normal", "parameters", ".", "The", "abdominal", "X-ray", "showed", "the", "presence", "of", "abundant", "retained", "faecal", "debris", ".", "During", "re-evaluation", "in", "the", "observation", "room", ",", "the", "companion-translator", "reported", "a", "clear", "improvement", "in", "abdominal", "pain", "and", "said", "that", "the", "patient", "had", "been", "suffering", "from", "progressive", "loss", "of", "strength", "and", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", "for", "four", "days", ".", "The", "patient", "was", "re-evaluated", ",", "with", "marked", "cervical", "stiffness", ",", "normal", "cranial", "nerves", ",", "distal", "and", "proximal", "motor", "balance", "5", "/", "5", "in", "the", "upper", "limbs", ".", "In", "the", "lower", "extremities", ",", "flaccid", "paraparesis", "with", "motor", "balance", "3", "/", "5", "proximal", "and", "4", "/", "5", "distal", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "with", "bilateral", "patellar", "hyporeflexia", "and", "abolition", "of", "Achilles", "reflexes", ".", "Bilateral", "plantar", "cutaneous", "reflex", "in", "flexion", ".", "Hypo-sensitivity", "in", "metatarsals", "below", "D5", "(", "breast", ")", ".", "In", "view", "of", "the", "presence", "of", "neurological", "alterations", ",", "a", "craniocerebral", "computerised", "axial", "tomography", "(", "CAT", ")", "scan", "was", "ordered", ",", "where", "no", "focal", "intracranial", "lesions", "were", "observed", "and", "the", "cerebrospinal", "fluid", "spaces", ",", "as", "well", "as", "the", "differentiation", "of", "grey", "matter", "and", "white", "matter", "were", "normal", ".", "Subsequently", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "where", "clear", "fluid", "was", "observed", "and", "samples", "were", "sent", "for", "laboratory", "studies", ",", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "neurology", "department", "with", "the", "diagnosis", "of", "suspected", "post-infectious", "incomplete", "transverse", "myelitis", ".", "During", "his", "admission", ",", "a", "spinal", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "area", "of", "T2", "hypersignal", "located", "at", "the", "level", "of", "the", "cervical", "spinal", "cord", "(", "C5-D1", ")", "with", "a", "small", "dilatation", "of", "the", "ependymal", "duct", ",", "most", "likely", "related", "to", "infectious", "myelopathy", ".", "The", "lesion", "showed", "mild", "hypointensity", "in", "T1", ".", "This", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "infectious", "myelitis", "in", "the", "cervical", "spinal", "cord", ".", "CSF", "serology", "results", "for", "Borrelia", ",", "Brucella", ",", "syphilis", ",", "Epstein", "Barr", "virus", "(", "EBV", ")", ",", "Cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ",", "Herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", ")", "and", "Varicella", "zoster", "virus", "(", "VZV", ")", "were", "negative", ".", "Serum", "serology", "results", "were", "congruent", "with", "CSF", ",", "except", "for", "Varicella", "zoster", "virus", "which", "was", "positive", ".", "Human", "Immunodeficiency", "Virus", "serology", "was", "also", "requested", "with", "negative", "results", ".", "Therefore", ",", "her", "highly", "probable", "aetiological", "diagnosis", "was", "acute", "myelitis", "due", "to", "Varicella", "zoster", "virus", "(", "VZV", ")", "infection", ".", "Since", "her", "admission", ",", "given", "the", "high", "suspicion", "of", "acute", "myelitis", "due", "to", "VZV", ",", "treatment", "was", "started", "with", "i", ".", "v", ".", "acyclovir", "for", "the", "first", "ten", "days", "with", "the", "addition", "of", "i", ".", "v", ".", "corticosteroid", ".", "The", "patient", "improved", "slowly", "but", "steadily", ",", "and", "finally", ",", "after", "a", "month", "of", "hospitalisation", ",", "the", "catheter", "was", "removed", "without", "any", "episode", "of", "acute", "urinary", "retention", "in", "the", "following", "days", ".", "On", "discharge", "she", "continued", "rehabilitation", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 259 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 194, "end": 204 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 212, "end": 221 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 542, "end": 549 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 999, "end": 1006 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 1239, "end": 1250 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1405, "end": 1412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1722, "end": 1729 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2498, "end": 2505 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2610, "end": 2617 }, { "text": "companion-translator", "label": "HUMAN", "start": 2412, "end": 2432 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3455, "end": 3462 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 4008, "end": 4016 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 4018, "end": 4026 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4081, "end": 4084 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 4064, "end": 4079 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 4058, "end": 4061 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 4109, "end": 4112 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4028, "end": 4036 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 4038, "end": 4056 }, { "text": "Herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 4087, "end": 4107 }, { "text": "Varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 4118, "end": 4140 }, { "text": "Varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 4221, "end": 4243 }, { "text": "Varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 4424, "end": 4446 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 4142, "end": 4145 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 4448, "end": 4451 }, { "text": "Human Immunodeficiency Virus", "label": "SPECIES", "start": 4264, "end": 4292 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 4535, "end": 4538 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4651, "end": 4658 } ]

[ "A", "49-year-old", "parental", "drug", "user", ",", "with", "a", "history", "of", "chronic", "hepatopathy", "due", "to", "HCV", "and", "indefinite", "anticoagulation", "due", "to", "repeated", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "cervicalgia", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", "radiating", "to", "the", "5th", "finger", "of", "the", "right", "arm", "with", "a", "previous", "episode", "of", "fever", "of", "38oC", "and", "recent", "venipuncture", ".", "In", "the", "anamnesis", "she", "denied", "any", "infectious", "focus", "and", "her", "physical", "examination", "was", "anodyne", ".", "He", "had", "previously", "consulted", "for", "this", "reason", "and", "was", "discharged", "with", "symptomatic", "treatment", ".", "Despite", "this", ",", "he", "reported", "clinical", "worsening", "and", "showed", "an", "increase", "in", "acute", "phase", "reactants", ",", "so", "he", "was", "admitted", "for", "empirical", "treatment", "with", "ceftazidime", "and", "cloxacillin", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "However", ",", "Serratia", "marcescens", "was", "isolated", "in", "2", "/", "3", "blood", "cultures", ",", "so", "antibiogram-directed", "treatment", "was", "started", "with", "cefepime", ",", "later", "changed", "to", "ertapenem", "on", "the", "advice", "of", "microbiology", ".", "An", "MRI", "was", "requested", "which", "showed", "extradural", "spinal", "cord", "compression", "at", "C5-C6", "level", "due", "to", "an", "anterior", "epidural", "abscess", "with", "signs", "of", "incipient", "spondylodiscitis", "and", "an", "abscessed", "prevertebral", "collection", "from", "C3", "to", "C6-C7", ".", "For", "this", "reason", ",", "neurosurgical", "assessment", "was", "requested", ",", "which", "ruled", "out", "intervention", "as", "there", "were", "no", "clinical", "signs", "of", "spinal", "cord", "compression", "at", "that", "time", ".", "During", "admission", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "symptomatic", "improvement", ",", "with", "less", "pain", "and", "a", "subjective", "increase", "in", "strength", "in", "both", "arms", ".", "Control", "blood", "cultures", "were", "sterile", ".", "Given", "the", "good", "evolution", ",", "after", "3", "weeks", "of", "targeted", "intravenous", "antibiotherapy", ",", "he", "was", "discharged", "with", "oral", "fosfomycin", "and", "ciprofloxacin", "until", "completing", "6", "weeks", "of", "treatment", ".", "Radiological", "control", "at", "2", "and", "5", "months", "confirmed", "the", "resolution", "of", "the", "abscess", "without", "signs", "of", "myelopathy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1304, "end": 1311 }, { "text": "Serratia marcescens", "label": "SPECIES", "start": 728, "end": 747 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 79, "end": 82 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 692, "end": 695 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Difficulty", "in", "swallowing", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "the", "patient", "in", "our", "case", "is", "a", "61", "year", "old", "male", "with", "a", "personal", "history", "of", "being", "an", "ex-smoker", "of", "one", "packet", "of", "cigarettes", "a", "year", ".", "He", "came", "to", "our", "emergency", "department", "because", "he", "reported", "a", "sensation", "of", "choking", "and", "tightness", "in", "the", "throat", "that", "did", "not", "worsen", "with", "effort", ",", "as", "well", "as", "difficulty", "swallowing", "solids", ".", "According", "to", "our", "patient", ",", "the", "oppressive", "sensation", "lasted", "no", "more", "than", "two", "hours", "and", "self-limited", "spontaneously", ".", "Physical", "examination", ":", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "had", "a", "systolic", "blood", "pressure", "of", "114", "mmHg", "and", "a", "diastolic", "blood", "pressure", "of", "86", "mmHg", ".", "The", "heart", "rate", "was", "75", "beats", "per", "minute", "and", "the", "SaO2", "was", "96", "%", ".", "Our", "patient", "was", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ",", "well", "hydrated", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "was", "rhythmic", "and", "without", "murmurs", "with", "good", "ventilation", "and", "no", "alterations", "in", "the", "vesicular", "murmur", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "with", "no", "masses", "or", "megaliths", "and", "no", "signs", "of", "peritonism", ".", "The", "lower", "limbs", "showed", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", "As", "complementary", "tests", "it", "was", "decided", "to", "perform", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "at", "68", "bpm", ",", "normal", "PR", "interval", ",", "narrow", "QRS", ",", "without", "acute", "repolarisation", "alterations", ".", "Blood", "tests", "with", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", ",", "which", "were", "anodine", ",", "except", "for", "LDH", "of", "897", ".", "PA", "and", "L", "chest", "X-ray", ":", "perihilar", "image", "in", "the", "right", "upper", "pulmonary", "lobe", ".", "Family", "and", "community", "approach", "The", "patient", "is", "a", "61-year-old", "male", "patient", ",", "independent", "for", "basic", "and", "instrumental", "activities", "of", "daily", "living", ".", "He", "is", "single", "and", "lives", "with", "his", "father", ".", "Good", "family", "support", ".", "Low", "socio-cultural", "level", ".", "He", "is", "regularly", "followed", "up", "for", "digestive", "pathology", "at", "his", "health", "centre", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Infectious", "granuloma", ".", "Benign", "lung", "neoplasm", ":", "hamartoma", ",", "lipoma", "or", "fibroma", ".", "Malignant", "lung", "neoplasm", ":", "primary", "or", "metastatic", ".", "Rheumatoid", "nodule", ".", "Wegener", "'", "s", "granolomatosis", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "findings", "are", "discussed", "with", "the", "pneumology", "department", "and", "a", "joint", "decision", "is", "made", "to", "admit", "the", "patient", "for", "further", "study", ".", "Once", "admitted", "to", "the", "ward", ",", "the", "following", "is", "performed", ":", "-", "Chest", "CT", "scan", ":", "right", "hilar", "mass", "with", "multiple", "mediastinal", "adenopathies", "and", "2", "metastases", "at", "the", "level", "of", "the", "hepatic", "hilum", ",", "as", "well", "as", "bone", "metastases", "at", "the", "left", "costal", "and", "sacral", "level", ".", "According", "to", "this", ",", "it", "would", "correspond", "to", "stage", "IV", "(", "T4N3M1c", ")", ".", "The", "lung", "mass", "exerts", "a", "mass", "effect", "with", "partial", "compression", "of", "the", "superior", "vena", "cava", ".", "-", "Fibrobronchoscopy", ":", "Complete", "obstruction", "was", "observed", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "upper", "lobe", "with", "a", "clot", "at", "its", "entrance", "which", "was", "not", "removed", ".", "Brushings", "and", "biopsies", "of", "the", "infiltrations", "and", "the", "carina", "of", "the", "right", "upper", "lobe", "were", "performed", ".", "Evolution", "With", "an", "anatomopathological", "result", "of", "right", "Hiliar", "Microcytic", "Carcinoma", "of", "68x80x60", "mm", "extended", "to", "the", "mediastinum", ",", "liver", "and", "bone", "level", ",", "discharge", "was", "decided", "after", "the", "clinical", "and", "analytical", "stability", "of", "the", "patient", ",", "and", "a", "new", "appointment", "was", "made", "after", "being", "informed", "of", "the", "decision", "of", "the", "Tumour", "Committee", "of", "the", "Hospital", "Infanta", "Elena", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 139 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 454, "end": 461 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 181, "end": 189 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 169, "end": 173 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 617, "end": 624 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 775, "end": 782 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1546, "end": 1552 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1731, "end": 1737 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1580, "end": 1587 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1610, "end": 1617 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 1605, "end": 1617 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1718, "end": 1724 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1605, "end": 1609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2204, "end": 2211 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3087, "end": 3094 } ]

[ "This", "is", "a", "44-year-old", "woman", ",", "religious", ",", "resident", "of", "Paredes", "de", "Nava", "and", "a", "native", "of", "Kenya", ",", "who", "consulted", "for", "a", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "with", "shivering", "for", "the", "last", "6", "days", ".", "Personal", "history", "of", "pancytopenia", "and", "rheumatoid", "arthritis", ".", "He", "had", "travelled", "to", "his", "native", "country", "to", "visit", "his", "family", ",", "from", "where", "he", "had", "returned", "4", "days", "earlier", "and", "where", "he", "had", "been", "staying", "for", "a", "month", ".", "He", "had", "not", "taken", "any", "anti-infective", "prophylaxis", ".", "The", "fever", "was", "not", "accompanied", "by", "cough", ",", "expectoration", "or", "chest", "pain", ",", "but", "by", "diarrhoea", "with", "two", "to", "three", "liquid", "stools", "per", "day", ".", "He", "denied", "haemorrhages", ".", "Physical", "examination", ":", "113", "bpm", ",", "temperature", "38", ".", "6oC", ",", "mild", "palpable", "splenomegaly", ",", "everything", "else", "being", "unremarkable", ".", "CBC", ":", "haemoglobin", "10", "g", "/", "dL", ",", "leukocytes", "2100", "/", "L", "and", "platelets", "56000", "/", "L", ",", "(", "pancytopenia", "higher", "than", "usual", ")", ".", "LDH", "347", "U", "/", "L", ",", "CRP", "173", "mg", "/", "L", "and", "procalcitonin", "3", ".", "1", "ng", "/", "mL", ".", "Bilirubin", "normal", ".", "Urine", "systemic", ":", "haemoglobin", "+", "and", "urobilinogen", "+", "+", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "spleen", "at", "the", "upper", "limit", "of", "normality", ".", "Blood", "cultures", ",", "stool", "culture", ",", "urine", "culture", ":", "negative", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "were", "normal", ".", "Empirical", "treatment", "with", "doxycycline", "and", "ceftriaxone", "was", "started", "in", "the", "emergency", "department", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "given", "the", "suspicion", "of", "Malaria", "as", "the", "first", "option", "in", "the", "differential", "diagnosis", ",", "Malarone", "®", "(", "proguanil", "/", "atovaquone", ")", "250", "/", "100mg", ",", "4", "tablets", "together", "daily", "for", "three", "consecutive", "days", "was", "started", "and", "the", "rest", "of", "the", "complementary", "tests", "were", "requested", "to", "rule", "out", "other", "possible", "causes", "of", "imported", "fever", ":", "B", "virus", ",", "C", "virus", ",", "HIV", ",", "Borrelia", ",", "Coxiella", "and", "Rikettsia", "serologies", ",", "in", "addition", "to", "the", "detection", "of", "malaria", "antigen", "in", "blood", ",", "which", "was", "positive", "for", "Plasmodium", "falciparum", ",", "so", "Malaria", "was", "finally", "diagnosed", ".", "No", "parasites", "were", "observed", "in", "the", "smear", ".", "The", "diagnosis", "was", "made", "by", "means", "of", "a", "rapid", "diagnostic", "test", "that", "detects", "species-specific", "parasite", "antigen", "common", "to", "all", "species", ".", "The", "advantage", "is", "that", "it", "works", "like", "a", "pregnancy", "test", "and", "does", "not", "require", "experience", "on", "the", "part", "of", "the", "user", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "anaemisation", "up", "to", "7", ".", "7", "g", "/", "dL", "haemoglobin", ",", "requiring", "transfusion", "of", "two", "red", "blood", "cell", "concentrates", ".", "On", "discharge", "she", "was", "asymptomatic", "and", "on", "review", "in", "the", "consultation", "room", "it", "was", "found", "that", "she", "did", "not", "become", "anaemic", "again", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 167, "end": 175 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 278, "end": 284 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1502, "end": 1510 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1512, "end": 1520 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1497, "end": 1500 }, { "text": "Plasmodium falciparum", "label": "SPECIES", "start": 1628, "end": 1649 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1688, "end": 1697 }, { "text": "C virus", "label": "SPECIES", "start": 1488, "end": 1495 }, { "text": "B virus", "label": "SPECIES", "start": 1479, "end": 1486 }, { "text": "Rikettsia", "label": "SPECIES", "start": 1525, "end": 1534 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1798, "end": 1805 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1846, "end": 1853 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1815, "end": 1823 } ]

[ "A", "40-year-old", "man", "was", "followed", "up", "by", "the", "dermatology", "department", "for", "presenting", "painful", "nodular", "gluteal", "lesions", "with", "purulent", "drainage", ".", "He", "was", "histologically", "diagnosed", "with", "deep", "suppurative", "cystic", "folliculitis", ",", "compatible", "with", "acne", "conglobata", ",", "with", "positive", "culture", "for", "Staphylococcus", "aureus", ".", "He", "was", "treated", "with", "prednisone", "(", "15", "mg", "/", "day", ")", ",", "isotetricin", "and", "rifampicin", "without", "improvement", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "a", "one-year", "history", "of", "25", "kg", "weight", "loss", "and", "abdominal", "pain", ",", "with", "onset", "of", "fever", "in", "recent", "weeks", ".", "The", "patient", "was", "referred", "for", "admission", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "cachectic", ",", "with", "multiple", "nodular", "lesions", "in", "the", "gluteal", "and", "perianal", "region", "with", "scarring", "between", "them", ",", "draining", "purulent", "material", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "severe", "iron", "deficiency", "anaemia", "(", "Hb", ":", "7", ".", "2", "g", "/", "dl", ")", ",", "increased", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", ":", "13", ")", "and", "signs", "of", "malnutrition", "(", "albumin", ":", "2", ".", "49", "g", "/", "dl", ",", "cholesterol", ":", "8", ".", "3", "mg", "/", "dl", ")", ".", "A", "colonoscopy", "was", "performed", ",", "showing", "pseudopolyps", ",", "ulcers", "and", "a", "mucous", "cobblestone", "appearance", "in", "the", "rectum", "and", "transverse", "colon", ",", "as", "well", "as", "two", "fistulous", "orifices", ";", "the", "histological", "diagnosis", "was", "inflammatory", "bowel", "disease", "of", "the", "Crohn", "'", "s", "disease", "(", "CD", ")", "type", ".", "A", "pelvic", "MRI", "showed", "a", "left", "perianal", "fistula", "with", "extension", "to", "the", "left", "thigh", "root", ".", "Treatment", "was", "prescribed", "with", "high-dose", "steroids", ",", "5-ASA", ",", "antibiotics", "and", "azathioprine", ",", "with", "a", "notable", "clinical", "and", "analytical", "improvement", "and", "practical", "resolution", "of", "the", "skin", "lesions", ".", "In", "this", "case", ",", "the", "existence", "of", "another", "diagnosis", "(", "acne", "conglobata", ")", "together", "with", "the", "presentation", "of", "CD", "as", "perianal", "disease", "(", "EPA", ")", "led", "to", "a", "delay", "in", "diagnosis", ",", "which", "may", "have", "been", "a", "determining", "factor", "in", "the", "development", "of", "these", "severe", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 269, "end": 290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 505, "end": 512 } ]

[ "Clinical", "history", "A", "48-year-old", "woman", "from", "Marandúa", "(", "Vichada-Colombia", ")", "consulted", "for", "an", "erythematous", "lesion", "on", "the", "right", "ear", ",", "of", "3", "months", "'", "evolution", ".", "She", "denied", "any", "history", "of", "trauma", "or", "insect", "bite", ".", "He", "had", "self-medicated", "with", "oral", "fluconazole", ",", "corticosteroids", "and", "topical", "antibiotics", ",", "without", "improvement", ".", "Physical", "examination", "On", "the", "helix", "and", "right", "auricular", "concha", "there", "was", "an", "erythematous", ",", "oedematous", ",", "shiny", ",", "infiltrated", ",", "non-painful", "plaque", "with", "regular", "borders", ",", "with", "some", "pustules", ",", "and", "no", "palpable", "regional", "lymphadenopathy", ".", "Histopathology", "Skin", "biopsy", "showed", "epidermal", "hyperplasia", "with", "horny", "pustules", ",", "dermis", "with", "diffuse", "chronic", "inflammation", "rich", "in", "plasmacytes", "with", "epithelioid", "granulomas", "rich", "in", "giant", "cells", "and", "some", "polymorphonuclear", "cells", "in", "its", "centre", ",", "abscesses", "passing", "from", "the", "dermis", "to", "the", "infundibulae", ".", "Haematoxylin-eosin", "×", "2", ".", "5", "(", "A", ")", "and", "×", "40", "(", "B", ")", ".", "Epidermal", "hyperplasia", ".", "Dermis", "with", "diffuse", "chronic", "inflammation", "rich", "in", "plasmacytes", ",", "with", "granulomas", "rich", "in", "giant", "cells", "and", "some", "neutrophilic", "polymorphonuclear", "cells", ".", "Other", "complementary", "tests", "Direct", "examination", "and", "culture", "for", "Leishmania", "were", "negative", ".", "Culture", "for", "deep", "mycosis", "on", "Sabouraud", "agar", "and", "potato", "dextrose", "agar", "(", "PDA", ")", ",", "after", "10", "days", "incubation", "at", "25", "°", "C", ",", "was", "positive", "for", "Sporothrix", "schenckii", ".", "Sporothrix", "schenckii", "culture", ".", "On", "Sabouraud", "agar", "and", "potato", "dextrose", "at", "25", "°", "C", ",", "after", "10", "days", "incubation", ".", "The", "yeast-like", "phase", "on", "Seneca", "agar", "(", "nutrient", "agar", "for", "isolation", "of", "Leishmania", "spp", ".", ")", "was", "observed", "after", "15", "days", "of", "incubation", ".", "Microscopic", "imaging", "of", "the", "mycelial", "phase", "showed", "sympodial", "daisy-shaped", "conidiation", ".", "Yeast-like", "phase", "on", "Seneca", "agar", ",", "after", "15", "days", "incubation", ".", "Microscopic", "image", "of", "the", "mycelial", "phase", ",", "daisy-shaped", "microconidia", ".", "Diagnosis", "Fixed", "cutaneous", "sporotrichosis", "caused", "by", "the", "dimorphic", "fungus", "Sporothrix", "schenckii", ".", "Evolution", "and", "treatment", "Treatment", "was", "indicated", "with", "oral", "itraconazole", "in", "pulses", "of", "200mg", "/", "12h", "/", "7", "consecutive", "days", "per", "month", "for", "6", "months1", ",", "2", ",", "with", "resolution", "of", "the", "clinical", "picture", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 186, "end": 192 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1093, "end": 1103 }, { "text": "Sporothrix schenckii", "label": "SPECIES", "start": 1245, "end": 1265 }, { "text": "Sporothrix schenckii", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1287 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1166, "end": 1172 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1319, "end": 1325 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1439, "end": 1449 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 1439, "end": 1453 }, { "text": "yeast-like phase", "label": "SPECIES", "start": 1375, "end": 1391 }, { "text": "Yeast-like phase", "label": "SPECIES", "start": 1583, "end": 1599 }, { "text": "daisy", "label": "SPECIES", "start": 1557, "end": 1562 }, { "text": "daisy", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1688 }, { "text": "mycelial phase", "label": "SPECIES", "start": 1525, "end": 1539 }, { "text": "mycelial phase", "label": "SPECIES", "start": 1667, "end": 1681 }, { "text": "microconidia", "label": "SPECIES", "start": 1696, "end": 1708 }, { "text": "Sporothrix schenckii", "label": "SPECIES", "start": 1784, "end": 1804 }, { "text": "dimorphic fungus", "label": "SPECIES", "start": 1767, "end": 1783 } ]

[ "Hakim", "Coleman", ",", "25", "years", "old", ",", "is", "a", "US", "Army", "veteran", ",", "now", "a", "student", "at", "a", "public", "university", ",", "who", "comes", "to", "the", "emergency", "department", "(", "ED", ")", "with", "his", "girlfriend", "and", "sister", ".", "On", "examination", ",", "he", "is", "a", "tall", ",", "slim", ",", "well-groomed", "young", "man", "with", "glasses", ".", "He", "speaks", "softly", "and", "has", "increased", "speech", "latency", ".", "Affect", "is", "flattened", "except", "when", "talking", "about", "his", "symptoms", ",", "when", "he", "shows", "anxiety", ".", "Mr", ".", "Coleman", "explained", "that", "he", "had", "come", "to", "the", "ED", "at", "his", "sister", "'", "s", "suggestion", ".", "She", "said", "that", "he", "could", "do", "with", "a", "\"", "general", "check-up", "\"", ",", "because", "he", "had", "been", "having", "\"", "migraines", "\"", "and", "\"", "hallucinations", "of", "a", "spiritual", "nature", "\"", "for", "several", "days", ",", "which", "had", "been", "going", "on", "for", "3", "months", ".", "The", "headache", "consisted", "of", "bilateral", "\"", "sharp", ",", "stabbing", "\"", "sensations", "in", "different", "parts", "of", "the", "head", ",", "and", "a", "kind", "of", "\"", "buzzing", "\"", "along", "the", "midline", "of", "the", "brain", "that", "seemed", "to", "get", "worse", "when", "he", "thought", "about", "his", "vices", ".", "Mr", ".", "Coleman", "described", "his", "vices", "as", "\"", "alcohol", ",", "cigarettes", ",", "not", "respecting", "my", "parents", "and", "girls", "\"", ".", "He", "denied", "guilt", ",", "anxiety", "or", "uneasiness", "about", "his", "military", "duties", "while", "serving", "in", "Iraq", ",", "but", "had", "joined", "an", "evangelical", "church", "four", "months", "earlier", "because", "he", "felt", "\"", "eaten", "up", "with", "guilt", "\"", "over", "\"", "everything", "I", "'", "ve", "done", "\"", ".", "Three", "months", "earlier", "he", "began", "\"", "hearing", "voices", "trying", "to", "make", "me", "feel", "guilty", "\"", "almost", "every", "day", ".", "The", "last", "auditory", "hallucination", "had", "occurred", "the", "day", "before", ".", "During", "those", "months", "he", "had", "observed", "strangers", "commenting", "on", "his", "past", "sins", ".", "Mr", ".", "Coleman", "believed", "that", "his", "migraines", "and", "guilt", "could", "be", "due", "to", "alcohol", "withdrawal", ".", "He", "had", "been", "drinking", "three", "or", "four", "cans", "of", "beer", "almost", "every", "day", "of", "the", "week", "for", "several", "years", "until", "he", "\"", "gave", "it", "up", "\"", "four", "months", "earlier", ",", "after", "joining", "the", "church", ".", "He", "still", "drank", "\"", "one", "or", "two", "beers", "\"", "every", "2", "weeks", ",", "but", "felt", "guilty", "afterwards", ".", "He", "said", "he", "had", "no", "alcohol", "withdrawal", "symptoms", "such", "as", "shaking", "and", "sweating", ".", "He", "had", "smoked", "cannabis", "up", "to", "twice", "a", "month", "for", "years", ",", "but", "had", "stopped", "completely", "when", "he", "joined", "the", "church", ".", "He", "denied", "using", "other", "drugs", "except", "once", ",", "3", "years", "ago", ",", "when", "he", "had", "taken", "cocaine", "without", "any", "problems", ".", "He", "slept", "well", "except", "for", "occasional", "nights", "when", "he", "only", "slept", "for", "a", "few", "hours", "in", "order", "to", "finish", "some", "academic", "work", ".", "Otherwise", ",", "Mr", ".", "Coleman", "said", "that", "he", "had", "no", "depressive", ",", "manic", "or", "psychotic", "symptoms", "and", "no", "violent", "ideation", ".", "He", "denied", "that", "he", "had", "symptoms", "of", "post-traumatic", "stress", "disorder", "(", "PTSD", ")", ".", "In", "terms", "of", "stressors", ",", "he", "was", "overwhelmed", "by", "his", "current", "responsibilities", ",", "such", "as", "going", "to", "college", "and", "attending", "his", "church", "activities", "almost", "daily", ".", "At", "the", "beginning", "of", "the", "academic", "year", "he", "had", "been", "getting", "straight", "A", "'", "s", "and", "now", "he", "was", "getting", "B", "'", "s", "and", "C", "'", "s", ".", "The", "patient", "'", "s", "girlfriend", "and", "his", "sister", "were", "also", "stressors", "for", "him", ".", "The", "patient", "'", "s", "girlfriend", "and", "sister", "were", "interviewed", "separately", ".", "They", "agreed", "that", "Mr", ".", "Coleman", "had", "become", "withdrawn", "and", "quiet", ",", "whereas", "before", "he", "had", "been", "a", "fun-loving", ",", "outgoing", "person", ".", "He", "had", "also", "never", "been", "particularly", "Teligious", "before", ".", "The", "sister", "believed", "that", "Mr", ".", "Coleman", "had", "been", "\"", "brainwashed", "\"", "by", "the", "church", ".", "The", "girlfriend", ",", "however", ",", "had", "attended", "several", "services", "with", "the", "patient", "and", "reported", "that", "several", "members", "of", "the", "congregation", "had", "told", "her", "that", ",", "although", "they", "had", "sometimes", "spoken", "to", "new", "members", "who", "felt", "guilty", "about", "their", "previous", "behaviour", ",", "none", "of", "them", "had", "ever", "had", "hallucinations", ",", "so", "they", "were", "very", "concerned", "about", "him", ".", "The", "patient", "'", "s", "physical", "examination", ",", "including", "neurological", "examination", ",", "was", "normal", ",", "as", "was", "the", "blood", "system", ",", "blood", "alcohol", "and", "urinary", "toxicology", ".", "A", "computerised", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "skull", "was", "performed", ",", "which", "was", "also", "normal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 156, "end": 162 }, { "text": "young", "label": "HUMAN", "start": 213, "end": 218 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 141, "end": 151 }, { "text": "Army veteran", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 49 }, { "text": "student", "label": "HUMAN", "start": 57, "end": 64 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 427, "end": 433 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 924, "end": 931 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 371, "end": 373 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 849, "end": 851 }, { "text": "girls", "label": "HUMAN", "start": 936, "end": 941 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1804, "end": 1812 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 2588, "end": 2594 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 2653, "end": 2659 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 2866, "end": 2872 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 2569, "end": 2579 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 2638, "end": 2648 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 2941, "end": 2951 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2559, "end": 2566 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2628, "end": 2635 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3001, "end": 3008 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3265, "end": 3272 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2800, "end": 2806 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 1387, "end": 1389 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 2128, "end": 2130 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 2706, "end": 2708 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 2887, "end": 2889 }, { "text": "members of the congregation", "label": "HUMAN", "start": 3035, "end": 3062 }, { "text": "members", "label": "HUMAN", "start": 3035, "end": 3042 }, { "text": "members", "label": "HUMAN", "start": 3124, "end": 3131 } ]